Tesis:

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Amarouchi, Zakaria. "Impact du réchauffement climatique sur l’interaction vigne/micro-organismes". Electronic Thesis or Diss., Reims, 2022. http://www.theses.fr/2022REIMS055.

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Resumen

La pourriture grise causée par le champignon phytopathogène Botrytis cinerea, omniprésent et très polyphage, a clairement un impact dans de nombreuses régions en raison de la large gamme d'hôtes y compris la vigne (Vitis vinifera L.), causant de graves dommages dépassant 10 à 100 milliards de dollars dans le monde. Les fongicides chimiques, qui sont la mesure la plus importante pour assurer un rendement adéquat, restent la méthode la plus courante pour lutter contre la pourriture grise. Cependant, malgré la diversité des produits utilisés, des cas de résistance sont détectés. Aussi, la lutte chimique a révélé des effets néfastes sur l'environnement et la santé du consommateur ce qui a remis en cause son application. Pour y remedier, des méthodes de lutte alternatives en l’occurrence l'efficacité des agents de lutte biologique a été étudiée avec un grand succès. Ainsi, l’objectif de notre étude portera sur l'utilisation de bactéries bénéfiques pour lutter contre la pourriture grise de la vigne. La rhizosphère de la vigne est riche en microorganismes qui présentent de fortes aptitudes dans la lutte biologique contre les maladies des plantes. Dans la présente étude, l’isolement de microorganismes bénéfiques a été réalisé sur des plantes de vigne saines. Quarante deux bactéries ont été isolées de différents sols rizosphériques échantillonnés dans les principaux vignobles de la région de Meknès au Maroc (Latitude 33.75989, Longitude -5.43909). Le test d’antagonisme in vitro des différents isolats envers B. cinerea a révélé que parmi l’ensemble des isolats testés les souches S3, S4, S5 et S6 ont montré un résultat positif. Ces isolats inhibent la croissance du B. cinerea. Les quatres souches ont été identifiées par l’étude des caractères biochimiques et l’analyse phylogénétique des séquences du gène de l’ARNr 16S. Les résultats des analyses ont montré que les souches bactériennes retenues ont été apparentées aux espèces, du genre Bacillus, suivantes : S3 : B. velezensis ; S4 : B. velezensis ; et S5 : B. halotollerans. L’isolat S6 a été classé dans le genre Enterobacter et identifié comme étant E. cloacae. Le test d’antagonisme effectuén planta sur des vitroplants de vigne indique que les quatres rhizobactéries réduisent de façon plus ou moins significative, (59 %, 39 %, 55 %, et 17 %, respectivement), les symptômes de la maladie et réduisent les dommages de l’activité photosynthétique (PSII) dus à l’attaque de B. cinerea. Cette étude a permis de révéler que les souches du genre Bacillus et Enterobacter isolées de la rhizosphère de la vigne pourraient être utilisées comme agents de lutte biologique dans la protection de la vigne
The gray mold caused by Botrytis cinerea has a devastating impact on various economically important crops, including grapevine (Vitis vinifera L.), with annual economic losses exceeding10 to 100 billion dollars worldwide. Currently, pesticides remain the main method used to reduce the incidence of this phytopathogenic fungus. However, in addition to emergence of multidrug resistance, chemicals must be increasingly restricted in order to limit their impact on the environment and human health. Thus, in recent years, biological protection is gaining renewed interest. Therefore, the aim of our project is the development of new biotechnologies allowing the grapevine to better resist pathogenic pressures, through the use of beneficial microorganisms. The rhizosphere is a rich source of microorganisms with strong abilities in the biocontrol of plant diseases. In the present study, isolation of plant beneficial microorganisms was carried out on healthy plants. A total of 42 micro-organisms were isolated from different rhizospheric semi-arid soils collected in vineyards of Meknes in Morocco (Latitude 33.75989, Longitude -5.43909). The in vitro antagonism test of the various isolates towards B. cinerea evealed that among all the isolates tested the strains S3, S4, S5 and S6 showed a positive result. These isolates inhibit the growth of B. cinerea. The four strains were identified by the study of biochemical characters and phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences. The results of the analyzes showed that the bacterial strains retained were related to the following species, of the Bacillus genus: S3: B. velezensis; S4: B. velezensis; and S5: B. halotollerans. Isolate S6 was classified in the genus Enterobacter and identified as E. cloacae. The antagonism test carried out in planta on vine vitroplants indicates that the four rhizobacteria reduce significantly (59%, 39%, 55%, and 17%, respectively), the symptoms of the disease and reduce damage to photosynthetic activity (PSII) due to attack by B. cinerea. This study revealed that strains of the genus Bacillus and Enterobacter isolated from the rhizosphere of the vine could be used as biological control agents in the protection of the vine

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Battiston, Enrico. "Développement d’un outil innovant pour optimiser l'activité biologique des substances actives afin de contrôler des maladies fongiques chez Vitis vinifera L. Unmanned A erial Vehicle (UAV) - based remote sensing to monitor grapevine leaf stripe disease within a vineyard aff ected by esca complex Grapevine trunk diseases: a review of fifteen years of trials for their control with chemicals and biocontrol agents". Thesis, Reims, 2018. http://www.theses.fr/2018REIMS046.

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Resumen

Ce travail a consisté en l'étude l'application du phosphate de calcium comme système de transporteur (" drug delivery ") pour la protection de la vigne (Vitis vinifera L.). Ce biomatériau a été étudié avec succès dans le domaine médical, de la fonctionnalité du phosphate de calcium avec des molécules anticancéreuses, à la mise au point d'un dentifrice innovant. Des essais préliminaires dans le contrôle des maladies fongiques de la vigne ont révélé des résultats prometteurs.Dans ce contexte, l'hydroxyapatite inorganique et biomimétique a été étudié en tant que système transporteur potentiel de substances bioactives autorisées en agriculture biologique pour la protection des plantes. À travers une approche multidisciplinaire, l'objectif de l'étude était d'évaluer l'efficacité de l'hydroxyapatite dans l'amélioration de l'activité biologique des composés de cuivre(II) pour lutter contre des maladies fongiques telles que le mildiou et les maladies du bois. Cette étude a pour ambition de contribuer à l'optimisation de la distribution et de la persistance des substances bioactives dans les tissus végétaux, y compris vasculaires, où des pathogènes nocifs peuvent se développer ainsi qu'à la réduction des quantités de fongicides.Cette recherche a ainsi permis de (i) comprendre l'interaction entre le système transporteur, la substance fonctionnelle et les tissus de la vigne ; (ii) démontrer le mécanisme sur lequel l'efficacité supérieure de la substance fonctionnelle est basé ; (iii) recueillir de nouvelles informations sur les mécanismes impliqués dans l'expression des symptômes des maladies du bois en étudiant les réactions de défense des plantes induites par les traitements
The research investigates the application of biomimetic calcium phosphate as innovative delivery system for grapevine (Vitis vinifera L.) protection purposes. This smart material was successfully studied in the biomedical field, from the functionalization of biomimetic calcium phosphate with anti-cancer molecules for localized releases, to the development of an innovative toothpaste for oral hygiene. Preliminary assays to implement the control of the grapevine fungal diseases, have revealed promising results. In this framework, the biomimetic inorganic hydroxyapatite was investigated as potential delivery system of bioactive substances allowed in organic agriculture for plant protection.Through a multidisciplinary approach, the study was aimed to evaluate the efficiency of hydroxyapatite in enhancing the biological activity of copper(II) compounds, on the control of relevant common diseases, like downy mildew, and complex fungal diseases, such as the grapevine trunk diseases. This aim is related to further ambitious goals: the significant reduction of the fungicides amounts applied in plant protection and the optimization of the distribution and persistence of the bioactive substances in the plant tissues, including the vascular ones, where harmful pathogens can develop. Overall, the experimental activities allowed: (i) to understand the interaction between delivery system, functional substance and grapevine tissues; (ii) to demonstrate the mechanism on which the higher efficacy of the functional substance is based; (iii) to collect new information on the mechanisms involved in the symptoms expression by studying the plant defense reactions induced by the treatments

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Tirilly, Yves. "L'hyperparasitisme du Hansfordia pulvinata envers le Fulvia fulva et les perspectives de lutte intégrée contre la cladosporiose de la tomate". Brest, 1987. http://www.theses.fr/1987BRES2036.

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Mise en evidence de la 13-desoxyphomenone, etude de sa biosynthese de ses activites bacteriostatiques, fongistatiques, phytotoxiques. Etude des effets de la toxine sur les phenomenes membranaires pour des suspensions cellulaires d'acer pseudoplatanus. Etude des moyens d'agression de h. P. Elaboration de criteres de selection des souches utilisables en lutte biologique. Test en serre de l'efficacite. Interaction avec le phosethyl al.

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Agbessi, Sonya. "Caractérisation moléculaire et pouvoir antagoniste de souches de S. mélanosporofaciens, agents potentiels de lutte biologique contre des agents phytopathogènes". Sherbrooke : Université de Sherbrooke, 2002.

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Pelat, Thibaut. "Obtention et ingénierie d'anticorps recombinants thérapeutiques et/ou prophylactiques dirigés contre les agents du risque biologique provoqué". Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20093.

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Les anticorps recombinants (Ac) de primates non humains (PNH) représentent une approche très prometteuse en vue de la prise en charge médicale d'agents du risque biologique provoqué (« armes biologiques »). Nous avons montré les avantages de cette approche et ses particularités méthodologiques. Un scFv neutralisant la toxine létale de B. Anthracis (2LF : KD= 1,02 nM), et dirigé contre la sous-unité « facteur létal », a été isolé à partir d'une banque immune de scFv de PNH exposée à la surface de phages, et caractérisé. Un autre scFv, 43RCA, neutralisant la ricine, a été isolé par la même technique puis évalué (en particulier : KD= 40 pM). Cette approche peut aussi s'appliquer à des pathogènes n'appartenant pas au risque biologique provoqué, puisqu'un scFv dirigé contre Aspergillus fumigatus a aussi été isolé (MS130i-IIIC3 : KD= 0,96 nM). Les outils d'analyse de séquences disponibles en ligne sur le site IMGT® ont permis de montrer la grande similarité de ces scFv avec leurs homologues humains. Des travaux d'ingénierie de fragments d'Ac ont aussi été réalisés, dont une maturation d'affinité in vitro (KD initial = 3,4 nM ; KD final = 0,18 nM). Une approche particulière de l'humanisation ("germline humanization") utilisant les régions charpentes (FR) d'IgM (rencontrés chez tous les sujets à la différence des FR d'IgG) et la standardisation IMGT® a été implémentée pour assurer une tolérance optimale de l'un de nos scFv. Des essais in vivo d'une IgG primatisée ont démontré ses capacités prophylactique et thérapeutique
Recombinant antibodies isolated from non-human primates represent very promising medical countermeasures against bioweapons. The advantages and methodological aspects of this approach have been described. An scFv, neutralizing the lethal toxin of Bacillus anthracis (2LF: KD= 1. 02 nM) and directed against the “lethal factor” subunit was isolated from a phage-displayed immune library, and characterised. Another scFv, 43RCA, neutralizing ricin, was obtained with the same methodology and tested (in particular: KD= 40 pM). This approach may also be used beyond bioweapons, as an scFv directed toward Aspergillus fumigatus was also isolated (MS130i-IIIC3: KD= 0,96 nM). On-line sequence analysis with IMGT tools allowed to show the high degree of similarity between these scFvs and their human counterparts. Antibody fragments were engineered, including an in vitro affinity maturation (KD initial = 3. 4 nM; KD final = 0. 18 nM). Utilizing IMGT standardisation and on-line tools, a “germline humanization” - utilizing FR derived from IgM, encountered by every Human, as opposed to IgG FR - was realized in order to ensure an optimal tolerance for one of our scFvs. A primatized IgG was tested in vivo and showed therapeutic and prophylactic capacities

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Agbessi, Sonya. "Caractérisation moléculaire et pouvoir antagoniste de souches de S. mélanosporofaciens, agents potentiels de lutte biologique contre des agents phytopathogènes". Thèse, Université de Sherbrooke, 2002. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/5016.

