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Dissertations / Theses on the topic 'Vaccins à ARN messager'
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Sebane, Mohammed Karim. "Développement d’une approche vaccinale antitumorale basée sur la délivrance d’ARN messager." Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2024. http://www.theses.fr/2024STRAJ039.
Full textAbstract:
L’immunothérapie a récemment pris une place centrale dans le traitement du cancer. Les vaccins antitumoraux s’y distinguent comme l’une des approches les plus ciblées. Récemment, l’ARN messager (ARNm) s’est distingué comme une plateforme vaccinale prometteuse notamment grâce au développement de nanoparticules lipidiques (LNP) capables de l’encapsuler. Cependant, ces dernières peuvent induire l’apparition d’anticorps anti-LNP. Ainsi, notre but était le développement de nouveaux vecteurs pour la délivrance de vaccins ARNm à base de « cell-penetrating peptides » (CPP), de courtes séquences peptidiques capables de traverser les membranes cellulaires pour y délivrer des molécules thérapeutiques. Ces travaux ont permis l’identification de CPP dérivés des séquences du peptide antimicrobien LAH4, de la protéine virale Vpr et de l’hémagglutinine comme potentiels vecteurs pour la délivrance d’ARNm aux cellules dendritiques. Les CPP que nous avons développés pourraient représenter une alternative viable et efficace pour la vectorisation de l’ARNm, ouvrant de nouvelles perspectives dans le domaine des vaccins antitumorauxImmunotherapy has recently taken on a central role in cancer treatment. Antitumor vaccines stand out as one of the most targeted approaches. Recently, messenger RNA (mRNA) has emerged as a promising vaccine platform, thanks in particular to the development of lipid nanoparticles (LNPs) capable of encapsulating it. However, the latter can induce the appearance of anti-LNP antibodies. Our aim was therefore to develop new vectors for the delivery of mRNA vaccines based on cell-penetrating peptides (CPPs), short peptide sequences capable of crossing cell membranes to deliver therapeutic molecules. This work has led to the identification of CPPs derived from sequences of the antimicrobial peptide LAH4, the viral protein Vpr and hemagglutinin as potential vectors for mRNA delivery to dendritic cells.The CPPs we have developed could represent a viable and efficient alternative for mRNA vectorization, opening up new prospects in the field of antitumor vaccines
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Coolen, Anne-Line. "Formulation et vectorisation d’un ARN messager vaccinal codant l’antigène Gag du VIH-1 à l’aide de nanoparticules biodégradables de poly(acide lactique)." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1292.
Full textAbstract:
Le développement de vaccins à ARNm est en plein essor dans le domaine de la vaccinologie. Un des défis majeurs de ces approches est de parvenir à transporter et délivrer les ARNm dans le cytoplasme des cellules dendritiques (DC) pour permettre la production d’antigène et l’activation des réponses immunitaires.L’objectif de ce travail a porté sur la conception et l’évaluation de nouvelles stratégies de vectorisation des ARNm par des nanoparticules de poly(acide lactique) (NP-PLA). Une stratégie basée sur l’adsorption des ARNm à la surface des NP-PLA par l’intermédiaire du LAH4-L1, un peptide cationique amphipathique, a été développée. Des polyplexes formés suite à la condensation de l’ARNm par le LAH4-L1 ont été adsorbés sur les NP-PLA pour former des nanocomplexes. L’intérêt des polyplexes et nanocomplexes pour le ciblage des DC et l’activation des réponses immunitaires in vitro a été évalué. Dans des tests de transfection, ces formulations ont induit une expression efficace d’ARNm modèles dans des DC. La présence des NP-PLA dans les formulations semble favoriser l’expression des ARNm. Le traitement avec des inhibiteurs a révélé que les polyplexes et nanocomplexes semblent internalisés par phagocytose et endocytose clathrine-dépendante, et s’échappent des endosomes par un mécanisme dépendant de la pompe à protons v-ATPase. Suite à la transfection de DC dérivées de monocytes (moDC), nous avons montré que nos formulations stimulent les récepteurs de l’immunité innée et induisent une réponse pro-inflammatoire. Cette activation est associée à la maturation des moDC, à la présentation de peptides antigéniques sur le CMH-I et -II et à la sécrétion de cytokines et chémokines impliquées dans l’immunité adaptative. Ces données soulignent l’intérêt des NP-PLA associées au LAH4-L1 pour vectoriser des ARNm, cibler des DC et activer les réponses immunitaires. Dans le contexte du VIH-1, ce type de réponse pourrait aider le système immunitaire à contrôler la charge viraleMRNA-based vaccines currently raise a growing interest in vaccinology. However, the transport and delivery of mRNAs to DC cytoplasm in order to induce antigen production and immune responses remains challenging. The objective of this thesis concerns the design and evaluation of novel strategies to vectorize vaccine mRNAs by poly(lactic acid) nanoparticles (PLA-NPs). We developed a strategy based on mRNA adsorption onto PLA-NPs using, as intermediate, LAH4-L1, an amphipathic cationic peptide. To do this, mRNAs were condensed by LAH4-L1 to form polyplexes which was then adsorbed onto PLA-NPs in a second step to form nanocomplexes. The LAH4-L1/mRNA polyplexes and PLA-NP/LAH4-L1/mRNA nanocomplexes ability to target DCs and induce immune responses in vitro was evaluated. We showed that formulations induce an efficient transfection of mRNA in DCs in vitro. The addition of PLA-NPs in formulations seems to increase sustained expression of mRNAs. DC treatment by inhibitors revealed that polyplexes and nanocomplexes are taken up by phagocytosis and clathrin-dependent endocytosis, and escape endosomes by a v-ATPase-dependent mechanism. Transfection of monocyte-derived DCs (moDCs) showed that LAH4-L1/mRNA polyplexes and PLA-NP/LAH4-L1/mRNA nanocomplexes trigger innate-sensing activation with pro-inflammatory responses. This activation is associated with moDCs maturation, MHC-I and MHC-II presentation, and the secretion cytokines and chemokines involved in adaptive immunity.These data highlight the interest of these new platform formulations to vectorize mRNAs, target DCs and induce immune responses, which in the context of HIV-1, could help the immune system to control the viral load
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Gaudin, Cyril. "Nouvelles caractérisations structurales de l'ARN transfert-messager." Rennes 1, 2004. http://www.theses.fr/2004REN10023.
Full textAbstract:
La "trans-traduction" est un mécanisme bactérien qui permet la libération de ribosomes bloqués en cours de synthèse protéique. Ce mécanisme fait intervenir l'ARN transfert-messager (ARNtm), comportant un domaine ARNt et un cadre ouvert de lecture, et la protéine SmpB. Chez certaines espèces, le gène codant pour l'ARNtm a subi une permutation circulaire dont la transcription aboutit à un ARN précurseur maturé sous la forme de deux ARN distincts. Nous avons caractérisé par cartographie chimique et enzymatique la structure secondaire de cet ARNtm en deux parties. D'autre part, nous avons déterminé, par résonance magnétique nucléaire, le degré de similarité structurale entre le domaine assurant la fonction ARNt de la molécule (TLD) et les ARNt standards. Nous avons montré que ce domaine interagit avec SmpB. Afin d'obtenir des informations supplémentaires sur l'initiation de la trans-traduction, nous avons entrepris de résoudre la structure du complexe TLD/SmpB par RMN.
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Alves, Annabelle. "Analyse fonctionnelle du complexe Nup 107-160 des pores nucléaires au cours du cycle cellulaire des vertébrés." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112069.
Full textAbstract:
Dans les cellules eucaryotes, la communication entre les compartiments nucléaire et cytoplasmique est assurée par les pores nucléaires (ou NPCs), assemblages complexes de protéines, ou nucléoporines, ancrés dans l’enveloppe nucléaire. Mes travaux ont consisté en l’analyse de la fonction d’un sous-complexe des NPCs, le complexe Nup107-160. L’étude de ce complexe par ARN interférence dans des cellules humaines m’a permis de confirmer que ce complexe joue un rôle dans l’export des ARN messagers, fonction qui pourrait être liée à sa présence au sein de foyers intranucléaires. En parallèle, j’ai pu observer que la déplétion de certains composants du complexe Nup107-160 induit une réduction du marquage de nombreuses nucléoporines à l’enveloppe nucléaire et une diminution drastique du nombre de NPCs en général. Cette étude a été approfondie par des expériences in vitro, effectuées en collaboration par l’équipe du Dr Mattaj, qui ont montré que le complexe Nup107-160 joue un rôle crucial dans l’assemblage post-mitotique des NPCs. Le complexe Nup107-160 est également localisé aux kinétochores en mitose. Mes travaux ont permis d’identifier un partenaire potentiel du complexe au sein de ces structures. De plus, l’analyse des phénotypes induits par la déplétion du complexe Nup107-160 au niveau des kinétochores montre que ce complexe pourrait jouer un rôle dans la ségrégation des chromosomes. L’ensemble de mes travaux a donc mis en évidence que le complexe Nup107-160 joue un rôle crucial dans la formation des NPCs et a ouvert de nouvelles perspectives relatives à la compréhension des fonctions de ce complexe dans l’export des ARN et la ségrégation des chromosomesIn eucaryotic cell, nuclear pore complexes (NPCs) allow traffic between nuclear and cytoplasmic compartments. NPCs are large assemblies of proteins, named nucleoporins, that are anchored within the nuclear envelope. During my PhD, I have analyzed the function of a NPC sub-complex, the Nup107-160 complex. The study of this complex using an RNA interference approach in human cells confirmed that this complex has an important role in messengers RNA export in interphase, a feature that might be linked to its appearance in intranuclear foci. In parallel, I have studied the function of the Nup107-160 complex during vertebrate mitosis. I observed that depletion of some components of the Nup107-160 complex by RNA interference induces a decreased staining at the nuclear envelope of numerous nucleoporins and a drastic decrease of NPC number. These data together with in vitro experiments done in collaboration with Dr Mattaj’s laboratory have demonstrated that the Nup107-160 complex plays a critical role during NPC post-mitotic reassembly. Furthermore, the Nup107-160 complex also localizes at kinetochores. We found a potential partner of this complex within these structures. In addition, analysis of the phenotypes induced by Nup107-160 complex depletion at kinetochores show that this complex might be important for proper chromosome segregation during mitosis. The data included in this manuscript have therefore demonstrated that the Nup107-160 complex plays an important role in NPC formation and open new perspectives for the understanding of the mechanisms underlying its involvement in RNA export and chromosome segregation
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Hutchison, Stephen. "Caractérisation de deux élements introniques modulant l'épissage alternatif de l'ARN pré-messager du gene de hnRNP A1." Sherbrooke : Université de Sherbrooke, 2001.
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Rouquier, Sylvie. "La protéine des calculs pancréatiques de rat : structure de l'ARN messager et régulation nutritionnelle." Aix-Marseille 3, 1991. http://www.theses.fr/1991AIX30011.
