Academic literature on the topic 'Viticulture – Maladies'

Passant de 150 ha (pour 36 exploitations) en 2018 à 300 ha (pour 64 exploitations) à la fin de 2021, la surface viticole wallonne (Belgique – figure 1.a) n’a cessé de croître ces dernières années. Cependant, en 2021, les vignobles wallons ont été fortement touchés par le mildiou (Plasmopara viticola) dû à des conditions météorologiques exceptionnellement humides et fraîches. Cette étude montre que les pertes quantitatives ont été hétérogènes entre les vignobles. Cette variabilité est expliquée principalement par le type de cépage, le mode de production et la gestion liée aux maladies.

Depuis sa création en 1924, l’OIV a adopté un large ensemble de résolutions relayant l’expression de positions politiques communes des États membres de l’Organisation ou portant des lignes directrices, des bonnes pratiques ou protocoles constituant des normes techniques de référence internationale pour la production, l’analyse, les échanges commerciaux, les plants de vigne ou des produits de la vigne. Parmi ces résolutions, 252 d’entre elles s’intéressent spécifiquement à la viticulture. Adoptées entre 1928 et 2017, elles couvrent un champ étendu de thématiques telles que les maladies et ravageurs de la vigne, les techniques viticoles, la production de raisins secs, les terroirs viticoles, l’environnement, la qualité des produits ou encore le matériel végétal.La présente communication revient sur l’analyse synthétique du contenu de ces 252 résolutions qui permet une lecture rétrospective des préoccupations d’ordre nationales et internationales ainsi que des efforts menés par l’Organisation pour accompagner la viticulture. On remarque notamment que le matériel végétal (sélection, état sanitaire, échanges internationaux, génétique de la vigne) a été, durant 90 ans et avec une relative constance, l’objet de nombreuses résolutions.

Sur le plan historique, la viticulture de la Valteline s’est fondée sur la qualité de ses vins, forts recherchés des pays voisins transalpins. La demande provenant des pays au nord des Alpes, principalement du canton des Grisons, de la Suisse, du Tyrol, de l’Autriche, de l’Allemagne du Sud, de la Bohême et même de la Pologne, a encouragé le colossal travail d’aménagement en terrasses artificielles des versants les mieux exposés, jusqu’à réaliser un paysage presque unique dans la région alpine pour ce qui concerne l’expansion et la continuité territoriale des terrasses viticoles. Durant l’occupation des Ligues Grisonnes (1512-1797), le commerce extérieur (puisque les échanges vers l’Italie étaient interdits) concernait plus de 60% de la production vinicole de la vallée. Les meilleurs vins, issus des vignes de Chiavennasca, un cépage autochtone de la Valteline, étaient réservés aux exportations, alors que, pour l’autoconsommation locale, on utilisait d’autres raisins autochtones moins prestigieux. Le XIXe siècle en Valteline coïncide avec la fin difficile de la domination des Ligues et de l’intégration de la Vallée dans le nouveau Royaume d’Italie après les vicissitudes de la période napoléonienne et de la Restauration. La nouvelle situation politique a rendu nécessaire la réorientation du marché vers le Sud, où les vins de Valteline se sont mesurés à la concurrence des vins du Piémont, de l’Emilie-Romagne et de la Toscane, régions présentes déjà depuis longtemps sur le marché vinicole de la Lombardie. Pendant la seconde moitié du XIXe siècle pour résister à la compétition d’autres régions vinicoles italiennes, les viticulteurs de la Valteline, qui souffraient aussi des ravages provoqués par les maladies de la vigne d’origine américaine, tentent d’améliorer qualitativement leurs produits. En 1872, à l’initiative d’un groupe de producteurs fut créée la « Società Enologica Valtellinese » (Société Œnologique de Valteline) dans l’objectif de rationaliser les modes de culture. Les nouvelles prescriptions conduisirent à la modernisation des techniques œnologiques, à l’arrêt des cultures mixtes et des cépages mineurs, à l’adoption des vignes en rangs (en harmonie avec les terrasses), à l’abandon des vignobles situés sur les versants plus rudes et au-dessus de 800 m d’altitude. Pendant la seconde moitié du XIXe siècle, les 6.500 hectares de vignobles en terrasses recensés lors de l’apogée de la viticulture dans la vallée, entament leur marche vers la baisse de leurs surfaces. Ces décroissance s’amorce sous les coups du phylloxera, et perdure avec l’abandon progressif des zones les moins adaptées à la culture. Les premières certifications de qualité obtenues par les vins de Valteline dans les années 1930 ne parviennent pas à ralentir ce processus d’abandon des vignobles. Au contraire, au cours du siècle, le phénomène se creuse de plus en plus : la réduction de la demande, la transformation de l’économie de la vallée, la fragmentation excessive de la propriété foncière, les coûts et les sacrifices de la viticulture en terrasse, détournent beaucoup de petits producteurs de la viticulture (et de l’entretien du paysage) ; tout cela s’opère malgré les nouvelles qualifications remportées par le vin de Valteline, la seule région viticole italienne qui peut se targuer de deux vins DOCG issues d’une unique zone de production. Aujourd’hui, la surface en vigne est limitée à 1000 ha ; les abandons eurent lieu principalement dans les zones les moins favorables, actuellement en cours de renaturalisation. Seuls les vignobles situés à l’intérieure de la zone l’AOP, pour la plupart dans les mains des grands producteurs, semblent résister à la concurrence des autres produits agricoles et à l’appétit de l’industrie du bâtiment qui a commencé à coloniser les terrasses les plus proches de la plaine.

