Tesis: "Infections bactériennes et mycoses"

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Messien, Patrick. "Les complications bactériennes et fongiques des 96 premières transplantations hépatiques à Bordeaux". Bordeaux 2, 1991. http://www.theses.fr/1991BOR23027.

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Rouzé, Anahita. "Impact de l'infection par SARS-CoV-2 sur l'épidémiologie des infections respiratoires bactériennes et des aspergilloses pulmonaires invasives chez les patients de réanimation sous ventilation mécanique". Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2024. https://pepite-depot.univ-lille.fr/ToutIDP/EDBSL/2024/2024ULILS017.pdf.

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Resumen

Objectifs : Le projet CoVAPid visait à étudier l'impact de l'infection par SARS-CoV-2 sur l'épidémiologie des infections respiratoires bactériennes et fongiques chez les patients de réanimation sous ventilation mécanique (VM). Trois entités ont été analysées : les infections pulmonaires bactériennes précoces, les infections respiratoires bactériennes acquises sous VM (IAVM) - pneumonies (PAVM) et trachéobronchites (TAVM) - et les aspergilloses pulmonaires invasives (API). Les objectifs principaux étaient de comparer la prévalence d'infection pulmonaire bactérienne précoce entre les patients admis pour COVID-19 et pour grippe, de comparer l'incidence d'IAVM chez les patients admis pour COVID-19, grippe ou un autre motif qu'une pneumonie virale, de comparer la prévalence d'infection pulmonaire bactérienne précoce et l'incidence d'IAVM entre les patients de la 1ère et 2nde vagues pandémiques de COVID-19, de déterminer l'impact de la PAVM sur la mortalité des patients atteints de COVID-19, de déterminer l'impact de la corticothérapie sur l'incidence des PAVM chez les patients atteints de COVID-19, et de comparer l'incidence d'API chez les patients admis pour COVID-19 ou grippe.Méthodes : Cohorte multicentrique européenne observationnelle rétrospective impliquant 36 services de réanimation, incluant consécutivement des patients adultes sous VM pendant plus de 48h, répartis en quatre groupes selon leur motif d'admission: COVID-19 (1ère et 2nde vagues), grippe, et autres.Résultats : Au total, 2172 patients ont été inclus. La prévalence d'infection pulmonaire bactérienne dans les 48 heures suivant l'intubation était significativement inférieure chez les patients COVID-19 (9,7%) par rapport à ceux admis pour grippe (33,6% ; odds ratio (OR) ajusté 0,23 ; intervalle de confiance à 95% 0,16-0,33). L'incidence des IAVM était significativement plus élevée chez les patients COVID-19 (50,5%) comparée à ceux admis pour grippe (30,3% ; sub hazard ratio (sHR) ajusté 1,6 (1,26-2,04)) et sans infection virale (25,3% ; sHR ajusté 1,7 (1,20-2,39)), avec une incidence de PAVM significativement plus élevée dans le groupe COVID-19 par rapport aux deux autres groupes. La prévalence d'infection précoce a significativement augmenté entre la 1ère et la 2nde vague (9,7 vs 14,9%, OR ajusté 1,52 (1,04-2,22)), tout comme l'incidence des PAVM (36 vs 44,8% ; sHR ajusté 1,37 (1,12-1,66). La PAVM était associée à une augmentation significative de la mortalité à J28 chez les patients COVID-19 (HR ajusté 1,65 (1,11-2,46)), ce qui n'était pas observé chez les patients admis pour grippe et sans infection virale. Cependant, aucune différence significative dans l'hétérogénéité de l'association entre PAVM et mortalité n'était constatée entre les trois groupes de l'étude. La relation entre la corticothérapie et l'incidence de PAVM n'était pas statistiquement significative (p=0,082 pour l'effet global), avec un risque de PAVM variant au cours du temps à partir de l'initiation du traitement. Enfin, l'incidence d'API putative (définie par l'algorithme AspICU) était significativement plus faible dans le groupe COVID-19 par rapport au groupe grippe (2,5% vs 6% ; HR cause-spécifique ajusté 3,29 (1,53-7,02). Conclusion : Le projet CoVAPid a mis en évidence une prévalence moindre d'infections pulmonaires bactériennes précoces chez les patients COVID-19 par rapport à ceux atteints de grippe, avec une augmentation significative entre la 1ère et la 2nde vague pandémique. L'incidence de PAVM était plus élevée chez les patients COVID-19, comparativement aux patients admis pour grippe ou sans infection virale à l'admission, et augmentait significativement entre la 1ère et la 2nde vague. Chez les patients COVID-19, la corticothérapie n'avait pas d'effet notable sur l'incidence des PAVM, et la survenue d'une PAVM était associée à une augmentation significative de la mortalité à J28. L'incidence d'API était plus faible au cours de la COVID-19, en comparaison à la grippe
Objectives: The CoVAPid project aimed to study the impact of SARS-CoV-2 infection on the epidemiology of bacterial and fungal respiratory infections in critically ill patients requiring mechanical ventilation (MV). Three entities were analyzed: early bacterial pulmonary infections, bacterial ventilator-associated lower respiratory tract infections (VA-LRTI) including ventilator-associated pneumonia (VAP) and ventilator-associated tracheobronchitis (VAT), and invasive pulmonary aspergillosis (IPA). The main objectives were to compare the prevalence of early bacterial pulmonary infection between patients admitted for COVID-19 and influenza, to compare the incidence of VA-LRTI among patients admitted for COVID-19, influenza, or other reasons than viral pneumonia, to compare the prevalence of early bacterial pulmonary infection and the incidence of VA-LRTI between patients from the 1st and 2nd pandemic waves of COVID-19, to determine the impact of VAP on mortality in patients with COVID-19, to assess the effect of corticosteroid therapy on the incidence of VAP in patients with COVID-19, and to compare the incidence of IPA between patients with COVID-19 and influenza. Methods: This was a retrospective observational multicenter European cohort involving 36 centers. Adult patients under MV for more than 48 hours were consecutively included and divided into four groups according to their ICU admission cause: COVID-19 (1st and 2nd wave, influenza, and others. Results: A total of 2172 patients were included. The prevalence of bacterial pulmonary infections within 48 hours following intubation was significantly lower in COVID-19 patients (9.7%) compared to those admitted for influenza (33.6%, adjusted odds ratio (OR) 0.23, 95% confidence interval 0.16-0.33). The incidence of VA-LRTI was significantly higher in COVID-19 patients (50.5%) compared to those admitted for influenza (30.3%, adjusted sub-hazard ratio (sHR) 1.6 (1.26-2.04)) and those without viral infection (25.3%, sHR 1.7 (1.20-2.39)), with a significantly higher incidence of VAP in the COVID-19 group compared to the other two groups. The prevalence of early infection significantly increased between the 1st and 2nd wave (9.7 vs 14.9%, adjusted OR 1.52 (1.04-2.22)), as did the incidence of VAP (36 vs 44.8%; adjusted sHR 1.37 (1.12-1.66)). VAP was associated with a significant increase in 28-day mortality in COVID-19 patients (adjusted HR of 1.65 (1.11-2.46)), which was not observed in patients admitted for influenza and without viral infection. However, no significant difference in the heterogeneity of the association between VAP and mortality was observed among the three study groups. The relationship between corticosteroid exposure and the incidence of VAP was not statistically significant (p=0.082 for the overall effect), despite a varying risk of VAP over time since the initiation of treatment. Finally, the incidence of putative IPA (defined by the AspICU algorithm) was significantly lower in the COVID-19 group compared to the influenza group (2.5% vs 6%, cause-specific adjusted HR 3.29 (1.53-7.02)). Conclusion: The CoVAPid project highlighted a lower prevalence of early bacterial pulmonary infections in COVID-19 patients compared to those with influenza, with a significant increase between the 1st and 2nd pandemic wave. The incidence of VAP was higher in COVID-19 patients, compared to patients admitted for influenza or without viral infection at admission, and significantly increased between the 1st and 2nd wave. In COVID-19 patients, corticosteroid therapy had no significant effect on the incidence of VAP, and the occurrence of VAP was associated with a significant increase in 28-day mortality. The incidence of IPA was lower among patients with COVID-19 than those with influenza

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Nivoix, Yasmine. "Infections fongiques invasives : épidémiologie et optimisation thérapeutique". Strasbourg, 2009. http://www.theses.fr/2009STRA2006.

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Fourmaux, Éric. "Diagnostic et traitement des endophtalmies bactériennes post-opératoires". Bordeaux 2, 1995. http://www.theses.fr/1995BOR23032.

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Mugabe, Clement y Abdelwahab Omri. "La gentamicine sous la forme liposomale : aspects technologique et microbiologique". Acfas-Sudbury, 2005. https://zone.biblio.laurentian.ca/dspace/handle/10219/63.

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Lo, Cheikh Ibrahima. "Répertoire des bactéries identifiées par Maldi-Tof en Afrique de l'Ouest". Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5051/document.

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Resumen

Le répertoire des bactéries est mal connu en Afrique du fait des méthodes d’étude essentiellement basées sur des techniques de culture sur milieux simples associées à des tests biochimiques, ce qui ne permet pas son exploration. Il a néanmoins été récemment bouleversé par l’usage systématique de la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF MS.Au cours de nos travaux de thèse de doctorat, nous avons utilisé deux types de spectromètres de masse: le MALDI-TOF Vitek MS, nouvellement installé à Dakar; le MALDI-TOF Microflex LT, installé à Marseille. Les résultats que nous avons obtenus ont montré, pour la première fois, que la technique du MALDI-TOF est efficace et tout à fait adaptée en Afrique pour le diagnostic spécifique de routine. Cette performance a conduit le laboratoire clinique de l’HPD à opter pour son utilisation à la place des traditionnelles techniques d’identification phénotypique telles que les galeries API. Nous avons également confirmé que le MALDI-TOF est un puissant outil d’identification des espèces bactériennes rarement impliquées dans les maladies infectieuses humaines. De plus, cet outil nous a permis de détecter sept nouvelles espèces de bactéries isolées pour la première fois chez l’homme. En Afrique, il faudrait donc multiplier l’installation de spectromètre de masse MALDI-TOF, ou mettre en place des réseaux autour de plateformes MALDI-TOF sous-régionales partagées entre plusieurs structures sanitaires et/ou de recherche
The Africa bacteria repertory is unfamiliar because the available tools in this region are not allowed its best knowledge. In fact, bacteria are most often identified using culture techniques on simple media and biochemical tests which enable the identification of some common characters. These methods do not facilitate an exhaustive knowledge of the bacterial repertory; consequently they have recently been revolutionized by the systematic use of MALDI-TOF mass spectrometry (MS).In our thesis we used two mass spectrometers, respectively, MALDI-TOF Vitek MS currently installed at Dakar (Senegal) and MALDI-TOF Microflex LT installed in Marseille (France). In addition we have also confirmed that MALDI-TOF is a powerful tool for identifying bacterial species rarely involved in human infectious diseases. Thus in adopting the MALDI-TOF as a first-line tool in bacterial identification before Gram staining or other techniques of phenotypic identifications based on chemical characteristics, we discovered seven new species of bacteria isolated for first time in humans. Microbial identification using MALDI-TOF MS is currently feasible in Africa. Its performance and effectiveness in routine diagnosis of clinical microbiology laboratories have been proven. It is necessary either to increase the installation of MALDI-TOF, or establishing a network around a shared MALDI-TOF platform between several structures located in the same area, especially in the underdeveloped countries of Africa amortization of investment costs of the device, because it allowed reducing the time of reporting results and indirectly facilitating better care for patients

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Siddle, Katherine Joyce. "Régulation transcriptomique et génétique de la réponse des microARN aux infections (myco)bactériennes". Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066330.

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Resumen

Les microARN sont des petits ARN non-codant impliqués dans la régulation de multiples fonctions biologiques dont la réponse immunitaire. L'infection par un pathogène induit un changement transcriptomique fort chez l'hôte. Cependant, la variabilité de ces dérégulations reste encore mal décrite. Cette thèse avait pour principaux objectifs de mieux comprendre la spécificité et la variabilité de la réponse des microARN chez l'homme ainsi que mettre en évidence les bases génétiques de cette diversité en utilisant comme modèle l'infection des cellules dendritiques par Mycobacterium tuberculosis (MTB). Nous avons utilisé une approche ex vivo et des techniques à haut débit dans le but de décrire la réponse des microARN suite à l'infection par MTB dans la population générale, et de la comparer à celle induite par d'autres mycobactéries et bactéries intracellulaires. Nous montons que l'infection modifie profondément l'expression des microARN ainsi que la diversité de leurs isoformes, dont un certain nombre de microARN sont impliqués dans une réponse très conservée. Nos résultats soulignent aussi l'effet de l'infection sur les réseaux de régulation de l'expression des gènes impliquant les microARN et montrent que l'expression de 3% de ces transcrits peut-être corrélée à un marqueur génétique. Grâce à l'intégration de ces différentes analyses, nous proposons certains microARN candidats qui pourraient jouer un rôle dans la variabilité de la réponse immunitaire. L'ensemble de nos résultats constitue la première tentative de compréhension de l'architecture génétique de la réponse des microARN et apporte un nouvel éclairage sur le rôle de ces transcrits dans la réponse antibactérienne
MicroRNAs (miRNAs) are important epigenetic regulators of gene expression that play a key role in many biological processes, including the immune response. Although infection is accompanied by marked changes in the transcriptional profiles of host cells, little is known about the variability of host miRNA responses to infection. In this thesis, we aimed to define the extent and specificity of pathogen-induced miRNA transcriptional responses of host cells, and to characterise the genetic basis of miRNA variability upon infection, using the model of Mycobacterium tuberculosis (MTB) infection of human dendritic cells. To this end, we have combined ex vivo approaches with a range of high-throughput genomic techniques to profile miRNA responses to MTB at the population-level and to compare this response with other mycobacterial and non-mycobacterial infections. We show that miRNAs display marked changes in expression and in isomiR distribution upon infection that are highly consistent across diverse bacteria, demonstrating the presence of a strong core miRNA response to bacterial infection. Our results highlight the impact of infection on miRNA-mediated gene regulatory networks and show that the expression of 3% of miRNAs are controlled by proximate expression quantitative trait loci (eQTLs) and identify a number of candidate miRNAs that may play a role in variability in the immune response to infection. Together, these results provide the first assessment of the impact of genotype-environment interactions on the regulation of miRNA expression, as well as offering novel insights into the specificity of these miRNAs in the response to mycobacterial infections

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Siddle, Katherine Joyce. "Régulation transcriptomique et génétique de la réponse des microARN aux infections (myco)bactériennes". Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066330.

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Resumen

Les microARN sont des petits ARN non-codant impliqués dans la régulation de multiples fonctions biologiques dont la réponse immunitaire. L'infection par un pathogène induit un changement transcriptomique fort chez l'hôte. Cependant, la variabilité de ces dérégulations reste encore mal décrite. Cette thèse avait pour principaux objectifs de mieux comprendre la spécificité et la variabilité de la réponse des microARN chez l'homme ainsi que mettre en évidence les bases génétiques de cette diversité en utilisant comme modèle l'infection des cellules dendritiques par Mycobacterium tuberculosis (MTB). Nous avons utilisé une approche ex vivo et des techniques à haut débit dans le but de décrire la réponse des microARN suite à l'infection par MTB dans la population générale, et de la comparer à celle induite par d'autres mycobactéries et bactéries intracellulaires. Nous montons que l'infection modifie profondément l'expression des microARN ainsi que la diversité de leurs isoformes, dont un certain nombre de microARN sont impliqués dans une réponse très conservée. Nos résultats soulignent aussi l'effet de l'infection sur les réseaux de régulation de l'expression des gènes impliquant les microARN et montrent que l'expression de 3% de ces transcrits peut-être corrélée à un marqueur génétique. Grâce à l'intégration de ces différentes analyses, nous proposons certains microARN candidats qui pourraient jouer un rôle dans la variabilité de la réponse immunitaire. L'ensemble de nos résultats constitue la première tentative de compréhension de l'architecture génétique de la réponse des microARN et apporte un nouvel éclairage sur le rôle de ces transcrits dans la réponse antibactérienne
MicroRNAs (miRNAs) are important epigenetic regulators of gene expression that play a key role in many biological processes, including the immune response. Although infection is accompanied by marked changes in the transcriptional profiles of host cells, little is known about the variability of host miRNA responses to infection. In this thesis, we aimed to define the extent and specificity of pathogen-induced miRNA transcriptional responses of host cells, and to characterise the genetic basis of miRNA variability upon infection, using the model of Mycobacterium tuberculosis (MTB) infection of human dendritic cells. To this end, we have combined ex vivo approaches with a range of high-throughput genomic techniques to profile miRNA responses to MTB at the population-level and to compare this response with other mycobacterial and non-mycobacterial infections. We show that miRNAs display marked changes in expression and in isomiR distribution upon infection that are highly consistent across diverse bacteria, demonstrating the presence of a strong core miRNA response to bacterial infection. Our results highlight the impact of infection on miRNA-mediated gene regulatory networks and show that the expression of 3% of miRNAs are controlled by proximate expression quantitative trait loci (eQTLs) and identify a number of candidate miRNAs that may play a role in variability in the immune response to infection. Together, these results provide the first assessment of the impact of genotype-environment interactions on the regulation of miRNA expression, as well as offering novel insights into the specificity of these miRNAs in the response to mycobacterial infections

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Bergeau, Caroline Ballereau Françoise. "Place du voriconazole et de la caspofungine dans le traitement des infections fongiques invasives au CHU de Nantes". [S.l.] : [s.n.], 2005. http://theses.univ-nantes.fr/thesemed/PHbergeau.pdf.

