Tesis: "Sélection et évolution du virus"

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Guyader, Sébastien. "Evaluation du potentiel de variabilité du potato leafroll virus (Luteoviridae, poleovirus) et identification de quelques facteurs de sélection". Rennes 1, 2003. http://www.theses.fr/2003REN10049.

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Resumen

La diversité génétique du Potato leafroll virus (PLRV), un des virus des plus dommageables sur pomme de terre à l'échelle mondiale, a été étudiée par l'analyse de nouvelles séquences complètes et d'une région variable du génome du virus. Les résultats confirment que le PLRV est peu diversifié et génétiquement stable dans l'espace et dans le temps, même si des événements majeurs (délétion, recombinaison et accroissement de zone codante) ont ponctué l'histoire évolutive du virus. Des passages en série réalisés par vecteurs ou par multiplication végétative sur plantes entières et sur cals ont identifié la transmission comme pression de sélection et comme facteur pouvant favoriser la dérive génétique et la fixation de mutations délétères, et montré que le PLRV peut varier davantage en cas de changement d'environnement. Le PLRV semble donc optimisé dans un milieu stable et homogène, mais il pourrait exprimer son potentiel évolutif lorsque les pressions de sélection changent.

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Rousseau, Elsa. "Effet de la dérive génétique et de la sélection sur la durabilité de la résistance des plantes aux virus". Thesis, Nice, 2016. http://www.theses.fr/2016NICE4024/document.

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Resumen

Une plante peut être totalement protégée d'un agent pathogène grâce à un gène majeur de résistance, mais ce dernier peut être rapidement contourné suite à l'apparition et à la propagation de variants pathogènes adaptés. Cette thèse s'intéresse aux mécanismes évolutifs permettant le ralentissement de ce contournement chez les virus de plantes en agissant sur deux forces évolutives majeures, la dérive génétique et la sélection, depuis le niveau de l'hôte jusqu'à celui de la parcelle. D'abord, un modèle épidémiologique stochastique de type SI au niveau d'une parcelle agricole a montré que la dérive génétique pouvait être particulièrement bénéfique au rendement agricole lorsque l'adaptation du virus au gène majeur induit un coût de fitness intermédiaire dans les plantes sensibles. Ensuite, la conception et la validation d'un modèle basé sur des équations déterministes de Lotka-Volterra et des processus stochastiques Dirichlet-multinomiaux a permis de distinguer les effets de la dérive génétique et ceux de la sélection sur des données temporelles de compétition intra-plante entre variants viraux, et de mettre en évidence le contrôle génétique de ces effets par les plantes. Enfin, une analyse de la corrélation entre ces estimations des intensités de dérive génétique et de sélection et une estimation expérimentale de la durabilité d'un gène majeur a montré qu'une forte dérive génétique lors des stades précoces de l'infection augmentait la durabilité du gène majeur. Ces résultats ouvrent des perspectives pour une gestion plus durable de la résistance des plantes, par la sélection de variétés de plantes induisant une forte dérive génétique sur les populations d'agents pathogènes
Plants can be fully protected from their pathogens when they carry major resistance genes, but the efficiency of these genes is limited by the emergence and spread of adapted, resistance-breaking pathogen variants. This thesis studies how evolutionary forces imposed by the plants on pathogen populations may increase the durability of major resistance genes. Using plant viruses as a biological model, this thesis investigates the effect of genetic drift and selection, from the within-host to the host population level. Firstly, a stochastic epidemiological SI model at the field level showed that genetic drift could be particularly beneficial for crop yield when the fitness cost associated with virus adaptation to resistance was intermediate in susceptible plants. Then, the design and validation of a mechanistic-statistical model based on deterministic Lotka-Volterra equations and stochastic Dirichlet-multinomial processes allowed to disentangle the effects of genetic drift from those of selection on temporal data of within-host competition between virus variants. The intensities of genetic drift and selection acting on virus populations were shown to be controlled genetically by the hosts. Finally, a correlation analysis between these estimations of genetic drift and selection intensities and an experimental estimation of the durability of a major resistance gene showed that strong genetic drift during the early stages of plant infection led to an increase in resistance durability. These results open new perspectives for more durable management of plant resistance, by breeding plant varieties inducing strong genetic drift on pathogen populations

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Berling, Marie. "Durabilité du contrôle du carpocapse des pommes et des poires (Cydia pomonella) avec le virus de la granulose (CpGV) : Résistance versus Virulence". Pau, 2009. http://www.theses.fr/2009PAUU3016.

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Resumen

Le Cydia pomonella granulovirus (CpGV) a été utilisé pendant plus de quinze ans pour le contrôle du carpocapse des pommes et des poires (C. Pomonella). En 2004, une population résistante à l’isolat viral CpGV-M utilisé au champ a été détectée pour la première fois dans un verger biologique du sud de la France. Le facteur de résistance de cette population a été estimé à 13 000 fois. Une colonie de laboratoire (RGV) a été établie à partir de ces insectes résistants, suivi d��une introgression du caractère de résistance au sein d’une colonie sensible de référence, Sv. La caractérisation génétique de la résistance a mis en évidence que la résistance est soit monogénique, soit contrôlée par un seul gène majeur, porté par le chromosome Z. Seul un faible coût biologique a été associé à ce caractère de résistance. Les points de blocage de l’infection virale n’ont pas été identifiés. Il semblerait néanmoins que la résistance ne soit pas liée au passage de la membrane péritrophique mais plutôt à un problème de réplication de l’isolat viral CpGV-M dans la cellule hôte. Un nouvel isolat viral, NPP-R1, a été identifié et contournait partiellement la résistance des larves RGV au laboratoire. Des passages successifs ont été réalisés à partir de cet isolat NPP-R1 sur des larves RGV. Après 16 cycles d’amplification, l’isolat viral obtenu, 2016-r16, contournait totalement la résistance au laboratoire
The Cydia pomonella granulovirus (CpGV) has been used for fifteen years as a bioinsecticide in codling moth (C. Pomonella) control. In 2004, an insect population with low susceptibility to the virus was detected for the first time in southeast France. The resistance factor was estimated to be 13,000-fold. A laboratory colony of codling moth that was resistant (RGV) to the CpGV-M isolate used in the field was established with resistant insects collected in field followed by an introgression of the resistant trait into a susceptible colony (Sv). The genetic characterization of the resistance showed that the resistance is either monogenic or controlled by a single major gene. The major resistant gene of RGV was localized on the sexual chromosome Z and only small fitness costs have been related to the resistant trait. Blocking points of the viral infection in RGV hosts have not been identified. Nevertheless, the investigations suggest that the peritrophic membrane is not implicated and that the resistance is rather related with a viral multiplication problem in the host cells. A new viral isolate called NPP-R1 was identified and overcome partially the resistance of RGV larvae in laboratory. Serial passages have been carried out on RGV larvae starting from the NPP-R1 isolate. After 16 cycles, the viral isolate, 2016-r16, totally overcome the RGV resistance in laboratory

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Poulicard, Nils. "Emergence et adaptation du Rice yellow mottle virus : relations entre histoire évolutive, contournement de résistance et interactions hôte/pathogène". Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20121.

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Le Rice yellow mottle virus (RYMV) est un virus émergeant qui constitue actuellement une contrainte majeure à la riziculture sur le continent africain. Quelques rares variétés de riz, issues des espèces cultivées de riz africain et asiatique (respectivement Oryza glaberrima et O. sativa), ont récemment été identifiées comme hautement résistantes au RYMV. Ce phénotype de résistance est dû à un gène récessif RYMV1 codant le facteur d'initiation de la traduction eIF(iso)4G1 du riz.Les objectifs de cette thèse sont (i) d'étudier la durabilité de la résistance élevée du riz contre le RYMV avant son déploiement à large échelle, (ii) de caractériser les mécanismes d'émergence de génotypes contournants et (iii) d'identifier des signatures moléculaires influençant ces processus d'adaptation. Ainsi, le contournement de deux allèles de résistance, identifiés chez les deux espèces de riz cultivés, a été relié à l'émergence de mutations dans la protéine virale VPg qui permettent de rétablir l'interaction avec le facteur eIF(iso)4G1 de l'hôte résistant. Un site sous sélection diversificatrice de la VPg influence directement la capacité de contournement de la résistance élevée en fonction de l'espèce hôte. Ce site, proche des mutations de contournement, est impliqué dans l'adaptation du virus à l'espèce O. glaberrima au cours de son histoire évolutive. La démarche employée au cours de ce travail combine des études d'évolution expérimentale à des analyses fonctionnelles. Les résultats obtenus par cette approche intégrative participeront à la mise en place de stratégies de lutte intégrée à la fois efficaces et durables face à la maladie de la panachure jaune du riz en Afrique
The Rice yellow mottle virus (RYMV) is an emerging virus currently considered as the major constraint to rice production in Africa. Some varieties of African and Asian cultivated rice (Oryza glaberrima and O. sativa, respectively), have recently been identified as highly resistant to RYMV. This resistance phenotype is caused by a recessive gene RYMV1 encoding the translation initiation factor eIF(iso)4G1 of rice.The objectives of this thesis are (i) to investigate the durability of the high resistance of rice against RYMV before broadly deployment in fields, (ii) to characterize the mechanisms of emergence of resistance-breaking (RB) genotypes and (iii) to identify molecular signatures that influence these processes of adaptation. The resistance-breaking of two resistance alleles, identified in both cultivated rice species, is mainly associated with the emergence of mutations in the viral protein VPg that restore in resistant hosts the interaction with the factor eIF(iso)4G1. A site of VPg under diversifying selection directly affects the ability to overcome the high resistance depending on the host species. This site, near the RB mutations, is involved in the adaptation of the RYMV to O. glaberrima species during its evolutionary history. The approach used during this work combines experimental evolution and functional analyses. The results of this integrative study will participate in the development of effective and sustainable control strategies toward the Rice yellow mottle virus in Africa

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Parsons, David. "Sélection indirecte en évolution Darwinienne : Mécanismes et implications". Phd thesis, INSA de Lyon, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00715781.

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Le modèle Aevol est un modèle d'évolution expérimentale in silico développé par Carole Knibbe et Guillaume Beslon pour étudier l'évolution de la structure des génomes. Aevol a permis d'identifier une très forte pression de sélection indirecte vers un certain niveau de variabilité mutationnelle du phénotype : la survie à long terme d'une lignée étant conditionnée à sa capacité à produire des mutations avantageuses sans pour autant produire trop de mutations délétères, un certain compromis entre robustesse et évolvabilité est indirectement sélectionné. Une conséquence de cette pression de sélection indirecte est le rôle central joué par le taux spontané de réarrangements chromosomiques dans la détermination de la structure du génome. Dans ce travail, nous avons modifié le modèle Aevol pour introduire d'une part un processus explicite de régulation de l'expression des gènes et d'autre part, une sensibilité aux similarités entre séquences dans les événements de recombinaison de l'ADN. Nous avons ainsi pu étudier l'effet de ces variations sur la sélection de second-ordre. Nous avons en particulier observé que celle-ci est extrêmement robuste aux choix de modélisation : les effets liés aux réarrangements sont en effet observés de la même façon lorsque les organismes possèdent un réseau de régulation (qui plus est, ces effets sont visibles sur le réseau lui-même), lorsque les réarrangements se produisent préférentiellement entre séquences similaires et lorsque les transferts horizontaux sont possibles. De plus, les effets de cette pression de sélection de second-ordre ne sont pas limités au niveau génomique : de forts taux de réarrangements tendent à donner lieu à des génomes présentant beaucoup d'opérons, très peu d'ARNs non-codants et des réseaux de régulation très simples. Au contraire, chez les organismes ayant évolué avec de faibles taux de réarrangement, la plupart des gènes sont transcrits sur des ARNs monocistroniques. Ces organismes possèdent un grand nombre d'ARNs non-codants et présentent des réseaux de régulation très complexes. Ces effets observés dans le modèle à différents niveaux d'organisation peuvent s'apparenter à de nombreuses caractéristiques observées chez les organismes réels. Ainsi les pressions sélectives indirectes observées grâce au model Aevol permettent de reproduire un large spectre de propriétés biologiques connues en ne modifiant que le seul taux de réarrangements dans le modèle. Ces mécanismes de sélection indirecte apparaissent donc comme de bons candidats pour expliquer ces mêmes observations sur les organismes réels.

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Claude, Julien. "Contraintes et sélection au cours de l'évolution morphologique des testudinioidea ("reptilia", testudines) : approches comparatives et morphométriques". Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20025.

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Bigot, Diane. "Biodiversité et évolution des virus présents dans les métagénomes animaux". Thesis, Tours, 2017. http://www.theses.fr/2017TOUR4019.

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Les virus font partie des entités les plus abondantes sur Terre, mais la diversité des virus est très peu connue puisque biaisée en faveur d’hôtes animaux d’intérêts sociétal, agronomique et économique. L’apport des nouvelles techniques de séquençage permet actuellement d’obtenir des informations qui étaient tout simplement inaccessibles. Le but de mon travail de thèse a été l’étude de la diversité virale présente au sein d’un grand nombre d’animaux non-modèles. Pour répondre à cette problématique il m’a fallu mettre en place une méthodologie analytique innovante de découverte de nouveaux virus par une approche de méta-transcriptomique. Ce travail i) montre que la méthodologie bioinformatique mise en place est pertinente, ii) permet de découvrir de nouveaux virus ayant des caractéristiques génomiques particulières relevant de nouveaux genres ou familles de virus, iii) révèle de nouveaux hôtes pour des virus appartenant à des familles virales très étudiées et iv) montre que la gamme d’hôte de virus connus peut être plus étendue qu’attendu grâce à un focus sur la diversité des virus d’hyménoptères. D’une manière plus globale, mon travail permet de combler quelques lacunes existantes dans les connaissances liées à l’étude de la diversité virale et met en évidence l’importance de l’étude des animaux non-modèles
Viruses are among the most abundant entities on Earth, but the viral diversity remains mostly unknown as currently biased in favour of animals of social, agronomic and economic interest. Next Generation Sequencing technologies provide access to so far inaccessible information. The aim of my PhD thesis was the study of the viral diversity within a large range of non-model animals. To address this question I set up an innovative analytical framework to discover new viruses based on a meta-transcriptomic approach. This work i) shows that this bioinformatics method is efficient and powerful, ii) allows the discovery of new viruses with particular genomic organisations suggesting they belong to new virus genera of families, iii) uncovered new viruses from new hosts in well-known viral families and iv) shows wider viral host range than previously expected based on a particular focus on hymenopteran viral diversity. Overall, my work allows to fill some gaps in the knowledge of viral diversity and shows the importance of studying non-model animal species in virology

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Charrel, Rémi. "Virus GB-A et GB-C (famille Flaviviridae) : épidémiologie, caractérisation moléculaire, phylogénie et évolution". Aix-Marseille 2, 1999. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/1999AIX20654.pdf.

