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  1. Journal articles
  2. Dissertations / Theses
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  4. Book chapters
  5. Conference papers

Academic literature on the topic 'Zobellia'

Author: Grafiati
Published: 25 May 2024

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Journal articles on the topic "Zobellia"

1

Nedashkovskaya, Olga I., Makoto Suzuki, Marc Vancanneyt, Ilse Cleenwerck, Anatoly M. Lysenko, Valery V. Mikhailov, and Jean Swings. "Zobellia amurskyensis sp. nov., Zobellia laminariae sp. nov. and Zobellia russellii sp. nov., novel marine bacteria of the family Flavobacteriaceae." International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 54, no. 5 (September 1, 2004): 1643–48. http://dx.doi.org/10.1099/ijs.0.63091-0.

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Abstract:
The taxonomic position of four newly isolated marine, heterotrophic, gliding, Gram-negative, aerobic, pigmented, agarolytic bacteria was established. 16S rRNA gene sequence analysis indicated affiliation of the isolates to the genus Zobellia in the family Flavobacteriaceae. DNA–DNA hybridization experiments revealed that the strains studied represent three distinct and novel species, for which the names Zobellia amurskyensis sp. nov., Zobellia laminariae sp. nov. and Zobellia russellii sp. nov. are proposed, with KMM 3526T (=LMG 22069T=CCUG 47080T), KMM 3676T (=LMG 22070T=CCUG 47083T) and KMM 3677T (=LMG 22071T=CCUG 47084T), respectively, as the type strains.
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Nedashkovskaya, Olga, Nadezhda Otstavnykh, Natalia Zhukova, Konstantin Guzev, Viktoria Chausova, Liudmila Tekutyeva, Valery Mikhailov, and Marina Isaeva. "Zobellia barbeyronii sp. nov., a New Member of the Family Flavobacteriaceae, Isolated from Seaweed, and Emended Description of the Species Z. amurskyensis, Z. laminariae, Z. russellii and Z. uliginosa." Diversity 13, no. 11 (October 22, 2021): 520. http://dx.doi.org/10.3390/d13110520.

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Abstract:
Six Gram-stain-negative, aerobic, rod-shaped, and motile by gliding bacterial strains were isolated from Pacific green and red algae. Phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences placed the novel strains into the genus Zobellia as a distinct evolutionary lineage close to Zobellia nedashkovskayae Asnod2-B07-BT and Zobellia laminariae KMM 3676T sharing the highest similarity of 99.7% and 99.5%, respectively. The average nucleotide identity and the average amino acid identity values between strains 36-CHABK-3-33T and Z. nedashkovskayae Asnod2-B07-BT and Z. laminariae KMM 3676T were 89.7%/92.9% and 94.2%/95.8%, respectively. The digital DNA–DNA hybridization values based on the draft genomes between strains 36-CHABK-3-33T and Z. nedashovskayae Asnod2-B07-BT and Z. laminariae KMM 3676T were 39.5 ± 2.5% and 59.6 ± 2.7%, respectively. Multilocus sequence analysis based on house-keeping genes (dnaK, gyrB, pyrH, recA and topA) assigned the alga-associated isolates to the same species, which clustered separately from the recognized species of the genus Zobellia. The strains under study grew at 4–32 °C and with 0.5–8% NaCl and decomposed aesculin, gelatin, DNA, and Tweens 20 and 80, and weakly agar. The DNA G+C content was 36.7% calculated from genome sequence analysis for the strain 36-CHABK-3-33T. The predominant fatty acids of strain 36-CHABK-3-33T (>5% of the total fatty acids) were iso-C17:0 3-OH, summed feature 3 (comprising C16:1ω7c and/or iso-C15:0 2-OH fatty acids), iso-C15:0, iso-C15:1 G, and C15:0. The major polar lipids were phosphatidylethanolamine, three unidentified lipids, and two unidentified aminolipids. The only detected respiratory quinone was MK-6. The significant molecular distinctiveness between the novel isolates and their nearest neighbor was strongly supported by differences in physiological and biochemical tests. Therefore, the six novel strains represent a novel species of the genus Zobellia, for which the name Zobellia barbeyronii sp. nov. is proposed. The type strain is 36-CHABK-3-33T (= KACC 21790T = KMM 6746T).
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Chernysheva, Nadezhda, Evgeniya Bystritskaya, Galina Likhatskaya, Olga Nedashkovskaya, and Marina Isaeva. "Genome-Wide Analysis of PL7 Alginate Lyases in the Genus Zobellia." Molecules 26, no. 8 (April 20, 2021): 2387. http://dx.doi.org/10.3390/molecules26082387.