La spécialisation vitivinicole de la Valteline (Alpes Rhétiques, Lombardie, Italie) est une constante qui a caractérisé l’histoire de la vallée et de ses habitants depuis une époque très ancienne. La viticulture s’est imposée au cours du temps à travers l’aménagement en terrasses artificielles du versant rhétique, exposé au Sud et qui possède des conditions favorables à la vigne, malgré la forte inclinaison des pentes. Il s’agit d’un ouvrage colossal qui a duré plusieurs siècles et qui a permis le développement d’une vitiviniculture de qualité à partir du Haut Moyen-âge (dans les propriétés foncières des grands monastères ou des institutions ecclésiastiques). Au fil du temps, elle a surmonté plusieurs crises – environnementales, économiques, les guerres, les maladies de la vigne – sans perdre son label de qualité. La spécificité du paysage en terrasses réside dans l’extension de l’aire, dans sa continuité territoriale, dans son extension altimétrique, dans l’intensité de sa construction, dans son ancienneté, dans sa durée d’utilisation : des caractéristiques qui accordent aux artéfacts de la Valteline une quantité et une qualité telles que ce territoire présente un cas unique dans les Alpes. La réalisation des terrasses a totalement artificialisé la côte rhétique qui, ainsi, devint productive en générant un écart entre la valeur naturelle des sols (qui était souvent nulle, puisque il n’y avait que des roches) et leur capacité productive. L’aménagement du versant a conduit à la création d’une filière économique (culture de la vigne – vinification – commerce) qui a dominé la vie locale du XVe au XXe siècle.Les pratiques agronomiques de réalisation et d’utilisation des terrasses viticoles, fondamentales pour l’organisation économique et sociale locale, ont été essentielles pour la formation et l’existence de la société de Valteline. La viticulture reliait tous les partenaires sociaux : les paysans, engagés dans la réalisation des artéfacts et acceptant même des formes importantes d’auto-exploitation ; les propriétaires, dont la richesse dépendait de la rente foncière tirée de la surproduction obtenue sur des terrains pauvres et rares ; les professions libérales (médecins, avocats, notaires), les artisans, les artistes, qui même s’ils n’étaient pas liés aux activités agricoles, bénéficiaient de la richesse mise en circulation par la demande de biens et services des propriétaires fonciers. Tous les expressions de la société furent liées à l’aménagement en terrasses du territoire : juridiques (contrats agraires), agronomiques (techniques de culture, systèmes de production, cycles ergonomiques), « culture matérielle » des paysans (habitations, bâtiments utilitaires tels les pressoirs communautaires, outils), infrastructures (réseau routier, contrôle des eaux), constructions civiles et religieuses. Jusqu’à un passé récent, les difficiles conditions de vie des agriculteurs autant que le bien-être des propriétaires dépendaient de cette plus-value seulement permise par la réalisation de terrasses artificielles consacrées à la production de vins de haute qualité sur un territoire au départ morphologiquement hostile. Le principal marché de ces vins a toujours été le Nord des Alpes, notamment après le rattachement de la Valteline aux Ligues grisonnes (1512-1797). Cette caractéristique de la viticulture de la Valteline est évoquée par d’importantes archives, mais aussi par une bibliographie très diversifiée qui comprendre les œuvres d’érudits, d’hommes de lettres et d’intellectuels de diverse importance, italiens et étrangers (de Léonard de Vinci à Mathieu Bandello ; de Conrad Ferdinand Mayer à Hermann Hesse). Ces personnages ont contribué à la diffusion européenne de la réputation du vin de Valteline selon un modèle fondé sur la notoriété, l’excellence, la valeur économique, la territorialité du produit (harmonie avec le terroir et ses caractères particuliers).