Full textAbstract:
Le suc pancreatique est naturellement sursature en caco#3. Or in vivo, la precipitation de ce sel n'a lieu que dans certaines conditions pathologiques. La pancreatite chronique calcifiante (pcc) se caracterise par la formation de calculs de caco#3 dans les canaux pancreatiques conduisant progressivement a une insuffisance de la secretion exocrine. La lithostathine s, proteine abondante de la secretion pancreatique, est un regulateur de la croissance de caco#3, necessaire au maintien de la fluidite du suc. Nous avons obtenu la sequence de son arnm chez l'homme et montre que son expression etait en moyenne 3 fois plus faible chez des patients atteints de pcc que chez des individus sains, indiquant ainsi une origine possible de la maladie. Des etudies epidemiologiques avaient montre que des facteurs dietetiques favorisaient l'apparition de la maladie. Nous avons clone et sequence l'adn complementaire a l'arnm de la lithostathine de rat et montre que, bien que n'ayant pas d'activite proteolytique connue, l'expression de la proteine etait tres fortement stimulee par la ration proteique du regime alimentaire. D'autre part, une homologie complete a ete observee entre l'arnm de la lithostathine s de rat et le transcrit du gene reg (terazono et al. J. Biol. Chem. 1988) exprime specifiquement dans les ilots de langerhans en regeneration. Nous avons egalement mis en evidence cette expression pour la lithostathine s. De plus, nous avons montre sa surexpression au cours de la phase initiale du processus de regeneration du tissu exocrine. Cette expression est probablement reliee au phenomene de dedifferenciation cellulaire observe dans les deux types de tissus (exocrine et endocrine) au cours du processus de regeneration. Dans le pancreas mature, la lithostathine est exprimee uniquement dans le tissu exocrine et est impliquee dans l'inhibition de la croissance des cristaux de caco#3
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Legendre, Matthieu. "Recherche de motifs d'ARN non-codants : du messager au microARN." Aix-Marseille 2, 2005. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2005AIX22066.pdf.
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Azizi, Hiva. "Mechanistic insights of SIDER2 retroposon-mediated mRNA decay in Leishmania." Doctoral thesis, Université Laval, 2017. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27725.
Full textAbstract:
Leishmania est un pathogène important pour la santé humaine avec plus de 350 millions de personnes à risque dans le monde. Leishmania présente des caractéristiques uniques en termes de régulation génique constituant ainsi un excellent modèle pour l’étude des mécanismes de régulation génique. Chez Leishmania ainsi que les autres Trypanosomatidae, il n’y a pas de controle au niveau de l’initiation de la transcriptin et la regulation se fait pas presque exclusivement au niveau post-transcriptionnel. Les éléments régulateurs en cis situés dans les régions 3' non-traduites (3'UTRs) des ARN messagers chez Leishmania (ARNms) sont essentiels pour la régulation de la stabilité ou la traduction des transcrits. Malgré les efforts considérables déployés pour l’identification de ces éléments régulateurs, uniquement quelques centaines ont été caractérisées chez les eucaryotes. Nous avons identifiés une nouvelle classe de rétroéléments agissant en cis, appelés SIDERs (Short Interspersed DEgenerate Retroposons) qui sont largement distribués dans le génome du parasite (>2000 copies de SIDER1 et SIDER2), situés pour la plupart dans la région 3ʹUTR. Les transcrits contenant SIDER2 le région 3ʹUTR sont dégradés par un mécanisme indépendant de la déadénylation initié par un clivage endonucléolytique au sein de la séquence signature II (SII) qui est conservée parmi SIDER2. Mon travail a consisté à déterminer les séquences nécessaires pour le clivage endonucléolytique et à identifier les trans-régulateurs jouant un rôle dans la dégradation des ARNm dépendante de SIDER2. Nous avons adopté une approche de purification d'affinité d'ARN étiquetés MS2 permettant de capturer les facteurs trans-régulateurs. Parmi ces éléments liant spécifiquement SIDER2, la Pumilio protéine PUF6 est responsable de la dégradation du transcrit rapporteur possédant la séquence SIDER2 en 3ʹUTR. De plus, l’inactivation du gène PUF6 se manifeste par une augmentation de stabilité des transcrits, suggérant un rôle de PUF6 dans la dégradation des ARNm médiée par SIDER2. Des études de mutations au sein de la séquence conservée, signature II, responsable de la régulation de la dégradation, ont permis de souligner l’importance de sites de clivages putatifs, précédemment identifiés au niveau de SIDER2. De plus, deux régions additionnelles proches de l’extrémité terminale de la séquence SIDER2 se sont révélées de jouer aussi un rôle au niveau de la déstabilisation de l’ARNm. Enfin, nous avons investigué le rôle de la traduction au niveau de la dégradation des ARNm médiée par SIDER2 et nous avons montré que la dégradation des transcrits SIDER2 est liée à une traduction active, soulignant ainsi l’importance de la machinerie de la traduction au niveau de la régulation globale des transcrits contenants des éléments SIDER2 dans le 3’UTR..Leishmania spp. are important human pathogens which put lives of over 350 million people at risk, worldwide. Apart from being an important human pathogen, Leishmania has unique features in terms of gene regulation, rendering it an excellent model organism to study gene regulation mechanisms. Notably, Leishmania and other trypanosomatids lack control at the level of transcription initiation and therefore most of the regulation of gene expression takes place post-transcriptionally. Cis-acting elements in 3ʹ-untranslated regions (3ʹUTRs) of Leishmania messenger RNAs (mRNAs) are central to the regulation of mRNA decay or translation efficiency. We have identified a novel class of cis-acting retroposons, termed SIDERs (Short Interspersed DEgenerate Retroposons) that are widely distributed in the parasite genome (>2000 copies of SIDER1 and SIDER2), mostly within 3ʹUTRs. Transcripts bearing SIDER2 in their 3ʹUTR are degraded via a deadenylation-independent pathway involving endonucleolytic cleavage within the conserved signature II (SII) sequence of SIDER2 elements. My research project aimed at determining the sequence requirements for endonucleolytic cleavage and identifying the trans-acting factor(s) contributing to SIDER2-mediated mRNA decay. We employed a tethering approach using the MS2 system to capture the trans-acting proteins in vivo. Amongst the proteins specifically tethered to SIDER2, the Pumilio protein PUF6 was shown to downregulate the SIDER2-harboring reporter transcript. Furthermore, inactivation of the PUF6 gene resulted in upregulation and increased transcript stability, indicating that PUF6 contributes to SIDER2-mediated decay. Mutational analysis within the conserved SII region, known to regulate decay, highlighted the importance of the previously mapped putative cleavage sites in mediating degradation of SIDER2-containing transcripts. Furthermore, two additional regions closer to the end of the SIDER2 sequence were found to contribute to mRNA destabilization. Finally, we addressed the requirement of translation for SIDER2 mediated decay and showed that degradation of SIDER2 transcripts is linked to ongoing translation, underscoring significance of the translation apparatus in global regulation of SIDER2-containing transcripts.
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Rochdi, Moulay Driss. "Les régions 3' non-traduites (3'UTRs) de l'ARNm de la calpastatine : leur organisation, structure et implication dans des intéractions de type ARN-protéine." Sherbrooke : Université de Sherbrooke, 2000.
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Herissant, Lucas. "Ubiquitination de l'Histone H2B et Biogenèse des ARN messagers." Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077222.
Full textAbstract:
L'ubiquination de l'Histone H2B est une modification cotranscriptionnelle qui contrôle la dynamique des Atcléosomes ainsi que d'autres marques d'histones, en particulier des évènements de méthylation de l'Histone H3. J'ai participé à l'étude de la régulation de l'ubiquitination de H2B. Nous avons montré que l'AAA-ATPase Cdc48 facilite la modification de H2B en influençant sa machinerie d'ubiquitination chez la levure S. Cerevisiae. Ensuite, nous nous sommes interessés aux rôles de l'ubiquitination de H2B dans la biogenèse des ARNm. Nous avons démontré que l'ubiquitination de H2B contrôle l'intégrité et la stabilité du complexe CPF, impliqué dans la maturation des ARNm en 3' via son action sur la protéine Swd2. Cette protéine facilite le recrutement des facteurs d'export nucléaire sur les ARN néotranscrits. Ainsi, l'ubiquitination de H2B permet un transport efficace des ARNm du noyau vers le cytoplasme. Afin de déterminer si l'ubiquitination de H2B participe à d'autres étapes de maturation, j'ai étudié l'épissage de tous les gènes à introns ainsi que la composition globale des particules ribonucléoprotéique (mRNP) par spectrometrie de masse dans un mutant de H2B. Nous avons montré que l'ubiquitination de H2B favorise l'épissage de nombreux gènes en contrôlant le recrutement des facteurs d'épissage précoces, les snRNP UI et U2, sur les pré-ARNm. L'ubiquitination de H2B participe donc au dialogue entre des évènements cotranscriptionnels et l'assemblage des mRNP. Mes études mettent en évidence que l'environnement chromatinien influence différentes étapes essentielles de la biogenèse des mRNP dans le noyauUbiquitination of histone H2B is a cotranscriptionnal modification which controls nucleosome dynamic and other histones modifications, in particular, methylation on Histone H3. First, I contributed to the analyzis of the regulation of H2B ubiquitination. We showed that the AAA-ATPase Cdc48 facilitates H2B modification by influencing its ubiquitination machinery in the yeast S. Cerevisiae. Then, we investigated the roles of H2B ubiquitination in mRNA biogenesis. We showed that the H2B ubiquitination controls the integrity and stability of the CPF complex, which is involved in 3' end maturation of mRNAs, via its action on the Swd2 protein. This protein facilitates recruitment of nuclear export factors on newly synthetised mRNAs. Thus, H2B ubiquitination allows efficient export of mRNAs from the nucleus to the cytoplasm. In order to determine if H2B ubiquitination is involved in other mRNA maturation steps, we analyzed splicing of all intron-containing genes by specific splicing-arrays as well as the global composition of ribonucleoproteic particules (mRNPs) by mass spectrometry in H2B mutant strain. We observed that H2B ubiquitination promotes splicing of some genes by controlling the recruitment of the early splicing machinery, the snRNPs Ul and U2, on pre¬mRNAs. H2B ubiquitination is thus involved in a crosstalk between transcriptionnal events and mRNP maturation. These results show that the chromatin environnement can affect different essential steps of mRNPs biogenesis in the nucleus
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Boisvert, Marie-Ève. "Les courts ARN chez C. elegans : spécificité et fonction des protéines argonautes." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24611/24611.pdf.
