Tesis sobre el tema "Infections à Blastocystis – épidémiologie"

Les parasitoses intestinales ont un impact majeur en santé publique en particulier dans les pays en voie de développement où ces infections sont endémiques et restent l'une des principales causes de morbidité et de mortalité dans la population. Les pays de l’Afrique sub-saharienne sont ainsi les plus touchés en lien avec des conditions sanitaires précaires et un système d’assainissement de l’eau de consommation défaillant associés à une pauvreté et une promiscuité favorisant la transmission et l’expansion de ces parasitoses. Pourtant, ces infections restent encore largement sous-estimées dans de nombreux pays africains comme la Guinée. Aussi une première revue a permis d’évaluer la situation vis à vis des maladies tropicales négligées qui représentent une priorité du Ministère de la Santé guinéen. En faisant abstraction des helminthiases, ce panorama ne prenait pas en compte les parasitoses intestinales. Aussi, à travers une revue systématique et une méta-analyse, un bilan de leur prévalence a été dressé en Guinée mais les données concernant l’impact potentiel des protozoaires intestinaux comme Blastocystis sp. et Cryptosporidium spp. étaient quasi inexistantes. De larges enquêtes épidémiologiques de terrain ont alors été menées dans la région de Conakry afin d’obtenir, via l’utilisation de méthodes moléculaires, les premières valeurs de prévalence et données de sous-typage des isolats pour ces deux protozoaires. La prévalence très élevée (78%) observée pour Blastocystis sp.au sein d’une cohorte de 500 individus mettait en avant une circulation très active de ce parasite dans la population guinéenne. De plus, le sous-typage des isolats présents montrait une prédominance très marquée des sous-types (STs) anthroponotiques (ST1-ST4) de Blastocystis sp. en lien avec une large transmission inter-humaine. En parallèle, l’identification d’un nombre significatif d’isolats de ST14 adapté aux bovins suggérait une transmission zoonotique significative. Concernant Cryptosporidium spp., sa prévalence dans un groupe de plus de 800 participants n’était que de 0,12% avec un seul isolat de C. hominis caractérisé. Cependant, cette fréquence était cohérente avec celles déjà rapportées dans certains pays africains en analysant des populations globales et non des groupes de jeunes enfants plus susceptibles à cette infection. En lien avec la fréquence élevée de Blastocystis sp., une première étude en Guinée a été réalisée sur l’impact de la colonisation par ce protozoaire sur le microbiote intestinal. Cette colonisation a un impact significatif sur le microbiote intestinal bactérien, et un impact beaucoup moins prononcé sur le microbiote eucaryotique. Cette étude apportait ainsi une nouvelle preuve de l’impact bénéfique des STs anthroponotiques de Blastocystis sp. sur le microbiote intestinal, la colonisation par le protozoaire étant associée à des effets positifs sur la diversité et la composition bactérienne de cet écosystème. Toutes ces données épidémiologiques seront accessibles pour les autorités sanitaires guinéennes afin de sensibiliser la population à cette problématique de santé publique et mettre en place des mesures de contrôle et de prévention afin de limiter l’impact des parasitoses intestinales
Intestinal parasitic infections have a major impact on public health, particularly in developing countries where these infections are endemic and remain one of the primary causes of morbidity and mortality in the population. Sub-Saharan African countries are the most affected, due to poor sanitation conditions and inadequate drinking water sanitation systems, combined with poverty and crowded living conditions that facilitate the transmission and spread of these parasitic infections. Yet, these infections remain largely underestimated in many African countries, such as Guinea. An initial review helped assess the situation regarding neglected tropical diseases, which are a priority for the Guinean Ministry of Health. However, this overview did not include intestinal parasitic infections, focusing instead on helminthiases. Therefore, a systematic review and meta-analysis were conducted to evaluate the prevalence of these infections in Guinea. However, data on the potential impact of intestinal protozoa like Blastocystis sp. and Cryptosporidium spp. were almost non-existent. Consequently, large-scale field epidemiological surveys were conducted in the Conakry region to obtain, using molecular methods, the first prevalence rates and subtyping data for these two protozoa. A very high prevalence (78%) of Blastocystis sp. was observed in a cohort of 500 individuals, highlighting an active circulation of this parasite within the Guinean population. Additionally, subtyping of the isolates revealed a marked predominance of anthroponotic subtypes (ST1-ST4) of Blastocystis sp., indicative of extensive human-to-human transmission. In parallel, the identification of a significant number of ST14 isolates, which are adapted to cattle, suggested notable zoonotic transmission. Concerning Cryptosporidium spp., its prevalence in a group of over 800 participants was only 0.12%, with a single C. hominis isolate identified. However, this frequency aligns with those reported in other African countries when examining general populations rather than young children, who are more susceptible to this infection. In relation to the high prevalence of Blastocystis sp., the first study in Guinea was conducted on the impact of colonization by this protozoan on the intestinal microbiota. This colonization significantly impacts the bacterial gut microbiota, with a much less pronounced effect on the eukaryotic microbiota. This study thus provided new evidence of the beneficial impact of anthroponotic STs of Blastocystis sp. on the gut microbiota, as colonization by the protozoan was associated with positive effects on the diversity and bacterial composition of this ecosystem. All these epidemiological data will be available to Guinean health authorities to raise public awareness on this public health issue and implement control and prevention measures to limit the impact of intestinal parasitic infections

Les protozooses digestives restent une des premières causes de morbidité, de malnutrition et de mortalité dans le monde. Cependant, la biologie de certains protozoaires entériques comme Blastocystis est mal connue et il reste négligé par les autorités sanitaires. Ce parasite colonise le tractus intestinal de l’Homme et de nombreux animaux. Son principal mode de transmission est la voie oro-fécale et sa prévalence peut dépasser 50% dans les pays en développement. Il présente une large diversité génétique avec 17 sous-types (STs) identifiés à ce jour. Un large faisceau de données récentes suggère que l’infection à Blastocystis est associée à une variété de troubles gastro-intestinaux et de l’urticaire.Dans le cadre de ma thèse, des études épidémiologiques ont été menées dans différents pays (Liban, Sénégal, France) afin de déterminer la prévalence de ce parasite dans la population humaine et identifier des facteurs de risque d’infection. En parallèle, à travers une enquête dans des zoos français, des réservoirs animaux de transmission zoonotique du parasite ont été proposés. D’autre part, les mécanismes impliqués dans la colonisation de l’hôte par Blastocystis ont été étudiés.Dans le cadre des enquêtes épidémiologiques, le parasite a été recherché dans les selles par PCR en temps réel et l’amplicon obtenu séquencé pour le sous-typage. La première étude menée au Liban a montré une prévalence de 19% dans la population générale mais cette prévalence atteint 60% dans une population d’écoliers vivant dans la même région. Une prévalence de 100% a été obtenue dans une cohorte d’enfants sénégalais. Ces fortes prévalences s’expliquent par des conditions d’hygiènes très précaires. Le ST3 était prédominant dans ces deux pays suivi des ST1 et ST2. Dans une étude multicentrique menée en France, une prévalence globale de 18,3% a été obtenue avec une prédominance du ST3 suivi des ST1, ST4 et ST2. Cette distribution est aussi celle observée dans une majorité de pays européens. Dans l’étude française, des variables (voyage récent, âge, saison) ont été identifiés comme des facteurs de risque de transmission du parasite. Le contact avec des animaux peut représenter un autre facteur de risque du fait du potentiel zoonotique du parasite. Dans une large étude épidémiologique réalisée dans deux zoos français sur plus de 160 espèces animales, la prévalence globale de Blastocystis dépasse 30% avec des variations importantes selon les groupes d’animaux. En comparant la distribution des STs entre l’Homme et les différents groupes d’animaux, les primates, les artiodactyles (bovins et cochons) et les oiseaux représenteraient les principaux réservoirs potentiels d’infection pour l’Homme.Une association entre l’infection à Blastocystis et l’appendicite a été mise en évidence chez une enfant au Maroc confirmant la pathogénie et le potentiel invasif et inflammatoire du parasite. De plus, 26 autres membres de sa famille ont présenté des symptômes digestifs suggérant une épidémie de blastocystose d’origine hydrique. L’hypothèse d’une relation entre ST de Blastocystis et pouvoir pathogène a été émise d’où l’intérêt d’une étude de génomique comparative afin d’identifier des facteurs de virulence pouvant être spécifiques d’un ST. A ce jour, aucune différence n’a pu être mise en évidence entre le génome de ST4 séquencé durant ma thèse et celui de ST7 disponible dans les bases de données alors qu’ils présentent une virulence différente in vitro. Enfin, l’impact de la colonisation par Blastocystis sur la composition du microbiote intestinal humain a été évalué. Une approche par séquençage à haut-débit a permis de comparer les compositions des microbiotes de patients infectés ou non par Blastocystis montrant une diversité bactérienne plus élevée chez les patients colonisés par le parasite. Ces données suggèrent que la colonisation par Blastocystis ne serait pas associée à une dysbiose intestinale généralement observée dans les maladies infectieuses intestinales
Digestive protozoan infections are a major cause of morbidity, malnutrition and mortality worldwide. However, the biology of some enteric protozoa as Blastocystis is not well known and these microorganisms remain still neglected by the health authorities. Briefly, this parasite colonizes the intestinal tract of humans and various animals. Its main mode of transmission is the fecal-oral route and its prevalence can exceed 50% in developing countries. It exhibits a large genetic diversity with 17 subtypes (STs) identified to date. Recent data suggest that infection with Blastocystis is associated with a variety of gastrointestinal disorders and urticaria. As part of my thesis, epidemiological studies have been conducted in different countries (Lebanon, Senegal, France) to determine the prevalence of this parasite in the human population and identify risk factors for infection. In parallel, through a survey in French zoos, animal reservoirs of zoonotic transmission of Blastocystis have been proposed. Moreover, mechanisms involved in the colonization of the host by the parasite were studied.As part of, epidemiological, the parasite was identified in faecal samples by real-time PCR and the resulting amplicon was sequenced for subtyping. The first study conducted in Lebanon in the Tripoli area showed a prevalence of 19% in the general population but this prevalence reached 60% in a population of school children living in the same region. A prevalence of 100% was obtained in a cohort of Senegalese children. The high prevalence observed in these countries can be explained by poor hygiene conditions in connection with the faecal peril. In terms of distribution of STs, the ST3 was predominant in both countries followed by ST1 and ST2. In a multicenter study conducted in France, an overall prevalence of 18.3% was obtained with a predominance of ST3, followed by ST1, ST2 and ST4. This distribution is quite similar to that observed in most European countries. In the French study, parasite prevalence was significantly higher in summer than in winter. Other variables such as a recent trip and age have been identified as risk factors for transmission of the parasite. The contact with animals may represent another risk factor because of the zoonotic potential of the parasite. In a large epidemiological study conducted in two French zoos and including over 160 animal species, the overall prevalence of Blastocystis exceeds 30% with significant variations between animal groups. By comparing the distribution of STs between humans and different groups of animals, primates, artiodactyls (cattle and pigs) and birds represent major potential reservoirs of infection for humans.An association between infection with Blastocystis and appendicitis was demonstrated in a child in Morocco confirming the pathogenicity and invasive and inflammatory potential of the parasite. In addition, 26 other family members presented digestive symptoms suggesting waterborne outbreak of blastocystosis. The hypothesis of a relationship between Blastocystis ST and pathogenicity was suggested hence the interest of a comparative genomics study to identify virulence factors that may be present or absent for some STs. No difference was found between the ST4 genome sequenced during my thesis and the ST7 genome available in the database while these STs have different virulence in vitro. Finally, the unknown impact of colonization by Blastocystis on the composition of the human intestinal microbiota was evaluated. The compositions of the bacterial microbiota of 96 patients infected or not by Blastocystis were obtained by high-throughput sequencing and compared. A higher bacterial diversity was found in colonized patients compared to non-infected patients. These data suggest that colonization by Blastocystis would not be associated with dysbiosis generally observed in intestinal infectious diseases but rather to a healthy intestinal microbiota

