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Academic literature on the topic 'Virus de la dengue – La Réunion (France ; île)'
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Journal articles on the topic "Virus de la dengue – La Réunion (France ; île)"
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Bohers, Chloé, Marie Vazeille, Lydia Bernaoui, et al. "Aedes albopictus is a competent vector of five arboviruses affecting human health, greater Paris, France, 2023." Eurosurveillance 29, no. 20 (2024). http://dx.doi.org/10.2807/1560-7917.es.2024.29.20.2400271.
Full textAbstract:
Aedes albopictus collected in 2023 in the greater Paris area (Île-de-France) were experimentally able to transmit five arboviruses: West Nile virus from 3 days post-infection (dpi), chikungunya virus and Usutu virus from 7 dpi, dengue virus and Zika virus from 21 dpi. Given the growing number of imported dengue cases reported in early 2024 in France, surveillance of Ae. albopictus should be reinforced during the Paris Olympic Games in July, when many international visitors including from endemic countries are expected.
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Klitting, Raphaëlle, Géraldine Piorkowski, Dominique Rousset, et al. "Molecular epidemiology identifies the expansion of the DENV2 epidemic lineage from the French Caribbean Islands to French Guiana and mainland France, 2023 to 2024." Eurosurveillance 29, no. 13 (2024). http://dx.doi.org/10.2807/1560-7917.es.2024.29.13.2400123.
Full textAbstract:
In 2023, dengue virus serotype 2 (DENV2) affected most French overseas territories. In the French Caribbean Islands, viral circulation continues with > 30,000 suspected infections by March 2024. Genome sequence analysis reveals that the epidemic lineage in the French Caribbean islands has also become established in French Guiana but not Réunion. It has moreover seeded autochthonous circulation events in mainland France. To guide prevention of further inter-territorial spread and DENV introduction in non-endemic settings, continued molecular surveillance and mosquito control are essential.
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Vilain, Pascal, Muriel Vincent, Anne Fouillet, et al. "Flexibility of ED surveillance system to monitor dengue outbreak in Reunion Island." Online Journal of Public Health Informatics 11, no. 1 (2019). http://dx.doi.org/10.5210/ojphi.v11i1.9872.
Full textAbstract:
ObjectiveTo describe the characteristics of ED vitis related to dengue fever and to show how the syndromic surveillance system can be flexible for the monitoring of this outbreak.IntroductionIn Reunion Island, a French overseas territory located in the southwestern of Indian Ocean, the dengue virus circulation is sporadic. Since 2004, between 10 and 221 probable and confirmed autochthonous dengue fever cases have been reported annually. Since January 2018, the island has experienced a large epidemic of DENV serotype 2. As of 4 September 2018, 6,538 confirmed and probable autochthonous cases have been notified1. From the beginning of the epidemic, the regional office of National Public Health Agency (ANSP) in Indian Ocean enhanced the syndromic surveillance system in order to monitor the outbreak and to provide hospital morbidity data to public health authorities.MethodsIn Reunion Island, the syndromic surveillance system called OSCOUR® network (Organisation de la Surveillance Coordonnée des Urgences) is based on all emergency departments (ED)2. Anonymous data are collected daily directly from the patients’ computerized medical files completed during medical consultations. Every day, data files are sent to the ANSP via a regional server over the internet using a file transfer protocol. Each file transmitted to ANSP includes all patient visits to the ED logged during the previous 24 hours (midnight to midnight). Finally, data are integrated in a national database (including control of data quality regarding authorized thesauri) and are made available to the regional office through an online application3.Following the start of dengue outbreak in week 4 of 2018, the regional office organized meetings with physicians in each ED to present the dengue epidemiological update and to recommend the coding of ED visit related to dengue for any suspect case (acute fever disease and two or more of the following signs or symptoms: nausea, vomiting, rash, headache, retro-orbital pain, myalgia). During these meetings, it was found that the version of ICD-10 (International Classification of