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Abstract:
We carried out a detailed investigation of PL7 alginate lyases across the Zobellia genus. The main findings were obtained using the methods of comparative genomics and spatial structure modeling, as well as a phylogenomic approach. Initially, in order to elucidate the alginolytic potential of Zobellia, we calculated the content of polysaccharide lyase (PL) genes in each genome. The genus-specific PLs were PL1, PL6, PL7 (the most abundant), PL14, PL17, and PL40. We revealed that PL7 belongs to subfamilies 3, 5, and 6. They may be involved in local and horizontal gene transfer and gene duplication processes. Most likely, an individual evolution of PL7 genes promotes the genetic variability of the Alginate Utilization System across Zobellia. Apparently, the PL7 alginate lyases may acquire a sub-functionalization due to diversification between in-paralogs.
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Chernysheva, Nadezhda, Evgeniya Bystritskaya, Anna Stenkova, Ilya Golovkin, Olga Nedashkovskaya, and Marina Isaeva. "Comparative Genomics and CAZyme Genome Repertoires of Marine Zobellia amurskyensis KMM 3526T and Zobellia laminariae KMM 3676T." Marine Drugs 17, no. 12 (November 24, 2019): 661. http://dx.doi.org/10.3390/md17120661.

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Abstract:
We obtained two novel draft genomes of type Zobellia strains with estimated genome sizes of 5.14 Mb for Z. amurskyensis KMM 3526Т and 5.16 Mb for Z. laminariae KMM 3676Т. Comparative genomic analysis has been carried out between obtained and known genomes of Zobellia representatives. The pan-genome of Zobellia genus is composed of 4853 orthologous clusters and the core genome was estimated at 2963 clusters. The genus CAZome was represented by 775 GHs classified into 62 families, 297 GTs of 16 families, 100 PLs of 13 families, 112 CEs of 13 families, 186 CBMs of 18 families and 42 AAs of six families. A closer inspection of the carbohydrate-active enzyme (CAZyme) genomic repertoires revealed members of new putative subfamilies of GH16 and GH117, which can be biotechnologically promising for production of oligosaccharides and rare monomers with different bioactivities. We analyzed AA3s, among them putative FAD-dependent glycoside oxidoreductases (FAD-GOs) being of particular interest as promising biocatalysts for glycoside deglycosylation in food and pharmaceutical industries.
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Barbeyron, T., S. L'Haridon, E. Corre, B. Kloareg, and P. Potin. "Zobellia galactanovorans gen. nov., sp. nov., a marine species of Flavobacteriaceae isolated from a red alga, and classification of [Cytophaga] uliginosa (ZoBell and Upham 1944) Reichenbach 1989 as Zobellia uliginosa gen. nov., comb. nov." International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 51, no. 3 (May 1, 2001): 985–97. http://dx.doi.org/10.1099/00207713-51-3-985.

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Lucena, Teresa, Javier Pascual, Assunta Giordano, Agata Gambacorta, Esperanza Garay, David R. Arahal, M. Carmen Macián, and María J. Pujalte. "Euzebyella saccharophila gen. nov., sp. nov., a marine bacterium of the family Flavobacteriaceae." International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology 60, no. 12 (December 1, 2010): 2871–76. http://dx.doi.org/10.1099/ijs.0.020875-0.

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Abstract:
Strain 7SM30T , an aerobic marine, Gram-negative, heterotrophic and yellow- to orange-pigmented bacterium isolated from seawater from Castellón, Spain, was characterized using a polyphasic approach. Analysis of the 16S rRNA gene sequence showed that the isolate represented a novel lineage within the family Flavobacteriaceae. The most closely related genera were Pseudozobellia, Zobellia and Kriegella. Cells of strain 7SM30T were non-motile rods that required sea salts for growth, used a wide variety of carbohydrates as sole carbon and energy sources and, unlike species of the genera Pseudozobellia and Zobellia, did not possess flexirubin-type pigment or hydrolyse agar. Strain 7SM30T contained MK6 as the sole respiratory quinone. Phosphatidylethanolamine (PE) was the only identifiable polar lipid, although other lipids were also detected. The predominant cellular fatty acids were saturated C15 and monounsaturated C15. The DNA G+C content was around 40 mol%. On the basis of extensive phenotypic and phylogenetic comparative analysis, it is concluded that the new strain represents a novel genus and species, for which the name Euzebyella saccharophila gen. nov., sp. nov., is proposed. The type strain of the type species is 7SM30T (=CECT 7477T=KCTC 22655T).
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Groisillier, Agnès, Aurore Labourel, Gurvan Michel, and Thierry Tonon. "The Mannitol Utilization System of the Marine Bacterium Zobellia galactanivorans." Applied and Environmental Microbiology 81, no. 5 (December 29, 2014): 1799–812. http://dx.doi.org/10.1128/aem.02808-14.

