Artículos de revistas sobre el tema "QM/MM simulations"
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Suh, Donghyuk, Kwangho Nam y Wonpil Im. "CHARMM-GUI QM/MM interfacer for the hybrid QM/MM molecular dynamics simulations". Biophysical Journal 122, n.º 3 (febrero de 2023): 424a. http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2022.11.2299.
Texto completoKulkarni, Prajakta U., Harshil Shah y Vivek K. Vyas. "Hybrid Quantum Mechanics/Molecular Mechanics (QM/MM) Simulation: A Tool for Structure-Based Drug Design and Discovery". Mini-Reviews in Medicinal Chemistry 22, n.º 8 (mayo de 2022): 1096–107. http://dx.doi.org/10.2174/1389557521666211007115250.
Texto completoWatanabe, Hiroshi C. y Qiang Cui. "Quantitative Analysis of QM/MM Boundary Artifacts and Correction in Adaptive QM/MM Simulations". Journal of Chemical Theory and Computation 15, n.º 7 (16 de mayo de 2019): 3917–28. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.9b00180.
Texto completode la Lande, Aurélien, Aurelio Alvarez-Ibarra, Karim Hasnaoui, Fabien Cailliez, Xiaojing Wu, Tzonka Mineva, Jérôme Cuny et al. "Molecular Simulations with in-deMon2k QM/MM, a Tutorial-Review". Molecules 24, n.º 9 (26 de abril de 2019): 1653. http://dx.doi.org/10.3390/molecules24091653.
Texto completoKönig, Gerhard, Frank Pickard, Jing Huang, Walter Thiel, Alexander MacKerell, Bernard Brooks y Darrin York. "A Comparison of QM/MM Simulations with and without the Drude Oscillator Model Based on Hydration Free Energies of Simple Solutes". Molecules 23, n.º 10 (19 de octubre de 2018): 2695. http://dx.doi.org/10.3390/molecules23102695.
Texto completoLiang, Dongyue, Jiewei Hong, Dong Fang, Joseph W. Bennett, Sara E. Mason, Robert J. Hamers y Qiang Cui. "Analysis of the conformational properties of amine ligands at the gold/water interface with QM, MM and QM/MM simulations". Physical Chemistry Chemical Physics 20, n.º 5 (2018): 3349–62. http://dx.doi.org/10.1039/c7cp06709g.
Texto completoYang, Wei, Ryan Bitetti-Putzer y Martin Karplus. "Chaperoned alchemical free energy simulations: A general method for QM, MM, and QM/MM potentials". Journal of Chemical Physics 120, n.º 20 (22 de mayo de 2004): 9450–53. http://dx.doi.org/10.1063/1.1738106.
Texto completoChalmet, S., D. Rinaldi y M. F. Ruiz-López. "A QM/MM/continuum model for computations in solution: Comparison with QM/MM molecular dynamics simulations". International Journal of Quantum Chemistry 84, n.º 5 (2001): 559–64. http://dx.doi.org/10.1002/qua.1410.
Texto completoShimada, J., T. Sakuma, K. Nakata, T. Wasiho y T. Takada. "3K1015 BioMolecular Simulations : MD and QM/MM calculations". Seibutsu Butsuri 42, supplement2 (2002): S180. http://dx.doi.org/10.2142/biophys.42.s180_2.
Texto completoSolt, Iván, Petr Kulhánek, István Simon, Steven Winfield, Mike C. Payne, Gábor Csányi y Monika Fuxreiter. "Evaluating Boundary Dependent Errors in QM/MM Simulations". Journal of Physical Chemistry B 113, n.º 17 (30 de abril de 2009): 5728–35. http://dx.doi.org/10.1021/jp807277r.
Texto completoMorzan, Uriel N., Diego J. Alonso de Armiño, Nicolás O. Foglia, Francisco Ramírez, Mariano C. González Lebrero, Damián A. Scherlis y Darío A. Estrin. "Spectroscopy in Complex Environments from QM–MM Simulations". Chemical Reviews 118, n.º 7 (21 de marzo de 2018): 4071–113. http://dx.doi.org/10.1021/acs.chemrev.8b00026.
Texto completoMartins Costa, M. T. C. "QM/MM simulations of polyols in aqueous solution". Journal of Molecular Structure: THEOCHEM 729, n.º 1-2 (septiembre de 2005): 47–52. http://dx.doi.org/10.1016/j.theochem.2005.03.016.
