Literatura académica sobre el tema "Short Read Mapping (SRM)"
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Artículos de revistas sobre el tema "Short Read Mapping (SRM)"
Chon, Alvin y Xiaoqiu Huang. "SRAMM: Short Read Alignment Mapping Metrics". International Journal on Bioinformatics & Biosciences 11, n.º 02 (30 de junio de 2021): 01–07. http://dx.doi.org/10.5121/ijbb.2021.11201.
Texto completoCline, Eliot, Nuttachat Wisittipanit, Tossapon Boongoen, Ekachai Chukeatirote, Darush Struss y Anant Eungwanichayapant. "Recalibration of mapping quality scores in Illumina short-read alignments improves SNP detection results in low-coverage sequencing data". PeerJ 8 (7 de diciembre de 2020): e10501. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.10501.
Texto completoYang, Xiaohong, Yue Li, Yu Wei, Zhanlong Chen y Peng Xie. "Water Body Extraction from Sentinel-3 Image with Multiscale Spatiotemporal Super-Resolution Mapping". Water 12, n.º 9 (17 de septiembre de 2020): 2605. http://dx.doi.org/10.3390/w12092605.
Texto completoCanzar, Stefan y Steven L. Salzberg. "Short Read Mapping: An Algorithmic Tour". Proceedings of the IEEE 105, n.º 3 (marzo de 2017): 436–58. http://dx.doi.org/10.1109/jproc.2015.2455551.
Texto completoDeorowicz, Sebastian y Adam Gudyś. "Whisper 2: Indel-sensitive short read mapping". SoftwareX 14 (junio de 2021): 100692. http://dx.doi.org/10.1016/j.softx.2021.100692.
Texto completoDavid, Matei, Misko Dzamba, Dan Lister, Lucian Ilie y Michael Brudno. "SHRiMP2: Sensitive yet Practical Short Read Mapping". Bioinformatics 27, n.º 7 (28 de enero de 2011): 1011–12. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btr046.
Texto completoSmith, A. D., W. Y. Chung, E. Hodges, J. Kendall, G. Hannon, J. Hicks, Z. Xuan y M. Q. Zhang. "Updates to the RMAP short-read mapping software". Bioinformatics 25, n.º 21 (7 de septiembre de 2009): 2841–42. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp533.
Texto completoGao, Lei, Cong Wu y Lin Liu. "AUSPP: A universal short-read pre-processing package". Journal of Bioinformatics and Computational Biology 17, n.º 06 (diciembre de 2019): 1950037. http://dx.doi.org/10.1142/s0219720019500379.
Texto completoHach, Faraz, Fereydoun Hormozdiari, Can Alkan, Farhad Hormozdiari, Inanc Birol, Evan E. Eichler y S. Cenk Sahinalp. "mrsFAST: a cache-oblivious algorithm for short-read mapping". Nature Methods 7, n.º 8 (agosto de 2010): 576–77. http://dx.doi.org/10.1038/nmeth0810-576.
Texto completoMartinez, Hector, Joaquin Tarraga, Ignacio Medina, Sergio Barrachina, Maribel Castillo, Joaquin Dopazo y Enrique S. Quintana-Orti. "Concurrent and Accurate Short Read Mapping on Multicore Processors". IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 12, n.º 5 (1 de septiembre de 2015): 995–1007. http://dx.doi.org/10.1109/tcbb.2015.2392077.
Texto completoTesis sobre el tema "Short Read Mapping (SRM)"
Porter, Jacob Stuart. "Mapping Bisulfite-Treated Short DNA Reads". Diss., Virginia Tech, 2018. http://hdl.handle.net/10919/82870.
Texto completoPh. D.
Chacon, de San Baldomero Alejandro. "Read mapping on heterogeneous systems: scalability strategies for bioinformatic primitives". Doctoral thesis, Universitat Autònoma de Barcelona, 2021. http://hdl.handle.net/10803/671736.