Diseases) was different from one ED to another. Indeed, some ED used A90, A91 (ICD-10 version: 2015) for visit related to dengue and others used A97 and subdivisions (ICD-10 version: 2016). As the ICD-10 version: 2015 was implemented at the national server, some passages could be excluded. In this context, the thesaurus of medical diagnosis implemented in the national database has been updated so that all codes can be accepted. ED visits related to dengue fever has been then described according to age group, gender and hospitalization.ResultsFrom week 9 of 2018, the syndromic surveillance system was operational to monitor dengue outbreak. The regional office has provided each week, an epidemic curve of ED visits for dengue and a dashboard on descriptive characteristic of these visits. In total, 441 ED visits for dengue were identified from week 9 to week 34 of 2018 (Figure 1). On this period, the weekly number of ED visits for dengue was correlated with the weekly number of probable and confirmed autochthonous cases (rho=0.86, p<0.001). Among these visits, the male/female ratio was 0.92 and median (min-max) age was 44 (2-98) years. The distribution by age group showed that 15-64 year-old (72.1%, n=127) were most affected. Age groups 65 years and more and 0-14 year-old represented respectively 21.8% (n=96) and 6.1% (n=27) of dengue visits. About 30% of dengue visits were hospitalized.ConclusionsAccording Buehler et al., “the flexibility of a surveillance system refers to the system's ability to change as needs change. The adaptation to changing detection needs or operating conditions should occur with minimal additional time, personnel, or other resources. Flexibility generally improves the more data processing is handled centrally rather than distributed to individual data-providing facilities because fewer system and operator behavior changes are needed...” 4.During this dengue outbreak, the syndromic surveillance system seems to have met this purpose. In four weeks (from week 5 to week 9 of 2018), the system was able to adapt to the epidemiological situation with minimal additional resources and personnel. Indeed, updates were not made in the IT systems of each EDs’ but at the level of the national ANSP server (by one person). This surveillance system was also flexible thank to the reactivity of ED physicians who timely implemented coding of visits related to dengue fever.In conclusion, ED surveillance system constitutes an added-value for the dengue outbreak monitoring in Reunion Island. The automated collection and analysis data allowed to provide hospital morbidity (severe dengue) data to public health authorities. Although the epidemic has decreased, this system also allows to continue a routine active surveillance in order to quickly identify a new increase.References1Santé publique France. Surveillance de la dengue à la Réunion. Point épidémiologique au 4 septembre 2018. http://invs.santepubliquefrance.fr/fr/Publications-et-outils/Points-epidemiologiques/Tous-les-numeros/Ocean-Indien/2018/Surveillance-de-la-dengue-a-la-Reunion.-Point-epidemiologique-au-4-septembre-2018. [Accessed September 8, 2018].2Vilain P, Filleul F. La surveillance syndromique à la Réunion : un système de surveillance intégré. [Syndromic surveillance in Reunion Island: integrated surveillance system]. Bulletin de Veille Sanitaire. 2013;(21):9-12. http://invs.santepubliquefrance.fr/fr/Publications-et-outils/Bulletin-de-veille-sanitaire/Tous-les-numeros/Ocean-indien-Reunion-Mayotte/Bulletin-de-veille-sanitaire-ocean-Indien.-N-21-Septembre-2013. [Accessed September 4, 2018].3Fouillet A, Fournet N, Caillère N et al. SurSaUD® Software: A Tool to Support the Data Management, the Analysis and the Dissemination of Results from the French Syndromic Surveillance System. OJPHI. 2013; 5(1): e118.4Buehler JW, Hopkins RS, Overhage JM, Sosin DM, Tong V; CDC Working Group. Framework for evaluating public health surveillance systems for early detection of outbreaks: recommendations from the CDC Working Group. MMWR Recomm Rep. 2004;53(RR-5):1-11.
Dissertations / Theses on the topic "Virus de la dengue – La Réunion (France ; île)"
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Hafsia, Sarah. "Transmission des virus de la dengue de La Réunion par les moustiques Aedes albopictus de La Réunion et d'autres îles du Sud-Ouest de l'océan Indien : rester au plus proche du terrain pour une meilleure compréhension de ces interactions." Electronic Thesis or Diss., La Réunion, 2024. http://www.theses.fr/2024LARE0009.
