Tesis sobre el tema "Habitats artificiels à poissons"

Au cours de leur cycle de vie, la plupart des espèces de poissons marins côtiers passent par des nourriceries littorales dont la qualité influence largement le succès du recrutement et donc le maintien de l’abondance de leurs populations. Or, la construction de ports entrain irrémédiablement une perte de fonction pour les habitats côtiers impactés. Dans ce contexte,l’objectif général de cette thèse était de voir si les zones portuaires peuvent malgré tout servir de nourriceries alternatives pour les poissons marins côtiers. Pour cela, les abondances des juvéniles de quatre espèces de sars, du genre Diplodus, ont d’abord été suivies dans cinq ports méditerranéens. Ceci a permis de montrer que ces espèces côtières peuvent s’installer et grandir avec succès dans les ports. La complexification de la structure 3D de l’habitat augmente sensiblement les abondances de juvéniles. Dans un second temps, la croissance, la condition et les niveaux de contamination desjuvéniles de deux espèces de sars (D. sargus et D. vulgaris) ont été comparés entre différents ports et habitats naturels de la rade de Toulon. Ceci a montré que la croissance et la condition des juvéniles peut être équivalente dans certains ports et dans les zones naturelles adjacentes, avec des niveaux de contamination faibles, même dans les zones les plus polluées. Enfin, la composition multi- élémentaire des otolithes des juvéniles de D. sargus et D. vulgaris a été comparée entre trois ports et deux zones naturelles de la rade de Toulon. Aucun élément chimique lié aux activités portuaires n’aété retrouvé en plus forte concentration dans les otolithes des juvéniles issus des ports. Il n’existe donc pas une signature unique caractéristique de l’ensemble des ports. La composition chimique des otolithes peut néanmoins être utilisée pour étudier la contribution relative des ports aux stocks d’adultes à condition de caractériser la signature de l’ensemble des habitats juvéniles potentiels. L’ensemble des résultats acquis indiquent que les ports peuvent être utilisés comme nourriceries alternatives par plusieurs espèces de poissons marins côtiers. Les projets d’ingénierie écologiquevisant à augmenter la complexité structurale des habitats portuaires sont des pistes intéressantes pour maintenir la biodiversité côtières et les stocks de poissons
During their life cycle, most of the marine coastal fish species use nursery grounds which quality influence their recruitment and then the conservation of their populations. However, the construction of ports impair irremediably fish nursery function of the coastal areas impacted. The ultimate aim of the PhD research was to assess if ports could provide suitable alternative nursery habitats for coastal fish species. Firstly, abundances of the juveniles of four Diplodus species were surveyed in five marinas located along the French Mediterranean coast. This showed that coastal fishes can successfully settle and grow inside these artificialized coastal areas. Moreover, increasing the complexity of port habitats can considerably enhance their suitability for juveniles, especially at the youngest stages. Secondly, body condition, growth rate and metal contamination in the juveniles of two Diplodus species (D. sargus and D. vulgaris) were compared between different ports and natural areas in the Bay of Toulon. Juvenile growth and condition can be equivalent between fish collected from ports and from adjacent natural areas. Contamination levels in fish were low, even in highly polluted areas. Finally, otolith composition in the juveniles of D. sargus and D. vulgaris was investigated in three ports and two natural areas in the Bay of Toulon. None of the port related had systematically higher concentrations in otoliths from Diplodus juveniles collected in ports. Therefore, otolith microchemistry cannot provide a unique and reliable fingerprint discriminating ports and natural areas. Nevertheless, otolith microchemistry could provide an effective natural tag to determine the contribution of ports to adult stocks provided that a library of all potential juvenile habitat fingerprints is established. All these results confirm that ports can be used as alternative nursery habitats by marine coastal fishes. Ecological engineering projects aiming at increasing structural complexity of port habitats seem promising for biodiversity and fish stock conservation

Le développement côtier introduit des habitats artificiels qui impactent la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes. Les solutions d'ingénierie écologique, comme les habitats artificiels à poissons (HAP), peuvent réhabiliter des zones très modifiées, comme les ports, en offrant un abri aux poissons. Les HAP peuvent aussi fournir un substrat aux invertébrés et aux macroalgues, améliorant le fonctionnement de l'écosystème. Leurs effets pourraient aller au-delà des ports et modifier les échanges trophiques avec les habitats adjacents. Cette thèse étudie la biodiversité des invertébrés associés aux HAP et explore les échanges de biomasse entre les ports et les herbiers de Posidonia oceanica adjacents le long de la côte méditerranéenne française.Les objectifs sont : (1) évaluer comment la diversité et la composition des invertébrés benthiques varient avec le temps d'immersion des HAP, (2) comprendre comment les types d'HAP et le contexte environnemental modifient les assemblages benthiques, et (3) explorer les échanges de matière organique entre les ports et les herbiers adjacents. J'ai étudié les HAP Biohut® (ECOCEAN), composés d'une cage métallique remplie de coquilles d'huîtres, attachés aux quais ou sous les pontons dans les ports.Au chapitre 1, j'ai examiné le rôle du temps d'immersion des HAP sur la diversité et la composition des assemblages d'invertébrés dans 3 ports commerciaux. Des variations dans la composition des invertébrés ont été observées entre 6 et 18 mois d'immersion, avec une augmentation de l'abondance, de la richesse et de l'équitabilité au fil du temps. Au chapitre 2, j'ai étudié les variations géographiques et intra-portuaires de la composition et de la diversité des invertébrés. L'étude a révélé des différences dans la composition des taxons entre 2 régions caractérisées par des apports en nutriments différents et des corrélations entre la composition des assemblages et la chlorophylle-a, indicateur de la concentration en nutriments. Les assemblages d'invertébrés variaient aussi selon les zones où les HAP étaient installés, probablement à cause de différences d'accès à la lumière. Au chapitre 3, j'ai étudié la connectivité trophique entre les herbiers de P. oceanica et les ports adjacents sur 4 sites : 2 avec des ports équipés en HAP et 2 non équipés. Dans les sites non équipés, les valeurs δ15N de la matière organique particulaire à l'intérieur du port étaient les plus élevées, suggérant un enrichissement en nutriments d'origine humaine. Ces valeurs diminuaient dans les herbiers selon la distance, indiquant un effet de ces nutriments sur l'herbier proche de l'entrée du port. Les poissons (Diplodus spp.) pouvaient utiliser des ressources venant à la fois de l'herbier et du port de manière similaire sur les 4 sites. Les niches trophiques des poissons capturés dans le port équipé étaient légèrement plus grandes que celles des ports non équipés et se chevauchaient moins avec celles des poissons capturés à l'extérieur. Leurs fèces faisaient également partie de la matière organique sédimentaires des herbiers. Au chapitre 4, j'ai présenté des projets développés avec d'autres scientifiques sur la diversité fonctionnelle des espèces et les relations trophiques dans les HAP, des mesures bioacoustiques sur les AFH et une comparaison de la biodiversité entre les ports et les réserves marines à l'aide d'ADN environnemental.Mon travail a révélé des aspects susceptibles d'améliorer l'utilisation des HAP. La durée d'immersion, les conditions environnementales et les emplacements dans les ports doivent faire l'objet d'une attention particulière. Bien que je n'aie pas trouvé de différences claires dans les échanges entre habitats liés aux HAP, ces derniers semblent jouer un rôle en réduisant l'enrichissement en nutriments. L'importance des poissons dans les échanges entre habitats et le fait que les HAP favorisent leur survie suggèrent que ces HAP pourraient contribuer indirectement à la connectivité trophique
Coastal development modifies shorelines by introducing man-made habitats, which significantly impact coastal biodiversity and ecosystem functioning. Ecological engineering solutions, such as artificial fish habitats (AFH), can help rehabilitate extremely modified areas, including ports, by offering shelter for fish. As a side effect, AFH provide a substrate to benthic invertebrates and macroalgae, that could improve ecosystem functioning. The effects of AFH may also extend beyond ports and modify trophic exchange with adjacent habitats via fish feeding hydrodynamics. This thesis investigates the patterns of distribution of invertebrate biodiversity associated with AFH and explores the exchange of biomass between marinas and adjacent Posidonia oceanica meadows along the French Mediterranean coast where these habitats are often adjacent.The objectives are: (1) evaluating how taxonomic diversity and composition of benthic invertebrates vary with AFH immersion time, (2) understanding how AFH types and environmental context modify benthic assemblages, and (3) exploring the exchanges of organic matter between marinas and adjacent meadows. I focused on Biohut® AFH (ECOCEAN), made of a metal cage filled with oyster shells, attached to docks or under pontoons in harbours and marinas.In chapter 1, I examined the role of immersion time in determining the diversity and composition of invertebrate assemblages colonising AFH in 3 commercial harbours. The findings indicated significant variations in invertebrate composition from 6 to 18 months, with increased abundance, taxonomic richness, and evenness over time. In chapter 2, I focused on the geographical and within-port variability in taxonomic composition and diversity of invertebrates dwelling in AFH. The study revealed differences in taxa composition between 2 large regions, characterised by different nutrient loads and correlations between assemblage composition and chlorophyll-a, a proxy for nutrient concentration. The number of taxa was the highest in the nutrient-enriched region. Additionally, invertebrate assemblages varied according to port habitats where the AFH were placed, possibly due to differences in light availability. In chapter 3, I investigated trophic connectivity between P. oceanica meadows and adjacent marinas at 4 sites where both habitats are present. Two marinas were equipped with AFH and the remaining 2 were not. At the unequipped sites, the δ15N values of the particulate organic matter within the marina were the highest indicating human-derived nutrient enrichment. The values decreased within the meadow, gradually according to the distance. This suggests a spill of nutrients over the portion of the meadow adjacent to the inlet. Fish relied on resources from both the seagrass meadow and the marina, similarly among the 4 sites, however, the trophic niches of fishes (Diplodus spp.) captured within the equipped marina were slightly larger than those within unequipped ones and overlapped less with the trophic niches of the fish captured outside. Fish faeces were also part of the organic matter sedimenting within meadows. In chapter 4, I reported initiatives developed with other scientists. They include species functional diversity and trophic relations within AFH, acoustic signatures of organisms dwelling in AFH and biodiversity comparison between ports and marine reserves using environmental DNA.My work has highlighted several aspects that could improve the effectiveness of AFH as ecological engineering solutions. Immersion time, local environmental conditions, and specific locations within ports need particular attention. Although I did not find clear differences in cross-habitat exchange related to AFH, they seemed to play a role in reducing nutrient enrichment. Moreover, since fish play an important role in cross-habitat exchanges and find refuge within AFH, this ecological engineering solution could indirectly contribute to change trophic connectivity