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Abstract:
ABSTRACTMannitol is a polyol that occurs in a wide range of living organisms, where it fulfills different physiological roles. In particular, mannitol can account for as much as 20 to 30% of the dry weight of brown algae and is likely to be an important source of carbon for marine heterotrophic bacteria.Zobellia galactanivorans(Flavobacteriia) is a model for the study of pathways involved in the degradation of seaweed carbohydrates. Annotation of its genome revealed the presence of genes potentially involved in mannitol catabolism, and we describe here the biochemical characterization of a recombinant mannitol-2-dehydrogenase (M2DH) and a fructokinase (FK). Among the observations, the M2DH ofZ. galactanivoranswas active as a monomer, did not require metal ions for catalysis, and featured a narrow substrate specificity. The FK characterized was active on fructose and mannose in the presence of a monocation, preferentially K+. Furthermore, the genes coding for these two proteins were adjacent in the genome and were located directly downstream of three loci likely to encode an ATP binding cassette (ABC) transporter complex, suggesting organization into an operon. Gene expression analysis supported this hypothesis and showed the induction of these five genes after culture ofZ. galactanivoransin the presence of mannitol as the sole source of carbon. This operon for mannitol catabolism was identified in only 6 genomes ofFlavobacteriaceaeamong the 76 publicly available at the time of the analysis. It is not conserved in allBacteroidetes; some species contain a predicted mannitol permease instead of a putative ABC transporter complex upstream of M2DH and FK ortholog genes.
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8

David, Benoit, Romain Irague, Diane Jouanneau, Franck Daligault, Mirjam Czjzek, Yves-Henri Sanejouand, and Charles Tellier. "Internal Water Dynamics Control the Transglycosylation/Hydrolysis Balance in the Agarase (AgaD) of Zobellia galactanivorans." ACS Catalysis 7, no. 5 (April 11, 2017): 3357–67. http://dx.doi.org/10.1021/acscatal.7b00348.

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9

Thomas, François, Tristan Barbeyron, and Gurvan Michel. "Evaluation of reference genes for real-time quantitative PCR in the marine flavobacterium Zobellia galactanivorans." Journal of Microbiological Methods 84, no. 1 (January 2011): 61–66. http://dx.doi.org/10.1016/j.mimet.2010.10.016.

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10

Correc, Gaëlle, Jan-Hendrik Hehemann, Mirjam Czjzek, and William Helbert. "Structural analysis of the degradation products of porphyran digested by Zobellia galactanivorans β-porphyranase A." Carbohydrate Polymers 83, no. 1 (January 2011): 277–83. http://dx.doi.org/10.1016/j.carbpol.2010.07.060.

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Dissertations / Theses on the topic "Zobellia"

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Naretto, Anaïs. "Catabolisme des agars chez Zobellia galactanivorans." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2018. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2018SORUS498.pdf.

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Abstract:
Les agars sont des polysaccharides majeurs issus de la paroi des algues rouges. Ces polysaccharides sont composés par des résidus D- et L-galactose alternativement liés par des liaisons glycosidiques -1,4 et -1,3. Ces galactanes présentent de nombreuses modifications: sulfatations, méthylations, pyruvilation, branchement, etc.. Toutes ces modifications rendent complexe la dégradation de ces polysaccharides pour des bactéries marines hétérotrophes. Zobellia galactanivorans est une flavobactérie marine capable de dégrader de nombreux polysaccharides d’algues dont les agars. L’objectif de cette thèse était d’identifier et de caractériser les outils enzymatiques dont dispose cette bactérie pour dégrader les agars complexes. Les deux sujets d’étude de cette thèse sont une -agarase divergente (ZgAgaC) et des sulfatases actives sur des agars. Pour pouvoir réaliser cette étude portant sur des enzymes spécifiques des agars, nous avons mis au point des cribles d’activités sur une collection d’agars naturels qui a été préparée au cours de cette thèse. Ces cribles ont permis de mettre en évidence le comportement divergent de ZgAgaC sur des agars complexes, par rapport aux autres -agarases et -porphyranases de la famille 16 des glycosides hydrolases (GH16). Ils ont aussi permis d’identifier les agars complexes sur lesquels deux sulfatases différentes sont actives. En conclusion, ce travail de thèse a permis de mettre au point différents outils permettant de mettre en évidence de nouvelles activités enzymatiques et aussi de mieux comprendre le catabolisme des agars chez Z. galactanivorans
Agars are red algal polysaccharides. These are composed of D-galactose with L-galactose alterned by glycosidic bond -1,4 and -1,3. These galactans harbor several modifications : sulfatations, methylations, pyruvylations. All these modifications hinder the agar degradation by marine bacteria. Zobellia galactanivorans is a marine flavobacterium able to degrade marine polysaccharides, including agars. The aims of this thesis are to identify and characterize the enzymatic tools of Z. galactanivorans to degrade the complex agar. The two subjects are a divergent -agarase (ZgAgaC) and sulfatases that act on agars. To perform this study on the agar specific enzymes, we have developed activity screens on a complex agar collection of substrates produced during the thesis. These screens have been used to show the divergent behaviour of ZgAgaC on complex agar compared to the other -agarases and -porphyranases of the family 16 (GH16). These screens were further used to identify the substrate of two sulfatases active on agar. To conclude, this work has allowed to develop different tools to identify new enzymatic activities and to have a better view of the agar catabolism of Z. galactanivorans
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Thomas, François. "Identification et caractérisation du système alginolytique de la bactérie marine Zobellia galactanivorans." Paris 6, 2011. http://hal.upmc.fr/tel-01110859v1.