Blastocystis est un protozoaire anaérobie trouvé dans le tube digestif de l’homme et de nombreux animaux. Il est à ce jour le parasite intestinal le plus fréquemment retrouvé dans les selles humaines. Dix-sept sous-types (ST1 à ST17) ont été décrits en se basant sur la comparaison des séquences du gène de l’ARNr 18S. L’infection à Blastocystis est associée à une variété de troubles gastro-intestinaux et plusieurs études suggèrent une corrélation entre la pathogénicité et le ST du parasite. Trois différents axes de recherche ont été développés. Le premier s’est focalisé sur la prévalence et la biodiversité génétique de ce parasite dans les populations humaines. Des études épidémiologiques ont été menées en France et au Liban mais aussi en Afrique en réalisant la première enquête au Sénégal. Le sous-typage des isolats a été réalisé par PCR en temps réel en ciblant un domaine du gène de l’ARNr 18S suivi d’un séquençage direct du produit de PCR. Au Liban, la prévalence de Blastocystis était de 20% dans la population globale avec une corrélation entre le ST1 et le développement de symptômes gastro-intestinaux. Dans le même pays, cette prévalence dépassait les 60% chez des patients symptomatiques et des écoliers. Au Sénégal, la prévalence observée est la plus importante jamais décrite pour ce parasite puisqu’elle atteignait 100% dans une population d’une centaine d’enfants vivant en milieu rural. Ces données soulignent l’impact socioéconomique de la blastocystose dans les pays en développement où les conditions sanitaires sont souvent précaires. En France, une prévalence importante de 18% a pourtant été observée dans une large étude épidémiologique englobant des patients présentant ou non des symptômes et suivis dans 11 hôpitaux répartis sur tout le territoire français. Le ST3 est prédominant suivi des STs 1, 2 et 4 comme dans une majorité de pays à travers le monde. Le deuxième axe s’est concentré sur l’identification des facteurs de risque de transmission de Blastocystis à l’homme. Le parasite a été recherché dans les selles de vaches et de patients ainsi que dans des échantillons d’eau consommée par l’homme et les animaux dans une région géographique limitée du Nord Liban. 30% des échantillons humains, 69% des échantillons d'eau et 80% des échantillons de bovins étaient positifs pour le parasite. Le ST3 était prédominant dans les échantillons humains et d’eau suivi des ST1, ST2 et ST4. Par contre, ST10 et ST14 étaient prédominants chez les bovins mais ces deux STs n’ont pas été retrouvés dans les autres types d’échantillons. Pour expliquer l'absence des ST10 et ST14 dans ces échantillons, une transmission de ces STs par contact direct entre les bovins et/ou l'absence de formes kystiques transmissibles pour ces STs ont été proposées. Ce parasite a aussi été recherché dans les selles de nombreux groupes d’animaux du zoo de La Palmyre en France. Nous avons montré que près de 40% des selles analysés étaient positives pour Blastocystis et identifié de nouveaux réservoirs d'infections pour l’homme chez les carnivores. La prévalence du parasite atteignait 60% chez les primates chez lesquels les ST1 à ST5 identifiés sont identiques à ceux observés chez l'homme confirmant la faible spécificité d’hôte de ces STs. Dans une autre étude, la prévalence de Blastocystis était de seulement 3,5% dans une population de chiens en France suggérant que cet animal n'est pas un hôte naturel de Blastocystis. Enfin, pour clarifier la pathogénicité de ce parasite, le troisième axe de mes travaux a souligné le caractère invasif de Blastocystis dans un cas de péritonite appendiculaire chez une fillette de 9 ans de retour du Maroc. Seul Blastocystis a été détecté dans les selles, l’appendice, le liquide péritonéal et le sac de Douglas de cette patiente. Une gastro-entérite s’est de plus déclarée simultanément chez 26 membres de la famille de l'enfant suggérant une épidémie qui pourrait trouver son origine dans la consommation commune d’une eau contaminée
Blastocystis sp. is an anaerobic parasitic protozoa found in the digestive tract of humans and numerous animals. To date, it is the most common intestinal parasite found in human feces with worldwide distribution. Seventeen subtypes (ST1-ST17) have been described based on the comparison of SSU rRNA gene sequences. Blastocystis infection is associated with various gastrointestinal disorders and many studies suggest a correlation between Blastocystis STs and pathogenicity. My work was developed on three different topics. The first concerned the prevalence and the genetic biodiversity of the parasite in human populations. Epidemiological studies were conducted in France and Lebanon but also in Africa by performing the first survey of this parasite in Senegal. Subtyping of the isolates was performed by real-time PCR targeting a domain of the SSU rRNA gene followed by direct sequencing of the PCR product. In Lebanon, the prevalence of Blastocystis reached 20% in the general population and we demonstrated a correlation between ST1 infection and the presence of symptoms. In the same country, this prevalence was 60% in schoolchildren and patients presenting gastrointestinal symptoms. Strikingly, the prevalence of Blastocystis in a population of one hundred children living in a rural area reached 100% in Senegal and more than half of the infected children by the parasite presented gastrointestinal disorders. These latter studies highlighted the socioeconomic impact of blastocystosis in developing countries with poor hygiene sanitation. In France, a large-scale molecular epidemiological study was performed including patients presenting or not gastrointestinal symptoms. Stool samples were collected during winter and summer in 11 hospitals spread all over the French territory. We observed a high prevalence of Blastocystis in the french population with an average of 18.2% and the predominance of ST3 followed by ST1, ST4 and ST2 as in numerous countries. We also identified seasonal variations since the average prevalence of the parasite is 13.6% in winter and 23.1% in summer. The second topic focused on the identification of the risk factors of Blastocystis transmission to humans. We searched this parasite in bovid and human stools as well as in drinking water samples consumed by bovids and breeders in a limited geographic area of North-Lebanon. 30% of human samples, 69% of water samples and 80% of bovid samples were positive for the parasite. Interestingly ST3 is predominant in human and water samples followed by ST1, ST2 and ST4. ST10 and ST14 were predominant in bovid but both STs are lacking in human and water samples. To explain the lack of ST10 and ST14 in human and water samples, we suggested a transmission of these STs occurring through direct contact between bovid and / or the absence of transmissible cystic forms of these STs. Furthermore, this parasite was searched in the stools of numerous animal groups in the zoo of La Palmyre in France. We showed that nearly 40% of the analyzed stools were positive for Blastocystis and identified new reservoirs of human infections in carnivores. The prevalence of the parasite reached 60% in primates in which the identified ST1 to ST5 are identical to those observed in humans confirming the limited host specificity of these STs. In another study, we showed that the prevalence of Blastocystis was of only 3.5% in a population of one hundred dogs in France suggesting that this pet is not a natural host of Blastocystis. Finally, to clarify the pathogenicity of this parasite, the third topic highlighted the invasive character of Blastocystis observed in a case of appendicular peritonitis in a 9-year old girl returning from Morocco. Only Blastocystis was detected in stools, appendix, peritoneal liquid and Douglas pouch of the patient. Interestingly, simultaneous gastroenteritis occurred in 26 members of the child’s family suggested an outbreak with contaminated water as probable origin

Blastocystis is an enteric protist and one of the most frequently reported parasitic infections in humans and a variety of animal hosts worldwide. The genus Blastocystis consists of numerous genetically distinct groups, referred to as subtypes (STs). Some STs are highly host specific, while others display moderate or low host specificity. Therefore, the aims of this study were to determine the prevalence amongst various animal hosts (captive, free-ranging and wild), genetic diversity and zoonotic potential of Blastocystis. As polyparasitism is considered to be the norm in wildlife, the final aim of this study was to develop a molecular-based diagnostic method for the simultaneous detection of Blastocystis, Cryptosporidium sp. and Giardia duodenalis in Australian native fauna. These aims were achieved by sampling captive animals and their keepers from the Perth Zoo. Also, animal samples were obtained from other zoos in Australia and Europe. Samples from free-ranging and wild non-human primates (NHPs) and Australian native fauna were also included in this study. All samples were screened for Blastocystis using Polymerase Chain Reaction (PCR), followed by phylogenetic analyses to characterise these isolates in order to determine the genetic diversity and zoonotic potential of isolates within the Blastocystis genus. Blastocystis was detected in 13 species of animals from the Perth Zoo. It was also detected in NHPs from Belgian zoos. All wild and free-ranging NHP and Australian wildlife populations also harboured Blastocystis. This study describes the first reports of Blastocystis in the elephant, giraffe, Javan lutung, quokka, southern hairy nosed wombat and western grey kangaroo. Similarly, 12 Blastocystis STs, including six novel STs (STs 11 – 13 and 18 – 20), were identified in humans and animal hosts sampled as part of this study. Blastocystis STs 1, 2, 18 and 19 were identified in captive NHPs. However, STs 2, 8 and 20 were identified in wild NHPs. Australian native animals at the Perth Zoo harboured STs 1, 12 and 13, whereas free-ranging animals from Karakamia Sanctuary (KS) and wild animals from the Upper Warren Region (UWR) harboured STs 1 – 4 and 7. Captive elephants and giraffes from Australian and European zoos harboured STs 11 and 12, respectively. Higher prevalence of Blastocystis amongst zoo keepers and sequence homology of isolates from zoo keepers and animals at the Perth Zoo provide evidence of the zoonotic potential of Blastocystis. High prevalence amongst zoo keepers may be due to close contact between the animals and the zoo keepers, and other tasks carried out by the zoo keepers, such as cleaning of enclosures. Similarly, some Blastocystis isolates from Australian wildlife were also homologous to human isolates, and it seems that these hosts are natural hosts for the zoonotic ST 4. Other parasites, such as strongyle nematodes and coccidia were detected using microscopy. Various species of Australian wildlife are known to harbour these and other parasites, including zoonotic parasites, such as Cryptosporidium sp. and Giardia duodenalis. As polyparasitism is considered to be the norm in wildlife, a multiplex PCR (mPCR) was developed to detect Blastocystis, Cryptosporidium and Giardia simultaneously from Australian wildlife. This mPCR was evaluated against other diagnostic methods routinely used for the detection of these parasites, such as microscopy and nested PCRs. The multiplex PCR showed comparative and/or greater sensitivity and specificity to routinely utilised nested PCRs. The major advantages of the multiplex PCR are that it is less labour intensive and is cost effective in comparison to the nested PCRs used to amplify each parasite. In conclusion, the host range and genetic diversity of Blastocystis is much greater than previously anticipated. Some STs and/or subgroups of STs appear to be highly host specific, while others display moderate or low host specificity. Also, some STs which have a broad host range may be zoonotic. This study also provides further insight into polyparasitism amongst Australian wildlife.

Ce travail traite de l'évaluation de la prise en charge et de la prévention des gastroentérites nosocomiales en pédiatrie. Après une revue de la littérature qui met l'accent sur les infections à rotavirus, nous rapportons les résultats d'une surveillance épidémiologique réalisée en collaboration avec plus de trente services de pédiatrie du sud-est de la France. Une étude prospective a permis de mieux connaître les aspects cliniques et épidémiologiques des cas de gastroentérite nosocomiale. La surveillance épidémiologique a trouvé un taux moyen d'incidence de gastroentérite nosocomiale de 3,6%, comparable à ceux de la littérature. Parmi les mesures d'hygiène déclarées, deux étaient liées et prédictives des taux d'incidence : la limitation des déplacements du patient et le fait de maintenir la porte de la chambre fermée. La concordance entre les mesures d'hygiène déclarées lors de la surveillance épidémiologique et celles observées lors d'un audit pour la prise en charge d'une diarrhée a été analysée. L'audit confirmait la bonne observance déclarée du lavage des mains, alors que l'utilisation des solutions hydro-alcooliques et le port de gants étaient insuffisants. A titre prospectif, nous avons élaboré un modèle mathématique de la transmission de l'infection à rotavirus en milieu hospitalier dont les principaux paramètres sont liés au contact entre l'enfant et les soignants d'une part et à la proportion d'enfants infectés présentant une diarrhée dans le service d'autre part. Ce travail trace de nouvelles perspectives de lutte contre la transmission de l'infection à travers l'incitation à développer des surveillances épidémiologiques et des audits

A l’issue des recommandations françaises de prise en charge des infections urinaires (IU) de l’adulte publiées en 2008, des pistes de recherche furent identifiées. Ce mémoire collige différentes séries cliniques visant à préciser des spécificités selon le terrain. Chez l’homme, une série rétrospective de 371 IU hospitalisées dans 8 services de 2 CHU mettait en évidence une hétérogénéité des critères diagnostiques et des prises en charge selon le service. L’épidémiologie microbienne différait des IU de la femme par une plus grande diversité, à l’origine d’antibiothérapies probabilistes souvent inadaptées. Le taux de succès microbiologique (76%) était bien meilleur que le taux de succès clinique (25%), témoignant d’uropathies sous-jacentes authentifiées près d’une fois sur deux. Deux études nichées furent issues de cette série. L’une démontrait que les performances diagnostiques de la recherche de leucocytes et de nitrites par bandelette urinaire étaient inverses chez l’homme (VPP≈ 90%, VPN≈50%) de ce qui est décrit au cours des cystites aiguës de la femme. L’autre retrouvait une contribution des hémocultures au diagnostic microbiologique chez 5% des patients, trois fois supérieure au taux observé au cours des pyélonéphrites aiguës (PNA) de la femme. Ces travaux incitent à reconnaître l’existence de présentations cliniques variables des IU masculines, non limitées à la seule « prostatite », et à progresser vers une démarche diagnostique spécifique, distincte des IU de la femme. Chez la femme, deux études ont exploré les spécificités de l’épidémiologie microbienne et de l’antibiorésistance selon le cadre nosologique. Dans une analyse prospective de 347 cystites aiguës simples traitées en médecine générale, les taux de résistance à l’ensemble des antibiotiques testés étaient très faibles, inférieurs aux données globales des observatoires. La bandelette urinaire aidait à limiter les traitements, mais ne permettait pas de l’orienter. Une analyse rétrospective de 158 PNA hospitalisées permettait de mettre en évidence une forte corrélation entre le nombre de facteurs de risques (FDR) de complication et le taux de résistance aux fluoroquinolones : de 6% pour les PNA simples à 25% pour les PNA avec au moins 3 FDR. Dans un contexte global d’augmentation de la résistance aux antibiotiques, ces deux études permettaient d’individualiser des groupes spécifiques de patients ne justifiant pas d’une escalade dans l’antibiothérapie probabiliste, et incitaient à une analyse des données des observatoires très orientée par le cadre nosologique. Répartis sur plusieurs années, ces travaux ont été confirmés par d’autres études, françaises ou étrangères, et viennent d’être intégrés dans l’actualisation des recommandations françaises de prise en charge des IU communautaires.

