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Berthe-Aucejo, Aurore. "Pharmacie clinique en pédiatrie : prescriptions inappropriées". Electronic Thesis or Diss., Université Paris Cité, 2021. http://www.theses.fr/2021UNIP5248.

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Resumen

Le contexte de la prescription médicamenteuse chez l’enfant est complexe : évolution physiologique et métabolique, prescription hors et sans AMM, formes galéniques non adaptées. Les enfants sont exposés à un risque iatrogène plus important que l’adulte. Un outil de détection des prescriptions inappropriées (POPI : Pédiatrie - Omissions et Prescriptions Inappropriées) a été développé en pédiatrie. Nous avons évalué rétrospectivement la prévalence des prescriptions inappropriées (PI) en ville et à l’hôpital. Le taux de prévalence des PI et des omissions de prescriptions (OP) étaient respectivement de 2,9% et 2,3% aux urgences pédiatriques et 12,3% et 6,1% en ville. L’étude de reproductibilité a permis de constater un excellent accord inter-juge entre les médecins dans la détection des PI et entre les pharmaciens dans la détection des OP. Les PI et les OP avaient une bonne concordance entre les différents professionnels de santé. Enfin, nous avons pu adapter notre outil pour une utilisation internationale en utilisant une méthode Delphi. Sur les 105 critères évalués, 80 critères ont obtenu plus de 75% d’accord après le premier tour, 16 items ont été modifiés et 25 ont été supprimés. L’outil POPI international final est composé de 73 items de PI et d’OP. Les principales raisons de modification ou de suppression étaient des différences entre les recommandations des différents pays et l’indisponibilité du médicament. Ces différents travaux ont permis d’évaluer la prévalence des PI en pédiatrie, de montrer que l’outil est utilisable par différents professionnels. La facilité d’utilisation de l’outil a été approuvée par la majorité des utilisateurs qui étaient prêts à l’utiliser dans leur pratique quotidienne. L’outil doit donc permettre d’aider les professionnels de santé à détecter les PI/OP et d’améliorer la prise en charge médicamenteuse des enfants
The context of drug prescription in children is complex : physiological evolution and metabolic changes, off-label prescription, unsuitable dosage forms. Children are at greater iatrogenic risk than adults. A tool for detecting inappropriate prescriptions in paediatrics (POPI : Paediatric - Omission Prescriptions and Inappropriate prescriptions) has been developed. We retrospectively evaluated the prevalence of inappropriate prescriptions (IP) in community setting and in hospital. The prevalence of IP and omitted prescriptions (OP) were respectively 2.9% and 2.3% in emergency department and 12.3% and 6.1% in community setting. The reproducibility study showed excellent inter-judge agreement between doctors in the detection of IP and between pharmacists in the detection of OP. The IP and OP had a good agreement between the different healthcare professionals. Finally, we proposed an adaptation of our tool for use in worldwide. Of the 105 criteria evaluated, 80 criteria obtained more than 75% agreement after the first round, 16 items were modified and 25 were deleted. The final international POPI tool is composed of 73 IP and OP. The main reasons for modification or deletion were differences between the recommendations of the different countries and the unavailability of the drug. This work has allowed us to assess the prevalence of IP in paediatrics and to show that the tool is usable by different professionals. The ease of use of the tool was approved by the majority of users and they were ready to use it in their daily practice. This tool can help healthcare professionals to detect IP/OP and improve the medication management of children

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Gautier, Isabelle. "Evolution quantitative et qualitative des protocoles d'essais cliniques présentés devant un comité d'éthique français". Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0660.

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Resumen

La qualité méthodologique en recherche clinique est une exigence garantissant la fiabilité des expérimentations médicales, au bénéfice des praticiens comme à celui des patients. Cette thèse a pour objectif de mesurer la qualité des essais thérapeutiques présentés au Comité d’Ethique de la Région Sud-Est II et son évolution sur des périodes pluriannuelles. Deux études transversales exhaustives ont été réalisées. La première a pour objet de mesurer l’impact du Règlement Pédiatrique Européen de 2007 sur l’évolution qualitative et quantitative de essais pédiatriques, compte tenu du faible nombre de recherches dans cette population. La deuxième analyse le niveau de qualité des essais contrôlés randomisés en utilisant le score de Jadad et identifie les éléments qui l’influencent. L'outil de travail est constitué des protocoles détenus par le Comité d’Ethique, et non de publications de la littérature. Le concept de qualité et ses deux composantes, éthique et fiabilité scientifique, a été étudié. Les différents outils proposés par les experts pour mesurer la qualité ont été expertisés, ce qui a permis la sélection de l’échelle méthodologiquement la plus adaptée. Le niveau de qualité observé pour les essais pédiatriques est élevé, mais n’a pas été influencé par le Règlement Européen, qui a pu, cependant, entraîner une progression forte du nombre des essais pédiatriques, pouvant être l’indice d’un développement de la recherche en pédiatrie. Concernant les essais contrôlés randomisés, deux marqueurs sont associés à un haut score qualité des protocoles, identifiés après une analyse multivariée : le caractère multicentrique de la recherche et les essais portant sur les médicaments
Methodological quality in clinical research is mandatory to ensure the reliability of medical experiments, with benefits for both practitioners and patients. This PhD thesis aims at measuring the quality of therapeutic trials submitted to the Ethics Committee of the South-East Region II, and its evolution over several years. Two comprehensive cross-sectional studies were conducted. The first explore the field of pediatric research, and aims at measuring the impact of the introduction of European Pediatric Regulation in 2007, on the evolution of the quantity and quality of trials in this field, given the low number of research in this population. The second analyzes the quality of randomized controlled trials using the JADAD score and seeks to identify the elements that influence it. These studies were conducted using the protocols submitted to the Ethics Committee, and not from a literature analysis. The concept of quality was first studied based on their ethical and scientific reliability. The various assessing tools proposed by the experts to measure the quality were appraised, which allowed the selection of the most methodologically scale adapted to this study. Conclusion: we show that the level of quality observed for pediatric trials is high, but was not influenced by the introduction of the European Regulation, which could, on the other hand, have led to an important increase in the number of pediatric trials. Regarding randomized controlled trials, a multivariate analysis allowed the identification of two statistically significant markers associated with high quality score of the protocol: the multicentric character of the research, and the drugs trials

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Pirrachio, Romain. "Méthodologies d'inférence causale appliquées à l'analyse de données observationnelles de réanimation". Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077023.

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L'estimation du bénéfice à l'admission en réanimation repose essentiellement sur l'analyse de données observationnelles. L'utilisation de méthodes statistiques classiques ne permet pas de conclure à l'existence de liens de causalité. Des méthodes d'inférence causale pour données observationnelles ont été développées au cours des dernières décennies. La plupart sont basées sur la modélisation de la probabilité de traitement. La plus fréquemment utilisée est le score de propension. Nous rapportons tout d'abord une revue de la littérature portant sur les revues majeures d'Anesthésie-Réanimation et visant à évaluer l'utilisation du score de propension (PS). Cette méthode présente un certain nombre de limites, particulièrement dans le contexte de données de réanimation. Dans une seconde partie, nous nous sommes donc intéressés,à estimer les performances du PS en cas de petit effectif ou de faible prévalence du traitement. Nous nous sommes ensuite intéressés au cas de l'évaluation de traitements à plus de deux catégories, en appliquant la méthode du PS généralisé. Les facteurs de confusion temps dépendants ainsi que les traitements évolutifs dans le temps constituent une autre limite potentielle à l'utilisation du PS. La suite de ce travail a pour objectif d'évaluer l'utilisation des modèles marginaux structuraux en tant qu'alternative au PS en cas de facteurs de confusion et/ou de traitement temps dépendants. Toutes ces méthodes reposent sur l'hypothèse d'absence de facteurs de confusion non mesurés. La dernière partie a pour objectif d'évaluer l'utilisation des variables instrumentales quand l'existence de facteurs de confusion non mesurés est suspectée
Benefit of Intensive Care Unit cannot be evaluated by performing randomized controlled trials, and therefore rely on observational studies. Standard analyses cannot be used to draw causal conclusions. Hence, specific statistical methods have been developed over the past decades in order to draw causal conclusions from observational data. Most of these methods rely on modelling the probability of treatment, the most popular being the propensity score. The first part of the thesis is dedicated to a review of the literature focussing on the use of thèse methods in the major Anesthesiology and Critical Care journals. We then focussed on the potential limitations related to the use of the propensity score. We first evaluated the performance of this method in the context of small sample size or low prevalence of the treatment. We then evaluated the generalized propensity approach as an option for the estimation of treatments with more than two categories. The presence of time-dependant confoundings cannot be handled by propensity score methods. Therefore, we evaluated thé use of marginal structural model as an alternative to propensity score in case of time-dependant confoundings. Finally, because all methods based on probability-of-treatment models rely on the hypothesis of absence of unmeasured confoundings, the last section of this thesis was dedicated to the use of instrumental variable approach when the presence of unmeasured confoundings can be suspected

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Sandt, Christophe. "Identification de micro-organisme pathogènes impliqués dans les infections nosocomiales par spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier et méthodes statistiques". Reims, 2003. http://www.theses.fr/2003REIMP204.

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Resumen

Nous avons utilisé la spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (IRTF) pour identifier des micro-organismes pathogènes isolés en milieu clinique. L'intérêt de la technique dans le typage de souches de Candida albicans a été démontré. Trois applications cliniques ont été réalisées : suivi épidémiologique de patients en service de réanimation, confirmation d'un épisode de transmission nosocomiale chez des nouveaux-nés et suivi épidémiologique des souches d'un patient septicémique. Une base de données comprenant 670 spectres de bactéries Gram - et Gram + appartenant aux 18 espèces et 11 genres les plus fréquents en clinique a été construite. Le taux d'identification est de 84% pour les Gram - et de 97% pour les Gram +. L'usage de la microspectroscopie IRTF pour l'identification précoce de micro-organismes a été évalué. Une base de données comprenant 1570 spectres de bactéries appartenant à 160 souches, 15 espèces et 9 genres fréquemment isolés a été réalisée
We have used Fourier transform-infrared spectroscopy (FTIR) in order to identify pathogenic microorganisms isolated in a clinical set-up. We demonstrated the usefulness of the technique in the typing of Candida albicans. By using this method, four clinical applications have been achieved: the epidemiological follow-up of HIV patients and ICU patients, the demonstration of a nosocomial transmission of a C. Albicans strain among neonates in a maternity ward and the follow-up of strains from a patient with recurrent systemic candidiasis. We have built a database containing more than 245 strains of GRAM- and 270 strains of GRAM+ pathogenic bacteria belonging to 11 genera and 18 species. Validation of the database yielded 84. 2% correct identification for GRAM- and 94. 7% correct identification for GRAM+. We used FTIR microspectroscopy to evaluate the early identification of pathogenic bacteria and yeasts. A total of 100 GRAM- and 60 GRAM+ strains, belonging to 9 genera and 15 species were included

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Marot, Julien. "Méthodes par sous-espaces et d'optimisation : application au traitement d'antenne, à l'analyse d'images, et au traitement de données tensorielles". Aix-Marseille 3, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX30051.

