Bibliografías temáticas / Génomique de la conservation

Índice

  1. Artículos de revistas
  2. Tesis
  3. Libros
  4. Capítulos de libros
  5. Actas de conferencias
  6. Informes

Literatura académica sobre el tema "Génomique de la conservation"

Autor: Grafiati
Publicado: 1 de marzo de 2025

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Artículos de revistas sobre el tema "Génomique de la conservation"

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Touchette, Lyne, Jean-Michel Beaudoin, Nathalie Isabel, Nancy Gélinas y Ilga Porth. "Comment mettre la génomique forestière et la génomique de la conservation au service des communautés autochtones?" Forestry Chronicle 97, n.º 3 (septiembre de 2021): 233–49. http://dx.doi.org/10.5558/tfc2021-026.

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Resumen
Les projets d’aménagement durable et de conservation (ADC) des ressources naturelles en collaboration avec les peuples autochtones ayant recours à une approche en génomique sont en émergence. Les informations et applications issues de la génomique peuvent leur être utiles particulièrement dans un contexte de changements climatiques. Toutefois, le défi de transposer ces applications dans la pratique et de les mettre au service des communautés demeure. Nous présentons ici une revue de littérature exploratoire qui aborde (1) les utilités démontrées de la génomique dans les projets d’ADC impliquant les peuples autochtones, (2) certains enjeux qui peuvent limiter l’adoption des applications de la génomique et (3) le travail collaboratif entre chercheurs et communautés autochtones dans les études analysées. Les utilités démontrées identifiées ont été essentiellement de nature socioécologique. La nature complémentaire des savoirs autochtones et des savoirs scientifiques en génomique a été reconnue comme une opportunité qui devrait être développée davantage pour relever les défis actuels, tels que les changements climatiques. En ce qui concerne l’adoption de cette technologie en ADC dans la pratique, en plus de faire face à des enjeux similaires à d’autres utilisateurs finaux, l’intégration des besoins, des valeurs traditionnelles et des connaissances des communautés autochtones dans les projets de génomique représente également un défi dans un contexte de décolonisation de la recherche en génomique. Finalement, la collaboration communauté-chercheur a été identifiée comme un élément clé pour favoriser la réussite de la transposition de la génomique en ADC.
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Glaser, Philippe, Lionel Frangeul y Carmen Buchrieser. "Génomique comparative". Annales de l'Institut Pasteur / Actualités 11 (enero de 2002): 33–49. http://dx.doi.org/10.1016/s0924-4204(02)85003-x.

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Perbal, Laurence. "La génétique des comportements, du génomique au post-génomique". Bulletin d’histoire et d’épistémologie des sciences de la vie Volume 15, n.º 1 (2008): 15. http://dx.doi.org/10.3917/bhesv.151.0015.

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VIGNAL, A., C. DIOT, C. MOLETTE, M. MORISSON, T. FARAUT, M. RAO, F. PITEL, V. FILLON y C. MARIE-ETANCELIN. "Génomique des canards". INRAE Productions Animales 26, n.º 5 (19 de diciembre de 2013): 391–402. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2013.26.5.3168.

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Resumen
La démocratisation des outils de la génomique et plus particulièrement du séquençage à haut débit a permis le séquençage du génome du canard commun. Des projets complémentaires sont déjà initiés pour prolonger et exploiter au mieux ces premiers acquis. En tout premier lieu, il s’agit de poursuivre la description de la structure du génome et d’en exploiter les connaissances : cartes d’hybrides irradiés pour ordonner la séquence le long des chromosomes ; génomique comparée avec le génome de la poule pour bénéficier des connaissances sur ce génome modèle ; recherche de SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pour les études et la gestion de populations ; carte génétique pour la détection des QTL (Quantitative Trait Locus). La première détection de QTL influençant les performances du mulard, réalisée à l’aide de marqueurs microsatellites chez la cane commune, sera complétée par une seconde étude utilisant des marqueurs SNP développés spécifiquement et permettant une bien meilleure couverture du génome. Par ailleurs, il est important de réaliser une annotation fonctionnelle du génome, ce qui peut être abordé par le séquençage de transcrits. A terme, le génome annoté sera utilisé pour analyser son expression dans différents tissus et/ou conditions d’élevage, la connaissance des modèles de transcrits et de protéines facilitant les études en transcriptomique et protéomique. Le canard mulard, produit du croisement de la cane commune avec le canard de Barbarie, devra également être étudié en raison de son intérêt agronomique, lié à ses performances exceptionnelles dans la filière des palmipèdes gras.
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Babinet, C. "L'empreinte génomique parentale". médecine/sciences 8, n.º 1 (1992): 65. http://dx.doi.org/10.4267/10608/3046.

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GUENET, Jean-Louis. "EMPREINTE GÉNOMIQUE PARENTALE". Bulletin de l'Académie vétérinaire de France, n.º 1 (2009): 297. http://dx.doi.org/10.4267/2042/48008.

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7

Vachy, R. "Pharmacie et génomique." médecine/sciences 14, n.º 2 (1998): 252. http://dx.doi.org/10.4267/10608/1024.

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J.H. "Génomique et légumes". Biofutur 2000, n.º 198 (marzo de 2000): 51. http://dx.doi.org/10.1016/s0294-3506(00)88804-3.

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Planchon, Philippe. "L'hybridation génomique comparative". Biofutur 1997, n.º 165 (marzo de 1997): 10A. http://dx.doi.org/10.1016/s0294-3506(97)87615-6.

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10

Boissinot, Maurice y Michel G. Bergeron. "Génomique et bioterrorisme". médecine/sciences 19, n.º 10 (octubre de 2003): 967–71. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/20031910967.

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Más fuentes

Tesis sobre el tema "Génomique de la conservation"

1

Leitwein, Maeva. "Génomique, repeuplement et conservation chez la truite (Salmo trutta) méditerranéenne". Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT070/document.