Lors de la réalisation des traitements visant à protéger les vignes des maladies et ravageurs (épandage de pesticides), le pulvérisateur peut se révéler être un outil important pour les viticulteurs. Les choix de conception réalisés par les concepteurs en ce qui concerne ces machines et les exigences réglementaires auxquelles ils doivent se conformer constituent des sources de prescription de l’activité des viticulteurs puisqu’ils dirigent les usages dudit matériel. À partir d’analyses menées à trois niveaux (l’activité des viticulteurs lors de l’utilisation des pulvérisateurs, l’activité des concepteurs de pulvérisateurs, et la réglementation applicable1), nos résultats mettent en évidence que ces sources de prescription – élaborées à distance du travail réel des viticulteurs – sont à l’origine de difficultés d’usage et de situations d’exposition aux pesticides. Pour faire face à ces difficultés, nos résultats soulignent également, à travers l’approche instrumentale, la part de stratégies développées par les viticulteurs dans l’usage de leur matériel pour répondre à leurs propres sources internes de prescription. Ces stratégies des viticulteurs constituent des pistes opportunes à considérer pour faire évoluer la conception des pulvérisateurs et la réglementation applicable. La conception et la réglementation apparaissent alors ici comme des leviers pertinents de transformation pour agir en prévention.

Le botrytis impacte le rendement et la qualité des moûts. Pour se prémunir de ces dégâts, les viticulteurs axent la lutte contre cette maladie sur l’application de produits phytosanitaires et sur la mise en œuvre de mesures prophylactiques. En climat océanique, un ou deux traitements annuels à base de produits dangereux pour l’environnement et la santé de l’opérateur, et souvent onéreux, sont couramment appliqués. Les produits de « biocontrôle » pourraient être une alternative intéressante à ces derniers mais, comme en témoigne cette étude, ils ne sont pas aussi performants que les fongicides classiques.

Ce travail a consisté en l'étude l'application du phosphate de calcium comme système de transporteur (" drug delivery ") pour la protection de la vigne (Vitis vinifera L.). Ce biomatériau a été étudié avec succès dans le domaine médical, de la fonctionnalité du phosphate de calcium avec des molécules anticancéreuses, à la mise au point d'un dentifrice innovant. Des essais préliminaires dans le contrôle des maladies fongiques de la vigne ont révélé des résultats prometteurs.Dans ce contexte, l'hydroxyapatite inorganique et biomimétique a été étudié en tant que système transporteur potentiel de substances bioactives autorisées en agriculture biologique pour la protection des plantes. À travers une approche multidisciplinaire, l'objectif de l'étude était d'évaluer l'efficacité de l'hydroxyapatite dans l'amélioration de l'activité biologique des composés de cuivre(II) pour lutter contre des maladies fongiques telles que le mildiou et les maladies du bois. Cette étude a pour ambition de contribuer à l'optimisation de la distribution et de la persistance des substances bioactives dans les tissus végétaux, y compris vasculaires, où des pathogènes nocifs peuvent se développer ainsi qu'à la réduction des quantités de fongicides.Cette recherche a ainsi permis de (i) comprendre l'interaction entre le système transporteur, la substance fonctionnelle et les tissus de la vigne ; (ii) démontrer le mécanisme sur lequel l'efficacité supérieure de la substance fonctionnelle est basé ; (iii) recueillir de nouvelles informations sur les mécanismes impliqués dans l'expression des symptômes des maladies du bois en étudiant les réactions de défense des plantes induites par les traitements
The research investigates the application of biomimetic calcium phosphate as innovative delivery system for grapevine (Vitis vinifera L.) protection purposes. This smart material was successfully studied in the biomedical field, from the functionalization of biomimetic calcium phosphate with anti-cancer molecules for localized releases, to the development of an innovative toothpaste for oral hygiene. Preliminary assays to implement the control of the grapevine fungal diseases, have revealed promising results. In this framework, the biomimetic inorganic hydroxyapatite was investigated as potential delivery system of bioactive substances allowed in organic agriculture for plant protection.Through a multidisciplinary approach, the study was aimed to evaluate the efficiency of hydroxyapatite in enhancing the biological