Tesis: "Résistance au virus"

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Morfin-Sherpa, Florence. "La résistance à l'aciclovir des virus herpès simplex et varicelle-zona : caractérisation phénotypique et génétique de virus résistants". Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO1T048.

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Ma, Xiaofang. "Dissection génétique de la résistance végétale contre les virus". Thèse, Université de Sherbrooke, 2015. http://hdl.handle.net/11143/7721.

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Resumen

Résumé : Pour se propager dans les cellules de son hôte et évader les réponses immunitaires, les virus végétaux ont développé plusieurs stratégies de défense. Ici, nous avons investigué les structures génétiques du Apple stem pitting virus (ASPV). Nous avons aussi étudié la diversité moléculaire des isolats d’ASPV provenant des poires en regardant les séquences des gènes CP et TGB afin de mieux comprendre les mécanismes évolutionnaires utilisés par ASPV. Nos études ont démontré que les mutations, incluant les insertions et les délétions, la sélection purificatrice et la recombinaison furent des facteurs importants dans l’évolution du l’ASPV en Chine et possiblement mondialement. Comme tous les virus végétaux, l’ASPV se défend contre le RNA silencing de l’hôte grâce à un suppresseur de RNA silencing (VSR) et nous avons montré que le VSR de l’ASPV est la protéine de capside (CP) du virus. Nous avons aussi établi que la diversité moléculaire cause non seulement une variété de symptômes chez son hôte, Nicotiana occidentalis. Cependant elle cause aussi de la variabilité antigénique chez différents isolats, ce qui mène à des écarts de réactivité sérologique entre isolats. Les plantes ont développé plusieurs stratégies pour se défendre contre les virus. Ici, nous avons étudié comment la plante Arabidopsis se défend contre le Tobacco rattle virus (TRV) via le RNA silencing. Nous avons constaté que les phénomènes de susceptibilité, récupération et virus induced gene silencing (VIGS) sont des mécanismes séparables. Nous avons démontré que les protéines AGO2 et AGO4 sont nécessaires à la susceptibilité initiale au TRV, tandis qu’AGO1 est importante pour les VIGS, tandis que la récupération est médiée par d’autres acteurs qui n’ont pas encore été identifiés. Nos résultats suggèrent l’existence de complexes distincts ciblant différentes populations d’ARN viral et cellulaire. De plus, nous avons montré que la répression de la traduction est un mécanisme important durant la récupération de la plante suite à une infection virale, et que les complexes de décoiffage et de RNA processing jouent des rôles importants dans la dégradation des ARNs viraux. Finalement, nous avons montré que les plantes ayant une mutation dans le gène DCP2 présentent un niveaux de VIGS accrue, ainsi qu’une augmentation des niveaux d’ARN viral. Puisque DCP2 fait partie des complexes de décoiffage qui se trouvent dans des granules spécialisés nommés processing bodies (PBs), cela suggère que les PBs jouent un rôle important dans l’élimination les virus.
Abstract : To live in host cells or to escape from host immunity, plant viruses involved a series of defense strategies. Here we investigated Apple stem pitting virus (ASPV) population structures and molecular diversity of ASPV pear isolates based on its function important gene CP and TGB in China, so as to infer the evolution mechanisms of ASPV. Our study showed that mutations (including insertions or deletions), purifying selection, and recombination were important factors driving ASPV evolutions in China or maybe even in the world. And also ASPV defends against it hosts by encoding a VSR. We also showed that ASPV molecular diversity not only induced different biological properties on its herbaceous host N. occidentails but also resulted in antigenic variation of different ASPV CP isolates, which leaded to differences in serological reactivity among rCPs of different ASPV isolates. Plants have developed a series of mechanisms to defend themselves against viruses. Here we how Arabidopsis defend against. We show that virus susceptibility, recovery, and virus induced gene silencing (VIGS) appear to be separable phenomena, with AGO2 and AGO4 playing important roles in the initial susceptibility to TRV, AGO1 playing an important role in VIGS, and as yet unidentifid players mediating recovery. These results suggest the existence of distinct RNA-induced silencing complexes that target different RNA populations within the cell and over time. Furthermore, we showed that translational repression of viral RNA is likely to play an important role in virus recovery and that decapping function plays an important role in clearing viral RNA from the cell. We also showed that a decapping mutant (DCP2) displayed an increased VIGS and virus RNA accumulation, an important role for PBs in eliminating viral RNA.

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Ghosn, Jade. "Résistance du VIH-1 aux antirétroviraux dans les réservoirs anatomiques et cellulaires". Paris 5, 2006. http://www.theses.fr/2006PA05D031.

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Resumen

Nous avons montré que la présence de souches virales résistantes aux antirétroviraux était très fréquente (70 %) dans le sperme de ces sujets. De plus, les profils de résistance aux antirétroviraux étaient différents dans 30 % des cas entre le compartiment génital et le compartiment sanguin, confirmant la compartimentalisation du VIH. Enfin l'archivage des mutations de résistance dans les cellules infectées était différent entre les deux compartiments. Le deuxième travail de recherche nous a permis de montrer pour la première fois que le ténofovir atteignait des concentrations efficaces dans le sperme alors que l'enfuvirtide ne franchissait pas la barrière hémato-testiculaire du fait de sa polarité et de son poids moléculaire élevé. Enfin, nous avons étudié par clonage les quasi-espèces du réservoir cellulaire sanguin chez des patients infectés par une souche VIH-1 résistante au moment de la primo-infection. Nous avons montré que le stock viral cellulaire établi précocement au moment de la primo-infection est composé de façon extrêmement homogène de virus résistants
We showed that HIV resistant strains are frequent (70 %) in the semen of heavily pretreated men, and the diversity of genotypic resistance pattern confirmed HIV compartmentalization. The storage of archived proviruses differed according to the anatomic reservoir. Thus, the risk of transmission of resistant HIV strain is only partially predicted by the study of the blood compartment. We then described the distribution of antiretroviral drugs in blood in semen. We provided the first results regarding the penetration of enfuvirtide and tenofovir in semen. Enfuvirtide did not cross the blood-testis barrier despite optimal concentrations reached in blood plasma. Conversely, tenofovir proved to accumulate in semen. Finally, we characterized the early establishment of the viral cellular reservoir, and to analyse the temporal evolution of resistance-mutations acquired at the time of primary HIV-infection not only in circulating recently produced HIV particles, but also in strains stored in the cellular reservoir, in treated and in untreated patients. We confirmed that acquired resistant viruses establish themselves as the dominant viral population at primary infection

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Bastet, Anna. "Élargissement du spectre de résistance aux potyvirus : utilisation de la plante modèle Arabidopsis thaliana". Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0373.

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Resumen

Pour lutter contre les maladies virales chez les plantes cultivées, il est important de développer des résistances génétiques. Dans ce contexte, les facteurs d’initiation de la traduction eIF4E jouent un rôle majeur dans la mise en place de résistance aux potyvirus, un groupe de virus à ARN nuisible pour les cultures. Fréquemment, des allèles naturels de résistances ont été sélectionnés dans les espèces à intérêt agronomique. Cependant, nombreuses sont les espèces ne possédant pas de résistance naturelle. Pour remédier à ce problème, j’étudie lors de ma thèse le pathosystème Arabidopsis thaliana-potyvirus afin d’élaborer de nouvelles sources de résistances, en vue d’étendre leur application aux plantes cultivables. Pour ceci, je crée artificiellement par mutagénèse dirigée des allèles de résistances dont je teste dans la plante la fonctionnalité ainsi que l’efficacité vis-à-vis de la résistance. En combinant ces allèles de résistance synthétiques avec d’autres résistances liées aux facteurs eIF4E, je vise à élargir le spectre de résistance aux potyvirus ainsi qu’à augmenter la durabilité de ces résistances. Cette étude permettra de prouver la faisabilité de ce système pour obtenir des plantes à large spectre de résistance avant de pouvoir ainsi l’appliquer aux plantes à intérêt agronomique
The development of genetic resistance is important to avoid viral infections in cultivated crops. In this context, translation initiation factors eIF4E have a major role in resistance to potyviruses, a family of viruses damageable to crops. Although natural resistance alleles are often used in crops breeding, there are still species devoided of such natural resistance, making it impossible to develop genetic resistance. Using the Arabidopsis thaliana-potyviruses pathosystem, I aim at developing new sources of resistances as a proof of concept before considering their application to crop species. For this, I am developing artificial resistance alleles created by directed mutagenesis before testing them for both their functionality and their resistance efficiency in plants. By combining these synthetic resistance alleles with others eIF4E factors-mediated resistance, my aim is to enlarge resistance spectrum to potyviruses as well as to increase the resistance durability. This study will make proof of the feasibility of this system to obtain large spectrum resistance plants with the perspective of extending it to cultivated plants

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Hily, Jean-Michel. "Mécanismes moléculaires impliqués dans la résistance virale d'une plante ligneuse transgénique". Bordeaux 2, 2005. http://www.theses.fr/2005BOR21199.

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Resumen

Le prunier transgénique C5 (Prunus domestica L. ),contenant la séquence codant pour la protéine de capside PPV-CP, a été décrit comme hautement résistant au virus de la Sharka au travers du mécanisme d'extinction post-transcriptionnelle du transgène (PTGS). Nous avons confirmé ce phénotype de résistance après quztre années d'essai au champ. Cette immunité à l'inoculation naturelle du PPV par les pucerons, s'accompagne toujours des caractéristiques du PTGS : hyperméthylation du transgène PPV-CP et suppression des transcrits dans le cytoplasme. La détection des petits ARN interférants (siRNA) a confirmé l'implication du 'RNA silencing' dans cette résistance. Le prunier C5 produit de façon constitutive tout au lon du cycle végétatif (du stade embryonnaire à la plante mature), 2classes de siRNA (22 et 25-27 nt). Du fait de sa stabilité et son efficacité chez les ligneux, le 'RNA silencing' a été utilisé comme une approche pour produire de nouvelles générations d'OGM. Deux clones de P. Domestica var. Stanley, transformés avec une construction ihpRNA, ont été obtenus. Les études préliminaires confirment l'état silencé de ces pruniers et renforcent un peu plus l'idée d'utiliser cette technologie pour améliorer les arbres fruitiers
The stability of resistance to Plum pox virus under field conditions has been demonstrated in the transgenic C5 plum (Prunus domestica L). This particular clone, transformed with the PPV-CP gene, is immune to aphid inoculation with PPV and still displays PTGS hallmarks with hypermethylation of the PPV-CP sequence and no detectable transgene expression. To better characterize RNA silencing in woody perennial crops, hallmarks of PTGS were investigated C5 clone constitutively produced both short (22 nt) and long (25-27 nt) siRNA species from embryo to mature plant. Following this concept of gene silencing-based virus resistance, constructions using RNA interference technology were engineered. This technology of dsRNA through expression of a self-complementary hairpin structure will interfere with the virus at the RNA level. Two transgenic clones containing an ihpRNA construct were obtained. Preliminary results of PPV infection under containment conditions indicated immunity to virus inoculation, confirming the potential use of RNA interference technology in tree breeding

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Deback, Claire. "Variabilité génétique des virus herpès simplex : épidémiologie moléculaire et résistance aux antiviraux". Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066155.

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Resumen

La variabilité génétique des virus herpes simplex 1 (HSV-1) et 2 (HSV-2) a été étudiée sur le plan épidémiologique et sur celui de leur résistance aux antiviraux. Dans une première partie, nos travaux portent sur la pneumopathie herpétique (HSV BPn). Lors d’une étude clinique prospective chez des patients intubés et ventilés, 42 patients (21%) ont présenté une HSV BPn Une association significative a été montrée entre la présence d’HSV-1 dans l’oropharynx et l’ HSV BPn. L’analyse moléculaire montre que les HSV BPn font suite à la réactivation d’HSV-1 dans l’oropharynx, sans transmission nosocomiale. Dans une seconde partie, un test de sensibilité aux antiviraux des HSV par PCR en temps réel a été mis au point. Ce test est corrélé avec la technique de réduction des plages de lyse pour l’aciclovir et le foscarnet, mais ne l’est pas pour le cidofovir (CDV). L’analyse phénotypique et génotypique des souches d’HSV-2 isolées de patients ayant présenté une résistance clinique au cidofovir, a révélé que des mutations de l’ADN polymérase, cible du CDV, n’étaient pas en cause, faisant envisager la possibilité d’une autre cible virale.

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Gourdon, Germain. "Identification et caractérisation de facteurs hôtes impliqués dans la résistance au Pepino Mosaic Virus chez la tomate". Thesis, Evry-Val d'Essonne, 2015. http://www.theses.fr/2015EVRY0002.

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Resumen

Dans le royaume végétal, les plantes doivent faire face à de nombreux facteurs de stress environnementaux abiotiques et biotiques. La diversité des agents pathogènes conduit encore aujourd’hui à des pertes économiques importantes en impactant le rendement et la qualité des fruits des plantes cultivées. Si pour certains agents pathogènes les traitements chimiques sont adaptés, ils restent inopérants contre les virus menant à l’utilisation de moyen empirique fastidieux à mettre en place et souvent onéreux. La tomate est une plante d’intérêt agricole majeur dont l’un des challenges les plus importants consiste à lutter contre les maladies et ravageurs pouvant provoquer de graves dégâts industriels. Parmi ces fléaux, le PepMV fait partie d’un groupe de virus émergeants dont les connaissances générales sont encore très limitées et méritent d’être approfondies compte tenu de son impact agronomique important. Puisqu’aucune résistance naturelle n’a encore été identifiée chez la tomate vis-à-vis du PepMV, il devient urgent de développer des moyens de lutte efficace afin d’améliorer la production maraichère. Les études développées lors de ce doctorat se sont donc concentrées sur les nouvelles stratégies d’amélioration des plantes en identifiant dans un premier temps des mécanismes d’interaction du pathosystème PepMV/tomate par la mise en place d’une stratégie sans a priori en levure. Cette étape a permis de déterminer des gènes candidats de tomate dont certains potentiellement indispensables au cycle viral du PepMV. Des cribles par la méthode TILLING ont été réalisés avec les facteurs hôtes de sensibilité afin d’acquérir, si possible, des plantes possédant une résistance durable, à large spectre vis-à-vis de nombreux virus ou agents pathogènes et commercialisables en Europe car non OGM. D’autres candidats ne pouvant pas être exploités par une perte de fonction, qui conduirait à une sensibilité accrue des plantes suite à l’infection du PepMV, ont alors fait l’objet d’une étude scientifique plus fondamentale. Ces études ont permis de souligner le mécanisme et le rôle de résistance de plusieurs candidats dans le pathosystème PepMV/tomate
Within the plant kingdom, crops struggle with numerous abiotic and biotic stresses. The fabulous diversity of pathogens still leads to dramatic economic losses by impairing yield and fruit quality. Chemical treatments are available and effective against some pathogens but unfortunately drive to critic environmental damage and remain useless to face viruses. Nowadays, best ways to eradicate or at least to restrain viruses are empirical and expensive. Tomato is one of the most cultivated plants among vegetable crops in agriculture and the major challenge consists in a intense battle against serious damages on industrial benefits caused by pathogens diseases. The emergent virus PepMV is a worldwide scourge and the limited knowledge deserves to be explored. Unfortunately, natural resistance in tomato has not been identified yet and consequently, it appears as an emergency to develop effective strategies in order to improve tomato production. At first, this study has been based on new crops improvement strategies and focused on identifying mechanisms involved in the PepMV/tomato pathosystem by a yeast two hybrid strategy. This approach leads to the determination of tomato candidate genes potentially essential for the viral cycle of PepMV. TILLING screening method has been used for host susceptible factors to possibly acquire marketable non OGM and sustainable resistant plants to a wide range of pathogens. To go one step further with other candidates for which a loss of function strateg might lead to amplified plant susceptibility following by PepMV infection, fundamental investigation has been pursued. Mechanisms and implications of a few candidates in the PepMV/tomato pathosystem have been unraveled

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Maiga, Almoustapha Issiaka. "Caractérisation des bases moléculaires de la résistance des virus de l'immunodéficience humaine de type 1 ( VIH-1) de sous-type non-B aux antirétroviraux". Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066304.

