Tesis sobre el tema "Adaptation à l'environnement"

Les mecanismes d'adaptation a l'environnement local sont multiples et mettent en jeu des processus differents, tels que les comportements de dispersion et de choix de l'habitat, la plasticite phenotypique, et l'adaptation genetique. Ce travail de these a contribue a demontrer quelles mecanismes d'adaptation a l'environnement local peuvent operer dans les populations de lezard vivipare etudiees. Nos resultats indiquent que l'environnement a une influence tres importante dans la determination de traits biodemographiques chez le lezard vivipare au niveau intra et interpopulationnel. En effet, nous avons trouve que les patterns de variation et de covariation geographique des traits biodemographiques sont en grande partie expliques par des variations environnementales plutot que par des phenomenes de divergence genetique entre populations. Nous nous sommes, en outre, interesses aux effets maternels et a leurs implications adaptatives chez le lezard vivipare. Les resultats ont montre que le phenotype de la descendance peut etre significativement affecte par les conditions environnementales rencontrees par la mere durant la gestation et que ces modifications phenotypiques peuvent effectivement correspondre a des reponses adaptatives. Enfin, nous avons considere les possibles mecanismes de reponses du lezard vivipare face a la presence de facteurs biotique tel que le parasitisme. En accord avec des predictions theorique nous avons trouve que les individus parasites adoptent des strategies demographiques differentes par rapport aux individus non parasites, notamment un investissement accrus dans les composantes de fitness durant les premieres phases de la vie et une senescence accrue. L'ensemble de ces resultats souligne la complexite des mecanismes qui interagissent dans le phenomene d'adaptation a l'environnement local chez les populations naturelles

E. Coli est l'entérobactérie principale de la flore commensale intestinale. Elle est également une des principales causes d'inffection bactérienne chez l'homme. Au cours de notre travail de thèse nous avons étudié l'adaptation de cette espèce à la pression de sélection antibiotique, vers la résistance, actuellement un problème majeur de santé publique. Pour cela, nous avons analysé les variations de diverses caractéristiques (phénotype de résistance aux antibiotiques et au meercure, intégrons, diversité, répartition phylogénétiques, association à la virulence) liées à la résistance chez des échantillons de souches intestinales humaines et animales, recueillies dans des environnements spécifiques et contrastés
We studied variations of characteristics of human and animal commensal E. Coli to variations of their hosts environment. Prevalence of antibiotic resisance, of integron, of mercury resistance, phylogenetic repartition and intra-host diversity were selected; More animals were ling near humans, more their commensal E. Coli were resistant and more the prevalence of integron was high, while the intra-host diversity decreased. In human commensal E. Coli, characteristics of isolates from expatriates living in French Guyana, were found intermediate between those found in isolates from residents in metropolitan france and those found in natives living permanently in french guyana, probably the result from their living in an environment close to that of the native Guyaneses but with a way of life close to that of residents living in metropolitan france. In conclusion our results suggest that the environment strongly influence the composition of the commensal intestinal flora of humans and animals

Nous situons nos travaux dans le developpement relativement recent de la psychologie de l'environnement qui s'interesse aux interrelations dynamiques entre l'homme et son cadre de vie. Dans les trois premiers chapitres, nous avons mis en evidence les liens qui existent entre la notion de perception et celle de stress de l'environnement. Nous avons propose un modele d'action de tout facteur de stress ou stresseur qui tient compte du fait que l'analyse perceptive represente la premiere etape du processus de saisie de l'information qui, selon les cas, peut induire des troubles varies et etre a l'origine de reactions de stress. Nous avons souligne l'importance des facteurs d'ordre cognitifs qui mediatisent l'apprehension du monde exterieur. Ces facteurs sont relatifs soit aux caracteristiques des sujets (personnalite, motivation, niveau intellectuel,. . . ), soit a celles des situations dans lesquelles ils se trouvent (controlabilite, climat social,. . . ). Apres avoir synthetise ce que l'on connait de plus recent sur un stress particulier: le bruit, nous avons, par nos travaux experimentaux, mis en evidence le role de certains facteurs tel le style comportemental a ou b auquel peut appartenir un individu dans l'apprehension de la gene vis a vis du stimulus sonore. D'autres experiences ont apporte la preuve qu'il s'elaborait des strategies d'adaptation au bruit de maniere spontanee, ou induites par des consignes. Nous avons egalement observe les effets du bruit sur la perception et l'aide a autrui. Enfin, nous avons montre que le climat social influe sur la gene exprimee vis a vis du stress sonore
Our research belongs to the recent field of environmental psychology which studies inter-relational reactions between man and his environment. In the first three chapters, the link between environmental perception and stress in demonstrated. We suggest an acting model of stressor which shows that perceptive analysis is the first step in information processing mecanisms, from which disturbance and stress reactions can result afterward. We emphasize the significance of cognitive factors which mediate the perception of the environment, such as subjective factors (personality, motivation, intellectual resources,. . . ) or situational factors (controlability, social atmosphere,. . . ). Having synthesized the lastest researches on a specific stress i. E. : noise, our experiments have shown the valuable contribution of the behavioral patterns a and b to categorise individual's responses to noise nuisance. Other researches have demonstrated that spontaneous or induced adaptating strategies were developed. We have also observed the effect of noise on perception and on attitudes of the help to others. Finally, we have shown that social atmosphere acts upon noise-related stress

Par ses capacités à tolérer un pH acide, une concentration élevée en éthanol et une multitude d'inhibiteurs non identifiés, O. œni est une espèce bactérienne particulièrement bien adaptée à l'environnement œnologique. Afin de résoudre des problèmes récurrents de fermentation, la possibilité d'implantation de levains malolactiques sélectionnés représente un grand intérêt pour le viticulteur. Les nombreuses études et observations réalisées dans les laboratoires et chez les industriels ont démontré que l'adaptation d'O. œni dépendait grandement de la souche. L'objectif de notre travail est de tenter de mettre en évidence les différences entre les deux types de souches : celles qui s'adaptent mieux et les autres. Cette étude, basée sur des techniques de biologie moléculaire telles que la génomique comparative, l'hybridation comparative sur puce à ADN et l'électrophorèse bidimensionnelle des protéines, s'appuie sur une collection de souches caractérisées par leurs aptitudes œnologiques
Given its capacities to tolerate acid pH, high ethanol concentrations and many non characterized inhibitors, O. Oeni is a bacterial species particularly well adapted to eonological environments. To resolve recurrent fermentation problems winemakers often use selected malolactic starters in a lyophylized form. Nevertheless, progress still needs to be made in order to improve the efficiency of these starters. Numerous studies done by research laboratories and manufacturers demonstrate that O. Oeni adaptation to wine is highly strain depend. The aim of this study is to try to highlight the differences between the well adapted strains and the others. This study, based on molecular genetics and proteomics such as comparative genomic, comparative genomic hybridization aarray and 2D electrophoresis relies on a collection of strains characterized by their oenological capacity

Populations often experience environmental conditions that are variable both in space and in time. Understanding the demographic and evolutionary dynamics of populations in such variable environments has very practical implications for conservation biology, pest and pathogen control, management of antibiotic resistance. This thesis is an attempt to study the ecological and evolutionary implications of spatial and temporal variations of the environment.First, I study how spatially heterogeneous and temporally changing conditions influence the demographic dynamics of a genetically uniform population. The growth of the population is enhanced when individuals preferentially accumulate in high quality habitats. Migration between locations facilitates a good arrangement of individuals such that in general, an intermediate rate of migration maximizes the growth rate.Second, I develop a model where the growth rate of individuals depends on the environment but also on their genetic quality, and possibly on the interaction between the environment and the genotype. If the performance of different genotypes tradeoffs across the environments, several genotypes may be maintained locally in the environment that suit them and a pattern of local adaptation emerges. Moreover, I show that adaptation of populations to environmental fluctuations in the environment generates very dynamic changes in the genetic composition that lag behind the environmental change. Adaptation may be facilitated by the influx of migrants coming from other demes.How can we detect such patterns of adaptation in wild or experimental populations? I develop a formal analysis of several experimental and statistical techniques that are used to detect patterns of local and temporal adaptation. I provide recommendations regarding efficient experimental designs and statistical techniques to detect local adaptation. I also develop a new framework for the analysis of patterns of adaptation in time. I illustrate the potential use of this approach using a data set measuring the adaptation of HIV to the immune response of several recently infected patients
Populations often experience environmental conditions that are variable both in space and in time. Understanding the demographic and evolutionary dynamics of populations in such variable environments has very practical implications for conservation biology, pest and pathogen control, management of antibiotic resistance. This thesis is an attempt to study the ecological and evolutionary implications of spatial and temporal variations of the environment.First, I study how spatially heterogeneous and temporally changing conditions influence the demographic dynamics of a genetically uniform population. The growth of the population is enhanced when individuals preferentially accumulate in high quality habitats. Migration between locations facilitates a good arrangement of individuals such that in general, an intermediate rate of migration maximizes the growth rate.Second, I develop a model where the growth rate of individuals depends on the environment but also on their genetic quality, and possibly on the interaction between the environment and the genotype. If the performance of different genotypes tradeoffs across the environments, several genotypes may be maintained locally in the environment that suit them and a pattern of local adaptation emerges. Moreover, I show that adaptation of populations to environmental fluctuations in the environment generates very dynamic changes in the genetic composition that lag behind the environmental change. Adaptation may be facilitated by the influx of migrants coming from other demes.How can we detect such patterns of adaptation in wild or experimental populations? I develop a formal analysis of several experimental and statistical techniques that are used to detect patterns of local and temporal adaptation. I provide recommendations regarding efficient experimental designs and statistical techniques to detect local adaptation. I also develop a new framework for the analysis of patterns of adaptation in time. I illustrate the potential use of this approach using a data set measuring the adaptation of HIV to the immune response of several recently infected patients

Cette thèse s'inscrit dans le vaste domaine des recherches sur l'évolution des traits d'histoire de vie. Les traits d'histoire de vie sont directement impliqués dans la reproduction et la survie, et donc dans la valeur sélective, des organismes. L'intérêt pour les traits d'histoire de vie est motivé par l'immense diversité de ces traits dans le monde vivant. En particulier, il existe une grande diversité de patrons de vieillissement dans la nature. Cette thèse traite de l'évolution du vieillissement dans les populations naturelles. Comme pour la plupart des traits d'histoire de vie, les recherches théoriques sur l'évolution du vieillissement ont été menées dans le contexte d'une unique population, stable, et vivant dans un environnement constant. L'objectif de cette thèse est de prédire comment évolue le vieillissement lorsque les populations sont structurées dans l'espace et lorsque l'environnement varie dans le temps et l'espace. Mon approche a été essentiellement théorique, mais j'ai pu explorer certaines questions avec des données récoltées dans des populations naturelles. En introduction, je présente les éléments nécessaires à prendre à compte lorsqu'on s'intéresse à l'évolution des traits d'histoire de vie dans les populations structurées en âge. Je fais le constat que ces populations sont soumises à des variations environnementales et structurées dans l'espace. Dans la première partie, je montre que les variations de l'environnement, dans le temps et dans l'espace, peuvent affecter les patrons de sénescence. J'utilise des méthodes de génétique quantitative où je fais l'hypothèse que les mutations ont un effet spécifique à l'environnement et à l'âge. Dans la deuxième partie, je m'intéresse aux conséquences des dynamiques d'extinction-recolonisation sur la stratégie de partage des ressources entre la survie et la reproduction des individus en fonction de leur âge. Je montre en particulier que la dispersion est une source de variabilité pour cette stratégie et examine comment dispersants et non-dispersants diffèrent pour leur traits d'histoire de vie dans 3 jeux de données. De façon générale, mes résultats montrent que la prise en compte des conditions écologiques et environnementales complexes où vivent les organismes permet de mieux comprendre la diversité des patrons de vieillissement dans la nature. En dernier lieu, je fais un court bilan de cette thèse puis donne des perspectives possibles à mes recherches et de façon plus générale aux recherches sur l'évolution du vieillissement
This thesis belongs to the wide field of life history evolution. Life history traits are directly involved in reproduction and survival. The interest for life-history evolution arises because organisms have evolved so many different ways of combining these traits to affect fitness. In particular, there is an important diversity of aging patterns in the wild. Aging is defined as the variation of life-history traits, such as survival or fecundity, with age. Senescence describes more precisely the idea that survival or fecundity decline with age. This synthesis deals with the question of aging in natural populations. Like most life-history traits, the evolution of aging has often been studied in the context of a single undisturbed population in a constant environment. My thesis aims at investigating how relaxing this assumption affects the evolution aging. I investigated this question mostly theoretically, but I used data from the field to investigate related questions. In introduction, I first go through evolutionary characteristics of age-structured populations. I also make the observation that age-structured populations are structured in space and live in a varying environment. In the first part, I investigate how environmental variability in space and time influences aging through the key results of Hamilton (1966) that the strength of selection declines with age. I used a quantitative genetics framework where I assumed that mutations that affect survival or fecundity have an age and environment specific effect. In the second part, I examine the role of metapopulation dynamics on the evolution of aging. I used an adaptive dynamics framework where mutations affect how a resource is shared between reproduction and survival at a given age. I show how the optimal age-specific reproductive effort is different in a metapopulation and in a single population. I then investigate how dispersal can be a source of heterogeneity in optimal age-specific reproductive effort. In this part, I went further in testing my predictions (and more generally exploring aging patterns) with data. As a general result, this thesis shows that including environmental and ecological heterogeneities helps understanding variation in aging in the wild. I finally discuss my main findings and give some perspectives to this work

Les performances qu'offre la séparation magnétique haut champ - haut gradient, ont permis d'envisager l'épuration magnétique de métaux lourds, précipités sous forme colloïdale, dans des effluents de lavage de l'industrie de traitement de surface. Or, les ions paramagnétiques, précipités en milieu basique sous forme d'hydroxydes, présentent une structure amorphe, très hydratée, qui masque les propriétés magnétiques sous-jacentes et ne permet pas une bonne épuration magnétique. La coprécipitation d'un porteur magnétique avec les métaux lourds a donc été étudiée : le chlorure ferrique forme, en milieu basique, un oxyde de fer hydrate. Sa structure est du type goethite, se stabilisant sous forme d'hématite. La susceptibilité magnétique du produit obtenu est faible et sa structure cristalline n'est pas suffisamment affirmée pour qu'une filtration magnétique soit efficace. Le mélange sulfate ferreux et chlorure ferrique fournit, en milieu basique, une magnétite hydratée. Les rapports initiaux fer divalent sur fer trivalent varient entre 0,5 et 1,2. Ce mélange, coprécipité avec les métaux lourds, permet d'obtenir une épuration magnétique optimale dans le filtre haut champ - haut gradient

Mytilus desolationis (Mytilidae), espèce endémique de l'archipel de Kerguelen, constitue un modèle original pour l'analyse du polymorphisme enzymatique du fait de son isolement géographique et de sa ressemblence avec deux Mytilidae continentaux, M. Edulis et M. Galloprovincialis qui sont l'objet de nombreuses recherches en génétique des populations. Le niveau taxonomique de M. Desolationis a pu être fixé sous le rang spécifique puisque ce taxon n'a pas montré de caractéristique génétique nouvelle par rapport à M. Edulis et M. Galloprovincialis au niveau enzymatique. Par contre la perte de nombreux allozymes rares est le signe de l'absence d'une immigration régulière, mais il indique aussi que le taux de mutation n'intervient pas de manière significative dans la génétique de cette semi-spéciès. Le caractère insulaire très marqué de M. Desolationis ne serait pas du à une barrière génétique mais plus vraisemblablement à la présence d'une barrière géographique, la convergence antarctique. Les populations de M. Desolationis sont très différenciées spatialement pour les loci polymorphes analysés. Le niveau de différenciation entre populations voisines à Kerguelen est équivalent à celui de populations très éloignées en Atlantique ou en Méditerranée. La distribution spatiale des fréquences génotypiques aux loci polymorphes de M. Desolationis distingue trois régions génétiques qui correspondent à trois régions hydrologiques. L'analyse du polymorphisme de longueur de fragments de restriction de l'ADN mitochondrial dans les deux régions les plus différenciées au niveau enzymatique confirme l'absence de panmixie pour l'ensemble de l'archipel. A l'intérieur de ces régions, la différentiation spatiale est en corrélation avec les facteurs de l'environnement, principalement les variations de salinité, mais aussi le mode d'exposition et les ressources trophiques.

