Literatura académica sobre el tema "Bactéries pathogènes – Lutte contre"

L’objectif de cette étude a été d’évaluer un test pour le diagnostic des mammites dans les élevages bovins de la région Centre de l’Algérie. L’étude a été réalisée sur 100 vaches en lactation appartenant à 15 élevages. Le test évalué a été le California Mastitis Test (CMT) dont la positivité a été indiquée par la modification de consistance du mélange lait et réactif sur une cupule à fond noir. Une analyse bactériologique a été réalisée sur tous les échantillons de lait positifs, afin de confirmer la présence d’une infection et d’identifier les pathogènes responsables. Le CMT a été positif chez 25 p. 100 des vaches. La prévalence a été deux fois plus élevée chez les vaches produisant plus de dix litres de lait. L’analyse bactériologique a montré que 96 p. 100 des échantillons de lait positifs contenaient des bactéries pathogènes, parmi lesquelles les staphylocoques ont été les plus fréquemment isolés. Ces résultats ont montré une très forte corrélation entre le CMT et la bactériologie. Ainsi, le CMT semble être un outil avantageux à développer, à petite ou à grande échelle, pour un dépistage systématique et régulier dans un programme intégré de lutte contre les mammites.

Les moustiques, constituant la famille des Culicidae, sont présents partout dans le monde. Parmi leurs 3500 espèces, on compte une centaine de vecteurs d’agents pathogènes pour l’homme. Ils hébergent des communautés microbiennes qui influencent notamment leur propension à transmettre ces pathogènes par inhibition directe ou en affectant l’immunité et la physiologie de leur hôte. Ces communautés microbiennes colonisent divers tissus, notamment l’appareil digestif, et varient en fonction du sexe, du stade de développement et de facteurs écologiques. Dans cette revue, nous décrivons la diversité du microbiote, incluant des bactéries, des champignons, des parasites et des virus, ainsi que ses modes d’acquisition. Nous faisons état des connaissances sur les interactions microbiennes chez le moustique, qui affectent notamment la compétence vectorielle, et sur l’effet du microbiote sur le moustique. Enfin, nous nous intéressons aux opportunités d’utilisation de microbes ou de dérivés microbiens pour lutter contre la transmission vectorielle.

L’infection du cerveau par divers types d’agents pathogènes, et les réponses inflammatoires qui s’en suivent, occupent une place grandissante dans notre compréhension de l’étiologie de la maladie d’Alzheimer (MA). Le fait que, parmi la vingtaine de gènes identifiés comme étant des facteurs à risque, plusieurs soient impliqués dans la modulation de la réponse immunitaire, ainsi que la diversité même des agents infectieux identifiés comme étant des acteurs possibles dans l’évolution de cette maladie, plaident en faveur de l’hypothèse neuro-inflammatoire, tout comme la prise de conscience que la protéine Aβ, l’un des marqueurs les plus importants de la MA, peut agir comme un système de défense antimicrobienne, capable de neutraliser des bactéries et des virus. Différent types de pathogènes, incluant des bactéries, des champignons, des protozoaires et des virus, ont été identifiés dans le cerveau malade, souvent près des lésions caractéristiques de la MA. Parmi eux, les virus herpétiques (surtout, mais pas seulement, HSV-1), qui se caractérisent par l’établissement d’infections latentes dans les neurones, ponctuées par des épisodes de réactivation suite à des stress ou des immunodépressions, apparaissent comme des candidats très solides à un rôle étiologique, ne serait-ce qu’en tant que cofacteurs, de la MA. La présence de génomes HSV-1 latents dans le cerveau, et donc le risque de réactivation, augmentent significativement avec l’âge. Des résultats récents montrent que, dans des neurones humains et de rat, l’infection par HSV-1 augmente l’expression de la β-sécrétase et de la nicastrine, deux enzymes impliquées dans la formation des Aβ selon la voie amyloïdogénique, ainsi que de celle de GSK3β et PKA, deux kinases impliquées dans la phosphorylation des protéines Tau, un autre marqueur essentiel de la MA. Les preuves croissantes obtenues, selon lesquelles les infections chroniques et les mécanismes de défense suscités, y compris les processus inflammatoires, sont au cœur de la MA, justifient de revoir les médicaments antiviraux tels que l’acyclovir, et peut-être aussi la vaccination, comme des voies potentielles de lutte contre la MA.