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Abstract:
La bactérie marine Zobellia galactanivorans dégrade un grand nombre de polysaccharides de macroalgues. Je me suis intéressé à la dégradation de l'alginate, un composé pariétal des algues brunes. L'annotation du génome a confirmé le potentiel de cette bactérie pour la dégradation de polysaccharides. Z. Galactanivorans possède 7 alginate lyases putatives. Ces gènes sont organisés en deux clusters comprenant d'autres acteurs de la dégradation de l'alginate. J'ai montré que ces clusters sont transcrits au sein d'ARN polycistroniques et constituent des opérons alginolytiques. Une approche transcriptomique ciblée a révélé que l'expression des gènes identifiés dépend de la présence d'alginate. Des analyses de génomique comparative ont montré que cette voie métabolique est conservée chez d'autres bactéries, mettant en évidence des événements de transferts de gènes. La compréhension de l'utilisation de l'alginate a été élargie par un profilage transcriptomique à l'échelle du génome chez Z. Galactanivorans. Il a permis d'identifier d'autres gènes répondant à la présence d'alginate et pouvant participer à la perception, la prise en charge ou la dégradation du substrat. J'ai entrepris une stratégie de clonage sur 21 gènes impliqués dans l'utilisation de l'alginate. Deux nouvelles alginate lyases PL7 de Z. Galactanivorans ont ensuite été surexprimées chez E. Coli, purifiées et cristallisées. Leur spécificité et mode d'action ont été étudiés, menant à l'identification d'AlyA1 comme endo-guluronate lyase et AlyA5 comme exo-guluronate lyase. Leurs structures 3D ont été résolues. Tous les résultats ont été intégrés pour proposer un modèle de système alginolytique chez Z. Galactanivorans
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3

Hehemann, Jan-Hendrik. "Structural and functional organisation of the agarolytic enzyme system of the marine flavobacterium Zobellia galactanivorans." Paris 6, 2009. http://hal.upmc.fr/tel-01110381v1.

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Abstract:
Zobellia galactanivorans est une Flavobacterie marine capable de dégrader des polysaccharides complexes tels que l’agar qui est largement utilisé en biotechnologie et agroalimentaire. Dans l’écosystème marin les organismes photosynthétiques tels que les algues et les cyanobactéries sont les principaux producteurs de carbone organique. Cette source de carbone est utilisée par les bactéries marines qui sécrètent des glycosides hydrolases afin d’attaquer les algues ou d’hydrolyser la paroi des algues en décomposition. Pour comprendre les mécanismes de recyclage du carbone à partir de ces zones de nutrition préférentielles nous avons décidé d’analyser le système agarolytique de Z. Galactanivorans. Le génome bactérien complet a mis en évidence la présence de neuf agarases de la famille GH 16, confirmant que Z. Galactanivorans possède un système agarolytique complexe pour dégrader cette ressource naturel qu’est l’agar. Sept séquences originales ont été surexprimées grâce à une stratégie de clonage à moyen débit. Une nouvelle ß-agarase (AgaD) a été purifiée à l’homogénéité, puis cristallisée et les données de diffraction ont été collectées à une résolution de 1. 5 Å. La structure a été résolue par remplacement moléculaire et la caractérisation biochimique a été réalisée. De plus, les deux premières ?-porphyranases PorA et PorB ont été identifiées, cristallisées et caractérisées biochimiquement. La diversité d’enzymes agarolytiques reflète les adaptations biologiques dont ont fait preuve certaines bactéries pour s’accommoder à la grande variabilité de l’agarose de la paroi des algues rouges.
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Rebuffet, Etienne. "Etude structurale et fonctionnelle de glycoside hydrolases et d'une iodo-péroxydase de la flavobactérie marine Zobellia galactanivorans, impliquées dans l'interaction avec les algues." Paris 6, 2010. http://hal.upmc.fr/tel-01110677v1.