Les marqueurs phénotypiques et génotypiques permettent une meilleure caractérisation épidémiologique des bacilles à Gram négatif non fermentants. Nous avons prouvé lors d'une épidémie d'infections nosocomiales à Burkholderia cepacia en réanimation que l'origine de la contamination des patients était liée à la persistance de cette bactérie au niveau des sondes thermiques des respirateurs. Ces méthodes permettent une meilleure connaissance des voies de transmission croisée des bactéries comme nous l'avons montré chez les patients atteints de pneumopathies nosocomiales à Pseudomonas aeruginosa en réanimation avec une part exogène pouvant atteindre ¼ des cas. A partir des souches de P aeruginosa provenant d'une cohorte de patients présentant une bactériémie, nous avons également étudié la présence des gènes exoU et exoS, leur sécrétion d'exo-enzymes et cytotoxicité. Une association entre le gène exoU et les sérotypes O : 1, O : 10 et O : 11 a été mise en évidence, évoquant une même origine ancestrale.

Le diagnostic des infections profondes à Candida sp. Est difficile, car les hémocultures ne sont positives que dans 40 à 60% des cas. La sensibilité d'autres méthodes diagnostiques comme l'antigénémie mannane (Mn), les IgM, les anticorps totaux anti-Candida, la procalcitonine et la PCR sérique ont été évaluées. Mn et les IgM ont une spécificité de 100% et détectent les patients infectés mais manquent de sensibilité. Mn pourrait être plus sensible que la PCR sérique, mais ces résultats méritent d'être confirmés. La procalcitonine >0,75 ng/ml différencie les infections fongiques et bactériennes des infections virales. Durant l'étude conduite durant deux ans en réanimation à l'hôpital de Versailles, l'index de colonisation (IC), défini comme le ratio des sites colonisés à Candida sp. / sites prélevés, et les tests sérologiques précédemment décrit ont été réalisés. Seul IC a une sensibilité de 100% chez les patients chirurgicaux. Ensuite l'épidémiologie de C. Albicans a été explorée chez ces patients en utilisant 3 marqueurs microsatellites et nous avons comparé les résultats obtenus avec une étude préalablement réalisée à l'hôpital de Créteil. Si la distribution des génotypes avait été différente, ceci aurait pu être lié au fait qu'une transmission nosocomiale avait eu lieu ou que les populations de patients étaient différentes. Les patients sont porteurs du même isolat au cours du temps et quelque soit le site. Ceci confirme le fait qu'il n'y a pas eu d'infection croisée. Si certains génotypes sont plus fréquents, cela est lié au caractère clonal de C. Albicans. Les populations des 2 hôpitaux sont similaires selon 3 tests statistiques : " genic differentiation ", " genotypic differentiation " et l'analyse factorielle des correspondances. Pour étudier l'épidémiologie de C. Glabrata, deuxième espèce impliquée en réanimation, 3 marqueurs microsatellites
The diagnosis of deep-seated Candida infections is difficult because bloodstream cultures are often negative. The sensitivity of other diagnostic methods such as mannan (Mn) antigenemia, IgM, total anti-Candida antibodies, procalcitonin and PCR were evaluated. Mn and IgM have a specificity of 100% and detect infected patients but lack sensitivity. Mn would be more sensitive than the serum PCR, but these results warrant confirmation. Procalcitonin >0,75 ng/ml differentiate fungal and bacterial infections from viral ones. During a 2-year study of the patients of the intensive care unit of the Versailles hospital, index of colonization (IC), defined as the ratio of Candida sp. Colonized anatomical sites / tested sites, and the serological tests mentioned above were performed. Only IC had a 100% sensitivity in surgical patients. Then, we explored the epidemiology of C. Albicans among these patients using 3 polymorphic microsatellite markers and we compared the results with a study already performed at Créteil hospital. If the C. Albicans genotype's distribution had been different, that could have resulted from a nosocomial transmission or to the fact that the populations of patients were different. The patients harboured their own isolate whatever the anatomical site sampled and kept it over the study period. This confirms that there was no crossed transmission. Some genotypes were more frequent due to the fact that C. Albicans is clonal. The populations of the 2 hospitals are similar using 3 statistical tests : " genic differentiation ", " genotypic differentiation " and factorial correspondence analysis. To study the epidemiology of C. Glabrata, the second leading yeast species in intensive care units, three polymorphic microsatellite markers were characterized

Le genre Bartonella comprend actuellement une trentaine d’espèces validées. Ces espèces regroupent B. Bacilliformis, les espèces anciennement classées dans les genres Rochalimaea et Grahamella , et de nombreuses espèces caractérisées récemment. Sur le plan phylogénique, le genre Bartonella est classé dans le groupe alpha des Proteobacteria, proche des genres Brucella, Afipia, Agrobacterium et Rhizobium, mais plus éloigné du genre Rickettsia. Les bactéries du genre Bartonella sont considérées comme des microorganismes intracellulaires facultatifs. In vivo, B. Bacilliformis et B. Quintana peuvent être observées dans les érythrocytes de patients bactériémiques et B. Henselae, B. Clarridgeiae, B. Koehlerae peuvent être isolées et détectées dans le sang et les globules rouges de chats bactériémiques. Ces bactéries possèdent également un tropisme pour les cellules endothéliales, qui semble corrélé à leur capacité à induire des lésions angioprolifératives (verruga peruana pour B. Bacilliformis, et angiomatose bacillaire pour B. Henselae et B. Quintana). Les Bartonelloses sont des maladies qui touchent les hommes et les mammifères et qui sont habituellement transmises par des arthropodes (poux, puces) à partir d’un réservoir qui peut être humain ou animal. Chaque espèce de Bartonella est adaptée à un hôte spécifique à partir duquel la transmission peut avoir lieu. La première partie de notre travail concerne une revue exhaustive de la littérature sur les bactéries du genre Bartonella en Asie et en Australie (Article 1). Les objectifs de la deuxième partie de ce travail ont été i) d’identifier et d’évaluer la sensibilité aux antibiotiques de souches de B. Bovis isolées à partir d’échantillons d’animaux provenant de Guyane Française (Article 2), ii) de détecter, d’identifier et de caractériser au niveau moléculaire une nouvelle espèce de Bartonella, « Candidatus Bartonella thailandensis », à partir d’échantillons de sang de rongeurs prélevés en Thaïlande (Article 3), iii) d’identifier par électrophorèse bidimensionnelle couplée au MALDI-TOF les protéines immunodominantes utiles au diagnostic des infections à B. Henselae (Article 4) et iv) de séquencer entièrement et d’étudier un plasmide conjugatif contenant des gènes codant pour un appareil de sécrétion de type IV détecté dans une souche de B. Rattaustraliani en montrant notamment pour la première fois une évidence de conjugaison entre des bactéries intracellulaires au sein de l’amibe Acanthamoeba polyphaga (Article 5)
The genus Bartonella now comprises more than 20 validated species worldwide. Phylogenetically the genus Bartonella is classified in the alpha subgroup of Proteobacteria, closely related to the genus Brucella, Afipia, Agrobacterium, and Rhizobium. Bacteria of the genus Bartonella are facultative intracellular bacteria. In vivo, B. Bacilliformis and B. Quintana may be observed in human red blood cells whereas B. Henselae, B. Clarridgeiae, and B. Koehlerae may be seen erythrocytes of bacteremic cats. Moreover, these bacteria had a remarkable tropism for endothelial cells, leading to angioproliferative lesions (verruga peruana for B. Bacilliformis and bacillary angiomatosis for B. Henselae and B. Quintana). Bartonellosis may affect humans and mammals and are usually transmitted by arthropods (body lice and fleas) from a human or an animal reservoir. Each Bartonella species is well adapted to a specific host from which incidental transmission may occur. The first part of our thesis is an exhaustive review of Bartonellosis that have reported and described in Asia and Australia (Article 1). The specific aims of the second part of this work were: i) to identify and to evaluate antibiotic susceptibility of B. Bovis strains isolated from animals from French Guyana, South America (Article 2); ii) to detect, identify and characterize a new Bartonella species i. E. “Candidatus Bartonella thailandensis” isolated from blood of rodents from Thailand (Article 3); iii) to identify immunodominant proteins using bidimensional gel electrophoresis coupled to MALDI-TOF useful for diagnosis of B. Henselae infections (Article 4); and iv) to sequence and study a conjugative plasmid containing encoding genes for a type IV secretion system detected in a strain of B. Rattaustraliani and showing for the first time a biological evidence of conjugation between intracellular bacteria within amoeba Acanthamoeba polyphaga (Article 5)

Objectifs : Estimer la prévalence du VIH, ainsi que ses associations avec les facteurs de risque potentiel d’infection, les tendances de 2001 à 2007 de ces indicateurs et décrire les profils de vulnérabilité chez les travailleuses du sexe (TS) et leurs clients potentiels (camionneurs, militaires et miniers) à l’échelle de la Guinée. Méthode : 339 TS et 954 clients potentiels en 2001, 598 et 3401 respectivement en 2007, ont été interviewés puis dépistés pour le VIH, sur l’ensemble du territoire national selon un protocole semblable. Les analyses multivariées ont été faites par la régression log-binomiale. Résultats : Parmi les TS, la prévalence du VIH est passée de 40,7% en 2001 à 34,5% en 2007 (p=0,15). Elle était associée à l’analphabétisme [(rapport de proportion noté RP)=1,41 ; p=0,02 en 2001 et RP = 1,28 ; p = 0,03 en 2007)] et aux antécédents d’infection sexuellement transmissibles (IST) {RP= 1,89 ; p=0,001 en 2001}. Parmi les clients potentiels, les prévalences du VIH étaient de 4,5% chez les miniers et de 7,0% chez les camionneurs en 2001 tandis qu’elles étaient de 5,2% chez les militaires et de 6,4% chez les miniers en 2007. Ces prévalences étaient positivement associées dans au moins un sous groupe ou une enquête aux antécédents d’IST, à la consommation d’alcool, à la déclaration de partenaires sexuelles payantes et négativement, à l’abstinence sexuelle en situation de risque. Les indicateurs de tendance analysés n’étaient ensemble favorables au contrôle de l’épidémie que seulement chez les TS. Conclusion : Le VIH était fortement concentré parmi les TS et dans une moindre proportion parmi leurs clients potentiels. Les plus infectées par le virus étaient les TS analphabètes ainsi que leurs clients potentiels consommateurs d’alcool ou qui avaient des antécédents d’IST. La prévention ciblée doit être renforcée parmi les sous groupes à plus haut risque, conformément à la stratégie recommandée dans les épidémies concentrées.
Objectives: To estimate HIV prevalence, its associations with potential risk factors, and trends from 2001 to 2007, and to describe vulnerability among commercial sex-workers (CSWs) as well as among their potential clients who were truck-drivers, military army and miners from all over the country of Guinea, West Africa. Methods: 339 CSWs and 954 potential clients in 2001, 598 and 3401 respectively in 2007 were interviewed then tested for HIV over all the country. Data were analysed by multivariate log-binomial regression. Results: Among CSWs, HIV prevalence (40.7% in 2001 and 34.5% in 2007; p=0.15) was associated with illiteracy [(Prevalence Ratio noted PR)=1.41; p=0.02 in 2001 and PR=1.28; p=0.03 in 2007) and with sexually transmitted diseases [ (STDs); PR=1.89; p=0.001 in 2001]. HIV prevalence among potential clients (varying from 4.5% to 7.0% in 2001 and from 5.2% to 6.4% in 2007) was positively associated once at least, with sexually transmitted diseases (STDs), alcohol consumption, declaring paying sexual partners and negatively, with reported capacity of restraining from risky sexual intercourse. Trends of indicators analysed were together not favourable for controlling epidemic with the exception of those observed among among CSWs. Conclusion: HIV prevalence was very high and strongly concentrated among CSWs and their potential clients, relatively to data obtained observed in the general population of Guinea. Sexually active networks were also observed, as well as more vulnerable sub-groups among illiterate CSWs and among potential clients who were alcohol consumers, or who declared STD symptoms. Reinforcement of prevention targeting specific sub-groups is needed.

