Literatura académica sobre el tema "Résistance aux fongicides – Viticulture"

L’agriculture représente l’un des principaux piliers de l’économie brésilienne, son importance étant liée à la sécurité alimentaire et à la création d’emplois. Cependant, il est nécessaire d’avoir une réflexion critique sur la durabilité de la plantation. Parmi les différents types de cultures, la tomate s’est démarquée comme l’un des fruits les plus plantés et les plus consommés au monde. Cet article propose une évaluation comparative entre trois types de plantation de tomates: conventionnelle, biologique et durable (TOMATEC®), de la préparation du sol à la commercialisation sur le marché. Les travaux ont été menés dans le nord de l’état de Rio de Janeiro, en collaboration avec des groupes qui produisent les fruits dans ces trois types de plantation. La méthodologie était basée sur un questionnaire non structuré, avec des réponses gratuites, appliqué aux agriculteurs de la région. Nous pensons que cette étude contribuera à l’orientation de la société à travers des données issues de critères sérieux de traitement de l’information. Les principaux résultats ont montré, à travers le système de plantation durable de EMBRAPA (innovation), qu’il est possible d’utiliser des pesticides avec une conscience environnementale et de produire des fruits sans résidus. Les maladies, dans le système conventionnel, sont contrôlées par l’application de fongicides et de bactéricides. En plantation durable, un mélange de détergent maison avec de l’huile de soja, de la bouillie bordelaise, du lait de vache, des fongicides de contact et des fongicides systémiques est utilisé, et dans le système de production biologique, il est courant de ne pas laisser la maladie s’installer dans la plante, grâce à un contrôle préventif. de préparation et de protection des sols. Dans la lutte antiparasitaire, le système conventionnel effectue l’application d’insecticides composés de divers principes actifs. Dans le système biologique, le contrôle des insectes est privilégié en équilibrant le sol, ce qui permet aux plantes d’acquérir une plus grande résistance aux maladies et aux ravageurs. Dans le système durable, il n’y a pas de traitement préventif, mais curatif. Les prix du marché des fruits pour la plantation conventionnelle fluctuent et dépendent de l’offre, tandis que les tomates issues de systèmes biologiques et durables ne fluctuent pas. La production biologique n’a pas la capacité installée pour répondre aux demandes du marché. Avec cela, le système durable gagne de la place sur le marché et se développe dans le sud-est et le sud du pays.

La pourriture grise causée par le champignon phytopathogène Botrytis cinerea, omniprésent et très polyphage, a clairement un impact dans de nombreuses régions en raison de la large gamme d'hôtes y compris la vigne (Vitis vinifera L.), causant de graves dommages dépassant 10 à 100 milliards de dollars dans le monde. Les fongicides chimiques, qui sont la mesure la plus importante pour assurer un rendement adéquat, restent la méthode la plus courante pour lutter contre la pourriture grise. Cependant, malgré la diversité des produits utilisés, des cas de résistance sont détectés. Aussi, la lutte chimique a révélé des effets néfastes sur l'environnement et la santé du consommateur ce qui a remis en cause son application. Pour y remedier, des méthodes de lutte alternatives en l’occurrence l'efficacité des agents de lutte biologique a été étudiée avec un grand succès. Ainsi, l’objectif de notre étude portera sur l'utilisation de bactéries bénéfiques pour lutter contre la pourriture grise de la vigne. La rhizosphère de la vigne est riche en microorganismes qui présentent de fortes aptitudes dans la lutte biologique contre les maladies des plantes. Dans la présente étude, l’isolement de microorganismes bénéfiques a été réalisé sur des plantes de vigne saines. Quarante deux bactéries ont été isolées de différents sols rizosphériques échantillonnés dans les principaux vignobles de la région de Meknès au Maroc (Latitude 33.75989, Longitude -5.43909). Le test d’antagonisme in vitro des différents isolats envers B. cinerea a révélé que parmi l’ensemble des isolats testés les souches S3, S4, S5 et S6 ont montré un résultat positif. Ces isolats inhibent la croissance du B. cinerea. Les quatres souches ont été