Le travail presente s'integre dans un programme international de recherche sur la convergence de structure des ecosystemes mediterraneens a travers le monde. L'etude a porte sur quarante neuf especes presentes en provence sislicieuse (partie occidentale du massif des maures et bassin d'apt), choisies en fonction de leur representativite, de l'importance de leur recouvrement au sein du tapis vegetal ou de leur valeur phytosociologique. L'observation reguliere des especes sur le terrain durant une periode d'au moins un an completee par celle des echantillons d'herbier representatifs des plantes a differentes periodes de l'annee (herbier phenologique), a permis de resumer le biocycle des especes a l'aide de schemas synthetiques normalises qui decrivent les processus pheno-morphologiques de chaque espece au cours d'un cycle annuel de septembre a aout (debut de l'automne a la fin de l'ete)

La persistance bactérienne implique une adaptation aux conditions et aux contraintes environnementales, parfois associée à une diversification des génotypes et des phénotypes des populations bactériennes impliquées. Dans le cadre des infections chroniques, la mucoviscidose (CF) est une des pathologies humaines parmi les plus étudiées en termes de persistance et d’adaptation de pathogènes opportunistes. Certains pathogènes opportunistes d’origine environnementale, comme les bactéries des genres Achromobacter et Pandoraea, considérés comme émergents dans cette pathologie, sont capables de coloniser chroniquement les voies respiratoires des patients CF (VRCF). La colonisation et la persistance impliquent des mécanismes d’adaptations étudiés pour P. aeruginosa mais mal connus pour les bactéries émergentes.Nous avons étudié la persistance de bactéries du genre Achromobacter dans les VRCF de 13 patients, ainsi que dans de réseau d’eau d’un centre de soins dentaires, et la persistance de Pandoraea pulmonicola dans les VRCF d’un patient, durant des périodes de colonisation allant jusqu’à 7 ans. En parallèle, nous avons étudié la diversité génomique et phénotypique de populations d’Achromobacter dans les expectorations de 9 patients. Enfin, une investigation environnementale au domicile de 3 patients colonisés chroniquement par Achromobacter a été menée dans le but de connaître la diversité et l’écologie des bactéries de ce genre dans l’environnement proche des patients. Lors de ces différentes études, les espèces d’Achromobacter et Pandoraea ont été identifiées par méthodes moléculaires et la dynamique du génome ainsi que la diversité phénotypique ont été étudiées.Nous avons observé une diversité d’espèces de bactéries du genre Achromobacter colonisant les VRCF, incluant une espèce non décrite. Les patients colonisés chroniquement l’étaient par un clone unique d’Achromobacter ou de P. pulmonicola, appuyant l’idée de l’acquisition initiale d’un clone environnemental qui persiste dans le temps. Une importante diversité génomique et phénotypique a été observée au cours du temps mais aussi au sein de populations à un temps donné. Nous avons également mis en évidence une importante diversité de profils d’antibiorésistance au sein de chaque expectoration, dont l’impact clinique reste à évaluer. Enfin, une diversité d’espèces du genre Achromobacter a été observée au domicile des patients alors que le clone d’A. xylosoxidans adapté aux VRCF des patients n’a pas été isolé dans leurs environnements domestiques. Ces résultats suggèrent qu’après la colonisation initiale et la spécialisation des clones colonisant les VRCF, ceux-ci seraient secondairement incapables de survivre dans l’environnement.Un clone qui colonise les VRCF s’adapte rapidement aux conditions environnementales particulières de cet habitat et subit une diversification génomique et phénotypique intense par spécialisation de génotypes à différentes niches écologiques, aboutissant à une population clonale diversifiée. Cette diversité assure certainement la persistance de la population clonale par "l’hypothèse d’assurance" selon laquelle quelle que soit la pression environnementale exercée, une bactérie ou un sous-groupe de bactéries sera capable d’y résister.Mots clés : Achromobacter, adaptation, colonisation chronique, diversité, écologie, environnement, épidémiologie, évolution, génomique, mucoviscidose, Pandoraea, persistance, phénotype, réseau d’eau, résistance aux antibiotiques
Bacterial persistence involves adaptation to environmental conditions and constraints, sometimes associated with genotype and phenotype diversification of bacterial populations. In the context of chronic infections, Cystic Fibrosis (CF) is a human disease among the most studied in terms of persistence and adaptation of opportunistic pathogens. Some environmental opportunistic pathogens like Achromobacter and Pandoraea genera are considered as emerging in CF and are able to chronically colonize CF Respiratory Tract (CFRT). Adaptation mechanisms required for colonization and persistence were studied for P. aeruginosa but remain largely unknown for emerging bacteria. We studied Achromobacter spp. persistence in the CFRT of 13 patients and in a dental care unit water network, and Pandoraea pulmonicola persistence in the CFRT of one patient, during colonization periods up to 7 years. In parallel, we studied Achromobacter population genomic and phenotypic diversity in sputum samples from 9 patients. Finally, we made an environmental investigation to study the diversity and the ecology of Achromobacter spp. in household of 3 Achromobacter chronically colonized CF patients. During these studies, Achromobacter and Pandoraea species were identified by molecular methods and genome dynamic and phenotypic diversity were studied.Diversity of Achromobacter species colonizing the CFRT is described and included an undescribed species. Chronically colonized patients had a unique Achromobacter or Pandoraea clone in their CFRT, supporting the initial acquisition of one environmental clone which persists over time. A large genomic and phenotypic diversity has been observed over time and also at the intra-specimen level. A wide antibiotic susceptibility profile diversity was observed within samples and its clinical impact remains to be assessed. Finally, Achromobacter species diversity was observed in patient domestic environment but the Achromobacter clone adapted to the patient CFRT was not isolated. These results suggested that after initial colonization and specialisation the CFRT, colonizing clones might secondarily be unable to survive in the environment.A colonizing clone quickly adapts to the specific local conditions of the CFRT and undergoes intense genomic and phenotypic diversification with genotype specialization to the different ecological niches of the heterogeneous CFRT, resulting in a diversified clonal population. This diversity certainly insures the population persistence according to the “bet hedging” theory stating that regardless of the environmental pressures, a bacteria or a subgroup of bacteria will be able to persist.Key words : Achromobacter, adaptation, antibiotic susceptibility, chronic colonization, Cystic Fibrosis, diversity, ecology, environment, epidemiology, evolution, genomic, Pandoraea, persistence, phenotype, water network

L'adaptation des micro-organismes aux différentes niches écologiques dépend de leur capacité à réguler l'expression de leurs gènes en fonction des conditions environnementales. Les bactéries du genre Pseudomonas sont dotées d'une forte capacité d'adaptation, ce qui leur permet de croître dans un large spectre de niches écologiques. On les retrouve en effet dans tous types d'environnements tels que les eaux, marines et douces, les sols, l'air ou encore associées à des hôtes eucaryotes, chez lesquelles elles peuvent avoir des effets bénéfiques ou non. P. Aeruginosa notamment est un germe mlésophile, pathogène opportuniste majeur de l'homme, qui provoque des infections systémiques au niveau des systèmes urinaire, respiratoire et digestif, notamment chez les patients immunodéprimés. P. Fluorescens est, quant à elle, majoritairement environnementale. Cette faculté d'adaptation nécessite la présence d'un grand nombre de mécanismes de perception de variations de l'environnement, tels que des variations de température, de salinité, d'oxygénation ou encore de pression osmotique. La membrane externe de ces bactéries, en contact direct avec cet environnement, forme une barrière de perméabilité pouvant se moduler pour faire face à différents stress. La porine majoritaire de la membrane externe des bactéries du genre Pseudomonas, OprF, est une protéine assurant le maintien de la structure pariétale, qui serait impliquée dans la perception et la transmission de signaux. Au cours de cette étude, nous avons pu mettre en évidence qu'OprF était une protéine pléiotrope dont une fonction générale pourrait être la perception de l'environnement. Elle permet de moduler la réponse bactérienne en réponse à des changements physico-chimiques du milieu extérieur. Plus précisément, nous avons pu révéler un lien entre le caractère virulent de P. Aeruginosa et OprF, cette porine pourrait transmettre un signal jusqu'au cytoplasme, ce qui déclencherait une cascade de régulation du quorum sensing, système induisant l'expression des gènes de virulence chez P. Aeruginosa.

La problematique du changement organisationnel oppose traditionnellement la perspective de l'adaptation a celle de la selection naturelle. L'objectif de cette recherche est de decrire et de comprendre l'evolution de la population des negociants en cafe au havre entre 1920 et 1954 a partir d'un courant theorique issu de l'ecologie des populations. Cet objectif peut etre resume par la question suivante : l'evolution de la population est-elle le resultat d'un processus de selection ou d'adaptation? en mettant en evidence deux groupes d'entreprises, les entreprises coloniales et les entreprises non coloniales, nos resultats donnent des elements plutot en faveur de la these de l'adaptation des organisations a leur environnement qu'a celle de la selection par l'environnement. D'autre part, nos resultats soulignent les apports et les limites de l'ecologie des populations et montrent le poids des facteurs d'environnement sur les strategies des negociants-importateurs de cafes.

Cette thèse décrit une partie du travail effectué dans le cadre du projet européen Symbrion 1 . Ce projet vise à la réalisation de tâches complexes nécessitant la coopération de multiples robots dans un cadre de robotique en essaim (au moins 100 robots opérant ensemble). De multiples problèmes sont étudiés par le projet dont : l’auto-assemblage de robots en structures complexes et l’auto-organisation d’un grand nombre de robots afin de réaliser une tâche commune. Le principal sujet porte sur les mécanismes d’auto-adaptation pour la robotique modulaire et en essaim, avec un intérêt pour des capacités de forte coordination et de coopération à l’échelle de l’essaim.Les difficultés rencontrées dans la réalisation de ce projet sont dues à l’utilisation de robots dans des environnements ouverts restant inconnus jusqu’à la phase de déploiement. Puisque les conditions d’opérations ne peuvent être prédites à l’avance, des algorithmes d’apprentissage en ligne doivent être utilisés pour élaborer les comportements utilisés. Lorsqu’un grand nombre de robots sont utilisés, plusieurs considérations doivent être prise en compte : capacité de communication réduite, faible mémoire, faible capacité de calcul. Par conséquent les algorithmes d’apprentissage en ligne doivent être distribués à travers l’essaim.De multiples approches ont déjà été proposées pour faire face aux problèmes posés par l’apprentissage en ligne décentralisé de comportements robotiques, parmi lesquels la robotique probabiliste, l’apprentissage par renforcement, et la robotique évolutionnaire. Cependant, le problème abordé dans le cadre de cette thèse se caractérise par le fait que l’on considère un groupe de robots (en lieu et place d’un seul et unique robot). De plus, dû à la nature ouverte de l’environnement, il n’est pas possible de supposer que l’ingénieur humain ait les connaissances nécessaires pour définir les éléments indispensables aux processus d’apprentissage.Assurer l’intégrité de l’essaim est placé en tant que premier élément d’une feuille de route visant à définir un ensemble d’étapes nécessaires à la réalisation d’une tâche par un groupe de robot dans un environnement ouvert :– Étape 1 : Assurer l’intégrité de l’essaim.– Étape 2 : Maintenir les robots disponibles en tant que service à l’utilisateur.– Étape 3 : Réaliser la tâche définie par l’utilisateur.Dans le cadre de cette thèse nous travaillons à la réalisation de l’étape 1 de cette feuille de route, et assumons l’hypothèse de travail suivante :Hypothèse de travail : Dans un cadre de robotique collective en environnement ouvert, la réalisation d’une tâche définie par l’utilisateur implique tout d’abord un comportement auto-adaptatif.Le sujet de cette thèse est la réalisation de solutions algorithmiques décentralisées pouvant garantir l’in- tégrité d’un essaim de robots en environnement ouvert lorsque un système robotique collectif utilise une communication locale. La principale difficulté à sa résolution est le besoin de prendre en compte l’envi- ronnement. En effet, en fonction de l’environnement courant, les robots peuvent avoir à démontrer une grande variété de comportements à l’échelle globale comme la coopération, la spécialisation, l’altruisme, ou la division du travail.Dans cette thèse nous introduisons et définissons le problème de l’Adaptation Evolutionnaire Distribuée Guidée par l’Environnement. Nous proposons un algorithme pour résoudre ce problem. Cet algorithme a été validé aussi bien en simulation que sur des robots réels. Il a été utilisé pour étudier le problème de l’auto-adaptation dans les environnements suivants :– Environnement où l’émergence de consensus comportementaux est nécessaire.– Environnements où la robustesse face à des changements environnementaux est nécessaires.– Environnements où des comportements altruistes sont nécessaires
Cette thèse décrit une partie du travail effectué dans le cadre du projet européen Symbrion 1 . Ce projet vise à la réalisation de tâches complexes nécessitant la coopération de multiples robots dans un cadre de robotique en essaim (au moins 100 robots opérant ensemble). De multiples problèmes sont étudiés par le projet dont : l’auto-assemblage de robots en structures complexes et l’auto-organisation d’un grand nombre de robots afin de réaliser une tâche commune. Le principal sujet porte sur les mécanismes d’auto-adaptation pour la robotique modulaire et en essaim, avec un intérêt pour des capacités de forte coordination et de coopération à l’échelle de l’essaim.Les difficultés rencontrées dans la réalisation de ce projet sont dues à l’utilisation de robots dans des environnements ouverts restant inconnus jusqu’à la phase de déploiement. Puisque les conditions d’opérations ne peuvent être prédites à l’avance, des algorithmes d’apprentissage en ligne doivent être utilisés pour élaborer les comportements utilisés. Lorsqu’un grand nombre de robots sont utilisés, plusieurs considérations doivent être prise en compte : capacité de communication réduite, faible mémoire, faible capacité de calcul. Par conséquent les algorithmes d’apprentissage en ligne doivent être distribués à travers l’essaim.De multiples approches ont déjà été proposées pour faire face aux problèmes posés par l’apprentissage en ligne décentralisé de comportements robotiques, parmi lesquels la robotique probabiliste, l’apprentissage par renforcement, et la robotique évolutionnaire. Cependant, le problème abordé dans le cadre de cette thèse se caractérise par le fait que l’on considère un groupe de robots (en lieu et place d’un seul et unique robot). De plus, dû à la nature ouverte de l’environnement, il n’est pas possible de supposer que l’ingénieur humain ait les connaissances nécessaires pour définir les éléments indispensables aux processus d’apprentissage.Assurer l’intégrité de l’essaim est placé en tant que premier élément d’une feuille de route visant à définir un ensemble d’étapes nécessaires à la réalisation d’une tâche par un groupe de robot dans un environnement ouvert :– Étape 1 : Assurer l’intégrité de l’essaim.– Étape 2 : Maintenir les robots disponibles en tant que service à l’utilisateur.– Étape 3 : Réaliser la tâche définie par l’utilisateur.Dans le cadre de cette thèse nous travaillons à la réalisation de l’étape 1 de cette feuille de route, et assumons l’hypothèse de travail suivante :Hypothèse de travail : Dans un cadre de robotique collective en environnement ouvert, la réalisation d’une tâche définie par l’utilisateur implique tout d’abord un comportement auto-adaptatif.Le sujet de cette thèse est la réalisation de solutions algorithmiques décentralisées pouvant garantir l’in- tégrité d’un essaim de robots en environnement ouvert lorsque un système robotique collectif utilise une communication locale. La principale difficulté à sa résolution est le besoin de prendre en compte l’envi- ronnement. En effet, en fonction de l’environnement courant, les robots peuvent avoir à démontrer une grande variété de comportements à l’échelle globale comme la coopération, la spécialisation, l’altruisme, ou la division du travail.Dans cette thèse nous introduisons et définissons le problème de l’Adaptation Evolutionnaire Distribuée Guidée par l’Environnement. Nous proposons un algorithme pour résoudre ce problem. Cet algorithme a été validé aussi bien en simulation que sur des robots réels. Il a été utilisé pour étudier le problème de l’auto-adaptation dans les environnements suivants :– Environnement où l’émergence de consensus comportementaux est nécessaire.– Environnements où la robustesse face à des changements environnementaux est nécessaires.– Environnements où des comportements altruistes sont nécessaires