Les @entérovirus (Picornaviridae) sont des agents infectieux communs divisés en 5 espèces (Poliovirus et Entérovirus humains A à D) qui regroupent actuellement 89 sérotypes. Ces virus à ARN positif simple brin, sont responsables de syndromes infectieux variés incluant des infections des voies respiratoires hautes ou basses chez l'adulte ou l’enfant. Actuellement l’importance épidémiologique, les caractéristiques cliniques ainsi que les mécanismes physiopathologiques des infections respiratoires par les entérovirus restent à préciser. La première partie de notre travail a eu pour objectif d’évaluer le rôle étiologique potentiel des picornavirus à tropisme respiratoire chez 192 enfants âgés de moins de 36 mois et hospitalisés pour bronchiolite. Un agent viral a été identifié chez 138 (72. 5%) des 192 enfants étudiés. Les virus les plus fréquemment détectés étaient respectivement le Virus Respiratoire Syncytial (VRS) (30%), les Rhinovirus (RVH) (21%), les entérovirus (EV) (9%), et les Métapneumovirus humains (MPVh) (4%). Les RVH et les EV sont apparus comme étant la seule cause de l'infection virale de l’arbre respiratoire dans 57 (30%) des 192 jeunes enfants, tandis qu’une co-infection avec du RVH ou du EV a été détectée dans 25 (13%) des 192 jeunes enfants (30 vs. 13%, P<10-3). Ces données suggèrent que les picornavirus (RVH et EV) à tropisme respiratoire seraient l'une des principales causes virales de bronchiolite en France. Dans une seconde étude, nous avons analysé 252 cas d’infections pédiatriques à EV diagnostiqués chez 11509 enfants. Les souches d’EV ont été isolées dans des échantillons naso-pharyngés grâce à la culture virale, et identifiées par séroneutralisation. Les syndromes respiratoires (79 (31%) des 252 infections à EV) associés à une infection par un EV sont apparus comme étant la deuxième plus fréquente pathologie pédiatrique après la méningite (111 (44%) des 252 cas) (44 vs 31%, p <10-3). Les EVs ont contribué aux infections respiratoires bases dans 54 % des 79 cas d’infection à EV. La bronchiolite a été la pathologie la plus souvent diagnostiquée dans les infections respiratoires à EV (34 (43%) des 79 cas, p <10-3), survenant le plus souvent chez les enfants âgés de 1-12 mois (P = 0. 0002). Les echovirus 11, 6 et 13 ont été les souches les plus fréquemment identifiées dans les infections respiratoires (24, 13 et 11%, respectivement). L’analyse phylogénétique du gène codant pour la protéine de capside VP1 a révélé la circulation concomitante ou successive de souches distinctes EV à tropisme respiratoire au cours du même mois ou de la période épidémique. Ces résultats indiquent que les infections des voies respiratoires représentent 30% des cas des infections pédiatriques à entérovirus. De plus, la circulation concomitante ou successives de souches génétiquement distinctes d’EV indique la possibilité d’infections respiratoires répétées au sein de la même saison épidémique, et suggère la possibilité de mécanismes de recombinaison génétique entre des souches d’EV d’espèces A ou B. Afin d’identifier les mécanismes qui peuvent réguler le développement de l’inflammation des muqueuses respiratoires au cours de l’infection des voies aériennes basses par les EVs, nous avons étudié les profils et les niveaux de production de « CC et CXC chimiokines » de cellules épithéliales pulmonaires humaines primaires (SAEC), infectées par deux souches sauvages d’EV à tropisme respiratoire. L’exposition des SAEC à l'interféron gamma (INF-γ) et aux virus sauvages de type Coxsackie B5 ou ECHO 30 induit une augmentation significative de la production de RANTES qui est synergique par rapport celle obtenue par l’infection virale ou par l’INF-γ seul. Nous avons observé que l'infection réplicative des entérovirus dans les SAEC induisait une augmentation dose et temps-dépendante des ARNm, et des protéines RANTES, MCP-1 et l'IL-8. La sécrétion de ces chimiokines est significativement augmenté à 48 ou 72 heures suivant l’infection dans les cultures traitées par de faibles doses d’INF-γ, et ceci comparativement aux cellules non infectées (P <0,001). Les chimiokines produites par les SAEC en réponse à l’infection virale ont montrés une forte activité chimiotactique pour les éosinophiles humains du sang périphérique. En outre, nous avons observé une infection productive par les entérovirus à tropisme respiratoire dans les éosinophiles. Ceux-ci ont spécifiquement sécrété des niveaux significatifs de RANTES et MCP-1,et ceci 24 heures après l'infection. Par conséquent, le processus inflammatoire induit par les entérovirus semble être déclenché par l'infection de cellules épithéliales, et amplifié par des mécanismes déclenchés par l’INF-γ ainsi que par la sécrétion de chimiokines par les éosinophiles recrutés dans la lumière bronchique. En conclusion, nos travaux indiquent que les EVs sont une cause fréquente d'infection des voies respiratoires chez les enfants, et qu’ils sont capables d’induire au cours de l’infection des cellules de l'épithélium bronchique, une sécrétion spécifique de chimiokines de type RANTES, MCP-1 et IL-8. Ces résultats suggèrent l’importance du rôle des entérovirus dans le développement de pathologies respiratoires chez les enfants immunocompétents
Enteroviruses (EV) (Picornaviridae) are among the most common viruses infecting human beings worldwide. These viral agents are associated with a wide range of human pathologies, including upper respiratory but also lower respiratory tract infections resulting in bronchitis, pneumonia or bronchiolitis in adults or in infants. In the first study, we assessed the potential role of the respiratory picornaviruses as causative agents of bronchiolitis in 192 infants ≤36 months of age and hospitalized for acute bronchiolitis. The detection of common respiratory viruses (respiratory syncytial virus, influenza virus A and B, parainfluenza virus I, II, III, and adenovirus) was performed using classical immunofluorescence antigens and cell culture detection assays in nasopharyngeal aspirates whereas the detection of human metapneumovirus (HMPV) rhinoviruses and enteroviruses was performed by molecular techniques. A potential causative virus was detected in 72. 5 % of the 192 study infants. RSV (30%), rhinovirus (21%), enterovirus (9%), influenza virus A (6%) and human metapneumovirus (4%) were the most frequent causative agents detected. Rhinoviruses or enteroviruses were detected as the only evidence of respiratory viral tract infection in 57 (30%) of 192 infants, whereas rhinovirus or enterovirus occurred in mixed viral infection detected in 25 (13%) of 192 study cases (30 vs. 13%, p<10-3). Our data suggest that respiratory picornaviruses are one of the leading etiological causes of bronchiolitis in French infants. In the second part our investigations, we analysed 252 EV-related infection cases (median age, 5. 1 years) diagnosed among 11,509 consecutive children visiting emergency departments within a 7-year period in the North of France. EV strains were isolated from nasopharyngeal samples by viral cell culture, identified by seroneutralization assay and genetically compared by partial amplification and sequencing of the VP1 gene. The respiratory syndromes (79 (31%) of 252 EV infections) appeared as the second more frequent EV induced pediatric pathologies after meningitis (111 (44%) of 252 cases) (44 vs. 31%, P<10-3), contributing to lower respiratory tract infection (LRTI) in 43 (54%) of 79 EV respiratory infection cases. Bronchiolitis was the most frequent EV induced LRTI (34 (43%) of 79 cases, P<10-3) occurring more often in infants aged 1-12 months (P=0. 0002) with spring-fall seasonality. Viruses ECHO 11, 6 and 13 were the more frequently identified respiratory strains (24, 13 and 11%, respectively). The VP1 gene phylogenetic analysis showed the concomitant or successive circulation of genetically distinct EV respiratory strains (species A or B) during the same month or annual epidemic period. Our findings indicated that respiratory tract infections accounted for appreciatively 30% of EV-induced paediatric pathologies, contributing to LRTIs in 54% of these cases. Moreover, the concomitant or successive circulation of genetically distinct EV strains indicated the possibility of paediatric repeated respiratory infections within the same epidemic season. To identify the mechanisms that can regulate the development of airway mucosa inflammation during EV respiratory lower tract infection, we investigated the production of chemokines by EV-infected bronchial epithelial cells. Cultures of primary human small airway epithelial cell (SAEC) were infected by wild-type respiratory EV strains, demonstrating a replicative and productive infection by Coxsackievirus B5 and Echovirus 30 strains. Exposure of SAEC to gamma interferon (INF-γ), in combination with Coxsackievirus B5 and Echovirus 30 infection, induced a significant increase in RANTES production that was synergistic with respect to that obtained by EV-infection or INF-γ treatment alone. We observed that the replicative infection of the SAEC by Coxsackievirus B5 and Echovirus 30 wild-type viruses induced dose and time-dependent increases in mRNA and protein secretion for RANTES, MCP-1 and IL-8. The protein secretion of these chemokines appeared to be significantly increased at 48 or 72 hours post-infection in cultures treated by low-doses of INF-γ comparatively to mock-infected cells (P<0. 001), and was correlated to the viral replication activity. SAEC-derived chemokines exhibited a strong chemotactic activity for normal human blood eosinophils. Furthermore, we observed an EV productive infection in eosinophils, which specifically released significant levels of RANTES and MCP-1, 24 hours post-infection. Therefore, the inflammatory process in EV-induced bronchiolitis appears to be triggered by the infection of epithelial cells and further amplified via mechanisms driven by INF-γ and by the secretion of eosinophil chemokines. Altogether, our findings suggest that EVs are a common cause of respiratory tract infections in paediatric patients, where they can induce the release of chemokines by bronchial epithelial cells, which may significantly contribute to the various histologic and inflammatory features of EV-induced airway disease

L'encéphalite japonaise est une maladie croissante en Asie du Sud-Est et dans les pays du Pacifique occidental puisqu'elle s'étend aujourd'hui à l'Australie et à la Russie. Elle est actuellement la première cause d'encéphalite virale en Asie et se rencontre surtout en zone rurale. Cette maladie est provoquée par un virus de la famille des Flavivirus. Elle est véhiculée par une piqûre de moustique de la famille des Culex. Les porcs et les oiseaux aquatiques ont un rôle de réservoirs dans la transmission de la maladie et seule leur augmentation explique la transmission à l'homme, puisqu'e celui-ci est un hôte accidentel. L'encéphalite japonaise est une maladie souvent bénigne mais peut cependant être fatale et laisser d'importantes séquelles chez les survivants. Les personnes les plus touchées sont les enfants et les personnes âgées ou immunodéficientes. Actuellement, aucun médicament efficace n'existe, mais la vaccination et une protection mécanique permettenet d'empêcher la maladie. De nouveaux vaccins sont en cours de recherche et la terminologie du "Chimerivax" va apporter dans peu de temps une vaccination à immunisation rapide et aussi efficace que celle utilisée contre le virus de la fièvre jaune. De plus, un accord entre professionnels pharmaceutiques et instituts de recherches donne l'espoir de la fabrication d'un traitement curatif.