identifiées par l’étude des caractères biochimiques et l’analyse phylogénétique des séquences du gène de l’ARNr 16S. Les résultats des analyses ont montré que les souches bactériennes retenues ont été apparentées aux espèces, du genre Bacillus, suivantes : S3 : B. velezensis ; S4 : B. velezensis ; et S5 : B. halotollerans. L’isolat S6 a été classé dans le genre Enterobacter et identifié comme étant E. cloacae. Le test d’antagonisme effectuén planta sur des vitroplants de vigne indique que les quatres rhizobactéries réduisent de façon plus ou moins significative, (59 %, 39 %, 55 %, et 17 %, respectivement), les symptômes de la maladie et réduisent les dommages de l’activité photosynthétique (PSII) dus à l’attaque de B. cinerea. Cette étude a permis de révéler que les souches du genre Bacillus et Enterobacter isolées de la rhizosphère de la vigne pourraient être utilisées comme agents de lutte biologique dans la protection de la vigne
The gray mold caused by Botrytis cinerea has a devastating impact on various economically important crops, including grapevine (Vitis vinifera L.), with annual economic losses exceeding10 to 100 billion dollars worldwide. Currently, pesticides remain the main method used to reduce the incidence of this phytopathogenic fungus. However, in addition to emergence of multidrug resistance, chemicals must be increasingly restricted in order to limit their impact on the environment and human health. Thus, in recent years, biological protection is gaining renewed interest. Therefore, the aim of our project is the development of new biotechnologies allowing the grapevine to better resist pathogenic pressures, through the use of beneficial microorganisms. The rhizosphere is a rich source of microorganisms with strong abilities in the biocontrol of plant diseases. In the present study, isolation of plant beneficial microorganisms was carried out on healthy plants. A total of 42 micro-organisms were isolated from different rhizospheric semi-arid soils collected in vineyards of Meknes in Morocco (Latitude 33.75989, Longitude -5.43909). The in vitro antagonism test of the various isolates towards B. cinerea evealed that among all the isolates tested the strains S3, S4, S5 and S6 showed a positive result. These isolates inhibit the growth of B. cinerea. The four strains were identified by the study of biochemical characters and phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences. The results of the analyzes showed that the bacterial strains retained were related to the following species, of the Bacillus genus: S3: B. velezensis; S4: B. velezensis; and S5: B. halotollerans. Isolate S6 was classified in the genus Enterobacter and identified as E. cloacae. The antagonism test carried out in planta on vine vitroplants indicates that the four rhizobacteria reduce significantly (59%, 39%, 55%, and 17%, respectively), the symptoms of the disease and reduce damage to photosynthetic activity (PSII) due to attack by B. cinerea. This study revealed that strains of the genus Bacillus and Enterobacter isolated from the rhizosphere of the vine could be used as biological control agents in the protection of the vine

Apres avoir isole et identifie 284 levures a partir de raisins et de mouts de fronton, margaux, gaillac et cahors, l'auteur en a teste une partie vis-a-vis de sept fongicides et cinq insecticides, par la determination de leur concentratio minimale inhibitrice a l'aide de la methode des dilutions en milieu solide. Le mancozebe, tres utilise contre le mildiou, le black-rot et l'excoriose, s'est montre le plus influant parmi les fongicides testes. Les insecticides, le penconazole et le soufre, par contre, se sont reveles inoffensifs. Differents essais en fermenteur de petite echelle simulant les conditions nologiques, ont confirme l'action inhibitrice du mancozebe sur la fermentation de saccharomyces cerevisiae. Quelques souches de saccharomyces cerevisiae resistantes a ce produit ont ete selectionnees. Leur concentration minimale inhibitrice, apres traitement par le bromure d'ethidium, a diminue sur milieu solide et en fermenteur. Parmi ces mutants homothalliques, quelques-uns ont ete croise avec une souche sauvage haploide par fusion de protoplastes. Les cellules filles obtenues ont perdu leur resistance sur milieu solide. Leur profil de croissance et de metabolisme en fermenteur, etait similaire a celui des parents sauvages. L'information genetique mitochondriale est donc impliquee dans le mecanisme de resistance de saccharomyces cerevisiae vis-a-vis du mancozebe. Mais il semble que celui-ci soit du a une interaction entre genes mitochondriaux et nucleaires