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Grâce aux traitements antirétroviraux le Sida est devenu une maladie chronique. Un des défis de la lutte contre le VIH/SIDA est de caractériser la résistance développée par le VIH aux ARV. Or, les connaissances portent essentiellement sur le sous-type B du VIH-1 circulant majoritairement dans les pays industrialisés. Ainsi, il est important d’étudier les bases moléculaires de la résistance du VIH-1 de sous-type non-B avec l’accès de plus en plus important aux ARV au Sud. Le premier travail a évalué l’efficacité d’une première ligne Triomune® d4T/3TC/NVP chez l’adulte, lors d’un échec virologique précoce. Cette étude a montré que lors d’un échec précoce nous avons des profils de mutation au 3TC (M184V) et aux INNTI (K103N et Y181C). La deuxième partie a consisté en la mesure de la prévalence de la résistance primaire, ainsi qu’en la caractérisation des sous-types de VIH-1 circulant au Mali et nous avons obtenu une prévalence de 11,5%. La troisième partie a étudié la barrière génétique à la résistance des inhibiteurs d’integrase vis-à-vis des sous-types B et CRF02_AG et l’évaluation de la prévalence des mutations associées à la résistance à l’ETR chez patients infectés par des VIH-1 de sous-types non-B et naïfs d’ARV. Ces deux sous-types (B et CRF02_AG) présentent une barrière génétique similaire, mais on note une barrière génétique plus élevée pour le CRF02_AG aux positions 140 et 151 de l’integrase. Nous avons obtenu 10% de virus portant des mutations de résistance à l’ETR chez patients infectés par des sous-types non-B et naïfs d’ARV. Ces données sont importantes à prendre en compte pour l’établissement des 2èmes et 3èmes lignes de traitement ARV dans les pays du Sud.

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Tamalet, Catherine. "Emergence des résistances multiples aux analogues nucléosides : étude épidémiologique, clinique et biochimique de la résistance du VIH-1 aux inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase inverse". Aix-Marseille 2, 2001. http://www.theses.fr/2001AIX20665.

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Poque, Sylvain. "Identification de nouveaux mécanismes de résistance au Plum Pox Virus chez Arabidopsis thaliana". Thesis, Bordeaux 2, 2012. http://www.theses.fr/2012BOR21998/document.

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Resumen

La maladie de la Sharka est due à un virus de quarantaine, le Plum Pox Virus (PPV), infectant les arbres fruitiers du genre Prunus. Il est nécessaire de trouver des moyens de lutte, telle que la sélection de plantes résistantes. Or chez ces espèces, les sources de résistance sont à l’heure actuelle en nombre limité, voire inexistantes. Il a été montré, au laboratoire, que ce virus est capable d’infecter Arabidopsis thaliana et qu’il existe chez cette espèce une grande diversité de réponse à l’infection. En effet nous avons pu observer que les accessions St-0 et JEA avais un comportement résistant, alors que l'accession Cvi-1 été partiellement résistante. Deux méthodes d’inoculation ont été comparées: une inoculation mécanique à partir de feuilles de Nicotiana benthamiana inoculées avec pICPPVnkGFP et une inoculation par agro-infection à partir d’une souche Agrobacterium tumesfasciens contenant l’isolat viral pBINPPVnkGFP. L'emploi de ces deux méthodes d'inoculation nous a permis de mettre en évidence une variabilité de la réponse au PPV en fonction de la méthode utilisée. En conséquence, cette étude visait donc à identifier le ou les facteur(s) de la plante hôte impliqué(s) dans l'infection virale. L'agro-infection de populations recombinantes (F2 et RIL), de lignées multi-parentales ainsi que l'emploi de la génétique d'association a mis en évidence chez St-0 ainsi que dans plusieurs accession distinct (sept) un locus majeur sur le groupe de liaison 3, appelé sha3. Il apparait indispensable dans le mouvement longue distance du PPV. De plus l'utilisation de la génétique d'association a permis d'initier la cartographie fine de sha3 et de réduire considérablement le nombre de gènes candidats. Un criblage de mutants a été initié afin de déterminer le ou les gènes candidats contrôlant le phénotype Sha3. Après inoculation mécanique, l’analyse d'une population recombinante a mis en évidence la présence d’un locus majeur, distinct de sha3 et positionné au milieu du bras long du groupe de liaison 1. Ce locus co-localise avec rpv1, locus identifié précédemment dans la descendance Cvi x Ler (Sicard, Loudet et al. 2008). Ce même locus a été également confirmé à la fois dans une population multi-parentale et par une approche de génétique d'association. Un gène candidat est actuellement en cours de validation au laboratoire. Une étude visant à décomposer le mécanisme de résistance porté par l’accession JEA a été mise en place. Dans ce cas, il apparait que la propagation du virus est inhibée dans les feuilles de la rosette mais pas dans les tissus floraux. Ainsi, la résistance/sensibilité au PPV chez JEA est fortement conditionnée par les stades physiologiques de la plante hôte. Des travaux complémentaires seront indispensables afin de décrire plus finement ce mécanisme de résistance très particulier. Au terme de cette thèse, nous nous attendons à ce que l’identification de ces nouveaux gènes de résistance chez Arabidopsis permette, après transfert, d’accroître la diversité des sources de résistance à la Sharka chez les arbres fruitiers
The Plum Pox Virus (PPV) infects Prunus species (stone fruit) and is the causal agent of the Sharka disease. This disease is vastly devastating for fruit and plant productivity and quality. Its cost reaches 10 billions of euros over the last 30 years. Breeding programs have been carried out with the aim to implement resistant cultivars but the number of sources of resistance in Prunus species is rather limited. It has been shown in the laboratory that this virus is able to infect Arabidopsis thaliana with a wide range of response to infection. Indeed, we observed that accessions St-0 and JEA had a resistant behavior, while accession Cvi-1 was partially resistant. Two inoculation methods were compared: mechanical inoculation from Nicotiana benthamiana leaves inoculated with pICPPVnkGFP and agro-inoculation infection from an Agrobacterium strain containing the viral isolate tumesfasciens pBINPPVnkGFP. The use of these two methods of inoculation allows us to highlight variability in the response to PPV depending on the method used. This study aims to identify the factor (s) of the host (s) involved in viral infection. Agro-infection of recombinant populations (F2 and RIL), multi-parental lines and the use of genetic association demonstrate in St-0 and several distinct accessions (seven) a major locus on linkage group 3, called sha3. It appears essential in the long-distance movement of PPV. Use of association genetics helped initiate the fine mapping of sha3 and significantly reduce the number of candidate genes. Screening of mutants was initiated to determine the gene controlling the phenotype Sha3. After mechanical inoculation, the analysis of a recombinant population revealed the presence of a major locus positioned in the middle of the long arm of linkage group 1. This locus co-localizes with rpv1, previously identified in Cvi x Ler offspring (Sicard, Loudet et al. 2008). The same locus was also confirmed with a multi-parental population and by a genetic association approach. A candidate gene is currently being validated in the laboratory. The study of the resistance mechanism carried by the accession JEA was initiated. In this case, it appears that the spread of the virus is inhibited in basal leaves but not in floral stem. The resistance / susceptibility to PPV in JEA appear to be strongly influenced by the physiological stages of the host plant. Further work will be necessary to describe more precisely this resistance mechanism very special. At the end of this thesis, we expect that the identification of these new resistance genes in Arabidopsis allows, after transfer, to increase the diversity of sources of resistance to plum pox virus in fruit trees

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Ayme, Valérie. "Mécanismes de contournement des résistances et évaluation "a priori" de leur durabilité dans l'interaction piment ("capsicum annuum L. ") - virus Y de la pomme de terre (PVY)". Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20121.

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Bestman-Smith, Julie. "Caractérisation des mutations du virus Herpès simplex impliquées dans la résistance aux antiviraux". Thesis, Université Laval, 2004. http://www.theses.ulaval.ca/2004/21483/21483.pdf.

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Resumen

La résistance du virus de l’herpès simplex (VHS) aux antiviraux est un problème courant chez les individus immunosupprimés. Des mutations au sein du gène de la thymidine kinase (TK) virale sont principalement à l’origine de la résistance au traitement de première ligne, i.e. les analogues des nucléosides. La cible ultime de tous les antiviraux anti-herpétique demeure cependant l’ADN polymérase (pol) virale. Ces deux gènes viraux (TK et ADN pol) démontrent un certain degré de polymorphisme génétique et il peut devenir difficile d’identifier avec certitude les mutations responsables de la résistance aux antiviraux. Les travaux présentés dans cette thèse de Doctorat démontrent le développement de nouvelles méthodes afin d’établir un lien entre l’apparition de mutations au niveau de gênes viraux et un phénotype de résistance particulier. Un système d’expression du gène de la TK virale chez le parasite Leishmania et un ensemble de cosmides et de plasmides recombinants permettant de générer des virus ADN pol mutants ont été mis au point. Ces nouvelles stratégies nous ont permis de caractériser les mutations virales impliquées dans la résistance aux antiviraux.
Drug resistant HSV isolates are responsible form substantial morbidity among immunocompromised subjects. The genetic basis for resistance to nucleoside analogs such as acyclovir (ACV) have been mapped to point mutations in the viral thymidine kinase (TK) gene while mutations within the viral DNA pol gene, the main target for all anti-herpetic drug actually available, could lead to a multidrug resistance phenotype. However, the distinction between viral mutations (TK and DNA pol) involved in antiviral resistance or part of viral polymorphism can be difficult to evaluate with current methodologies. OBJECTIVE: The aim of this research project is thus to evaluate the role of particular mutations within the HSV TK and DNA pol gene with regard to drug-resistance patterns and viral fitness, by designing new gene expression systems. METHODS: The protozoan parasite Leishmania stably transfected with a TK expression vector (pSP72αNEOα) was used as an heterologous system to evaluate the role of several different point mutations within the coding region of the TK gene in conferring resistance to nucleoside analogs. Susceptibility of TK-expressing parasites to nucleoside analogs can thus be tested very easily by a simple measurement of the optic density of cultures grown in the presence or in the absence of the drug. Finally, a set of overlapping viral cosmids and plasmids for the rapid generation of recombinant HSV-1 DNA pol mutants have been developed. RESULTS: Expression of the TK gene from ACV-susceptible clinical isolates resulted in Leishmania susceptibility to the antiviral, whereas expression of a TK gene with frameshift mutations or nucleotide substitutions from ACV-resistant isolates gave rise to parasites with high levels of antiviral resistance. Twenty HSV-1 recombinants with single or dual mutations within the DNA pol gene were successfully generated with the cosmid/plasmid based approach. Mutations within the central part of the enzyme’s catalytic domain (regions II and VI) were associated with resistance to ACV, FOS, and ADV, whereas mutations inserted within extremities (δ-region C, I, V, and VII) were mostly related to the replicative activity of the enzyme. CONCLUSION: Such new strategies provide an easy, reliable, and sensitive means of evaluating the functional role of viral mutations which should translate in improved management of drug-resistant HSV infections.

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Marandel, Grégoire. "Organisation génomique de la résistance quantitative au Plum pox virus chez les Prunus". Bordeaux 2, 2008. http://www.theses.fr/2008BOR21562.

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Resumen

Le plum pox virus (PPV), agent infectieux de la maladie de la sharka, affecte gravement les arbres fruitiers à noyaux du genre Prunus, rendant notamment les fruits impropres à la commercialisation. A ce jour, aucun cultivar de pêchers n'est résistant, mais des sources de résistance ont été identifiées et cartographiées chez P. Davidiana, espèce apparentée, et chez quelques cultivars d'abricotiers. Plusieurs des QTL cartographiés co-localisent avec des gènes candidats préalablement identifiés, parmi lesquels des facteurs d'initiation de la traduction. La résistance de P. Davidiana a été confirmée dans une population F2 et deux nouveaux QTL mineurs ont été détectés. L'étude des déterminants génétiques de la résistance portée par P. Armeniaca cv. 'Harlayne' a également été réalisée. La stratégie "gène candidat" a été poursuivie avec les facteurs d'initiation de la traduction elF4G et leurs isoformes. Nous l'avons associée au développement ciblé de marqueurs moléculaires pour la sélection assistée par marqueurs. Elle a révélé une fréquence inhabituelle de co-localisation de ces gènes avec les QTL de résistance identifiés chez P. Davidiana et P. Armeniaca cv. 'Harlayne'. Leur implication dans le contrôle de la résistance est discutée. Afin de valider ces résultats avec ceux préalablement publiés, l'ensemble des données a été intégré dans une méta-analyse QTL. Celle-ci a permis de préciser notamment les limites de la région du groupe de liaison 1 impliquée dans la résistance au PPV à la fois chez P. Davidiana et chez P. Armeniaca
The Plum pox virus (PPV), the causal agent of the sharka disease, is the most detrimental virus on stone-fruit trees, worldwide. Infected fruits are not marketable. To date, no peach cultivar is resistant. However sources of resistance have been identified and mapped in apricot and Prunus davidiana, a wild peach-related species. Several of the mapped QTL co-localize with candidate genes previously identified. Among them are the translation initiation factors. In this study, resistance in P. Davidiana was confirmed in an F2 population and two new QTL were identified. Quantitative analysis of the apricot cultivar 'Harlayne' resistance was also performed. A candidate gene strategy followed, including translation initiation factors elF4E, elF4G and their isoforms. Molecular markers targeting these genes were developped as a tool for marker-assisted selection. It revealed a striking co-localization with several resistance QTL identified in P. Davidiana and P. Armeniaca cv. 'Harlayne'. The implication od these genes in PPV resistance is discussed. In order to validate the consistency of these results with those previously published, data were merged in a QTL meta-analysis. It enabled to refine the boundaries of the genomic region controlling PPV resistance in both species, P. Davidiana and P. Armeniaca

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Sergerie, Yan. "LE VIRUS HERPES SIMPLEX DE TYPE 1 : RÉSISTANCE AUX ANTIVIRAUX ET RÉPONSE INFLAMMATOIRE CÉRÉBRALE". Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24960/24960.pdf.

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Resumen

La résistance du virus herpes simplex (VHS) aux antiviraux, particulièrement chez des sujets immunosupprimés, et sa capacité d’envahir le système nerveux central soulèvent de nombreuses questions au niveau clinique. Des mutations au sein du gène de la thymidine kinase et de l’ADN polymérase virale sont responsables de la résistance aux traitements antiviraux. Il est donc important d’élucider davantage les différents mécanismes moléculaires à l’origine de ces évènements de résistance et de développer de nouvelles avenues thérapeutiques. De plus, le VHS est la cause la plus fréquente d’encéphalite sporadique et potentiellement fatale dans les pays de l’ouest. Ce type de pathologie est occasionné en partie par une intense réplication virale mais également par une réponse immunologique encore incomprise jusqu’à maintenant. Les travaux présentés dans cette thèse de doctorat ont pour but de développer de nouveaux modèles in vitro et in vivo permettant d’étudier ces deux facettes importantes du VHS. L’impact de certaines mutations et l’effet d’un nouveau traitement dans la résistance du VHS aux antiviraux ont été évalués. La réponse immunitaire innée cérébrale de même qu’une nouvelle approche thérapeutique en rapport avec une encéphalite à VHS ont également été caractérisées.
Herpes simplex virus (HSV) resistance to antiviral treatment is a real concern among immunocompromised population. Mutations localized in the thymidine kinase (TK) and/or the DNA polymerase (pol) genes are mainly responsible for those resistance issues. Thus, it is becoming important to increase knowledge in this area and to develop new therapeutic strategies. Also, HSV has this unique biological property to invade the nervous central system and causes encephalitis. During this type of infection, an important immunological process occurs. However, this inflammatory response is still very controversial and needs to be elucidated. The main objectives of this doctoral thesis consisted of: 1- the characterization of antiviral resistance and 2- the elucidation of the brain inflammatory response to HSV. The first part consisted in the development of an in vitro system allowing the characterization of several mutations in the TK and/or the DNA pol genes responsible for antiviral resistance and the elaboration of a new antiviral strategy. The second part was to characterize the inflammatory response following the induction of HSV-1 encephalitis in a mouse model and to develop an alternative immunomodulatory approache. Mutations localized in conserved and non-conserved regions of the TK are associated with ACV resistance. Hydroxyurea increases the activity of nucleoside (ACV) and nucleotide (CDV) analogues. A delayed glucocorticoid treatment is highly beneficial by decreasing the brain viral load as well as pro-inflammatory cytokine production in the brain of infected mice. TNF- and IL-1permit the initiation of an innate immune response allowing a control of the viral replication and an efficient transition to the adaptive immune response required for viral clearance during HSV-1 encephalitis. A prophylactic treatment with a TLR3 agonist significantly increases the mean life expectancy and survival rate of mice infected with HSV-1 compared to non-treated mice. The experimental models developed during this Ph. D. allow a better understanding of the molecular mechanisms of resistance and of the brain inflammatory response to the HSV.

