Dissertations / Theses: 'Tming de la Réplication'

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Wang, Weitao. "Genome-Wide Mapping of Human DNA Replication by Optical Replication Mapping Supports a Stochastic Model of Eukaryotic Replication." Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2021. http://www.theses.fr/2021UPSLS048.

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Abstract:

La réplication de l'ADN est régulée par l'emplacement et le moment de l'initiation de la réplication. Par conséquent, beaucoup d'efforts ont été investis dans l'identification et l'analyse des sites d'initiation de la réplication dans les cellules humaines. Cependant, la nature hétérogène de la cinétique de réplication eucaryote et la faible efficacité de l'utilisation du site d'initiation individuelle chez les métazoaires a rendu difficile la cartographie de l'emplacement et du moment de l'initiation de la réplication dans les cellules humaines. Une solution potentielle au problème de la cartographie de la réplication humaine est l'analyse dans les molécules uniques. Cependant, les approches actuelles ne fournissent pas le débit requis pour les expériences à l'échelle du génome humaine. Pour relever ce défi, nous avons développé la cartographie de réplication optique (Optical Replicaiton Mapping - ORM), une approche de molécule unique à haut débit pour cartographier l'ADN nouvellement répliqué, et l'avons utilisée pour cartographier les événements d'initiation précoce dans les cellules humaines. La nature de molécule unique de nos données, et une couverture totale de plus de 2000 fois du génome humain sur 27 millions de fibres d'une longueur moyenne d'environ 300 kb, nous permettent d'identifier les sites d'initiation et leur probabilité d’initiation avec une grande confiance. En particulier, pour la première fois, nous sommes en mesure de mesurer à l'échelle du génome humain l'efficacité absolue de l'initiation de la réplication. Nous constatons que la distribution de l'initiation de la réplication humaine est cohérente avec l'initiation inefficace et stochastique de complexes d'initiation potentiels distribués de manière hétérogène enrichis en chromatine accessible. En particulier, nous constatons que les sites d'initiation de la réplication humaine ne sont pas limités à des origines de réplication bien définies, mais sont plutôt répartis sur de larges zones d'initiation constituées de nombreux sites d'initiation. De plus, nous ne trouvons aucune corrélation des événements d'initiation entre les zones d'initiation voisines. Bien que la plupart des événements d'initiation précoce se produisent dans les régions à réplication précoce du génome, un nombre significatif se produit dans les régions tardives. Le fait que les sites d'initiation dans les régions tardive aient une certaine probabilité d’initiation au début de la phase S suggère que la principale différence entre les événements d'initiation dans les régions à réplication précoce et tardive est leur probabilité intrinsèque d’initiation, et n’est pas due à une différence qualitative dans leur distribution de temps d’initiation. De plus, la modélisation de la cinétique de réplication démontre que la mesure de l'efficacité d’initiation de la zone d'initiation au début de la phase S suffit pour prédire le temps d’initiation moyen de ces zones tout au long de la phase S, ce qui suggère en outre que les différences entre les temps d’initiation des zones d'initiation précoce et tardive sont quantitatives plutôt que qualitatives. Ces observations sont cohérentes avec les modèles stochastiques de la régulation de l'initiation et suggèrent que la régulation stochastique de la cinétique de réplication est une caractéristique fondamentale de la réplication chez eucaryotes, conservée de la levure à l'homme
DNA replication is regulated by the location and timing of replication initiation. Therefore, much effort has been invested in identifying and analyzing the sites of human replication initiation. However, the heterogeneous nature of eukaryotic replication kinetics and the low efficiency of individual initiation site utilization in metazoans has made mapping the location and timing of replication initiation in human cells difficult. A potential solution to the problem of human replication mapping is single-molecule analysis. However, current approaches do not provide the throughput required for genome-wide experiments. To address this challenge, we have developed Optical Replication Mapping (ORM), a high-throughput single-molecule approach to map newly replicated DNA and used it to map early initiation events in human cells. The single-molecule nature of our data, and a total of more than 2000-fold coverage of the human genome on 27 million fibers averaging ~300 kb in length, allow us to identify initiation sites and their firing probability with high confidence. In particular, for the first time, we are able to measure genome-wide the absolute efficiency of human replication initiation. We find that the distribution of human replication initiation is consistent with inefficient, stochastic initiation of heterogeneously distributed potential initiation complexes enriched in accessible chromatin. In particular, we find sites of human replication initiation are not confined to well-defined replication origins but are instead distributed across broad initiation zones consisting of many initiation sites. Furthermore, we find no correlation of initiation events between neighboring initiation zones. Although most early initiation events occur in early-replicating regions of the genome, a significant number occur in late replicating regions. The fact that initiation sites in typically late-replicating regions. The fact that initiation sites in typically late-replicating regions have some probability of firing in early S phase suggests that the major difference between initiation events in early and late replicating regions is their intrinsic probability of firing, as opposed to a qualitative difference in their firing-time distributions. Moreover, modeling of replication kinetics demonstrates that measuring the efficiency of initiation-zone firing in early S phase suffices to predict the average firing time of such initiation zones throughout S phase, further suggesting that the differences between the firing times of early and late initiation zones are quantitative, rather than qualitative. These observations are consistent with stochastic models of initiation-timing regulation and suggest that stochastic regulation of replication kinetics is a fundamental feature of eukaryotic replication, conserved from yeast to humans

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Dionne, Isabelle. "La réplication des télomères et la réplication conventionnelle deux mécanismes concertés." Thèse, Université de Sherbrooke, 2001. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4143.

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Abstract:

Les télomères sont constitués de répétitions de courtes séquences dont un des brins est riche en guanine (G) et l'autre riche en cytosine (C).Les télomères de Saccharomyces cerevisiae sont répliqués par la télomérase qui ajoute des répétitions nouvelles au brin G-riche. Lors de la réplication des télomères de levure, les extrémités des chromosomes acquièrent de longues extensions simple-brin 3' riche en G. Ces extensions 3' sont générées à la fin de la phase S. Le candidat idéal pour la génération de ces queues G-riche était la télomérase. Toutefois, dans une souche de levure dépourvue de la télomérase, nous avons aussi retrouvé des extensions 3' télomériques durant la phase S. Ces résultats démontrent l'existence d'une activité indépendante de la télomérase pour la génération de ces queues riche en G. Cette activité pourrait être une exonucléase 5'-3' nécessaire pour générer une structure uniforme à tous les télomères puisque suite à la réplication semi-conservative, une extrémité du chromosome va comporter une courte extension 3' et l'autre extrémité, un bout franc. Pour déterminer si cette activité de dégradation du brin C-riche était dépendante du passage de la machinerie de réplication, nous avons utilisé un plasmide linéaire comportant des télomères à chacune de ses extrémités et qui ne peut se répliquer. Dans un tel cas, les télomères n'acquièrent pas d'extensions simple-brin riche en G contrairement à un plasmide correspondant comportant une origine de réplication. Ceci nous permettait de proposer un lien entre la machinerie de réplication conventionnelle et le maintien des télomères. Pour confirmer le lien pouvant exister entre la réplication des télomères et la machinerie de réplication conventionnelle, nous avons examiné les télomères d'une souche de levure possédant une mutation dans la sous-unité catalytique de l'ADN polymérase [alpha]. En plus de posséder des télomères allongés par rapport à une souche de type sauvage, un tel mutant démontre une augmentation de la quantité de simple-brin télomérique G-riche. Cette augmentation du simple-brin terminal est probablement causée par une synthèse inefficace du brin C-riche par la machinerie du brin retardé puisque ce simple-brin télomérique est généré durant la phase S. L'augmentation de la taille des télomères étant dépendante de la télomérase, nous proposons donc un couplage de la synthèse du brin G-riche par la télomérase avec la synthèse du brin C-roche par la machinerie de réplication conventionnelle pour permettre une régulation de la taille des télomères.

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Taleb, Nassim Nicholas. "Réplication d'options et structure de marché." Paris 9, 1998. https://portail.bu.dauphine.fr/fileviewer/index.php?doc=1998PA090080.

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Dedieu, Olivier. "Réplication optimiste pour les applications collaboratives asynchrones." Phd thesis, Université de Marne la Vallée, 2000. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00651743.

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Abstract:

Dans cette thèse, nous présentons un système de réplication optimiste pour les applications collaboratives asynchrones. Dans notre modèle, les réplicas travaillent de façon autonome et se synchronisent deux à deux afin d'assurer la propagation épidémique des écritures et la cohérence globale à terme des données. Nous avons conçu pour cela un protocole qui garantit des échanges incrémentaux. Il optimise la consommation de bande passante et simplifie la détection des mises-à-jour à intégrer. Il repose sur un mécanisme de journalisation des écritures. Ce mode de persistance offre de bonnes performances, une grande robustesse et un support simple pour l'évolution de schéma. Lorsque deux réplicas se synchronisent, des conflits peuvent apparaître. Pour y faire face, nous proposons un mécanisme d'horloge logique qui définit un ordre total sur les écritures, cohérent avec l'ordre temporel. Il permet de résoudre les mises-à-jour conflictuelles par un ordonnancement conforme à l'intuition pour les utilisateurs. D'autres types de conflits propres à l'application et à l'intégrité des données peuvent survenir. Le développeur d'applications dispose d'une interface de programmation pour définir des procédures de résolution spécifiques. Par ailleurs, nous présentons deux extensions au protocole de propagation épidémique pour le rendre exploitable à large échelle : le contrôle de la vitesse de convergence et la réplication partielle. En complément de la réplication des données, nous proposons un "framework" pour le déploiement dynamique des mises-à-jour du code et des ressources de l'application. Enfin, l'ensemble du système de réplication est illustré sur une application collaborative asynchrone, Pharos, qui permet le partage de recommandations dans des communautés d'intérêt.

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Lagnel, Claire. "Caractérisation d'origines de réplication de Physarum polycephalum." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1998. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk2/ftp02/NQ36289.pdf.

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Meisch, Françoise. "Mécanismes moléculaires de l'initiation de la réplication." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077172.