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Abstract:
La surface des algues est colonisée par des bactéries marines hétérotrophes qui entretiennent avec leurs hôtes différentes relations trophiques. Zobellia galactanivorans, une flavobactérie marine, est un modèle de l'interaction entre les bactéries et les algues. 3 % des gènes de cette bactérie sont impliquées dans la dégradation de polysaccharides. De plus on retrouve, dans son génome, des enzymes participant à des métabolismes originaux comme celui de l'iode. Je me suis intéressé à 3 aspects moléculaires de l'interaction entre Z. Galactanivorans et les algues. Premièrement le génome de Z. Galactanivorans possède deux nouvelles iota-carraghénases de la famille GH 82, plus courtes que celles déjà décrites. Dans le but d'identifier la machinerie catalytique de ces enzymes, je me suis basé sur l'alignement multiple de l'ensemble des séquences de la famille GH 82 pour réaliser des expériences de mutagenèse dirigées sur la iotases d'Alteromonas fortis et ainsi expliquer le mécanisme catalytique de cette famille de glycoside hydrolase. J'ai également effectué une première caractérisation biochimique et structurale de deux membres d'une nouvelle famille de glycoside hydrolases, identifié, dans le génome de Z. Galactanivorans, au sein d'opérons putatifs très probablement impliqués dans la dégradation de polysaccharides sulfatés. Enfin, j'ai résolu la première structure cristallographique d'une iodoperoxydase vanadium-dépendante d'origine bactérienne. Cette enzyme pourrait être impliquée dans un mécanisme de détoxification de la bactérie, suite à un ''burst oxydant'' généré par l'algue. Cette première structure permet de revoir et de discuter l'évolution de ces protéines.
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Brunet, Maéva. "Metabolic and ecological strategies of specialist bacteria mediating macroalgae breakdown." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2021. http://www.theses.fr/2021SORUS316.

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Abstract:
Les bactéries hétérotrophes sont des acteurs clés du recyclage de la biomasse algale. De nombreuses enzymes et voies cataboliques pour la dégradation de polysaccharides algaux purifiés ont été caractérisées. Cependant, ces mécanismes ne reflètent pas la complexité des réponses mises en œuvre pour dégrader des algues entières. J'ai donc étudié les stratégies écologiques et métaboliques de bactéries spécialistes de l'utilisation des macroalgues fraîches. La succession du microbiote épiphyte au cours de la décomposition de macroalgues a d’abord été étudiée. La présence du genre Zobellia, acteur clé de la dégradation, à la surface de diverses macroalgues a été montré. Son abondance varie selon les saisons et est particulièrement élevée dans le microbiote d’algues en décomposition. J'ai démontré que Zobellia galactanivorans DsijT utilise les algues brunes comme seule source de carbone, soulignant son rôle pionnier dans l’attaque de tissus algaux. Un ensemble de gènes, dont certains au sein de nouveaux loci dédiés à l’utilisation de polysaccharide (PUL) non caractérisés, étaient spécifiquement induits en présence d’algues. La caractérisation préliminaire de l’un de ces PUL a établi son rôle dans la dégradation de polysaccharides sulfatés contenant du fucose et conduit à la découverte de nouvelles activités enzymatiques chez Z. galactanivorans. Des interactions coopératives entre Z. galactanivorans et des Tenacibaculum spp. lors de l’utilisation de macroalgues ont été montrées. Par l’étude des mécanismes de dégradation de macroalgues à différentes échelles, cette thèse contribue à dévoiler les stratégies des bactéries marines hétérotrophes dans le devenir de la biomasse algale
Heterotrophic bacteria are key players in algal biomass recycling. Numerous works focused on the degradation of purified algal polysaccharides and discovered new enzymes and catabolic pathways. However, this strategy does not reflect the structural complexity of the algal extracellular matrix. In this thesis I implemented diverse approaches to decipher the ecological and metabolic strategies of bacteria specialized in the utilization of fresh macroalgae. I evidenced a succession of the epiphytic microbiota during in situ macroalgae decomposition. The presence of the known algal-polysaccharides degrader genus Zobellia was assessed on diverse macroalgae. Its abundance was season-dependent and particularly high on decaying algae. I demonstrated that Zobellia galactanivorans DsijT has the capacity to use fresh brown algae as a sole carbon source, highlighting a specific pioneer degrader behaviour. The analysis of its transcriptome revealed the induction of a subset of genes, including novel uncharacterized polysaccharide utilization loci (PULs), specifically induced with intact algae. The preliminary characterization of one of these PULs demonstrated its role in the degradation of fucose-containing sulfated polysaccharides and led to the discovery of novel enzymatic activities in Z. galactanivorans. Co-culture experiments showed that Z. galactanivorans supported the growth of Tenacibaculum spp. with macroalgae, bringing out cooperative interactions between pioneer and opportunist bacteria. By studying macroalgae degradation mechanisms at different scales, this thesis contributes to unveil the strategies of heterotrophic marine bacteria in the fate of macroalgal biomass
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Labourel, Aurore. "Etudes structurales et fonctionnelles d’enzymes du métabolisme de la laminarine de deux organismes modèles émergeants, l’algue brune Ectocarpus siliculosus et la bactérie marine Zobellia galactanivorans." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066728.