Le développement concomitant de la toxicomanie et de la précarité sanitaire et sociale au sein des sociétés occidentales a contribué à l'inflation majeure de la population carcérale dans tous les pays européens. Dans ce contexte, l'infection à VIH et les hépatites virales, ont placé les décideurs publics et les acteurs de terrain devant un véritable défi de santé publique. Ce travail fait état de l'expérience acquise au fil de plusieurs études épidémiologiques réalisées dans des prisons françaises et européennes. Le recours à des méthodologies fondées sur l'auto-administration de questionnaires strictement anonymes auprès des détenus et leur couplage à des tests salivaires, démontre la faisabilité d'un système de surveillance épidémiologique européen s'intéressant à la prévalence des maladies transmissibles comme aux comportements et aux connaissances des détenus face à ces maladies. Les modèles d'analyses statistiques réalisés ont permis en premier lieu d'identifier une série de facteurs liés à la prévalence du VIH et de l'hépatite C, ainsi qu'à certains comportements à risque. Ce travail traite également de la question des non-réponses, du recours à des plans de sondage complexes, ainsi que du choix et de la construction de modèles statistiques dans le champ de l'épidémiologie socio-comportementale. Les résultats des enquêtes réalisées démontrent la rémanence des pratiques à risque au sein du milieu carcéral et soulignent la nécessité de politiques de réductions de risques ciblées et audacieuses. L'approche transversale ne permettant pas de démontrer la survenue de séroconversions au cours de la détention, il est aujourd'hui nécessaire de quantifier ce risque au moyen d'études prospectives de grande ampleur. Si ce travail s'est principalement intéressé aux établissements des pays européens, il est nécessaire de reproduire ces études dans des pays où la prévalence de ces maladies est élevée et où les conditions de détention sont encore plus précaires
The concomitant development of drug addictions, and health and social poverty in developed countries has contributed to the dramatic increase in imprisoned population in European countries. In this context, HIV infectionand viral hepatitis made the decision-makers and professionals facing a major public health challenge. Here is reported the experience gathered in several epidemiological studies carried out in French and European prisons. The utilisation of methodologies based upon salivary tests and risk elicitation from anonymous and self-administered questionnaires among inmates demonstrated the feasibility of a European epidemiological surveillance system in prisons, both for the prevalence of communicable diseases and related risk behaviour, together with the knowledge of routes of contamination. The statistical models performed with these data identified a set of factors related to HIV infection and viral hepatitis, and to risk behaviour as well. This work also deals with the issue of non-answers, the utilisation of complex sampling methods, and the choice and construction of statistical models in socio-behavioral epidemiology. The results of these surveys showed the persistence of risk behaviour during incarceration, and plead for targeted and innovative risk reduction policies. The cross-sectional design did not allow to quantify the risk of contamination during incarceration. Now we strongly need sizeable prospective studies. It is also urgent to implement as soon as possible epidemiological surveillance systems in prisons of developing countries where HIV and viral hepatitis are highly prevalent in the community, and life conditions in prisons are more precarious than in European prisons

Avec l'éradication prochaine de la poliomyélite et la ré-émergence récente de l'entérovirus 71 responsable de complications neurologiques sévères, l'implication des entérovirus non poliomyélitiques dans les infections du système nerveux central reste d'actualité. Ces virus se caractérisent par une grande diversité génétique par mutations ponctuelles et recombinaison à l'origine de virus variants aux propriétés épidémiques et pathogènes imprévisibles. L'objectif principal de cette thèse était de développer un corpus méthodologique pour réaliser prospectivement le diagnostic et l'identification des entérovirus responsables d'infections neuro-méningées et déterminer les variations génétiques associées à l'émergence des variants épidémiques. Grâce à la méthodologie développée (RT-PCR en temps réel), un diagnostic rapide des méningites améliore la prise en charge des patients en diminuant la durée d'hospitalisation. Réalisé directement dans le liquide céphalo-rachidien, le génotypage identifie l'entérovirus en 2 à 5 jours, délai compatible pour répondre rapidement à une alerte des services sanitaires. Le génotypage multi-locus, réalisé par analyse phylogénétique comparative de trois segments génomiques, précise la caractérisation des souches et suggère l'implication de la recombinaison génétique dans l'évolution de l'echovirus 30 et dans l'émergence continue des variants responsables d'épidémies de méningites.

La diffusion récente et mondiale des entérobactéries multirésistantes et notamment celles qui produisent des béta-lactamases à spectre élargi (BLSE) a compromis l'efficacité des antibiotiques utilisés dans les infections qu'elles causent. Le microbiote intestinal joue un rôle central dans ce phénomène en étant le réservoir des entérobactéries chez l'Homme. Pourtant, la caractérisation de ce portage reste parcellaire sur de nombreux points, ce qui empêche d'en prendre en compte ses caractéristiques pour le soin des patients. C'est pourquoi nous avons tenté dans ce travail d'enrichir les connaissances autour des différentes phases du portage digestif d'entérobactéries multirésistantes (pré-colonisation, colonisation et post-colonisation). Nous nous sommes tout d'abord intéressés à la phase qui précède la colonisation en cherchant à caractériser les déterminants menant au portage d'entérobactéries productrices de BLSE. Nous avons pu observer que ces bactéries diffusaient dans des zones géographiques isolées, et que la prédiction de leur portage digestif à l'entrée à l'hôpital en France était difficile à partir des données disponibles à ce moment. En ce qui concerne la colonisation elle-même, nous avons développé un nouveau marqueur quantitatif du portage d'çntérobactéries résistantes : l'abondance relative (soit le ratio entre la densité intestinale des entérobactéries résistantes sur celle des entérobactéries totales). Nous avons étudié l'évolution de ce marqueur lors d'un traitement par lévofloxacine, un antibiotique largement utilisé dans les infections urinaires. Toujours pour mieux caractériser la colonisation elle-même, nous avons développé une méthode microbiologique de détection des entérobactéries productrices de la carbapénémase OXA-48 après sa découverte incidentelle chez une patiente ne présentant pas de facteurs de risque habituels pour le portage de telles bactéries. Enfin, nous avons étudié la phase post-colonisation (i) en établissant pour la première fois le lien entre abondance relative dans les selles des Escherichia coli producteurs de BLSE et le risque d'infection urinaire à ces bactéries, et (ii) en objectivant le transfert In vivo d'une carbapénémase KPC d'une Klebsiella pneumoniae acquise en Grèce vers une K. Pneumoniae commensale. En conclusion, nos travaux autour du portage digestif d'entérobactéries multirésistantes ont montré le rôle central du microbiote intestinal et ont ouvert des perspectives innovantes et concrètes dans le contrôle de ces bactéries
The recent widespread of multidrug-resistant enterobacteria, especially those producing extended-spectrum beta-lactamases (ESBL), has jeopardized the efficacy of currently advised treatments of the infections they cause. The intestinal microbiota might play a key role in this phenomenon as being the main reservoir for enterobacteria. Still, data about intestinal carriage of multidrug-resistant enterobacteria remain scarce for some aspects that could benefit to the patients. In the present work, we aimed to add knowledge to the different phases of the intestinal carriage of multidrug-resistant enterobacteria (pre-colonization, colonization and post-colonization). We first focused on the pre-colonization phase and studied the determinants that lead to the intestinal carriage of multidrug-resistant enterobacteria. We found that such bacteria had spread even in extremely remote places, and that at hospital admission, the prediction of their digestive carriage was poorly effective based on the clinical data available at that time. About colonization itself, we worked on the quantitative dimension of the carriage of ESBL-producing enterobacteria and introduced a new marker: the relative abundance i. E. The ratio between the intestinal densities of ESBL-producing enterobacteria and that of total enterobacteria. We observed the evolution of this marker after a short exposure to levofloxacin, a widely-prescribed fluoroquinolone. Furthermore about thé colonization phase, we developed a microbiological method to recover enterobacteria producing the OXA-48 carbapénémase, subsequently to its incidental detection in a patient with no obvious risk factors for carriage of such bacteria. Eventually, we studied the post-colonization phase (i) in establishing for the first time the link between the relative abundance of ESBL-producing enterobacteria and their occurrence in urinary-tract infections in women, and (ii) in observing the in vivo transfer of the KPC carbapenemase from a Greece-acquired strain of Klebsiella pneumoniae to a commensal K. Pneumoniae. In conclusion, our results highlighted the central role played by the intestinal microbiota and opened new, concrete perspectives of the management of multidrug-resistant enterobacteria

Clostridium difficile est responsable de 15 à 25% des cas de diarrhées post-antibiotiques (ATB) et de plus de 95% des cas de colite pseudomembraneuse. Depuis 2003 et suite à l'émergence du clone 027, les ICD sont devenues plus fréquentes et plus sévères. Compte tenu des conséquences, il a été décidé d'explorer en détail et prospectivement cette maladie au Groupement Hospitalier Edouard Herriot L'inclusion des patients a débuté fin février 2011 et devrait s'arrêter fin février 2014. Dans une méta-analyse, nous avons montré que l'ICD communautaire est associée à l'exposition aux mêmes ATB qu'une ICD nosocomiale. Une analyse de la littérature, en utilisant la grille ORION comme outil, nous a permis de synthétiser les connaissances sur la prévention et le contrôle d'ICD en milieu hospitalier. Par la suite sur la base d'une étude rétrospective, le sexe, la CRP et l'exposition aux fluoroquinolones ont été identifiés comme associés à une ICD sévère chez les patients hospitalisés en réanimation. Entre 2011 et 2013, 430 patients ont été inclus dans notre cohorte. L'analyse des données de la prise en charge thérapeutique de 118 cas d'ICD a montré un niveau insuffisant de la connaissance des recommandations actuelles concernant le traitement de cette infection. L'analyse pronostique a montré un taux de mortalité de 19,5% dans les 30 jours qui suivent le diagnostic. L'ICD était indiquée comme une cause principale ou contributive de décès dans quinze cas (65,7% des décédés). Les analyses multivariées ont montré que les facteurs associés au décès sont différents entre les patients avec une ICD et les patients présentant une diarrhée non liée au Clostridium difficile
Clostridium difficile is responsible for almost all cases of pseudomembranous colitis and for 15%-25% of cases of post-antibiotic (ATB) diarrhea. Since 2003 and the emergence of 027 strain, CDI epidemiology is changing, with evidence of rising incidence and severity. In response to the alarming situation we decided to conduct a prospective study at Eduard Herriot Hospital to explore in details this infection. Patient’s inclusion has started in February 2011 and will end in February 2014. In a meta-analysis we found that the risk profiles for antimicrobial classes as risk factors for community-acquired CDI are similar to those described for nosocomial CDI. We used the ORION statement (Outbreak Reports and Intervention Studies Of Nosocomial infection) to synthesize knowledge of interventions to reduce and to control CDI in hospitals. Then in a retrospective study, we found that male gender, rising serum C-reactive protein level, and previous exposure to fluoroquinolones were independently associated with severe CDI in ICU. Between 2011 and 2013, 430 patients were included in our prospective cohort study. Data analysis of 118 cases of CDI showed an inefficient knowledge of current recommendations of CDI treatment. The crude mortality rate within 30 days after CDI diagnosis was 19.5%, with 15 deaths (65.7% of deceased patients) related to CDI. In a multivariate cox regression model, gender, serum albumin, antidiarrheal medications, cephalosporins, peritonitis and septic shock were independently associated with mortality in CDI patients. When diarrhea was not related to C. difficile, mortality was rather associated with cancer and high WBC level