Full textAbstract:
Chez C. elegans, les caractéristiques moléculaires des différentes voies des courts ARN divergent. Dans la voie du RNAi, une molécule d’ARN double-brin linéaire mène à la production de siARN, initiant la dégradation de l’ARNm. Quant aux microARN, le précurseur du microARN présente une structure « épingle à cheveux » et le microARN mature induit un blocage de la traduction de cet ARNm. Ces deux voies requièrent leurs protéines Argonautes spécifiques. Nous avons conçu une molécule d’ARNdb linéaire contenant à la fois une séquence d’un microARN et une séquence d’un siARN, et suggérons que la spécificité des Argonautes n’est pas déterminée par la molécule de départ. Nous tentons aussi de comprendre le rôle des Argonautes ALG-1 et ALG-2. Une immunoprécipitation et une analyse des facteurs protéiques et ribonucléiques associés ont été effectués. Cette expérience pourrait aussi s’avérer un outil simple permettant l’identification de nouvelles cibles potentielles des microARN.The molecular characteristics of the RNAi and microRNA pathways are different. In the RNAi pathway, fully base-paired dsRNA molecules trigger the production of small interfering RNAs (siRNAs), which lead to the degradation of the complementary targeted mRNA. On the other hand, the stem-looped miRNA precursor is processed in mature miRNA, which then imperfectly interacts with the mRNA target, leading to the blocking of its translation. In the worm C. elegans, each of the RNAi and miRNA pathways needs its specific Argonautes proteins. RNAi requires RDE-1, while ALG-1 and ALG-2 act in the miRNA pathway. The restriction of siRNAs and miRNAs to specific Argonaute proteins might reflect the recognition of the trigger by specific factors targeting it to the correct Argonaute protein. To better understand the importance of the trigger in the selection of the adequate Argonaute and pathway, we designed a dsRNA trigger containing both miRNA and siRNA sequences. This chimeric molecule can rescue successfully the loss of function of the miRNA let-7, and can also initiate the gfp gene silencing by RNAi. We demonstrated that RDE-1 and the dsRNA-binding protein RDE-4 are essential for RNAi induced with our trigger, but are not involved in the let-7 function of the chimera molecule. On the other hand, we showed that ALG-2 is strictly required for the miRNA function, but not for the RNAi function. Interestingly, we also found that the let-7 miRNA processed from our molecule has a limited lifetime, while the RNAi response, initiated from the same dsRNA, is maintained for a longer period. We suggest that the specificity of the Argonautes and thus the choice of the small RNA pathway is not determined by the type of RNA trigger, but rather by their respective molecular response. Furthermore, we also tried to understand the roles of ALG-1 and ALG-2. An immunoprecipitation of these proteins and an analysis of the protein and RNA interactors were carried out.
Inscrite au Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures
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Orelle, Béatrice. "Pancreatitis associated protein (PAP) : clonage, séquençage et expression de l'ARN messager chez le rat et l'homme." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO10069.
Full textAbstract:
La pancreatitis associated protein ou pap est une proteine secretoire mise en evidence au cours de la pancreatite aigue experimentale chez le rat. Le clonage et le sequencage de son adnc ont permis de mieux caracteriser sa structure et d'etudier l'expression de son gene. Cette expression est tres faible dans le pancreas sain et augmente considerablement (environ 300 fois) au cours de l'inflammation, alors que celle des enzymes digestives diminue. L'adnc de la pap de rat nous a permis de cloner l'adnc de la pap humaine. La sequence en acide amine deduite de la proteine presente 69% d'homologie avec la pap de rat. L'expression du gene de la pap humaine est tres importante lors d'une pancreatite necro-hemorrhagique severe. Son expression est beaucoup plus faible dans les pancreatites obstructives et chroniques, et reste indetectable chez les individus sains, dans les adenocarcinomes du pancreas et dans les tumeurs endocrines. L'expression de la pap semble correlee avec la reponse a l'inflammation. Son induction possede les caracteristiques de l'expression des proteines de stress dans d'autres tissus: elle est rapide, intense et transitoire. La pap pourrait donc etre un marqueur specifique de l'inflammation pancreatique. Son role est pour l'instant inconnu. L'analogie structurale de la pap avec les lectines de types c, calcium dependantes, suggere cependant que la proteine agirait en se fixant a un sucre specifique
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Garcia, Mathilde. "Localisation d'ARNm et biogenèse mitochondriale chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Paris 7, 2009. http://www.theses.fr/2009PA077044.
Full textAbstract:
La localisation d'ARN messagers, en assurant une production protéique locale, constitue un processus important pour l'édification de structures complexes et leur remodelage en fonction de la physiologie cellulaire. Les mitochondries constituent, à cet égard, un exemple fascinant d'organisation supramoléculaire. Elles résultent de l'assemblage en divers complexes de près de 800 protéines pour la plupart codées dans le génome nucléaire et traduites dans le cytoplasme. Il a précédemment été montré qu'une fraction importante de ces protéines est traduite au voisinage de la mitochondrie chez la levure Saccharomyces cerevisiae. Au cours de ma thèse, je me suis attachée à comprendre le rôle et les mécanismes de la traduction site-spécifique impliquée dans la biogenèse mitochondriale. Ces études ont nécessité le développement de deux méthodes d'analyses quantitatives de la localisation des ARN : une approche biochimique basée sur l'analyse par PCR quantitative ou puces à ADN de fractionnements mitochondriaux et une approche in vivo basée sur une hybridation in situ fluorescente suivie d'une analyse quantitative des distances intracellulaires. Mon travail de thèse a permis de souligner l'importance des processus post-transcriptionnels pour la biogenèse de la mitochondrie. Ainsi, la protéine PuDp de liaison aux ARNm contrôle la localisation mitochondriale d'un sous groupe d'ARN messagers codant des protéines impliquées dans les étapes précoces de la biogenèse mitochondriale. Pour d'autres ARN messagers comme ATP2 la traduction site-spécifique serait le résultat d'un couplage entre les processus de traduction et d'import protéique mitochondrial. Puisque des ARN messagers appartenant à des classes fonctionnelles distinctes utilisent des modalités différentes pour sélectionner leur site de traduction, nous proposons un modèle de biogenèse mitochondriale basée sur des groupes d'ARN messagers co-régulés au niveau post-transcriptionnelHeterogeneous macromolecules distribution leads to specialized cellular domains. Messenger RNA localization and local protein production are important processes for complex cellular structure building and remodelling with physiology changes. In that respect, mitochonEria are a fascinating example of supramolecular organization. They come from the assembling in various complexes of 800 proteins most of them encoded by nuclear gènes and synthesized by cytoplasmic ribosomes. We previously showed that, in yeast Saccharomyces cerevisiae, a large fraction of thèse proteins are translated in the vicinity of mitochondria. During my PHD studies, I analysed the role and the mechanism underlying this site-specific translation phenomenon. In that goal, we developed two quantitative analyse of RNA localisation: a biochemical approach based on quantitative PCR or microarray analysis of mitochondrial fractions and an in vivo approach based on fluorescent in situ hybridization followed by quantitative cell distances analysis. My results emphasize how important are post-transcriptional process in mitochondrial biogenesis. For instance, PuDp mRNA binding protein control the mitochondrial localization of a sub-class of messenger RNA encoding proteins responsible for the early steps of mitochondrial biogenesis. For others, like ATP2 mRNA, site-specific translation seems to be the result of a coupling of their translation and mitochondrial protein import. Since messenger RNA implicated in distinct mitochondrial functions use different pathway to determine their translation site, we propose a model of coordinated biogenesis of mitochondria based on mRNA groups co-regulated at post-transcriptional level
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Stoitchkov, Konstantin J. "Détection moléculaire des marqueurs biologiques de progression dans le sang périphérique des sujets atteints de mélanome : intérêt diagnostique et pronostique." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077238.
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Bartolomei, Fabrice. "Analyse des variations des arnm codant pour les isoformes de la sous-unite alpha des canaux na+ potentiel dependants dans le cerveau du rat : etude chez l'animal normal et dans un modele d'epilepsie experimentale." Aix-Marseille 2, 1994. http://www.theses.fr/1994AIX20816.
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Sinturel, Flore. "Contrôle de l'activité de l'exoribonucléase 5'-3' Xrn1 par Dcs1 et conséquences physiologiques chez S. Cerevisiae." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077018.
Full textAbstract:
Chez S. Cerevisiae, le facteur Dcsl clive la coiffe des ARN messagers issus de la voie de dégradation 3f-5f et facilite l'activité de l'exoribonucléase 5'-3' cytoplasmique Xrnl. Contrairement aux modèles établis, nous montrons que ce contrôle sur Xrnl est indépendant de l'activité catalytique de Dcsl. Nous observons que Dcs1 augmente l'affinité apparente de Xrnl pour TARN et forme un complexe transitoire avec Xrnl in vitro. La présence de Dcs1 est requise pour la croissance sur glycérol et nous nous sommes interrogés sur l'importance dans ce phénomène de l'activation de Xrnl par Dcsl. Nous démontrons qu'un mutant catalytique de Xrnl est incapable de croître sur ce milieu et que c'est son activité exoribonucléolytique 5'-3' cytoplasmique qui est essentielle pour la croissance sur glycérol. Nous avons analysé l'effet d'une inhibition de l'activité de Xrnl par l'analyse de gels de protéine 2D. Nous observons qu'un groupe de protéines diminue en quantité dans une souche mutée dcsldcs2. De manière remarquable, certaines de ces protéines, essentielles pour la respiration cellulaire, sont aussi retrouvées en quantité moindre dans un mutant xrnl. L'analyse d'un candidat, POR1 codant la porine mitochondriale, a permis de vérifier l'impact de la voie de dégradation 5'-3' sur l'expression de l'ARNm et de la protéine correspondante. Le maintien de l'activité de dégradation de Xrnl par les facteurs Des est ainsi essentiel pour la respiration et explique l'absence de croissance sur glycérol de ces mutants. Nous proposons donc que l'activité de Xrnl contrôle l'accumulation d'ARN inhibant l'expression de facteurs nécessaires à la réalisation des fonctions mitochondrialesThe decapping factor of short RNA, Dcsl, has been shown to facilitate 5'-3' RNA decay by controlling the activity of the cytoplasmic 5'-3' exoribonuclease Xrnl in S. Cerevisiae. Contrary to previous models, we show that the catalytic activity of Dcs1 is not responsible for this regulation. We observe that Dcs1 enhances the apparent affinity of Xrnl for RNA substrates and potentially forms a transitory complex with Xrn1 in vitro. Regulation of Xrn1 by Dcs1 may be important at the physiological level because both dcs1 deletion mutants and xrn1 catalytic mutants are necessary for growth on glycerol médium. Moreover, the 5'-3' exoribonuclease cytoplasmic activity per se of Xrnl is important for growth on glycerol and the activation of Xrn1 by Dcsl is critical for the cell under these conditions. In fact, Xrnl is inactive for mRNA degradation in the absence of Dcsl. We examined the biological significance of this regulation by performing 2-D gel protein analysis under conditions of inhibition of Xrn1 activity. Interestingly, a set of proteins showing decreased levels in a dsc1 dcs2 deletion strain, some essential for respiration, are systematically decreased in an xrn1 deletion mutant. This result easily explains the growth defect observed in these mutants on non-fermentable carbon sources. We confirmed the importance of the 5'-3' degradation pathway for mRNA and protein expressions of one particular candidate, the mitochondrial porin, Por1. Therefore we propose that one role of Dcs1 factor is to maintain cellular functions, such as respiration, through Xrnl activity. We propose that Xrn1 degrades RNAs that potentially inhibit the expression of mitochondrial factors
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Viranaicken, Wildriss. "Etude structurale et fonctionnelle des facteurs Ilf3 et NF90, deux protéines impliquées dans le routage intracellulaire des ARN messagers." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066365.
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Bouyge, Isabelle. "Recherche d'un arn messager codant pour une proteine keratinocytaire humaine presentant une homologie avec l'interleukine 2." Nantes, 1994. http://www.theses.fr/1994NANT17VS.
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Jagodnik, Jonathan. "Multiples mécanismes de régulation post-transcriptionnelle chez les bactéries : des structures d’ARN messager aux ARN régulateurs." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCC111/document.