Texto completoJász, Ádám, Ádám Rák, István Ladjánszki, Gábor János Tornai y György Cserey. "Towards chemically accurate QM/MM simulations on GPUs". Journal of Molecular Graphics and Modelling 96 (mayo de 2020): 107536. http://dx.doi.org/10.1016/j.jmgm.2020.107536.
Texto completoRiahi, Saleh y Christopher N. Rowley. "QM/MM Simulations of Mg and Zn Solvation". Biophysical Journal 106, n.º 2 (enero de 2014): 405a. http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2013.11.2281.
Texto completoDohm, Sebastian, Eckhard Spohr y Martin Korth. "Developing adaptive QM/MM computer simulations for electrochemistry". Journal of Computational Chemistry 38, n.º 1 (28 de octubre de 2016): 51–58. http://dx.doi.org/10.1002/jcc.24513.
Texto completoDoll, K. y T. Jacob. "QM/MM description of periodic systems". Journal of Theoretical and Computational Chemistry 14, n.º 07 (noviembre de 2015): 1550054. http://dx.doi.org/10.1142/s0219633615500546.
Texto completoMiranda, Sebastião, Jonas Feldt, Frederico Pratas, Ricardo A. Mata, Nuno Roma y Pedro Tomás. "Efficient parallelization of perturbative Monte Carlo QM/MM simulations in heterogeneous platforms". International Journal of High Performance Computing Applications 31, n.º 6 (27 de julio de 2016): 499–516. http://dx.doi.org/10.1177/1094342016649420.
Texto completoTzeliou, Christina Eleftheria, Markella Aliki Mermigki y Demeter Tzeli. "Review on the QM/MM Methodologies and Their Application to Metalloproteins". Molecules 27, n.º 9 (20 de abril de 2022): 2660. http://dx.doi.org/10.3390/molecules27092660.
Texto completoKhrenova, Maria G., Egor S. Bulavko, Fedor D. Mulashkin y Alexander V. Nemukhin. "Mechanism of Guanosine Triphosphate Hydrolysis by the Visual Proteins Arl3-RP2: Free Energy Reaction Profiles Computed with Ab Initio Type QM/MM Potentials". Molecules 26, n.º 13 (30 de junio de 2021): 3998. http://dx.doi.org/10.3390/molecules26133998.
Texto completoArdevol, Albert y Gerhard Hummer. "Retinal isomerization and water-pore formation in channelrhodopsin-2". Proceedings of the National Academy of Sciences 115, n.º 14 (19 de marzo de 2018): 3557–62. http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1700091115.
Texto completoWatanabe, Hiroshi. "Improvement of Performance, Stability and Continuity by Modified Size-Consistent Multipartitioning Quantum Mechanical/Molecular Mechanical Method". Molecules 23, n.º 8 (27 de julio de 2018): 1882. http://dx.doi.org/10.3390/molecules23081882.
Texto completoPeguiron, Anke, Lucio Colombi Ciacchi, Alessandro De Vita, James R. Kermode y Gianpietro Moras. "Accuracy of buffered-force QM/MM simulations of silica". Journal of Chemical Physics 142, n.º 6 (14 de febrero de 2015): 064116. http://dx.doi.org/10.1063/1.4907786.
Texto completoMessner, Christoph B., Günther K. Bonn y Thomas S. Hofer. "QM/MM MD simulations of La(iii)–phosphopeptide complexes". Molecular BioSystems 11, n.º 1 (2015): 232–38. http://dx.doi.org/10.1039/c4mb00424h.
Texto completoWang, Meiting, Ye Mei y Ulf Ryde. "Predicting Relative Binding Affinity Using Nonequilibrium QM/MM Simulations". Journal of Chemical Theory and Computation 14, n.º 12 (26 de octubre de 2018): 6613–22. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.8b00685.
Texto completoBulo, Rosa E., Bernd Ensing, Jetze Sikkema y Lucas Visscher. "Toward a Practical Method for Adaptive QM/MM Simulations". Journal of Chemical Theory and Computation 5, n.º 9 (30 de julio de 2009): 2212–21. http://dx.doi.org/10.1021/ct900148e.
