Academic literature on the topic 'Xanthomonas campestris – Dissertation universitaire'

Les graines constituent la source d’inoculum initiale pour le microbiote des plantes. Lors de la germination, le relargage d’exsudats à proximité des graines déclenche une intense compétition microbienne qui joue un rôle moteur dans l’assemblage du microbiote des plantes. Ce travail de thèse vise à explorer le rôle de la compétition d'interférence médiée par le système de sécrétion de type VI (T6SS). Le T6SS d’une souche de Stenotrophomonas rhizophila, une espèce bactérienne transmise efficacement aux plantules, a été utilisé comme modèle d’étude. Ce T6SS est impliqué dans l’inhibition de la croissance de nombreuses espèces bactériennes in vitro, dont la souche phytopathogène Xanthomonas campestris pv. campestris 8004 (Xcc8004). Cette inhibition de croissance bactérienne est corrélée à la proximité phylogénétique et métabolique entre S. rhizophilaet les espèces bactériennes testées. L’activité antimicrobienne du T6SS de S. rhizophila limite la transmission de Xcc8004 de la graine de radis à la plantule en conditions gnotobiotiques. Cette activité module également la dynamique d’assemblage des communautés bactériennes lors de la transition graine-plantule en sol non stérile. La composition du consortium microbien co-inoculé sur graine influence l’avantage compétitif conféré par le T6SS à S. rhizophila. La compétition d’interférence médiée par le T6SS intervient donc bien dans la dynamique d’assemblage du microbiote des plantes et l'inoculation de consortiums bactériens composés de bactéries porteuses de T6SS apparait comme une solution potentielle de réduction de la transmission des agents phytopathogènes aux plantules
Seeds represent the initial inoculum source for plant microbiota. During germination, the release of exudates near the seeds triggers intense microbial competitions, which play a pivotal role in the assembly of the plant microbiota. This thesis work aims to explore the role of interference competition mediated by the Type VI secretion system (T6SS). The T6SS of a strain of Stenotrophomonas rhizophila, a bacterium efficiently transmitted to seedlings, was used as a study model. This T6SS inhibits the growth of many bacterial species in vitro, including the phytopathogenic strain Xanthomonas campestris pv. campestris 8004 (Xcc8004). This inhibition of bacterial growth is correlated with the phylogenetic and metabolic proximity between S. rhizophila and the tested bacterial species. The antimicrobial activity of S. rhizophila T6SS limits the transmission of Xcc8004 from radish seed to seedling under gnotobiotic conditions. Its activity also influences the dynamics of bacterial community assembly during the seed-to-seedling transition in non sterile soil. The composition of the co-inoculated microbial consortium on the seed affects the competitive advantage conferred by the T6SS to S. rhizophila. Therefore, T6SS-mediated interference competition plays a significant role in the assembly dynamics of the plant microbiota, and the inoculation of bacterial consortia composed of T6SS-carrying bacteria appears as a potential solution for reducing the transmission of phytopathogenic agents to seedlings

Comprendre l’émergence des maladies dans les agroécosystèmes nécessite d’étudier l’histoire évolutive des populations bactériennes associées aux plantes. L’objectif de ce travail était de déterminer les évènements évolutifsconduisant à l’émergence des lignées pathogènes ou pathovars dans l’espèce Xanthomonas arboricola. Une analyse de génétique des populations a été menée sur un panel de souches phytopathogènes et commensales et complétée par l’inférence des gains et pertes de facteurs de virulence. Cette espèce possède une structure de population épidémique ; les clones épidémiques ont émergé suite à l’acquisition de facteurs de virulence à partir d’un fond recombinant de souches commensales. Une analyse de génomique des populations et la reconstruction de scénarios de divergence entre ces clones et le réseau de souches recombinantes, a montré la persistance d’un flux de gènes asymétrique entre ces deux groupes, dans le sens souches pathogènes vers souches commensales. Enfin, l’histoire évolutive du principal facteur de virulence des Xanthomonas, le système de sécrétion de type 3, a été retracée au sein du genre, et a montré que celui-ci avait été acquis ancestralement puis perdu dans certaines souches commensales. En conclusion, l’ancêtre commun de X. arboricola possédait des facteurs de virulence et au sein des souches commensales, certaines ont perdu ces facteurs, tandis que d’autres ont conservé le répertoire ancestral. Ces dernières diffèrent peu de certains agents pathogènes, et pourraient représenter un risque pour de nouvelles émergences. Des travaux de génomique fonctionnelle permettraient de valider ces hypothèses
Deciphering the evolutionary history of bacterial populations associated to plants is necessary to understand diseaseemergence in agroecosystems. The aim of this study is to unveil the evolutionary events responsible for pathogeniclineages or pathovar emergences in Xanthomonas arboricola. This species is composed of both plant pathogenic andcommensal strains Population genetics analyses and gain and loss inferences of virulence factors showed that X. arboricola exhibits an epidemic population structure, within which epidemic clones emerged from a recombinogenic background population following virulence factor acquisition. Population genomics and inference of divergence scenarii between epidemic clones and the network of recombinant strains showed persistence of homologous recombination along divergence of these two groups, with an asymmetric gene flux from pathogenic strains to commensal ones. Finally, evolutionary history of the type three secretion system (T3SS), the main virulence factor in Xanthomonas genus, was studied at genus scale and showed that T3SS was ancestrally acquired and lost in commensal strains. Altogether these analyses allowed us to show that the common ancestor of X.arboricola had virulence factors, and that within commensal strains, some lost these virulence factors whereas others kept the ancestral repertoire. These latter strains have a similar repertoire to that of some pathogenic strains, and could represent a risk for new disease emergence. Functional genomics could allow us to validate these hypotheses