Full textAbstract:
Chez les bactéries, la régulation de l’expression génétique est fondamentale pour permettre une adaptation optimale à l’environnement. De nombreux contrôles existent, notamment au niveau post-transcriptionnel par de nombreux ARN régulateurs (sRNA pour « small RNAs »). Ceux-ci ciblent des ARN messager (ARNm), permettant une régulation rapide de la synthèse de protéines. Le plus souvent, ces sRNAs interagissent avec leur(s) cible(s) au niveau du site de fixation du ribosome (RBS pour « ribosome binding site »), entrant dès lors en compétition avec le ribosome pour la fixation à l’ARNm et entraînant une régulation négative de l’expression des gènes cibles. Pour autant, il existe de nombreux mécanismes alternatifs de régulation par les sRNA. Nous avons ainsi pu démontrer que les deux sRNAs OmrA et OmrB, conservés au sein des entérobactéries, répriment la synthèse du récepteur FepA aux complexes fer-entérobactine en ciblant une structure de l’ARNm fepA. Cette structure en tige-boucle est située en aval du RBS de fepA, et de façon surprenante, elle contrôle positivement la synthèse de FepA via une activation de la fixation de la sous-unité 30S du ribosome à l’ARNm. Des structures similaires ont pu être prédites dans d’autres ARNm, à l’image de bamA, codant la sous-unité essentielle du complexe Bam d’adressage des protéines de membrane externe en tonneaux β. Comme pour fepA, la tige-boucle de l'ARNm bamA favorise la fixation du ribosome, suggérant que ce mécanisme de régulation pourrait être bien plus général du fait de la grande conservation de bamA au sein des bactéries à Gram négatif. De surcroît, ces résultats constituent la première illustration que les structures d'ARNm peuvent avoir un effet positif sur la traduction. Par ailleurs, deux autres sRNAs répriment également et indépendamment l’expression de fepA, à savoir SdsR et RseX. A chaque fois, le mécanisme de régulation impliqué est différent. Ainsi, SdsR s’apparie vraisemblablement à deux régions différentes de l’ARNm fepA, impliquant notamment une compétition classique avec la fixation du ribosome. La répression par RseX nécessite quant à elle la présence d’autres séquences du 5’UTR de fepA, à plus d’une centaine de nucléotides (nts) en amont du RBS. Enfin, chacun de ces sRNAs semble répondre à des stimuli différents, ce qui enrichit considérablement notre connaissance des signaux contribuant à la régulation de fepA, dont jusqu’ici seule la carence en fer était connue comme un signal de dérépression par le facteur de transcription Fur. Ce travail est une nouvelle illustration de l’immense diversité des mécanismes de régulation impliquant des ARN, dont la grande flexibilité de structure et de séquence constitue une importante source de diversité à la disposition de l’évolutionIn order to perfectly adapt to their environment, bacteria require a tight gene expression regulation. This can occur through post-transcriptional control by numerous regulatory RNAs (or small RNAs, sRNAs). These sRNAs can target mRNAs, leading to a fast regulation of protein synthesis. Most often, sRNAs base-pair with their target mRNAs at the ribosome binding site (RBS), therefore competing with the ribosome for the binding with the mRNA and repressing gene expression. However, many other regulatory mechanisms involve sRNAs. We have demonstrated that the two sRNAs OmrA and OmrB, conserved among enterobacteria, repress the synthesis of the FepA receptor for iron-enterobactin complexes through base-pairing with a secondary structure within fepA mRNA. This stem-loop structure is located downstream of fepA RBS, and most surprisingly, promotes 30S ribosomal subunit binding to fepA mRNA, therefore activating FepA synthesis. Similar stem-loop structures have been predicted in other mRNAs, such as the bamA mRNA encoding the essential subunit of the Bam outer membrane protein assembly complex. As for fepA mRNA, the stem-loop found in bamA mRNA also promotes ribosome binding, showing that this regulatory mechanism could be widespread considering the strong conservation of bamA among Gram negative bacteria. Moreover, these results challenge the commonly admitted view of mRNA secondary structures being repressors of gene expression. Two other sRNAs also repress fepA expression in an OmrA/B-independent fashion, namely SdsR and RseX. For each of these sRNAs, the regulatory mechanism involved is different. Indeed, SdsR most likely acts through two distinct binding sites, one of which leading to a classical competition with the ribosome binding. Meanwhile, RseX repression requires most of fepA 5’UTR, including sequences at about 100nt upstream of the start codon. Finally, each of these sRNAs is expressed upon diverse stimuli, considerably extending our knowledge of the signals leading to fepA regulation, for which only the Fur-dependent derepression upon iron starvation was known. This work highlights the great versatility of regulatory mechanisms involving RNAs. This illustrates how RNAs structural flexibility and sequence diversity is a key source of diversity for evolution
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Gozlan, Joe͏̈l. "Applications cliniques et fondamentales de techniques de détection des acides nucléiques du cytomégalovirus humain, HCMV." Paris 11, 1995. http://www.theses.fr/1995PA114822.
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LAHUNA, OLIVIER. "Expression et clonage du gene de la gamma-glutamyl transpeptidase chez le rat." Paris 11, 1990. http://www.theses.fr/1990PA11T018.
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Hocquette, Jean-François. "Le recepteur de l'hormone de croissance chez l'homme." Paris 11, 1990. http://www.theses.fr/1990PA11T013.
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Goussard, Sébastien. "Etude de la localisation mitochondriale de l'ARNm ATP2 chez Saccharomyces cerevisiae." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077113.
Full textAbstract:
Ma thèse porte sur la traduction localisée d'ARNm à la surface mitochondriale. Le phénomène de traduction localisée fait correspondre le site de traduction d'un ARNm et le site d'action de la protéine produite. 60% des protéines de la mitochondrie codées dans le génome nucléaire ont leur ARNm traduits à la surface de la mitochondrie. Il y a deux classes d'ARNm focalisés à la mitochondrie. Les ARNm de classe I dépendent de la protéine liant l'ARN Puf3p pour être localisés à la mitochondrie mais pas ceux de classe II. L'identification de signaux en cis sur PARNm de ATP2, transcrit de classe II, a été effectuée par une méthode combinant des expériences de FISH et des analyses statistiques rigoureuses des images, permettant de déterminer la proportion de cellules d'une population où cet ARNm est localisé à la mitochondrie. La traduction et le MTS (mitochondrial targetting séquence), ainsi que les régions RI et R2 sont essentielles à la localisation asymétrique de l'ARNm de ATP2. Au cours de ma thèse, j'ai réduit la taille de la région R2 de la moitié du gène ATP2 à ses 200 dernières bases. J'ai pu montré que deux ARNm constitués des mêmes régions codantes mais dans un ordre différent étaient enrichis dans des proportions différentes à la surface mitochondriale. Selon que le gène rapporteur LacZ soit fusionné en 3' ou en 5' du gène ATP2, la proportion de cellules où l'ARNm est localisé passe du simple au double. J'ai effectué des expériences de séparation de polysomes sur gradient de sucrose afin de déterminer la dynamique de traduction de ces ARNm. La traduction des ARNm fortement enrichis dans la fraction mitochondriale semble peu efficaceMy thesis is upon mRNA's localized translation at the proximity of mitochondria. The translation localization phenomena allows an mRNA to be translated at the same site it's protein acts. 60% of nuclear genome encoded mitochondrial proteins are translated on the mitochondrial surface. There is two classes of mRNA localized to mitochondria. Class l's mRNA necessit the RNA binding protein Puf3p to be localized, which is not the case of class IF s mRNA. The identification of cis acting signals in ATP2 mRNA, a class II transcript, has been done using a method combining FISH experiments and statistical analyzes of pictures, allowing the determination of the proportion of cells where the mRNA is localized on mitochondria's surface. The translation, the MTS (mitochondrial targetting sequence) and two regions, RI and R2, are essentials to ATP2's mRNA mitochondrial localization. During my Ph. D, I reduced region R2 size from half ATP2 length to the 200 last bases. I showed that two RNA formed of the same coding regions but in a different order are not enriched in the same proportion in mitochondrial fraction. The proportion of cells where the mRNA is localized to mitochondria double wether the raporter gene LacZ is at the 3' or 5' of ATP2 gene. I've done sucrose gradient polysomes separation experiments to establish the translations dynamic of those mRNA. It seems that the translation of mRNA highly enriched in mitochondria's fraction is less efficient
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Nicot, Arnaud. "Organisation des systèmes neurotensinergiques centraux et implications dans les régulations neuroendocriniennes." Paris 11, 1994. http://www.theses.fr/1994PA11T048.
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Zemam, Kenza. "Caractérisation de facteurs impliqués dans la voie majeure de dégradation 5' vers 3' des ARNm cytoplasmiques chez Saccharomyces cerevisiae." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077074.
Full textAbstract:
Chez les eucaryotes, l'expression des genes peut etre regulee au niveau post-transcriptionnel, à des étapes comme la traduction et la dégradation des arnm. Chez la levure saccharomyces cerevisiae, ces processus se chevauchent et entrent en compétition. Les p-bodies. Qui sont des structures intracellulaires dont la taille et le nombre augmentent sous des conditions variées de stress, contiennent des arnm non traduits ainsi que de nombreux facteurs impliqués dans la répression de la traduction et la dégradation des arnm. Edc3, un des composants de ces foyers, a été montré comme impliqué dans des mécanismes de décoiffage de cibles spécifiques. Dans une première partie de mon travail, j'ai étudié l'implication de edc3 dans des mécanismes de régulation de la traduction pour l'adaptation cellulaire en condition de carence en glucose. Je n'ai pas trouvé de cibles spécifiques à edc3 sous ces conditions. Cependant, j'ai identifié un arnm dont l'inhibition de la traduction serait régulée par edc3 dans toutes les conditions testées. Pour mieux comprendre la fonction de edc3, j'ai utilisé dans un second temps des résultats de cribles génétiques effectués au laboratoire et j'ai identifié ses partenaires fonctionnels. Une des délétions de gène qui donnent un effet synthétique de ralentissement de croissance avec edcs(delta), est scd6 (delta). En réalisant des tests fonctionnels j'ai pu montrer que edc3 et scd6 ont une fonction redondante au niveau de la dégradation 5' vers 3' des arnm. Ces résultats montrent que même si edc3 n'est pas une protéine essentielle, elle partage avec scd6 une fonction importante pour la dégradation 5' vers 3'. Des arnmIn eukaryotic cells, gene expression can be modulated at several post-transcriptional steps including mrna translation and degradation. In the budding yeast saccharomyces cerevisiae, these processes are intertwined and compete with each other. P-bodies, intracellular structures that increase in size and number under various stress conditions, contain translationnally repressed mrnas and proteins invovled in translation repression and mrna degradation. One of the conserved components of the p-bodies, edc3, was shown to be involved in specific mrna decapping mechanisms. As a first part of my work, i studied the involvement of edc3 in mrna translation regulation mechanisms that are specific to cellular adaptation to starvation (glucose removal from the medium). I could not identify specific targets for edc3 under these conditions. Yet, i identified one mrna which translation appears repressed by a mechanism involving edc3, under all conditions studied. To better understand the biological function of edc3, i identified its functional partners based on the results of a genome wide genetic screen. One of the gene deletions that was synthetic slow growth with the edcs(delta) mutation was scd6(delta). By performing functional analysis, i could show that, while edc3 is not an essential protein, it shares with scd6 an important function for 5' to 3' mrna degradation. Formtext
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Lara, Dehainaut Agnès. "Diversité des canaux sodium dépendant du potentiel dans le système nerveux murin : caractérisation d'un nouvel ARN messager." Aix-Marseille 2, 1994. http://www.theses.fr/1994AIX22044.