Le manioc est devenu un aliment de base des populations de Côte d’Ivoire. La présente étude qui lui est consacrée a été réalisée dans la période d'avril à octobre 2020 et avait pour objectif d'établir l'inventaire de l'entomofaune qui lui est associée, trouver leurs dégâts afin de mettre en place une stratégie de lutte pouvant réduire ces pathogènes. Cette étude a été réalisée sur deux variétés de manioc : Bocou 1 et Yavo. Plusieurs méthodes ont été utilisées pour la collecte des insectes à savoir : le piégeage, la capture à la main et au filet fauchoir. Les résultats ont montré une entomofaune très diversifiée avec 12 ordres d’insectes parmi lesquels il peut être cité : les Hétéroptères (les plus nombreux), suivis des Diptères, des Thysanoptères, des Coléoptères, des Hyménoptères et des Orthoptères. Ces insectes ravageurs sont vecteurs de plusieurs maladies dont la virose avec une incidence de 38,88% chez la variété Bocou 1, la bactériose avec une incidence de 85,55% chez la variété Yavo et 67,77% chez la variété Bocou 1. La solution aqueuse à base de neem a été également utilisée afin de lutter contre ces ravageurs. Cette solution s’est montrée efficace contre les insectes ravageurs des cultures de manioc. Cette étude a donc permis de faire l'inventaire de quelques insectes associés au manioc dans cette localité et d’établir une méthode de lutte biologique. Cassava has become a staple food for people in Côte d'Ivoire. The present study devoted to it was carried out in the period from April to October and aims to establish an inventory of the entomofauna associated with it, to find their damage in order to set up a control strategy that can reduce these pathogens. This study was carried out on two varieties of cassava: Bocou 1 and Yavo. Several methods were used for the collection of insects namely: trapping, capture by hand and with a hay net. The results showed a very diverse entomofauna with 12 orders of insects among which we can cite: Heteroptera, the most numerous, followed by Diptera, Thysanoptera, Coleoptera, Hymenoptera, Orthoptera. These insect pests are vectors of several diseases including virosis with an incidence of 38.88% in variety Bocou 1, bacteriosis with an incidence of 85.55% in variety Yavo and 67.77% in variety Bocou 1. The aqueous solution based on neem has also been used to control these pests. This solution has been shown to be effective against insect pests of cassava crops. This study therefore made it possible to make an inventory of some insects associated with cassava in this locality and to establish a method of biological control.

La majorité des cas de salmonellose humaine dans les pays industrialisés est liée à la consommation d’oeufs et de viande de volaille mais aussi de charcuteries contaminées. Pour réduire ce risque alimentaire, la stratégie développée à l’INRA, en collaboration avec l’AFSSA, vise principalement à réduire la contamination des matières premières alimentaires d’origine animale, en particulier celles issues des volailles et du porc. Cela implique d’améliorer l’état sanitaire des animaux et de lutter contre le portage asymptomatique de cette bactérie par des animaux qui abritent, voire excrètent de grande quantité de pathogènes sans signe de maladie. Une telle démarche implique une meilleure compréhension des mécanismes qui permettent à la bactérie de coloniser l’animal, mais aussi des réponses immunitaires mises en place par l’hôte pour résister à ce pathogène. Ces études débouchent sur le développement de vaccins ou de moyens thérapeutiques et sur la sélection d’animaux plus résistants à ce portage asymptomatique. Enfin, une approche intégrative complémentaire des études expérimentales et observationnelles de terrain permet de modéliser la contamination des animaux ou des industries agroalimentaires pour analyser les risques de transmission et l’impact des mesures prophylactiques.

Au cours de son évolution, l’homme a acquis des mécanismestrès complexes et diversifiés pour se protéger contre l’agressionde parasites tels que les bactéries. La peau est le premier obstacleauquel la bactérie doit faire face. Cette structure de nature légèrement acide, sèche, colonisée par une microflore de bactériesnon pathogènes, et constituée dans sa partie la plus externe decellules mortes constamment éliminées, n’est pas favorable audéveloppement des bactéries pathogènes. Toutefois certainesbactéries peuvent franchir cette barrière en raison d’altérationsdiverses telles que des coupures et des brûlures. La bactérie doitalors faire face au tissu lymphoïde sous-cutané constitué d’unensemble de cellules spécialisées dont le rôle est d’éliminer lesbactéries e