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Cosset, François-Loïc. "Tranfert de gènes par des vecteurs rétroviraux aviaires : élaboration de lignées cellulaires transcomplémentantes aviaires, mise au point d'un nouveau procédé de vaccination utilisation des vecteurs rétroviraux". Lyon 1, 1990. http://www.theses.fr/1990LYO10102.

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Les retrovirus permettent la mise au point de vecteurs de transfert de genes efficaces, en substituant leurs genes par ceux que l'on veut faire vehiculer. Les structures retrovirales recombinantes qui en resultent sont alors defectives. Pour obtenir sous forme de particules virales vecteur ces structures recombinantes, il est imperatif d'elaborer des cellules dites transcomplementantes qui assurent la formation des seules particules virales vecteurs, ce qui conduit a un stock viral defectif qui ne peut alors perpetuer l'etat de viroproduction. Une premiere partie du travail presente dans ce memoire s'inscrit dans le cadre de l'amelioration des deux composantes du systeme de transfert: les vecteurs retroviraux, et les cellules transcomplementantes, a partir des virus de leucose aviaire (alsv), et en particulier des retrovirus rav-1 (rous associated virus) et aev (avian erythroblastosis virus). Nos resultats montrent qu'il est possible de constuire et de caracteriser des vecteurs retroviraux dont on peut obtenir des titres superieurs a 10#5 particules infectieuses par ml, egalement grace a l'amelioration de vecteurs permettant l'elaboration de cellules transcomplementantes. Une des ameliorations apportees sur les vecteurs retroviraux, consiste a definir parmi plusieurs retrovirus, quelles sont les regions les plus actives agissant en cis sur l'expression. Une des ameliorations apportees sur les constructions transcomplementantes est representee par l'insertion de genes de selection sur les genomes recombinants construits, et l'apport dans une cellule, des genes viraux gag, pol, env selon deux constructions distinctes. Une deuxieme partie du travail presente dans ce memoire porte sur une des possibilites d'utilisation du systeme de transfert de genes developpe, chez l'animal, a des fins de vaccinations, soit contre la leucose aviaire induite par les retrovirus, soit contre la maladie de newcastle indu

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Legnani, Robert. "Analyse, comparaison et exploitation des résistances au virus Y de la pomme de terre (PVY) et au tobacco etch virus (TEV) chez la tomate". Montpellier 2, 1995. http://www.theses.fr/1995MON20240.

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Chez lycopersicon hirsutum pi 247087, la resistance au virus y de la pomme de terre (pvy) et au tobacco etch virus (tev), s'exprime par une forte inhibition de l'accumulation virale dans les feuilles inoculees. Ce mecanisme de resistance n'est pas influence par les differents facteurs biotiques et abiotiques. Il s'exprime vis-a-vis de toutes les souches testees sauf celles appartenant au dernier des sept pathotypes de pvy definis. Chez pi 247087, il y a egalement une inhibition partielle de l'accumulation et de la migration des souches de pvy appartenant a ce dernier. Le nombre de genes reveles controlant la resistance et l'expression de cette derniere se sont reveles variables selon la souche de pvy utilisee. Un des genes controlant la resistance au pvy pourrait egalement controler la resistance au tev

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Vanwalscappel, Bénédicte. "Caractérisation de la résistance du VIH-1 à l'effet antiviral des interférons de type I". Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC155.

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Resumen

Les IFN de type I induisent l'expression de centaines d'ISGs dont certains ont une activité antivirale directe. Ces effecteurs induits par l'IFN inhibent plusieurs étapes du cycle réplicatif du VIH-1, résultant en une puissante inhibition de la réplication du VIH-1 in vitro et une réduction transitoire de la virémie chez les patients traités avec de l'IFN. L'objectif de ce travail a été d'étudier les possibles voies d'échappement du VIH-1, quand il est confronté à cette pression de sélection qui agit sur différentes cibles. Nous avons donc analysé l'évolution du VIH-1 en présence d'IFN dans deux contextes : 1) dans une lignée cellulaire de lymphocytes T traitées avec de l'IFN ; et 2) chez des patients co-infectés VIH-VHC traités avec de l'IFN-Ribavirine et en l'absence de traitement antirétroviral. Au cours de l'étude in vivo, nous avons analysé l'évolution de la population virale chez différents patients par « deep sequencing ». L'objectif ici, était d'identifier les gènes viraux qui ont évolué sous la pression de sélection induite par l'IFN. Le gène pour lequel nous avons vu le plus fréquemment un remplacement de la population virale dominante au cours du temps, fut vpu. Nous avons donc exploré la possibilité que Vpu présent au cours du traitement avec IFN, confère un avantage réplicatif au virus en présence d'IFN en les comparant pour les propriétés connues de Vpu. Nous avons décrit pour 3 des 5 patients que les allèles vpu sélectionnés au cours du traitement avec l'IFN confèrent au virus une meilleure capacité réplicative. Ce phénotype est associé pour deux d'entre eux à une meilleure efficacité à contrecarrer la rétention des virions par le facteur de restriction BST2, induit par l'IFN. En ce qui concerne l'étude in vitro, en forçant le VIH-1 à se répliquer en culture en présence d'IFN, nous avons sélectionné des variants présentant une sensibilité moindre à l'IFN et nous les avons caractérisé génotypiquement et phénotypiquement afin de déterminer les possibles causes d'échappement viral. Nous avons décrit que l'émergence de mutations dans le gène env qui confère une meilleure entrée viral associée à une augmentation d'infectivité, représente une stratégie évolutive efficace qui permet au virus de surmonter les activités antivirales induites par l'IFN, incluant celles qui agissent post-entrée. Les expériences d'optimisation réalisées au cours de cette étude ont permis l'élaboration d'un modèle mathématique de la réplication du VIH et de l'inhibition par l'IFN. Nous avons observé que le principal effet de l'IFN est d'empêcher l'infection par le VIH-1 plutôt que d'inhiber la production de virions dans les cultures cellulaires
Type-I interferon (IFN) induces the expression of hundreds of cellular genes, some of which have direct antiviral activity IFN-induced effectors can restrict numerous steps in the HIV replicative cycle, resulting in potent inhibition of HIV replication in tissue culture and transient reduction of viremia in IFN-treated patients. Overall our project aimed at analyzing the evolution of HIV in the presence of IFN in two situations: i) in tissue culture of T lymphocytes treated by IFN, where the virus is passages to select for resistant variants; and ii)HIV-infected patients, treated by IFN because of a concurrent HCV infection. Concerning the study in vitro, by forcing the HIV to replicate in culture in the presence of IFN, we aimed to select variants with decrease susceptibility to IFN and characterize them genotypically, in order to determine possible escape strategies. For this purpose, initially, culture conditions were optimized to force HIV to replicate in a T-cell line (MT4R5) in the presence of IFNa2. The data collected from these experiments were fitted in a mathematical model of virus replication. This approach allowed to determine several viral and cellular parameters of HIV replication and inhibition by IFN. Genotypic and phenotypic characterization showed the emergence of mutations in env gene, which improves the efficiency viral entry associated with an increased infectivity. This represents an evolutionary strategy that allows the virus to overcome antiviral aetivities induced by IFN, including those act post-entry. Concerning the study in patients, we analyzed the evolution of HIV populations under treatment by IFN, in 7 HIV-HCV co-infected patients who were not treated for HIV. The aim was to identify HIV genomic regions that could be under selective pressure by IFN in vivo. The gene in which we saw more frequently a replacement of the dominant population over time was vpu, for which in 5 of 7 patients the population present during IFN-treatment carried changes in the N-terminal half of the protein. Changes were seen also for vpr and vif, but concerned fewer patients. We thus explore whether Vpu present during IFN-treatment conferred a replication advantage to the virus in IFN-treated cultures. For 2 of the 5 patients, we described that Vpu present during IFN-treatment confer to the virus a better fitness in presence of IFN associated with a better virions release efficiency, allowing the virus to overcome the antiviral activities induced by IFN

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Nugier, Fabienne. "Étude de la résistance des virus herpès simplex à l'aciclovir : épidémiologie, caractérisation phénotypique et génotypique des mutants". Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO1H180.

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Goldschmidt, Valérie. "La rétrotranscription de HIV-1 : Etude du complexe d'initiation et des mécanismes de résistance aux inhibiteurs nucléosidiques". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2004. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2004/GOLDSCHMIDT_Valerie_2004.pdf.

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Resumen

La rétrotranscription de HIV-1 permet la synthèse de l’ADN proviral bicaténaire à partir de l’ARN génomique. Elle requiert la présence de l’ARN viral (ARNv) qui sert de matrice, l’ARNt3Lys cellulaire qui sert d’amorce, et la rétrotranscriptase. L’extrémité 3’ de l’ARNt3Lys est strictement complémentaire d’une séquence appelée Primer Binding Site où débute la rétrotranscription. Outre cette interaction, des remaniements conformationnels intra- et intermoléculaires ont lieu lors de la formation du complexe ARNt3Lys/ARNv de l’isolat MAL de HIV-1. Nous avons identifié les éléments structuraux du complexe d’initiation de l’isolat MAL de HIV-1 cruciaux pour l’initiation de la rétrotranscription. Nos résultats montrent le rôle essentiel de la structure tridimensionnelle globale dans le processus d’initiation. Puis, nous avons entrepris une étude structurale (in vitro et in situ) et fonctionnelle comparative de deux isolats, MAL et Hxb2, dont les domaines PBS appartiennent respectivement aux sous-types A et B. Cette étude a montré la versatilité du système HIV-1. Contrairement à la situation observée avec l’isolat MAL, l’interaction entre le PBS de l’ARNv de l’isolat Hxb2 et l’extrémité 3’ de l’ARNt3Lys est suffisante pour initier la rétrotranscription, en absence de tout remaniement conformationnel. Lors du traitement par l’AZT, de nombreuses mutations de résistance apparaissent. Bien que les mutations de résistance permettent une réparation par ATP-lyse, la RT sauvage présente une résistance innée via le mécanisme de pyrophosphorolyse, dont l’efficacité d’enlèvement est supérieure à celle obtenue par ATP-lyse en présence de l’enzyme résistante. La concentration en Mg2+ libre influence les activités RNase H et polymérase de la RT de HIV-1, en agissant sur l’incorporation de nt et la processivité de l’enzyme, ainsi que la stabilité de la matrice ARN. De plus, l’inhibition de la synthèse d’ADN par un terminateur de chaîne est dépendante de la concentration en Mg2+. [. . . ]
Reverse transcription of HIV-1 genomic RNA is primed by tRNA3Lys, whose 3' end 18 nucleotides are complementary to the viral primer binding site (PBS). However, in the HIV-1 MAL isolate, additional interactions between tRNA3Lys and the genomic RNA occur during formation of the initiation complex. We studied the role of the different structural elements of the initiation complex of the HIV-1 MAL isolate and showed that the overall 3D structure of the complex is required for efficient initiation of reverse transcription. We also compared the initiation complexes formed by two highly divergent isolates (MAL and HXB2) by performing in situ structural probing as well as in vitro structural and functional studies. Surprisingly, our results showed that the structure of the initiation complex is not conserved and therefore highlighted the versatility of the HIV-1 system. Indeed, in the MAL isolate and, according to sequence analysis, in 14% of all HIV-1 isolates, formation of the initiation complex requires complex rearrangements of the viral RNA and extensive interactions with tRNA3Lys. In contrast, in the HXB2 isolate, as well as in most isolates, tRNA3Lys annealing only minimally affects the viral RNA structure and no interaction outside the PBS is required. AZT is a widely used inhibitor of HIV-1 reverse transcriptase (RT) that acts as a chain terminator. However rapid emergence of multiresistant HIV-1 strains appears. It was believed that resistance toward AZTTP is due to the increased unblocking, by the AZT-resistant RT, of the AZT-terminated primer via ATP-lysis. However, detailed comparisons performed with the wild type and resistant enzymes indicated that pyrophosphorolysis is more efficient than the ATP-mediated unblocking. Both the polymerase and RNase H activities of HIV-1 RT are strongly affected by the Mg2+ concentration. We found that the selectivity of RT against some NRTIs is also influenced by free Mg2+ concentration

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Chopy, Damien. "Modulation de la réponse immunitaire au cours d'une infection virale du système nerveux, l'étude du virus de la rage". Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066129.

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Le virus de la rage est responsable d’une encéphalomyélite fatale. Ce Rhabdovirus neurotrope et non lytique est transmis principalement par la morsure d’un animal enragé. Il infecte un neurone proche du site de morsure, migre au sein du système nerveux (SN) pour atteindre le cerveau où il se réplique massivement et déclenche les premiers symptômes de la maladie. L’objectif de cette étude est de préciser le caractère bénéfique ou délétère de la réponse immunitaire innée in vitro et in vivo sur 4 facteurs de la virulence rabique: l’accessibilité du virus au SN, la survie de la cellule infectée, la mise en place de la stratégie immunoévasive rabique et l’immunodépression induite par l’infection. Ce travail révèle un rôle ambivalent de l’immunité innée. D’une part, elle est bénéfique pour l’hôte car elle freine l’accessibilité du virus au SN, stimule la mort du neurone infecté et permet l’infiltration de cellules immunitaires dans le SN. A l’inverse, l’immunité innée stimule l’expression de B7H1 et donc l’immunoévasion rabique. De plus, le stress induit par l’infection dans le SN stimule la voie immuno-modulatrice cholinergique et favorise l’immunodépression rabique

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Goubard, Armelle Angélique. "Etude de deux stratégies d'échappement du VIH-1 : résistance des virus primaires à un inhibiteur de fusion et protection vis-à-vis d'un facteur de restriction cellulaire". Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077022.