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Resumen
La truite commune Salmo trutta L. est l'espèce de salmonidés la plus rependue en Europe. Cette espèce présente une grande diversité phénotypique liée à son histoire évolutive complexe. Chaque année, d’intenses repeuplements ont lieu afin d’augmenter les densités locales de populations, notamment pour la pêche sportive. Des truites d’origine atlantique, domestiquées depuis des décennies, et plus récemment des souches domestiques méditerranéennes, sont largement utilisées pour repeupler les populations sauvages locales d’origine méditerranéenne dans le sud de la France. Jusqu’à présent, les conséquences des interactions génétiques, telles que l’hybridation et l’introgression d’allèles domestiques dans les populations locales résultants de ces repeuplements, étaient suivies à l’aide de marqueurs allozymes et microsatellites. Cependant, en raison de leurs nombres extrêmement réduits, ces marqueurs n’offraient qu’une représentation très partielle du génome. Ainsi, leur étude ne permet pas de rendre compte fidèlement des signatures génomiques associées aux pratiques de repeuplement, nécessaires pour comprendre les conséquences évolutives de l’introgression. L’objectif de cette thèse est donc d’étudier à l’échelle génomique les conséquences des interactions génétiques induites par l’introduction d’individus domestiques d’origines atlantique et méditerranéenne dans les populations ‘sauvages’ méditerranéennes du bassin de l’Orb. La première partie de cette thèse rend compte du développement d’environ 196000 marqueurs SNPs et d’une carte de liaison génétique haute densité chez S. trutta. Dans la deuxième partie, les outils moléculaires précédemment développés sont utilisés pour détecter à l’échelle individuelle les haplotypes introgressés et ainsi décrire le paysage génomique de l’introgression dans trois populations sauvages du bassin de l’Orb. La distribution de la taille de ces haplotypes est alors utilisée en prenant en compte les variations du taux local de recombinaison pour estimer l’âge moyen de l’introgression dans chaque population locale. Finalement, la troisième partie s’intéresse aux pressions sélectives - positives ou négatives - qui modulent le paysage génomique de l’introgression d’allèles domestiques dans les populations sauvages. Les résultats suggèrent que les conséquences de l’hybridation sur la valeur sélective des individus doivent être considérées séparément entre le court et le long terme. Ces travaux montrent que la compréhension des mécanismes évolutifs impliqués présente un intérêt majeur pour la conservation et la gestion des populations naturelles
The brown trout Salmo trutta L. is the most widely distributed salmonid species in Europe. The species presents a high level of phenotypic diversity linked to its complex evolutionary history. An Atlantic hatchery lineage, which has been domesticated for decades, and more recently a domesticated Mediterranean strain, have been largely used for restocking and enhancement of wild Mediterranean populations in southern France, especially for recreational fishing. The impact of restocking practices on brown trout genetic diversity and population genetic structure has been extensively studied with allozyme and microsatellite markers. However, the small number of genetic markers used in these studies did not allow to get a genome-wide representation of introgression. The aim of this thesis was to assess the genome-wide impact of repeated introductions of Atlantic and Mediterranean domesticated strains into wild Mediterranean populations. First, a large number of SNP markers have been developed as well as a high density genetic map for S. trutta. Secondly, the molecular tools previously developed have been used to detect introgressed haplotypes and to provide a detailed picture of introgression frequency patterns across the genome of three wild populations from the Orb drainage. The length distribution of admixture tracts was used to determine the timing of introgression, taking variation in local recombination rate into account. Finally, this study focused on the positive or negative selective forces that modulate the genome-wide landscape of introgression. Our results suggest that the consequences of hybridization on individual fitness have to be considered separately over short and long timescales. This work shows that understanding the evolutionary consequences of stocking practices is of major interest for the conservation and management of natural populations
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Boussarie, Germain. "Apports de l’analyse de l’ADN environnemental et de la génomique du paysage pour la conservation des requins de récif". Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTG014.