L’émergence des bactéries multi-résistantes nécessite la recherche de biomolécules à activité antibactérienne. L’objectif du travail était d’isoler et de caractériser des souches d’actinomycètes productrices de substances antimicrobiennes. Des échantillons de sol ont été prélevés sur 2 sites : le parc urbain Bangré Weogo (BW) et la serre de l’université Joseph KI-ZERBO. Les échantillons ont été analysés au LaBIA, université Joseph KI-ZERBO (Burkina Faso). L’isolement des souches d’actinomycètes a été fait sur le milieu Caséine-AmidonAgar supplémenté de nystatine et de chloramphénicol après enrichissement au CaCO3. L’activité antibactérienne a été réalisée par la méthode de diffusion de puits d'agar. L’observation des souches et les tests biochimiques ont été effectués en vue d’identifier les souches. Au total, 20 souches ont été isolées, 07 avaient une activité antibactérienne. Les souches BW12 et BW13 ont présenté une activité antibactérienne aussi bien sur les bactéries pathogènes à coloration Gram négatif que sur celles à coloration Gram positif. Le plus grand diamètre d’inhibition a été obtenu avec la souche BW12 contre Bacillus licheniformis et le plus petit a été obtenu avec les souches BW1, BW9, BW10 contre Bacillus spizini et BW14 contre Enterococcus feacalis. Ce travail nous a permis d’isoler de présumés Streptomyces productrices de substances contre les bactéries. English title: Isolation of antimicrobial-producing actinomycete strains from soil samples collected in the city of Ouagadougou, Burkina Faso L’émergence des bactéries multi-résistantes nécessite la recherche de biomolécules à activité antibactérienne. L’objectif du travail était d’isoler et de caractériser des souches d’actinomycètes productrices de substances antimicrobiennes. Des échantillons de sol ont été prélevés sur 2 sites : le parc urbain Bangré Weogo (BW) et la serre de l’université Joseph KI-ZERBO. Les échantillons ont été analysés au LaBIA, université Joseph KI-ZERBO (Burkina Faso). L’isolement des souches d’actinomycètes a été fait sur le milieu Caséine-AmidonAgar supplémenté de nystatine et de chloramphénicol après enrichissement au CaCO3. L’activité antibactérienne a été réalisée par la méthode de diffusion de puits d'agar. L’observation des souches et les tests biochimiques ont été effectués en vue d’identifier les souches. Au total, 20 souches ont été isolées, 07 avaient une activité antibactérienne. Les souches BW12 et BW13 ont présenté une activité antibactérienne aussi bien sur les bactéries pathogènes à coloration Gram négatif que sur celles à coloration Gram positif. Le plus grand diamètre d’inhibition a été obtenu avec la souche BW12 contre Bacillus licheniformis et le plus petit a été obtenu avec les souches BW1, BW9, BW10 contre Bacillus spizini et BW14 contre Enterococcus feacalis. Ce travail nous a permis d’isoler de présumés Streptomyces productrices de substances contre les bactéries.

Les vaccins permettent souvent, par effet direct (vaccins bactériens) ou indirect (vaccins viraux), de diminuer les prescriptions d’antibiotiques (exemples pris chez les bovins, porcs, volailles et poissons). Cette baisse de consommation des antibiotiques se traduit par une diminution du nombre de souches bactériennes résistantes ou du niveau de résistance des bactéries. Les plans Ecoantibio successifs, menés par la Direction Générale de l’Alimentation (DGAL), ont toujours inclus des mesures encourageant la recherche et l’utilisation des vaccins dans la sphère vétérinaire. Une vision One Health est également promue au niveau de la feuille de route inter-ministérielle sur l’antibiorésistance. Il en est de même au niveau d’organisations européennes (EMA) et inter-nationales (FAO, OMSA).

Ce travail a pour objectif (1) de decrire l'evolution et la dynamique spatio-temporelle des bacteries heterotrophes aero-anaerobies, des bacteries temoins de contamination fecale et de certaines bacteries pathogenes et pathogenes opportunistes a travers des bassins experimentaux de lagunage a haut rendement, (2) de quantifier et de qualifier les effets (positifs, negatifs, directs et/ou indirects) de certains facteurs environnementaux sur la dynamique de certaines populations et peuplement bacteriens: les coliformes thermotolerants, les aeromonas spp et les bacteries heterotrophes aero-anaerobies et (3) d'evaluer l'efficacite epuratrice sanitaire de ce procede d'epuration et de la comparer a celle d'un lagunage traditionnel. L'analyse des coefficients de direction (path analysis) appliquee aux donnees recueillies in situ a permis de mettre en evidence des modeles de comportement tres differents suivant la variable bacteriologique et l'echelle d'echantillonnage. Des resultats obtenus experimentalement (microcosmes) permettent d'evaluer le temps de survie (exprime par le t#9#0) d'e. Coli, de s. Typhumurium et d'a. Hydrophila dans les eaux des bassins de lagunage a haut rendement et du lagunage traditionnel. Ces resultats montrent notamment une meilleure faculte d'adaptation d'a. Hydrophila a l'ecosysteme qu'est un bassin de lagunage