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La souche Streptomyces melanosporofaciens EF-76 est un agent de lutte biologique prometteur et des études antérieures ont montré son aptitude à contrôler la pourriture des racines du framboisier causée par le Phytophthora fragariae var. rubi ainsi, que son aptitude à inhiber la croissance d'une grande variété de bactéries Gram+ et de champignons. Des gènes vraisemblablement impliqués dans la biosynthèse de la geldanamycine ont été isolés chez la souche EF-76. Les évidences expérimentales supportant cette affirmation sont l'identification de la production de geldanamycine comme métabolite secondaire produit par EF-76, la présence parmi les gènes isolés d'une glycosyle transférase impliquée dans la résistance à la geldanamycine et enfin, la corrélation existant entre le phénotype d'une souche mutante sensible à la geldanamycine ne produisant plus l'antibiotique et les délétions qu'elle a subi au sein de ces mêmes gènes. Deux souches recombinantes (FP-54 et FP-60) ont été obtenues par fusion de protoplastes intraspécifique et différaient quant à leurs propriétés antagonistes envers les souches B. cereus ATCC 14579, S. scabies EF-35 et Phytophthora fragariae var. rubi 390. FP-60 avait perdu sa capacité à inhiber la croissance de ces microorganismes alors que FP-54 possédait un plus grand pouvoir d'inhibition de croissance envers ces microorganismes. Alors que FP-60 ne produisait plus de geldanamycine, FP-54 produisait, en plus de la geldanamycine, au moins deux autres composés antimicrobiens absents du surnageant de culture de la souche EF-76. Tout comme la souche sauvage EF-76, FP-54 réduisait les symptômes causés par la gale commune de la pomme de terre mais il n'y avait aucune différence entre les index de la maladie, observés en présence de EF-76 et de FP-54. FP-60 ne possédait aucun effet protecteur contre la gale commune de la pomme de terre. Les résultats obtenus suggèrent que l'antibiose et en particulier la production de geldanamycine par la souche EF-76 est une propriété importante à l'efficacité de cette souche en lutte biologique.

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Ismail, Mohannad Ahmad. "Plasticité de la réponse à l'exposition au froid chez aphidius ervi dans le cadre des processus de stockage utilisés en lutte biologique". Rennes 1, 2011. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00588289.

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Dans le cadre de la lutte biologique par lâchers inondatifs, le stockage au froid est utilisé pour obtenir des quantités importantes d'ennemis naturels. L'objectif de cette thèse est de comparer une grande variété de traitements de stockage au froid, considérés comme un stress thermique, et d'évaluer leurs effets sur la fitness des survivants, en utilisant comme modèle biologique le parasitoïde Aphidius ervi. Pour chacune des conditions de stockage, les effets du stress ont été évalués sur différents traits de vie, comme la longévité, la fécondité à l'émergence, la fécondité totale, la capacité d'accouplement, le sexe ratio des descendants, et sur différents paramètres physiologiques dont la quantité de lipides. Les principaux résultats montrent que les régimes de température fluctuants améliorent considérablement le taux de survie (principalement après quatre semaines de stockage), mais que les parasitoïdes stockés dans ces conditions consomment une plus grande proportion de lipides. Pour une longue durée de stockage (4 semaines), les régimes fluctuants à basse température (0°C) permettent d'obtenir le meilleur taux de survie associé aux meilleures performances de fitness et cet aspect n'avait jamais été mis en évidence auparavant. Lorsque le taux de mortalité lié au stockage est négligeable, le premier trait de vie atteint est la longévité. La fécondité n'est pas modifiée mais le sexe-ratio des descendants est plus biaisé vers les mâles. Lorsque le taux de mortalité est important, on peut observer la sélection d'individus résistants au stockage, dont les performances sont identiques à celle des témoins non stockés. Cependant, ces individus ont une taille réduite par rapport à celle des témoins. Lors du stockage au froid, les individus de plus grande taille sont plus affectés par ce stress que les individus de petite taille. Ces derniers ont de plus une reproduction plus précoce. Ce point n'avait encore jamais été mis en évidence; sachant que chez les parasitoïdes, les individus les plus grands ont potentiellement une meilleure fitness, ce point peut avoir des répercussions négatives en lutte biologique
Cold storage is used to obtain large quantities of natural enemies in biological control programs for inundative releases. The objective of this thesis is to compare different storage treatments, considered as thermal stresses, to evaluate the fitness of the survivors, using as a biological model the parasitoid Aphidius ervi. We evaluated the effects of each tretament on different life history traits such as longevity, fecundity at emergence, lifetime fecundity, mating capacity, sex ratio of offspring, but also on physiological parameters such as the amount of lipids. The main results showed that fluctuating temperature regimes significantly improve survival rates (mainly after four weeks of storage) compared to constant regimes, but parasitoids consume larger amounts of lipids during storage. During long storage (4 weeks), we highlighted for the first time that a combination of fluctuating regime with low temperature at 0°C produced the best emergence rates associated with higher fitness. When mortality rate is negligible after storage, longevity was the first parameter affected. Fecundity did not decreased significantly, whereas the sex ratio of the progeny was male biased. When mortality rate is high, the individuals succeeding to emerge, showed performances as high as the control. These individuals, however, were small in size compared to control. After cold storage, larger individuals were more affected by stress than smaller ones. Furthermore, smaller individuals had a higher egg load at emergence, which was observed for the first time. In parasitoids, it is well known that larger individuals have better fitness, and this may thereby affect the success of biological control

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Fruit, Laetitia. "Etude des facteurs d'efficacité d'un agent de lutte biologique (Ulocladium atrum) pour la protection des plaies d'effeuillage sur tomate contre Botrytis cinerea". Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO10030.

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La pourriture grise causée par l'agent pathogène Botrytis cinerea est l'un des problèmes majeurs rencontrés sur cultures de tomates sous abris. Les symptômes sur tiges, souvent liés aux pratiques culturales, sont difficiles à maîtriser. La protection des cultures repose essentiellement sur l'utilisation de produits chimiques dont l'efficacité est restreinte. De nouvelles stratégies de lutte sont nécessaires. L'alternative la plus prometteuse est basée sur le développement de méthodes de lutte biologique. Dans ce contexte, l'objectif du travail de thèse a été d'évaluer le potentiel d'un champignon saprophyte du sol Ulocladium atrum pour la protection des plaies d'effeuillage sur tomate contre B. Cinerea. Les principaux facteurs régissant l'efficacité de cet antagoniste ont été étudiés. Les paramètres micro-climatiques tels que l'humidité relative et la température de l'air jouent un rôle important dans le développement de B. Cinerea. L'efficacité de U. Atrum a donc été quantifiée pour 18 régimes température - humidité relative correspondants aux conditions prépondérantes dans les cultures sous serre. Les phases clés du processus épidémiologique ont été considérées:Installation de B. Cinerea sur les plaies d'effeuillage, Expansion des lésions sur tige et Sporulation sur tissus infectés. U. Atrum a limité efficacement l'infection des plaies et s'est révélé capable d'inhiber ou de limiter le développement de chancres sur tiges et la production de spores indépendamment des conditions d'incubation. Cette efficacité a été confirmée en conditions de production sous serres. Parmi les autres facteurs d'efficacité étudiés, la dose d'application de l'antagoniste était le facteur le plus significatif. Une concentration d'antagoniste 10 fois supérieure à la dose de B. Cinerea inoculée permet une protection très efficace des tiges. L'intervalle de temps après effeuillage séparant l'application de l'antagoniste et l'inoculation avec B. Cinerea était aussi un facteur clé de l'efficacité de la protection biologique. La protection des tiges a été totale lorsque l'antagoniste était appliqué jusqu'à 3 heures après B. Cinerea. L'ensemble des résultats obtenus au cours de cette étude permettent de considérer U. Atrum comme un micro-organisme prometteur pour la protection biologique de la tomate contre B. Cinerea.

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Besset-Manzoni, Yoann. "Améliorer les principes de sélection de nouveaux agents bactériens de biocontrôle contre la fusariose du blé". Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1124/document.

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Pour lutter contre les nuisibles des cultures (herbivores et pathogènes), de nouvelles voies ont été explorées et en particulier la lutte biologique. Utilisé la nature et ses organismes pour réguler les populations de pathogènes, tel est le but de la lutte biologique aussi appelé biocontrôle. Parmi les organismes couramment retrouvés dans le biocontrôle se trouve les micro-organismes, que cela soit des champignons ou des bactéries. Ces micro-organismes possèdent des capacités très intéressante pour des agriculteurs et agronomes. En effet, des études ont montré qu’ils étaient capables d’interagir avec les plantes pour permettre une meilleure croissance et santé de celle-ci. Alors, dans cette thèse, nous nous sommes intéressés aux bactéries pour trouver des méthodes de luttes alternatives à Fusarium graminearum, un pathogène des céréales responsables de fortes pertes de rendements, en particulier grâce à la production de mycotoxines qui va rendre les grains impropres à la consommation humaine et animales. Par l’intermédiaire d’une approche original consistant à garder des souches non-inhibitrice in vitro pour des tests in planta, nous avons pu montrer les limites de la sélection in vitro. Grâce à l’exploration métaboliques d’une souche particulièrement efficace, nous avons aussi pu mettre en évidence de potentiels nouvelles molécules antifongiques. Par l’intermédiaire d’une souche modèle, nous avons explorer les mécanismes de la mise en place d’une résistance systémique chez le blé induite par les bactéries. Et enfin, nous avons exploré le potentiel des combinaisons de bactéries dans la protection du blé qui semble représenter un vrai futur dans le monde du biocontrôle. Les travaux effectués s’inscrivent dans les besoins de nouvelles ressources pour limiter l’utilisation des pesticides, mais aussi dans un besoin de mieux comprendre les interactions tripartite entre blé, pathogène et bactéries bénéfiques
To combat pests of crops (herbivores and pathogens) new pathways have been explored, in particular biological control. Used the nature and its organisms to regulate the populations of pathogens, that is the goal of the biological fight also called biocontrol. Among the organisms commonly found in biocontrol are micro-organisms, be they fungi or bacteria. These microorganisms have very interesting capabilities for farmers and agronomists. Indeed, studies have shown that they are able to interact with plants to allow a better growth and health of it.Then, in this thesis, we were interested in bacteria to find alternative methods of struggle with Fusarium graminearum, a pathogen of cereals responsible for high yield losses, especially thanks to the production of mycotoxins that will make the seeds unfit for human and animal consumption.Through an original approach of keeping noninhibitory strains in vitro for in planta tests, we have been able to show the limitations of in vitro selection. Thanks to the metabolic exploration of a particularly efficient strain, we have also been able to highlight potential new antifungal molecules. Through a model strain, we explored the mechanisms of the establishment of systemic resistance in wheat induced by bacteria. And finally, we have explored the potential of bacterial combinations in wheat protection that seems to represent a real future in the world of biocontrol.The work done is in line with the needs of new resources to limit the use of pesticides, but also in a need to better understand the tripartite interactions between wheat, pathogen and beneficial bacteria

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Quaglietti, Bastien. "Impact de la consanguinité et de l’hybridation chez quatre auxiliaires de lutte biologique". Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017AZUR4048/document.

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La consanguinité et l’hybridation sont deux processus génétiques pouvant avoir des effets antagonistes dans les élevages d’auxiliaires de lutte biologique. L’hybridation peut minimiser les risques de dépression de consanguinité (diminution de fitness des individus consanguins), et favoriser l’apparition de phénotypes avantageux. Bien que les mécanismes de la dépression de consanguinité et des conséquences de l’hybridation soient bien connus, très peu d’études ont été réalisées dans le cadre de la lutte biologique. Il convient d’évaluer les effets réels de la consanguinité et de l’hybridation sur la fitness des auxiliaires pour orienter les pratiques de l’industrie de la lutte biologique. Dans le cadre d’une collaboration public-privé, des données ont été produites sur les effets de la consanguinité chez les quatre auxiliaires Allotropa burrelli, Chrysoperla near comanche, Cryptolaemus montrouzieri et Macrolophus pygmaeus. La consanguinité a notamment provoqué une baisse de 30% du succès reproducteur chez M. pygmaeus. Une étude approfondie des conséquences de l’hybridation intra-spécifique a alors été réalisée en utilisant quatre populations de M. pygmaeus. Trois groupes génétiques séparés par un fort isolement reproducteur ont été mis en évidence. Néanmoins, un avantage de fitness pour les individus issus de croisements entre parents génétiquement distants a été mis en évidence au sein de chaque groupe génétique. Ce travail de thèse apporte des données utilisables à court-terme par les entreprises partenaires. Il contribue par ailleurs à créer un corpus de données pour mieux évaluer l’importance réelle des effets génétiques dans les élevages d’auxiliaires
Inbreeding and hybridization are two genetic processes that may have antagonistic effects in biological control agents (BCAs) rearing. Hybridization can minimize the risk of inbreeding depression (decrease in fitness of inbred individuals), and favor the emergence of advantageous phenotypes. Although the mechanisms of inbreeding depression and the consequences of hybridization are well known, very few studies have been carried out in the context of biological control. The actual effects of inbreeding and hybridization on the fitness of BCAs should be assessed to guide the practices of the biocontrol industry. In a public-private collaboration, data were generated on the effects of inbreeding in the four BCAs Allotropa burrelli, Chrysoperla near comanche, Cryptolaemus montrouzieri and Macrolophus pygmaeus. Inbreeding resulted in a 30% decrease in reproductive success in M. pygmaeus. A thorough study of the consequences of intra-specific hybridization was then carried out using four populations of M. pygmaeus. Three genetic groups separated by strong reproductive isolation were identified. Nevertheless, a fitness advantage for individuals from crosses between genetically distant parents has been highlighted within each genetic group. This work brings data usable in the short term by the partner companies. It also helps to create a corpus of data to better evaluate the real importance of genetic effects in BCAs rearing

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Cossus, Louis. "Influence des agents phytopathogènes sur la production de lipopeptides et le protéome de Bacillus subtilis". Doctoral thesis, Université Laval, 2021. http://hdl.handle.net/20.500.11794/69804.