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Griseri, Thibault. "Rôle immunorégulateur des lymphocytes TNK dans le diabète de type 1 et les infections virales". Paris 5, 2006. http://www.theses.fr/2006PA05N24S.

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Resumen

Les lymphocytes TNK sont des lymphocytes T non conventionnels. Ils expriment un TCR avec une chaîne α invariante Vα14 et des marqueurs associés aux cellules NK. Ils reconnaissent la molécule de classe I non-classique CD1d qui présente des glycolipides endogènes et exogènes. Fonctionnellement, ils sont capables de sécréter rapidement de grandes quantités de cytokines comme l’IL-4 et l’IFNγ et possèdent des capacités immunostimulatrices et immunosuppressives. Les lymphocytes TNK sont impliqués dans les réponses anti-infectieuses et anti-tumorales. Ils jouent également un rôle protecteur dans plusieurs maladies autoimmunes. Le diabète de type 1 est une maladie autoimmune qui est associée à la destruction des cellules pancréatiques productrices d’insuline par des lymphocytes T autoréactifs. Plusieurs travaux ont rapporté un effet protecteur des lymphocytes TNK dans le diabète de type 1, dans le cadre de modèles polyclonaux ou d’un modèle monoclonal CD4. Dans la première partie de cette thèse, nous avons étudié l’influence des lymphocytes TNK dans le cadre d’un transfert monoclonal de lymphocytes T CD8 anti-îlots. Les lymphocytes TNK dans ce modèle ne sont pas capables d’inhiber la réaction autoimmune, mais au contraire ils aggravent la maladie en stimulant la réponse destructrice des lymphocytes T CD8 anti-îlots
Invariant natural killer T (iNKT) cells can prevent type 1 diabetes by impairing T cell responses to pancreatic β cells. As iNKT cells can also promote T cell responses to pathogens, and as viruses can trigger autoimmune diabetes, we investigated the effect of iNKT cells on virus-induced diabetes. Mice expressing the lymphochoriomeningitis virus (LCMV) nucleoprotein (NP) in their pancreatic β cells develop diabetes after LCMV infection. Here, we show that although iNKT cells promote systemic anti-LCMV CD8 T cell responses, theyn also completely abolish LCMV-induced diabetes. Locally in the pancreas, iNKT cells induced the production of large amount of antiviral cytokines inhibiting LCMV replication

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Vuillemard, Catherine. "Traitement des mycoses ophtalmiques, stratégie thérapeutique des kératomycoses et des endophtalmies à candida et aspergillus". Bordeaux 2, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR2P074.

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Mijouin, Lily. "Interactions peau/microbiote cutané : effet d'un neuropeptide cutané, la Substance P, sur l'adaptation et la virulence bactériennes". Rouen, 2012. http://www.theses.fr/2012ROUES010.

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Resumen

La peau est le plus important organe neuroendocrinien du corps humain et héberge une population estimée à 1012 bactéries, très majoritairement commensales ou symbiotiques. La Substance P (SP) est un acteur majeur de l’inflammation neurogène et est impliquée dans de nombreuses physiopathologies cutanées telles que les dermatites atopiques ou le phénotype de peau sensible. Cependant, le rôle joué par les micro-organismes cutanés dans ces physiopathologies n’est pas connu à ce jour, et l’interaction des neuropeptides cutanés avec la microflore bactérienne n’a jamais été étudiée. Dans un premier temps, une analyse détaillée de la flore bactérienne cutanée a été réalisée chez des individus à peau saine ou à peau dite sensible non pathologique. Les isolats bactériens collectés ont été identifiés par des techniques Pasteuriennes, de biologie moléculaire et par une analyse du protéome total via la technologie de spectrométrie de masse MALDI-TOF couplée au logiciel algorithmique Biotyper ®. Cette première étape a permis la sélection de quatre germes cutanés, considérés comme des représentants des différentes sous–populations de bactéries cutanées : Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Bacillus cereus et Pseudomonas fluorescens. Les effets de la SP sur la virulence bactérienne cutanée ont ensuite été étudiés. L’exposition des souches bactériennes à la SP augmente de façon significative la virulence globale et l’adhésion bactérienne vis-à-vis des kératinocytes HaCaT. Pour deux des quatre souches, B. Cereus et S. Aureus, nous avons identifié les facteurs de virulence potentiellement impliqués dans ce phénomène. De plus, le facteur d’élongation Tu a été identifié comme étant le site de liaison à la SP chez B. Cereus. Enfin, nous avons observé que deux molécules bio-actives d’origine cosmétique peuvent antagoniser les effets pro-virulents de la SP. Ces observations supportent l’hypothèse selon laquelle SP modifie la virulence globale des membres de la microflore cutanée. Cette étude participe à la compréhension du rôle de la microflore cutanée dans les interactions physiologiques entre la peau et les microorganismes qui la colonisent
Human skin is the largest neuroendocrine organ, and hosts approximately 1012 bacteria, most of which are commensal or symbiotic. Substance P is a major actor of neurogenic inflammation, and is involved in various cutaneous disorders, such as atopic dermatitis or sensitive skin phenotype. However, the exact role played by the cutaneous micro-organisms in these disorders is unknown, and interactions between human neuropeptides and cutaneous bacteria were never investigated. During this work, a detailed analysis of cutaneous bacterial microbiota was realized within normal skin and sensitive skin volunteers. Bacterial isolates collected were identified with Pasteurian techniques, molecular biology techniques and MALDITOF mass spectrometry coupled to the Biotyper ® software. This first step led to the selection of four cutaneous germs, considered as representative of different cutaneous bacterial sub-populations: Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Bacillus cereus and Pseudomonas fluorescens The effects of SP on cutaneous bacterial virulence were then studied. The exposure of bacterial strains with SP induced a significant raise in global virulence and adhesion properties of bacteria to kératinocytes HaCaT. For S. Aureus and B. Cereus strains, we were able to identify virulence factors potentially involved in such phenomenon. Moreover, the Thermo-unstable elongation factor Tu was identified as a SP binding site in B. Cereus. Finally, we observed that two bio-active cosmetic compounds were able to antagonize SP pro-virulent effects. These observations support the hypothesis that SP could act as a global virulence regulator of the cutaneous microflora. This study participates in the understanding of the role of such microflora within the physiological interactions between the skin and microbes that colonizes it

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Bozdogan, Bülent. "Mécanismes de résistance aux lincosamides et aux streptogramines chez les bactéries à Gram positif". Paris 5, 1999. http://www.theses.fr/1999PA05N132.

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Prudent, Elsa. "Applications de l'hybridation in situ en fluorescence et stratégies moléculaires pour le diagnostic des infections bactériennes". Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0253/document.

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Resumen

Une partie de ce travail de thèse a consisté à appliquer les méthodes de FISH pour l’étude de trois bactéries pathogènes intracellulaires. La viabilité de Bartonella henselae a été évaluée à partir de ganglions de patients atteints de la maladie des griffes du chat (CSD). Le faible taux d’ARN détecté par biologie moléculaire, la stérilité des cultures, l'absence de détection par analyses histologiques et FISH confirment que B. henselae n'est pas ou rarement viable dans les ganglions de patients atteints de CSD. Tropheryma whipplei, l’agent de la maladie de Whipple, a été identifié et localisé par FISH, dans les macrophages d’un ganglion et d’une biopsie pulmonaire, confirmant le diagnostic infectieux. Deux méthodes de FISH ont été testées pour détecter Coxiella burnetii dans des cas d’endocardites et d’infections vasculaires en utilisant des sondes oligonucléotidiques et des sondes PNA. Les résultats ont confirmé une meilleure efficacité des sondes PNA et démontré que les techniques de FISH sont plus sensibles que l’immunohistochimie pour le diagnostic des endocardites et des infections vasculaires à C. burnetii. Nous avons également évalué les stratégies moléculaires mises en place pour le diagnostic syndromique. Bien que la PCR conventionnelle à large spectre permette l'identification de micro-organismes fastidieux et anaérobies, la PCR spécifique en temps réel révèle une supériorité significative dans le diagnostic syndromique. En conclusion, ce travail a permis de démontrer l’efficacité et l’applicabilité de la FISH pour la détection bactérienne. Cette méthode peut être utilisée comme un outil complémentaire afin d'améliorer le diagnostic de microbiologie clinique
We applied FISH methods to the study of three intracellular pathogenic bacteria. The viability of Bartonella henselae was evaluated in a large series of lymph nodes from patients with cat scratch disease (CSD). The results obtained, associated with sterile cultures and negative histological analyzes and FISH, as well as the low level of RNA detected by molecular biology, provide evidence that B. henselae are not or are rarely viable in the lymph nodes of patients with CSD. Tropheryma whipplei has been identified by FISH in macrophages from one lymph node and for the first time in a pulmonary biopsy, confirming the diagnosis of infection. Two methods of FISH have been tested to detect Coxiella burnetii in cases of endocarditis and vascular infections using oligonucleotide and PNA probes. The results attested to the greater efficiency of PNA probes, and demonstrated that FISH were applicable for the diagnosis of C. burnetii endocarditis. We also evaluated the molecular strategies used for syndrome-driven diagnosis of infectious diseases. Although conventional broad-spectrum PCR allows for the identification of fastidious and anaerobic microorganisms, real-time specific PCR reveals a significant superiority in syndrome-driven diagnosis. The addition of specific PCRs in real time PCR would improve our molecular strategies, for example, in the case of the detection of Staphylococcus aureus for the diagnosis of lymphadenopathy. In conclusion, this work demonstrates the effectiveness and applicability of FISH for the identification of intracellular bacteria. This method can be used as an important complementary tool to the improvement of clinical microbiological diagnosis

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Courtin-Chabre, Valérie. "Les infections fongiques au cours du sida : à propos d'un cas de mucormycose et revue de la littérature". Montpellier 1, 1997. http://www.theses.fr/1997MON11167.

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Antraygues, Kévin. "Conception, synthèse et évaluation biologique de nouveaux ansamacrolides dans le traitement d'infections bactériennes". Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2022. http://www.theses.fr/2022ULILS027.

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Resumen

L'antibiorésistance est un problème de santé publique majeur à l'heure actuelle et ceci sera d'autant plus vrai dans les prochaines décennies. Parmi les bactéries impliquées dans ce phénomène alarmant, Acinetobacter baumannii et Mycobacterium abscessus ont développé toutes deux des résistantes à de nombreux antibiotiques actuellement disponibles sur le marché. La recherche et le développement de nouveaux antibiotiques est donc nécessaire afin de lutter contre ces pathogènes.La rifabutine, un macrocycle hémisynthétique de la classe des rifamycines, a récemment montré des activités intéressantes in vitro contre A. baumannii et M. abscessus, ce qui s'est traduit ensuite par une efficacité in vivo de la molécule. La rifabutine semble donc prometteuse dans la lutte contre ces bactéries, cependant l'emploi de cet antibiotique est à ce jour limité. Afin de traiter une infection causée par A. baumannii, la rifabutine doit être injectée par voie intraveineuse, ce qui n'est pas chose simple au vue de la faible solubilité aqueuse de la molécule. Concernant la lutte contre M. abscessus, la rifabutine, bien qu'efficace in vivo, présente une activité limitée contre cette mycobactérie, ce qui peut conduire à un échappement thérapeutique.Les travaux présentés dans ce manuscrit de thèse cherchent donc à pallier les limitations de la rifabutine mentionnées ci-dessus.Dans une première partie, des prodrogues hydrosolubles de la rifabutine ont été synthétisées dans le but de permettre une administration par voie intraveineuse et ainsi de lutter efficacement contre des infections à A. baumannii en clinique. Afin de conduire à la libération de rifabutine après clivage enzymatique dans le plasma, une stratégie de cyclisation intramoléculaire a été employée. Après l'évaluation des composés lors de tests de stabilité plasmatique, des études de relations structure-stabilité ont été réalisées, menant à l'identification de trois prodrogues prometteuses. Des études in vitro supplémentaires ont ensuite été conduites telles que la mesure de la solubilité aqueuse et de l'inhibition de la croissance bactérienne, puis une étude in vivo de pharmacocinétique a finalement été réalisée afin d'identifier un candidat pour le développement.Dans une seconde partie, des analogues de la rifabutine modifiée en position C25 ont été synthétisés afin d'identifier des composés plus puissants. En se basant sur une stratégie de chimie en parallèle, un grand nombre de dérivés a pu rapidement être obtenu, puis ceux-ci ont été évalués contre M. abscessus dans le but de mener des études de relations structure-activité
Antimicrobial resistance is a major public health issue nowadays and this will be even more true in the coming decades. Among the bacteria involved in this alarming phenomenon, Acinetobacter baumannii and Mycobacterium abscessus are both resistant to many antibiotics currently available on the market. Research and development of new antibiotics is therefore necessary to fight these pathogens.Rifabutin, a semi-synthetic macrocyle of the rifamycin class, has recently shown interesting in vitro activities against A. baumannii and M. abscessus, which then translated into in vivo efficacy. Rifabutin therefore seems to be promising to the fight against these bacteria, but the use of this antibiotic is currently limited. In order to treat an infection caused by A. baumannii, rifabutin requires to be injected by intravenous route, which is not so easy because of the low water solubility of the molecule. Concerning the treatment of M. abscessus infections, rifabutin, although effective in vivo, has moderate activity against this mycobacterium, which could lead to therapeutic escape.Therefore, the work presented in this thesis manuscript seeks to address the limitations of rifabutin mentioned above.In a first part, water-soluble prodrugs of rifabutin have been synthesized in order to allow an intravenous injection and thus fight effectively against A. baumannii infections. To achieve the release of rifabutin after enzymatic cleavage in plasma, an intramolecular cyclization strategy was employed. After evaluation of the compounds in plasma stability assays, structure-stability relationship studies were performed, leading to the identification of three promising prodrugs. Additional in vitro studies were then conducted such as the measurement of aqueous solubility and bacterial growth inhibition, and finally an in vivo pharmacokinetic study was performed to be able to select for a preclinical candidate.In a second part, analogues of rifabutin modified at the C25 position were synthesized to identify more potent compounds. Based on a parallel chemistry strategy, a large number of derivatives were rapidly obtained and then evaluated against M. abscessus in order to conduct structure-activity relationship studies

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Joubert, Olivier. "Identification,stabilisation et inhibition de l'interaction monomère S-monomère F des leucotoxines à deux composés de Staphylococcus aureus". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/JOUBERT_Olivier_2005.pdf.

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Staphylococcus aureus est la bactérie la plus fréquemment isolée en milieu hospitalier. Parmi de nombreux facteurs de virulence, elle produit des leucotoxines à deux composés, riches en feuillets  et formant des pores. Les leucotoxines résultent de l'interaction synergique d'une protéine de classe S avec un ligand membranaire, puis d'une de classe F. Elles s'associent à la surface membranaire en hexa, hepta ou octamères de façon coopérative, et ciblent les cellules immunitaires de l'hôte. Notre étude a porté sur le mode d'action de ces toxines sur la base des structures des monomères solubles. Notre contribution à l'étude du mécanisme d'action de ces leucotoxines montre que la partie N-terminale n'interagit probablement pas avec les monomères adjacents lorsque le pore est formé, contrairement à ceux de l'α-toxine. L'obtention d'hétérodimères biologiquement actifs de la première interface nous permet d'affirmer la parité du pore formé par les leucotoxines (hexamère ou octamère). Nous avons identifié des interactions préférentielles entre certains aminoacides et de nouvelles différences structurales avec l'alpha-toxine. Un hétérodimère HlgA T28C~HlgB N156C est cristallisé. Cela permettra de résoudre la structure de HlgA. L'identification des aminoacides en interaction sur la seconde interface permettrait de résoudre in fine la structure du pore constitué par HlgA/HlgB, puis le développement de molécules inhibitrices de l'association. Cette inhibition constitue un axe majeur de la poursuite de ce travail pour l'étude de leur rôle dans la virulence de la bactérie. Avec les CXXX, nous avons identifié des molécules capables d'inhiber toutes les toxines formant des pores de S. Aureus. La stabilisation de l'interaction des monomères des leucotoxines n'est donc qu'une des possibilités qui permet d'envisager leurs applications dans différents secteurs des biotechnologies : stimulateurs de l'immunité, vecteurs de perméabilisation cellulaire, anti-tumoraux, biosenseurs.

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Calvat, Sigolène. "Infections bactériennes des voies urinaires, de la paroi et de la loge du greffon après transplantation rénale". Montpellier 1, 1992. http://www.theses.fr/1992MON11086.

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Launay, Elise. "Méthodologies d’évaluation de l’optimalité des soins : exemples des délais diagnostiques et des infections bactériennes sévères de l’enfant". Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCB134/document.