L'environnement opératoire dans les domaines alimentaire et médical permet aux bactéries de se fixer et de se développer sur les surfaces, ce qui entraîne la formation de biofilms bactériens pathogènes et résistants. Ces structures pathogènes sont responsables de nombreuses maladies d'origine alimentaire et d'infections associées aux soins. Par conséquent, pour lutter contre ce fléau de santé publique, plusieurs stratégies ont récemment été proposées, notamment l'élimination chimique et mécanique. Ce travail présente les différents facteurs qui influencent l'adhésion bactérienne et la formation de biofilms sur des surfaces abiotiques, ainsi que la résistance des biofilms aux désinfectants. La microencapsulation par la méthode de séchage par pulvérisation pour la formulation de composants actifs anti-biofilm en vue d'assurer leur stabilité et améliorer leurs activités biologiques est également présentée. Dans ce contexte, une étude a été menée en utilisant le carvacrol, un agent antimicrobien naturel, pour contrôler les biofilms de Pseudomonas aeruginosa et Enterococcus faecalis. En effet, ces deux bactéries sont responsables de nombreuses infections dans le monde en raison de leur persistance sur des surfaces abiotiques dans les hôpitaux et les industries agroalimentaires. Par ailleurs, afin de renforcer l'activité antimicrobienne du carvacrol et de réduire sa volatilité et sa faible solubilité dans l'eau, des émulsions ont été préparées avec du caséinate de sodium et des maltodextrines, puis séchées par atomisation pour obtenir des microcapsules de carvacrol sèches. Les résultats ont montré que le carvacrol exerce une forte activité antimicrobienne contre les deux biofilms bactériens. De plus, nos résultats ont révélé que la microencapsulation par séchage par pulvérisation a augmenté de manière significative l'activité antimicrobienne du carvacrol tout en réduisant les quantités utilisées. En effet, le carvacrol microencapsulé a été capable de réduire le biofilm en dessous de la limite de détection pour Pseudomonas aeruginosa et de 5.5 log CFU mL-1 pour Enterococcus faecalis après 15 min de traitement. L'efficacité de la technologie hurdle pour éliminer les biofilms en utilisant différentes stratégies est discutée dans ce travail. Une des approches de la technologie hurdle est l'utilisation d'enzymes qui peuvent dégrader la matrice et disperser les bactéries intégrées dans les biofilms pour une désinfection plus efficace lorsqu'elles sont combinées avec des agents biocides. En effet, deux enzymes protéolytiques, la pepsine et la trypsine, ciblant les protéines de la matrice, ont été étudiées pour leur potentiel de dégradation des biofilms de Pseudomonas aeruginosa et Enterococcus faecalis et leur effet synergique lorsqu'elles sont combinées au carvacrol. L'analyse directe par microscopie à épifluorescence a permis de visualiser l'activité dispersive des protéases et l'activité létale du carvacrol contre les deux biofilms bactériens. En outre, le traitement combiné avec la pepsine ou la trypsine et le carvacrol a entraîné une réduction plus significative des deux biofilms par rapport au traitement avec le carvacrol seul. De plus, cette réduction était plus importante après un traitement séquentiel avec les deux enzymes suivies du carvacrol. Cependant, l'activité enzymatique est fortement influencée par les facteurs environnementaux et n'est optimale que dans des conditions restreintes. Un autre inconvénient de l'utilisation des enzymes est l'auto-dégradation, qui entraîne leur instabilité. En effet, des microcapsules de protéase contenant de la pepsine ou de la trypsine complexées avec de la pectine et de la maltodextrine ont été préparées
The ambient operating environments in the food and medical sectors allow bacteria to adhere and develop on the substrates, resulting in the growth of resistant pathogenic bacterial biofilms. These pathogenic structures are responsible for several foodborne diseases and health-care associated infections. Consequently, to combat this public health burden, several strategies have recently been proposed which include chemical and mechanical removal. This work presents the different factors that influence bacterial adhesion and biofilm formation on abiotic surfaces, as well as biofilm resistance to disinfectants. The different strategies for biofilm prevention and eradication are described. Microencapsulation using spray-drying method for the formulation of anti-biofilm active components as a tool to ensure their stability and improves their biological activities are also presented. In this context, a study was conducted using carvacrol, a natural antimicrobial agent, to control biofilms of Pseudomonas aeruginosa and Enterococcus faecalis. Indeed, these two bacteria are responsible for several infections worldwide due to their persistence on abiotic surfaces in hospitals and food processing industries. Furthermore, in order to enhance the antimicrobial activity of carvacrol and reduce its volatility and low solubility in water, feed emulsions were prepared with sodium caseinate and maltodextrins and then spray dried to obtain dry carvacrol microcapsules. The results showed that carvacrol had a strong antimicrobial activity against both bacterial biofilms. Furthermore, our findings revealed that microencapsulation by spray drying significantly increased the antimicrobial activity of carvacrol while reducing the amounts used. Indeed, microencapsulated carvacrol was able to reduce biofilm below the detection limit for Pseudomonas aeruginosa and 5.5 log CFU mL-1 for Enterococcus faecalis after 15 min of treatment. However, the complete removal of biofilms from abiotic surfaces in medical and food sectors has proven difficult with the single use of disinfection strategy due to the high protection of the biofilm cells by the extracellular polymeric matrix. This matrix provides an initial protective barrier for the biofilm cells, and makes biofilms highly resistant to antimicrobial agents. The effectiveness of hurdle technology in removing biofilms using different strategies is discussed in this work. One of the hurdle technology approaches is the use of matrix-degrading enzymes that can disperse bacteria embedded in biofilms for more efficient disinfection when combined with biocide agents. Indeed, two proteolytic enzymes, pepsin and trypsin, targeting matrix proteins, have been studied for their potential to degrade biofilms of Pseudomonas aeruginosa and Enterococcus faecalis and their synergistic effect when combined with carvacrol. The direct analysis using epifluorescence microscopy allowed visualization of the dispersive activity of proteases and the lethal activity of carvacrol against the two bacterial biofilms. In addition, the combined pepsin or trypsin treatment with carvacrol showed more significant reduction of both biofilms compared to carvacrol treatment alone. Moreover, this reduction was more substantial after sequential treatment of both enzymes followed by carvacrol. However, the enzyme activity is highly influenced by environmental factors and is only optimal under restricted conditions. Another disadvantage of using enzymes is self-degradation, leading to instability. Indeed, protease microcapsules containing pepsin or trypsin complexed with pectin and maltodextrin have been prepared