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Resumen

La bactérie Bacillus subtilis est considérée comme une solution alternative aux pesticides conventionnels pour la gestion des agents phytopathogènes. Les mécanismes de biocontrôle de cette bactérie sont multiples et reposent fortement sur la production de lipopeptides. A l'heure actuelle, l'influence des mycètes/oomycètes phytopathogènes sur la physiologie et les mécanismes de biocontrôle de B. subtilis est peu connue. L'objectif de ce projet de doctorat était d'étudier chez B. subtilis l'influence de différents mycètes/oomycètes phytopathogènes sur les mécanismes de biocontrôle et plus particulièrement sur la production de lipopeptides. Dans un premier temps, les lipopeptides produits par B. subtilis PTB185 ont été caractérisés par spectrométrie de masse et une méthode permettant leur quantification relative a été développée à l'aide d'un MALDI-TOF. Cette première étape a permis de montrer que la souche PTB185 produit de la surfactine, de l'iturine et de la fengycine. Les essais de confrontation sur gélose ont montré que l'activité antagoniste et la production de lipopeptides par B. subtilis variaient significativement (P ≤ 0.05) selon l'agent pathogène testé. Aucune corrélation entre la production de lipopeptides et l'activité antimicrobienne de B. subtilis n'a toutefois été observée. Le mycélium autoclavé des agents phytopathogènes a également influencé significativement les quantités de lipopeptides produites par B. subtilis en milieu liquide. La production de fengycine et/ou d'iturine a augmenté significativement en présence du mycélium de Botrytis cinerea, Mucor sp., Pythium ultimum ou Rhizoctonia solani, alors que l'addition de mycélium n'a pas affecté de façon significative la production de surfactine, en comparaison avec le traitement témoin. Les bactéries cultivées en milieu liquide en présence du mycélium de Mucor sp. ont causé une réduction significativement plus importante de la croissance de B. cinerea, R. solani et S. sclerotiorum, comparativement aux bactéries cultivées en absence de mycélium. Ces résultats montrent pour la première fois l'influence du mycélium autoclavé des agents phytopathogènes sur l'activité antagoniste et la production de fengycine/iturine chez B. subtilis. Une étude plus approfondie de l'influence du mycélium autoclavé et des composés extracellulaires des mycètes/oomycètes phytopathogènes sur B. subtilis PTB185 a par la suite été réalisée en protéomique. Le mycélium autoclavé de tous les agents phytopathogènes testés a fortement inhibé les protéines associées au métabolisme et à la biosynthèse de la thiamine chez la bactérie. Le mycélium autoclavé de Mucor sp. a fortement stimulé les protéines associées au « phage-like element PBSX » et fortement diminué celles du métabolisme et de la biosynthèse de la biotine. Les composés extracellulaires de P. ultimum ont diminué les protéines associées à la formation des flagelles et stimulé celles associées à la production de subtilosine. Le mycélium autoclavé et les composés extracellulaires de R. solani ont augmenté de façon importante les protéines associées à la synthèse de sidérophores. Les composés extracellulaires de S. sclerotiorum ont pour leur part très faiblement impacté le protéome de la bactérie. Les résultats de cette étude, en plus de témoigner de l'influence des interactions biotiques sur la production des lipopeptides, apportent des informations supplémentaires quant à l'influence de ces dernières sur la physiologie/les mécanismes de biocontrôle de B. subtilis. Enfin, cette étude offre de nouvelles perspectives pour optimiser le milieu de culture de B. subtilis à des fins biotechnologiques.
The bacterium Bacillus subtilis is considered as a promising alternative to conventional pesticides for plant disease management. The mechanisms underlying the biocontrol properties of this bacterium are multiple and are closely related to the production of lipopeptides. Currently, little is known about the influence of plant pathogenic fungi/oomycetes on B. subtilis physiology and biocontrol mechanisms. The objective of this doctoral research project was to study the influence of fungi/oomycetes on B. subtilis biocontrol mechanisms, especially on the production of lipopeptides. In the first instance, the lipopeptides produced by B. subtilis PTB185 were characterised by mass spectrometry and a method allowing the relative quantification of these compounds was developed using MALDI-TOF instrumentation. This first step displayed the capacity of strain PTB185 to produce surfactin, iturin, and fengycin. Confrontation assays conducted on agar showed that B. subtilis antagonistic activity and production of lipopeptides vary significantly (P ≤ 0.05) according to the pathogen tested. However, no correlation between lipopeptides production and B. subtilis antimicrobial activity was observed. Autoclaved mycelia of plant pathogens were also shown to significantly influence the quantities of lipopeptides produced by B. subtilis in liquid culture. Fengycin and/or iturin were produced in significantly higher amounts in presence of mycelium of Botrytis cinerea, Mucor sp., Pythium ultimum, or Rhizoctonia solani, while addition of mycelium in the medium did not significantly affect surfactin production as compared to the control. Bacteria grown in liquid medium amended with Mucor sp. mycelium caused a significantly higher reduction of mycelial growth of B. cinerea, R. solani, and Sclerotinia sclerotiorum as compared to the bacteria grown with no mycelium. These results show for the first time the influence of autoclaved plant pathogen mycelium on B. subtilis antagonistic ability and production of fengycin/iturin. The influence of autoclaved mycelia and extracellular compounds of plant pathogenic fungi/oomycetes on B. subtilis was further investigated by proteomics. Autoclaved mycelium of all tested pathogens strongly inhibited the proteins associated with B. subtilis thiamine metabolism and biosynthesis. Autoclaved mycelium of Mucor sp. strongly increased proteins associated with the phage-like element PBSX and strongly decreased those related to biotin metabolism and biosynthesis. Extracellular compounds of P. ultimum reduced proteins associated with flagellar assembly and stimulated those related to the production of subtilosin. Autoclaved mycelium and extracellular compounds of R. solani strongly increased proteins associated with the production of siderophores. Extracellular compounds of S. sclerotiorum barely affected the proteome of the bacterium. The results of this study, besides providing additional evidence of the influence of biotic interactions on lipopeptides production, give further information on the influence of the latter on B. subtilis physiology and biocontrol mechanisms. Finally, this study provides new insights into the optimisation of the culture medium to grow B. subtilis for biotechnological applications.

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Debras, Jean-François. "Rôles fonctionnels des haies dans la régulation des ravageurs : le cas du psylle Cacopsylla pyri L. dans les vergers du sud-est de la France". Avignon, 2007. http://www.theses.fr/2007AVIG0318.

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Resumen

Les haies plantées en bordure des cultures hébergent une entomofaune d'une grande diversité et leur fonction de réservoirs d'entomofaune auxiliaire n'est plus à démontrer. Dans le contexte actuel de développement d'une agriculture systémique basée sur la durabilité des systèmes de production, leur utilisation en protection intégrée entre dans le cadre des méthodes de protection dites de conservation de la biodiversité. L'objectif de ce travail est d'évaluer la fonctionnalité des haies dans la maîtrise des ravageurs des vergers, la culture choisie est celle du poiri (Pyrus communis L. ) et le ravageur visé est le psylle Cacopsylla pyri L. (Hemiptera, Psyllidae), ravageur clé des vergers de poiriers. Les résultats obtenus durant trois années sur un verger expérimental montrent que la haie influence la distribution des prédateurs dans la parcelle aux périodes de pullulation du ravageur, que cet effet n'est pas simplement un effet de lisière et que des déplacements d'auxiliaires ont lieu entre la haie et le verger en relation avec les effectifs de la proie. Cependant dans un contexte appliqué, les résultats obtenus sur cinq parcelles conduites en agriculture conventionnelle et biologique montre que l'impact des pratiques culturales, caractérisées par les traitements phytosanitaires est prépondérant surtout dans la composition du peuplement d'arthropodes des vergers et diminue grandement le rôle fonctionnel de la haie observé en verger expérimental
Hedgerows host a great of invertebrate species and play a great role as reservoirs of beneficial arthropods, which is not to be demonstrated any more. In the current context of a systemic agriculture based on the durability of the systems of production, their use in integrated protection management enters within the scope of the methods called "conservation biological control". The objective of this work is to estimate the hedge functionality in the control of the psylla Cacopsylla pyri (L. ) (Hemiptera, Psyllidae, key pest of the pear orchards, Pyrus communis (L. ). Our results, obtained in an experimental orchard during three consecutive years, show that the hedge influences the distribution of predators in the field during C. Pyri proliferation. This effect is not simply a border effect as movements of beneficials are observed between the hedge and the orchard in connection with prey density. In an applied context, the impact of chemical treatment is major on the composition of arthropods populating orchards and decreases the functional role of hedgerows observed in our experimental orchard

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Gallet, Jean-Philippe. "Sélection et mode d'action de Trichoderma et de Basidiomycètes lignivores, antagonistes de l'Armillaire (Armillaria ostoyae (Romagn. ) Herink) en vue de leur utilisation comme agents de lutte biologique contre le pourridie du pin maritime". Bordeaux 2, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR28322.

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Resumen

L'amillaire (Amillaria ostoyae) manifeste une activité pathogène vis-à-vis du pin maritime (Pinus pinaster) extrêmement dommageable. Parmi les méthodes de lutte étudiées, la lutte biologique semble être applicable dans le massif forestier de Gascogne. Elle a fait l'objet de notre étude. L'activité antagoniste d'isolats de Trichoderma harzianum a été évaluée vis-à-vis de l'amillaire. Ceux-ci, montrant une certaine efficacité in vitro et in situ, n'assurent qu'une protection temporaire de jeunes pins dans un système d'inoculation contrôlée en pépinière. La recherche de champignons de l'ordre des basidiomycètes, lignivores et antagonistes a été entreprise au niveau du massif forestier. Une campagne de récolte a permis de récupérer divers isolats. Parmi ceux-ci, les basidiomycètes responsables de pourriture blanche manifestant une forte activité lignivore ont été retenus. Une méthode pour quantifier leur activité antagoniste in vitro a été mise au point puis appliquée à l'ensemble des isolats sélectionnés précédemment. Pour les plus efficaces, une étude de leur activité antagoniste en conditions semi-naturelles a été effectuée. Quatre basidiomycètes Bjerkandera adusta, Gymnopilus spectabilis, Hygrophoropsis aurantiaca et Hypholoma fasciculare peuvent coloniser le bois rapidement en conditions non stériles. De plus, ils sont capables d'éliminer l'inoculum d'amillaire présent dans la racine. Les phénomènes intervenant dans l'expression des activités antagonistes et lignivores ont été étudiés. La production d'enzymes, de toxines a été révélée lors de confrontations entre l'amillaire et différents basidiomycètes (Bjerkandera adusta, Coriolus versicolor, Gymnopilus spectabilis et Hypholoma fasciculare en milieu liquide. L'activité mycoparasite de certains de ces isolats vis-à-vis du pourridié a été démontrée. L'étude des activités enzymatiques impliquées dans la dégradation du bois de pin a été effectuée. Pour Bjerkandera adusta, Gymnopilus spectabilis, Hydrophoropsis aurantiaca et Hypholoma fasciculare, les systèmes ligninolytiques sont plus efficaces que ceux de l'amillaire. Le pourridié se caractérise par sa production en activité pectinase supérieure à celle observée chez les autres champignons
Amillaria exerts a powerful, pathogenic action against the maritime pine. Among control methods sudied, biological control seems to be appropriate for use in the forest massif of Gascony. This is the subject of the author's study. The antagonistic action of isolates of T. Harzianum on Amillaria were evaluated. The isolates demonstrating a certain efficaciousness in vitro and in situ provide only temporary protection of young pines in the contex of controlled inoculation in the nursery. The search for fungi of the order Basidiomycetes being wood-degrading and antogonistic was understaken on a forest-wide scale. Intensive collection allowed for obtaining diverse isolates. Among these the white not fungi which demonstrated considerable wood-degrading action were singled out. A method for quantifying antagonistic action in vitro was perfected then applied to the group of isolates previously selected. For the most efficacious among these, a study of their individual antagonistic action in semi-natural conditions was carried out. Four basidiomycetes Bjerkandera adusta, Gymnopilus spectabilis, Hygropsis aurantiaca and Hypholoma fasciculare are able to colonize wood rapidly under non sterile conditions. Additionally, they are capable of eliminating the amillaria inoculum present in the root. The various phenomena present in antagonistic and wood-degrading action were identified. The production of enzymes and of toxins was revealed when amillaria and the different basidiomycetes were paired in a liquid medium. The mycoparasitic action of certain isolates on the root not fungus was demonstrated. The study of enzymatic action inherent in the degradation of the wood was carried out. For B. Adusta ; G. Spectabilis, H. Fasciculare and H. Aurantiaca the lignolytic systems are lire efficacious than these of amillaria. The root bot fungus is characterized by a greater pectinase action than that of the other fungi