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Resumen

Cette thèse est consacrée aux méthodes par sous-espaces et d'optimisation, développées en traitement d'antenne, analyse d'images, et traitement du signal tensoriel. Des définitions concernant un problème de traitement d'antenne et les méthodes haute résolution sont présentées. Nous proposons une méthode d'optimisation appliquée à la localisation de sources en présence de distortions de phase pour un grand nombre de capteurs. Nous proposons des méthodes rapides pour l'estimation de l'orientation et de l'offset de contours rectilignes, plusieurs méthodes d'optimisation pour l'estimation de contours distordus, approximativement rectilignes ou circulaires. Nous donnons un état de l'art sur les méthodes de traitement du signal multidimensionnel: la troncature de la HOSVD, l'approximation de rang inférieur d'un tenseur, le filtre de Wiener multidimensionnel. Nous proposons une procédure de déploiement nonorthogonal de tenseur, utilisant la méthode présentée dans la première partie
This thesis is devoted to subspace-based and optimization methods, developed in array processing, image processing, tensor signal processing. Definitions concerning an array processing problem and high resolution methods are presented. We propose an optimization method applied to source detection in presence of phase distortions for a high number of sensors. We propose fast subspace-based methods for the estimation of straight line offset and orientation, several optimization methods to estimate distorted contours, nearly straight or circular. We provide a state-of-the art about multiway signal processing: truncation of the HOSVD, lower rank tensor approximation, multiway Wiener filtering. We propose a procedure for nonorthogonal tensor flattening, using the method presented in the first part

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Abdallah, Mouhammed. "Vulnérabilité des ouvrages en maçonnerie à des mouvements de terrain : méthodologie d'analyse par méthodes statistiques et par plans d'expériences numériques sur les données de la ville de Joeuf". Thesis, Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 2009. http://www.theses.fr/2009INPL019N/document.

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Resumen

Le contexte de l’étude est celui des mouvements de terrain susceptibles de se produire à la suite d’un affaissement minier caractéristique de Lorraine et de leurs conséquences sur les habitations en maçonnerie traditionnelle. Quand de tels affaissements se produisent, ces habitations subissent en effet des désordres qui résultent des efforts engendrés dans la structure par les mouvements du terrain. La réponse qui caractérise alors l’état global de la structure dépend des caractéristiques géométriques, physiques et mécaniques. Or, la nature discontinue des maçonneries et la complexité des interactions entre blocs dans ces maçonneries rend complexe et difficile la détermination de cette réponse. Il en est de même de l’interaction sol-structure. L’objectif de la recherche consiste donc à étudier, par modélisation numérique avec la méthode des éléments distincts et par la technique des plans d’expérience et des surfaces de réponse, le comportement d’ouvrages en maçonnerie soumis à un affaissement minier caractéristique et à dégager de cette étude des critères permettant d’estimer, à l’échelle d’une ville entière, la vulnérabilité de tous ses bâtiments en maçonnerie. Une première analyse simplifiée expose le principe de la démarche mise en œuvre à l’échelle de la ville de Joeuf, utilisée comme site pilote. Elle repose sur l’analyse de la longueur cumulée des joints ouverts, assimilés à la formation de fissures dans la structure. Ensuite, une analyse typologique permet de distinguer 4 groupes de maisons aux caractéristiques proches. Sur chacun de ces groupes, la démarche est ensuite appliquée de manière systématique. Elle prend en considération des caractéristiques géométriques des façades et aboutit à la formulation de fonctions de vulnérabilité qui font appel à la technique de régression orthogonale
The context of our study concerns ground movements that may occur in Lorraine as a result of mining subsidence events and their impact on traditional masonry houses. When such an event occurs, houses suffer disorders resulting from efforts in the structure caused by the movement of the ground. The response that characterizes the state of the structure depends on the geometrical, physical and mechanical characteristics. However, the discontinuous nature of the masonry and the interactions complexity between masonry blocks makes it difficult to determine that response. The same is true about the soil-structure interaction. The purpose of this research is to study, by numerical modelling with the distinct element method, experimental design planning and response surfaces, the behaviour of masonry structures subjected to a typical mining subsidence event and to define from this study some criteria making possible the estimation of the vulnerability of all the buildings of a city. A first simplified analysis describes the principle of the used methodology which is then applied to the study of all houses of the city of Joeuf, used as a pilot site. This methodology is based on an analysis of the total length of the opened joints, which are considered as similar to cracks in the structure. Then, a typology analysis helps first to distinguish 4 groups (types) of houses which have similar characteristics. On each of these groups, the methodology is applied consistently, based on the geometrical characteristics of the houses facades and then leads to the formulation of vulnerability functions that use the technique of orthogonal regression

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Douplat, Marion. "Les décisions de limitations et d'arrêts des thérapeutiques à l'épreuve de la temporalité des urgences : enjeux éthiques". Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0756.

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Resumen

Les décisions de limitations et d’arrêts des thérapeutiques aux urgences sont fréquentes dans les services d’urgence où la mort fait partie du quotidien. La prise de ces décisions entraine des dilemmes éthiques pour les équipes soignantes et les familles des patients dans le contexte de la temporalité propre aux services d’urgence et des évolutions législatives encadrées par les dernières lois relatives aux droits du malade en fin de vie. Les soignants doivent s’attacher à conduire une réflexion respectant les principes éthiques que sont l’autonomie, la bienfaisance, la non malfaisance et l’équité dans les soins. Il apparait donc un antagonisme entre l’urgence et la complexité d’élaborer les décisions de limitations et d’arrêts des thérapeutiques. Il y a peu de données actuelles dans la littérature sur les décisions de limitations et d’arrêts des thérapeutiques aux urgences et en particulier sur leurs modalités et leur implication pour les soignants et soignés. L’absence de données nous a conduits à nous interroger d’une part sur le positionnement des médecins lors de la prise de décisions de limitations ou d’arrêts des thérapeutiques dans le contexte des services d’urgence et d’autre part sur le vécu des familles ou accompagnants au cours de ces décisions. Notre recherche s’articule autour de trois axes : le premier axe évaluera la perception du processus décisionnel par les médecins urgentistes. Le deuxième axe s’intéressera au vécu des familles dans les décisions de limitations ou d’arrêts des thérapeutiques et enfin le dernier axe étudiera l’implication du médecin généraliste dans les décisions de limitations et arrêts des thérapeutiques aux urgences
Decisions of withholding or withdrawing life-sustaining treatments are frequent in emergency departments where death is an everyday reality. These decisions lead to ethical dilemmas for physicians, nurses, and relatives with regards to the timing of the emergency departments and the evolution of the French legislation in particular the law on the rights of the patients and the persons who are nearing the end of life. Moreover, the caregivers should have an ethical thinking-process in order to respect ethical principles such as autonomy, beneficence, non-malfeasance and justice. There seems to be a conflict between the emergency situation and the complexity of the decision-making process. There is only few data concerning the decisions of withholding or withdrawing life sustaining treatments especially about modality of these decisions and the implications for caregivers and relatives. Because of the lack of data, we decided to explore the physicians’ experience during the decision-making process in the emergency departments and the perception of the relatives after the decision of withholding or withdrawing life-sustaining treatment. Our study consists in three parts: a study which evaluates the physicians’ experience during the decision-making process; then, a study describing the relatives’ perception of the decisions of withholding or withdrawing life-sustaining treatments and finally a study about the involvement of general practitioners in the decision-making process

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Angoulvant, François. "Evaluation et amélioration de l'usage des antibiotiques aux urgences pédiatriques". Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077212.

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Les antibiotiques sont fréquemment prescrits aux urgences pédiatriques, le plus souvent pour des infections respiratoires aiguës. Face à la problématique croissante de la résistance aux antibiotiques, l'évaluation et l'amélioration des prescriptions d'antibiotiques est une nécessité. Des indicateurs existent de longue date pour mesurer la consommation en ville et chez les patients hospitalisés. En revanche, malgré le poids des prescriptions d'antibiotiques aux urgences pédiatriques, peu de travaux y ont été effectués. Le travail doctoral avait pour but d'évaluer et d'améliorer l'usage des antibiotiques aux urgences pédiatriques. Le premier objectif était de mettre au point des indicateurs et outils pertinents pour évaluer qualitativement et quantitativement les prescriptions d'antibiotiques aux urgences pédiatriques. Nous avons montré que des indicateurs simples, tel que le pourcentage de patients souffrant infections respiratoires aiguës traités par antibiotiques, étaient utiles pour monitorer l'évolution des prescriptions d'antibiotiques lors d'interventions destinées à les améliorer. La méthodologie employée repose sur l'extraction automatisée de données du dossier médical permettant de recueillir des centaines de milliers de cas dans plusieurs sites. La deuxième question était celle de l'éducation des familles au bon usage des antibiotiques, au sein des urgences pédiatriques. Nous avons réalisé un essai randomisé, contrôlé, dans lequel 300 enfants ont été inclus. Nous avons mis en évidence une amélioration de la satisfaction et des connaissances sur le bon usag( des antibiotiques après une séance d'éducation thérapeutique sur ce thème versus une intervention contrôle
Antibiotics are frequently prescribed in pediatric emergencies department, most often for acute respiratory infections. Faced with the growing problem of resistance to antibiotics, the evaluation and improvement of the antibiotic prescriptions is crucial. Indicators of antibiotic consumption in hospital and in in ambulatory settings existed for a long time. However, despite the weight of antibiotics' prescriptions in pediatric emergencies department, few studies were conducted in these settings. This Doctoral work was designed to evaluate and improve the use of antibiotics in pediatric emergency department. Our first objective was to develop indicators and tools relevant to assess qualitatively and quantitatively antibiotics' prescriptions in pediatric emergencies department. We have shown that simple indicators, such as the percentage of patients with acute respiratory infection treated by antibiotics, were useful to monitor the evolution of the antibiotic prescriptions during interventions to improve them. The methodology is based on the automated extraction of data from the medical record to collect hundreds of thousands cases in several sites. The second issue was the education of patients and familles to the proper use of antibiotics in pediatric emergencies department. We performed a randomized, controlled blind trial in which 300 children have been included. We have showri an improvement in satisfaction and knowledge about the proper use of antibiotics after a therapeutic education on this topic versus a control intervention

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Jarry, Gabriel. "Analyse et détection des trajectoires d'approches atypiques des aéronefs à l'aide de l'analyse de données fonctionnelles et de l'apprentissage automatique". Thesis, Toulouse 3, 2020. http://www.theses.fr/2020TOU30284.