L’agriculture durable repose sur l’utilisation de moins d’intrants chimiques et favorise l’utilisation des produits biologiques comme le biochar. Ce dernier, à certaines doses, peut stimuler la fixation biologique d’azote chez les légumineuses. Notre projet vise à étudier l’effet d’un biochar de copeaux de pin pyrolysés à 700 ºC sur la symbiose tripartite Ensifer meliloti-Rhizophagus irregularis-Medicago sativa L., sur la production d’inocula bactériens et envers la lutte contre les agents pathogènes. Une culture de luzerne inoculée avec deux E. meliloti A2 et S14, en présence du Rhizophagus irregularis et dans un sol amendé avec 0, 15 ou 30 % de biochar (v:v) a été réalisée. Une stimulation significative de la mycorhization a été observée en présence de 15 % de biochar, et des souches A2 et S14. Par contre, l’inoculation de la luzerne avec A2 ou S14 n’a pas eu d’effet significatif sur les rendements, indiquant la présence dans le sol de souches efficaces d’E. meliloti. Une étude portant sur la survie des rhizobiums et du Bacillus subtilis MBI 600 menée pendant 120 jours à 4 et 25 °C. Elle a montré que 15 % de biochar favorise significativement la survie des cellules de rhizobiums. Par contre, pour Bacillus subtilis c’est le Pro-mix à 100 % qui supporte mieux la survie des cellules. Ainsi, l’effet de biochar sur la survie des microorganismes dépend de la nature de ces derniers et de la dose utilisée. L’étude de l’effet des trois doses du biochar sur les agents pathogènes a montré qu’à forte dose il pourrait favoriser le développement des pathogènes. Les résultats apportent des pistes pour les modalités d’application de biochar en agriculture. Par contre, notre étude est réalisée avec un seul type de biochar à trois doses. Il sera donc très important de tester d’autres types ainsi que d’autres doses de biochar.
Sustainable agriculture is based on the use of less chemical inputs and promotes the use of biological products such as biochar. Many studies clearly indicate that some biochars can stimulate biological nitrogen fixation in legumes. Our project aims to study the effect of a biochar (Pines, 700ºC) on the tripartite symbiosis Ensifer meliloti-Rhizophagus irregularis-Medicago sativa L., on the production of bacterial inocula and on the fight against pathogens. A culture of alfalfa inoculated with two strains of E. meliloti A2 or S14, in the presence of Rhizophagus irregularis and in a soil amended with 0, 15 or 30% of biochar (vol:vol) was conducted. A significant stimulation of mycorrhization was observed in the presence of 15% biochar and A2 or S14. However, inoculation of alfalfa with A2 or S14 had no significant effect on yields, indicating the presence in soil of effective strains of E. meliloti. A study on survival of rhizobia and Bacillus subtilis MBI 600 at 4°C and 25°C was conducted for 120 days. It showed that biochar (15%, vol:vol) promotes significantly the survival of rhizobial cells but for Bacillus subtilis it is the Pro-mix without biochar which supports better cell survival. Thus, the biochar effect on survival of microorganisms depends on the dose of biochar used. The effect of biochar amendments on P. ultimum and FORL colonization and infection was also evaluated. The study of the effect of three doses of biochar (0, 15, 30%; vol:vol) on pathogens showed that high doses may offer a good environment for pathogens development. Our study was performed using a single type of biochar with three doses. Therefore, it is very important to test other types and doses of biochar to be able to make recommendations.

Une etude ecopathologique a ete realisee sur s. Frugiperda dans l'etat de colima, au mexique. Elle a permis l'observation periodique des phenomenes au sein des populations du mais. Pendant la culture de mais pluvial et de mais irrigue on a etudie sur trois zones ecologiques la population du ravageur, la culture comme plante-hote, l'action des facteurs abiotiques et biotiques de regulation. Les attaques vareient selon la region ecologique et sont surtout liees au stade phenomenologique de la culture. Le mais pluvial a subi les plus fortes infestations. Des protozoaires et des champignons ont ete observes dans les populations larvaires de cet insecte. Des cpv 1 ont egalement ete en quarantaine. Une nematde de la fam des mermithidae (nematoda) est responsable d'une mortalite importante dans la zone nord de l'etat. L'incidence de l'attaque de ce nematode semble etre fortement liee au stade phenomenologique du mais. Des diminutions de rendement ont ete correlees avec le niveau d'attaque. Il parait que l'hybride h-507 utilise pendant l'etude est totalement tolerant a l'attaque de l'insecte, les plantes endommagees presentant une surface foliaire superieure a celle des plantes saines. On a realise une etude de la potentialite d'utilisation de b. Thuringiensis comme technique de lutte biologique contre s. Frugiperda. Elle met en evidence trois souches potentialement utilisables. Dans l'etat de colima une souche du serovar kenyae fut pulverisee sur le mais, on a evalue sa persistance grace a la mortalite des larves neonates de s. Frugiperda