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Abstract:

Ma thèse a porté sur la régulation de l'initiation de la réplication chez les vertébrés. J'ai participé à l'identification et la caractérisation d'origines de réplication (ori) sur 1% du génome humain. Ces ori ont été identifiées dans des cellules HeLa grâce à la quantification de petits brins naissants, spécifiques de l'initiation de la réplication. Nous avons pu montrer qu'un lien fort existe entre les ori et les îlots CpG et que l'association des ori avec des marques de chromatine ouverte comme l'acétylation des histones n'est pas indispensable pour l'initiation. De plus, il n'y a pas de lien clair entre densité en ori et moment de réplication d'une région génomique donnée. Je me suis aussi intéressée à l'étape de licensing c. -à-d. La fixation au niveau des sites d'initiation potentiels du complexe de Pré-réplication (Pré-RC) avec en premier lieu ORC (Origin récognition complex). Le licensing s'effectue en phase Gl du cycle cellulaire et seuls les sites de fixation du Pré-RC peuvent être utilisés comme site d'initiation. Nous avons choisi de travailler avec la lignée aviaire DT40 qui effectue la recombinaison homologue à forte fréquence. J'ai donc construit des lignées qui expriment une protéine Orcl ou Orc2 étiquetée à partir du locus endogène. J'ai réalisé des immunoprécipitations de chromatine pour identifier leurs sites de fixation. Nous arrivons à avoir des enrichissements faibles mais cohérents de Orcl au niveau des ori connues du poulet. Comme les faibles enrichissements obtenus compliquent des approches plus globales, nous envisageons de répéter ces expériences sur des cellules en phase Gl, obtenues par élutriation, afin d'augmenter les enrichissements obtenus
My PhD focused on the molecular mechanisms governing initiation of DNA replication in vertebrates. I participated in the identification and characterization of origins of replication (ori) on 1% of the human genome. These ori have been identified in HeLa cells by quantification of short nascent strands, which are specific of replication initiation. We showed that a strong link exists between ori and CpG islands and that the association of ori with open chromatin marks like histone acetylation is dispensable for origin specification. Furthermore, no clear link emerges between ori density and the moment at which a genomic region replicates. I have also been interested in the licensing step which consists in the binding on the initiation sites of the Pre-replication complex (Pre-RC), in first place ORC (Origin recognition complex). Licensing takes place in the Gl phase of the cell cycle and only Pre-RC binding sites can be used as initiation sites. We chose to work with the avian DT40 cell line, able to perform homologous recombination at high frequency. I thus constructed cell lines which express tagged versions of the Orcl and Orc2 proteins and from the endogenous locus. I realized chromatin immunoprecipitations (ChIP) to identify their binding sites. We obtain small but coherent enrichments of Orcl at well known chicken ori. As these small enrichments complicate genome-wide approaches, we plan to repeat these experiments with elutriated cells in Gl phase in order to increase the ChIP enrichments

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Verhage, Jeroen. "Systèmes modèles pour la réplication d'une information génétique." Phd thesis, Ecole Polytechnique X, 2005. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00001350.

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Abstract:

Les recherches décrites dans cette thèse ont pour but le développement de systèmes modèles pour 'réparer' des sites abasiques dans des doubles hélices d'ADN. Nous ne pensons pas rétablir la base naturelle manquante, mais introduirons une modification chimique du site abasique pour restaurer la stabilité du duplex. La base opposée au site abasique sera utilisée pour sélectionner un "réactif de réparation" complémentaire au sens de l'appariement de type Watson-Crick, parmi plusieurs réactifs possibles. Cette étape de sélection devrait donc constituer une sorte de "transfert d'information" ou de "réplication" de la base opposée vers le site abasique, et elle devrait être intéressante a ce titre. Nous voudrions que notre système de réparation de sites abasiques utilise des réactions qui soient réversibles à l'échelle de l'expérience. Cela devrait permettre une correction in situ des erreurs commises par le système. Nous voudrions également que les unités de réparation réagissent avec le squelette de l'ADN, mais sans le couper. Nous pensons qu'éviter la coupure du brin rendra notre système beaucoup plus fiable. Nous avons choisi la réaction entre des aldéhydes et des dérivés d'amines pour former des dérivés d'imines. Ces réactifs peuvent réagir de manière réversible dans l'eau à pH 7. Cette thèse est divisée en trois chapitres principaux; dans le chapitre deux une étude bibliographique de la littérature sur laquelle nos travaux sont basés est présentée. Le chapitre trois contient les travaux sur la réparation des sites abasiques naturels. Le chapitre quatre concerne les travaux sur la réparation des sites abasiques artificiels.

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Thomé, Magali. "Réplication de structures naturelles multi-échelles et multifonctionnelles." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066206.

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Abstract:

L’étude présentée dans ce manuscrit porte sur la réplication de structures naturelles multi-échelles et multifonctionnelles, que sont les ailes des papillons Morpho rhetenor, Morpho menelaus et Papilio ulysse, ou celles de la cigale Cicada orni. De telles structures sont en effet constituées de sous-structures à différentes échelles, du centimètre au nanomètre, et à chacune de ces échelles est associée une propriété ou fonction. On parle alors de multifonctionnalité. Cet atout, très recherché actuellement pour nos futurs objets et matériaux, est accessible par deux voies de complexification : celle de la composition chimique du ou des matériaux constituant l’objet (matériaux composites, hybrides organique-inorganique) et/ou celle de leur géométrie (structuration). Or, si nos connaissances en chimie nous permettent de mettre en œuvre la première voie, l’élaboration de structures multi-échelles est encore difficile par nos techniques actuelles de structuration (lithographie par exemple). Ainsi, pour augmenter les propriétés d’un système possédant une géométrie multi-échelles existante dans la nature, nous avons réalisé des répliques des structures naturelles précédemment évoquées dans des matériaux inorganiques (TiO2 et SiO2), soit des matériaux très différents du complexe chitino-protéique qui constituent les ailes organiques. A cette fin, trois méthodes ont été utilisées : un dépôt de matière dans les structures naturelles par voie sol-gel, un dépôt par pulvérisation cathodique et une minéralisation directe de la structure des ailes, s’inspirant de processus de biominéralisation
The present study deals with the replication of multiscale and multifunctional natural structures. These natural structures are wings of Morpho rhetenor, Morpho menelaus and Papilio ulysse butterflies, and those of Cicada orni cicada. Such structures are composed of smaller structures at different scales, from centimetre to nanometre, and to each of these scales is associated a property or a function. This we call multifunctionality. This multifunctionality is expected to become a property of our future objects or materials, and can be achieved by two different ways: to make the material(s) chemical composition of the object more complex (composite, hybrid organic-inorganic materials) and/or to make its architecture more complex (structuration). Although it is possible to achieve the first (chemical composition), we have so far been unable to successfully make multiscale structures with our current structuration techniques (lithography for example). Therefore, to increase the properties of a system characterised by a multiscale structure seen in nature, we have made replicas of the natural structures previously presented in inorganic materials (TiO2 and SiO2). That is to say, very different materials in comparison with the natural chitin-protein complex. To do this, three methods were used: a sol-gel solution deposition in the natural structures, a physical vapor deposition and a direct mineralization of the wings structure, which is inspired by natural biomineralization processes

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Collien, Yoann. "Dynamique de la réplication chez l'archée Haloferax volcanii." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLX063/document.

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Abstract:

Haloferax volcanii est une archée appartenant au phylum euryarchaeota et à la classe des Halobacteriales. Les mécanismes liés à la réplication et à la réparation chez les archées sont très similaires à ceux rencontrés chez les eucaryotes, faisant d’H. volcanii un des organismes modèle pour l’étude de la réplication et de la biologie des archées, notamment car de nombreux outils génétiques sont disponibles chez cet organisme. De plus, H. volcanii possède la particularité de pouvoir avoir toutes ses origines de réplication supprimées, soulevant beaucoup de questions sur les mécanismes impliqués. Plusieurs hypothèses ont été émises sur la façon dont cette souche initie sa réplication, basées soit sur la dérivation des mécanismes liés à la réparation de l’ADN, soit sur un mécanisme d’initiation de la réplication indépendant des origines. Afin d’étudier ces mécanismes liés à la réplication, j’ai construit une souche d’H. volcanii capable d’incorporer des analogues de la thymidine dans l’ADN lors de sa synthèse grâce à la délétion de gènes impliqués dans la voie de biosynthèse de la thymidine. Des temps de cultures courts de la souche en présence d’un analogue permet son incorporation au niveau des zones actives de réplication pour marquer spécifiquement l’ADN néosynthétisé. L’immunodétection de l’analogue incorporé à l’ADN, en travaillant en cellule entière avec un microscope à fluorescence, permet la localisation de l’ADN néosynthétisé, reflétant ainsi les régions où la réplication est active. Ces analyses révèlent majoritairement 2 à 3 régions de réplication actives dans des cellules en prolifération, sans localisation particulière. Ces régions ont déjà été observées en étudiant la localisation d’une protéine clé de la réplication (RPA2) fusionnée à la protéine verte fluorescente GFP, confirmant sa localisation aux zones actives de réplication. Une étonnante variabilité observée d’une cellule à l’autre et suggère une initiation probabiliste de la réplication. Il est également étonnant de n’observer qu’aussi peu de zones actives de réplication, comparé au fort taux de polyploïdie de cette souche. Se pose alors la question de ce à quoi correspondent ces zones de réplication. Pour cela, j’ai développé chez H. volcanii la technique de peignage moléculaire permettant d’isoler des molécules individuelles d’ADN et révéler spécifiquement les analogues incorporés pour pouvoir déterminer le nombre de copies du chromosome qui sont actives lors de la réplication, ainsi que le nombre d’origines actives sur chacune des copies. J’ai également développé une technique de Time-lapse dans le but de suivre ces régions au cours du temps en observant les divisions cellulaires directement sous le microscope
Haloferax volcanii is an archaea belonging to the phylum euryarchaeota and the class Halobacteriales. The mechanisms related to replication and repair in archaea are very similar to those found in eukaryotes, making H. volcanii a relevant model organisms for the study of replication and archaeal biology, especially since many genetic tools are available. Interestingly, all replication origins can be removed from the chromosome of H. volcanii, raising many questions about the mechanisms involved. Several hypotheses have been proposed on how this strain initiates its replication, either relying on recombination-dependent replication initiation or an origin-independent mechanism. In order to study these replication-related mechanisms, I have constructed a strain of H. volcanii able to incorporate thymidine analogues into DNA during its synthesis by deleting genes involved in the thymidine biosynthesis pathway. A short-time cultures of the strain in the presence of an analogue allows its incorporation in nascent DNA. By immunodetection of the analog coupled to fluorescence microscopy observation of whole cells, it is possible to investigate the localization of neosynthesized DNA,which reflect the regions where replication is active. These analyses revealed mainly 2 to 3 active replication regions per cell, without any particular location. These regions had already been observed by studying the localization of a key replication protein (RPA2) fused to the fluorescent green protein GFP, confirming its location in active replication areas. A surprising variability in the number of replication foci from one cell to another was observed, suggesting a probabilistic initiation of replication. It is also surprising to observe so few active replication areas compared to the high polyploidy of this strain. This raises the question of what these replication areas correspond to. For further understanding, I developed for H. volcanii molecular combing, to isolate individual DNA molecules and specifically reveal incorporated analogues to determine the number of copies of the chromosome that are being replicated, as well as the number of active origins on each of the copies. I have also developed time-lapse approach to track these regions over time by monitoring cell proliferation directly under the microscope

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Chbab, Najat. "Réplication et morphogenèse du virus MDV-1 : caractérisation d'une protéine de tégument produit du gène UL17 essentiel à la réplication virale." Tours, 2006. http://www.theses.fr/2006TOUR4004.