Texto completoLu, Xiya, Dong Fang, Shingo Ito, Yuko Okamoto, Victor Ovchinnikov y Qiang Cui. "QM/MM free energy simulations: recent progress and challenges". Molecular Simulation 42, n.º 13 (5 de julio de 2016): 1056–78. http://dx.doi.org/10.1080/08927022.2015.1132317.
Texto completoCooper, April M. y Johannes Kästner. "Averaging Techniques for Reaction Barriers in QM/MM Simulations". ChemPhysChem 15, n.º 15 (5 de septiembre de 2014): 3264–69. http://dx.doi.org/10.1002/cphc.201402382.
Texto completoSun, Zhaoxi. "BAR-based multi-dimensional nonequilibrium pulling for indirect construction of QM/MM free energy landscapes: from semi-empirical to ab initio". Physical Chemistry Chemical Physics 21, n.º 39 (2019): 21942–59. http://dx.doi.org/10.1039/c9cp04113c.
Texto completoLev, Bogdan, Benoît Roux y Sergei Yu Noskov. "Relative Free Energies for Hydration of Monovalent Ions from QM and QM/MM Simulations". Journal of Chemical Theory and Computation 9, n.º 9 (26 de agosto de 2013): 4165–75. http://dx.doi.org/10.1021/ct400296w.
Texto completoPratihar, Subha, George L. Barnes y William L. Hase. "Chemical dynamics simulations of energy transfer, surface-induced dissociation, soft-landing, and reactive-landing in collisions of protonated peptide ions with organic surfaces". Chemical Society Reviews 45, n.º 13 (2016): 3595–608. http://dx.doi.org/10.1039/c5cs00482a.
Texto completoSenn, Hans Martin, Johannes Kästner, Jürgen Breidung y Walter Thiel. "Finite-temperature effects in enzymatic reactions — Insights from QM/MM free-energy simulations". Canadian Journal of Chemistry 87, n.º 10 (octubre de 2009): 1322–37. http://dx.doi.org/10.1139/v09-092.
Texto completoHofer, Thomas S., Andreas B. Pribil y Bernhard R. Randolf. "Capabilities of chemical simulation methods in the elucidation of structure and dynamics of solutions". Pure and Applied Chemistry 80, n.º 6 (1 de enero de 2008): 1195–210. http://dx.doi.org/10.1351/pac200880061195.
Texto completoDuster, Adam, Chun-Hung Wang y Hai Lin. "Adaptive QM/MM for Molecular Dynamics Simulations: 5. On the Energy-Conserved Permuted Adaptive-Partitioning Schemes". Molecules 23, n.º 9 (28 de agosto de 2018): 2170. http://dx.doi.org/10.3390/molecules23092170.
Texto completoHofer, Thomas S. "Perspectives for hybrid ab initio/molecular mechanical simulations of solutions: from complex chemistry to proton-transfer reactions and interfaces". Pure and Applied Chemistry 86, n.º 2 (1 de febrero de 2014): 105–17. http://dx.doi.org/10.1515/pac-2014-5019.
Texto completoRiccardi, Demian, Patricia Schaefer y Qiang Cui. "pKaCalculations in Solution and Proteins with QM/MM Free Energy Perturbation Simulations: A Quantitative Test of QM/MM Protocols". Journal of Physical Chemistry B 109, n.º 37 (septiembre de 2005): 17715–33. http://dx.doi.org/10.1021/jp0517192.
Texto completoWymore, Troy, David W. Deerfield, Martin J. Field, John Hempel y Hugh B. Nicholas. "Initial catalytic events in class 3 aldehyde dehydrogenase: MM and QM/MM simulations". Chemico-Biological Interactions 143-144 (febrero de 2003): 75–84. http://dx.doi.org/10.1016/s0009-2797(02)00175-8.
Texto completoZurek, Jolanta, Anna L. Bowman, W. Andrzej Sokalski y Adrian J. Mulholland. "MM and QM/MM Modeling of Threonyl-tRNA Synthetase: Model Testing and Simulations". Structural Chemistry 15, n.º 5 (octubre de 2004): 405–14. http://dx.doi.org/10.1023/b:stuc.0000037896.80027.2c.
Texto completoSchwenk, C. F. y B. M. Rode. "Ab initio QM/MM MD simulations of the hydrated Ca2+ ion". Pure and Applied Chemistry 76, n.º 1 (1 de enero de 2004): 37–47. http://dx.doi.org/10.1351/pac200476010037.