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Hougard, Jean-Marc. "Lutte contre les simulies et les moustiques en Afrique de l'ouest : évaluation des conditions naturelles de l'efficacité de nouveaux larvicides, agents de lutte biologique et analogues de régulateurs de croissance". Paris 6, 1986. http://www.theses.fr/1986PA066410.

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Rohrlich, Clara. "Lutte biologique à base de champignons entomopathogènes du genre Beauveria en zone tropicale". Thesis, La Réunion, 2018. http://www.theses.fr/2018LARE0031.

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Resumen

La lutte biologique à l’aide de champignons entomopathogènes est une des alternatives aux insecticides de synthèse. La thèse étudie la spécificité, la persistance et la dispersion de souches du genre Beauveria ainsi que le potentiel d’une stratégie d’utilisation innovante. À l’aide de tests de pathogénicité, un premier volet décrit le spectre d’hôtes physiologique de trois souches commerciales de B. bassiana et B. hoplocheli. Ces travaux révèlent des différences significatives entre souches. Néanmoins, elles possèdent toutes un large spectre d’hôtes, qui permet notamment d’envisager une extension d’usage pour lutter contre les mouches des fruits. Le second volet explore le potentiel d’une stratégie de lutte biologique ciblant spécifiquement les femelles de la mouche du melon, basée sur l’auto-dissémination de champignons entomopathogènes en utilisant les mâles comme vecteurs de spores. À l’aide d’un dispositif expérimental original, nous démontrons que la transmission de spores des mâles aux femelles lors de l’accouplement augmente significativement la mortalité des femelles. À la Réunion, depuis 30 ans, un programme de lutte contre un ver blanc de la canne à sucre est basé sur l’utilisation de B. hoplocheli. Le troisième volet étudie, à l’aide de marqueurs microsatellites, la diversité génétique de B. hoplocheli dans un réseau de parcelles de canne à sucre sur trois ans. La diversité génétique se relève très faible et nous identifions des génotypes de souches introduites dans les années 1980. Ces résultats suggèrent que les souches introduites au début de la lutte se sont maintenues et répandues dans l’agro-système réunionnais
Biological control using entomopathogenic fungi is one of the alternatives to chemical insecticides. The thesis studies the specificity, persistence and dispersion of Beauveria strains and the potential of an innovative use strategy. Using pathogenicity tests, a first chapter describes the host range of three commercial strains of B. bassiana and B. hoplocheli. These studies reveal significant differences between strains. Nevertheless, they all have a broad host range, which allows considering extending their use against fruit flies. The second chapter explores the potential of a biocontrol strategy specifically targeting females of the melon fruit fly, based on the auto-dissemination of entomopathogenic fungi using males as spore vectors. Using an original experimental design, we demonstrate that spore transmission from male to female during mating significantly increases female mortality. In Reunion, for 30 years, a biocontrol program for a sugarcane white grub has been based on the use of B. hoplocheli. The third chapter investigates the genetic diversity of B. hoplocheli strains using microsatellite markers in a three years survey in sugarcane fields. We reveal a very low genetic diversity and identify genotypes of strains introduced in the 1980s. These results suggest that the strains introduced at the beginning of the biological control persisted and spread in the Reunion agro-ecosystem

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Hougard, Jean-Marc. "Lutte contre les simulies et les moustiques en Afrique de l'ouest évaluation dans les conditions naturelles de l'efficacité de nouveaux larvicides, agents de lutte biologique et analogues de régulateurs de croissance". Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb375983762.

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Ismaeil, Ibrahim. "Effets d’un stress thermique chaud sur les traits de vie et le succès parasitaire du parasitoïde de pucerons Aphidius ervi (Aphidiidae), agent de lutte biologique". Amiens, 2011. http://www.theses.fr/2011AMIE0105.

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Resumen

Les changements thermiques sont fréquents dans la nature et les organismes poïkilothermes tels que les insectes sont particulièrement exposés et sensibles à de telles variations qui affectent leurs traits d'histoire de vie. La présente étude porte sur l’endoparasitoïde solitaire Aphidius ervi Haliday (Hymenoptera : Braconidae Aphidiidae), un agent de contrôle biologique utilisé efficacement contre les pucerons, dont le puceron de la pomme de terre, Macrosiphum euphorbiae Thomas (Sternorrhyncha: Aphididae). Dans ce travail de thèse, nous avons évalué les effets de stress thermiques modérés (à 25°C et 28°C, appliqués pendant 1h ou 48h) sur les jeunes adultes d’A. Ervi et sur la fitness de leurs descendants de première génération (F1). Seuls les stress thermiques de 48h ont un impact fort sur la mortalité des guêpes alors que l’ensemble des traitements réduit la longévité des mâles. Un stress thermique appliqué aux femelles mères d’A. Ervi a également des conséquences sur leur descendance (F1) dont le développement, les taux de momification et le succès parasitaire sont affectés négativement. De façon surprenante, la fécondité des femelles de génération F1 est augmentée lorsque leur mère a été soumise à un stress thermique de 25°C. Il est suggéré que l’augmentation de la fécondité de ces femelles F1 pourrait être l’expression d’un phénomène d’hormèse, qui repose sur une certaine plasticité phénotypique trans-générationnelle, une réponse adaptative aux variations de l’environnement qui tend à optimiser la fitness des phénotypes induits. Nos résultats illustrent la complexité des réponses des insectes, et des parasitoïdes en particulier, aux conditions fluctuantes de leur environnement
Natural populations are commonly exposed to fluctuations of temperature and poikilothermic organisms such as insects are particularly sensitive to such variations which can represent potential stresses, ultimately affecting their life history traits and their overall fitness. The present study focused on the solitary endoparasitoid Aphidius ervi Haliday (Hymenoptera: Braconidae Aphidiidae), an efficient biological control agent commercially used against aphids such as the potato aphid Macrosiphum euphorbiae Thomas (Sternorrhyncha: Aphididae). We here evaluated the effects of mild heat stresses (at 25°C or 28°C, applied for either 1h or 48h) on young adults of A. Ervi and on the fitness of their first generation (F1) progeny. Only heat stresses of 48h had a strong impact on the wasps’ mortality while all treatments reduced the male longevity. Heat-stresses applied to A. Ervi parents also had consequences on their F1 progeny whose developmental time, rate of mummification and success of parasitism were negatively affected. Surprisingly, the fecundity of the F1 female progeny was increased when their mother had been submitted to a mild heat stress of 25°C. The increased fecundity of the F1 female progeny is suggested to result from a homeostatic, hormesis-like effect implying trans-generational phenotypic plasticity, thus illustrating the complexity of insect responses, and underlying mechanisms, to fluctuating conditions of their natural environment. Such phenomenon is believed to be adaptive as organisms with the induced phenotype are expected to experience a greater fitness

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Selmi, Hela. "Effet de l'ajout de biochar sur la symbiose tripartite Ensifer meliloti-Rhizophagus irregularis-luzerne (Medicago sativa L.), sur la production d'inocula bactériens et envers la lutte aux agents pathogènes". Master's thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/26598.

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Resumen

L’agriculture durable repose sur l’utilisation de moins d’intrants chimiques et favorise l’utilisation des produits biologiques comme le biochar. Ce dernier, à certaines doses, peut stimuler la fixation biologique d’azote chez les légumineuses. Notre projet vise à étudier l’effet d’un biochar de copeaux de pin pyrolysés à 700 ºC sur la symbiose tripartite Ensifer meliloti-Rhizophagus irregularis-Medicago sativa L., sur la production d’inocula bactériens et envers la lutte contre les agents pathogènes. Une culture de luzerne inoculée avec deux E. meliloti A2 et S14, en présence du Rhizophagus irregularis et dans un sol amendé avec 0, 15 ou 30 % de biochar (v:v) a été réalisée. Une stimulation significative de la mycorhization a été observée en présence de 15 % de biochar, et des souches A2 et S14. Par contre, l’inoculation de la luzerne avec A2 ou S14 n’a pas eu d’effet significatif sur les rendements, indiquant la présence dans le sol de souches efficaces d’E. meliloti. Une étude portant sur la survie des rhizobiums et du Bacillus subtilis MBI 600 menée pendant 120 jours à 4 et 25 °C. Elle a montré que 15 % de biochar favorise significativement la survie des cellules de rhizobiums. Par contre, pour Bacillus subtilis c’est le Pro-mix à 100 % qui supporte mieux la survie des cellules. Ainsi, l’effet de biochar sur la survie des microorganismes dépend de la nature de ces derniers et de la dose utilisée. L’étude de l’effet des trois doses du biochar sur les agents pathogènes a montré qu’à forte dose il pourrait favoriser le développement des pathogènes. Les résultats apportent des pistes pour les modalités d’application de biochar en agriculture. Par contre, notre étude est réalisée avec un seul type de biochar à trois doses. Il sera donc très important de tester d’autres types ainsi que d’autres doses de biochar.
Sustainable agriculture is based on the use of less chemical inputs and promotes the use of biological products such as biochar. Many studies clearly indicate that some biochars can stimulate biological nitrogen fixation in legumes. Our project aims to study the effect of a biochar (Pines, 700ºC) on the tripartite symbiosis Ensifer meliloti-Rhizophagus irregularis-Medicago sativa L., on the production of bacterial inocula and on the fight against pathogens. A culture of alfalfa inoculated with two strains of E. meliloti A2 or S14, in the presence of Rhizophagus irregularis and in a soil amended with 0, 15 or 30% of biochar (vol:vol) was conducted. A significant stimulation of mycorrhization was observed in the presence of 15% biochar and A2 or S14. However, inoculation of alfalfa with A2 or S14 had no significant effect on yields, indicating the presence in soil of effective strains of E. meliloti. A study on survival of rhizobia and Bacillus subtilis MBI 600 at 4°C and 25°C was conducted for 120 days. It showed that biochar (15%, vol:vol) promotes significantly the survival of rhizobial cells but for Bacillus subtilis it is the Pro-mix without biochar which supports better cell survival. Thus, the biochar effect on survival of microorganisms depends on the dose of biochar used. The effect of biochar amendments on P. ultimum and FORL colonization and infection was also evaluated. The study of the effect of three doses of biochar (0, 15, 30%; vol:vol) on pathogens showed that high doses may offer a good environment for pathogens development. Our study was performed using a single type of biochar with three doses. Therefore, it is very important to test other types and doses of biochar to be able to make recommendations.

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Antunes, Stéphanie. "Agents antimicrobiens innovants de type foldamère pour le contrôle de l'infection par des pathogènes du risque biologique : application à Bacillus anthracis". Thesis, Bordeaux, 2015. http://www.theses.fr/2015BORD0304/document.