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Resumen
Les requins forment un des groupes de prédateurs les plus diversifiés, jouant des rôles importants au sein des écosystèmes marins. Ils forment également l’un des groupes les plus menacés car vulnérables aux pressions anthropiques du fait de leurs traits de vie particuliers. Malgré l’importance des ressources déployées pour le suivi des populations de requins, 41% des 482 espèces recensées dans la Liste Rouge de l’UICN n’ont pas de statut de conservation par manque de données. Il devient donc primordial d’améliorer les connaissances sur ces espèces afin de les protéger et enrayer leur déclin. Il s’agit notamment de mieux caractériser la présence, la structure et la connectivité des populations de requins pour mieux définir leur statut UICN, les zones prioritaires de gestion et optimiser les efforts de conservation mis en place. Cette thèse s’appuie sur l’émergence de nouvelles technologies pour combler les lacunes de connaissances sur les requins des récifs coralliens tropicaux et proposer des actions de gestion. D’une part, une méthode d’analyse des communautés de requins par collecte et séquençage d’ADN présent dans l’environnement (métabarcoding d’ADN environnemental ; ADNe) a été développée au cours de cette thèse, puis mise en parallèle avec des suivis exhaustifs par des méthodes traditionnelles d’étude des populations de requins. Cette approche rapide et non-invasive a permis d’identifier 21 espèces de requins dans les eaux de deux domaines biogéographiques distincts (Caraïbes et Nouvelle-Calédonie). De plus, les patrons de diversité et d’abondance des fragments d’ADNe détectés coïncident avec les gradients de pression anthropique et les niveaux de protection des zones échantillonnées. L’analyse de 22 échantillons d’ADNe dans l’archipel de la Nouvelle-Calédonie a permis de déceler la présence de plus d’espèces que par 2 758 plongées scientifiques réparties sur presque 30 ans et 385 caméras appâtées déployées pendant deux ans, et ce, à la fois proche de l’homme et dans les récifs éloignés. D’autre part, la structure et connectivité des populations d’une espèce plus commune, Carcharhinus amblyrhynchos, ont été caractérisées par une approche de génomique du paysage. Cette thèse s’appuie sur un échantillonnage génétique conséquent en Nouvelle-Calédonie et dans plusieurs autres sites de l’Indo-Pacifique (515 requins). Une approche d’isolement par la résistance via la théorie des circuits a été développée afin de caractériser les paramètres influençant la dispersion de cette espèce. Ainsi, il a été montré que les zones de forte bathymétrie constituent une forte barrière à la dispersion tandis que la proximité à l’habitat récifal en est un facilitateur. La modélisation de la différenciation génétique à haute résolution et à l’échelle de l’aire de répartition de cette espèce (Indo-Pacifique) a permis de définir des unités de conservation hiérarchiques et un nombre important de sites isolés. Enfin, une approche intégrant le déclin des abondances dans les zones anthropisées a montré une fragmentation des populations de C. amblyrhynchos et a permis d’identifier certains récifs éloignés de l’homme comme refuges mais aussi sources pour un repeuplement éventuel des récifs où les populations sont menacées. Cette thèse démontre ainsi le potentiel de l’analyse de l’ADNe pour dévoiler la présence d’espèces rares et furtives telles que les requins, donnant espoir pour combler les lacunes dans leurs statuts de conservation UICN. Elle révèle également la persistance des populations résiduelles en milieu anthropisé, qui pourraient éventuellement montrer des altérations comportementales comme l’utilisation d’habitats plus profonds ou une nocturnalité plus importante. Elle décrit enfin non seulement la structure fine à grande échelle des populations d’une espèce quasi-menacée, mais identifie également des unités de conservation et des zones prioritaires à protéger pour une spatialisation des mesures de gestion à différentes échelles
Sharks represent one of the most diverse groups of predators, playing important functional roles in coastal and oceanic ecosystems. They are also one of the most threatened groups because of their vulnerability to anthropogenic pressures due to their particular life history traits. Shark populations are therefore collapsing with drastic decrease in abundance in all marine ecosystems. Even relatively common species are near- threatened. Despite the deployment of important resources for shark population assessments, 41% of the 482 shark species on the International Union for Conservation of Nature (IUCN) Red List of Threatened Species lack a conservation status due to data deficiency. Improving our knowledge on such species is thus crucial for efficient protection to slow down their decline. More particularly, there is a necessity for a better characterization of presence, structure and connectivity of shark populations to define their conservation status, prioritize spatial management and optimize conservation efforts. This thesis relies on the emergence of new technologies to fill knowledge gaps on tropical coral reef sharks and to suggest conservation measures for better management. First, a method to survey shark communities has been developed during this thesis, based on the collection and sequencing of DNA present in the environment (environmental DNA metabarcoding; eDNA). Then, this method has been compared to exhaustive surveys of reef shark communities with traditional methods. This quick and non-invasive approach detected at least 21 shark species in waters of two distinct biogeographical areas (Caribbean and New Caledonia). Moreover, diversity and abundance patterns of DNA reads match with anthropogenic impact gradients and protected status of the sampled areas. The analysis of 22 eDNA samples detected more species in both remote reefs and impacted areas of the New Caledonian archipelago than 2758 scientific dives conducted during nearly 30 years and 385 baited remote underwater videos deployed over two years. Then, population structure and connectivity of a more common reef shark species, Carcharhinus amblyrhynchos, have been characterized using a seascape genomics approach. This thesis is based on a substantial genetic sampling in the archipelago of New Caledonia but also in several other sites in the Indo-Pacific (515 sharks in total). An isolation-by-resistance approach using circuit theory has been developed to explore what parameters are driving the genetic differentiation of C. amblyrhynchos. Here I show that deep oceanic areas act as strong barriers and proximity to habitat is a facilitator for dispersal. High-resolution modelling of genetic differentiation at the entire distribution range of the species (Indo-Pacific) led to the definition of hierarchical conservation units and a high number of isolated sites. Then, an approach taking into account the decline of abundance in impacted reefs showed an important fragmentation of shark populations and allowed the identification of remote reefs as refuges but also sources through dispersal towards impacted areas, insuring population persistence at a regional scale. This thesis demonstrates the potential of eDNA analysis for unveiling the presence of rare and elusive species such as sharks and for filling knowledge gaps in the conservation status of sharks. It also reveals the persistence of residual populations in impacted areas, that could show behavioral alterations like shifts in habitat use towards deeper waters or increased nocturnality. Finally, this thesis not only describes the population structure of a near-threatened species at high resolution and global scale, but also identifies conservation units and areas of high conservation priority that could help in the near future for the spatialization of marine management at multiple scales
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Rutz, Christelle. "Assembly of the giant genome of the noble crayfish and genome evolution of Decapoda". Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2024. http://www.theses.fr/2024STRAJ077.

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Resumen
Les écrevisses sont des crustacés décapodes jouant un rôle déterminant dans les écosystèmes d’eau douce mais beaucoup d’espèces européennes, en particulier l’écrevisse noble Astacus astacus, sont menacées par la peste de l’écrevisse. J’ai relevé le défi de l’assemblage du génome géant d’A. astacus (17 Gb) et obtenu un génome préliminaire de 21,8 Gb. Ce premier génome d’écrevisse européenne est l’un des plus grands génomes d’invertébrés disponibles. J’ai également exploré l’évolution des génomes de décapodes. J’ai pu montrer la contribution centrale des éléments répétés à l’expansion et la diversification des génomes de décapodes. La comparaison des protéomes a mis en évidence un core-proteome de 7 000 protéines et la diversité des histoires évolutives de leurs gènes. Mes travaux ouvrent la voie au séquençage et à la comparaison de nouveaux génomes d’écrevisses pour identifier des marqueurs de résistance à la peste et soutenir des stratégies de réintroduction et d’aquaculture durable
Crayfish are decapod crustaceans that play a decisive role in freshwater ecosystems, but many European species, particularly the noble crayfish Astacus astacus, are threatened by the crayfish plague. I took on the challenge of assembling the giant A. astacus genome (17 Gb) and obtained a preliminary genome of 21.8 Gb. This first European crayfish genome is one of the largest invertebrate genomes available. I also explored the evolution of decapod genomes. I was able to show the central contribution of repeated elements to the expansion and diversification of decapod genomes. A comparison of proteomes revealed a core-proteome of 7,000 proteins and the diversity of the evolutionary histories of their genes. My work paves the way for the sequencing and comparison of new crayfish genomes to identify markers of resistance to the plague and support strategies for reintroduction and sustainable aquaculture
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Muller, Cédric. "Développement d'une méthodologie d'analyse de la conservation de synténie chez les plantes : du génome d'Arabidopsis à celui du Tournesol". Toulouse, INPT, 2005. http://ethesis.inp-toulouse.fr/archive/00000202/.