Les changements globaux observés au cours des dernières décennies peuvent être à l'origine de déplacements de l'aire de répartition géographique d’espèces biologiques. L'adaptabilité et la plasticité phénotypique conditionnent ces changements. La démographie des espèces et leurs capacités de dispersion déterminent leur capacité à coloniser des sites nouvellement favorables. Dans le cas de modification de répartition géographique, on peut s'attendre à observer le long de l’aire de répartition une variation des traits d’histoire de vie en relation avec la dynamique observée. En effet, la survie, la reproduction ainsi que la capacité de dispersion déterminent la réussite ou l’échec de l’implantation et du maintien d’une population. Les attendus théoriques prévoient alors qu’elles soient maximisées sur des fronts de colonisation. De fait, un faible taux de recrutement, une limitation en partenaires sexuels et la dépression de consanguinité, parmi d’autres facteurs, peuvent entrainer un déclin des populations, des extinctions locales, ou des échecs de colonisation. Sur des fronts de colonisation, on s’attend donc à observer une augmentation des capacités de dispersion et du taux d’autofécondation, une phénologie avancée, ainsi qu’une fécondité supérieure par rapport au centre de l’aire de répartition. Sur des fronts de rétractation, on peut s’attendre à une augmentation du taux d’autofécondation et à un investissement supérieur dans la survie, par rapport aux populations centrales. Comprendre l’évolution des traits d’histoire de vie en fonction de la dynamique des aires de répartition des espèces est donc primordial pour mieux comprendre l’évolution future de la biodiversité. Dans ce contexte, les variations spatiales de traits d’histoire de vie ont été caractérisées pour quatre espèces végétales en expansion ou en retrait dans le nord de la France : la Claytonie perfoliée (Claytonia perfoliata), la Cochléaire du Danemark (Cochlearia danica), le Crithme maritime (Crithmum maritimum) et la Pensée des dunes (Viola tricolor subsp. curtisii). Ces variations de traits d’histoire de vie ont été étudiées du centre vers la limite de leurs aires de répartition par le biais de mesures phénotypiques en milieu naturel et en jardin commun, et d’analyses de structure génétique spatiale pour deux espèces. La dynamique de répartition de ces quatre espèces s’explique par des facteurs qui sont propres à la biologie de chacune, en interaction avec leur environnement. La Claytonie et la Cochléaire, toutes deux en expansion, présentent une forte pression de propagules sur leurs fronts de colonisation : tandis que la Claytonie présente un taux de germination plus important en limite d’aire de répartition, la Cochléaire présente quant à elle une augmentation de ses capacités de dispersion dans les populations de limite d’aire. Le Crithme maritime, en expansion dans la région, ne montre aucune variation de ses traits d’histoire de vie le long de son aire de répartition. De fait, toutes les populations montrent une forte capacité de colonisation, et l’analyse de la structure génétique spatiale de l’espèce indique un apport conséquent de migrants depuis et vers toutes les populations, via une dispersion à longue distance des diaspores. La Pensée des dunes, espèce en rétractation, montre une augmentation des niveaux d’autofécondation dans ses populations de limite d’aire, ce qui pourrait lui conférer une certaine assurance pour la reproduction. Toutefois, l’investissement reproducteur moins important dans ces populations pourrait, à long terme, nuire à leur persistance. Au final, si chaque espèce montre des variations de traits d’histoire de vie conformes aux prédictions théoriques, aucune de ces prédictions ne s’applique à toutes les espèces. Il n’existe donc pas de syndrome évolutif de limite de répartition géographique et les réponses des espèces dépendent de leur biologie
Ongoing global changes may lead to shifts in the geographical range of biological species. Adaptive evolution and phenotypic plasticity will determine these shifts. The demography of the species and their dispersal capacities will also determine their ability to colonize newly favourable habitats. When geographical distributions are shifting, one can expect a variation in life history traits across the geographic range. Indeed, survival, reproduction and dispersal capacity will determine the success or failure of population establishment and persistence. These traits are thus theoretically expected to be maximized on colonization fronts because low recruitment rates, mate limitation and inbreeding depression, among other factors, can lead to population decline, local extinction, or colonization failure. On colonization fronts, we therefore expect to observe an increase in dispersal capacities and self-fertilization rate, advanced phenology, and higher fertility compared to populations located in the central part of the range. On retraction fronts, mate limitation can also drive selection for increased self-fertilization, and worsening habitat conditions can lead to higher investment in survival as compared to central populations. Understanding the evolution of life history traits in relation to species range dynamics is therefore essential to better understand the future evolution of biodiversity in the Anthropocene. In this context, spatial variations of life history traits were characterized for four plant species that show expansion or retraction fronts in northern France: Miner’ lettuce (Claytonia perfoliata), Danish scurvygrass (Cochlearia danica), Rock samphire (Crithmum maritimum) and Dune pansy (Viola tricolor subsp. curtisii). Variations of life history traits were surveyed from the core to the edge of their geographic ranges by using phenotypic measurements in the natural environment and in the common garden and by analysing the spatial genetic structure for a subset of two species. The geographical range dynamics of these focal species were explained by species-specific factors in interaction with their respective environment. Miner’s lettuce and Danish scurvygrass, both expanding in northern France, showed high propagule pressure on their colonization fronts: while Miner’s lettuce exhibited a higher germination rate at the edge of its range, marginal populations of Danish scurvygrass showed an increase in dispersal capacities. Rock samphire, which is expanding northwards, showed no variation in its life history traits along its geographical range. All populations may show a high capacity for successful colonization and analyses of spatial genetic structure indicated large amount of gene flow among populations via long-distance dispersal events of diaspores. Lastly, the retracting populations of Dune pansy showed an increase in selfing rate that may provide some reproductive assurance. However, their lower reproductive output could threaten their long-term persistence. Altogether, while each species shows variations in life history traits consistent with theoretical predictions, trait variations appeared to be idiosyncratic. This suggested that no common evolutionary syndrome occurred in expanding or receding range edges and that species' responses mostly depend on their specific biology. These results have therefore important implications relevant to conservation biology and to forecasting of geographical range shifts under rapidly changing environments

Les changements globaux observés au cours des dernières décennies peuvent être à l'origine de déplacements de l'aire de répartition géographique d’espèces biologiques. L'adaptabilité et la plasticité phénotypique conditionnent ces changements. La démographie des espèces et leurs capacités de dispersion déterminent leur capacité à coloniser des sites nouvellement favorables. Dans le cas de modification de répartition géographique, on peut s'attendre à observer le long de l’aire de répartition une variation des traits d’histoire de vie en relation avec la dynamique observée. En effet, la survie, la reproduction ainsi que la capacité de dispersion déterminent la réussite ou l’échec de l’implantation et du maintien d’une population. Les attendus théoriques prévoient alors qu’elles soient maximisées sur des fronts de colonisation. De fait, un faible taux de recrutement, une limitation en partenaires sexuels et la dépression de consanguinité, parmi d’autres facteurs, peuvent entrainer un déclin des populations, des extinctions locales, ou des échecs de colonisation. Sur des fronts de colonisation, on s’attend donc à observer une augmentation des capacités de dispersion et du taux d’autofécondation, une phénologie avancée, ainsi qu’une fécondité supérieure par rapport au centre de l’aire de répartition. Sur des fronts de rétractation, on peut s’attendre à une augmentation du taux d’autofécondation et à un investissement supérieur dans la survie, par rapport aux populations centrales. Comprendre l’évolution des traits d’histoire de vie en fonction de la dynamique des aires de répartition des espèces est donc primordial pour mieux comprendre l’évolution future de la biodiversité. Dans ce contexte, les variations spatiales de traits d’histoire de vie ont été caractérisées pour quatre espèces végétales en expansion ou en retrait dans le nord de la France : la Claytonie perfoliée (Claytonia perfoliata), la Cochléaire du Danemark (Cochlearia danica), le Crithme maritime (Crithmum maritimum) et la Pensée des dunes (Viola tricolor subsp. curtisii). Ces variations de traits d’histoire de vie ont été étudiées du centre vers la limite de leurs aires de répartition par le biais de mesures phénotypiques en milieu naturel et en jardin commun, et d’analyses de structure génétique spatiale pour deux espèces. La dynamique de répartition de ces quatre espèces s’explique par des facteurs qui sont propres à la biologie de chacune, en interaction avec leur environnement. La Claytonie et la Cochléaire, toutes deux en expansion, présentent une forte pression de propagules sur leurs fronts de colonisation : tandis que la Claytonie présente un taux de germination plus important en limite d’aire de répartition, la Cochléaire présente quant à elle une augmentation de ses capacités de dispersion dans les populations de limite d’aire. Le Crithme maritime, en expansion dans la région, ne montre aucune variation de ses traits d’histoire de vie le long de son aire de répartition. De fait, toutes les populations montrent une forte capacité de colonisation, et l’analyse de la structure génétique spatiale de l’espèce indique un apport conséquent de migrants depuis et vers toutes les populations, via une dispersion à longue distance des diaspores. La Pensée des dunes, espèce en rétractation, montre une augmentation des niveaux d’autofécondation dans ses populations de limite d’aire, ce qui pourrait lui conférer une certaine assurance pour la reproduction. Toutefois, l’investissement reproducteur moins important dans ces populations pourrait, à long terme, nuire à leur persistance. Au final, si chaque espèce montre des variations de traits d’histoire de vie conformes aux prédictions théoriques, aucune de ces prédictions ne s’applique à toutes les espèces. Il n’existe donc pas de syndrome évolutif de limite de répartition géographique et les réponses des espèces dépendent de leur biologie
Ongoing global changes may lead to shifts in the geographical range of biological species. Adaptive evolution and phenotypic plasticity will determine these shifts. The demography of the species and their dispersal capacities will also determine their ability to colonize newly favourable habitats. When geographical distributions are shifting, one can expect a variation in life history traits across the geographic range. Indeed, survival, reproduction and dispersal capacity will determine the success or failure of population establishment and persistence. These traits are thus theoretically expected to be maximized on colonization fronts because low recruitment rates, mate limitation and inbreeding depression, among other factors, can lead to population decline, local extinction, or colonization failure. On colonization fronts, we therefore expect to observe an increase in dispersal capacities and self-fertilization rate, advanced phenology, and higher fertility compared to populations located in the central part of the range. On retraction fronts, mate limitation can also drive selection for increased self-fertilization, and worsening habitat conditions can lead to higher investment in survival as compared to central populations. Understanding the evolution of life history traits in relation to species range dynamics is therefore essential to better understand the future evolution of biodiversity in the Anthropocene. In this context, spatial variations of life history traits were characterized for four plant species that show expansion or retraction fronts in northern France: Miner’ lettuce (Claytonia perfoliata), Danish scurvygrass (Cochlearia danica), Rock samphire (Crithmum maritimum) and Dune pansy (Viola tricolor subsp. curtisii). Variations of life history traits were surveyed from the core to the edge of their geographic ranges by using phenotypic measurements in the natural environment and in the common garden and by analysing the spatial genetic structure for a subset of two species. The geographical range dynamics of these focal species were explained by species-specific factors in interaction with their respective environment. Miner’s lettuce and Danish scurvygrass, both expanding in northern France, showed high propagule pressure on their colonization fronts: while Miner’s lettuce exhibited a higher germination rate at the edge of its range, marginal populations of Danish scurvygrass showed an increase in dispersal capacities. Rock samphire, which is expanding northwards, showed no variation in its life history traits along its geographical range. All populations may show a high capacity for successful colonization and analyses of spatial genetic structure indicated large amount of gene flow among populations via long-distance dispersal events of diaspores. Lastly, the retracting populations of Dune pansy showed an increase in selfing rate that may provide some reproductive assurance. However, their lower reproductive output could threaten their long-term persistence. Altogether, while each species shows variations in life history traits consistent with theoretical predictions, trait variations appeared to be idiosyncratic. This suggested that no common evolutionary syndrome occurred in expanding or receding range edges and that species' responses mostly depend on their specific biology. These results have therefore important implications relevant to conservation biology and to forecasting of geographical range shifts under rapidly changing environments

Le mémoire d'habilitation fait le point sur quinze années de recherches sur les risques torrentiels montagnards, essentiellement dans les Pyrénées, et dans une dimension historique. Le mémoire est organisé en trois parties : une première partie de mise en perspective théorique et de positionnement des recherches dans le champs de la géographie. L'auteur y montre comment ses travaux s'inscrivent dans la logique des évolutions de sa discipline au cours de la seconde partie du XXe siècle : passages simultanés d'une géographie physique à une géographie de l'environnement, d'une géographie des aléas à une géographie des risques, de l'analyse des temporalités environnementales à l'histoire des catastrophes et des risques. La deuxième partie pose le dispositif méthodologique des recherches et synthétise les apports d'une approche historique des catastrophes et des risques à la connaissance de l'histoire de l'environnement, tant dans ses dynamiques naturelles (climat en particulier) que sociales (" réactions " des sociétés montagnardes aux événements). Enfin la troisième partie est celle des transferts contemporains de ces résultats, tant en matière de recherche opérationnelle (gestion des risques) que de recherche fondamentale (changement climatique).

Clostridium cellulolyticum est une bactérie anaérobie capable de dégrader les parois végétales grâce à la sécrétion d’enzymes libres de complexes multienzymatiques et appelés cellulosomes. Les enzymes, libres ou cellulosomales, sont dotées d’activités variées afin de dégrader efficacement les différents polymères des parois végétales (cellulose, hémicelluloses, pectines). Au début de ma thèse, seulement seize gènes étaient identifiés. Ils codent essentiellement pour des cellulases ; impliquées dans l’hydrolyse de la cellulose. Mon travail de thèse a consisté à appréhender la diversité enzymatique du système de dégradation. Des électrophorèses bidimensionnelles ont révélé une soixantaine de protéines dont trente cellulosomales. Une méthode innovante a permis d’identifier sept gènes jusqu’alors inconnus dont quatre gènes appartenant à un regroupement de quatorze gènes spécialisés dans la dégradation des hémicelluloses. Au cours de ma thèse, la mise à disposition de la séquence du génome a permis de réaliser l’inventaire complet des composants du système de dégradation. L’identification par spectrométrie de masse des composants sécrétés dans différentes conditions de culture, alliée à ces données de séquence, ont révélé que C. Cellulolyticum module la composition de ses cellulosomes en fonction du substrat utilisé. L’expression du regroupement de gènes spécialisés dans la dégradation des hémicellulose est notamment induite lors d’une croissance sur paille. Un dernier aspect de mon travail était de construire un outil de mutagénèse aléatoire fonctionnel chez C. Cellulolyticum afin d’identifier les composants essentiels du système. Parmi les outils testés, un premier, dérivant du transposon Tn1545 de Streptococcus pneumoniae, permet l’insertion aléatoire et monocopie dans le génome de C. Cellulolyticum alors que le second, dérivant de la séquence d’insertion ISS1 de Lactococcus lactis, peut être utilisé comme outil d’insertion ciblé dans le génome
Clostridium cellulolyticum is an anaerobic bacterium able to degrade plant cell wall (cellulose, hemicelluloses, pectins) through the secretion of multienzymatic complexes, named cellulosomes, and free enzymes. These enzymes, cellulosomal or free, have various enzymatic activities to efficiently degrade the miscellaneous polymers of plant cell wall. At the beginning of my PhD, only 16 genes encoding cellulases were identified. Cellulases are implicated in the cellulose hydrolysis. My PhD aim consisted in highlighting the enzymatic diversity of this degradation system. 2D-electrophoresis revealed about sixty proteins, among them, thirty are cellulosomal. Using an innovative PCR method we identified seven genes belonging to the system. Among them, four belong to a fourteen gene cluster specialized in the hemicellulose degradation. During my PhD, released of the C. Cellulolyticum genome enabled the establishment of the complete repertory of degradation system components. Identification of components, by mass spectrometry, secreted during growth on different substrates, highlighted that C. Cellulolyticum could modulate the cellulosome composition according to the growth substrate. In particular, the expression of the gene cluster involves in hemicellulose degradation is induced when straw is the growth substrate. Another aspect of my work was to develop a tool to perform random insertional mutagenesis in C. Cellulolyticum. A Tn1545 derivative allowed random and monocopie mutagenesis in genome whereas the use of ISS1 insertion sequence from Lactococcus lactis, allow monocopie integration of genes in the genome

Les technologies de l’information interrogent la propriété littéraire et artistique de façon permanente. Chaque changement technologique entraine d’importantes répercussions dans la manière de protéger les œuvres culturelles. C’est ainsi qu’avec le développement du numérique des années 2000, plusieurs législations ont été mises à jour en commençant par le droit international. L’accord de Marrakech adopté par l’OMC le 15 décembre 1994 et les deux traités de l’OMPI de 1996 à savoir le traité de l’OMPI sur le droit d’auteur et le traité de l’OMPI sur les interprétations et exécutions et les phonogrammes sont les fruits de ces mutations. Au niveau régional et national, on pourrait également citer le Digital Millénium Copyright Act de 1998 pour l’Amérique et la Directive européenne sur la société de l’information de 2001 pour ce qui est de l’Union Européenne. Tenant compte de ces changements au niveau international et dans les ordres juridiques voisins, le législateur africain a opéré une révision de l’Accord communautaire le 15 décembre 2015. Cette révision prend cependant insuffisamment en compte les préoccupations suscitées par la technologie numérique. L’exemple le plus emblématique est l’occultation des influences de l’Intelligence artificielle sur la propriété littéraire et artistique. Cette thèse vise donc à proposer des solutions pour parachever l’adaptation du droit OAPI de sorte qu’il soit à jour des standards internationaux et tienne compte des développements du droit régional dont la construction est initié par l’Union Africaine avec la mise en place de l’Organisation Panafricaine de la Propriété Intellectuelle. (OAPI). Cette étude touchant à la fois le droit matériel et le système institutionnel de l’OAPI a eu pour objectif de renforcer davantage la sécurité des intérêts des titulaires de droits et ceux des utilisateurs de leurs œuvres de sorte à rendre le cadre communautaire africain plus équilibré et sécurisé
Information technologies are constantly questioning literary and artistic property. Each technological change has important implications for the way cultural works are protected. Thus, with the development of digital technology in the 2000s, several pieces of legislation have been updated, starting with international law. The Marrakesh Agreement adopted by the WTO on December 15, 1994, and the two WIPO treaties of 1996, namely the WIPO Copyright Treaty and the WIPO Performances and Phonograms Treaty, are the fruits of these changes. At the regional and national level, we could also mention the Digital Millennium Copyright Act of 1998 for the Americas and the European Directive on the Information Society of 2001 for the European Union. Taking into account these changes at the international level and in neighbouring legal orders, the African legislator revised the Community Agreement on 15 December 2015. However, this revision does not sufficiently take into account the concerns raised by digital technology. The most emblematic example is the concealment of the influences of Artificial Intelligence on literary and artistic property.This thesis therefore aims to propose solutions to complete the adaptation of OAPI law so that it is up to date with international standards and takes into account the developments of regional law whose construction is initiated by the African Union with the establishment of the Pan-African Intellectual Property Organization. (PAIPO). The objective of this study, which touched on both the substantive law and the institutional system of OAPI, was to further enhance the security of the interests of right holders and those of the users of their works, so as to make the African community framework more balanced and secure