The aim of this PhD was to better understand the characteristics and consequences of the transformations of Mediterranean infralittoral fish (Teleostei) nursery habitats, in order to gather useful knowledge for management of coastal areas in Mediterranean regions. Among the seascape mosaic, Cystoseira forests, a threatened macrophytes-formed habitat, displayed higher densities of fish juveniles (notably Labridae and Serranidae) than alternate states of rocky bottoms photophilic biocenosis, namely Dictyotales and Sphacelariales bushland and barren grounds. The relatively higher nursery value of Cystoseira forests (for Symphodus spp. ) and of the shallow heterogeneous blocks and pebbles gentle slopes (for Diplodus spp. ) where consistent through space at both local (1 km) and regional (20 km) scales, although juvenile densities varied significantly in space between sites for a given nursery habitat. The spatial variability of juvenile densities, both across various habitats and among Cystoseira forests was notably related to habitat tri-dimensional structure (heterogeneity and complexity); this structure provided refuges for juveniles and influenced namely predation success of their predators. This experimental and observational study demonstrated that habitat human-induced transformations, such as forest fragmentation and cover density decrease critically reduced their nursery value for coastal fishes. Our results suggest that the fish productivity virtually lost in areas where forests have already disappeared may be considerable. Finally, these essential habitats were scarce and not homogenously distributed along the coast: in the case of Diplodus spp. , less than 10% of the studied rocky shores displayed nursery habitats. Furthermore, the present work highlighted that the current design of management measures did not take into account the spatial distribution of these nursery habitats and the connectivity between all essential habitats at each life stages. A conceptual scheme aiming at adopting such “seascape approach” is proposed, in order to better target conservation efforts and guarantee coastal fish assemblages’ replenishment
Cette thèse avait pour objet les habitats de l’Infralittoral rocheux Méditerranéen qui ont un rôle de nourricerie pour les juvéniles de poissons (Téléostéens). Cette étude visait à mieux comprendre leurs caractéristiques et les conséquences de leurs transformations, notamment d’origine anthropique, dans le but de rassembler des données utiles à la gestion des zones côtières. Au sein de la mosaïque paysagère sous-marine, parmi les faciès de la biocénose des macrophytes photophiles de la roche infralittorale, les forêts de Cystoseires forment un habitat à macrophytes arborescentes qui est menacé. Cette thèse a démontré que ces forêts abritaient des densités plus élevées de juvéniles de poissons (notamment Labridae et Serranidae) que celles observées au sein de faciès alternatifs, en particulier les brousses à Dictyotales et Sphacelariales et les faciès de surpâturage. La haute valeur relative de nourricerie, que ce soit des forêts de Cystoseires (pour trois espèces du genre Symphodus), ou des petits fonds à blocs et galets (pour les espèces du genre Diplodus), a été observée de manière récurrente dans les différents sites littoraux étudiés aussi bien à l’échelle locale (1 km) que régionale (20 à 100 km). Cependant, pour un habitat donné, les densités de juvéniles ont montré une forte variabilité spatiale entre sites. La variabilité spatiale des densités de juvéniles, aussi bien entres sites des forêts à Cystoseires que d’un habitat à l’autre, était notamment associée aux différences de structure tridimensionnelle de l’habitat (hétérogénéité et complexité). Cette structuration fournissait un refuge pour les juvéniles et a en particulier influencé l’efficacité de leurs prédateurs. Ces travaux, sur la base de manipulations expérimentales et d’observations in situ, ont démontré que les transformations des habitats, telles que la fragmentation des forêts ou la diminution de la densité de leur couverture, réduisaient drastiquement leurs valeurs de nourricerie pour les poissons côtiers. Ces résultats suggèrent que la productivité en poissons virtuellement perdue, dans les zones où les forêts ont déjà totalement disparu, est considérable. Par ailleurs, ces habitats essentiels se sont avérés rares et in-équitablement distribués le long des côtes : dans le cas des Diplodus spp. , moins de 10% des côtes rocheuses étudiées présentaient des habitats nourriceries. Enfin, ce travail a mis en évidence que la planification actuelle des mesures de gestion des zones côtières méditerranéennes ne prenait généralement pas en compte la distribution spatiale des habitats nourriceries, ni leur connectivité avec les autres habitats essentiels à chaque étape clef du cycle de vie des poissons. Un schéma conceptuel, visant à adopter une telle « approche paysage » de la gestion, est proposé : il vise à promouvoir une focalisation optimale des efforts de conservation et à garantir ainsi le renouvellement des peuplements de poissons côtiers

Cette thèse a pour thème central l'étude de deux problèmes soulevés dans les pêcheries modernes, la dégradation des habitats et le manque d'informations, qui comptent parmi les causes les importantes de la surexploitation des ressources halieutiques. Les deux premiers chapitres sont consacrés à l'examen du problème de la dégradation des habitats marins liée notamment aux activités de pêche destructrices. Le modèle de Gordon-Schaefer est prolongé afin de tenir compte de l'impact négatif de la pêche sur les habitats. Les conséquences pour la gestion sont analysées et l'importance de la prise en compte des habitats dans le développement des programmes de gestion des ressources halieutiques est mise en évidence. Le modèle élaboré est ensuite utilisé pour évaluer les bénéfices économiques des récifs artificiels, un outil de gestion auquel font de plus en plus appel les gestionnaires des pêcheries artisanales pour répondre à la dégradation des habitats. Enfin, dans le troisième chapitre, le rôle de l'information pour une pêche durable est examiné lorsque la ressource est en accès libre. Si, dans les deux premiers chapitres, il est supposé que les informations complètes sont disponibles pour l'élaboration des recommandations de gestion, dans la dernière étude, la décision concernant l'exploitation des ressources halieutiques est prise dans un contexte où aucune information sur la ressource n'est accessible. Cette décision est prise individuellement par chaque pêcheur qui opère dans la pêcherie. En développant un modèle multi-agents, nous montrons l'impact de l'apprentissage des pêcheurs sur la dynamique globale du système halieutique
This thesis focuses on two main problems posed in contemporary fisheries: habitat degradation and lack of information. They count among the most important causes of the overexploitation of marine resources. The first two chapters aim at examining the habitat degradation that is linked to destructive fishing activities. The Gordon-Schaefer model is extended to take account of the negative impact of fishing on the habitats. The consequences for fisheries management are analyzed and the importance of taking into account habitats in the development of fisheries management programs is highlighted. Then the extended model is used to evaluate the economic benefits of artificial reefs, a management tool to which frequently resort the managers of small-scale fisheries to mitigate the effects of habitat degradation. Finally, in the third chapter the role of information for sustainable fisheries is examined under open access. If in the first two chapters it is assumed that there is complete information, in the last study this assumption is relaxed - no information on the resource is known. The decision concerning the exploitation of marine resources is made individually by each fisherman that operates in the fishery. By developing an agent-based model, we show the impact of individual learning on the global dynamics of the system

Cette thèse en contrat CIFRE vise à proposer une méthodologie d'aménagement des fonds marins côtiers en habitats artificiels (HA) de production à vocation halieutique, en tant que nouveaux supports pour l'écosystème. L'objectif est d'apporter aux gestionnaires du milieu marin côtier une réponse complémentaire aux outils de gestion de la pêche, et plus largement des écosystèmes. La démarche méthodologique est géo-systémique, elle vise à intégrer ces aménagements à l'écosystème et au socio-système de la pêche côtière artisanale (stratégie du type GIZC). Les travaux menés au Japon, tant bibliographiques que de terrain, au sujet des récifs artificiels, nous ont permis d'appréhender l'aménagement intégré des fonds marins à travers la relation entre les espèces et leur habitat. Cette approche nous a conduits à proposer de faire évoluer le concept de "récif artificiel" vers celui d'"habitat artificiel" adapté à l'environnement côtier. La comparaison des méthodes utilisées par le Japon, le Portugal et la France, trois nations dont cet outil d'aménagement est avant tout à vocation halieutique, nous a permis d'identifier le manque d'une méthodologie d'aménagement globale en France. Ce sont les bases de cet outil que nous proposons de définir. Il est construit suivant les relations de la société avec la nature au niveau biophysique et socio-économique, en s'appuyant sur une typologie des habitats artificiels. Son application sur un cas d'étude nous a permis d'appréhender ses limites et la nécessité de définir un cadre de gestion des usages. L'HA est un instrument participatif transactionnel utile à la concertation pour la gestion des conflits. L'ménagement des fonds marins permet une délimitation et une appropriation d'un territoire côtier jusqu'ici "libre", processus responsabilisant préalables à une attitude de gestionnaire de la ressource. La préservation des écosystèmes côtiers favorisée par ces outils pourrait participer au développement équilibré des collectivités territoriales
This thesis under CIFRE contract aims to offer a methodology to change shore underwater marine systems into artificial habitat for ecosystem and fisheries exploitation. The objective is to give additional tools and answers to professionals specialised in fisheries and ecosystems management. The methodology is geo-systemic, it aims to integrate these changes into the ecosystem and socio-economic systems of artisanal fisheries (strategy type ICAM). The studies conducted on site in Japan taught us how to handle the integration of the underwater world through the relationship between species and their living space. This approach leads us to change the concept of "artificial reef" to the concept of "artificial habitat" as living spaces adapted for species living in a shore environment. The comparison of techniques from Japan, Portugal and France (the priority for these countries is to improve their marine parks with artificial habitat in order to help fishery related professions) helped us to identify a lack methodology in France. It is this global methodology that we want to define. The essence of this methodology is based on the relationship between society and nature at two levels : biophysical and socio-economical. It's organised by typology of artificial living space. Its application on one case study allows us to understand its limits and the necessity to define a common way of using such spaces. AH are participative transactional tools during concerted phases. We demonstrate that the wish to improve underwater living spaces enables the limitation and familiarization of shore territories which was until now unknown. The preservation of the shore ecosystems made possible by this methodology could assist in a balanced development of territorial collectivities

