Artículos de revistas sobre el tema "Accurate Alignment of Short Reads"
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Asghari, Hossein, Yen-Yi Lin, Yang Xu, Ehsan Haghshenas, Colin C. Collins y Faraz Hach. "CircMiner: accurate and rapid detection of circular RNA through splice-aware pseudo-alignment scheme". Bioinformatics 36, n.º 12 (7 de abril de 2020): 3703–11. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa232.
Texto completoKumar, Sanjeev, Suneeta Agarwal y Ranvijay. "Fast and memory efficient approach for mapping NGS reads to a reference genome". Journal of Bioinformatics and Computational Biology 17, n.º 02 (abril de 2019): 1950008. http://dx.doi.org/10.1142/s0219720019500082.
Texto completoFlouri, Tomas, Costas S. Iliopoulos, Solon P. Pissis y German Tischler. "Mapping Short Reads to a Genomic Sequence with Circular Structure". International Journal of Systems Biology and Biomedical Technologies 1, n.º 1 (enero de 2012): 26–34. http://dx.doi.org/10.4018/ijsbbt.2012010103.
Texto completoTeixeira, Andreia Sofia, Francisco Fernandes y Alexandre P. Francisco. "SpliceTAPyR — An Efficient Method for Transcriptome Alignment". International Journal of Foundations of Computer Science 29, n.º 08 (diciembre de 2018): 1297–310. http://dx.doi.org/10.1142/s0129054118430049.
Texto completoEbler, Jana, Peter Ebert, Wayne E. Clarke, Tobias Rausch, Peter A. Audano, Torsten Houwaart, Yafei Mao et al. "Pangenome-based genome inference allows efficient and accurate genotyping across a wide spectrum of variant classes". Nature Genetics 54, n.º 4 (abril de 2022): 518–25. http://dx.doi.org/10.1038/s41588-022-01043-w.
Texto completoLi, H. y R. Durbin. "Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform". Bioinformatics 25, n.º 14 (18 de mayo de 2009): 1754–60. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324.
Texto completoMAURER-STROH, SEBASTIAN, VITHIAGARAN GUNALAN, WING-CHEONG WONG y FRANK EISENHABER. "A SIMPLE SHORTCUT TO UNSUPERVISED ALIGNMENT-FREE PHYLOGENETIC GENOME GROUPINGS, EVEN FROM UNASSEMBLED SEQUENCING READS". Journal of Bioinformatics and Computational Biology 11, n.º 06 (diciembre de 2013): 1343005. http://dx.doi.org/10.1142/s0219720013430051.
Texto completoGhoneimy, Samy y Samir Abou El-Seoud. "A MapReduce Framework for DNA Sequencing Data Processing". International Journal of Recent Contributions from Engineering, Science & IT (iJES) 4, n.º 4 (30 de diciembre de 2016): 11. http://dx.doi.org/10.3991/ijes.v4i4.6537.
Texto completoProdanov, Timofey y Vikas Bansal. "Sensitive alignment using paralogous sequence variants improves long-read mapping and variant calling in segmental duplications". Nucleic Acids Research 48, n.º 19 (9 de octubre de 2020): e114-e114. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa829.
Texto completoTeng, Carolina, Renan Weege Achjian, Jiang Chau Wang y Fernando Josepetti Fonseca. "Adapting the GACT-X Aligner to Accelerate Minimap2 in an FPGA Cloud Instance". Applied Sciences 13, n.º 7 (30 de marzo de 2023): 4385. http://dx.doi.org/10.3390/app13074385.
Texto completoAl-Absi, Ahmed Abdulhakim y Dae-Ki Kang. "Long Read Alignment with Parallel MapReduce Cloud Platform". BioMed Research International 2015 (2015): 1–13. http://dx.doi.org/10.1155/2015/807407.
Texto completoMarin, Wesley M., Ravi Dandekar, Danillo G. Augusto, Tasneem Yusufali, Bianca Heyn, Jan Hofmann, Vinzenz Lange, Jürgen Sauter, Paul J. Norman y Jill A. Hollenbach. "High-throughput Interpretation of Killer-cell Immunoglobulin-like Receptor Short-read Sequencing Data with PING". PLOS Computational Biology 17, n.º 8 (2 de agosto de 2021): e1008904. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008904.
