Literatura académica sobre el tema "Blé – Maladies – Lutte biologique contre"

RésuméPlusieurs espèces de moustiques (Diptera: Culicidae) sont des vecteurs de zoonoses d’incidence médicale et vétérinaire considérables. Une modification de la distribution géographique de ces vecteurs majoritairement engendrée par des facteurs anthropiques est actuellement accompagnée de (ré-)émergences de maladies infectieuses en Europe et en Amérique du Nord. Depuis l’avènement des insecticides de synthèse lors de la seconde guerre mondiale, les moustiques font l’objet de recherches de plus en plus étendues et approfondies. Dans une vision de lutte intégrée, les moyens de lutte anti-vectorielle se répartissent aujourd’hui selon quatre axes principaux: (1) la gestion environnementale et le contrôle physique, (2) le contrôle chimique, (3) le contrôle génétique, et (4) le contrôle biologique par le biais d’entomophages et de micro-organismes entomopathogènes. Dans ce contexte, ces derniers ont un potentiel intéressant car ils possèdent la capacité d’infecter et de tuer l’hôte avec une sélectivité plus ou moins prononcée. Cet article se propose de resituer le contrôle biologique parmi les autres techniques dans la lutte anti-vectorielle contre les moustiques, et de faire état des potentialités et des perspectives offertes par les bactéries, virus et champignons entomopathogènes. Leur utilisation sous forme de biopesticides est enfin discutée.

Les Aedes et les Culex sont des moustiques impliques dans la transmission de plusieurs agents pathogenes responsables des maladies telles que les arboviroses et des parasitoses. L’importance de la lutte biologique/genetique a ete demontre avec succes dans la lutte contre les glossines et les anopheles par certaines etudes. Le but de cette etude est de tester la possibilite d’utiliser les microbiotes comme source alimentaire principale des larves de moustiques des genres Culex et Aedes en vue d’utiliser ces microbiotes comme methode de lutte biologique/genetique contre la transmission des pathogenes. Quatre repetitions de gites de Culex et d’Aedes accompagnees de gites temoins ont ete utilises pour elever des larves de moustique, soumis a une alimentation a base des microbiotes naturelles cultivees au laboratoire a Bamako. Les microbiotes identifies etaient de bacteries et de protozoaires dans les cultures, avec une presence particuliere des algues dans les gites d’Aedes. Le taux d’emergence des imagos etait de 83% pour le temoin 63%, 61%, 84% et 84% respectivement pour les repetitions 1 a 4 dans les gites Culex. Dans les gites Aedes, le taux etait de 100% pour le temoin et les repetitions 3 et 4, (4%) et (15%) dans 1 et 2. La culture au laboratoire des microbiotes est donc possible. L’alimentation exclusive des larves de Culex avec les microbiotes s’est revelee possible, mais les larves d’Aedes ont besoin d’un apport alimentaire additif aux microbiotes pour leur bon developpement. L’option d’utilisation des microbiotes naturelles dans les perspectives de luttes biologiques/genetiques est donc possible.

Introduction : La biosécurité peut être définie comme " l'ensemble des mesures de nature préventive mises en œuvre pour éviter de contaminer ou d'être contaminé par un agent biologique". Le passage au mode d'élevage intensif pose avec acuité la question de la biosécurité. Les exploitations avicoles modernes sont les plus concernées car la biosécurité, qu'elle soit externe ou interne, impacte la santé en agissant comme facteur préventif de l'introduction ou de la propagation des maladies en élevage. Méthodes : L'administration du questionnaire a été réalisée par méthode téléphonique compte tenue de la distance et de l'insuffisance des ressources. Le travail reposera sur la synthèse des revues bibliographiques, sur l'élaboration du questionnaire et les enquêtes sur le terrain. Le questionnaire a été testé et validé avant son administration sur le terrain. Résultats : Le nombre d'aviculteurs dont la ferme est localisée à Sénou était de 3/10. Il est suivi de celui à Gouana avec 2/10. Les informations reçues sur les données de l'exploitation font ressortir que les aviculteurs pratiquant la production d'œufs étaient plus nombreux que ceux produisant la chair. 90% des aviculteurs interrogés font de la production d'œufs et 10% de la production de poulet de chair. Les maladies rencontrées dans les poulaillers et qui constituent un problème dans ces fermes sont la maladie de Newcastle pour 90% et la bronchite infectieuse pour 10%. Conclusion : L'aviculture était plus pratiquée à Sénou et Gouana. Les maladies aviaires les plus fréquentes étaient la Newcastle et la bronchite infectieuse. Les employés ne trempaient pas leurs bottes en accédant aux bâtiments d'élevage.Mots clés : Evaluation, biosécurité, grippe aviaire, Bamako, Mali

RésuméLes champignons du genreTrichoderma, connus depuis 1887 pour leurs propriétés antagonistes, ont été utilisés comme agents de lutte biologique contre un large spectre de phytopathogènes. Récemment, certaines études ont démontré l'aptitude desTrichodermaà stimuler la croissance de certaines plantes. Ainsi, l'effet de six souches duTrichodermasur les paramètres de croissance et de rendement d'une culture de tomate en serre a été étudié. Les résultats montrent que toutes les souches duT. harzianumont stimulé la croissance de la tomate, notamment les biomasses végétative et racinaire, alors que leT. viriden'a pas eu un effet significativement différent par rapport au témoin. L'effet duTrichodermasur l'incidence des maladies foliaires a aussi été très net pour des souches deT. harzianumqui ont protégé à 100 % les feuilles de tomate. La colonisation des racines par les différentes souches duTrichodermane diffère pas significativement entre les souches duT. harzianum(86 à 100 %), alors qu'elle est significativement plus faible pour la souche TV1duT. viride.De même, les souches duTrichodermaont pu se maintenir à un niveau très élevé dans la rhizosphère par rapport aux témoins.