activity of copper(II) compounds, on the control of relevant common diseases, like downy mildew, and complex fungal diseases, such as the grapevine trunk diseases. This aim is related to further ambitious goals: the significant reduction of the fungicides amounts applied in plant protection and the optimization of the distribution and persistence of the bioactive substances in the plant tissues, including the vascular ones, where harmful pathogens can develop. Overall, the experimental activities allowed: (i) to understand the interaction between delivery system, functional substance and grapevine tissues; (ii) to demonstrate the mechanism on which the higher efficacy of the functional substance is based; (iii) to collect new information on the mechanisms involved in the symptoms expression by studying the plant defense reactions induced by the treatments

La pourriture grise causée par le champignon phytopathogène Botrytis cinerea, omniprésent et très polyphage, a clairement un impact dans de nombreuses régions en raison de la large gamme d'hôtes y compris la vigne (Vitis vinifera L.), causant de graves dommages dépassant 10 à 100 milliards de dollars dans le monde. Les fongicides chimiques, qui sont la mesure la plus importante pour assurer un rendement adéquat, restent la méthode la plus courante pour lutter contre la pourriture grise. Cependant, malgré la diversité des produits utilisés, des cas de résistance sont détectés. Aussi, la lutte chimique a révélé des effets néfastes sur l'environnement et la santé du consommateur ce qui a remis en cause son application. Pour y remedier, des méthodes de lutte alternatives en l’occurrence l'efficacité des agents de lutte biologique a été étudiée avec un grand succès. Ainsi, l’objectif de notre étude portera sur l'utilisation de bactéries bénéfiques pour lutter contre la pourriture grise de la vigne. La rhizosphère de la vigne est riche en microorganismes qui présentent de fortes aptitudes dans la lutte biologique contre les maladies des plantes. Dans la présente étude, l’isolement de microorganismes bénéfiques a été réalisé sur des plantes de vigne saines. Quarante deux bactéries ont été isolées de différents sols rizosphériques échantillonnés dans les principaux vignobles de la région de Meknès au Maroc (Latitude 33.75989, Longitude -5.43909). Le test d’antagonisme in vitro des différents isolats envers B. cinerea a révélé que parmi l’ensemble des isolats testés les souches S3, S4, S5 et S6 ont montré un résultat positif. Ces isolats inhibent la croissance du B. cinerea. Les quatres souches ont été identifiées par l’étude des caractères biochimiques et l’analyse phylogénétique des séquences du gène de l’ARNr 16S. Les résultats des analyses ont montré que les souches bactériennes retenues ont été apparentées aux espèces, du genre Bacillus, suivantes : S3 : B. velezensis ; S4 : B. velezensis ; et S5 : B. halotollerans. L’isolat S6 a été classé dans le genre Enterobacter et identifié comme étant E. cloacae. Le test d’antagonisme effectuén planta sur des vitroplants de vigne indique que les quatres rhizobactéries réduisent de façon plus ou moins significative, (59 %, 39 %, 55 %, et 17 %, respectivement), les symptômes de la maladie et réduisent les dommages de l’activité photosynthétique (PSII) dus à l’attaque de B. cinerea. Cette étude a permis de révéler que les souches du genre Bacillus et Enterobacter isolées de la rhizosphère de la vigne pourraient être utilisées comme agents de lutte biologique dans la protection de la vigne
The gray mold caused by Botrytis cinerea has a devastating impact on various economically important crops, including grapevine (Vitis vinifera L.), with annual economic losses exceeding10 to 100 billion dollars worldwide. Currently, pesticides remain the main method used to reduce the incidence of this phytopathogenic fungus. However, in addition to emergence of multidrug resistance, chemicals must be increasingly restricted in order to limit their impact on the environment and human health. Thus, in recent years, biological protection is gaining renewed interest. Therefore, the aim of our project is the development of new biotechnologies allowing the grapevine to better resist pathogenic pressures, through the use of beneficial microorganisms. The rhizosphere is a rich source of microorganisms with strong abilities in the biocontrol of plant diseases. In the present study, isolation of plant beneficial microorganisms was carried out on healthy plants. A total of 42 micro-organisms were isolated from different