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Le VIH-1 est soumis in vivo à différentes pressions de sélection. Les travaux présentés dans ce manuscrit concernent deux stratégies d'échappement viral : (i) le développement d'une résistance des VIH-1 primaires à un inhibiteur ciblant le processus de fusion membranaire, l'Enfuvirtide (ENF), et (ii) une stratégie pour s'affranchir de la restriction imposée par les cytidines déaminases cellulaires de la famille APOBEC3, qui induisent des mutations dans le génome viral par un mécanisme d'édition. (i) Dans la première étude, nous avons examiné l'évolution de la susceptibilité à ENF de populations virales plasmatiques chez des patients suivis longitudinalement, dont le traitement avec cet inhibiteur de fusion, reçu au sein d'une thérapie de sauvetage, a échoué. Il s'avère que les mutations de résistance émergent dans des quasi-espèces de glycoprotéines d'enveloppe qui n'étaient pas majoritaires avant le traitement. De plus, l'apparition des mutations de résistance à ENF n'est pas systématiquement associée à une baisse de la capacité réplicative, contrairement à ce qui est observé avec les autres classes d'inhibiteurs. Ces résultats suggèrent que le contexte génétique peut jouer un rôle crucial dans la sélection des mutations de résistance et l'expression optimale de la résistance à ENF. Afin de valider cette hypothèse, nous avons poursuivi notre travail en générant des clones viraux à partir des populations plasmatiques virales présentes chez l'un des patients de l'étude précédente. L'introduction par mutagenèse dirigée de mutations de résistance dans des variants pré-thérapeutiques ne permet pas d'atteindre le niveau de résistance obtenue in vivo. Ceci justifie l'émergence des mutations de résistance à ENF dans des quasi-espèces d'enveloppe minoritaires avant le début du traitement, qui permettent une expression optimale de la résistance. Enfin, la capacité réplicative est très disparate entre les clones d'un même temps d'analyse. Ces travaux suggèrent que le paramètre viral majeur qui détermine la sélection des quasi-espèces d'enveloppe est le niveau de résistance atteint plutôt que la capacité réplicative. (ii) Les lentivirus utilisent deux séquences riches en purines (« polypurine tract », PPT) pour initier la synthèse du brin (+) de l'ADN viral. Nous avons examiné en quoi l'initiation au niveau du PPT central (PPTc) pouvait protéger le génome viral de l'édition par APOBEC3G et APOBEC3B. La présence d'un PPTc fonctionnel, mais pas d'un PPTc muté, réduisait l'édition, à la fois par APOBEC3G et APOBEC3B, au niveau de séquences localisées immédiatement en aval du PPTc, mais pas en amont. Cette deuxième étude élucide ainsi une nouvelle stratégie virale nécessaire à la protection contre des facteurs antiviraux cellulaires
In vivo, HIV-1 populations may exist as complex swarm of mutants termed quasi-species. In the face of strong selective pressure, HIV-1 must rapidly adapt to survive. We studied two viral escape strategies: (i) the development of résistance to Enfuvirtide (ENF), an inhibitor which targets the fusion process between the viral and cellular membranes, and (ii) the protection mediated by the viral central PPT element against restriction by APOBEC family members. (i) We have examined the evolution of ENF susceptibility of sequential plasma-derived virus populations in 6 patients failing ENF-based salvage therapy. Phylogenetic analysis of env sequences in sequential samples from two patients showed that the HR1 mutations had emerged in the context of env quasispecies that were different from those prevalent at baseline. Interestingly, in four patients the emergence of résistance mutations was not associated with reduced Env-associated virus replicative capacity. Thus, the envelope genetic context appears to play a critical role in the selection of HR1 mutations and the expression of ENF resistance. To test this hypothesis, individual env clones were generated from plasma HIV RNA from one of these patients. ENF résistance mutations were introduced by site-directed mutagenesis in a representative baseline clone, provoking an increase in ENF IC50. This increase, however, was well below that observed when these mutations emerged in vivo, in the context of a different env background. During ENF treatment in vivo, HR1 mutations are selected in unique env quasi-species, not prevalent at baseline, but that favour the expression of ENF resistance, Within each time point, Env replicative capacity is variable among clones. This disparity suggests that the viral property driving the selection of env quasi-species under ENF pressure is résistance rather than Env replicative capacity. (ii) Lentiviruses use two polypurine tracts for initiation of plus-strand viral DNA synthesis. We have examined whether plus-strand initiation at the central polypurine tract (cPPT) may protect the viral genome from editing by APOBEC3G and APOBEC3B. The presence of a functional cPPT, but not a mutated cPPT, largely reduced DNA editing by both APOBEC3G and APOBEC3B of sequences downstream, but not upstream, of the cPPT. A significant protection was observed as far as 400 nucleotides downstream. Thus, in addition to other functional properties, the cPPT protects lentiviruses against DNA editing by cytidine deaminases of the APOBEC family. This work elucidates an additional viral strategy for protection from cellular antiviral factors

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Dostert, Catherine. "Etude de la réponse antivirale de la drosophile". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. http://www.theses.fr/2005STR13146.

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Boisnard, Arnaud. "Caractérisation des QTL de résistance au Rice yellow mottle virus chez le riz et relation avec les facteurs d’initiation de la traduction de type 4E et 4G". Montpellier 2, 2007. http://www.theses.fr/2007MON20080.

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Cette étude présente la caractérisation de QTL de résistance partielle au virus de la panachure jaune chez le riz. Des approches de génétique et de cartographie classiques y ont été couplées à une approche gène candidat ciblée sur les facteurs d'initiation de la traduction, dont les virus semblent largement dépendre pour infecter les plantes. Dans une première étape, la cartographie des QTL a été optimisée grâce l'analyse combinée de deux populations. Dans une deuxième étape, les gènes des facteurs d'initiation de la traduction eIF4E et eIF4G ont été recherchés sur la séquence génomique du riz et leur positionnement a révélé trois co-localisations avec des QTL majeurs. Dans une troisième étape, des lignées quasi-isogéniques ont été développées dans le but de confirmer ou d'infirmer ces co-localisations. Le gène candidat eIF4E localisé sur le chromosome 1 a ainsi été invalidé. De même, sur le chromosome 2, le gène eIF4G-like a été invalidé, mais un deuxième candidat, eIF(iso)4G n'a pu être ni rejeté, ni confirmé. Enfin, sur le chromosome 12, une co-localisation entre un QTL majeur et un gène eIF4G-like a été confirmée et cartographiée finement à un intervalle de 1. 66 Mb, qu'une restriction à la recombinaison n'a pas permis de réduire encore. La région présente les caractéristiques des régions péricentromériques : peu de gènes et de nombreux éléments transposables insérés les uns dans les autres. La caractérisation du gène eIF4G-like a révélé la présence de polymorphismes non synonymes entre les allèles sensibles et résistants, ainsi que l'insertion dans un intron d'un rétrotransposon chez les allèles de résistance. Finalement, nos résultats révèlent que les gènes de la famille eIF4E ne gouvernent pas la résistance partielle, mais que deux gènes de la famille eIF4G constituent des candidats pour contrôler des QTL
This document presents the analysis of QTLs of partial resistance to Rice yellow mottle virus in rice. Classical genetic and mapping approaches were associated with a candidate-gene approach on eIF4E and eIF4G translation initiation factor genes, which seems to be largely involved in plant/virus interactions. In a first step, QTL mapping was improved by the analysis of two populations in a multi-cross design using an integrative map. In a second step, translation initiation factor eIF4E and eIF4G genes were identified on the rice genomic sequence; four of them were co-located with QTLs. In a third step, near-isogenic lines were developed in order to confirm or to reject these co-locations. EIF4E candidate gene, located near a major QTL on chromosome 1, was rejected. On chromosome 2, an eIF4G-like candidate gene was also rejected, whereas an eIF(iso)4G gene was neither confirmed, nor rejected. Finally, a co-location between a major QTL of chromosome 12 and an eIF4G-like gene was confirmed. The QTL was mapped to a 1,66 Mb interval, but a suppression of recombination impaired the reduction of this interval. The interval presents characteristics of pericentromeric regions: low gene density and large stretches of nested transposable elements. EIF4G-like characterization revealed non-synonymous polymorphisms between susceptible and resistant varieties, and the insertion of a retrotransposon in an intron, in resistant varieties. Finally, our results suggest that genes from eIF4E family do not control partial resistance and that two genes from eIF4G family are candidate for governing QTLs of resistance

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Zarrouk, Karima. "Étude des mécanismes biochimiques et moléculaires de la résistance du cytomégalovirus humain et du virus herpès simplex 1 au foscarnet". Doctoral thesis, Université Laval, 2021. http://hdl.handle.net/20.500.11794/70273.

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Resumen

La structure des ADN polymérases (pol) du cytomégalovirus humain (CMV) et du virus herpès simplex 1 (VHS-1), appartenant tous deux à la famille des Herpesviridae, est associée à la forme d’une main droite comportant entre autres les domaines de la paume, du pouce et des doigts. L’ADN pol adopte différentes conformations (ouverte et fermée) impliquant un mouvement du domaine des doigts dans le but de faciliter l’intéraction entre le nucléotide et l’ADN en cours d’élongation. Il a été montré que l’antiviral foscarnet (FOS) qui cible l’ADN pol du CMV et du VHS-1 se lierait à l’enzyme quand elle est dans sa conformation fermée et que des mutations dans le domaine des doigts conférant la résistance à cet antiviral favoriseraient une conformation plus ouverte de l’enzyme pour laquelle le FOS a une affinité plus faible. Nous avons voulu analyser si cette hypothèse s’appliquait également à des mutations qui sont localisées dans des régions du domaine NH2-terminal et de la paume qui interagissent avec le domaine des doigts lors des changements de conformation de l’enzyme au cours de la réaction de polymérisation. Notre hypothèse est que des mutations localisées dans l’hélice K (domaine NH2-terminal) et la région II (domaine de la paume) qui participent aux changements de conformation de l’enzyme pourraient favoriser une conformation plus ouverte des ADN pol virales, et par conséquent, réduire la sensibilité des virus au FOS. Nous avons donc sélectionné des substitutions théoriques en utilisant une stratégie basée sur l’alignement des séquences en acides aminés des ADN pol du CMV et du VHS-1 (sensibles au FOS) avec celles des bactériophages RB69 et T4 (résistantes au FOS). Nous avons tenté de générer les virus recombinants CMV et VHS-1 possédant les différentes substitutions théoriques sélectionnées. Cependant, l’introduction de certaines substitutions [Q578P, R581T, L587F (hélice K), P712Y, F718L (région II) pour le CMV et Q617P, R620T, L626F (hélice K), F718L (région II) pour le VHS-1] étaient délétères pour les ADN pol, ce qui empêchait les virus recombinants de se répliquer en culture cellulaire. Parmi les substitutions sélectionnées dans l’hélice K, la substitution I619K confère une résistance du VHS-1 au FOS. Au sein de l’hélice K, nous avons également caractérisé la substitution théorique Q579I qui conférait une hypersensibilité du CMV au FOS. Nous avons caractérisé cette substitution en la comparant à la mutation K805Q localisée dans l’hélice P (domaine des doigts) déjà connue pour induire une hypersensibilité du CMV au FOS. Dans la région II, les substitutions V715S et A719T confèrent une résistance des deux virus au FOS. La substitution Q697P du CMV confère une résistance du CMV au FOS mais pas pour le VHS-1. Les profils de sensibilité des virus recombinants au FOS ont également été confirmés par des tests enzymatiques dans lesquels nous avons déterminé l’inhibition de l’activité des ADN pol recombinantes mutées par cet antiviral. Nous avons également constaté une diminution des capacités réplicatives des CMV et VHS-1 recombinants possédant ces substitutions par rapport à celle des virus sauvages correspondants. Des analyses tri-dimensionnelles ont été réalisées et ont suggéré que les substitutions conférant une résistance au FOS seraient associées à une déstabilisation de la conformation fermée des ADN pol et favoriseraient une conformation plus ouverte pour laquelle l’antiviral a une plus faible affinité. D’autre part, les modélisations tri-dimensionnelles des protéines possédant les substitutions conférant une hypersensibilité au FOS ont montré que les ADN pol favorisaient une conformation plus fermée pour laquelle le FOS a une plus grande affinité. La caractérisation de la substitution théorique V715S du CMV et du VHS-1 (FOSR/GCVR et FOSR/ACVR, respectivement) a été comparée aux substitutions V715G du VHS-1 (FOSR/ACVR), V715M du CMV et du VHS-1 (FOSR/GCVS et FOSS/ACVR, respectivement), déjà décrites dans la littérature. Brièvement, nous avons montré que l’introduction de ces différentes substitutions induisaient des changements au niveau de l’environnement hydrophobe de la valine à la position 715 influençant ainsi les phénotypes de sensibilité aux antiviraux observés. L’ensemble de ces résultats nous ont permis d’appuyer notre hypothèse selon laquelle les mutations localisées dans l’hélice K et la région II peuvent influencer la sensibilité des virus au FOS en modifiant la structure de la protéine et en interférant avec les changements de conformation de l’enzyme.
The structure of the human cytomegalovirus (HCMV) and herpes simplex virus 1 (HSV-1) DNA polymerase (pol), belonging to the Herpesviridae family, is associated to a right hand with palm, thumb and fingers domains. The viral DNA pol adopts different conformations (open and closed) that implies a move of the fingers domain to facilitate the interaction between the nucleotide and the elongating DNA. It has been shown that the antiviral foscarnet (FOS) which targets the HCMV and HSV-1 DNA pol binds to the enzyme in its closed conformation and mutations confering resistance to this antiviral and localised in the fingers domain would favor a more open conformation of the enzyme for which FOS has a lower affinity. The aim of this thesis was to analyse whether this hypothesis could be extended to mutations localised in the NH2-terminal and the palm domains which interact with the fingers domain during the conformational changes of the enzyme during the polymerization process. Our hypothesis is that mutations localized in the helix K (NH2-terminal domain) and region II (palm domain) that participate in the conformational changes of the enzyme could favor a more open conformation of the viral DNA pol, and thus, decrease the susceptibility of viruses to FOS. We selected theoretical substitutions using a strategy based on amino acid sequences alignement of the DNA pol of HCMV and HSV-1 (susceptible to FOS) with those of RB69 and T4 bacteriophages (naturally resistants to this antiviral). We tried to generate recombinant HCMV and HSV-1 containing the different theoretical substitutions that we selected. However, the introduction of some theoretical substitutions [Q578P, R581T, L587F (helix K), P712Y, F718L (region II) for HCMV and Q617P, R620T, L626F (helix K), F718L (region II) for HSV-1] was so detrimental for the DNA pol that recombinant viruses were not able to grow in cell culture. Among the substitutions selected in the helix K, the substitution I619K confers resistance of HSV-1 to FOS. In the helix K, we also characterized the theoretical Q579I substitution that confers hypersusceptibility of HCMV to FOS. We compared this substitution with the K805Q substitution located in the helix P (fingers domain), already known to induce hypersusceptibility of HCMV to FOS. In region II, substitutions V715S and A719T confer resistance of both viruses to FOS whereas the Q697P substitution was associated with resistance of HCMV to FOS but not for HSV-1. The susceptibility profiles of recombinant viruses to FOS were confirmed by enzymatic assays that allowed us to determine the inhibition of the recombinant mutated DNA pol activity by this antiviral compound. We observed a decrease of the replicative capacities of recombinant HCMV and HSV-1 harboring these mutations compared to their wild-type counterparts. Tri-dimensional modeling was also performed to better understand the impact of these substitutions on the DNA pol of HCMV and HSV-1. On the one hand, substitutions confering resistance to FOS were associated to a destabilization of the closed conformation of the DNA pol and would favor a more open conformation for which the antiviral has a lower affinity. On the other hand, substitutions associated to a hypersusceptibility profile would favor a more closed conformation of the DNA pol for which FOS has a higher affinity. The characterization of the theoretical substitution V715S of HCMV and HSV-1 (FOSR/GCVR and FOSR/ACVR, respectively) was compared to the substitutions V715G of HSV-1 (FOSR/ACVR), V715M of HCMV and HSV-1 (FOSR/GCVS and FOSS/ACVR, respectively), already described in the literature and that were, thus, associated with different antiviral susceptibility phenotypes compared to those of V715S. Briefly, we showed that the introduction of these different substitutions could induce varying changes of the hydrophobic environment of the valine at position 715 influencing the antiviral susceptibility profile. Altogether, these results support our hypothesis that substitutions in helix K and region II could influence the susceptibility of HCMV and HSV-1 to FOS by modifiying the protein structure and impacting the correct conformational changes of the enzyme.

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Masquelier, Bernard. "Etude virologique de la résistance du VIH-1 aux analogues de nucléosides : applications à des situations cliniques". Bordeaux 2, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR28293.