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Resumen
Le tournesol (Helianthus annuus L. ) est l'une des principales plantes oléagineuses cultivées. L'étude des gènes sous tendant les principaux caractères agronomiques est difficile en raison de son grand génome pour lequel peu d'informations existent. Par ailleurs, les moyens financiers et techniques sont loin d'être comparable à ceux mis en place pour les céréales ou d'autres végétaux (carte physique, séquençage en masse de génome, d'ARNm, recherche des duplications, des transposons. . . ). Pour étudier l'organisation du génome du tournesol, il a donc été envisagé une approche différente basée sur la conservation de synténie avec la plante modèle Arabidopsis thaliana. Les informations relatives aux gènes de la plante modèle transférées aux séquences EST et ARNm du tournesol permettent d'optimiser l'exploitation de ces séquences. Mon travail de thèse a donc consisté à mettre au point une méthode d'analyse massive du grand nombre de séquences de tournesol puis de tester expérimentalement les résultats de cette analyse afin d'obtenir de nouvelles informations sur l'organisition du génome du tournesol et d'estimer la conservation de synténie avec Arabidopsis. [. . . ]
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Sinama, Melthide. "Cinétique spatiale et temporelle de zones hybrides : unicité et diversité au sein du modèle Chondrostomes (Teleostei, Cyprinidés), : application pour la conservation d'espèces d'intérêt patrimonial". Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM4726.

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Resumen
Au sein de la famille des Cyprinidés (Téleostéens), Parachondrostoma toxostoma (le toxostome) et Chondrostoma nasus (le hotu) sont deux espèces (respectivement endémique et invasive) qui se rencontrent dans le sud de la France, formant deux zones hybrides distinctes : la zone de la Durance (un milieu fortement fragmenté) et la zone de l'Ardèche (un milieu non fragmenté). La présence de ces deux zones hybrides nous a donné l'opportunité de caractériser les parts respectives de la sélection exogène (l'environnement) et endogène (compatibilité génomique) permettant d'expliquer les patterns d'hybridation entre les deux espèces. Les travaux présentés dans le cadre de cette thèse illustrent parfaitement la complexité des phénomènes d'hybridation, chaque situation étant fortement dépendante du contexte d'étude et ce à l'échelle même de la station. Nous avons montré dans certaines stations que l'espèce endémique résiste à l'introgression de son génome par l'espèce invasive, dans d'autres cas nous avons des scénarios plus complexe d'admixture qui évoluent au cours du temps. Le potentiel évolutif engendré par les phénomènes d'hybridation est cependant indéniable et nous préconisons de prendre en compte ces processus d'hybridation dans les programmes de gestions et de conservation de la biodiversité
In the Cyprinidae family (Teleostei), Parachondrostoma toxostoma (the sofie) and Chondrostoma nasus (the nase) are respectively endemic and invasive species which are found in sympatry in the south of France. They form two distinct hybrid zones: the Durance River (a highly fragmented environment) and the Ardèche basin (an unfragmented area). The existence of these two different zones allow us to characterize the respective contributions of exogenous selection (environmental factors) and endogenous selection (genomic compatibility) to explain hybridization patterns between the two species.This PhD thesis highlights the complexity of hybridization phenomena. Each situation is highly dependent of the study context. We showed the resistance of the genome of the endemic species to introgression by the genome of the invasive species in some stations. In other cases, we demonstrated more complex scenarios of admixture that evolve over time. The evolutionary potential generated by hybridization is undeniable, and we recommend to take the hybridization process into account in management programs and conservation of biodiversity
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Pérez, Rico Yuvia Alhelí. "Zebrafish as a model to determine conserved gene regulatory mechanisms in vertebrates". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2018. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2018SORUS535.pdf.

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Les super-amplificateurs et CTCF sont considérés comme des acteurs centraux de l'organisation du génome ayant un impact direct sur la régulation de l'expression génique. Ici, pour mieux comprendre leur conservation fonctionnelle, des analyses de super-amplificateurs et de CTCF chez le poisson zèbre ont été effectuées. Les super-amplificateurs annotés dans le génome du poisson zèbre présentent une grande spécificité cellulaire et tissulaire. Des analyses de conservation indiquent que les super-amplificateurs n'ont pas une conservation de séquence supérieure à celle des amplificateurs. En limitant l'analyse de conservation de séquence aux super-amplificateurs situés à proximité d'orthologues, il est possible d'identifier un sous-ensemble de super-amplificateurs ayant une conservation de séquence plus élevée que le reste des super-amplificateurs. La comparaison d'expression régulée par les régions constitutives de deux super-amplificateurs associés à des orthologues a permis l'identification de régions fonctionnellement conservées, malgré l'absence de conservation évidente de la séquence d'ADN. Analyses des régions de liaison à CTCF situées dans les promoteurs des gènes indiquent une corrélation entre l'abondance de CTCF et l'expression génique, ce qui pourrait s'expliquer par le blocage du dépôt de nucléosomes dans ces promoteurs
Super-enhancers and CTCF are considered as central players in the organization of mammalian genomes that directly impact the regulation of gene expression. Here, to gain insight into their functional conservation, analyses of super-enhancers and CTCF in zebrafish were performed. Super-enhancers annotated in zebrafish show high cell and tissue specificity, and the main difference identified when compared to mammalian super-enhancers is their distribution relative to transcription start sites. Conservation analyses indicate that super-enhancers do not have higher sequence conservation than typical enhancers. By restricting the analysis to those super-enhancers associated with orthologs, a subset of super-enhancers that have higher sequence conservation than the rest was identified. Comparison of the expression patterns driven by constitutive regions of two of these super-enhancers enabled the identification of regions controlling similar expression patterns in spite of no evident sequence conservation. Analyses of CTCF peaks that overlap promoters indicate a correlation between the abundance of CTCF and gene expression, which could be explained by blockage of nucleosome deposition at those promoters. In summary, these results show evidence of conserved and divergent functions of gene regulators in vertebrates and set a precedent for studies of genome organization in zebrafish
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Tzika, Athanasia. "Small steps and grand leaps: a study of micro- and macroevolutionary processes". Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2008. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210546.