Cette étude à trois volets a été conduite au Bénin et porte sur 1) l’évaluation de la tendance des infections sexuellement transmissibles y compris l’infection à VIH (IST/VIH) et des comportements sexuels associés chez les travailleuses du sexe (TS) de 1993 à 2008 dans un contexte où se développaient des interventions préventives ciblant le milieu prostitutionnel (projet canadien de 1992 à 2006 suivi de l’appropriation des activités par la partie nationale), tout en examinant l’impact du changement dans le modèle d’intervention après le désengagement du projet canadien en 2006, 2) la comparaison des prévalences des IST/VIH et des comportements associés dans la population générale de Cotonou entre 1998 et 2008, 3) la comparaison de la technique d’entrevue individuelle face-à-face (FTFI) à la nouvelle technique d’entrevue de groupe par boîte de votation confidentielle (PBS). De 1993 à 2008, il y a eu une diminution significative dans les prévalences des IST/VIH chez les TS. Ces diminutions étaient très marquées à Cotonou pour le VIH (53,3% à 30,4%; p-ajusté=0,0001) et la gonorrhée (43,2% à 6,4% ; p-ajusté <0,0001). Par contre, il y a eu une hausse significative dans la prévalence de la gonorrhée entre 2005 et 2008 (rapport de prévalences : RP=1,76 ; Intervalle de confiance à 95% : [1,17-2,65]) après le désengagement du projet canadien. À Cotonou où les interventions ciblées ont connu une intensification entre 2001 et 2006, la prévalence du VIH a diminué significativement de 83% entre 1998 et 2008 (3,0 à 0,5%; p-ajusté=0,002) chez les jeunes hommes de 15 à 29 ans de la population générale. Le PBS a permis d’éliciter une fréquence accrue des comportements sexuels à risque du VIH par rapport au FTFI, et réduirait donc le biais de désirabilité sociale. L’étude met en évidence que dans les pays où l’épidémie du VIH est encore concentrée au sein des TS comme c’est le cas au Bénin, le ciblage préventif du milieu prostitutionnel reste l’intervention la plus efficace pour contrôler l’épidémie. Dans ce contexte où l’exactitude dans la mesure des comportements sexuels est d’importance capitale pour la planification d’interventions efficaces ainsi que leur évaluation, la technique PBS devrait être intégrée aux enquêtes comportementales.
This study carried out in Benin had three components associated with the following objectives: 1) to assess the time trends in the prevalence of HIV and other sexually transmitted infections (HIV/STI) and associated sexual behaviors among female sex workers (FSW) from 1993 to 2008, while preventive interventions targeting the sex work milieu were ongoing (developed by the Canadian project from 1992 to 2006 before being taken over by the national authorities) and assess the impact of change in intervention model on trends after the disengagement of the project in 2006, 2) to assess the change in HIV/STI prevalence and associated behaviors in the general population of Cotonou between 1998 and 2008, 3) to compare the method of individual face-to-face interviews (FTFI) to that of polling booth surveys (PBS). From 1993 to 2008, there was a significant decrease in HIV/STI prevalence among FSW and this decrease was very strong in Cotonou for HIV (53.3% to 30.4%, adjusted-p=0.0001) and gonorrhea (43.2 % to 6.4%, adjusted-p < 0.0001). On the other hand, from 2005 to 2008, there was a significant increase in gonorrhea prevalence (prevalence ratio: PR=1.76, 95% confidence interval: [1.17-2.65]) after disengagement of the Canadian project in 2006. In Cotonou, where the targeted interventions were reinforced between 2001 and 2006, HIV prevalence significantly decreased by 83% between 1998 and 2008 (3.0 to 0.5 %, adjusted-p=0.002) among young men of the general population aged 15-29 years. More HIV-related risky sexual behaviors were reported through PBS than through FTFI, thus suggesting that the former reduces social desirability biases. The study shows that in countries where the HIV epidemic is still concentrated among FSW as in Benin, preventive interventions targeting the sex work milieu remain the most effective intervention for a reliable control of the epidemic. Within this context where accurate data on sexual behaviors are of central importance for the design of effective preventive interventions as well as the assessment of their impact, PBS should be integrated into behavioral surveys.

La République du Congo (RC) ou nos travaux ont eu lieu, est un pays d’Afrique Centrale, il partage ses frontières avec la République démocratique du Congo, la République centrafricaine, le Gabon, le Cameroun, et l’Angola (Cabinda). Dans ces pays la circulation des arboviroses est documentée. En RC, il y avait peu ou pas de documentation sur les arboviroses avant nos travaux. Nous avons réalisé des études de séroprévalence des arboviroses de différentes familles chez des donneurs de sang Congolais. Nous avons aussi étudié l’épidémie de chikungunya ayant sévit en RC en 2011. Nos travaux ont permis de mettre en évidence des taux de séroprévalence élevés pour les pathogènes principaux incriminés: 47,2% pour Dengue, 27,8% pour Yellow fever, 24,4% pour West Nile, 38,8% pour Chikungunya et 7,9% pour Rift Valley fever. Ces taux de séroprévalence élevés prouvent la circulation de ces virus au Congo, bien qu’aucune épidémie n’ait été encore déclarée pour certains. Nous avons également isolé et caractérisé génétiquement une souche nommée "Brazza_MRS1", appartenant au lignage East Central and Southern African, issue de l’épidémie due au virus chikungunya de 2011. La RC a connu plusieurs épidémies dues au virus Ebola. Nous avons tenté de mieux caractériser la circulation des filovirus chez les donneurs de sang asymptomatiques par une étude de séroprévalence. Les taux de séroprévalence IgG anti Ebola virus, observés étaient de 2,5% en général (1,6% à Brazzaville, 4% à Pointe-Noire et 4% en milieux ruraux). Les facteurs de risques identifiés étaient l’exposition aux chauves-souris (p<0.001) et aux oiseaux (p = 0.04). Le taux de séroprévalence IgG anti Marburg virus était de 0,5%
The Republic of Congo (RC) where our work took place is a Central African country, sharing borders with the Democratic Republic of Congo, Central African Republic, Gabon, Cameroon, and Angola (Cabinda). In these countries the circulation of arboviruses is documented. In RC, there was little or no documentation on arboviruses prior to our work. We conducted studies of arbovirus seroprevalence in Congolese blood donors for different virus families. We also studied the epidemic caused by the chikungunya virus that prevailed in RC in 2011.Our work have highlighted the high rate of seroprevalence for incriminated major pathogens: 47.2% for Dengue, 27.8% for Yellow Fever, 24.4% for West Nile, 38.8% for Chikungunya and 7.9% for Rift Valley fever. These high seroprevalence rates indicate that these viruses actively circulate in Congo, although no epidemic has yet been reported for some viruses. We have also isolated and genetically characterized a strain named "Brazza_MRS1", belonging to the East Central and Southern African lineage, after the chikungunya epidemic in 2011. The RC has experienced several outbreaks caused by the Ebola virus. We have performed a filovirus seroprevalence study to attempt to better characterize the circulation of filoviruses in asymptomatic Congolese blood donors. The observed rate of seroprevalence of anti Ebola IgG was 2.5% overall (1.6% in Brazzaville, 4% in Pointe-Noire and 4% in rural areas). Identified epidemiological risk factors were the exposure to bats (p <0.001) and birds (p = 0.04). The seroprevalence rate of Marburg virus IgG was low (0.5%)

La caracterisation genetique recente de nombreux isolats vih provenant de differentes zones geographiques a permis de subdiviser ces virus en deux groupes: le groupe m (pour major) contenant 9 sous-types genetiquement differents (a a i), et le groupe o (pour outlier) contenant les souches les plus divergentes. Les resultats actuels indiquent que la distribution des differents genotypes est heterogene et que la prevalence relative de chacun des sous-types differe selon les pays. La variabilite est presente au niveau des proprietes biologiques in vitro. La caracterisation moleculaire de virus isoles de patients militaires infectes par le vih-1 lors de leur sejour en outre-mer a permis de mettre en evidence la presence de plusieurs sous-types a, b, c, d, e et f. L'analyse phylogenetique montre une grande heterogeneite des souches, et fait apparaitre deux sous-groupes au sein des groupes a et c. Differents motifs de la boucle v3 sont presents a l'interieur d'un meme sous-type. L'analyse des phenotypes biologiques en fonction du nombre de lymphocytes cd4#+ et de la duree d'infection montre que l'apparition des souches si est correlee de facon significative a un faible taux de lymphocytes cd4#+ et a une longue duree d'infection dans la majorite des cas et pour l'ensemble des sous-types etudies. Cependant, on observe des exceptions suggerant que l'apparition des souches si est associee aux proprietes virales d'une part et a l'etat immunologique du patient d'autre part. La prediction du phenotype a partir des acides amines en position 11 et 25 de la boucle v3 est fiable dans la majorite des cas. Cependant, des discordances sont observees dans le cas des souches si. Ces resultats nous permettent d'envisager l'etude de l'histoire naturelle de l'infection a vih-1 pour chaque sous-type et d'analyser l'impact des differents sous-types sur le pronostic de la maladie

La prévalence de l’infection à H. pylori a été évaluée chez 236 sujets, âgés de 20 à 74 ans, résidant dans 4 régions de culture intensive du Québec (Portneuf, Lanaudière, Ile d’Orléans, Nicolet) au cours de l’année 1995. Un test sérologique de type Elisa (Enzyme-Linked-Immunosorbent-Assay) fut utilisé afin de détecter la présence d’anticorps contre l’Helicobacter pylori dans le sérum des sujets et un questionnaire standardisé a été rempli par les participants à l’étude. La sérologie à H. pylori était positive chez 74 sujets (prévalence de 31,35 % ; IC à 95 % : 20,78 - 41,92 %). Elle était fortement associée, de façon positive, à l’âge (5,0 % pour les 20-34 ans et 60,87 % pour les 65 ans et plus, p <0,0001) et, de façon négative, avec le niveau d’éducation (14,29 % pour le niveau universitaire; 28,57 % pour le niveau collégial et 30,11 % pour le niveau primaire). Une analyse de régression logistique a permis de déterminer que seul l’âge était associé de façon significative à la prévalence de la maladie. Un test de tendance a permis de conclure que la séroprévalence à l’H. pylori croissait avec l’âge. Et pour chaque accroissement de l’âge de un an, la séroprévalence à l’H. pylori croissait de 1,07 %. Le faible taux de participation, la petite taille de l’échantillon ainsi que les informations réduites du questionnaire sont des limites importantes de l’étude qui doivent être prises en compte dans l’interprétation des résultats obtenus.

Les virus htlv peuvent etre classes en 2 sous-types: htlv-1 et htlv-2 ayant une forte homologie de sequences au niveau de leurs proteines. La distinction entre les infections dues a l'un ou a l'autre de ces 2 virus ne pouvant etre realisee que par une analyse genomique, se pretant mal a des etudes epidemiologiques, il etait donc souhaitable de developper des tests serologiques de discrimination. Au cours de notre travail nous avons donc tout d'abord evalue 3 techniques serologiques pour proposer un diagnostic de type htlv: un western blot commercial, des proteines recombinantes testees par western blot et une methode d'immunofluorescence. Cette premiere approche presente des problemes de specificite, nous avons eu recours a une approche peptidique. Des peptides correspondant a des sequences d'aa des regions antigeniques des proteines de core et d'enveloppe des 2 virus ont ete synthetises. Les sequences ont ete choisies dans des zones conservees, ayant une faible homologie entre les 2 virus et a l'aide des profils de prediction d'epitopes. Avec des serums de reference un test immunoenzymatique et un test d'inhibition utilisant des peptides de core ma1 (aa 111-130) et ma2 (aa 116-135) permettant de typer 100% des echantillons, ont ete valides. Apres la validation de ces tests, nous avons evalue les seroprevalences respectives des 2 virus de plusieurs pays d'afrique. L'ensemble de ce travail nous a permis: de mettre en evidence des discordances entre les 3 methodes classiques de discrimination, de developper un test avec les peptides de core discriminant les serums htlv-1 et htlv-2 de verifier que le virus htlv-1 est predominant en afrique, mais que le virus htlv-2 est present a l'ouest du continent

Une étude de la séroprévalence des arboviroses à flaviviridae a été entreprise sur l'île de la Réunion. Deux mille cinq cent sept sérums humains, prélevés en 1987 sur un échantillon randomisé de la population réunionnaise, ont été testés à l'aide de la réaction d'inhibition de l'hémagglutination vis-à-vis des 5 antigènes suivants: fièvre jaune, dengue de type 1, dengue de type 2, West Nile et Wesselsbron. Cent treize sérums provenant de diverses espèces animales, récoltés en 1989, ont été étudiés avec la même technique et la même batterie d'antigènes. Des commémoratifs individuels, recueillis lors de l'enquête de 1987, et les résultats d'une autre enquête à la réunion datant de 1971 (F. Rodhain) ont été exploités en corrélation avec nos résultats sérologiques. La prévalence globale trouvée en 1987 (42,68%) est significativement plus élevée que celle constatée en 1971 (16,5%). Les réactions multivalentes représentent pratiquement les trois quarts des réponses positives. Aucune focalisation précise n'est relevée. Deux phénomènes semblent à l'origine de ces positivités: d'une part une épidémie sévère de dengue sur l'île en 1977-1978, d'autre part la circulation probable d'un (voire de plusieurs) flavivirus dans cette région. Des éléments d'ordre épidémiologique sont en faveur d'un virus de type dengue ou West Nile. Parmi les facteurs de risque étudiés, le sexe, la profession et le contact avec les espèces animales recensées semblent sans effet sur le taux de positivité. En revanche, une étude précise de l'âge des sujets infectés, de leur type d'habitat (rural ou urbain) et de la répartition géographique des augmentations de séroprévalence entre 1971 et 1987 confirment l'intervention de la dernière épidémie du dengue enregistrée sur le taux de positivité enregistré, ainsi que la circulation d'un (ou de plusieurs) flavivirus parmi cette population. Une nouvelle enquête entomologique concernant toute l'île de la Réunion apparaît nécessaire.