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Les objectifs de cette thèse étaient de produire des connaissances nouvelles sur les méthodologies d’évaluation de l’optimalité des soins avec l’exemple des délais diagnostiques et des infections bactériennes sévères de l’enfant (IBS). Nous avons mis en évidence, dans deux revues systématiques de la littérature, que les points méthodologiques potentiellement associés à des risques de biais et d’obstacles à la transportabilité des résultats étaient rarement rapportés dans les études primaires sur les délais diagnostiques ou rarement évalués par les auteurs de méta-analyses. Nous avons donc construit et validé internationalement une reporting guideline pour aider les scientifiques à prendre en compte ces points méthodologiques critiques. Nous avons montré par une enquête confidentielle avec comité d’experts en population que : (i) les prises en charge étaient suboptimales pour 76% des enfants décédés d’IBS, (ii) un retard au recours médical, une sous-évaluation de la gravité ou un retard à l’antibiothérapie étaient retrouvés dans la prise en charge de respectivement 20%, 20% et 24% des enfants atteints d’IBS, (iii) les soins suboptimaux étaient indépendamment et fortement associés au risque de décès et (iv) les soins suboptimaux étaient plus fréquents chez les enfants de moins d’un an ou lorsque qu’ils n’étaient pas administrés par un médecin spécifiquement formé. La minimisation des biais dans la sélection des participants et la mesure de l’optimalité et la prise en compte de facteurs de confusion comme la sévérité intrinsèque de la maladie sont des éléments clefs de l’évaluation de l’optimalité des soins afin de produire des messages cliniques correctifs valides
The aim of this thesis was to product new knowledge about the methodology on how to assess the optimality of care with the examples of time to diagnosis and serious bacterial infection (SBI). In two systematic reviews, we found that the key methodological points potentially related to risks of bias or threats to transportability were rarely reported in the primary studies and rarely evaluated by authors of systematic reviews. Then, we developed and internationally validated a reporting guideline to help scientists to better take into consideration these critical methodological points. In a population-based confidential inquiry, we found that: (i) care was suboptimal in 76% of the initial management of children who died from SBI, (ii) delayed first medical contact, undervaluation of severity or delayed antibiotic administration were detected in the management of 20%, 20% and 24% of children admitted to intensive care for a SBI, respectively, (iii) the total number of suboptimal cares delivered during the management was independently associated with death, and (iv) suboptimal cares were more frequent in children younger than one year old and if the care was delivered by a non specialist physician. Minimizing the risks of bias both in the selection process of the study population and in the assessment of the optimality of care, and taking into account confounding factors such as the intrinsic severity of the disease are keys elements to ensure a reliable evaluation of optimality of care in order to produce effective corrective clinical messages

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Alonso, Jean-Michel. "Deux approches différentes dans la stratégie d'immunoprévention des infections bactériennes transmissibles : le modèle Yersinia et le modèle Bordetella". Paris 11, 1988. http://www.theses.fr/1988PA112048.

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La peste, zoonose accidentellement transmissible à l’homme, due à Yersinia pestis, provoquant une infection systémique, par invasion cellulaire, et la coqueluche, infection toxinique, non invasive, du tractus respiratoire, strictement humaine, due à Bordetella pertussis, sont deux modèles de maladies infectieuses épidémiques totalement différents, par leur épidémiologie, leurs processus physiopathologiques et par les mécanismes immunitaires qui s'opposent à leur développement. Les stratégies d'immunoprévention les plus rationnelles, fondées sur les études physiopathologiques, que nous avons réalisées, nous paraissent être, dans le cas de la peste, l'exploitation des compétitions immunitaires exercées par les infections bactéries phylogénétiquement proches de Y. Ptstis, y. Pstudotu berculosis et Y. Enterocolitica, au sein du réservoir murin sauvage, et, dans le cas de la coqueluche, l'immunisation spécifique des populations exposés contre certains déterminants d'lmmunogénicité, synthétisés et sécrétés par B. Pertussis, et dont le rôle dans le processus pathogène est précisément identifié : l'hémagglutinine filamenteuse, principal facteur d'adhésion, conditionnement l'intensité du syndrome infectieux, dont dépend l'induction du syndrome toxinique, alors que l'adényl cyclase apparaît comme la principale toxine impliqué dans les effets cytopathogènes pour le tractus respiratoire. Dans ces deux modèles, l'approche physiopathologique est essentielle pour choisir les stratégies de recherches analytiques, structurales, moléculaires, et génétiques, les mieux adaptées à la caractérisation des immunogènes et des procédés d'immunisation les plus rationnels contre ces infections.

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Ruer, Ségolène. "Les systèmes "chaperone-usher" CupB et CupC chez Pseudomonas aeruginosa : assemblage et fonctions, caractérisation du "P-usher", une protéine bi-fonctionnelle impliquée dans l'assemblage de fimbriae et la sécrétion d'une protéine TpsA". Aix-Marseille 2, 2009. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2009AIX22010.pdf.

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Dans l’environnement, les bactéries vivent le plus souvent attachées à une surface, en un mode de vie communautaire pluricellulaire, le biofilm. Pseudomonas aeruginosa est un pathogène humain opportuniste à Gram négatif, responsable d’infections nosocomiales et d’infections respiratoires chez les patients atteints de mucoviscidose. La vie communautaire chez cette bactérie est un moyen de persistance chez l'hôte qu'il colonise et constitue un mécanisme passif ou actif de résistance aux molécules antimicrobiennes. L’établissement de P. Aeruginosa sous forme communautaire est le fait de machineries macromoléculaires, dont la voie « chaperone-usher » (CU). Mon travail de thèse a consisté à caractériser les systèmes CU, CupB et CupC de P. Aeruginosa. Ces deux systèmes sont fonctionnels et assemblent des fimbriae de façon spécifique au travers de leur protéine de membrane externe, le « usher ». Le cluster cupB code pour deux chaperones périplasmiques CupB2 et CupB4 dont nous montrons qu’elles adressent respectivement la piline majeure CupB1 et l’adhésine CupB6 à la protéine usher CupB3. Le cluster cupB code également pour un substrat des systèmes TPS, CupB5 dont la sécrétion est assurée par le « P-usher », résultant de la fusion d’un domaine POTRA et d’un domaine usher. Le « P-usher » est une protéine bi-fonctionnelle capable d’assembler un fimbriae CU et de sécréter un substrat TPS. Le cluster cupB de P. Aeruginosa aurait subi au cours de l’évolution un réarrangement génétique aboutissant à la disparition du gène tpsB et à la création du gène hybride cupB3 codant pour le « P-usher », hypothèse confirmée par la sécrétion de la protéine TPS de P. Aeruginosa par la protéine de membrane externe TpsB de P. Fluorescens présente dans le cluster cupB de cette bactérie. L’étude de ces fimbriae CupB et CupC a montré leur implication dans la formation du biofilm et la réponse de la cellule hôte, plus particulièrement la protéine CupB5 qui joue un rôle dans la phagocytose
In the environment, bacteria live mostly attached to a surface in a sedentary and multicellular community called biofilm. Pseudomonas aeruginosa is a human opportunistic Gram negative pathogen, responsible for nosocomial infections and respiratory infections of cystic fibrosis patients. This bacterial lifestyle represents a strategy to persist in colonized hosts and constitutes a passive or active mechanism of resistance towards antimicrobial molecules. The establishment of P. Aeruginosa in biofilm is due to macromolecular machines of the “chaperone-usher” (CU) family. My thesis work consisted in the characterisation of P. Aeruginosa CupB and CupC systems of the CU family. These two systems are functional and specifically assemble fimbriae through their own outer membrane protein, the usher. The cupB cluster encodes two periplasmic chaperones CupB2 and CupB4, which are respectively responsible for the capture in the périplasme and targeting of the major pilin CupB1 and the adhesin CupB6, respectively, to the CupB3 usher protein. The cupB cluster encodes a TpsA substrate of the two partner secretion system (TPS), CupB5, which secretion occurs through the “P-usher”. The “P-usher” is therefore a bi-functional protein capable of both the assembly of CupB fimbriae and the secretion of CupB5 protein. The “P-usher” results from the fusion of a POTRA domain and of an “usher” domain, highlighting a genetic rearrangement in the P. Aeruginosa cupB gene cluster. This is strongly supported by the restoration of the P. Aeruginosa TPS substrate (CupB5) secretion, in the absence of the “P-usher”, by the introduction of the heterologous TpsB outer membrane protein from the P. Fluorescens cupB cluster. The study of the fimbriae CupB and CupC fimbriae showed their implication in biofilm formation and host cell response, particularly of the CupB5 protein which plays a role in phagocytosis

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Koffi, Oi Koffi Basile. "Apport du dosage sanguin de l'interleukine-6 et de l'interleukine-8 dans le diagnostic précoce des infections bactériennes néonatales". Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR2M165.

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Pham, Thi Xuan Tu. "L'infection bactérienne materno-foetale : épidémiologie, aspects cliniques et biologiques au Vietnam et en France". Amiens, 2005. http://www.theses.fr/2005AMIED002.

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Resumen

Les objectifs de notre étude ont porté tout particulièrement sur les critères anamnestiques d'infection materno-foetale et sur l'intérêt d'un prélèvement bactériologique (liquide gastrique) permettant un diagnostic rapide et évitant une antibiothérapie inutile. Nous avons pu souligner qu'un certain nombre de facteurs anamnestiques était insuffisamment pris en compte au Vietnam (une fièvre maternelle  38°C avant ou début du travail, une rupture prolongée de la poche des eaux de plus de 12 heures, une rupture prématurée des membranes avant 35 semaines gestationnelles, une infection urinaire maternelle, une tachycardie fœtale, une asphyxie néonatale) et que l'examen direct du liquide gastrique avait une bonne valeur prédictive négative. La connaissance de ces résultats devrait permettre une amélioration de la mortalité et de la morbidité néonatale au Vietnam
The aim of our study was to determine the criteria for maternofetal infection and the relevance of bacteriological sampling, i. E. Gastric fluid, in order to make a quick diagnosis and to avoid unappropriate antibiotic therapy. We have underlined the underestimation of some medical history items in Vietnam such as maternal fever > 38°C before or at the onset of labor, membranes rupture duration > 12 hours or membranes rupture occuring before 35 weeks , maternal urine tract infection, fetal tachycardia, neonatal asphyxia. The negative predictive value of gastric fluid direct examination was also emphasized. A better knowledge of such results should lead to a decrease in neonatal mortality and morbidity in Vietnam

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Romano, Sara. "Dynamique des populations et communautés bactériennes au cours de l’hospitalisation et des infections associées aux soins : cas particulier de la chirurgie cardiaque". Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONT3515.

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Resumen

Les microbiotes humains sont considérés comme des organes supplémentaires impliqués dans des pathologies diverses, y compris infectieuses. Les déséquilibres des microbiotes, ou dysbioses, créent des niches écologiques pathologiques ou pathobiomes. Ce nouveau paradigme de l'infection s'applique tout particulièrement aux infections opportunistes. Dans ce travail, nous considérons des infections associées aux soins (IAS), les infections du site opératoire en chirurgie cardiaque, comme le résultat d'une pathologie de niche et nous étudions la dynamique des communautés et des populations microbiennes comme conditions d'émergence et de succès de l'agent infectieux. La diversité et la dynamique du microbiote chirurgical superficiel et profond de patients opérés pour pontage aorto-coronarien montrent un remplacement partiel du microbiote pré-opératoire par un microbiote spécifique avec une résilience partielle lors de la cicatrisation. Un lien significatif est observé entre la composition microbiotique et les marqueurs de risque infectieux. Le suivi de la structure de population d'un agent pathogène reconnu en chirurgie cardiaque, Propionibacterium acnes, montre des fréquences différentielles de phylotypes selon les phases opératoires. La spécificité du microbiote opératoire consiste en une forte diversité de bactéries à Gram négatif dont certaines ont été décrites dans le microbiote de la peau saine. Nous avons réalisé une identification au niveau de l'espèce de ces bactéries de la peau saine qui s'avèrent atypiques parmi les bactéries humaines connues car elles évoquent une origine environnementale. Le réservoir cutané et non environnemental d'un pathogène opportuniste, Roseomonas mucosa, est démontré et trois populations de pathogène opportuniste à réservoir environnemental et/ou humain (Pseudomonas aeruginosa, Ochrobactrum antropi, O. intermedium) sont étudiés en termes de structure de population pour préciser les conditions de leur transmission et leur succès infectieux dans le contexte général du pathobiome et des niches écologiques perturbées. Ce contexte général permet d'organiser les résultats obtenus à diverses échelles (communauté, populations, espèces, phylotypes) pour proposer une vision intégrée et originale de la microbiologie des IAS
Human microbiota are now considered as supplementary organs involved in diseases such as infections. Microbiota disequilibrium named dysbiosis creates impaired ecological niches (pathobiomes). This new paradigm of infection is particularly relevant for opportunistic infections. In this study, we consider one major type of healthcare associated infection (HAI), the surgical site infections after cardiothoracic surgery as a pathology of niche. We study the dynamics of microbial communities and populations as conditions for emergence and success of infectious agents.The diversity and dynamics of superficial and deep surgical microbiota in patients undergoing coronary artery bypass grafting show a partial replacement of the pre-operative microbiota by a specific surgical microbiota with partial resilience during healing. Significant links are found between microbiota composition and scores for infectious risk. The population structure of Propionibacterium acnes, a pathogen complicating cardiac surgery, shows variable frequencies of phylotypes according to operative stages. Surgical microbiota appears specific with high diversity of Gram-negative bacteria, some of them being previously described in healthy skin microbiota. At the species-level, these bacteria appear atypical among known human bacteria because they are related to environmental bacteria. We demonstrate the cutaneous reservoir of the opportunistic pathogen Roseomonas mucosa deemed, until now, to be environmental. Three populations of opportunistic pathogens (Pseudomonas aeruginosa, Ochrobactrum anthropi, O. intermedium) are structured in order to precise their transmission and their infectivity in the general context of impaired ecological niche and pathobiome.The results obtained at various microbiological scale (community, population, species, phylotype) are organized in this general context in order to delineate an original integrative vision of HAI

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Capdevila, Xavier. "Intérêt du lavage broncho alvéolaire pour le diagnostic et la conduite thérapeutique des pneumonies bactériennes associées à la ventilation mécanique". Montpellier 1, 1991. http://www.theses.fr/1991MON11087.

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Ranfaing, Jérémy. "Etudes des activités anti-adhérentielles et anti-bactériennes de la canneberge (Vaccinium macrocarpon) et de la propolis". Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT122.

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L’infection urinaire (IU) est un problème majeur de Santé publique. La cystite aiguë touchant principalement les femmes est la plus fréquente des IU. La bactérie la plus fréquemment isolée au cours de ces IU est Escherichia coli. Une des particularités de la cystite est sa propension à récidiver. Le traitement préconisé pour ces infections est la prise d’antibiotiques, qui peut être fréquente en cas de cystites récidivantes. C’est dans ce contexte que de nouvelles stratégies doivent être développées afin de prévenir et traiter les IU récidivantes. Parmi ces différentes stratégies, l’utilisation de produits naturels tels que la canneberge (Vaccinium macrocarpon) apparaît comme prometteuse. En effet, des études précédentes ont montré que la canneberge a un effet négatif sur l’adhésion des bactéries aux cellules superficielles de l’épithélium vésical facilitant l’élimination des bactéries par le flux urinaire. Cette activité est portée par la proanthocyanidine de type A (PAC-A). D’autre part, une étude menée par notre équipe a montré que l’effet de la canneberge sur l’adhésion et la virulence de souches d’E. coli uropathogènes pouvait être potentialisé par l’ajout d’un autre composé naturel : la propolis. Depuis l’Antiquité ses propriétés anti-bactériennes sont reconnues et des études plus récentes ont démontré son impact sur des bactéries à Gram positif mais également sur deux bactéries à Gram négatif : E. coli et Pseudomonas aeruginosa. Ce travail de thèse a permis : i) de décrire l’impact de la canneberge, de la propolis et de leur association sur le transcriptome d’une souche clinique d’E. coli uropathogène (G50). Cette analyse transcriptomique a montré que la canneberge entrainait une sous-expression de gènes liés à l’adhésion, mais également de gènes liés à la mobilité et à la formation de biofilm. En revanche, la canneberge augmentait l’expression des gènes liés au métabolisme du fer ainsi qu’à la réponse au stress. Ces effets étaient potentialisés par l’ajout de la propolis. En parallèle, des tests phénotypiques menés sur une collection de souches d’E. coli uropathogènes sur la mobilité et la formation de biofilm ont confirmé les résultats précédents ; ii) de développer un test, basé sur les précédents travaux de transcriptomique, permettant une évaluation standardisée de l’effet de la PAC-A sur E. coli, indépendamment de sa concentration car il n’existe pas de techniques standardisées pour doser cette molécule. C’est ainsi que 4 gènes (tsr, ftnA, fecB, feoB) ont été sélectionnés, le suivi de leur expression permettant une mesure de l’activité anti-bactérienne de la canneberge; iii) de mesurer l’effet potentialisateur de la propolis sur l’activité des antibiotiques utilisés dans le traitement des IU. C’est ainsi qu’il a été montré que l’ajout de la propolis permettait d’augmenter l’activité bactéricide des antibiotiques testés et de diminuer les concentrations minimales inhibitrices de ces antibiotiques
Urinary Tract Infection (UTI) is a major problem of public health. Acute cystitis which touches mostly women is the most common form of UTI. The bacteria which is mostly isolated in an UTI is Escherichia coli. A particularity of cystitis is to come back. In this context news strategies have to be developed to prevent and cure recurrent UTI. One of these strategies is the utilization of natural products like the cranberry (Vaccinium macrocarpon) which is promising. Indeed, previous studies showed the negative impact of cranberry on the adhesion of bacteria on the superficial cells of bladder which help the elimination of bacteria by the urinary flux. This activity is carried by the type A proanthocyanidin (PAC-A). Moreover, a study lead by our team has demonstrated an improvement of the activity of cranberry on the adhesion and the virulence of uropathogenic E. coli (UPEC) by another natural product: the propolis. Since Antiquity its antibacterial activities have been recognize and more recent studies have demonstrated its impact of Gram positive bacteria and also on two Gram negative bacteria: E. coli and Pseudomonas aeruginosa. This thesis has allowed for: i) the description of the impact of cranberry, propolis and its association on the transcriptome of a clinical strain of UPEC (G50). This transcriptomic analyze have shown that the cranberry down regulated genes linked to the adhesion and also genes linked to the motility and biofilm formation. However the cranberry up regulated genes linked to the iron metabolism and the stress response. These effects are improve by the addition of propolis. Concurrently phenotypics tests have been conducted on a collection of UPEC on the motility and the biofilm formation and they confirmed the previous results; ii) the development of a test, based on our transcriptomic results, enable to performed a standardized evaluation of the impact of PAC-A on E. coli, independently of its concentration. Indeed, this molecule cannot be measure in a standard way. Four genes have been selected (tsr, ftnA, fecB, feoB), the monitoring of their expression allow us to measure the anti-bacterial efficiency of the cranberry; iii) the measurement of the potential effect of the propolis of the antibiotic’s activities used to treat UTIs. Thus it have been observed that the addition of propolis improve the bactericide activity of the antibiotics tested and reduces the minimal inhibitory concentration of these antibiotics

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Pichavant, Muriel. "Mécanismes de sensibilisation par voie aérienne : interactions entre cellules épithéliales bronchiques et cellules dendritiques". Lille 2, 2004. http://www.theses.fr/2004LIL2S018.