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Resumen
Evolutionary biology is not a specialty, like genetics or development - it is an explanation of what is investigated by all biological specialties. Thus, the goal of this dissertation was to study both micro- and macroevolutionary processes in a multi-disciplinary framework.

Population genetics, conservation, and phylogeny inference. The Jamaican boa (Epicrates subflavus) is an endemic species, whose natural populations greatly and constantly declined since the late 19th century, mainly due to predation by introduced species, human persecution, and habitat destruction. Using species-specific nuclear microsatellite loci and mitochondrial sequences, we investigated the population structure of this endangered reptile. All analyses pinpointed to an Eastern versus (Western+Central) pattern of differentiation in agreement with geological data and patterns of differentiation uncovered in other vertebrate and invertebrate Jamaican species. The same molecular markers were employed on 80 Jamaican boas of the European captive breeding program. This approach allowed us to (i) clarify all ambiguities in the studbook, (ii) correct parental allocation errors and (iii) assess the genetic diversity and the level of inbreeding of the current captive population. These results provide important insights for guiding the development of proper ex-situ and in-situ species survival and habitat management plans for this vulnerable snake. In the same framework of classical evolutionary genetics, we performed preliminary analyses of cytochrome b-like sequences in representatives of all cetacean families (but one), and revealed the presence of at least four nuclear mitochondrial pseudogenes that were independently inserted into the nuclear genome.

Evo-Devo. The emergence of Evolutionary Developmental biology has caused a partial shift in the criteria for the selection of model species. Thus far, the main criterion was the relevance of a species for understanding human biology, whereas in the frame of the new discipline, it is the understanding of the generative mechanisms underlying biological diversity that is put forward. We discussed a few criteria and limitations of major relevance to the choice of model species for Evo-Devo studies, and applied a pragmatic approach to identify possible model species within Amniotes.

Moreover, we developed MANTiS, an application pipeline that aims at integrating genomic, functional and expression data with evolutionary concepts, thus constituting the missing link between multi-species genome comparisons and functional analyses. Using MANTiS, we proceeded in the analysis of 35 metazoan full genomes for identifying all lineage-specific gene gains and losses. These results were combined with functional and expression analyses, and we demonstrated the much higher performance of MANTiS against popular databases of ortholog clusters (InParanoid, OrthoMCL, RoundUp).

Finally, preliminary results of our attempt to adapt the new revolutionary technology of DNA sequencing in microfabricated high-density picoliter reactors (developed by 454/Roche) to the ultra-fast sequencing of brain full transcriptomes in multiple reptilian species are highly promising. As an example, the Crocodylus sample generated more than 72 Mbases (per run), which were successfully assembled in approximately 31,000 contigs. One third of the latter could be matched to known sequences in the transcriptome of related species. After fine-tuning of the in silico analyses, and incorporation of genomic sequence data, we expect our approach to provide important insights not only in the evolution of central nervous system novelties in vertebrates, but in transcriptomes in general as the brain transcriptome is one of the most complex among all organs.


Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Dureu, Isabelle. "Cartographie génomique". Montpellier 1, 1993. http://www.theses.fr/1993MON11051.

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Raharijaona, Mahatsangy. "De la génomique fonctionnelle vers la génomique intégrative de pathologies humaines". Nantes, 2009. https://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show/show?id=25b4b481-43e1-4f92-972a-91de3442828f.

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Resumen
L'achèvement du séquençage du génome humain ainsi que celui de nombreux organismes a contribué à l'explosion de la génomique. Cette discipline s'attache notamment à la façon dont un génome s'exprime, au mode d'action des gènes, à l'étude de l'ensemble des produits qu'il code dans un système biologique donné. Des technologies de mesure du statut du génome à grande échelle, comme les biopuces que nous avons utilisées dans cette thèse, ont été mises en oeuvre. Ce travail a porté sur l'étude des variations du transcriptome dans différentes conditions physiologiques ou pathologiques. Nous avons pu mesurer l'influence de facteurs génétiques et environnementaux, détecter des biomarqueurs ou des profils d'expression spécifiques de sous-classe pathologiques dans des lymphomes et dans des maladies thyroïdiennes. Afin de comprendre des mécanismes moléculaires sous-jacents de ces modifications d'expression, nous avons progressivement intégré d'autres données génomiques. Ceci incluait la détection de délétions ou d'amplifications de régions génomiques par puces CGH, ou l'identification de sites de liaison de facteurs de transcription sur l'ADN par analyse bioinformatique ou par ChIP-chip. Par cette approche combinée, une modélisation de réseaux biologiques est alors envisageable. Elle permettra de mieux comprendre le fonctionnement d'un système biologique, suscitant de nombreux espoirs dans la recherche de cibles thérapeutiques encore plus pertinentes
The complete human genome sequence has contributed to the expansion of genomics. This field notably describes how a genome is expressed, how some sets of genes and their products work together in biological systems. High-throughput technologies for genome research, like microarrays which were used in this thesis, were set up. This work deals with transcriptomic variations observed in different physiological or pathological conditions. We appreciated the effect of genetic and environmental factors on expression profiles, to detect biomarkers specific to pathological subclasses of lymphoma and thyroid lesions. To understand molecular mechanisms underlying these gene expression modifications, we integrated gradually other genomic data. This included detections of genomic deletions or amplifications using CGH arrays, or the identification of transcription factor binding sites by sequence analysis or by ChIP-chip methodology. With this combined approach, modeling biological networks modeling is then conceivable. It will allow a better understanding of a biological system and to detect more reliable therapeutic targets
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Tran, Dien Alicia. "Génomique épidémiologique de Salmonella". Thesis, Paris, Institut agronomique, vétérinaire et forestier de France, 2018. http://www.theses.fr/2018IAVF0001/document.