Les différences inter-populationnelles sont rarement prises en compte dans la gestion des insectes ravageurs. Ces derniers sont habituellement gérés à partir de modèles produits à partir d’une population élevée en laboratoire et qui sont par la suite appliqués à l’ensemble des populations sur le territoire. L’objectif principal de cette thèse était de déterminer le niveau d’adaptation locale des populations d’un des plus importants ravageurs forestiers au Québec, l’arpenteuse de la pruche (Lambdina fiscellaria (Guenée)), le long d’un gradient latitudinal. Depuis le début des années 1990, l’arpenteuse de la pruche est l’insecte ravageur qui a endommagé les plus grandes superficies de forêts de conifères au Québec. Malgré cela, la biologie et l’écologie de cet important défoliateur restent fragmentaires. Onze populations récoltées le long d’un gradient latitudinal (45 à 51ºN) ont été élevées en laboratoire sur différentes essences forestières. Deux grands écotypes ont été identifiés : un au sud où les larves passent par cinq stades et un au nord où elles en effectuent seulement quatre. Cette différence fondamentale a de profondes conséquences sur la dynamique des populations. Chez les populations de l’écotype à quatre stades, le développement larvaire et pupal est plus court, les chrysalides sont moins lourdes, les femelles sont moins fécondes et les œufs sont plus volumineux que chez les populations à cinq stades. Il existe également des différences qui montrent qu’à l’intérieur de chacun des écotypes le long du gradient latitudinal, les populations sont localement adaptées aux conditions particulières de la région ce qui laisse supposer que les échanges génétiques sont très limités. Par ailleurs, les résultats obtenus démontrent que chaque population le long du gradient latitudinal est adaptée aux plantes hôtes disponibles localement. Ainsi, les populations nordiques évoluant dans des habitats homogènes et dominés par les essences boréales montrent des adaptations locales sur ces essences. Une adaptation locale des femelles à exploiter le feuillage de sapins baumiers âgés a aussi été détectée chez la population la plus au nord du gradient latitudinal. Cette population provient d’une région où les conifères âgés constituent la composante principale de l’habitat. Nos travaux suggèrent que les grandes épidémies de ce ravageur sont localisées dans les mêmes régions (nord) que l’écotype à quatre stades.
Inter-populations differences are rarely considered in the management of insect defoliators. Insect management is usually based on models produced from a single population reared in laboratory and which are afterward applied to all populations over the territory. The main objective of this thesis was to determine the level of local adaptation of the populations of one of the most important forest defoliator in Québec, the hemlock looper (Lambdina fiscellaria (Guenée)), along a latitudinal gradient. Since the beginning of 1990s, the hemlock looper is the insect defoliator that has damaged the largest area of coniferous forests in Québec. Nevertheless, the biology and the ecology of this important defoliator remain poorly know. Eleven populations collected across a latitudinal gradient (45 to 51oN) were reared under laboratory conditions on various host trees. Two ecotypes were identified: one in the South where larvae go through five instars and one in the North where they have only four instars. This fundamental difference has major consequences on population dynamics. Four instars ecotype shows shorter larval and pupal development, lighter pupae, lower fecundity, but larger egg size compared to the five instars ecotype. Within each ecotype, there are also differences across the latitudinal gradient. Populations are locally adapted to particular conditions of their region which suggest limited gene flow. Moreover, results demonstrate that populations across the latitudinal gradient are adapted to host trees available regionally. Thus, northern populations that evolved in a homogeneous environment that is dominated by boreal trees show local adaptations on these specific host trees. Local adaptation of females to exploit foliage of old balsam fir trees was also detected for the most northern population across the latitudinal gradient. This population originated from a region where old conifer trees are the main constituent of the environment. Our works suggest that major outbreaks of the hemlock looper were mainly localised in the same region (North) where the four instars ecotype evolved.

Staphylococcus aureus, pathogène opportuniste de l'homme, est responsable de 30% des infections nosocomiales. L'apparition de souches multi résistantes aux antibiotiques en font un problème majeur de santé publique. La pathogénie de la bactérie résulte de l'expression d'une pléthore de facteurs de virulence, mais quels sont les mécanismes de régulation contrôlant l'expression de ces gènes ? Aujourd'hui, il est clairement établi que les ARN non-codant sont des molécules clés dans la régulation de l'expression des gènes. Plus de 50 ARN ont été identifiés chez S. aureus. Néanmoins la fonction de peu d'entre eux est connue. Durant ce travail de thèse, l'étude de la fonction et du mécanisme de régulation des ARN RsaA et RsaE a été entreprise. RsaA est un ARN sous le contrôle du facteur de stress sigmaB. Les résultats obtenus montrent que ce dernier régule la traduction de l'ARNm mgrA qui code pour un facteur de transcription important dans l'expression des gènes de virulence et la régulation de l'autolyse. Par appariement de base, RsaA cible l'ARNm en utilisant deux sites distants et coopératifs, permettant un interaction forte qui empêche la traduction de l'ARNm. In vivo, la délétion du gène rsaA perturbe la synthèse de biofilm de capsule. En régulant la traduction de sa cible, RsaA permet de relier l'adaptation au stress à l'expression des gènes de virulence. De manière plus générale, les réseaux de régulation des ARN se connectent les uns aux autres pour permettre à la bactérie d'intégrer une multitude de signaux provenant du milieu extracellulaire afin de moduler finement l'expression des gènes.

L'utilisation de la bactérie C. maltaromaticum dans l'industrie alimentaire n'est pas autorisée en raison de faible connaissance et des pathologies qu'il peut provoquer chez le poisson. Un des objectifs de ce travail est de renforcer la connaissance par la séquence génomique d'une souche fromagère et d'évaluer le devenir de la bactérie après ingestion par le consommateur. L'autre objectif est de mieux connaitre la taxonomie de la bactérie par MLST. La séquence complète de C. maltaromaticum LMA 28 a révélé une taille génomique de 3,8 Mpb qui est atypique dans le genre Carnobacterium. L'analyse génomique indique qu'il contiendrait des gènes d'adaptation à l'environnement intestinal. Il a été montré que la bactérie est capable de survivre le transit gastro-intestinal chez la souris et d'adhérer à des cellules intestinales humaines qui présenteraient des propriétés neutres voire anti-inflammatoires. Le résultat suggère qu'elle est capable de survivre le transit GIT et d'interagir avec l'hôte. Il a été montré que la MLST chez C. maltaromaticum permet d'atteindre un haut niveau de résolution. MLST suggèrent que le lait et les fromages à pâte molle sont peu sélectifs pour C. maltaromaticum. De plus, deux CC majoritaires, principalement représentés par des souches laitières, ont été identifiés. Leur existence suggère qu'une lignée de l'espèce est particulièrement bien adaptée à l'environnement laitier ou qu'un phénomène de domestication est en cours. Un grand nombre de singletons ont été identifiés suggérant que la diversité chez cette espèce est sous-estimée et qu'elle reste à explorer
The bacterium Carnobacterium maltaromaticum is not used in industry due to limited knowledge about this organism and its virulence in fish. One objective of this thesis was to strengthen the body of knowledge by determining the complete genome sequence of the cheese strain and to evaluate the fate of this bacterium after ingestion by the consumer. Another objective was to improve the taxonomic knowledge within the species C. maltaromaticum through the development of a MLST scheme. The complete sequence of the strain C. maltaromaticum LMA 28 revealed a genome size of approximately 3.8 Mbp, which is unusually high in the genus Carnobacterium. The genome analysis of this strain indicates the presence of genes conferring the adaptation to the intestinal environment. The bacterium is able to survive during the gastro-intestinal transit in mice. Moreover, this strain is able to adhere to human intestinal epithelial cell lines and would have neutral or anti-inflammatory properties. These data suggest that C. maltaromaticum LMA 28 is adapted to the digestive tract of mammals. At the taxonomical level, it was shown that MLST is highly discriminatory for the species C. maltaromaticum. In addition, the MLST results suggest that milk and soft cheeses are poorly selective for strains of this species. In addition, two major clonal complexes suggest that a sub-population within this species is well adapted to the dairy environment or that a sub-population is submitted to a domestication process. A high proportion of singletons was obtained suggesting that the diversity was under-estimated and remains to be explored

Les bactéries du genre Desulfovibrio sont des microorganismes anaérobies sulfato-réducteurs à la croisée des mondes de l’aérobiose et de l’anaérobiose car elles possèdent des enzymes réduisant le sulfate et l’O2. Toutefois, la réduction de l'O2 est un mécanisme de protection puisqu’ aucune croissance n’a été observée jusqu’ à présent avec l ’O2 comme seul accepteur terminal d’électrons.Afin d’améliorer les capacités d’aérotolérance de la souche Desulfovibrio vulgaris Hildenborough et de découvrir de nouvelles voies impliquées dans les mécanismes de défense contre le stress oxydant, une évolution expérimentale forcée par l’O2 a été réalisée. Les analyses métaboliques et phénotypiques des souches évoluées ont révélé qu'elles étaient devenues capables d’utiliser l’O2 comme accepteur terminal d’électrons pour leur croissance. La construction de mutants de délétion et la réalisation d’une analyse protéomique ont révélé l'importance des protéines TetR et HdrA, ainsi que d’autres protéines impliquées dans ce nouveau métabolisme respiratoire. L’ensemble des résultats obtenus permet de proposer un modèle basé sur un détournement des flux métaboliques, en particulier le NADH/NAD+, vers la réduction de l’O2 par les oxydases terminales membranaires. L’acquisition d’un phénotype respiratoire de l’O2 fait des souches évoluées ES des candidats intéressants pour la bioremédiation du chrome hexavalent, un élément trace métallique cancérogène et mutagène. Le développement d’une méthode de suivi de réduction du chrome hexavalent en microplaques a confirmé l’efficacité des souches ES à réduire ce polluant
Desulfovibrio species are representatives of microorganisms at the boundary between anaerobic and aerobic lifestyles as they contain the enzymatic systems required for both sulfate and oxygen reductions. Numerous ecological studies have shown that these microorganisms are found in environments where oxygen is transitory present, leading them to develop several strategies to cope with oxygen. Oxygen reduction is one of the strategies used to remove oxygen but this reduction has been shown to be a protective mechanism only. In order to increase the aerotolrenace capability and to discover new mechanisms involved in defense against oxidative stress, an oxygen-driven experimental evolution of Desulfovibrio vulgaris Hildenborough (DvH) has been performed. We have obtained evolved strains (ES) not only able to tolerate an oxygen concentration 32-times higher than that tolerated by the ancestral DvH strain but also able to grow with energy derive from phosphorylative oxidation linked to oxygen reduction. Gene deletions and proteomes analysis confirmed the importance of HdrA and TetR proteins and revealed other ones involved in the new metabolic feature. We propose that this capability is acquired by a rearrangement of metabolite fluxes, principally NADH/NAD+, leading to an optimized O2 respiration through the membrane-bound cytochrome oxygen reductases.The ES strain are peculiarly interesting for bioremediation of heavy metals as chromium. Analysis of chromate reduction activities showed that these strains have kept their capability to efficiently reduce this metal

Les bactéries du genre Desulfovibrio sont des microorganismes anaérobies sulfato-réducteurs à la croisée des mondes de l’aérobiose et de l’anaérobiose car elles possèdent des enzymes réduisant le sulfate et l’O2. Toutefois, la réduction de l'O2 est un mécanisme de protection puisqu’ aucune croissance n’a été observée jusqu’ à présent avec l ’O2 comme seul accepteur terminal d’électrons.Afin d’améliorer les capacités d’aérotolérance de la souche Desulfovibrio vulgaris Hildenborough et de découvrir de nouvelles voies impliquées dans les mécanismes de défense contre le stress oxydant, une évolution expérimentale forcée par l’O2 a été réalisée. Les analyses métaboliques et phénotypiques des souches évoluées ont révélé qu'elles étaient devenues capables d’utiliser l’O2 comme accepteur terminal d’électrons pour leur croissance. La construction de mutants de délétion et la réalisation d’une analyse protéomique ont révélé l'importance des protéines TetR et HdrA, ainsi que d’autres protéines impliquées dans ce nouveau métabolisme respiratoire. L’ensemble des résultats obtenus permet de proposer un modèle basé sur un détournement des flux métaboliques, en particulier le NADH/NAD+, vers la réduction de l’O2 par les oxydases terminales membranaires. L’acquisition d’un phénotype respiratoire de l’O2 fait des souches évoluées ES des candidats intéressants pour la bioremédiation du chrome hexavalent, un élément trace métallique cancérogène et mutagène. Le développement d’une méthode de suivi de réduction du chrome hexavalent en microplaques a confirmé l’efficacité des souches ES à réduire ce polluant
Desulfovibrio species are representatives of microorganisms at the boundary between anaerobic and aerobic lifestyles as they contain the enzymatic systems required for both sulfate and oxygen reductions. Numerous ecological studies have shown that these microorganisms are found in environments where oxygen is transitory present, leading them to develop several strategies to cope with oxygen. Oxygen reduction is one of the strategies used to remove oxygen but this reduction has been shown to be a protective mechanism only. In order to increase the aerotolrenace capability and to discover new mechanisms involved in defense against oxidative stress, an oxygen-driven experimental evolution of Desulfovibrio vulgaris Hildenborough (DvH) has been performed. We have obtained evolved strains (ES) not only able to tolerate an oxygen concentration 32-times higher than that tolerated by the ancestral DvH strain but also able to grow with energy derive from phosphorylative oxidation linked to oxygen reduction. Gene deletions and proteomes analysis confirmed the importance of HdrA and TetR proteins and revealed other ones involved in the new metabolic feature. We propose that this capability is acquired by a rearrangement of metabolite fluxes, principally NADH/NAD+, leading to an optimized O2 respiration through the membrane-bound cytochrome oxygen reductases.The ES strain are peculiarly interesting for bioremediation of heavy metals as chromium. Analysis of chromate reduction activities showed that these strains have kept their capability to efficiently reduce this metal

Les sucres solubles exogènes induisent, chez Arabidopsis thaliana, une forte tolérance à l'atrazine. Cette tolérance est liée à l'activation de mécanismes de défense contre le stress oxydatif généré par l'atrazine, à une dérépression des gènes associés à la photosynthèse et probablement à une induction de voies de détoxification de l'atrazine. L'étude d'un mutant affecté dans la voie de biosynthèse de l'amidon a permis de démontrer que les mécanismes de tolérance à l'atrazine pouvaient également être induits par des modifications de l'allocation du carbone et par conséquent des niveaux de sucres endogènes dans les plantules. Comme les plantes tolérantes accumulaient l'herbicide dans leurs tissus, des expérimentations à l'échelle du microcosme de sol ont montré que l'induction de tolérance à l'atrazine par application de sucre exogène pourrait permettre des applications innovantes en biotechnologie de l'environnement.

Le travail présenté dans cette thèse porte sur l'adaptation bactérienne aux molécules chlorées, tant au niveau des ressources génétiques nécessaires à la mise en place des gênes de dégradation qu'au niveau de la structure de la communauté microbienne observée durant la dégradation de ces composés. La première partie de ce document est une bibliographie qui se focalise sur les mécanismes développés par les bactéries pour répondre aux stress environnementaux, et sur les possibles origines des gènes responsables des premières étapes de dégradation des composés chlorés : les dehalogenases (qui réalisent les étapes de déchloration). Le deuxième chapitre de cette thèse porte sur des essais expérimentaux de remodelage génétique, dans le but de valider les hypothèses présentées lors de la bibliographie quant aux mécanismes qui ont pu conduire à la génération de nouveaux gênes de dégradation. Ces remodelages in vitro et in vivo ont été effectués en utilisant les gènes linB et dhaA. Le chapitre suivant examine la structure de la communauté bactérienne lors de la dégradation réductive du tetrachloroéthylène (PCE). Pour cette étude, des outils de biologie moléculaire, plus spécifiquement des puces phylogénétiques, ont été utilisés pour étudier la structure de la communauté microbienne depuis l'introduction du polluant jusqu'à sa dégradation. Afin d'élucider les fonctions métaboliques qui peuvent être corrélées avec la dégradation du PCE, les résultats des puces phylogénétiques ont été comparés avec un suivi chimique des métabolites de dégradation de ce composé, lors d'une étude en microcosmes. L'objectif du dernier chapitre de la thèse a été de relier la structure de la communauté microbienne avec la cinétique de dégradation des composés chimiques étudiés. Pour cela, une étude globale comportant à la fois un suivi chimique des métabolites de dégradation, une quantification des gènes de dégradation impliqués dans la déchloration réductive du PCE ainsi que l'étude de la structure de la communauté microbienne ont été mis en place. Cette étude a permis de corréler les conditions environnementales nécessaires à la déchloration et la communauté microbienne associée avec l'expression des déhalogénases quantifiées. En résumé, cette thèse explore à la fois les mécanismes mis en place par les bactéries pour dégrader ces composés polluants et la structure de la communauté bactérienne durant la dégradation de ce polluant. Comprendre ces deux étapes dans l'adaptation bactérienne peut contribuer à améliorer l'utilisation des capacités bactériennes utilisées en bioremédiation
This thesis concerns the bacterial adaptation to the chlorinated compounds at both the gene level and the microbial community level. The bibliography will focus on the adaptation mechanisms developed by bacteria to respond to environmental stresses and on the possible origins of the genes responsible for the first steps of chlorinated compound degradation, those encoding for the dehalogenases, which perform the dechlorination or chlorine removal step. The second chapter of the thesis consists of an experimental exploration of the gene shuffling hypothesis presented in the bibliography, using linB and dhaA genes. The next chapter examines the bacterial community structure in relation to compound degradation using the reductive dechlorination of tetrachloroethylene. For this study, molecular biology tools, specifically phylochip microarrays were used to examine bacterial community structure from the moment of pollutant introduction to the environment and during bioremediation. In order to elucidate the metabolic functions, which correlate the PCE degradation, phylogenetic results were compared with functional genes in the microcosms studied. The last chapter of this global study on chlorinated compound degradation genes was to link the microbial community structure kinetics with the chemical degradation kinetics. In order to evaluate the molecular biological parameters of the microbial community, all the genes known to be involved in the entire pathway of PCE reductive dechlorination were quantified. This global study, incorporating chemical monitoring, dehalogenase quantification and microbial community structure, produced correlations between the environmental conditions necessary for dechlorination and the microbial community associated with dehalogenase expression. In summary, both the mechanisms implemented by the bacteria to degrade this compound pollutant and the bacterial community structure during the pollutant degradation were addressed. Improving the understanding of these two steps in bacterial adaptation can contribute to the understanding of bacterial and environmental cleanup capabilities

La tolérance au déficit hydrique interne est reconnue comme le mécanisme majeur de la résistance à la sécheresse, en permettant le maintien des capacités photosynthétiques de la plante. L'objectif du présent travail est d'étudier la réponse génotypique du tournesol au déficit hydrique, par l'analyse des processus photosynthétiques dans une perspective d'amélioration de la résistance à la sécheresse. La bonne tolérance au déficit hydrique interne de certains génotypes permet une fermeture progressive et tardive des stomates assurant le maintien d'une activité photosynthétique pour des potentiels hydriques foliaires bas. Cette aptitude est le résultat d'une forte capacité d'ajustement osmotique préservant la turgescence cellulaire au cours du déficit hydrique foliaire. L'acclimatation à la sécheresse après une première période de déficit hydrique entraîne une amélioration sensible du comportement des hybrides F1, comparativement à leurs lignées parentales, avec un maintien des activités photosynthétiques et une meilleure valorisation de l'eau. Le photosystème II s'est révélé peu sensible au déficit hydrique foliaire sous de faibles éclairements. Par contre, la combinaison du déficit hydrique avec des éclairements élevés entraîne des effets de photoinhibition importants.