Le manioc est devenu un aliment de base des populations de Côte d’Ivoire. La présente étude qui lui est consacrée a été réalisée dans la période d'avril à octobre 2020 et avait pour objectif d'établir l'inventaire de l'entomofaune qui lui est associée, trouver leurs dégâts afin de mettre en place une stratégie de lutte pouvant réduire ces pathogènes. Cette étude a été réalisée sur deux variétés de manioc : Bocou 1 et Yavo. Plusieurs méthodes ont été utilisées pour la collecte des insectes à savoir : le piégeage, la capture à la main et au filet fauchoir. Les résultats ont montré une entomofaune très diversifiée avec 12 ordres d’insectes parmi lesquels il peut être cité : les Hétéroptères (les plus nombreux), suivis des Diptères, des Thysanoptères, des Coléoptères, des Hyménoptères et des Orthoptères. Ces insectes ravageurs sont vecteurs de plusieurs maladies dont la virose avec une incidence de 38,88% chez la variété Bocou 1, la bactériose avec une incidence de 85,55% chez la variété Yavo et 67,77% chez la variété Bocou 1. La solution aqueuse à base de neem a été également utilisée afin de lutter contre ces ravageurs. Cette solution s’est montrée efficace contre les insectes ravageurs des cultures de manioc. Cette étude a donc permis de faire l'inventaire de quelques insectes associés au manioc dans cette localité et d’établir une méthode de lutte biologique. Cassava has become a staple food for people in Côte d'Ivoire. The present study devoted to it was carried out in the period from April to October and aims to establish an inventory of the entomofauna associated with it, to find their damage in order to set up a control strategy that can reduce these pathogens. This study was carried out on two varieties of cassava: Bocou 1 and Yavo. Several methods were used for the collection of insects namely: trapping, capture by hand and with a hay net. The results showed a very diverse entomofauna with 12 orders of insects among which we can cite: Heteroptera, the most numerous, followed by Diptera, Thysanoptera, Coleoptera, Hymenoptera, Orthoptera. These insect pests are vectors of several diseases including virosis with an incidence of 38.88% in variety Bocou 1, bacteriosis with an incidence of 85.55% in variety Yavo and 67.77% in variety Bocou 1. The aqueous solution based on neem has also been used to control these pests. This solution has been shown to be effective against insect pests of cassava crops. This study therefore made it possible to make an inventory of some insects associated with cassava in this locality and to establish a method of biological control.

L’anacardier (Anacardium occidentale L.), importante culture de rente, est confrontée à la menace de nombreux pathogènes qui entravent sa productivité au Cameroun. Dès lors, cette étude se propose de déterminer le potentiel d’une lutte biologique à base d’extraits végétaux sur les champignons pathogènes identifiés sur des fruits prélevés dans le bassin de la Benoué. Pour atteindre ces objectifs, l’identification des agents pathogènes des fruits, des tests de pathogénicité et l’évaluation de l’effet antifongique in vitro et in vivo des extraits de piments et de neem ont été effectués. Les résultats ont montré que ces fruits abritent une diversité d’espèces fongiques dont les principales sont Colletotrichum gloeosporioides, Oïdium anacardii, Fusarium solani, Aspergillus niger et Phytophthora sp. Les tests de pathogénicité ont produit les symptômes des maladies observées sur le terrain. L’huile de neem et les extrait de piment ont inhibé totalement la croissance de C. gloeosporioides, O. anacardii et A. niger aux doses respectives de 7,5% v/v et 75 mg/ml. Cependant, l'huile de neem s'est avérée plus efficace. Ces résultats représentent des sources d'information précieuses pour l’implémentation d'une stratégie de lutte intégrée contre les agents pathogènes de l’anacardier à l’origine de la baisse de sa productivité, affectant ainsi son potentiel économique. English Title: Antifungal effect of two plant extracts on pathogens identified on fruits of Cashew tree (Anacardium occidentale L.) in North Cameroon The Cashew tree (Anacardium occidentale L.), an important cash crop, is challenged by the proliferation of pathogens that affect its productivity in Cameroon. Therefore, this study aims to determine the potential of a biological control based on plant extracts on pathogenic fungi identified on fruits collected in the Benoué basin. To achieve these objectives, identification of fruit pathogens, pathogenicity tests and evaluation of the in vitro and in vivo antifungal effect of chilli and neem extracts were carried out. The results showed that these fruits harbour a diversity of fungal species, of which the main ones are Colletotrichum gloeosporioides, Oïdium anacardii, Fusarium solani, Aspergillus niger and Phytophthora sp. The pathogenicity tests have generated the symptoms of the diseases observed in the field. Neem oil and chilli extracts completely inhibited the growth of C. gloeosporioides, O. anacardii and A. niger at doses of 7.5% v/v and 75 mg/ml respectively. However, neem oil proved to be more effective. These results represent valuable sources of information for the implementation of an integrated pest management strategy against cashew pathogens that impede the productivity of the tree, thereby affecting its economic potential.

La tomate occupe une place très importante dans la vie socio-économique de la population ivoirienne. Elle est une source importante de revenus pour les producteurs. Cependant, Fusarium sp. est parmi les champignons telluriques les plus agressifs causant la maladie de la fusariose chez la tomate. Pour contrôler ce pathogène, les agriculteurs utilisent généralement des méthodes de lutte chimique. Cette lutte n’est pas sans effet secondaire. Elle a des répercussions sur la santé humaine et animale ainsi que sur l’environnement. Afin d’assurer une meilleure production, de réduire l’incidence et la sévérité des maladies de la tomate notamment de la fusariose vasculaire et de protéger l’environnement et la santé des populations ivoiriennes, des bio-fongicides ont été testés in vitro. Un total de 30 échantillons de feuilles et tiges de tomate symptomatiques de fusariose ont été collectés dans la localité de Songon. Puis, des isolements et purifications des souches dans des boîtes de Pétri sur milieu PDA ainsi que des caractérisations macroscopiques et microscopiques ont été réalisés au laboratoire. Une gamme de six concentrations (50, 100, 150, 200, 250 et 300 mg/ml) de mélanges d’un extrait total aqueux des algues marines Sargassum natans et Sargassum fluitans collectées dans la commune de Port-Bouët ainsi que d’un adjuvant (Cawet max), additionnées au milieu PDA a été testée in vitro sur la croissance mycélienne quotidienne des souches de Fusarium sp. obtenues, en comparaison au bio-produit Callifert spécial maraîchage et à un témoin sans fongicide. Pour chaque concentration, cinq boîtes de Pétri ont été utilisées par souche et l’expérience a été répétée trois fois. Les observations macroscopiques et microscopiques des souches isolées et purifiées ont permis de mettre en évidence deux souches de Fusarium sp. (Fusarium sp1 et Fusarium sp2). Le Callifert spécial maraîchage et le mélange des extraits d’algues à l’adjuvant Cawet max se sont avérés très efficaces, sur l’inhibition de la croissance mycélienne des deux souches de Fusarium sp., avec un taux d’inhibition de 100 % aux concentrations respectives de 200 et 300 mg/ml, singulièrement pour la souche Fusarium sp2. Par contre, l’extrait d’algues seul s’est montré relativement moins efficace même à la forte concentration de 300 mg/ml sur les deux souches de Fusarium sp. Les extraits de sargasses peuvent constituer une base pour la formulation de fongicides en vue d’une lutte intégrée et biologique contre la fusariose de la tomate. Tomatoes play a very important role in the socio-economic life of the Ivorian population. It is an important source of income for market gardening producers. However, Fusarium sp. is one of the most aggressive soil-borne fungi causing Fusarium disease in tomatoes. To control this pathogen, farmers usually use chemical control methods. This control is not without side effects. It has an impact on human and animal health as well as on the environment. In order to ensure better production, reduce the incidence and severity of tomato diseases, particularly vascular Fusarium disease, and protect the environment and the health of the Ivorian population, bio-fungicides were tested in vitro. A total of 30 samples of tomato leaves and stems symptomatic of Fusarium wilt were collected in the locality of Songon. Isolation and purification of strains in Petri dishes on PDA medium as well as macroscopic and microscopic characterization were carried out in the laboratory. A range of six concentrations (50, 100, 150, 200, 250, and 300 mg/ml) of mixtures of total aqueous extracts of sea algae Sargassum natans and Sargassum fluitans collected in the locality of Port-Bouët, as well as an admixture (Cawet max), added to PDA medium, was tested in vitro on daily mycelial growth of the Fusarium sp. strains obtained in the comparison of the Callifert vegetable bio-product and to control without fungicide. For each concentration, five Petri dishes were used per strain and the experiment was repeated three times. Macroscopic and microscopic observations of the isolated and purified strains revealed two strains of Fusarium sp. (Fusarium sp1 and Fusarium sp2). Callifert special vegetables and the mixture of algal extracts with the admixture Cawet max proved to be effective in inhibiting the mycelial growth of Fusarium sp. strains, with an inhibition rate of 100% at the respective concentrations of 200 and 300 mg/ml, particularly for the Fusarium sp2 strain. However, the algal extract alone was relatively less effective even at the high concentration of 300 mg/ml on both strains of Fusarium sp. Sargassum extracts could be a basis for the formulation of fungicides for integrated and biological control of tomato Fusarium wilt.