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Abstract:

L'étude a porté sur la protéine pUL17 du virus MDV (Marek's Disease Virus), homologue à la protéine de capside et de tégument d'HSV-1. La stratégie adoptée repose sur la délétion et l'étiquetage du gène UL17 par recombinaison homologue en utilisant un chromosome bactérien artificiel (BAC) contenant le génome de la souche pathogène RB-1b du virus MDV (BAC-RB-1b). La délétion du gène UL17 ou la mutagenèse de l'ATG sont létales. La restauration du gène permet au virus de retrouver sa capacité de réplication. Lors de l'infection virale, la phosphoprotéine pUL17 (82 kDa) est localisée au noyau, pour partie associée à la membrane nucléaire. Cette localisation nucléaire n'est pas une propriété intrinsèque de la protéine et implique un facteur viral. La co-localisation partielle de pUL17 avec la protéine majeure de capside VP5 et l'influence qu'elle exerce sur la relocalisation de la protéine de tégument pUL14 semblent confirmer l'intervention de pUL17 dans la constitution du tégument viral
This work aimed at studying the Marek's Disease virus (MDV) UL17 protein which is homologous to the capsid and tegument protein of HSV-1 virus. For this purpose, we used a bacterial artificial chromosome (BAC) of the highly pathogenic MDV strain RB-1b to generate mutant viruses in which the UL17 gene was either deleted or tagged with the HA peptide. The results showed that MDV pUL17 is a phosphoprotein (82 kDa) essential for viral replication. During the infection, pUL17 localizes in the nuclear compartment. This nuclear localization is not an intrinsic property of pUL17 and implies a viral factor. The co-localization of pUL17 with the major capsid protein VP5 and its influence on the cellular distribution of the tegument protein pUL14 favour the hypothesis that pUL17 participates in early tegumentation

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La, Chi-Anh. "Réplication de contenu dans les réseaux sans fil mobiles." Phd thesis, Télécom ParisTech, 2010. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00545009.

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Abstract:

La croissance des terminaux et des services de réseau mobile pose aujourd'hui une question sur la méthode de distribuer efficacement des données aux utilisateurs. Plusieurs applications de réseau ont besoin de télécharger des données afin de fournir des informations aux utilisateurs. En conséquence, l'explosion du trafic de données exercé par les clients qui cherchent des contenus en ligne provoque la saturation du réseau cellulaire des opérateurs mobiles. Similaire aux problèmes du réseau Internet, les utilisateurs mobiles ont désormais fait face à la congestion au niveau des passerelles de réseau. En raison de l'imprévisibilité de la mobilité humaine, les fournisseurs de services mobiles ne peuvent pas installer suffisamment des infrastructures pour leurs clients. La réplication de contenu dans ce contexte a été prouvée comme une bonne solution pour améliorer la performance et l'extensibilité du réseau. Dans cette thèse, nous abordons les problèmes de la réplication du contenu dans des réseaux hétérogènes mobiles. Nous étudions deux questions fondamentales: où et combien de répliques doivent être placées dans le système. Nous modélisons le problème à l'aide de la théorie de "facility location" et nous concevons un mécanisme distribué qui est capable de réduire la latence d'accès au contenu et d'éviter la congestion au niveau des passerelles mobiles. En outre, nous examinons les contraintes de ressources des équipements mobiles et proposons des mécanismes P2P pour transférer les répliques afin de parvenir l'équilibrage de charge parmi les utilisateurs. Nous évaluons nos mécanismes en utilisant des modèles de mobilité humaine. Enfin, pour résoudre le problème causé par les utilisateurs rationnels qui se comportent égoïstement lors de la réplication du contenu dans les réseaux hétérogènes mobiles, nous dérivons un modèle de coût et utilisons la théorie des jeux pour étudier les équilibres du système. Particulièrement, nous étudions le facteur de réplication dans un scénario "flash-crowd" avec de différents débits de réseau sans fil. A partir des résultats théoriques, nos futurs travaux sont d'élaborer des stratégies à mettre en œuvre dans les réseaux en pratique.

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Coulon, Cedric. "Réplication Préventive dans une grappe de bases de données." Phd thesis, Université de Nantes, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00481299.

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Abstract:

Dans une grappe de bases de données, la réplication préventive peut fournir une cohérence forte sans les limitations d'une réplication synchrone. Dans cette thèse, nous présentons une solution complète pour la réplication préventive qui supporte les configurations multimaîtres et partielles, où les bases de données sont partiellement répliquées sur différents noeuds. Pour augmenter le débit des transactions, nous proposons une optimisation qui élimine le délai d'attente pour l'ordonnancement en contrepartie d'un petit nombre d'abandon des transactions et nous introduisons le rafraîchissement parallèle des copies. Nous décrivons des expérimentations à grande échelle de notre algorithme basées sur notre prototype (RepDB*) sur une grappe de 64 noeuds utilisant le SGBD PostgreSQL. Nos résultats utilisant le banc d'essai TPC-C montrent que notre approche dispose d'un excellent passage à l'échelle et d'une excellente amélioration du débit.

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Berthon, Jonathan. "Etude de la réplication de l'ADN chez les Archaea." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00344124.

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Abstract:

Les organismes cellulaires appartiennent à l'un des trois domaines du vivant : Archaea, Bacteria, Eucarya. Les Archaea sont des organismes unicellulaires avec un phénotype bactérien mais qui possèdent de nombreux caractères moléculaires eucaryotes. En particulier, la machinerie de réplication archéenne est une version homologue et simplifiée de celle des eucaryotes. Au cours de cette thèse, j'ai étudié la réplication de l'ADN chez les Archaea en combinant des approches in vitro et in silico.
Premièrement, j'ai essayé de purifier la protéine initiatrice de la réplication Cdc6/Orc1, sous une forme native, dans l'espoir de mettre au point le premier système de réplication de l'ADN in vitro chez les Archaea. Malheureusement, cette approche a été infructueuse en raison de l'instabilité et des propriétés d'agrégation de la protéine.
Deuxièmement, j'ai réalisé une analyse comparative du contexte génomique des gènes de réplication dans les génomes d'Archaea. Cette analyse nous a permis d'identifier une association très conservée entre des gènes de la réplication et des gènes liés au ribosome. Cette organisation suggère l'existence d'un mécanisme de couplage entre la réplication de l'ADN et la traduction. De manière remarquable, des données expérimentales obtenues chez des modèles bactériens et eucaryotes appuient cette idée. J'ai ensuite mis au point des outils expérimentaux qui permettront d'éprouver la pertinence biologique de certaines des prédictions effectuées.
Finalement, j'ai examiné la distribution taxonomique des gènes de la réplication dans les génomes d'Archaea afin de prédire la composition probable de la machinerie de réplication de l'ADN chez le dernier ancêtre commun des Archaea. Dans leur ensemble, les profils phylétiques des gènes de la réplication suggèrent que la machinerie ancestrale était plus complexe que celle des organismes archéens contemporains.

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Bah, Amadou. "Réplication des télomères humanisés chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Thèse, Université de Sherbrooke, 2009. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4285.

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Abstract:

Des cellules de levures dont les chromosomes se finissent par des répétitions télomériques humaines, peuvent être conçues en remplaçant simplement la séquence matrice ARN originale de la télomérase (TLC1) par une séquence matrice humaine (tlc1h). Dans ces levures dites « humanisées », les télomères sont courts mais stables avec une extension télomérique humaine 3' simple brin. Néanmoins, ces séquences humaines inhabituelles au niveau des télomères de Saccharomyces cerevisiae engendrent différentes réponses cellulaires. Après la substitution initiale de la séquence matrice de TLC1, les répétitions télomériques levures sont graduellement remplacées par les répétitions humaines qui sont reconnues comme un dommage par la cellule : la protéine Rad53p est phosphorylée. Cette activation de Rad53p est synonyme d'activation des points de contrôle du cycle cellulaire et en effet un délai en phase G2/M du cycle cellulaire est observé. L'accumulation en G2/M augmente avec le degré d'humanisation des télomères, et le phénotype terminal observé aux générations les plus avancées est un réarrangement chromosomique suite aux fusions entre télomères. La réintroduction d'une copie originale de TLC1 comme unique matrice ARN dans une levure qui était précédemment humanisée montrerait que le bloc télomérique humain distal, et plus précisément le simple brin télomérique humain T[indice inférieur 2]AG[indice inférieur 3], serait le signal responsable de la phosphorylation de Rad53p, tandis qu'un bloc [T[indice inférieur 2]AG[indice inférieur 3]/C[indice inférieur 3]TA[indice inférieur 2]] à un site interne ne déclenche ni l'activation de Rad53p, ni les points de contrôle du cycle cellulaire. Tandis que les phénotypes associés à l'activation des points de contrôles du cycle cellulaire n'apparaissent seulement qu'aux générations avancées, la télomérase devient essentielle aussitôt que la cellule de levure contient tlc1h comme matrice ARN unique. L'abolition de l'expression de tlc1h ou l'expression d'un mutant catalytique de la télomérase mène à une perte immédiate de la viabilité sans sénescence. Cela suggère une augmentation dramatique de la fréquence des évènements de raccourcissements critiques des télomères qui doivent être surmontés par une télomérase active. Nous nous sommes dès lors demandé si les répétitions télomériques humaines causaient des problèmes pour la machinerie de réplication de l'ADN chez la levure. En effet, les analyses de gel à deux dimensions ont révélé des intermédiaires de réplication non conventionnels indiquant qu'un télomère humanisé cause une pause au niveau de la fourche de réplication. En accord avec cette observation, la mutation de certains gènes impliqués dans la stabilité ou la progression des fourches cause une augmentation de la sensibilité des levures humanisées aux agents endommageant l'ADN. Ces derniers résultats expliqueraient le rôle obligatoire de la télomérase chez la levure humanisée qui viendrait compenser la perte des répétitions télomériques suite à la pause voire l'écroulement de la fourche de réplication.

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Molmeret, Maëlle. "Réplication intracellulaire de Legionella pneumophila : des amibes aux macrophages." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO1T255.

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Réal, Eléonore. "Etude du complexe de transcription et réplication des lyssavirus." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077223.

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Coulon, Cédric. "Réplication préventive dans une grappe de bases de données." Nantes, 2006. http://www.theses.fr/2006NANT2074.

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Abstract:

Dans un cluster de bases de données, la réplication préventive peut fournir une cohérence forte sans les limitations d'une réplication synchrone. Dans cette thèse, nous présentons une solution complète pour la réplication préventive qui supporte les configurations multimaîtres et partielles, où les bases de données sont partiellement répliquées sur différents noeuds. Pour augmenter le débit des transactions, nous proposons une optimisation qui élimine le délai d'attente pour l'ordonnancement en contrepartie d'un petit nombre d'abandon des transactions et nous introduisons le rafraîchissement parallèle des copies. Nous décrivons des expérimentations à grande échelle de notre algorithme basées sur notre prototype (RepDB*) sur une grappe de 64 noeuds utilisant le SGBD PostgreSQL. Nos résultats utilisant le banc d'essai TPC-C montrent que notre approche dispose d'un excellent passage à l'échelle et d'une excellente amélioration du débit
In a database cluster, preventive replication can provide strong consistency without the limitations of synchronous replication. In this thesis, we present a full solution for preventive replication that supports multi-master and partial configurations, where databases are partially replicated at different nodes. To increase transaction throughput, we propose an optimization that eliminates delay at the expense of a few transaction aborts and we introduce concurrent replica refreshment. We describe large-scale experimentation of our algorithm based on our RepDB* prototype over a cluster of 64 nodes running the PostgreSQL DBMS. Our experimental results using the TPC-C Benchmark show that the proposed approach yields excellent scale-up and speed-up

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La, Chi Anh. "Réplication de contenu dans les réseaux sans fil mobiles." Paris, Télécom ParisTech, 2010. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00545009.