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L'amélioration de la sécurité aérienne implique généralement l'identification, la détection et la gestion des événements indésirables qui peuvent conduire à des événements finaux mortels. De précédentes études menées par la DSAC, l'autorité de surveillance française, ont permis d'identifier les approches non-conformes présentant des déviations par rapport aux procédures standards comme des événements indésirables. Cette thèse vise à explorer les techniques de l'analyse de données fonctionnelles et d'apprentissage automatique afin de fournir des algorithmes permettant la détection et l'analyse de trajectoires atypiques en approche à partir de données sol. Quatre axes de recherche sont abordés. Le premier axe vise à développer un algorithme d'analyse post-opérationnel basé sur des techniques d'analyse de données fonctionnelles et d'apprentissage non-supervisé pour la détection de comportements atypiques en approche. Le modèle sera confronté à l'analyse des bureaux de sécurité des vols des compagnies aériennes, et sera appliqué dans le contexte particulier de la période COVID-19 pour illustrer son utilisation potentielle alors que le système global ATM est confronté à une crise. Le deuxième axe de recherche s'intéresse plus particulièrement à la génération et à l'extraction d'informations à partir de données radar à l'aide de nouvelles techniques telles que l'apprentissage automatique. Ces méthodologies permettent d'améliorer la compréhension et l'analyse des trajectoires, par exemple dans le cas de l'estimation des paramètres embarqués à partir des paramètres radar. Le troisième axe, propose de nouvelles techniques de manipulation et de génération de données en utilisant le cadre de l'analyse de données fonctionnelles. Enfin, le quatrième axe se concentre sur l'extension en temps réel de l'algorithme post-opérationnel grâce à l'utilisation de techniques de contrôle optimal, donnant des pistes vers de nouveaux systèmes d'alerte permettant une meilleure conscience de la situation
Improving aviation safety generally involves identifying, detecting and managing undesirable events that can lead to final events with fatalities. Previous studies conducted by the French National Supervisory Authority have led to the identification of non-compliant approaches presenting deviation from standard procedures as undesirable events. This thesis aims to explore functional data analysis and machine learning techniques in order to provide algorithms for the detection and analysis of atypical trajectories in approach from ground side. Four research directions are being investigated. The first axis aims to develop a post-op analysis algorithm based on functional data analysis techniques and unsupervised learning for the detection of atypical behaviours in approach. The model is confronted with the analysis of airline flight safety offices, and is applied in the particular context of the COVID-19 crisis to illustrate its potential use while the global ATM system is facing a standstill. The second axis of research addresses the generation and extraction of information from radar data using new techniques such as Machine Learning. These methodologies allow to \mbox{improve} the understanding and the analysis of trajectories, for example in the case of the estimation of on-board parameters from radar parameters. The third axis proposes novel data manipulation and generation techniques using the functional data analysis framework. Finally, the fourth axis focuses on extending the post-operational algorithm into real time with the use of optimal control techniques, giving directions to new situation awareness alerting systems

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Retornaz, Frédérique. "Evaluation gériatrique et dépistage de la vulnérabilité chez les patients âgés atteints de cancer : limites et enjeux". Aix-Marseille 2, 2008. http://www.theses.fr/2008AIX20667.

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Resseguier, Noémie. "Méthodes de gestion des données manquantes en épidémiologie. : Application en cancérologie". Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5063.

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Resumen

La problématique de la gestion des données manquantes dans les études épidémiologiques est un sujet qui intéressera tous les chercheurs impliqués dans l’analyse des données recueillies et dans l’interprétation des résultats issus de ces analyses. Et même si la question de la gestion des données manquantes et de leur impact sur la validité des résultats obtenus est souvent discutée, cesont souvent les méthodes de traitement des données manquantes les plus simples mais pas toujours les plus valides qui sont utilisées en pratique. L’utilisation de chacune de ces méthodes suppose un certain nombre d’hypothèses sous lesquelles les résultats obtenus sont valides, mais il n’est pas toujours possible de tester ces hypothèses. L’objectif de ce travail était (i) de proposer une revue des différentes méthodes de traitement des données manquantes utilisées en épidémiologie en discutant les avantages et les limites de chacune de ces méthodes, (ii) de proposer une stratégie d’analyse afin d’étudier la robustesse des résultats obtenues via les méthodes classiques de traitement des données manquantes à l’écart aux hypothèses qui, bien que non testables, sont nécessaires à la validité de ces résultats, et (iii) de proposer quelques applications sur des données réelles des différents point discutés dans les deux premières parties
The issue of how to deal with missing data in epidemiological studies is a topic which concerns every researcher involved in the analysis of collected data and in the interpretation of the results produced by these analyses. And even if the issue of the handling of missing data and of their impact on the validity of the results is often discussed, simple, but not always appropriate methods to deal with missing data are commonly used. The use of each of these methods is based on some hypotheses under which the obtained results are valid, but it is not always possible to test these hypotheses. The objective of this work was (i) to propose a review of various methods to handle missing data used in the field of epidemiology, and to discuss the advantages and disadvantages of each of these methods, (ii) to propose a strategy of analysis in order to study the robustness of the results obtained via classical methods to handle missing data to the departure from hypotheses which are required for the validity of these results, although they are not testable, and (iii) to propose some applications on real data of the issues discussed in the first two sections

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Texier, Gaëtan. "Méthode d'évaluation des algorithmes de détection temporelle des épidémies dans le cadre de l'alerte précoce". Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM5043.

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Resumen

L’objectif principal de ce travail de thèse est de proposer une méthode d’évaluation de ces algorithmes qui soit réaliste, pragmatique, opérationnel (que les acteurs de la surveillance pourront mettre simplement en œuvre), validé et reproductible. Cette méthode permettra de tester et d’évaluer les algorithmes pour en établir les caractéristiques et pour en définir les limites. Pour atteindre cet objectif, premièrement, nous proposons de modéliser le processus de surveillance avec ses tâches associées, la prise de décision et l’utilisation des ODA en conditions réelles. Un travail centré sur l’incertitude au cours de la gestion d’épidémie et l’identification d’outils potentiellement utilisables pour aider à la prise de décision a été réalisé.Deuxièmement, comme la maîtrise de l’ensemble du jeu de données d’évaluation est un préalable à toute évaluation, nous avons proposé une nouvelle approche qui permet de simuler en quelques minutes, à partir d’épidémies publiées, des courbes épidémiques réalistes. Nous avons utilisé les techniques de rééchantillonnage de Monte-Carlo permettant de résoudre un certain nombre de problèmes non traités dans la littérature et nous avons identifié la divergence du χ² comme une métrique intéressante pour réaliser le contrôle qualité de cette simulation. Nous avons également proposé une revue détaillée et commentée de l’ensemble des métriques d’évaluations publiées (>50)
The main goal of this work is to propose an assessment method to evaluate outbreak detection algorithm with the following characteristics: realistic, pragmatic, operational (easy to implement), validated and reproducible. This method will allow testing and evaluating outbreak detection algorithms with the objective to determine their features and limits. To reach this goal, firstly, we propose to model the surveillance process with their associated tasks, the decision-making and the use of ODA in real conditions. A work focused of uncertainty during the outbreak management and identification of possible tools to support the expert decision-making is presented.Secondly, because building a standardized dataset of evaluation is a prior before any evaluation, we proposed a new approach to simulate in few minutes, from published epidemics, realistic outbreak curve. We used a Monte-Carlo sampling approach to solved several problems non treated in literature and identified theχ²divergence to realized the quality control of data simulated. We also proposed a detailed and commented review on published evaluation metrics (>50). An example of ODA evaluation was realized by comparing several change point analysis (CPA) model and expert judgment while seeking to identify the complementarity between human and statistical tool in a goal of help to decision-making

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Rommel, Cédric. "Exploration de données pour l'optimisation de trajectoires aériennes". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLX066/document.

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Resumen

Cette thèse porte sur l'utilisation de données de vols pour l'optimisation de trajectoires de montée vis-à-vis de la consommation de carburant.Dans un premier temps nous nous sommes intéressé au problème d'identification de modèles de la dynamique de l'avion dans le but de les utiliser pour poser le problème d'optimisation de trajectoire à résoudre. Nous commençont par proposer une formulation statique du problème d'identification de la dynamique. Nous l'interpretons comme un problème de régression multi-tâche à structure latente, pour lequel nous proposons un modèle paramétrique. L'estimation des paramètres est faite par l'application de quelques variations de la méthode du maximum de vraisemblance.Nous suggérons également dans ce contexte d'employer des méthodes de sélection de variable pour construire une structure de modèle de régression polynomiale dépendant des données. L'approche proposée est une extension à un contexte multi-tâche structuré du bootstrap Lasso. Elle nous permet en effet de sélectionner les variables du modèle dans un contexte à fortes corrélations, tout en conservant la structure du problème inhérente à nos connaissances métier.Dans un deuxième temps, nous traitons la caractérisation des solutions du problème d'optimisation de trajectoire relativement au domaine de validité des modèles identifiés. Dans cette optique, nous proposons un critère probabiliste pour quantifier la proximité entre une courbe arbitraire et un ensemble de trajectoires échantillonnées à partir d'un même processus stochastique. Nous proposons une classe d'estimateurs de cette quantitée et nous étudions de façon plus pratique une implémentation nonparamétrique basé sur des estimateurs à noyau, et une implémentation paramétrique faisant intervenir des mélanges Gaussiens. Ce dernier est introduit comme pénalité dans le critère d'optimisation de trajectoire dans l'objectif l'intention d'obtenir directement des trajectoires consommant peu sans trop s'éloigner des régions de validité
This thesis deals with the use of flight data for the optimization of climb trajectories with relation to fuel consumption.We first focus on methods for identifying the aircraft dynamics, in order to plug it in the trajectory optimization problem. We suggest a static formulation of the identification problem, which we interpret as a structured multi-task regression problem. In this framework, we propose parametric models and use different maximum likelihood approaches to learn the unknown parameters.Furthermore, polynomial models are considered and an extension to the structured multi-task setting of the bootstrap Lasso is used to make a consistent selection of the monomials despite the high correlations among them.Next, we consider the problem of assessing the optimized trajectories relatively to the validity region of the identified models. For this, we propose a probabilistic criterion for quantifying the closeness between an arbitrary curve and a set of trajectories sampled from the same stochastic process. We propose a class of estimators of this quantity and prove their consistency in some sense. A nonparemetric implementation based on kernel density estimators, as well as a parametric implementation based on Gaussian mixtures are presented. We introduce the later as a penalty term in the trajectory optimization problem, which allows us to control the trade-off between trajectory acceptability and consumption reduction

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Couffignal, Camille. "Variabilité de la réponse pharmacologique, modélisation et influence des plans expérimentaux". Electronic Thesis or Diss., Université Paris Cité, 2021. http://www.theses.fr/2021UNIP5250.