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Au niveau de la muqueuse respiratoire, la réponse immunitaire repose sur un réseau de surveillance établi par les cellules dendritiques (DC), localisées au sein de l'épithélium. Les DC sont des cellules présentatrices d'antigènes professionnelles, jouant un rôle central dans le développement et l'orientation de la réponse immune. L'exposition à un agent microbien ou à un allergène entraîne un afflux de DC dans l'épithélium. Afin de déclencher une sensibilisation vis-à-vis de l'antigène au niveau des voies aériennes, l'exposition à un agent activateur simultanément à un antigène est nécessaire impliquant vraisemblablement l'activation des cellules épithéliales bronchiques (CEB). Pour tester cette hypothèse, leur rôle dans la régulation de l'homéostasie et des fonctions des DC a été évalué en réponse à un agent vaccinal d'origine bactérienne : le kpOmpA, et à un pneumallergène : Der p1. Le kpOmpA, protéine membranaire de Klebsiella pneumoniae, active les macrophages et les DC, et possède des propriétés immunomodulatrices. Nos résultats montrent que l'instillation de kpOmpA déclenche une réponse immune innée, via l'épithélium, en recrutant des neutrophiles. Les CEB activées par kpOmpA sont aussi capables de recruter des précurseurs de DC myéloïdes et de favoriser leur processus de différenciation/maturation. Cette étude démontre la participation active des CEB au développement de la réaction immunitaire, et leur rôle dans la transition entre l'immunité innée et l'immunité acquise. Comme Der p1, allergène à activité protéasique de Dermatophagoïdes pteronyssinus, est capable d'induire une sensibilisation par voie aérienne chez les sujets atopiques, nous avons évalué les interactions DC/CEB, en comparant les CEB issues de sujets sains (NA) et de patients allergiques asthmatiques (AA). Les résultats obtenus indiquent que dans les deux groupes, les CEB produisent les chimiokines CCL2, CCL5 et CXCL10 en réponse à Der p1, alors que les AA sécrètent du CCL20 en plus. Chez les AA, ceci a pour conséquences d'induire la migration des cellules de Langerhans en plus de la migration des DC dérivées des monocytes, présentes également chez les NA. Cette action de Der p1 dépend de son activité protéasique sur les CEB et pourrait intervenir dans le processus de sensibilisation responsable de la pathologie asthmatique, par le biais du recrutement sélectif d'une sous-population de DC. Ce travail de thèse a permis de montrer que les CEB participent à l'homéostasie du pool de DC pulmonaires et à leur processus de différenciation/maturation, ce qui pourrait influencer le développement et la polarisation des réponses immunes. Ainsi, l'épithélium bronchique représente une cible potentielle dans les processus de vaccination visant la muqueuse respiratoire
Mucosal immune response depends on the surveillance network established by dendritic cells (DC), located within airway epithelium. DC are professionnal antigen presenting cells, which play a key role in the development and the polarization of immune responses. Exposure to microbial products or allergens increases the number of DC within bronchial epithelium. Moreover, airway sensitization to allergens depends on the presence of pathogen-associated molecular patterns, involving probably bronchial epithelial cell (BEC) activation. To test this hypothesis, we analyzed the crosstalk between BEC and DC in response to a potent vaccinal agent: KpOmpA and to an aeroallergen: Der p1. KpOmpA, an outer membrane protein from Klebsiella pneumoniae, activates macrophages and DC, and has immunomodulatory properties. Our results show that KpOmpA-activated BEC take part to innate immune response through the recruitment of neutrophils. Moreover, BEC trigger the migration of myeloid DC precursors and favor their differentiation/maturation. This study demonstrates the role of BEC in the development of innate and adaptive immune responses after PAMP exposure. Since Der p1, a cystein protease allergen from Dermatophagoïdes pteronyssinus, is able to induce airway sensitization of atopic patients, we evaluated interactions between BEC from non atopic (NA) and allergic asthmatic (AA) donors and DC. Der p1 triggers CCL2, CCL5 and CXCL10 production in both groups, whereas CCL20 is only induced with AA BEC. Langerhans cell precursors are recruited by AA BEC, in addition to monocyte-derived DC precursors which are recruited in both groups. This mechanism of airway sensitization to Der p1 probably implicate the selective recruitment of a DC sub-population. These data show that BEC participate to the development of the immune response through their capacity to regulate the homeostasis of airway DC, and their differentiation/maturation. Thus, bronchial epithelium targeting and activation could be important in vaccination process via airway mucosa

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Hoffmann, Jonathan. "Etude translationnelle sur les interactions hôte-pathogène : étiologie des infections respiratoires aigües et impact des co-infections sur la modulation de la réponse immunitaire innée". Thesis, Lyon, École normale supérieure, 2015. http://www.theses.fr/2015ENSL1022.

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Les infections respiratoires et plus particulièrement la pneumonie représentent la première cause de mortalité infantile dans le monde. L’essor des technologies de diagnostic moléculaire a permis de mettre en évidence une étiologie très hétérogène des infections respiratoires ainsi qu’un taux élevé de co-infection virale et bactérienne dont l’impact clinique reste difficile à évaluer. La recherche translationnelle menée au cours de ce projet de thèse avait pour objectif de décrire l’étiologie des infections respiratoires ainsi que l’impact des co-infections sur la modulation de la réponse immunitaire innée. Nous avons développé un modèle d’étude in-vitro d’infection successive de cellules présentatrice d’antigènes (CPA) humaines par le virus Influenza (IAV) et Streptococcus pneumoniae (SP) et étudié la modulation de la réponse inflammatoire. Les résultats obtenus démontrent que la co-infection des CPA par ces deux pathogènes majeurs de la pneumonie impacte fortement sur leur viabilité et induit une dérégulation importante de la réponse inflammatoire. Au cours de la co-infection, la chémokine pro-inflammatoire IP-10 est exprimée de manière synergique suggérant un rôle jusqu’à présent non décrit de cette chémokine dans la pathogénèse de la pneumonie. Nous avons également démontré que les micro-ARNs (dont le miR-200a-3p) participent activement à la régulation de la réponse inflammatoire, en ciblant des régulateurs de la voie de signalisation JAK-STAT (SOCS-6) et indirectement la voie de synthèse d’IP-10. Récemment, nous avons évalué la réponse inflammatoire d’enfants âgés de moins de 5 ans hospitalisés pour une pneumonie, en partenariat avec les équipes médicales et scientifiques du Paraguay via le réseau GABRIEL. Ce volet d’étude confirme 1) une étiologie variée de la pneumonie chez l’enfant et 2) un taux d’IP-10 sérique significativement plus élevé chez les enfants co-infectés et présentant une pneumonie très sévère
Respiratory infections, especially pneumonia are the leading cause of death among children under 5 years-old worldwide. Advances in molecular diagnostic have highlighted heterogeneous etiologies of respiratory infections with a high proportion of viral and bacterial co-infections whose clinical impact remain difficult to assess. The translational research conducted during this thesis aimed to describe the etiology of respiratory infections and the impact of viral and bacterial co-infections on the innate immunity.We have developed an in-vitro study model of sequential infection of antigen presenting cells (APC) by the human influenza virus and Streptococcus pneumoniae and studied the modulation of the inflammatory response. The results show that APC co-infection by those two major pathogens of pneumonia strongly impacts cells viability and induces a significant deregulation of the inflammatory response. During co-infection, pro-inflammatory chemokine IP-10 is synergistically expressed suggesting a role so far undescribed for this chemokine in the pathogenesis of pneumonia. We also demonstrated that micro-RNAs (including miR-200a-3p) actively participate in the regulation of the inflammatory response by targeting the signaling pathway regulators JAK-STAT (SOCS-6) and indirectly IP-10 signalling pathway.Recently, we evaluated the inflammatory response of children aged under 5 hospitalized for pneumonia, in partnership with medical and scientific teams of Paraguay involved in the GABRIEL network. This study confirmed 1) a varied etiology of childhood pneumonia and 2) a significant elevated IP-10 serum level among children with very severe pneumonia caused by mixed viral and bacterial co-infections

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Ehounoud, Hervé Cyrille Bile. "Maladies bactériennes, y compris vectorisées, en Afrique de l'Ouest (Côte d'Ivoire et Guinée-Conakry)". Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM5051.

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Les maladies fébriles y compris les maladies bactériennes sont mal connues en Côte d’Ivoire et en Guinée. Tout d’abord, nous avons recherché par biologie moléculaire des bactéries pathogènes transmises par les tiques en Côte d’Ivoire. Nous avons analysé différentes espèces de tiques prélevées chez des bovins et mis en évidence des bactéries pathogènes responsables de nombreuses maladies infectieuses comme Rickettsia, Borrelia, Anaplasma, Ehrlichia, Coxiella burnetii (fièvre Q) et aussi vingt nouvelles espèces potentielles.Ensuite, notre objectif était de détecter par biologie moléculaire des micro-organismes pathogènes chez l’homme. Concernant l’étude des plaies et des peaux saines en Guinée, la plupart des patients étaient infectés par Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus et plusieurs espèces d'Acinetobacter.Parmi les patients fébriles et les sujets apyrétiques recrutés en Guinée et en Côte d’Ivoire, Plasmodium falciparum reste le micro-organisme le plus fréquent surtout dans les échantillons de sang des patients fébriles bien que plusieurs bactéries aient été aussi identifiées. En Guinée, il s’agissait de Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Salmonella enterica Non Typhi et Non Paratyphi et R. felis. Ces bactéries ont été également identifiées ainsi que Salmonella enterica Typhi, Salmonella enterica Paratyphi, Tropheryma whipplei et une nouvelle espèce potentielle de Wolbachia en Côte d’Ivoire. Nos travaux ont permis d’établir le répertoire des bactéries transmises par les tiques en Côte d’Ivoire, celles impliquées dans les bactériémies en Côte d’Ivoire et en Guinée (Conakry)
Febrile illnesses including bacterial diseases are poorly known in Côte d'Ivoire and Guinea.In the first part of our work, we researched by molecular biology bacteria transmitted by ticks in Côte d’Ivoire. We analyzed different species of ticks collected from cattle and highlighted pathogenic bacteria responsible for many infectious diseases such as Rickettsia, Borrelia, Anaplasma, Ehrlichia, Coxiella burnetii (Q fever) and twenty potential new species. In the second part, our goal was to detect using molecular biology several microorganisms in humans in Guinea (Conakry) and Côte d'Ivoire. As regards the study of wounds and healthy skin in Guinea, most patients were infected with Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, several species of Acinetobacter.Among the febrile patients and healthy controls afebrile recruited in Guinea and Côte d'Ivoire, Plasmodium falciparum is the most common detected microorganism especially in blood samples from febrile patients although several bacteria were also identified. In Guinea, it was Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, non-typhoidal Salmonella spp., and R. felis. These bacteria were also identified as well as Salmonella enterica Typhi, Salmonella enterica Paratyphi, Tropheryma whipplei and a potential new species of Wolbachia in Côte d’Ivoire.This work allowed establishing the repertory of bacteria transmitted by ticks in Côte d’Ivoire, as well as those involved in bacteremia in Côte d’Ivoire and Guinea (Conakry)

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Jean, Baptiste Elixène. "Amélioration des propriétés antibactériennes et anticoagulantes des prothèses vasculaires en polyester par immobilisation et libération contrôlée de principes actifs". Thesis, Lille 2, 2012. http://www.theses.fr/2012LIL2S043/document.

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Les prothèses et les endoprothèses vasculaires, une fois implantées dans le corps humain, sont sujettes à un certain nombre de complications. Les infections, les thromboses précoces et les occlusions tardives sont les plus fréquentes, générant des conséquences cliniques très souvent délétères et parfois létales. Les difficultés de prise en charge de ces complications sont à l’origine des efforts déployés dans la recherche de solutions visant à améliorer les matériaux prothétiques. Aucune avancée clinique majeure n’a jusque-là été notée. Des études réalisées antérieurement dans notre laboratoire ont permis de développer des prothèses vasculaires en polyester dotées d’un revêtement de polymère d’hydroxypropyl-β-cyclodextrine capable d’adsorber puis de libérer de manière prolongée divers antibiotiques. Au cours des présents travaux nous avons déterminé les conditions optimales pour une libération effective de trois antibiotiques à partir de ces prothèses revêtues d’hydroxypropyl-β-cyclodextrine. Nous en avons testé l’efficacité dans des modèles in vitro et in vivo d’infections vasculaires. Nous avons eu recours à neuf souches pathogènes parmi les plus fréquemment rencontrées dans ce contexte en pathologie humaine. Nous avons parallèlement évalué in vivo l’innocuité, la tolérance tissulaire et la biocompatibilité de ces prothèses dans la perspective d’une application clinique. Le système développé s’est avéré efficace en libérant in situ sur une huitaine de jours les molécules antibactériennes sélectionnées. Les concentrations requises des solutions ainsi que le temps nécessaire d’imprégnation des prothèses étaient compatibles avec la pratique chirurgicale. Une activité bactéricide par réduction significative de l’adhésion, de la croissance et de la prolifération bactérienne a été observée comparativement aux témoins dans les différents modèles d’infections testés. Nos résultats démontrent aussi la possibilité d’utiliser ces molécules seules ou en association sans qu’il y ait d’antagonisme. Il deviendra ainsi possible de moduler et d’adapter le traitement antibiotique local, délivré in situ, en ciblant les divers pathogènes rencontrés dans le cadre d’infections mono ou polymicrobiennes. Les prothèses revêtues d’hydroxypropyl-β-cyclodextrine ont démontré in vivo une bonne intégration tissulaire et une excellente tolérance locale sans signe de toxicité systémique. [...]
Synthetic vascular prosthesis likewise vascular endoprosthesis are prone to several complications after implantation into the human body. Infections, thromboses and late occlusions are the most challenging and the most common, leading to serious clinical consequences that are sometimes lethal. Management of those complications is still fraught with tremendous difficulties justifying the economic burden and the continuous efforts in research development for improving vascular prosthetic materials. This research investment is, however, yet to yield any great clinical advance. Previous studies conducted in our research laboratory have led to the development of polyester vascular prostheses coated with a polymer of hydroxypropyl-β-cyclodextrin. This was achieved in order to increase the loading and eluting capacities of these vascular prostheses towards several antibiotics. In the current works, we sought to determine the optimal conditions for effective controlled release of three antibiotics from those prosthetic platforms. We have also evaluated their efficacy in both in vitro and in vivo models of vascular infections. This was carried-out against nine different bacteria strains that are among the most common in human vascular infections. Moreover, we have assessed in vivo their safety, their healing properties, their systemic toxicity and their biocompatibility in the prospect of clinical application.The above-mentioned drug delivery system has been proved to be effective in releasing in situ the selected antibacterial agents over a seven-day desorption period in human plasma. Optimal batch concentration and time for prosthetic immersion into the antibiotic solutions were well compatible with current surgical practice standards. A bactericidal activity evidenced by significant reduction of bacterial adhesion, growth and proliferation was revealed when compared to appropriate controls in the various tested vascular infection models. We have also studied antibacterial molecules alone or in combination. In this latter setting, no antagonistic effects were depicted. This provides a unique opportunity to customize local antibiotic treatment delivered in situ from vascular device fabrics and to adapt it to the evolving ecology of both monomicrobial and polymicrobial vascular prosthetic infection. The polyester vascular prostheses coated with a polymer of hydroxypropyl-β-cyclodextrin were proved in vivo safe and demonstrated excellent biocompatibility, healing properties and tissue integration without any signs of systemic toxicity. [...]