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Les molécules les plus utilisées dans la thérapeutique antirétrovirale de l'infection à VIH-1 sont des analogues nucléosidiques, inhibiteurs de la transcriptase inverse (reverse transcriptase : RT). L'efficacité des thérapeutiques anti-VIH-1 est limitée par l'apparition de variants VIH-1 résistants à ces drogues. Des mutations de la RT ont été décrites comme étant responsables de ces phénomènes de résistances. Pour étudier les mécanismes des résistances aux analogues nucléosidiques, nous avons collaboré à la mise au point d'un test phénotypique consensus définissant la sensibilité des isolats VIH-1 à ces drogues. Nous avons également développé des techniques génotypiques permettant l'étude de la variabilité du gène pol associée à l'apparition des résistances chez le VIH-1. Nous avons pu ainsi étudier l'évolution phénotypique et génotypique d'isolats VIH-1 provenant de patients traités par la zidovudine (AZT) à un stade tardif et à un stade précoce de l'infection à VIH-1. Nous avons également caractérisé des isolats provenant de patients bénéficiant d'un changement thérapeutique de l'AZT vers la ddl. Par ailleurs, nous avons pu décrire un cas de transmission mère-enfant d'un variant VIH-1 résistant à l'AZT. L'ensemble de ces études nous permet de mieux définir les relations génotype-phénotype dans l'évolution des isolats VIH-1. Une étude approfondie des résistances aux antirétroviraux devra être entreprise dans les protocoles thérapeutiques à venir, ainsi que dans le suivi biologique de l'infection à VIH
The more used molecules in antiretroviral therapy of HIV-1 infection are nucleoside analogs, inhibitors of reverse transcriptase (RT). The efficacy of anti HIV-1 therapy is limitated by the outcome of HIV-1 variants resistant to these drugs. Mutations in the RT have been described as responsible for HIV drug resistance. In order to study resistance mecanism to nucleoside analogs, we collabored to the design of a consensus phenotypic drug sensitivity assay. We also developed genotypic techniques enabling us to study the pol gene variability associated with HIV-1 drug resistance. We could thus follow up the phenotypic and genotypic evolution of HIV-1 isolates from patients under zidovudine (AZT) therapy at a late stage and at an early stage of HIV-1 infection. We also caracterized isolates from patients undergoing a switch of therapy from AZT to ddl. We otherwise could describe the transmission of an AZT-resistant HIV-1 isolate from a mother to her infant. All these studies enabled us to precise the relationship between phenotype and genotype in the evolution of the HIV-1 isolates. A careful study of HIV antiretroviral resistance has to be undertaken in the future therapeutic trials and the biological follow-up of HIV infection

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Lassaux, Adeline. "Gènes de résistance aux étapes précoces de la réplication des rétrovirus leucémogènes murins (MLV) et du virus de l’immunodéfiance humaine (VIH)". Montpellier 2, 2006. http://www.theses.fr/2006MON20022.

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Au cours de ma thèse, je me suis intéressée aux mécanismes de résistance innée de l’infection rétrovirale précoce. Le mécanisme Fv1, découvert dans les années 70, a été largement étudié puis est lentement retombé dans l’oubli jusqu'à l’identification du gène responsable. Plus récemment, ce mécanisme a acquis un regain d’intérêt encore plus marqué avec la découverte dans les cellules de mammifères du mécanisme antirétroviral Ref1/Lv1, d’action similaire à Fv1. Fv1 bloque les virus MLV dans les cellules de souris, alors que le mécanisme Ref1 bloque les virus MLV dans les cellules de mammifères et que le mécanisme Lv1 bloque HIV-1 dans les cellules simiennes. Le gène Fv1 et la protéine du même nom sont plutôt bien définis, alors que les restrictions Ref1 et Lv1 restent moins bien définies pour l’instant. Cependant, plus récemment, les protéines TRIM5a humaines et simiennes ont été montrées comme capables de restreindre respectivement les virus MLV et HIV-1. Différentes observations nous ont incités à identifier sur les MLV, les déterminants viraux qui sont ciblés par Fv1 et Ref1. En utilisant un système de trans-complémentation à plusieurs vecteurs mis au point au laboratoire, j’ai cartographié précisément l’ensemble de ces déterminants et montré que les cibles virales pouvaient être reconnues différemment par les restrictions Fv1 et Ref1 {Lassaux, 2005 #4}. J’ai ensuite généré toute une série d’outils génétique autour de TRIM5a que j’ai utilisé pour étudier la restriction sur le HIV-1. L’ensemble des résultats obtenus ont fourni des renseignements sur les domaines d’interactions entre la protéine TRIM5a et HIV-1 (Lassaux et al. En preparation)
During my PhD, I first focused my work on the innate restriction mechanisms which occur during the early phase of the viral replication. The Fv1 mechanism, first discovered in the seventies have been extensively studied and then slowly fallen down in the lapse of memory until the identification of the responsable gene. More recently, this mechanism acquired a renewed of interest with the discover of a similar antiretroviral mechanism to Fv1 in the mammalian cells called Ref1/Lv1. While the Fv1 mechanism blocks MLVs in mouse cells, the Ref1 mechanism blocks MLVs in the primate cell, and the Lv1 mechanism blocks HIV in simian cells. Fv1 has been shown to code for a protein related to retroviral capsids, while Ref1 and Lv1 are associated to TRIM5a, a member of a large family of multidomain proteins. Human and simian TRIM5a block the MLV and HIV replication respectively. We have described new determinants in the MLV CA that modulate the Fv1 and Ref1 restriction. For this purpose, I used a three vectors trans-complementation system that reconstitutes single round infectious virions, to precisely identify new residues in CA that are differentially targeted by the Fv1 and Ref1 restrictions. This work has been detailed in an article in J. Virology {Lassaux, 2005 #4}. Furthermore, I derived a series of constructs from the human and simian TRIM5a genes to evaluate the impact of the different TRIM domains in restriction, trans-dominant effect and species-specific restriction abilities. Altogether, we defined the influence of different domains, Ring domain, B-Box domain and coiled-coil in antiretroviral properties of human and simian TRIM5a (Lassaux et al in preparation)

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Gaymard, Alexandre. "Étude et suivi de la résistance des virus influenzae A aux inhibiteurs de la neuraminidase". Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSE1135/document.

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Les virus influenzae sont des pathogènes importants ayant un impact à la fois écologique et en santé publique humaine. En effet chez l’Homme, ces virus sont responsables de la grippe, qu’elle soit saisonnière, pandémique ou zoonotique. Face à ces infections très peu d’options thérapeutiques sont disponibles : seuls les inhibiteurs de neuraminidases (INA) sont recommandés par l’OMS mais des résistances ont été décrites. Les substitutions H274Y, E119V et R292K sont les substitutions de résistance retrouvées le plus fréquemment dans les neuraminidases des virus influenzae humains. Dans notre travail, l’étude des résistances aux INA a été organisée autour de deux axes, d’une part via le suivi clinique et biologique de la résistance chez les patients et d’autre part via l’étude de l’impact des substitutions de résistance dans des neuraminidases aviaires. La surveillance de ces résistances au sein du CNR des virus des infections respiratoires a permis la caractérisation du génome de virus influenza A(H1N1)pdm09 dans un contexte d’excrétion chronique en présence d’un traitement par INA chez un patient atteint de déficit immunitaire combiné sévère mais aussi le développement et l’évaluation de la PCR digitale pour le diagnostic de la substitution H274Y des virus A(H1N1). Au niveau mécanistique, notre travail a permis l’analyse des substitutions (H274Y, R292K, E119V±I222L) sur l’ensemble des sous-types de neuraminidases des virus influenzae A. La substitution H274Y se retrouve préférentiellement dans les N1 mais est responsable d’une diminution de la sensibilité à l’oseltamivir pour toutes les neuraminidases du groupe 1 (N1, N4, N5 et N8). La substitution E119V entraine une diminution de la sensibilité à l’oseltamivir variable en fonction des neuraminidases avec un impact plus important pour les N2, N7, N9 et N5. De plus l’association des substitutions E119V+I222L entraine un effet synergique sur le phénotype de résistance à l’oseltamivir. Enfin la substitution R292K entraine une diminution de la sensibilité à tous les INA dans toutes les neuraminidases du groupe 2 (N2, N3, N6, N7 et N9). La production d’une N9 recombinante portant la substitution R292K a montré un impact majeur de la substitution sur l’activité enzymatique. Un développement technologique toujours en cours au laboratoire va nous permettre d’aller plus loin dans l’analyse des mécanismes qui sous-tendent l’apparition de ces résistances
Influenza viruses are important human pathogens that are responsible for flu, whether seasonal, pandemic or zoonotic. Very few therapeutic options are available against these pathogens and neuraminidase inhibitors (NAI) are the only antiviral agents recommended by the WHO for treatment and prophylaxis of influenza virus infections. NAI resistance has already been described and the H274Y, E119V and R292K neuraminidase substitutions are the most frequently encountered substitutions responsible for oseltamivir resistance. During this work, we focused the NAI resistance study around two main objectives: first, we monitored clinical and biological resistance in treated patients and then we studied the impact of substitutions responsible for NAI resistance using avian neuraminidases. For NAI resistance monitoring, viral genomic diversity of a child's influenza A(H1N1)pdm09 was characterized in the context of a severe combined immunodeficiency and a chronic viral excretion despite antiviral treatment. For a better detection of H274Y substitution in A(H1N1) influenza viruses, a digital droplet PCR was developed and evaluated. At a more fundamental level, resistance substitutions (H274Y, R292K, E119V ± I222L) were analysed using all neuraminidase subtypes of influenza A viruses. To summarize, H274Y substitution is preferentially isolated in N1 but also decreases oseltamivir susceptibility in all group 1 neuraminidases (N1, N4, N5 and N8). The E119V substitution impact on oseltamivir susceptibility depends on the neuraminidase and decreases oseltamivir susceptibility especially within N2, N7, N9 and N5. Moreover, the E119V+I222L substitutions has a synergistic effect on oseltamivir resistance profile. The R292K substitution decreases all NAI susceptibility for all group 2 neuraminidases (N2, N3, N6, N7 and N9). The production of a recombinant N9 bearing the R292K substitution allows to highlight the substitution impact on the sialidasic activity. Development of new technological tools are still in progress to allow a more accurate analysis of the mechanisms that underlie the NAI resistance

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Thomas, Rozenn. "Action des phycoDNAvirus sur les populations phytoplanctoniques (Mamiellophyceae) : étude de la résistance aux infections virales". Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066683.

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De part leurs fortes abondances et leur caractère de parasites obligatoires, les virus sont des acteurs majeurs du fonctionnement des écosystèmes et de contrôle des populations, en particulier en milieu marin. Il a été établi récemment que le phénomène de résistance des microorganismes aux infections virales était présent dans l'environnement marin. Cependant l'importance de ce phénomène, les mécanismes physiologiques et moléculaires sous-jacents ainsi que ses conséquences sur le développement viral et des populations parasitées reste très largement méconnu. Dans cette optique, la mise en évidence de l'existence du phénomène de résistance a été démontrée chez les trois principaux genres de Mamiellophyceae, une classe très répandue de microalgues marines. Des études plus approfondies des mécanismes de la résistance ont été menées sur le modèle Ostreococcus tauri et son virus OtV5 (Ostreococcus tauri Virus 5). O. Tauri, plus petit eucaryote photosynthétique connu à ce jour, est une algue écologiquement importante et de répartition mondiale. Un de ses virus associé, OtV5, est un virus à cycle lytique dont le génome a été entièrement séquencé. Dans ce modèle hôte-virus, nous avons découvert deux types de résistance virale : le premier type est un système de tolérance où les cellules RP (résistant producteurs) produisent des virus selon un cycle de 1 à 3 virus par jour et par cellule en phase exponentielle de croissance de l'hôte. Le deuxième type de résistance est celui des RNP (résistant non producteur) qui résistent à l'entrée de l'ADN viral dans les cellules hôtes. Ensuite, nous avons analysé les coûts associés à cette résistance dans l'environnement, et montré que, de façon inattendue, la pression virale est plus importante pour les cellules résistantes que les cellules sensibles. Nous avons analysé la diversité de ces virus attaquant les cellules résistantes et séquencé un génome viral en entier. Enfin, nous avons déterminé plusieurs axes de perspectives d'études moléculaires et cellulaires du ou des mécanisme(s) de résistance. En particulier, l'analyse caryotypique puis transcriptomique des clones résistants et l'analyse biochimique des réponses associées à la résistance, constituent des axes très prometteurs

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Poulicard, Nils. "Emergence et adaptation du Rice yellow mottle virus : relations entre histoire évolutive, contournement de résistance et interactions hôte/pathogène". Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20121.

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Le Rice yellow mottle virus (RYMV) est un virus émergeant qui constitue actuellement une contrainte majeure à la riziculture sur le continent africain. Quelques rares variétés de riz, issues des espèces cultivées de riz africain et asiatique (respectivement Oryza glaberrima et O. sativa), ont récemment été identifiées comme hautement résistantes au RYMV. Ce phénotype de résistance est dû à un gène récessif RYMV1 codant le facteur d'initiation de la traduction eIF(iso)4G1 du riz.Les objectifs de cette thèse sont (i) d'étudier la durabilité de la résistance élevée du riz contre le RYMV avant son déploiement à large échelle, (ii) de caractériser les mécanismes d'émergence de génotypes contournants et (iii) d'identifier des signatures moléculaires influençant ces processus d'adaptation. Ainsi, le contournement de deux allèles de résistance, identifiés chez les deux espèces de riz cultivés, a été relié à l'émergence de mutations dans la protéine virale VPg qui permettent de rétablir l'interaction avec le facteur eIF(iso)4G1 de l'hôte résistant. Un site sous sélection diversificatrice de la VPg influence directement la capacité de contournement de la résistance élevée en fonction de l'espèce hôte. Ce site, proche des mutations de contournement, est impliqué dans l'adaptation du virus à l'espèce O. glaberrima au cours de son histoire évolutive. La démarche employée au cours de ce travail combine des études d'évolution expérimentale à des analyses fonctionnelles. Les résultats obtenus par cette approche intégrative participeront à la mise en place de stratégies de lutte intégrée à la fois efficaces et durables face à la maladie de la panachure jaune du riz en Afrique
The Rice yellow mottle virus (RYMV) is an emerging virus currently considered as the major constraint to rice production in Africa. Some varieties of African and Asian cultivated rice (Oryza glaberrima and O. sativa, respectively), have recently been identified as highly resistant to RYMV. This resistance phenotype is caused by a recessive gene RYMV1 encoding the translation initiation factor eIF(iso)4G1 of rice.The objectives of this thesis are (i) to investigate the durability of the high resistance of rice against RYMV before broadly deployment in fields, (ii) to characterize the mechanisms of emergence of resistance-breaking (RB) genotypes and (iii) to identify molecular signatures that influence these processes of adaptation. The resistance-breaking of two resistance alleles, identified in both cultivated rice species, is mainly associated with the emergence of mutations in the viral protein VPg that restore in resistant hosts the interaction with the factor eIF(iso)4G1. A site of VPg under diversifying selection directly affects the ability to overcome the high resistance depending on the host species. This site, near the RB mutations, is involved in the adaptation of the RYMV to O. glaberrima species during its evolutionary history. The approach used during this work combines experimental evolution and functional analyses. The results of this integrative study will participate in the development of effective and sustainable control strategies toward the Rice yellow mottle virus in Africa

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Terret-Welter, Zoé. "Identification de gènes de résistance par perte de sensibilité face au Tomato spotted wilt virus chez les Solanacées". Thesis, Aix-Marseille, 2019. http://www.theses.fr/2019AIXM0262.