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Le nombre croissant de patients ayant une maladie chronique, pour la plupart assujettis à la prise d’un traitement au long terme, justifie l’exploration et la caractérisation des facteurs phénotypiques et génétiques de la réponse pharmacologique. L’identification et l’estimation de la variabilité pharmacocinétique-pharmacodynamique impliquée dans la réponse à un traitement sont des étapes indispensables de cette exploration pour aboutir à une médecine de précision. Nous avons étudié la réintroduction des β-bloquants après chirurgie cardiaque dans une cohorte multicentrique prospective conduite chez des patients recevant un traitement chronique par β-bloquants et ayant subi une chirurgie cardiaque. Avec une analyse par landmark, nous avons montré l’efficacité, sur la prévention de la survenue de fibrillation auriculaire, de la réintroduction de β-bloquants 72h après chirurgie cardiaque. Nous avons modélisé, par approche de population, les données de concentration sérique, érythrocytaire et urinaire du lithium à libération prolongé administré en une prise par jour chez des patients bipolaires sous traitement depuis au moins deux ans. Un protocole de recherche clinique a ensuite été rédigé, avec une optimisation des temps de prélèvements, basée sur le modèle pharmacocinétique obtenu, pour caractériser les variabilités inter- et intra-individuelles et identifier les facteurs prédictifs de la réponse prophylactique au lithium. Nous avons évalué, par simulation, l'impact du plan expérimental croisé par rapport au plan parallèle, ainsi que le choix du modèle statistique d’analyse, pour des études pharmacogénétiques évaluant deux traitements (candidat et référence) lorsqu'un polymorphisme génétique augmente ou non l’efficacité du traitement candidat par rapport à la référence. Les résultats de cette étude de simulation montrent que le choix du modèle d'abord, puis le choix du plan expérimental ensuite affectent fortement non seulement l’erreur de type I et la puissance de détecter une interaction gène-traitement, mais aussi l'attribution correcte du traitement. Ces travaux confortent la nécessité d’utiliser des outils statistiques et des plans expérimentaux adéquats dans l’analyse d’un essai clinique ou d’une étude pharmaco-épidémiologique pour caractériser et quantifier la variabilité de la réponse pharmacologique
The increasing number of patients with chronic diseases, most of whom are subject to long-term treatment, justifies the exploration and characterisation of phenotypic and genetic factors of pharmacological response. The identification and estimation of the pharmacokinetic-pharmacodynamic variability involved in the response to a treatment are essential steps in this exploration to achieve precision medicine. We studied the re-introduction of β-blockers after cardiac surgery in a prospective multicentre cohort of patients receiving chronic β-blocker therapy and who underwent cardiac surgery. With a landmark analysis, we have shown the efficacy of reintroducing β-blockers 72 hours after cardiac surgery on the occurrence of atrial fibrillation. We modelled, using a population approach, the serum, erythrocyte and urine concentration data of once-daily sustained-release lithium in bipolar patients undergoing treatment for at least two years. A clinical research protocol was then written, with an optimization of sampling times, based on the pharmacokinetic model obtained, to characterise inter- and intra-individual variability and to identify predictive factors of the prophylactic response to lithium. We evaluated, by simulation, the impact of the crossover versus parallel design, as well as the choice of statistical model during the analysis, in pharmacogenetic studies evaluating two treatments (candidate and reference) when a genetic polymorphism increases or not the efficacy of the candidate treatment compared to the reference. The results of this simulation study show that the choice of the model and the choice of the experimental design strongly affect not only the type I error and the power to detect a gene-treatment interaction, but also the correct allocation of the treatment. This work reinforces the need to use adequate statistical tools and experimental designs in the analysis of a clinical trial or pharmacoepidemiological study to characterize and quantify the variability of the pharmacological response

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Huart, Michaël. "Développement d'un système de surveillance épidémiologique des maladies infectieuses à partir des données des laboratoires de microbiologie de la région PACA". Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM5044.

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Les maladies infectieuses posent un problème majeur de santé publique à travers le monde. En effet, les maladies infectieuses étaient la cause en 2004 de près de 15 millions de décès, que ce soit pour des pathogènes émergents, des pathogènes connus de l’homme depuis de nombreuses années ou encore des pathogènes ré-émergents (Estimation 2004 de l’OMS). Ce nombre a diminué. Cette évolution à la baisse touche la plupart des maladies infectieuses, mais une augmentation reste du domaine du possible comme l’a démontré la récente épidémie d’Ebola. Pour lutter contre ces maladies infectieuses, de nombreux outils de surveillance épidémiologique ont vu le jour à travers le monde. Ces systèmes ont pour but de détecter et d’identifier le plus précocement possible des évènements épidémiques favorisant l’alerte auprès des autorités compétentes et la mise en place de contre-mesures. L’objectif de notre travail a été de construire et de développer un système de surveillance épidémiologique à partir des données de laboratoire de microbiologie de la région Provence-Alpes Côte d’Azur (PACA). Ce système doit nous permettre d’identifier de possibles évènements anormaux de façon hebdomadaire à partir des données des différents laboratoires participants. Le système de surveillance nous a par la suite permis de déclarer plusieurs alertes auprès de l’Agence Régionale de Santé (ARS) PACA, de valoriser notre travail par des publications et enfin de valoriser le travail des laboratoires en leur transmettant une rétro-information contenant les principales alarmes de la semaine
Infectious diseases are a major public health problem worldwide. Indeed, infectious diseases were the cause in 2004 to nearly 15 million deaths, whether for emerging pathogens, pathogens known to man for many years or even re-emerging pathogens (2004 Estimation of WHO). It has fallen since we moved, for example, 1.27 million cases of malaria in 2004 to 854,600 in 2013. This downward trend affecting most infectious diseases, but an increase is still the realm of possibility as the demonstrated by the recent outbreak of Ebola.To fight against these infectious diseases, many epidemiological surveillance tools have emerged worldwide. These systems are designed to detect and identify as early as possible of possible epidemic events to promote the warning to the competent authorities and the establishment of counter-measures. The objective of our work was to build and develop an epidemiological surveillance system from the microbiology laboratory data of the Provence-Alpes Côte d'Azur (PACA). This system should enable us to identify possible abnormal events weekly data from the different participating laboratories. The monitoring system has enabled us later to declare several warnings from the Regional Health Agency (ARS) PACA, enhance our work through publications and finally to promote the work of laboratories by providing them a feedback containing the main alarms of the week.The development and automation of the system through the creation of an IT platform developed within the Mediterranean Institute University Hospital Infection (IHU) and by increasing the number of participants and the extension of this system to other regions in France or other countries

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Canovas, Ingrid. "Modélisation de la montée vers un état critique de la situation de basses eaux sous forçages naturel et anthropique en région méditerranéenne". Thesis, Avignon, 2016. http://www.theses.fr/2016AVIG1166/document.

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L’eau et la vie sont inégalement réparties. Ceci entrave le développement des sociétés, et fait apparaître des situations de tension,dont l’intensité et la fréquence varient selon le contexte climatique, la densité des populations et donc de la demande. Avec le changement climatique en cours et la hausse des besoins en eau (dont la « réserve » à laisser aux milieux naturels), le niveau des tensions est susceptible de s’élever, et la fréquence des très basses eaux de s’accroître. Dans le sud-est de la France, l’aire soumise au climat méditerranéen est particulièrement concernée par la fragilité des ressources en eau en période estivale (une saison très peu arrosée et une forte attractivité touristique, etc.). De plus, une modification du régime climatique (diminution des apports pluviométriques, extrêmes plus marqués, etc.) affectera nécessairement davantage les bassins alimentés par des ressources très locales, tels les cours d’eau et les bassins de vie ne bénéficiant pas de l’influence des grands fleuves allogènes à l’aire climatique méditerranéenne (Rhône, Durance, etc.). La réflexion sur le manque ou la pénurie en eau, de qualité propre pour satisfaire les usages sur ces territoires, peut dès lors être portée sur la façon dont un tel risque se construit (succession des étapes, retentissement d’un facteur sur les autres, etc.), et sur la façon dont l’évolution des éléments structurels et des forçages extérieurs conduit ou non à s’approcher d’une situation indésirable.La démarche engagée ici propose de décliner cette approche particulière aux basses eaux. Il s’agit alors de répondre à un triple objectif : (1) identifier et compiler au sein d’une base de données spécifique les informations essentielles pour appréhender le phénomène ; (2) caractériser l’état moyen des basses eaux à partir de situations locales et par le biais de descripteurs statistiques robustes ; (3) déterminer les modalités de son évolution vers des états critiques. Ce travail conduit dans un premier temps au développement d’une modélisation probabiliste, laquelle est conçue pour être déployée dans différentes échelles spatiales et dans différentes temporalités. La réflexion est ensuite étendue aux modalités méthodologiques et techniques pour l’élaboration d’indicateurs analytiques et d’indices synthétiques d’évaluation de la situation de tension sur la ressource.La démarche aboutit enfin à des outils numériques simples et intuitifs, mobilisables à des fins opérationnelles comme support d’aide à la décision pour la mise en place de mesures d’anticipation et de régulation, et transposables à tout territoire méditerranéen
Water and life are unequally distributed. This hinders the development of societies, and leads to situations of tension, whoseintensity and frequency vary according to climatic conditions, population density and according therefore to demand. With theongoing climate change and the rising water requirements (the stock dedicated to the natural environment), the level of tensionis likely to rise, such as the frequency of very low water. The French Mediterranean territories are particularly concerned withthe fragility of water resources during summertime (a little watered season, a strong tourist appeal, etc.). In addition, everymodification in the climate regime (the decreasing of rainfall inputs, etc.) would necessarily affect more the small catchmentwith very local resources, such as rivers and living areas which don’t benefit from the influence of major rivers (Rhone, Durance,etc.).The reflection on water scarcity can therefore be focused on the structure of such a risk (sequence of steps, the impact of onefactor on the others, etc.), and on the conditions that make the system reach an undesirable situation.The approach adopted here suggests to decline this particular approach to low water. Three objectives are here stated: (1) identifyand compile, within a specific database, the essential information to understand the phenomenon; (2) characterize the meanstate of low water from local situations and through robust statistical descriptors; (3) determine the terms of its evolution tocritical states.The whole work leads first to the development of a probabilistic modeling, which is designed to be deployed in different spatialscales and in dfferent times. The reflection is then extended to the methodological and technical arrangements that would allowthe development of analytical indicators and synthetic indexes for assessing the resource level of tension.The approach finally results in simple and intuitive digital tools, that can be mobilized for operational purposes such asdecision-making support for the implementation of anticipatory measures and regulation, and that can transferable to anyMediterranean territory

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Dimanche, Vincent. "Compréhension fine du comportement des lignes des réseaux métro, RER ettramway pour la réalisation des études d’exploitabilité". Thesis, Reims, 2018. http://www.theses.fr/2018REIMS010.