Texto completoLa secuenciación genómica es un componente clave en nuevos avances en medicina, y su democratización es un paso importante hacia la accesibilidad para el paciente. Los beneficios implícitos en el descubrimiento de nuevas variantes genéticas son muy amplios, incluyendo desde la detección precoz de cáncer como la medicina personalizada, pasando por el diseño de fármaco y la edición genómica. Estos usos potenciales han incrementado exponencialmente el interés de la comunidad científica en el campo de la bioinformática durante los últimos años. Además, el surgimiento de los métodos de Secuenciación de Nueva Generación ha contribuido a la reducción rápida de los costes de secuenciación, permitiendo el desarrollo de nuevas aplicaciones genómicas. El principal objetivo de esta tesis es el de mejorar el rendimiento y precisión del estado del arte de la secuenciación genética a través del uso de plataformas de computo heterogéneo y sistemas de hardware híbridos. Más específicamente, el trabajo se ha centrado en la aceleración del problema del short-read mapping, dado que se describe como uno de los estadíos del pipeline con un mayor coste computacional. De forma global, se aspiraba a reducir el tiempo de procesado y el coste de la secuenciación genética, incrementando su disponibilidad. La principal contribución de esta tesis es la integración GPU del mapper GEM3 (GEM3-GPU). Este mapper reporta los mismos datos de salida para CPU y GPU, y es uno de los primeros mappers GPU que permite el alineamiento de reads largos y variables. Las propuestas han sido validadas utilizando datos reales, dado que el mapper ha estado corriendo en producción en un centro de secuenciación (Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG)). En conjunción con el mapper GEM3-GPU, durante esta tesis se ha creado una librería bioinformática en CUDA (GEM-cutter). La librería provee bloques de primitivas GPU básicas que han sido altamente optimizadas. Gem-cutter ofrece una API basada en primitivas de send and receive (message passing), e incorpora un scheduler para balancear el trabajo. Además, la librería soporta todas las arquitecturas GPU y Multi-GPU.
Genomic sequencing is the key component of new advances in medicine, and its democratization is an important step in improving accessibility for the patient. The benefits involved in discovering new genomic variations are vast and include everything from early cancer detection to personalized medicine, drug design and genome editing. All of these potential uses have greatly increased the interest of the scientific community in the field of bioinformatics in recent years. Moreover, the emergence of next-generation sequencing methods has contributed to the rapid reduction of sequencing costs, enabling new applications of genomics in precision medicine. The main goal of this thesis is to improve the state of the art in performance and accuracy for genome sequencing through the use of heterogeneous computing platforms and hybrid hardware systems. More specifically, the work is focused on accelerating the problem of short-read mapping, as it is described as one of the most computationally expensive parts of the pipeline process. Overall, we aim to reduce the processing time and cost of genome sequencing, and then increasing the availability of this type analysis. The main contribution of this thesis is the full GPU integration of the GEM3 mapper (GEM3-GPU), reporting significant improvements in performance and competitive accuracy results. The mapper reports the same output files for CPU and GPU and is one of the first GPU mappers to allow very long and variable read alignment. The proposals have been validated using real data, since the mapper has been running in production at a genomic sequencing center (Centro Nacional de Análisis Genómico (CNAG)). Together with the GEM3-GPU mapper, a complete bioinformatics CUDA library (GEM-cutter) has been created. The library provides the basic building blocks for genomic applications, which are highly optimised to run on GPUs. Gem-cutter offers an API based on send and receive primitives (message passing) and incorporates a scheduler to balance the work. Furthermore, the library supports all GPU architectures and Multi-GPU execution.
Universitat Autònoma de Barcelona. Programa de Doctorat en Informàtica
Capítulos de libros sobre el tema "Short Read Mapping (SRM)"
Ribeca, Paolo. "Short-Read Mapping". En Bioinformatics for High Throughput Sequencing, 107–25. New York, NY: Springer New York, 2011. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4614-0782-9_7.
Texto completoZhou, Xueya, Suying Bao, Binbin Wang, Xuegong Zhang y You-Qiang Song. "Short Read Mapping for Exome Sequencing". En Methods in Molecular Biology, 93–111. Totowa, NJ: Humana Press, 2013. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-62703-514-9_6.
Texto completoMenzel, Peter, Jes Frellsen, Mireya Plass, Simon H. Rasmussen y Anders Krogh. "On the Accuracy of Short Read Mapping". En Methods in Molecular Biology, 39–59. Totowa, NJ: Humana Press, 2013. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-62703-514-9_3.
Texto completoMorshedi, Mostafa y Hamid Noori. "FPGA Implementation of a Short Read Mapping Accelerator". En Lecture Notes in Computer Science, 289–96. Cham: Springer International Publishing, 2017. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-56258-2_25.
Texto completoMäkinen, Veli, Niko Välimäki, Antti Laaksonen y Riku Katainen. "Unified View of Backward Backtracking in Short Read Mapping". En Algorithms and Applications, 182–95. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2010. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-12476-1_13.
Texto completoKimura, Kouichi, Asako Koike y Kenta Nakai. "Seed-Set Construction by Equi-entropy Partitioning for Efficient and Sensitive Short-Read Mapping". En Lecture Notes in Computer Science, 151–62. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2011. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-23038-7_14.
Texto completoBhatia, Dinesh y Animesh Mishra. "A Novel Artificial Intelligence Technique for Analysis of Real-Time Electro-Cardiogram Signal for the Prediction of Early Cardiac Ailment Onset". En Handbook of Research on Advancements of Artificial Intelligence in Healthcare Engineering, 42–66. IGI Global, 2020. http://dx.doi.org/10.4018/978-1-7998-2120-5.ch003.