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Azandegbe, Afi. "Étude de la structure des communautés bactériennes du sédiment et de l'écologie de Vibrio aestuarianus pathogène de l'huître creuse Crassostrea gigas dans deux sites ostréicoles". Brest, 2010. http://www.theses.fr/2010BRES2068.

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Depuis plusieurs aimées, l’ostréiculture française doit faire face à de fortes mortalités qui touchent les juvéniles et parfois les adultes de l’huître creuse Crassostrea gigas. Les études réalisées dans le cadre d’un projet multidisciplinaire (MOREST) ont montré que les mortalités survenaient suite à l’interaction de plusieurs facteurs à savoir, l’état physiologique de l’huître et ses caractéristiques génétiques, des pathogènes parmi lesquels des bactéries du genre Vibrio, et l’environnement dont la température et le sédiment. Le rôle du sédiment a été suggéré du fait de la concomitance entre les mortalités, et l’augmentation des composés toxiques comme l’ammonium et les sulfures dans le sédiment. Par ailleurs, il pouvait constituer un réservoir de vibrions selon des études précédentes. Pour vérifier ces hypothèses les caractéristiques physico-chimiques, la structure des communautés bactériennes ainsi que l’abondance de V. Aestuarianus, pathogène de C. Gigas ont été déterminées dans les sédiments sous tables et hors tables des sites situés dans l’aber Benoît et en rivière d’Auray pendant 2 années. Ce travail a confirmé l’existence d’un risque sédimentaire par la présence de fortes concentrations d’ammonium et de sulfures dans les sédiments à certaines périodes de l’année ainsi que l’influence des huîtres sur leur intensité. Cependant, l’impact des tables ostréicoles sur ces flux n’est évident que dans l’aber Benoît. Il a mis en évidence une certaine stabilité de la structure et de la diversité des microflores des sédiments au regard des nombreuses influences qu’elles subissent, spécialement dans l’aber Benoît. La microflore des sédiments de la rivière d’Auray semble quant à elle plus dynamique et influencée par les apports extérieurs. Ces résultats prouvent l’importance des caractéristiques liées aux sites dans la réponse des communautés bactériennes face des modifications du milieu. La population de Vibrio est apparue peu diversifiée et peu abondante fluctuant avec la température comme les autres groupes bactériens. Deux espèces pathogènes semblent pourtant faire partie de la communauté dominante des sédiments à savoir V. Ordalii et V. Aestuarianus. L’étude de l’écologie de ce dernier a montré qu’il est présent dans le sédiment pendant les saisons froide et chaude alors que sa détection dans les huîtres est plutôt occasionnelle. Des expérimentations en microcosmes avec la souche 02/041 transformée par un plasmide codant pour la GFP ont montré que cette bactérie pouvait circuler aisément entre le sédiment, l’eau de mer et les huîtres et provoquer des mortalités. Nos résultats mettent ainsi en évidence le rôle du sédiment en tant que réservoir de V. Aestuarianus.

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Georgel, Anne-France. "Analyse des réponses anti-bactériennes et anti-virales respiratoires induites par les agonistes des récepteurs de l’immunité innée". Thesis, Lille 2, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL2S053.

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Les infections virales et bactériennes pulmonaires représentent un problème de santé publique majeur. Les approches thérapeutiques actuelles par antibiotique ont montré leur efficacité mais également leur limite notamment dans des cas de micro-organismes multirésistants ou dans le traitement de patients atteints de pathologies aggravantes. La stimulation de l’immunité innée pourrait représenter une voie thérapeutique complémentaire aux traitements actuels. En effet, l’activation du système immunitaire inné induit la production locale de molécules antimicrobiennes et le recrutement de cellules effectrices qui interviennent dans le contrôle de l’infection.Les « Toll-like receptors » (TLR) sont des senseurs de l’immunité innée. Leur activation entraîne une cascade de signalisation qui module la transcription de gènes de l’immunité comme ceux codant certaines cytokines. TLR5 reconnaît la flagelline, protéine structurale des flagelles bactériens. TLR5 est exprimé à la surface des macrophages, des cellules dendritiques et des cellules épithéliales.Dans la première partie de travail, nous avons évalué la capacité de la flagelline à contrôler la réplication du virus de la grippe A H3N2. Nous avons tout d’abord montré que l’administration intranasale ou systémique de flagelline était capable d’activer des gènes antiviraux au niveau pulmonaire. L’administration de la flagelline conduit à une diminution de la réplication virale chez les souris infectées par le virus de la grippe A H3N2. Cet effet est également observé chez les souris Il22-/- et Ifnar-/- suggérant un mécanisme indépendant de l’interféron de type I et de l’IL-22. Enfin, nous avons également montré que l’association de la flagelline à l’oseltamivir (inhibiteur de neuraminidase) était plus efficace que les traitements administrés séparément.La deuxième partie de ce travail correspond à l’étude clinique ASTRAL qui évalue la capacité des cellules mononucléées sanguines à répondre à différents agonistes de TLR chez des patients atteints de pneumonie franche lobaire aiguë. Cette étude a démarré en octobre 2017 et prévoit d’inclure 38 patients. L’objectif est d’observer la réponse induite par des agonistes de TLR à travers des analyses transcriptionnelles et des dosages de cytokines. Les premiers résultats (analyse chez 7 patients) montrent que les cellules mononucléées sanguines peuvent être activées par des agonistes de TLR dans le contexte de pneumonie
Viral and bacterial infections remain a burden for health care systems. The current therapeutic approaches by antibiotic have shown their effectiveness but also their limit especially in cases of multidrug-resistant microorganisms or in the treatment of patients with aggravating pathologies. Stimulation of innate immunity could be a complementary therapeutic approach to current treatments. Indeed, the activation of the innate immune system induces local production of antimicrobial molecules and the recruitment of effector cells involved in controlling infection.The Toll-like Receptors (TLRs) are innate sensors that trigger signaling cascades and promotes the archetypal pro-inflammatory responses involved in antimicrobial defense. TLR5 recognizes flagellin, the structural protein of bacterial flagella. TLR5 is expressed on the surface of macrophages, dendritic cells and epithelial cells.In the first part of the work, we assessed the ability of flagellin to control the replication of influenza A virus H3N2. We first showed that intranasal or systemic administration of flagellin activated transcription of anti-viral genes in lung tissue. Administration of flagellin reduced viral replication in the lung of mice infected with H3N2 IAV. This effect is also observed in Il22-/- and Ifnar-/- mice suggesting a mechanism independent of type I interferon and interleukin 22 signaling. Finally, we also showed that the combination of flagellin with oseltamivir (neuraminidase inhibitor) was more efficacious than standalone treatments.The second part of this work is the ASTRAL clinical study, which assesses the ability of blood mononuclear cells to respond to different TLR agonists in patients with acute lobar pneumonia. This study started in October 2017 and plans to include 38 patients. The objective is to observe the response after TLR agonist stimulation by transcriptional analysis and cytokine assays. The first results (analysis of 7 patients) show that blood mononuclear cells can be activated by TLR agonists in the context of pneumonia

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Herindrainy, Perlinot. "Epidémiologie et transmission mère-enfant des entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (E-BLSE) à Madagascar". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLV074/document.

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L’émergence et la dissémination des bactéries résistantes aux antibiotiques sont préoccupantes. L’infection causée par les bactéries multi-résistantes (BMR) aggrave le pronostic des malades infectés et augmente les dépenses liées à leur prise en charge. Parmi les BMR, les bactéries à Gram négatif (BGN), plus particulièrement les entérobactéries productrices de béta-lactamase à spectre étendu (E-BLSE) sont les plus fréquemment isolées. La résistance aux antibiotiques pourrait avoir un impact sur la morbidité et la mortalité dans les pays à revenu faible ou intermédiaire (PRFI) en raison du potentiel d’émergence et de diffusion de bactéries résistantes aux antibiotiques, et du fardeau des infections bactériennes dans ces pays. Cependant, les données sur la résistance bactérienne sont rares et très majoritairement hospitalières dans les PRFI. De plus, dans ces pays, les infections bactériennes néonatales sévères (septicémies, pneumonies et méningites) représentent encore les principales causes de décès chez les nouveau-nés. Les entérobactéries sont majoritairement responsables de ces infections néonatales. Ainsi, investiguer la transmission d'E-BLSE chez le nouveau-né permettrait de proposer des stratégies de prévention. Ce travail de recherche s’est appuyé sur le programme BIRDY (Bacterial Infections and antibiotic Resistant Diseases among Young children in low-income countries). Le premier objectif était d’estimer la prévalence de la colonisation par des E-BLSE chez les femmes enceintes à Madagascar ainsi que les facteurs favorisant cette colonisation. Les résultats ont montré une prévalence globale de colonisation de 18.5% [IC à 95% 14.5-22.6]. Des facteurs reflétant un niveau socioéconomique plus élevé comme l’accès privatif à l’eau de boisson et avoir une maison individuelle sont associés à la colonisation. Le second objectif de ce travail était d'étudier l'incidence de la première colonisation par des E-BLSE chez les nouveau-nés en milieu communautaire et d'identifier les facteurs de risque d'acquisition. Les résultats révèlent une incidence globale d'acquisitions d'E-BLSE de 10.4 pour 1000 nouveau-nés-jours [IC à 95% : 8.0; 13.4]. Par ailleurs, nous avons mis en évidence que le faible poids à la naissance HR ajusté 2.7 [IC à 95% 1.2 ; 5.9], l'accouchement par césarienne HR ajusté 3.4 [IC à 95% 1.7 ; 7.1], la prise maternelle d'antibiotique à l'accouchement HR ajusté 2.2 [IC à 95% 1.1 ; 4.5] étaient des facteurs de risque d'acquisition d'E-BLSE. Le troisième objectif était de documenter les infections néonatales. Nous avons trouvé une incidence d'infections néonatales de 30.6 cas pour 1000 naissances vivantes [IC à 95%: 23.4 ; 40.1].Nos résultats montrent que les mesures de santé publique devraient axer sur l’amélioration de la prise en charge de la grossesse et sur le diagnostic précoce des infections néonatales
The emergence and spread of antibiotic-resistant bacteria is a concern. Infection caused by multidrug-resistant bacteria (MDR) worsens the prognosis of infected patients and increases the costs associated with their management. Among the MDRs, Gram-negative bacteria (GNB), especially extended-spectrum beta-lactamase-producing Enterobacteriaceae (ESBL-PE) are the most frequently isolated. Antibiotic resistance may have an impact on morbidity and mortality in low- and middle-income countries (LMICs) because of the potential for emergence and spread of antibiotic-resistant bacteria, and the burden of bacterial infections in these countries. However, data on bacterial resistance are scarce or came from the hospital, for the great majority, in LMICs. In these settings, severe neonatal bacterial infections (sepsis, pneumoniae and meningitis) still represent the leading causes of death in newborns. Enterobacteriaceaeare responsible for a great part of these neonatal infections. Thus, investigating the transmission of ESBL-PE in newborns would make it possible to propose prevention strategies. This work was based on the BIRDY program (Bacterial Infections and Antibiotic Resistant Diseases among Young Children in Low-Income Countries). The first objective was to estimate the prevalence of colonization by ESBL-PE in pregnant women in Madagascar as well as the risk factors of this colonization. The results showed an overall colonization prevalence of 18.5% [95% CI 14.5-22.6]. Factors reflecting a higher socioeconomic level such as private access to drinking water and having a house are associated with colonization. The second objective of this work was to study the incidence of ESBL-PE colonization in community-based infants and to identify acquisition risk factors. The results reveal an overall incidence of ESBL-PE acquisition of 10.4 per 1000 newborn-days [95% CI: 8.0; 13.4]. In addition, we found that low birth weight adjusted HR 2.7 [95% CI 1.2; 5.9], cesarean section delivery adjusted HR 3.4 [95% CI 1.7; 7.1], maternal intake of antibiotic at delivery adjusted HR 2.2 [95% CI 1.1; 4.5] were risk factors for the acquisition of ESBL-PE. The third objective was to document neonatal infections. We found an incidence of neonatal infections of 30.6 cases per 1000 live births [95% CI: 23.4; 40.1]. Our results suggest that public health measures should focus on the improvement of pregnancy follow-up and early diagnosis of neonatal infections

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López, Camilo. "Caractérisation de gènes de résistance candidats, d'ESTs et analyse du transcriptome : application à l'étude de la résistance du manioc à Xanthomonas axonopodis pv. manihotis". Perpignan, 2004. http://www.theses.fr/2004PERP0583.

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Le manioc (Manihot esculenta subsp. Esculenta Crantz) constitue la base de l'alimentation pour plus de 600 millions de personnes dans le monde. La bactériose vasculaire causée par Xanthomonas axonopodis pv manihotis (Xam) est une des principales maladies du manioc. L'objectif de cette étude est de comprendre les mécanismes moléculaires de la résistance à la bactériose. Pour cela, plusieurs approches complémentaires ont été utilisées. Tout d'abord, nous avons entrepris une approche " gène candidat " pour isoler des gènes putatifs de résistance (RGC). Ce travail nous a permis de caractériser plusieurs RGCs et de mettre en évidence la présence d'un cluster de gènes de résistance. De plus, nous avons isolé un homologue du gène de résistance Xa21 chez le manioc, appelé RXam1. Ce gène est localisé dans une région génomique associée à la résistance à la souche CIO136 de Xam. Ensuite, une approche EST a été utilisée pour identifier d'autres gènes impliqués dans la voie de signalisation de défense chez le manioc. A partir d'une collection de 11954 ESTs , nous avons constitué un set de 5700 séquences uniques. Certains ESTs montrent des similitudes avec des gènes impliqués dans la résistance et constituent ainsi une nouvelle source des gènes candidates. Basée sur cette collection d'ESTs, nous avons construit une puce à ADN qui a été utilisée pour étudier la réponse du manioc au cours de temps vis à vis de la bactériose. Cela nous a permis mettre en évidence plusieurs mécanismes de défense chez le manioc, notamment un burst oxydatif, le renforcement de la paroi cellulaire, la dégradation protéique et l'expression de gènes type PR
Cassava (Manihot esculenta subsp. Esculenta Crantz) is an important crop that constitutes a basic component in the diet of about 600 million people in the world. One of the major diseases of this crop is cassava bacterial blight (CBB), caused by the pathogenic bacterium Xanthomonas axonopodis pv manihotis (Xam). In order to dissect the resistance mechanism of to CBB different approaches were conducted. First, a Resistance Gene Candidate (RGC) approach led to the characterization of several putative resistance genes and the identification of a resistance gene cluster. Additionally, I isolated a homologue of the rice resistance gene Xa21 in cassava, RXam1. This gene is associated with a QTL to the strain CIO136 of Xam. Second, an EST approach was also attempted to identify other genes involved in the resistance signalling pathway. A large cassava EST database was developed from sequencing 11,954 cDNA clones. Cluster analysis assembled them in a unigene set of 5,700 sequences. Some of the ESTs showed similarity to genes that are known to be involved in plant defense mechanisms and constitute a new source of candidate resistance and defense genes. Based on the EST unigene set generated, we constructed a cassava microarray that was used to study the course-time response of cassava to Xam. In response to Xam, cassava induces several genes, including principally those involved in oxidative burst, protein degradation and pathogenesis-related (PR) genes

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Matta, Roula. "Infections nosocomiales et résistance aux antibiotiques chez les bacilles à GRAM négatifs : étude de cohorte multicentrique dans les hôpitaux libanais". Electronic Thesis or Diss., Bordeaux, 2023. http://www.theses.fr/2023BORD0485.