Le premier objectif de cette thèse est d'étudier la composante fongique du microbiote des ruminants, en particulier celui des vaches laitières. Pour cela, le mycobiote intestinal de vaches laitières a été ciblé selon deux régimes alimentaires saisonniers différents, un régime hivernal et un régime estival, permettant de mettre en évidence l'impact de l'alimentation et de la saison sur le mycobiote intestinal. L'analyse de la beta-diversité a montré un mycobiote différent selon le type d'alimentation. En effet, les vaches ont reçu une alimentation estivale en pâturage et une alimentation hivernale qui est composée de foins, d'ensilage de maïs et d'herbe et de concentré de production. Les indices d'alpha-diversité (Simpson inverse, Chao1, uniformité de Simpson) démontrent une plus grande richesse, une diversité et une uniformité du mycobiote avec l'alimentation estivale, et une chute de ces mêmes paramètres lors de l'alimentation hivernale. Dans notre analyse, nous avons remarqué que le genre Geotrichum est présent chez tous les ruminants de cette étude en hiver et compose la majorité du mycobiote (abondance relative moyenne de 65%). Une seconde étude a permis de mettre en évidence un mycobiote composé d'une unité taxonomique opérationnelle (OTU) appartenant à la famille des Dipodascaceae, présente dans tous les compartiments du tractus gastrointestinal (rumen, colon, rectum). L'OTU n'a pas pu être identifiée plus profondément, mais il est à noter que le genre Geotrichum appartient à la famille Dipodascaceae. L'analyse de la beta-diversité de ces mêmes échantillons a été réalisée, après extraction de l'ADN avec 3 kits (MN, ZQ et ZM) et l'analyse des profils mycobiotiques a pu mettre en évidence des différences entre le profil obtenu en utilisant l'ADN extrait avec un kit commercial recommandé pour les analyses des microbiotes (ZM), et les profils obtenus avec les deux autres kits (MN et ZQ). Le deuxième objectif de cette thèse porte sur la recherche de levures non-Saccharomyces comme souches probiotiques pour les ruminants. Le criblage d'une collection de 431 levures non-Saccharomyces pour leurs propriétés inhibitrices contre des bactéries à Gram-positif et à Gram négatif a permis de montrer que 71 souches ont au moins une activité inhibitrice contre une de ces cibles. Toutefois, pour la suite de cette thèse, 6 levures non- Saccharomyces ont été sélectionnées : ICVY060, LAN55, ICVY061, ICVY062, ICVY063 et ICVY064, en raison de leur spectre d'activité in vitro contre des pathogènes du ruminant, en conditions aérobie et anaérobie à 30°C et 39°C. A noter que deux souches ICVY060 et LAN55 ont montré le plus large spectre d'activité contre toutes les bactéries cibles. Enfin, ces 6 souches se sont avérées être non cytotoxiques, non hémolytiques, sensibles aux principaux antifongiques utilisés en clinique et survivent relativement mieux in vitro que le probiotique Saccharomyces cerevisiae CNCM-I-1077 dans des conditions mimant l'abomasum. D'autres tests tels que les propriétés de surface, ou encore leur impact sur l'expression des gènes codant les protéines de jonctions cellulaires intestinales ont été réalisés
The first objective of this thesis was to study the fungal component of ruminant microbiota, particularly in dairy cows. To this end, we targeted the intestinal mycobiota of dairy cows differently fed and considering also the impact of the seasonality. Therefore, the analysis of beta-diversity showed a different mycobiota, depending on the type of feed received. The cows were fed with a summer pasture diet and a winter diet constituted of hay, corn and grass silage and production concentrate. The alpha diversity indices (Simpson inverse, Chao1, Simpson uniformity) unveiled a greater richness, diversity and uniformity of mycobiota with summer feeding, and a noticeable decrease in these parameters with winter feeding. In our analysis, we found that Geotrichum genus was present in all ruminants in this study in winter, leading to the highest relative abundance 65%. A second study revealed a mycobiota composed of an operational taxonomic unit (OTU) belonging to the Dipodascaceae family and present in all compartments of the gastrointestinal tract (rumen, colon, rectum). The OTU could not be further identified, but it should be noted that the Geotrichum genus belongs to the Dipodascaceae family. Analysis of the beta-diversity of these same samples was carried out after DNA extraction using 3 different kits, and analysis of the mycobiotic profiles revealed differences between the profile obtained using DNA extracted with a commercial kit recommended for microbiota analysis (ZM), and the profiles obtained with the other two kits (MN and ZQ). The second objective was to screen and characterize a collection of non-Saccharomyces yeasts for their probiotic trends and design a potential application in the animal production, particularly in ruminants. Following a screening of a collection of 431 non-Saccharomyces yeasts for their inhibitory activity against Gram-positive target bacteria and Gram-negative bacteria, 71 strains showed inhibitory activity against at least one of the target bacteria. Nonetheless, we considered 6 non-Saccharomyces yeasts (ICVY060, LAN55, ICVY061, ICVY062, ICVY063 and ICVY064) due to their spectrum of activity in vitro against ruminant pathogens, under both aerobic and anaerobic conditions and prevailing temperatures of 30°C and 39°C. Two strains, ICVY060 and LAN55, showed the broadest spectrum of activity by inhibiting all targeted bacteria. Of note, these strains were characterized for their resistance to conditions mimicking those prevailing in the animal abomasum and intestine compartments, with better survival rate in the in vitro abomasum conditions. Finally, all these strains resulted to be safe as non-cytotoxic, non-hemolytic activity was registered and were also sensitive to the main antifungal agents of clinical use. Further analyses, such as their surface properties or their impact on membrane integrity by studying the expression of genes encoding cell junction proteins were established