Notre étude vise à déterminer le rôle de la reproduction sexuée d’Uncinula Necator dans l’évolution de la résistance de ce parasite aux fongicides inhibiteurs de la biosynthèse des stérols. Le cycle sexué de ce champignon biotrophe a éte réalisé en conditions contrôlées. Les conditions favorables à cette réalisation nécessitent d’assurer un juste équilibre entre le développement du champignon et la survie prolongée de l’hôte. Pour cela, un support végétal de réceptivité moyenne et des conditions environnementales adaptées sont nécessaires. Des ascospores infectieuses ont été obtenues moins de trois mois après le croisement de deux souches d’oïdium connues. La filiation a été vérifiée par la technique de RAPD et deux marqueurs du type sexuel ont été mis en évidence. L’hétérothallisme bipolaire du champignon a été confirmé. D’autres facteurs que le type sexuel semblent néanmoins influencer la production de cléistothèces matures. Un croisement a été réalisé entre une souche sensible à quatre DMIs et une souche résistante à trois d’entre eux. L’étude de la sensibilité de la descendance permet : - d’affirmer que la résistance d’U. Necator à ces fongicides est de nature polygénique, probablement additive ; - de corroborer que la résistance croisée entre DMIs n’est pas systématique ; - de confirmer que la présence de la mutation ponctuelle Mut-1 sur le gène de la C14-déméthylase confère une résistance au triadiménol ; - d’observer l’apparition ou l’expression d’une nouvelle résistance. L’étude de l’effet d’un DMI, sur la biosynthèse des stérols parentale et filiale a par ailleurs confirmé la présence d’un mécanisme de résistance induisant une surproduction des stérols. Ces résultats et l’observation de l’augmentation de résistance d’une population d'oïdium après deux cycles sexués successifs en laboratoire permettent d’affirmer que la reproduction sexuée joue un rôle important dans l’évolution et la persistance de la résistance au vignoble. L’absence de liaison entre le type sexuel et la résistance aux fongicides étudiés suggère la création à l’infini de nouveaux phénotypes de résistance

Candida lusitaniae, un pathogène opportuniste émergent, est à l'origine d'infections fongiques systémiques dont le traitement est compliqué par le profil de sensibilité inhabituel de cette espèce. En particulier, des cas de résistance à l'amphotéricine B, un phénomène considéré comme exceptionnel chez les levures et encore mal connu, ont été souvent décrits. L'objectif de cette étude est d'analyser le support moléculaire de la résistance à l'amphotéricine B chez C. Lusitaniae. La première partie de notre travail a porté sur la caractérisation et la sélection des souches à analyser. Etant donné qu'il n'existe pas de méthode de référence pour déterminer in vitro la sensibilité des levures à l'amphotéricine B, différents tests ont été utilisés avec un panel de souches de référence et de souches cliniques. Parmi les méthodes classiques, notre étude a mis en évidence la supériorité du E-test®. Elle a permis d'autre part de valider une méthode de test alternative basée sur l'analyse par cytométrie en flux des modifications du potentiel de membrane qui sont précocement induites lorsque l'amphotéricine B se lie à sa cible cellulaire. La confrontation des résultats avec les données obtenues in vivo a permis la sélection de certaines des souches cliniques. Dans un deuxième temps, l'analyse de la composition en stérols cellulaires de ces souches a permis de mettre en évidence le lien qui existe entre la résistance à l'amphotéricine B et un taux d'ergostérol minimum. La composition en stérols des souches résistantes est compatible avec une déficience de la delta 8-7 isomérase. Aucune modification de la composition en acides gras n'a été mise en évidence. La structure de la paroi, zone par laquelle les levures régulent leur interface avec le milieu, a été étudiée par microscopie électronique en transmission. La distribution des polysaccharides pariétaux des souches résistantes ne présente pas de modification particulière.