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Abstract:

La croissance des terminaux et des services de réseau mobile pose aujourd'hui une question sur la méthode efficace de distribuer des données aux utilisateurs. Plusieurs applications ont besoin de télécharger des données afin de fournir des informations aux clients. En conséquence, l'explosion du trafic de données exercé par les clients qui cherchent des contenus provoque la saturation du réseau des opérateurs mobiles. Les utilisateurs ont fait face à la congestion aux passerelles de réseau. En raison de l'imprévisibilité de la mobilité humaine, les fournisseurs de services mobiles ne peuvent pas installer suffisamment des infrastructures pour leurs clients. La réplication de contenu est capable d’améliorer la performance et l'extensibilité du réseau. Dans cette thèse, nous abordons le problème de réplication de contenu dans le réseau mobile. Nous étudions deux questions fondamentales: où et combien de répliques doivent être placées dans le système. Nous modélisons le problème à l'aide de la théorie de "facility location" et nous concevons un mécanisme distribué qui réduit la latence d'accès et la congestion aux passerelles mobiles. En outre, nous examinons les contraintes de ressources mobiles et proposons des mécanismes P2P afin de parvenir l'équilibrage de charge parmi les utilisateurs. Nous évaluons nos mécanismes en utilisant des modèles de mobilité humaine. Enfin, pour résoudre le problème causé par les utilisateurs qui se comportent égoïstement, nous dérivons un modèle de coût et utilisons la théorie des jeux pour étudier les équilibres du système. A partir des résultats théoriques, nos futurs travaux sont d’élaborer des stratégies à mettre en œuvre en pratique
The growth of mobile devices and network-based services nowadays has raised a timely question on how to efficiently distribute the data items to mobile users. Network applications need data as an input to process and provide information to users. Consequently, data traffic exerted by mobile devices fetching content is a drainage of mobile operators’ network resources. Mobile users are now coping with the congestion at network gateways and due to the unpredictability of human mobility, mobile service providers cannot sufficiently provision infrastructures for their customers. Content replication in this context has been proved as a good solution to enhance network performance and scalability. In this thesis, we tackle the issues of content replication in heterogeneous mobile networks. Such scheme requires us to solve two basic questions: where and how many replicas should be placed in the system. We study the solution through the lenses of facility location theory and design a distributed mechanism that reduces content access latency and avoids congestion at mobile gateways. Additionally, we consider the resource constraints of mobile devices and introduce a P2P cache-and-forward mechanism for load balancing purpose. We evaluate our mechanisms against realistic human mobility models. Finally, to address rational users who may behave selfishly in replicating content, we derive a cost model and study content replication scheme using tools akin to game theory. Based on the theoretical findings, our future work is to develop the strategies to be implemented in a practical network setting

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Bialic, Marta. "Dynamique de la réplication dans les cellules souches pluripotentes." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT020.

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Abstract:

Les cellules souches embryonnaires (ES) et induites à la pluripotence (iPS) portent de grands espoirs pour la médecine régénératrice du fait de leur capacité d’auto-renouvellement et de différenciation. Une question cruciale est de savoir comment ces cellules mettent en place et maintiennent l’épigénome pluripotent. Les cellules ES et iPS ont un cycle cellulaire particulier, avec un temps de doublement rapide, une phase G1 courte et une phase S représentant 60-70% du cycle cellulaire. Au cours de ce projet, nous avons essayé de voir si les chromosomes dans les cellules ES murines et humaines étaient répliqués de façon particulière qui aiderait à maintenir l’état pluripotent.Les chromosomes mammifères sont dupliqués grâce au recrutement de ~20000 origines de réplication qui sont organisés dans des clusters. Ces clusters forment des foyers de réplication qui sont régulés dans le temps pendant la phase S et dans l’espace nucléaire. Certains de ces domaines topologiques changent leur timing de réplication pendant la différenciation ou la reprogrammation. Néanmoins les mécanismes exacts impliqués dans ce processus et leurs conséquences sur l’expression génique ne sont pas connus.Nous avons étudié la dynamique de réplication dans des cellules pluripotentes murines et humaines à l’échelle de molécules individuelles par la technique de peignage moléculaire de l’ADN. Nous avons comparé les vitesses de fourches, les distances inter-origines et la densité de fourches dans des cellules différenciées (MEF) et pluripotentes (mES), ainsi que pendant la différenciation de ces dernières. Les vitesses de fourches de réplication sont légèrement moins élevées dans les cellules souches embryonnaires que dans les fibroblastes (1.8 vs 2.0 kb/min), et les distances inter-origines intra-cluster sont équivalentes. Par contre, la densité globale instantanée de fourches est divisée par deux dans les cellules ES (1 fourche/Mb) par rapport aux fibroblastes. Un résultat similaire est retrouvé dans les cellules souches embryonnaires humaines (H9) comparées aux fibroblastes (BJ).Afin de tester si cette densité de fourches basse est compensée par un allongement de la phase S, nous avons développé une technique basée sur deux marquages aux analogues de la thymidine. Elle permet une mesure de la durée de la phase S sur des populations asynchrones de cellules. Nous avons trouvé que la phase S a la même durée dans les cellules mES et MEF (~8.4h). Une question intéressante est donc comment les cellules ES peuvent répliquer la même quantité de l’ADN, dans la même durée mais en utilisant deux fois moins de fourches ? Nous proposons que la plus faible densité instantanée en origines serait compensée par une fréquence plus élevée de l’activation des foyers de réplication. Cette fréquence élevée pourrait participer au maintien de la structure épigénétique responsable de la pluripotence ou de l’auto-renouvellement
Embryonic stem (ES) and induced pluripotent stem (iPS) cells have a great potential for regenerative medicine due to their capacity to self-renew indefinitely and to generate multiple cell types, but the key question of how they establish and maintain a pluripotent epigenome is not resolved. Interestingly all ES and iPS cells display a peculiar cell cycle with rapid doubling time, very short G1, and S phase representing 60-70% of the total cell cycle. In this work we tried to see whether chromosomes in mouse and human ES cells are replicated in a special way that might be used to set up the pluripotency state or to define cell identity. Mammalian genomes are duplicated by the firing of ~20,000 replication origins, organized in ~3000 small clusters forming replication foci that are spatially and temporally regulated during S phase. It has been shown that many of these topologically-associated domains change their replication time upon cell differentiation or reprogramming, but the exact mechanisms involved remain poorly understood. Here we used DNA combing to compare fork velocity (FV), local inter-origin distances (IOD) and global instant fork density (GIFD) between pluripotent mouse ES cells and fibroblasts (MEF), as well as during the differentiation of mES cells into embryoid bodies (EB) and neural precursors. We found that FV is slightly reduced (1.8 vs 2.0 kb/min) and IOD basically unchanged in mES compared to MEF. In contrast GIFD, which represents the density of forks active at any moment during S phase, shows a strong reduction from 2 forks/Mb in MEF to 1 fork/Mb in mES cells. We found a similar drop in GIFD in human ES cells (H9) compared to fibroblasts (BJ). To test whether this lower fork density is compensated by an extension of S phase, we developed a dual pulse/chase protocol to measure S-phase length in asynchronous populations by FACS. Using this assay, we found that S-phase length is identical (~8.4 hr) in both mES and MEF cells, despite the GIFD drop in the former. This raises an interesting question: how can ES cells replicate the same amount of DNA, in the same time and with similar fork velocity, but using a 2-fold lower instant fork density? We propose that the lower GIFD (amplitude) is compensated by a higher frequency of replication foci activation, which is not detected by the GIFD pulse protocol. This higher frequency of replication foci activation could play a role in the establishment and/or maintenance of a chromatin structure permissive for pluripotency or self-renewal

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Lafont, Laurent. "Rôle de la sumoylation de la cycline E lors de la réplication de l'ADN." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20079.

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Abstract:

La cycline E, qui contrôle l'entrée en phase S, est cruciale pour l'assemblage du complexe de pré-initiation de réplication lorsque la cellule réentre dans le cycle après une phase de quiescence. Elle est éliminée au cours de la phase S du cycle cellulaire, mais rien n'est connu sur ce qui déclenche sa dégradation à cette étape. Son élimination est certainement primordiale, si l'on se réfère à la très forte instabilité chromosomique provoquée par sa surexpression dans les cellules primaires et son accumulation anormale dans la plupart des cancers humains. Notre équipe a découvert que la cycline E est modifiée sur la chromatine au moment de l'initiation de la réplication par de multiples modifications post-traductionnelles (phosphorylation, ubiquitination) dont la sumoylation. La sumoylation, processus de modification post-traductionnelle consiste en la conjugaison d'une isoforme de SUMO (Small Ubiquitin like Modifier) sur une protéine d'intérêt. L'objectif de cette thèse était donc d'établir le rôle de la sumoylation dans la régulation de la cycline E parallèlement au rôle joué par cette modification dans la régulation de la réplication
The cyclin E, which controls the entry to phase S, is crucial for the assembly of the pre-initiation complex of replication when the cell re-enter in the cycle after a phase of quiescence. This cyclin is eliminated during the phase S during the cellular cycle, but nothing is known on what activates its degradation in this stage. Its elimination is certainly essential, if we refer to the very strong chromosome instability provoked by its overexpression in the primary cells and its abnormal accumulation in most of the human cancers. Our team discovered that the cyclin E is modified on the chromatin at the time of the initiation of the replication by multiple post-translation modifications (phosphorylation, ubiquitination) of which sumoylation. The sumoylation, process of post-translation modification, consists of the conjugation of an isoforme of SUMO (Small Ubiquitin like Modifier) on a protein of interest. The objective of this thesis was to establish the role of the sumoylation in the regulation of the cyclin E at the same time as the role played by this modification in the regulation of the replication

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Huvet, Maxime. "Rôle de la réplication dans l'évolution et l'organisation du génome humain." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077032.