Full textAbstract:
La dengue est l’arbovirose la plus répandue à l’échelle globale avec la moitié de la population mondiale vivant en zone à risque, majoritairement au sein de la ceinture tropicale et subtropicale. Le virus de la dengue (DENV), agent étiologique de cette maladie, est un Orthoflavivirus comptant quatre sérotypes différents (DENV-1 à DENV-4). Deux espèces de moustiques à savoir Aedes aegypti et Aedes albopictus sont les principaux vecteurs impliqués dans la transmission du DENV dans les populations humaines au niveau mondial. Depuis 2017, l’île de La Réunion, département français d’outre-mer situé dans le Sud-Ouest de l’Océan Indien (SOOI), fait face à une épidémie de dengue sans précédent caractérisée par une augmentation significative du nombre de cas humains et de formes sévères de la maladie. Le moustique Ae. albopictus étant reconnu comme l’espèce vectrice du DENV dans les populations humaines réunionnaises, l’objectif principal de cette thèse était d’étudier les interactions entre le DENV et les populations d’Ae. albopictus de La Réunion afin de mieux comprendre le rôle de ce vecteur dans l’épidémiologie de la dengue. Dans la première partie de cette thèse, nous avons retracé l'historique de la dengue dans le SOOI, et plus particulièrement à La Réunion. Nous avons ensuite caractérisé la diversité génétique des souches virales de DENV-1 et DENV-2 ayant circulé à La Réunion et aux Seychelles lors des dernières épidémies. La troisième partie de cette thèse a été consacrée à l’analyse de la compétence vectorielle (aptitude d’une population de moustiques à transmettre un pathogène donné) des populations d’Ae. albopictus de différentes générations (générations F0 et F2) et collectées dans différents sites autour de l’île. Nous avons également examiné l’influence des bactéries endocellulaires Wolbachia sur les phénotypes de compétence vectorielle. Pour finir, nous avons étudié la compétence vectorielle des populations d’Ae. aegypti et d’Ae. albopictus provenant de différentes îles du SOOI et infectées par les virus de la dengue, du Chikungunya et du Zika. Les résultats de ces travaux permettent de mieux comprendre l’épidémiologie de la dengue et les dynamiques de transmission des arbovirus dans les îles du SOOI, particulièrement à La Réunion<br>Dengue is the most widespread arbovirosis worldwide, with half the world's population living in at-risk areas, mainly in the tropical and subtropical belt. Dengue virus (DENV), the etiological agent of this disease, is an Orthoflavivirus with four different serotypes (DENV-1 to DENV-4). Two species of mosquito, Aedes aegypti and Aedes albopictus, are the main vectors involved in transmitting DENV to human populations worldwide. Since 2017, Reunion Island, a French overseas department located in the South-West Indian Ocean (SWIO), has been facing an unprecedented dengue epidemic characterized by a significant increase in the number of human cases and severe forms of the disease. As the Ae. albopictus mosquito is recognized as the vector species of DENV in human populations on Reunion Island, the main objective of this thesis was to study the interactions between DENV and Ae. albopictus populations on Reunion Island, in order to better understand the role of this vector in dengue epidemiology. In the first part of this thesis, we retraced the history of dengue fever in the SWIO, and more specifically in Reunion Island. We then characterized the genetic diversity of DENV-1 and DENV-2 viral strains circulating in Reunion Island and the Seychelles during recent epidemics. The third part of this thesis was devoted to analyzing the vectorial competence (ability of a mosquito population to transmit a given pathogen) of Ae. albopictus populations of different generations (F0 and F2 generations) collected in different locations around the island. We also examined the influence of the Wolbachia intracellular bacteria on vector competence phenotypes. Finally, we studied the vectorial competence of Ae. aegypti and Ae. albopictus populations from different SWIO islands infected with dengue, Chikungunya and Zika viruses. The results of this work provide a better understanding of the epidemiology of dengue and the transmission dynamics of arboviruses in the SWIO islands, particularly on Reunion Island
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Barbar, Tatiana. "Exploring extrinsic and biological factors shaping Aedes albopictus vector competence : Assessing the role of Wolbachia in intestinal homeostasis maintenance." Electronic Thesis or Diss., La Réunion, 2024. http://www.theses.fr/2024LARE0004.