Soixante-douze % des infections nosocomiales sont d'origine bactérienne. Parmi cette catégorie, les bactéries multirésistantes jouent un rôle important. Devant la fréquence et la gravité de ces ipfections, il est apparu important d'organiser un programme spécifique de prévention et de lutte contre les bactéries multirésistantes. La mise en place de ce programme, au Centre Chirurgical Marie Lannelongue, ainsi que ses résultats au cours de l'année 2001 sont présentés et analysés.

L’utilisation intensive des antibiotiques a conduit à l’émergence inquiétante de souches bactériennes multi-résistantes, notamment chez les salmonelles et les colibacilles responsables de maladies infectieuses préoccupantes en santé publique et vétérinaire. Les peptides de défense de l’hôte (HDP) constituent les effecteurs antimicrobiens essentiels de l’immunité innée des animaux. La principale famille d’HDPs chez les oiseaux sont les défensines aviaires, dont deux membres (AvBD2 et AvBD7) isolés de la moelle osseuse du poulet présentent un large spectre antibactérien et constituent ainsi des molécules candidates alternatives aux antibiotiques. Pour démontrer l’intérêt thérapeutique de l’AvBD2 et de l’AvBD7, nous avons (1) prouvé leur efficacité antibactérienne in vitro contre des souches cliniques multirésistantes, (2) montré leur stabilité structurale et fonctionnelle face aux protéases digestives majeures, (3) mis en évidence un nouvel effet antimicrobien dans les macrophages infectés, et finalement (4) prouvé le concept thérapeutique en réduisant la mortalité et la charge bactérienne après injection d’AvBD7 dans un modèle de salmonellose systémique létale chez la souris
Large-scale use of antibiotics has leaded to the emergence of multi drug resistant bacterial strains, particularly in the genus Salmonella and Escherichia coli responsible for infectious diseases outbreaks. This constitutes a major veterinary and public health concern. Host defense peptides (HDPs) represent major effector molecules of the animal’s innate immune system. In birds, the main family of HDPs is composed of avian defensins whose two members (AvBD2 and AvBD7) isolated from chicken bone marrow exhibit large spectrum antibacterial activity. Thus, they both constitute potential candidate molecules as alternative to antibiotics. To demonstrate the therapeutic interest of AvBD2 and AvBD7, we have (1) proved their antibacterial efficiency in vitro towards clinical and multi drug resistant bacterial strains, (2) shown their functional and structural stability when facing major digestive proteases, (3) identified a novel antibacterial effect in infected macrophages, and finally (4) proved the therapeutic concept by reducing mortality and bacterial load after AvBD7 injection in a murine model of lethal salmonellosis

L'adhésion de salissures marines sur les structures immergées en eau de mer cause de sévères dégâts et problèmes économiques par une accélération de la dégradation des matériaux et une diminution des performances industrielles. Nous avons choisi de tester le potentiel antisalissure de préparations enzymatiques commerciales de type hydrolases (protéases, glycosidases et lipases) sur les premières étapes d'adhésion des salissures marines : le biofilm bactérien. Un test d'évaluation de propriétés antisalissures concernant l'adhésion d'une bactérie marine du genre Pseudoalteromonas sp. D41 en microplaque et en eau de mer naturelle stérile a été mis au point. Ce test est adapté au criblage d'activités de prévention ou de nettoyage d'un biofilm marin et permet de tester la toxicité des préparations enzymatiques sur les cellules non adhérées. Les taux d'inhibition exprimés en fonction du logarithme de la concentration en enzyme consiste en une courbe sigmoïde de type dose-réponse. Des hydrolases testées, les protéases dont la subtilisine sont les plus efficaces. Un mélange d'activités enzymatiques amylases, lipases et protéases a montré une forte synergie d'activité pour inhiber l'adhésion de Pseudoalteromonas sp. D41 en microplaque. L'étude de la composition de substances polymériques produites par Pseudoalteromonas sp. D41 en fermenteur et au sein d'un biofilm a permis de mieux comprendre la nature des molécules organiques cibles impliquées dans l'inhibition de l'adhésion
Fouling on marine underwater surfaces causes critical and economic problems such as important material biodamages and industrial performances reduction. We chose to test antifouling potential of enzymatic commercial preparations like hydrolases (proteases, glycosidases and lipases) in order to inhibit the first fouling adhesion step: bacterial biofilm formation. An evaluation test of antifouling properties onto marine bacterial adhesion was designed using a mono-incubation of Pseudoalteromonas sp. D41 in microtiter plate and in sterile natural sea water. This test was adapted to screen agents for bacterial adhesion removal or inhibition activities and allowed to test enzymatic preparations toxicity on non adhered bacteria. Inhibition rates according to logarithm of enzymatic preparation concentration exhibits a sigmoid shape like dose-response curves. Among hydrolases, proteases like subtilisin are the most efficient enzymes. The efficiency of amylase, lipase and protease activity mixture was evaluated and showed a high synergistic inhibition on Pseudoalteromonas sp. D41 adhesion in microtiter plate. Studies on polymeric extracellular substances from Pseudoalteromonas sp. D41 in fermentation and in biofilm will be helpful in the understanding of the organic molecules nature involved in the adhesion inhibition