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Les virus GB-A et GB-C ont été découverts en 1995. Ils appartiennent à la famille des Flaviviridae et sont provisoirement classés dans le genre Hepacivirus. Le virus GB-A (GBV-A) a été isolé chez six espèces de singes du Nouveau-Monde appartenant à l'ordre des Primates. Le virus GB-C, aussi dénommé virus de l'hépatite G (GBV-C/HGV) infecte l'homme. Sa répartition est cosmopolite et la prévalence virémique varie entre 0. 7 et 12% de la population selon les pays. Trois populations à risque ont été testées: des patients hémodialysés, des patients transplantés rénaux et des prisonniers. Les prévalences virémiques sont significativement plus élevées que dans la population générale. Cependant aucun syndrome clinique ou biologique n'a pu être associé à l'infection. La séquence complète d'une souche de GBV-C/HGV a été déterminée à partir du sérum d'un donneur de sang français. Cet isolat est génétiquement représentatif de la population virale circulant en Europe. Les relations phylogénétiques entre les 34 séquences complètes de GBV-C/HGV et celles des autres membres du genre Hepacivirus ont été analysées. Les groupements phylogénétiques et les courbes de distribution des distances génétiques sont en faveur de l'existence d'un génotype unique. L'analyse d'un fragment de 157 nucléotides dans la région 5' non codante permet d'assigner les isolats dans trois groupes principaux en corrélation avec leur origine géographique (Afrique, Europe et Amérique du nord, et Asie). Récemment un virus GBV-C/HGV-like a été isolé chez le chimpanzé. L'étude phylogénétique démontre que GBV-A d'une part et GBV-C/HGV et GBVC/HGV-like d'autre part possèdent un ancêtre phylogénétique commun estimé à 35 millions d'années. La comparaison de la phylogénie des souches virales avec la phylogénie de leur hôtes primates humains et non humains suggère l'existence d'un mécanisme de co-évolution
GB virus A and GB virus C were discovered in 1995. They belong to the Flaviviridae family and are provisionally classified into the genus Hepacivirus. GB virus A (GBV-A) has been isolated from six species of New World monkeys belonging to the order of Primates. GB virus C, also known as hepatitis G virus (GBV-C/HGV) infects humans. GBV-C/HGV is a cosmopolitan virus, which prevalence of viremia ranges from 0. 7% to 12% of the population depending on the countries. We studied the epidemiology of GBV-C/HGV in 3 exposed populations: patients undergoing maintenance hemodialysis, kidney transplant recipients and prisoners. The prevalences of viremia were significantly higher in these groups than in the control population. However, no evident clinical or biological syndrome was found in infected individuals. We determined the complete coding sequence of a viral strain isolated from the serum of a French blood donor. This isolate is genetically representative for the viral population that can be isolated in Europe. Phylogenetic relationships between the 34 complete sequences of GBV-C/HGV and these from the other members of the Hepacivirus genus were analyzed. The phylogenetic grouping patterns and the distribution of the genetic distances support the acknowledgement of an unique genotype. The analysis of a 157-nucleotide fragment in the 5' non coding region allows to group the isolates in three major clusters in correlation with their geographical origin (Africa, Europe and North America, and Asia). Recently, a GBV-C/HGV-like virus was isolated from a chimpanzee. Phylogenetic analysis demonstrated that GBV-A on one hand and GBV-C/HGV and GBV-C/HGV-like on other hand have shared a common ancestor estimated around 35 million years ago. Comparison between phylogenetics of the viruses and their respective human and non human primate hosts suggest that a mechanism of co-evolution has occurred

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LEGRAND, Nicolas. "Sélection centrale, survie et sélection périphérique des lymphocytes T ab CD8+". Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2002. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00001512.

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La composition des compartiments lymphocytaires T est soumise à de constantes modifications, sous l'effet conjugué de la production de nouvelles spécificités, de la sélection lors d'une rencontre avec un antigène et de la mort cellulaire. Face à ces flux de cellules entre les différents compartiments centraux et périphériques, les mécanismes de la régulation homéostatique assurent le fait que le système immunitaire se maintienne à l'équilibre. A l'image d'un écosystème, on peut alors observer que les lymphocytes T entrent en compétition les uns avec les autres pour des niches de sélection et des ressources en quantité limitée. Durant ce travail de thèse, réalisé chez la souris, nous avons analysé le comportement des lymphocytes T ab CD8+ face à un bouleversement de leur environnement, et nous avons travaillé sur les molécules de classe I du CMH comme modèle de ressource nécessaire à la survie des cellules T ab CD8+.
Dans un premier temps, nous avons étudié la sélection centrale et périphérique de cellules T ab CD8+ exprimant deux transgènes codant respectivement pour le TCR aHY, spécifique de l'antigène mâle H-Y, et le TCR P14, spécifique du peptide gp33-41 issu du virus de la chorioméningite lymphocytaire (LCMV). Ce modèle reproduit un phénomène courant dans le système immunitaire, puisqu'on trouve chez l'homme et la souris jusqu'à 30% de cellules exprimant deux TCR différents à leur surface. Nos résultats montrent que l'expression de deux TCR par les cellules T ab CD8+ leur permet d'échapper partiellement à la sélection négative dans le thymus, et de résister à la délétion clonale à la périphérie. Dans un second temps, nous avons étudié l'établissement d'une infection chronique par le LCMV dans des souris n'ayant pour lymphocytes que des cellules T exprimant le TCR P14 (souris MoP14). Nous avons pu observer que cette infection passe par la sélection de variants viraux spécifiquement mutés au niveau de l'épitope gp33-41, mais également par la modification du comportement des cellules T ab CD8+ des animaux. L'ensemble de ces données plaide pour un modèle d'adaptation des lymphocytes T ab CD8+ à leurs conditions environnementales.
Enfin, nous avons étendu ce travail à l'étude de l'influence des molécules de classe I du CMH sur la survie et la prolifération homéostatique des lymphocytes T ab CD8+, en utilisant une gamme de souris transgéniques pour le TCR. Nos résultats montrent une variété de comportements en relation avec la réactivité croisée supposée des différents TCR utilisés.

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Charmantier, Anne. "Hétérogénéité de l'environnement en région méditerranéenne et évolution de la valeur sélective : paternités hors-couple et héritabilité de traits phénotypiques chez la Mésange bleue". Montpellier, ENSA, 2003. http://www.theses.fr/2003ENSA0021.

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Landau, Samuel. "Des AG1 vers la GA2 Sélection darwinienne et systèmes multi-agents". Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066382.

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Taillan, Julien. "Vieillissement et variations stratégiques : étude des processus impliqués dans la sélection stratégique et leur évolution avec l'âge". Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM4766/document.

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Les chercheurs en psychologie ont montré que nous utilisons différentes stratégies pour accomplir différentes tâches cognitives. Une stratégie est une procédure ou un ensemble de procédures permettant aux participants d'atteindre un but cognitif. La question importante est alors de savoir comment nous choisissons une stratégie parmi toutes les stratégies disponibles. Pour améliorer nos connaissances sur ce phénomène, l'objectif général de cette thèse était d'étudier les processus impliqués dans la sélection stratégique, ainsi que leur évolution au cours du vieillissement. Pour cela, nous avons adopté une double approche neuroscientifique et cognitive. Les données rapportées dans nos études IRMf indiquent qu'un réseau cérébral spécifique serait associé à la sélection stratégique. Ce réseau comprend notamment des régions préfrontales connues pour être recrutées dans des tâches impliquant les fonctions exécutives. Ainsi nos données suggèrent que, contrairement à ce que postulent les modèles théoriques, les fonctions exécutives pourraient être impliquées dans la sélection stratégique. L'absence d'activation dans ces régions chez les participants âgés pourrait nous aider à expliquer pourquoi la capacité à choisir la meilleure stratégie diminue avec l'âge. De manière intéressante, nous montrons aussi que les participants peuvent utiliser différents processus de sélection stratégique en fonction de la difficulté des problèmes. Enfin, dans la dernière partie, nous discutons des implications de nos résultats au niveau des modèles de la sélection stratégique, ainsi qu'au niveau du vieillissement cognitif
Researchers in psychology have shown that we use several strategies to accomplish cognitive tasks. A strategy is a procedure or a set of procedures for achieving a higher level goal or task. One of the crucial issues concerns how we choose a strategy among several available strategies to solve each problem. To further our understanding of strategy selection, the overall objective of this thesis was to investigate processes involved in strategy selection, and their evolution with aging. To achieve this goal, we adopted both neuroscience and cognitive approach. Data reported in our fMRI studies indicate that a specific network was associated with strategy selection. This particular network includes prefrontal regions known to be engaged in tasks involving executive functions. Thus, our data suggest that, contrary to the assumptions of theoretical models, executive functions may be involved in the strategy selection. The lack of activation in these regions in older adults may help us to understand why the ability to choose the better strategy decreases during aging. Interestingly, we also show that participants can use different strategy selection processes based on the difficulty of problems. Finally, in the last section, we discuss the implications of our results for theoretical models of strategy selection, and for cognitive aging

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Dupin, Jean-Baptiste. "Cultures multi-parallélisées en millifluidique digitale : diversité et sélection artificielle". Thesis, Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS127/document.

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Le rôle des communautés de bactéries est essentiel dans les écosystèmes, mais aussi dans l’industrie, l’agriculture ou le secteur de la santé. La structure de ces communautés accroit leurs applications potentielles par rapport aux bactéries isolées. Si manipuler et faire évoluer une souche bactérienne est devenu courant, il n’existe pourtant pas de technologie permettant de cultiver, manipuler, sélectionner et en faire évoluer des communautés. Ce travail de thèse concerne la conception, le développement et la caractérisation d’un outil pouvant y aboutir en millifluidique digitale. Avec cet outil nous manipulons un millier de cultures de bactéries sous la forme de gouttes incubées et analysées en continu, et dont nous souhaiterions diriger l’évolution. La dérive génétique, les flux géniques, la diversification et la sélection sont les quatre agents de l’Évolution qui fixèrent les quatre axes de ce travail. La conservation des diversités spécifiques à une culture et entre elles conditionne la conception de notre outil. Son utilisation implique des échanges entre cultures que nous avons caractérisés. Nous avons créé un protocole permettant d’évaluer la diversité de ces cultures, et donc de les discriminer pour mieux les sélectionner. Nous avons finalement conçu un système permettant d’automatiser leur sélection artificielle : leur évolution dirigée est à portée de main
The role of bacterial communities is essential in ecosystems, but also in the industry, agriculture and human health. Communities’ structure increases their potential applications unlike isolated bacteria. While the culture and engineering of a bacterial strain has become common, currently no technology exists to allow cultivation, handling, selection and evolution of bacterial communities. This work focuses on the design, development and characterization of a tool which can perform evolution of communities using digital millifluidics. With this tool, we handle one thousand cultures of bacteria in drops incubated and analyzed continuously, and the evolution of which we would like to manage. The genetic drift, the genic flows, the diversification and the selection are the four agents of the Evolution which fixes the four axes of this work. The preservation of the diversities, specific to a culture and between them, affect the design of our tool. Its use involves exchanges between cultures which we characterized. We created a protocol allowing to estimate the diversity of these cultures, and thus to discriminate them for robust selection. We finally conceived a system automating their artificial selection: their directed evolution is within easy reach

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Martinez, Julien. "Expression et évolution du phénotype étendu dans une association parasitoïde-virus". Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00751985.

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L'expression du phénotype des organismes dépend en partie d'organismes symbiotiques avec qui ils sont en interaction étroite. Selon le mode de transmission du symbiote, ce dernier va être en conflit d'intérêt plus ou moins intense avec l'hôte pour l'expression du phénotype, conduisant parfois le symbiote à évoluer vers la manipulation du phénotype de l'hôte. Nous avons tenté d'identifier différents facteurs génétiques et environnementaux influençant l'expression et l'évolution de la manipulation chez l'insecte parasitoïde de larves de drosophiles, Leptopilina boulardi, et son virus manipulateur du comportement, LbFV. Ce virus bénéficie d'une transmission mixte, verticale et horizontale, cette dernière étant favorisée par l'induction de superparasitisme induite par le virus. L'étude de la contribution du génotype du parasitoïde dans l'expression de la manipulation a révélé la présence de gènes de résistance partielle à la manipulation. Le potentiel évolutif de cette résistance a ensuite été évalué par des expériences d'évolution expérimentale. Nous avons également montré que LbFV augmente la virulence du parasitoïde envers les larves de drosophiles, révélant ainsi une évolution vers une forme de mutualisme sur ce trait. Par ailleurs, le travail montre qu'un même parasitoïde peut être non seulement infecté par plusieurs souches du virus LbFV mais également infecté par un virus à ARN, décrit pour la première fois dans cette thèse. La transmission verticale, la prévalence élevée et les forts effets phénotypiques de ce virus soulignent de nouveau l'importance des virus dans l'expression du phénotype en population naturelle.

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Valarcher, Jean-François. "Persistance in vivo et évolution génétique du virus respiratoire syncytial bovin". Lyon 1, 1999. http://www.theses.fr/1999LYO10152.

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Une rt-pcr nichee localisee sur le gene de la nucleocaproteine (n) a ete mise au point pour detecter le virus respiratoire syncytial bovin (vrsb). Lors d'une etude terrain, cet outil est apparu plus sensible que les techniques conventionnelles (detection d'antigenes, culture). Lors d'infections experimentales de veaux immunocompetents, l'arn viral a pu etre detecte jusqu'a 13 jours apres l'apparition des symptomes alors que le vrsb n'etait isole que pendant les 5 premiers jours. Cette rt-pcr nichee a permis de demontrer que le vrsb persistait dans les nuds lymphatiques (nl) pulmonaires apres infection. Le vrsb a ete recherche entre 18 et 71 jours post inoculation dans de nombreux tissus nerveux et lymphoides. Des arn viraux genomique (n) et messagers (m) codant pour n, la glycoproteine g (g), et la proteine de fusion f (f), ont ete detectes de facon constante et jusqu'a j71 a partir des nl tracheobronchiques et mediastinaux. Les resultats obtenus par coculture entre les cellules des nl et des cellules epitheliales de cornets nasaux bovins suggerent que le virus se trouvait sous forme de particule infectieuse. L'expression des proteines f et g, a ete demontree dans les nl par immunomarquage. Les etudes morphologiques et immunocytochimiques suggerent que le vrsb persiste dans les lymphocytes b et dans quelques macrophages. La diversite et l'evolution du vrsb ont ete evaluees a partir de 54 souches europeennes ou nord americain et comparees aux sequences de 33 souches recensees dans les banques de donnees, sur des segments de n, f ou g. Cette etude demontre une evolution continue et simultanee du vrsb sur les segments etudies de n, g et f depuis 1967. De plus une forte pression de selection a pu etre mise en evidence sur un segment de g. A partir d'isolats francais recents, des mutations ont ete detectees dans une zone immunodominante, la region centrale hydrophobe de l'ectodomaine qui entraineraient la disparition de 2 ponts disulfures et d'une helice.

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Corbi, Jonathan. "Sélection et coévolution de gènes paralogues impliqués dans la synthèse d'amidon au cours de la radiation des angiospermes et chez le maïs, depuis sa domestication". Paris 11, 2010. http://www.theses.fr/2010PA112078.