rhizospheric semi-arid soils collected in vineyards of Meknes in Morocco (Latitude 33.75989, Longitude -5.43909). The in vitro antagonism test of the various isolates towards B. cinerea evealed that among all the isolates tested the strains S3, S4, S5 and S6 showed a positive result. These isolates inhibit the growth of B. cinerea. The four strains were identified by the study of biochemical characters and phylogenetic analysis of 16S rRNA gene sequences. The results of the analyzes showed that the bacterial strains retained were related to the following species, of the Bacillus genus: S3: B. velezensis; S4: B. velezensis; and S5: B. halotollerans. Isolate S6 was classified in the genus Enterobacter and identified as E. cloacae. The antagonism test carried out in planta on vine vitroplants indicates that the four rhizobacteria reduce significantly (59%, 39%, 55%, and 17%, respectively), the symptoms of the disease and reduce damage to photosynthetic activity (PSII) due to attack by B. cinerea. This study revealed that strains of the genus Bacillus and Enterobacter isolated from the rhizosphere of the vine could be used as biological control agents in the protection of the vine

L'éco-éthologie de Empoasca vitis a été étudiée dans le vignoble à différentes échelles temporelles (semaine, génération, année) et spatiales (parcelle, ilôt de production, appellation). Elle hiverne dans les abords des parcelles sur des plantes à feuillage persistant et migre vers des plantes hôtes intermédiaires (complémentation), avant de coloniser les parcelles au printemps. Le niveau des populations estivales (potentiellement nuisibles) est influencé par des migrations estivales de longue distance. Les répartitions intra-parcellaires des adultes et larves, cartographiées et comparées avec les caractéristiques agronomiques des parcelles, révèlent de fortes agrégations dans les zones vigoureuses. La présence de plantes-hôtes alternatives de E. Vitis aux abords des parcelles (supplémentation) ne semble pas augmenter les populations. L'effet régulateur des auxiliaires en provenance des abords n'a pas été démontré. Une végétation haute et dense induit l'accumulation des adultes migrants
The eco-ethology of Empoasca vitis was studied in vineyards at different temporal (week, generation, year) and spatial (plot, production site, small region) scales. This leafhopper hibernates near the plot on evergreen plants and, in spring, migrates towards different early-budding plants before ilmmigrating into the plots (complementation). Summer population levels (sometimes harmful) depend strongly on summer migrations taking place over longer distances. The intra-plot distribution of both adults and nymphs was mapped and compared to agronomical parameters. This revealed strong aggregations in areas of high plant vigour. The presence of potential alternative host plants of E. Vitis along the plot border (supplementation) did not seem to increase population levels. No impact of natural enemies from plot borders was detected. High and dense plot borders were shown to induce accumulation of migrating adults

La culture de la vigne, pratiquée dans 45 pays, joue un rôle essentiel dans la viticulture, notamment en France, qui y contribue d’une manière significative. Cependant, les vignobles français sont confrontés à des stress biotiques et abiotiques, ce qui les rend fortement dépendants des pesticides. Plasmopara viticola, l’agent responsable du mildiou de la vigne, constitue une menace majeure pour la viticulture mondiale. Historiquement, les fongicides ont été la méthode principale de lutte, mais leur utilisation excessive a engendré des problèmes environnementaux et favorisé l’apparîtion de souches résistantes. En réponse à ces défis, des stratégies de lutte alternatives, telles que la sélection des cépages résistants, l’utilisation d’agents de biocontrôle et d’inducteurs de résistance, ont gagné d’importance.Notre étude explore l'amélioration de la sélection variétale avec des bactéries bénéfiques. Nous avons caractérisé la résistance du mildiou chez différentes cépages de vigne, approfondi les mécanismes de résistance sous-jacents et examiné les réponses des plantes à l'infection. Nous avons évalué l'impact d'un agent de biocontrôle sur le mildiou dans des variétés présentant différents niveaux de résistance. Les techniques de phénotypage et les approches transcriptomiques ont révélé la diversité des voies diverses de défense ainsi que des niveaux variés d'immunité de base. Bien qu'un effet modeste d'amorçage bactérien ait