Full textAbstract:
Les arbovirus (virus transmis par les arthropodes), en particulier ceux appartenant au genre des Flavivirus, tels que le virus de la Dengue, le virus Zika, le virus de l'Encéphalite Japonaise, et d'autres, représentent une menace importante pour la santé publique. Ces maladies infectieuses émergentes mettent des millions de personnes en danger d'infection, causant des milliers de décès dans le monde chaque année. Les régions tropicales et subtropicales sont particulièrement vulnérables à ces virus en raison d'une combinaison de plusieurs facteurs, notamment un climat humide propice, une riche biodiversité naturelle, des sites de reproduction abondants, une urbanisation rapide, une mondialisation accrue, ainsi que des ressources limitées pour le contrôle des vecteurs. La Dengue est considérée comme l'une des maladies fébriles tropicales les plus rapides et dangereuses transmises à l'homme par les moustiques. En raison de sa prévalence généralisée et de ses taux élevés de morbidité et de mortalité, elle est identifiée comme la principale cause de fièvre après le paludisme. L'île de La Réunion, un département français situé au sud-ouest de l'océan Indien, a été fortement impactée par l'émergence et la réémergence d'épidémies de Dengue depuis 1977. Depuis lors, il s'agit d'un problème de santé majeur, ayant causé des milliers d'infections et des centaines de décès. Ces épidémies ont été déclenchées par le moustique vecteur principal sur l'île, Aedes albopictus, l'une des espèces de moustiques les plus invasives. Sur la base de facteurs environnementaux et biologiques spécifiques, les populations de moustiques à La Réunion ont développé une susceptibilité à l'infection par les quatre sérotypes du virus de la Dengue (DENV), contribuant à une efficacité élevée de transmission et créant une interaction complexe entre les facteurs environnementaux et biologique. Ainsi, comprendre la compétence biologique d'Aedes albopictus vis-à-vis des sérotypes de DENV circulant localement est crucial pour élaborer des stratégies efficaces de lutte contre la transmission de la Dengue à La Réunion. À ce jour, aucun traitement médicalement confirmé n'a été établi pour le virus de la Dengue. Ainsi, le contrôle des vecteurs, en limitant la densité des moustiques vecteurs, est la méthode la plus utilisée pour rompre la chaîne de transmission. Une stratégie de contrôle biologique mise en avant est l'utilisation de la bactérie Wolbachia. Naturellement présente chez de nombreux insectes, notamment chez Aedes albopictus, elle est l'un des facteurs intrinsèques biologiques qui pourraient affecter la compétence vectorielle vis-à-vis de DENV. Différentes études ont montré que cette dernière peut limiter l'infection par DENV chez les moustiques Aedes en manipulant plusieurs traits physiologiques.Ma thèse vise à caractériser la génétique et la phylogénie du DENV-1 circulant à La Réunion lors de la dernière épidémie et à explorer les facteurs extrinsèques et intrinsèques influençant la compétence d'Aedes albopictus vis-à-vis des sérotypes DENV-1 et DENV-2 qui ont émergé. Une part importante de la recherche est consacrée à l'exploration de la relation symbiotique entre Aedes albopictus et la bactérie Wolbachia, en mettant l'accent sur son influence sur l'équilibre intestinal tant après l'ingestion d'un repas sanguin que du virus de la Dengue<br>Arboviruses (Arthropod-Borne Viruses), specifically those belonging to the Flaviviruses genus, including Dengue virus, Zika virus, Japanese Encephalitis Virus, and others, pose significant threats to public health. These emerging infectious diseases put millions at risk of infection, causing thousands of deaths worldwide, each year. Tropical and subtropical regions have been highly susceptible to these viruses due to a combination of several factors, including conductive humid climate, rich natural biodiversity, abundant breeding sites, rapid urbanization, increased globalization, extensive travel, as well as limited resources for vector control. Dengue is considered one of the fastest and most dangerous tropical fever diseases transmitted to humans by mosquitoes. Due to its widespread occurrence and high morbidity and mortality rates, it is identified as the leading cause of fever after Malaria. La Réunion Island, a French department located in the Southwest of the Indian Ocean, has been significantly impacted by the emergence and re-emergence of dengue epidemics since 1977. Since then, this has been considered a major health problem as it has caused thousands of infections and hundreds of fatalities. These epidemics were triggered by the primary mosquito vector for Dengue virus on the island, Aedes albopictus, one of the most invasive mosquito species. Based on specific environmental and biological factors, mosquito populations in La Réunion had developed a susceptibility to the infection by the four-dengue virus (DENV) serotypes, contributing to high transmission efficiency and creating a complex interplay between environmental and biological factors. Thus, understanding the biology of Aedes albopictus competence towards the DENV serotypes circulating locally is crucial for devising effective strategies to mitigate Dengue transmission in La Réunion. As of today, no medically confirmed treatment has been established for Dengue virus. Thus, vector control, limiting the density of vector mosquitoes is the most usedMy thesis aims to explore both extrinsic and intrinsic factors influencing the competence of Aedes albopictus towards the Dengue virus serotypes that have emerged in La Réunion during the last epidemics. Special focus will be addressed on understanding the mutualistic relationship between Aedes albopictus and the Wolbachia bacterium, and its impact on maintaining intestinal homeostasis both under normal conditions and following DENV ingestion of a blood meal and the Dengue virus
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Clain, Marie Élodie. "Valorisation des éco-extraits de plantes médicinales réunionnaises dans la lutte contre les maladies virales émergentes de l'océan Indien." Thesis, La Réunion, 2018. http://www.theses.fr/2018LARE0033/document.