La lutte biologique est une méthode alternative à la lutte chimique ayant des effets néfastes sur la santé des producteurs, des consommateurs et de l’environnement. Les maladies foliaires, en l’occurrence les cercosporioses causées par Cercospora arachidicola et Phaeoisariopsis personata handicapent la production arachidière dans le monde en général, et particulièrement au Burkina Faso. Cette étude a consisté à utiliser une souche A de Lecanicillium lecanii, à des traitements différents contre le développement des cercosporioses. Pour ce faire, quatre traitements, T1, T2, T3 et T4, ont été appliqués sur deux variétés, la TS32-1 et la PC79-79 respectivement chaque deux jour, chaque semaine, chaque dix jour et chaque deux semaine. Le dispositif expérimental est un bloc de Fisher complètement randomisé à trois répétitions, constituée chacune de 5 blocs dont 4 blocs correspondant chacun à un traitement et un bloc constituant le témoin. L’étude, conduite à Gampèla, au Burkina Faso a permis de mesurer les paramètres tels que la levée au 21ème JAS, la densité de peuplement au 32ème JAS, l’incidence des cercosporioses et l’envahissement foliaire, le taux de survie, le pourcentage de défoliation et les composantes de rendement. L’étude a permis de montrer que les traitements ont eu un effet réductif sur le développement des cercosporioses au niveau des deux variétés, surtout sur la variété sensible TS32-1. Le traitement effectué chaque deux jour a donné le meilleur contrôle des cercosporioses avec une note moyenne de 3,5 sur TS32- 1 et de 2,75 sur PC79-79. Sur les composantes du rendement, les traitements ont également permis d’obtenir de bons résultats comparés aux résultats du témoin pour les deux variétés. En effet, le témoin a enregistré de 318,7 et 402,3 kg/ha respectivement pour les variétés TS32-1 et PC79-79 et les autres traitements ont obtenu des rendements compris entre 507,7 et 1656,7 kg/ha. Biological control is an alternative method to chemical control, which has adverse effects on the health of producers, consumers and the environment. Foliar diseases, in this case cercosporioses caused by Cercospora arachidicola and Phaeoisariopsis personata, handicap peanut production in the world in general, and particularly in Burkina Faso. This study consisted in using a Lecanicillium lecanii strain A, with different treatments against the development of cercosporioses. To do this, four treatments, T1, T2, T3 and T4, were applied to two varieties, TS32-1 and PC79-79 respectively every two days, every week, every ten days and every two weeks. The experimental set-up was a completely randomised Fisher block with three replicates, each consisting of five blocks, four of which corresponded to a treatment and one to a control. The study, conducted in Gampèla, Burkina Faso, measured parameters such as emergence at 21 days after planting, stand density at 32 days after planting, incidence of cercosporiosis and leaf invasion, survival rate, defoliation percentage and yield components. The study showed that the treatments had a reducing effect on cercosporium development in both varieties, especially in the susceptible variety TS32-1. The treatment applied every second day gave the best cercospora control with an average score of 3.5 on TS32-1 and 2.75 on PC79- 79. On the output components, the treatments also performed well compared to the control for both varieties. Indeed, the control recorded 318.7 and 402.3 kg/ha for TS32-1 and PC79-79 respectively and the other treatments obtained yields between 507.7 and 1656.7 kg/ha.