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La duplication permet à un gène d'être présent en plusieurs copies dans un génome (gènes paralogues) et peut, à ce titre, conduire à des innovations génétiques. L’ADPglucose pyrophosphorylase (AGPase), composée de deux petites sous-unités (SSU) et de deux grandes sous-unités (LSU), est codée par une famille multigénique chez les angiospermes. Elle catalyse une réaction limitante dans la voie de biosynthèse de l’amidon et représente ainsi une cible potentielle de la sélection. L’objectif de ma thèse a été d’étudier l’évolution de cette famille à l’échelle de la radiation des Angiospermes d’une part, et d’autre part à une échelle intra-spécifique depuis la domestication du maïs. A l’échelle des Angiospermes, les LSUs présentent des sites qui ont évolué sous sélection positive, certains d’entre eux appartenant à des domaines fonctionnels importants (liaison au substrat, domaine d’interaction entre sous-unités). Au contraire, les SSUs ont évolué sous forte contrainte sélective et montrent des traces de coévolution. Chez le maïs, l’AGPase est majoritairement exprimée au niveau de l’albumen (gènes SSUend et LSUend), l’embryon (SSUemb et LSUemb) et les feuilles (SSUleaf et LSUleaf). La combinaison de plusieurs statistiques ainsi que la prise en compte de la démographie suggèrent des histoires évolutives contrastées, les paralogues ayant évolué sous sélection directionnelle (LSUleaf, LSUend, LSUemb), balancée (SSUemb) ou diversifiante (SSUleaf). Ces résultats illustrent le rôle important de la redondance génétique dans la réponse à la sélection et l’évolution des espèces
Gene duplication allows the emergence of multiple copies of a gene in a genome (paralogs) and can ultimately trigger genetic innovation. The AGPase (ADPglucose pyrophosphorylase) encompasses two small subunits (SSU) and two large subunits (LSU). This enzyme is encoded by a multigenic family in Angiosperms. AGPase catalyses a limiting reaction of the starch synthesis pathway and has therefore been likely targeted by selection. During my PhD I studied the evolution of the AGPase multigenic family at an interspecific, during Angiosperm radiation, and at an intraspecific scale since maize domestication. In Angiosperms, a handful of sites in LSUs exhibited signs of positive selection, some of which belong to functional domains such as the interaction domain between subunits and the substrate-binding domain. In contrast, SSUs have evolved under strong selective constraints without convincing evidence of positive selection. Signs of coevolution however were detected within SSUs. In maize, AGPase is expressed mostly in the endosperm (genes SSUend and LSUend), the embryo (SSUemb and LSUemb) and the leaves (SSUleaf and LSUleaf). Using multiple neutrality statistics and accounting for demography, I have shown that the 6 paralogs have evolved under contrasted selective pressures during or after domestication including positive selection (LSUleaf, LSUend, LSUemb), balancing selection (SSUemb) and diversifying selection (SSUleaf). These results illustrate the importance of genetic redundancy in the response to selection and more generally, in species evolution

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Martin, Mélissa. "Fonction et maintien de la variabilité de la coloration ultraviolette chez les Lacertidae". Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066692.

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Les colorations corporelles ultraviolettes (UV) sont très répandues dans le règne animal cependant nos connaissances sont encore très limitées quant aux fonctions et aux mécanismes de maintien de la variabilité de ce trait. Mes travaux de thèse, menés le lézard vivipare Zootoca vivipara et le lézard des murailles Podarcis muralis, ont permis de démontrer que ces deux espèces arborent, perçoivent et utilisent les signaux visuels UV. En effet, elles présentent des ornements colorés reflétant de manière significative dans l’UV et cette réflectance UV varie fortement au sein des populations en fonction de la saison, de l’âge et du sexe des individus. Le dichromatisme sexuel dans l’UV suggère en particulier que la coloration UV puisse jouer un rôle dans la communication intra- et/ou intersexuelle. De plus, un modèle de vision simple met en évidence que le système de vision des lézards est très bien adapté pour discriminer de fines variations de réflectance UV dans l’ornementation colorée des mâles. En manipulant expérimentalement la réflectance UV des mâles lors d’interactions sociales, nous avons également trouvé que la coloration UV des mâles peut agir comme un signal de qualité individuelle. Le signal UV peut être déterminant dans la résolution des interactions mâle-mâle et constitue un critère important de le choix pré- et potentiellement post-copulatoire des femelles pour un partenaire. Ces résultats suggèrent que le signal UV peut avoir une double fonction et que la sélection sexuelle peut être une force évolutive importante dans dans le maintien de la variabilité de la coloration UV
Ultraviolet (UV) body colors are widespread in the animal kingdom however our knowledge is still very limited in terms of functions and mechanisms for maintaining the variability of this trait. During my thesis, I studied the variability of the ultraviolet component (UV) of colour ornaments in the vivipara lizard Zootoca vivipara and wall lizard Podarcis muralis, and my works have shown that these two species bear, perceive and use UV signals. Indeed, both species have colour ornaments reflecting strongly in the UV and this UV reflectance varies considerably among populations depending on the season, age and sex of individuals. Sexual dichromatism in the UV range suggests in particular that the UV colour can play a role in intra- or inter-sexual communication or both. In addition, a simple model of vision shows that the vision system of lizards is very well adaptated to discriminate small variations of UV reflectance in male colour ornamentation. By experimentally manipulating the UV reflectance of males during social interactions, we also found that male UV coloration may act as a signal of individual quality. The UV signal can be decisive in settling of aggressive interactions between males and is an important criterion for the pre- and potentially post-copulatory female choice for a partner. These results suggest that UV signal can have a dual function and that sexual selection may be an important evolutionary force in the maintenance of the variability of the UV colour

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Fyon, Frédéric. "Compétition pour la transcription et évolution de l'expression génétique chez les diploïdes". Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT131/document.

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Les séquences non-codantes régulatrices de l’expression des gènes sont tout aussi importantes pour le phénotype d’un individu que les séquences codantes. De nombreux travaux se sont attachés à identifier les forces influençant l’évolution de ces séquences non-codantes. Ici, nous théorisons une nouvelle force sélective influençant potentiellement l’évolution de certaines séquences régulatrices. En utilisant des modèles multi-locus, nous montrons que les promoteurs génétiques les plus forts (activateurs de la transcription) gagnent un avantage à voir la copie du gène qui leur est associée (située sur le même chromosome) davantage exprimée que la copie homologue, contrôlée par un promoteur homologue moins fort. La surexpression des copies associées aboutit à une meilleure purge des mutations délétères chez ces copies, et ainsi à une association génétique entre promoteurs forts et contexte génétique favorable. Si la recombinaison entre le gène et le promoteur est suffisamment faible pour que cette association persiste, la force des promoteurs est sélectionnée pour augmenter. L’escalade des forces des promoteurs ne conduit pas forcément à une surproduction de protéines : d’autres régulateurs peuvent co-évoluer pour maintenir un niveau d’expression optimal, à condition que la sélection stabilisante tolère des niveaux d’expression transitoirement sub-optimaux. En variant les modes de reproduction, nous avons montré que ce nouveau processus sélectif ne menait pas nécessairement à une escalade de la force des promoteurs. Lorsque les chromosomes sont suffisamment isolés génétiquement (peu de recombinaison, peu de fécondation croisée), la sélection pour des associations génétiques favorables mène à une divergence des chromosomes : un chromosome accumule des promoteurs forts et possède des copies viables du gène, tandis que le chromosome homologue accumule des promoteurs faibles et des mutations délétères sur le gène. Dans le cas de lignées clonales peu ou pas recombinantes, on s’attend ainsi à observer une haploïdisation de l’expression des gènes : une copie de chaque gène concerné est éteinte et dégénère. Cette divergence s’applique aussi à des chromosomes sexuels ayant cessé de recombiner : on a pu montrer que la divergence des chromosomes menait à une extinction et une dégénérescence des gènes situés sur les chromosomes Y, et à une surexpression des gènes situés sur le chromosome X. En utilisant notre modèle, on propose ainsi une nouvelle théorie pour expliquer l’évolution des chromosomes sexuels non-recombinants. Enfin, on a utilisé des données de divergence entre Mus musculus et Rattus norvegicus pour isoler un signal ne pouvant être expliqué que par une sélection positive pour des promoteurs proximaux plus forts. Ce signal est faible, mais détectable, nous permettant d’apporter une première confirmation empirique du processus d’escalade des forces des promoteurs
Non-coding sequences, that regulate gene expression, are as important as coding sequences to determine phenotypes. Many studies have identified the main forces affecting regulatory sequence evolution. Here, we theoretically identify a new selective force that may also play a role in this matter. Using multi-locus models, we show that stronger (activating more transcription) enhancers gain some benefit in having its associated gene copy more expressed than the homolog gene copy, controlled by a weaker homolog enhancer. Overexpressed gene copies are better purged from deleterious mutations, such that stronger enhancers get associated with a better genetic background. If recombination between the gene and the enhancer is low enough for this association to persist, enhancer strength selectively increases. Enhancer strength escalation does not necessarily lead to protein overproduction. Other regulators may indeed co-evolve to maintain optimal expression levels, provided that stabilizing selection allows for transitory sub-optimal expression levels. Implementing in the models different reproductive systems, we show that this new selective process does not necessarily lead to an enhancer strength escalation. When chromosomes are genetically isolated enough (little recombination, little outcrossing, selection for favorable genetic associations leads to chromosome divergence: one accumulates stronger enhancers and viable gene alleles, while the other accumulates weaker enhancers and deleterious gene mutations. For non-recombining clonal lineages, we expect gene expression to become haploid: for each gene, one copy is shut down and degenerates. Such divergence also applies to non-recombining sex chromosomes. We show that in such case, chromosome divergence leads to a shut down and degeneration of Y chromosome genes, and to an overexpression of genes located on X chromosomes. With our model, we propose a new theory to explain sex chromosome evolution after they stop recombining. Finally, we used divergence data between Mus musculus and Rattus norvegicus to find a signal that can only be explained by positive selection for stronger proximal enhancers. This signal is weak, but significant: this is the first empirical confirmation of enhancer strength escalation process we studied here

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Barthélémy, Clément. "Adaptation génétique et détection de la sélection dans le cadre d'évolutions expérimentales". Thesis, La Rochelle, 2020. http://www.theses.fr/2020LAROS013.

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L'adaptation est un concept au cœur de la théorie de l'évolution par sélection naturelle. Elle désigne à la fois le processus qui permet l'ajustement des caractères phénotypiques d'un être vivant aux conditions environnementales extérieures et l'état résultant de ce processus. Dans ce cadre, l'adaptation génétique représente l'ensemble des déterminants moléculaires de l'adaptation, c'est-à-dire l'ensemble des mécanismes permettant l'adaptation des espèces à l'échelle moléculaire. Pour étudier les procédés évolutifs à l'œuvre durant l'adaptation on peut étudier l'évolution d'une population expérimentale en réponse aux conditions imposées par l'expérimentateur (environnementales, démographiques, etc.) : c'est l'évolution expérimentale. Lorsque l'on couple ces expérimentations avec du séquençage à haut débit on obtient des données sous forme de séries temporelles permettant d'étudier l'adaptation et la sélection «en temps réel». Dans cette thèse, nous développerons un modèle de génétique quantitative permettant d'étudier la dynamique évolutive d'un caractère à seuil (représentant les caractères de résistance à des agents infectieux) lors d'une évolution expérimentale. De plus, nous développerons une méthode innovante de détection des locus sous sélection grâce à un procédé de partitionnement des données par la forme des séries temporelles. De plus, nous étudierons l'influence de mécanismes comme l'épistasie, qui représente les interactions entre plusieurs allèles à différents locus, ou la plasticité phénotypique, qui permet à des individus d'exprimer un phénotype différent tout en portant le même génotype, sur l'adaptation génétique et - a fortiori - sur l'adaptation
Adaptation is a concept at the heart of the theory of evolution by natural selection. It designates both the process which allows the adjustment of the phenotypic trait of an individual to external environmental conditions and the state resulting from this process. In this context, genetic adaptation represents all of the molecular determinants of adaptation, which means, all of the mechanisms that drives adaptation of species at the molecular level. To study the evolutionary processes during adaptation, we can study the evolution of an experimental population in response to the conditions imposed by the experimenter (environmental, demographic, etc.): this is experimental evolution. When these experiments are coupled with high-throughput sequencing, the output data (in the form of time-series) are particularly useful for the study of adaptation and selection in "real time". In this thesis, we will develop a quantitative genetic model in order to study the evolutionary dynamics of a threshold trait (representing resistance to infectious agents traits) during an experimental evolution. In addition, we will develop an innovative method for detecting loci under selection using a clustering method with a shape-based approach. In addition, we will study the influence of mechanisms such as epistasis, which represents the interactions between several alleles at different loci, or phenotypic plasticity, which allows individuals to express a different phenotype while carrying the same genotype, on genetic adaptation and - a fortiori - on adaptation

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Goulet, Adeline. "Caractérisation structurale et fonctionnelle de protéines de virus d'archées extrêmophiles : des repliements originaux et une nouvelle lignée virale". Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX22039.

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Des virus à ADN double brin infectant les Crénarchées hyperthermophiles des genres Sulfolobus et Acidianus ont été découverts dans des sources chaudes acides où la température excède les 80°C et le pH est inférieur à 3. Ces virus constituent une population virale originale radicalement différente des virus bactériens et eucaryotes. Ils présentent des morphologies inédites et plus de 70% de leurs gènes n’ont pas d’homologues viraux ou cellulaires dans les bases de données de séquences. La biologie de ces virus est très peu connue et leurs caractéristiques écologiques, morphologiques et génomiques posent des questions sur l’existence de nouveaux repliements, de mécanismes physico-chimiques inconnus dans les milieux extrêmes et sur l’origine et l’évolution des virus. La caractérisation structurale et fonctionnelle de ces protéomes est indispensable pour que ces virus nous dévoilent leurs secrets, et ceci a constitué l’objet de ma thèse. J’ai résolu la structure de six protéines par cristallographie aux rayons X. Trois protéines orphelines des lipothrixvirus Acidianus filamentous virus 1 (AFV1) et Sulfolobus islandicus filamentous virus (SIFV) présentent des repliements α/β originaux et leurs caractéristiques structurales nous ont permis de proposer des fonctions moléculaires. Deux d’entre elles seraient des protéines structurales mineures impliquées dans la formation des structures terminales des virions ; la troisième combine in vitro les activités nickase et exonucléase et serait le représentant d’une nouvelle classe de nucléases. Les deux protéines structurales majeures d’AFV1 possèdent un domaine C-terminal en « four-helix bundle » identique à celui de la protéine de capside des rudivirus, en dépit de leur très faible homologie de séquence. Ce domaine nous a permis de proposer une troisième et nouvelle lignée virale de virus à ADN double brin : la lignée des virus d’Archées filamenteux
Double-stranded DNA viruses infecting hyperthermophilic Crenarchae of the genera Sulfolobus and Acidianus have been isolated from acidic hot springs at temperature above 80°C and pHs below 3. They are radically different in their properties from viruses that infect Bacteria and Eukarya. Not only are the shapes of these viruses different to all other viruses found on Earth, but more than 70% of their putative genes do not have any homologs in other viruses or cellular life forms. The study of these viruses is still in its infancy and, due to their ecological, morphological and genomic originality, some intriguing questions are raised about their biology, their origins and possible new folds and biochemical mechanisms hidden in extreme environments. Structural and functional characterization of these proteomes is essential to decipher the secrets of these viruses, which is the aim of my thesis. I have solved the structure of six proteins by X-ray crystallography. Three ORFans of the lipothrixviruses Acidianus filamentous virus 1 (AFV1) and Sulfolobus islandicus filamentous virus (SIFV) have new α/β folds and their structural features led us to propose molecular functions. Two of them might be minor structural proteins involved in the terminal appendages of the virions; the third combines in vitro nickase and exonuclease activities and could be the representative of a novel class of nucleases. The two major structural proteins of AFV1 share a C-terminal domain, a four-helix bundle, identical to that of rudiviruses capsid protein, in spite of a very low sequence identity. This domain defines a third and novel viral lineage of double-stranded viruses: the lineage of archaeal filamentous viruses

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Bourlet, Thomas. "Détection, sélection et transmission de virus au niveau des muqueuses génitales : à propos de 3 modèles : virus de l'immunodéficience humaine, virus GBV-C/HGV et virus de l'hépatite C". Saint-Etienne, 2002. http://www.theses.fr/2002STET001T.