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Resumen

Face à l’émergence de pathogènes multi-résistants aux antibiotiques classiques, et au développement des armes biologiques, la découverte de nouveaux agents antimicrobiens reste un enjeu majeur de santé public. Dans ce contexte, la conception d’oligomères peptidomimétiques, capables de mimer le caractère amphiphile et la structure en hélice des peptides antimicrobiens naturels, effecteurs clés de l’immunité innée, offre d’intéressantes perspectives. Il a été établi que des foldamères à base d’urées amphipathiques, structurés en hélice-2,5, possédaient une forte activité bactéricide contre Bacillus anthracis, bactérie considérée comme une arme biologique potentielle. En vue d’optimiser l’activité anthracidale et la sélectivité in vitro de la première génération de composés, une étude relation structure-activité a été initiée en réalisant une série de modifications (i.e. séquence primaire, longueur et squelette de l’oligourée). Des oligomères originaux possédant des motifs isostères de type thiourée et guanidine ont ainsi été préparés en solution puis sur support solide. Des études conformationnelles approfondies soulignèrent que seule l’insertion de lien thiourée à proximité du dipôle négatif était bien tolérée par l’hélice-2,5. Parallèlement, les études in vivo ont montré une forte stabilité des oligourées avec une accumulation sélective dans le rein ainsi qu’une protection partielle des souris contre l’infection systémique par Bacillus anthracis. Enfin l’étude de l’interaction de ces oligourées avec des membranes lipidiques modèles a confirmé leur capacité à perturber les membranes et a mis en avant des mécanismes d’action différents selon le type de lipides utilisés
The increasing antibiotic resistance among pathogens and the emergence of biological weapons have highlighted the urgent need of new antimicrobial agents. In this context, the design of peptidomimetics as urea-based foldamers, capable of mimicking the amphiphilic character and conformation of natural antimicrobial peptides, key effector molecules of innate immunity, offers new prospects. It has been previously established that amphipathic oligourea 2.5-helices have a strong bactericidal activity against Bacillus anthracis, bacteria considered as a potential biological warfare agent. Based on these results and with the aim of optimizing the potency and selectivity in vitro of the first generation of compounds, a structure-activity relationship study was carried out by performing series of modifications on a lead compound (i.e. side-chain replacement, size and backbone modifications). Among them, new series oligomers incorporating isosteric substitutions such as thiourea and guanidine moieties were prepared in solution then on solid support. Interestingly, the conformational studies revealed that only the insertion of thiourea linkage near the negative end of the helix dipole was well-tolerated by the 2.5-helix. Concurrently, in vivo studies highlighted a strong stability of the lead oligourea with a selective accumulation in the kidneys as well as a partial protection of the mice after systemic infection by Bacillus anthracis. Finally, biophysical interaction studies of selected oligoureas with model membranes confirmed their capacity to disturb membranes and showed different mechanisms of action depending on the lipid composition

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Dib, Hazem. "Rôle des ennemis naturels dans la lutte biologique contre le puceron cendré, Dysaphis plantaginea Passerini (Hemiptera aphididae) en vergers de pommiers". Phd thesis, Université d'Avignon, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00665080.

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Resumen

Dans le contexte politique (réduction 50% de l'utilisation des pesticides à échéance de 2018 -Plan Ecophyto) et social actuel (mise en place de modes de production plus respectueux pour l'environnement), la sévérité des dommages causés par le puceron cendré du pommier, Dysaphis plantaginea Passerini (Hemiptera : Aphididae), surtout en agriculture biologique, rend nécessaire la mise au point de solutions alternatives s'appuyant sur le rôle des ennemis naturels. Nous avons donc essayé d'apporter des éléments nouveaux sur la connaissance des relations entre le puceron cendré et ses ennemis naturels et sur les conditions à même de favoriser leur action. Des suivis hebdomadaires des arthropodes présents sur les rameaux infestés par D. plantaginea, ont mis en évidence l'effet négatif des auxiliaires sur les populations de D. plantaginea, sans pour autant atteindre une véritable régulation à même d'éviter les dégâts économiques. Nous avons également montré l'action favorisante des fourmis sur la dynamique du puceron cendré et négative sur celle des auxiliaires. Nous avons pu identifier trois groupes d'auxiliaires dominants avec une arrivée séquentielle marquée : les syrphes, dont l'installation coïncide avec le début de l'infestation de D. plantaginea, puis les coccinelles et les forficules qui arrivent plus tardivement. Pour que les auxiliaires jouent un rôle plus important contre D. plantaginea, il faut d'autres pratiques permettant d'abaisser significativement le nombre de traitements pesticides. Une innovation très récente permet la réduction drastique des traitements insecticides : les filets Alt'Carpo. Malgré son influence négative sur l'abondance et la richesse du cortège des auxiliaires présents dans les colonies de D. plantaginea, surtout les coccinelles, cette technique freine le développement des populations de D. plantaginea à l'échelle du rameau ou de l'arbre lorsque les filets sont fermés après la floraison (en conformité avec les préconisations contre le carpocapse). Cependant, la réduction des populations de D. plantaginea sous les filets requiert la présence d'au moins un stade actif d'auxiliaire par rameau, ce qui interroge sur la réalité de la régulation de ce ravageur par le simple usage des filets. Sur la base de leur précocité, pour Episyrphus balteatus De Geer (Diptera : Syrphidae) et de leur abondance dans les colonies de D. plantaginea, pour Forficula auricularia Linnaeus (Dermaptera : Forficulidae) et E. balteatus, ces deux espèces apparaissent comme de bons candidats pour la régulation de D. plantaginea. Nos études en conditions contrôlées ont démontré leur potentiel régulateur sur D. plantaginea, en particulier aux stades les plus âgés. L'efficacité optimale intervient à 20°C pour les deux prédateurs, pour lesquels nous n'observons par ailleurs pas d'interaction négative lorsqu'ils sont associés en présence de fortes densités de D. plantaginea. Sur la base de ces résultats de laboratoire nous avons analysé les possibilités de lâchers printaniers de ces deux prédateurs sur de jeunes colonies de D. plantaginea. Dans nos conditions expérimentales en vergers de pommiers, des lâchers précoces de larves du 3ème stade de F. auricularia n'ont pas permis de limiter les populations de D. plantaginea, confirmant la difficulté des lâchers de prédateurs en cultures de plein champ. De la même manière, des lâchers précoces d'E. balteatus pourtant réalisés sous filets Alt'Carpo restent sans effet sur l'infestation par D. plantaginea. Cette thèse, en s'appuyant sur des essais en conditions contrôlées, semi contrôlées et de plein champ, constitue une étape dans un processus d'élaboration d'un modèle dynamique du développement de D. plantaginea à l'échelle du rameau, prenant en compte le rôle des fourmis et des auxiliaires et l'influence des pratiques de protection (par exemple, les filets Alt'Carpo et les lâchers d'auxiliaires). Elle confirme, si besoin en était, la complexité des phénomènes de régulation, des pucerons en particulier, et la nécessité d'études complémentaires pour définir les conditions d'application de la lutte biologique contre D. plantaginea

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Aboubakar, Souna Djibril. "Stratégies de réussite parasitaire du parasitoïde larvaire Therophilus javanus et de ses potentialités d’utilisation en lutte biologique contre Maruca vitrata le lépidoptère foreur de gousse de niébé Vigna unguiculata en Afrique de l’Ouest". Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTG057/document.

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Maruca vitrata Fabricius (Lepidoptera: Crambidae) est un des ravageurs majeurs du niébé (Vigna unguiculata L. Walp. (Fabales: Fabaceae)). Au stade larvaire, ce ravageur peut détruire les boutons floraux, les fleurs et les gousses en développement, et causer, à lui seul, des pertes de rendement allant jusqu’à 80% dans un champ de niébé. Pour lutter contre cet insecte, une collaboration entre WorldVeg et l’IITA a permis d’identifier un agent potentiel de lutte biologique contre M. vitrata en Afrique de l’Ouest, le parasitoïde Therophilus javanus (Bhat & Gupta, 1977) (Hymenoptera: Braconidae). Mais aucune information n’était jusqu’alors disponible sur la biologie de ce parasitoïde.Mes travaux de thèse visaient donc à étudier certains des paramètres biologiques de T. javanus afin d’optimiser aussi bien sa production au laboratoire que son utilisation comme agent de lutte biologique au champ. Nous avons d’abord analysé le développement et le potentiel reproductif de T. javanus, mais aussi son comportement de localisation de l’hôte. En parallèle, nous avons étudié l’organisation de la glande à venin et recherché les gènes transcrits dans cette glande, car le venin peut jouer un rôle dans la réussite du parasitisme.Nous avons décrit le développement de T. javanus, qui comprend trois stades larvaires : les deux premiers stades se développent à l’intérieur de la chenille, mais seule une partie du troisième stade est endoparasite. Nous avons montré que l’âge de la chenille de M. vitrata lors du parasitisme influence significativement la durée de développement de T. javanus (de l’œuf à l’adulte) ainsi que le potentiel reproductif de l’adulte femelle. T. javanus est une espèce synovigénique chez qui la maturation des œufs s’effectue graduellement après l’émergence. Toutefois, ni le sex ratio de la progéniture ni la longévité des adultes ne sont influencés par l’âge de l’hôte au moment du parasitisme.Nos résultats concernant le comportement de localisation de l’hôte ont montré que la femelle de T. javanus visite les bourgeons foliaires, les boutons floraux et la gousse sur la plante de niébé. La localisation de l’hôte est influencée par l’espèce de la plante infestée par la chenille de M. vitrata.Nos travaux ont permis de décrire la glande à venin de T. javanus qui est filiforme et en forme de Y. Au niveau ultrastructural, les cellules de la glande contiennent plusieurs canaux collecteurs ainsi que de nombreuses vésicules. L’étude du transcriptome a révélé que la moitié des séquences identifiées dans la glande à venin de T. javanus présentent de similarités avec certaines enzymes et protéines observées chez d’autres hyménoptères, parmi lesquels le plus fréquemment représenté est l’endoparasitoïde Microplitis demolitor Wilkinson (Hymenoptera: Braconidae). Nous avons également identifié une famille de protéines fortement exprimées dans la glande à venin de T. javanus qui sont similaires à des protéines du venin identifiées chez un hyménoptère ectoparasitoïde, Ampulex compressa (Fabr.) (Hymenoptera: Ampulicidae). Ces séquences ont été utilisées pour dessiner des amorces de PCR (polymerase chain reaction) permettant de détecter T. javanus de façon spécifique et reproductible à partir d’ADN génomique d’adulte de T. javanus et de la chenille de M. vitrata parasitée par la femelle de T. javanus.Ces résultats ont été discutés dans la perspective d’optimiser la production en masse de T. javanus au laboratoire et la méthode de lâcher, et de mettre en place un outil moléculaire pouvant permettre la détection du parasitoïde à partir de chenilles parasitées. La présente thèse représente une première documentation consacrée à la physiologie et la bioécologie de T. javanus. Cependant de nombreuses questions restent encore à aborder afin de pouvoir optimiser l’utilisation de T. javanus comme agent de lutte biologique en Afrique
Maruca vitrata Fabricius (Lepidoptera: Crambidae) is one of the most important insect pests in West Africa causing severe damage to cowpea (Vigna unguiculata L. Walp. (Fabales: Fabaceae)). The pest alone can cause up to 80 % yield losses. Damage is done by caterpillars on flower buds, flowers and developing pods. To develop the biological control of M. vitrata in West Africa, a collaboration has been established between WorldVeg and IITA that resulted in the identification of one promising parasitoid species namely Therophilus javanus (Bhat & Gupta, 1977) (Hymenoptera: Braconidae). Because of a dearth of data concerning T. javanus biology, the present work was initiated to assess the suitability of T. javanus as a classical biological control agent against M. vitrata in West Africa.In order to help for decision making regarding the use of T. javanus as a biological control agent against the pod borer, my thesis focused on some biological parameters as egg production capacity in females, immature development, the impact of host stage on the adult life cycle and the ability of adult female to localize M. vitrata on infested host plant organs based on olfactory stimuli. I’ve also investigated the morphology, ultrastructural organization and the transcriptome of the venom gland in females, and designed a PCR method for detection of M. vitrata caterpillars parasitized by T. javanus.Our study has demonstrated that T. javanus is a synovigenic species that mature eggs gradually after emergence and that egg production in progeny is influenced by the size or instar of the caterpillar host at parasitism. T. javanus is a koinobiont endoparasitoid that has three larval instars: the first and the second instars are completed inside the host whereas the third instar is achieved outside the host. Development time and fecundity were influenced by the size or instar of the caterpillar at the moment of parasitism whereas mother longevity and progeny sex ratio were not influenced. The females explored different parts of the cowpea plant but invested more time for searching on the buds. Female attraction by M. vitrata-damaged host plants odors was impacted by the plants species. Odors released from M. vitrata-infested host plant parts were discriminated from non-infested parts in selected plants, cowpea and Tephrosia platycarpa Guill & Perr (Fabales: Fabaceae), respectively. Finally we have shown that the venom gland produces proteins with similarities with venom proteins from other hymenoptera, in particular with the endoparasitoid Microplitis demolitor Wilkinson (Hymenoptera: Braconidae). However, the highly transcribed sequences were related to venom proteins in the ectoparasitoid Ampulex compressa (Fabr.) (Hymenoptera: Ampulicidae). Primers designed based on the sequence of the most expressed venom protein in T. javanus allowed to discriminate adult T. javanus from other adult hymenoptera parasitoids. Similarly, parasitized M. vitrata caterpillar could be distinguished from non parasitized M. vitrata caterpillar.These findings are discussed in the frame of improving mass rearing of the parasitoid in laboratory, and optimizing release strategies, but also of developing an approach for investigation of the parasitoid establishment. This thesis represents the first documentation devoted to the physiology and bioecology of T. javanus. However, some questions still remain to be addressed in order to decide on the possibility of using T. javanus as biological control agent against M. vitrata in West Africa

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Simard, Louis. "Distribution, abondance et écologie saisonnière des principaux insectes ravageurs du gazon sur les terrains de golf du Québec et évaluation du potentiel de contrôle des nématodes entomopathogènes indigènes". Thesis, Université Laval, 2006. http://www.theses.ulaval.ca/2006/24118/24118.pdf.