Full textAbstract:
Les canaux sodium dependant du potentiel sont responsables de la generation et de la propagation des potentiels d'action dans les cellules excitables. Dans le systeme nerveux murin, plusieurs genes codant pour des canaux sodium ont ete decrits. Trois, rbci, rbcii, et rbciii, sont principalement exprimes dans les neurones, et leurs messagers presentent plusieurs isoformes provenant d'epissage alternatif. Ces messagers presentent une regionalisation differentielle dans le cerveau de rat adulte. Ils subissent aussi des regulations differentes au cours du developpement. Les resultats que nous presentons ici, montrent qu'il existe dans le systeme nerveux murin un autre gene, mbc-iv, codant vraisemblablement pour un canal sodium. Nous avons partiellement clone et sequence son adnc a partir d'une banque de cerveau de souris. Cette sequence reconnait deux arn messagers de 10 et 12 kb en northern blot dans le cerveau de souris adulte, le plus grand etant majoritaire. L'expression de ces messagers est specifique du tissu nerveux chez l'adulte, et est regulee au cours du developpement. Les deux arnm sont majoritaires aux stades tardifs, entre la troisieme et la quatrieme semaine postnatale. Ils sont egalement presents, mais a un moindre niveau chez l'adulte. Une deuxieme partie de ce travail, a consiste en l'etude des regulations des arnm de canaux sodium dans un systeme neuronal en culture. Nous avons tout d'abord identifie, par rt-pcr suivie de restrictions enzymatiques specifiques, les genes qui etaient exprimes dans des neurones embryonnaires de rat en culture. Les trois types de messagers, rbci, rbcii, et rbciii, sont presents dans ces cellules, mais dans differentes proportions. Lorsque les neurones sont traites pendant trois jours avec des activateurs des canaux sodium, la mise en place des canaux dans la membrane est bloquee. Apres un traitement de meme duree par la toxine de scorpion aahii, nous observons une diminution des messagers codant pour des sous-unites de canaux sodium, par rapport aux cellules controles. Le niveau d'expression des arnm codant pour la sous-unite b1 de canal sodium, ou pour la g3pdh, n'est pas affecte par ce traitement. Par ailleurs, la depolarisation des cellules par une elevation de la concentration extracellulaire en potassium ne produit par cet effet. L'hyperactivite des canaux sodium est donc responsable d'une regulation negative en retour de la biosynthese de ces memes canaux. La diminution du taux d'expression des arnm ne suffit cependant pas a expliquer le blocage total de la mise en place des canaux sodium a la membrane. D'autres mecanismes sont certainement impliques
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Thibonnier, Marie. "Etude de la trans-traduction et du métabolisme des ARN chez helicobacter pylori." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077075.
Full textAbstract:
Helicobacter pylori (Hp) est l'agent étiologique des gastrites et des ulcères gastriques pouvant évoluer vers des pathologies plus graves. Son pouvoir pathogène est lié à sa capacité à coloniser de manière persistante un environnement hostile, l'estomac humain. La trans-traduction est un mécanisme bactérien ubiquitaire de contôle-qualité ; SsrA - un petit ARN stable - et SmpB - son cofacteur protéique - libèrent les ribosomes bloqués sur des ARNm défectueux et étiquette la protéine tronquée favorisant ainsi, sa dégradation. L'exploration du rôle de la trans-traduction chez Hp, particulièrement bien adapté à résister à des conditions hostiles a révélé, de manière surprenante, que les gènes smpB et ssrA étaient essentiels ; l'activité essentielle de la trans-traduction est le recyclage des ribosomes qui est assuré uniquement par le codon de reprise de la traduction « résume ». L'étiquetage des protéines est requis pour la résistance à un stress oxydant ou à des concentrations sub-létales en antibiotique. Chez Hp, la stabilité de SsrA augmente en conditions acides similaires à celles rencontrées dans l'estomac. Le contrôle de la stabilité des ARNm joue un rôle clé dans la modulation de l'expression génique, cependant ce type de régulation demeure inexploré chez Hp. Chez Hp, HP1430 est une endoribonucléase essentielle, orthologue à RNaseJ de B. Subtilis. Les partenaires protéiques de HP1430 suggère qu'elle ferait partie d'un dégradosome à l'instar la RNaseE, son homologue fonctionnel chez E. Coll. Cette enzyme fortement régulée - son expression est drastiquement diminuée à pH acide - pourrait être centrale dans le contrôle de la stabilité des ARN et petits ARN chez HpHelicobacter pylori (Hp) is the etiologic agent of the chronic gastritis, gastric ulcers that may evolve in worse pathologies. H. Pylori pathogenesis is linked with its capacity to persistently colonize an hostile niche, the human gastric mucosa. Traws-translation is an ubiquitous quality-control mechanism; SsrA - a stable small RNA - and SmpB - its protein cofactor - freed ribosomes blocked on truncated mRNA and tagged the incomplete protein to direct it to proteolysis pathways. Exploration of the trans-translation in Hp, revealed surprisingly that both smpB and ssrA genes are essential; the essential function is the ribosome recycling. This function relies only on the resume codon. In Hp, peptide tagging is required to resist to oxidative stress or sub-lethal concentration of antibiotics. In Hp, SsrA stability increases in acid conditions similar to those encountered in the stomach. Stability control of thé mRNA plays a key role in the modulation of gene expression, however this field of investigation remain unexplored in Hp. In Hp, HP1430 is an essential endoribonuclease that is orthologous to RNase J of B. Subtilis. Proteins partners of HP1430 suggest that it might be part of a degradosome as RNase E, its functional homolog, does in E. Coll. This enzyme strongly regulated - its expression is drastically diminished at low pH - might play an important role in stability control of mRNA and small RNA in H. Pylori
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Accornero, Nathalie. "Développement d'un outil pour suivre le mouvement de molécules d'ARN messagers dans des cellules vivantes de mammifère : une première étape vers la compréhension du mécanisme de localisation de l'ARNm c-myc." Montpellier 1, 2001. http://www.theses.fr/2001MON1T005.
Full textAbstract:
L'EXPRESSION DU PROTO-ONCOGENE C-MYC EST FINEMENT REGULEE ; UNE DEREGULATION DE CETTE EXPRESSION EST OBSERVEE DANS DE NOMBREUX PROCESSUS CANCEREUX. LA REGION 3'UTR DE L'ARNm C-MYC JOUE UN ROLE ESSENTIEL DANS LA REGULATION POST-TRANSCRIPTIONNELLE DU GENE : ELLE CONFERE A CET ARN UNE DEMI-VIE COURTE, AINSI QU'UNE LOCALISATION PERINUCLEAIRE. AFIN DE DETERMINER PAR QUEL MECANISME L'ARNm C-MYC ETAIT LOCALISE, NOUS AVONS ANALYSE EN FONCTION DE SA TRADUCTIBILITE LA DISTRIBUTION D'UN ARN CHIMERE CONTENANT LA 3'UTR DE L'ARN. NOUS AVONS PU MONTRER EN UTILISANT LE SYSTEME DE REGULATION TRADUCTIONNELLE DE L'ARNm FERRITINE, QU'INHIBER SPECIFIQUEMENT LA TRADUCTION DE L'ARNm RAPPORTEUR AFFECTAIT SA LOCALISATION SUBCELLULAIRE. AFIN D'ETUDIER LA DYNAMIQUE DE LOCALISATION DES ARNm, NOUS AVONS ESUITE DEVELOPPE UN OUTIL PERMETTANT DE SUIVRE DES MOLECULES UNIQUES D'ARN DANS UNE CELLULE VIVANTE. NOUS AVONS ANALYSE LE MOUVEMENT D'ARNm NON LOCALISES ET LOCALISES DANS DES CELLULES COS : AUCUNE DIFFERENCE DE COMPORTEMENT DES ARNm N'A ETE OBSERVEE ENTRE LES ARN NON LOCALISES ET LOCALISES. [. . . ] NOUS PROJETONS ENSUITE D'ANALYSER AVEC QUELLE(S) COMPOSANTE(S) DU CYTOSQUELETTE LES ARNm SONT TRANSPORTES ET LOCALISES. CET OUTIL SERA ENSUITE MIS A PROFIT POUR ETUDIER LE MECANISME DE LOCALISATION DE L'ARNm C-MYC DANS LES FIBROBLASTES DE MAMMIFERE.
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Jagerschmidt, Alexandre. "Caractérisation des ARNm cérébraux codant pour le récepteur CCK-B de rat et étude structure/fonction de ce récepteur." Paris 5, 1995. http://www.theses.fr/1995PA05P619.
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Berteaux, Nathalie. "Régulation et fonction du gène H19 transcrit en un ARN messager non codant et de son antisens 91H." Lille 1, 2005. https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Num/2005/50376-2005-328.pdf.
Full textAbstract:
Le gène H19, transcrit par l'ARN polymérase Il en un ARN de type " messager" mais non-codant, est considéré comme un "riborégulateur ", Il est co-régulé avec le gène Igf2 par un mécanisme d'empreinte génomique parentale réciproque. Ainsi, seul l'allèle maternel de H19 s'exprime, alors que l'expression d' Igf2 provient exclusivement de l'allèle paternel. Régulé de façon spatio-temporelle chez le fœtus et généralement réprimé après la naissance, H19 est souvent re-exprimé chez l'adulte lors d'une tumorigenèse. Il régule négativement l'expression d'Igf2 et positivement celle de la thiorédoxine Le statut d'oncogène du gène H19 demeurant controversé, mais sa régulation hormonale avérée par de précédents travaux, j'ai d'abord étudié sa régulation dans des cancers hormono-dépendants Dans les tumeurs de l'endomètre, j'ai montré que l' ARN H19 peut être considéré comme un marqueur de la réaction stromale et qu'il est impliqué dans le dialogue épithélium/mésenchyme. Dans la prostate normale ou cancéreuse, l'expression du gène est régulée par deux hormones, la prolactine et la dihydrotestostérone. Par ailleurs, j'ai démontré que l'expression du gène H19 est activée par le facteur de transcription E2F1 et favorise la prolifération de cellules cancéreuses de sein. Enfin, j'ai découvert un transcrit antisens au locus H19/Igf2, que je nomme 91H. Cet ARN de 120 kb intervient dans le contrôle de l'empreinte génomique du gène Igf2. En conclusion, mes travaux favorisent le rôle oncogène de H19 dans les cancers du sein, de l'endomètre et de la prostate, et identifient l'ARN antisens 91H qui apporte de nouveaux éléments de compréhension du mécanisme d'empreinte génomique parentale au locus H19/Igf2.
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Pais, de Barros Jean-Paul. "Identification, analyse comparative et implication fonctionnelle de nucléosides hypermodifiés et localisés en position wobble dans des ARNt de tissus normaux ou néoplasiques de mammifères." Dijon, 1996. http://www.theses.fr/1996DIJOMU08.
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Passegue, Emmanuelle. "Régulation de l'expression des proto-oncogènes c-fos et jun B par le TRH dans une lignée clonale de cellules à prolactine (GH3B6) : recherche d'une implication fonctionnelle." Paris 11, 1995. http://www.theses.fr/1995PA11T033.
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Eyoum, Jong Laura. "Développement d'un ribozyme spécifique à l'ARNm de Tau pour contrer les Tauopathies." Master's thesis, Université Laval, 2018. http://hdl.handle.net/20.500.11794/34496.