été observé chez les cépages sensibles, les niveaux de résistance des variétés résistantes sont restés inchangés.Dans les régions à forte humidité et température modérée, nous avons étudié si les variétés résistantes au mildiou manifestaient également une résistance à Botrytis cinerea. L'étude a révélé la nécessité de recourir à des produits phytopharmaceutiques, car l'acquisition de la résistance au mildiou s’accompagner, potentiellement, d'une perte de gènes impliqués dans la résistance à la pourriture grise. A la suite de tests biologiques et d’analyses moléculaires, nous avons proposé l’utilisation de la bactérie bénéfique Burkholderia vietnamiensis comme agent de lutte biologique, offrant une alternative prometteuse aux produits chimiques
Grapevine cultivation, spanning 45 countries, plays a vital role in global viticulture, with France making significant contribution. However, French vineyards are challenged by biotic and abiotic stresses and rely heavily on chemical pesticides. Plasmopara viticola, the pathogen responsible of grapevine downy mildew, poses a serious threat to viticulture worldwide. Although chemical fungicides have traditionally been the primary method of control, their misuse has led to environmental issues and the development of resistant strains. As a result, alternative strategies like breeding resistant cultivar, using biocontrol agents, and applying resistance inducers have gained importance.Our study explores enhancing breeding programs with the use of beneficial bacteria. We characterized downy mildew resistance in different grapevine cultivars, investigated the underlying resistance mechanisms, and examined plant responses to infection. We also assessed the impact of a biocontrol agent on downy mildew across grapevine cultivars with varying resistance levels. Phenotyping and transcriptomic analyses revealed diverse defense pathways and varying levels of basal immunity. While a modest effect of bacterial priming was observed in susceptible cultivars, the resistance levels in resistant cultivars remained unaltered.In regions prone to high humidity and moderate temperatures, we investigated whether downey mildew-resistant cultivars also exhibited resistance to Botrytis cinerea. The study highlighted the ongoing need for plant-protection products, as the acquisition of downy mildew resistance maybe associated with a loss of genes involved in gray mold resistance. After biotests and molecular analyses, we proposed the use of the beneficial bacterium Burkholderia vietnamiensis as a biocontrol agent, offering a promising alternative to chemical products

L’esca est une maladie du bois de la vigne complexe et mal connue, contre laquelle aucun moyen de lutte efficace n’existe à ce jour. Ce travail s’est concentré sur les interactions précoces entre Vitis vinifera L. et les champignons associés au « young esca » P. chlamydospora et P. aleophilum dans deux types de tissus lignifiés : l’entre-nœud et le nœud (modèle plaie de taille). La colonisation 6 et 12 semaines après traitement des souches transformées P. aleophilum::gfp7 et P. chlamydospora::gfp1 a été observée. Les deux espèces coloniseraient différents tissus dans les premières semaines suivant l’infection. Les fibres du xylème constitueraient un tissu essentiel lors de l’interaction précoce entre P. aleophilum et la vigne, tandis que P. chlamydospora::gfp1 a seulement colonisé les vaisseaux du xylème après 12 semaines. Le bois de la vigne présenterait des réponses spécifiques à la présence de P. aleophilum 6 semaines après traitement, puis générales à la blessure 12 semaines après traitement, en microscopie. L’hypothèse de la spécificité de la réponse induite dans le bois de la vigne par ces deux espèces a été confirmée en étudiant l’expression de 11 gènes associés à la défense 10 h, 24 h, 48 h et 120 hpi. La réponse précoce du bois de la vigne serait spécifique suivant l’identité des pathogènes. Les tissus de l’entre-nœud ont été induits différemment par la blessure par rapport aux tissus dans la région nodale. Un modèle pour le criblage d’agents de biocontrôle ou d’éliciteurs contre l’esca en quelques mois en conditions de laboratoire a permis le développement d’un moyen de lutte durable et novateur, l’eau ozonée. L’eau ozonée présente des propriétés sporicides remarquables contre P. aleophilum in vitro. In planta l’application d’eau ozonée sur une blessure infectée en modèle plaie de taille a réduit de moitié la quantité de mycélium capable de se développer dans le bois 9 semaines après inoculation.