Les nourriceries et frayères sont des zones fonctionnelles halieutiques d’importance (ZFHI) qui abritent des phases clés du cycle de vie des poissons marins. Ces ZFHI subissent de multiples pressions anthropiques dont l’impact sur la dynamique des populations est rarement quantifié. Cette thèse vise à combler ces lacunes par une approche de modélisation de dynamique de population structurée en âge et en stades, où les phases critiques du cycle de vie sur les ZFHI sont explicitement représentées. Dans une première partie, le cas d’étude précis de la sole commune en Manche Est est examiné par une approche statistique hiérarchique bayésienne. Dans une deuxième phase, un modèle de population générique est développé pour représenter des populations de poissons aux histoires de viecontrastées. Le modèle intègre une relation stockrecrutement paramétrée en fonction de la qualité et de la quantité des habitats juvéniles. Cette approche est d’abord utilisée pour mettre en évidence l’impact de scénarios de dégradation/restauration de surface et de qualité des nourriceries sur la dynamique des populations, et la sensibilité des réponses aux variations interspécifiques des paramètres démographiques. Puis, il est appliqué pour évaluer le bénéfice de la restauration des nourriceries estuariennes pour quatre espèces commerciales de Manche Est. Finalement le modèle est étendu pour intégrer l’impact de pressions anthropiques au niveau des frayères. Les hypothèses et limites des approches sont discutées, tout comme les perspectives d’utilisation du cadre générique et son intérêt en appui à la gestion
Spawning and juvenile habitats are Critical Essential Fish Habitats (CEFH) that support key phases of the life cycle, when fish aggregate on restricted areas. These CEFH face numerous anthropogenic pressures that impact fish locally. Yet, these impacts are poorly quantified at population scale. This PhD aims to fill this knowledge gap using ageand stage-structured modelling approaches, with explicit representation of the critical life stages on CEFH. A first approach aims to assess the impact of Seine estuary restoration for the common sole in the Eastern English Channel. It uses a hierarchical Bayesian modelling framework integrating a great amount of data and expertise to perform simulations of juvenile habitat restoration. The second one develops a generic mechanistic model to represent marine fish population with contrastedfish population with contrasted life histories. It integrates a comprehensive steepness-based parameterization of the stock-recruitment relationship that directly depends upon juvenile habitat quality and surface area. This model is used to explore population response to juvenile habitat degradation/restoration and its sensitivity to interspecific variability in demographic rates. Then the approach is applied to assess the potential impact of restoring estuarine nursery grounds for four species of main fisheries interest in the Eastern English Channel. Finally, the model is extended to integrate anthropogenic pressures affecting spawning grounds. The main hypothesis and limits of the approaches are discussed; this outlined the large venues of the generic model, for both further scientific investigation and help for management

La biodiversité aquatique du bassin versant de l'Amazone, le plus grand système fluvial au monde et le plus diversifié en espèces, reste encore relativement mal répertoriée malgré toute l'attention que le bassin suscite au niveau de la communauté scientifique internationale. La répartition spatiale des espèces dans le bassin, et notamment celle des poissons d'eau douce, reste encore assez peu documentée, très parcellaire et dispersée entre les pays et institutions, associée à une taxonomie parfois confuse. Il en va de même pour la distribution des habitats aquatiques et des formes fluviales associées à l'échelle de l'ensemble du bassin, la dimension de celui-ci limitant l'acquisition de données de terrain. Améliorer la connaissance sur la répartition de la biodiversité et des habitats aquatiques dans le bassin versant de l'Amazone est pourtant une étape cruciale afin de pouvoir appréhender les facteurs et processus à l'origine de la diversification des espèces, identifier les zones à protéger prioritairement (hotspots de biodiversité) et mieux évaluer la vulnérabilité des espèces face aux changements globaux. Ce travail de thèse découle de l'ensemble de ces constats et vise à réduire les lacunes importantes de connaissances soulevées
The aquatic biodiversity of the Amazon basin, the largest and most species rich river basin on Earth, is still relatively poorly documented despite all the attention received from the international scientific community. Knowledge about the spatial distribution of species, and in particular of freshwater fishes, is very fragmented and dispersed between countries and institutions. The distribution of river forms has been also poorly explored at the scale of the entire basin, its continental dimension limiting the acquisition of field data. Improving the knowledge on the distribution of biodiversity and aquatic habitats in the basin is however a crucial step to better understand the factors and processes behind species diversification, identify priority areas for conservation (biodiversity hotspots) and assess the species vulnerability to global changes. This thesis work aims to reduce these significant knowledge gaps

Au cours de cette étude sur l'alimentation artificielle de la perche perca fluviatilis élevée en milieu contrôlé, nous avons précisé l'intérêt de ses potentialités zootechniques et mis en évidence que: les larves acceptent une alimentation composée pendant les 15 premiers jours de leur vie avec un taux de survie maximal de 26%. Pendant les 10 jours qui suivent l'éclosion, une distribution des particules alimentaires d'une taille inferieure à 125 m, améliore les taux de croissance et de survie des larves. Ces aliments semblent mieux détectés dans des bassins à parois internes claires et sous un éclairage de 800 lux. Pour les juvéniles préalablement élevés en étang, l'adaptation à leur nouveau milieu est intimement liée à la nature de l'alimentation. Une phase transitoire à base de foie de buf haché double le taux de survie de ces perches par rapport à un passage direct à l'aliment artificiel. Une ration journalière de 2% du poids vif convient pour une bonne croissance des perches (20-22g) élevées à 18-20c en circuit fermé ; elle engendre cependant une élévation du coefficient de variation pondéral, lui-même lie au dimorphisme sexuel. Des taux de rationnement de 4 et 6% n'améliorent ni la croissance, ni la composition corporelle des perches. En cage flottante, une ration de 3% semble plus appropriée. Quoiqu'il en soit, les gains de poids des perches élevées en circuit fermé ou en cages flottantes ne sont pas significativement différents. Chez les perches élevées en cages, l'induction gonadosomatique est essentiellement attribuée à la variation de température. Le déclenchement de la maturité sexuelle provoque une involution des indices hepatosomatiques et modifie la composition corporelle. Les perches élevées en circuit ferme sont plus riches en triglycérides et plus pauvres en phospholipides et en protéines que celles issues des cages.

Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés aux réponses comportementales des poissonsd'un grand fleuve aménagé aux variations fréquentes et contrastées de l'environnement (débit,température et photopériode), de manière à comprendre (1) comment les poissons réagissent àces variations et (2) s'ils ont mis en place des stratégies comportementales en réponse à cesvariations.Le jeu de données comportementales utilisé dans cette thèse est issu d'un suivi télémétriquede 89 jours permettant l'enregistrement en continu de positions de 61 poissons, dont 23barbeaux, 19 chevaines et 11 silures. Le site d'étude est un secteur du Rhône de 2 km soumis àdes éclusées et situé au droit de la centrale nucléaire du Bugey qui rejette de l'eau échauffée enrive droite. Il est le sujet d'une modélisation hydrodynamique 2D permettant de connaitre en toutpoint du site et pour toutes valeurs du débit, les conditions abiotiques locales.De manière à connaitre la qualité des positions acquises durant le suivi télémétrique etcomprendre comment la performance du système de télémétrie est susceptible de varier au coursdu suivi des déplacements de poissons, la précision de ce système a été préalablement étudiéedans cette thèse. Pour la meilleure des combinaisons de variables intrinsèques possibles, laprobabilité de détection varie de 0 à 80 %, et l'erreur moyenne est de 3-5 m dans le chenal et <10 m en berges. La configuration géométrique des hydrophones situés autour de l'émetteuracoustique ajuste la probabilité de détection, alors que le réglage des paramètres de traitementdes signaux acoustiques ajuste l'erreur de positionnement.Les données de position couplées au modèle hydrodynamique ont permis de déterminer lespréférences d'habitat des poissons, leur distribution spatiale et leur mouvement en fonction desvariations de l'environnement (phases de la photopériode, valeur du débit et température del'eau). Les préférences d'habitat des trois espèces sont orientées vers des profondeurs < 1.4 m,des vitesses < 0.4 m.s-1 et un substrat grossier (plutôt caillou et pierre). La différence principaleest observée avec la température de l'eau : les cyprinidés préfèrent des températures < 22°C,alors que les silures préfèrent des températures > 23°C. Ces préférences d'habitat varientmajoritairement avec le débit puisque les trois espèces préfèrent à débit élevé (> 630 m3.s-1) deshabitats ayant des caractéristiques physiques hydrauliquement moins contraignantes(profondeurs et vitesses moins importantes et un substrat plus grossier). La photopériode agitprincipalement sur le mouvement des poissons (les barbeaux sont crépusculaires, les chevainesdiurnes et les silures nocturnes) alors que le débit et la température modifient la distributionspatiale des espèces. Les cyprinidés utilisent très peu la zone échauffée (< 10 % du temps) alorsque les silures passent ~ 55 % de leur temps dans cette zone. Lors des heures de débit élevé, lespoissons utilisent majoritairement les berges et exploitent rarement le chenal. Enfin, les variablesenvironnementales agissent de manière combinée sur le comportement des poissons, parexemple pour les cyprinidés qui profitent des débits faibles durant leurs phases d'activité pourexploiter temporairement des habitats devenus accessibles.Les poissons du Bugey ont donc mis en place des stratégies comportementales baséesessentiellement sur une utilisation importante des zones de berge qui leur permettent de réaliserla majorité de leurs fonctions vitales. Les différentes espèces présentent une grande fidélité àquelques habitats clé qu'ils utilisent fréquemment tout au long de la journée, mais qu'ils peuventquitter durant certaines combinaisons de variations environnementales

Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés aux réponses comportementales des poissonsd’un grand fleuve aménagé aux variations fréquentes et contrastées de l’environnement (débit,température et photopériode), de manière à comprendre (1) comment les poissons réagissent àces variations et (2) s’ils ont mis en place des stratégies comportementales en réponse à cesvariations.Le jeu de données comportementales utilisé dans cette thèse est issu d’un suivi télémétriquede 89 jours permettant l’enregistrement en continu de positions de 61 poissons, dont 23barbeaux, 19 chevaines et 11 silures. Le site d’étude est un secteur du Rhône de 2 km soumis àdes éclusées et situé au droit de la centrale nucléaire du Bugey qui rejette de l’eau échauffée enrive droite. Il est le sujet d’une modélisation hydrodynamique 2D permettant de connaitre en toutpoint du site et pour toutes valeurs du débit, les conditions abiotiques locales.De manière à connaitre la qualité des positions acquises durant le suivi télémétrique etcomprendre comment la performance du système de télémétrie est susceptible de varier au coursdu suivi des déplacements de poissons, la précision de ce système a été préalablement étudiéedans cette thèse. Pour la meilleure des combinaisons de variables intrinsèques possibles, laprobabilité de détection varie de 0 à 80 %, et l’erreur moyenne est de 3-5 m dans le chenal et <10 m en berges. La configuration géométrique des hydrophones situés autour de l’émetteuracoustique ajuste la probabilité de détection, alors que le réglage des paramètres de traitementdes signaux acoustiques ajuste l’erreur de positionnement.Les données de position couplées au modèle hydrodynamique ont permis de déterminer lespréférences d’habitat des poissons, leur distribution spatiale et leur mouvement en fonction desvariations de l’environnement (phases de la photopériode, valeur du débit et température del’eau). Les préférences d’habitat des trois espèces sont orientées vers des profondeurs < 1.4 m,des vitesses < 0.4 m.s-1 et un substrat grossier (plutôt caillou et pierre). La différence principaleest observée avec la température de l’eau : les cyprinidés préfèrent des températures < 22°C,alors que les silures préfèrent des températures > 23°C. Ces préférences d’habitat varientmajoritairement avec le débit puisque les trois espèces préfèrent à débit élevé (> 630 m3.s-1) deshabitats ayant des caractéristiques physiques hydrauliquement moins contraignantes(profondeurs et vitesses moins importantes et un substrat plus grossier). La photopériode agitprincipalement sur le mouvement des poissons (les barbeaux sont crépusculaires, les chevainesdiurnes et les silures nocturnes) alors que le débit et la température modifient la distributionspatiale des espèces. Les cyprinidés utilisent très peu la zone échauffée (< 10 % du temps) alorsque les silures passent ~ 55 % de leur temps dans cette zone. Lors des heures de débit élevé, lespoissons utilisent majoritairement les berges et exploitent rarement le chenal. Enfin, les variablesenvironnementales agissent de manière combinée sur le comportement des poissons, parexemple pour les cyprinidés qui profitent des débits faibles durant leurs phases d’activité pourexploiter temporairement des habitats devenus accessibles.Les poissons du Bugey ont donc mis en place des stratégies comportementales baséesessentiellement sur une utilisation importante des zones de berge qui leur permettent de réaliserla majorité de leurs fonctions vitales. Les différentes espèces présentent une grande fidélité àquelques habitats clé qu’ils utilisent fréquemment tout au long de la journée, mais qu’ils peuventquitter durant certaines combinaisons de variations environnementales
In this thesis, we studied the behavioral responses of fish to contrasting variations of theenvironment (flow, temperature and photoperiod) in order to understand (1) how fish react tothese changes and (2) if they have developed behavioral strategies in response to thesevariations.The behavioral data set used in this thesis comes from a continuous telemetry monitoringrealized during 89 days and recording positions of 61 fish of which 23 of barbel, 19 chub and 11catfish. The study site is an area of 2 km of the Rhone River subject to hydropeaking and locatedfront of the Bugey nuclear power plant that generates water heated on the right bank. The studysite is the subject of a 2D hydrodynamic modeling to know, at any point of the site and for allflow values, the local abiotic conditions.In order to know the quality of positions acquired during telemetric monitoring and how theperformance of the telemetry system is likely to vary during the monitoring of fish movements,the accuracy of this system has been previously studied in this thesis. To the best of possiblecombinations of intrinsic variables, the probability of detection varies from 0 to 80%, and theaverage error is 3-5 m in the channel and <10 m in banks. The geometrical configuration of thehydrophones located around the acoustic transmitter adjusts the probability of detection, whilethe setting of processing acoustic signals parameters adjusts the positioning error.The position data coupled with the hydrodynamic model were used to determine the habitatpreferences of fish, their spatial distribution and their movement, in response to changes in theenvironment (phases of photoperiod, water temperature and flow value). Habitat preferences ofthe three species are referred to depths <1.4 m, velocities <0.4 m.s-1 and coarse substrate (ratherrock and stone). The main difference is observed with the water temperature: cyprinids prefertemperatures <22 ° C, while catfish prefer temperatures> 23 ° C. These habitat preferences varymainly with the flow since the three species prefer during high flow (> 630 m3.s-1) habitats thatare hydraulically less stringent (lower speeds and depths and a coarser substrate). Photoperiodprimarily affects the movement of fish (barbel are crepuscular, the chub are diurnal and catfishare nocturnal) while the flow and temperature affect the spatial distribution of species. Cyprinidsuse very little the heated zone (<10% of the time) while catfish spend ~ 55% of their time in thisarea. During hours of high flow, the fish mostly use the banks and rarely exploit the channel.Finally, environmental variables acting in combination on fish behavior, such as cyprinids thatbenefit low flows during their phases of activity to exploit temporary habitats became available.Bugey fish have therefore implemented behavioral strategies based primarily on extensive useof shoreline areas that allow them to conduct most of their vital functions. The different speciesshow high fidelity to a few key habitats they use frequently throughout the day, but they canleave during certain combinations of environmental variations

La connectivité écologique se mesure via l'estimation des mouvements réalisés par les organismes au cours de leurs vie. Parmi les outils existants, seule la microchimie des otolithes est capable de reconstruire les mouvements des poissons au cours de leur vie entière, notamment lors des migrations ontogénétiques. Son utilisation au sein des milieux oligotrophes et chimiquement peu contrastés tels que les récifs coralliens reste cependant marginale. C'est dans ce contexte que s'inscrit ce travail sur la microchimie des otolithes des poissons des récifs coralliens et mangroves de Nouvelle-Calédonie. Il se divise en deux parties. La première, méthodologique, est axée sur l'estimation du potentiel de l'outil microchimie des otolithes en Nouvelle-Calédonie, avec un chapitre sur la détermination des signatures multi-élémentaires caractéristiques des différents habitats de la Grande Terre et un chapitre sur l'étude de la relation entre la microchimie de l'environnement et celle des otolithes. La seconde partie se concentre sur l'application de la méthodologie précédemment développée a des thématiques écologiques, avec un chapitre sur le rôle des mangroves sur le cycle de vie et la distribution géographique d'une espèce de Lutjanidae, Lutjanus fulviflamma, et un chapitre centré sur les mouvements réalisés au cours de la vie de cette espèce. Les résultats démontrent que la microchimie des otolithes présente un potentiel élevé en Nouvelle-Calédonie avec un fort pouvoir de discrimination entre la mangrove et les récifs coralliens. La relation entre la microchimie de l'environnement et celle des otolithes est complexe et dépend fortement des espèces considérées. Cependant, les contrastes chimiques marqués de l'environnement se retrouvent au sein des otolithes. Les résultats démontrent une connexion forte entre les différents habitats pour L.fulviflamma, particulièrement entre la mangrove et les récifs coralliens avec une importance cruciale de la mangrove comme zone de nurserie. Trois différents patrons de mouvements entre habitats ont été identifiés. Cette diversité illustre une forte variabilité de la connectivité écologique entre les individus, avec pour certains d'entre eux, une fréquentation de l'habitat juvénile durant la phase adulte
Ecological connectivity is defined by organism movements between habitats.Among the tools used to measure connectivity, otolith microchemistry is the only one able toreconstruct the fish movement throughout their entire lifetime, and thus include ontogeneticmigrations. However, it is seldom used in oligotrophic environments that typically show poorchemical contrasts such as coral reefs. In this context, this study focused on otolith microchemistryof coral reef and mangrove fishes of New Caledonia. This work comprises two parts. First, amethodological part to assess the potential of otolith microchemistry in New Caledonia, with onechapter on the determination of multi-elemental signatures of habitats from the Main Island and onechapter on the relationships between environmental and otoliths microchemistries. Second, thepreviously developed methodology was applied to ecological questions, with a chapter on theimportance of mangrove on the life cycle and the spatial distribution of a Lutjanidae, Lutjanusfulviflamma, and a chapter on the lifetime movement patterns of this species. Results revealed ahigh potential of otolith microchemistry in New Caledonia with a high power of discriminationbetween mangroves and coral reefs. Relationships between environmental and otolithmicrochemistries were complex and species-specific. However, strong chemical contrasts in theenvironment were traduced in the otoliths. Results showed a strong connection between differenthabitats for L. fulviflamma, in particular between mangroves and reefs with a crucial importance ofmangroves as nursery grounds. Three different patterns of lifetime movements among habitats wereidentified. This diversity illustrates a high variability of ecological connectivity patterns amongindividuals, with a possible return to the juvenile habitat during the adult stage