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Les infections nosocomiales et la résistance bactérienne aux antibiotiques sont répandues au niveau mondial avec une prévalence plus élevée dans les pays en développement aux ressources limitées dont le Liban. Au Liban, les données épidémiologiques sur la résistance chez les bactéries à Gram négatif aux antibiotiques de dernier recours dans les hôpitaux et sur les infections nosocomiales sont rares. Objectifs : Nous avons conduit trois travaux visant à répondre aux objectifs suivants : une première étude pour identifier et comparer les différentes bactéries identifiées dans les infections communautaires et les infections nosocomiales, en mettant l'accent sur les comorbidités et les facteurs sociodémographiques associés. Puis deux études ciblant la résistance aux antibiotiques de dernier recours chez les bacilles à Gram négatif afin d’en décrire l’épidémiologie et d’identifier les caractéristiques des patients associées à cette résistance. La mortalité chez les patients porteurs d’un bacille à Gram négatif résistant aux carbapénèmes a été analysée. Méthodes. Le premier travail a consisté en une étude de cohorte rétrospective, multicentrique, menée dans cinq hôpitaux. Les données ont été recueillies à l'aide d'une fiche standardisée (données démographiques : genre et âge, maladies sous-jacentes et type d’infection acquise). Les deux autres études ont reposé sur une étude de cohorte prospective à partir d’une base de données constituée dans neuf hôpitaux libanais entre 2016-2017 (caractéristiques des patients, variables liées à l’hospitalisation et variables liées aux caractéristiques de l’infection). Les données ont été collectées et traitées avec Statistical Package for the Social Sciences SPSS, version 24. Des régressions logistiques ont été utilisées pour définir le profil des patients pour chaque type de résistance (céphalosporines de 3° génération- C3G, fluoroquinolones, aminosides, carbapénémes) observées chez les bacilles à Gram négatif (entérobactérales, Pseudomonas aeruginosa et Acinetobacter baumannii). Une analyse de sensibilité basée sur les résultats extrêmes des valeurs manquantes relatives à la sensibilité des bactéries a permis de prendre en compte les données manquantes et de fournir des résultats robustes. Résultats. La première étude a montré l’importance des bacilles à Gram négatif résistants aux antibiotiques au sein des infections nosocomiales mais aussi des infections communautaires avec deux facteurs indépendants de l’acquisition d’une infection nosocomiale : âge avancé et état d'immunosuppression. Les deux autres études ont montré des pourcentages de résistances élevées chez les bacilles à Gram négatif ciblés et ont permis d’établir différents profils de patients pour chaque type de résistance. Par exemple, pour Escherichia coli, la résistance aux C3G était associée à une admission antérieure à l’hôpital et à la présence d’une sonde urinaire. De la même façon, la résistance aux carbapénèmes chez les bacilles à Gram négatif était associée aux patients chirurgicaux, à la présence d’une sonde urinaire ainsi qu’à une infection pulmonaire ou du site opératoire. Concernant la mortalité globale, le modèle proportionnel de Cox a montré que la résistance aux carbapénèmes était associée à une différence significative en termes de survie hospitalière chez les patients porteurs de bacilles à Gram négatif non fermentants par rapport aux bactéries sensibles. Conclusions. Nous avons rapporté la résistance aux antibiotiques de derniers recours chez les entérobactérales (E. coli et entérobactérales non- E. coli) et les bacilles à Gram négatif non fermentants identifiées dans des hôpitaux libanais où les données épidémiologiques sont rares. La description des profils de patients porteurs de ces souches bactériennes résistantes permettra aux cliniciens de prescrire une antibiothérapie probabiliste adaptée
Hospital-acquired infections and bacterial resistance to antibiotics are widespread worldwide, with a higher prevalence in developing countries with limited resources, including Lebanon. In Lebanon, epidemiological data on resistance among Gram-negative bacteria to antibiotics of last resort in hospitals and on nosocomial infections are scarce. Aims: We conducted three studies to meet the following objectives: a first study to identify and compare the different bacteria identified in communityacquired infections and nosocomial infections, focusing on associated co-morbidities and sociodemographic factors. This was followed by two studies targeting resistance to last-resort antibiotics in Gram-negative bacilli, in order to describe the epidemiology and identify patient characteristics associated with this resistance. Mortality in patients with Gram-negative bacilli resistant to carbapenems was analyzed. Methods. The first study was a retrospective, multicenter cohort study conducted in five hospitals. Data were collected using a standardized form (demographic data: gender and age, underlying diseases and type of acquired infection). The other two studies were based on a prospective cohort study using a database compiled in nine Lebanese hospitals between 2016 and 2017 (patient characteristics, variables related to hospitalization and variables related to the characteristics of the infection). Data were collected and processed using Statistical Package for the Social Sciences SPSS version 24. Logistic regressions were used to define the profile of patients for each type of resistance (3rd generation cephalosporins-3GC, fluoroquinolones, aminoglycosides, carbapenem) observed in Gram-negative bacilli (Enterobacteria, Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii). A sensitivity analysis based on the extreme results of the missing values for bacterial sensitivity was used to take account of the missing data and provide robust results. Results. The first study showed the importance of Gram-negative bacilli resistant to antibiotics in both hospital and community-acquired infections, with two independent factors in the acquisition of a nosocomial infection: advanced age and immunosuppression. The other two studies showed high percentages of resistance in the targeted Gram-negative bacilli and established different patient profiles for each type of resistance. For example, in Escherichia coli, resistance to 3GC was associated with previous hospital admission and the presence of a urinary catheter. Similarly, resistance to carbapenems in Gram-negative bacilli was associated with surgical patients, the presence of a urinary catheter, and pulmonary or surgical site infection. In terms of overall mortality, the Cox proportional model showed that carbapenem resistance was associated with a significant difference in hospital survival in patients with nonfermenting gram-negative bacilli compared with susceptible bacteria. Conclusions. We report on resistance to antibiotics of last resort in enterobacteria (E. coli and Non-E. coli enterobacterales) and non-fermenting Gram-negative bacilli identified in Lebanese hospitals, where epidemiological data are scarce. Describing the profiles of patients carrying these resistant bacterial strains will enable clinicians to prescribe appropriate probabilistic antibiotic therapy

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Bourgoin, Pénélope. "Recherche de nouveaux tests rapides en cytométrie en flux pour l’établissement de diagnostics « aux lits des patients » : application à la discrimination des infections bactériennes et/ou virales en vue de réduire l’usage inutile des antibiotiques". Thesis, Aix-Marseille, 2020. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/200213_BOURGOIN_959uvzsse391uijk154knph339nyhkrq_TH.pdf.

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Resumen

Les maladies infectieuses sont des pathologies dont le diagnostic étiologique est souvent complexe. Le clinicien doit baser son diagnostic sur ses observations cliniques et les relier aux mesures biologiques du patient. Plusieurs groupes recherchent activement de nouveaux marqueurs biologiques pour préciser ce diagnostic. C’est dans cette optique que la cytométrie en flux a été utilisée et optimisée pour comparer l’expression de nouveaux biomarqueurs sur les cellules du sang des patients infectés ou des sujets sains. La caractérisation des mécanismes d’expression des marqueurs montre que l’expression du CD64 sur les neutrophiles est amplifiée chez les patients infectés par une bactérie via l’interféron γ, alors que l’expression du CD169 sur les monocytes est amplifiée chez les patients infectés par un virus via la famille des interférons de type I (α, β, ω). De plus, l’expression de l’HLA-DR sur les monocytes semble aider à l’identification étiologique de l’infection. Les travaux suggèrent que le dosage de ces trois biomarqueurs par la technique de cytométrie en flux optimisée pourrait être un candidat intéressant dans les études sur le diagnostic des infections bactériennes et virales
Infectious diseases are pathologies whose etiological diagnosis is often complex. The clinician must base his diagnosis on his clinical observations and link them to the patient's biological measurements. Several groups are actively seeking new biomarkers to clarify this diagnosis. It is for this purpose that flow cytometry has been used and optimized to compare the expression of new biomarkers on blood cells of infected patients or healthy subjects. Characterization of the expression mechanisms of the markers shows that the expression of CD64 on neutrophils is amplified in patients infected by a bacterium via interferon γ, whereas the expression of CD169 on monocytes is amplified in patients infected with a virus via the type I interferon family (α, β, ω). In addition, the expression of HLA-DR on monocytes seems to help the etiological identification of the infection. The work suggests that the assay of these three biomarkers combined into an optimized flow cytometry technique could be an interesting candidate in studies on the diagnosis of bacterial and viral infections

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Pruvost, Olivier. "La maladie des taches noires de la mangue (Xanthomonas campestris pv. Mangiferaeindicae) : étude bactériologique, biologique, épidémiologique et mise au point des bases d'un système de lutte intégrée dans les confitions de l' Île de la Réunion". Paris 11, 1989. http://www.theses.fr/1989PA112020.

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Resumen

Une étude approfondie de l'agent causal de la maladie des tâches noires de la mangue (Xanthononas campestris pv. Mangiferaeindicae) a permis de mettre en évidence une assez large variabilité des caractères métaboliques, sérologiques, de la sensibilité à une gamme de bactériophages, d'antibiotiques ou de sels de métaux lourds et du contenu plasmidique des 94 isolats étudiés. Une variabilité existe également en ce qui concerne le pouvoir pathogène sur différentes plantes hôte. L'étude des caractéristiques biologiques et épidémiologiques de l'agent pathogène dans les conditions de l'ile de la réunion a permis de mettre en évidence les périodes de sensibilité et réceptivité des tissus de l'hôte et l'influence des paramètres climatologiques sur leur développement. Une survie épiphyte de l'agent pathogène a été démontrer sur feuilles, bourgeons et jeunes fruits. Les modalités de sa dissémination ont été précisées. L'efficacité de différentes formulations chimiques a été étudiée. Des résultats encourageants concernant les possibilités de lutte biologique par utilisation de souches de Bacillus subtilis ou B. Amyloliquefaciens antagonistes ont été obtenus
An extensive study was undertaken to characterize 94 isolates of Xanthomonas campestris pv. Mangiferaeindicae responsible for bacterial black spot of mangoes. Studies on carbohydrates assimilation, susceptibility to antibiotics and to heavy metal salts, serotyping and phage-typing, plasmid patterns as well as to pathogenicity to several hosts have revealed a large variability within the isolates. Biological and epidemiological studies of the pathogen under Reunion Island conditions have allowed us to establish susceptibility and receptivity periods of host tissues and their relations to climatic conditions. The pathogen is able to survive as an epiphyte on leaves, buds and immature fruit. Its mode of spread has been studied. Chemical and biological disease control were evaluated and resuls show that disease control may be achieved by using an antagonistic strain of Bacillus subtilis or B. Amyloliquefaciens

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Laroche, Maureen. "Application d'outils innovants de génomique et protéomique à l'entomologie médicale". Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0665.

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Les maladies transmises par les arthropodes vecteurs sont responsables de centaines de milliers de cas d’infections humaines et de décès chaque année à travers le monde. Ces maladies, causées par des bactéries, virus ou parasites, parfois émergents ou réémergents, sont parfois peu connues ou sous-estimées. Les arthropodes peuvent être utilisés comme outil de suivi épidémiologique des micro-organismes qui leur sont associés et dont certains pourront être transmis à des hôtes vertébrés. L’identification des arthropodes reste cruciale dans les enquêtes entomologiques.Nous avons pu ainsi détecter de potentielles nouvelles bactéries dans les tiques de Tahiti et les triatomes de Guyane.Nous avons exploré le microbiote salivaire de près de mille moustiques de 3 pays différents par métagénomique 16S. Nous avons ainsi détecté un large nombre de bactéries pathogènes opportunistes mais aussi un très grand nombre de génotypes correspondant probablement à des espèces et genres bactériens nouveaux. Enfin notre axe majeur a été le développement de l’utilisation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF en entomologie médicale. Pour pallier les limites des méthodes de référence d’identification des arthropodes existantes, nous avons validé l’utilisation de cet outil pour l’identification des moustiques (collectés sur terrain en Australie) et de puces (Espagne, Corse, Algérie). Nous avons également mis au point son utilisation pour l’identification de nouvelles familles d’arthropodes, comme les punaises de lits et les triatomes. Nous avons pu mettre en évidence, la capacité de la spectrométrie de masse MALDI-TOF pour différencier les anophèles infectés ou non par des plasmodies
Vector-borne diseases are responsible for hundreds of thousands of cases of human infections and deaths each year worldwide. Generally, little is known about these diseases, caused by bacteria, viruses or parasites, sometimes emerging or re-emerging. Arthropods can be used as a tool for epidemiological monitoring of their associated microorganisms, some of which being able to be transmitted to vertebrate hosts. The identification of arthropods remains crucial in entomological investigations.We were able to detect potential new bacteria in ticks from Tahiti and triatomines in French Guiana.We explored the salivary microbiota of nearly a thousand mosquitoes from 3 different countries by 16S rRNA metagenomics. We have thus detected a large number of opportunistic pathogenic bacteria but also a very large number of genotypes probably corresponding to new bacterial species and genera. Finally, our major focus has been the development of the use of MALDI-TOF mass spectrometry in medical entomology. To overcome the limitations of existing arthropod identification reference methods, we validated the use of this tool for the identification of mosquitoes (collected in the field in Australia) and fleas (Spain, Corsica, Algeria). We have also developed its use for the identification of new families of arthropods, such as bed bugs (Cimicidae) and triatomines (Reduviidae). We were able to highlight the capacity of MALDI-TOF mass spectrometry to differentiate between anopheles infected or not by malaria parasites

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Kante, Moussa. "Diversité des populations de Xanthomonas phaseoli pv. manihotis au Mali et recherche de sources de résistance durables chez le manioc". Thesis, Montpellier, 2020. http://www.theses.fr/2020MONTG028.

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La problématique des maladies des plantes occupe une place de choix dans les axes de recherche agronomique dans bon nombre de pays surtout ceux en voie de développement ou l'agriculture est généralement le moteur de l’économie. Malgré les nombreuses recherches agronomiques, il existe bon nombre de production végétale qui jusque-là semblait être négligée telle que le manioc (Manihot esculenta). Cette culture de nos jours, occupe le devant de beaucoup de recherche compte tenu de ses atouts comme l’une des pistes de solutions probantse aux deux enjeux majeurs (le changement climatique et la sécurité alimentaire) dans les pays du sud comme le Mali. Cependant elle fait face à une contrainte parasitaire de taille, la bactériose vasculaire du manioc (CBB , pour Cassava Bacterial Blight en anglais) provoquée par la bactérie gram négatif Xanthomonas phaseoli pv manihotis(Xpm).Au Mali dans le but de proposer une source de diversification aux cultures vivrières classiques largement dominées par les céréales et de promouvoir des cultures résiliente aux effets du changement climatique, nous avons mené une étude socio-agronomique et phytoparasitaire sur le manioc. C’est ainsi que nous nous sommes intéressés : (i) aux caractéristiques socioéconomiques de la production du manioc dans 05 des plus importantes régions productrices de manioc ; (ii) aux connaissances biologique et génétique de Xpm sur le manioc au Mali et ailleurs en Afrique (Nigeria et Cameroun) et (iii) à la résistance face à Xpm des variétés locale de manioc largement produites au Mali.Une série d’enquête et de prospection suivie d’échantillonnage sur le terrain au Mali, mais également au Nigeria et au Cameroun nous ont permis de collecter des données epidemiologiques et d’obtenir une gamme de matériel végétal symptomatique de la CBB. Avec ces données nous avions mieux aiguisé notre réflexions et argumentaires sur l'exploitation des échantillons : isolement, caractérisation bio-moleculaire, test de pathogénicité, analyse MLVA de la diversité génétique, screening variétale. Nos résultats dénotent de la présence de la CBB dans les 03 pays prospectés et spécifiquement permettent une confirmation du statut de presence de la maladie (la CBB) au Mali. Dans ce pays le système de production reste très vulnérables aux bioagresseurs, dominé par une approche familiale avec de petite superficie (de 0,15 à 2ha en générale) avec un usage sur de longue année des mêmes variétés, un usage majoritaire de la main d’œuvre familial et aussi des échanges de boutures entre producteurs de même village qui sont majoritaires (78% des cas d’acquisition de boutures). L’étude de diversité et de la structure des populations xpm du Mali nous permet de supposer une présence endémique de la maladie au Mali. Quant aux variétés locales cultivées au Mali, elles sont pour la plus part sensible aux souches les plus présentes (selon l’analyse de l’arbre de descendance issues de l’analyse MLVA
The problem of plant diseases occupies a prominent place in the axes of agronomic research in many countries, especially developing ones, where agriculture is generally the engine of the economy. Despite extensive agronomic research, there is a good deal of crop production which until now seemed to be neglected such as cassava (Manihot esculenta). This culture nowadays occupies the front of a lot of research given its strengths as one of the avenues for convincing solutions to the two major challenges (climate change and food security) in southern countries such as Mali. However, it faces a major parasitic constraint, the vascular bacteriosis of cassava (CBB, for Cassava Bacterial Blight) caused by the gram-negative bacterium Xanthomonas phaseoli pv manihotis (Xpm).In Mali in order to offer a source of diversification to conventional food crops largely dominated by cereals and to promote crops resilient to the effects of climate change, we carried out a socio-agronomic and phytoparasitic study on cassava. This is how we focused on: (i) the socio-economic characteristics of cassava production in 05 of the most important cassava-producing regions; (ii) the biological and genetic knowledge of Xpm on cassava in Mali and elsewhere in Africa (Nigeria and Cameroon) and (iii) the resistance to Xpm of local varieties of cassava widely produced in Mali.A series of survey and prospecting followed by field sampling in Mali, but also in Nigeria and Cameroon have enabled us to collect epidemiological data and obtain a range of plant material symptomatic of CBB. With these data we had better sharpened our reflections and arguments on the use of samples: isolation, bio-molecular characterization, pathogenicity test, MLVA analysis of genetic diversity, varietal screening.Our results denote the presence of CBB in the 03 countries surveyed and specifically allow confirmation of the disease presence status (CBB) in Mali. In this country, the production system remains very vulnerable to pests, dominated by a family approach with a small area (from 0.15 to 2 ha in general) with a long-year use of the same varieties, a majority use of the hand of family work and also exchanges of cuttings between producers from the same village who are in the majority (78% of cases of acquisition of cuttings). The study of the diversity and structure of xpm populations in Mali allows us to assume an endemic presence of the disease in Mali. As for the local varieties cultivated in Mali, they are for the most part sensitive to the most present strains (according to the analysis of the family tree from the MLVA analysis

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Cassir, Nadim. "Culturomique : un nouvel outil d'analyse de microbiotes impliqués dans la pathogenèse ou la transmission de maladies infectieuses". Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5038/document.