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Les travaux presentes dans notre These s'inscrivent dans la Thematique du groupe de recherche GIMAP -Groupe Immunite des Muqueuses et Agents Pathogenes-, a savoir l'etude des interactions entre HIV et la muqueuse sexuelle, principale voie de contamination de cet agent. Nous nous sommes d'abord attaches a developper des techniques sensibles et reproductibles de detection et de qualification de l' ARN de HIV-1 dans le plasma seminal et la salive et au sein de differentes fractions cellulaires du sperme. Nos resultats suggerent l'existence d'un compartiment seminal au moins chez certains hommes "a risque" presentant une charge virale seminale plus elevee que dans le sang ; cette compartimentation apparaît plus marquee au niveau salivaire ou l'efficacite des antiretroviraux semble reduite. En parrallele, nous avons participe a la mise en evidence d'un co-recepteur CXCR4 fonctionnel a la surface de cellules de Langerhans en culture monocouche. Des travaux sont en cours pour preciser le role de ces cellules epitheliales dans la secretion des virus presentant un tropisme pour le corecepteur CCR5 lors de la transmission sexuelle. Les outils moleculaires developpes pour la detection et la quantification de HIV-1 au niveau d'echantillons muqeux nous ont ensuite permis de nous interesser a la transmission du GBV-C/HGV par voie sexuelle. Nos travaux conduits a partir d'une population d'hommes infectes par HIV-1 ont ete parmi les premiers a suggerer une transmission sexuelle de GBV-C/HGV par l'etude de la prevalence des marqeurs seriques de ce virus ( ARN et anticorps anti-E2) et par la detection chez 4 sujets d'ARN viral dans le sperme ou la salive. Par ailleurs, nous nous sommes interesses au risque de transmission de HCV chez les couples dont l'homme est porteur chronique de ce virus et candidats a une procreation medicalement assistee (PMA), par la recherche de l'ARN viral dans les differents fractions seminales. La detection d'ARN de HCV dans le plasma seminal d'environ 12% d'entre eux ainsi que,de facon transitoire, dans la fraction spermatozoides de l'un d'eux, incite a une vigilance quant au risque potentiel de contamination par l'acte de PMA. Nous poursuivons ces recherches dans le cadre de l'AC-11 de l'ANRS, par un travail de standardisation de technique de detection de l'ARN de HCV dans le sperme, notamment par la coordination d'un controle de qualite multicentrique, et dans le cadre d'un PHRC dont l'objectif est de valider un algorithme decisionnel pour la prise en charge en PMA des couples sero-differents pour HCV.

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Quéré, Nolwenn. "Approche moléculaire de l’adaptation différentielle d'un poisson laguno-marin (Dicentrarchus labrax L.) en populations naturelles et d'élevage". Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20039.

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L'identification de marqueurs génétiques liés à des gènes permet une exploration des éventuelles corrélations existant entre leur variabilité génétique et des pressions sélectives portant sur les gènes, aussi bien dans un contexte de populations expérimentales que naturelles. Chez le loup de mer (Dicentrarchus labrax), douze locus associés à des gènes - dont quatre associés aux gènes de l'hormone de croissance (GH), la somatolactine (SL) ou l'IGF-1- et huit locus anonymes ont servi à mener une étude multi-échelle de la différenciation génétique. La structure en trois bassins connue chez cette espèce a été confirmée mais les locus liés aux gènes ont montré une différenciation significativement plus forte que les locus anonymes et impliquant des barrières aux flux géniques nucléaires supérieures à celles admises jusqu'alors. A l'échelle mer-lagune, aucune image cohérente de différenciation génétique n'a pu être obtenue. Parallèlement, une expérience d'acclimatation à l'eau douce a été réalisée. Si les individus soumis à la désalure ont subi une mortalité importante, aucune différence génétique significative n'est observée entre les individus ayant survécu au traitement et ceux restés en eau de mer, excepté pour un locus EIF3E. Ces résultats ont révélé une composante familiale liée à l'expérimentation, mais les déterminismes génétiques sous-jacents restent obscurs. L'utilisation de marqueurs liés à des gènes a permis de révéler l'implication au moins indirecte de certains de ces gènes dans la mise en place d'une structuration génétique de l'espèce, mais également dans la réponse physiologique des individus à un stress environnemental pouvant être rencontré en conditions naturelles
The identification of gene-linked genetic markers allows the exploration of potential correlations between their genetic variability and selective pressures acting on the genes in both natural and experimental populations. In Sea Bass (Dicentrarchus labrax), twelve gene-associated loci – four of them linked to Growth Hormone gene (GH), Somatolactin (SL) or IGF-1- and height anonymous loci were used in a multi-scale study of the genetic differentiation. The structure in three basins know in this species is well confirmed with gene-linked markers bearing a significantly higher differentiation than anonymous loci implying some stronger barriers to nuclear gene flow than admitted so far. At the open sea-lagoon scale, no coherent picture can be drawn from the different tests performed. A fresh water acclimation experiment was carried out in parallel. If numerous fishes in low-salt conditions died, the survivors are not genetically different from that maintained in salted water except for one locus EIF3E. These results can be partially explained by a family component but the genetic determinism is not elucidated yet. The use of gene-linked markers succeeded in revealing the involvement, at least indirect, of some of the genes in the edification of a genetic structure inside the species but also in the physiological response of the fishes to an environmental stress that can be encountered in natural conditions

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Martens, Johannes. "L' évolution des organisations biologiques : vers une théorie unifiée de la coopération et du conflit". Paris 1, 2012. http://www.theses.fr/2012PA010737.

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L'étude des organisations biologiques, des êtres unicellulaires aux entités coloniales, en passant par les organismes multicellulaires, est aujourd'hui une partie intégrante de la théorie sociale de l'évolution. Celle-ci envisage leur émergence comme le fruit d'un processus d'optimisation sous l'action de la sélection naturelle, au cours duquel les intérêts reproductifs des différentes parties sont amenés à converger et à s'intégrer au sein de différentes unités sociales de niveau supérieur. Notre travail vise à clarifier la nature de cette approche théorique, en évaluant les raisons épistémologiques du rapprochement analogique entre sélection naturelle et optimisation, et en s'interrogeant sur la fécondité conceptuelle de ce rapprochement, capital pour notre compréhension des organisations biologiques. Dans un premier temps (parties I et II), nous nous intéressons au parallèle proprement dit entre sélection naturelle et optimisation rationnelle, à partir des discussions sur l'évolution de la coopération biologique. En particulier, nous montrons que le fait d'envisager les populations naturelles sur le mode analogique de populations d'agents optimisateurs (dotés d' « intérêts » reproductifs) permet de mettre en lumière la structure causale des organisations auxquelles ceux-ci appartiennent, à la différences des seuls modèles, de la génétique quantitative et de la génétique des populations. Dans un second temps, (parties III et IV), nous formulons les conditions sous lesquelles la sélection peut générer de nouveaux niveaux d'organisation biologique, et établissons une distinction nette mais générale entre l'état de la socialité et celui de l'organismalité.

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Renaud, François. "Biologie et évolution des populations d'Helminthes parasites : le modèle Helminthes-Téléostéens". Montpellier 2, 1988. http://www.theses.fr/1988MON20127.

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L'evolution des associations interspecifiques est envisagee, dans les populations, sous la forme d'un jeu evolutif simple s'appuyant sur le principe de la theorie des jeux. Les solutions du jeu revelent l'existence de deux equilibres evolutifs bases l'un sur le conflit et l'autre sur la cooperation. Les differentes strategies que peuvent adopter les partenaires sont examinees au travers de plusieurs exemples pris dans le monde du parasitisme. La biologie et l'evolution des coupes helminthes-teleosteens sont etudiees par differentes approches: le role respectif des strategies de la reproduction et de la transmission parasitaire; les phenomenes de speciation et de specificite analyses a l'aide de trois modeles diplozoon (monogenea); bothrimonus (cestoda) et bothriocephalus (cestoda) revelent l'existence de relations etroites qui lient les couples hotes-parasites. A partir de la divergence genetique observee au niveau de 12 loci, une phylogenie de huit especes de bothriocephales (cestoda) est etablie. La comparaison de cette phylogenie a celle des especes hotes permet de discuter des concordances phylogenetiques hotes et parasites

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Romay, Gustavo. "Diversité et évolution des principaux virus infectant les cultures des cucurbitacées au Venezuela". Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM4002.

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Malgré l’importance agronomique des cucurbitacées au Venezuela et le fort impact des maladies virales sur la production, le pathosystème viral y a été peu étudié. Cinq virus ont été décrits par des travaux souvent anciens: le cucumovirus Cucumber mosaic virus (CMV), les potyvirus Papaya ringspot virus (PRSV), Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) et Watermelon mosaic virus (WMV), le comovirus Squash mosaic virus (SqMV), et un begomovirus partiellement caractérisé, le Melon chlorotic mosaic virus (MeCMV). Pour lutter contre ces agents pathogènes, il est nécessaire de bien connaître le pathosystème viral présent localement. Nous avons donc caractérisé les principaux virus provoquant des maladies sur ces cultures dans le pays, en vue de comprendre l’évolution du pathosystème et de développer des méthodes de lutte adaptées. Nos études épidémiologiques ont montré que le begomovirus MeCMV représente la principale menace sur melon et pastèque, les potyvirus ZYMV et PRSV étant la principale menace sur courge. Les isolats Vénézuéliens de ZYMV se sont révélés génétiquement homogènes et biologiquement très variables comme cela a été observé dans d'autres régions du monde. La résistance au ZYMV conférée par le gène Zym chez le melon PI 414723 est surmontée par certains isolats, alors que le concombre TGM représente une source stable de résistance au ZYMV. Les types W et P de PRSV sont présents au Venezuela, mais seul le PRSV-W été trouvé sur cucurbitacées cultivées et sauvages. Une autre souche virale, initialement appelée PRSV-T et détectée au Venezuela, constitue une espèce différente du PRSV d’après ses propriétés moléculaires et biologiques établies dans ce travail
In Venezuela, cucurbits viruses are among de major constraints for cucurbit production. Five viruses have been described infecting cucurbits in the country: Cucumber mosaic virus (CMV, Cucumovirus), Papaya ringspot virus (PRSV, Potyvirus), Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV, Potyvirus), Squash mosaic virus (SqMV, Comovirus), and Melon chlorotic mosaic virus (MeCMV, Begomovirus).The current frequency and impact of these viruses is Venezuela is not well known. In this work, the major cucurbit viruses were identified and characterized in order to estimate the viral pathosystem affecting cucurbit production in the country. The begomovirus MeCMV appears to be the major constraint for melon and watermelon production, while the potyviruses ZYMV and PRSV were the most important viruses infecting squash crops in this survey. Molecular characterisation of ZYMV isolates revealed a low genetic diversity of this virus in Venezuela. In contrast, ZYMV isolates were biologically variable as observed in several countries worldwide. Two types of PRSV, P and W, are present in Venezuela. PRSV-W is the only type naturally infecting cucurbits in Venezuela. Another type of PRSV, formerly referred as PRSV-T, was detected. Its molecular and biological characterisation revealed that it is indeed a new species related to but distinct from PRSV. Therefore, the name zucchini tigré mosaic virus (ZTMV) is proposed for this virus

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Roux, Simon. "Diversité, évolution et écologie virale : des communautés aux génotypes. Analyse bioinformatique de métagénomes viraux". Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00908344.

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Les virus sont omniprésents dans la biosphère et infectent vraisemblablement l'ensemble des êtres vivants. Au sein des écosystèmes, ils ont ainsi un impact sur la diversité des populations microbiennes, l'évolution des génomes de ces populations, et directement ou indirectement sur les cycles biogéochimiques majeurs. Leur caractère protéiforme et l'absence de marqueur unique (tant génétique que physique) font toutefois de l'exploration de la diversité virale une tâche complexe, de telle sorte que nos connaissances sur ces communautés virales environnementales sont encore très limitées. La métagénomique, ou séquençage massif et aléatoire de fragments nucléotidiques extraits d'un prélèvement, offre un point de vue unique sur les génomes viraux. Ce type d'approche, récemment développé, a ainsi mis en évidence la richesse extraordinaire des populations virales environnementales, tant du point de vue des gènes que des génotypes. C'est dans ce cadre de l'étude des communautés virales de l'environnement par métagénomique que se sont inscrits les travaux de cette thèse, organisée autour de quatre axes principaux : * Le développement de nouvelles méthodes d'analyses adaptées aux spécificités des génomes et métagénomes viraux par la mise en place du serveur web Metavir, premier serveur dédié à l'analyse des viromes. Proposant aujourd'hui un ensemble cohérent d'outils pour différents types de viromes, Metavir compte plus de 300 utilisateurs pour plus de 2000 viromes analysés. * Le potentiel fonctionnel des génomes viraux a pu être approché par l'étude conjointe d'un ensemble de viromes. Après une analyse rigoureuse des contaminations potentielles, nous avons pu confirmer que les génomes viraux comprenaient un ensemble limité mais non négligeable de gènes associés au métabolisme cellulaire. La plupart des virus agissent ainsi certainement directement sur le métabolisme de la cellule hôte durant l'infection. * La prépondérance des paramètres environnementaux, et particulièrement de la salinité, en tant que facteurs structurant les communautés virales aquatiques a également pu être mise en avant. La distance géographique entre prélèvements semble n'avoir qu'une influence secondaire, confirmant la capacité importante de dispersion des capsides virales. Une adaptation locale semble toutefois exister dans certains cas, notamment en cas de compétition importante entre les résistances développées par les hôtes et les capacités d'infection des virus. * Enfin, différentes familles de petits virus à ADN simple brin ont pu être caractérisées par une méta-analyse de viromes. Leur apparente simplicité a ainsi révélé des mécanismes d'évolution plus complexes que prévus, impliquant différents cycles et capacités de transfert de gènes jusqu'ici plutôt considérés comme l'apanage des virus à ADN double brin, et remettant en cause les séparations admises entre les différents groupes de virus sur la base de la nature de leur génome. En permettant une étude depuis l'échelle de la communauté jusqu'à des génotypes spécifiques, les viromes constituent des outils de choix pour caractériser la diversité virale, appréhender les différents facteurs régulant ces communautés, et ainsi mieux comprendre la place des virus dans la biosphère. De plus, ces études ont confirmé l'existence d'interactions étroites entre virus et organismes cellulaires, ces interactions semblant nombreuses, multiples dans leurs natures et conséquences, et présentes tout au long de l'histoire du vivant. Ces nouvelles connaissances apportées par l'analyse de viromes permettent donc d'aborder certaines questions fondamentales concernant l'origine des grandes innovations évolutives ou le fonctionnement global des écosystèmes.

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Bellecave, Pantxika. "Sélection et caractérisation d'aptamères inhibiteurs de l'ARN polymérase ARN dépendante du virus de l'hépatite C". Bordeaux 2, 2005. http://www.theses.fr/2005BOR21289.

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Resumen

L'infection par le virus de l'hépatite C (VHC) est un problème majeur de santé publique. Le traitement actuel n'étant efficace que dans 50 % des cas, le développement de nouveaux traitements anti-VHC est nécessaire. L'ARN polymérase ARN dépendante (RdRp) du VHC est une cible de choix puisqu'elle est nécessaire à la réplication du virus. En utilisant une stratégie combinatoire (SELEX), nous avons sélectionné des aptamères ADN se fixant à la RdRp du VHC. Parmi ces aptamères, 3 présentaient un effet inhibiteur sur la réplication in vitro. Pour 2 d'entre eux, la capacité à se fixer et à inhiber la RdRp a été associée à leur région variable. Ces 2 aptamères, qui présentent des structures secondaires différentes, inhibent spécifiquement la RdRp du VHC par des mécanismes distincts : alors que l'un inhibe l'élongation de la synthèse d'ARN, l'autre agit principalement sur l'initiation. Leur effet sur la réplication dans un contexte cellulaire a aussi été étudié dans le système réplicon
Hepatitis C (HCV) infection is a major health problem worldwide. The current therapy is not effective for half of treated patients thus, the development of new and specific drugs are urgently needed. Among the viral functions essential for viral replication, one of the most attractive targets for the development of drugs is the RNA dependant RNA polymerase (RdRp). Using a combinatorial approach (SELEX), DNA aptamers which bind specifically the HCV RdRp were selected. Three of these aptamers are able to inhibit the RNA synthesis in vitro. The binding and the inhibitory potential of 2 of these aptamers were associated with the random region. These aptamers, which display different secondary structures, inhibit specifically HCV RdRp by 2 distinct mechanisms : one is able to inhibit elongation whereas the other acts predominantly on initiation. The effect of the aptamers on HCV replication in a cellular context was studied with replicon system

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Bellec, Laure. "Les virus de mamiellales (Prasinophyceae) : abondance, diversité et interactions coévolutives". Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066341.