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Abstract:

Bien que la position des gènes soit généralement considérée comme aléatoire dans les génomes eucaryotes, des groupes de gènes co-exprimés ont été mis en évidence pour divers organismes. Cependant, l'importance de ces groupes est controversée chez l'homme. Notre objectif est d'analyser l'organisation des gènes en fonction de leur distance aux origines de réplication. Nous nous sommes appuyés sur des résultats montrant l'existence d'un biais de composition nucléotidique réplicatif. Nous avons développé une méthode d'analyse multi-échelles du profil de biais de composition, basée sur la transformée en ondelettes. Un tiers du profil de biais humain est constitué de structures remarquables, les N-domaines, caractérisées par une paire de sauts ascendants (origines de réplication potentielles) encadrant un segment linéaire décroissant. Ces structures semblent avoir été conservées chez les mammifères et les oiseaux. L'analyse de données de chronologie de réplication confirme que les bords des N-domaines sont répliqués plus précocement que le centre. Autour de ces origines, les gènes sont nombreux, exprimés dans un grand nombre de tissus et co-orientées au sens de propagation des fourches de réplication. Ces caractéristiques diminuent avec la distance à l'origine. Cette organisation spécifique résulterait de contraintes sur l'initiation de la réplication et de la transcription, et de la minimisation de collision frontale entre ADN et ARN polymérases. Nos résultats permettent de proposer un nouveau modèle d'organisation des gènes chez l'homme, dans lequel la transcription, la réplication et la structure chromatinienne agissent de façon coordonnée sur l'architecture des génomes
Although genes are generally considered as randomly positioned in the genome, clusters of co-expressed genes have been identified in many organisms, from yeast to human. However, in human, the importance of these clusters is controversial. Our goal is to study human gene organisation according to replication origins. For this purpose, we based our study on previous results showing the existence of a nucleotide compositional asymmetry associated with replication. We developed a multi-scale methodology using the wavelet transform to analyse the profile of compositional asymmetries in the human genome. In one third of the genome, the skew profile is composed of structures, named N-domains, characterised by a pair of upward jumps framing a linearly decreasing segment. These jumps are associated with putative replication origins. These structures seem to have been conserved, during evolution, in mammals and birds. Analysis of replication timing data shows that in most cases, the N-domain borders are associated with replication initiation sites active in the early S phase. Around these origins, genes are abundant, broadly expressed, and co-orientated with the replication fork orientation. These properties decrease progressively with the distance to the closest putative origin. In the centre of N-domains, genes are rare and expressed in few tissues. This organisation likely results from constraints to reduce head-on collisions between the DNA and RNA polymerases. Our findings provide a new model of gene organisation in the human genome, which integrates transcription, replication, and chromatin structure as coordinated determinants of genome architecture

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Pillaire, Marie-Jeanne. "Influence de la lésion majoritaire de l'agent antitumoral "cisplatine" sur la réplication de l'ADN in vivo et in vitro ; conséquences mutagènes de cette réplication." Toulouse 3, 1994. http://www.theses.fr/1994TOU30254.

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Abstract:

La lesion majoritaire qui pourrait etre impliquee dans la cytotoxicite et la mutagenese engendree par le cisplatine, est un pontage intrabrin entre deux guanines adjacentes. Nous avons etudie l'influence de cette lesion sur la replication, in vivo et in vitro, d'un adn monocatenaire sachant que la replication au travers d'une lesion peut etre mutagene. La sequence d'adn cible choisie pour placer la lesion unique, contient les codons 12 et 13 du proto-oncogene h-ras qui sont des points chauds de mutagenese dans les tumeurs humaines. Apres clonage des matrices d'adn lesees sur le codon 13 dans un vecteur monocatenaire, nous avons observe que la survie du vecteur s'accompagnait de la formation de mutation au niveau de la lesion du cisplatine. Pour tenter de comprendre le mecanisme de cette replication mutagene, nous avons etudie la capacite de differentes adn polymerases a repliquer in vitro la matrice d'adn modifiee sur le codon 13. Nous avons observe que les adn polymerases eucaryotes purifiees, , et , ne franchissent pas le pontage intrabrin contrairement a l'adn polymerase i d'e. Coli et a la transcriptase reserve du virus vih. Nos resultats suggerent que si les adn polymerases eucaryotes testees sont impliquees dans la replication du vecteur simple brin in vivo, ce soit en presence d'autres facteurs proteiques qui favoriseraient le franchissement de la lesion. Parallelement, nous avons etudie la capacite d'une adn helicase a deplacer un oligonucleotide d'une matrice contenant une lesion du cisplatine sur deux guanines adjacentes. L'adn helicase etudiee est la proteine ul-9 necessaire a la replication du virus de l'herpes. Nous avons observe que l'activite catalytique est peu affectee par la lesion, suggerant ainsi qu'une adn helicase peut franchir cette lesion du cisplatine

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Labit, Hélène. "Régulation de l'initiation de la réplication chez les vertèbrés : analyse du programme temporel d'activation des origines de réplication dans les extraits d'oeufs de xénope." Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077176.

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Abstract:

Chez les vertébrés, l'activation des origines de réplication est soumise à une régulation spatiale et temporelle. Dans les embryons précoces de xénope, les origines sont positionnées sans aucune spécificité de séquence et sont activées en clusters à différents moments de la phase S. L'objectif principal de ce travail a consisté à caractériser cette régulation temporelle en analysant d'une part, l'activation des origines au sein de fibres individuelles d'ADN, et d'autre part, la distribution des foyers de réplication au sein de noyaux de spermatozoïde incubés dans des extraits d'œufs de xénope. Grâce à la technique de peignage moléculaire, nous avons comparé la distribution des origines de réplication au début de deux phases S consécutives. L'absence de coïncidence « temporelle » entre les origines démontre que le moment d'activation des origines ne dépend pas de la position génomique et qu'il n'existe pas de régulation épigénétique du moment de réplication à l'échelle des origines. Cependant l'observation d'une coïncidence entre les foyers utilisés au début de deux cycles consécutifs suggère qu'une organisation chromosomique pourrait influencer le moment de réplication. L'analyse de la réplication de l'ADN ribosomique par FISH a fourni un exemple de domaine chromosomique répliqué plus tardivement que l'ADN génomique global. Une structure chromatinienne particulière pourrait expliquer ce retard. Par ailleurs, la fréquence d'initiation à ce locus est deux fois plus faible dans l'espaceur intergénique très riche en G+C que dans la région codante. Au sein de ce locus, il pourrait donc exister des facteurs locaux influençant le positionnement des origines de réplication
In Vertebrates, replication origins are activated according to a spatial and temporal program. In early Xenopus embryos, origins are located at apparently random sequences and are activated in clusters that fire at different times throughout S phase. The main object of the present work is to characterize the temporal regulation of replication in Xenopus egg extracts through analysis of origin activation on single DNA fibers and replication foci distribution in sperm nuclei. Using molecular combing of DNA, we compared the distributions of replication origins fired at the beginning of two following S phases. Absence of significative coincidence between origins shows that the temporal order of replication does not depend on genomic position. Furthermore, no epigenetic central regulates the moment of origin firing. However the detection of coincidence between replication foci labeled at the beginning of two following S phases suggests that the chromosomal organization may influence the replication timing. Using FISH, we showed that the replication of the ribosomic DNA is delayed compared to the replication of whole genomic DNA. An altered chromatin structure may be responsible for this delay. Mapping of origins revealed that initiation frequency is two fold lower in the G+C rich intergenic spacer than in the coding rDNA sequence. At the rDNA, local parameters such as nucleotide composition may influence the localization of replication origins

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Luque, Alejandro E. "La réplication de l'ADN nucléaire dans la cellule de blé : étude des facteurs réplicatifs et mise en place d'un système viral de réplication végétale." Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR28637.

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Wispelaere, Mélissanne de. "Etude de la recombinaison chez les Cucumovirus." Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112270.

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Abstract:

La recombinaison entre génomes viraux est un processus qui participe à la conservation et l’évolution du génome viral. L’objet du travail présenté dans cette thèse était de détecter l’apparition de molécules recombinantes entre deux cucumovirus, le virus de la mosaïque du concombre (CMV) et le virus de l’aspermie de la tomate (TAV). Au cours d’une coinfection sur des plants de tabac, nous avons pu identifier par RT-PCR des molécules recombinantes dans la région 3’ non codante de l’ARN 3 de ces virus. L’observation des différents sites de recombinaison nous a permis d’identifier deux points chauds de recombinaison. L’un d’eux était situé au niveau du promoteur de synthèse du brin négatif, dans une région qui a souvent été impliquée dans la recombinaison. Le second était situé dans une région impliquée dans la génération de l’ARN 5 subgénomique. Il a été proposé que l’ARN 5 soit généré par une reconnaissance d’un promoteur subgénomique putatif. Il était ensuite intéressant de savoir si l’apparition de molécules recombinantes pouvait avoir un impact sur le développement de l’infection virale. Cette question a été adressée par l’étude des propriétés biologiques de virus possédant un ARN 3 recombiné. Lorsque les virus recombinants ont été inoculés seuls sur les deux plantes hôtes utilisées, le tabac et l’arabette, aucun symptome particulier n’a été développé. Il était intéressant de constater que ces virus avaient été générés de façon détectable au cours d’une coinfection, et qu’ils étaient capables d’infecter de façon efficace les hôtes testés. Leur impact au niveau de la population virale pourrait acquérir une importance dans le cas d’infection sur d’autres plantes hôtes
Recombination between viruses contributes to genome conservation and evolution. The goal of this thesis subject was to detect RNA 3 recombinant molecules between two cucumoviruses, the cucumber mosaic virus (CMV) and the tomato aspermy virus (TAV). Recombinant molecules have been detected by RT-PCR in tobacco plants coinfected with these two viruses. The recombination sites were localised within the 3’ non coding region of RNA 3. We identified two hot spots for recombination. One of them was located in the tRNA like structure, that is part of the promoter for minus strand synthesis. The other hot spot was located in the region leading to RNA 5 production. This region has been proposed to act as a promoter for RNA 5 synthesis. We then wondered if the recombinant molecules could have an influence on the viral infection. To adress this question, we studied the biological properties of viruses possessing a recombinant RNA 3. When we inoculated tobacco and Arabidopsis thaliana with these viruses, we saw no major differences in the development of symptoms. This suggests that these viruses have been generated in an efficient manner during coinfection and they were able to infect plants. Their impact on viral population could be important in other environemental conditions or during infection of other host plants

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Levac, Pascale. "Études des origines de réplication chromosomiques [sic] chez les eucaryotes." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1997. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp04/nq25435.pdf.

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Tlili, Mounir. "Infrastructure P2P pour la Réplication et la Réconciliation des Données." Phd thesis, Université de Nantes, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00643789.

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Abstract:

Dans notre thèse, nous nous intéressons à la construction d'une infrastructure Pair-à-Pair (P2P) pour la réconciliation des données des applications d'édition de texte collaborative. Cependant, cette tâche est difficile à réaliser étant donné le comportement dynamique des pairs. Au regard de l'état de l'art, le modèle des transformées opérationnelles (OT) est une approche typiquement utilisée pour la gestion de la réplication optimiste dans le contexte d'édition de texte distribuée. Toutefois, la plupart des solutions d'OT ne passent pas à l'échelle et ne sont pas adaptées aux réseaux P2P. Pour répondre à ce problème, nous proposons une nouvelle approche appelée P2P-LTR (Estampillage et Journalisation P2P pour la Réconciliation) pour la réconciliation des données à base d'OT, qui assure la cohérence à terme malgré la dynamicité et les cas de pannes. P2P-LTR offre un service de journalisation P2P et un service d'estampillage fiable et réparti fonctionnant sur un modèle de réseau à base de DHT. Dans notre approche, les mises à jour sont estampillées et stockées en P2P dans des journaux à forte disponibilité. Lors de la réconciliation, ces mises à jour sont récupérées selon un ordre total continu afin d'assurer la cohérence à terme. En outre, P2P-LTR traite les cas où les pairs peuvent rejoindre ou quitter le système pendant les opérations de mise à jour. Nous avons évalué les performances de P2P-LTR par simulation. Les résultats montrent l'efficacité et le passage à l'échelle de notre solution.

