Bibliografías temáticas / Bias Exchange Metadynamics

Literatura académica sobre el tema "Bias Exchange Metadynamics"

Autor: Grafiati
Publicado: 14 de marzo de 2023

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Artículos de revistas sobre el tema "Bias Exchange Metadynamics"

1

Baftizadeh Baghal, Fahimeh, Xevi Biarnes, Fabio Pietrucci, Alessandro Laio y Fabio Affinito. "Simulation of Amyloid Nucleation with Bias-Exchange Metadynamics". Biophysical Journal 102, n.º 3 (enero de 2012): 242a. http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.1336.

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2

Singh, Richa, Rohit Bansal, Anurag Singh Rathore y Gaurav Goel. "Equilibrium Ensembles for Insulin Folding from Bias-Exchange Metadynamics". Biophysical Journal 112, n.º 8 (abril de 2017): 1571–85. http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2017.03.015.

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3

Bulo, Rosa E., Hans Van Schoot, Daniel Rohr y Carine Michel. "Bias-exchange metadynamics applied to the study of chemical reactivity". International Journal of Quantum Chemistry 110, n.º 12 (10 de marzo de 2010): 2299–307. http://dx.doi.org/10.1002/qua.22554.

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4

Baftizadeh, Fahimeh, Pilar Cossio, Fabio Pietrucci y Alessandro Laio. "Protein Folding and Ligand-Enzyme Binding from Bias-Exchange Metadynamics Simulations". Current Physical Chemistry 2, n.º 1 (1 de enero de 2012): 79–91. http://dx.doi.org/10.2174/1877946811202010079.

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5

Baftizadeh, Fahimeh, Pilar Cossio, Fabio Pietrucci y Alessandro Laio. "Protein Folding and Ligand-Enzyme Binding from Bias-Exchange Metadynamics Simulations". Current Physical Chemistrye 2, n.º 1 (1 de enero de 2012): 79–91. http://dx.doi.org/10.2174/1877947611202010079.

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6

Cao, Zanxia, Yunqiang Bian, Guodong Hu, Liling Zhao, Zhenzhen Kong, Yuedong Yang, Jihua Wang y Yaoqi Zhou. "Bias-Exchange Metadynamics Simulation of Membrane Permeation of 20 Amino Acids". International Journal of Molecular Sciences 19, n.º 3 (16 de marzo de 2018): 885. http://dx.doi.org/10.3390/ijms19030885.

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7

Todorova, Nevena, Fabrizio Marinelli, Stefano Piana y Irene Yarovsky. "Exploring the Folding Free Energy Landscape of Insulin Using Bias Exchange Metadynamics". Journal of Physical Chemistry B 113, n.º 11 (19 de marzo de 2009): 3556–64. http://dx.doi.org/10.1021/jp809776v.

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8

Furini, Simone, Paolo Barbini y Carmen Domene. "Conduction and Selectivity in Na+ Channels Analyzed by Bias-Exchange Metadynamics Simulations". Biophysical Journal 108, n.º 2 (enero de 2015): 490a. http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2014.11.2682.

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9

Mehrabian, Hadi y Bernhardt L. Trout. "In Silico Engineering of Hydrate Anti-agglomerant Molecules Using Bias-Exchange Metadynamics Simulations". Journal of Physical Chemistry C 124, n.º 35 (5 de agosto de 2020): 18983–92. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcc.0c03251.

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10

Ansari, Samiul M., Andrea Coletta, Katrine Kirkeby Skeby, Jesper Sørensen, Birgit Schiøtt y David S. Palmer. "Allosteric-Activation Mechanism of Bovine Chymosin Revealed by Bias-Exchange Metadynamics and Molecular Dynamics Simulations". Journal of Physical Chemistry B 120, n.º 40 (29 de septiembre de 2016): 10453–62. http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b07491.

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Más fuentes

Tesis sobre el tema "Bias Exchange Metadynamics"

1

Bisha, Ina. "Atomistic Study of Structural and Functional Properties of Membrane Proteins". Doctoral thesis, SISSA, 2014. http://hdl.handle.net/20.500.11767/3893.

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Resumen
Living cells exploit membrane proteins to carry out crucial functions like transport of nutrients, signal transduction, energy conversion, etc. Recently, the remarkable and continuous improvement of computational algorithms and power allowed simulating and investigating relevant aspects of the mechanisms of this important class of proteins. In this thesis we focused on the study of two membrane proteins: a transporter and an ion channel. Firstly, we investigated the bacterial homologue of Sodium Galactose Transporter (SGLT), which plays an important role in the accumulation of sugars (i.e. glucose or galactose) inside cells, assuring a correct intestinal absorption and renal re-absorption. Using enhanced sampling techniques, we focused in understanding selected aspects of its transport mechanism. First, we identified a stable Na+ ion binding site, which was not solved crystallographically. Second, based on the results of the first study, we investigated the mechanism of the binding/release of both ligands to/from the protein in the inward-facing conformation and their interplay during this process. Finally, we also worked on another membrane protein: the Cyclic Nucleotide-Gated (CNG) channel. Using a chimera, the NaK2CNG mimic, we investigated the structural basis of the linkage among gating and permeation and of the voltage dependence shown by this channel. Large-scale molecular dynamics (MD) simulations, together with electrophysiology and X-ray crystallography, have been used to study the permeation mechanism of this mimic as a model system of CNG in presence of different alkalications.
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