Full textAbstract:
Les maladies virales à transmission vectorielle émergentes et ré-émergentes comme la dengue, le chikungunya ou le zika sont responsables de nombreuses épidémies sévères à travers le monde. Récemment, la propagation rapide et très étendue du virus zika (ZIKV) ainsi que les complications neurologiques graves liées à l’infection par ZIKV ont incité l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) à déclarer le ZIKV comme une urgence de santé publique mondiale. Aujourd’hui, les mesures préventives ou curatives de l’infection par ZIKV sont quasiment inexistantes. D’autre part, la flore endémique de La Réunion est connue comme une source riche, renouvelable et prometteuse en produits naturels anti-infectieux. L’inscription à la pharmacopée française de 19 plantes médicinales réunionnaises souligne le potentiel thérapeutique des substances naturelles issues de la biodiversité locale. Les travaux ont été consacrés à l’identification de substances naturelles anti-ZIKV issues d’une sélection de sept plantes médicinales réunionnaises inscrites à la pharmacopée française. Dans une première étape, une extraction sans solvant assistée par micro-ondes a été appliquée sur les sept plantes médicinales sélectionnées afin d’obtenir des éco-extraits. Dans une deuxième étape, le criblage de l’activité antivirale, en utilisant un clone moléculaire du ZIKV avec un gène rapporteur, a permis d’identifier deux éco-extraits actifs provenant de Aphloia theiformis et de Psiloxylon mauritianum. Après avoir vérifié l’absence de cytotoxicité et de génotoxicité des extraits actifs, l’activité antivirale a été aussi démontrée sur d’autres types d’extraits réalisés via des méthodes d’extractions traditionnelles (infusion, décoction et macération). L’activité antivirale a été validée sur différentes souches de ZIKV (historique et épidémique) ainsi que sur les 4 sérotypes du virus de la dengue. Enfin, le mode d’action des deux extraits actifs a été étudié. Il a été montré que les éco-extraits d’A. theiformis et de P. mauritianum ciblent les phases précoces du cycle viral en inhibant l’attachement du virus à la cellule hôte. À l’aide de la microscopie électronique, il a été montré que l’éco-extrait d’A. theiformis déforme la particule virale empêchant cette dernière de s’attacher à la membrane de la cellule hôte. Ces résultats démontrent l’importance des plantes médicinales réunionnaises comme source de substances naturelles anti-infectieuses<br>Emerging and re-emerging vector-borne viral diseases such as dengue, chikungunya or zika are responsible for many severe epidemics worldwide. Recently, the rapid spread of zika virus (ZIKV) worldwide and the serious neurological complications associated with ZIKV infection have prompted the World Health Organization (WHO) to declare ZIKV a public health emergency. Today, preventive or curative measures against ZIKV infection are almost non-existing. On the other hand, the endemic flora of Reunion Island is known as a rich, renewable and promising source of natural anti-infective products. The registration of 19 medicinal plants from Reunion Island in the French pharmacopoeia highlights the therapeutic potential of natural substances derived from local biodiversity. The work was dedicated to the identification of natural anti-ZIKV substances from a selection of seven medicinal plants from La Reunion registered in the French pharmacopoeia. In a first step, in collaboration with a local start-up (Bourbon Extracts), a solvent-free microwave-assisted extraction was applied to the seven selected plants in order to obtain eco-extracts. In a second step, the screening for antiviral activity, using a ZIKV molecular clone with a reporter gene, allowed the identification of two candidate plants: Aphloia theiformis and Psiloxylon mauritianum. After verifying the absence of cytotoxicity and genotoxicity of the active extracts, the antiviral activity was also demonstrated on other types of extracts using traditional extraction methods (infusion, decoction and maceration). The antiviral activity has been validated on different strains of ZIKV (historical and epidemic) as well as on the four serotypes of the dengue virus. Finally, the mode of action of the two active extracts has been studied. It has been shown that the eco-extracts from A. theiformis and P. mauritianum target the early steps of the viral cycle by inhibiting the attachment of the virus to the host cell. Using electron microscopy, it has been shown that the eco-extract of A. theiformis deforms the viral particle preventing its attachment to the membrane of the host cell. These results demonstrate the importance of medicinal plants from Reunion Island as a source of natural anti-infectious substances
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Fouillaud, Mireille. "Micro-organismes et virus associés au nid de la guêpe Polistes hebraeus F. (Hymenoptera Vespidae) à l'Île de la Réunion." Aix-Marseille 1, 1994. http://www.theses.fr/1994AIX11045.