Full textAbstract:
Une des causes principales de la Maladie d’Alzheimer et des autres Tauopathies est la présence d’enchevêtrements neurofibrillaires (ENF). Les ENF sont des agrégations intracellulaires de la protéine Tau hyperphosphorylée. Plusieurs études ont montré que les ENF sont associés à la pathogénèse des troubles neurodégénératifs et à la neurotoxicité. De plus, il a été démontré qu’une diminution du niveau de la protéine Tau permet de prévenir les déficits cognitifs dans les modèles murins. Basé sur ces études, notre hypothèse de recherche est que réduire le niveau total de Tau dans le cerveau, pourrait diminuer les ENF et retarder la pathologie. Notre objectif est de développer une molécule capable de cibler l’ARNm de Tau plutôt que la protéine Tau hyperphosphorylée. Ainsi, nous avons développé le SOFA-delta ribozyme, capable de cliver l’ARNm de Tau. Notre ribozyme a trois composantes soit le bloqueur, le biosenseur et l’effecteur. Nous avons développé des deltaribozymes capable cibler les exons constitutifs et l’exon 10 (spécifique au Tau4R) de l’ARNm de Tau, ainsi nous pouvons cibler tous les isoformes de Tau. Dans ce projet, nous avons tout d’abord synthétisé le deltaribozyme par clonage moléculaire et nous avons confirmé son effet grâce au clivage in vitro. Dans un second temps, nous avons transfecté le ribozyme dans des cellules neuronales, et nous avons caractérisé son effet sur l’ARNm de Tau par RT-PCR. Enfin, nous avons produit des virus AAV, infecté des cellules neuronales et caractérisé encore une fois l’effet du ribozyme sur l’ARNm de Tau par RT-PCR. Cette approche thérapeutique est basée sur la spécificité et l’efficacité du SOFA-delta-ribozyme, qui identifie et coupe l’ARNm de Tau. Ainsi, dans ce mémoire nous avons identifié le ribozyme 350 et 395 comme candidats potentiellement capable de cliver l’ARNm de Tau.One of the main causes of Alzheimer’s disease and Tauopathies is the presence of neurofibrillary tangles (NFT). NFT consist in intracellular aggregation of the abnormally hyperphophorylated protein Tau. Several studies have shown that NFT are associated with the pathogenesis of neurodegenerative disorders and neurotoxicity. Moreover, it has been demonstrated that decreasing the level of Tau protein could prevent cognitive deficits in mouse models. Based on these studies, our hypothesis is that reducing the level of total Tau in the brain could decrease NFTs and delay the pathology. Our objective is to design a molecule that will target directly Tau mRNA instead of the hyperphosphorylated protein. We developed a modified delta-ribozyme, the SOFA (Specific On/Off Adaptor) ribozyme, which is able to cleave the Tau mRNA. Our ribozyme is composed of three components: the blocker, the biosensor, and the effector. We have designed delta-ribozymes that target constitutive exons of Tau mRNA as well as the exon 10 specific of Tau 4R. Therefore, we can target all the Tau isoforms. In this project, we first synthesized the delta-ribozyme by molecular cloning and we confirmed its effect by in vitro cleavage. Secondly, by transfecting it in neuronal cells we characterized its effects on Tau mRNA by RT-PCR. Finally, we produced AAV viruses and infected neuronal cells and characterized its effects on Tau mRNA by RT-PCR. This therapeutic approach is based on specificity and efficiency of the SOFA-ribozymes, which identify and cut the Tau mRNA. Thus, in this project we identified ribozymes 350 and 395 as potential good candidates able to cleave the Tau mRNA.
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Klug, Didier. "Modulation par la pression de perfusion et la contraction de l'expression des arn messagers des chaines lourdes de la myosine dans le coeur isole de rat adulte." Lille 2, 1992. http://www.theses.fr/1992LIL2M076.
Full text
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DURAND, JEROME. "Contribution a l'etude de la mobilite genetique : caracterisation d'une sequence d'insertion is.1 dans le plasmide recombiant, pstg 21a, derive de pbr 322." Aix-Marseille 2, 1990. http://www.theses.fr/1990AIX20037.
Full text
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Slove, Séverin. "Régulation de la synthèse des fibres élastiques artérielles." Paris 7, 2009. http://www.theses.fr/2009PA077049.
Full textAbstract:
Cette thèse s'inscrit dans une thématique générale de recherche qui consiste à étudier la synthèse, et sa régulation, des constituants de la paroi vasculaire en conditions physiologiques et pathologiques. Dans certaines pathologies, et durant le vieillissement, la qualité et/ou la quantité des fibres élastiques de la paroi artérielle sont diminuées. C'est la raison pour laquelle nous voulons mieux comprendre la régulation de la synthèse de ces fibres. La combinaison de nos recherches génomiques avec l'approche QTL ("Quantitative Trait Loci") d'une part, et transcriptomiques avec les puces à ADN d'autre part, nous a permis de mettre en évidence dans l'aorte de rat plusieurs gènes potentiellement candidats. En nous fondant sur ces résultats et sur la littérature, nous avons choisi d'étudier en priorité la régulation de la synthèse des fibres élastiques artérielles par le potassium (K+) et le calcium (Ca2+) Avec des expériences de pharmacologies cellulaire et in vivo chez le rat, nous avons montré que les ouvreurs de canaux potassiques stimulent cette synthèse et que l'élévation de la quantité d'ARN messagers codant pour la tropoélastine (ARNmE) est due à une augmentation de la transcription du gène de l'élastine et de la stabilité des ARNmE. Nous proposons également que la régulation de la transcription du gène de l'élastine, par le K+et le Ca2+, fait intervenir les voies de signalisation cellulaires suivantes : K+-Ca2+-calmoduline-ERKl/2-complexe Fral/c-jun et K+-Ca2+- calmoduline ERKl/2-Elkl-complexe c-fos/c-jun. Connaître les voies de signalisation cellulaire permettra de cibler plus encore une éventuelle approche thérapeutique afin de rectifier les déficits d'élastine dans des pathologies vasculaires telles que l'athérosclérose, le syndrome de Williams et Beuren, mais aussi pourquoi pas dans le vieillissement vasculaire et cutané. Enfin, la recherche de gènes candidats régulant la synthèse des constituants de la matrice extracellulaire artérielle, débutée il y a plus de 10 ans par notre équipe, permettra peut-être de mettre évidence d'autres protéines régulatrices et autant de cibles thérapeutiques potentiellesIn some vascular pathologies like supravalvular aortic stenosis, aneurysmal disease and atherosclerosis, but also during aging, arterial elastin content is decreased by dégradation of elastic fibers and/or decreased elastin synthesis. Molécules able to enhance elastin synthesis could be used to treat this condition. It was shown that minoxidil (Mx), an ATP-dependent potassium channel opener, enhances elastic fiber synthesis in chick and in spontaneously hypertensive rats, but no clinical application was developed because of its numerous adverse side effects. We previously showed that the inbred Brown Norway (BN) rat strain shows an aortic elastin déficit caused by a decrease in tropoelastin synthesis when compared with the LOU rat, that elastin gene polymorphisms in these strains do not significantly account for. Genome-wide search of Quantitative Trait Loci (QTL) was performed using F2 BNxLOU. Two QTL controlling the aortic elastin content were identified on chromosome 2 and one on chromosome 14. In parallel, microarrays (Applied Biosystems) were used to compare mRNA expression in aorta of 6-week-old BN and LOU rats. These two methods permitted to bring to light several genes that are both differently expressed and situated within the QTL, such as Integrin alpha 1 (Itgal) and Vascular cell adhesion molecule 1 (Vcam1). / Other interesting genes are either differently expressed between BN and LOU rats, or situated within a QTL. For example, some 'candidate genes regulate intracellular potassium and calcium concentrations ([K+]i, [Ca2+]i). In the light of the literature and our previous studies showing that elastin synthesis is increased when [K+]i decreases, we focused first on these genes. We tested the anti-hypertensive drug minoxidil (Mx) that opens ATP- dependant potassium channels and causes a decrease in [K+]i. We incubated cultured aortic smooth muscle cells (SMCs) from 6-week-old BN rats with Mx at 5, 50 or lOOuM during 24,48 and 72hrs and we performed an in vivo study administering 22mg/kg/day of Mx to growing BN rats in drinking water during 10 weeks. MRNA encoding for tropoelastin was measured using real-time RT-PCR and elastin was quantified using a biochemical method. We show that Mx and Dx induce an increase in elastin synthesis by SMCs and, in vivo, an increase in aortic elastin content. We showed also that the increase in the steady state level of tropoelastin mRNA is due to an increase in both transcription and mRNA stability. In vivo, potassium channel openers increase elastic fiber synthesis in the aortic media, without changing collagen content. Irbesartan, an angiotensin Il-receptor antagonist, reduces Mx-induced cardiac hypertrophy. Finally, Dx, causing less undesirable side effects than Mx, or coadministration of Mx and Irb, could be suitable for treating vascular pathologies characterized by diminished arterial elastin content
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Sement, François. "Identification d'une Terminal Uridylyl Transférase impliquée dans la protection de l'extrémité 3' des ARNm déadénylés chez Arabidopsis thaliana." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00881163.
Full textAbstract:
Le travail présenté dans ce manuscrit a permis de définir un nouveau rôle de l'uridylation des ARNm en utilisant Arabidopsis comme organisme d'étude. L'uridylation des ARN est catalysée par des ARN nucléotidyltransférases de la famille des poly(A) polymérases non canoniques ou ncPAP. Parmi les 14 gènes codant pour des ncPAP chez Arabidopsis, nous avons identifié une terminale uridylyl transférase, TUT1, responsable de l'uridylation des ARNm. Nos résultats montrent que TUT1 uridyleles ARNm après une étape de déadénylation. Cette uridylation ne modifie pas la vitesse de dégradation des ARNm mais est essentielle pour prévenir l'attaque des extrémités 3' des ARNm déadénylés par des activités 3'-5' exoribonucléasiques et la formation de transcrits aberrants tronqués en 3'. De manière intéressante, cette protection par l'uridylation peut être détectée au niveau des polysomes. Une des fonctions biologiques de l'uridylation des ARNm consiste à établir une polarité de 5' en 3' de la dégradation des ARNm. Cette polarité pourrait être essentielle dans le cas d'une dégradation des ARNm en cours de traduction.
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Vincent, Rachel. "Quantification des ARNm HLA-DRB par PCR compétitive : mise en évidence de régulations d'expression spécifiques d'allèles." Montpellier 1, 1995. http://www.theses.fr/1995MON1T035.
Full text
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Petit, Vincent. "De l'editing par les désaminases APOBEC et ADAR, de puissants mutateurs des acides nucleiques viraux et cellulaires." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077214.