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Resumen
Découverte il y a plus d’un siècle, Salmonella n’a cessé d’intriguer les chercheurs. Sa capacité à résister à de nombreux antibiotiques est de plus en plus préoccupante. La surveillance de ce pathogène repose sur un typage rapide et discriminant de façon à identifier le plus précocement possible les sources alimentaires contaminées. Les méthodes classiques sont longues, lourdes et non automatisables. Comprendre l’émergence et l’évolution des Salmonella est la clé pour éradiquer ce pathogène resté l’une des premières causes de diarrhées bactériennes d’origine alimentaire dans le monde. Au cours des dernières décennies, des progrès spectaculaires ont été menés dans le monde de la microbiologie avec l’arrivée des séquenceurs de paillasse, passant du traitement d’une dizaine à des centaines de millions de séquences. L’accès facilité aux séquences génomiques et aux outils qui leurs sont dédiés sont devenus une nécessité. Les outils actuellement disponibles ne sont pas assez discriminants pour sous-typer S. enterica sérotype Typhimurium (STM), sérotype prédominant de Salmonella. Nous avons voulu lors de ce travail, montrer l’intérêt du séquençage entier du génome, pour l’étude génomique de Salmonella. (1) Après avoir séquencé plus de 300 génomes de STM, nous avons mis au point un outil de sous-typage in silico de ce sérotype, basé sur le polymorphisme des CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats). La surveillance à haut débit des salmonelloses a été validée en routine sur plus de 800 génomes. L’étude de la coévolution entre le chromosome (SNPs) et les régions CRISPR ont permis d’établir une nomenclature définissant les différentes populations de STM. (2) L’analyse génomique de 280 souches historiques de STM a montré que les gènes de bêta-lactamase conférant une résistance à l’ampicilline et portés par des plasmides étaient répandus chez STM à la fin des années 1950, bien avant l’utilisation de cet antibiotique. La présence de la pénicilline G dans le milieu agricole où ces composés ont été utilisés en tant que promoteurs de croissance ont pu conduire à la sélection des premières souches résistantes à l’ampicilline. (3) L’étude phylogénétique d’un génome issu du cadavre d’une femme décédée il y a plus de 800 ans, probablement à cause de la fièvre entérique et de 219 génomes historiques et récents des sérotypes Paratyphi C, Choleraesuis et Typhisuis ont montré que leurs génomes étaient très similaires au cours des 4000 dernières années. Ainsi, la combinaison des approches génotypique et phylogénétique ont accru nos connaissances sur l’évolution de ce pathogène.Mots clés : Séquençage entier du génome, surveillance épidémiologique, CRISPR, SNP, résistance antibiotique, phylogénie, évolution
Over a century has passed since the discovery of Salmonella and yet, this pathogen still intrigues researchers. Its ability to withstand many antibiotics is of increasing concern. The monitoring of this pathogen is based on a rapid and discriminatory typing to identify the sources of contaminated food as early as possible. The conventional methods are long, heavy and non-automatable. Understanding the emergence and evolution of Salmonella is the key to eradicate this pathogen, which has remained one of the leading causes of foodborne bacterial diarrhea in the world. During the last decades, spectacular progress has been made in the world of microbiology with the arrival of workbench sequencers, passing from a dozen to hundreds of millions of sequences processed. Facilitated access to numerous genome sequences and dedicated tools are mandatory. Tools currently available are not sufficiently discriminating for the subtype of S. enterica serotype Typhimurium, a predominant serotype of Salmonella. Throughout this study, we showed the interest of whole genome sequencing, a multidisciplinary tool, for the genomic study of Salmonella. (1) After sequencing over 300 S. enterica serotype Typhimurium genomes, we have developed an in silico subtyping tool for this serotype, based on the CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) polymorphism. High-throughput microbiological monitoring of salmonellosis has been routinely validated on over 800 genomes. The study of coevolution between the chromosome (SNPs of the core genome) and the two CRISPR regions made it possible to establish a nomenclature defining the different populations of this serotype. (2) Genomic analysis of 280 historical strains of S. enterica serotype Typhimurium showed that plasmids carrying beta-lactamase genes, which confer resistance to ampicillin, were widespread within this serotype in the late 1950s, years before ampicillin was first used for clinical purposes. The presence of penicillin G in the farming environment where these compounds were used as growth promoters, may have led to the selection of the first ampicillin-resistant strains. (3) The phylogenetic study of a genome from the corpse of a young woman who died over 800 years ago, probably due to enteric fever, and 219 historical and recent genomes of the serotypes Paratyphi C, Choleraesuis and Typhisuis have shown, despite the differences in host specificity, that their genomes were very similar over the past 4000 years. Thus, the combination of genotypic and phylogenetic approaches has increased our knowledge of the evolution of this pathogen.Key words: Whole genome sequencing, epidemiological monitoring, CRISPR, SNP, antibiotic resistance, phylogeny, evolution
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Más fuentes

Libros sobre el tema "Génomique de la conservation"

1

N, Cohen Georges y Glaser Philippe, eds. Génomique microbienne. Paris: Elsevier, 2002.

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2

Gibson, Greg. Précis de génomique. Bruxelles: De Boeck, 2004.

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3

Jean-Francois, Morot-Gaudry y Briat Jean-François 1951-, eds. La génomique en biologie végétale. Paris: Institut national de la recherche agronomique, 2004.

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4

Brown, T. A. Génomes. Paris: Flammarion Médecine-Sciences, 2004.