Texto completoSaito, Toru y Yu Takano. "QM/MM Molecular Dynamics Simulations Revealed Catalytic Mechanism of Urease". Journal of Physical Chemistry B 126, n.º 10 (3 de marzo de 2022): 2087–97. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.1c10200.
Texto completoCurchod, Basile F. E., Pabloc Campomanes, Andrey Laktionov, Marilisa Neri, Thomas J. Penfold, Stefano Vanni, Ivano Tavernelli y Ursula Rothlisberger. "Mechanical (QM/MM) Simulations of Adiabatic and Nonadiabatic Ultrafast Phenomena". CHIMIA International Journal for Chemistry 65, n.º 5 (26 de mayo de 2011): 330–33. http://dx.doi.org/10.2533/chimia.2011.330.
Texto completoAcevedo, Orlando y William L. Jorgensen. "Cope Elimination: Elucidation of Solvent Effects from QM/MM Simulations". Journal of the American Chemical Society 128, n.º 18 (mayo de 2006): 6141–46. http://dx.doi.org/10.1021/ja057523x.
Texto completoRiccardi, Demian, Guohui Li y Qiang Cui. "Importance of van der Waals Interactions in QM/MM Simulations". Journal of Physical Chemistry B 108, n.º 20 (mayo de 2004): 6467–78. http://dx.doi.org/10.1021/jp037992q.
Texto completoHudson, Phillip S., H. Lee Woodcock y Stefan Boresch. "Use of Interaction Energies in QM/MM Free Energy Simulations". Journal of Chemical Theory and Computation 15, n.º 8 (29 de mayo de 2019): 4632–45. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.9b00084.
Texto completoGovender, Krishna K. y Kevin J. Naidoo. "Evaluating AM1/d-CB1 for Chemical Glycobiology QM/MM Simulations". Journal of Chemical Theory and Computation 10, n.º 10 (18 de septiembre de 2014): 4708–17. http://dx.doi.org/10.1021/ct500373p.
Texto completoLambros, Eleftherios, Filippo Lipparini, Gerardo Andrés Cisneros y Francesco Paesani. "A Many-Body, Fully Polarizable Approach to QM/MM Simulations". Journal of Chemical Theory and Computation 16, n.º 12 (19 de noviembre de 2020): 7462–72. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jctc.0c00932.
Texto completoDifley, Seth, Lee-Ping Wang, Sina Yeganeh, Shane R. Yost y Troy Van Voorhis. "Electronic Properties of Disordered Organic Semiconductors via QM/MM Simulations". Accounts of Chemical Research 43, n.º 7 (20 de julio de 2010): 995–1004. http://dx.doi.org/10.1021/ar900246s.
Texto completoHORI, TAKUMI, HIDEAKI TAKAHASHI y TOMOSHIGE NITTA. "HYBRID QUANTUM MECHANICAL/MOLECULAR MECHANICAL APPROACH TO ENZYMATIC REACTIONS BY UTILIZING THE REAL-SPACE GRID TECHNIQUE". Journal of Theoretical and Computational Chemistry 04, n.º 03 (septiembre de 2005): 867–82. http://dx.doi.org/10.1142/s0219633605001799.
Texto completoKulik, Heather J. "Large-scale QM/MM free energy simulations of enzyme catalysis reveal the influence of charge transfer". Physical Chemistry Chemical Physics 20, n.º 31 (2018): 20650–60. http://dx.doi.org/10.1039/c8cp03871f.
Texto completoHui, Chenggong, Warispreet Singh, Derek Quinn, Chun Li, Thomas S. Moody y Meilan Huang. "Regio- and stereoselectivity in the CYP450BM3-catalyzed hydroxylation of complex terpenoids: a QM/MM study". Physical Chemistry Chemical Physics 22, n.º 38 (2020): 21696–706. http://dx.doi.org/10.1039/d0cp03083j.
Texto completoSzabla, Rafał, Holger Kruse, Petr Stadlbauer, Jiří Šponer y Andrzej L. Sobolewski. "Sequential electron transfer governs the UV-induced self-repair of DNA photolesions". Chemical Science 9, n.º 12 (2018): 3131–40. http://dx.doi.org/10.1039/c8sc00024g.
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