L’Agriculture Biologique (AB) se présente comme un mode de production agricole spécifique basé sur le respect d’un certain nombre de principes et de pratiques visant à réduire au maximum les impacts négatifs sur l’environnement. Elle est soumise à des interdictions et/ou des obligations de moyens, par exemple l’interdiction des Organismes Génétiquement Modifiés (OGM), des engrais de synthèse et des pesticides ou l’obligation de rotations pluriannuelles. Dans le cas de l’élevage, les critères portent sur l’origine des animaux, les conditions de logement et d’accès aux parcours, l’alimentation ainsi que la prévention et le traitement des maladies. Ainsi, la prévention des maladies est principalement basée sur l’utilisation de techniques d’élevage stimulant les défenses naturelles des animaux et, en cas de problème sanitaire, le recours à l’homéopathie ou à la phytothérapie ; l’emploi d’autres médicaments vétérinaires n’est pas exclu à condition de respecter des conditions réglementaires strictes1. L’AB s’inscrit dans des filières d’approvisionnement et de commercialisation incluant la transformation et la préparation des aliments, la distribution de gros et/ou de détail et le consommateur final. Dans tous les pays, agriculteurs, conditionneurs et importateurs doivent se conformer à des réglementations pour associer à leurs produits un étiquetage attestant de leur nature biologique. Les produits issus de l’AB sont certifiés et des mécanismes d’inspection assurent le respect des règlements. L’AB mondiale est aujourd’hui encore une activité marginale au regard des terres consacrées (moins de 2%), du nombre d’agriculteurs engagés ou des volumes concernés. Il s’agit toutefois d’une activité en forte croissance avec, par exemple, un triplement des surfaces mondiales dédiées entre 1999 et aujourd’hui. Le marché mondial des produits issus de l’AB était estimé à 25 milliards d’euros en 2006, soit deux fois plus qu’en 2000 (données IFOAM). La consommation est très fortement concentrée, à plus de 95% en Amérique du Nord d’une part, et en Europe de l’Ouest où les principaux marchés sont l’Allemagne, l’Italie, la France et le Royaume-Uni, d’autre part. Sur ces deux continents, les importations sont nécessaires pour pallier le déficit de l’offre domestique au regard de la demande intérieure. Ceci est particulièrement vrai en France. Selon le ministère en charge de l’agriculture (2009), «la demande [française] de produits issus de l’AB croît de 10% par an depuis 1999. Or, l’offre [nationale] de produits issus de l’AB est aujourd’hui insuffisante pour satisfaire cette demande croissante. Les surfaces des 11 970 exploitations agricoles françaises en AB ne représentent que 2% de la surface agricole. Par défaut d’organisation entre les producteurs et à cause de l’éparpillement des productions, une part significative des produits bio n’est pas valorisée». Et simultanément, 25% environ de la consommation française de produits bio est satisfaite par des importations. Cette situation a conduit le Ministre en charge de l’agriculture à proposer, dans le cadre du Grenelle de l’environnement, un plan visant le triplement à l’horizon 2012 des surfaces françaises en AB (6% de la surface agricole utile en 2012). Pour atteindre cet objectif, le plan inclut un soutien budgétaire à la structuration de la filière bio (sous la forme d’un fonds de structuration doté de 15 millions d’euros sur cinq ans), la mobilisation de la recherche (notamment sous la forme de crédits «recherche»), un soutien accru aux exploitations converties en AB (via le déplafonnement des 7 600 €/an/unité des aides agro-environnementales pour les exploitations en conversion vers l’AB et une augmentation de l’enveloppe dédiée, ainsi que la reconduction du crédit d’impôt en 2009, celui-ci étant par ailleurs augmenté) et enfin, l’obligation dès 2012 faite à la restauration collective de proposer dans ses menus 20% de produits issus de l’AB. Enfin, dans le cadre du bilan de santé de la Politique Agricole Commune (PAC) du 23 février 2009, une aide spécifique aux exploitations en AB d’un montant d’un peu moins de 40 millions d’euros a été adoptée. Le plan français en faveur de l’AB, popularisé sous le libellé «AB : objectif 2012», vise donc à développer la production domestique de produits issus de l’AB via la fixation d’un objectif quantitatif en termes de surfaces dédiées en jouant simultanément sur la demande (via une contrainte d’incorporation de produits issus de l’AB dans la restauration collective) et l’offre (via, de façon générale, un soutien augmenté aux exploitations en conversion vers l’AB et déjà converties à l’AB). Dans ce contexte, le comité éditorial de la revue Inra Productions Animales et la direction de l’Inra ont souhaité apporter un éclairage scientifique sur les acquis, les verrous et les perspectives en matière d’élevage AB. Ce numéro a été coordonné par J.M. Perez avec l’aide de nombreux relecteurs : que tous soient ici remerciés. Après une présentation du cahier des charges français et de la réglementation communautaire (Leroux et al), le numéro se décline en trois parties : une série d’articles sur différentes filières animales concernées (avicole, porcine, bovine allaitante, ovine allaitante), un focus sur deux approches à l’échelle des systèmes d’élevage (ovin allaitant et bovin laitier), et enfin des articles centrés sur les problèmes les plus aigus rencontrés dans le domaine de la gestion sanitaire et de la maitrise de la reproduction. L’article conclusif de Bellon et al fait le point sur les principales questions de recherche qui demeurent. En aviculture (Guémené et al), à l’exception de l’œuf, la production bio reste marginale, mais les filières sont bien organisées. Cette situation résulte d’une relative synergie avec les filières label rouge, avec lesquelles elles partagent plusieurs caractéristiques (types génétiques, longue durée d’élevage, parcours). Des difficultés multiples subsistent néanmoins. La production bio est pénalisée par le manque de poussins AB, des difficultés de maintien de l’état environnemental et sanitaire des parcours, la rareté de l’aliment bio et la difficulté d’assurer l’équilibre en acides aminés des rations (pas d’acides aminés de synthèse), élément susceptible d’expliquer la surmortalité constatée en pondeuse (liée à des problèmes comportementaux). Par suite, les performances sont inférieures à celles de l’élevage conventionnel (augmentation de la durée d’élevage et de l’indice de conversion) et l’impact environnemental, bien qu’amélioré quand il est rapporté à l’hectare, est moins favorable quand il est mesuré par unité produite, à l’exception notable de l’utilisation de pesticides. Prunier et al aboutissent aux mêmes conclusions dans le cas de la production de porcs AB. Relativement au conventionnel, les contraintes sont fortes sur le plan alimentaire (rareté de l’aliment AB, problème d’équilibre en acides aminés des rations) et de la conduite d’élevage (interdiction ou limitation des pratiques de convenance, âge des animaux au sevrage de 40 jours, difficultés de synchronisation des chaleurs et des mises bas, limitation des traitements vétérinaires). Ces contraintes et la grande diversité des élevages de porcs AB se traduisent par une forte variabilité des performances en termes de survie, reproduction, composition corporelle ou qualité des produits : autant de critères qu’il conviendra de mieux maîtriser à l’avenir pour assurer la pérennité de l’élevage porcin AB. Les performances zootechniques et économiques de l’élevage bovin allaitant bio sont abordées dans l’article de Veysset et al à partir d’un échantillon limité d’exploitations situées en zones défavorisées. Les caractéristiques des unités AB diffèrent peu de celles de leurs voisines en élevage conventionnel ; avec un chargement à l’hectare plus faible mais une plus grande autonomie alimentaire, les résultats techniques des élevages AB sont proches de ceux des élevages conventionnels et ce, en dépit d’une moindre production de viande vive par unité de bétail, en raison d’un cycle de production en moyenne plus long. Sur le plan économique, les charges plus faibles (pas de traitements antiparasitaires, pas de vaccinations systématiques) ne suffisent pas à compenser un moindre produit à l’hectare. Un verrou majeur est le déficit de gestion collective de la filière verticale (absence totale de débouché en AB pour les animaux maigres, en particulier) qui se traduit par un problème aigu de sous-valorisation puisque dans l’échantillon enquêté 71% des animaux sont vendus sans signe de qualité : nul doute qu’il s’agit là d’une priorité d’action. En élevage ovin (Benoit et Laignel), également sur la base d’un échantillon malheureusement restreint, les différences de performances techniques et économiques des élevages conventionnels versus bio varient sensiblement selon la localisation géographique, plaine ou montagne ; il est de ce fait difficile (et dangereux) de dégager des enseignements généraux valables pour l’élevage bio dans son ensemble. L’étude détaillée des adaptations des systèmes d’élevage aux potentialités agronomiques réalisée sur quatre fermes expérimentales montre néanmoins le rôle clé de la variable «autonomie alimentaire». Par suite, la situation économique des élevages ovins bio est plus difficile en zone de montagne où l’autonomie alimentaire, voire fourragère, est moindre (l’achat des aliments non produits sur l’exploitation représente 41% du prix de vente des agneaux dans l’échantillon enquêté). In fine, cela suggère que la variabilité des performances de l’élevage ovin bio, de plaine et de montagne, dépend plus du coût de l’aliment et de la valorisation des agneaux que de la productivité numérique. L’article de Benoit et al porte également sur l’élevage ovin biologique, plus précisément la comparaison de deux systèmes ovins allaitants AB différant par le rythme de reproduction des animaux. Cela montre que les performances de l’élevage ovin AB ne s’améliorent pas quand le rythme de reproduction est accéléré, le faible avantage de productivité numérique ne permettant pas de compenser l’augmentation des consommations d’aliments concentrés et la moindre qualité des agneaux. Au final, cela illustre la plus grande difficulté à piloter le système AB le plus intensif. L’article de Coquil et al relève aussi d’une approche systémique appliquée cette fois à l’élevage bovin laitier. Il porte sur l’analyse d’un dispositif original de polyculture-élevage mis en place à la Station Inra de Mirecourt reposant sur la valorisation maximale des ressources du milieu naturel et accordant une importance première à l’autonomie en paille et à la culture des légumineuses (protéagineux, luzerne). Le cheptel valorise les produits végétaux (prairies et cultures) et assure la fertilisation des parcelles en retour. L’autonomie alimentaire étant privilégiée, les effectifs animaux sont une variable d’ajustement, situation plutôt inhabituelle par comparaison avec des élevages laitiers conventionnels qui cherchent en premier lieu à maintenir les cheptels et les capacités de production animale. Les premiers retours d’expérience suggèrent une révision du dispositif en maximisant les synergies et les complémentarités plutôt que de considérer que l’une des deux activités, la culture ou l’élevage, est au service de l’autre. Cabaret et al proposent un éclairage sur les problèmes sanitaires en élevage biologique. Sur la base, d’une part, d’une analyse des déclaratifs des acteurs de l’élevage, et, d’autre part, d’évaluations aussi objectivées que possible, les chercheurs montrent qu’il n’y aurait pas de différence notable entre l’AB et le conventionnel sur le plan des maladies infectieuses et parasitaires (nature, fréquence). La gestion de la santé des cheptels AB repose davantage sur l’éleveur que sur les prescripteurs externes auxquels il est moins fait appel, et sur une planification sanitaire préalable privilégiant la prévention et une réflexion de plus long terme sur la santé globale du troupeau, l’ensemble des maladies qui peuvent l’affecter, etc. La planification n’est pas uniquement technique. Elle requiert aussi l’adhésion des éleveurs. De fait, l’enquête analysée dans cet article relative aux élevages ovins allaitants met en lumière l’importance de ces aspects individuels et culturels sur la gestion de la santé en élevage biologique. Les alternatives aux traitements anthelminthiques en élevage ruminant AB font l’objet de nombreux travaux (Hoste et al). Différents moyens de lutte contre les parasitoses sont mis en œuvre : gestion du pâturage de façon à limiter le parasitisme helminthique (rotations, mise au repos, assainissement), augmentation de la résistance de l’hôte (génétique, nutrition, vaccination), et traitements alternatifs des animaux infectés (homéopathie, phytothérapie, aromathérapie). Les protocoles d’évaluation objective de ces traitements alternatifs posent des problèmes méthodologiques non totalement résolus à ce jour. Mais traiter autrement, c’est aussi réduire le nombre de traitements anthelminthiques de synthèse via un emploi plus ciblé (saison, catégories d’animaux). Au total, de par la contrainte du cahier des charges à respecter, l’élevage biologique a recours à l’ensemble des moyens de lutte contre les maladies parasitaires. Dans le cadre de cette approche intégrée de la santé animale, l’élevage biologique peut jouer un rôle de démonstrateur pour l’ensemble des systèmes d’élevage concernés par le problème de la résistance et des alternatives aux anthelminthiques utilisés à grande échelle. Même si la réglementation n’impose pas de conduites de reproduction spécifiques en élevage AB, elle contraint fortement les pratiques, notamment l’utilisation des traitements hormonaux. L’impact de ces contraintes est particulièrement fort en élevage de petits ruminants (où le recours à des hormones de synthèse permet l’induction et la synchronisation des chaleurs et des ovulations) et en production porcine (où la synchronisation des chaleurs et des mises bas est très pratiquée). Néanmoins, Pellicer-Rubio et al rappellent que des solutions utilisées en élevage conventionnel peuvent également être mobilisées en élevage biologique, l’effet mâle et les traitements photopériodiques naturels notamment, et ce dans toutes les filières, en particulier celles fortement consommatrices de traitements hormonaux. De façon générale, les marges de progrès sont encore importantes et les solutions seront inévitablement multiformes, combinant diverses techniques selon une approche intégrée. Ici aussi, l’AB veut être valeur d’exemple, en particulier dans la perspective d’une possible interdiction des hormones exogènes en productions animales. L’article de Bellon et al conclut le numéro. Il met l’accent sur quatre thématiques prioritaires de recherche à développer, à savoir 1) la conception de systèmes d’élevage AB, 2) l’évaluation de l’état sanitaire des troupeaux et le développement d’outils thérapeutiques alternatifs, 3) la maîtrise de la qualité des produits et 4) l’étude des interactions entre élevage AB et environnement. A ces quatre orientations, on ajoutera la nécessité de recherches sur l’organisation des filières, la distribution, les politiques publiques, etc. dans la perspective de différenciation et de valorisation par le consommateur des produits issus de l’élevage biologique. Dans le droit fil de ces conclusions, l’Inra a lancé, ce printemps, un nouvel appel à projets de recherche sur l’AB dans le cadre du programme dit AgriBio3 (programme qui prend la suite de deux premiers programmes également ciblés sur l’AB). Les deux grandes thématiques privilégiées sont, d’une part, les performances techniques de l’AB (évaluation, amélioration, conséquences sur les pratiques), et, d’autre part, le développement économique de l’AB (caractérisation de la demande, ajustement entre l’offre et la demande, stratégie des acteurs et politiques publiques). Ce programme, associé à d’autres initiatives nationales (appel à projets d’innovation et de partenariat CASDAR du ministère en charge de l’agriculture) et européennes (programme européen CORE Organic en cours de montage, suite à un premier programme éponyme), devrait permettre, du moins nous l’espérons, de répondre aux défis de l’AB, plus spécifiquement ici à ceux de l’élevage biologique. Un enjeu important est aussi que les innovations qui émergeront de ces futurs programmes, tout comme des travaux pionniers décrits dans ce numéro, constituent une source d’inspiration pour faire évoluer et asseoirla durabilité d’autres formes d’élevage.