Texto completoChen, Siyuan, Chengzhi Ren, Jingjing Zhai, Jiantao Yu, Xuyang Zhao, Zelong Li, Ting Zhang, Wenlong Ma, Zhaoxue Han y Chuang Ma. "CAFU: a Galaxy framework for exploring unmapped RNA-Seq data". Briefings in Bioinformatics 21, n.º 2 (28 de febrero de 2019): 676–86. http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbz018.
Texto completoMukherjee, Kingshuk, Bahar Alipanahi, Tamer Kahveci, Leena Salmela y Christina Boucher. "Aligning optical maps to de Bruijn graphs". Bioinformatics 35, n.º 18 (30 de enero de 2019): 3250–56. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz069.
Texto completoMagdy Mohamed Abdelaziz Barakat, Sherif, Roselina Sallehuddin, Siti Sophiayati Yuhaniz, Raja Farhana R. Khairuddin y Yasir Mahmood. "Genome assembly composition of the String “ACGT” array: a review of data structure accuracy and performance challenges". PeerJ Computer Science 9 (13 de julio de 2023): e1180. http://dx.doi.org/10.7717/peerj-cs.1180.
Texto completoLiu, Yongchao, Bernt Popp y Bertil Schmidt. "CUSHAW3: Sensitive and Accurate Base-Space and Color-Space Short-Read Alignment with Hybrid Seeding". PLoS ONE 9, n.º 1 (22 de enero de 2014): e86869. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0086869.
Texto completoWong, Thomas K. F., Teng Li, Louis Ranjard, Steven H. Wu, Jeet Sukumaran y Allen G. Rodrigo. "An assembly-free method of phylogeny reconstruction using short-read sequences from pooled samples without barcodes". PLOS Computational Biology 17, n.º 9 (13 de septiembre de 2021): e1008949. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008949.
Texto completoTello, Daniel, Juanita Gil, Cristian D. Loaiza, John J. Riascos, Nicolás Cardozo y Jorge Duitama. "NGSEP3: accurate variant calling across species and sequencing protocols". Bioinformatics 35, n.º 22 (25 de abril de 2019): 4716–23. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz275.
Texto completoChu, Wai Keung, Peter Edge, Ho Suk Lee, Vikas Bansal, Vineet Bafna, Xiaohua Huang y Kun Zhang. "Ultraaccurate genome sequencing and haplotyping of single human cells". Proceedings of the National Academy of Sciences 114, n.º 47 (24 de octubre de 2017): 12512–17. http://dx.doi.org/10.1073/pnas.1707609114.
Texto completoZhurbenko, Peter M. y Fedor N. Klimenko. "PhaseAll: a simple tool for read-based allele phasing". Ecological genetics 20, n.º 1S (8 de diciembre de 2022): 32. http://dx.doi.org/10.17816/ecogen112363.
Texto completoMarin, Maximillian, Roger Vargas, Michael Harris, Brendan Jeffrey, L. Elaine Epperson, David Durbin, Michael Strong et al. "Benchmarking the empirical accuracy of short-read sequencing across the M. tuberculosis genome". Bioinformatics 38, n.º 7 (10 de enero de 2022): 1781–87. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btac023.
Texto completoTapinos, Avraam, Bede Constantinides, My V. T. Phan, Samaneh Kouchaki, Matthew Cotten y David L. Robertson. "The Utility of Data Transformation for Alignment, De Novo Assembly and Classification of Short Read Virus Sequences". Viruses 11, n.º 5 (26 de abril de 2019): 394. http://dx.doi.org/10.3390/v11050394.
Texto completoLinard, Benjamin, Krister Swenson y Fabio Pardi. "Rapid alignment-free phylogenetic identification of metagenomic sequences". Bioinformatics 35, n.º 18 (29 de enero de 2019): 3303–12. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz068.
Texto completoAbde Aliy, Mohammed, Senbeta Bayeta y Worku Takale. "Pacific bioscience sequence technology: Review". International Journal of Veterinary Science and Research 8, n.º 1 (29 de marzo de 2022): 027–33. http://dx.doi.org/10.17352/ijvsr.000108.
Texto completoElrick, Hillary, Jose Espejo Valle-Inclan, Katherine E. Trevers, Francesc Muyas, Rita Cascão, Angela Afonso, Cláudia C. Faria, Adrienne M. Flanagan y Isidro Cortés-Ciriano. "Abstract LB080: SAVANA: a computational method to characterize structural variation in human cancer genomes using nanopore sequencing". Cancer Research 83, n.º 8_Supplement (14 de abril de 2023): LB080. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.am2023-lb080.