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Abstract:
La laminarine est le polysaccharide de stockage des algues brunes. Récemment, Ectocarpus siliculosus a été développée comme modèle génétique et génomique des algues brunes. L’analyse de son génome a mis en évidence des gènes candidats impliqués dans le métabolisme central de la laminarine. Afin de réaliser des études fonctionnelles, une stratégie de clonage en moyen débit a été appliquée sur ces différents gènes. Les algues brunes étant une biomasse importante, la laminarine est une source de carbone considérable pour les bactéries marines hétérotrophes. La bactérie marine Zobellia galactanivorans devient actuellement un modèle pour la bioconversion des polysaccharides d’algues. L’annotation de son génome a révélé la présence de 5 laminarinases putatives présentant des architectures modulaires variées. L‘expression hétérologue et la purification des modules catalytiques ZgLamAGH16, ZgLamCGH16, ainsi que celle du CBM6 associé à ZgLamCGH16, ont permis leur caractérisation biochimique. Des mutants inactifs des modules catalytiques ont été obtenus par mutagénèse dirigée, permettant l’obtention de complexes enzymes-substrats. C’est ainsi que la structure 3D de ZgLamAGH16 contient des oligosaccharides de substrats naturels tandis que celle de ZglamCGH16 a été obtenue en complexe avec un thio-hexasaccharide de β-1,3-glucane. L’obtention de la structure de ZgLamCCBM6 associée à des expériences de microcalorimétrie suggère que ce CBM6 peut fixer la laminarine dans ses deux sites de fixation simultanément. L’ensemble de ces résultats sont discutés et intégrés dans un contexte biologique et évolutif
Laminarin is a storage polysaccharide found in brown algae. Ectocarpus siliculosus has been recently established as a genetic and genomic model for brown algae. The analysis of its genome sequence revealed some candidate genes involved in the central metabolism of laminarin. In order to go onto functional studies, I have applied a medium throughput cloning strategy on these genes. Brown algae being an important coastal biomass, laminarin is also a significant carbon source for marine heterotrophic bacteria. The marine bacterium Zobellia galactanivorans is currently being established as a model bacterium for the bioconversion of algal polysaccharides. Its genome sequence encodes 5 putative laminarinases displaying various modular architectures. The heterologous expression and the purification of the catalytic modules ZgLamAGH16, ZgLamCGH16 and those of the carbohydrate-binding module CBM6 appended to ZgLamCCBM6, have enabled their biochemical characterization. Inactive mutants of the catalytic modules were obtained by site directed mutagenesis. They were used to generate enzyme-substrate complexes. The 3D-structure of ZgLamAGH16 was solved by X-ray crystallography, and oligoglucans of natural substrates were present in the catalytic site. ZgLamCGH16 was obtained in complex with a thio-hexasaccharide of β-1,3-glucan. The ZgLamCCBM6 structure associated with microcalorimetry experiments suggests that this CBM6 can bind laminarin simultaneously in its two binding clefts. The whole results are discussed and integrated in a biologic and evolutive context
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Fournier, Jean-Baptiste. "Evolution des mécanismes d'accumulation et de transport de l'iode dans les organismes marins : étude de la structure/fonction des protéines du métabolisme iodé chez la bactérie zobellia galactanivorans." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00959056.

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Abstract:
Dans le milieu marin, les émissions biogéniques de composés iodées jouent un rôle essentiel dans le cycle biogéochimique de l'iode. Cependant les processus enzymatiques responsables de l'absorption, du stockage ou de la synthèse de métabolites iodés restent mal connus chez les chez les organismes marins, et plus encore chez les bactéries. Plusieurs gènes, potentiellement impliqués dans le métabolisme de l'iode, ont été identifiés dans le génome de la bactérie marine, Zobellia galactanivorans, dont celui codant une iodoperoxydase à vanadium (VIPO), enzyme spécifique de l'oxydation des iodures. La partie principale du projet de thèse a consisté à comprendre les mécanismes moléculaires contrôlant la spécificité pour certains halogénures des haloperoxydases à vanadium, en étudiant la VIPO de Z. galactanivorans par des approches de mutagénèse dirigée et de biologie structurale. Les douze enzymes mutantes produites et caractérisées au niveau biochimique montrent soit une perte d'activité, soit des modifications de leurs propriétés catalytiques, soit encore une faible activité bromoperoxydase. Les enzymes sauvage et mutantes ont également été étudiées par diffraction et absorption des rayons X, afin de relier les modifications structurales à leurs propriétés catalytiques. Les résultats suggèrent que le principal facteur modulant la spécificité chez ces enzymes est le potentiel d'oxydoréduction de l'intermédiaire réactionnel, le peroxovanadate. Des analyses biochimiques ont aussi été entreprises pour deux autres protéines identifiées sur le génome de Z. galactanivorans. La première protéine s'est révélée être une seconde VIPO. Pour la deuxième protéine, similaire à une iodotyrosine déiodinase, l'activité biochimique reste encore à être caractérisée. Z. galactanivorans posséderait plusieurs enzymes pouvant oxyder l'iodure, ainsi qu'une permettant de cliver les liaisons C-I. En parallèle à ce travail, la localisation et la spéciation de l'iode ont été étudiées par imagerie chimique chez Z. galactanivorans et chez l'algue brune, Laminaria digitata, connue pour ses fortes teneurs en iode. Les résultats de ce travail apportent un nouvel éclairage sur les mécanismes contrôlant la spécificité des haloperoxydases à vanadium envers les halogénures, et également sur l'origine bactérienne de cette famille d'enzymes. Plus globalement, ces études permettent de mieux appréhender le rôle du métabolisme de l'iode chez certaines bactéries marines et leurs importances dans le cycle biogéochimique de l'iode.
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Fournier, Jean-Baptiste. "Evolution des mécanismes d'accumulation et de transport de l'iode dans les organismes marins : étude de la structure/fonction des protéines du métabolisme iodé chez la bactérie zobellia galactanivorans." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066065.