Full textAbstract:
Le nid de la guêpe polistes hebraeus f. (hymenoptera : vespidae) permet l'accumulation et la persistance de micro-organismes et de virus inclus liés à l'alimentation des larves durant le développement de la colonie. Si la plus grande partie des espèces fongiques et bactériennes identifiées sont des espèces saprophytes communément associées aux végétaux et aux proies consommées, les particules virales sont spécifiques d'épizooties ou d'enzooties sévissant au sein de populations de lépidoptères constituant l'entomofaune associée aux nids. Plusieurs CPV, un NPV et un EPV, dont les pouvoirs infectieux sont intacts, ont ainsi pu être caractérisés et identifiés, par l'analyse de leurs acides nucléiques. L'étude de la répartition de ces agents infectieux dans les nids a de plus permis de dater l'apparition des maladies dans les écosystèmes. (DocThèses)
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Reynaud, Bernard. "Transmission des virus de la striure, du stripe et de la mosai͏̈que du mai͏̈s par leurs vecteurs Cicadulina Mbila (Naude, 1924) et Peregrinus maidis (Ashmead, 1890) (Homoptera) : approches biologique, génétique et épidémiologique de la relation vecteur-virus-plante." Montpellier 2, 1988. http://www.theses.fr/1988MON20223.
Full textAbstract:
L'importance des degats occasionnes en zone tropicale par le maize streak virus (msv) transmis par cicadulina mbila (naude) et par le maize stripe virus (mstpv) ou le maize mosaic virus (mmv) transmis tous deux par peregrinus maidis (ashmead) a motive la creation de varietes resistantes. A cette fin, des recherches sur la biologie des vecteurs, les modes de transmission et le determinisme genetique de la resistance ont ete entreprises. C. Mbila est plus sensible aux temperatures basses et p. Maidis aux temperatures elevees. Ils sont oligophages. Le mil et le mais doux sont leurs plantes preferentielles respectives. A la reunion, les niveaux de populations augmentent fortement durant la saison chaude. C. Mbila peut accumuler rapidement le msv et le transmettre meme a de tres faibles concentrations. La multiplication du mstpv, mise en evidence par la technique elisa, est possible des l'incubation des ufs. Une barriere a la penetration de la paroi intestinale est mise en evidence pour les trois virus; une seconde barriere limite l'acces aux sites d'inoculation pour le mmv et le mstpv. Enfin, une troisieme barriere affecte la transmission ovarienne de mstpv, des determinismes simples chez l'insecte controlent chacune d'elles. Un gene recessif et deux genes dominants controlent la transmission du mstpv. Le composite irat 297 a exprime une excellente resistance aux trois viroses. Le niveau des resistances partielles polygeniques est tres eleve pour la striure; pour le stripe, la resistance complete, est predominante. L'identification de trois serotypes et de deux groupes de virulences montre la variabilite du msv
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Claverie, Sohini. "Étude de la diversité et de la structure des communautés virales à l’échelle des agro-écosystèmes. Le modèle épidémiologique des mastrévirus des Poaceae à La Réunion." Thesis, La Réunion, 2020. http://www.theses.fr/2020LARE0011.