L’un des plus grands défis actuellement pour la santé publique au Brésil et dans le monde sont les maladies à transmission vectorielle, et les mesures de lutte actuelles sont inefficaces. Les moustiques sont parmi les vecteurs de diverses maladies, parce qu’ils sont hématophagous, les femelles ont besoin de sang dans la période d’ovulation pour la reproduction et une fois contaminés, le moustique peut contenir des bactéries, protozoaires et virus qui sont alloués dans leurs glandes salivaires, infectant ainsi l’individu directement dans la circulation sanguine. Aedes aegypti est responsable de ces maladies : dengue, zika, chikungunya et fièvre jaune. Les formes de lutte contre les moustiques vecteurs jusqu’à présent sont inefficaces, et avec cela plusieurs technologies ont été développées comme alternatives dans la lutte et la lutte contre le moustique Aedes aegypti. Avec les approbations récentes pour la libération d’insectes génétiquement modifiés, il est nécessaire d’avoir des études plus détaillées pour évaluer leur potentiel écologique et leurs effets évolutifs. Ces effets peuvent se produire en deux phases : une phase transitoire lorsque la population focale change de densité, et une phase d’état stable lorsqu’elle atteint une densité nouvelle et constante. Avec les innovations dans la lutte antivectorielle par le biais d’insectes génétiquement modifiés nous donner une nouvelle perspective par rapport à la manipulation génétique. Cette étude vise à évaluer les effets potentiels d’un changement rapide de la densité du moustique Aedes aegypti lié à la lutte biologique par le moustique génétiquement modifié. Nous nous demandons donc si la biotechnologie peut être une solution aux problèmes de santé publique dans le cas du moustique Aedes aegypti ou un problème? Puisque la transformation ou les modifications de ces êtres vivants dans les laboratoires sont de nouvelles techniques qu’il est impossible jusqu’à présent de savoir quelles seront les conséquences à long terme.