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Dans le milieu marin, les émissions biogéniques de composés iodées jouent un rôle essentiel dans le cycle biogéochimique de l’iode. Cependant les processus enzymatiques responsables de l'absorption, du stockage ou de la synthèse de métabolites iodés restent mal connus chez les chez les organismes marins, et plus encore chez les bactéries. Plusieurs gènes, potentiellement impliqués dans le métabolisme de l’iode, ont été identifiés dans le génome de la bactérie marine, Zobellia galactanivorans, dont celui codant une iodoperoxydase à vanadium (VIPO), enzyme spécifique de l'oxydation des iodures. La partie principale du projet de thèse a consisté à comprendre les mécanismes moléculaires contrôlant la spécificité pour certains halogénures des haloperoxydases à vanadium, en étudiant la VIPO de Z. galactanivorans par des approches de mutagénèse dirigée et de biologie structurale. Les douze enzymes mutantes produites et caractérisées au niveau biochimique montrent soit une perte d’activité, soit des modifications de leurs propriétés catalytiques, soit encore une faible activité bromoperoxydase. Les enzymes sauvage et mutantes ont également été étudiées par diffraction et absorption des rayons X, afin de relier les modifications structurales à leurs propriétés catalytiques. Les résultats suggèrent que le principal facteur modulant la spécificité chez ces enzymes est le potentiel d’oxydoréduction de l’intermédiaire réactionnel, le peroxovanadate. Des analyses biochimiques ont aussi été entreprises pour deux autres protéines identifiées sur le génome de Z. galactanivorans. La première protéine s’est révélée être une seconde VIPO. Pour la deuxième protéine, similaire à une iodotyrosine déiodinase, l’activité biochimique reste encore à être caractérisée. Z. galactanivorans posséderait plusieurs enzymes pouvant oxyder l’iodure, ainsi qu’une permettant de cliver les liaisons C-I. En parallèle à ce travail, la localisation et la spéciation de l’iode ont été étudiées par imagerie chimique chez Z. galactanivorans et chez l’algue brune, Laminaria digitata, connue pour ses fortes teneurs en iode. Les résultats de ce travail apportent un nouvel éclairage sur les mécanismes contrôlant la spécificité des haloperoxydases à vanadium envers les halogénures, et également sur l’origine bactérienne de cette famille d’enzymes. Plus globalement, ces études permettent de mieux appréhender le rôle du métabolisme de l’iode chez certaines bactéries marines et leurs importances dans le cycle biogéochimique de l’iode
In marine environment, biogenic emissions of iodinated compounds play an essential role in biogeochemical cycle of iodine. Nevertheless, enzymatic process involved in absorption and storage of iodine or in the synthesis of iodinated compounds are unknown marine organisms, especially in bacteria. Several genes, potentially involved in iodine metabolism, have been identified in the genome of a marine bacterium, Zobellia galactanivorans. One of these genes codes for a vanadium iodoperoxydase (VIPO), an enzyme specific of iodide oxidation. The main part of the thesis project was to understand molecular mechanisms controlling the specificity vanadium halopéroxydase (VHPO) for some halide, by studying the VIPO from Z. galactanivorans by directed mutagenesis and structural biology. To lead this project, twelve mutated enzymes were produced and characterized at biochemical level. For some of them, mutations lead to a loss of activity or to modification of catalytic properties or to a slight VBPO activity. The wild type enzyme and three mutants were also analyzed by X ray absorption and diffraction spectroscopy in order to link the structural modifications to their catalytic properties. The results of this study suggest that the main factor modulating the specificity in these enzymes is modification of redox potential of the peroxovanadate. Biochemical analyses lead with two other proteins identified in the genome of Z. galactanivorans. The first protein was characterized as a new VIPO. For the second protein, similar to mammal iodotyrosine deiodinase, the biochemical activity remains to be characterized. Z. galactanivorans seems to have several enzymes which oxidize iodide or split C-I bond. In parallel at this work, the localization and speciation of iodine were analyzed by chemical imaging in Z. galactanivorans and in the kelp L. digitata, known to concentrate highly iodide. All this information allow to a better understanding of molecular mechanisms involved in the specificity for halide in VHPO and the bacterial origin of these proteins. More generally, these studies assess to understand the role of iodine metabolism in some marine bacteria and there role in biogeochemical cycle of this element
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Xie, Hao [Verfasser], Bernd [Akademischer Betreuer] Ludwig, and Hartmut [Akademischer Betreuer] Michel. "Characterization of the two isoforms of cbb3-type cytochrome c oxidase from Pseudomonas stutzeri ZoBell / Hao Xie. Gutachter: Bernd Ludwig ; Hartmut Michel." Frankfurt am Main : Univ.-Bibliothek Frankfurt am Main, 2014. http://d-nb.info/1063923999/34.