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5

Centre de foresterie des Laurentides. y Service canadien des forêts, eds. Pour une forêt d'avenir: La génomique fonctionnelle. Sainte-Foy, Qué: Service canadien des forêts, Centre de foresterie des Laurentides, 2004.

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6

Djamel, Drider y Prévost Hervé 1959-, eds. Bactéries lactiques: Physiologie, métabolisme, génomique et applications industrielles. Paris: Economica, 2009.

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7

Michel, Caboche, Gros François 1925- y Académie des sciences (France), eds. Développement et applications de la génomique: L'après-génome. Paris: Tec & Doc, 1999.

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8

1961-, Sleeboom-Faulkner Margaret, ed. Genomics in Asia: A clash of bioethical interests? London: Kegan Paul, 2004.

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9

Philips-Nootens, Suzanne. La recherche en génétique et en génomique: Droits et responsabilités. Montréal, QC: Éditions Themis, 2005.

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Symposium, canadien sur la génomique forestière (1er 2004 Ottawa Ont ). La génomique au service des forêts de demain: Premier Symposium canadien sur la génomique forestière, les 2 et 3 septembre 2004, Ottawa (Ontario), Canada : rapport du symposium. Ottawa, Ont: Service canadien des forêts, Direction des sciences et des programmes, 2006.

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Más fuentes

Capítulos de libros sobre el tema "Génomique de la conservation"

1

Bellman, Richard y George Adomian. "Conservation". En Partial Differential Equations, 5–27. Dordrecht: Springer Netherlands, 1985. http://dx.doi.org/10.1007/978-94-009-5209-6_2.

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2

Scott, Christopher B. "Conservation". En A Primer for the Exercise and Nutrition Sciences, 13–15. Totowa, NJ: Humana Press, 2008. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-60327-383-1_3.

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3

Urfi, A. J. "Conservation". En The Painted Stork, 131–51. New York, NY: Springer New York, 2011. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4419-8468-5_8.

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4

Aylward, William. "Conservation". En A Companion to Roman Architecture, 462–79. Oxford: Blackwell Publishing Ltd, 2013. http://dx.doi.org/10.1002/9781118325117.ch25.

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5

Borowitz, Sidney. "Conservation". En Monographiae Biologicae, 197–205. Boston, MA: Springer US, 1999. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4899-6519-6_17.

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6

Princée, F. P. G. "Conservation". En Topics in Biodiversity and Conservation, 247–57. Cham: Springer International Publishing, 2016. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-50032-4_17.

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7

Daynes, Byron W. "Conservation". En A Companion to Franklin D. Roosevelt, 289–317. Oxford, UK: Wiley-Blackwell, 2011. http://dx.doi.org/10.1002/9781444395181.ch16.

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8

New, Tim R. "Conservation". En Insect conservation and Australia’s Inland Waters, 243–91. Cham: Springer International Publishing, 2020. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-57008-8_11.

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9

New, Tim R. "Conservation". En ‘In Considerable Variety’: Introducing the Diversity of Australia’s Insects, 199–210. Dordrecht: Springer Netherlands, 2011. http://dx.doi.org/10.1007/978-94-007-1780-0_16.

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10

Ruddick, Margie. "Conservation". En Wild By Design, 131–67. Washington, DC: Island Press/Center for Resource Economics, 2016. http://dx.doi.org/10.5822/978-1-61091-599-1_5.

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Actas de conferencias sobre el tema "Génomique de la conservation"

1

Venkatesh, Ganesh, Jack Sampson, Nathan Goulding, Saturnino Garcia, Vladyslav Bryksin, Jose Lugo-Martinez, Steven Swanson y Michael Bedford Taylor. "Conservation cores". En the fifteenth edition of ASPLOS. New York, New York, USA: ACM Press, 2010. http://dx.doi.org/10.1145/1736020.1736044.

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2

Biasi, Frank. "Conservation GIS". En the 14th annual ACM international symposium. New York, New York, USA: ACM Press, 2006. http://dx.doi.org/10.1145/1183471.1183472.

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3

Karzhauova, Kamiliya, Askar Bisenkulov y Alipio M. B. Carvalho. "Hearing Conservation". En SPE International Conference on Health, Safety, and Environment in Oil and Gas Exploration and Production. Society of Petroleum Engineers, 2004. http://dx.doi.org/10.2118/86851-ms.

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4

Schiegg, Martin, Philipp Hanslovsky, Bernhard X. Kausler, Lars Hufnagel y Fred A. Hamprecht. "Conservation Tracking". En 2013 IEEE International Conference on Computer Vision (ICCV). IEEE, 2013. http://dx.doi.org/10.1109/iccv.2013.364.

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5

Wibowo, Aurelius Andri, Maranatha Wijayaningtyas y Lalu Mulyadi. "Evaluating energy efficiency and conservation, water conservation, indoor health and comfort on conservation building". En THE 3RD INTERNATIONAL CONFERENCE ON NATURAL SCIENCES, MATHEMATICS, APPLICATIONS, RESEARCH, AND TECHNOLOGY (ICON-SMART2022): Mathematical Physics and Biotechnology for Education, Energy Efficiency, and Marine Industries. AIP Publishing, 2024. http://dx.doi.org/10.1063/5.0202247.

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6

Ascensão, Fernando, Marcello D'Amico, Rafael Barrientos, Eloy Revilla y Henrique Miguel Pereira. "Frontiers for conservation: targeting European borders as conservation areas". En 5th European Congress of Conservation Biology. Jyväskylä: Jyvaskyla University Open Science Centre, 2018. http://dx.doi.org/10.17011/conference/eccb2018/108048.

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7

Primmer, Craig. "Conservation genomics: why?" En 5th European Congress of Conservation Biology. Jyväskylä: Jyvaskyla University Open Science Centre, 2018. http://dx.doi.org/10.17011/conference/eccb2018/107940.

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8

Golab, Lukasz, Howard Karloff, Flip Korn, Barna Saha y Divesh Srivastava. "Discovering Conservation Rules". En 2012 IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE 2012). IEEE, 2012. http://dx.doi.org/10.1109/icde.2012.105.