La production céréalière, plus particulièrement le blé et l'orge, subit des pertes importantes de rendement occasionnées par la fonte des semis et les pourritures racinaires. Deux champignons sont majoritairement responsables de ces maladies chez le blé et l'orge : Fusarium graminearum et Bipolaris sorokiniana. L'utilisation des ultrasons comme une alternative « verte » aux fongicides pourrait permettre une culture biologique et minimiser les pertes économiques. L'objectif principal de ce projet consistait à établir les paramètres optimaux (puissance des ultrasons, présence d'éthanol, débit d'oxygène et temps de traitement) afin de réduire la contamination par B. sorokiniana des grains de blé et d'orge sous un seuil de 30 % tout en conservant la germination supérieure au seuil de 85 %. L'ensemble du projet de recherche exploratoire a permis de vérifier l'efficacité de traitements novateurs pour le blé contaminé. Le traitement de ces lots de grains sous forme sèche a révélé un maintien de la germination pour tous les types de traitement (ultrasons 30 W, oxygène en bullage dans l'éthanol et les deux techniques combinées) ainsi qu'une réduction significative du taux de contamination par B. sorokiniana (en moyenne en dessous de 15 %). Pour l'orge, ces traitements semblables ont permis le maintien de la germination ainsi qu'une faible diminution de la contamination par B. sorokiniana. Cette nuance peut être expliquée par la morphologie différente des deux grains. Une réelle avancée dans le domaine du traitement des grains sous forme sèche peut être mise en évidence pour sa rapidité de traitement. Il restera à vérifier l'efficacité du traitement sur d'autres lots et sur des quantités plus importantes pour vérifier la mise à l'échelle du dispositif (supérieure à 100 g). Pour l'avenir, une étude se basant sur le microcalorimétrie sera préconisée pour étudier les prémisses de la germination des grains traités.

La septoriose, causée par le champignon hémibiotrophe Zymoseptoria tritici, est l’une des maladies les plus préjudiciables sur les cultures de blé, responsable de pertes de rendement pouvant atteindre 50%. La lutte contre cette maladie repose essentiellement sur l’utilisation des fongicides conventionnels et, dans une moindre mesure, sur le recours aux ressources variétales. Toutefois, en raison des résistances développées par l’agent pathogène vis-à-vis de ces leviers et d’une demande sociale croissante pour limiter l’utilisation des intrants chimiques en agriculture, des alternatives agroécologiques, comme le biocontrôle, doivent être développées. L’objectif de ce présent projet de thèse se situe dans ce contexte et vise à identifier des composés de biocontrôle efficaces sur le pathosystème blé-Z.tritici et de caractériser leurs modes d’action. Tout d’abord, un criblage in vitro d’un panel de 181 composés microbiens (extraits fongiques ou bactériens, rhamnolipides, lipopeptides, etc.) a été réalisé pour évaluer leur activité antifongique directe vis-à-vis de l’agent pathogène. Les composés les plus actifs ont ensuite été sélectionnés pour vérifier leur efficacité de protection in planta. Une étude de relation structure-activité a été menée avec 19 rhamnolipides (RL) et a révélé que ceux présentant des liaisons ethers ou esters, avec une chaine carbonée hydrophobe de 12 carbones, sont les plus efficaces pour toutes les activités biologiques testées (activité biocide, élicitation des défenses du blé et efficacité de protection). Parmi eux, le Rh-Est-C12 s’est montré le plus prometteur, avec une efficacité de protection de 78,9%. Le potentiel de ce RL, ainsi que de la mycosubtiline, un lipopeptide efficace pour protéger le blé contre Z. tritici, pour stimuler les défenses du blé, a été étudié à l’aide d’une approche combinée de transcriptomique et de métabolomique. Le RL n’a pas déclenché de modifications majeures de la physiologie foliaire de blé ; celui-ci protégerait donc l’hôte principalement via son activité directe vis-à-vis du champignon, alors que la mycosubtiline semble présenter un mode d’action double, basé sur l’activité antifongique directe et la potentialisation des défenses du blé. Cette induction des défenses pourrait résulter de l’interaction de la mycosubtiline avec les membranes cytoplasmiques du blé, conduisant à une accumulation de flavonoïdes dans les feuilles, mais aussi à d’autres réponses dépendantes de la voie de l’acide abscissique. Ces travaux ont par ailleurs permis de mettre en évidence de nouveaux mécanismes dans les réactions de défense du blé vis-à-vis de Z. tritici. Enfin, deux nouvelles souches isolées de Bacillus velezensis ont présenté une activité antifongique prometteuse contre l’agent pathogène, résultant probablement de la production de lipopeptides, comme la baccilomycine D, dont l’activité sur Z. tritici mériterait d’être explorée
Septoria Tritici Blotch, caused by the hemibiotrophic fungus Zymoseptoria tritici, is one of the most severe diseases on wheat, responsible for yield losses up to 50%. Currently, strategies used to control this disease rely mainly on the use of chemical fungicides, and to a lower extent, on the use of partially resistant cultivars. Nevertheless, because of the pathogen resistances and an increasing social demand to reduce conventional pesticides in agriculture, new agroecological alternative crop protection methods, like biocontrol, must be developed. The main purpose of this thesis project was, therefore, to identify new effective biocontrol compounds on the wheat-Z. tritici pathosystem and to decipher their modes of action. An in vitro screening of a panel of 181 microbial compounds (fungal and bacterial extracts, rhamnolipids, lipopeptides…) was performed to assess their antifungal activity towards the pathogenic agent. The most active compounds were selected for further experiments, such as verifying their protection activity in planta. The ability of 19 rhamnolipids (RLs) to control the pathogen was explored and a structure-activity relationship study revealed that bioinspired RLs with ether or ester links and a 12 carbon hydrophobic fatty acid tail were the most effective for all tested biological activities (biocide activity, wheat defense elicitation and protection efficacy). Among them, Rh-Est-C12 was the most promising compound, with a protection efficacy of 78.9%. The potential of Rh-Est-C12 as well as mycosubtilin, a lipopeptide also effective to protect wheat against Z. tritici, to induce host defenses was investigated using a combined transcriptomic and metabolomic approach. The RL did not trigger any major disorganization of the wheat leaf physiology, hence it would protect the host mainly through its direct activity towards Z. tritici while mycosubtilin would display a dual mode of action, antifungal effect and wheat priming. Mycosubtilin could prime wheat by interacting with its plasma membranes leading to flavonoids accumulation and other abscisic acid dependent responses. New insights in wheat defense mechanisms towards Z. tritici were reported. Finally, two Bacillus velezensis strains, isolated from wheat phyllosphere, displayed promising antifungal effect towards the pathogenic agent. Characterization of their metabolites was performed and the putative role of bacillomycin D molecule family as a potent Z. tritici antifungal lipopeptide was highlighted