On associe souvent d'emblée les approches collaboratives à la gestion intégrée de l'environnement et parmi celles-ci on évoque la concertation à titre de moyen privilégié pour rallier les divers groupes d'acteurs autour d'une définition collective des objectifs, des actions à entreprendre ou du partage de responsabilités. La concertation suggère donc que son usage peut avoir un effet structurant en permettant à ceux-ci de revisiter certains de leurs rôles ou manières de faire ainsi que les relations qu'ils entretiennent entre eux de manière à établir une nouvelle cohésion favorable à la préservation ou l'amélioration d'écosystèmes naturels. En témoignent plusieurs politiques gouvernementales en matière de développement régional, d'occupation des territoires, de développement durable, de gestion de l'environnement, parmi d'autres, tant en France qu'au Québec, qui lient fréquemment l'exercice de la concertation à une volonté de promouvoir la démocratie de proximité et de prise en main par les acteurs locaux du développement territorial intégré. Cependant, malgré une volonté clairement exprimée en faveur de la concertation, plusieurs facteurs entravent couramment la réalisation des bénéfices annoncés, tels que les luttes de pouvoir ou d'influence, les reliquats d'anciens conflits, la marchandisation du processus, les difficultés de communication, l'illégitimité du porteur de projet, l'absence de certains acteurs clés, l'inadéquation avec les actions du gestionnaire public, ou encore, un processus désordonné, sans méthode et ne disposant pas des moyens nécessaires. Pour ces raisons et considérant que la concertation constitue une approche souhaité [i.e. souhaitée] tant par nos instances gouvernementales que la société civile, il convient de nous doter d'outils appropriés pour mieux comprendre les processus de concertation à l'échelle locale ou régionale, ce qui nous permettrait d'identifier les forces, les lacunes et les écarts de toute initiative de concertation dans le but d'améliorer l'efficience de ces efforts collectifs au profit de tous et des générations futures. Cette étude se concentre sur une démarche d'évaluation de la concertation et ses outils élaborés autour des années 2000 par une équipe de chercheurs français. Cette méthode porte le nom de RELIEF, acronyme signifiant REseau support de la concertation, LIens entre catégories d'acteurs, Espaces d'action collective et EFfets sur l'objet de la concertation. Sa conception trouve ses origines dans un projet de recherche qui avait pour objectif de répertorier, puis d’analyser sur une base comparative diverses initiatives de gestion concertée en milieu rural, et dans les espaces littoraux. Durant trois années, une équipe de l’École nationale supérieure agronomique de Rennes (ENSAR) dirigée par Jean-Eudes Beuret, en collaboration avec d’autres chercheurs, ainsi que les acteurs du milieu, observa les dynamiques relationnelles au sein des concertations locales étudiées et tenta d’élucider les facteurs qui en influencent le cours et en favorisent le développement. Pour mieux comprendre le contexte général entourant leur recherche, un survol historique est fait de la question de la concertation environnementale, et plus précisément en matière de gestion intégrée de l'eau depuis les années 1970 en France. L'analyse présentée ici débute par une mise en contexte général des approches collaboratives en gestion intégrée de l'environnement et de l'évaluation des [i.e. de] leurs effets, car la question des facteurs déterminants dans la réussite des initiatives de concertation pose plus de questions qu'elle ne donne de réponses. Pourtant, nombreux sont ceux et celles qui considèrent que la concertation est nécessaire pour promouvoir l'établissement de nouvelles normes respectueuses des principes du développement durable, de manière démocratique et suscitant l'adhésion des individus et des collectivités. Bien sûr, de nombreuses recherches font état d'effets directs et indirects de la concertation, et le besoin de recherches complémentaires est souligné. Cependant, à l'exception de RELIEF, aucune autre méthode d'évaluation du processus de concertation élaborée sur la base d'expériences menées sur le terrain n'a été recensée. La concertation souffr en effet de ses nombreuses mésinterprétations et mise en pratiques désordonnées, c'est pourquoi il est primordial de se doter des connaissances appropriées et d'outils adaptés pour guider l'évolution des processus et dresser le portrait des parcours afin d'appuyer les divers groupes d'acteurs et augmenter leur capacitation en termes de dialogue délibératif. Dans cet ouvrage, on s'attarde également à préciser le concept de concertation ainsi que ses divers modes d'expression et d'évolution, car cette compréhension est essentielle à l'obtention d'une vision claire de l'outil et de son utilité. Enfin, une description approfondie des différentes phases d'application de la méthode est donnée: préparation de la recherche, collecte des données par des entretiens, composition du questionnaire, interprétation des résultats, discussions et présentation des résultats. Différents apports théoriques sont intégrés dans cette approche, comme la sociologie de l’innovation et la théorie de l’acteur réseau. L'étude se termine par une analyse de la pertinence d'utiliser l'approche RELIEF dans le cadre du mandat de concertation confié aux organismes de bassin versant (OBV) du Québec. Dans cette perspective, un regard est porté sur les adaptations nécessaires qui doivent être apportés [i.e. apportées] à ses outils, ainsi qu'aux contraintes et difficultés pressenties pour son utilisation concrète dans le cadre d'initiatives de gestion intégrée de l'eau à l'échelle des bassins versants, ou plus précisément, du territoire des sous-bassins. Les OBV du Québec sont connus comme étant les acteurs dont le principal rôle est de promouvoir et de faciliter la concertation et la capacitation des acteurs en matière de développement intégré respectueux de la ressource eau. Cette tâche constitue un exercice de cohésion, de transparence, qui supporte les territoires dans leurs efforts de développement durable démocratique concerté, et ouvre la porte à une action collective innovante.

Parce qu'elles concentrent plus de la moitié de la population et l'essentiel de l'activité économique mondiales, les villes sont des acteurs majeurs des problématiques environnementales globales. Les politiques de transport, d'urbanisme et de logement sont ainsi reconnus comme des moyens nécessaires et efficaces d'action pour réduire les émissions ainsi que pour réduire la vulnérabilité aux impacts du changement climatique. Jusqu'à présent, malheureusement, il n'y a pas de consensus sur ce qui doit être fait, et encore moins sur comment le faire. Trois difficultés, au moins, expliquent cela. Tout d'abord, les politiques climatiques interagissent avec les autres objectifs des politiques urbaines, comme la compétitivité économique ou les problèmes sociaux, entrainant des synergies et des conflits. Ensuite, les inerties sont un facteur-clef à prendre en compte : les modifications structurelles des villes s'opèrent très lentement. Si l'on veut que les villes soient adaptées au climat de la fin du XXIème siècle, il est indispensable de commencer à agir dès maintenant. Enfin, les effets des politiques urbaines dépendent de nombreux facteurs exogènes, et inconnus au moment où la décision doit être prise : les changements démographiques, socio-économiques culturels politiques et technologiques vont jouer un rôle majeur. Ces trois difficultés ne sont cependant pas insurmontables, et nous illustrerons comment une modélisation intégrée peut permettre de répondre à une partie de ces problèmes
Because they are home to more than half of the world population, and because most of the world economic activity takes place within them, cities are at the forefront of global environmental issues. Land use planning, urban transport and housing policies are now recognized as major tools for the reduction of both greenhouse gases emissions and vulnerability to climate change impacts. So far, however, how to use these tools efficiently remains unclear. At least three main difficulties explain this, and play a key role in urban climate policies analysis. First, urban climate policies are also not developed or implemented in a vacuum; they interact with other policy goals, such as economic competitiveness or social issues, giving rise to both synergies and conflicts. Second, inertia is a key factor when designing optimal climate policies : structural modifications in cities occur slowly over a long time horizon. Some immediate actions are required if cities are to be adapted to a different climate or to help reduce greenhouse gases emissions within a few decades. Third, the evolution of a city depends on several external factors, on which local policy-makers do not generally have much influence : demographic, socio-economic, cultural, political and technological changes will play a major role. This uncertainty has to be taken into account, and climate policies have to be robust against future possible global evolutions is important. These three difficulties are not, however, impossible to overcome, and we will illustrate how integrated city modelling can help address these issues

Les objectifs de ce travail ont été en premier lieu d’évaluer l’impact de la présence des HAPs et des métaux sur la structure et la biodiversité des communautés bactériennes présentes dans les sédiments de la lagune de Bizerte, ainsi que l’effet de certains paramètres du milieu. On a cherché également à caractériser des souches bactériennes capables de dégrader les HAPs et résistantes aux métaux et aux antibiotiques ainsi qu’à détecter des gènes impliqués dans la dégradation des HAPs. L’étude de la diversité bactérienne des sédiments a été réalisée en combinant les approches culturales de microbiologie et des approches de biologie moléculaire. Les analyses statistiques combinées des paramètres hydrobiologiques, de la teneur en HAPs et des empreintes génétiques des communautés bactériennes par T-RFLP ont montré que la communauté bactérienne des sédiments de la station la plus contaminée par les HAPs se différencie clairement de celles des autres stations. L’inventaire moléculaire des communautés bactériennes des sédiments des stations chargées en HAPs et en métaux traces a mis en évidence une différence significative dans la structure des communautés bactériennes entre la station la plus polluée par les HAPs et celle la plus chargée en métaux traces. Les bactéries isolées sur du fluoranthène ont été caractérisées par des tests morphologiques et biochimiques ainsi que par leurs antibiorésistances et celle de la résistance aux métaux. Parmi celles sélectionnées pour leur multirésistance, 75 % d’entre elles ont été affiliées à la sous-classe des γ-Protéobactéries dont 67 % au genre Pseudomonas. Les dosages des HAPs ont montré que les souches sélectionnées étaient capables de dégrader les différents hydrocarbures testés. L’amplification par PCR a permis de détecter le gène nah codant pour la naphtalène dioxygénase chez ces souches sélectionnées. De plus, les profils plasmidiques ont permis de mettre en évidence des plasmides de grandes tailles portant l’opéron du gène nah.

LA PROBLEMATIQUE DE CETTE RECHERCHE EMANE D'UNE CONTREVERSE ENTRE DEUX THEORIES. L'UNE DITE << OBJECTIVE >>, VOYANT DANS LE CLIMAT LE SEUL DETERMINANT DE LA CONCEPTION DES FORMES URBAINES ET ARCHITECTURALES. L'AUTRE DITE << SUBJECTIVE >>, ATTRIBUANT CETTE CONCEPTION AU SEUL SOUCI DE L'ADAPTATION SOCIOCULTURELLE. EN SIX CHAPITRES CETTE THESE ESSAIE DE FAIRE LA PART DU CLIMAT ET DE LA SOCIETE DANS LA CONCEPTION DE L'ARCHITECTURE TRADITIONNELLE. LE PREMIER CHAPITRE TRAITE DE L'APPROCHE THEORIQUE, QUI DEVRAIT CONDUIRE A LA DEFINITION DU CHAMP GEOGRAPHIQUE DE LA RECHERCHE. IL S'AGIT ICI DES ZONES ARIDES DU MONDE ARABO-MUSULMAN. LE DEUXIEME CHAPITRE ANALYSE LES INFLUENCES CLIMATIQUES DANS LA CONCEPTION ARCHITECTURALE ET URBAINE AYANT TRAIT AU CHAMP DE L'ETUDE SUSMENTIONNE. CES INFLUENCES CLIMATIQUES SONT PRESENTEES EN PARAGRAPHES SUCCESSIFS SELON LES EFFETS A EVITER : RAYONNEMENT SOLAIRE, CHALEUR ET INCONFORT CLIMATIQUE. LE TROISIEME CHAPITRE ABORDE L'INFLUENCE SOCIOCULTURELLE DANS LA CONCEPTION DU CADRE BATI. CETTE INFLUENCE EST VUE SOUS PLUSIEURS ASPECTS : VIE SOCIALE, PRATIQUES CULTURELLES, ECONOMIE, SECURITE, ETC. LE QUATRIEME CHAPITRE EST UNE ETUDE SUR TERRAIN QUI PORTE DE L'APPRECIATION ET LA COMPARAISON DES FORMES URBAINES TRADITIONNELLES ET CONTEMPORAINES. LE TERRAIN D'ETUDE EST UN VILLAGE DU SUD-EST ALGERIEN. LE CINQUIEME CHAPITRE SE VEUT PLUS PERSONNALISE. IL S'INTERESSE AUX HABITATIONS ELLES-MEMES. QUATRE TYPES D'HABITATIONS SONT SELECTIONNES. LES TEMPERATURES MINIMALES ET MAXIMALES JOURNALIERES SONT SAISIES DURANT TOUTE L'ANNEE 1996 ET LE MOIS DE JUILLET 1998. LE SIXIEMECHAPITRE PRESENTE DES EXEMPLES DE L'ARCHITECTURE CONTEMPORAINE PUISANT LEUR INSPIRATION DANS L'ARCHITECTURE TRADITIONNELLE. UNE REPRODUCTION INTELLIGENTE MANIFESTE UN APPORT TECHNOLOGIQUE SOUCIEUX DU MODE DE VIE ACTUELLE ET NON UNE REPRISE AVEUGLE DES TECHNIQUES TRADITIONNELLES.