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Alzubik, Belkair Sadeq. "Lutte biologique par conversation dans les vergers de pommiers : peut-on manipuler les communautés d'araignées pour augmenter leur efficacité contre certains ravageurs". Thesis, Avignon, 2018. http://www.theses.fr/2018AVIG0348/document.

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Dans le contexte des plans Ecophyto, il est primordial de trouver des alternatives aux traitements phytosanitaires. La lutte biologique par conservation fait partie de ces alternatives et, dans ce cadre, nous nous sommes intéressés à déterminer les rôles possibles des araignées en tant que prédateurs généralistes dans les vergers de pommiers. Pour cela, trois axes de travail ont été définis : (i) d’abord étudier les facteurs locaux (protection phytosanitaire et environnement des vergers) expliquant l’abondance et la diversité des communautés d’araignées; (ii) ensuite déterminer si les araignées sont actives en hiver dans les vergers dans le but d’estimer leur rôle sur les stades hivernants de ravageurs; (iii) et enfin étudier la faisabilité et l’efficacité d’un lâcher d’araignées contre le carpocapse des pommes. Dans le premier axe, nous avons mis en évidence des effets significatifs (abondance, diversité, composition) entre les communautés d’araignées issues des vergers en AB et celles issues des vergers PFI, par contre les effets de l’environnement proche des vergers (haies et parcelles alentour) ne semblent pas prépondérants. Dans le second axe, nous avons démontré que dans les vergers du Sud-est de la France, on trouve des araignées actives même au cœur de l’hiver, les plus abondantes furent les Philodromus sp, les Trachelas sp. et les Clubiona sp. Enfin dans le dernier axe, nous avons montré qu’il était possible de transférer et lâcher des araignées d’intérêt (C. mildei et C. leucapsis) et que l’abondance du carpocapse diminuait quand celle de C. mildei augmentait à l’échelle de l’arbre, au moins la première année après le lâcher. L’ensemble de ces résultats permet de poser les bases d’une gestion active des communautés d’araignée en vue d’augmenter leur contribution à la lutte biologique en verger
It is now crucial to develop new control tools to replace the use of pesticides. Biological control is one of this tool and we thus studied the possible roles of spiders as generalist predators in apple orchards. Three studies were carried out: the first one to determine which local factors (protection management and characteristics of the surroundings) govern spider communities (abundance, diversity) in apple orchards; the second to determine which spiders remain active in winter to control resting stages of some pests; and the last to assess the feasibility of a transfer and release of some spider species into an orchard. We first showed that organic and IPM orchards hosted very different spider community and that, in contrast, local characteristics (hedges and percentage of orchards in the vicinity) had only minor effects. We further demonstrated that some spiders were active winter-long in apple orchards in South-east of France with high abundances for some genus like Philodromus, Trachelas and Clubiona. Lastly we showed that transferring and releasing some spider species of interest (C. mildei and C. leucapsis) is possible and greatly increased the abundance of the released species for one year in the target orchard. We moreover observed a significantly negative relationship between C. mildei and codling moth abundance at the tree scale. These results proved that spider populations can be managed to increase their role in the biological control of important pests in pomefruit orchards

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Varain, Lauriane. "Transformation avec la bactérie Agrobacterium tumefaciens de deux Ascomycètes Septoria musiva et Septoria populicola, agents phytopathogènes du peuplier". Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/29915/29915.pdf.

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Septoria musiva (téléomorphe Mycosphaerella populorum) est un Ascomycète responsable de chancres sur tronc et jeunes branches en peupleraies et de taches foliaires en peupleraies et forêts. S. populicola (M. populicola) est responsable de taches foliaires sur peupliers. L’objectif de mon projet consiste à mettre en place un système de transformation à l’aide d’Agrobacterium tumefaciens pour ces deux champignons. A. tumefaciens est la bactérie causant la galle du collet, mais qui est utilisée couramment lors de transformation de végétaux et de champignons. Une première expérience a permis d’obtenir des transformants pour S. musiva avec le plasmide pPT1, mais aucun transformant n’a été obtenu pour S. populicola. Par la suite, un autre plasmide a été utilisé : pPL1. Cependant aucune souche transformée n’a pu être obtenue pour S. musiva, et S. populicola, malgré la vérification de différents paramètres. L’absence de transformant chez S. populicola peut être attribuée à un nombre insuffisant de conidies, tandis que pour S. musiva, un nombre insuffisant de bactéries ou un protocole de transformation non optimal pourrait expliquer les échecs successifs.
Seporia musiva (Mycosphaerella populorum) is an Ascomycota which causes canker and leafspot on hybrid poplar. S. populicola (M. populicola) only causes leafspot. The aim of my project was to transform these two fungi with Agrobacterium tumefaciens, a bacterium which causes Crown gall, and is commonly used to transform plant and fungi in laboratory. In a first experiment, transformation using plasmid pPT1 were successful for S. musiva, but not for S. populicola. However, no transformants were obtained from either S. musiva and S. populicola in subsequent experiments in which plasmid pPL1 was used and different parameters were tested. A possible explanation for the inhability to obtain transformants from S. populicola is the low number of conidia available for transformation experiments. In the case of S. musiva, low number of bacterial cells and non optimal protocols might explain negative results observed.

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Boreau, de Roincé Catherine. "Biodiversité et aménagements fonctionnels en verger de pommiers : Implication des prédateurs généralistes vertébrés et invertébrés dans le contrôle des ravageurs". Phd thesis, AgroParisTech, 2012. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00952799.

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L'intérêt des prédateurs généralistes dans la lutte biologique par conservation est peu étudié en verger de pommiers. Cette thèse visait à déterminer le rôle de prédateurs généralistes invertébrés (principalement carabes et araignées) et vertébrés (mésanges et chauves souris) dans le contrôle de trois ravageurs clés du pommier et de définir les éléments paysagers qui leur sont favorables. Pour cela, nous avons effectué des suivis de populations dans des vergers en agriculture biologique et nous les avons associés à des mesures de prédation des ravageurs par analyse moléculaire des contenus stomacaux et faeces des prédateurs à l'aide d'amorces spécifiques développées à cet effet. Nous montrons que les ravageurs sont consommés dès leur apparition dans les vergers, notamment les pucerons par les araignées de la frondaison, ce qui suggère que ces prédateurs ont un potentiel de régulation important. De plus une complémentarité temporelle semble exister entre araignées et carabes dans le contrôle des tordeuses. L'influence des éléments paysagers intra et extra verger diffère selon les taxa de prédateurs considérés. Ce dernier résultat suggère des compromis dans les aménagements à réaliser pour favoriser leur action et la nécessité d'une meilleure compréhension de leur écologie.

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Manasfi, Youssef. "Lutte contre les pathogènes telluriques en contexte horticole : cas du pathosystème Choisya ternata/ Phytophthora spp". Thesis, Normandie, 2017. http://www.theses.fr/2017NORMR082.

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Choisya ternata est une plante ornementale souvent touchée par la maladie de la pourriture racinaire provoquée par Phytophthora. Cette maladie peut induire de pertes allant jusqu’à 80 %, ce qui implique l’utilisation intensive de produits phytosanitaires. Afin de limiter l’utilisation de ces produits toxiques, une meilleure connaissance des acteurs de la défense des plantes est nécessaire. Pour cela, les objectifs de cette thèse sont I) d’identifier les espèces du genre Phytophthora pathogènes de C. ternata, II) d’étudier des acteurs de défense au niveau racinaire et III) de développer une approche de lutte alternative aux phytosanitaires. L’identification des espèces de Phytophthora par l’amplification et le séquençage de la région ITS, montre la présence de Phytophthora parasitica dans la production de C. ternata en pépinière. Ils mettent aussi en évidence, pour la première fois en France et chez Choisya, la présence de Phytophthora tropicalis. Deux cultivars de C. ternata sont utilisés pour étudier les acteurs de la défense racinaire contre P. parasitica, Aztec pearl (moins sensible à la pourriture racinaire) et Goldfinger (plus sensible). Les arabinogalactane-protéines (AGPs) sont des glycomolécules de la paroi cellulaire qui constitue une barrière physique face aux pathogènes. Des études ont montré le rôle des AGPs dans l’interaction plante-pathogène et plus particulièrement avec les oomycètes. Toutefois, le rôle des AGPs racinaires de Choisya dans l’interaction avec P. parasitica n’est pas étudié. Nos résultats montrent des différences biochimiques au niveau de la composition monosaccharidique des AGPs racinaires d’Aztec pearl en comparaison avec les AGPs de feuilles de ce cultivar et les AGPs de feuilles et de racines de Goldfinger. Contrairement aux autres fractions, ces AGPs n’ont pas augmenté la croissance du mycélium de P. parasitica. Ces résultats suggèrent que l’oomycète n’est pas capable de dégrader cette fraction pour l’utiliser comme une source d’énergie. Pendant l’infection de la plante par P. parasitica, ces AGPs peuvent freiner la pénétration du pathogène, et par conséquent diminuer la sévérité de la maladie. Les plantes ont aussi développé des molécules chimiques nommées métabolites secondaires (MS) capables de les protéger contre leurs agresseurs. Des études ont montré que la partie foliaire de Choisya est riche en MS tels que les alcaloïdes dont plusieurseffets pharmacologiques sont connus. Cependant, leur composition racinaire et leur rôle dans la protection de la plante contre P. parasitica ne sont pas élucidés. Nos résultats montrent que les racines des deux cultivars sont riches en alcaloïdes furoquinoliques. Certains alcaloïdes sont présents en plus grande quantité chez Aztec pearl, mais suite à l’inoculation de zoospores de P. parasitica cette différence n’est plus détectable. De plus, l’extrait contenant les alcaloïdes totaux d’Aztec pearl ont été capables d’inhiber la croissance du mycélium de l’oomycète, contrairement à l’extrait issu de Goldfinger. Ces résultats montrent le rôle potentiel des alcaloïdes furoquinoliques dans la protection de la plante contre cet oomycète
Choisya ternata is an ornamental plant that suffers from root rot disease due to Phytophthora. This disease can lead to severe production losses (up to 80 %), which require intensive use of phytosanitary products. A better understanding of plants defenses in required in order to reduce the use of these products. Therefore, the objectives of this thesis are I) identifying Phytophthora spp. pathogens of C. ternata, II) studying roots defense actors and III) developing an alternative control approach. Phytophthora spp. identification by ITS region amplification and sequencing highlighted the presence of Phytophthora parasitica on Choisya. Furthermore, Phytophthora tropicalis was identified for the first time in France and on Choisya culture. Two C. ternata cultivars were used to study the plants root defense actors against P. parasitica, Aztec pearl (less susceptible to root rot) and Goldfinger (more susceptible to root rot). Arabinogalactan proteins (AGPs) are glycomolecules of the cell wall which constitutes a physical barrier to pathogens. Studies showed the role of AGPs in the plant-pathogen interaction and more specifically in the case of oomycetes. However, Choisya root AGPs role in the interaction with P. parasitica is not studied. Our results showed biochemical differences in the monosaccharide composition of Aztec pearl root AGPs and the other AGPs fractions (Aztec pearl leaves and Goldfinger roots and leaves). Contrary to other fractions Aztec pearl root AGPs did not increase P. parasitica mycelium growth. These results suggest that oomycete was not able to degrade this fraction and use it as energy source. When P. parasitica infects the plant, these AGPs may be able to slow the infection and reduce disease severity. Plants have also developed chemical molecules known as secondary metabolites (SM) capable of protecting them against attackers. Studies showed that C. ternata leaves are rich with SM as alkaloids that have many pharmacological activities. Nevertheless, roots alkaloids composition and role in plant protection are not studied. Our results showed that roots of the two cultivars are riche with furoquinoline alkaloids. Some these alkaloids were more concentrated in Aztec pearl. But after inoculation with P. parasitica zoospores, the difference was not detectable anymore. Moreover, the total alkaloids extract of Aztec pearl inhibited P. parasitica mycelium growth, unlike the extract of Goldfinger. Another strategy of plants protection is the use of beneficial soil microorganisms that limits pathogens development and stimulate plant defenses. These microorganisms are known as biological control agents (BCA) and are sometimes used in horticulture as an alternative control strategy. In our study, treatments of C. ternata by different BCA were evaluated by a developed real time PCR (qPCR) targeting ypt1 and by symptoms annotation. This evaluation showed that combined treatments by Glomus intraradices with Gliocladium catenulatum and G. intraradices with Trichoderma atroviridae (respectively mycorrhizal fungi and filamentous fungi) offer a better protection against P. parasitica

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Lies, Adrien. "Optimisation des performances d’inocula de champignons mycorhiziens dans le cadre d’une agriculture à faibles apports". Electronic Thesis or Diss., Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT145.