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Le microbiote digestif humain joue un rôle essentiel et bénéfique pour son hôte mais il est également impliqué dans un nombre croissant de pathologies. Les connaissances sur la composition de cet écosystème ont récemment été révolutionnées grâce à l’utilisation de techniques moléculaires. Cependant, ces techniques comportent des limites importantes. C’est ainsi que le concept de « culturomique » a été introduit ; il consiste en la multiplication de milieux et conditions de culture et l’identification rapide de colonies bactériennes par spectrométrie de masse (MALDITOF) ou par amplification et séquençage du gène de l’ARN ribosomal 16S. Dans la première partie de ce travail, nous avons mis en évidence une association entre la présence de Clostridium butyricum dans les selles et la survenue d’entérocolite ulcéro-nécrosante que ce soit par méthodes de pyroséquençage et culture ou par PCR quantitative en temps réel spécifique de C. butyricum; identifié après séquençage du génome complet de toutes nos souches de C. butyricum, la présence du gène de la β-hémolysine (toxine). Dans la deuxième partie de ce travail, nous avons montré par cuturomique que les bactéries à Gram-négatif (BGN) étaient fréquemment disséminées au sein du microbiote cutané transitoire des patients hospitalisés en réanimation ; le réservoir serait essentiellement digestif. En conclusion, le microbiote digestif constitue un réservoir sousestimé de bactéries pathogènes. La microbiologie moderne incluant les nouvelles méthodes de culture permet d’étendre de manière considérable les connaissances sur la composition de cet écosystème et son implication en pathologie humaine
He human gut microbiota plays an important and beneficial role in its host but it is also involved in a growing number of diseases. Knowledge of the composition of this ecosystem have recently been revolutionized by the use of molecular techniques. However, these techniques have significant limitations. Thus, the concept of "culturomics" has been introduced; it consists of the multiplication of culture conditions and the rapid identification of bacterial colonies by mass spectrometry (MALDI-TOF) or by PCR 16S RNA gene sequencing. In the first part of this work, we have demonstrated an association between the presence of Clostridium butyricum in the stool and the occurrence of necrotizing enterocolitis whether by pyrosequencing methods and Culture or by quantitative PCR specific real time C. butyricum; identified after sequencing the complete genome of all our strains of C. butyricum, the presence of the gene of β-hemolysin (toxin). In the second part of this work, we showed by cuturomics that Gram-negative bacteria (BGN) were frequently spread out over the transitional skin microbiota of patients hospitalized in intensive care; the reservoir would essentially digestive. In conclusion, the gut microbiota is an underestimated reservoir of pathogenic bacteria. Modern microbiology including new culture-based methods is currently extending exponentially our knowledge on gut microbiota giving rise to new insights into the pathogenesis or the transmission of infectious diseases

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Mathlouthi, Najla. "Déterminisme du support moléculaire et de l'épidémiologie de la résistance aux β-lactamines chez des bacilles à Gram négatif isolés dans des hôpitaux tunisiens et libyens". Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0079/document.

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L’augmentation et la dissémination de la résistance aux β-lactamines chez les bacilles à Gram négatif, particulièrement les Entérobactéries, les bactéries du genre Pseudomonas et Acinetobacter, représentent un problème majeur de santé publique. Les infections nosocomiales causées par ces bactéries multi-résistantes (BMR) ont conduit à une augmentation de la mortalité, de la morbidité et du coût de traitement. L’utilisation abusive et non contrôlée de ces antibiotiques a grandement contribué à la large diffusion de cette résistance. Ainsi, face à cette préoccupation mondiale et suite à de nombreuses recommandations, plusieurs études épidémiologiques et moléculaires ont été rapportées afin de contrôler et de surveiller la diffusion et la dissémination des BMR. Contrairement à de nombreuses régions dans le monde, il existe peu d’informations concernant la caractérisation moléculaire des gènes de résistance aux β-lactamines des bacilles à Gram négatif isolés en Tunisie et surtout en Libye. C’est dans cette optique que ce projet de Thèse de Doctorat s’articule avec comme objectifs: (i) mettre en évidence la prévalence des bacilles à Gram négatifs multi-résistants isolés aux niveaux des hôpitaux tunisiens et libyens (ii) identifier le support génétique de la résistance aux β-lactamines de ces souches cliniques (iii) étudier la diversité clonale des souches multi-résistantes par typage moléculaire
The increase and spread of β-lactam resistance in gram negative bacteria especially Enterobacteriaceae, Pseudomonas and Acinetobacter (E.P.A) species have become a major concern worldwide. The hospital-acquired infections caused by MDR bacteria have led to an increase in mortality, morbidity and cost of treatment. The frequent misuse of antibiotic drug has greatly contributed to worldwide dissemination of antibiotics resistance. Front of this worldwide concern, and various recommendations, several epidemiological and molecular studies have been reported in order to control the spread and the dissemination of these MDR. Unlike many parts of the world, there is little information concerning the molecular characterization of the β-lactam resistance genes of Gram-negative bacilli isolated in Tunisia and especially in Libya. Therefore, it is in this context that the project of this thesis was conducted with essential objectives: (i) highlight the prevalence of multi-resistant Gram negative bacilli isolated in Tunisian and Libyan hospitals (ii) identify the genetic support of resistance to β-lactams of these clinical strains (iii) study the clonal diversity of the multi-resistant strains by molecular typing (iii) study the molecular epidemiology of these BMRs in these countries in order to control the decision-making process of the treatment and the rapid identification of epidemics by implementing appropriate control measures for the spread of infections and especially developing new tools and software for the diagnosis and monitoring of potential MDR bacteria in Mediterranean countries

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Okdah, Liliane. "Gestion patrimoniale des anciens agents antimicrobiens en les criblant contre des bactéries multi-résistantes modernes". Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0593.

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L’émergence des bactéries résistantes aux béta-lactamines et aux carbapénèmes, a abouti à la réintroduction de la colistine comme agent de dernier recours pour traiter les infections dues à ces germes. Cependant, les résistances chromosomique et plus récemment plasmidique à la colistine ont apparu. Ce problème de bactéries multi-résistantes a par la suite déclenché la publication d’articles alarmants sur les dangers de ces germes. Pour répondre à la dramatisation médiatique liée à ce problème, mon projet de thèse vise à proposer des stratégies thérapeutiques pour traiter les infections dues aux bactéries multi-résistantes. Dans un premier temps, nous avons testé l’activité d’un large panel comprenant des anciens antibiotiques contre les bactéries résistantes aux carbapénèmes et d’autres résistantes à la colistine. Plusieurs familles d’antibiotiques ont été efficaces contre ces 2 types de bactéries résistantes.Dans un deuxième temps, nous avons évalué l’activité d’antibiotiques combinés en vue de détecter une synergie d’action. Deux combinaisons synergiques ont été retenues : colistine + sulfadiazine et colistine + acide fusidique. Ces associations d’antibiotiques ont démontré un effet bactéricide sur une collection de bactéries Gram négatives résistantes à la colistine, et ceci indépendamment du mécanisme de résistance
The emergence of beta-lactam and carbapenem resistant bacteria, resulted in the reintroduction of colistin as an agent of last resort to treat infections caused by these bacteria. However, chromosomal resistances and more recently plasmidic to colistin appeared. This problem of multidrug-resistant bacteria subsequently triggered the publication of alarming articles on the dangers of these germs. To answer the media dramatization related to this problem, my thesis project aims to propose therapeutic strategies to treat infections due to multiresistant bacteria.Initially, we tested the activity of a large panel including old antibiotics against carbapenem resistant bacteria and others resistant to colistin. Several families of antibiotics have been effective against these two types of resistant bacteria.In a second step, we evaluated the activity of combined antibiotics in order to detect a synergistic action. Two synergistic combinations were retained: colistin + sulfadiazine and colistin + fusidic acid. These combinations of antibiotics have shown a bactericidal effect on a collection of Gram-negative colistin-resistant bacteria, independent of the resistance mechanism

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Compagne, Nina. "Développement d'inhibiteurs des pompes d'efflux des bactéries Gram négatives pour lutter contre la résistance aux antibiotiques". Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2023. http://www.theses.fr/2023ULILS032.

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La découverte de molécules antibiotiques au XXe siècle a permis de traiter plusieurs maladies infectieuses bactériennes, auparavant mortelles. Cependant, cette avancée thérapeutique s'est suivie d'une utilisation massive, répétée et inadéquate des antibiotiques, conduisant à la montée de l'antibiorésistance. Ce phénomène est alarmant puisqu'on estime à 4,95 millions le nombre de décès associés à la résistance aux antibiotiques en 2019. L'un des mécanismes de résistance mis en place par les Enterobacterales et les bactéries à Gram négatif en général est la (sur)expression des pompes d'efflux. Ces pompes sont capables de prendre en charge plusieurs classes d'antibiotiques différentes, diminuant ainsi leur concentration intrabactérienne et les rendant inefficaces. Une des stratégies envisagées pour contourner ce phénomène de résistance est le développement d'inhibiteurs de pompes d'efflux qui, en combinaison avec un antibiotique, pourront offrir une nouvelle alternative thérapeutique pour traiter les infections bactériennes résistantes.AcrAB-TolC est une pompe d'efflux de la superfamille RND exprimée chez les Enterobacterales telles qu'Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae. Afin d'identifier des inhibiteurs de cette pompe, une chimiothèque de 1280 fragments a été criblée sur E. coli en combinaison avec un antibiotique modèle substrat de cette pompe, permettant la sélection d'un composé hit appartenant à la famille des pyridylpipérazines. Ce hit n'a pas d'activité antibactérienne intrinsèque, mais il est capable de potentialiser l'activité d'un panel d'antibiotiques par inhibition directe de la protéine AcrB. Des premières études de relations structure-activité ont permis d'identifier deux séries chimiques, la série quinoléine/quinoxaline et la série pyridine. Des modifications structurales autour de ces trois noyaux ont été réalisées grâce à un design rationnel basé sur les structures co-cristallographiques obtenues avec AcrB. 80 composés ont ainsi été synthétisés afin d'identifier des analogues plus puissants et d'établir de nouvelles relations structure-activité. L'introduction de différents substituants possédant une fonction amine a notamment permis de créer de nouvelles interactions avec des résidus acides de la poche d'AcrB. Les paramètres physicochimiques et pharmacocinétiques in vitro des composés les plus prometteurs ont ensuite été mesurés, ce qui a permis la sélection d'un composé pour une étude de pharmacocinétique chez la souris. Afin de sonder plus largement la diversité chimique des substituants introduits sur les noyaux quinoléine et pyridine, une chimiothèque de 672 triazoles a été synthétisée via une réaction de cycloaddition catalysée au cuivre. Le but était d'augmenter la puissance des composés en créant de nouvelles interactions avec la poche d'AcrB tout en diminuant la cytotoxicité et l'activité antibactérienne intrinsèque des composés. Ceci a permis d'identifier de nouveaux composés ayant des activités prometteuses et qui seront prochainement resynthétisés afin de caractériser leur effet biologique et de mesurer leurs propriétés ADME
The discovery of antibiotics in the 20th century allowed to treat a number of previously fatal bacterial infectious diseases. However, this therapeutic progress was followed by a massive, repeated and inappropriate use of antibiotics, leading to the rise of antimicrobial resistance. This phenomenon is alarming, with an estimated 4.95 million deaths associated with antibiotic resistance in 2019. One of the resistance mechanisms developed by Enterobacterales and overall Gram-negative bacteria is the (over)expression of efflux pumps. These bacterial pumps are able to extrude several classes of antibiotics, thereby reducing their intrabacterial concentration and rendering them ineffective. One strategy being considered to circumvent this phenomenon is the development of efflux pump inhibitors which, in combination with an antibiotic, could offer a new therapeutic alternative to treat resistant bacterial infections.AcrAB-TolC is an efflux pump of the RND superfamily found in Enterobacterales such as Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae. In order to identify inhibitors of this pump, a chemical library of 1280 fragments was screened on E. coli in combination with a model antibiotic substrate of this pump, leading to the selection of a hit compound belonging to the pyridylpiperazine family. This hit has no intrinsic antibacterial activity, but is able to potentiate the activity of a range of antibiotics by direct inhibition of the AcrB protein. Initial studies of structure-activity relationships have allowed the identification of two chemical series, the quinoline/quinoxaline series and the pyridine series. Structural modifications around these three cores were carried out using a rational design based on the co-crystallographic structures obtained with AcrB. 80 compounds were therefore synthesised in order to identify more potent analogues and establish new structure-activity relationships. In particular, the introduction of different substituents with an amine function allowed to create new interactions with acidic residues in the AcrB binding pocket. The physicochemical and in vitro pharmacokinetic parameters of the most promising compounds were then measured, leading to the selection of one compound for a pharmacokinetic study in mice. In order to enrich the chemical diversity of substituents introduced on the quinoline and pyridine rings, a chemical library of 672 triazoles was synthesised via a copper-catalysed cycloaddition reaction. The aim was to increase the potency of the compounds by creating new interactions with AcrB while reducing the cytotoxicity and intrinsic antibacterial activity of the compounds. This led to the identification of new compounds with promising activities, which will soon be resynthesised in order to characterise their biological effect and measure their ADME properties

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Pauchard, Laure-Anne. "Analyse et modulation de la réponse inflammatoire au cours de l'agression pulmonaire liée à l'infection bactérienne et à la ventilation mécanique". Thesis, Dijon, 2015. http://www.theses.fr/2015DIJOMU05/document.

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Resumen

Nonobstant d’immenses progrès accomplis depuis des décennies dans la prise en charge des patients soumis à la ventilation mécanique, les pneumonies acquises sous ventilation mécanique continuent de compliquer le séjour en réanimation de près de 28% des patients recevant une assistance respiratoire invasive prolongée. Parmi les malades des unités de soins intensifs, le risque de développer une pneumonie est de 3 à 10 fois supérieur chez les intubés sous ventilation. Elle reste cependant bien souvent le seul moyen de venir en aide aux patients souffrant de graves détresses respiratoires. Il a maintenant été clairement démontré que la ventilation mécanique, en particulier lorsqu’elle est mise en place selon des stratégies dites agressives, active les cellules pulmonaires conduisant alors à une réponse pro-inflammatoire même en l’absence de pathogène. Ce phénomène est connu sous le terme de biotrauma, et serait responsable en partie des lésions induites sur le poumon par la ventilation mécanique. En quelques sortes, la ventilation mécanique prépare les cellules épithéliales pulmonaires à répondre massivement à une seconde agression pro-inflammatoire par la libération de grandes quantités de cytokines (comme l’IL-8 notamment), accentuant alors les lésions du tissu pulmonaire essentiellement par le recrutement de polynucléaires neutrophiles attirés par la sécrétion massive d’IL-8. L’immunité innée joue donc un rôle très important dans le développement du VILI. L’implication des Toll Like Récepteurs a été suggérée par plusieurs études expérimentales. Par ailleurs, la ventilation en décubitus ventral a été décrite pour avoir des effets bénéfiques sur les patients ventilés souffrant de graves lésions pulmonaires particulièrement chez ceux souffrant du syndrome de détresse respiratoire aiguë. Notre équipe s’est particulièrement intéressée au TLR2, qui reconnait les bactéries à Gram-positif, car elle a montré dans des études précédentes in vitro que l’étirement cyclique de cellules pulmonaires humaines augmentait principalement l’expression de TLR2 ainsi que la réactivité de cellules pulmonaires à des composants de la paroi de bactéries à Gram positif. Ces données ont par la suite été confirmées dans un modèle in vivo de lapins ventilés dont la réponse immune innée était stimulée par du Pam3CSK4.Dans un premier projet, nous avons évalué l’impact d’une ventilation mécanique en décubitus ventral chez des lapins avec pneumonie unilatérale à Enterobacter aerogenes soumis à la ventilation mécanique. Nos résultats montrent que le décubitus ventral peut être protecteur si l’hôte est soumis à la ventilation mécanique dans le contexte d’une pneumonie bactérienne unilatérale.Pour vérifier la pertinence de nos hypothèses sur le TLR2 dans notre modèle animal de pneumonie acquise sous ventilation mécanique, nous avons mené des expériences avec des bactéries vivantes reconnues par le TLR2 (une souche de Staphylococcus aureus résistante à la methicilline SARM). Notre étude met en évidence qu’une ventilation mécanique modérément agressive impacte sur la clairance bactérienne pulmonaire en la diminuant, aggrave les lésions sur le tissu pulmonaire et favorise une réponse inflammatoire systémique. La surexpression du TLR2 tant au niveau pulmonaire que systémique pourrait expliquer ces résultats.Le troisième projet s’est attaché à évaluer l’impact d’une thérapie aux statines dans le contexte d’une pneumonie acquise sous ventilation mécanique à SARM, conjointement traitée par le linezolide, dans notre modèle animal de lapins ventilés. Nos résultats suggèrent qu’une pré-‐exposition aux statines pourrait avoir un effet anti-inflammatoire au niveau pulmonaire et systémique dans ce modèle, qui pourrait passer par une régulation négative de l’expression de TLR2, contre-balançant les effets de l’étirement cyclique
Despite major advances since decades in the management of ventilated patients, ventilator-associated pneumonia (VAP) continues to complicate the course of approximately 28% of the patients receiving mechanical ventilation (MV). Among patients hospitalized in intensive care units, the risk of pneumonia is 3- to 10- fold increased in MV patients. However, MV is often the only way to care for critically ill patients with respiratory failure. It has now been clearly demonstrated that MV, in particular adverse ventilatory strategies could activate lung cells, thus leading to a proinflammatory response, even in the absence of pathogen. This is the biotrauma paradigm, which accounts, at least in part, for the ventilator induced lung injury (VILI). In one way, MV primes airway cells to respond massively to a second proinflammatory insult, through the subsequent release of large amounts of cytokines (as interleukin (IL)‐ 8), thus leading to additional lung injury, particularly through the recruitment of neutrophils attracted by the massive release of IL-8. Accordingly, innate immunity plays an important role in the developement of VILI. The involvement of Toll-like receptors has been suggested by several experimental studies. Ventilation in the prone position (PP) has been described to have beneficial effects on patients under MV, especially in those with lobar involvement. Our team focused particularly on the TLR2, which interacts with Gram-positive bacteria, and we have previously demonstrated in vitro that cyclic stretch of human pulmonary cells resulted in TLR2 overexpression and enhanced TLR2 reactivity to Gram-positive cell wall components. We confirmed these datas in an in vivo model of ventilated rabbits which immune response had been stimulated with Pam3CSK4. In a first project, we assessed the impact of the PP on unilateral pneumonia to Enterobacter aerogenes in rabbits subjected to MV. Our results shows that the prone position could be protective if the host is subjected to MV and unilateral bacterial pneumonia. To ensure the relevance of our hypothesis on TLR2 in our animal model of VAP, we conducted experiments using live bacteria specifically recognized by TLR2 (Methicilin resist. aureus). We demonstrate that mild-‐stretch MV impaired lung bacterial clearance, hastened tissue injury and promoted a systemic inflammatory response. Both pulmonary and peripheral blood TLR2 overexpression could account for such an impact. The third project assessed the impact of a statins therapy in the context of MRSA VAP, treated with linezolid, in our model of ventilated rabbits. Our results suggest that statin exposure prior to pneumonia provides an anti-‐inflammatory effect within the lung and the systemic compartment of rabbits with MRSA VAP. Although LNZ enhances pulmonary bacterial clearance, dampening the host systemic inflammatory response with statin could impede defense against MRSA in this compartment. It could be subsequent to enhanced antibacterial defences and improvements in lung mechanics, thereby blunting overwhelming inflammation. In the last project, in collaboration with the University of Geneva, we assessed whether mitochondrial alarmins are released during VILI and can generate lung inflammation. Our results confirmed the hypothesis made and showed indeed that alarmins are released during during cyclic stretch of human epithelial cells, as well as in BAL fluids from rabbits ventilated with an injurious ventilatory regimen. These alarmins stimulate lung cells to produce bioactive IL-‐1, and are likely to represent the proximal endogenous mediators of VILI and ARDS, released by injured pulmonary cells