La sélection naturelle constitue un processus clé de l'adaptation des populations à leur environnement, favorisant les variants présentant les meilleures valeurs sélectives. Les champignons présentent généralement des traits biologiques (diversité des modes de reproduction, grandes tailles de populations, fortes capacités de dispersion, entre autres) qui favorisent leur adaptation à des environnements variés. La compréhension des mécanismes qui sous-tendent l'évolution de leurs populations sous les contraintes, naturelles et anthropiques, qu'elles subissent constituent donc un enjeu majeur pour la protection des plantes, en particulier dans le contexte actuel de durabilité des méthodes de lutte. Dans cette thèse, nous avons décrit la structure et la diversité des populations Botrytis cinerea à l'aide de marqueurs neutres et sélectionnés et d'un échantillonnage emboîté, et avons proposé des mécanismes pouvant expliquer les résultats observés. Puis nous avons analysé la réponse adaptative des populations de B. cinerea en Champagne, aux applications de fongicides. Premièrement, nous avons montré que la pourriture grise était causée par un complexe de deux espèces cryptiques, vivant en sympatrie sur des hôtes communs. De plus, les populations françaises de B. cinerea sont structurées en cinq dèmes, caractérisés par le système de culture (sélection directionnelle), la plante-hôte (adaptation écologique), et dans une moindre mesure, par la géographie. Sur vigne, nous avons mis en évidence une entité dont l'isolement génétique semble lié à un isolement temporel. Par ailleurs, nous avons montré que l'application de fongicides conduit à la sélection de phénotypes résistants spécifiquement à quasiment tous les modes d'action homologués, selon des proportions variant suivant les vignobles et les usages. Plus particulièrement, la résistance aux fongicides inhibiteurs de la succinate déshydrogénase (SDHI) est causée par au moins sept mutations affectant les gènes encodant la protéine cible de ces fongicides, déterminant ainsi une grande variété de phénotypes. Enfin, nous avons montré que les fongicides ne modifiaient pas la structure neutre des populations mais qu'ils pouvaient conduire à une perte de richesse allélique dans les populations traitées ainsi qu'à un équilibre sélection-migration détectable dans certaines situations sous forme de clines au loci sous pression de sélection contemporaine tels que ceux déterminant la résistance multidrogues. La modélisation de l'évolution des fréquences de résistance hivernale a permis d'estimer le coût de la résistance pour quatre loci déterminant la résistance aux fongicides. Cette thèse a permis d'appréhender le fonctionnement des populations de B. cinerea et de comprendre et quantifier partiellement les mécanismes sélectifs opérant in natura. Ces informations seront utilisées pour raisonner des stratégies anti-résistance adaptées localement et durables.

Chez Fusarium solani f. Sp. Pisi, après irradiation de spores sensibles par des rayons U. V, il a été possible de sélectionner des mutants résistants au tébuconazole : un inhibiteur de la C-14 déméthylation des stérols. Quatre gènes : teb1, teb2, teb3 et teb4 ont été identifiés ; les trois premiers confèrent une résistance à tous les inhibiteurs de le C-14 déméthylation des stérols alors que le dernier détermine une hypersensibilité à certains d’entre eux comme le fénarimol ou le penconazole. Les mutants ayant le gène teb1 et teb4 présentent une agressivité proche de celle de la souche sauvage, alors que cette dernière s’est avérée plus agressive que le mutant comportant le gène teb3. La souche sauvage est plus compétitive que le mutant ayant le gène teb1 ; l'inverse est observé avec le mutant comportant le gène teb4. La composition stérolique des souches sauvages et des différents mutants s'est révélée similaire ; l'ergostérol étant majoritaire. Dans tous les cas, le traitement avec le tébuconazole entraîne une accumulation de stérols méthylés en C-14 (éburicol et obtusifoliol). La souche sauvage et le mutant comportant le gène teb4 absorbent plus de 14C fénarimol, de 14C flusilazol et de 14C penconazole que celui renfermant le gène teb1 ; les mutants ayant les gènes teb2 ou teb3 présentent un comportement intermédiaire. Chez toutes les souches, l'adjonction d'inhibiteurs de la production d'énergie cellulaire entraîne une forte rétention mycélienne de ces fongicides impliquant l'existence d'une excrétion active des inhibiteurs de la C-14 déméthylation des stérols. Cette propriété peut expliquer l'effet synergique parfois observé entre ces deux types d'inhibiteurs ; toutefois cette propriété n'est pas toujours observée (il peut même y avoir antagonisme).