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Les champignons endomycorhiziens arbusculaires (MA) forment des relations symbiotiques avec la majorité des espèces végétales terrestres. Leur rôle écologique dans la productivité et la stabilité des agrosystèmes sont connus depuis de nombreuses années. Plusieurs études ont montré que ces symbiotes augmentent la croissance végétale et la résistance des plantes aux stress biotiques et abiotiques. Malgré le potentiel avéré de la symbiose MA pour augmenter durablement la productivité des agrosystèmes dans le cadre d’une agriculture à faibles apports d’intrants, cette biotechnologie est encore sous exploitée. Ce constat résulte essentiellement de difficultés techniques pour produire en quantité un inoculum fongique de qualité et un manque de connaissance concernant les facteurs biologiques régulant la réceptivité des sols à l’inoculation des champignons MA. Les principaux objectifs de ces travaux sont d’optimiser les performances d’un inoculum MA. (1), en associant le champignon MA avec des bactéries PGPR ou MHB. Cette stratégie vise à promouvoir l’établissement et le fonctionnement de la symbiose MA. En effet, ces bactéries bénéfiques aux plantes peuvent augmenter la croissance végétale, directement en fournissant à la plante des composés bénéfique (phytohormone, etc), et indirectement en réduisant ou prévenant les effets délétères de phytopathogènes ou en augmentant l’établissement de la symbiose MA. (2), par la gestion des cultures, notamment par l’association céréales/légumineuses en culture intercalaire. Les légumineuses sont souvent dépendantes des associations symbiotiques avec les champignons MA, et ceux-ci peuvent participer dans la nutrition azotée et phosphatée de la plante. (3), par l’amendement en composé ou organique. Ces amendements peuvent être solubilisés et dégradés par des bactéries et ainsi promouvoir la nutrition végétale sans augmenter la disponibilité de P et N dans le sol. (4), en développant des inocula complexes associant bactéries bénéfiques, champignons MA et amendement, l’ensemble contenu dans un gel d’alginate
Arbuscular Mycorrhizal fungi (AM) are ubiquitous microorganisms forming symbiotic relationships with the majority of terrestrial plant species. Their ecological functions in the productivity and stability of agroecosystems have been recognized for many years. Many studies have shown that these symbionts improved plant growth and plant resistance to biotic and abiotic stresses. Despite the proven potential of mycorrhizal symbiosis to sustainably improve the productivity of agroecosystems under low input agriculture, this biotechnology is still under exploited. This failure mainly results from technical difficulties to mass-produced fungal inoculum of high quality and a lack of knowledge about the biological factors regulating the soil receptivity of AM inoculation. The main objectives of our studies are to optimize the performance of an AM fungal inoculum. (1), by combining the AM fungus with Plant Growth Promoting Rhizobacteria, or Mycorrhizal Helper Bacteria. This strategy aims to promote the establishment and the functioning of the mycorrhizal symbiosis. Indeed, this plant beneficial bacteria may affect plant growth through two different pathways, directly by providing to the plant some beneficial compounds (i.e. phytohormones, etc), indirectly, by reducing or preventing the deleterious effects of phytopathogens or by improving the establishment of the mycorrhizal symbiosis. (2), by plant management with the association of cereal/leguminous in intercropping. Leguminous are often dependent of AM association and AM fungi may participate to promote N and P plant uptake. (3), by amendment of mineral or organic compounds. These amendments can be degraded slowly by bacteria and promote plant nutrition without increase P and N soil availability. (4), by development of complex inocula associating beneficial bacteria, AM fungi and amendment, based on the entrapment of these inocula in alginate gels

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Lies, Adrien. "Optimisation des performances d’inocula de champignons mycorhiziens dans le cadre d’une agriculture à faibles apports". Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT145.

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Les champignons endomycorhiziens arbusculaires (MA) forment des relations symbiotiques avec la majorité des espèces végétales terrestres. Leur rôle écologique dans la productivité et la stabilité des agrosystèmes sont connus depuis de nombreuses années. Plusieurs études ont montré que ces symbiotes augmentent la croissance végétale et la résistance des plantes aux stress biotiques et abiotiques. Malgré le potentiel avéré de la symbiose MA pour augmenter durablement la productivité des agrosystèmes dans le cadre d’une agriculture à faibles apports d’intrants, cette biotechnologie est encore sous exploitée. Ce constat résulte essentiellement de difficultés techniques pour produire en quantité un inoculum fongique de qualité et un manque de connaissance concernant les facteurs biologiques régulant la réceptivité des sols à l’inoculation des champignons MA. Les principaux objectifs de ces travaux sont d’optimiser les performances d’un inoculum MA. (1), en associant le champignon MA avec des bactéries PGPR ou MHB. Cette stratégie vise à promouvoir l’établissement et le fonctionnement de la symbiose MA. En effet, ces bactéries bénéfiques aux plantes peuvent augmenter la croissance végétale, directement en fournissant à la plante des composés bénéfique (phytohormone, etc), et indirectement en réduisant ou prévenant les effets délétères de phytopathogènes ou en augmentant l’établissement de la symbiose MA. (2), par la gestion des cultures, notamment par l’association céréales/légumineuses en culture intercalaire. Les légumineuses sont souvent dépendantes des associations symbiotiques avec les champignons MA, et ceux-ci peuvent participer dans la nutrition azotée et phosphatée de la plante. (3), par l’amendement en composé ou organique. Ces amendements peuvent être solubilisés et dégradés par des bactéries et ainsi promouvoir la nutrition végétale sans augmenter la disponibilité de P et N dans le sol. (4), en développant des inocula complexes associant bactéries bénéfiques, champignons MA et amendement, l’ensemble contenu dans un gel d’alginate
Arbuscular Mycorrhizal fungi (AM) are ubiquitous microorganisms forming symbiotic relationships with the majority of terrestrial plant species. Their ecological functions in the productivity and stability of agroecosystems have been recognized for many years. Many studies have shown that these symbionts improved plant growth and plant resistance to biotic and abiotic stresses. Despite the proven potential of mycorrhizal symbiosis to sustainably improve the productivity of agroecosystems under low input agriculture, this biotechnology is still under exploited. This failure mainly results from technical difficulties to mass-produced fungal inoculum of high quality and a lack of knowledge about the biological factors regulating the soil receptivity of AM inoculation. The main objectives of our studies are to optimize the performance of an AM fungal inoculum. (1), by combining the AM fungus with Plant Growth Promoting Rhizobacteria, or Mycorrhizal Helper Bacteria. This strategy aims to promote the establishment and the functioning of the mycorrhizal symbiosis. Indeed, this plant beneficial bacteria may affect plant growth through two different pathways, directly by providing to the plant some beneficial compounds (i.e. phytohormones, etc), indirectly, by reducing or preventing the deleterious effects of phytopathogens or by improving the establishment of the mycorrhizal symbiosis. (2), by plant management with the association of cereal/leguminous in intercropping. Leguminous are often dependent of AM association and AM fungi may participate to promote N and P plant uptake. (3), by amendment of mineral or organic compounds. These amendments can be degraded slowly by bacteria and promote plant nutrition without increase P and N soil availability. (4), by development of complex inocula associating beneficial bacteria, AM fungi and amendment, based on the entrapment of these inocula in alginate gels

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Rouabah, Abdelhak. "Effets de la gestion des bandes enherbées sur le contrôle biologique des ravageurs de cultures : rôle de la diversité fonctionnelle des carabes (Coleoptera - Carabidae) et de la structure végétale". Thesis, Université de Lorraine, 2015. http://www.theses.fr/2015LORR0048/document.

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Dans les paysages agricoles, les habitats non cultivés constituent une source importante pour l’entomofaune auxiliaire de cultures. Il est donc important d’adapter la gestion de ces habitats afin de bénéficier au mieux des services fournis par la diversité de ces auxiliaires. L’objectif de cette thèse est de comprendre comment la gestion des bandes enherbées permet d’améliorer le service du contrôle biologique délivré par les carabes. Nous avons d’abord examiné par quels mécanismes, les changements dans la diversité fonctionnelle des carabes augmentent leur capacité de suppression de ravageurs. Ainsi, a été comparée au laboratoire, l’efficience de prédation sur une population de proie, par des assemblages de carabes qui ont différents niveaux de diversité de taille. Par ailleurs, à travers une expérimentation mise en place dans des champs de céréales, nous avons étudié les effets de cinq modes de gestion des bandes enherbées sur la structure végétale de ces habitats non cultivés, et par conséquent sur la structure des communautés carabiques. Nos résultats révèlent l’absence d’une partition de ressources entre les carabes de tailles différentes. La quantité et de la taille de proies consommées augmente avec la taille des carabes. La suppression des proies a ainsi été fortement augmentée par la présence des carabes de grande taille dans les assemblages. Ces résultats suggèrent que l’augmentation de la diversité de taille chez les carabes augmente leur efficience de prédation par l’effet d’échantillonnage. Nous avons mis en évidence une redondance fonctionnelle entre les espèces de carabes. Cette redondance permet de réduire la variabilité spatio-temporelle dans la fonction de régulation exercée sur les populations de ravageurs. L’importance des bandes enherbées en tant qu’habitat pour plusieurs espèces de carabes importantes pour le contrôle biologique, a été mise en évidence. La gestion influence les carabes seulement dans les bandes enherbées. La diversité fonctionnelle des plantes au sein de ces bandes enherbées a été identifiée comme le principal facteur favorisant la richesse spécifique des carabes. L’activité-densité des carabes a, par ailleurs, été favorisée par une végétation peu hétérogène et un pourcentage élevé de sol nu. Les carabes de tailles différentes divergent dans leur réponse à la structure de la végétation. Cette divergence semble être liée aussi à la variation d'autres traits d'histoire de vie des espèces (i.e. régime alimentaire). Les connaissances et les résultats produits dans le cadre de ce travail de thèse, serviront au développement d’indicateurs mesurant l’impact des pratiques de gestion sur le contrôle biologique exercé par les carabes
In the agricultural landscapes, non cropped habitats are an important source for the beneficial entomofauna of crops. It is therefore important to adapt the management of these habitats to best benefit of the services provided by the diversity of this beneficial entomfauna. The objective of this thesis is to understand how field margin management could improve the biological control service delivered by ground beetles. First, we examined by which mechanisms, changes in the functional diversity of ground beetles increases their capacity of pest suppression. Thus, efficiency of predation by ground beetle assemblages, which have different levels of body size diversity, on a prey population was compared in the laboratory. Also, through an experiment installed in cereal fields, we studied the effects of five field margin management on the vegetation structure of these non cropped habitats, and therefore on the structure of ground beetle communities. Our results revealed the absence of resource partitioning among the different-sized ground beetles. The amount and size of prey consumed increased with increasing ground beetle body size. Prey suppression was, therefore, strongly strengthened by the presence of large ground beetles in the assemblages. These results suggest that increasing ground beetles size diversity increases their predation efficiency through the sampling effect. We have showed a functional redundancy among species of ground beetles. This redundancy could reduce the spatial and temporal variability in pest suppression by ground beetles. Our study showed the importance of the field margins as a habitat for many ground beetle species that are important for biological control. Management influenced ground beetles only in the field margin. Plants functional diversity within these field margins has been identified as the main factor promoting the species richness of ground beetles. However, activity-density of ground beetles was promoted by less heterogeneous vegetation and high percentage of bare ground. The responses to the vegetation structure vary between ground beetles with different body sizes. This diversity in ground beetles responses to the vegetation structure appears to be also related to variation in other life history traits (i.e. diet). The knowledge and results produced as part of this thesis will be used in the development of indicators measuring the impact of management on biological control delivered by ground beetles

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Verheecke, Carol. "Modulation of Aflatoxin B1 production by Aspergillus flavus". Phd thesis, Toulouse, INPT, 2014. http://oatao.univ-toulouse.fr/14149/1/verheecke.pdf.