Texto completoAtshemyan, Sofi, Andranik Chavushyan, Nerses Berberian, Arthur Sahakyan, Roksana Zakharyan y Arsen Arakelyan. "Characterization of BRCA1/2 mutations in patients with family history of breast cancer in Armenia". F1000Research 6 (10 de enero de 2017): 29. http://dx.doi.org/10.12688/f1000research.10434.1.
Texto completoOlawoye, Idowu B., Simon D. W. Frost y Christian T. Happi. "The Bacteria Genome Pipeline (BAGEP): an automated, scalable workflow for bacteria genomes with Snakemake". PeerJ 8 (27 de octubre de 2020): e10121. http://dx.doi.org/10.7717/peerj.10121.
Texto completoTrost, Brett, Susan Walker, Syed A. Haider, Wilson W. L. Sung, Sergio Pereira, Charly L. Phillips, Edward J. Higginbotham et al. "Impact of DNA source on genetic variant detection from human whole-genome sequencing data". Journal of Medical Genetics 56, n.º 12 (12 de septiembre de 2019): 809–17. http://dx.doi.org/10.1136/jmedgenet-2019-106281.
Texto completoGnerre, Sante, Brian Yik Tak Tsui, Tingting Jiang, Yvonne Kim, Dustin Ma, Indira Wu, Rebecca Nagy y Han-Yu Chuang. "Abstract 1220: Accurately genotyping HLA and KIR alleles using cfDNA assay and k-mer based algorithm for immunotherapy". Cancer Research 82, n.º 12_Supplement (15 de junio de 2022): 1220. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.am2022-1220.
Texto completoRajasagi, Mohini, Sachet A. Shukla, Edward F. Fritsch, David DeLuca, Gad Getz, Nir Hacohen y Catherine J. Wu. "Tumor Neoantigens Are Abundant Across Cancers". Blood 122, n.º 21 (15 de noviembre de 2013): 3265. http://dx.doi.org/10.1182/blood.v122.21.3265.3265.
Texto completoAu, Kin Fai, Jason G. Underwood, Lawrence Lee y Wing Hung Wong. "Improving PacBio Long Read Accuracy by Short Read Alignment". PLoS ONE 7, n.º 10 (4 de octubre de 2012): e46679. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0046679.
Texto completoWang, Dan, Hai Xiang, Chao Ning, Hao Liu, Jian-Feng Liu y Xingbo Zhao. "Mitochondrial DNA enrichment reduced NUMT contamination in porcine NGS analyses". Briefings in Bioinformatics 21, n.º 4 (14 de junio de 2019): 1368–77. http://dx.doi.org/10.1093/bib/bbz060.
Texto completoWilton, Richard y Alexander S. Szalay. "Performance optimization in DNA short-read alignment". Bioinformatics 38, n.º 8 (9 de febrero de 2022): 2081–87. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btac066.
Texto completoNakabayashi, Ryo y Shinichi Morishita. "HiC-Hiker: a probabilistic model to determine contig orientation in chromosome-length scaffolds with Hi-C". Bioinformatics 36, n.º 13 (5 de mayo de 2020): 3966–74. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa288.
Texto completoSchneeberger, Korbinian, Jörg Hagmann, Stephan Ossowski, Norman Warthmann, Sandra Gesing, Oliver Kohlbacher y Detlef Weigel. "Simultaneous alignment of short reads against multiple genomes". Genome Biology 10, n.º 9 (2009): R98. http://dx.doi.org/10.1186/gb-2009-10-9-r98.
Texto completoJi, Mingeun, Yejin Kan, Dongyeon Kim, Jaehee Jung y Gangman Yi. "cPlot: Contig-Plotting Visualization for the Analysis of Short-Read Nucleotide Sequence Alignments". International Journal of Molecular Sciences 23, n.º 19 (29 de septiembre de 2022): 11484. http://dx.doi.org/10.3390/ijms231911484.
Texto completoGuguchkin, Egor Pavlovich y Evgeny Andreevich Karpulevich. "Modification of the short read alignment algorithm to improve the quality of the human whole genome sequencing data processing pipeline". Proceedings of the Institute for System Programming of the RAS 35, n.º 2 (2023): 235–48. http://dx.doi.org/10.15514/ispras-2023-35(2)-17.