Full textAbstract:
L’ubiquité, l’abondance et la diversité des virus ont mis en exergue qu’ils font partie intégrante des écosystèmes. Afin de mieux comprendre comment ils interagissent, s’adaptent et évoluent, il est essentiel de les étudier à l’échelle des écosystèmes, en particulier à l'échelle des agro-écosystèmes où la promiscuité entre mondes sauvages et cultivées facilitent de nouvelles interactions pouvant aboutir à l‘émergence de nouveaux variants viraux. Cette étude s’est focalisée sur les phytovirus du genre Mastrévirus, transmis par cicadelles et responsables de nombreuses maladies sur cultures en Afrique et dans les îles de l’océan Indien. Nos travaux ont porté sur le développement d’une approche de métagénomique ciblant les virus à petits génomes à ADN circulaire dénommée RCA-RA-NGS. Cette approche repose sur l'amplification en cercle roulant, le marquage des amplicons par PCR aléatoire permettant un multiplexage allant jusqu’à 1200 échantillons et le séquençage haut débit Illumina avant classification des lectures obtenus par recherche de similarité et placement phylogénétique. L’analyse de près de 3000 échantillons représentant 30 espèces de Poaceae a permis de démontrer que 18 de ces espèces et globalement 8 % des plantes évaluées étaient infectées par des mastrévirus. Outre la découverte d'espèces de mastrévirus non décrites auparavant, nos résultats fournissent une vue exhaustive du réseau d'association mastrévirus-hôte au sein d'un agro-écosystème. La topologie de ce réseau suggère (1) l’imbrication des gammes spécialistes dans celles des généralistes mais l’absence de modularité, (2) des hôtes agissant comme des carrefours viraux et (3) la présence de recombinaison<br>Viruses’ ubiquity, abundance and diversity have highlighted that they are naturally embedded into global ecosystems. In order to better understand how they interact, adapt and evolve, it is essential to study them at the ecosystem scale, particularly at the agro-ecosystem scale where the promiscuity between wild and cultivated ecosystems facilitates new interactions favouring the emergence of new viral variants. This study focused on phytoviruses of the genus Mastrevirus, transmitted by leafhoppers and responsible for many crop diseases in Africa and the Indian Ocean islands. Our work focused on the development of a metagenomic approach called RCA-RA-NGS targeting viruses with small circular DNA genomes. This approach is based on rolling-circle amplification step followed with amplicons tagging using random PCR allowing multiplexing of up to 1200 samples and Illumina high-throughput sequencing before classification of the reads obtained by similarity search and phylogenetic placement. The analysis of nearly 3000 samples representing 30 species of Poaceae showed that 18 of these species and globally 8% of the evaluated plants were infected by masteviruses. In addition to the discovery of previously undescribed mastrevirus species, our results provide a comprehensive view of the network of mastrevirus-host association within an agro-ecosystem. The topology of this network suggests (1) no modularity and only nestedness of specialists host ranges with those of generalists, (2) hosts acting as viral hub and (3) the presence of recombination
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Rassaby, Laurence. "Le syndrome de la feuille jaune de la canne à sucre causé par le Sugarcane yellow leaf virus (SCYLV) à la Réunion : caractérisation et impact." La Réunion, 2001. http://elgebar.univ-reunion.fr/login?url=http://thesesenligne.univ.run/01_15_Rassaby.pdf.
Full textAbstract:
Des travaux ont été menés à la Réunion sur la syndrome de la feuille jaune (YLS) causé par le 'sugarcane yellow leaf virus' (SCYLV). Les caractéristiques agronomiques de cannes à sucre infectées ou non ont été comparées avec trois cultivars de canne à sucre : R570, R577 et R579. Des pertes de la production en tonnage (23%) et en sucre (11%) ont été mises en évidence uniquement pour le cultivar R577. Une enquête a été conduite pour déterminer la progression du YLS à la Réunion. Les taux d'infection ont varié selon le cultivar et selon le site de prélèvement, mais sont restés relativement stables sur une période de 30 mois. Ces résultats suggèrent que le niveau de résistance au YLS diffère selon les cultivars, que les souches de canne à sucre infectées ne récupèrent pas de la maladie après la récolte et que le virus est principalement propagé par la plantation de boutures infectées et non par l'intermédiaire d'insectes vecteurs. La dynamique du SCYLV dans la canne à sucre a également été étudiée. Un mois après la germination des boutures infectées, le virus a été découvert dans toutes les parties de la plante quel que soit le cultivar. Deux espèces de pucerons ont été identifiées sur canne à sucre à la Réunion : Melanaphis sacchari et Rhopalosiphum maidis. La présence du SCYLV a été mise en évidence uniquement dans M. Sacchari. Huit mois après la plantation du cultivar sensible R575 indemne de SCYLV dans une zone infestée par le virus, 24% des plantes étaient infectés par le SCYLV. La variabilité génétique du SCYLV a été analysée avec 48 isolats viraux de la Réunion et 24 isolats originaires d'autres pays. L'analyse phylogénétique a permis de montrer que les régions les plus variables du SCYLV sont les ORFs 1 et 2. En revanche, la région la plus conservée est l'ORF3. En se basant sur la variabilité de l'ensemble du génome, la grande majorité des isolats de la réunion se différencient des isolats d'autres origines. [Résumé de l'auteur]
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Techer, Sophie. "Criblage d’activités biologiques de plantes endémiques ou indigènes de La Réunion - Recherche de molécules antivirales ciblant le virus du chikungunya." Thesis, La Réunion, 2013. http://www.theses.fr/2013LARE0014/document.