L’identification des états sanitaires du raisin au moment de la vendange est un enjeu majeur afin de produire des vins de qualité. Pour répondre à cet enjeu, des données sont acquises par spectrométrie, imagerie hyperspectrale et imagerie RGB sur des échantillons de raisin au cours des vendanges.Plusieurs prétraitements adaptés à chaque type de données sont appliqués tels que la normalisation, la réduction, l’extraction de vecteurs de caractéristiques et la segmentation de zones utiles. D’un point de vue imagerie, la reconstitution en fausses couleurs des images hyperspectrales, éloignée de la réalité, ne permet pas d’étiqueter toute la diversité intra-classe. En revanche, la qualité visuelle de l’imagerie RGB favorise l’étiquetage des classes avec précision. A partir de cet étiquetage, des classifieurs tels que les machines à vecteurs de support, les forêts aléatoires, l’estimation du maximum de vraisemblance, la mise en correspondance spectrale, les k-moyennes sont testés et entrainés sur les bases étiquetées. En fonction de la nature des données, le plus performant est appliqué sur les images entières de grappes ou caisses de raisins de plusieurs cépages provenant de différentes parcelles.Les indices de qualité obtenus à partir du traitement des images RGB sont très proches des estimations effectuées par les experts du domaine
Identifying the health conditions of the grapes at harvest time is a major issue in order to produce quality wines. To meet this issue, data are acquired by spectrometry, hyperspectral imaging and RGB imaging on grape samples during harvest.Several pre-treatments adapted to each type of data are applied such as normalization, reduction, extraction of characteristic vectors, and segmentation of useful areas. From an imaging point of view, the reconstruction in false colors of hyperspectral images, far from reality, doesn’t allow to label all the intra-class diversity. On the other hand, the visual quality of RGB imaging enables accurate class labelling. From this labelling, classifiers such as support vector machines, random forests, maximum likelihood estimation, spectral mapping, k-means are tested and trained on labelled bases. Depending on the nature of the data, the most effective is applied to whole images of grape clusters or crates of grapes of several grape varieties from different parcels.The quality indices obtained from RGB image processing are very close to the estimates made by experts in the field

La viticulture est constamment sous la menace de maladies, notamment fongiques. Au cours des dernières décennies, les maladies du bois de la vigne (MDB), des pathologies très destructives, menaçant la pérennité du vignoble, sont en pleine expansion. L'une des MDB les plus répandues dans le monde est le dépérissement à Botryosphaeriacées. Les champignons de cette famille utilisent de nombreuses armes biochimiques, y compris des enzymes dégradant les parois cellulaires des plantes (PCWDEs) et des métabolites secondaires phytotoxiques, pour coloniser la vigne. Nous souhaitions produire, purifier et caractériser des PCWDEs et des phytotoxines des Botryosphaeriaceae afin de mieux connaître les mécanismes qui sous-tendent leur pathogénicité et leur virulence. Nous cherchions également à tirer profit des Botryosphaeriaceae pour obtenir de nouvelles enzymes lignocellulolytiques qui pourraient être utiles au bioraffinage végétal. En utilisant des comparaisons génomiques, nous avons mis en évidence la richesse des enzymes actives sur les glucides (CAZymes), potentiellement impliquées dans la dégradation des parois cellulaires des plantes, dans le génome de Neofusicoccum parvum. Lorsqu'il est cultivé dans des fermentations en milieu liquide, N. parvum peut produire de nombreuses CAZymes et métabolites secondaires, notamment dans des milieux de croissance contenant des biomasses lignocellulosiques. Par ailleurs, nous avons établi une méthode de purification de la phytotoxine (R)-melléine en utilisant une approche innovante via la chromatographie de partage centrifuge. Enfin, nous avons également débuté une approche visant la production hétérologue de trois nouvelles CAZymes : une acétylxylane estérase, une pectate lyase et une cellulase encore non caractérisée. Dans l'ensemble, nos résultats ont permis de mieux comprendre l'influence de la biomasse lignocellulosique sur l'expression des facteurs de pathogénicité et de virulence chez N. parvum. Cette étude pourrait également être utile pour découvrir des enzymes plus efficaces pour des applications industrielles