Le changement climatique est devenu aujourd’hui le fléau environnemental qui préoccupe etmobilise le plus la communauté internationale. L’aboutissement de cette mobilisation générale reste sansdoute la mise en place du régime international de lutte contre le changement climatique dont la Conventioncadredes Nations Unies sur le changement climatique et le Protocole de Kyoto constituent les basesjuridiques. Ce régime innove en ce qu’il fixe des engagements quantifiés de réduction des émissions de gaz àeffet de serre pour les États pollueurs, mais aussi en ce qu’il instaure des mécanismes dits de « flexibilité »dont la mise en oeuvre est assortie d’un contrôle original basé sur un Comité dit de « l’observance ». Mais, endépit de toute cette production normative, il est regrettable de constater aujourd’hui que le régimeinternational du climat est un véritable échec. En effet, si la mobilisation des États ne fait aucun doute, enrevanche, les mêmes États qui ont volontairement accepté de s’engager refusent délibérément d’honorer leursengagements pour des raisons essentiellement politiques, économiques et stratégiques. Ce travail ambitionnedonc de lever le voile sur les causes de cet échec en dressant un bilan mitigé de la première périoded’engagement de Kyoto qui a pris fin en 2012, et propose des perspectives pour un régime juridique duclimat post-Kyoto efficient et efficace, en mesure d’être à la hauteur des enjeux
Climate change has become the scourge environmental concern and mobilizes more theinternational community. The outcome of this mobilization remains probably the implementation ofinternational climate change regime for which the Climate Convention and the Kyoto Protocol are the legalbases. This system is innovative in that it sets quantified emission reduction commitments for greenhouse gasemissions (GHG) for polluters States, but also in that it establishes mechanisms known as of “flexibility”whose implementation is accompanied by a control based on a Committee known as of “compliance”. Butdespite all this normative production, it is regrettable that today the international climate regime is a realfailure. Indeed, if the mobilization of states is no doubt, however, the same states that have voluntarily agreedto engage deliberately refuse to honour their commitments for essentially political, economic and strategicreasons. This work therefore aims to shed light on the causes of this failure by developing a mixed record ofthe first Kyoto commitment ended period in 2012, and offers prospects for a legal regime of the post-Kyotoclimate and efficient, able to be up to the challenges

Ce mémoire est dédié d'une part à l'étude de la virulence de Pseudomonas mosselii, et d'autre part à l'étude du rôle de la protéine TSPO chez Pseudomonas fluorescens Pf0-1. P. Mosselii est une bactérie isolée du milieu hospitalier qui a été caractérisée en 2002 mais dont le pouvoir pathogène reste inconnu à ce jour. Nous avons pu observer que P. Mosselii ATCC BAA-99 et P. Mosselii MFY161 sont cytotoxiques, peu invasives mais capables d'altérer la perméabilité épithéliale des cellules Caco-2/TC7 et d'endommager le cytosquelette d'actine. Leur comportement ressemble à celui de certaines souches cliniques de P. Fluorescens. En raison de leur implication éventuelle en tant que vecteur de transfert de gènes de résistance aux beta-lactamines, ces bactéries mériteraient une surveillance accrue. Le pouvoir cytotoxique de P. Fluorescens Pf0-1 a également été testé et il s'est révélé faible dans nos conditions expérimentales. Par contre, cette bactérie nous a intéressé par le fait qu'elle possède une protéine translocatrice (TSPO), largement conservée au cours de l'évolution (Eukarya, Archae et Bacteria), mais dont le rôle chez cette bactérie était inconnu. La suite de nos travaux a donc consisté en l'étude de l'expression de cette protéine et de sa (ses) fonction (s) potentielle(s). Nous avons pu montrer la présence d'une histidine kinase hybride (Pfl01_2810) en amont du gène tspo avec laquelle tspo est co-transcrit. Cet opéron est exprimé de façon transitoire pendant la croissance bactérienne en milieu LB à 28°C. L'activité transcriptionnelle varie avec la température, elle est nulle à 18°C et très largement augmentée à 32°C, suggérant une régulation par le facteur sigma RpoH, généralement activé en réponse au stress thermique. En cas d'hypersmolarité (NaCl, Sucrose), ou en présence de D-cyclosérine, nous avons pu observer que l'activité transcriptionnelle est très largement augmentée, engendrant un stress pariétal et une régulation par le facteur sigma AlgU via RpoH. L'utilisation de lignads de la TSPO mitochondriale tel que le cholestérol, qui est impliqué dans la fluidité membranaire, engendre également une augmentation de la transcription de tspo, ainsi que d'autres ligands Eucaryotes tels que le PK11195 ou la protoporphyrine IX suggérant une conservation fonctionnelle entre la protéine TSPO bactérienne de P. Fluorescens Pf0-1 et son orthologue Eucaryote
This work aims to study the virulence of Pseudomonas mosselii and the role of TSPO protein in Pseudomonas fluorescens Pf0-1. P. Mosselii was first isolated and characterized in 2002, from clinical samples of hospitalized patient, but its association with the pathology remains unclear. We found that P. Mosselii ATCC BAA-99 and P. Mosselii MFY161 are cytotoxic towards Caco-2/TC7 cells, have low invasive capacity, and are able to alter the epithelial permeability of differentiated cells and damage the F-actin cytoskeleton. Their behavior resembles that of cytotoxic strains of P. Fluorescens. Moreover, their antibiotic resistance and potential role as shuttles for acquired beta-lactamases resistance suggest that P. Mosselii strains may be more studied. The cytotoxicity of P. Fluorescens Pf 0-1 was also tested and we found it very low in our experimental conditions. However, we were interested to notice that this bacteria possesses a translocator protein (TSPO) which is largely conserved during evolution (Eukarya, Archae and Bacteria), but which role was unknown for this bacteria. Then, our next work consisted in studying the expression of this protein and its potential function(s). We found that tspo is cotranscribed with an hybrid histidine kinase gene (Pfl01_2810) which is situated upstream to the tspo gene. This operon is transiently expressed during the growth of the bacteria in LB medium at 28°C. The transcriptional activity is modified with temperature, null at 18°C and highly increased at 32°C, suggesting a regulation by the sigma factor RpoH, generally activated in response to thermal stress. Hyperosmolarity (NaCl, Sucrose), or D-cycloserin enhanceds the transcriptional activity of the operon, and provoked a parietal stress and regulation of the sigma factor AlgU, via RpoH. Mitochondrial TSPO ligands as cholesterol, involved in membrane fluidity, also favors the expression of tspo, as well as other Eukaryotic ligands as PK11195 or protoporphyrin IX, suggesting a functional conservation between bacterial TSPO from P. Fluorescens Pf0-1 and its Eukaryotic ortholog

Dans cette thèse, nous nous intéressons aux transactions dans les environnements mobiles. La problématique visée est l'influence du contexte sur l'exécution des transactions. En effet, les environnements mobiles se caractérisent par une grande variabilité au niveau réseau sans fil et par des unités mobiles à ressources limitées. Ces caractéristiques affectent la gestion de données, en particulier, elles entraînent un nombre important de défaillances transactionnelles et des coûts d'exécution imprévus. Nous proposons un modèle de Transactions Mobiles Adaptables (AMT) permettant de définir des transactions avec plusieurs alternatives d'exécution. Ce modèle offre la possibilité d'adapter les transactions au contexte et de maîtriser le coût de leur exécution selon des critères de qualité acceptables pour l'application. Le modèle AMT a été spécifié avec le formalisme ACTA. Nous proposons une étude analytique qui montre que (1) les transactions de type AMT augmentent la probabilité de validation, et que (2) les coûts deviennent prévisibles grâce à la possibilité de choisir le type d'exécution en fonction du contexte. Pour valider notre approche, nous avons conçu l'intergiciel TransMobi qui gère la perception de l'environnement et qui implante le modèle AMT à l'aide de protocoles appropriés. En particulier, nous proposons le protocole de validation CO2PC qui assure l'atomicité sémantique. Nous avons développé un prototype de TransMobi en PersonalJava qui utilise des bases de données relationnelles, un réseau WLAN et des assistants personnels (PDA).

Dans les regions arides, l'eau est le facteur qui controle les processus biologiques. Dans ces regions, le regime des pluies est tres variable dans l'espace et dans le temps; il en resulte, des gradients d'impredictibilite de l'environnement. Les plantes annuelles representent une forme de vie (life-form) qui a reussi dans ces regions. La basse californie du nord (mexique), presente 2 regions ayant des regimes pluvieux contrastes: une region sur la cote de l'ocean pacifique avec un regime de pluies previsibles (des pluies sures pendant l'hiver et une secheresse estivale); l'autre region sur la cote du golfe de californie presente un regime avec une faible previsibilite pendant toute l'annee. Le theme de nombreux articles a ete l'etude de l'evolution des cycles de developpement des organismes comme reponse a l'influence de l'imprevisibilite de l'environnement. Nous avons selectionne 5 especes annuelles: erodium cicutarium, erodium macrophyllum, salvia columbariae, camisonnia californica et calandrinia maritima. L'interpretation des resultats obtenus indique que les especes etudiees presentent une strategie specifique et similaire dans toutes les populations, sauf c. Californica, qui presente des reponses particulieres dans les differentes populations etudiees. On souligne que dans les regions arides l'aridite et la previsibilite des pluies sont les composantes les plus importantes dans l'evolution de cycles de vie des especes annuelles et doivent etre considerees comme des forces independantes

Dans la zone soudano sahélienne d'Afrique de l'Ouest, la productivité agricole est fortement affectée par la variabilité et les changements climatiques. La production agricole est dominée par la production pluviale de céréales telles que le maïs, le mil et le sorgho, pour la consommation alimentaire. Les agriculteurs ont des rendements faibles et variables, ce qui entraîne une incertitude croissante quant à leur capacité à produire davantage pour nourrir une population en forte croissance. L'objectif général de cette thèse était de concevoir des systèmes de culture plus productifs et stables, adaptés au changement climatique, en explorant les bénéfices de l'association sorgho-niébé, combiné a des choix contrastés de variété de sorgho, de fertilisation minérale et de date de semis. L'approche était basée sur un travail d'enquête, d'expérimentation au champ et de simulation à l'aide d'un modèle de culture, pour un cas d'étude au centre du Mali en Afrique de l'Ouest. Une première étape a porté sur l'identification de la perception du changement climatique par les agriculteurs et les stratégies d'adaptation agricole qu'ils considèrent pertinentes pour faire face à la variabilité et au changement climatique. En second lieu, le modèle de culture STICS a été calibré sur la base de deux années d'expérimentation (2017, 2018) de la culture associée sorgho-niébé à la station agronomique de N'Tarla. Dans ce dispositif expérimental, deux variétés de sorgho (locale et améliorée) avec une sensibilité contrastée à la photopériode ont été étudiées en culture pure et en culture associée avec le niébé. Deux dates de semis et deux niveaux de fertilisation minérale ont également été étudiés
In the Sudano-Sahelian zone of West Africa, agricultural productivity is strongly affected by climate variability and change. Agricultural production is dominated by rainfed cereal production such as maize, millet and sorghum for food consumption. Farmers have small and variable yields, leading to increasing uncertainty about their ability to produce more to feed a rapidly growing population. The aim of this thesis was to design more productive and stable cropping systems, adapted to climate change, by exploring the benefits of sorghum-cowpea intercropping, combined with contrasting choices of sorghum variety, mineral fertilisation and sowing date. The approach was based on a survey, field experimentation and simulation using a crop model, for a case study in central Mali in West Africa. The first step was to identify farmers' perceptions of climate change and the agricultural adaptation strategies they consider relevant to cope with climate variability and change. Secondly, the STICS crop model was calibrated on the basis of two years of experimentation (2017, 2018) of the sorghum-cowpea intercrop at the N'Tarla agronomic station. In this experimental set-up, two sorghum varieties (local and improved) with contrasting sensitivity to photoperiod were studied in sole crops and in intercropping with cowpea. Two sowing dates and two levels of mineral fertilisation were also studied. The relevance of the model to represent competition and complementarities between sorghum and cowpea fo water and nitrogen use was evaluated. Finally, the performance (average productivity and productivity stability of a range of technical options for integrated soil fertility management

Cette thèse a pour objectif l'amélioration de l'évaluation des dommages du changement climatique en intégrant une fonction de dommages à seuil et les coûts de l'adaptation au changement climatique. Pour cela, des modèles intégrés compacts économie-climat sont résolus en optimisation et en simulation. Avec une fonction stochastique de dommage à seuil, on obtient un effet de précaution pour la politique climatique. Les trajectoires en coût-bénéfice se rapprochent de celles en coût-efficacité. Concernant l'adaptation, en optimisation, des générations de capital de protection correspondent à une plage de température. En simulation, un filtre de Kalman permet la détection du changement climatique. Les résultats montrent une anticipation importante. Les coûts proviennent surtout de l'investissement permettant de rester adapté malgré le changement climatique. Ils sont peu sensibles à l'incertitude sur la température globale, en revanche, une absence d'anticipation les augmente nettement
The purpose of this thesis is the improvement of climate change damage assessment by the mean of : the use of a threshold damage function and an evaluation of the costs of adapting to a changed climate. Simulation and optimization compact climate economy integrated assessment models are solved to assess the damages. A stochastic threshold damage function leads to a precautionary effect for climate policies. In a cost-benefit framework, the threshold acts as a soft ceiling. Turning to the representation of adaptation, adaptive capital is split in categories corresponding with temperature ranges in optimization models. In simulation, a Kalman filter is used to model climate change detection. The results show strong anticipations. Additional costs arise mainly from over-investment allowing to follow climate change. The costs are not very sensitive to the amount of uncertainly, but they rise sharply in the case of no anticipation

Les scénarios de changements globaux sont précieux pour guider les stratégies de gestion et de gouvernance, inciter à la prise de décision et augmenter la prise de conscience collective des tendances futures de la biodiversité. Le degré de réalisme et d'intégration des modèles écosystémiques utilisés à cet effet est en constante progression, mais ils négligent encore souvent l'évolution des populations marines dans les projections futures. Or, celles-ci s'adaptent aux changements globaux, que ce soit par la plasticité phénotypique ou l'évolution, au travers de modifications de leurs caractéristiques biologiques telles que les traits d'histoire de vie, physiologiques et bioénergétiques. L'enjeu de cette thèse est de développer un modèle écosystémique qui permette d'explorer des scénarios de biodiversité aux échelles intra- et inter-spécifiques en représentant explicitement la plasticité phénotypique des traits d'histoire de vie, leur variabilité génétique, leur sélection et leur évolution sous l'influence combinée de la pêche et du changement climatique, ainsi que la dérive génétique et la perte de diversité génétique qui en résultent. Appliqué à la mer du Nord, ce nouveau modèle est utilisé pour comprendre les processus responsables des changements de traits d'histoire de vie qu'ils soient d'origine plastique ou d'origine évolutive. D'une part, les processus bioénergétiques sous-jacents aux changements plastiques sont étudiés par une approche originale comparant les différences entre les courbes de réponses thermiques fondamentales et réalisées pour différentes espèces et stades du cycle de vie. D'autre part, les changements des traits d'histoire de vie sont explorés à travers le prisme de l'évolution grâce à la prise en compte de pressions de sélection multiples telles que la pêche, les interactions proies-prédateurs et le changement climatique.L'intégration des processus plastiques et évolutifs dans les modèles écosystémiques permet de décrire la variabilité interindividuelle des traits biologiques et de comprendre leurs tendances temporelles observées dans le milieu marin. En cela, elle répond à l'enjeu crucial de crédibilité des projections de la biodiversité intra- et inter-spécifique sous scénarios combinant climat et pêche. L'intégration de ces processus permettra également de quantifier plus précisément les effets synergiques et antagonistes de ces deux pressions et de prendre en compte la capacité d'adaptation des populations aux changements globaux pour estimer de manière plus fiable leur résilience
Global change scenarios are valuable for guiding management and governance strategies, stimulating decision making, and increasing collective awareness of future biodiversity trends. The degree of realism and integration of ecosystem models used for this purpose is constantly improving, but they still often neglect the evolution of marine populations in future projections. However, marine populations adapt to global changes, either through phenotypic plasticity or evolution, through modifications of their biological characteristics such as life history traits, physiological and bioenergetic traits. The challenge of this thesis is to develop an ecosystem model that allows the exploration of biodiversity scenarios at intra- and inter-specific scales by explicitly representing the phenotypic plasticity of life history traits, their genetic variability, selection and evolution under the combined influence of fisheries and climate change, and the resulting genetic drift and loss of genetic diversity. Applied to the North Sea, this new model is used to understand the processes responsible for changes in life history traits, whether they are of plastic or evolutionary origin. On the one hand, the bioenergetic processes underlying plastic changes are studied by an original approach comparing the differences between the fundamental and realized thermal response curves for different species and life history stages. On the other hand, changes in life history traits are explored through an evolutionary lens by taking into account multiple selection pressures such as fishing, prey-predator interactions and climate change.The integration of plastic and evolutionary processes in ecosystem models allows to describe the inter-individual variability of biological traits and to understand their temporal trends observed in the marine environment. In this way, it responds to the crucial issue of credibility of intra- and inter-specific biodiversity projections under scenarios combining climate and fisheries. The integration of these processes will also allow to quantify more precisely the synergistic and antagonistic effects of these two pressures and to take into account the capacity of populations to adapt to global changes in order to estimate more reliably their resilience