La sélection naturelle constitue un processus clé de l’adaptation des populations à leur environnement, favorisant les variants présentant les meilleures valeurs sélectives. Les champignons présentent généralement des traits biologiques (diversité des modes de reproduction, grandes tailles de populations, fortes capacités de dispersion, entre autres) qui favorisent leur adaptation à des environnements variés. La compréhension des mécanismes qui sous-tendent l’évolution de leurs populations sous les contraintes, naturelles et anthropiques, qu’elles subissent constituent donc un enjeu majeur pour la protection des plantes, en particulier dans le contexte actuel de durabilité des méthodes de lutte. Dans cette thèse, nous avons décrit la structure et la diversité des populations Botrytis cinerea à l’aide de marqueurs neutres et sélectionnés et d’un échantillonnage emboîté, et avons proposé des mécanismes pouvant expliquer les résultats observés. Puis nous avons analysé la réponse adaptative des populations de B. cinerea en Champagne, aux applications de fongicides. Premièrement, nous avons montré que la pourriture grise était causée par un complexe de deux espèces cryptiques, vivant en sympatrie sur des hôtes communs. De plus, les populations françaises de B. cinerea sont structurées en cinq dèmes, caractérisés par le système de culture (sélection directionnelle), la plante-hôte (adaptation écologique), et dans une moindre mesure, par la géographie. Sur vigne, nous avons mis en évidence une entité dont l’isolement génétique semble lié à un isolement temporel. Par ailleurs, nous avons montré que l’application de fongicides conduit à la sélection de phénotypes résistants spécifiquement à quasiment tous les modes d’action homologués, selon des proportions variant suivant les vignobles et les usages. Plus particulièrement, la résistance aux fongicides inhibiteurs de la succinate déshydrogénase (SDHI) est causée par au moins sept mutations affectant les gènes encodant la protéine cible de ces fongicides, déterminant ainsi une grande variété de phénotypes. Enfin, nous avons montré que les fongicides ne modifiaient pas la structure neutre des populations mais qu’ils pouvaient conduire à une perte de richesse allélique dans les populations traitées ainsi qu’à un équilibre sélection-migration détectable dans certaines situations sous forme de clines au loci sous pression de sélection contemporaine tels que ceux déterminant la résistance multidrogues. La modélisation de l’évolution des fréquences de résistance hivernale a permis d’estimer le coût de la résistance pour quatre loci déterminant la résistance aux fongicides. Cette thèse a permis d’appréhender le fonctionnement des populations de B. cinerea et de comprendre et quantifier partiellement les mécanismes sélectifs opérant in natura. Ces informations seront utilisées pour raisonner des stratégies anti-résistance adaptées localement et durables
Natural selection is the most powerful force driving population adaptation to their environment, favoring the variants with the best fitness. Fungi generally exhibit biological traits (diversity of reproduction modes, large population sizes, and intense dispersion) that favor their adaptation to changing environments. Therefore, disentangling the mechanisms that explain their evolution under natural and anthropic constraints constitute a major challenge for plant protection, especially in the actual context of agriculture sustainability. In this thesis, we described Botrytis cinerea population structure and diversity, using neutral and selected markers and a hierarchical sampling, and proposed mechanisms that may explain these observations. We then analyzed the adaptive answer of this species towards fungicide applications. First, we showed that grey mold populations were caused by a complex of two cryptic species, living sympatrically on the same hosts. Second, B. cinerea populations are divided into five demes, according to the cropping system (directional selection), the host-plant (ecological adaptation), and to a lesser extent, by geography. On grapevine, we identified a specific populations exhibiting temporal isolation, as an evidence of extreme exploration of the viticultural conditions. Moreover, fungicide applications select resistance towards all unisite modes of action, with few exceptions, but at varying proportions according to vineyards and fungicide use. More specifically, resistance to succinate dehydrogenase inhibitors (SDHIs) is caused by at least seven mutations altering the target genes of these fungicides, and determines a large variety of phenotypes in the field. At last, we showed that fungicides did not shape population structure but that they could decrease allele richness in treated areas and lead to migration-selection equilibrium, detectable in some situation and for loci under contemporary selective pressures as clines. Modeling the evolution of resistance during winter allowed estimating fitness cost of four loci involved in contemporary fungicide resistance, such as multidrug resistance. As a conclusion, this thesis helped to understand how B. cinerea populations evolve and to detect and quantify selective mechanisms at work in natura. This information will be useful to deign sustainable and locally-adapted anti-resistance strategies