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Cueille, Nathalie. "Etude des mécanismes de contrôle de la réplication des papillomavirus." Montpellier 1, 1999. http://www.theses.fr/1999MON1T016.

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Hadjadj, Djihad. "Régulations de la réplication du génome au cours de l'oncogenèse." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCC332.

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Abstract:

La réplication de l’ADN est un processus moléculaire hautement régulé qui permet de maintenir la stabilité du génome humain au fil des générations cellulaires. En effet, avant chaque division, les cellules doivent dupliquer le plus fidèlement possible leur matériel génétique afin de transmettre une copie unique, complète et sans défaut aux cellules filles. Ce processus définit la phase S du cycle cellulaire et est composé de trois étapes : l'initiation, l'élongation avec la synthèse de deux nouveaux brins d’ADN, et la terminaison. La réplication doit s'adapter à des contextes chromosomiques différents(séquences codantes, répétées, centromères, etc.) mais également à des environnements épigénétiques variables (chromatine ouverte ou fermée). Au cours de ma thèse, je me suis intéressé à différents processus de régulation de la réplication à l’échelle du génome humain, dans des conditions physiologiques et pathologiques. Pour cela j’ai choisi trois approches différentes mais complémentaires : la première traite de la régulation du moment de la réplication dans 6 lignées cellulaires humaines. La deuxième aborde la dynamique des fourches de réplication le long du génome humain. Enfin la troisième partie se focalise sur la régulation transcriptionnelle des gènes de la réplication de l’ADN dans les carcinomes de la glande surrénale
DNA replication is a highly regulated molecular process that maintains the stability of the human genome over the generations of cells. Before each division, the cells must duplicate their genetic material as accurately as possible in order to transmit a single, complete and faithful copy to the daughter cells. This process corresponds to the phase S of the cell cycle that is composed of three stages : initiation, elongation with the synthesis of two new DNA strands, and termination. The replication process must adapt to different genetic contexts (coding sequences, repeated sequences, centromeres, etc.) but also to variable epigenetic environments (opened or closed chromatin). During my thesis, I have been interested in different processes regulating DNA replication in physiological and pathological conditions of the whole human genome. Thus, I chose three complementary approaches : the first deals with the regulation of the replication timing in 6 human cell lines. The second deals with the dynamics of replication forks along the human genome. Finally, the third part focuses on the transcriptional regulation of DNA replication genes in adrenocortical carcinomas

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Leblanc, Matthieu. "Sur-réplication et volatilité incertaine : options européennes, américaines et passeports." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077105.

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Toueille, Magali. "Etude du complexe de réplication de l'ADN nucléaire de blé." Bordeaux 2, 2001. http://www.theses.fr/2001BOR28888.

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Abstract:

La réplication de l' ADN est un phénomène complexe dans lequel de nombreux facteurs cellulaires sont impliqués. Elle est bien connue chez les procaryotes et les mammifères grâce à l' utilisation de modèles de réplication in vivo utilisant respectivement le bactériophage øx174 et le virus SV 40. En ce qui concerne la réplication de l' ADN chez les végétaux, seules des données fragmentaires, qui révèlent des différences entre les facteurs de réplication végétaux et mammifères, sont disponibles. L' objet de travail présenté dans ce mémoire est l' étude du complexe réplicatif et des facteurs le composant chez le blé, en vue de la reconstitution du complexe in vivo. Dans un premier temps, nous avons mis en place un essai de réplication utilisant comme matrice un plasmide simple brin (pWori) contenant les séquences essentielles du génome d' un virus infectant le blé, le géminivirus du nanisme du blé dont la réplication repose sur la machinerie réplicative de la cellule hôte. Nous avons purifié une fraction protéique à partir de cellules de blé en culture, capable d' assurer la réplication dans l' essai mis en place. Certains facteurs présents dans cette fraction ont été identifiés (protéines de liaison à l' ADN, topoisomérase) et purifiés (ADN polymérase A et B). La deuxième approche utilise la technique "double hybride" pour rechercher les facteurs interagissant au sein du complexe réplicatif avec une protéine centrale de celui-ci, la protéine RF-C. La troisième approche mise en oeuvre est basée sur le pontage chimique des éléments interagissant physiquement au sein du complexe réplicatif. Lors de cette étude nous avons détecté la présence de deux PCNA de taille diférente. L' analyse de séquences nucléotidiques partielles codant les PCNA a permis de mettre en évidence deux types d' ARN messagers, dont la détermination des séquences complètes est en cours
DNA replication requires a large set of proteins. The role played by the various factors of the prokaryotic and eukaryotic DNA replication machinery has been well established using a cell-free system with bacteriophage øx174 for prokaryotes and virus SV40 for eukaryotes. Plant DNA replication studies are scarce and their partial data reveal somme differences between mammalian and plant factors associated to DNA replication. This thesis concerns the analysis of the factors involved in the wheat "replicative complex" for a complete reconstitution in vitro. First, we isolated a wheat protein fraction acting as a DNA replication complex using a template as primed single-stranded phagemid (pWori) containing the geminivirus WDV (wheat dwarf virus) replication origins and the coding sequence of the geminiviral initiation protein (Rep). From the functionnal replicative complex, some factors were identified (DNA binding proteins, topoisomerase) and purified (DNA polymerases A and B and PCNA). Then by a "two hybrid" technique in yeast, we tried to determine the partners interacting with a key DNA replication factor : the RF-C. The last strategy concerns the reversible chemical bindings of physically interacting proteins present in the replicative complex. We detected two PCNA : a short and a long one. The analysis of their partial nucleotidic sequences showed the presence of two different RNA messengers. Their full length sequences are in progress

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Bouttier, Manuella. "Implication de la machinerie des microRNA dans la réplication rétrovirale." Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20017.

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Abstract:

Les virus sont des parasites intracellulaires obligatoires, qui détournent la quasi-totalité des voies cellulaires. La voie des miRNA et du RNAi ne font pas exception. D'abord, les miRNA peuvent reconnaître les ARN viraux, permettant le recrutement de la machinerie du RNAi, en particulier AGO2, sur les messagers viraux, ce qui peut moduler la réplication du virus. Pendant ma thèse, nous avons identifié un nouveau moyen de recruter AGO2, sur les messagers viraux, qui n'impliquent pas les miRNA, ni sa capacité à induire l'extinction des gènes. Nous avons montré qu'AGO2 interagit avec GAG et se fixe aux ARN viraux par les séquences d'encapsidation. Ensuite, les virus peuvent moduler le répertoire de miRNA cellulaires, de sorte à créer un contexte favorable à sa propre réplication. Ainsi, nous avions pour objectif, d'identifier de nouveaux partenaires cellulaires de VIH. Nous avons alors analysé des données transcriptomiques, obtenues à partir de cellules infectées par VIH-1 ou VIH-2, et reconstitué des réseaux de régulations impliquant les facteurs de transcription et les miRNA. Nous avons montré que les modulations de miRNA dépendent du mode d'entrée du virus, en particulier de l'utilisation des co-récepteurs. De plus, l'approche de Biologie Intégrative que nous avons suivie, nous a permis de caractériser une nouvelle protéine cellulaire, capable de réguler l'expression du VIH et de restreindre sa réplication
Viruses are obligatory intracellular parasites that hijack many, if not all, cellular pathways. The RNA interference (RNAi) and the micro(mi)RNA pathways are no exceptions. First, cellular micro(mi)RNAs are able to recognize viral RNAs through imperfect micro-homologies. Similar to the miRNA-mediated repression of cellular translation, this recognition is thought to tether the RNAi machinery, in particular Argonaute(AGO)2, on viral messengers and eventually to modulate virus replication. During my PhD, we have unveiled another pathway by which AGO2 can interact with retroviral mRNAs without involving host miRNAs and translation repression. We have shown that AGO2 interacts with the retroviral GAG core proteins and preferentially binds unspliced retroviral RNAs through the RNA packaging sequences. The interaction between AGO2 and GAG, observed with both the Human Immunodeficiency Virus 1 (HIV-1) and the Primate Foamy Virus 1 (PFV-1), facilitates GAG multimerization and retroviral particle formation. Second, viruses modulate the miRNA repertoire presumably to create favorable conditions for viral replication. Hence, in order to identify novel cellular partners of HIV, we have analyzed transcriptomics data obtained from HIV1 and HIV-2-infected cells and reconstituted Transcription Factor- and miRNA-based regulation networks. Strikingly, we have noticed that the modulations of the transcriptome (coding and non-coding RNAs) depend on the mode of entry of the virus (i.e. co-receptor usage). Our in silico approach also helped us characterize a novel cellular protein able to regulate virus gene expression and

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Veruete, Mario. "Étude d'équations de réplication-mutation non locales en dynamique évolutive." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTS012/document.

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Abstract:

Nous analysons trois modèles non-locaux décrivant la dynamique évolutive d’un trait phénotypique continu soumis à l’action conjointe des mutations et de la sélection. Nous établissons l’existence et l’unicité des solutions du problème de Cauchy, et donnons la description du comportement en temps long de la solution. Dans le premier travail nous étudions l’équation du réplicateur-mutateur en domaine non borné et généralisons aux cas des valeurs sélectives confinantes les résultats connus dans le cas harmonique. À savoir, l’existence d’une unique solution globale, régulière, convergeant en temps long vers un profil universel ; pour cela, nous employons des techniques de décomposition spectrale d’opérateurs de Schrödinger. Le deuxième travail traite d’un modèle dont la valeur sélective est densité-dépendante. Afin de montrer le caractère bien posé de l’équation, nous combinons deux approches. La première est basée sur l’étude de la fonction génératrice des cumulants, satisfaisant une équation de transport non locale et permettant d’obtenir implicitement le trait moyen. La deuxième exploite un changement de variable (formule d’Avron-Herbst), permettant d’écrire la solution en termes du trait moyen et de la solution de l’équation de la chaleur avec même donnée initiale. Finalement, nous étudions un modèle dont le taux de mutation est proportionnel à la valeur moyenne du trait. Nous établissons un lien bijectif entre ce dernier modèle et le deuxième, permettant ainsi de décrire finement la dynamique de la solution. Nous montrons en particulier la croissance exponentielle du trait moyen
We analyze three non-local models describing the evolutionary dynamics of a continuous phenotypic trait undergoing the joint action of mutations and selection. We establish the existence and uniqueness of the solutions to the Cauchy problem, and give a description of the long-time behaviour of the solution. In the first work we study the replicator-mutator equation in the unbounded domain and generalize to cases of selective values confining the known results in the harmonic case. Namely, the existence of a unique global regular solution, converging towards a universal profile; for this, we use spectral decomposition techniques of Schrödinger operators. In the second work, we discuss a model whose fitness value is density-dependent. In order to show the well-posedness of the equation, we combine two approaches. The first is based on the study of the cumulant generating functions, satisfying a non-local transport equation and making it possible to implicitly obtain the average trait. The second uses a change of variable (Avron-Herbst formula), allowing the solution to be written in terms of the average trait and the solution of the heat equation with the same initial data. Finally, we study a model whose mutation rate is proportional to the average value of the trait. We establish a bijective link between this last model and the second, thus making it possible to describe the dynamics of the solution in detail. In particular, we show the exponential growth of the average trait

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Gérard, Francine. "Caractérisations biophysiques et structurales du complexe de réplication des Rhabdoviridae." Grenoble 1, 2008. http://www.theses.fr/2008GRE10219.