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Les réseaux ferroviaires en milieu dense font face à des saturations importantes. Et l'adéquation entre l'offre théorique et la demande croissante impose des contraintes d'exploitabilités fortes. Un déséquilibre générera des points conflictuels comme des goulets d'étranglement avec pour effet des retards sur les trains amonts. Comme le facteur humain, parmi une multitude, influence l'exploitation ; le prendre en compte plus finement devrait améliorer la compréhension et la modélisation des lignes pour en accroître la capacité sans sacrifier le confort des passagers. Pour répondre à cet objectif, nos travaux reposent sur une visualisation adaptée des données remontées de l'exploitation et sur leur fouille automatisée. Elles ont été adaptées et appliquées au domaine ferroviaire notamment aux lignes des réseaux ferrés exploités par la RATP. Le processus « Visual Analytics », mis en œuvre dans nos travaux pour répondre à ces besoins, englobe les étapes nécessaires à la valorisation de la donnée, allant de leur préparation à l’analyse experte en passant par leur représentation graphique et par l’utilisation d'algorithmes de fouille de données. Parmi ces derniers, le CorEx et le Sieve nous ont permis par un apprentissage non supervisé basé sur une mesure de l'information mutuelle multivariée d'analyser les données d'exploitation pour en extraire des caractéristiques du comportement humain. Enfin, nous proposons aussi une visualisation intuitive d'une grande quantité de données permettant leur intégration et facilitant le diagnostic global du comportement des lignes ferroviaires
Dense railway networks face significant saturation. And the balance between the theoretical offer and the growing demand imposes strong operability constraints. An imbalance will generate conflicting points such as bottlenecks with the effect of delays on the following trains. As the human factor influences the operation performance; taking it into account more accurately should improve understanding and modeling of railway lines to increase capacity without reducing passenger comfort. To fulfill this objective, we are working on an adapted visualization of the operating data and on their automated mining. These two solutions have been adapted and applied to the railway sector, particularly to the lines of rail networks operated by RATP. The "Visual Analytics" process, implemented in our work to meet these needs, encompasses the steps required to value the data, going from the preparation of the data to the expert analysis. This expert analysis is made through graphic representation and the use of data mining algorithms. Among these data mining algorithms, CorEx and Sieve allowed us to analyze operating data and then extract characteristics human behavior thanks to unsupervised learning based on a multivariate mutual information measure to. Finally, we propose an intuitive visualization of a large amount of data allowing their global integration and facilitating the overall diagnosis of the railway lines behavior

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Lieury, Tiffany. "Transitoires calciques présynaptiques induits par dépolarisation membranaire : amélioration des méthodes dédiées à leur détection automatique et à leur analyse : Sur la réelle complexité de l'analyse des données d'imagerie calcique". Paris 5, 2011. http://www.theses.fr/2011PA05T048.

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Dans les neurones, les élévations transitoires de la concentration intracellulaire en ions calcium influencent localement l’excitabilité et l’efficacité synaptique. Dans les petits compartiments axonaux, la dynamique des transitoires calciques présynaptiques joue un rôle majeur dans le contrôle de la libération de neurotransmetteurs, et par conséquent, dans la communication entre les neurones. Leur cinétique est généralement étudiée en estimant les valeurs de paramètres d’intérêt sur les données en utilisant différents modèles de dynamiques calciques. Généralement, la distribution de ces données est considérée comme suivant une loi Normale de variance constante. En réalité, cela ne s’applique guère aux données acquises avec une caméra CCD, et les résultats d’estimation de paramètres sont peu fiables. En adaptant un modèle déjà existant de bruit d’acquisition de caméra CCD, nous avons pu développer le cadre statistique nécessaire à des estimations de paramètres fiables pour 2 modèles de dynamique calcique. De plus, nous proposons une méthode statistique de détection automatique de signaux d’intérêt basée sur la distribution de données d’imagerie calcique obtenues avec une caméra CCD, ainsi qu’un ajustement possible des paramètres de la méthode pour une détection spécifique des signaux calciques présynaptiques de grande amplitude. Enfin, nous adaptons, à nos données d’imagerie calcique, une nouvelle méthode de débruitage et de classification des signaux
In neurons transient and local elevations of the intracellular free calcium ions concentration influence the excitability and the synaptic efficacy. In small axonal compartements, the dynamics of presynaptic calcium transients were shown to play a major role in the control of neurotransmitter release, and thus in the communication between neurons. Kinetics of presynaptic calcium transients are usually investigated by estimating parameters of interest on recorded data using different models of calcium dynamics, while the distribution of the data is assumed to be Normal with a constant variance. Unfortunately this assumption does not hold for data acquired with a CCD camera because of the photon noise, hence leading to unreliable parameter estimations. By adapting an existing CCD camera noise model, we have developed a correct statistical framework to reliably estimate the parameters of interest of 2 models of calcium dynamics. Based on the correct distribution of calcium imaging data acquired with a CCD camera, we propose a statistical method for an automated detection of signals of interest and adjust its parameters for the specific detection of high amplitude presynaptic calcium transients. Finally we adapt to calcium imaging data a novel method for denoising and clustering signals

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Bédubourg, Gabriel. "Place des outils d'analyse des séries temporelles dans la surveillance épidémiologique pour la détection des épidémies et leur analyse : élaboration de nouveaux outils de détection et d'analyse étiologique des épidémies appliqués à la surveillance épidémiologique". Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0739.

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La surveillance épidémiologique est le recueil systématique et continu d’informations sur l’état de santé des populations, leur analyse, leur interprétation et leur diffusion à tous les décideurs ayant besoin d’être informés. Un de ses objectifs est la détection des événements inhabituels, i.e. des épidémies, nécessitant la mise en place rapide de contre-mesures. Les objectifs de ce travail de thèse sont : (i) d’évaluer les principales méthodes statistiques de détection publiées et communément employées dans différents systèmes de surveillance épidémiologique, (ii) de proposer une nouvelle approche reposant sur la combinaison optimale de méthodes de détection statistique des épidémies et (iii) de développer une nouvelle méthode statistique d’analyse étiologique d’une épidémie à partir des données de surveillance épidémiologique collectées en routine par le système.Pour atteindre ces objectifs, nous évaluons les principales méthodes statistiques de la littérature, à partir d’un jeu publié de données simulées. Puis nous proposons une approche originale pour la détection des épidémies sur le principe de la combinaison de méthodes sélectionnées lors de l’étape précédente. Les performances de cette approche sont comparées aux précédentes selon la méthodologie utiliséeà la première étape. Enfin, nous proposons une méthode d’analyse étiologique d’une épidémie à partir des données de surveillance en employant des modèles statistiques adaptés aux séries chronologiques
Public health surveillance is the ongoing, systematic collection, analysis, interpretation, and dissemination of data for use in public health action to reduce morbidity and mortality of health-related events and to improve health. One of its objectives is the detection of unusualevents, i.e. outbreaks, requiring the rapid implementation of countermeasures.The objectives of this work are: (i) to evaluate the main published statistical methods for outbreak detection commonly implemented in different public health surveillance systems, (ii) to propose a new approach based on the optimal combination of statistical methods foroutbreak detection and benchmark it to other methods; and (iii) develop a new statistical method for the etiological analysis of an outbreak from public health surveillance data routinely collected by the system. To achieve these objectives, as a first step, we evaluate the main statistical methods, from a published set of simulated public health surveillance data. Statistical methods have been evaluated for an operational purpose: for all simulated time series, we used the tuning parameters recommended by their authors for each algorithm when available. We propose sensitivity and specificity metrics suitable for these tools. Then we propose an original approach for outbreak detection based on combination of methods selected in the previous step. The performance of this approach is compared to the previous ones according to the methodology implemented in the first step.Finally, we propose a method for the etiological analysis of an outbreak from surveillance data by using statistical models suitable for time series analysis

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Micol, Romain. "Infections à Cryptococcus neoformans, à cytomégalovirus, au virus de l'hépatite B au sein d'une cohorte (2004-2007) de sujets cambodgiens infectés par le VIH : prévalence, morbidité et mortalité". Paris 5, 2010. http://www.theses.fr/2010PA05T018.