Viticulture is constantly threatened by plant diseases, especially those caused by fungi. In the last decades, Grapevine Trunk Diseases (GTDs) have arisen as highly destructive and rapidly expanding pathologies. One of the most worldwide prevalent GTDs is Botryosphaeria dieback, caused by Botryosphaeriaceae. These fungal species may rely on many biochemical weapons, including Plant Cell Wall-Degrading Enzymes (PCWDEs) and phytotoxic secondary metabolites, to successfully colonize the grapevine. Here, we aimed to produce, purify, and characterize PCWDEs and phytotoxins from Botryosphaeriaceae to increase knowledge of their mechanisms underlying pathogenicity and virulence. We were also interested in taking advantage of Botryosphaeriaceae pathogens to obtain novel lignocellulolytic enzymes that may benefit plant biorefining. Using genomic comparisons, we highlighted the remarkable richness of Carbohydrate-Active Enzymes (CAZymes), potentially involved in the plant cell wall degradation, in the genome of Neofusicoccum parvum. When cultured in submerged fermentations, N. parvum could produce numerous CAZymes and secondary metabolites, notably in growth media containing lignocellulosic biomasses. Furthermore, we established a purification method for the virulence-factor-candidate phytotoxin (R)-mellein using an innovative approach via Centrifugal Partition Chromatography. We also started an approach to heterologously produce three novel CAZymes: an acetylxylan esterase, a pectate lyase, and an uncharacterized cellulase. Overall, our results provided insights into the influence of lignocellulosic biomass in the expression of pathogenicity and virulence factors in N. parvum. This study may also be helpful for the discovery of more efficient enzymes for industrial applications

Les stilbènes sont des métabolites spécialisés de la vigne qui jouent un rôle important dans les réponses aux stress. Le resvératrol, principal précurseur des oligomères de stilbènes, est déjà reconnu pour ses propriétés biologiques. Les oligomères de resvératrol suscitent aussi un fort intérêt pour leurs activités biologiques dans des domaines variés. Cependant, leurs voies de synthèse sont peu caractérisées, notamment chez la vigne, et les méthodes actuelles d’obtention de ces stilbènes sont peu durables. L’objectif de cette thèse est d’étudier la biosynthèse des stilbènes dans des cultures cellulaires de vigne élicitées au méthyl-jasmonate (MeJA) et à la méthyl-β-cyclodextrine (MeβCD), afin de mieux comprendre les mécanismes enzymatiques impliqués dans la formation d’oligomères. Nous avons montré que l’élicitation par le MeJA induit la biosynthèse de différents stilbènes dans deux lignées cellulaires, dont plusieurs oligomères. L’expression hétérologue de la peroxydase 4 (PRX4) de vigne dans E. coli a révélé le rôle de cette enzyme dans la synthèse de dimères, trimères et tétramères de resvératrol. De plus, nous avons montré que le MeβCD potentialise les cellules après traitement au MeJA, augmentant ainsi l’expression des gènes associés à la synthèse du resvératrol et de ses oligomères. Nos travaux ont également montré que le MeβCD favorise l’accumulation du resvératrol, mais limite la production d’oligomères dépendante de la PRX4. Le traitement successif des deux lignées cellulaires par la MeβCD et le MeJA a aussi permis de produire plusieurs g/L de stilbènes en bioréacteur, soulignant l’intérêt industriel de ce procédé d’élicitation des cultures cellulaires
Stilbenes are specialized metabolites of grapevine that play a key role in stress response. Resveratrol, the primary precursor of stilbene oligomers, is widely recognized for its biological properties. Resveratrol oligomers are also of great interest for their pleiotropic biological activities in various applications. However, their biosynthetic pathways remain poorly characterized, especially in grapevine, and current methods of production are not sustainable. The aim of this thesis is to investigate the biosynthesis of stilbenes in grapevine cell cultures elicited with methyl-jasmonate (MeJA) and methyl-β-cyclodextrin (MeβCD) to better understand the enzymatic mechanisms involved in oligomers formation. We showed that elicitation with MeJA triggers the biosynthesis of various stilbenes, including oligomers, in two grapevine cell lines. The heterologous expression of grapevine peroxidase 4 (PRX4) in E. coli revealed the functional role of this enzyme in the synthesis of resveratrol dimers, trimers and tetramers. Furthermore, we showed that MeβCD primes grapevine cells after MeJA treatment, thereby enhancing the expression of genes associated with the biosynthesis of resveratrol and its oligomers. Our work also indicated that MeβCD enhances the accumulation of resveratrol but limits the PRX4-based synthesis of oligomers. Successive treatment with MeβCD and MeJA also triggers the production of several g/L of stilbenes in bioreactor, highlighting the industrial potential of this elicitation process in grapevine cell cultures