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Resumen

Les virus jouent un rôle important dans la régulation des populations phytoplanctoniques mais relativement peu de données existent sur leur distribution, leur diversité génétique, la structure de leurs populations et leurs relations évolutives. Nous proposons d’approfondir ces questions en étudiant un système hôte-virus formé par les microalgues Prasinophyceae et leurs virus Phycodnaviridae. Les prasinophytes sont ubiquistes et dans ce groupe les genres Bathycoccus, Ostreococcus et Micromonas (ordre des Mamiellales) sont les plus abondants en milieu marin. Deux cent vingt-cinq nouvelles souches virales provenant de huit hôtes différents ont été isolées, caractérisées et un fragment du gène de leur ADN polymérase (ADN pol) a été amplifié. Nous avons analysé l’abondance des virus d’O. Tauri dans deux environnements différents (étang et mer) pendant une période de deux ans. Un gradient dans la concentration virale a été observé, et l’analyse du polymorphisme nucléotidique de la polymérase virale suggère une structure différente des populations entre l’étang et la mer, en supportant l’hypothèse d’une grande diversité parmi les virus infectant une seule souche d’hôte. Au cours d’une recherche à grande échelle géographique, les virus d’O. Tauri ont seulement pu être détectés dans le Golfe du Lion contrairement aux virus d’O. Lucimarinus présents dans différentes régions océaniques de l’océan mondial. Les analyses phylogénétiques ont montré que les virus des trois genres de prasinophytes forment un groupe monophylétique appelé «Prasinovirus» au sein de la famille des Phycodnaviridae. Les arbres phylogénétiques des hôtes (basé sur l’ADNr 18S) et de leurs virus (ADN pol) ont été reconstruits, et leur congruence a été estimée afin de rechercher de la cospéciation entre hôtes et virus. Ces analyses, associées à des tests de spécificité, suggèrent la présence de coévolution dans ce système hôte-virus.

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Toubon, Jean-François. "Variabilité géographique, valeur adaptative et sélection du caractère diapause nymphale estivale dans des populations européennes de Mamestra brassicae Linneus : Lepidoptera, Noctuidae". Aix-Marseille 3, 1991. http://www.theses.fr/1991AIX3A005.

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Afrache, Hassnae. "Prédiction de la fonction des butyrophilines par l'étude de leur évolution et de leur variabilité génétique". Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5032.

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Resumen

Dans le cadre de cette thèse nous nous sommes intéressés à l'étude de l'évolution et de la variabilité génétique de la famille des butyrophilines (BTN), des récepteurs de la superfamille des immunoglobulines impliqués dans la régulation de la réponse immunitaire. Par une étude phylogénétique approfondie nous avons caractérisé chez les mammifères 14 groupes phylogénétiques résultant d'une série de duplications à partir de huit gènes ancestraux à la base des thériens. Par la suite, nous avons étudié l'évolution des BTN de la région CMH chez les primates et leur variabilité génétique dans les populations humaines par une analyse minutieuse des données de séquençage générées du projet 1000 Genomes pour plus de 1600 individus à travers le monde. Nous avons montré que l'évolution du gène BTNL2 est marquée par une pression de sélection positive diversifiante chez les mammifères qui est accompagnée chez les hominoïdes d'un niveau de polymorphisme élevé induisant la formation de variants tronqués de BTNL2. Chez l'homme, quatre lignages d'allèles ont été identifiés. Ils ont été maintenus à des fréquences intermédiaires par une forte sélection balancée. D'autre part, l'analyse phylogénétique détaillée du groupe BTN3 (BTN3A1, 3A2 et 3A3) a montré la présence d'une évolution concertée, caractérisée par une homogénéisation forte et récurrente de la région codant pour le peptide signale et le domaine IgV chez les hominoïdes, au cours de laquelle les séquences de 3A1 et 3A3 sont remplacées par la séquence de 3A2. Chez l'homme, ces gènes sont polymorphismes important avec plus de 46 allèles chacun, mais avec la présence d'une homogénéisation extrême des séquences du domaine IgV
In this thesis we were interested in studying the evolution and the genetic variability of the butyrophilin family (BTN), a family of immune receptors belonging to the immunoglobulin superfamily implicated in the regulation of immune response. Through a thorough phylogenetic study of the family we characterized 14 phylogenetic groups in mammals resulting from a series of duplications from eight ancestral genes at the base of therian. Thereafter, we studied the evolution of the BTN of the MHC region and their genetic variability in human populations by a careful analysis of sequencing data generated by the consortium 1000 Genomes for more than 1,600 individuals representing 26 populations worldwide. We have shown that the evolution of BTNL2 gene is marked by a positive diversifying selection in placental mammals. This selection pressure is accompanied in hominoids of a high level of polymorphism inducing the formation of truncated BTNL2 variants. In humans this high level of polymorphism results in the presence of four ancient allele lineages that are maintained at intermediate frequencies by a strong balancing selection. On the other hand, a detailed phylogenetic analysis of BTN3 group (BTN3A1, 3A2 and 3A3) showed that these genes evolve in hominoids in a concerted manner characterized by a strong and recurrent homogenization of the regions encoding for the peptide signal and the IgV domain in which the 3A1 and 3A3 sequences are replaced by the 3A2 sequence. In humans these genes are polymorphic with over 46 alleles each, but with the presence of extreme homogenization of IgV domain sequences

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Serres-Giardi, Laurana. "Diversité et évolution des paysages nucléotidiques des plantes". Thesis, Montpellier, SupAgro, 2012. http://www.theses.fr/2012NSAM0045/document.

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Le paysage nucléotidique – la manière dont la composition nucléotidique varie le long du génome – est une caractéristique marquante de l'organisation des génomes et varie fortement entre espèces. Plusieurs hypothèses émergent des nombreux débats autour des mécanismes évolutifs à l'origine de ces hétérogénéités du taux de GC, parmi lesquelles la conversion génique biaisée vers G et C (BGC) et la sélection sur l'usage du code (SUC). La BGC est un processus neutre associé à la recombinaison qui favorise les allèles en G ou C au détriment des allèles en A ou T. La SUC est une force de sélection qui favorise les codons dits « préférés », ceux dont la traduction serait la plus efficace. Contrairement à ceux des vertébrés, les paysages nucléotidiques des plantes sont peu connus. La plupart des études ont été consacrées au génome d'Arabidopsis thaliana, pauvre en GC et homogène, et à celui du riz, riche en GC et hétérogène. Le contraste entre ces deux génomes a souvent été généralisé comme une dichotomie entre dicotylédones et monocotylédones, mais cette vision est clairement phylogénétiquement biaisée.Les objectifs de ce travail de thèse sont de caractériser les paysages nucléotidiques des angiospermes à une large échelle phylogénétique et de mieux comprendre quels sont les mécanismes évolutifs jouant sur l'évolution de ces paysages nucléotidiques. Comment varient les paysages nucléotidiques le long de la phylogénie des angiospermes ? SUC et BGC façonnent-elles ces paysages nucléotidiques ? Les différents taxons sont-ils affectés avec la même intensité ?Pour répondre à ces questions, j'ai utilisé une approche de génomique comparative basée sur l'analyse de données EST chez plus de 230 espèces d'angiospermes et de gymnospermes. L'exploration des paysages nucléotidiques de ce large éventail de plantes a montré que les patrons d'hétérogénéité des paysages nucléotidiques suivent un continuum le long de la phylogénie, avec des groupes particulièrement riches et hétérogènes en GC, les graminées par exemple. Mes résultats suggèrent que les paysages nucléotidiques des plantes pourraient avoir été façonnés par la BGC et, dans une moindre mesure, par la SUC. Des épisodes indépendants d'enrichissement et d'appauvrissement en GC ont vraisemblablement eu lieu au cours de l'évolution des plantes, et pourraient être expliqués par des variations d'intensité de ces mécanismes. En utilisant une prédiction du degré d'expression des EST, j'ai également mis en évidence une diversité dans les codons préférés entre espèces. Les préférences d'usage des codons se sont révélées plus labiles au cours de l'évolution pour les codons des acides aminés au code quatre et six fois dégénéré. J'ai pu lier l'évolution des préférences d'usage des codons à l'évolution de la composition nucléotidique des génomes. Mes résultats suggèrent que la composition en base des génomes, affectée en partie par la BGC, orienterait la coévolution entre préférence d'usage du code et ARNt
The nucleotide landscape – the way base composition varies along a genome – is a striking feature of genome organization and is highly variable between species. The evolutionary causes of such heterogeneity in GC content have been much debated. Biased gene conversion towards G and C (BGC) and selection on codon usage (SCU) are thought to be main forces. BGC is a neutral process associated with recombination favouring G and C alleles over A and T ones. SCU is a selection process favouring the so-called “preferred” codons, i.e., those whose translation is the most efficient. Contrary to vertebrates, plant nucleotide landscapes are still poorly known. Most studies focused on the GC-poor and homogeneous Arabidopsis thaliana genome and on the GC-rich and heterogeneous rice genome. The contrast between these two genomes was often generalized as a dicot/monocot dichotomy but this vision is clearly phylogenetically biased.The objectives of this study are to characterize angiosperm nucleotide landscapes on a wide phylogenetic scale and to better understand the evolutionary mechanisms acting upon the evolution of nucleotide landscapes. To what extent do nucleotide landscapes vary across angiosperm phylogeny? Are nucleotide landscapes shaped by BGC and SCU? Are taxa affected with the same intensity?To tackle these issues, I used a comparative genomic approach relying on EST data analysis on over 230 angiosperm and gymnosperm species. Through the nucleotide landscape survey for such a wide range of species I found a continuum of GC-heterogeneity patterns across phylogeny, some taxa such as Poaceae being strikingly GC-rich and heterogeneous. My results suggest that nucleotide landscapes could have been shaped by BGC and, to a lesser extent, by SCU. GC-content enrichment and impoverishment are likely to have occurred several times independently during plant evolution and could be explained by intensity variations of BGC and SCU. Using a proxy for EST expression level, I also characterized the diversity of preferred codons between species. Codon usage preferences were shown to be evolutionarily more unstable for four- and six-fold degenerate codon families. Finally, I could link the evolution of codon usage preferences to the evolution of genome base composition. My results suggest that genome base composition, partially shaped by BGC, seems to drive the coevolution between codon usage preferences and tRNAs

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Grard, Gilda. "Génomique et évolution des flavivirus transmis par les tiques et découverte d'un nouveau lignage du genre flavivirus". Aix-Marseille 2, 2006. http://www.theses.fr/2006AIX20679.

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Zane, Linda. "Réplication du virus HTLV-1 et phénotype lymphocytaire : implication dans l’apoptose". Thesis, Lyon 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LYO10317.

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HTLV-1 est l’agent étiologique de la leucémie/ lymphome T de l’adulte (ATLL). In vivo, ce virus infecte les lymphocytes T CD4+ et CD8+. Cependant, l’ATLL est presque toujours de phénotype CD4+. HTLV-1 se réplique essentiellement par expansion clonale des cellules T infectées. Cette expansion clonale repose sur deux mécanismes distincts dépendants du phénotype lymphocytaire : HTLV-1 induit la mise en cycle des lymphocytes T CD4+ et la résistance à l’apoptose des lymphocytes T CD8+. En plus d’une prolifération accrue, les cellules T CD4+ infectées in vivo présentent des ponts interchromatiniens caractéristiques d’une instabilité génétique. Ainsi, l’infection par HTLV-1 établit un phénotype préleucémique restreint aux lymphocytes T CD4+ infectés. Les objectifs de ma thèse étaient de comprendre les évènements moléculaires et cellulaires qui sous-tendent l’expansion clonale des cellules T CD4+ et CD8+ au cours de l’infection par HTLV-1. Dans un premier temps, dans l’hypothèse d’un effet général de l’infection sur l’expansion clonale des cellules T infectées et non infectées, nous avons comparé les effets d’une infection in vitro à ceux observés dans des lymphocytes T CD4+ et CD8+ issus d’individus infectés depuis plus de 6 à 26 ans. Cette étude nous a permis de montrer que les interactions directes virus-cellules sont suffisantes pour entraîner une résistance des lymphocytes T CD8+ à l’apoptose mais pas pour l’établissement d’un phénotype préleucémique des lymphocytes T CD4+ in vivo. Dans un deuxième temps, nous avons mis en évidence que les lymphocytes T CD8+ infectés in vivo résistent à l’apoptose médiée par Fas. La surexpression du gène antiapoptotique cIAP-2 mais pas celle de c-FLIP(L) est impliquée dans la résistance à l’apoptose médiée par Fas des lymphocytes T CD8+ infectés et donc dans leur expansion clonale
HTLV-1 is the etiological agent of Adult T-cell Leukemia/Lymphoma (ATLL). In vivo this virus infects CD4+ and CD8+ T lymphocytes yet ATLL is regularly of the CD4+phenotype. HTLV-1 mainly replicates via the clonal expansion of infected cells. Clonal 3 expansion relies on two distinct mechanisms with respect to the T-cell phenotype: HTLV-1 recruits CD4+ infected T cells into the cell cycle while preventing cell death in CD8+ infected T cells. Furthermore, infected tax-expressing CD4+ lymphocytes display morphological changes characteristic of genetic instability. Therefore, HTLV-1 infection establishes a Tax-dependent CD4+-restricted preleukemic phenotype. The objectives of my work were to investigate the molecular and cellular events that underlie clonal expansion of CD4+ versus CD8+ T cells upon HTLV-1 infection. We hypothesized that the infection could have consequences on both infected and uninfected T cells. Therefore, we first compared the effects of a recent experimental infection performed in vitro with those observed in cloned T cells from patients infected since > 6-26 years. Our findings suggest that the sole virus-cell interactions are sufficient for the resistance to apoptosis in CD8+infected T lymphocytes but not enough for the establishment of a CD4+-restricted preleukemic phenotype in vivo. Next, we evidenced that the CD8+ infected T cells resist to Fas-mediated cell death. Finally, cIAP-2 but not c-FLIP(L) overexpression in these cells appears involved in apoptosis resistance of CD8+ infected T cells and thereby in their clonal expansion

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Pélissié, Benjamin. "Sélection sexuelle et hermaphrodisme : approche expérimentale quantitative chez le gastéropode d'eau douce Physa acuta". Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20238.