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Afin de démontrer l’utilité du diagnostic précoce de la cryptococcose, des diagnostics de l’infection par le cytomégalovirus (CMV), et de l’infection par le virus de l’hépatite B (VHB) au cours de l’infection par le VIH au Cambodge, une cohorte de 441 patients cambodgiens infectés par le VIH a été mise en place en 2004 et suivie jusqu’en 2007 à Phnom Penh, au sein des programmes d’accès aux antirétroviraux de Médecins Sans Frontières et de Médecins Du Monde. Les prévalences, morbidité et mortalité ont été estimées. Nous avons retrouvé une prévalence élevée (59/327 ; 18,0% ; IC95%=13,9%-22,2%) de la cryptococcose chez les patients avec moins de 200 lymphocytes T CD4+/mm3, et démontré l’intérêt clinique de la détection systématique de l’antigénémie cryptococcique permettant un traitement précoce de l’infection (28,8% des cas de cryptococcose ayant été diagnostiqués grâce à la détection systématique de l’antigénémie cryptococcique). Une étude coût efficacité (coûts en 2009)comparant deux stratégies interventionnelles de prévention de la cryptococcose chez les patients avec moins de 100 CD4+/mm3 a montré que la détection de l’antigénémie cryptococcique avec traitement des cas positifs présentait un meilleur ratio coût efficacité (180 Dollar par année de vie gagnée) que la prophylaxie primaire par le fluconazole (comparée à l’absence d’intervention). De plus la prophylaxie présentait un ratio coût efficacité raisonnable (511 Dollar par année de vie gagnée) comparée à la détection de l’antigénémie. Les proportions de patients vivants à un an étaient de 71,9% et 70,0% respectivement comparées à 60,7% en l’absence d’intervention. L’infection par le CMV (infection opportuniste négligée dans les pays pauvres du fait de la quasi absence de diagnostic et de traitement) a été très fréquemment retrouvée (par PCR temps réel) chez les patients avec moins de 50 lymphocytes T CD4+/mm3 (133/224 ; 59,4% ; IC95%=52,9%-65,8%) et indépendamment associée à une augmentation de la mortalité (risque de décès le plus élevé pour une PCR CMV ≥4,2 log10 copies/ml=3,6 ; IC95%=2,0-6,8). Pour rechercher une base physiopathologique à ces résultats, nous avons étudié la réplication du HHV-6 par PCR quantitative et la détection de la protéine cmvIL-10 par un ELISA quantitatif pour les infections à C. Neoformans (absence d’association entre réplication à HHV-6 et infection cryptococcique) et à CMV (corrélation négative entre la quantité de cmvIL-10 et le nombre de CD4+/mm3) respectivement. Enfin nous avons estimé la proportion de patients présentant une hépatite chronique active B (45/319 ; 14,1% ; IC95%=10,3%-17,9%) puis modélisé l’émergence de souches résistantes à la lamivudine dans la population infectée par le VIH (7,8% chez les adultes co-infectés) et en population générale
In order to demonstrate the practical value of early diagnosis of cryptococcosis, cytomegalovirus (CMV) infection, and hepatitis B virus (HBV) infection during HIV infection in Cambodia, a cohort of 441 Cambodian HIV-infected patients was recruited in 2004 and followed until 2007 in Phnom Penh, in the context of Médecins Sans Frontières and Médecins du Monde antiretroviral drug access programmes. Prevalences, morbidity and mortality were estimated. A high prevalence (59/327; 18. 0%; 95%CI = 13. 9%-22. 2%) of cryptococcosis was observed in patients with a CD4+ T lymphocyte count less than 200/mm3, and the clinical value of systematic screening for cryptococcal antigenemia was demonstrated, as it allows early treatment of infection (28. 8% of cases of cryptococcosis were diagnosed as a result of systematic screening for cryptococcal antigenemia). A cost-effectiveness study (costs in 2009) comparing two cryptococcosis intervention strategies in patients with CD4+ count < 100/mm3 showed that screening for cryptococcal antigenemia and treatment of positive patients presented a better cost-effectiveness ratio (Dollar 180/life year gained) than primary prophylaxis with fluconazole (compared to the absence of intervention). Furthermore, primary prophylaxis presented a reasonable cost effectiveness ratio (Dollar 511/life year gained) compared to the screening. The proportion of patients alive at one year was 71. 9% and 70. 0%, respectively, compared to 60. 7% in the absence of intervention. CMV infection (an opportunistic infection often neglected in poor countries due to the almost complete absence of diagnosis and treatment) was very frequently detected (by real-time PCR) in patients with CD4+ count < 50/mm3 (133/224; 59. 4%; 95%CI = 52. 9%-65. 8%) and was independently associated with excess mortality (highest risk of death for CMV PCR ≥ 4. 2 log10 copies/ml = 3. 6; 95%CI = 2. 0-6. 8). To investigate a pathophysiological basis for these results, HHV-6 replication was studied by quantitative PCR and protein cmvIL-10 screening was performed by quantitative ELISA for C. Neoformans (no association between HHV-6 and cryptococcal infections) and CMV infections (negative correlation between cmvIL-10 level and CD4+ count), respectively. Finally, the proportion of patients presenting active chronic hepatitis B was estimated (45/319; 14. 1%; 95%CI = 10. 3%-17. 9%) and the emergence of lamivudineresistant strains was modelled in the HIV-infected population (7. 8% in co-infected patients) and in the general population

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Lominé, Franck. "Ecoulements de particules dans un milieu poreux". Phd thesis, Université Rennes 1, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00198209.

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Cette thèse a pour objet l'étude expérimentale et numérique de l'écoulement de particules dans un empilement de sphères plus grosses.
Un dispositif expérimental a été mis au point pour étudier la dispersion latérale et le temps moyen de séjour d'un paquet de particules dans un milieu poreux. Nous avons en particulier déterminé la dépendance du temps moyen de transit en fonction du nombre de particules en écoulement, de la taille des particules et de la hauteur du milieu poreux. Nous avons également caractérisé la dépendance du coefficient de dispersion latéral vis-à-vis du nombre de particules transitant dans la structure poreuse.
Dans un deuxième temps, nous avons développé des modèles de simulations numériques basés sur les méthodes "Event-Driven" et "dynamique moléculaire de sphères molles". Ceux-ci nous ont permis de compléter l'étude expérimentale en analysant l'influence de divers paramètres supplémentaires. L'accès à l'intérieur du milieu poreux a permis une analyse plus fine de la dispersion des particules.
Enfin, nous avons abordé la possibilité d'utiliser le phénomène de percolation spontanée pour réaliser un mélangeur. Grâce à l'outil numérique, nous avons réalisé et caractérisé des mélanges de particules de tailles différentes. Nous avons alors montré que ce procédé s'avère être un moyen simple et efficace pour obtenir des mélanges homogènes de particules.

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Abat, Cédric. "Développement de nouveaux outils informatiques de surveillance en temps réel des phénomènes anormaux basés sur les données de microbiologie clinique du laboratoire de la Timone". Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5029/document.

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Bien que considérées comme étant sous contrôle durant la seconde partie du 20ième siècle avec la découverte des antimicrobiens, les maladies infectieuses demeurent une menace bien réelle pour l’humanité. Quelque soit l’état de connaissance que nous avons sur ces maladies, toutes demeurent imprédictibles. Afin de lutter contre ce phénomène, de nombreuses stratégies de surveillance ont été développées amenant à la mise en place de divers outils informatiques de surveillance épidémiologique visant à détecter et identifier, le plus précocement possible, des événements anormaux. L’objectif initial de notre travail a consisté à mettre en place, au sein de l’Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection et à partir du logiciel Microsoft Excel, deux nouveaux outils informatiques de surveillance épidémiologique visant à identifier, de façon hebdomadaire et automatisée, des événements anormaux sur la base des données de microbiologie clinique issues du laboratoire du Centre Hospitalo-Universitaire Timone à l’Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Une fois cette étape achevée, nous avons par la suite travaillé au développement d’une structure de surveillance complète intégrant l’investigation et la validation des alarmes émises par les systèmes de surveillance créés, l’émission d’alertes à l’Agence Régionale de Santé (ARS) de la région Provence-Alpes Côte d’Azur (PACA), la valorisation des cas d’événements anormaux confirmés par des publications scientifiques, ainsi que la mise en place de rétro-informations et de bulletins épidémiologiques hebdomadaires visant à informer les acteurs locaux de la surveillance épidémiologique des maladies infectieuses
Although considered under control in the second half of the 20th century with the discovery of antimicrobials, infectious diseases remain a serious threat to humanity. Regardless of the state of knowledge we possess on these diseases, all remained unpredictable. To fight this phenomenon, many monitoring strategies have been developed leading to the implementation of various epidemiological surveillance computer programs to detect and identify, as soon as possible, abnormal events including epidemic phenomena. The initial objective of our work was to implement, within the Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection and based on the Microsoft Excel software, two new automated computer-based programs for the weekly automated epidemiological surveillance of abnormal epidemic events using clinical microbiological data from the Timone teaching hospital of of Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Once completed, we then worked to develop a comprehensive monitoring structure incorporating the investigation and the validation of alarms emitted by the established surveillance systems, the transmission of alerts to the Regional Health Agency (ARS) of the Provence-Alpes Côte d'Azur (PACA), the public dissemination of confirmed abnormal events by publishing scientific articles, and the implementation of feedback and weekly epidemiological bulletins to inform local infectious diseases epidemiological surveillance actors

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Moyen, Nanikaly. "Epidémiologie des infections par les filovirus et arbovirus en République du Congo". Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5069.

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La République du Congo (RC) ou nos travaux ont eu lieu, est un pays d’Afrique Centrale, il partage ses frontières avec la République démocratique du Congo, la République centrafricaine, le Gabon, le Cameroun, et l’Angola (Cabinda). Dans ces pays la circulation des arboviroses est documentée. En RC, il y avait peu ou pas de documentation sur les arboviroses avant nos travaux. Nous avons réalisé des études de séroprévalence des arboviroses de différentes familles chez des donneurs de sang Congolais. Nous avons aussi étudié l’épidémie de chikungunya ayant sévit en RC en 2011. Nos travaux ont permis de mettre en évidence des taux de séroprévalence élevés pour les pathogènes principaux incriminés: 47,2% pour Dengue, 27,8% pour Yellow fever, 24,4% pour West Nile, 38,8% pour Chikungunya et 7,9% pour Rift Valley fever. Ces taux de séroprévalence élevés prouvent la circulation de ces virus au Congo, bien qu’aucune épidémie n’ait été encore déclarée pour certains. Nous avons également isolé et caractérisé génétiquement une souche nommée "Brazza_MRS1", appartenant au lignage East Central and Southern African, issue de l’épidémie due au virus chikungunya de 2011. La RC a connu plusieurs épidémies dues au virus Ebola. Nous avons tenté de mieux caractériser la circulation des filovirus chez les donneurs de sang asymptomatiques par une étude de séroprévalence. Les taux de séroprévalence IgG anti Ebola virus, observés étaient de 2,5% en général (1,6% à Brazzaville, 4% à Pointe-Noire et 4% en milieux ruraux). Les facteurs de risques identifiés étaient l’exposition aux chauves-souris (p<0.001) et aux oiseaux (p = 0.04). Le taux de séroprévalence IgG anti Marburg virus était de 0,5%
The Republic of Congo (RC) where our work took place is a Central African country, sharing borders with the Democratic Republic of Congo, Central African Republic, Gabon, Cameroon, and Angola (Cabinda). In these countries the circulation of arboviruses is documented. In RC, there was little or no documentation on arboviruses prior to our work. We conducted studies of arbovirus seroprevalence in Congolese blood donors for different virus families. We also studied the epidemic caused by the chikungunya virus that prevailed in RC in 2011.Our work have highlighted the high rate of seroprevalence for incriminated major pathogens: 47.2% for Dengue, 27.8% for Yellow Fever, 24.4% for West Nile, 38.8% for Chikungunya and 7.9% for Rift Valley fever. These high seroprevalence rates indicate that these viruses actively circulate in Congo, although no epidemic has yet been reported for some viruses. We have also isolated and genetically characterized a strain named "Brazza_MRS1", belonging to the East Central and Southern African lineage, after the chikungunya epidemic in 2011. The RC has experienced several outbreaks caused by the Ebola virus. We have performed a filovirus seroprevalence study to attempt to better characterize the circulation of filoviruses in asymptomatic Congolese blood donors. The observed rate of seroprevalence of anti Ebola IgG was 2.5% overall (1.6% in Brazzaville, 4% in Pointe-Noire and 4% in rural areas). Identified epidemiological risk factors were the exposure to bats (p <0.001) and birds (p = 0.04). The seroprevalence rate of Marburg virus IgG was low (0.5%)

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Meddeb, Line. "Méthodes de suivi de la santé des enfants nés après fécondation In Vitro : mise en place d'une cohorte monocentrique et évaluation de la croissance anthropométrique". Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5075.