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Resumen

Le Tomato spotted wilt virus est un virus dommageables pour Solanac. L’évolution adaptative de la RNA-dependent RNA polymerase du TSWV a été analysé. Le génome de l’isolat TSWV-LYE51 a été séquencé. L’analyse s’est portée sur le gène de la RdRp impliquée dans la transcription et réplication du génome viral. Un modèle 3D de cette protéine a été créé par modélisation par homologie. Des analyses phylogénétiques et de sélections ont permis de mettre en évidence des hot-spots de mutations adaptatives et des domaines contraints. Une recherche de gènes candidats de la plante hôte impliqués dans la sensibilité au TSWV a été menée : pour réaliser leur cycle, les virus détournent de nombreux facteurs de l’hôte via des interactions directes. Ces facteurs sont des sources de résistance via leur absence ou leur modification. J’ai réalisé des cribles double-hybrides en levure en utilisant un domaine contraint comme appât. Mes résultats ont permis d’identifier plusieurs gènes candidats dont la validation est à venir. Mes travaux ont permis d’obtenir de nouvelles informations sur les mécanismes du cycle viral et la capacité d’adaptation du TSWV. Tout cela ouvre de nouvelles perceptive sur le développement de résistance par perte de sensibilité, en utilisant la variabilité naturelle ou inées. Malgré des résistances dominantes chez la tomate et le piment, de nouveaux isolats contournant sont apparus. Il est primordial de développer de nouvelles résistances génétiques durables face au TSWV. Mes travaux de thèse ont eu pour objectif de caractériser un isolat de TSWV et d’identifier des interactions protéiques entres le TSWV et la plante hôte, Solanum Lycopersicumduite des gènes candidats
The Tomato spotted wilt virus is the second most destructive plant virus, particularly in Solanacea. Despite resistance genes found in Tomato and Pepper toward this virus, new isolates were able to overcome those genes. There is an urgent need to develop new durable genetic resistance. Resistance by loss of susceptibility is one of the great opportunities. My thesis falls within the ambition to characterize a TSWV isolate and to identify protein interaction between the virus and his host, Solanum Lycopericum. TSWV RNA-dependent RNA polymerase adaptive evolution and constrained domains was analyzed. TSWV-LYE51 genome was sequenced. We decided to focus on the RdRp which is the key protein for cycle life. This protein is responsible of the transcription and replication of the viral genome. A 3D model of this protein was made by homology modeling. Phylogenetic and selection analysis show up some hot-spot of adaptive mutation and constrained domains. Those results were useful to search resistance genes. Then, we were looking for candidates genes implicated in TSWV sensibility. Virus has to hijack host cellular protein in order to accomplish its cycle and infect its host. Host proteins are susceptibility factors. Those factors could lead to resistance by their absence or their modification. To find them, some yeast-two hybrid screenings were made using constrained domains previously identify as bait. We identify several candidates’ genes which still have to be validated. My work allows us to obtain new information about TSWV infectious mechanism and its adaptation. It brings new perspective in loss-of-susceptibility resistance development by using natural variability

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Veillon, Pascal. "Facteurs prédictifs de la réponse au traitement des hépatites chroniques C : étude de la cinétique de deux marqueurs viraux et variabilité du gène NS5A". Angers, 2004. http://www.theses.fr/2004ANGE0515.

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Plus de 200 millions de personnes seraient infectées par le virus de l'hépatite C, soit près de 3 % de la population mondiale. Au cours de la dernière décennie, le traitement contre le VHC a vu de nombreuses avancées et des facteurs prédictifs de réponse au traitement ont été définis. Cependant, malgré ces avancées thérapeutiques, les patients infectés par un génotype 1 restent des patients ayant le moins de chance de répondre à un traitement antiviral par l'élimination persistante du virus. Nous avons étudié des facteurs viraux permettant de prédire la réponse au traitement : la cinétique de disparition de l'ARN et de l'antigène de capside du VHC sous traitement et la variabilité génétique du gène NS5A avant et durant le traitement. Nous avons trouvé plus de mutations dans le gène NS5A chez les répondeurs que chez les non-répondeurs, ainsi qu'une nouvelle insertion génétique dans la région V3 de ce gène formant une duplication de cette région
Hepatitis C virus infects more than 200 million persons over the world, near 3 % of the world population. During the last decade treatment against HCV had numerous progresses and some predictive factors of response to treatment were described. Despite these progresses, patients infected with HCV genotype 1 have low virological response rate to antiviral treatment. We have studied different viral factors in prediction to response to treatment. We have studied the clearance of two viral markers (HCV RNA and HCV core antigen) under treatment. We have also analysed the genetic variability of NS5A protein before and during treatment, found more mutations in responders than in non-responders in the NS5A gene and a new insertion in the V3 region leading to a duplication of this region

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De, Cillia Julia. "Poleroviruses : functional analysis of the PO silencing suppressor protein and investigation of the phloem-restricted tropism in transgenic plants". Strasbourg, 2011. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2011/DE_CILLIA_Julia_2011_ED414.pdf.

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Resumen

Le mécanisme de RNA silencing représente un mécanisme de défense antiviral majeur chez les plantes qui est déclenché par la présence d'ARN double brin. Reconnu par les protéines Dicer, cet ARN est coupé en siRNA qui seront intégrés dans un complexe RISC (RNA induced silencing complex) et serviront de guide pour le clivage des ARN homologues. Les phytovirus codent pour diverses protéines suppresseurs afin d'interférer avec ce mécanisme de défense. La protéine P0 des polérovirus, virus à ARN simple brin de polarité positive, est capable d'inhiber le RNA silencing en induisant la déstabilisation des protéines ARGONAUTEs (AGO), les principaux composants du complexe RISC. La protéine P0 interagit aussi avec les protéines SKP-like de plantes grâce à son motif F-box-like, une interaction qui semble requise à sa fonction de suppresseur. Plusieurs protéines P0 mutées, provenant de deux polérovirus différents, ont été analysées. Leur activité de suppresseur du silencing, leur interaction avec les protéines SKP et leur capacité à déstabiliser les protéines AGO ont été testées et leur localisation subcellulaire a été déterminée. Ces expériences ont permis d'identifier des domaines importants pour la fonction des protéines et ont révélé des différences étonnantes entre les deux protéines P0. Le tropisme phloémien des polérovirus a été analysé en utilisant des plantes transgéniques, exprimant le cDNA complet du Turnip yellows virus sous le contrôle du promoteur constitutif 35S. Les résultats obtenus donnent de nouvelles indications sur le silencing induit contre les polérovirus et soulèvent des questions intéressantes quant au mécanisme de synthèse de l'ARN subgénomique de ces virus
RNA silencing is a major antiviral defense mechanism in plants. Viral double-stranded RNAs are cleaved into siRNA duplexes by Dicer proteins and subsequently incorporated into the RNA induced silencing complex (RISC), which guides sequence specific degradation of homologous RNAs. In order to counteract this plant defense, most plant viruses evolved silencing suppressor proteins. Poleroviruses, a group of single-stranded RNA plant viruses belonging to the Luteoviridae family, encode the strong silencing suppressor P0. This protein interacts with plant SKP-like proteins through an F-box-like motif, which appears important for its function. Recently, it was demonstrated that P0 destabilizes ARGONAUTE (AGO) proteins, key members of RISC. Their degradation leads to the inhibition of the silencing mechanism. In this work we designed several mutants of P0 proteins from two different poleroviruses. The mutant proteins were tested for their silencing suppressor activity, SKP interaction, their ability to induce AGO destabilization and their subcellular localization. These experiments allowed to determine several domains required for P0's function and revealed striking differences between the two P0 proteins. The particular phloem-limited tropism of the Luteoviridae was analyzed in the second part of this thesis. The use of transgenic Arabidopsis plants, expressing a full-length Turnip yellows virus cDNA clone under the control of the constitutive 35S promoter, led to interesting conclusions regarding the silencing response induced against poleroviruses. The results presented here also raise questions about the mechanism of subgenomic RNA synthesis

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Boulestin, Anne. "Facteurs viraux et pharmacologiques impliqués dans la résistance du virus de l'hépatite C aux traitements antiviraux". Aix-Marseille 2, 2006. http://www.theses.fr/2006AIX20686.

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Le traitement de l'hépatite chronique C repose sur l'administration d'interféron alpha (IFN-α) combiné à la ribavirine. La glycoprotéine E2 et la protéine NS5A ayant été impliquées dans la résistance au traitement, nous avons étudié ces deux gènes et n'avons pas trouvé de lien entre leur séquence et l'issue du traitement. L’impact du génotype et de la charge virale sur la réponse précoce a été évalué. La réponse immune préthérapeutique apparaît déterminante, mais une immunothérapie par l’Il-2 s'est révélée décevante. Des concentrations circulantes suboptimales d'IFN-α sont associées à une mauvaise réponse précoce chez les patients dont le poids est élevé. Une méthode biologique est optimale pour comparer les concentrations circulantes des deux formes d'IFN pégylé, leurs activités antivirales intrinsèques n’étant pas équivalentes. Les paramètres pharmacologiques sont impliqués dans la réponse au traitement cependant l'étude de la réponse immune des patients serait informative
Alpha Interferon (IFN-α) combinated to ribavirin is the mainstay of the treatment of chronic hepatitis C. Since glycoprotein E2 and protein NS5A have been involved in resistance to treatment, we studied these two genes and failed to find a correlation between their sequence and treatment outcome. Genotype and viral load were shown to affect early response. Although pretherapeutic immune response appears to be decisive, an Il-2 based immunotherapy gave disappointing results. We also studied IFN-α pharmacokinetics. Suboptimal serum concentrations of IFN-α were associated with a poor early response to treatment in high weighted patients. A bioassay allows to compare serum concentrations of the two forms of pegylated IFN, as these two molecules are not equivalent in terms of antiviral potency. Pharmacological parameters play a role in response to treatment but study of patient immune response could give new insights

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Maestro, Tejada Maria Carmen. "Résistance du melon aux virus : interaction avec les pucerons vecteurs, analyse génétique sur des lignées halodiploi͏̈des". Aix-Marseille 3, 1992. http://www.theses.fr/1992AIX30021.

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L'analyse genetique de la resistance partielle du geniteur pi 161375 vis-a-vis de deux virus affectant le melon (cmv pathotypes commun et song et prsv-w) est presentee. L'approche suivie, fait intervenir la descendance haplodiploide issue de l'hybride f1 entre pi 161375 et une variete sensible de melon de type charentais (vedrantais). Ceci donne acces a l'analyse independante des diverses composantes de la resistance (expression des symptomes, multiplication du virus, inoculation et acquisition du virus par les pucerons) puis a l'etude des correlations entre ces mecanismes et entre les deux virus. 54 lignees haplodiploides gynogenetiques (hd) ont ete obtenues. Le rendement initial en haploides de l'hybride f1 se situe a 2,8 embryons/fruit en moyenne. 10% des embryons haploides ont donne une lignee hd. Une etude du rendement du cycle d'obtention de lignees haplodiploides utilisables dans l'analyse genetique est presentee. L'analyse de la segregation pour 5 marqueurs monogeniques de resistance a diverses maladies sur la descendance haplodiploide a mis en evidence l'existence d'une selection gametique operee par la technique d'haplodiploidisation pour 4 d'entre eux. L'ensemble des variables etudiees (severite des symptomes, dosage serologique elisa du virus et du facteur assistant, taux d'acquisition et de transmission par pucerons) montre une expression quantitative sur la generation hd. A l'exception de la resistance partielle a l'inoculation par les pucerons, la variation observee est heritable. L'analyse biometrique a mis en evidence la predominance des effets additifs des genes dans l'expression de la resistance. Des parametres tels que l'heritabilite et le nombre de genes en segregation ont ete estimes. Les resultats obtenus suggerent un controle genetique independant de la resistance au cmv et au prsv-w. Des resultats preliminaires concernant la resistance partielle au sqmv, notamment a la transmission du virus par la graine, sont presentes

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Mertens, Eva. "Viral Determinants of West Nile Virus résistance to antiviral action of 2',5' Oligoadenylate Synthetase Ib". Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077016.

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Le virus West Nile (WNV) est un flavivirus émergent transmis par les moustiques de grande importance en termes de santé publique. Ce virus est capable d'infecter le système nerveux central et est responsable de fièvres, d'encéphalopathies et d'autres complications neurologiques sévères chez l'homme. Une attention particulière s'est récemment focalisée sur la capacité du WNV à échapper à la réponse anti-virale assurée par les interférons de type I (IFN). L'enzyme 2',5' Oligoadénylate-Synthétase Ib (Oaslb), induite par l'IFN, contribue à l'établissement de cette réponse anti-virale dirigée contre le WNV en enrayant l'accumulation d'ARN viral dans les cellules infectées. Cette étude avait pour objectif d'identifier les déterminants viraux permettant au WNV de contrecarrer l'activité anti-virale assurée par l'Oaslb. Au cours de cette étude nous avons produit un variant de WNV par passages répétés du virus sur des fibroblastes murins exprimant l'Oaslb. Ce virus variant exhibe une résistance à l'action anti-virale de cette enzyme. Nos résultats suggèrent que le rétablissement de la réplication virale dans les fibroblastes murins exprimant ['Oaslb infectés par le variant n'est pas lié à une inhibition de la suppression des ARN viraux médiée par POaslb mais à une augmentation globale de leur production. Le séquençage du génome complet du variant de WNV résistant à l'Oaslb a permis d'identifier une substitution de la Serine 365 en Glycine dans le domaine ATPase/Hélicase de la protéine NS3, ainsi que de la Valine 9 en Méthionine dans le segment C-terminal 2K de la protéine NS4A. Une étude in vitro a permis de montrer que la mutation dans le domaine ATPase/Hélicase de la protéine NS3 réduit la consommation d'ATP nécessaire à son activité ATPase. L'effet de ces deux mutations sur l'inhibition de la réplication virale médiée par l'Oaslb a été étudié en les introduisant par mutagénèse dirigée dans l'ADN complémentaire de taille génomique et infectieux de WNV. Bien que le virus muté dans la protéine NS3 n'échappe pas à l'activité inhibitrice de l'Oaslb, la production d'ARN viral est plus importante que pour le virus sauvage. Nos résultats suggèrent que la mutation dans le domaine 2K participe à la résistance de WNV à l'action é Bée de l'Oaslb en augmentant la synthèse des ARN viraux et la production virale dans des cellules surexprimant l'Oaslb. La mutation dans la protéine NS3 pourrait contribuer à ce mécanisme en conférant une résistance accrue à la dégradation des ARN viraux générée par l'Oaslb
West Nile virus (WNV) is an emerging mosquito-borne flavivirus of global significance that can infect the central nervous System and cause severe neurological disease. Recent attention focused on the ability of WNV to circumvent antiviral mechanisms mediated by Type-[ interferons (IFNs). The IFN-inducible 2',5' Oligoadenylate Synthetase Ib (Oaslb) contributes to the establishment of an antiviral state against WNV by suppressing vRNA accumulation in infected cells. This study aimed to identify viral determinants that promote WNV to counteract antiviral activity of Oaslb. We report the characterization of a WNV variant produced by serial passage in mouse fibroblasts expressing Oaslb that shows increased growth capacity. Our data suggest that the rescue of viral growth in Oaslb-expressing cells infected with the WNV variant did not arise from impairment of Oaslb-mediated vRNA suppression, but from overall increased vRNA production. Genetic analysis of the Oaslb-resistant WNV variant identified a Ser-365-Gly change in the NS3 ATPase/helicase domain and a Val-9-Met change in the C-terminal 2K segment of NS4A. Mechanistic study demonstrated that the mutation in the NS3 ATPase/helicase alters the requirement of ATP for its ATPase activity. The effect of the two amino acid substitutions on Oaslb-mediated WNV inhibition was investigated by engineering the individual mutations into an infectious WNV cDNA clone. Although growth of NS3-mutant virus was impaired in Oaslb-expressing cells, a rescue of Oaslb-mediated vRNA inhibition compared to WT virus was observed. Our data suggests that the 2K-mutation is critical for WNV résistance to antiviral action of Oaslb by enhancing vRNA replication and promoting viral growth in Oaslb-expressing cells. The NS3 mutation might contribute to this mechanism by conferring increased résistance to Oaslb-mediated vRNA degradation

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Guivier, Emmanuel. "Variabilité de la résistance/tolérance des campagnols roussâtres à lhantavirus Puumala et conséquences épidémiologiques". Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20194.