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Bédubourg, Gabriel. "Place des outils d'analyse des séries temporelles dans la surveillance épidémiologique pour la détection des épidémies et leur analyse : élaboration de nouveaux outils de détection et d'analyse étiologique des épidémies appliqués à la surveillance épidémiologique". Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0739.

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La surveillance épidémiologique est le recueil systématique et continu d’informations sur l’état de santé des populations, leur analyse, leur interprétation et leur diffusion à tous les décideurs ayant besoin d’être informés. Un de ses objectifs est la détection des événements inhabituels, i.e. des épidémies, nécessitant la mise en place rapide de contre-mesures. Les objectifs de ce travail de thèse sont : (i) d’évaluer les principales méthodes statistiques de détection publiées et communément employées dans différents systèmes de surveillance épidémiologique, (ii) de proposer une nouvelle approche reposant sur la combinaison optimale de méthodes de détection statistique des épidémies et (iii) de développer une nouvelle méthode statistique d’analyse étiologique d’une épidémie à partir des données de surveillance épidémiologique collectées en routine par le système.Pour atteindre ces objectifs, nous évaluons les principales méthodes statistiques de la littérature, à partir d’un jeu publié de données simulées. Puis nous proposons une approche originale pour la détection des épidémies sur le principe de la combinaison de méthodes sélectionnées lors de l’étape précédente. Les performances de cette approche sont comparées aux précédentes selon la méthodologie utiliséeà la première étape. Enfin, nous proposons une méthode d’analyse étiologique d’une épidémie à partir des données de surveillance en employant des modèles statistiques adaptés aux séries chronologiques
Public health surveillance is the ongoing, systematic collection, analysis, interpretation, and dissemination of data for use in public health action to reduce morbidity and mortality of health-related events and to improve health. One of its objectives is the detection of unusualevents, i.e. outbreaks, requiring the rapid implementation of countermeasures.The objectives of this work are: (i) to evaluate the main published statistical methods for outbreak detection commonly implemented in different public health surveillance systems, (ii) to propose a new approach based on the optimal combination of statistical methods foroutbreak detection and benchmark it to other methods; and (iii) develop a new statistical method for the etiological analysis of an outbreak from public health surveillance data routinely collected by the system. To achieve these objectives, as a first step, we evaluate the main statistical methods, from a published set of simulated public health surveillance data. Statistical methods have been evaluated for an operational purpose: for all simulated time series, we used the tuning parameters recommended by their authors for each algorithm when available. We propose sensitivity and specificity metrics suitable for these tools. Then we propose an original approach for outbreak detection based on combination of methods selected in the previous step. The performance of this approach is compared to the previous ones according to the methodology implemented in the first step.Finally, we propose a method for the etiological analysis of an outbreak from surveillance data by using statistical models suitable for time series analysis

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Leangapichart, Thongpan. "Phenotypic and genomic analysis of multi-drug resistant bacteria in travelers". Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0183.

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La résistance aux antibiotiques chez les bactéries est un problème majeur mondial du fait de son augmentation. Récemment, la transmission des bactéries résistantes aux humains, aux animaux et à l’environnement sont de plus en plus décrits dans la littérature. Ces dernières années, les voyages internationaux ont augmenté massivement ce qui a permis aux bactéries résistantes de se propager d’un lieu à un autre. Les voyageurs internationaux sont les principaux acteurs de l’acquisition et de la propagation des gènes de résistance aux antibiotiques. Le plus grand rassemblement annuel de personnes comme le pèlerinage à la Mecque est connu pour être un réservoir pour la transmission des maladies infectieuses telles que la grippe, les épidémies méningococciques ou la tuberculose. Par conséquent, les voyageurs en particulier les pèlerins représentent une source importante de propagation de bactéries multi-résistantes. Les études sur la transmission et l'acquisition de gènes de résistance pendant le Hajj sont rares. Par conséquent, ce projet de thèse a trois objectifs principaux permettant de mieux comprendre la prévalence des gènes de résistance et des bactéries multi-résistantes au cours du Hajj:(i)l’étude de la surveillance épidémiologique des gènes de résistance chez les pèlerins avant et après le Hajj,(ii)l’étude des facteurs de risque d'acquisition de gènes de résistance aux antibiotiques chez les pèlerins,(iii)les études épidémiologiques moléculaires des bactéries résistantes chez les pèlerins et d'autres sources, tels que les patients, les animaux et l’environnement en utilisant des techniques comme le typage des séquences multi-locus et le séquençage du génome complet
Antibiotic resistance in bacteria is increasing and become a worldwide problem. Newresistance bacteria or mechanisms are emerging and spreading rapidly. Recently, thetransmission of antibiotic-resistant (AR) bacteria among humans, animals, and the variousenvironments are vastly recognized. With the growth of international travels over the pastdecades, this provides opportunities for AR bacteria to be spread rapidly from one geographiclocation to another. During trips, travelers changed diets, lifestyles, and their environmentsresulting in the alteration of AR patterns of bacteria residing in the gut. Thus, internationaltravelers are one of the most important modes for the acquisition and spread of AR genes.The largest annual mass gathering, the Hajj (pilgrimage to Mecca) is well known as a sourcefor infectious diseases transmission such as influenza, meningococcal outbreaks ortuberculosis. Thus, travelers, especially pilgrims, are one of the most significant sources forspreading AR bacteria. However, studies of the transmission and acquisition of AR genesduring Hajj in pilgrims are scarce. Therefore, this research thesis was carried out with threemain objectives to better understanding the prevalence of AR genes and bacteria during Hajj:(i) epidemiological surveillance of AR genes in pilgrims before and after Hajj, (ii) risk factorsanalysis concerning AR genes acquisition in pilgrims, (iii) molecular epidemiological studiesof AR bacteria in pilgrims, including patients, animals, and environment with the use ofmulti-locus sequence typing and whole genome sequencing

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Abat, Cédric. "Développement de nouveaux outils informatiques de surveillance en temps réel des phénomènes anormaux basés sur les données de microbiologie clinique du laboratoire de la Timone". Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5029/document.

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Bien que considérées comme étant sous contrôle durant la seconde partie du 20ième siècle avec la découverte des antimicrobiens, les maladies infectieuses demeurent une menace bien réelle pour l’humanité. Quelque soit l’état de connaissance que nous avons sur ces maladies, toutes demeurent imprédictibles. Afin de lutter contre ce phénomène, de nombreuses stratégies de surveillance ont été développées amenant à la mise en place de divers outils informatiques de surveillance épidémiologique visant à détecter et identifier, le plus précocement possible, des événements anormaux. L’objectif initial de notre travail a consisté à mettre en place, au sein de l’Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection et à partir du logiciel Microsoft Excel, deux nouveaux outils informatiques de surveillance épidémiologique visant à identifier, de façon hebdomadaire et automatisée, des événements anormaux sur la base des données de microbiologie clinique issues du laboratoire du Centre Hospitalo-Universitaire Timone à l’Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Une fois cette étape achevée, nous avons par la suite travaillé au développement d’une structure de surveillance complète intégrant l’investigation et la validation des alarmes émises par les systèmes de surveillance créés, l’émission d’alertes à l’Agence Régionale de Santé (ARS) de la région Provence-Alpes Côte d’Azur (PACA), la valorisation des cas d’événements anormaux confirmés par des publications scientifiques, ainsi que la mise en place de rétro-informations et de bulletins épidémiologiques hebdomadaires visant à informer les acteurs locaux de la surveillance épidémiologique des maladies infectieuses
Although considered under control in the second half of the 20th century with the discovery of antimicrobials, infectious diseases remain a serious threat to humanity. Regardless of the state of knowledge we possess on these diseases, all remained unpredictable. To fight this phenomenon, many monitoring strategies have been developed leading to the implementation of various epidemiological surveillance computer programs to detect and identify, as soon as possible, abnormal events including epidemic phenomena. The initial objective of our work was to implement, within the Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection and based on the Microsoft Excel software, two new automated computer-based programs for the weekly automated epidemiological surveillance of abnormal epidemic events using clinical microbiological data from the Timone teaching hospital of of Assistance Publique- Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Once completed, we then worked to develop a comprehensive monitoring structure incorporating the investigation and the validation of alarms emitted by the established surveillance systems, the transmission of alerts to the Regional Health Agency (ARS) of the Provence-Alpes Côte d'Azur (PACA), the public dissemination of confirmed abnormal events by publishing scientific articles, and the implementation of feedback and weekly epidemiological bulletins to inform local infectious diseases epidemiological surveillance actors

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Seng, Piseth. "Application de la spectrométrie de masse MALDI-TOF en microbiologie clinique". Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5033/document.

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L'objectif de cette thèse est d'appliquer la méthode d'identification bactérienne par spectrométrie de masse MALDI-TOF pour une utilisation en routine dans un laboratoire de microbiologie clinique. Dans un 1er temps et de manière prospective, nous avons évalué la performance et le coût-efficacité de l'identification bactérienne de routine par MALDI-TOF par rapport aux techniques conventionnelles d'identification phénotypique. Durant la période des 16 semaines d'étude, nous avons comparé la performance de la technique par MALDI-TOF aux techniques conventionnelles d'identification phénotypique comprenant la coloration de Gram, la galerie API ANA et le Vitek 2. En cas de résultats discordants entre ces deux techniques, l'identification était réalisée par biologie moléculaire. Nous avons montré que le MALDI-TOF est un moyen efficace et rentable pour l'identification des bactéries de routine. Le MALDI-TOF peut être utilisée en 1ère intention dans l'identification bactérienne avant l'ensemble de techniques phénotypiques. Dans un 2ème temps, nous avons évalué rétrospectivement la performance et le coût-efficacité de l'utilisation exclusive de MALDI-TOF en diagnostic bactériologique de routine en comparaison avec les techniques conventionnelles. En analysant les données des 11 dernières années, nous avons montré que le MALDI-TOF est efficace et tout à fait adaptée pour l'identification d'espèce bactérienne en routine. Nous avons également prouvé que MALDI-TOF est un outil puissant pour identifier les espèces bactériennes rarement impliquées dans les infections humaines. Cette technique pourrait être une alternative aux méthodes moléculaires dans le laboratoire clinique
The objective of this thesis is to apply the method of bacterial identification by MALDI-TOF MS in daily practice in a routine clinical microbiological laboratory. Firstly, we prospectively evaluated the performance and the cost-effective of bacterial identification by MALDI-TOF in comparison with conventional phenotypic identification methods. During a 16-week study, we compared the performance of MALDI-TOF with conventional techniques of identification including Gram staining, API ANA identification strip and automated identification using the Vitek 2. The unmatched identifications between MALDI-TOF and conventional methods were resolved by molecular identification. In this study, we showed that MALDI-TOF was an effective tool and less expensive for the rapid identification of bacterial species in clinical microbiology laboratory. MALDI-TOF can be used in first intention for identification before Gram staining or other phenotypic identification techniques based on physicochemical properties of bacteria. Secondly, we retrospectively evaluated the performance and the cost-effectiveness of the exclusive use of MALDI-TOF in bacteriological diagnosis in comparison with conventional phenotypic identification. 11-year retrospective analysis of data showed that MALDI-TOF was efficient and completely adapted for the routine identification of bacterial species. We also showed that MALDI-TOF had capacity to identify bacterial species that were rarely involved in human diseases. This technique could be an alternative to molecular methods in the clinical laboratory

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Pagé, Sabourin Ariane. "Les macrophages d’ascendance européenne et africaine répondent différemment aux infections bactériennes". Thèse, 2013. http://hdl.handle.net/1866/10974.

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Des études antérieures démontrent que les descendants de peuples européens et africains présentent des différences de susceptibilité à certaines maladies infectieuses. Ces différences suggèrent des variations interpopulationnelles de la réponse immunitaire qui résultent probablement de l’adaptation de ces individus aux pathogènes de leur environnement. Nous avons caractérisé la réponse immunitaire chez des descendants de peuples européens et africains à des infections bactériennes. Nous avons infecté des macrophages dérivés de monocytes de 30 Américains d’origine africaine (Africains) et de 31 Américains d’origine européenne (Européens) avec les pathogènes intracellulaires Listeria monocytogenes et Salmonella typhimurium pendant 4 heures, puis nous avons mesuré le niveau d’expression pangénomique des cellules infectées et non infectées par séquençage de l’ARNm. Nous avons estimé le niveau de contrôle de l’infection par les macrophages à 2, 4 et 24 heures post-infection en évaluant le taux de survie des bactéries. Nous avons observé que les Africains présentent significativement moins de bactéries intracellulaires après 4 et 24 heures que les Européens, suggérant que les Africains contrôlent mieux les infections bactériennes. Nous avons identifié des différences interpopulationnelles dans le niveau de sécrétion des cytokines et dans le niveau d’expression de certains gènes, ce qui suggère que les Africains modulent une réponse inflammatoire plus forte que les Européens. Nous avons démontré que plusieurs de ces gènes ont subi des évènements de sélection positive récents seulement chez les Européens. Notre étude a identifié plusieurs gènes candidats susceptibles d’influencer le cours des infections bactériennes chez les humains. Nos résultats indiquent que les différences dans la progression des maladies infectieuses entre les populations européennes et africaines seraient le résultat de la sélection naturelle.
Previous studies demonstrate that people of African and European ancestry differ in their susceptibility to certain infectious diseases. Differences in infection progression between these populations suggest inter-population variation in the immune response, possibly caused by adaptation to the pathogens of their historical environments. Here, we characterize the immune response of people of African and European ancestry to bacterial infections. Monocyte-derived macrophages from 30 African Americans (Africans) and 31 European Americans (Europeans) were infected with the intracellular pathogens Listeria monocytogenes and Salmonella typhimurium for 4 hours and whole genome gene expression of infected and non-infected cells was measured by RNA-sequencing. Macrophage control of bacterial infection at 2, 4 and 24 hours was assessed by culturing infected cell lysate and counting colony-forming units to approximate bacterial survival rate. We found that macrophages derived from Africans presented fewer intracellular bacteria after 4 and 24 hours than Europeans, suggesting that Africans better control intracellular bacterial infections. Concordant with this observation, we identified inter-population differences in cytokine secretion and gene expression that might explain this pattern of increased infection control in Africans. Interestingly, several of those differences indicate that Africains have a stronger pro-inflammatory response than Europeans. We show that several of these genes appear to have been subject to recent selection in the Europeans population alone. We also identify multiple candidate genes that may affect the course of infection in these populations. Overall, our findings suggest that differences in infectious disease progression observed in Africans and in Europeans may be the outcome of natural selection.

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Simon, Liliana. ""Procalcitonine et protéine C-réactive comme marqueurs des infections bactériennes : une revue systématique et une méta-analyse"". Thèse, 2003. http://hdl.handle.net/1866/14177.

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Tesis sobre el tema "Infections bactériennes et mycoses"

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