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La théorie de la sélection sexuelle a été largement élaborée à partir du constat de dimorphisme sexuel chez les espèces à sexes séparés. Une de ses caractéristiques générales est une sélection plus forte pour l'augmentation du nombre de partenaires sexuels chez les mâles que chez les femelles qui résulterait d'un investissement différentiel dans les descendants entre les deux sexes (anisogamie). Si hermaphrodisme et sélection sexuelle sont considérés comme compatibles depuis les travaux de Charnov (1979), les études sur le sujet restent rares que ce soit chez des animaux ou des plantes. Une raison importante est que la méthodologie disponible pour quantifier la sélection sexuelle ne prend pas en compte les particularités des hermaphrodites (par ex., corrélations ou effets croisés entre les deux fonctions sexuelles d'un même individu, autofécondation). Le premier objectif de cette thèse est de combler cette lacune méthodologique en proposant un cadre travail adapté aux hermaphrodites, que nous appliquons dans une étude empirique chez Physa acuta, un gastéropode hermaphrodite d'eau douce. Nous observons que la sélection sexuelle est plus intense sur la fonction mâle, comme généralement chez les espèces gonochoriques. Par ailleurs, nous ne détectons aucun effet des particularités des hermaphrodites dans cette expérience. Dans un deuxième temps, nous nous intéressons de manière plus détaillée aux composantes du succès reproducteur mâle (RSm). Nous montrons que chez P. acuta il existe une priorité spermatique au premier partenaire mâle lorsque plusieurs individus sont en compétition. Enfin, nous proposons une décomposition de la variance de RSm en ses composantes pré- et post-copulatoires, qui représentent respectivement 60 et 40% de la variance. Dans la troisième partie, nous intégrons la sélection sexuelle à l'étude de l'évolution de l'allocation sexuelle d'un hermaphrodite, via une approche d'évolution expérimentale chez P. acuta. Menée sur plus de 10 générations, elle vise à faire évoluer l'allocation sexuelle de manière disruptive (lignées mâle ou femelle) en sélectionnant les composantes mâle et femelle du succès reproducteur. Les résultats préliminaires suggèrent qu'il est possible de manipuler l'allocation sexuelle chez un hermaphrodite simultané en sélectionnant sur son régime d'appariement. Nous concluons que l'anisogamie suffit à justifier l'existence de la sélection sexuelle sans avoir à supposer un dimorphisme sexuel. Son étude chez les hermaphrodites simultanés ouvre des perspectives pour la compréhension du rôle de l'allocation sexuelle dans l'évolution des systèmes de reproduction
A cornerstone of the theory of sexual selection in gonochoric species is sexual dimorphism. A very general result is stronger selection on males than on females for increasing mating success, and this fundamentally relies on differential investment in offspring between the sexes (anisogamy). Although sexual selection does operate in hermaphroditic species as well, few empirical studies have been performed whether in animals or in plants. The main reason is that the current framework for studying sexual selection does not incorporate the particularities of hermaphrodites, including correlations or cross-sex effects between sex functions and self-fertilization. The first goal of this thesis is to fill this gap by proposing an appropriate framework for hermaphrodites (generalizing that available for gonochoric species). It was applied to approach sexual selection in the hermaphroditic freshwater gastropod Physa acuta. Sexual selection turns out to be stronger on the male than on the female function, as classically observed in gonochorists. Moreover, we do not detect any effect in relation to hermaphrodites' particularities. We then focus on the components of male reproductive success (RSm) in more details. We detect a pattern of sperm precedence in conditions of sperm competition. We develop a new method for decomposing the variance in RSm into pre- and post-copulatory components (representing 60 and 40% of the variance respectively). The third section aims at integrating sexual selection in studies of sex allocation and its evolution. It relies on a protocol of experimental evolution in P. acuta. Conducted over more than 10 generations. Its aim is to observe the evolution of sex allocation by disruptively selecting male and female components of reproductive success. Preliminary results indeed suggest that it is possible to manipulate sex allocation in a simultaneous hermaphrodite by manipulating its mating system. We conclude that anisogamy alone is a sufficient condition for sexual selection to proceed, and that sexual dimorphism is not required. Study sexual selection in simultaneous hermaphrodites gives insights for understanding the role of sex allocation in the evolution of mating systems

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Knibbe, Carole. "Structuration des génomes par sélection indirecte de la variabilité mutationnelle : une approche de modélisation et de simulation". Phd thesis, INSA de Lyon, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00482375.

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A long terme, le succès évolutif d'une lignée ne dépend pas seulement de la valeur adaptative de ses fondateurs. Il dépend également de la capacité des descendants à transmettre le génotype ancestral sans mutation délétère, tout en découvrant parfois des mutations favorables. Un niveau intermédiaire de variabilité mutationnelle peut donc être, de fait, indirectement sélectionné. En simulant, à l'aide d'un modèle individu-centré, l'évolution de génomes soumis à la fois à des mutations locales et à des réarrangements chromosomiques, nous montrons que la structure du génome est un levier d'ajustement du degré de variabilité : le nombre de gènes et, de façon plus surprenante, la quantité de non codant s'ajustent en fonction du taux de mutation et de l'impact moyen des mutations géniques, maintenant ainsi un niveau constant de variabilité mutationnelle. L'émergence de ces couplages surprenants suggère que les génomes ne sont pas seulement façonnés par les biais mutationnels et les coûts sélectifs directs, mais aussi, à plus long terme, par des pressions plus indirectes.

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Yalcindag, Erhan. "Origine, adaptation et évolution de Plasmodium falciparum dans un nouvel environnement : L’analyse d’une espèce invasive". Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20121/document.

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Résumé : La biologie évolutive permet de comprendre et de retracer l'origine des espèces ou des populations, de comprendre leurs dispersions dans différentes zones et d'analyser les différentiations résultant de ces évolutions. L'invasion biologique et les espèces envahissantes en général sont de bons modèles pour étudier et comprendre l'adaptation à de nouveaux environnements. Plasmodium falciparum, un protozoaire parasite agent du paludisme, a envahit de nouvelles populations hôtes et de nouvelles espèces de vecteurs à plusieurs reprises. Notre objectif était d'étudier (i) l'introduction, l'origine et la distribution de P. falciparum dans des environnements radicalement différents : dans une nouvelle aire géographique tout d'abord (en Amérique du Sud) puis dans une nouvelle espèce hôte (chez les primates) et (ii) de déterminer les gènes potentiellement impliqués dans l'adaptation à ces nouveaux environnements. Ces questions ont été abordées à travers différentes approches réunissant des analyses de génétique des populations, de phylogéographie ainsi que des analyses phylogénétiques. Les résultats obtenus démontrent pour la première fois que, P. falciparum a été introduit par l'homme au moins à deux reprises en Amérique du Sud à partir de l'Afrique. Cette thèse a aussi permis de démontrer pour la première fois que ce parasite circule naturellement chez les primates non-humains. L'analyse des patrons de sélection sur des gènes candidats jouant un rôle dans l'invasion des hématies par le parasite a été réalisée afin de déterminer si des évolutions adaptatives particulières avaient opérées sur ces gènes dans ces nouveaux environnements. L'ensemble de nos résultats démontrent que P. falciparum peut être considéré comme une espèce envahissante et que ce parasite n'est en fait pas spécifique à l'homme. L'ensemble de notre travail nous a permis d'avancer dans la connaissance de ce modèle biologique en termes de stratégie d'émergence ou de réémergence dans différents environnements. Nos résultats soulignent les changements qui ont opéré dans la distribution géographique et l'émergence du spectre d'hôte utilisé par P. falciparum au cours de son histoire évolutive passée et présente ce qui peut laisser craindre d'autres évolutions à l'avenir.Mots clés : Invasion biologique, espèce invasive, parasite, origine, adaptation, sélection, maladies émergente, Plasmodium falciparum, Amérique du Sud, génétique des populations, phylogéographie, marqueurs moléculaires, singes
Abstract: The evolutionary biology allows to understand and to trace the origin of species or populations, to understand their dispersions in different areas and analyse the resulting differentiation of these developments. The biological invasion and invasive species, in general, are good models to study and understand the adaptation to new environments. Plasmodium falciparum, a protozoan parasite, agent of the malaria, invades a new host and new vector species at several times. The objective of this thesis was to analyse (i) introduction, origin and distribution of P. falciparum in radically different environments; first, a new geographical area (South America); second, a new host species (in primates); and (ii) identify genes potentially involved in adaptation to new environments. I addressed these questions using different approaches, including population genetics, phylogeographic analyses, and also phylogenetic analyses. The results demonstrate for the first time, P. falciparum has been introduced by humans at least twice in South America from Africa. This thesis has also demonstrated for the first time that this parasite circulates naturally in nonhuman primates. The analysis of the patterns of the selection on candidate genes play a role in the invasion of erythrocytes by the parasite was performed to determine if adaptive evolutions were occur on these specific genes in these new environments. Overall, our results demonstrate that P. falciparum can be considered an invasive species and that parasite is not specific to humans. All of our work allowed us to advance in the knowledge of the biological model in terms of strategy emergence or reemergence in different environments. Our results highlight the changes that have taken place in the geographical distribution and the emergence of host range used by P. falciparum during its evolutionary history, past and present which may raise concerns of other developments in the future. Keywords : Biological invasion, invasive species, parasite, origin, adaptation, selection, emerging infectious diseases, Plasmodium falciparum, South America, population genetics, phylogeography, molecular markers, apes

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Daubech, Benoît. "Évolution expérimentale d'un symbiote de légumineuse : étude des facteurs génétiques et des forces de sélection qui favorisent ou non l'évolution du mutualisme". Thesis, Toulouse 3, 2019. http://www.theses.fr/2019TOU30338.

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Resumen

La symbiose qui s'établit entre les légumineuses et les bactéries appelées rhizobia est un processus complexe qui aboutit à la formation d'un nouvel organe végétal, le nodule, dans lequel les bactéries internalisées (bactéroïdes) fixent l'azote atmosphérique au profit de leur hôte. Les rhizobia ne constituent pas un groupe taxonomique homogène. Ils appartiennent à une quinzaine de genres dispersés au sein des α- and ß-protéobactéries. Les rhizobia auraient évolué à partir du transfert horizontal de gènes essentiels à la symbiose, suivi d'une réorganisation du génome d'accueil sous pression de sélection de la plante permettant une activation et/ou optimisation du potentiel symbiotique acquis. Ce scénario évolutif a été reproduit en laboratoire par une approche d'évolution expérimentale. Le plasmide symbiotique du symbiote de Mimosa pudica, Cupriavidus taiwanensis LMG19424, a été introduit dans la bactérie pathogène de plante Ralstonia solanacearum GMI1000. A partir de cette bactérie chimère 18 lignées parallèles ont été évoluées par des cycles successifs d'inoculation à M. pudica et ré-isolation des bactéries des nodules. Après 16 cycles d'évolution, trois observations ont été faites : i) les bactéries évoluées ne fixent pas l'azote et l'évolution vers le mutualisme n'est donc pas achevée à ce stade, ii) un gène de fonction inconnue semble important pour l'infection intracellulaire, et iii) les mutations permettant l'acquisition et/ou l'amélioration de l'infection des cellules du nodule semblent également améliorer la nodulation. Afin d'identifier les conditions favorables à l'émergence du mutualisme dans l'expérience d'évolution et potentiellement dans la nature, nous avons analysé la dynamique spatio-temporelle de deux sous-populations quasi isogéniques de C. taiwanensis, l'une fixatrice d'azote (Fix+) et l'autre non fixatrice (Fix-), au cours du processus symbiotique avec M. pudica. Nous avons observé une dégénérescence précoce et sélective des Fix-, y compris lorsqu'ils partagent un même nodule avec des Fix+, et établit la cinétique d'expansion des Fix+ au cours du temps. A partir d'un modèle mathématique et de validations expérimentales, nous avons prédit que de rares Fix+ envahiraient une population majoritairement Fix- au cours de cycles successifs de nodulation avec une probabilité fonction de la taille initiale de l'inoculum, du nombre de plantes inoculées et de la longueur des cycles. Par la suite nous avons étudié le rôle d'un gène du plasmide symbiotique de C. taiwanensis, dont la délétion dans l'une des lignées était responsable d'un défaut d'infection intracellulaire. Nous avons montré que ce gène, appelé noeM, est un gène de nodulation impliqué dans la biosynthèse de facteurs Nod atypiques où le sucre réducteur est ouvert et oxydé. noeM est principalement détecté dans des isolats de plantes appartenant à la tribu des Mimoseae, et particulièrement chez les souches capables de noduler M. pudica. Les gènes noeM forment un clade phylogénétique à part et spécifique des rhizobia. Un mutant ΔnoeM de C. taiwanensis s'est avéré affecté pour la nodulation de M. pudica, confirmant son rôle dans la symbiose avec cette légumineuse. Enfin, l'analyse cytologique détaillée de l'infection racinaire de M. pudica par C. taiwanensis et quelques souches de R. solanacearum portant une mutation adaptative de l'infection intracellulaire a été initiée, afin d'analyser l'impact de ces mutations sur les étapes symbiotiques précoces
The symbiosis between legumes and bacteria, known as rhizobia, is a complex process resulting in the formation of a novel plant organ, the nodule, in which internalized bacteria (bacteroids) fix nitrogen to the benefit of the host plant. Rhizobia do not form a homogeneous taxonomic group. They belong to a dozen of genera scattered within α- and ß-proteobacteria. Rhizobia may have evolved from horizontal transfer of key symbiotic genes, followed by genome remodeling under plant selection pressure, allowing the activation and/or optimization of the acquired symbiotic potential. This evolutionary scenario is being replayed in the laboratory using an experimental evolution approach. The symbiotic plasmid of the Mimosa pudica symbiont, Cupriavidus taiwanensis LMG19424, was introduced into the plant pathogen Ralstonia solanacearum GMI1000. 18 parallel lineages were derived from this chimeric ancestor using serial cycles of inoculation with M. pudica and re-isolation of bacteria from the nodules. After 16 cycles of evolution, three observations were done: i) the evolved bacteria do not fix nitrogen and evolution towards mutualism is not completed, ii) a gene of unknown function seems to be involved in intracellular infection and iii) the mutations that allow and/or improve intracellular infection also improve nodulation capacity. To determine conditions that favor the emergence of mutualism in the laboratory and possibly in nature, we analyzed the spatio-temporal dynamics of two quasi-isogenic sub-populations of C. taiwanensis, one nitrogen-fixing (Fix+) and the other not (Fix-), along their symbiotic process with M. pudica. We observed an early degenerescence of Fix- bacteroids, even when they share a nodule with Fix+, and established the kinetics of Fix+ expansion along time. Using mathematical modeling and experimental validations, we predicted that rare Fix+ will invade a population dominated by non-fixing bacteria during serial nodulation cycles with a probability that is function of initial inoculum, plant population size and nodulation cycle length. Then, we studied the role of a C. taiwanensis symbiotic plasmid gene, whose deletion in one lineage was responsible of intracellular infection defect. We showed that this gene, called noeM, is a novel nodulation gene involved in the biosynthesis of atypical Nod factors where the reducing sugar is open and oxidized. noeM was mostly found in isolates of the Mimoseae tribe, especially in all strains able to nodulate M. pudica. The noeM genes form a separate phylogenetic clade containing only rhizobial genes. A noeM deletion mutant of C. taiwanensis was affected for the nodulation of M. pudica confirming the role of noeM in the symbiosis with this legume. Last, we initiated the detailed cytological analysis of M. pudica root infection by C. taiwanensis and a few strains bearing adaptive mutations for intracellular infection, in order to analyze the effect of these mutations on early symbiotic stages

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Lopez, Marie. "Sélection naturelle et adaptation aux changements rapides de pressions environnementales chez l'Homme". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2018. http://www.theses.fr/2018SORUS605.