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Zobell, Brock Don. "In Situ Characterization of Voids During Liquid Composite Molding." BYU ScholarsArchive, 2017. https://scholarsarchive.byu.edu/etd/6557.

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Abstract:
Global competition is pushing the composites industry to advance and become more cost effective. Liquid Composite Molding or LCM is a family of processes that has shown significant promise in its potential to reduce process times and cost while maintaining high levels of part quality. However, the majority of research and information on composite processes have been related to prepreg-autoclave processing which is significantly different than LCM. In order for LCM processes to gain large scale implementation, significant research is required in order to model and simulate the unique nature of the resin infusion process. The purpose of this research is to aid in the development of in situ void measurement and characterization during LCM processing, particularly for carbon fiber composites. This will allow for the gathering of important empirical data for the validation of models and simulations that aid in the understanding of void formation and movement during LCM. For such data to be useful, it needs to include details on the formation, mobility and evolution of the void over time during infusion. This was accomplished by creating a methodology that allowed for in situ images of voids to be captured during the infusion process. A clear mold was used to visually monitor infusions during RTM with UV dye and lighting to enhance contrast. Consecutive images were acquired through the use of macro lens photography. This method proved capable of yielding high quality images of a variety of in situ voids during infusions with carbon fiber composites. This is believed to be the first instance where this was accomplished. A second methodology was then developed for the analysis of the collected images. This was done by using ImageJ software to analyze and process the acquired images in order to identify and characterize the voids. Success was found in quantifying the size and circularity of a wide range of micro and macrovoids in both a satin weave and double bias NCF woven fabrics. To facilitate the burden of collecting large amounts of data, this process was made to be automated. A user generated macro script could be applied to large sets of images for rapid processing and analysis. This automated method was then evaluated against manually processed images to determine its overall effectiveness and accuracy as tool for validating void theory.
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Books on the topic "Zobellia"

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Abraham's Zobell's Home Movie, Final Reel. Broadway Play Publishing Inc, 2017.

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Book chapters on the topic "Zobellia"

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Bowman, John P. "The Marine Clade of the Family Flavobacteriaceae: The Genera Aequorivita, Arenibacter, Cellulophaga, Croceibacter, Formosa, Gelidibacter, Gillisia, Maribacter, Mesonia, Muricauda, Polaribacter, Psychroflexus, Psychroserpens, Robiginitalea, Salegentibacter, Tenacibaculum, Ulvibacter, Vitellibacter and Zobellia." In The Prokaryotes, 677–94. New York, NY: Springer New York, 2006. http://dx.doi.org/10.1007/0-387-30747-8_26.

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Conference papers on the topic "Zobellia"

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Чернышева, Н. Ю., and М. П. Исаева. "Филогенетическое разнообразие альгинат-лиаз семейства PL7 в геномах рода Zobellia." In Актуальные проблемы химии и биологии. Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Тихоокеанский институт биоорганической химии им. Г.Б. Елякова Дальневосточного отделения Российской академии наук, 2020. http://dx.doi.org/10.47471/17_2020_09_07_10_29.

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2

Kilcoyne, Michelle, Alexander S. Shashkov, Andrei V. Perepelov, Yuriy A. Knirel, Svetlana V. Tomshich, Nadezhda A. Komandrova, Ludmila A. Romanenko, and Angela V. Savage. "STRUCTURE OF THE REPEATING UNIT OF THE O-SPECIFIC POLYSACCHARIDE OF IDIOMARINA ZOBELLII KMM 231." In XXIst International Carbohydrate Symposium 2002. TheScientificWorld Ltd, 2002. http://dx.doi.org/10.1100/tsw.2002.701.

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Sarjono, Purbowatiningrum Ria, Pangestika Siwi Sholekhah, Muhammad Rifqi Iskandarsyah, Mukhammad Asy’ari, Ismiyarto, Ngadiwiyana, Nor Basid Adiwibawa Prasetya, and Yosie Andriani. "Antibacteria and antioxidant activity of endophytic bacteria isolated from Hibiscus tiliaceus leaves with zobell as growth media." In ADVANCES IN INTELLIGENT APPLICATIONS AND INNOVATIVE APPROACH. AIP Publishing, 2023. http://dx.doi.org/10.1063/5.0140270.

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