Texto completoFox, Heather A. "Mapping Spatial Consciousness in Kate Chopin’S Bayou Folk (1894)". En Arranging Stories, 19–56. University Press of Mississippi, 2022. http://dx.doi.org/10.14325/mississippi/9781496840516.003.0002.
Texto completoJ. Espona, Maria. "Interdisciplinary Integrated Tools to Problem Solving 2.0". En Contemporary Issues in Information Systems - A Global Perspective. IntechOpen, 2022. http://dx.doi.org/10.5772/intechopen.101456.
Texto completoFiore, Teresa. "All at One Point: The Unlikely Connections between Italy’s Emigration, Immigration, and (Post)Colonialism". En Pre-Occupied Spaces. Fordham University Press, 2017. http://dx.doi.org/10.5422/fordham/9780823274321.003.0001.
Texto completoActas de conferencias sobre el tema "Short Read Mapping (SRM)"
Olson, Corey B., Maria Kim, Cooper Clauson, Boris Kogon, Carl Ebeling, Scott Hauck y Walter L. Ruzzo. "Hardware Acceleration of Short Read Mapping". En 2012 IEEE 20th Annual International Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines (FCCM). IEEE, 2012. http://dx.doi.org/10.1109/fccm.2012.36.
Texto completoArram, James, Kuen Hung Tsoi, Wayne Luk y Peiyong Jiang. "Reconfigurable Acceleration of Short Read Mapping". En 2013 IEEE 21st Annual International Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines (FCCM). IEEE, 2013. http://dx.doi.org/10.1109/fccm.2013.57.
Texto completoDai, Dong, Xi Li, Chao Wang y Xuehai Zhou. "Cloud Based Short Read Mapping Service". En 2012 IEEE International Conference on Cluster Computing (CLUSTER). IEEE, 2012. http://dx.doi.org/10.1109/cluster.2012.60.
Texto completoChen, Yupeng, Bertil Schmidt y Douglas L. Maksell. "An FPGA aligner for short read mapping". En 2012 22nd International Conference on Field Programmable Logic and Applications (FPL). IEEE, 2012. http://dx.doi.org/10.1109/fpl.2012.6339267.
Texto completoAji, Ashwin M., Liqing Zhang y Wu-chun Feng. "GPU-RMAP: Accelerating Short-Read Mapping on Graphics Processors". En 2010 IEEE 13th International Conference on Computational Science and Engineering (CSE). IEEE, 2010. http://dx.doi.org/10.1109/cse.2010.29.
Texto completoSogabe, Yoko y Tsutomu Maruyama. "An acceleration method of short read mapping using FPGA". En 2013 International Conference on Field-Programmable Technology (FPT). IEEE, 2013. http://dx.doi.org/10.1109/fpt.2013.6718385.
Texto completoChen, Yupeng, Bertil Schmidt y Douglas Leslie Maskell. "Accelerating short read mapping on an FPGA (abstract only)". En the ACM/SIGDA international symposium. New York, New York, USA: ACM Press, 2012. http://dx.doi.org/10.1145/2145694.2145740.
Texto completoNg, Ho-Cheung, Izaak Coleman, Shuanglong Liu y Wayne Luk. "Reconfigurable Acceleration of Short Read Mapping with Biological Consideration". En FPGA '21: The 2021 ACM/SIGDA International Symposium on Field Programmable Gate Arrays. New York, NY, USA: ACM, 2021. http://dx.doi.org/10.1145/3431920.3439280.
Texto completoPreuber, Thomas B., Oliver Knodel y Rainer G. Spallek. "Short-Read Mapping by a Systolic Custom FPGA Computation". En 2012 IEEE 20th Annual International Symposium on Field-Programmable Custom Computing Machines (FCCM). IEEE, 2012. http://dx.doi.org/10.1109/fccm.2012.37.
Texto completoKnodel, Oliver, Thomas B. Preusser y Rainer G. Spallek. "Next-generation massively parallel short-read mapping on FPGAs". En 2011 IEEE International Conference on Application-specific Systems, Architectures and Processors (ASAP). IEEE, 2011. http://dx.doi.org/10.1109/asap.2011.6043268.
Texto completoInformes sobre el tema "Short Read Mapping (SRM)"
Gur, Amit, Edward Buckler, Joseph Burger, Yaakov Tadmor y Iftach Klapp. Characterization of genetic variation and yield heterosis in Cucumis melo. United States Department of Agriculture, enero de 2016. http://dx.doi.org/10.32747/2016.7600047.bard.
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