Full textAbstract:
Les protéines APOBEC comprennent une grande famille de cytidines désaminases éditant spécifiquement TARN ou l'ADN simple brin. APOBEC-1 agit de manière extrêmement spécifique en éditant un unique résidu dans un ARN messager cellulaire particulier, tandis que les cibles cellulaires des APOBEC-3 n'ont pour l'heure pas été identifiées, bien qu'elles pourraient participer au contrôle des rétrotransposons. Deux des sept membres du groupe APOBEC-3 restreignent l'infection par le VIH-1 in vitro et in vivo. Nous montrons par nos résultats que l'hyperediting des transcrits inverses d'un gammarétrovirus exogène par APOBEC-1 et APOBEC-3 est possible in vitro. APOBEC-1 murine est également capable d'hyperéditer les cytidines dans l'ARN génomique de MLV. Des séquences virales hyperéditées ont été retrouvées in vivo, et l'analyse fine des sites édités suggère que l'editing in vivo est vraisemblablement le fait d'APOBEC-1 plus que d'APOBEC-3 chez la souris. Bien plus, APOBEC-1 murine est capable d'hyperéditer son substrat physiologique, l'ARN messager de l'apolipoprotéine B, et divers ARN hétérologues. Aussi APOBEC-1 murine est-elle un mutateur puissant des ARN et de l'ADN simple brin in vivo, et pourrait occasionner des effets néfastes pour la cellule en cas d'expression au mauvais endroit et/ou au mauvais moment. Nous montrons également que le segment ARN de l'hémagglutinine du virus influenza H1N1 fait l'obje d'hypermutations de type A vers G dues à la protéine ADAR in vivo chez le poulet, et retrouvons de séquences éditées dans les suspensions vaccinales destinées à la vaccination humaine. Il s'agit de I; première description d'un editing du virus influenza par une désaminaseMammalian APOBEC molecules comprise a large family of cytidine deaminases with specificity for RNA and single-stranded DNA. APOBEC-1 s are invariably highly specific and edit a single residue in a cellular mRNA, while the cellular targets for APOBEC-3s are not clearly established, although they may curtail the transposition of some retrotransposons. Two of the seven member human APOBEC-3 enzymes strongly restrict human immunodeficiency virus type 1 in vitro and in vivo. We show here that single-stranded DNA hyperediting of an infectious exogenous gammaretrovirus, the murine leukemia virus (MLV), by murine APOBEC-1 and -3 deaminases occurs -in vitro. Murine APOBEC-1 was able to hyperdeaminate cytidine residues in MLV genomic RNA as well. Analysis of the edited sites shows that the deamination in vivo was due to mouse APOBEC-1 rather than APOBEC-3. Furthermore, murine APOBEC-1 is able fo hyperedit its primary substrate in vivo, the apolipoprotein B mRNA, and a variety of heterologous RNAs. In short, murine APOBEC-1 is a hypermutator of both RNA and single-stranded DNA in vivo, which could exert occasional side-effects upon over-expression. We show that the RNA encoding HA gene of influenza virus can be hyperedited by ADAR in vivo, and we found edited sequences harboring A to G mutations in vaccine preparation for human vaccination purpose as well. This is the first description influenza virus can be targeted by a deaminase
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Levacher, Corentin. "Le déséquilibre ARΝ messager/ARΝ circulaire : nοuveau biοmarqueur en génétique sοmatique et nοuveau facteur de prédispοsitiοn en génétique cοnstitutiοnnelle?" Electronic Thesis or Diss., Normandie, 2024. http://www.theses.fr/2024NORMR045.
Full textAbstract:
Les ARN circulaires (ARNcirc), produits du rétro-épissage, sont une nouvelle classe émergente d’ARN impliquée dans diverses maladies et notamment le cancer. Ces ARNcirc, par leurs multiples fonctions, peuvent moduler les niveaux des ARN messagers (ARNm), transcrits linéaires finement régulés. Etant donné que physiologiquement un équilibre s’opère entre ces deux types de transcrits, nous faisons l’hypothèse qu’une perturbation des niveaux de ce couple ARNcirc-ARNm joue un rôle dans la tumorigenèse. Pour tester cette hypothèse, nous avons développé SEALigHTS (Splice and Expression Analyses by exon Ligation and High Throughput Sequencing), une technique innovante permettant l’analyse simultanée des ARNcirc et des ARNm. SEALigHTS se base sur la modélisation de sondes aux extrémités des exons, autorisant l’exploration de toutes les jonctions exon-exon. Brièvement, après une rétrotranscription et l’hybridation des sondes à l’ADN complémentaire, les sondes avoisinantes sont liguées. Le nombre de ligations est ensuite quantifié, par l’utilisation d’UMI (Unique Molecular Identifiers) séquencés. Dans un premier temps, nous avons analysé des échantillons de tissus mammaires tumoraux et normaux adjacents. L’analyse de l’épissage et du rétro-épissage des gènes BRCA1 et BRCA2, impliqués dans le syndrome sein et ovaire, a révélé une diminution significative du ratio ARNcirc/ARNm dans le tissu tumoral en comparaison au tissu normal (p = 1,6e-09 pour BRCA1 et p = 4,4e-05 pour BRCA2). Dans un deuxième temps, nous avons étudié l'épissage et le rétro-épissage de 23 gènes de prédisposition au cancer colorectal (CCR) sur des échantillons sanguins de 712 patients prédisposés au CCR et de 249 témoins. Le ratio ARNcirc/ARNm s'est avéré 1,93 fois plus élevé chez les patients que chez les témoins (p < 2e-16). Dans un troisième temps, nous avons évalué le potentiel diagnostique de SEALigHTS par l’étude de 44 gènes de prédisposition au CCR et au syndrome sein et ovaire. Après validation de la détection des événements d’épissage de variations caractérisées, l’analyse de patients prospectifs a permis d’améliorer le rendement diagnostique. Cette étude a enrichi nos connaissances sur les niveaux des différentes isoformes linéaires et circulaires des gènes étudiés. Au-delà de leur potentiel en tant que biomarqueurs dans le cancer du sein ou le CCR, la perturbation du ratio ARNcirc/ARNm soulève des questions sur l'implication des ARNcirc en génétique somatique et constitutionnelleCircular RNAs (circRNAs), produced by backsplicing, are an emerging new class of RNAs implicated in various diseases, including cancer. Through their multiple functions, circRNAs can modulate the levels of messenger RNAs (mRNAs), finely regulated linear transcripts. Given that a physiologically balance exists between these two types of transcripts, we hypothesize that a disruption in the levels of this circRNA-mRNA couple plays a role in tumorigenesis. To test this hypothesis, we developed SEALigHTS (Splice and Expression Analyses by exon Ligation and High Throughput Sequencing), an innovative technique for the simultaneous analysis of circRNAs and mRNAs. SEALigHTS is based on the design of probes at exon ends, enabling exploration of all exon-exon junctions. Briefly, after reverse transcription and hybridization of probes to complementary DNA, neighboring probes are ligated, and the number of ligations quantified using unique molecular identifiers and sequencing. As a first step, we analyzed tumor and adjacent normal breast tissue samples. Analysis of the splicing and backsplicing of BRCA1 and BRCA2 genes, involved in Hereditary Breast and Ovarian Cancer syndrome (HBOC), revealed a significant decrease in the circRNA/mRNA ratio in tumor tissue compared to normal tissue (p = 1.6e-09 for BRCA1 and p = 4.4e-05 for BRCA2). In a second step, we studied the splicing and backsplicing of 23 colorectal cancer (CRC) predisposition genes in blood samples from 712 CRC-predisposed patients and 249 controls. The circRNA/mRNA ratio was found to be 1.93 times higher in patients than in controls (p < 2e-16). In a third step, we assessed the diagnostic potential of SEALigHTS by studying 44 CRC and HBOC genes. After validating the detection of splicing events for characterized variations, the analysis of prospective patients with SEALigHTS improved the diagnostic yield. This study has enriched our knowledge of the levels of the various linear and circular isoforms of the predisposition genes studied. Beyond their potential as biomarkers in breast cancer or CRC, the disruption of the circRNA/mRNA ratio raises questions about the involvement of circRNAs in somatic and constitutional genetics
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Jaeger, Sophie. "Etude de la maturation de l'extrémité 3' non traduite et de la traduction de l'ARN messager codant pour l'histone H4." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/JAEGER_Sophie_2005.pdf.
Full textAbstract:
Nous avons étudié la fixation de la protéine HBP sur une structure en tige-boucle de l'ARN pré-messager d'histone H4-12. À partir de mutations de HBP abolissant la fixation, nous avons sélectionné par la technique du triple hybride dans la levure des suppresseurs intragéniques permettant de restaurer cette fixation. La plupart se situaient dans les domaines N- et C-terminaux de la protéine et n'affectaient pas la spécificité, suggèrant l'implication des domaines dans la reconnaissance de l'ARN. Nous avons ensuite examiné l'impact structural induit par la fixation d'HBP sur les extrémités 3' non traduites d'ARNs pré-messagers d'histones. Par sondage en solution nous avons détecté de fortes structures secondaires qui pourraient empêcher l'accès de la particule snRNP U7. Puis, nous avons montré que la fixation de la protéine HBP engendrait des changements de conformation au niveau de la séquence d'hybridation au snRNA U7 qui étaient associés à une amélioration de l'ancrage du snRNA U7. Ce mécanisme n'est pas généralisable à l'ensemble des gènes d'histones. Enfin, nous avons étudié la traduction in vitro de l'ARNm H4-12 et montré qu'elle s'effectuait de façon très efficace en l'absence des régions 5' et 3' non codantes, suggérant un recrutement du ribosome par la phase codante. Par sondage en solution de l'ARNm, nous avons proposé un modèle de repliement secondaire dans lequel la séquence codante est circularisée. À l'aide d'ARNs anti-sens nous avons identifié des nucléotides essentiels pour le maintien d'une haute efficacité de traduction. Ces résultats associés à ceux issus d'études de traduction in vitro, de " toe print " et de microscopie électronique, ont conduit à l'établissement d'un modèle original expliquant la traduction atypique d'H4-12. La phase codante recruterait directement deux ribosomes à la manière de deux sites d'entrée interne du ribosome (IRES), ils s'enchaîneraient par le jeu de changements de conformation et grâce à la circularisation de l'ARNmFirst we studied HBP protein interaction with the hairpin structure of histone H4-12 pre-mRNA. Starting from loss-of binding mutants of HBP, we selected by the yeast three hybrid system, HBP suppressors that restored the interaction for a wild-type hairpin RNA. Most of the selected mutations were located in both N- and C terminal domains of the protein, suggesting that these domains are involved in RNA recognition. Next we analyzed the structural effect of HBP binding to the 3'UTR of several histone pre-mRNA. Structural probing revealed strong secondary structures in the 3'UTR molecules that could prevent U7 snRNP anchoring to the RNA. We also showed that in some cases HBP-binding induced conformational changes at the level of U7 hybridization sequence. These changes were associated to a better annealing of a U7 snRNA transcript. However, this mechanism is not general to all histone-genes. Lastly, we focused on histone translation mechanism. We found that in vitro translation of H4-12 mRNA is highly efficient. Surprisingly, we found that 5' and 3' UTR are dispensable, which suggests that the Open Reading Frame (ORF) alone is able to recruit the ribosome. Using enzymatic and chemical probing we solved the secondary structure of the whole mRNA. The molecule appears to be circular due to hybridization of 5' and 3' sequences. With non-sense RNA designed to inhibit translation we identified essential nucleotides required for a highly efficient translation mechanism. Altogether, the data from in vitro translation, mutagenesis, toe print and electron-microscopy led us to propose a model that explains the highly efficient mechanism of histone translation. First, the ORF might efficiently recruit two ribosomes on Internal Ribosome Entry Sites (IRES). Second, after translation of the histone circular histone-mRNA an efficient recycling process would channel the ribosomes onto the initiation-codon for a new round of translation
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Daoud, Hana. "Une nouvelle classe de granules ARN induits par irradiation des cellules en culture aux ultra-violets?" Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/26820/26820.pdf.
Full text
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D'Orchymont, Arnaud. "Etudes structurales de l'ARN messager de l'histone H4." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01037935.