Texto completoWilton, Richard, Xin Li, Andrew P. Feinberg y Alexander S. Szalay. "Arioc: GPU-accelerated alignment of short bisulfite-treated reads". Bioinformatics 34, n.º 15 (15 de marzo de 2018): 2673–75. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty167.
Texto completoZhang, Wenjing, Neng Huang, Jiantao Zheng, Xingyu Liao, Jianxin Wang y Hong-Dong Li. "A Sequence-Based Novel Approach for Quality Evaluation of Third-Generation Sequencing Reads". Genes 10, n.º 1 (14 de enero de 2019): 44. http://dx.doi.org/10.3390/genes10010044.
Texto completoLim, Jing-Quan, Chandana Tennakoon, Peiyong Guan y Wing-Kin Sung. "BatAlign: an incremental method for accurate alignment of sequencing reads". Nucleic Acids Research 43, n.º 16 (13 de julio de 2015): e107-e107. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv533.
Texto completoPACHECO BAUTISTA, D., R. CARREÑO AGUILERA, E. CORTÉS PÉREZ, M. GONZÁLEZ PÉREZ, J. J. MEDEL, M. A. ACEVEDO y WEN YU. "NONLINEAR FM INDEX APPLICATION FOR ALIGNMENT OF SHORT DNA SEQUENCES USING RE-PARAMETRIZATION OF ALGORITHMS". Fractals 26, n.º 03 (junio de 2018): 1850023. http://dx.doi.org/10.1142/s0218348x18500238.
Texto completoChon, Alvin y Xiaoqiu Huang. "SRAMM: Short Read Alignment Mapping Metrics". International Journal on Bioinformatics & Biosciences 11, n.º 02 (30 de junio de 2021): 01–07. http://dx.doi.org/10.5121/ijbb.2021.11201.
Texto completoBao, H., H. Guo, J. Wang, R. Zhou, X. Lu y S. Shi. "MapView: visualization of short reads alignment on a desktop computer". Bioinformatics 25, n.º 12 (15 de abril de 2009): 1554–55. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp255.
Texto completoGrimm, Dominik, Jörg Hagmann, Daniel Koenig, Detlef Weigel y Karsten Borgwardt. "Accurate indel prediction using paired-end short reads". BMC Genomics 14, n.º 1 (2013): 132. http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-14-132.
Texto completoRumble, Stephen M., Phil Lacroute, Adrian V. Dalca, Marc Fiume, Arend Sidow y Michael Brudno. "SHRiMP: Accurate Mapping of Short Color-space Reads". PLoS Computational Biology 5, n.º 5 (22 de mayo de 2009): e1000386. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000386.
Texto completoLee, E. Alice, Boram Lee, Yoonjoo Choi, Junseok Park, Adam Voshall, Eduardo Maury, Yeeok Kang et al. "Abstract 1122: Pan-cancer analysis reveals roles of retrotransposon-fusion RNAs". Cancer Research 83, n.º 7_Supplement (4 de abril de 2023): 1122. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.am2023-1122.
Texto completoFirtina, Can, Jeremie S. Kim, Mohammed Alser, Damla Senol Cali, A. Ercument Cicek, Can Alkan y Onur Mutlu. "Apollo: a sequencing-technology-independent, scalable and accurate assembly polishing algorithm". Bioinformatics 36, n.º 12 (13 de marzo de 2020): 3669–79. http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa179.
Texto completoWilton, Richard y Alexander S. Szalay. "Arioc: High-concurrency short-read alignment on multiple GPUs". PLOS Computational Biology 16, n.º 11 (9 de noviembre de 2020): e1008383. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008383.
Texto completoLee, Robyn S. y Marcel A. Behr. "Does Choice Matter? Reference-Based Alignment for Molecular Epidemiology of Tuberculosis". Journal of Clinical Microbiology 54, n.º 7 (13 de abril de 2016): 1891–95. http://dx.doi.org/10.1128/jcm.00364-16.
Texto completoZhao, Yongan, Xiaofeng Wang y Haixu Tang. "A Secure Alignment Algorithm for Mapping Short Reads to Human Genome". Journal of Computational Biology 25, n.º 6 (junio de 2018): 529–40. http://dx.doi.org/10.1089/cmb.2017.0094.
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