L'organisation de la lutte contre les Infections Nosocomiales (IN) est à un stade précoce dans la région sud méditerranéenne. Le réseau NosoMed a été mis en place en collaboration avec des professionnels de santé en Algérie, Egypte, Espagne, France, Italie, Maroc, Syrie et Tunisie. Les objectifs de ce réseau étaient : i) d'élaborer des protocoles standards pour des études de surveillance et pour des audits d'évaluation ; ii) de tester ces protocoles pour produire des données de référence. Les études de surveillance (prévalence des IN, incidence des Infections du Site Opératoire, surveillance des Bactéries MultiRésistantes et risque de transmission du Virus de l'Hépatite C en hémodialyse) ont permis d'identifier des secteurs à risque tel la pédiatrie, des germes émergents (A. Baumanii résistant à l'imipénème), de souligner une prescription non conforme des antibiotiques. De fortes séroprévalence du VHC (51. 7%) et incidence de séroconversion (5. 0/100 patients par trimestre) ont été rapportées. Les audits (hygiène des mains et stérilisation) ont montré des défaillances dans les pratiques et un manque important dans l'équipement. Les résultats étaient, néanmoins, significativement meilleurs dans les hôpitaux possédant un programme de prévention des IN. La diffusion de ces données permettra d'orienter les actions nécessaires pour appréhender le risque infectieux nosocomial et améliorer le processus de la qualité des soins à l'hôpital dans cette région

Depuis la disponibilité des combinaisons antirétrovirales (cART) en 1996, l’incidence des infections opportunistes classantes SIDA (IO), dont la pneumocystose (PCP) a très fortement diminué. Malgré tout, chez les patients infectés par le VIH, la PCP était la 2ème IO la + fréquente en France en 2001-2003 et les infections fongiques, avec 1 million de nouveaux cas/an de cryptococcose, restent un problème de santé publique majeur au niveau mondial. Cependant, depuis l’ère des cART, très peu de recherches épidémiologiques sur les infections fongiques dans les pays industrialisés ont été entreprises. C’est dans ce contexte que nous avons mené une étude épidémiologique de 2 infections fongiques chez les patients infectés par le VIH en France sur la French Hospital Database on HIV ANRS CO4 (FHDH) : la pneumocystose et l’aspergillose invasive. Concernant la pneumocystose, sur la période 2004-2011, dans la base FHDH, la moitié des 1259 cas de PCP étaient survenus chez des patients qui avaient interrompus leur suivi, et, pour ceux qui avaient déjà eu une IO avant la PCP, leur mortalité était de 25% à 3 ans. Pour l’aspergillose invasive (AI), après un retour national aux dossiers des cas déclarés sur 20 ans sur la base FHDH, un comité d’experts a validé 242 cas d’AI. Les données montrent que, chez les patients infectés par le VIH, seulement la moitié des AI validées répondaient aux critères EORTC. La mortalité à 3 mois après une AI s’est améliorée après l’ère des cART et un rôle protecteur du voriconazole sur la survie à 3 mois a également été démontré pour la 1ère fois chez les patients infectés par le VIH
The advent of combined antiretroviral therapy (cART) in 1996 resulted in a dramatic fall in the incidence of AIDS-defining illness (ADI), including Pneumocystis jirovecii pneumonia (PCP). Nevertheless, PCP was the second most frequent ADI in France in 2001-2003 and fungal infections remain a major threat for HIV-infected individuals worldwide. Epidemiological data on fungal infections in the late cART period in resource-rich settings are scarce. The purpose of our work was to study changes in the epidemiology of fungal infections among HIV-infected individuals in France in the late cART period, focusing on PCP and invasive aspergillosis (IA) in the French Hospital Database on HIV ANRS CO4 (FHDH). In the FHDH, during the 2004-2011 period, half of the 1259 PCP cases occurred among HIV-infected individuals who had waning adherence to care, and for those who had a prior ADI before PCP the 3-year mortality rate was 25%. For the second study on IA, a review committee validated IA cases among all the cases that included a diagnostic code for aspergillosis (ICD-9 or ICD-10) in the FHDH over a 20-year period. Our study demonstrated that only half of validated IA cases among HIV-infected individuals met EORTC criteria. The 3-months survival rate after IA diagnosis improved after the advent of cART and a protective role of voriconazole was observed in the period after 2001

Yersinia enterocolitica est le troisième agent responsable de zoonoses en Europe. Le porc est identifié comme le principal réservoir des Y. Enterocolitica pathogènes pour l’homme. L’objectif de ce travail était le développement de méthodes de détection et de caractérisation génétique. La méthode de détection reposant sur un enrichissement en bouillon ITC, suivi d’un isolement sur gélose CIN puis sur gélose YeCM a prouvé une meilleure performance que la norme en cours pour détecter la bactérie. Cette méthode réduit par ailleurs le nombre de tests biochimiques nécessaires à la confirmation de l’espèce Y. Enterocolitica. Une gélose chromogénique YECA a été testée pour détecter spécifiquement les biotypes pathogènes. Une PCR Temps-Réel ciblant le gène ADNr 16S a été développée pour identifier spécifiquement les Y. Enterocolitica. Le typage par RFLP-PFGE d’isolats récupérés sur des porcs à l’abattoir, ainsi que la détection de gènes de virulence par PCR Temps-Réel ont été effectuées. Les isolats sont apparus comme très clonaux et une grande majorité était porteur des principaux gènes de pathogénicité. Enfin, une étude de prévalence a été réalisée sur 3120 porcs issus de 96 lots dans 16 abattoirs sur un an. 13,7 % des porcs et 74,3 % des lots étaient positifs. Le biotype majoritaire était le biotype 4 (92,5% des isolats). Un effet saison a été observé, avec une prévalence individuelle plus importante lors des mois chauds. Cette étude démontre l’importance de Yersinia enterocolitica dans la filière porcine française
Yersinia enterocolitica is the third pathogen responsible of zoonosis in Europe. Pig is considered as the principal reservoir of pathogenic Y. Enterocolitica for humans. The goal of this study was to develop methods for detection and genetic characterization. The detection method using enrichment in ITC broth followed by streaking on CIN then on YeCM proved its performance to detect the bacteria compared to the actual norm. This method reduces the number of biochemical tests necessary to confirm this species Y. Enterocolitica. A chromogenic medium YECA was tested to detect specifically the pathogenic biotypes. A real-time PCR targeting DNAr 16S was developed to identify specifically Y. Enterocolitica. Genotyping by RFLP-PFGE of isolates from slaughtered pigs and the detection of virulence genes by real-time PCR were realized. Isolates are closely related and a majority carried all the genes of virulence. Then, a one-year study of prevalence was realized on 3120 pigs from 96 batches in 16 slaughterhouses. 13. 7% of pigs and 74. 3% of batches were positive. The most prevalent biotype was biotype 4 (92. 5% of the isolates). A season effect was observed; individual prevalence was higher during warm months. This study shows the importance of Yersinia. Enterocolitica in the French pig production

Les conséquences des épidémies de grippe nosocomiale (GN) pour les patients en termes de morbidité et mortalité sont importantes. Cependant, la présentation clinique des cas, la fréquence de l’infection, le risque d’infection parmi les patients, la transmission et les mesures de contrôle les plus adaptées restent mal connues. Une analyse originale de la littérature nous a permis de synthétiser les connaissances sur la GN. Puis sur la base d’une étude prospective menée pendant 3 saisons de grippe de 2004 à 2007, nous avons présenté une description clinique des cas de grippe observés à l’hôpital Edouard Herriot de Lyon. Nous avons ensuite développé un modèle statistique d’analyse du risque de GN chez les patients et nous avons appliqué ce modèle sur des données concernant plus de 21500 patients. Les facteurs influençant la transmission ont été étudiés par simulation de la diffusion du virus grippal dans une unité de soin à l’aide d’un modèle biomathématique. Nous montrons qu’il était difficile d’identifier les cas de grippe dans l’hôpital sans réalisation systématique d’un test de dépistage. Le risque pour le patient de présenter un syndrome grippal était 2 fois plus important à l’hôpital que dans la communauté. De plus ce risque était 5 à 35 fois plus élevé lorsqu’un patient était exposé à un autre patient ou à un soignant contagieux au cours de son séjour. La transmission de patient à patient semblait une voie de transmission importante. La démarche de ce travail pourrait être adaptée et l’outil statistique étendu à l’étude de la dynamique et du contrôle des infections nosocomiales
The consequences of outbreaks of nosocomial influenza (NI) for patients in terms of morbidity and mortality are an issue of concerned. However, clinical presentation of cases, frequency of infection, risk of infection among patients, transmission and the most adapted control measures remain poorly understood. An original analysis of the literature allowed synthesizing the knowledge on NI. Then on the basis of a prospective study conducted during 3 influenza seasons from 2004 to 2007, we report a description of clinical cases of NI observed at the Edouard Herriot hospital in Lyon. Then, we developed a statistical model to analyze the risk of NI among patients and we apply this model on data from over 21,500 patients. Factors influencing the transmission were studied by simulating the spread of influenza virus in a hospital unit using a mathematical model. We show that identifying cases of influenza in the hospital without a systematic virological screening is difficult. The risk for the patient to present influenza like illness was 2 times higher in hospital than in the community. Furthermore, the risk was 5 to 35 times higher when a patient was exposed to other contagious patients or health care workers during his hospitalization. Transmission from patient to patient seemed to be a major route of transmission. The approach used in this work could be adapted and the statistical tools could be extended to study of the dynamics and control of nosocomial infections

Les facteurs de risque individuels et environnementaux associés à la contamination par l'agent de la tremblante classique du mouton et à la durée d'incubation des animaux infectés demeurent mal connus. En l'absence de diagnostic antemortem précoce, la longue durée d'incubation de la maladie et les durées de vie limitées des animaux conduisent à une connaissance partielle du statut sanitaire des animaux. De plus, l'analyse doit tenir compte du fait qu'une partie seulement des animaux se contamine. Nous utilisons des modèles d'analyse des données de survie prenant en compte l'existence d'une fraction non à risque. Nous proposons une approche par vraisemblance pénalisée qui allie les avantages des modèles paramétriques et semi paramétriques existants. Nous nous intéressons ensuite aux modèles paramétriques de survie avec fraction non à risque et effets aléatoires afin de tenir compte du regroupement des animaux dans les élevages. Ces différentes approches sont évaluées à l'aide d'études de simulations. L'application de ces modèles aux données issues du suivi longitudinal d'élevages infectés des Pyrénées Atlantiques (France) confirme le rôle déterminant du génotype au gène PRP sur le risque de contamination et les durées d'incubation. Nos résultats suggèrent de plus que la contamination par l'agent infectieux a principalement lieu en période néonatale. Enfin la forte hétérogénéité des risques de contamination et des durées d'incubation mise en évidence entre troupeaux pourrait être partiellement expliquée par la prise en compte de la structure génétique des élevages et du nombre d'animaux infectés présents
Although they are of major interest in the understanding of the classical scrapie dynamic in infested flocks, the factors influencing the contamination by the infectious agent and incubation period remain poorly known. The absence of antemortem diagnostic tools and the confounding effects of long incubation periods and flock management practices yield a partial knowledge of the infectious status of animals. Moreover, we must take into account that only an unknown fraction of animals become infected, even in heavily affected flocks. To deal with issues, we use a class of particular survival models, which take account for the presence of long term survivors. We propose a penalized likelihood, allowing for the estimation of a smooth risk function. We also develop some parametric models with shared frailties to deal with the presence of grouped data. These different models are evaluated through simulations studies. These statistical approaches are then applied to the analysis of real data collected during the following-up of infected flocks in Pyrénées Atlantiques. The key influence of the PRP genotype on the contamination risk and incubation periods is confirmed. Our results also suggest that, at the individual level, the infection mainly takes place around birth. Finally, the strong heterogeneity in the contamination risk and incubation periods observed between flocks could be partially explained by their PRP genetic structure and the number of incubating animals