Tese apresentada à Universidade Fernando Pessoa como parte dos requisitos para obtenção do grau de Doutor em Ciências Sociais, especialidade em Psicologia
A presente investigação versa sobretudo para uma das situações mais evidentes de vitimação indireta, a da exposição das crianças à violência interparental. Na revisão do estado da arte, percebemos que o impacto desta violência no percurso desenvolvimental da criança justifica uma urgente e necessária investigação acerca desta problemática. Neste sentido, pretendemos dar um contributo para a compreensão do impacto transversal da violência interparental no quotidiano destas crianças, cruzando duas áreas, a do Serviço Social e da Psicologia da Justiça. Mais especificamente interessou-nos estudar o impacto da violência interparental no percurso desenvolvimental da criança, assim como a sua adaptação ao meio social, abordando as principais dificuldades destas crianças (cf. capítulo I e III). Vários mecanismos e fatores mediadores têm sido identificados e surgem como pertinentes na compreensão do impacto (cf. capítulo II), tendo sido realizados vários estudos empíricos e emergido várias perspetivas teóricas que associam os conflitos conjugais com o ajustamento da criança (cf. capítulo IV). Para a realização do estudo empírico utilizamos uma metodologia de investigação qualitativa que nos permitiu aceder aos testemunhos de vítimas de violência interparental, de uma forma indutiva e reflexiva (cf. capítulo V). Recorreu-se à realização de dezasseis entrevistas, nomeadamente a oito crianças expostas à violência interparental com idades compreendidas entre os 6 e 14 anos e a oito progenitores. As entrevistas às crianças pretendem determinar como esta integra e percebe a sua experiencia de vitimação (vertente avaliativa), ao mesmo tempo que as educa sobre aspetos respeitantes aos incidentes (vertente interventiva). Complementarmente a recolha das representações a partir de um guião de entrevista para os progenitores, construído tendo por base o guião de entrevista para as crianças de Sani (2002), usado igualmente nesta investigação. Esta entrevista alude à representação do progenitor e questiona-o sobre a forma como a criança integra e percebe essa experiência de vitimação. O tratamento dos resultados teve por referência a abordagem da Grounded Theory, sendo uma análise enraizada nos dados, cujas categorias emergem a partir da leitura e compreensão das narrativas produzidas pelos participantes. A partir deste estudo (cf. capítulo V) foi possível perceber que o impacto da exposição à violência está presente em todos os casos, independentemente do tipo de violência, não havendo pois distinção possível senão na severidade deste impacto. No entanto percebe-se existir uma boa adaptação da criança aos diferentes contextos. Para avaliarmos as competências sociais e problemas comportamentais da criança recorremos ao questionário de comportamentos da criança (Child Behavior Checklist CBCL) desenvolvido por Achenbach (1991), traduzida por Gonçalves, Dias e Machado (2007). Os resultados deste estudo indicam que ao nível dos problemas de internalização a maioria das crianças apresenta valores próximos aos encontrados por Achenbach (1991) para a população clínica. Ao nível dos problemas de externalização a maioria apresenta resultados dentro dos limites normativos. Quando analisamos o ajustamento global das crianças, constatamos que os valores dividem-se entre o nível clínico e o limite normativo. Ao nível das competências, a maioria das crianças apresenta boas competências. A vitimação de crianças no seu contexto familiar em resultado da violência a que assistem e sofrem entre os seus progenitores é uma experiência complexa, de enorme variabilidade em termos do impacto que causa no seu ajustamento global. A abordagem centrada na criança coadjuvada pela informação quantitativa e/ou qualitativa proveniente de terceiros incute uma grande confiança para a compreensão em profundidade deste fenómeno de visibilidade reduzida.
This research studies especially one of its most obvious indirect victimization, the children's exposure to interparental violence. In reviewing the state of the art, we realize that the impact of this violence on the child's developmental pathway warrants an urgent and necessary research on this problem. In this sense, we intend to make a contribution to understanding the impact of cross interparental violence in everyday life of these children, crossing two areas, the Social Service and the Justice of Psychology. More specifically we are interested in studying the impact of interparental violence on the child's developmental path, as well as its adaptation to the social environment, addressing the main difficulties of these children (cf. Chapter I and III). Several mechanisms and mediating factors have been identified and appear as relevant in understanding the impact (cf. Chapter II), having performed several empirical studies and theoretical perspectives that emerged several associate marital conflict with child adjustment (cf. Chapter IV). To conduct the empirical study we used a qualitative research methodology that allowed us access to the testimonies of victims of interparental violence, in an inductive and reflexive way (cf. Chapter V). We appealed to the attainment of sixteen interviews, including eight children exposed to interparental violence aged 6 to 14 years and eight parents. The interviews to the children want to determine how this integrates and realize their experience of victimization (evaluative dimension), while that educates on aspects relating to events (interventional dimension). Complementing the collection of representations from an interview guide for parents, built based on the interview guide for the children of Sani (2002), also used in this investigation. This interview refers to the representation of the parent and questions him about how the child perceives and integrates the experience of victimization. The treatment of the results had by reference to the Grounded Theory approach, an analysis is embedded in the data, whose categories emerge from a reading and understanding of the narratives produced by the participants. From this study (cf. Chapter V) was observed that the impact of exposure to violence is present in all cases, regardless of the type of violence, with no other possible distinction but the severity of this impact. However it is clear that there is a good adaptation of the child. To assess social skills and behavioural problems of children we appealed to the questionnaire of child behaviour (Child Behavior Checklist CBCL) developed by Achenbach (1991), translated by Gonçalves Dias and Machado (2007). The results of this study indicate that the level of internalizing problems most children have values close to those found by Achenbach (1991) for the clinical population. At the level of externalizing problems most have results within the regulatory limits. When analyzing the overall adjustment of children, we find that the values fall between the clinical level and the regulatory limit. In terms of skills, most children have good skills. The victimization of children in their family context as a result of the violence they watch and suffer from their parents is a complex experience of huge variability in terms of the impact it causes on their overall adjustment. The child-centred approach assisted by quantitative and/or qualitative information from mediaters instils a great confidence for in-depth understanding of this phenomenon of reduced visibility.
Cette recherche a pour sujet, l'une des situations les plus évidentes et particulières de la victimisation indirecte, l'exposition des enfants à la violence interparentale. Après avoir passé en revue l'état de la recherche à ce sujet, nous nous sommes rendu compte que l'impact de cette violence sur le développement de l'enfant justifie de façon urgente et nécessaire la recherche sur ce fait. En ce sens, notre intention est d'apporter une contribution à la compréhension de l'impact de la violence dans la vie quotidienne de ces enfants, faisant l’intersection entre deux champs d’étude, le service social et la psychologie appliquée à la justice. Nous nous intéressons plus précisément à l'étude de l'impact de la violence pendant le processus de développement de l'enfant, ainsi que son adaptation à l'environnement social, tout en approchant les principales difficultés de ces enfants (cf. chapitre I et III). Plusieurs mécanismes et facteurs médiateurs ont été identifiés et se montrent pertinents pour comprendre l'impact (voir chapitre II). De nombreuses études empiriques, ainsi que de nombreuses perspectives théoriques ont mis en évidence l’association entre conflits conjugaux et adaptation de l'enfant (voir le chapitre IV). Pour mener cette étude empirique, l’utilisation d’une méthodologie de recherche qualitative nous a permis d'accéder aux témoignages des victimes de la violence interparentale d’une façon inductive et réflexive (cf. Chapitre V). Seize entretiens ont été réalisés, huit cas sont d’enfants âgés entre 6 et 14 ans et exposés à cette violence et les autres huit entretiens furent réalisés auprès des parents. Les entretiens réalisés auprès des enfants avaient pour objectif de déterminer comment ceux-ci comprennent et intègrent leur expérience de victimisation (dimension évaluative), tout en permettant un apprentissage des aspects liés aux événements (dimension interventionnelle). En complément et également utilisé dans cette enquête, nous avons recueilli toute une liste de représentations à partir d’un entretien réalisé auprès des parents, entretien fondé et construit à partir de l'entrevue pour enfants de Sani (2002). Cette entrevue fait appel aux représentations selon le point de vue du progéniteur et l’interroge sur l’expérience de victimisation chez l’enfant et la façon dont celui-ci intègre cette expérience. L’analyse des résultats a pour référentiel théorique la Ground Theory, c’est à dire une analyse ancrée sur les données, et dont les catégories émergent à partir de la lecture et de la compréhension des récits des participants. De cette étude (voir chapitre V), nous avons pu observer que l'exposition à la violence, quel que soit le type de violence, produit effectivement un impact quel que soit le cas, et que la seule distinction qu’il est possible d’observer se réfère à la gravité de cet impact. Toutefois, il est clair qu’il y a une bonne adaptation de l’enfant aux différents contextes. Pour évaluer les compétences sociales et les problèmes de comportement des enfants nous avons fait appel au questionnaire sur le comportement de l'enfant (Child Behavior Checklist CBCL) développé par Achenbach (1991) et traduit par Gonçalves, Dias et Machado (2007). Les résultats de cette étude indiquent qu’au niveau des problèmes d'intériorisation de la plupart des enfants, les valeurs sont proches de celles trouvées par Achenbach (1991) pour la population clinique. Au niveau des problèmes d'extériorisation, la plupart des résultats se maintient dans les limites normatives. Lors de l'analyse de l'ajustement global des enfants, nous constatons que les valeurs se situent entre le niveau clinique et la limite normative. En termes de compétences, la plupart des enfants ont de bonnes compétences. La victimisation des enfants dans leur milieu familial en raison de la souffrance interparentale à laquelle ils sont exposés, est une expérience complexe, avec une grande variabilité sur l'impact que cette exposition peut provoquer sur l’ajustement global de l’enfant. Une approche centrée sur l'enfant, à l´aide des informations quantitatives et / ou qualitatives recueillies auprès de tiers, nous permet, avec toute confiance, une profonde compréhension de ce phénomène peu visible.

Dans le contexte des changements globaux, un des enjeux majeurs en génomique écologique est d'estimer le potentiel adaptatif des populations naturelles. Répondre à cet enjeu nécessite 3 étapes: identification des agents sélectifs et de leurs échelles spatiales de variation, identification des bases génétiques de l'adaptation et étude de la dynamique adaptative sur une courte échelle de temps. Durant ma thèse, je me suis intéressé à étudier le potentiel adaptatif de la plante modèle Arabidopsis thaliana. A partir de 168 populations naturelles d'A. thaliana caractérisées pour 24 traits phénotypiques et 60 facteurs abiotiques (climat, sol) et biotiques (communautés végétales et microbiote), j'ai pu mettre en évidence que les communautés végétales étaient les principaux agents sélectifs associés à la fitness. Après avoir séquencé le génome de ces 168 populations (~ 4.8 millions de SNPs), j'ai effectué des analyses de type 'association génome-environnement' couplé à des scans génomiques de différenciation génétique spatiale. Ces analyses ont confirmé l'importance de considérer les interactions plante-plante dans l'étude de l'adaptation chez A. thaliana. Afin d'étudier le potentiel adaptatif d'A. thaliana sur le court terme dans le contexte d'un réchauffement climatique, j'ai combiné une étude de résurrection in situ avec une étude de Genome Wide Association mapping, à partir de 195 accessions locales caractérisées pour 29 traits phénotypiques et pour environ 1.9 million de SNPs. J'ai identifié une architecture originale de l'adaptation vers un nouvel optimum phénotypique combinant (i) de rares QTLs avec des degrés de pléiotropie intermédiaires fortement sélectionnés et (ii) de très nombreux QTLs spécifiques d'un micro-habitat et faiblement sélectionnés. A travers les différents projets abordés pendant ma thèse, j'ai pu suggérer qu'une architecture génétique flexible pouvait permettre à A. thaliana de s'adapter rapidement aux changements globaux, tout en maintenant de la diversité génétique au sein des populations naturelles d'A. thaliana
In the context of global changes, one of the challenges in ecological genomics is to estimate the adaptive potential of natural populations. Three steps are requested to address this challenge: identification of the selective agents and their associated spatial grains, identification of the genetic bases of adaptation and monitoring the adaptive dynamics of natural population over a short time period. Here, I aimed at studying the adaptive potential of the model plant Arabidopsis thaliana. Based on 168 natural populations of A. thaliana characterized for 24 phenotypic traits and 60 abiotic (climate, soil) and biotic (plant communities and microbiota) factors, plant communities were found to be the main selective agents. Based on 4.8 million SNPs, I combined Genome Environment Association analysis with genome scans for signatures of selection. I confirmed the importance to consider plant-plant interactions when studying adaptation in A. thaliana. To monitor the adaptive dynamics of a natural population in the context of global warming, I combined an in situ resurrection study with an approach of GWA mapping based on 195 local accessions characterized for 29 phenotypic traits and 1.9 million SNPs. Adaptive evolutionary changes were largely driven by rare QTLs with intermediate degrees of pleiotropy under strong selection. In addition to these rare pleiotropic QTLs, weak selection was detected for frequent small micro-habitat-specific QTLs that shape single traits. Overall, I suggest that a rapid adaptive phenotypic evolution can be rapidly achieved in A. thaliana, while still maintaining genetic variation in natural populations

Ce mémoire d'HDR présente une recherche sur le changement climatique et les services écosystémiques, en particulier ceux des forêts tropicales. Les écosystèmes jouent un rôle important dans l'atténuation du changement climatique (limitation de l'accroissement des gaz à effet de serre dans l'atmosphère) par le biais de la séquestration du carbone. Ils contribuent aussi à l'adaptation de la société (réduction des effets néfastes du changement climatique), mais cette contribution est peu explorée. L'agriculture et les forêts sont fortement liées à l'atténuation et à l'adaptation, en raison de leurs émissions de gaz à effet de serre, leur vulnérabilité et leur place dans les moyens d'existence des populations rurales. Dans ces secteurs, des recherches sont nécessaires pour analyser comment atténuation et adaptation peuvent être mises en oeuvre en synergie, mais les arbitrages entre ces deux approches sont aussi à étudier. Le mémoire introduit le cadre conceptuel utilisé pour étudier les liens entre services écosystémiques et changement climatique (chapitre 2). Il présente l'évolution des questions de recherche sur l'évaluation des services et des instruments associés, comme le Mécanisme de Développement Propre (MDP), les Paiements pour Services Environnementaux (PSE) et les plans d'action nationaux pour l'adaptation (PANA) (chapitre 3). Des recherches conduites ces dernières années sont détaillées dans le chapitre 4, comme des études locales sur l'adaptation ou le développement d'approches pour cartographier les services écosystémiques et leurs relations et évaluer des instruments politiques. Les résultats incluent une analyse de la contribution des écosystèmes à l'adaptation de la société à travers six cas de figure (produits et communautés, arbres et agriculture, bassins versants forestiers, zones côtières, villes, climat régional). Le mémoire présente un projet de recherche sur les transitions de services écosystémiques, leurs moteurs et leurs effets sur la société dans un contexte de changement global (chapitre 5). Finalement le parcours du candidat à l'HDR est détaillé dans le chapitre 6.

Les impacts environnementaux sont un défi global. Le programme sur l’Homme et la Biosphère de l’UNESCO (MAB) peut donner un appui international à un de ces défis que l’humanité doit relever : comment arriver à promouvoir un développement économique, social et politique tout en conservant les ressources naturelles limitées dont nous disposons. Cette thèse propose une vision historique du programme afin de comprendre son évolution et de mettre en avant la relation entre les sphères politique et scientifique qui l´ont dirigé. Les cas d´étude du Mexique, du Chili et de la République d´Haïti, mettront en lumière les défis que ces pays doivent relever et la manière dont le Programme a été adapté au niveau national. Deux groupes d´acteurs, scientifiques et instances politiques, ont façonné le programme tout au long de son histoire et maintenu le dialogue pour adapter les principes du Programme MAB dans les Réserves de Biosphère. Par ailleurs, la toute récente création d´une Réserve de Biosphère transfrontalière entre la République d´Haïti et la République Dominicaine est un exemple de la collaboration et du rôle qu´ont joué d´autres instances de l´UNESCO telles que les Commissions Nationales et les Délégations Permanentes
Environmental challenges have a significant impact. The Man and the Biosphere (MAB) Programme of UNESCO provides international support to one of the challenges facing humanity; that is how to achieve economic, social and political development and to promote the conservation of limited natural resources at the same time.This thesis takes into account a historical vision of the programme at the global level to understand its evolution and to highlight the relationship between the political and scientific spheres of the programme.On the other hand, it presents three study cases in different countries: Mexico, Chile and the Republic of Haiti to demonstrate how the programme has been adapted on the national level and the challenges they face. Two groups of actors have shaped the programme throughout its history, scientists and political bodies. They have maintained dialogues to adopt the principles of the MAB Programme in the Biosphere Reserves. Moreover, the recent creation of a Transboundary Biosphere Reserve between the Republic of Haiti and the Dominican Republic is an example of collaboration, but also it highlights the importance of other bodies of UNESCO such as the National Commissions and Permanent Delegations in policy-making

Le changement climatique est désormais considéré comme l'un des grands défis de ce siècle. Bien que les enjeux de réductions des émissions de gaz à effet de serre demeurent primordiaux, les projections des climatologues montrent que l'adaptation à ses impacts est d'ores et déjà devenue inévitable. Depuis le début des années 2000, cet impératif s'est progressivement déployé à toutes les échelles, des arènes globales de négociations (COP) jusqu'aux populations identifiées comme les plus vulnérables. A travers une approche multidisciplinaire conjuguant sociologie des sciences (STS), sciences politiques et socio-anthropologie, cette thèse analyse la construction politique, institutionnelle, épistémique et pratique de l'adaptation. Elle met en lumière les multiples interactions entre sciences et politique, et les cadrages des différents acteurs qui ont contribué à cette construction. Un accent particulier est porté sur le Bangladesh, devenu « hot spot » de l'adaptation, ainsi que sur les ONG. Ces dernières, acteurs multiscalaires, ont mobilisé leur expertise pour participer à la mise sur agenda de la thématique dans les COP, et mettre en œuvre des programmes de « community-based adaptation »
Climate change is now considered as one of the biggest challenge of our century. If the reduction of emissions remains primordial, climatologists' projections prove that adaptation to its impacts has already become unavoidable. This imperative has expanded at all scales since the early 2000s, from the global arenas of negotiations (COPs) to the populations considered as the most vulnerable. Through a multidisciplinary approach including science studies (STS), political sciences and socio-anthropology, this thesis analyses the political, institutional, epistemic and practical construction of adaptation. It highlights multiple interactions between science and policy, as well as the framing of different actors that contributed to this construction. A particular emphasis is placed ori Bangladesh, which became a "hot spot" of adaptation, and on NGOs. As multiscalar actors, NGOs mobilized their expertise to participate and set adaptation on the agenda of COPs and to implement community-based adaptation programmes