Ce travail est réalisé dans un réservoir artificiel, adjacent à une centrale électronucléaire, pour lequel les températures hivernales sont douces (8,2 à 12,4°C) et augmentent rapidement au printemps (Avril : 14,7°C) soit respectivement 5°C et 3°C au-delà des températures de la rivière qui l'alimente (la Moselle). L'absence de stratification (ni thermocline, ni oxycline) et de marnage offre une opportunité unique d'observer la distribution des poissons peu soumis aux contraintes abiotiques. Dans un premier temps, la distribution spatio-temporelle des communautés ichtyiques est suivie en domaine littoral et pélagique. Les jeunes poissons de l'année sont essentiellement discriminés selon leur date d'éclosion et constituent alors deux groupes distincts d'espèces ; les premiers alevins sont issus des pontes printanières tandis que ceux du second groupe descendent d'espèces à reproduction plus tardive. Les migrations et le partage des niches écologiques sont appréciés au cours de l'ontogenèse et par exemple, à la fin du printemps et en été, les plus petites brèmes bordelières (LT < 20 mm) sont confinées dans les habitats de forte complexité structurale tandis que les alevins de perches soleils occupent l'ensemble des habitats disponibles. En grandissant, les brèmes bordelières gagnent progressivement des habitats plus ouverts avant de rejoindre le domaine pélagique. La distribution verticale des poissons y est étudiée à l'aide d'une série chronologique de captures aux filets maillants verticaux. Les patrons de répartition saisonniers et spécifiques sont mis en évidence. Au cours de l'automne, de nombreuses espèces sont capturées plus en profondeur tandis que la perche soleil est la seule dont les captures en domaine littoral sont abondantes. Le succès d'introduction de la perche soleil doit être le fruit à la fois de son éclosion tardive et d'une stratégie de sélection de l'habitat opportuniste qui lui permet d'occuper un espace laissé vacant. Dans un second temps, les incidences sur les traits d'histoire de vie de poissons exposés à des eaux échauffées sont étudiées avec un intérêt particulier pour la population de perche soleil. Une croissance rapide des jeunes de l'année, une maturité précoce et une faible longévité sont constatées, et se démarquent des travaux existants. La faible longévité semble être la conséquence d'une maturité précoce des adultes qui subissent une forte mortalité suite à leur première reproduction. Ces résultats doivent contribuer à la mise en place d'outils prédictifs des réponses écologiques dans le contexte de changement climatique

Dégradés par plusieurs siècles d’endiguement et menacés par les effets du changement climatique, les marais intertidaux européens font aujourd’hui l’objet d’un nombre croissant de restaurations par rétablissement des marées sur d’anciennes zones endiguées, suivant une tendance générale appelée dépoldérisation. Cette thèse décrit la trajectoire de restauration des marais intertidaux à partir des communautés de necton (i.e., poissons et crustacés décapodes), sur la base de deux sites dépoldérisés accidentellement dans l’estuaire de la Gironde : le marais de Mortagne et l’île Nouvelle. L’évolution du necton dans les marais dépoldérisés est caractérisée à travers une approche synchronique à l’échelle de la mosaïque des habitats estuariens. La composition du necton dans les marais dépoldérisés est en grande partie similaire à celles des milieux intertidaux naturels et se différencie nette-ment des marais endigués, où les espèces exotiques d’eau douce prospèrent. Les marais restaurés apparaissent particulièrement attractifs pour le mulet porc, Liza ramada. La distribution des traits fonctionnels au sein des communautés de poissons révèle un changement de structure fonctionnelle au cours de la dépoldérisation, le temps de restauration étant inféré à partir d’un gradient de naturalité des habitats estuariens. En particulier, la spécialisation, la dispersion et la richesse fonctionnelle augmentent au cours de la restauration. Concernant l’évolution des règles d’assemblage, aucune tendance claire ne se dégage : les patrons diffèrent selon les traits fonctionnels.La dynamique temporelle de la composition des communautés de necton dans l’un des sites dépoldérisés montre une succession de trois phases au cours des quatre années suivant la restauration. Un changement plus abrupt concernant l’abondance de certaines espèces et la structure fonctionnelle des communautés est identifié au milieude la seconde phase, moins de deux ans après la dépoldérisation. La cinétique de transformation des communautés est probablement ralentie par le drainage incomplet du site dans les premiers temps de la dépoldérisation. Les résultats de cette thèse permettent de mieux comprendre la trajectoire de restauration des marais intertidaux, sans intervention humaine, tout en soulignant les atouts et les limites de certains modèles théoriques utilisés en écologie de la restauration
European intertidal marshes have greatly declined during the past centuries because of land claim andhave recently been threatened by the effects of climate change. In recent years, an increasing number of tidal resto-ration projects have been implemented, following a global trend termed de-embankment. This thesis describes therestoration trajectory of tidally restored marshes from the response of nekton (i.e., fish and decapod crustaceans)based on two storm-breached study sites in the Gironde estuary : the Mortagne marsh and the Nouvelle island.Nekton assemblage composition of tidally restored marshes was described through a whole-estuary approach en-compassing natural, restored and dyked habitats. Nekton assemblages of tidally restored marshes showed highcompositional similarity with natural intertidal habitats and greatly departed from dyked marshes. Dyked marsheswere characterized by high occurrence of freshwater exotic taxa. Tidally restored marshes seemed particularly at-tractive for the thin-lipped grey mullet, Liza ramada. The functional traits’ distribution within fish communities revealeda change in functional structure in the course of restoration using the naturalness state of habitats as a proxy forrestoration time. Most notably, functional specialization, dispersion and richness increased with restoration time.No clear pattern of change was observed in community assembly over time ; trends chiefly varied with respect totraits. Temporal trends in one of the restored sites revealed three phases in the first four years of tide restoration.The abundance of several species and the community functional structure changed more steeply in the midst ofthe second phase, less than two years following tide restoration. Community turnover was probably delayed dueto incomplete drainage of the site in the early stages of restoration. The results of this thesis lead to a better un-derstanding of the restoration trajectory of tidal marshes without human intervention and highlight the strengths andweaknesses of some theoretical models used in restoration ecology

Les écosystèmes côtiers et estuariens sont extrêmement riches d’un point de vue biologique et écologique et abritent des habitats essentiels au maintien et au renouvellement des ressources marines d’intérêt halieutique. Parmi les altérations subies par ces écosystèmes, les proliférations de macroalgues opportunistes sont l’un des signes les plus visibles de l’eutrophisation dans plusieurs régions du monde, et particulièrement dans le nord-ouest de la France. Les processus à l’origine de ces proliférations sont relativement bien identifiés tandis que leurs conséquences écologiques - notamment sur l’ichtyofaune - restent mal connues et peu étudiées. L’objectif de cette thèse est de caractériser les effets des marées vertes sur la fonction d’habitat halieutique essentiel au renouvellement de l’ichtyofaune des zones côtières et estuariennes par une approche multi-échelleLes conséquences des marées vertes sur l’ichtyofaune ont tout d’abord été examinées à l’échelle de la communauté. Ensuite, les processus par lesquels cette perturbation affecte l’ichtyofaune ont été étudiés par une approche à l’échelle de l’individu. Cette étude s’est intéressée aux réponses des juvéniles à travers la sélection de l’habitat et la comparaison de leurs performances physiologiques entre un site contrôle et un site impacté. Au travers de ces deux approches, un impact négatif écologiquement significatif des marées vertes sur la qualité des habitats essentiels au renouvellement des ressources d’intérêt halieutique a été mis en évidence. Les conséquences des marées vertes sur l’ichtyofaune sont modul
Coastal and estuarine systems are highly productive areas that provide unique biological and ecological services and shelter essential habitats to numerous fisheries resources. Among the perturbations experienced by these ecosystems, proliferations of opportunistic macroalgae, commonly known as ‘green tides’, are one of the most obvious signs of eutrophication in coastal and estuarine areas, worldwide, and in Northwestern France in particular. The processes underlying macroalgal proliferations are almost identified whereas their ecological consequences - especially for ichthyofauna - remain poorly understood and understudied. The objective of this thesis is to characterise the effects of green tides on the role of coastal and estuarine habitats for ichthyofauna, on both the community and the individual scales.First, we investigated the consequences of green tides on ichthyofauna on the community scale. Then, we examined the processes which affect the ichthyofauna during green tides, on the individual scale. Marine juvenile fish responses were investigated based on habitat selection and comparison of individual performances between a control and an impacted site. Based on these two complementary approaches, we evidence ecological significant negative effects of green tides on the quality of essential fish habitats. The effects of green tides on ichthyofauna are modulated by the intensity and nature of macroalgal blooms, and are related to the fish habitat use and ecology. A decreasing gradient of sensibility to green tides is emphasised, from benthic to demersal and pelagi

L'utilisation des habitats par les anguilles Anguilla anguilla à partir du stade civelle a été étudié dans les zones aval et côtière du bassin versant Gironde Garonne Dordogne. Une méthode de suivi des déplacements des anguilles au travers des masses d'eau de différentes salinités du bassin versant (mer, estuaire, fleuve) a été mise au point de façon expérimentale, en utilisant les propriétés chimiques des otolithes. Les résultats montrent que les anguilles peuvent adopter deux tactiques différentes qui sont soit une résidence dans le même habitat (estuaire, fleuve, mer), soit des mouvements entre plusieurs habitats différents. Les anguilles qui changent d'habitat, dans leur grande majorité adoptent une tactique qui consiste à résider quelques années en eau douche puis regagner l'estuaire pour y terminer leur croissance. Le même comportement est également observé chez deux espèces d'anguilles tempérées, A. Rostrata et A. Japonica.