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Le campagnol roussâtre Myodes glareolus est le réservoir principal de l'hantavirus Puumala (PUUV) responsable de la néphropathie épidémique (NE) en Europe. L'objectif de cette thèse est de décrire la variabilité de la résistance / tolérance de M. glareolus à PUUV et d'explorer son rôle dans la distribution et la transmission de ce virus. Nous émettons l'hypothèse que la tolérance à PUUV favorise sa persistance et sa transmission, ce qui devrait accroître le risque d'émergence de la NE. Nous avons développé une approche gène candidat pour déterminer le rôle de trois gènes de l'immunité dans la résistance / tolérance à PUUV. L'existence d'associations positives entre les allèles du gène Drb et l'infection par PUUV d'une part et les relations négatives détectées entre le niveau d'expression du gène Tnf-α et la prévalence en PUUV d'autre part corroborent l'évolution d'une tolérance en zones d'endémie de la NE. Elle pourrait être sélectionnée en réponse au coût de la réponse inflammatoire développée contre PUUV. L'approche de génétique des populations a démontré le rôle de la dynamique des réservoirs dans l'épidémiologie de PUUV. La comparaison du polymorphisme des gènes Drb et Tnf-α et des patrons génétiques neutres semble cependant indiquer une faible influence de la sélection dans le polymorphisme de ces gènes. Ce résultat suggère un effet potentiellement important de la plasticité phénotypique dans les niveaux de résistance/tolérance observés. L'étude de la communauté d'helminthes a confirmé cette hypothèse en révélant l'impact de certaines espèces sur le risque d'infection à PUUV
The bank vole Myodes glareolus is the main reservoir of Puumala hantavirus (PUUV), the agent of nephropathia epidemica (NE) in Europe. This work aims at describing the variability of M. glareolus resistance / tolerance to PUUV and at exploring its role in the distribution and transmission of the virus. We hypothesized that tolerance to PUUV should favour its persistence and transmission, what could increase the risk of NE emergence.We developed a candidate gene approach to determine the role of three immune genes in the resistance / tolerance to PUUV. Both the detection of positive associations between Drb alleles and PUUV infection and the negative relationship observed between Tnf-α gene expression and PUUV prevalence corroborated the evolution of tolerance in NE endemic areas. The costly inflammatory response activated against PUUV infection could mediate this evolution.Using landscape population genetics, we revealed the role of M. glareolus population dynamics in PUUV epidemiology. The comparison of Drb and Tnf-α genetic differentiation with the neutral pattern detected at microsatellites indicated that selection weakly acted on these immune genes. This result suggested the potential effect of phenotypic plasticity in the balance of resistance/tolerance to PUUV. The study of helminth communities confirmed this hypothesis as it revealed the impact of two nematode species on the risk of PUUV infection

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Fage, Clément. "Étude de la résistance des virus influenza B contemporains aux inhibiteurs de la neuraminidase et son impact sur le fitness viral". Doctoral thesis, Université Laval, 2019. http://hdl.handle.net/20.500.11794/36444.

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Les virus influenza ont toujours eu un impact considérable sur l’humanité. Les virus influenza B (IB) ont longtemps été négligés et sous-estimés par rapport aux virus influenza A (IA). Ils ne représentent que 10 à 20% des infections annuelles par les virus influenza, mais peuvent devenir majoritaire certaines années et entrainer des symptômes similaires à ceux des virus IA. Les inhibiteurs de la neuraminidase (INA) sont les principaux traitements disponibles contre les virus influenza. Cependant, à la suite de mutations, certains virus influenza ont développé des mécanismes de résistance limitant dangereusement les options thérapeutiques. Actuellement, très peu de souches résistantes sont isolées en clinique car le fitness de ces virus résistants, c’est-à-dire leur capacité à se répliquer et se transmettre, est altéré. Or, il a été montré que des virus IA peuvent améliorer leur fitness et propager le phénotype de résistance. L’objectif de ce projet de thèse est de mieux comprendre la résistance des virus influenza B et son impact sur le fitness viral afin de mieux prévenir l’émergence de souches résistantes. Nous avons, dans un premier temps, étudié la résistance des virus influenza A et B au peramivir, le plus récent des INA. Nous avons confirmé que cette molécule est hautement active contre les souches saisonnières A et B. De plus, elle conserve une activité antivirale in vitro contre certaines souches virales ayant une sensibilité réduite ou hautement réduite contre d’autres INA (l’oseltamivir et le zanamivir). Dans un second temps, nous avons étudié le fitness de virus influenza B contemporains résistants in vitro et chez la souris. Nous avons montré que certains virus influenza B, ayant un phénotype de résistance croisée, peuvent maintenir un fitness similaire à celui du virus sauvage in vitro et in vivo. De plus, nous avons pu décrire et analyser un nouveau mécanisme de résistance chez les virus influenza B observé chez un cas clinique. Ces résultats soulignent la dangerosité de notre dépendance aux INA et nous encouragent à faire évoluer les stratégies thérapeutiques.

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Dupin, Valérie. "Chimiothérapie des infections à VIH et à Herpesviridae : modes d'action : mécanismes de résistances : revue de la littérature". Bordeaux 2, 1993. http://www.theses.fr/1993BOR2P017.

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Bonte, Dorine. "Interactions des protéines NS5A et p7 du virus de l'hépatite C avec la cellule hôte ou les molécules antivirales". Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077020.

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Barbier, Diane. "Impact du virus Influenza de type A sur la régulation de MUC5AC, l’une des principales mucines respiratoires". Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066683.

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Les virus Influenza de type A (VIA) sont les agents étiologiques de la grippe, une pathologie respiratoire aigue hautement contagieuse qui constitue une cause majeure de mortalité et de morbidité dans le monde. En effet, ces virus sont responsables d’épidémies saisonnières chaque année mais également de pandémies sévères chaque siècle. Au cours de l’infection grippale, l’organisme va mettre rapidement en place un système de défense immunitaire inné afin de limiter la propagation du virus et de l’éradiquer. En particulier, le mucus qui tapisse les voies aériennes supérieures, constitue une barrière physique potentiellement capable de capter et de séquestrer des pathogènes tels que des bactéries ou des virus. Au cours de ma thèse, nous nous sommes intéressés à la régulation de MUC5AC, l’une des principales mucines respiratoires, par le VIA in vitro dans des cellules épithéliales pulmonaires et in vivo chez la souris. Notre projet a été de mettre en évidence la voie de signalisation impliquée dans cette régulation et de discuter le rôle de l’expression de MUC5AC au cours de l’infection grippale. Nos résultats démontrent qu’à la fois des souches saisonnières et pandémiques, de type H3N2 ou H1N1, sont capables d’augmenter l’expression de MUC5AC au niveau de l’ARNm et au niveau protéique. Notre travail démontre également que l’induction de MUC5AC est dépendante de la réplication virale et de l’induction de protéases et implique la voie de signalisation EGFR/MEK/ERK/Sp1. Nos résultats dissèquent pour la première fois la voie d’induction de MUC5AC par le VIA et ouvrent de nouvelles perspectives pour la compréhension du rôle des mucines dans les infections virales

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Sire, Christelle. "Etude des effets de la protéine P1 et du virus de la panachure jaune du riz (Rice yellow mottle virus) sur l'extinction post-transcriptionnelle des gènes : application à la construction de vecteurs viraux chez le riz". Perpignan, 2005. http://www.theses.fr/2005PERP0598.

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Resumen

Les virus phytopathogènes,ont développé des stratégies pour empêcher le mécanisme de silencing (PTGS), constituant une défense anti-virale efficace, grâce à la spécialisation d'une, ou plusieurs, de leurs protéines vers cette fonction. L'étude présentée porte sur l'analyse de la suppression du silencing, lors d'une interaction naturelle entre le Rice yellow mottle virus (RYMV), agent responsable de la panachure jaune en Afrique, et son hôte,le riz (Oryza sativa L. ). Pour ce virus hautement variable, la phylogénie d'une collection d'isolats de RYMV est bien caractérisée. L'ensemble de ces données, a été utilisé pour mener une étude comparative, qui a permis d'apprécier le rôle de la protéine P1, sur le PTGS du gène rapporteur gus chez O. Sativa et chez Nicotiana benthamiana. Cette analyse a révélé une forte variabilité sur l'efficacité de la suppression. Lors d'une infection de O. Sativa par différents isolats de RYMV, une aptitude différentielle à contourner le mécanisme de PTGS a été révélée, en fonction de leur phylogénie et de leur pathogénie : l'efficacité globale du RYMV pour la suppression de PTGS sur un transgène, n'est pas reliée à la phylogénie, et est inversement corrélée à son pouvoir pathogène. Ces résultats suggèrent que la suppression du PTGS lors d'une infection naturelle, est la résultante d'un mécanisme complexe. L'implication probable de la CP dans ce mécanisme, a été révélé par l'analyse de la dérégulation des miARN. Ces résultats sont d'autant plus intéressants, qu'ils pourront être mis à profit, pour l'optimisation de vecteurs d'expression et de VIGS développés dans une deuxième étude
Most plant viruses have evolved to conteract the defence mechanism based on RNA silencing. Thus, many viral proteins have been well studied for their features in silencing suppression. Among these proteins, P1 protein from Rice yellow mottle virus, responsible for serious disease in irrigated rice systems in Africa, has been described. This study characterised silencing suppression features of RYMV under natural infection on rice plants. Biolistic delivery assays on rice leaves and Agrobacterium-based leaf infiltration assays on Nicotiana benthamiana, determined that P1 undergoes silencing with variable efficiency when inoculating different P1. Moreover, as RYMV is a highly diverse virus, both at genetic scale or at pathogenicity scale, we attempted to evaluate variability of silencing suppression with RYMV particles. Infected O. Sativa with different RYMV isolates, exhibited contrasted silencing suppression on uidA transgene. We thus revealed that RYMV has a qualitative effect on silencing suppression, which is not correlated to virus phylogeny. Silencing suppression at virus scale was also inversely correlated to pathogenicity of isolates. These results suggested that silencing suppression occuring under RYMV infection, is a complex mechanism. Thus, the involvement of the coat protein, on miRNA accumulation regulation, was demonstrated in transgenic rice lines expressing this protein. Moreover these results will be usefull to improve RYMV-based expression and VIGS vectors, that have been developed in a second study. The purpose of this work is to assess the ability of construction of RYMV-based expression and VIGS vectors and to evaluate gene insertion constraint

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Martin, Mélanie. "Étude des mécanismes de résistance du cytomégalovirus humain et développement de nouveaux antiviraux contre les virus herpétiques". Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27103/27103.pdf.

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Vasilescu, Alexandre. "Etude de la génétique de la résistance face à l'infection par le virus VIH-1 (projet GRIV)". Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112089.

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L'objectif de ma thèse était d'identifier des facteurs génétiques humains expliquant les différences de progression vers la maladie SIDA. Pour cela, le travail a été réalisé sur la cohorte GRIV qui est composée de sujets séropositifs extrêmes: 253 progresseurs lents (NP) et 84 progresseurs rapides (PR). Cette étude a été limitée aux sujets caucasiens vivant en France pour limiter des biais de sélection dans l'analyse des résultats génétiques, et aussi pour limiter l'influence des facteurs environnementaux et des facteurs génétiques viraux. Comme les sujets NP représentent 1% des files actives de patients suivis dans les hôpitaux, la cohorte GRIV est équivalente aux extrêmes d'une cohorte de patients séroconvertis de 25 000 patients: c'est la plus grande banque de patients NP/PR au monde. Nous avons aussi utilisé les ADN de 470 sujets contrôle séronégatifs (CTR). Mon travail de thèse a ciblé les gènes codant les cytokines Th1/Th2, messagers essentiels du système immunitaire, et les protéines Fas/FasL impliquées dans l'apoptose. Nous avons génotypé exhaustivement ces gènes par séquençage des exons, des régions flanquantes et des promoteurs. Les polymorphismes identifiés ont ensuite été évalués pour leur association avec résistance/susceptibilité face au SIDA. De nombreux polymorphismes ont été ainsi nouvellement caractérisés et cette connaissance sera utile pour la communauté scientifique. Des associations prometteuses ont été observées pour les cytokines IL-4 et IL-10 (Th2). Aucune association n'a été trouvée pour les autres gènes IL-2, IL-6, IL-12p35, IL-12p40, IL-13, IFN-gamma, Fas et FasL. Tous ces résultats sont discutés dans le contexte de l'infection par VIH-1
The goal of my project was to identify the human genetic factors which may influence the evolution towards AIDS. To perform this study, I used the GRIV cohort gathering the two extremes of disease outcome which contains 253 slow and 84 rapid progressors (SP & RP). We also used 470 DNAs from seronegative subjects as a control group (CTR). My work has targeted the genes coding for proteins clearly suggested to be involved in disease pathogenesis: namely the genes coding the Th1/Th2 cytokines, main messengers of the immune system, and the genes coding for Fas and FasL proteins involved in the apoptosis pathway. We exhaustively genotype these genes by sequencing the promoter regions, the exons and the flanking regions (up to 1000 base pairs). We identified 101 polymorphisms among which the majority are SNP (Single Nucleotide Polymorphism). These polymorphisms were tested for their association with resistance/susceptibility to disease progression. Promising associations were found for the IL-4 and IL-10 (Th2 cytokines) genes at the haplotype level. No association was observed for the other genes, IL-2, IL-6, IL-12p35, IL-12p40, IL-13, IFN-gamma, Fas and FasL. All these results are discussed in the context of HIV-1 infection. The identification of genetic factors associated with these extreme SP and RP phenotypes should allow a better understanding of HIV-1 pathogenic mechanisms and thus allow the rational design of new therapeutic or prophylactic targets. The 20 newly characterized polymorphisms and the knowledge of haplotype blocks will be useful for the scientific community

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Ben, M'Barek Najoua. "La résistance de la protéase du VIH-2 : une approche phénotypique à l'aide de la levure". Aix-Marseille 2, 2006. http://www.theses.fr/2006AIX20716.

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La protéase virale constitue une cible majeure de la thérapie anti-VIH. L’émergence, au cours du traitement, de virus résistants est liée à l’apparition de mutations dans la protéase virale. Mon but a été d’élaborer une stratégie originale pour définir les mutations conférant la résistance aux traitements. Cette stratégie repose sur l’effet létal de l’expression de la protéase dans la levure et sa réversion par l’ajout d’inhibiteurs dans le milieu de culture. Ceci a permis de définir (i) le phénotype de résistance des protéases de VIH-2 issus de patients en échec thérapeutique, (ii) le spectre des mutations dans la protéase du VIH-2 conférant une résistance à deux inhibiteurs majeures de la protéase virale , et (iii) les bases moléculaires de l’action de l’expression de la Protéase virale dans la levure
The viral protease constitutes a major target of the anti-HIV therapy. The emergence of resistant viruses during the treatment is related to the appearance of mutations in the gene of the viral protease. My objective was to work out an original strategy to determine the mutations conferring resistance to the treatments. This strategy is based on the lethal effect of the protease expression in the yeast and its reversion by the addition of inhibitors in the culture medium. We thus could define (I) the phenotype of resistance of the VIH-2 proteases arising from patients in therapeutic failure, (II) the mutations in the VIH-2 protease conffering a resistance to two major inhibitors, starting from a bank of an aleatory mutations proteases, and (III) the molecular bases of the viral protease action in the yeast. All together, our results show that the yeast is an excelent tool for the study of the HIV resistance to the antiretroviral agents

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Martin, Estelle. "Les conséquences de l’infection par le virus chikungunya sur les vecteurs du genre Aedes". Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066306.