Cette thèse porte sur l’ultimatum qu’impose le phénomène de changement climatique à la société occidentale contemporaine : changer de modèle de société ou risquer l’effondrement (Diamonds,2006). L’épreuve majeure qui s’impose serait celle d’habiter autrement la Terre, autour d’un autre projet : celui de la lutte contre le changement climatique. De nombreuses publications (Aykut,2012 ; Dahan, 2015 ; Latour, 2015 ; Roques, 2013 ; Stengers, 2009) décrivent l’incapacité des institutions étatiques à construire un projet commun pour répondre aux enjeux climatiques. Dans cette affaire, les études « critiques » relèvent la place importante qu’a prise la simulation au détriment de l’action concrète et pérenne. Modélisations climatiques, simulations politiques et économiques, diagnostics sociologiques, fictions littéraires, le changement climatique est largement investi par le récit. Nos immersions de terrain ont montré que d’autres échelles de l’action s’emparaient déjà activement de l’affaire climatique. Villes et entreprises sont, en effet, de plus en plus nombreuses à prendre position dans la problématique énergie-climat. Il s’ensuit que certains énoncés, par leur position de médiateurs, avaient cédé la place à des expérimentations concrètes. Adoptant une démarche pragmatique, inspirée de l’Enquête sur les modes d’existence, proposée par Latour, et enrichie par le modèle des Économies de la Grandeur de Boltanski et Thévenot, cette thèse tente de décrire les divers modes d’existence de la problématique climatique auprès de collectifs territoriaux. Par ailleurs, nous faisons l’hypothèse de l’influence d’arrières plans culturels et d’intérêts passionnés dans la production de stratégies climatiques par des acteurs locaux
This thesis focuses on the ultimatum imposed by the climate change phenomenon in contemporary Western society : changing the model of society or risk collapse (Diamonds, 2006). The major ordealt hat is required was that of otherwise inhabit the Earth around another project : the fight against climate change. Many publications (Aykut, 2012 ; Dahan, 2015 ; Latour, 2015 ; Roques, 2013 ;Stengers, 2009) describe the inability of state institutions to build a common project to respond to climate challenges. In this situation, the "critical" studies note the important place that has taken the simulation at the expense of concrete and sustainable action. Climate modelling, political and economic simulations, sociological diagnoses, literary fiction, climate change is largely invested by the narrative. Our field immersions have shown that other scales of action are already actively seized ofthe climate deal. Cities and businesses are in fact more likely to take a position in the energy and climate challenge. It follows that some statements, by their position mediators had given way to concrete experiments. Taking a pragmatic approach, inspired by the l’Enquête sur les modes d’existence proposed by Latour, and enriched by the model of Économies de la Grandeur of Boltanski and Thevenot, this thesis attempts to describe the various modes of existence of the climate problem from territorial collectives. We also assuming the rear of influence cultural plans and attachments in producing climate strategies by local actors

Le déclin mondial des anguilles tempérées est lié aux effets synergiques de multiples pressions anthropiques. Cependant, la complexité du cycle de vie des anguilles et leurs incroyables capacités d’adaptation font qu’il est très difficile de connaître le poids relatif de chacune des pressions. Les anguilles tempérées sont trois espèces catadromes qui ont de très grandes aires de répartition pendant leurs phases de croissance continentales. Leurs panmixies et les longues dérives larvaires passives sont des freins aux adaptations locales, cependant on observe des patrons spatiaux de traits d’histoire de vie corrélés aux gradients environnementaux, à l’échelle du bassin versant et de son aire de répartition. Ce doctorat vise à (i) démontrer si ces patrons spatiaux d’histoire de vie sont le résultat de deux réponses adaptatives : le polymorphisme génétique et la plasticité phénotypique adaptative, et (ii) à réévaluer l’effet des différentes composantes du changement global en prenant en compte ces réponses adaptatives. Dans ce cadre, GenEve el, un modèle d’optimisation individu-centré a été développé. Ce modèle postule que la sélection de l’habitat dépendant du génotype et la plasticité phénotypique sont deux mécanismes permettant de faire face à l’hétérogénéité environnementale. Avec de telles hypothèses, le modèle permet de reproduire les patrons spatiaux observés concernant la longueur à l’argenture, le sexe-ratio et la distribution des écotypes. Par la suite, différents types des pressions anthropiques - les pêcheries de civelles et d’anguilles argentées, les obstacles à la migration de montaison et les mortalités dues aux turbines hydroélectriques - ont été intégrés dans le modèle.L’objectif a été d’évaluer leurs impacts sur l’échappement, à la fois en nombre, mais aussi sur différents attributs comme le sexe-ratio, la répartition entre génotypes, la longueur à l’argenture moyenne, et la production globale d’oeufs. Les résultats montrent que la pression qui induit la plus forte mortalité directe n’a pas forcément la plus forte influence sur la biomasse féconde et n’exerce pas nécessairement la pression sélective la plus forte sur les écotypes. Le modèle met aussi en évidence que la plasticité phénotypique peut être source de résilience pour la population et qu’elle atténue l’effet de certaines pressions, mais pas de toutes. Cela suggère également que la gestion ne doit pas seulement se concentrer sur les nombres de survivants et les mortalités directes, mais aussi sur la protection de la diversité au sein des populations. Finalement, un modèle démo-génétique est décrit pour résumer notre compréhension des populations d’anguilles. Un tel modèle pourra être utilisé à l’avenir pour explorer les conditions écologiques dans lesquelles le polymorphisme génétique et la plasticité phénotypique ont été sélectionnés à travers des générations et fournir de nouvelles recommandations pour la conservation des espèces d’anguilles en voie d’extinction
The worldwide decline of temperate eels is due to a synergistic combination of several anthropogenic pressures. However, eels display very specific life-cycles and amazing adaptation capacities that impair our ability to assess the relative effects of each pressure. Temperate eels are three catadromous species with large spatially distribution area during their continental growth stage. Their panmixia and the passive larval drifts impair the possibility of local adaptation; however life history spatial patterns are correlated with environmental gradients at both river catchment and distribution area scales. ThisPhD aims (i) to explore whether these life history spatial patterns may result from two adaptive responses: genetic polymorphism and adaptive phenotypic plasticity, and (ii) to revisit the effect of different components of global change in consideration to these adaptive responses. In this context,GenEveel, an individual-based optimization model was developed. The model postulates that genetic dependent habitat selection and phenotypic plasticity are mechanisms to address environmental heterogeneity. With such assumptions, the model was able to mimic observed spatial patterns in length-at-silvering, sex ratio and distribution of ecotypes. Moreover, different types of anthropogenic pressures (glass eel fishery, silver eel fishery, obstacles to upstream migration, and mortality due to hydropower facilities) were integrated in the model. Then, the model was used to assess their impacts on the number of escapees and their attributes: sex ratio, repartition between genotypes, mean lengthat-silvering, and overall egg production. The results showed that the pressure that induces the highest direct mortality has not necessarily the greatest influence on the spawning biomass and does not necessarily exert the strongest selective pressure on the ecotypes. This demonstrates that phenotypic plasticity can be a source of resilience for the population and mitigates the effect of some but not all the pressures. It also suggests that management should not only focus on numbers and direct mortalitybut on the preservation of diversity within populations. Finally, a demo-genetic model is described summarizing our understanding of eel populations. Such model can be used in the future to explore the ecological conditions in which genetic polymorphism and phenotypic plasticity have been selected through generations and provide new insights for the conservation of endangered eel species

Cette thèse s'interroge sur les conditions de réalisation d'une civilisation industrielle décarbonée et durable, en étudiant certains aspects de sa faisabilité physique et de son acceptabilité politique. Le Chapitre I étudie l'évolution du taux de retour énergétique dans différents scénarios prospectifs, et prédit que l'efficacité globale du secteur de l'électricité à fournir un surplus d'énergie serait réduite de moitié dans un scénario 100% renouvelable. Le Chapitre 2 souligne l'importance de la recyclabilité des métaux dans un modèle d'extraction optimale des métaux et des fossiles pour la production d'énergie. L'annexe au Chapitre 2 étend le théorème de Karush-Kuhn-Tucker au cas d'une série convexe sous un nombre fini de contraintes. Les Chapitres 3 et 4 se fondent sur une enquête auprès d'un échantillon représentatif de trois milles français, réalisée durant le mouvement des Gilets jaunes. Le Chapitre 3 étudie les croyances relatives à une taxe carbone avec dividende, mesure vantée pour lutter contre le changement climatique du fait de son efficacité et de sa progressivité. Si 70 % rejettent la taxe avec dividende. c'est en raison de perceptions pessimistes quant à ses propriétés : en contradiction avec les micro-simulations effectuées, la plupart pensent que leur ménage perdrait en pouvoir d'achat suite à la réforme, la perçoivent comme régressive et inefficace pour réduire la pollution et lutter contre le changement climatique. Le Chapitre 4 analyse les connaissances, les perceptions et les valeurs liées au changement climatique, examine les opinions relatives à la taxation du carbone et évalue le soutien à d'autres politiques climatiques
This thesis examines the conditions for the realization of a decarbonized and sustainable industrial civilization by studying certain aspects of its physical feasibility and political acceptability. Chapter 1 studies the evolution of the Energy Return On Investment in different prospective scenarios, and predicts that the overall efficiency of the electricity sector to supply a net energy surplus would be halved in a 100% renewable scenario. Chapter 2 highlights the importance of metal recyclability in a model of optimal extraction of metals and fossil fuels for energy production. The annex to Chapter 2 extends the Karush-Kuhn-Tucker theorem to the case of a convex series under a finite number of constraints. Chapters 3 and 4 are based on a survey of a representative sample of three thousand French people, carried out during the Yellow vests movement. Chapter 3 examines beliefs about a carbon "tax & dividend", a measure touted to combat climate change because of its effectiveness and progressivity. If 70% reject the tax & dividend, it is because of pessimistic perceptions about its properties: in contradiction with the micro-simulations, most believe that their household would lose purchasing power with the reform, perceive it as regressive, and inefficient to reduce pollution and fight climate change. Chapter 4 analyses knowledge, perceptions and values related to climate change, examines opinions on carbon taxation and assesses support for other climate policies

Dans le contexte de changement climatique qui voit se multiplier les épisodes de sécheresse et les territoires sujets à de forts stress hydriques, cette thèse s’intéresse à la manière de gérer le déséquilibre entre disponibilité de la ressource en eau et demande croissante à Phoenix et à Tucson, dans l’Ouest aride des États-Unis. S’appuyant sur un terrain qui fait jouer à l’extrême les problématiques socio-écologiques de la pénurie, ce travail de recherche propose de considérer les villes de Phoenix et de Tucson comme des laboratoires de l’adaptation urbaine au changement climatique pour explorer les différentes modalités d’adaptation à la rareté de la ressource en eau. Pour ce faire, la thèse mobilise les outils et concepts de l’urban political ecology afin d’observer les luttes de pouvoir entre les acteurs de la gestion de l’eau dans un contexte où le système de grandes infrastructures hydrauliques sous-tendant la croissance urbaine est de plus en plus remis en question. Ce travail de recherche met en œuvre des protocoles d’enquête quantitatifs et qualitatifs : analyse des discours à partir de corpus de textes extraits de la presse et de Twitter pour déconstruire le discours dominant sur l’eau ; entretiens semi-directifs avec les acteurs de l’eau (institutions et militants écologistes) et observation participante pour questionner les tensions entre discours et changements entrepris dans les pratiques urbaines à l’échelle locale pour économiser l’eau. La thèse montre d’une part que les stratégies d’adaptation sont mises en œuvre par les acteurs dominants dans le cadre de fixes socio-écologiques afin de maintenir la trajectoire de croissance de villes particulièrement attractives. D’autre part, elle souligne le rôle de l’action citoyenne pour proposer des alternatives et des bifurcations du métabolisme urbain fortement consommateur d’eau. Enfin, ce travail montre le rôle que jouent les alternatives environnementales pour réguler les stratégies de contrôle de la ressource et dépasser les paradigmes gestionnaires de la nature
In the context of climate change, as droughts intensify and as more areas are subject to high water stress, this dissertation focuses on how to manage the imbalance between water resource availability and growing demand in two metropolises of the arid West of the United States. Located in the Sonoran Desert and built on the model of the oasis city, Phoenix and Tucson take the socio-ecological stakes of water scarcity to the extreme. This study proposes to consider these two cities as laboratories for urban adaptation to climate change to explore competing modalities of adaptation to water scarcity. Using an urban political ecology framework, the goal is to observe and analyze the power struggles between stakeholders involved in water resource management in a context where the system of large hydraulic infrastructures underpinning urban growth is increasingly called into question. This mixed-methods survey brings together critical discourse analysis to deconstruct the dominant arguments and position-takings on water conservation, semi-structured interviews with water sector actors (institutions and environmental activists) and participant observation to question the tensions between discourses and changes in urban practices at the local level for adapting the urban metabolism to a world of less water. This thesis shows, on the one hand, that adaptation strategies are implemented by dominant actors within the framework of socio-ecological fixes in order to maintain the growth trajectory of particularly attractive cities. On the other hand, it highlights the role that citizen empowerment plays in the emergence of alternatives and shows that environmental alternatives play an important role in regulating resource control strategies and overcoming traditional resource-based management paradigms

Depuis le début de la période historique, la récurrence des processus de versant observée en Islande a causé plusieurs victimes et d’importants dommages aux infrastructures. Ces processus ont une forte capacité d’érosion et de transport et laissent leur marque dans le paysage notamment sous la forme d’accumulations sédimentaires au pied des versants dont l’étude permet de retracer la dynamique du versant et les extrêmes météorologiques passés. Ces travaux de maîtrise s’inscrivent dans un projet de recherche international visant à documenter la relation humain-environnement en Islande. L’objectif principal de cette étude est de documenter la dynamique de versants du nord-est de l’Islande; plus précisément, du mont Flautafell (522 m) qui constitue la limite nord-ouest de la vallée Svalbarðstunga (66°09’N, 15°45’O). Cette étude est basée sur une approche géomorphologique et chrono-stratigraphique complémentée par des recherches historiques dans les archives locales. Nos résultats démontrent que les avalanches de neige et les coulées de débris sont des processus de transport sédimentaires importants et répandus à l’ensemble du versant. L’étude des formes sur le versant montre une diminution de la distance de transport sédimentaire par les avalanches chargées les plus récentes. La chronologie établie grâce à la datation au radiocarbone (¹⁴C) et à la téphrochronologie démontre que le versant est caractérisé par une alternance de périodes de stabilité et d’activité depuis environ 3000 BP. La période du Petit Âge glaciaire a été active d’un point de vue géomorphologique et ce, sur l’ensemble du versant. Les registres fonciers rapportent également certains épisodes d’avalanche au cours de la même période. Nos résultats suggèrent que ces évènements auraient eu un impact important sur l’occupation de la ferme Flautafell, localisée au pied du versant. Ainsi, l’activité avalancheuse entre AD 1477 et AD 1703 aurait endommagé des champs et provoqué le déménagement d’une ferme située dans la zone d’étude.

Cette thèse porte sur l’ultimatum qu’impose le phénomène de changement climatique à la société occidentale contemporaine : changer de modèle de société ou risquer l’effondrement (Diamonds,2006). L’épreuve majeure qui s’impose serait celle d’habiter autrement la Terre, autour d’un autre projet : celui de la lutte contre le changement climatique. De nombreuses publications (Aykut,2012 ; Dahan, 2015 ; Latour, 2015 ; Roques, 2013 ; Stengers, 2009) décrivent l’incapacité des institutions étatiques à construire un projet commun pour répondre aux enjeux climatiques. Dans cette affaire, les études « critiques » relèvent la place importante qu’a prise la simulation au détriment de l’action concrète et pérenne. Modélisations climatiques, simulations politiques et économiques, diagnostics sociologiques, fictions littéraires, le changement climatique est largement investi par le récit. Nos immersions de terrain ont montré que d’autres échelles de l’action s’emparaient déjà activement de l’affaire climatique. Villes et entreprises sont, en effet, de plus en plus nombreuses à prendre position dans la problématique énergie-climat. Il s’ensuit que certains énoncés, par leur position de médiateurs, avaient cédé la place à des expérimentations concrètes. Adoptant une démarche pragmatique, inspirée de l’Enquête sur les modes d’existence, proposée par Latour, et enrichie par le modèle des Économies de la Grandeur de Boltanski et Thévenot, cette thèse tente de décrire les divers modes d’existence de la problématique climatique auprès de collectifs territoriaux. Par ailleurs, nous faisons l’hypothèse de l’influence d’arrières plans culturels et d’intérêts passionnés dans la production de stratégies climatiques par des acteurs locaux
This thesis focuses on the ultimatum imposed by the climate change phenomenon in contemporary Western society : changing the model of society or risk collapse (Diamonds, 2006). The major ordealt hat is required was that of otherwise inhabit the Earth around another project : the fight against climate change. Many publications (Aykut, 2012 ; Dahan, 2015 ; Latour, 2015 ; Roques, 2013 ;Stengers, 2009) describe the inability of state institutions to build a common project to respond to climate challenges. In this situation, the "critical" studies note the important place that has taken the simulation at the expense of concrete and sustainable action. Climate modelling, political and economic simulations, sociological diagnoses, literary fiction, climate change is largely invested by the narrative. Our field immersions have shown that other scales of action are already actively seized ofthe climate deal. Cities and businesses are in fact more likely to take a position in the energy and climate challenge. It follows that some statements, by their position mediators had given way to concrete experiments. Taking a pragmatic approach, inspired by the l’Enquête sur les modes d’existence proposed by Latour, and enriched by the model of Économies de la Grandeur of Boltanski and Thevenot, this thesis attempts to describe the various modes of existence of the climate problem from territorial collectives. We also assuming the rear of influence cultural plans and attachments in producing climate strategies by local actors