Une meilleure connaissance des frayères des principaux poissons commerciaux de la mer du Nord semble nécessaire pour leur surveillance. La composition et l'abondance des espèces d'oeufs collectés par le CUFES (Continuous Underway Fish Egg Sampler) sont comparées à celle collectées par le VET (Vertical Egg Trawl) permettant de prouver l'efficacité du CUFES en Manche et mer du Nord. L'identification des œufs de poissons principalement basée sur des critères morphologiques n'est pas toujours fiable. En effet, certaines espèces comme la morue (Gadus morhua) et le merlan (Merlangius merlangus) ont la même gamme de taille, ainsi des méthodes altenatives ont été développées. Premièrement, une technique de biologie moléculaire par PCR-RFLP puis un nouveau système d'analyse d'images, le ZooScan ont été développés pour identifier les œufs de poissons. Des cartes annuelles des frayères hivernales ont été réalisées et comparées entre elles afin de déterminer des zones de ponte récurrentes. Les œufs sont généralement bien distribués sur la zone d'étude, à l'exception de la zone Nord-Ouest de la mer du Nord, près des côtes écossaises. Et enfin, l'habitat de ponte des poissons a été modélisé en utilisant les méthodes GLM (Generalised Linear Model) et RQ (Regression Quantile) en fonction des paramètres environnementaux disponibles afin de prédire les frayères. Les résultats de cette étude multidisciplinaire ont permis d'améliorer les connaissances sur les frayères hivernales en Manche Orientale et sud mer du Nord et ont été discutés dans une perspective de protection et de conservation de ces zones
A better knowledge and monitoring of principal commercial fish spawning grounds have become necessary in the North Sea. The efficiency of CUFES was proved by sampling pelagic fish eggs in winter in Eastern Channel and Southern North Sea. Fish egg taxonomic identification based on visual criteria cannot always be carried out effectively. In particular, cod (Gadus morhua), and whiting (Merlangius merlangus) or flounder (Platichthys flesus) and dab (Limanda limanda) have the same range of egg diameter and similar morphologies. Alternative identification methods using molecular techniques were developed to improve the accuracy of egg taxonomic identification. First, PCR-RFLP method, then, in order to accelerate egg identification, the use of a new laboratory imaging system, the ZooScan, able to produce high resolution images of zooplankton samples, was adapted to fish eggs and allower their automated identification using supervised learning algorithms. The location of winter spawning grounds of fishes in the Southern North Sea and the Eastern Channel was illustrated using yearly maps and analysed over the available period to define recurrent, occasional and unfavorable spawning areas. Generally, fish eggs were found over the study area, except for the North Western of the North Sea, near Scottish coasts. Important spawning areas were clearly localised along the Belgian, Dutch and Danish coasts. Habitat modelling of these fish spawning areas was carried out using both GLM (Generalised Linear Model) and QR (Regression Quantile) and associated egg abundance to physical conditions such as temperature, salinity, bedstress, chlorophyll a concentration and bottom sediment types to characterize spawning habitat conditions and predict their extent and location. The results of this approach improve the understanding of spawning grounds distribution and were discussed in the context of the protection and conservation of critical spawning grounds

Experience montrant une succession de peuplements algaux et faunistiques pendant les treize mois de colonisation. L'analyse des donnees n'etablit pas de correlation entre la presence de g. Toxicus, la densite et les fluctuations des parametres du milieu. Une correlation nette est mise en evidence entre l'accroissement de la population de g. Toxicus et le developpement de l'algue rouge melobesia farinosa, a la surface de laquelle il adhere et qui, de ce fait, joue le role d'algue-support

La destruction d'une partie des habitats est souvent la cause principale de leur fragmentation. Or, depuis les années 1960-1970, l'anthropisation du littoral du golfe du Lion a engendré la création d'habitats fragmentés, non pas par une destruction, mais bien par un apport nouveau via l'installation massive d'enrochements côtiers artificiels. Cette étude a eu pour but principal de comprendre le rôle de ces structures en comparaison à des zones naturelles (lagunes, zone rocheuse) dans le maintien des populations de poissons de la côte rocheuse située plus au sud. Le sar commun, poisson caractéristique des zones rocheuses, a été utilisé comme modèle. Des comptages d'adultes et de juvéniles en plongée subaquatique, des marquages directs mais aussi l'utilisation de la microanalyse chimique des otolithes ont été utilisés afin de répondre à ces interrogations. Les aménagements littoraux jouent un rôle de nourricerie non négligeable. Selon les années, les densités de juvéniles sont de 30 à 109 fois supérieures à celles observées sur les habitats naturels, que ce soit sur la côte rocheuse ou dans la lagune. La présence de seulement deux groupes principaux de géniteurs sur la côte catalane française pourrait expliquer de telles différences. Un des deux alimenterait les enrochements côtiers artificiels, il serait situé au cap Leucate. Le second, dans la réserve de Cerbère-Banyuls exporterait des juvéniles vers la côte espagnole suivant un courant dominant nord-sud. De plus, la lagune aurait perdu son rôle de nourricerie au profit des aménagements littoraux. Nos résultats montrent aussi qu'il existe une connectivité lors de la phase adulte entre ces structures côtières et les zones rocheuses naturelles. Elle a lieu principalement au printemps et en automne. 20 % des sars ayant fait leur installation sur les aménagements littoraux les quittent pour la côte rocheuse. Sur cette côte un tiers des sars sont issus d'une installation sur des habitats artificiels de la côte sableuse. Cette étude souligne le rôle majeur que peuvent avoir ces habitats artificiels dans le maintien, voire l'extension des populations de sars communs au niveau de la côte catalane, mais aussi de l'ensemble du golfe du Lion. La fragmentation de l'habitat est dans ce cas positive. Elle pourrait être à l'origine de l'apparition de nouvelles espèces sur la côte du Languedoc-Roussillon comme le sar tambour, Diplodus cervinus et le denti, Dentex dentex

Dans l'Infralittoral rocheux méditerranéen, les algues brunes du genre Cystoseira forment des habitats structurellement complexes, dénommés forêts à Cystoseira. A cause de certaines activités anthropiques, ces forêts ont déjà disparu dans de nombreuses localités et sont en train de régresser dans d'autres. Elles ont été (sont) généralement remplacées par des habitats structurellement moins complexes de type brousse, gazon ou désert. Cette thèse a visé à estimer les possibles conséquences pour les poissons de la régression des forêts à Cystoseira et à identifier les processus écologiques en cause. Plusieurs approches complémentaires ont été employées : inventaires de macroalgues et de poissons, expériences de prédation et de sélection d'habitats en aquarium, analyses de composions isotopiques et de contenus stomacaux. Les densités de poissons proie et prédateur étaient plus importantes dans les forêts à Cystoseira que dans les habitats structurellement moins complexes. Cela peut résulter, au moins en partie, du rôle "refuge" de Cystoseira spp. qui induit (1) une plus faible mortalité des poissons proies et prédateurs dans les forêts, due à une plus grande disponibilité en abris et en nourriture, respectivement, (2) une immigration nette des poissons dans les forêts due à leur préférence pour cet habitat structurellement complexe. De plus, Cystoseira spp. pourrait être une importante source de matière organique pour l'écosystème. Ce potentiel rôle trophique mérite des études complémentaires. Ce travail suggère que la régression des forêts à Cystoseira est néfaste pour les poissons et souligne donc la nécessité de mieux gérer les activités humaines impactant Cystoseira spp
In Mediterranean rocky subtidal, large brown algae belonging to the genus Cystoseira form structurally complex habitats, called Cystoseira forest. Due to anthropogenic stressors, Cystoseira forests disappeared from numerous localities in the Mediterranean Sea and are deteriorating in other localities. Cystoseira forests are usually replaced by structurally less complex habitats, such as shrublands, turfs and barren. This PhD aimed to assess putative consequences for fish of Cystoseira forest degradation, and to identify the underlying ecological processes. Multiple complementary approaches were used: macroalgae and fish field surveys, tank-based predation and habitat-choice experiments, stable isotopes and stomach contents analyses. Densities of prey and predatory fish were higher in Cystoseira forests compared to structurally less complex habitats. This may be due to the shelter role of Cystoseira spp. that induces (1) reduced mortality of prey and predatory fish in forests, due to high shelter and food availability, respectively, and (2) net immigration of fish into forests due to their preference for this structurally complex habitat. Moreover, Cystoseira spp. may be an important source of organic matter to the ecosystem. This possible trophic role deserves complementary studies. This work suggests that Cystoseira forest degradation are harmful to fish and from this perspective stresses the need to better manage human activities impacting Cystoseira spp