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Abstract:

Le virus de la stomatite vésiculaire (VSV) sert de modèle pour l'étude de la multiplication des virus (Mononegavirales) alors que la rage(RV) reste un sérieux problème de santé publique. Le génome de VSV et RV code notamment la nucléoprotéine (N) et la phosphoprotéine (P). N s'associe étroitement à l'ARN viral. Ce complexe N-ARN sert de matrice pour la réplication et la transcription virale. P est le cofacteur de la polymérase virale (L) et chaperonne N. En interagissant avec N-ARN (domaine C-terminal) et avec L (domaine N-terminal), P assure le lien physique entre l'ARN viral et L. La stœchiométrie de P, sa structure et son rôle exact pendant la transcription et la réplication restent incertains. Mon travail a consisté à une caractérisation biophysique et structurale de P et des complexes N-ARN-P pour mieux comprendre la dynamique du complexe de réplication de ces virus. L'analyse biophysique montre que P RV & VSV existent sous forme de dimère allongé en solution. L'analyse bioinformatique a révélé une organisation modulaire, confirmé par des études biochimiques et biophysiques de mutants de P RV. La structure du domaine C-terminal de P VSV a été résolue par RMN et montre une homologie celle du C-ter de P RV. La caractérisation de l'interaction entre P et les anneaux N-ARN a révélé l'existence de deux types de complexes N-ARN-P (contenant un et 2 dimères de P par anneau). L'étude par ME des complexes nucléocapsides-P a permis de mettre en évidence un changement de conformation important. Pour devenir accessible à L, l'ARN viral doit se dissocier localement de N. L'interaction N-ARN-P représente potentiellement une nouvelle cible pour le développement d'antiviraux
Vesicular stomatitis virus (VSV) serves as a model for studying the multiplication of viruses (Mononegavirales), whereas rabies (RV) is still a serious health problem. VSV & RV genomes encode in particular the nucleoprotein (N) and the phosphoprotein (P). N binds to the viral genome forming an N-RNA complex that serves as a matrix for viral transcription and replication. P is a cofactor of the viral polymerase (L), and a chaperone of N. P binds to N-RNA (C-terminal domain) and to L (N-terminal domain), making a physical link between the viral genome and L. The stoechiometry, the structure and the exact functions of P oligomers are controversial or unknown. The aim of this work was to undertake a structural and biophysical characterization of P and of the complexes that it forms with N-RNA in order to understand the dynamic of the replicative complex of theses viruses. Biophysical studies of RV & VSV P show that these proteins behave as elongated dimers in solution. Bioinformatics analysis indicates a modular organisation of P, confirmed with biochemical and biophysical datas of RV P mutants. Structure of the C-terminal domain of VSV P was solved by NMR showing a homology with the C-terminal domain of RV P. Characterization of the interaction between P and N-ARN rings complexes revealed two forms of N-RNA-P complexes, with one and 2 dimers of P. Structural analysis with electron microscopy of the nucleocapsid-P complexes revealed an important conformational change. The viral genome must dissociate locally from N to allow the viral polymerase to access to the genome information. The N-RNA-P interaction is an interesting target for drug design as it only exists in viruses

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Courbet, Sylvain. "Dynamique de la réplication et instabilité génétique chez les mammifères." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066133.

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Abstract:

J’ai analysé la cinétique de re-programmation des paramètres de réplication en fonction de la taille des pools de nucléotides, ou en traitant les cellules avec de l’aphidicoline. J’ai ainsi pu démontrer que la densité des évènements d’initiation et l’efficacité relative des origines sont directement liées à la vitesse de progression des fourches de réplication. Plus précisément au niveau du locus AMPD2 du hamster Chinois, j’ai montré que la présence d’une origine de forte efficacité, oriGNAI3, reflête la chronologie d’activation des origines du locus. Ainsi, avec une progression des fourches rapide, le déclenchement de l’origine la plus précoce du domaine conduit à la réplication passive des origines voisines qui n’ont pas encore reçu le signal d’activation. De plus, j’ai pu mettre en évidence une corrélation entre la vitesse de réplication au cours d’une phase S donnée et la taille des boucles de chromatine lors de la phase G1 suivante. La taille de ces boucles est définie par l’espacement des séquences d’ADN ancrées à la matrice nucléaire. Les sites d’ancrage potentiels à la matrice (MARs) du locus AMPD2 colocalisent avec les origines de réplication cartographiées par peignage. J’ai montré que lorsque les fourches progressent à vitesse élevée et qu’oriGNAI3 est l’origine majeure du domaine, les boucles sont de grande taille et seule oriGNAI3 est attachée à la matrice. En revanche, lorsque les fourches progressent lentement et que les évènements d’initiation sont distribués de façon égale entre les 6 origines potentielles du locus, la taille des boucles diminue considérablement, et l’ensemble des origines apparaît ancré. Mes résultats offrent ainsi un nouvel éclairage sur les mécanismes contrôlant la hiérarchie des origines, qui reposerait sur leur affinité relative pour la matrice nucléaire, une structure cellulaire souvent considérée comme un support fonctionnel de la réplication.

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Guilbaud, Guillaume. "Etude du programme de réplication du génome humain par peignage moléculaire de l'ADN et séquençage massif." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077104.

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Abstract:

La réplication du génome humain démarre à partir d'environ 30 000 origines dont la position et le moment de déclenchement sont peu connus. Des analyses bioinformatiques ont mis en évidence l'existence d'une asymétrie de la composition nucléotidique entre les brins répliqués de manière continue et discontinue. L'analyse du profil de ce biais se caractérise par une forme en N (N-domaines). Il a été proposé que les bords des N-domaines correspondent à des origines de réplication efficaces. L'inversion progressive du biais d'un bord à l'autre traduirait un changement progressif de l'orientation moyenne des fourches de réplication. Nous avons caractérisé la chronologie de la réplication par séquençage massif et avons interprété le profil obtenu à partir d'observations par peignage moléculaire de l'ADN. Nous avons établi que le génome se réplique à partir de zones d'initiation contenant des origines efficaces, déclenchées en début de phase S, et que cette réplication se propage par activation progressive d'origines adjacentes de plus en plus tardives, avec un taux d'activation qui augmente au cours de la phase S. Le profil temporel des N-domaines montre une forme en U, ce qui indique que leurs bords constituent des zones d'initiation précoces à partir desquelles la réplication se propage vers leur centre par activation consécutive d'origines plus internes. Le peignage moléculaire montre que les fourches se dirigeant vers le centre ou vers les bords des N-domaines parcourent des distances inégales, en raison de cette activation consécutive. Ce processus explique quantitativement le profil temporel et le profil de polarité des fourches de réplication au sein des N-domaines
Replication of the human genome starts at some 30. 000 origins whose position and timing of replication are not well known. Bioinformatic analyses have shown a nucleotide compositional asymmetry between the lagging and the leading replicating strands. The profile of this skew revealed that an important fraction of the genome is organized in 1Mb domains that show an N-shape (called N-domains). The skew profile of N-domain borders showed a sharp upward jump that was interpreted as the signature of highly efficient replication origins. The progressive inversion of the skew between two upward jumps suggested a progressive inversion of the average replication fork orientation. We determined the timing of replication for the whole human genome and then focused on N-domains. The timing profile was obtained by massive sequencing and interpreted using single DNA molecule replication patterns obtained by molecular combing of DNA. We show that replication begins at early replicating initiation zones containing efficient origins. Replication then propagates by progressive activation of neighbouring origins with an initiation rate that increases during S phase. The average N-domain timing profile shows a U shape, which indicates that their borders constitute early and efficient initiation zones from which replication progresses towards their centre by progressive activation of inner origins. Molecular DNA combing shows that replication forks moving toward the centre or the borders do not travel the same distance, due to this sequential activation. This process quantitatively explains the timing profile and the fork polarity profile within N-domains

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Squali, Houssaini Iraqi Fatima-Zahra. "Rôle de la méthylation des séquences GATC dans le fonctionnement de l'origine de réplication d'E. Coli (ori C. ) : (réplication in vitro de plasmides ori C.)." Paris 7, 1985. http://www.theses.fr/1985PA07F107.

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La méthylation des séquences GATC par la dam méthylase in vivo et in vitro augmente l’efficacité de la réplication d’un plasmide contenant la région oriC par un système acellulaire dépendant de la protéine dnaA. Celle-ci purifiée , possède une affinité moindre pour les fragments oriC non méthylès. La méthylation des séquences GATC de oriC favorise la protection par la protéine dnaA clés fragments oriC contre la DN ase I (analysées par la technique du foot printing). Ces résultats suggèrent que les groupements mèthyls des séquences GATC seraient les signaux de reconnaissance pour la protéine dnaA au niveau de oriC. Ceci nous amène à proposer un modèle dans lequel l'état transitoire hèmi-méthylè de oriC après l'initiation empêcherait les réinitiations prématurées. L'état de méthylation des séquences GATC de oriC serait alors un niveau de régulation du cycle cellulaire.

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El, Achouri-Ait Lamine Ghizlane. "Rôle des isoformes de la dynamine mitochondriale OPA1 : identification d'une nouvelle fonction dans le maintien de l'intégrité du génome mitochondrial." Montpellier 1, 2009. http://www.theses.fr/2009MON1T031.