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Resumen

Au cours de son histoire évolutive récente, l’homme a colonisé de nouveaux environnements, adopté différents modes de vie et connu des fluctuations démographiques considérables. Cependant, les mécanismes d’action de sélection naturelle qui ont accompagné les variations de ces contraintes sélectives restent à caractériser. Dans ce contexte, l’étude des données de séquençage d’exomes et de données de génotypage de 600 individus chasseurs-cueilleurs Pygmées et agriculteurs non-Pygmées, répartis dans 14 populations, nous ont permis d’évaluer (1) l’impact des changements démographiques récents de ces populations sur l’efficacité de la sélection négative dans leur génome et (2) d’identifier les mécanismes de sélection positive et les fonctions biologiques à l’origine de l’adaptation des Pygmées aux contraintes environnementales propres à leur habitat. Nos résultats ont mis en évidence l’absence de différences dans l’efficacité de la sélection purificatrice des populations Pygmées et non-Pygmées malgré leurs histoires démographiques différentes, en considérant un modèle de dominance additif et récessif, ainsi que le rôle bénéfique du métissage sur la réduction du fardeau de mutations délétères récessives. De plus, nos résultats suggèrent que des gènes impliqués à la fois dans la régulation des processus immunitaires et les voies métaboliques reliées à l’insuline pourraient être sous sélection polygénique convergente chez les différentes populations de Pygmées d’Afrique Centrale. En conclusion, ce travail contribue à une meilleure compréhension des mécanismes de sélection naturelle négative et positive qui façonnent la diversité génétique des populations humaines
Throughout their recent evolutionary history, humans have colonized various ecological habitats, adopted different lifestyles and experienced massive demographic changes. However, the mechanisms of natural selection acting on the genome during periods of changes in selective constraints remain to be characterized. In this context, the study of exome sequences and genotyping data from 600 Pygmy rainforest hunter-gatherers and non-Pygmy farmers from 14 populations have allowed us to (1) evaluate the impact of their recent demographic changes on the efficacy of negative selection in their genomes and (2) identify the mechanisms of positive selection and the biological functions involved in the adaptation of Pygmies to their environments. Our results show that, despite their opposite recent demographic histories, Pygmy and non-Pygmy populations exhibit no differences in their additive and recessive mutational loads, and highlight the beneficial role of admixture on reducing the burden of recessive deleterious mutations. In addition, our results suggest that genes involved in both the regulation of immunity and metabolic pathways related to insulin are under convergent polygenic selection in several Pygmy populations from central Africa. To conclude, this works contributes to the better understanding of mechanisms of negative and positive natural selection in shaping the human genetic diversity

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Fournier, Gérald. "Évolution et civilisation : report des pressions sélectives, émancipation et ‘technosymbiose’ : de l’anthropologie de Charles Darwin à l’économie évolutionniste étendue". Thesis, Lyon 1, 2010. http://www.theses.fr/2010LYO10237.

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Le processus sélectif est-il nié, persistant ou dialectiquement réalisé dans la civilisation ? De ce problème, deux thèses générales se dégagent : (1) celle de l’épuisement de la sélection naturelle, la société humaine témoignant d’une véritable émancipation vitale et (2) celle d’un report des pressions de sélection, le système de contraintes sélectives demeurant effectif. En fait, cette interrogation se trouve esquissée dès l’« anthropologie » de Charles Darwin (1871), sujette encore à débats, notamment sur l’existence du darwinisme social de ce dernier, forme, justement, de report des pressions de sélection. Face à la thèse de l’incohérence doctrinale de cette « anthropologie », qui légitime malgré elle qu’on fasse tout dire de Darwin, on proposera une cohérence articulée autour du concept de sympathie et des effets combinés de la sélection, de la culture et de l’habitude. Ensuite, il s’agira de proposer une théorie de l’émancipation vitale, mêlant report des pressions de sélection et émancipation par procès ‘technosymbiotique’, néologisme au lien fort avec la cultural niche construction (Odling-Smee). Prendre la civilisation comme une niche écologique, la culture comme un paramètre, résoudra une bonne part des problèmes théoriques et de ce dualisme identitaire qu’on retrouve si souvent dans notre approche de l’homme et de sa société. La réflexion sur la civilisation nous conduira à nous interroger sur le biotope économique, comme marque essentielle et originale de notre niche écologique. Notre émancipation biologique côtoie ainsi le maintien du système de contrainte sélectionniste, dans un biotope, dès lors, de plus en plus biomimétique
Is the selective process irrelevant, does it persist, or is it dialectically achieved in civilization? Two general theses arise from this question: (1) either the progressive extinction of natural selection, human society thus witnessing a genuine vital emancipation or (2) the persistence of selection pressures, the system of selective constraints thus remaining effective. In fact, this question was outlined in 1871 with Charles Darwin’s “anthropology”; his anthropology and notably his social Darwinism, a form of displacement of selection pressures continue to be debated today. Confronted with the thesis of the doctrinal inconsistency of this “anthropology” which allows Darwin’s words to be interpreted at will, we shall put forward a form of coherence based on the concept of sympathy and the combined effects of selection, culture and habits. We shall then put forward a theory of vital emancipation that combines the persistence of selection pressures and emancipation via a technosymbiotic process, a neologism similar to cultural niche construction (Odling-Smee). Considering civilization as an ecological niche and culture as a parameter will solve most theoretical problems, notably related to the identity dualism associated with a conventional approach to man and society. Our reflection on civilization will lead us to focus on and investigate into the economic biotope understood as an essential and specific feature of our ecological niche. Following this approach, man’s biological emancipation coexists with a system of selectionist constraint in a biotope that is, as a consequence, increasingly biomimetic

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Liégeois, Florian. "Diversité génétique et histoire naturelle des virus de l'immunodéficience simienne". Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20035.

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Les virus de l'immunodéficience simienne infectent une grande variété de primates non humains en Afrique. Deux de ces virus, le SIVcpzPtt du chimpanzé (Pan troglodytes troglodytes) et le SIVsmm du mangabé enfumé (Cercocebus atys), ont été transmis à l'Homme à de multiples occasions et ont respectivement généré l'apparition des différents groupes de virus de l'immunodéficience humaine (VIH) de type 1 et de type 2. A ce jour, les humains restent exposés à ces virus. L'objectif principal de cette thèse est d'identifier et de caractériser de nouveaux lentivirus chez trois nouvelles espèces simiennes : le Miopithecus talapoin (SIVtal) au Cameroun, les colobes rouges d'Afrique de l'Ouest (SIVwrcPbt et Pbb) et chez le colobe olive (SIVolc) dans le parc national de la forêt de Taï en Côte d'Ivoire et ce, afin d'approfondir nos connaissances sur l'histoire évolutive de lentivirus de primate et d'évaluer la prévalence de ces infections chez les colobes rouges de la forêt de Taï en Côte d'Ivoire. L'analyse phylogénétique des génomes complets de ces virus a mis en évidence qu'ils représentaient de nouvelles lignées lentivirales. Cependant les SIVtal sont plus proches des lentivirus infectant les singes du genre Cercopithecus et partagent avec ces derniers des motifs fonctionnels spécifiques à ce groupe de virus. Nous avons également montré que les colobes rouges en Afrique de l'Ouest sont les hôtes naturels du SIVwrc et qu'ils sont apparentés au SIVolc isolé chez le colobe olive. Plus généralement, les SIVwrc et SVolc sont également apparentés aux virus de la lignée lhoest et l'ensemble de ces virus présente une histoire commune avec le SIVcol, isolé chez un Colobus guereza au Cameroun, sur la partie 5' du gène pol. Nous présentons aussi la première étude d'épidémiologie moléculaire des SIVwrc dans une population de colobes rouges sauvages, lesquels sont fréquemment chassées par les populations humaines et par les chimpanzés (Pan troglodytes verus). Nous avons montré un taux minimal de prévalence des infections lentivirales de 26 % chez ces animaux. L'ensemble de nos résultats souligne, une fois de plus, la complexité de l'histoire naturelle et de l'évolution des lentivirus de primates et nous avons montré que les colobes rouges d'Afrique de l'Ouest sont les hôtes naturels du SIVwrc. Par ailleurs, les associations polyspécifiques observées entre les colobes rouges et d'autres espèces simiennes, la pression de chasse exercée par les chimpanzés et les braconniers autour et dans le parc pourraient mener à des transmissions inter-espèces du SIVwrc entre les singes mais également entre les singes et l'Homme. Ces résultats illustrent la nécessité de conduire des campagnes de surveillance des microorganismes qui infectent les primates non humains et seraient susceptibles de franchir les barrières d'espèces menant à l'émergence de nouveaux agents infectieux dans les populations humaines en Afrique
Simian immunodeficiency viruses (SIVs) are found in an extensive number of African primates. It is now well established that SIVs from chimpanzees (Pan troglodytes troglodytes) in West central Africa and from sooty mangabeys (Cercocebus atys) in West Africa are the progenitors of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) and HIV-2, respectively. To date humans continue to be exposed to these viruses by hunting and handling primate bushmeat. In this thesis, we aimed to identify and characterize full-length genome of new SIVs in three different primate species: Miopithecus talapoin (SIVtal) from Cameroon and captive animals, Western red colobus (SIVwrcPbb and SIVwrcPbt) from West Africa (Senegal and Côte d'Ivoire) and olive colobus from the Taï forest national park in Côte d'Ivoire, in order to further document the natural history of primate lentiviruses and to evaluate the SIV prevalence within the Western red colobus from the Taï forest in Côte d'Ivoire. Phylogenetic analyses of full-length genomes of these viruses confirmed that each of them represents a new SIV lineage. We observed a significant clustering of the SIVtal lineage with the Cercopithecus-specific SIVs and SIVtal and Cercopithecus-specific SIVs share functional motifs specific of these viruses. We also showed that western red colobus are the natural hosts of SIVwrc and that SIVolc, isolated from an olive colobus, is related to SIVwrc. Overall, SIVwrc and SIVolc are related to the SIV from Lhoest lineage and are related to the divergent SIVcol isolated from mantled guereza in Cameroon, in the 5'part of the pol gene. We also present the first molecular epidemiological survey of simian immunodeficiency virus (SIVwrc) in wild-living western red colobus monkeys which are frequently hunted by the human population and represent a favourite prey of western chimpanzees (Pan troglodytes verus). We showed a minimal prevalence of 26% among the individuals sampled. Overall, these results highlight once more the complexity of the natural history and evolution of primate lentiviruses. We showed that wild-living red colobus represent a substantial reservoir of SIVwrc. Moreover, because of their frequent association with other monkey species, the predation pressure exerted by chimpanzees (Pan troglodytes verus) and by poachers around and inside the park, simian to simian and simian to human SIVwrc cross-species transmission cannot be excluded illustrating the need for surveillance of primate pathogens and their cross-species transmissions in this part of Africa and elsewhere

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Caumont, Anne. "La levure Saccharomyces cerevisiae, un nouvel outil pour l'étude de l'intégrase de VIH-1, et pour la sélection d'inhibiteurs spécifiques". Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR28664.

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Thézé, Julien. "Diversification et adaptation génomique des virus entomopathogènes". Thesis, Tours, 2013. http://www.theses.fr/2013TOUR4006.

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Resumen

À différentes échelles de temps, le but de ma thèse a été de comprendre l'évolution des virus entomopathogènes à travers l’étude de la diversification et de l’adaptation génomique de grands virus à ADN d’insectes. Dans un premier temps, j’ai pu estimer les âges de diversifications des baculovirus et des nudivirus, et proposer un scénario de coévolution à long terme entre ces virus et leurs hôtes insectes. Puis, me plaçant sur une échelle de temps moindre, j’ai montré que les hôtes insectes sont le facteur principal de la diversification des baculovirus, et de façon surprenante, j’ai également observé que l'environnement biotique de ces virus, c’est-à-dire les plantes hôtes des insectes, joue un rôle central dans leur évolution. Dans un second temps, des mutations ponctuelles ont pu être reliées à l’adaptation locale de populations différentiées du baculovirus SeMNPV. Enfin, l’étude de l'adaptation génomique convergente entre les entomopoxvirus et les baculovirus a mis en évidence que les transferts horizontaux de gènes sont une source importante de variabilité pour les grands virus à ADN, pour l'adaptation aux mêmes niches écologiques. Les gènes et les mécanismes identifiés dans ce travail de thèse apportent des éléments nouveaux pour comprendre comment les génomes sont façonnés par l’écologie
At different timescales, the purpose of my PhD was to understand insect virus evolution through the study of the genomic diversification and adaptation of insect large DNA viruses. Firstly, I was able to estimate the ages of baculovirus and nudivirus diversifications, and to propose a long-term coevolutionary scenario between these viruses and their insect hosts. Then, on a narrower timescale, I showed that insect hosts are the major factor in baculovirus diversification, and surprisingly, I also observed that the virus biotic environment, i.e. insect host plants, plays a central role in their evolution. Secondly, punctual mutations have been linked to the local adaptation of differentiated populations of the baculovirus SeMNPV. Finally, the study of convergent genomic adaptation between entomopoxviruses and baculoviruses highlighted that horizontal gene transfers are an important source of variability for large DNA viruses, for the adaption to the same ecological niches. Genes and mechanisms identified in this PhD work provide new insights to understand how genomes are shaped by ecology

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Skrabal, Katharina. "Evolution du tropisme cellulaire du VIH-1 in vivo : effet de la pression de sélection pharmacologique et immunologique". Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077183.

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Eriani, Gilbert. "Aminoacyl-tRNA synthétases et tRNA : études fonctionnelles, structurales et génétiques d'une famille de molécules essentielles pour l'expression du code génétique". Habilitation à diriger des recherches, Université Louis Pasteur - Strasbourg I, 2001. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00266855.

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Resumen

Depuis 1991, année de mon recrutement au CNRS, mon activité de recherche est centrée sur l'étude d'une famille d'enzymes intervenant dans la biosynthèse protéique : les aminoacyl-tRNA synthétases. Mon travail s'est articulé autour de l'étude de leur organisation fonctionnelle et de la compréhension des bases moléculaires de la reconnaissance spécifique entre ces enzymes et leurs substrats. Des approches multidisciplinaires (biologie moléculaire, biochimie, cristallographie aux rayons X, enzymologie et génétique) ont été mises en œuvre pour une exploration globale de ces problèmes. Nous avons pu progresser dans la connaissance de deux enzymes modèles : l'aspartyl-tRNA synthétase et l'arginyl-tRNA synthétase, deux enzymes appartenant respectivement à la classe II et à la classe I des aminoacyl-tRNA synthétases. Nous avons localisé les sites de fixation des différents substrats, proposé des mécanismes catalytiques et sélectionné in vivo des variants d'aminoacyl-tRNA synthétases et de tRNAs aux propriétés de reconnaissance modifiées.

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Nguyen, Quang Nam. "Utilisation du séquençage à haut débit pour la sélection et l'ingénierie des aptamères". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS238.