Full textAbstract:
Ce travail de thèse s'attache à identifier des plantes et/ou molécules à activités cytotoxique, antioxydante, anti-inflammatoire et antivirale ciblant le virus du chikungunya (CHIKV) dans le but de trouver des alternatives thérapeutiques vis-à-vis du stress oxydatif et de l'inflammation, mécanismes impliqués dans les maladies chroniques non transmissibles (diabète, obésité…), et de la maladie du chikungunya, maladie vectorielle réémergente. La première partie de ces travaux présente les résultats obtenus lors d'un criblage d'activités biologiques réalisé sur une sélection de dix-huit plantes endémiques et indigènes de La Réunion. Les activités ciblées ont été les activités cytotoxiques sur une lignée cellulaire humaine (cellules THP-1), les activités antioxydantes évaluées par un test in cellulo d'hémolyse et par quatre tests chimiques (TEAC/DPPH/FRAP/ORAC) ainsi qu'une évaluation de la teneur en composés phénoliques (test FOLIN) et les activités anti-inflammatoires testées sur des macrophages murins (cellules RAW-BlueTM). Les résultats obtenus ont permis de mettre, plus particulièrement, en évidence les activités de différents extraits : cytotoxique pour Carissa spinarum, antioxydantes pour Agarista buxifolia et Dryopteris wallichiana et anti-inflammatoire pour Stillingia lineata et Indigofera ammoxylum. La deuxième partie du travail est consacrée à l'étude phytochimique d'une espèce indigène de La Réunion, Stillingia lineata, choisie en raison des résultats obtenus lors de ce criblage biologique préliminaire et de ceux du programme Phytochik. Un fractionnement bioguidé par un test antiviral, réalisé sur des cellules Vero (cellules rénales de singe vert Cercopithecus aethiops) contaminées par le CHIKV, a conduit à l'isolement de trois macrocycles diterpéniques rares de type tonantzitlolone dont l'un présente une structure non caractérisée jusque-là, et d'un pimarane de structure nouvelle. La 4'-acétoxytonantzitlolone a été identifiée comme molécule candidate contre le CHIKV (CE50 = 7 μM). Des relations structure-activité ont pu être définies ; la présence d'un groupement oxygéné sur la chaîne latérale des tonantzitlolones semble jouer un rôle important sur la réponse antivirale de ces squelettes diterpéniques<br>The aims of this PhD work were to identify plants and/or molecules with cytotoxic, antioxidant, anti-inflammatory or antiviral (chikungunya virus , CHIKV) activities in order to find therapeutic alternatives towards oxidative stress and inflammation, mechanisms involved in chronic noncommunicable diseases (diabetes, obesity ...), and chikungunya disease, reemerging vector-borne disease. The first part of this work presents the results obtained from a biological screening carried out on a selection of eighteen endemic and indigenous plants of La Réunion. The targeted activities were cytotoxicity on a human cell line (THP-1), antioxidant activities evaluated using an in cellulo hemolysis assay and four chemical tests (TEAC / DPPH / FRAP / ORAC) together with an evaluation of the content of phenolic compounds (FOLIN test) and anti-inflammatory activity tested in murine macrophages (RAW cells-BlueTM). The results allowed to highlight activities of different extracts in particular : cytotoxic for Carissa spinarum, antioxidant for Dryopteris wallichiana and Agarista buxifolia and anti-inflammatory for Stillingia lineata and Indigofera ammoxylum.The second part of this work is devoted to the phytochemical study of Stillingia lineata, an indigenous species of La Réunion chosen because of the results obtained in this preliminary biological screening and those carried out in Phytochik programme. Bioassay-guided fractionation performed on Vero cells (green monkey kidney cells Cercopithecus aethiops) infected with CHIKV led to the isolation of three rare macrocycle-type diterpenes called tonantzitlolone and a new pimarane. The 4'-acetoxytonantzitlolone was identified as a candidate molecule against CHIKV (EC50 = 7 μM). Structure-activity relationships have been defined, the presence of an oxygenated group on the side chain of tonantzitlolones seems to play an important role in the antiviral response of the diterpene skeleton