Full textAbstract:
Chez les Eucaryotes, l'étape d'initiation est de loin la plus complexe et la plus lente du processus de traduction. Elle nécessite l'intervention de 12 facteurs protéiques, d'une coiffe m7GpppN située à l'extrémité 5' des ARNm et d'une queue poly(A) en 3'. Les ARNm des histones " réplication-dépendantes " sont particuliers car dépourvus d'extrémité 3' polyadénylée et dotés d'une extrémité 5' non traduite extrêmement courte, de 9 nt seulement chez l'ARNm H4 de la souris. Pour traduire ces ARNm, un processus d'initiation non conventionnel a été décrit au laboratoire. L'objectif de ma thèse a été d'établir les bases structurales de ce mécanisme en combinant différentes approches expérimentales. Deux protocoles originaux de repliement ont été mis au point afin d'isoler l'ARNm H4 dans deux conformations distinctes et stables. Une caractérisation fonctionnelle et structurale de ces deux formes de l'ARNm a ensuite été réalisée. La stabilité et la structure de ces deux formes ont été étudiées par DLS, par SAXS et par équilibre de sédimentation. Puis, nous avons étudié la capacité de ces deux formes d'ARNm H4 à fixer le facteur d'initiation eIF4E et les ribosomes assemblés sur le codon d'initiation ainsi que leur aptitude à être traduits in vitro. Un modèle de repliement de la structure secondaire de l'ARNm H4 a été construit après sondage enzymatique et chimique des deux formes de l'ARNm. Ce modèle a servi de base pour le travail d'ingénierie de l'ARNm H4 qui a conduit à son découpage en sous-domaines. Des essais de cristallisation ont porté sur 18 de ces fragments ainsi que sur les deux formes de l'ARNm H4 complet.
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Zhang, Tong. "Characterization of the shuttling properties of RNA-binding TIA proteins." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2005. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210999.
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Szaroz, Daniel. "Development of Enkephalin mRNA Interference in the Rat Brain." Thesis, Université Laval, 2014. http://www.theses.ulaval.ca/2014/30543/30543.pdf.
Full textAbstract:
Les enképhalines (ENK), étant neuromodulateurs, ont un rôle prépondérant dans plusieurs circuits neuronaux tels que ceux de la récompense, la peur et l’anxiété. Dans cette étude, nous avons ciblé les ENK et atténué leur expression dans le noyau accumbens et l’amygdale centrale par le biais d’injections de vecteurs lentiviraux exprimant un shRNA spécifique à l’ENK. Les injections des lentivirus exprimant un shENK ont été comparées à des hémisphères intacts et à des injections du même vecteur exprimant un shRNA témoin, pour révéler des diminutions de l'ARNm des ENK de 62 %. Ces quantifications ont été validées in vivo par la comparaison du signal radioactif des sondes pour l’ARNm des ENK dans les régions infectées par le virus, ces régions ayant été identifiées par immunohistochimie. Nous démontrons une spécificité de l’atténuation de l’ARNm des ENK puisqu’aux sites des injections, il n'y a pas eu de diminution de l’ARNm de la GAD65.Enkephalin (ENK), a prominent endogenous opioid mediator of the behavioural response, elicits its function in important circuits of the brain such as reward, fear and anxiety. In this study, we have targeted the downregulation of ENK expression by the delivery of a lentiviral vector with an expressing shRNA specific to ENK mRNA in ENK rich regions, such as the nucleus accumbens and central amygdala. By injecting a vector expressing an shENK and comparing it to non-injected hemispheres, as well as to injections of the same vector yet expressing a scrambled shRNA, we have observed an average downregulation of 62% ENK mRNA. Quantifications were performed in vivo, by collecting the in situ hybridization radioprobe signal for ENK mRNA of regions infected by the virus; the latter visualized immunohistochemically. Our results show a knockdown specificity of ENK mRNA and tissue integrity, as demonstrated by the lack of GAD65 mRNA disruption.
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Dreumont, Natacha. "Étude du métabolisme des ARNm aberrants du gène codant pour la fumarylacétoacétate hydrolase." Thesis, Université Laval, 2004. http://www.theses.ulaval.ca/2004/22127/22127.pdf.
Full textAbstract:
La cellule a élaboré des mécanismes de surveillance afin d’assurer la fidélité de l’expression génique. Le nonsense-mediated mRNA decay (NMD) reconnaît et en général, dégrade rapidement les ARNm nonsens, qui contiennent des codons stop prématurés. Le NMD a longtemps été considéré comme un mécanisme de protection, permettant d’éviter la synthèse de protéines tronquées, potentiellement néfastes pour la cellule. Plus récemment, un nouveau rôle du NMD a émergé : il semble réguler l’expression génique, notamment lorsqu’il est couplé à l’épissage alternatif. D’autre part, bien que les mécanismes de reconnaissance et de dégradation des ARNm nonsens soient de mieux en mieux compris, une controverse subsiste quand à la localisation subcellulaire du NMD chez les mammifères. Ces deux aspects du NMD ont été abordés au cours de ma thèse dans le cas de l’étude du métabolisme des ARNm aberrants du gène de la fah, responsable de la tyrosinémie héréditaire de type I.
Afin de mieux comprendre les bases moléculaires de la maladie, j’ai caractérisé les ARNm de la FAH contenant des mutations d’épissage (Q279R et V259L) ou nonsens (W262X) dans l’exon 9. Deux transcrits alternatifs du gène de la fah ont ainsi été mis en évidence pour ces trois mutations : del100 a éliminé l’exon 8 et del231 les exons 8 et 9. Del231 est fortement produit lorsque les mutations d’épissage Q279R et V259L sont présentes. L’étude des transcrits chez les patients avec ces deux mutations a permis de proposer un modèle d’épissage pour les exons 8 et 9. Une analyse plus poussée sur del100 et del231 a révélé que ceux-ci étaient en fait produits de façon minoritaire dans des cellules avec un gène normal de la fah, par épissage alternatif des exons 8 et 9. Del100, qui contient de nombreux PTCs suite à l’élimination de l’exon 8, est dégradé par NMD. Cependant, la quantité de transcrit restante semble suffisante pour la synthèse d’une protéine de 31-kDa, détectable dans plusieurs tissus humains. Ce premier transcrit alternatif de la fah est important à deux points de vue : premièrement, il semble illustrer le rôle possible du NMD couplé à l’épissage alternatif dans la régulation génique et deuxièmement, la protéine synthétisée pourrait être importante pour la tyrosinémie héréditaire de type I.
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Lapointe, Gabriel. "Translocation de certains RNP cytoplasmiques «solubles» à la fraction insoluble de la matrice cellulaire résiduelle lors d'un stress thermique." Thesis, Université Laval, 2004. http://www.theses.ulaval.ca/2004/22140/22140.pdf.
Full textAbstract:
L’une des premières réponses observées lorsque des cellules sont soumises à un stress est la diminution de la traduction suite à la destruction des polyribosomes. Les ARNm, qui auparavant étaient traduits, ne sont pas détruits durant ce processus. Il est donc possible d’observer l’accumulation d’une réserve d’ARNm et de mRNP réprimées sous forme de granules de stress intimement liées à la matrice cellulaire résiduelle. La présence de plusieurs protéines impliquées dans la stabilisation et la destruction des ARNm et des protéines soulève l’hypothèse que ces granules de stress servent aussi de site de triage afin de ne conserver que les RNP résistantes au stress. Ces granules cytoplasmiques étant peu connus, nous avons cherché à mieux connaître les RNP impliquées dans ce phénomène. Nos tentatives d’isoler les granules de stress n’ayant pas réussi, vu leur forte association avec la matrice cellulaire résiduelle, nous avons concentré nos efforts sur la comparaison des profils protéiques de la matrice cellulaire résiduelle avant et après un choc thermique. Cette approche nous a permis d’observer une augmentation de la concentration de plusieurs protéines de la matrice cellulaire, protéines qui pourraient être identifiées dans le futur.
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NOGUIEZ, PATRICIA. "Isolement d'adnc d'igf ii dans plusieurs banques d'adnc de tissus humains : expression des messagers des igfs dans des tissus humains normanx et pathologiques." Paris 11, 1990. http://www.theses.fr/1990PA11T003.
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Marques, Mandin Pierre. "Régulation de la virulence de Listeria monocytogenes : systèmes à deux composants et ARN non codants." Paris 7, 2006. http://www.theses.fr/2006PA077133.
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Listeria monocytogenes, une bactérie à Qram positif, est l'agent pathogène de la listériose, une maladie relativement rare mais grave et associée à une mortalité élevée. Les systèmes à deux composants sont des systèmes protéiques de transmission de signal qui permettent à la bactérie de sentir et de répondre aux signaux de l'environnement. Dans une première partie de cette thèse, nous avons caractérisé le rôle d'un système à deux composants,VirR / VirS, identifié lors de l'analyse de mutants non infectieux chez la souris, dans la virulence de L. Monocytogenes. Nous avons déterminé l'ensemble des gènes régulés par VirR. Ce système est impliqué dans la régulation de l'expression de protéines impliquées dans la modification de la surface bactérienne, ce qui pourrait expliquer le rôle de VirR/VirS dans la virulence. Les ARNnc modulent l'expression génétique en s'appariant à leurs ARN messagers cibles ou en liant des protéines régulatrices. Dans une deuxième partie de cette thèse, nous avons recherché la présence d'ARNnc dans le génome de L monocytoQenes en utilisant différentes approches bioinformatiques. Nous avons identifié 12 ARNnc au sein de la bactérie, dont les ARN conservés dans tous le royaume bactérien RnpB, SsrA et SsrS. Les neufs autres ARNnc on été nommés Rli pour ARNnc de Listeria. Afin de mieux caractériser la fonction des Rlis, nous avons développé un programme nous permettant de prédire les cibles ARNm potentielles des ARNnc. Ces prédictions ont été confirmées expérimentalement, validant notre programme. L'ensemble de ces résultats permet de mieux comprendre les réseaux complexes de régulation intervenant dans le processus adaptatif de la bactérieListeria monocytogenes, a gram positive bacterium, is the causative agent of listeriosis, a relatively rare disease but associated with a high mortality rate. Two component Systems are couples of proteins which allow bacteria to sense and respond to their environment. In a first part of this thesis. We characterized the role of a previously unidentified two component system of L. Monocytogenes, VirR/VirS, in the virulence of the bacterium. Usinq macroarrays, we have determined the genes controlled by VirR. This System regulates genes implicated in the modification of bacterial surface components, which may explain the role of VirR/VirS in virulence. Non coding RNAs (ncRNAs) modulate gene expression by pairing to messenger RNAs or by interacting requlatory proteins. In a second part of this thesis, we have searched for ncRNA genes in the genome of L. Monocytogenes using various bioinformatic approaches. 12 ncRNA were discovered and experimentally characterized, includinq RnpB. SsrA and SsrS which are conserved in all bacteria. The 9 other novel ncRNAs were named Rli for ncRNA in Listeria. In order to better characterize the function of the Rlis. We developed a program to predict potential mRNA targets of ncRNAs. Pur first experimental data validate pur method and suggest that it could be used as a general tool to search for ncRNA targets. These results allow a better understanding of the complex regulatory networks involved in the bacterial adaptive process
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Durrieu, Françoise. "Détection des ARN messagers par cytométrie en flux : mise au point de la technique de marquage amorcé in situ (PRINS)." Bordeaux 2, 1993. http://www.theses.fr/1993BOR23099.
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