Les bactéries pathogènes des plantes provoquent chaque année des pertes estimées à plus d'un milliard de dollars dans le monde entier. Les solutions actuelles, basées sur des intrants chimiques comme le cuivre, demeurent peu efficaces et polluantes. L’utilisation des bactériophages, microorganismes naturels prédateurs des bactéries, offre une approche écologique et efficace pour lutter contre ces maladies végétales.

Cadre théorique Les virus et bactéries font partie de l’environnement des Homo sapiens et de leurs ancêtres depuis des millions d’années. Il a été estimé que les maladies infectieuses ont été la principale cause de mortalité dans l’histoire de l’humanité, coûtant plus de vies que les guerres, catastrophes naturelles, et maladies non-infectieuses prises ensembles (Inhorn - Brown, 1990). Une forte pression sélective a ainsi amené au développement de mécanismes de défense sophistiqués face aux maladies infectieuses : le système immunitaire. Les réponses immunitaires du corps ont toutefois un coût physiologique considérable, et ont le désavantage de n’offrir une réponse aux pathogènes qu’après contamination. Un système immunitaire comportemental a ainsi évolué en parallèle. Il regroupe des mécanismes psychologiques dont la composante affective principale est le dégoût, qui facilitent ou inhibent divers comportements prosociaux, de protection, interpersonnels, sexuels, et moraux, (Schaller, 2006, 2015 ; Schaller - Park, 2011). Lorsque la menace d’un pathogène se présente, nous avons ainsi tendance à nous montrer plus xénophobes, plus ethnocentrés, moins grégaires, et moins altruistes, ceci afin de minimiser le contact avec des sources potentielles d’infection (Terizzi, Shook, - Daniel, 2013 ; Thornhill - Fincher, 2014). Le phénomène est accru chez les personnes dont le système immunitaire comportemental est particulièrement actif, ce qui se caractérise par une propension exacerbée au dégoût. Originalité de la recherche Le cadre métathéorique évolutionniste permet l’élaboration d’hypothèses originales et parfois contre- intuitives (e.g. la propension au dégoût est un prédicteur de la xénophobie bien plus fiable que l’anxiété ou la peur), que les autres axes de recherche n’explorent pas nécessairement. 1 - À ce jour, la plupart des travaux réalisés sur le sujet ont reposé sur l’utilisation de méthodes dont la valeur écologique n’est pas nécessairement optimale (e.g. amorçage du concept de maladie à l’aide d’un powerpoint, Mortensen, Becker, Ackerman, Neuberg, - Kenrick, 2010). La crise sanitaire que nous vivons procure une rare opportunité d’étudier les propriétés de ce système psychologique en situation de pandémie avérée. Au-delà des implications théoriques, une meilleure compréhension des réactions humaines face aux pandémies est cruciale dans le développement de stratégies de communication et d’organisation en situations de crise. Méthode Trois études en ligne ont été lancées : - Étude 1 : Avril 2020, N = 84 - Étude 2 (en cours) : Novembre/décembre 2020, zone géographique : France, Suisse, Belgique ; N = 150 - Étude n°3 (en cours) : Novembre/décembre 2020, zone géographique : États-Unis, Grande Bretagne, Canada ; N = 503 Nous investiguons l’impact du système immunitaire comportemental (ici mesuré par une propension exacerbée au dégoût) sur le respect du confinement et des mesures de distanciation sociales, la xénophobie vis-à-vis de divers groupes ethniques (Ouest-Européens, Est-Européens, Africains Sub-sahariens, Est- Asiatiques), l’altruisme à l’égard de la cellule familiale (nucléaire ou étendue) ou d’étrangers, et les comportements de consommation. Résultats préliminaires Les premiers résultats montrent que le dégoût vis-à-vis des pathogènes prédit la xénophobie et la diminution des tendances altruistes mieux que l’anxiété ou d’autres formes de dégoût. La gravité perçue de la crise sanitaire prédit le respect du confinement/distanciation sociale et la diminution des tendances altruistes. Ces liens sont modérés par le dégoût. Les comportements de consommation ne sont pas influencés par le système immunitaire comportemental, mais l’anxiété prédit le stockage de denrées alimentaires.