Dans le domaine marin, des protocoles d’observation développés dans de nombreux cadres produisent un grand volume de données hétérogènes, difficiles à agréger et à utiliser. Ce travail propose i) des méthodes, protocoles et recommandations pour construire et/ou soutenir la mise en place de réseaux de suivis multi-usagers,) des utilisations novatrices des données.Deux cas d’étude ont été choisis : les habitats coralligènes à l’échelle de la Méditerranée et la colonisation de récifs artificiels dans différentes mers régionales.L’expérimentation à large échelle se base sur des méthodes de mesures les plus simples possibles, décrites très explicitement dans des termes standardisés, sur des opérateurs intercalibrés et une méthode de traitement des données. Un mécanisme de couplage de données de différentes origines reposant sur la requalification des facteurs descriptifs hétérogènes et une méthode d’analyse et de fouille de données basé sur la théorie des graphes sont proposées
In the marine domain, observation protocols developed in many settings produce a large volume of heterogeneous data that are difficult to aggregate and use. This work proposes to develop i) methods, protocols and recommendations to build and / or support the establishment of multi-user monitoring networks, ii) innovative uses of data.Two case studies were chosen: coralligenous habitats at the Mediterranean scale and the colonisation of artificial reefs in different regional seas.Large-scale experimentation is based on the simplest possible measurement methods, described very explicitly in standardised terms, on intercalibrated operators and a method of data processing. A mechanism for coupling data from different origins based on the requalification of heterogeneous descriptive factors and a method for analysis and data mining based on graph theory is also proposed

Ces travaux de thèse ont pour objectif de mieux comprendre les stratégies d'utilisation d'habitats écologiques essentiels de poissons côtiers sur la façade ouest de la Manche (golfe Normand Breton et Baie de Lannion) en ayant recours à une multitude de traits de vie pour deux taxons avec des cycles biologiques contrastés
The objectives of our thesis were to precise the use strategies of essential ecological habitats by coastal fishes in the west french Channel (Norman-Breton gulf and Lannion bay) using life traits for two taxa with contrasted biological cycles

L'objectif de cette thèse est l'étude du régime alimentaire de poissons côtiers commerciaux et la compréhension de l'utilité des isotopes stables du carbone (δ13C) et de l'azote (δ15N) dans l'étude des niches trophiques et de l'occupation des habitats côtiers par les poissons dans le sud-ouest de l'océan Indien. Dans la Baie de La Possession, les espèces représentatives des récifs artificiels immergés en 2003 (Luljanus kasmira, Priacanthus hamrur et Selar crumenophthalmus) ingèrent surtout des proies pélagiques et partitionnent leurs niches trophiques afin de limiter la compétition. Les valeurs de δ15N sont positivement corrélées avec la taille des poissons, traduisant une contribution croissante des larves de poissons au régime alimentaire. Les isotopes stables de la matière organique particulaire (MOP) ont été analysés à microéchelle (< 10 km) dans la Baie de La Possession, à mésoéchelle (10aines de km) autour de La Réunion et, pour les muscles de poissons à macroéchelle (l00aines de km) le long,du plateau .des Mascareignes.et du cana1 du Mozambique. À microéchelle, le δ15N de la MOP ne varie pas; à mésoechelle, Il existe un enrichissement significatif en 15N dans le sud-ouest de l'île; à macroéchelle, les muscles des poissons s'enrichissent progressivement en 15N vers le nord. À microéchelle, la MOP est enrichie en 13C à faible profondeur; à mésoéchelle, les stations de l'est sont enrichies en 13C ; à macroéchelle, aucune tendance n'est observée. Ainsi, l'utilité des isotopes stables du carbone pour l'étude de l'utilisation des habitats côtiers est limitée à méso- et macroéchelle et les isotopes stables de l'azote constituent un outil plus pertinent à macroéchelle
The aim of this thesis was to study the feeding habits of coastal fish species of commercial interest andto use stable isotopes of carbon (δ13C) and nitrogen (δ15N) to investigate the trophic niches of fish and their use of coastal habitats in the south-west Indian Ocean. In the Bay of La Possession, the species among the most abundant around the artificial reefs immersed in 2003 (Luljanus kasmira, Priacanthus hamrur and Selar crumenophthalmus) feed essentially on pelagic prey and partition their trophic niche to limit interspecific competition. There was also a positive correlation between fish size and muscle δ15N values due to fish larvae contributing more to the diet of fish with age. The stable isotopie composition of the particulate organic matter (POM) was measured at the microscale (< 10 km) in the Bay of La Possession, the mesoscale (10's of km) around Reunion Island and, for the fish muscles, at the macroscale 100’s of km) along the Mascarene plateau and the Mozambique channel. At microscale, POM δ15N values do not show any spatial variability; at mesoscale, POM is 15N-enriched in the south-west of Reunion Island; at macroscale, fish muscles are gradually 15N-enriched towards the north. At microscale, POM shows a 13C-enrichment on the shallowest station; at mesoscale, stations on the east coast of the island are 13C-enriched compared to the west; at macroscale, POMδ13C values are not significantly correlated with latitude. Thus, the stable isotopes of carbon do not seem to be appropriate for the study of fish coastal habitat use at the meso- and macroscale, and the stable isotopes of nitrogen represent a better indicator of fish habitat use at the macroscale

Le saumon Atlantique fait partie du patrimoine écologique et économique du bassin de l’Adour. Dans le cadre de la gestion actuelle du saumon dans ce bassin, l’origine natale des géniteurs, le taux de retour des individus d’origine piscicole, le taux de homing sur chaque sous-bassin ou encore le soutient par des géniteurs extérieurs au bassin de l’Adour sont des thématiques qui restent sans réponses. Ce projet propose donc de tester le potentiel de la géochimie des otolithes sur le saumon Atlantique du bassin de l’Adour. Nos travaux démontrent que la variation géographique de la composition chimique de l’eau dans 12 rivières colonisées par le saumon, associée à un enregistrement dans l’otolithe proportionnel à la signature géochimique du milieu de vie, permettent de discriminer l’origine géographique des individus. La combinaison des signatures élémentaires (Sr:Ca et Ba:Ca) et surtout l’isotopie du Sr (temporellement plus stable et sans fractionnement biologique) dans les otolithes améliore la précision du classement à l’échelle de la rivière de développement. En se basant sur la transmission de signatures géochimiques (élémentaires et isotopiques) transgénérationelles entre la femelle reproductrice et les otolithes des embryons produits par cette dernière, nous avons discriminé avec succès les individus nés en rivière de ceux nés en pisciculture. Le classement des géniteurs (180 individus) selon leur rivière natale a confirmé que le sous bassin du gave d’Oloron, et plus particulièrement le gave d’Ossau, reste le lieu qui produit le plus de saumon de retour. De façon non négligeable, le gave de Pau contribue lui aussi au renouvellement de la population (10 d’origine piscicole et 6 d’origine naturelle). 18 saumons sur 180 sont issus de l’alevinage (soit 10%); la majorité s’étant développée dans le sous-bassin du gave de Pau. Par ailleurs, nous avons mis à jour l’existence de périodes au cours de la vie des juvéniles (changements de milieu: sac vitellin—milieu extérieur et pisciculture—rivière) durant lesquelles l’enregistrement du Ba dans l’otolithe n’est pas en relation avec la chimie de l’eau. L’originalité de notre approche est d’avoir étudié l’influence des facteurs endogènes et environnementaux chez des poissons ayant vécu dans le milieu naturel ou ayant séjourné en milieu naturel contrôlé. Nos travaux mettent l’accent sur la complexité de l’intégration du rapport Ba:Ca dans l’otolithe et démontrent l’utilité des éléments traces et des isotopes du Sr comme « tag naturel » pour distinguer l’origine natale du saumon Atlantique
The Adour basin holds one of the largest populations of Atlantic salmon in southern Europe exploited by commercial and sport fisheries. Determining the relative contributions of individual rivers and hatcheries to the Adour basin populations becomes crucial to understand key sources that contribute the most to its persistence. We successfully used Sr:Ca, Ba:Ca and 87Sr:86Sr ratios as natural tags for determining the natal origins of adults from 12 tributaries. Success in discriminating between fish from different sites was greatest using Sr isotopes since the latter remained relatively constant across years at a given location. Geochemical signatures from core regions of the otolith were also used to identify fish from hatchery or naturally spawned sources. The predominance of adults spawned in the Ossau River among returning adults corresponded with long-term juvenile production trends in the Ossau River. Despite the limited upstream accessibility of the Pau River, our study demonstrated that Atlantic salmon recruits can successfully leave this river to join the adult population in the Adour basin. We observed relatively clear separation between hatchery and wild juveniles using both Sr:Cacore (wild > 2.5 and hatchery < 0.80) and 87Sr:86Srcore (wild < 0.710 and hatchery > 0.710). The return of hatchery reared fish as adult spawners represented 10% of the total sampled fish we analyzed. Almost all adults, previously identified as belonging to the Ouzom River, were hatchery produced. Adults originated from the Pau River were either wild or hatchery reared fish. We also conducted field controlled experiments that characterized the elemental uptake process in juvenile Atlantic salmon otoliths during freshwater residency. Physiological effects influenced Ba deposition. Ba:Ca otolith profiles from hatchery-reared and field collected fish were characterised by a peak at yolk absorption mark. Hatchery-reared fish stocked in a river also displayed a peak of Ba:Ca following transfer which was not related to the water chemistry. Our experiment revealed a 20-day lag time between initial Ba:Cawater changes and Ba:Caotolith saturation. Results suggested that such effects should be considered during any attempts to determine rivers of origin of Atlantic salmon based on otolith elemental composition or reconstruct the movement of individual fish among and within streams