Le blé (Triticum aestivum L.) et l'orge (Hordeum vulgare L.) figurent parmi les principales céréales cultivées dans le monde de par leur importance économique et sociale. Cependant, leurs rendements peuvent chuter de plus de 40% lorsqu'elles sont infectées par l'ascospore Zymoseptoria tritici, provoquant la septoriose du blé, et par Pyrenophora teres responsable de l'helminthosporiose de l'orge. Ainsi, afin de minimiser le recours aux produits phytosanitaires, l'objectif de cette thèse était d'identifier une souche pouvant réduire significativement les symptômes causés par ces deux agents pathogènes. La souche Bacillus velezensis BE2 DSM115797, a ainsi été retenue pour ses propriétés antifongiques, tant in vitro qu'in planta. Une étude approfondie des mécanismes d'action a révélé qu'en étant appliquée au niveau des racines de blé et d'orge, la bactérie réduisait significativement les symptômes foliaires, en induisant une résistance systémique de la plante. Des études transcriptomiques et métabolomiques ont confirmé que la bactérie, une fois appliquée, ne déclenchait pas de réponse de défense dans la plante. Cependant, après une infection pathogène, les plantes inoculées avec la souche BE2 démontraient une activation plus marquée de leurs mécanismes de défense, témoignant d'un effet de potentialisation chez la plante. À l'échelle de la bactérie, un antagonisme direct a également été démontré avec l'identification de métabolites secondaires présentant des effets antifongiques sur les deux champignons. De plus, la production de ces métabolites variait en fonction de la présence des pathogènes
Wheat (Triticum aestivum L.) and barley (Hordeum vulgare L.) are among the main cereals cultivated worldwide due to their economic and social significance. However, their yield can drop by more than 40% when infected by the ascospore Zymoseptoria tritici, causing wheat septoria, and by Pyrenophora teres, which causes net blotch. Therefore, to reduce the use of pesticides, this project aimed to identify a strain that can significantly reduce the symptoms caused by these two pathogens. The strain Bacillus velezensis BE2 DSM115797 was chosen for its antifungal properties, both in vitro and in planta. An in-depth study of the mechanisms of action revealed that, when applied to the roots of wheat and barley, the bacterium significantly reduced leaf symptoms, inducing systemic resistance in the plant. Transcriptomic and metabolomic studies confirmed that the bacteria, once applied, did not trigger an immediate response in the plant. However, after a pathogenic infection, plants inoculated with the BE2 strain showed a more pronounced activation of their defense mechanisms, leading to a potentiating effect in the plant. At the bacterial level, a direct antagonism was also demonstrated with the identification of secondary metabolites that have antifungal effects on both fungi. Moreover, the production of these metabolites varied based on the presence of the pathogens

La pourriture grise provoquée par Botrytis cinerea est une des maladies les plus importantes de la vigne. L'utilisation intense de traitements chimiques a conduit à la pollution environnementale et au développement de souches résistantes aux fongicides. Ce travail a permis de montrer le pouvoir antagoniste de bactéries, de levures et/ou d'oomycètes du genre Pythium contre B. Cinerea Après avoir sélectionné et identifié les microorganismes antagonistes, l'étude de leur mode d'action a été entreprise. En particulier, les activités enzymatiques et /ou élicitrices ont été étudiées pour les antagonistes retenus. Une relation entre le pouvoir antagoniste et les activités enzymatiques a été montrée et la synthèse, par les souches de Pythium, d'élicitines a été mise en évidence. Elle est en relation avec le déclenchement des mécanismes de défense de la vigne. L'utilisation des antagonistes comme agents de biocontrôle pourrait donc être envisagée pour améliorer la lutte contre Botrytis cinerea
Grey mould disease caused by Botrytis cinerea is one of the most important diseases of the grapevine. The intensive use of the chemical products to irradicate the grey mould disease resulted in environmental pollution, and appearence of the resistant varieties of the pathogen. This study of research showed the antagonism between the B. Cinerea and the bacteria and yeast, and the different isolates of the genus Pythium. The selected antagonistic microbes to Botrytis cinerea, were identified using morphological as well as genetical tools and the study of their mode of action was initiated. The enzymatic activities and the elicitation capability were also studied. These activities have a direct relationship with the trigerring of the natural defence mechanisms of the grapevine. In the following context, the use of the selected micorobes as biocontrol agents can be undertaken for the effective control of Botrytis cinerea

Quatre vingt douze microorganismes sont testes sous l'angle de leur aptitude a inhiber les formes d'expression predominantes (mycelium, conidies) de pyricularia oryzae cav. Et/ou le developpement de la pyriculariose foliaire au phytotron. In vitro, on observe jusqu'a 100% d'inhibition de la croissance mycelienne et de la germination conidienne du parasite tandis que le taux maximum d'inhibition de la conidiogenese est estime a 74%