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9

Mobaied, Samira, Nathalie Machon y Bernard Riera. "Biodiversity conservation GIS". En the 2nd International Conference. New York, New York, USA: ACM Press, 2011. http://dx.doi.org/10.1145/1999320.1999379.

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10

Asmus, John F. "Laser conservation paleontology". En Lasers in Metrology and Art Conservation, editado por Renzo Salimbeni. SPIE, 2001. http://dx.doi.org/10.1117/12.445645.

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Informes sobre el tema "Génomique de la conservation"

1

Amato, George, Rob DeSalle, James Gibbs y Francine Kershaw. Conservation Genetics. American Museum of Natural History, 2004. http://dx.doi.org/10.5531/cbc.ncep.0123.

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Resumen
Conservation genetics is an interdisciplinary science that aims to apply genetic methods to the conservation and restoration of biodiversity. In recent years, the field has been expanding due to advances in technologies and related disciplines, including genomics. Genomics is the study of the structure, function, and evolution of genomes—the entire collection of hereditary information for a given organism—as well as interactions between genes. This essay collection is excerpted from Conservation Genetics in the Age of Genomics (2009, Columbia University Press). The selected essays provide an introduction to challenges faced in conservation genetics and conservation biology in general, and examine how developments in genomics might provide advances in conservation genetics. This first chapter reviews the integration of genetics into conservation biology and discusses several areas in which genetics can aid in conservation decision-making. This text is distributed in this form by the Network of Conservation Educators and Practitioners (NCEP) with permission from the authors and publishers.
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2

Rao, Madhu. Biodiversity Conservation and Integrated Conservation and Development Projects (ICDPs). American Museum of Natural History, 2006. http://dx.doi.org/10.5531/cbc.ncep.0138.

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Resumen
This module describes the evolution in approaches to ICDPs over time. Some of the major problems identified in ICDP evaluations are discussed within two broad categories: (a) design and conceptual issues and (b) implementation issues. Global experiences in the implementation of several ICDPs have generated lessons and determinants of success for ICDPs, which will continue to represent predominant strategies for site-based conservation. The synthesis reviews some emerging perspectives on approaches to help ICDPs make a sustained contribution to biodiversity conservation and ends with a brief discussion on the continuing debate on the relationship between economic development and biodiversity conservation. The future of ICDPs involves improving their effectiveness by consciously applying lessons learned and simultaneously developing additional tools to help achieve biodiversity conservation.
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3

Boice, P. Environmental Conservation Program,. Fort Belvoir, VA: Defense Technical Information Center, mayo de 1996. http://dx.doi.org/10.21236/ada315851.

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4

Brenneman, Greg y Myron Rees. Conservation Tillage Study. Ames: Iowa State University, Digital Repository, 2017. http://dx.doi.org/10.31274/farmprogressreports-180814-1696.

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5

Brenneman, Greg y Kevin Van Dee. Conservation Tillage Study. Ames: Iowa State University, Digital Repository, 2012. http://dx.doi.org/10.31274/farmprogressreports-180814-1897.

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6

Brenneman, Greg y Kevin Van Dee. Conservation Tillage Study. Ames: Iowa State University, Digital Repository, 2009. http://dx.doi.org/10.31274/farmprogressreports-180814-1904.

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7

Brenneman, Greg, James A. Fawcett, James Jensen y Kevin Van Dee. Conservation Tillage Study. Ames: Iowa State University, Digital Repository, 2001. http://dx.doi.org/10.31274/farmprogressreports-180814-1907.

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8

Brenneman, Greg y Myron Rees. Conservation Tillage Study. Ames: Iowa State University, Digital Repository, 2015. http://dx.doi.org/10.31274/farmprogressreports-180814-664.

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Bayón, Ricardo, J. Steven Lovink y Wouter J. Veening. Financing Biodiversity Conservation. Inter-American Development Bank, junio de 2000. http://dx.doi.org/10.18235/0008810.

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Resumen
Financing the conservation and sustainable use of biodiversity has been called one of the greatest challenges. At the heart of this challenge lies the low financial and political value which is often assigned to biodiversity and the resulting lack of financial mechanisms for conservation and sustainable use. This report provides an overview of existing and experimental financing mechanisms that can be used to encourage the conservation and sustainable use of biodiversity. To help to better understand these mechanisms, it proposes a taxonomy that divides the mechanisms into three categories: 1) Those that protect biodiversity as a public good; 2) Those that require correcting so-called "negative externalities" that hamper biodiversity conservation; 3) Those that can be used to support biodiversity-based businesses. The report ends with recommendations on how the Bank can support financing mechanisms that promote the conservation of biodiversity and its sustainable use.
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Arnillas, Carlos, Adam Martin, Felicity Ni y Sandy Smith. Biogeography in Conservation. American Museum of Natural History, 2019. http://dx.doi.org/10.5531/cbc.ncep.0137.

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Resumen
Humans have now altered essentially every natural ecosystem in the world, and among the numerous consequences of anthropogenic global change, many of the Earth’s species are currently living under drastically different environmental and ecological conditions. On one hand, many species that once thrived in the wild are now threatened by extinction, while at the same time, species that were historically benign are becoming invasive in different parts of the world. To address this major challenge, it is critical that conservation practitioners understand the multiple short- and long-term climatological, geological, and evolutionary mechanisms that have resulted in the current distribution of species; understanding how these same mechanisms interact is also key in predicting species distributions—and possible extinctions—into the future. Using the Global Biodiversity Information Facility (GBIF), an open-access worldwide database of species occurrences, this research project exercise is designed to guide teams of students through the process of: a) identifying and researching characteristics relevant to understanding species distribution (e.g., age of the group, habitat requirements, dispersal capabilities); b) representing the present and historic species distribution; c) critically assessing the quality and amount of information available; d) using that information to understand species history and potential future challenges the species may either face or impose on the ecosystems; and e) sharing the results with peers and learning from that experience.
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