Chez les individus sains, les lymphocytes T γdelta représentent entre 0,5 et 10 % des lymphocytes T totaux. Des études antérieures menées au laboratoire ont montré que ce pourcentage est augmenté chez des transplantés rénaux développant une infection à cytomégalovirus (CMV). De plus, des clones T γdeltaVdelta2neg isolés chez ces patients présentent une forte réactivité in vitro contre des fibroblastes infectés par le CMV. Dans ce travail de thèse , nous nous sommes intéressés aux mécanismes d'activation des lymphocytes T γdelta Vdelta2neg. Nous avons montré que deux molécules peuvent être impliquées dans cette activation : NKG2D et KIR2DS2. La molécule KIR2DS2 peut potentialiser le signal transmis par le TCR pour induire la production des cytokines IFN-γ et TNF-α. Si l'engagement par la molécule NKG2D ne va pas induire la sécrétion de cytokines, cette molécule peut agir comme molécule stimulatrice per se ou comme molécule de co-stimulation sur la cytotoxicité de lignées ou de clones Tγdelta V2neg. Dans la deuxième partie, nous nous sommes intéressés aux interactions entre les lymphocytes T γdelta Vdelta2neg et les cellules dendritiques (DC) infectées par le CMV. Nos résultats montrent que, même dans des conditions où le pourcentage de DC infectées est faible, les clones T γdelta Vdelta2neg vont sécréter du TNF-α et de l'INF-γ au contact des DC préalablement mises au contact avec le CMV. De plus, nos résultats suggèrent que lors de l'infection, les DC vont être protégées de la lyse par ces clones. L'ensemble de ces résultats permettent d'approfondir nos connaissances sur les mécanismes d'activation des lymphocytes T γdelta V delta2neg, ouvrant de nouvelles perspectives pour l'utilisation thérapeutique de ces cellules
In healthy individuals, γdelta T lymphocytes represent 0,5 to 10 % of total T lymphocytes. Previous studies in our laboratory have shown that this percentage can be increased in renal transplant recipients who have developed cytomegalovirus (CMV) infections. Moreover, V delta2neg γdelta T cell clones isolated from these recipients show a strong reactivity in vitro against CMV infected fibroblasts. In this work, we have focused our attention on the mechanisms of V delta2neg γdelta T lymphocyte activation. Two molecules are involved in this activation : NKG2D and KIR2DS2. We observed that KIR2DS2 was able to increase the TCR signal involved in IFN-γ and TNF-α production. Although the engagement of the NKG2D molecule did not induce cytokine secretion, this molecule could act as a stimulatory molecule per se, or as a co-stimulatory molecule on V delta2neg γdelta T cell clones or lines cytotoxicity. In the second part, we analyzed the interaction between Vdelta2neg γdelta T cells and CMV-infected dendritic cells (DC). Our results show that, even when the percentage of CMV-infected DC was low, TNF-α and INF-γ production by Vdelta2neg γdelta T cell clones was enhanced when they were co-cultured with DC previously incubated with CMV. Moreover, our results suggest that when the infection occurs, the DC will be protected from the Vdelta2neg γdelta T cell clone cytotoxicity. Taken together, these results increase our knowledge on the activation mechanisms of Vdelta2neg γdelta T lymphocytes by opening new approaches for the therapeutic use of these cells

Ces dix dernières années, l'allongement de l'espérance de vie des patients infectés par le VIH s'est accompagné de l'apparition de co-morbidités, en particulier hépatiques, dues aux co-infections chroniques par les virus des hépatites B (VHB), C (VHC) et Delta (VHD). Alors que les patients co-infectés par le VIH-VHB sont plus à risque d'être infectés par d'autres virus des hépatites chroniques, les données concernant spécifiquement l'influence respective des co-infections VHC, VHD et VHC-VHD sur les conséquences cliniques, le suivi virologique et l'efficacité du traitement dans le contexte du VIH sont quasi-inexistantes. A l'occasion de ce travail de thèse, nous avons montré dans un premier temps que l'hépatite Delta était un facteur prédictif majeur de fibrose et cirrhose par rapport aux patients co-infecté par le VIH-VHB ou VIH-VHB-VHC. Ensuite, nous avons montré que l'infection par le VHD est associée par une suppression de la réplication du VHB et VHC, même en présence d'un traitement antiviral efficace. Cependant, la persistance de blips de charge virale suggère qu'il est indispensable de mettre en place un suivi virologique rapproché des patients porteurs de co-infections multiples. Enfin, nous avons montré que le ténofovir, un des traitements majeurs contre le VHB, influence l'évolution de la fibrose chez les patients co-infectés VIH-VHB, mais pas chez les patients porteurs du VHD. Toutes ces données portant principalement sur l'hépatite Delta ont permis d'étayer l'impact clinique, virologique et thérapeutique de cette infection et d'apporter ainsi des éléments pour guider les recommandations de prise en charge de ces pathologies.

Le genre Staphylococcus, première étiologie des infections ostéo-articulaires (IOA), est associé à des formes particulièrement difficiles à traiter. Trois mécanismes phénotypiques ont été rattachés à ce fort taux de chronicité et de rechutes, permettant l'adaptation bactérienne à la vie au sein du tissu osseux et un échappement au système immunitaire de l'hôte et à l'action des antibiotiques : la formation de biofilm, la persistance des staphylocoques dans les ostéoblastes, et l'évolution vers le morphotype de small colony variant (SCV). Longtemps considéré comme simple commensal cutanéo-muqueux, S. epidermidis est désormais reconnu comme un agent étiologique majeur des IOA sur matériel. Or, si le portage est universel, l'infection est un phénomène rare. A ce jour, aucun facteur génotypique n'a pu être associé au pouvoir invasif de certaines souches de portage. Notre travail a permis de montrer l'absence de pouvoir discriminant des capacités d'internalisation des ostéoblastes et de formation de biofilm entre souches commensales et invasives. Par ailleurs, un très faible taux d'internalisation de S. epidermidis dans les ostéoblastes a été mis en évidence, suggérant une importance moindre de ce mécanisme dans la physiopathologie des IOA à S. epidermidis par rapport aux IOA à S. aureus. Les principales études ayant porté sur les capacités d'interaction de S. aureus avec les ostéoblastes et de formation de biofilm ont cherché à en explorer les mécanismes à partir de souches de laboratoire ou de souches représentatives de quelques clones de S. aureus résistants à la méticilline (SARM). Dans notre cas, nous avons souhaité étudier une large collection de souches cliniques de S. aureus (n=95) sensible à la méticilline (SASM) responsables d'IOA aiguës ou chroniques. La caractérisation des fonds génétiques de cette collection, puis en élargissant notre étude à des collections de différents villes françaises, a d'abord permis de décrire une forte prévalence du clone émergent de SASM CC398 dans les IOA en France
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A partir des donnees de l'enquete effectuee en 1992 dans la region de batouri - berberati, cette recherche propose de caracteriser les itineraires sociaux et geographiques du virus. Les demarches epidemiologique et socio-geographique sont mises a contribution pour prendre en compte la complexite des mecanismes en jeu dans la diffusion, pour combiner les interactions des determinants majeurs et les localiser selon les sites. Ces interactions sont saisies dans l'organisation et le fonctionnement de la societe et de l'economie, pour repondre a l'objectif d'une modelisation eco-epidemiologique du vih. Les techniques mathematiques d'analyse des donnees et d'analyse spatiale sont deployees a l'interface entre les deux demarches pour enrichir, ou aider a la representation des faits et processus lies a l'infection. Des resultats dessinent globalement des profils epidemiologiques par sexe. Un systeme social des influences renvoie au statut matrimonial et a une syphilis active la description d'une diffusion sociale. Selon l'effet des sites sur le role des variables des individus dans le niveau des prevalences, un systeme geographique est associe au precedent systeme. L'etude du reseau socio-geographique etablit que l'absence du conjoint parmi les femmes en union, le revenu monetaire d'origine tertiaire parmi les hommes hors union et l'experience venerienne des hommes en union sont des facteurs majeurs de la diffusion socio-spatiale. Des elements de l'environnement humain et physique qui jouent dans l'inegale vulnerabilite des collectivites font apparaitre qu'un site rural peut etre aussi determinant qu'un site urbain. Le resultat de la modelisation fait valoir des situations ecologiques differentielles de risques qui, associees au reseau routier et aux flux migratoires (supposes drainer des flux viraux), dessinent les itineraires du virus.

Au moins un cancer sur six dans le monde est causé par des agents infectieux, parmi lesquels les papillomavirus humains (HPV) qui sont responsables d'environ 600000 cas de cancer chaque année. Les HPV sont reconnus comme la cause nécessaire des cancers du col utérin, et la cause d'une fraction des cancers de l'anus, de la vulve, du vagin, du pénis, mais aussi de l'oropharynx et de la cavité buccale. Les données épidémiologiques récentes montrent une augmentation préoccupante de l'incidence des cancers HPV-induits de l'oropharynx dans certains pays développés, notamment en Amérique du Nord et en Europe du Nord. Dans le cancer du col de l'utérus, la connaissance approfondie de l'histoire naturelle de l'infection à HPV et des lésions associées a permis la mise en place du dépistage par frottis cervico-utérin, qui a donné lieu à une diminution considérable de l'incidence des cancers du col utérin. En revanche dans les cancers des voies aérodigestives supérieures (VADS) induits par l'HPV, très peu de données sur l'histoire naturelle de la maladie sont disponibles. Au- jourd'hui, le mode de transmission de l'infection à HPV et les étapes de la cancérisation des tissus des VADS restent toujours très mal compris. Si la vaccination contre l'HPV devrait avoir un impact sur l'incidence des cancers HPV-induits autres que ceux du col utérin, la couverture vaccinale reste insuffisante dans de nombreux pays pour générer une immunité de groupe, et à ce jour, aucune autre méthode de prévention des cancers des VADS HPV- induits n'est disponible. Les objectifs principaux de ce travail sont : (i) mieux définir le potentiel cancérogène des dif- férents HPV [Articles I, II et III] ; (ii) améliorer les connaissances du rôle de l'HPV dans les cancers des VADS [Articles IV et V] ; et (iii) comprendre l'histoire naturelle de l'infection à HPV et des lésions associées dans l'oropharynx [Projets I et II]
At least one out of six cancers worldwide is caused by infectious agents, of which human papillomaviruses (HPV) are responsible for around 600 000 cancer cases each year. HPV are recognized as a necessary cause of cervical cancer, and the cause of a fraction of cancers of the anus, vulva, vagina, penis, but also the oropharynx. Recent epidemiological data report an alarming increase in the incidence of HPV-induced oropharyngeal cancers in some devel- oped countries, as in North America and North Europe. In cervical cancer, extended knowledge of the natural history of HPV infection and associat- ed lesions has led to the implementation of cervical pap smear screening resulting in a sub- stantial decrease in cervical cancer incidence. Conversely, in HPV-induced head and neck cancers, very few data on the natural history of the disease are available. Today, the mode of transmission of HPV infection and the steps in cancerisation of head and neck tissues are still poorly understood. Although vaccination against HPV should impact the incidence of HPV- induced cancers other than in the cervix, vaccine coverage is insufficient in many countries to generate herd immunity, and to date no other method for prevention of HPV-induced head and neck cancers is available. The main objectives of this work are: (i) to better define the oncogenic potential of the differ- ent HPV types [Articles I, II and III]; (ii) to improve the knowledge of the role of HPV in can- cers of the head and neck [Articles IV and V]; and (iii) to understand the natural history of HPV infection and associated lesions in the oropharynx [Projects I and II]

Devant l'irruption de l'épidémie au VietNam depuis 1990, le VietNam et Ho Chi Minh Ville ont mis en place et réalisé des plans de courte durée et de moyenne durée pour la lutte contre le sida. La première évaluation a montré que les premières réponses étaient adéquates et efficaces mais encore limitées. Il fallait un programme plus structuré, mieux financé, tenant compte des acquis récents de la recherche scientifique et de l'expérience acquise au niveau international. L'auteur décrit la mise en place d'un nouveau programme quinquennal de 1994-1998 et son évaluation. Ce programme a été concentré sur l'élargissement, le renforcement de la capacité du réseau de lutte contre le sida et sur le développement des trois dispositifs novateurs (la cafétéria Préservatif pour les jeunes, la cafétéria Espoir pour les prostituées et les usagers de drogues par infection, le Groupe «Ami pour Ami» pour les personnes infectées) intégrés à la réalisation de programmes de promotion de l'utilisation des préservatifs, d'échange des seringues et des aiguilles, de traitement gratuit des maladies sexuellement transmissibles (MST) pour les prostituées, de conseil supportif en association avec les soins médicaux pour les personnes infectées. L'évaluation du programme a été réalisée par le suivi des indicateurs épidémiologiques de l'infection par leVIH, du sida et des MST et des études CAP (Connaissances, Attitudes, Pratiques) auprès de la population générale. Des études CAP ont aussi été menées dans les groupes spécifiquement concernés par les trois dispositifs novateurs. [. . . ]