Les anticorps recombinants (Ac) de primates non humains (PNH) représentent une approche très prometteuse en vue de la prise en charge médicale d'agents du risque biologique provoqué (« armes biologiques »). Nous avons montré les avantages de cette approche et ses particularités méthodologiques. Un scFv neutralisant la toxine létale de B. Anthracis (2LF : KD= 1,02 nM), et dirigé contre la sous-unité « facteur létal », a été isolé à partir d'une banque immune de scFv de PNH exposée à la surface de phages, et caractérisé. Un autre scFv, 43RCA, neutralisant la ricine, a été isolé par la même technique puis évalué (en particulier : KD= 40 pM). Cette approche peut aussi s'appliquer à des pathogènes n'appartenant pas au risque biologique provoqué, puisqu'un scFv dirigé contre Aspergillus fumigatus a aussi été isolé (MS130i-IIIC3 : KD= 0,96 nM). Les outils d'analyse de séquences disponibles en ligne sur le site IMGT® ont permis de montrer la grande similarité de ces scFv avec leurs homologues humains. Des travaux d'ingénierie de fragments d'Ac ont aussi été réalisés, dont une maturation d'affinité in vitro (KD initial = 3,4 nM ; KD final = 0,18 nM). Une approche particulière de l'humanisation ("germline humanization") utilisant les régions charpentes (FR) d'IgM (rencontrés chez tous les sujets à la différence des FR d'IgG) et la standardisation IMGT® a été implémentée pour assurer une tolérance optimale de l'un de nos scFv. Des essais in vivo d'une IgG primatisée ont démontré ses capacités prophylactique et thérapeutique
Recombinant antibodies isolated from non-human primates represent very promising medical countermeasures against bioweapons. The advantages and methodological aspects of this approach have been described. An scFv, neutralizing the lethal toxin of Bacillus anthracis (2LF: KD= 1. 02 nM) and directed against the “lethal factor” subunit was isolated from a phage-displayed immune library, and characterised. Another scFv, 43RCA, neutralizing ricin, was obtained with the same methodology and tested (in particular: KD= 40 pM). This approach may also be used beyond bioweapons, as an scFv directed toward Aspergillus fumigatus was also isolated (MS130i-IIIC3: KD= 0,96 nM). On-line sequence analysis with IMGT tools allowed to show the high degree of similarity between these scFvs and their human counterparts. Antibody fragments were engineered, including an in vitro affinity maturation (KD initial = 3. 4 nM; KD final = 0. 18 nM). Utilizing IMGT standardisation and on-line tools, a “germline humanization” - utilizing FR derived from IgM, encountered by every Human, as opposed to IgG FR - was realized in order to ensure an optimal tolerance for one of our scFvs. A primatized IgG was tested in vivo and showed therapeutic and prophylactic capacities

Les agents phytopathogènes telluriques constituent un problème majeur touchant les productions serricoles de concombre (Cucumis sativus L.) et de tomate (Solanum lycopersicum L.). Les traitements biologiques efficaces sont limités pour lutter contre ces agents pathogènes. Cette étude avait pour objectifs d’évaluer (1) l’effet antagoniste in vitro de Bacillus pumilus Meyer et Gottheil souche PTB180 et Bacillus subtilis (Ehrenberg) Cohn souche PTB185 envers Rhizoctonia solani J.G. Kühn, Pythium ultimum Trow, Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary, Phytophthora capsici Leonian, Fusarium oxysporum Schltdl. et F. oxysporum f.sp. radicis-lycopersici Jarvis & Shoemaker, (2) l’effet répresseur d’une application préventive des bactéries sur la pourriture du collet et la fonte des semis causées par R. solani, sur concombre ou tomate en serre et (3) l’effet des bactéries sur la croissance et la productivité des plants de tomate cultivés en serre. Lors des essais in vitro, PTB180 et PTB185, utilisés seuls et en mélange (1:1), ont fortement inhibé la croissance mycélienne des six agents phytopathogènes. Sur plantules de concombre et de tomate, le mélange (1:1) des deux souches a permis une réduction significative (p<0,05) de la sévérité des symptômes de la pourriture du collet. PTB185 et le mélange (1:1) des deux souches ont augmenté significativement la hauteur et la masse sèche des plants infectés par R. solani. Les essais sur graines de tomate montrent que PTB180 a augmenté significativement le taux de levée des graines et que PTB185 a réduit significativement la mortalité post-levée tout en favorisant la croissance des plantules. Les tests réalisés sur plants de tomate sains n’ont pas montré d’effet significatif de PTB180 et PTB185 sur la croissance et la productivité des plants. Les bactéries à l’étude pourraient éventuellement représenter une alternative aux fongicides de synthèse pour lutter contre les agents phytopathogènes.

Pour lutter contre les nuisibles des cultures (herbivores et pathogènes), de nouvelles voies ont été explorées et en particulier la lutte biologique. Utilisé la nature et ses organismes pour réguler les populations de pathogènes, tel est le but de la lutte biologique aussi appelé biocontrôle. Parmi les organismes couramment retrouvés dans le biocontrôle se trouve les micro-organismes, que cela soit des champignons ou des bactéries. Ces micro-organismes possèdent des capacités très intéressante pour des agriculteurs et agronomes. En effet, des études ont montré qu’ils étaient capables d’interagir avec les plantes pour permettre une meilleure croissance et santé de celle-ci. Alors, dans cette thèse, nous nous sommes intéressés aux bactéries pour trouver des méthodes de luttes alternatives à Fusarium graminearum, un pathogène des céréales responsables de fortes pertes de rendements, en particulier grâce à la production de mycotoxines qui va rendre les grains impropres à la consommation humaine et animales. Par l’intermédiaire d’une approche original consistant à garder des souches non-inhibitrice in vitro pour des tests in planta, nous avons pu montrer les limites de la sélection in vitro. Grâce à l’exploration métaboliques d’une souche particulièrement efficace, nous avons aussi pu mettre en évidence de potentiels nouvelles molécules antifongiques. Par l’intermédiaire d’une souche modèle, nous avons explorer les mécanismes de la mise en place d’une résistance systémique chez le blé induite par les bactéries. Et enfin, nous avons exploré le potentiel des combinaisons de bactéries dans la protection du blé qui semble représenter un vrai futur dans le monde du biocontrôle. Les travaux effectués s’inscrivent dans les besoins de nouvelles ressources pour limiter l’utilisation des pesticides, mais aussi dans un besoin de mieux comprendre les interactions tripartite entre blé, pathogène et bactéries bénéfiques
To combat pests of crops (herbivores and pathogens) new pathways have been explored, in particular biological control. Used the nature and its organisms to regulate the populations of pathogens, that is the goal of the biological fight also called biocontrol. Among the organisms commonly found in biocontrol are micro-organisms, be they fungi or bacteria. These microorganisms have very interesting capabilities for farmers and agronomists. Indeed, studies have shown that they are able to interact with plants to allow a better growth and health of it.Then, in this thesis, we were interested in bacteria to find alternative methods of struggle with Fusarium graminearum, a pathogen of cereals responsible for high yield losses, especially thanks to the production of mycotoxins that will make the seeds unfit for human and animal consumption.Through an original approach of keeping noninhibitory strains in vitro for in planta tests, we have been able to show the limitations of in vitro selection. Thanks to the metabolic exploration of a particularly efficient strain, we have also been able to highlight potential new antifungal molecules. Through a model strain, we explored the mechanisms of the establishment of systemic resistance in wheat induced by bacteria. And finally, we have explored the potential of bacterial combinations in wheat protection that seems to represent a real future in the world of biocontrol.The work done is in line with the needs of new resources to limit the use of pesticides, but also in a need to better understand the tripartite interactions between wheat, pathogen and beneficial bacteria