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Mycotoxins are toxic contaminants of foodstuffs produced by a wide range of fungal species. Aflatoxins are the only mycotoxins carcinogenic for humans. They are mainly produced by the Aspergillus genus and can be found at each step of the agrofood chain (e.g. field, storage, process). Due to climate changes, France is starting to be exposed to aflatoxins. In order to limit the consumer exposure, many prevention or decontamination techniques have been developed. To this aim, we started the development of a biocontrol against aflatoxins accumulation for maize field application. Actinomycetes, are soil-borne bacteria that has already been commercialized as biocontrol. In Petri dishes, we studied the in vitro interaction between some actinomycetes and Aspergillus flavus, the main aflatoxins producer. We revealed that the interaction reduced the aflatoxins content (monitored by HPLC). Moreover, some bacterial isolates were able to reduce pure-aflatoxin B1 added in the medium. To understand this mechanism, adsorption tests has been conducted. Otherwise, RT-qPCR methodology was used to study the impact of Streptomyces-Aspergillus sp. on aflatoxin gene expression. Finally, the current knowledge of the impact of environmental factors (temperature, water activity and incubation time) on aflatoxins production was supplemented.

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Muneret, Lucile. "Déploiement de l’agriculture biologique à l’échelle du paysage : impacts sur les communautés d’ennemis naturels et les services de régulation des bioagresseurs". Thesis, Bordeaux, 2018. http://www.theses.fr/2018BORD0031/document.

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Identifier les leviers permettant de stimuler la régulation naturelle des bioagresseurs tout en préservant la biodiversité est indispensable pour concevoir des paysages agricoles fonctionnels. A partir d’une méta-analyse et d’une étude empirique reposant sur 42 parcelles viticoles localisées dans Nouvelle Aquitaine (France), nous avons cherché à évaluer l’impact du déploiement de l’agriculture biologique à de large échelles spatiales sur 1) les communautés d’ennemis naturels, 2) les services de régulation naturelle, 3) les taux d’infestation par les bioagresseurs. Dans ce travail, nous avons montré que la proportion d’agriculture biologique est un facteur structurant plus les communautés d’ennemis naturels que la proportion d’habitats semi-naturels dans le paysage. De plus, nous avons montré que les communautés de bioagresseurs rencontrées dans les vignes ne sont pas influencées par la proportion d’agriculture biologique alors qu’elles répondent plutôt négativement à la proportion d’habitats semi-naturels. Par ailleurs, nous avons montré que l’agriculture biologique, à l’échelle globale et indépendamment du type de culture considérée est un système de culture stimulant la régulation naturelle des bioagresseurs. En viticulture, elle permet de réduire l’utilisation des produits phytosanitaires, comparé à l’agriculture conventionnelle. Enfin, nos analyses ont révélé qu’au-delà de la différence de systèmes de culture, un certain nombre de facteurs locaux (e.g., âge des parcelles, fréquence de traitements, productivité) permettent d’expliquer la structure des communautés d’ennemis naturels et des services de régulation naturelle des bioagresseurs. Tout en produisant des connaissances sur les processus permettant d’expliquer les assemblages des communautés d’ennemis naturels et les niveaux de services de régulation rendus, notre travail suggère des pistes pour l’aménagement des paysages viticoles permettant de concilier préservation de la biodiversité et maximisation des régulations naturelles
Identifying landscape context and farming systems that enhance natural pest control while maintaining biodiversity is crucial to design functional agricultural landscapes. Using a meta-analysis and an empiric study based on 42 vineyards in Nouvelle Aquitaine (France), we investigated the effect of the deployment of organic farming at a landscape scale on 1) natural enemy communities, 2) natural pest control and 3) pest infestation levels. Here, we showed that the proportion of organic farming structured more natural enemy communities than the proportion of semi-natural habitats. On the opposite, pest and pathogen infestations were never influenced by the proportion of organic farming while they were negatively influenced by the proportion of semi-natural habitats. Furthermore, at a global scale and for every crop types, organic farming, per se, enhances natural pest control. In viticulture, it is less dependent of synthetic agrochemicals than conventional farming. Moreover, local factors such as the treatment frequency index, the field age and the crop productivity had important effects on natural enemy communities and natural pest control. Finally, we yielded knowledge on processes that impact natural enemy assembly and natural pest control in agrosystems. For vineyards-dominated landscapes, our work suggests some tracks for landscape planning that support biodiversity conservation and natural pest control

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Rothé, Marie. "Élaboration d’un outil d’aide à la décision pour la conception de verger agroécologique". Thesis, Université de Lorraine, 2017. http://www.theses.fr/2017LORR0394/document.

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La lutte biologique par conservation des habitats est une voie pour réduire la dépendance et l’impact des traitements insecticides qui sont nombreux et toxiques. Elle est particulièrement appropriée pour les vergers d’agrumes qui comprennent, souvent, de grandes surfaces non cultivées. Les auxiliaires présents en plus grand nombre dans un enherbement sont alors plus facilement mobilisables lors d’attaques massives de ravageurs sur les arbres. Ce travail de thèse a pour objectif d’évaluer l’impact des modes de gestion de l’enherbement (fauche, broyage, travail du sol et herbicide) sur les communautés végétales et les populations d’auxiliaires au sein du verger, en s’intéressant à deux communautés évoluant à deux échelles spatiales distinctes : les Phytoseiidae et les Coccinellidae. Nos résultats ont montré une différenciation fonctionnelle des communautés végétales soumises à différents modes de gestion dans le temps. Les Phytoseiidae sont présents en abondances comparables dans toutes ces communautés végétales mais sont cependant influencés par l’abondance dans le couvert des espèces végétales portant des densités de trichomes modérés et des domaties. De même, les abondances de Coccinellidae sont positivement corrélées à l’abondance des Poaceae sur la parcelle alors que les modalités de gestion de l’enherbement testées n’ont pas montré d’effet significatif. Ces connaissances ont pu être mobilisées et articulées pour l’élaboration d’un prototype d’outil d’aide à la décision contribuant à la conception de vergers agroécologiques. Il permet l’évaluation ex ante de scénarios de pratiques de gestion de l’enherbement en vue d’optimiser la lutte biologique par conservation au sein des vergers d’agrumes. Nous avons choisi une approche fonctionnelle qui permettra de généraliser facilement l’outil à d’autres cultures moyennant un élargissement de la base de données comportant les traits fonctionnels aux espèces végétales non renseignées et une bonne connaissance des affinités des auxiliaires que l’on cherche à favoriser
Biological control through habitat conservation is a way to reduce the reliance on and the impact of insecticide treatments that are numerous and toxic. It is particularly suitable for citrus orchards which include large areas often uncultivated. The natural enemies present in greater number in a vegetal cover are then more easily mobilized during massive attacks of pests on trees. The aim of this thesis is to evaluate the impact of different weed management methods (mowing, milling, tillage and herbicide) on plant communities and natural enemies populations within the orchard, focusing on two communities that evolve at two distinct spatial scales: the Phytoseiidae and the Coccinellidae. Our results showed a functional differentiation of vegetal communities managed with different weed management methods over time. Phytoseiidae are present in comparable abundances in all these plant communities but are influenced by the abundance of plant species with densities of moderate trichomes and domaties in the vegetal cover. Similarly, the abundances of Coccinellidae are positively correlated with the abundance of Poaceae species on the plot whereas the weed management modalities have no significant impact. This knowledge has been mobilized and articulated for the development of a decision-making tool prototype contributing to the design of agro-ecological orchards. It allows ex ante evaluation of scenarios of weed management practices in order to optimize biological control by conservation in citrus orchards. We have chosen a functional approach which will easily allow to generalize the tool to other crops by expanding the database with functional traits to non-informed plant species and a good knowledge of the affinities of natural enemies to promote

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Mustafa, Ghalia. "Protection du blé contre l'oïdium par des champignons mycorhiziens à arbuscules : mécanismes et optimisation". Thesis, Littoral, 2015. http://www.theses.fr/2015DUNK0388/document.

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L'utilisation des champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) pourrait constituer une alternative potentielle aux traitements fongicides conventionnels pour lutter contre les maladies cryptogamiques des plantes. Notre travail a consisté à étudier l'éventuel effet protecteur de la mycorhization arbusculaire chez le blé tendre (triticum aestivum L.) contre Blumeria graminis f. sp. tritici (Bgt), un champignon biotrophe responsable de l'oïdium, une maladie affectant les parties aériennes de la plante. L'inoculation mycorhizienne du blé avec le CMA Funneliformis mosseae (FM), en conditions controlées et optimisées, nous a permis d'obtenir parallèlement à un taux de mycorhization de 38% des plants de blé, une amélioration significative de la biomasse et un taux de protection contre Bgt estimé à 78%. Ces résultats suggèrent l'induction d'une résistance systémique des réactions de défense du blé par mycorhization (Mycorrhiza-Induced Resistance, MIR). Cette protection serait liée à une accumulation de composés phénoliques et de preoxyde d'hydrogène dans les cellules épidermiques des feuilles de blé mycorhizé, au niveau du site de pénétration de Bgt. Une surexpression des gènes POX, PAL, CH11 et NPR1 codant pour des marqueurs de défense a également été mise en évidence dans les feuilles en absence d'infection par Bgt. Enfin, nos travaux ont également souligné l'intégration de divers paramètres pour optimiser l'utilisation des CMA comme agents de biocontrôle chez le blé. La meilleure protection contre l'oïdium a été obtenue aec un apport en phosphore réduit de 5 fois par rapport à celui préconisé au champ et un inoculum mycorhizien à base de Fm, que ce soit chez un cultivar modérément sensible ou un cultivar plus résistant
The use of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) could be an innovative alternative to chemicals against fungal plant diseases. Our work aimed at studying the possible protective effect of arbuscular mycorrhization in the bread wheat (Triticum aestivum L.) against Blumeria graminis f. sp. tritici (Bgt), a biotrophic fungi responsible of wheat powdery mildew, a disease affecting the aerial plant organs. Wheat mycorrhizal inoculation by Funneliformis mosseae (Fm), under controlled and optimized conditions, allowed us to obtain concomitantly a micorrhizal rate of 38%, a significant increase of plant biomass and a protection level against Bgt estimated at 78%. These results suggest the induction of systemic wheat defense reactions resulting from mycorrhization (Mycorrhiza-Induced Resistance - MIR). This protection is linked to an accumulation of phenolic compounds and hydrogen peroxide at the Bgt penetration sites in epidermal leaf cells of mycorrhized wheat plants. Up-regulations of POX, PAL, NPR1 and CH11 genes encoding for defense markers were also pointed out in leaves of mycorrhizal wheat in the absence of Bgt infection. Moreover, our study highlighted the importance of taking into account various parameters to optimize the use of AMF as biocontrol agents. The highest protection against powdery mildew was obtained with a 5-fold reduced phosphorus input compared to that recommended in the field and with the mycorrhizal inoculum Fm, in both a moderately susceptible or a more resistant cultuva

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Gosselin, Marie-Eve. "Potentiel du spinosad et de Beauveria bassiana comme agents de lutte contre le ver gris (Agrotis ipsilon)". Thèse, 2008. http://hdl.handle.net/1866/8131.

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Tesis sobre el tema "Agents de lutte biologique – Viticulture"

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