L'émergence et le traitement des candidoses ont généré des problèmes de résistance aux antifongiques, thématique sur laquelle nous travaillons chez Candida lusitaniae. Cette levure pathogène opportuniste est en effet connue pour développer facilement des résistances aux antifongiques, et présente l'avantage d'être haploi͏̈de et de posséder un cycle sexuel. Avant d'en faire notre modèle d'étude il était nécessaire de développer des outils génétiques et moléculaires chez cette levure. La caractérisation du cycle sexuel de C. Lusitaniae chez 76 isolats d'une collection clinique, nous a permis d'en maîtriser les conditions d'obtention in vitro, de mettre au point une méthode d'isolement des ascospores pour réaliser des analyses génétiques, et de proposer un test d'identification alternatif de cette espèce, fondé sur sa capacité à se reproduire sexuellement. Par une technique d'amplification alliée à une marche chromosomique, nous avons ensuite cloné et séquencé le gène URA3 de C. Lusitaniae, codant pour l'orotidine 5'-phosphate decarboxylase, afin de l'utiliser comme marqueur génétique dans un système de transformation propre à cette espèce. Des mutants ura3 de C. Lusitaniae ont été transformés par électroporation avec des efficacités comparables à celles observées chez C. Albicans. Enfin, nous avons mis en évidence et caractérisé un phénotype original de résistance croisée vis-à-vis de l'association 5-fluorocytosine (5FC) / fluconazole (FCZ), chez des isolats cliniques de C. Lusitaniae 5FC-résistants et FCZ-sensibles. D'après les analyses génétiques, ce phénotype serait contrôlé par le seul gène de résistance à la 5FC. Les analyses cinétiques de transport de [14C]5FC ont montré un défaut d'entrée de la 5FC, liée à une déficience de la cytosine perméase, protéine codée par le gène FCY2. La résistance croisée pourrait alors s'expliquer par une inhibition compétitive du transport de FCZ par la 5FC. Cette hypothèse suppose l'existence d'un transport d'entrée de FCZ, ce qui n'a jamais été évoqué jusqu'à présent, et apporte des informations sur une nouvelle voie possible de résistance au FCZ par l'inhibition de son transport d'entrée chez les levures du genre Candida
The increase of candidiasis in immunodefficient patients generates antifungal resistance problems among Candida species. We worked in this field with C. Lusitaniae, an opportunistic and pathogenic yeast known as easily developing resistance, and furthermore an avantageous haploid organism with a sexual cycle. Before its use as a model, the development of genetic and molecular tools was necessary. We first have determined the environmental conditions to trigger and complete the sexual cycle of all isolates in a collection of 76 clinical specimens. This led us to develop a method for isolating ascospores in order to perform genetic analysis and to propose an alternative identification test relying upon sexual reproductive ability. Using an amplification strategy combined to a chromosome walking, we have then cloned and sequenced the C. Lusitaniae URA3 gene, encoding orotidine 5'-phosphate decarboxylase, to use it as a selectable marker in a specific tranformation system. C. Lusitaniae ura3 mutants were succesfully electrotransformed with an efficiency comparable to that observed in C. Albicans. Finally, in the course of the study of C. Lusitaniae clinical isolates 5-fluorocytosine (5FC)-resistant and fluconazole (FCZ)-susceptible, we provided evidence and characterized an original cross-resistance phenotype appearing when 5FC / FCZ were used in association. According to genetic analysis, only the 5FC resistant gene would control this phenotype. Kinetic transport studies with [14C]5FC showed a defect of 5FC uptake related to a deficiency of the purine-cytosine permease, encoded by the FCY2 gene. Cross resistance could be the result of a competitive inhibition of FCZ uptake transport by extracellular 5FC. This hypothesis supports the occurrence of a FCZ uptake transporter, which has never been suggested thus far, and provides information on a new possible mechanism of resistance to FCZ, associated to an uptake deficiency of this drug, which can affect all species of the Candida genus