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Aujourd’hui, au moins 5 millions d’enfants à travers le monde, sont nés suite au recours de leurs parents à l’AMP. Les traitements de l’infertilité ont significativement évolué, le plus souvent cela a eu lieu en dehors des protocoles expérimentaux classiques. L’exemple le plus marquant a été l’introduction de la FIV avec micro-injection intracytoplasmique d’un spermatozoïde (ICSI). Le manque d’évaluation de la santé des enfants nés de ces techniques reste la faiblesse de cette spécialité. Nous avons mis en place un suivi longitudinal d’une cohorte mono-centrique au sein de l’hôpital Saint-Joseph (Marseille). Le recueil a été fait par la collecte des photocopies des pages du carnet de santé des enfants et de questionnaires remplis par les parents. Notre étude est une des rares études françaises présentant un suivi à long terme, pouvant aller jusqu’à 5 ans, sur une cohorte à grande échelle. L’étude de l’IMC jusqu’à l’âge de 5 ans, n’a pas révélé d’effet de la FIV, comme cela a pu être pressenti dans la littérature. D’autres investigations méritent d’être conduites. Il est important de construire un système d’information cohérent autour de la santé des enfants nés après FIV à cause de l’apparition constante des nouvelles techniques dans cette spécialité, toutes étant potentiellement responsables de risques sur la santé future de l’enfant. La faisabilité de la collecte de données couvrant à la fois l’environnement maternel, conceptionnel et les indicateurs de santé de l’enfant doit être pensée à l’échelle nationale. A cette fin le développement des méthodes de liaison entre les différents registres existants en France serait une des solutions les plus opportunes
Today, at least 5 million children worldwide were born following the enrollment of their parents in ART program. Infertility treatments have changed significantly; most often these changes took place outside traditional experimental protocols. The most striking event was when IVF with intracytoplasmic sperm injection (ICSI) was introduced in ART practices in 1995. The lack assessment of the health of children born after this technique remains the major weak in this discipline. We established a longitudinal monocentric follow-up study in Saint-Joseph Hospital (Marseille). The data were collected by asking parents to send copies of child health records and questionnaires filled out by them. This investigation is one of the few French studies involving a long-term follow- up to 5 years, in a large scale cohort. The study of BMI up to age 5 years didn’t show the suspected epigenetic influence of IVF reported in literature. Further investigations need to be conducted. It is important to build a coherent information system around the health of children born after IVF. The feasibility of collecting a series of data covering both maternal and conceptional environment, and child health indicators should be considered at the national level through the development of connection methods between different registers developed in France

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Berger, Ludovic. "Modélisation de l'activité en chirurgie vasculaire". Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX20729/document.

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La question du remplacement des chirurgiens vasculaires pour les années à venir est préoccupante du fait d’un grand nombre de départs en retraite. Mais la question du seul remplacement des effectifs ne suffit pas pour une spécialité qui s’adresse principalement à des patients âgés dans le contexte actuel d’augmentation et de vieillissement de la population française.Dans le but de répondre aux besoins en chirurgie vasculaire dans les années futures, nous avons dans un premier temps réalisé un état des lieux de la démographie des praticiens de la spécialité et estimé la cinétique des départs en retraite des prochaines années.Pour pouvoir tenir compte de l’évolution de la future activité, nous avons établi un modèle prédictif de cette activité concernant les actes de chirurgie carotidienne, de chirurgie des anévrysmes de l’aorte abdominale sous-rénale et de chirurgie des artères sous-inguinales, d’après le seul vieillissement de la population. Ce modèle applique les méthodes de l’INSEE aux actes recueillis dans le Programme Médicalisé des Systèmes d’Information. Nous l’avons ensuite affiné par l’intégration d’autres paramètres influençant l’évolution de l’activité grâce au calcul et à l’application d’un coefficient de pondération obtenu sur la période d’activité de 2000 à 2008. D’après le modèle, l’activité entre 2008 et 2030 augmentera de 38% sur les segments étudiés.Les projections pondérées permettent de prédire une augmentation de l’activité de 30% entre 2011 et 2025. D’un point de vue purement mathématique, les besoins de formation seraient de 120 chirurgiens pour le remplacement des départs en retraite, et de 59 chirurgiens supplémentaires du fait de l’augmentation de l’activité
The question of replacement of vascular surgeons for the future is of concern because of a large number of retirements. But the question of replacement only is not sufficient for a specialty that is primarily for older patients in the current context of increasing and aging of the French population.In order to meet the need for vascular surgery in the coming years, we initially performed an overview of the demographics of practitioners of the specialty and estimated the retirements. To take into account the evolution of the future activity, we have established a predictive model for the acts of carotid surgery, surgery of infrarenal abdominal aortic aneurysms and surgery of peripheral arterial disease, according to the aging population. This model applies the methods of the INSEE for acts collected in the Medicalised Information System Program database.We then refined it by including other parameters modifying workload evolution. We have calculated and applied a weighting factor obtained during the period of activity from 2000 to 2008. According to the model, the activity between 2008 and 2030 will increase by 38% in the studied procedures.The weighted projections predict an acts’ increase 30% between 2011 and 2025.From a purely mathematical point of view, the training needs of 120 surgeons would be to replace retirements, and 59 more surgeons because of the increased workload

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Drali, Rezak. "Poux humains : différenciation, distribution phylogéographique, host-switching et contrôle". Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5070/document.

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Le pou de tête et le pou de corps sont deux écotypes indiscernables occupant chacun une niche écologique différente. Le pou de corps représente une menace réelle pour l'Homme en raison de son rôle de vecteur dans la transmission de trois maladies graves pour l'Homme à savoir: le typhus épidémique, la fièvre des tranchées et la fièvre récurrente. Dans cette thèse, nous avons obtenu des résultats concrets dans chacune des thématiques abordées. En effet, nous avons (i) mis en place un outil moléculaire qui permet de différencier pour la première fois entre le pou de tête et le pou de corps qui a montré efficacité sur le terrain, (ii) mis en évidence l'existence d'un nouveau clade mitochondrial (Clade D) renfermant des poux de tête et des poux de corps susceptible de vectoriser Bartonella quintana et Yersinia pestis, (iii) retracé les migrations humaines à travers l'analyse de poux anciens provenant de différentes périodes et localisations, (iv) démontré pour la première fois que Pediculus mjobergi est génétiquement proche du pou humain et confirmé l'hypothèse qu'à l'origine Pediculus mjobergi était un pou humain qui a été transféré aux singes du Nouveau Monde par les premiers Hommes à avoir atteint le continent américain il y a des milliers d'années et (v) mis en place un outil de détection et de contrôle de la résistance moléculaire des poux à la perméthrine. Cet outil fut particulièrement utile dans l'étude clinique que nous avons menée pour déterminer si l'utilisation de sous-vêtements imprégnés d'insecticide offrait une protection efficace à long terme contre les poux de corps infestant les personnes sans-abri
Head louse (Pediculus humanus capitis) and body louse (Pediculus humanus humanus) are two indistinguishable ecotypes each occupying an ecological niche: hair for head louse and clothing for the body louse. Body louse represents a real threat to humans because of its role as vector for the transmission of three deleterious diseases namely epidemic typhus, trench fever and relapsing fever.In this thesis, we obtained concrete results that have led to scientific publications. Indeed, we (i) implemented a molecular tool to differentiate for the first time between head and body louse, (ii) we highlighted the existence of a fourth mitochondrial clade (Clade D) comprising head and body lice that can vectorize Bartonella quintana and Yersinia pestis, (iii) we traced human migration through the analysis of ancient lice from different periods and different area, (iv) we demonstrated for the first time that Pediculus mjobergi is genetically close to human louse and confirmed the hypothesis that initially Pediculus mjobergi was a human louse has been transferred to New World monkeys by the first humans who have reached the American continent thousands of years ago and (v) we have implemented a tool for detecting and monitoring the molecular resistance to permethrin of body lice that parasite sheltered homeless persons in Marseille. This tool was particularly useful in the clinical study we conducted to determine whether the use of long-lasting insecticide-treated underwear provides effective long-term protection against body lice in homeless persons

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Sallah, Kankoe. "Diffusion spatio-temporelle des épidémies : approche comparée des modélisations mathématiques et biostatistiques, cibles d'intervention et mobilité humaine". Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0607.

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Dans la première partie de cette thèse, nous avons mis en place un métamodèle de transmission du paludisme basé sur la modélisation compartimentale susceptible-infecté-résistant (SIR) et prenant en compte les flux de mobilité humaine entre différents villages du Centre Sénégal. Les stratégies d’intervention géographiquement ciblées, s’étaient avérées efficaces pour réduire l’incidence du paludisme aussi bien dans les zones d’intervention qu’à l’extérieur de ces zones. Cependant, des actions combinées ciblant à la fois le vecteur et l’hôte, coordonnées à large échelle sont nécessaires dans les régions et pays visant l’élimination du paludisme à court/moyen terme.Dans la deuxième partie nous avons évalué différentes méthodes d’estimation de la mobilité humaine en l’absence de données individuelles. Ces méthodes incluaient la traçabilité spatio-temporelle des téléphones mobiles ainsi que les modèles mathématiques de gravité et de radiation. Le transport de l’agent pathogène dans l’espace géographique, par la mobilité d’un sujet infecté est un déterminant majeur de la vitesse de propagation d’une épidémie. Nous avons introduit le modèle d’impédance qui minimise l’erreur quadratique moyen sur les estimations de mobilité, en particulier dans les contextes où les ensembles de population sont caractérisés par leurs tailles hétérogènes.Nous avons enfin élargi le cadre des hypothèses sous-jacentes à la calibration des modèles de gravité de la mobilité humaine. L’hypothèse d’une distribution avec excès de zéros a fourni un meilleur ajustement et une meilleure prédictibilité, comparée aux hypothèses classiques n’assumant pas un excès de zéros : Poisson, Quasipoisson
In the first part of this thesis, we have developed a malaria transmission metamodel based on the susceptible-infected-resistant compartmental modeling framework (SIR) and taking into consideration human mobility flows between different villages in the Center of Senegal. Geographically targeted intervention strategies had been shown to be effective in reducing the incidence of malaria both within and outside of intervention areas. However, combined interventions targeting both vector and host, coordinated on a large scale are needed in regions and countries aiming to achieve malaria elimination in the short/medium term.In the second part we have evaluated different methods of estimating human mobility in the absence of real data. These methods included spatio-temporal traceability of mobile phones, mathematical models of gravity and radiation. The transport of the pathogen through the geographical space via the mobility of an infected subject is a major determinant of the spread of an epidemic. We introduced the impedance model that minimized the mean square error on mobility estimates, especially in contexts where population sets are characterized by their heterogeneous sizes.Finally, we have expanded the framework of assumptions underlying the calibration of the gravity models of human mobility. The hypothesis of a zero inflated distribution provided a better fit and a better predictability, compared to the classical approach not assuming an excess of zeros: Poisson, Quasipoisson

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Einaudi, De Siano Marie-Ange. "Comment les médecins perçoivent-ils la qualité de vie ? : Questionnement éthique en néonatologie". Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5101.