Les écosystèmes aquatiques contiennent environ 25% de la biodiversité globale et sont parmi les plus affectés par l’activité humaine. Cela est entre autres causé par la position de « receveur » des rivières, lacs et océans dans leur bassin versant. Les espèces aquatiques, en eau douce particulièrement, sont ainsi hautement à risque d’être affectées par l’activité humaine. La protection de ces espèces peut inclure la protection et la restauration de leurs habitats. Les modèles de qualité d’habitats (MQH) peuvent être utilisés afin de déterminer quels habitats protéger et restaurer. Les MQH définissent la relation entre un indice de qualité d’habitats (IQH, e.g. densité) et des conditions environnementales. Toutefois, la performance des MQH dépend de l’IQH sélectionné. Ici, notre objectif est de comparer des MQH basés sur deux IQH estimés pour des poissons en rivière : 1) la densité instantanée, échantillonnée en transect par plongée en apnée et 2) la densité cumulative, échantillonnée en point fixe par caméra-vidéo en stéréo. Au total, douze modèles ont été construits et nos analyses indiquent que les MQH basés sur la densité instantanée ont des capacités explicatives significativement supérieures. Les variables environnementales retenues pour expliquer la distribution de chaque espèce sont toutefois différentes. Cela semble être causé en partie par des différences inhérentes à l’échantillonnage (e.g. échelle spatiale). Ces résultats démontrent que la densité instantanée en tant qu’IQH produit des MQH aux capacités explicatives supérieures et que les deux IQH semblent donner des informations complémentaires sur les caractéristiques des habitats à protéger et à restaurer.
Aquatic ecosystems contain approximately 25% of the global biodiversity and are among the most affected by human activity. This may be caused by the position of “receivers” rivers, lakes and oceans have in their watershed. Aquatic species, specially in freshwater, are thus at high risk of being affected by human activity. Assuring the survival of these species may include protecting and restoring their habitats. Habitat quality models (HQM) can be used to determine which habitats to protect and how to restore damaged habitats. HQM are relationships between habitat quality indices (HQI, e.g., density) and environmental conditions prevailing in those habitats. However, how well an HQM performs depends on the chosen HQI it is computed with. For this research, we compared HQM based on two HQI estimated for fish in a river : 1) instantaneous density, sampled by transect snorkeling survey and 2) cumulative density, sampled by fixed stereo-video recording. Analyses of twelve HQM show that, contrary to our hypothesis, HQM based on instantaneous density had higher explanatory capacities. However, environmental conditions selected by both types of HQM to explain a species’ distribution were different. This may in part be explained by inherent differences of the sampling methods (e.g., spatial scale). We conclude that instantaneous density as HQI produces HQM of higher explanatory capacities, yet both HQI may provide complementary information on the characteristics of habitats to protect and restore.

La variabilité spatiale et temporelle de l’écoulement en rivière contribue à créer une mosaïque d’habitat dynamique qui soutient la diversité écologique. Une des questions fondamentales en écohydraulique est de déterminer quelles sont les échelles spatiales et temporelles de variation de l’habitat les plus importantes pour les organismes à divers stades de vie. L’objectif général de la thèse consiste à examiner les liens entre la variabilité de l’habitat et le comportement du saumon Atlantique juvénile. Plus spécifiquement, trois thèmes sont abordés : la turbulence en tant que variable d’habitat du poisson, les échelles spatiales et temporelles de sélection de l’habitat et la variabilité individuelle du comportement du poisson. À l’aide de données empiriques détaillées et d’analyses statistiques variées, nos objectifs étaient de 1) quantifier les liens causaux entre les variables d’habitat du poisson « usuelles » et les propriétés turbulentes à échelles multiples; 2) tester l’utilisation d’un chenal portatif pour analyser l’effet des propriétés turbulentes sur les probabilités de capture de proie et du comportement alimentaire des saumons juvéniles; 3) analyser les échelles spatiales et temporelles de sélection de l’habitat dans un tronçon l’été et l’automne; 4) examiner la variation individuelle saisonnière et journalière des patrons d’activité, d’utilisation de l’habitat et de leur interaction; 5) investiguer la variation individuelle du comportement spatial en relation aux fluctuations environnementales. La thèse procure une caractérisation détaillée de la turbulence dans les mouilles et les seuils et montre que la capacité des variables d’habitat du poisson usuelles à expliquer les propriétés turbulentes est relativement basse, surtout dans les petites échelles, mais varie de façon importante entre les unités morphologiques. D’un point de vue pratique, ce niveau de complexité suggère que la turbulence devrait être considérée comme une variable écologique distincte. Dans une deuxième expérience, en utilisant un chenal portatif in situ, nous n’avons pas confirmé de façon concluante, ni écarté l’effet de la turbulence sur la probabilité de capture des proies, mais avons observé une sélection préférentielle de localisations où la turbulence était relativement faible. La sélection d’habitats de faible turbulence a aussi été observée en conditions naturelles dans une étude basée sur des observations pour laquelle 66 poissons ont été marqués à l’aide de transpondeurs passifs et suivis pendant trois mois dans un tronçon de rivière à l’aide d’un réseau d’antennes enfouies dans le lit. La sélection de l’habitat était dépendante de l’échelle d’observation. Les poissons étaient associés aux profondeurs modérées à micro-échelle, mais aussi à des profondeurs plus élevées à l’échelle des patchs. De plus, l’étendue d’habitats utilisés a augmenté de façon asymptotique avec l’échelle temporelle. L’échelle d’une heure a été considérée comme optimale pour décrire l’habitat utilisé dans une journée et l’échelle de trois jours pour décrire l’habitat utilisé dans un mois. Le suivi individuel a révélé une forte variabilité inter-individuelle des patrons d’activité, certains individus étant principalement nocturnes alors que d’autres ont fréquemment changé de patrons d’activité. Les changements de patrons d’activité étaient liés aux variables environnementales, mais aussi à l’utilisation de l’habitat des individus, ce qui pourrait signifier que l’utilisation d’habitats suboptimaux engendre la nécessité d’augmenter l’activité diurne, quand l’apport alimentaire et le risque de prédation sont plus élevés. La variabilité inter-individuelle élevée a aussi été observée dans le comportement spatial. La plupart des poissons ont présenté une faible mobilité la plupart des jours, mais ont occasionnellement effectué des mouvements de forte amplitude. En fait, la variabilité inter-individuelle a compté pour seulement 12-17% de la variabilité totale de la mobilité des poissons. Ces résultats questionnent la prémisse que la population soit composée de fractions d’individus sédentaires et mobiles. La variation individuelle journalière suggère que la mobilité est une réponse à des changements des conditions plutôt qu’à un trait de comportement individuel.
Spatiotemporal flow variability contributes to create a dynamic habitat mosaic sustaining ecological diversity. One of the most important topics in ecohydraulic research is to identify the relevant scales of flow variability affecting organisms at different life stages. The general objective of the thesis is to examine the links between habitat variability and the behaviour of juvenile Atlantic salmon. More specifically, three themes are addressed: turbulence as a fish habitat variable, the spatial and temporal scales of habitat selection and individual variability in fish behaviour. Through detailed field measurements incorporating a variety of sampling techniques and statistical analyses our objectives were to: 1) Quantify the causal links between standard habitat variables and flow turbulence at multiple scales; 2) Test a new in situ portable flume to analyse the effect of turbulent flow properties on the prey capture probability and foraging behaviour of juvenile Atlantic salmon; 3) Analyse the spatial and temporal scale dependence of fish-habitat associations within a reach during the summer and autumn; 4) Examine individual variation of seasonal and daily activity patterns and habitat use and their interaction; 5) Investigate the individual variation in seasonal daily movement behaviour in relation to environmental fluctuations. The thesis provides a detailed characterization of turbulence in pools and riffles and showed that the capacity of ‘standard’ fish habitat variables to explain turbulent properties was relatively low, especially at smaller spatial scales, but varied greatly between the units. From a practical point of view, this level of complexity suggested that turbulence should be considered as a ‘distinct’ ecological variable within this range of spatial scales. In a second experiment, using an in situ portable flume and underwater videotaping of fish, we did not conclusively confirm or rule out the effect of turbulence on prey capture probability, but observed a preferential selection of locations where flow velocity was downward and turbulence intensity was lower. The selection of lower turbulence habitat was also observed in natural habitat conditions in an observational field study, in which 66 PIT-tagged fish were tracked for three months in a river reach using a high resolution network of antennas buried in the bed. Juvenile salmon habitat selection was dependant on the scale of observations. Fish were associated with moderate depth micro-scale habitats, but also with higher depth patch-scale habitats. Furthermore, the range of habitat used by individuals increased asymptotically with the temporal scale. The scale of one hour was considered as optimal to describe the range of habitats used in a day and three days optimal to describe the range of habitat used in a month. Individual tracking revealed high inter-individual variability in activity patterns, as some individuals were predominantly nocturnal whereas others frequently changed their daily activity pattern. Changes in activity patterns were linked to environmental fluctuations, but also to individual habitat use patterns, which might signify that lower quality habitats require fish to increase daytime activity when food intake and the risk of predation are both high. High inter-individual variability was also observed in the fish movement behaviour. It appeared that most fish exhibited low mobility on most days, but also showed occasional bouts of high mobility. Between-individual variability accounted for only 12-17% of the variability in the mobility data. These results challenge the assumption of a population composed of a sedentary and mobile fraction. Individual variation on a daily basis suggested that movement behaviour is a response to changing environmental conditions rather than an individual behavioural trait.