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Le virus chikungunya (CHIK) transmis par les moustiques Aedes aegypti et Aedes albopictus a émergé dans la région de l’Océan Indien en 2005-2006. Sur l’île de La Réunion, un changement de vecteur semble avoir favorisé la sélection d’un nouveau variant viral plus efficacement transmis par Ae. Albopictus. L’efficacité de ce système virus–vecteur est-elle associée à un cout de l’infection virale ? En se répliquant intensivement, le virus devient néfaste au vecteur qui pour réduire les effets négatifs de l’infection, peut modifier certains traits d’histoire de vie. Nous avons montré que l’infection virale conduit à une diminution de la survie qui est compensée par un investissement plus précoce de ses ressources vers la reproduction : Ae. Albopictus de La Réunion infectée par le virus CHIK pond plus tôt juste avant de mourir. A Mayotte, Ae. Aegypti et Ae. Albopictus co-existent et partagent souvent les mêmes gîtes larvaires entrainant une compétition pour les mêmes ressources nutritives. Nous avons montré que la compétition n’influe pas sur la compétence vectorielle. Néanmoins, lorsque les larves des deux espèces sont présentes en proportions équivalentes, Ae. Albopictus est favorisée : un meilleur taux de survie et un taux d’infection disséminée plus élevée. Pour contrôler l’infection virale, les moustiques ont développé des mécanismes de défense qui reposent entres autres sur l’ARN interférence (RNA). Nos résultats préliminaires montrent que la diminution de l’expression des gènes ago2 et dcr2 n’affectent pas la réplication du virus CHIK dans les conditions de laboratoires utilisées.

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Shirazi, Parsa Hadi. "Engineering of eIF4E gene to resistance against potyviridae viruses in muskmelon using genome editing". Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2022. http://www.theses.fr/2022UPASB002.

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Le melon (Cucumis melo) est une plante de la famille des Cucurbitacées. Depuis le 17e siècle, le melon a fait l'objet d'une active sélection variétale utilisant des techniques d'hybridation. Afin d’accélérer le développement de variétés adaptés aux changements climatiques et intégrant de nouveaux caractères d’intérêt, il est important d’adapter au melon, les nouvelles méthodes de sélection et d’édition de génome. Le melon étant une espèce récalcitrante à la transformation génétique, l'élaboration d’un protocole de transformation et de régénération de plantules est une première étape vers l’utilisation des technologies d’édition des génomes. Dans la première section de cette thèse, différents facteurs affectant l'efficacité de la transformation ont été évalués. Tout d’abord, nous avons montré que la durée de co-culture optimale, entre l’explant et le milieu d’inoculation, était de 20 min. L'efficacité de transformation dans une culture d’agrobactérie à une DO600 de 0,8 était 11% supérieure à celle d’une culture de DO600 égale 0,4. Dans un second temps, d’autres facteurs tels que le papier filtre, la concentration du milieu de culture (10 mM de MES) et la température (24 °C) ont eu un effet positif sur l'efficacité de la transformation. L'utilisation de papier filtre au lieu d'agar pour solidifier le milieu de co-culture a amélioré l'efficacité de la transformation. Enfin, l’effet de l'éthylène, connu pour inhiber la transformation génétique, a été évalué par l’ajout d’AVG, AgNO₃ et KMnO₄ dans un milieu de culture de tissus végétaux. Le KMnO₄ s’est révélé être le produit le plus efficace augmentant l’efficacité de transformation de plus de 50 %. Une fois le protocole de transformation et régénération mis en place, les premières expériences de transgenèse ont montré une efficacité de transformation de 4.72 %. 90% des plantes transformées étaient diploïdes. Afin de développer des melons résistants aux potyvirus, nous avons initiés l’édition d’acides aminés cibles dans le facteur d’initiation de la traduction eIF4E. L’édition génomique ciblé a été réalisée en utilisant le système CRIPR-Cas-9 et des ARN guide désignés pour cibler certains acides aminés de eIF4E. L’analyse de 2500 explants, nous a permis d’identifié 59 lignées transformées soit une efficacité globale de 2.4 %. Après amplification et séquençage du gène eIF4E chez ces lignées, nous avons identifiés 17 lignées présentation des modifications de séquence au sein du gène eIF4E. Dans les lignées T1, neuf allèles d’eIF4E ont été identifiés. Huit allèles été prédits délétères sur la fonction de la protéine eIF4E. Ces lignées éditées seront évaluées pour leur résistance aux virus ZYMV, WMV, CMV, PRSV
Melon (Cucumis melo L.) is a diploid plant of the Cucurbitaceae family. Since the 17th century, melon has been the object of an active varietal selection using hybridization techniques. In order to accelerate the development of varieties adapted to climatic changes and integrating new characteristics of interest, it is important to adapt to melon, the new methods of selection and genome edition. Melon is a recalcitrant species to genetic transformation. Thus, the development of a protocol for genetic transformation and seedling regeneration is a first step towards the use of the latest genome editing technologies. In the first section of this thesis, different factors affecting the efficiency of the transformation were evaluated. First, we showed that the optimal co-culture time between the explant and the inoculation medium was 20 minutes. The transformation efficiency in an agrobacteria culture at an optical density (OD600) of 0.8 was 11% higher than that of a culture with OD600 of 0.4. In a second step, other factors such as filter paper, concentration of culture medium (10 mM MES) and temperature (24 °C) had a positive effect on the transformation efficiency. The use of filter paper instead of agar to solidify the co-culture medium strongly improved the transformation efficiency. Finally, the effect of ethylene, known to inhibit genetic transformation, was evaluated by adding AVG, AgNO₃ and KMnO₄ to plant tissue culture medium. KMnO₄ was found to be the most effective product increasing the transformation efficiency by more than 50%.Once the transformation and regeneration protocol was set up, the first transgenesis experiments showed a transformation efficiency of 4.72%. 90% of the transformed plants were diploid. In order to develop potyvirus resistant melons, we initiated the editing of target amino acids in the translation initiation factor eIF4E. Targeted genomic editing was performed using the CRIPR-Cas-9 system and guide RNAs designed to target specific amino acids of eIF4E. The analysis of 2500 explants, allowed us to identify 59 transformed lines for an overall efficiency of 2.4 %. After amplification and sequencing of the eIF4E gene in these lines, we identified 17 lines presenting sequence modifications within the eIF4E gene. In T1 lines, nine alleles of eIF4E were identified. Eight alleles were predicted to be deleterious to eIF4E function. These edited lines will be evaluated for their resistance to ZYMV, WMV, CMV, PRSV

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Caranta, Carole. "Dissection génétique de résistances complexes à plusieurs virus chez le piment (Capsicum annuum L. ) à l'aide de marqueurs moléculaires : organisation des facteurs de résistance sur le génome". Aix-Marseille 2, 1995. http://www.theses.fr/1995AIX22065.

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La lignee perennial cumule des resistances totales ou partielles a plusieurs potyvirus: potato virus y (pvy), potyvirus e, chili veinal mottle virus (cvmv) and pepper veinal mottle virus (pvmv) ainsi qu'a l'installation et a la multiplication du cmv. Une resistance a la migration du cmv a ete mise en evidence chez la lignee vania. La cartographie genetique et l'evaluation des resistances ont ete realisees sur des descendances haploides doublees issues de croisements intraspecifiques entre ces geniteurs de resistance et des lignees sensibles. La carte genetique du croisement perennial x yolo wonder comporte 136 marqueurs (dont 83 rapd) repartis sur 13 groupes de liaison et couvre environ 80% du genome du piment. Soixante et onze marqueurs (dont 44 rapd) ont ete cartographies sur la descendance h3 x vania. Les marqueurs rapd forment des agregats sur certains groupes de liaison. Certains de ces agregats semblent correspondre aux centromeres. Des systemes genetiques plus ou moins complexes expliquent la resistance aux differents potyvirus: monogenique pour le cvmv, complementation entre deux genes pour le pvmv, quantitative et polygenique pour les pvy et le potyvirus e. Treize regions genomiques a effet additif et/ou epistatique expliquent la quasi-totalite de la variation phenotypique observee pour ces resistances. Certaines regions sont impliquees dans la resistance a plusieurs potyvirus alors que d'autres sont specifiques d'un seul virus ou pathotype. Des co-localisations qtl-gene majeur de resistance ont ete mises en evidence. Les differentes composantes de resistance partielle au cmv sont controlees par plusieurs genes. Sept regions genomiques specifiques d'une composante ou communes a deux composantes ont ete identifiees. Deux regions genomiques apparaissent impliquees a la fois dans la resistance a l'installation du cmv et dans la resistance aux potyvirus. Un meme mecanisme de resistance pourrait donc etre actif vis a vis de virus tres differents

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Bonnafous, Pascale. "Etude des mécanismes moléculaires de la résistance du sixième herpèsvirus (HHV-6) aux antiviraux". Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066398.

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Le sixième herpèsvirus humain ou HHV-6 appartient à la sous-famille des bêtaherpèsvirus, tout comme le cytomégalovirus humain (CMV), et peut être à l’origine d’infections graves nécessitant une chimiothérapie antivirale par ganciclovir (GCV), foscarnet (PFA) ou cidofovir (CDV). Nous nous sommes intéressés ici à la résistance du HHV-6 aux antiviraux. La quantification de la charge virale par PCR en temps réel a été utilisée pour suivre la cinétique de réplication de la souche HST sur lignée lymphocytaire MT4, et pour développer une nouvelle méthode d’étude de la sensibilité du HHV-6 aux antiviraux. La charge virale suit une phase exponentielle puis stationnaire, l’ADN persistant dans la culture cellulaire longtemps après la fin de l’infection lytique. Une quantification précoce pendant la réplication active est possible et nécessaire à une bonne interprétation des résultats de l’antivirogramme. Comparée à la cytométrie en flux, la PCR en temps réel permet de réduire le temps de lecture et est plus économe en cellules et en virus. Cette méthode a été utilisée pour tester de nouvelles molécules antivirales et pour caractériser de nouvelles souches. En particulier, parmi plusieurs médicaments utilisés dans le traitement de l’épilepsie dont l’étiologie du HHV-6 est discutée, la lamotrigine a montré une certaine activité anti-HHV-6, sur la souche HST comme sur d’autres souches virales. D’autre part, la culture in vitro des souches HST sauvage ou GCVR1 (dérivée d’HST, résistante au GCV), en présence de concentrations croissantes de PFA, a conduit à la sélection de deux nouvelles souches, 8 et 15 fois plus résistantes au PFA qu’HST. De nouvelles mutations ont été mises en évidence dans le gène U38 codant l’ADN polymérase, qui est l’enzyme cible des antiviraux : T435R , H507Y et C525S localisées dans le domaine conservé dC, et F292S en dehors des domaines conservés, détectée dans une souche qui n’a pu être isolée. Les mutations T435R et C525S sont en outre aux positions homologues respectivement des mutations N495K et S585A du gène UL54 codant l’ADN polymérase du CMV et associées à une résistance du CMV au PFA. Dans un test fonctionnel permettant de mesurer l’activité enzymatique de l’ADN polymérase du HHV-6, la présence des quatre mutations nouvellement décrites, seules ou en association, diminue significativement l’effet inhibiteur du PFA sur l’enzyme. Une troisième souche sélectionnée à partir d’HST en concentrations croissantes de CDV, s’est montrée 118 fois plus résistante à cet antiviral que la souche sauvage, et une seule mutation a été détectée dans l’ADN polymérase, R798I, localisée dans le domaine VII. Comme dans le cas de GCVR1, une résistance croisée au CDV et GCV a été observée. Enfin, pour mieux appréhender les interactions des antiviraux avec leur cible et comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la résistance, la structure tridimensionnelle de l’ADN polymérase du HHV-6 a été modélisée. Deux modèles « ouvert » (enzyme seule) et « fermé » (enzyme en mode de polymérisation) ont été élaborés à partir des structures connues des ADN polymérases de l’herpèsvirus simplex 1 (HSV-1) et du bactériophage RB69. Dans les deux modèles, les acides aminés modifiés dans les souches mutantes sont situés dans les différents domaines structuraux de l’enzyme, et éloignés du site actif. L’implication de chaque mutation dans la résistance aux antiviraux pourrait alors s’expliquer, non pas par une modification du site actif lui-même, mais par une modification conformationnelle de l’enzyme limitant l’accès ou la fixation de l’antiviral. Ces résultats sont une première étape dans l’interprétation de mutations décrites dans l’ADN polymérase associées à une résistance du HHV-6 aux antiviraux et dans la compréhension des mécanismes moléculaires sous-jacents.

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Roquebert-Jaubert, Bénédicte. "Interactions entre les mutations de résistance du Virus de l'Immunodéficience Humaine de type 1 (VIH-1) aux antirétroviraux". Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066365.

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La résistance aux antirétroviraux est due à des mutations sur les gènes cibles de ces molécules. Dans ce travail, nous avons étudié d’autres déterminants génétiques pouvant être impliqués dans la résistance : les mutations émergeant à distance des gènes cibles et les populations virales minoritaires. Nous nous sommes intéressés, d’une part, aux mécanismes de résistance aux inhibiteurs de protéase (IP). Des mutations émergent dans les sites de clivage chez des patients en échec d’IP. La présence de ces mutations permet au virus muté de conserver une capacité réplicative suffisante. Notre travail a également permis de montrer l’implication des variants minoritaires dans la sélection des profils d’échappement aux IP. D’autre part, nous avons étudié des mutations de résistance aux inhibiteurs de la transcriptase inverse (ITI). Chez les patients en échec, certaines mutations émergent dans les domaines de connexion et de la RNase H. Elles semblent accroître la résistance aux analogues de la thymidine. Ainsi, les phénomènes de résistance aux antirétroviraux sont expliqués par des mécanismes complexes impliquant de nombreuses interactions entre mutations.

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Amiel, Corinne. "Limites du traitement de l'infection liée au virus de l'immunodéficience humaine de type 1 : aspects immuno-virologiques". Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066063.

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Les antirétroviraux du VIH-1 ont apporté un bénéfice clinique certain, mais gardent leurs limites. La restauration immune reste partielle avec défaut de sécrétion d’interleukine 2, de reconnaissance des antigènes de rappel et du VIH, déficit des lymphocytes T cytotoxiques anti-EBV. L’immunothérapie pourrait faire appel à l’IL-16 qui inhibe la transcription du VIH in vitro, ou au murabutide (immunomodulateur testé chez les patients en essai de phase I/IIa), qui améliore les réponses lymphoprolifératives aux antigènes du VIH. De plus, de nouveaux profils de mutations de résistance apparaissent dont l’impact sur la résistance et la capacité réplicative du virus est inconnue. Nous avons étudié par mutagenèse dirigée une nouvelle insertion sur le gène de la transcriptase inverse, la mutation au codon 68 associée aux mutations K65R et Q151M, et l’association T215F/K219E retrouvée chez les patients en échec virologique modéré sous analogues de la thymidine
Antiretroviral therapy in HIV-1 infection leads to a dramatic clinical benefit with persistent immunological and virological limits. Restoration of immunity is partial : deficit in IL-2 secretion, in the lymphoproliferative responses to recall and HIV antigens, in EBV-specific cellular immune control. Non specific immunotherapy of HIV-1 would be helpful. Interleukin-16 inhibits HIV viral transcription in endogenously infected cells; murabutide, a synthetic analogue of muramylpeptide improves surrogate markers of antiviral immunity in phase I/IIa clinical trialsResistance mutations are easily emerging with ARV and new profiles appear. Directed mutagenesis was used to evaluate the impact of new mutations on resistance and replicative capacity of HIV variants. We studied a new insertion on the reverse transcriptase gene, substitution at codon 68 (mostly associated with K65R and Q151M), the K219E mutation in association with T215F in patients with moderate virological escape

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Tesis sobre el tema "Résistance au virus"

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