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Le devenir des très grands prématurés est marqué par la survenue de complications pouvant retentir sur la qualité de vie des enfants et de leurs familles. Si des données de qualité de vie sont disponibles dans la littérature internationale, il n’y en a pas sur la qualité de vie des très grands prématurés nés dans nos maternités. La qualité de vie est un concept récent proposé comme critère d’évaluation des stratégies de soins mais dont l’utilisation reste limitée. Peu de travaux explorant les facteurs explicatifs de cette limitation sont rapportés. Dans le domaine précis de la médecine périnatale et en particulier celui de la très grande prématurité, aucune donnée explorant ces freins n’est rapportée.L’absence de données à la fois sur la réalité de la qualité de vie des enfants nés très grands prématurés et sur la perception qu’en ont les professionnels soignant ces patients, nous a amenés à examiner le positionnement des médecins décideurs face à cet aspect qualitatif de la santé ainsi que la place de la qualité de vie dans la réflexion éthique en médecine périnatale.Notre recherche s’articule autour de trois axes : 1. L’évaluation de la qualité de vie d’une cohorte marseillaise d’enfants prématurés français, âgés de 6 à 10 ans, à partir d’une approche parentale. 2. L’étude de la perception des médecins experts de périnatalité et des médecins impliqués dans le suivi de ces enfants vis-à-vis de la prise en compte de la qualité de vie. 3. L’approche éthique de la qualité de vie à partir de la perception des médecins
Extremely preterm children oucome is marked by the development of severe complications than can affect the quality of life of the children and their families. The coverage of these children brings decisional dilemma to physicians. While international data on preterm children quality of life are available, French preterm children quality of life remains unexplored. Quality of life is nevertheless a part of the ethical reflection of the professionals of perinatal period.Quality of life is a recent concept proposed as a criterion for evaluating care strategies but its use remains limited. Few published works have investigated the reasons for this limited use. In the field of prematurity, no data exploring these obstacles have been reported.Because of the lack of data on French preterm children quality of life and on the perception of physicians who manage preterm children, we decide to explore physicians’ perspective on the health related quality of life of extremely preterm children and the place of quality of life in ethical reflection in perinatal medicine.Our study consists in three parts: 1. A study describing health related quality of life of a cohort of French preterm children aged 6-10 years. 2. The study of physicians’ perception on health related quality of life assessment in preterm children. 3. The ethical approach of quality of life from the physicians’ perception

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Nieto, Adrien. "La vie privée à l'épreuve de la relation de soin". Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTD024/document.

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L'existence de mécanismes juridiques de protection de la vie privée en droit commun est irréfutable. Ceux dont le patient peut se prévaloir à l'occasion de la relation de soin demeurent nébuleux. La spécificité de cette relation, et des atteintes physiques et morales à la vie privée qui y sont consommées - regard, le toucher, nudité et échange d’informations privées - justifient un encadrement spécial et des protections spécifiques, existantes - mais à repenser - pour accompagner les enjeux posés par l'évolution et la modification de la relation de soin. L'émergence de nouveaux acteurs en santé, aux aspirations propres, modifie incontestablement l'objectif et les conséquences de cette relation. La donnée de santé, composante sous-estimée de la vie privée, en ce qu'elle ne transite plus uniquement du patient vers le professionnel de santé - et inversement - doit être encadrée, tant les enjeux économiques et politiques qui y sont afférents sont importants. La "valeur" de la vie privée doit être recentrée, à l’heure où la consommation, l’échange instantané d’informations et la publicité semblent avoir pris le pas sur elle
The existence of legal mechanisms for the protection of privacy under common law is irrefutable. Those that the patient can claim during the care relationship remain unclear. The specific nature of this relationship, and the physical and moral impairments to privacy that are consumed in it - look, touch, nudity and the exchange of private information - justify a special framework and specific protections, existing but repensable, for accompany the stakes posed by the evolution and the modification of the care relationship. The emergence of new actors in health, with their own aspirations, undoubtedly modifies the objective and consequences of this relationship. Health data, an underestimated component of privacy, in that it n° longer passes only from the patient to the healthcare professional - and vice versa - must be framed, both the economic and political stakes associated with it . The "value" of privacy must be refocused, at a time when consumption, instantaneous exchange of information and “publicy” seem to have taken precedence over it

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Fabre, Virginie. "Réponse démographique des Néandertaliens face aux pressions environnementales du stade isotopique 3 : approche par modélisation écologique". Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX20711/document.

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Les Néandertaliens, dont l'évolution a eu lieu en Europe sur environ 300kans, disparaissent vers 30kans. Les déterminants de cette disparition restent encore aujourd'hui très discutés et plusieurs hypothèses tentent d'en expliquer les causes. Parmi celles privilégiées à ce jour on peut citer l'influence du climat, d'une compétition avec Homo sapiens, d'une épidémie ou de modifications démographiques. Cette recherche doctorale revisite ces différentes hypothèses par le biais de la modélisation mathématique. Cette approche originale synthétise et potentialise les données de la paléontologie classique afin de mieux comprendre les phénomènes associés à l'extinction des Néandertaliens. Après avoir réalisé une étude démographique à l'aide de modèle classiques, nous avons conçu des modèles déterministes spécifiques pour analyser les Néandertaliens et la chaine alimentaire à laquelle ils sont associés. Une fois ces modèles testés et validés, nous les avons utilisés pour analyser l'évolution démographique de la population néandertalienne au cours du stade isotopique 3 et nous avons comparés nos résultats avec les données des études préhistoriques, archéozoologiques ou encore paléoanthropologiques. Suite à notre analyse, nous suggérons d'exclure certaines hypothèses souvent avancées comme la compétition pour la ressource, les oscillations climatiques ou encore les épidémies. Une modification des caractéristiques intrinsèques de la population (fécondité et/ou vitesse de maturation) nous semble être une hypothèse bien plus plausible pour expliquer la disparition des Néandertaliens
The Neanderthal population lived and thrived in Europe during about 300ky in Middle Pleistocene. The causes of their disappearance about 30ky ago are strongly debated. Among the current hypotheses developed to explain this demographical crisis, competition with Modern humans, climate changes, epidemic diseases or demographical changes have often been evoked. The aim of this thesis was to re-analyse these assumptions and their determinants by using mathematical modelling. Models are used here to synthesize the data obtained by classical paleoanthropological studies and try to understand the complex and unknown phenomenon relative to the dramatic demographic fluctuation observed in Neanderthal populations during OIS3. Classical mathematical models are firstly used to analyse the influence of both demographical parameters and environmental stresses on the Neanderthal population. Next, we created new deterministic models more specified to the Neanderthal population. After checking the relevance of these models, we used them to analyse the demographical crisis of OIS3 and the information given by modelling have been checked with the information supplied by classical paleoanthropological, zooarchaeological and prehistorical studies. Our results allowed us to exclude the assumption of an epidemic disease or a climate change or even a resource competition as a cause of Neanderthal extinction whereas competition in a broad sense and above all demographic change could have led, under specific conditions, to Neanderthal demise. A demographic modification in the Neanderthal population across the time, in terms of fecundity or maturation speed, could be the reason of Neanderthals disappearance

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Avillach, Paul. "Du système d'information clinique au système d'information épidémiologique : apport de l'intéropérabilité sémantique". Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX20697.

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Les informations médicales recueillies dans le cadre du soin doivent être utilisables pour répondre à d’autres objectifs plus collectifs. Dans ce contexte de réutilisation des données d’un système d’information clinique pour de la recherche en épidémiologie, l’objectif de ce travail est d’étudier l’apport de l'intéropérabilité sémantique à travers un certain nombre de situations concrêtes que nous avons rencontrées et étudiées et qui illustrent la nature des problèmes de cohérence sémantiques liés au traitement des données médicales et de santé.La coexistence, à un moment donné, de plusieurs référentiels sémantiques ne doit pas être considéré comme un obstacle à l'interopérabilité. Des outils génériques peuvent être conçus et développés pour passer de façon transparente d'un composant à un autre avec aussi peu de perte d’information que possible. L’Unified Medical Language System (UMLS) est un de ses outils d’intégration sémantique. Son usage dans le cadre de ces travaux montre le caractère général de cette méthode et son potentiel pour résoudre cette classe de problèmes d’intéropérabilité sémantique.La richesse de chacune des terminologies permet, lorsqu’elles sont associées dans un même référentiel sémantique pivot, d’enrichir l’ensemble des terminologies prises individuellement pour une meilleur représentation des connaissances.L’interopérabilité sémantique améliore la disponibilité et la qualité des données réutilisables pour des recherches en santé publique. Elle permet d’enrichir les données existantes. Elle fournit les moyens d'accéder à de nouvelles sources de données, agrégées de manière valide, permettant des analyses comparatives ou des analyses plus riches
Medical information collected during clinical care must be re-used to address other more collective goals. In this context of re-using data from a clinical information system for epidemiological research, the objective of this work is to study the contribution of semantic interoperability across a number of practical situations we have met and discussed which illustrate the nature of semantic consistency problems associated with processing of medical data.Coexistence at a given time, of several semantic repositories should not be considered as an obstacle to interoperability. Generic tools can be designed and developed to move seamlessly from one component to another with as little loss of information as possible. The Unified Medical Language System (UMLS) is one of the semantic integration tools. Its use in this work shows the generality of this method and its potential for solving this class of semantic interoperability problems.The richness of each of the terminology can, when combined into a single pivot semantic repository, enrich the set of terminologies individually for a better representation of knowledge.Semantic interoperability improves the availability and quality of reusable data for public health research. It also enriches existing data. It provides access to new sources of data, aggregated in a valid manner, allowing benchmarking or richer analysis

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Tesis sobre el tema "Pédiatrie – statistiques et données numériques"

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