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Le SELEX est une technique d’évolution moléculaire dirigée qui permet, après plusieurs tours de sélection, d’enrichir une banque d’acides nucléiques en séquences capable de se lier de manière spécifique à une cible. Le séquençage est utilisé pour identifier ces séquences que l’on nomme « aptamères ». Depuis l’arrivée récente du séquençage à haut débit (HD), il est possible d’analyser des millions de séquences. L’objectif de la thèse était de développer des méthodes pour traiter et analyser les données de séquençage HD afin de faciliter l’identification des meilleurs aptamères d’un SELEX. Au cours de cette thèse, un test robotisé de liaison sur cellules adhérentes vivantes a été mis au point pour mesurer l’affinité d’aptamères issus de SELEX ciblant des cellules (cell-SELEX). Puis, l’évolution de l’abondance des séquences d’un cell-SELEX a été analysée par séquençage HD. Ceci nous a permis de concevoir une nouvelle approche phylogénétique baptisée FREDROGRAM. Cette approche évolutive a permis d’identifier des mutants avec une meilleure affinité au sein d’une famille d’aptamères issu de ce cell-SELEX. Enfin, le séquençage HD de deux SELEX dirigés contre des protéines a contribué à mieux comprendre l’impact des paramètres de sélection sur la population de séquences et à identifier de nouveaux aptamères, notamment en réduisant le nombre de tours de SELEX. En conclusion, ces travaux montrent l’utilité du séquençage HD pour l’identification des meilleurs aptamères et suggèrent de nouvelles pratiques pour la conduite des SELEX futurs
SELEX is a directed molecular evolution technic which allows, after several rounds of selection, enriching a library from random nucleic acids to sequences able to bind specifically a target. Sequencing technics are then used to identify these sequences called « aptamers ». Since the arrival of High-Throughput Sequencing (HTS), it is now possible to analyse millions of sequences. The aim of the thesis was to develop methods for the treatment and the analysis of HTS data, in order to facilitate the identification of the best aptamers inside a SELEX. During this thesis, a semi-automatic binding test on adherent living cells has been developed to measure the affinity of aptamers identified in SELEX directed against specific cells (cell-SELEX). Then, the evolution of the sequence enrichment during a cell-SELEX has been analysed by HTS. This analysis gave us the possibility to design a new phylogenetic approch named FREDROGRAM. This evolutive approch allowed to identify variants of an aptamer’s family with a better affinity. Finally, HTS of two SELEX directed against proteins has contributed to a better understanding of the impact of selection parameters on the library and to identified new aptamers, notably by reducing the number of SELEX rounds. To conclude, this work shows the importance of HTS in the identification of the best aptamers and suggests new protocols to monitor the next SELEX in a different manner

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Aubry, Maite Tepoe. "Epidémiologie moléculaire, évolution et diversité génétique intra-hôte du virus de la Dengue dans les Etats insulaires du Pacifique Sud". Polynésie française, 2012. http://www.theses.fr/2012POLF0003.

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Le virus de la dengue (DENV) évolue constamment sous l’effet de contraintes inhérentes à l’hôte et au contexte de transmission. Nous nous sommes proposés d’analyser l’évolution génétique du DENV à différents niveaux de divergence évolutive : à l’échelle inter-hôtes, dans le contexte régional Pacifique Sud et les contextes locaux des Etats insulaires ; et à l’échelle intra-hôte, au cours de l’infection chez l’Homme. A travers l’analyse du génome de près de 500 souches de DENV collectées au cours des 25 dernières années dans les Etats insulaires du Pacifique Sud et montré l’existence de voies préférentielles de distribution du virus entre les EIPS. De plus, nous avons mis en évidence la fixation de mutations dans le génome viral, signatures de l’impact des contextes régionaux et locaux sur l’évolution génétique du DENV. A travers l’analyse des séquences clonales du gène d’enveloppe (E) complet de souches de DENV-4 issues d’échantillons de sang veineux et de sang capillaire collectés durant 3 jours consécutifs chez plusieurs patients, nous avons montré qu’à tous les niveaux de divergence évolutive, le sérotype 4 présente une variabilité génétique plus faible que les trois autres. Au niveau intra-hôte, nous avons observé que la diversité génétique virale évolue au cours de l’infection et est plus faible dans le sang capillaire. Nos résultats corroborent l’hypothèse d’une réplication virale active à proximité des capillaires sanguins de la peau et démontrent l’existence d’un impact de la réponse immune sur la structure de la population virale au cours de l’infection
Dengue virus (DENV) is constantly evolving as a result of constraints inherent to the host and the context of transmission. We proposed to analyze the genetic evolution of DENV at different levels of evolutionary divergence: at inter-hosts level, in the regional context of the South Pacific and local contexts of the island countries; and at intra-host level, during infection in human. By analyzing the genome of nearly 500 DENV strains collected over the past 25 years in the South Pacific Island countries (SPICs), we identified South-East Asia as the major source of viral introduction in the South Pacific and showed the existence of preferential pathways of virus distribution between SPICs. Moreover, we revealed the fixation of mutations within the viral genome, signatures of the impact of regional and local contexts on the genetic evolution of DENV. Through the analysis of clonal sequences of the complete envelope (E) gene of DENV-4 strains obtained from venous and capillary blood samples collected during 3 consecutive days in several patients, we showed that at all levels of evolutionary divergence, the sereotype 4 displays lower genetic variability than the three others. At intra-host level, we observed that the viral genetic diversity evolves during infection and is lower in capillary blood. Our results support the hypothesis of an active viral replication in the vicinity of blood capillaries of the skin and show the existence of an impact of the immune response on the structure of the viral population during infection

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Schull, Quentin. "Sexual selection, social selection and individual quality : underlying mechanisms and ultimate consequences of ornamentation in a monomorphic species, the King penguin (Aptenodytes patagonicus)". Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ110/document.

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Depuis 157 ans et la publication originelle de la théorie de l’évolution par sélection naturelle de Charles Darwin, ce concept n’a cessé d’évoluer. Un principe fondamental suggère que des traits handicapants aient évolués dans la mesure où ils informent de manière honnête les congénères sur la qualité intrinsèque du porteur. Le manchot royal est un modèle exceptionnel permettant de tester la valeur sélective de ce signal dans un contexte sexuel et social (non-reproductif). Mes résultats suggèrent que l’apparition et le maintien de certains de ces traits au cours de l’évolution se sont opérés sous l’influence de la sélection sexuelle et d’un choix mutuel du partenaire, tandis que d’autre, non contraint par la condition fluctuante de l’individu, aurait évolué sous l’influence de la sélection sociale. Ce travail de recherche participe à la compréhension des mécanismes impliqués dans l’évolution de signaux coûteux, et à la nature des bénéfices ultimes que ces traits procurent
Darwin’s seminal theory of evolution by means of natural selection, first published 157 years ago, has been in constant refinement ever since. The production and maintenance of extravagant ornaments is widely suggested to evolve by conspecific preference providing information on individual intrinsic quality in sexual contexts or on individual social quality in non-reproductive contexts. The king penguin is a monomorphic bird species and an outstanding model to study ornament evolution. My results show that those ornaments are partly condition-dependent, and reliable traits that may be used to assess the quality of a potential sexual partner, implying that their evolution and maintenance is partly determined by sexual selection. On the other hand, some traits remained condition-independent in their production, suggesting that the cost associated with their expression was deferred over time and the evolution of those ornaments likely shaped by non-sexual social selection

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Vabret, Astrid. "Coronavirus humains hors-SARS-CoV : veille virologique et étude épidémiologique moléculaire du coronavirus OC43". Caen, 2006. http://www.theses.fr/2006CAEN2012.

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Cinq coronavirus infectent l’homme : HCoVs 229E, OC43, NL63, HKU1 et SARS-CoV. Parmi eux, trois ont été identifiés récemment : le SARS-CoV en 2003, le HCoV-NL63 en 2004, et le HCoV-HKU1 en 2005. Les coronavirus humains (hors SARS-CoV) sont responsables d’infections respiratoires aiguës; ils possèdent également un tropisme digestif et neurologique. Des méthodes de détection et de caractérisation moléculaires ont été développées pour les HCoVs (hors SARS-CoV). Elles ont permis de mettre en évidence une épidémie d’infections respiratoires à HCoV-OC43, la circulation et la diversité génétique des HCoVs NL63 et HKU1. La diversité génétique des HCoV-OC43 a été particulièrement étudiée. L’analyse moléculaire et phylogénique du gène S1 de 7 HCoV-OC43 a montré une grande diversité génétique inter-souches. Nous avons pu mettre en évidence une distribution en quasi-espèces de HCoV-OC43 dans un contexte d'infection respiratoire aiguë. Il existe une importante hétérogénéité virale au sein d’une même population HCoV-OC43. La mise en évidence de ces quasi-espèces permet une meilleure compréhension de l’évolution des coronavirus et de leur capacité pour franchir les barrières d’espèces, s’adapter à leur nouvel hôte, et établir des infections persistantes
Five human coronaviruses have been identified: HCoVs 229E, OC43, NL63, HKU1 and SARS-CoV. Among them, three have been found very recently: SARS-CoV in 2003, HCoV-NL63 in 2004, and HCoV-HKU1 in 2005. Human coronaviruses (except for SARS-CoV) mainly cause acute respiratory tract illnesses. They are also involved in enteric and neurological diseases. We have developed molecular methods to detect and characterize the HCoVs (except for SARS-CoV). These methods allow us to identify an outbreak of HCoV-OC43 respiratory infections, as well as the circulation and the genetic diversity of HCoVs NL63 and HKU1. The genetic diversity of HCoV-OC43 has been the foc us of more elaborate studies. The molecular and phylogenetic analysis of the S1 gene of seven HCoV-OC43 strains has shown a great inter-strain genetic diversity. We have demonstrated the quasispecies organization of the HCoV-OC43 viral population in a context of acute respiratory infection. The intra-strain genetic heterogeneity is very important. The demonstration of quasispecies distribution of HCoV-OC43 could provide a better understanding of the evolution of coronaviruses, especially their capacity to jump species barriers, to adapt to their new host, and to establish persistent infections

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Pueyo, Sophie. "Histoire naturelle et évolution sous traitement d'adultes infectés par le virus de l'immunodéficience humaine de type 2 en France". Bordeaux 2, 2004. http://www.theses.fr/2004BOR21188.

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Resumen

L'infection par le VIH-2 est différente de l'infection par le VIH-1 par sa moindre pathogénicité, mais les raisons ne sont pas clairement identifiées. Cette thèse aborde l'infection par le VIH-2 chez les adultes en France, s'appuyant sur les données recueillies dans le cadre d'une étude de cohorte prospective ouverte de patients infectés, initiée en 1994. Le travail présente l'analyse des données recueillies sous différents aspects. Les patients sont tout d'abord décrits sur le plan clinique, épidémiologique et immuno-virologique. Une étude de l'évolution clinique et des facteurs prédictifs de la progression de la maladie est ensuite présentée. La troisième partie aborde les traitements antirétroviraux avec une étude des effets secondaires des traitements, en particulier lipodystrophies et anomalies métaboliques, une analyse de l'incidence des événements cliniques selon le statut thérapeutique, et une analyse de la réponse immunologique et virologique sous trithérapie d'analogues nucléosidiques
The HIV-2 infection is different from HIV-1 infection in its least pathogenicity, but the reasons are not clearly identified. This thesis is about the HIV-2 infection in adults in France, based on the data collected within an ongoing prospective cohort study of infected patients, initiated in 1994. This work presents the analysis of the collected data under various aspects. First the patients are described on clinical, epidemiological and immuno-virological aspects. Then, a study of the predictive factors of clinical progression of the disease are presented. The third part tackles about the antiretroviral treatments with a study about the side effects of the treatments, in particular lipodystrophy and metabolic abnormalities, an analysis of the incidence of clinical events according to the therapeutic status, and an analysis of the immunological and virological response after starting a triple nucleosidic analogs combination treatment

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Collet, Marie. "Évolution et mécanismes d’évitement de la consanguinité chez un hyménoptère parasitoïde Venturia canescens". Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1338/document.

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Resumen

La consanguinité est connue par les biologistes pour diminuer la valeur sélective des individus en diminuant par exemple leur survie ou leur fertilité. De ce fait, la sélection naturelle devrait favoriser l'apparition de comportements permettant l'évitement des accouplements entre apparentes pour limiter les conséquences néfastes dues à la dépression de consanguinité. Cette dépression de consanguinité est particulièrement visible chez les Hyménoptères avec un système de détermination du sexe appelé single-locus Complementary Sex Determination (sl-CSD), où elle amène à la production de males diploïdes non viables ou stériles. Mon travail de thèse a ainsi consiste à étudier le phénomène d'évitement d'accouplements entre apparentes dans des populations naturelles d'un hyménoptère parasitoïde avec sl-CSD, Venturia canescens, ainsi que des signaux utilisés par les femelles pour déterminer l'apparentement qu'elles ont avec les individus qu'elles rencontrent. Nous avons d'abord étudié le lien unissant type d'habitat (continental, iles ou laboratoire), diversité génétique et production de males diploïdes dans 11 populations de V. canescens. En effet, un cadre théorique nomme "Vortex d'extinction du aux males diploïdes" prédit une corrélation négative entre isolations des populations, diversité génétique et production de males diploïdes pouvant amener à l'extinction de populations d'Hyménoptères. Nous avons ainsi démontré une corrélation négative entre diversité génétique et production de males diploïdes dans les populations isolées de V. canescens. Ensuite, il a été montré précédemment que les femelles de cette espèce étaient capables de discriminer les males qui leur étaient apparentes et d'éviter les accouplements entre apparentes en laboratoire. Nous nous sommes ainsi intéressés à ce phénomène d'évitement d'accouplement entre apparentes dans des populations naturelles grâce au génotypage de 450 individus du terrain et leur descendants. Nous avons montré que les femelles toléraient les accouplements entre apparentes sur le terrain ainsi qu'en laboratoire en présence de plusieurs males, nous permettant de mettre en lumière l'importance des conditions environnementales sur le choix du partenaire sexuel. Nous nous sommes enfin concentrés sur le système de reconnaissance des apparentes au niveau mécanistique en étudiant les signaux chimiques utilisés par les femelles pour reconnaitre leurs apparentes dans deux contextes écologiques différents, le choix du partenaire sexuel et l'évitement du superparasitisme lors de la ponte. Nous avons ainsi montré des similitudes entre les compositions chimiques de ces deux signaux mais aussi qu'ils n'étaient pas interchangeables entre les deux contextes écologiques étudiés. Au final, les résultats obtenus apportent un nouvel éclairage sur les conditions nécessaires à l'apparition d'un évitement d'accouplements entre apparentes dans des populations naturelles ainsi que sur les signaux utilisés lors de la reconnaissance de parentèle chez un hyménoptère parasitoïde
Inbreeding is well known by biologists to lower the fitness of individuals by or example decreasing survival or fertility. Therefore, natural selection should favour behaviours preventing the reproduction of genetically-related individuals or mitigating harmful consequences, called inbreeding depression. Inbreeding depression is particularly visible in Hymenoptera with a sex-determination system called single-locus Complementary Sex Determination (sl-CSD), where it leads to the production of diploid males that are either unviable or sterile. My PhD work has thus been devoted to the study of sib-mating avoidance in natural populations of a parasitoid with sl-CSD, Venturia canescens, and to understand the cues used by females recognize their kin. We first studied the link between habitat type (continental, island or captive), genetic diversity and diploid male production in 11 V. canescens populations. Indeed, a theoretical framework called "Diploid male extinction vortex" predict a negative correlation between populationsâ€™ isolation, genetic diversity and diploid male production that could lead to the extinction of hymenopteran populations.We actually showed a negative correlation between genetic diversity and diploid male production in isolated populations. Previous studies have furthermore demonstrated kin discrimination and sib-mating avoidance by V. canescens females in the laboratory. We therefore studied the sibmating avoidance behaviour in natural populations of this species by genotyping more than 450 wild individuals and their offsprings. We demonstrated that females tolerated inbreeding in the wild as well as in the laboratory when several males were present. We highlighted the importance of environmental conditions on mate choice. At last, we were interested in the kin recognition system and researched the chemical cues used by females in two ecological contexts, mate choice and superparasitism avoidance. This allowed us to identify similarities in the composition of the two chemical signals and that they were not interchangeable between the two studied ecological contexts. In the end, the results we obtained shed new light on the necessary conditions for the apparition of sib-mating avoidance in natural populations, as well as on the cues used for kin recognition in a parasitoid

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Tesis sobre el tema "Sélection et évolution du virus"

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