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Abstract:

La mitochondrie est un organite intracellulaire d'origine bactérienne possédant son propre génome, qui joue des rôles clés dans le métabolisme énergétique et dans l'apoptose. La dynamique mitochondriale résulte de la fusion et de la fission membranaire, conduisant à un changement de la morphologie du réseau mitochondrial. La dynamine mitochondriale OP Al joue un rôle clé dans la structuration de la membrane interne, requise pour la fusion du réseau mitochondrial, le métabolisme énergétique, et le contrôle de l'apoptose. OP Al est aussi responsable de l'Atrophie Optique Dominante, et elle existe sous forme de 8 isoformes générés par l'épissage alternatif de 3 exons : 4, 4b et Sb. L'objectif de ma thèse a consisté à étudier les fonctions associées aux différents isoformes d'OPA1. J'ai montré que les variants contenant l'exon 4 sont impliqués dans la fusion mitochondriale, tandis que les variants contenant l'exon Sb, sont impliqués dans l'apoptose, par la structuration des jonctions des crêtes mitochondriales responsable du piégeage du cytochrome c dans le volume intra-crête. De plus, j'ai mis en évidence pour la première fois chez les mammifères un lien entre OP A1-4b et le maintien du génome mitochondrial. En effet, je montre le peptide, résultant du clivage d'OP AI-4b, permet l'ancrage du nuc1éoide à la membrane interne, processus indispensable à l'initiation de la réplication et à la distribution des nucléoides. Ces observations corroborent les travaux obtenus chez les levures avec MGMl/Mspl, les orthologues d'OPA1, et permettent de définir un nouveau concept corrélant la dynamique de la membrane interne mitochondriale au maintien de l'intégrité du génome mitochondrial
Mitochondria is an intracellular organelle from bacterial origin with its own genome, which plays key roles in energy metabolism and apoptosis. The mitochondrial dynamics resu1ting from fusion and fission of the membranes, leading to a change in the morphology of mitochondrial network. The mitochondrial dynamin OP Al plays a key role in structuring the inner membrane required for fusion of the mitochondrial network, energy metabolism, and control of apoptosis. OP A1 is also responsible for the Dominant Optic Atrophy, and it exist's in the fonn of 8 isofonns generated by alternative splicing of 3 exons: 4, 4b and Sb. The objective of my thesis was to study the functions associated with different isofonns of OP A1. I have shown that variants containing exon 4 are involved in mitochondrial fusion, whereas variants containing exon Sb, are invojved in apoptosis, by structuring the cristae junctions responsible for mitochondnal cytochrome c trapping in the intra-cristae volume Furthemore, I demonstrated for the first tune m mammals a link between OPA1-4b and the maintenance of mitochondrial genome Indeed, I show that the peptide resulting from cleavage of OP AI-4b, allows anchoring the nucleoid to the inner membrane, a process essential for the initiation of replication and distribution of nucleoids. These observations corroborate the work produced in yeast with MGMI/Mspl, the orthologs of OPA1, and help define a new concept correlating the dynamics of inner mitochondrie membrane to maintain the integrity of the mitochondrial genome

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Blin, Marion. "Mécanismes de l'instabilité des sites fragiles communs." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066063.

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Abstract:

Les sites fragiles communs (SFC) sont des loci instables en cas de stress réplicatif et des lieux préférentiels de réarrangements dans les tumeurs. Les SFC sont associés aux plus grands gènes du génome et il a été proposé que la transcription de ces gènes soit à l'origine de cassures de l'ADN. Cependant, de nombreux grands gènes transcrits ne sont pas fragiles. Un second modèle, celui de notre laboratoire, associe la fragilité des SFC à un programme de réplication particulier, combinant pauvreté en événements d'initiation et réplication tardive. Il serait alors possible que la transcription soit liée à leur programme de réplication, ce qui conduirait à la fragilité. Pour mieux comprendre ces relations, j'ai modifié la transcription de deux grands gènes et analysé les conséquences sur leur réplication et leur fragilité. Ces manipulations génétiques sont réalisées dans le modèle aviaire DT40, qui permet la modification ciblée d'ADN par recombinaison homologue avec une grande efficacité. De façon surprenante, j'ai observé que la fragilité d'un grand gène est diminuée aussi bien en abolissant sa transcription qu'en l'augmentant. J'ai étudié la densité en événements d'initiation par peignage moléculaire au locus et le programme temporel de réplication dans des clones présentant des niveaux différents de transcription. J'ai ainsi pu montrer que la surexpression massive de deux grands gènes avance le programme temporel de la réplication, les préservant de la fragilité. Au cours de ma thèse, j'ai donc montré que la transcription exerce des effets antagonistes sur la stabilité du génome, bénéfiques ou délétères, selon le niveau d'expression des grands gènes associés aux SFC
Common Fragile Sites (CFSs) are loci displaying instability upon replicative stress, which localization correlates with chromosomal rearrangements in tumours. CFSs are associated with the largest genes of the genome and it has been proposed that their transcription leads to DNA breaks. However, many transcribed large genes are not fragile. Our laboratory proposed an alternative model in which CFS instability results from a specific replication program, combining late replication with paucity in initiation events. To reconcile the two models, we hypothesized that transcription impacts the replication programs. In order to characterize those potential relationships, I manipulated the transcription of two large genes associated with CFSs and determined the consequences of these manipulations on replication and fragility. I used chicken DT40 cells to perform these analyses because this cellular model allows efficient engineering of specific DNA sequences by homologous recombination. Surprisingly, I observed that increasing or suppressing transcription of large gene both lead to a decrease fragility. I then analyzed clones displaying variable transcription levels. I determined the distribution and density of initiation event, using molecular combing at two loci, as well as the profiles of replication timing along the genes. I showed that a massive overexpression of two large genes led to an earlier replication timing. Overall, my results highlight the opposite effects of transcription on genome stability, which range from beneficial to deleterious depending on the expression level of large genes associated with CFSs

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Zouari, Mohamed. "Architecture logicielle pour l'adaptation distribuée : Application à la réplication de données." Phd thesis, Université Rennes 1, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00652046.

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Abstract:

L'adaptation dynamique permet de modifier une application en cours d'exécution en fonction des fluctuations de son environnement et des changements des exigences des utilisateurs. De nombreux travaux ont proposé des méthodes et mécanismes pour adapter une application centralisée. Mais, le cas des applications distribuées a été beaucoup moins abordé. En particulier, la distribution du système d'adaptation lui-même est très peu envisagée. Nous proposons dans cette thèse une approche visant à définir une architecture logicielle à base de composants pour permettre la gestion distribuée et coordonnée de l'adaptation dynamique d'applications. Nous définissons un modèle d'architecture logicielle de systèmes d'adaptation qui permet la variabilité des configurations du système et qui inclut des mécanismes spécialisables pour assurer la coordination. Le domaine d'application choisi pour illustrer notre approche d'adaptation est la gestion de données répliquées. Dans ce domaine, nous avons développé un prototype pour la construction de systèmes d'adaptation distribués d'une part, et de systèmes de réplication d'autre part. Le prototype, qui se base sur le modèle de composants Fractal, nous a permis de mener des expérimentations d'adaptation distribuée sur un système de réplication de données en milieu médical pour le suivi d'un patient à domicile.

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Oster, Gérald. "Réplication optimiste et cohérence des données dans les environnements collaboratifs répartis." Phd thesis, Université Henri Poincaré - Nancy I, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00010865.

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Abstract:

Les systèmes d'édition collaborative permettent à plusieurs utilisateurs d'éditer simultanément un document. Aujourd'hui, l'édition collaborative massive est une réalité. Il ne s'agit plus d'éditer à quelques utilisateurs mais à des milliers d'utilisateurs répartis dans le monde. Les éditeurs collaboratifs actuels n'ont pas été conçus pour supporter un nombre si important d'utilisateurs. Les problèmes soulevés ne sont pas d'ordre technologique, ils remettent en cause les fondements algorithmiques des éditeurs. L'objectif de cette thèse est de proposer des algorithmes adaptés à l'édition collaborative massive. Nous montrons qu'un tel algorithme doit assurer trois critères : convergence des données, préservation des intentions et passage à l'échelle. Au regard de l'état de l'art, seul le modèle des transformées opérationnelles (OT) peut concilier ces trois critères.
La première contribution de cette thèse montre que l'approche OT conçue pour des éditeurs temps réel peut être utilisée pour réaliser des outils asynchrones. Nous avons réalisé un gestionnaire de configurations dénommé SO6. La seconde contribution est une approche formelle à la conception et à la vérification de fonctions de transformation pour le modèle OT. Cette approche repose sur un démonstrateur automatique de théorème. Avec cette approche, nous montrons que toutes les fonctions de transformation proposées jusqu'ici sont fausses. La troisième et dernière contribution de ce travail est un nouvel algorithme de réplication optimiste (WOOT) adapté à l'édition collaborative massive de structures linéaires. Ce modèle repose sur le calcul monotone d'une extension linéaire des ordres partiels formés par les relations entre les différents éléments de la structure.

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Mokhtar, Abdel Aziz Mansour Ahmed. "Réplication de données dans les réseaux hybrides pour améliorer les performances." Rennes 1, 2003. http://www.theses.fr/2004REN10005.

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Abstract:

L'évolution de la technologie de télécommunication et d'information est illimitée. N'importe quel système de transmission aujourd'hui devrait considérer l'IP et les technologies de mobilité (GMS, GPRS, UMTS, au delà de 3G;. . . . . Etc). La première technologie est la base de l'Internet, la seconde est la base des systèmes de transmission mobiles. La facilité de l'accès et la disponibilité des ces technologies ont eu comme conséquence un nombre énorme des abonnées. L'Internet introduit différents genres de données dans différents types. Les mobilophones fournissent un accès facile aux données si le service approprié est offert. Avec le fusionnement entre ces deux technologies, l'avance dans de nouveaux systèmes offerts (GPRS, UMTS et au delà de concept 3G), le défi de maintenir la performance a augmenté. La motivation de ce travail doit remplir les conditions de performance pour les clients dans un réseau à grande échelle et les administrateurs de réseau. Les paramètres de performance tels que le temps de réponse, l'utilisation de largeur de bande, le chargement de serveur et la disponibilité dans les réseaux hybrides (fixés, mobile, sans fil) relèvent un défi de dégradation. Ce défi est dû aux différentes configurations de réseau et à l'interface entre le type différent de réseaux (mobile et fixe). Nous considérons la condition de performance dans le cas de l'utilisateur mobile aussi bien qu'à l'utilisateur fixe dans les réseaux hybrides fondamentaux.

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Haïm-Boukobza, Stéphanie. "Réplication résiduelle du VIH-1 sous traitement antirétroviral : physiopathologie et conséquences." Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066316.

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Abstract:

Depuis l’avènement des trithérapies, les patients infectés par le VIH présentent majoritairement des charges virales « indétectables », dans le plasma. Cependant, des techniques ultrasensibles ont permis de mettre en évidence la présence du virus à bas bruit. Relargage à partir des réservoirs ou réplication continue ? L’origine des virémies résiduelles a été largement débattue au sein de la communauté scientifique. De plus, les patients virologiquement contrôlés restent sujets à des troubles métaboliques, des pathologies cardio-vasculaires et à un vieillissement prématuré. Dans ce travail nous avons recherché si certaines molécules pouvaient réduire les virémies résiduelles, et exploré leur signification clinique, en étudiant différents marqueurs biologiques de l’inflammation. Enfin, nous avons évalué les virémies résiduelles comme marqueur prédictif d’échec virologique lors de monothérapie de darunavir. Ainsi, une première étude a montré que la névirapine induisait des virémies résiduelles réduites chez les patients par rapport à l’efavirenz, alimentant la thèse d’une réplication virale continue. Ensuite, nous avons montré que l’IL-6 et le CD14s pouvaient être associés au niveau de virémies résiduelles et enfin, que celles-ci pouvaient être des marqueurs prédictifs d’échec virologique lors de monothérapie de darunavir, permettant de sélectionner les meilleurs candidats à ce type de stratégies. Les mécanismes impliqués dans ces virémies résiduelles doivent être élucidés ainsi que leurs conséquences notamment en terme d’inflammation chronique; le blocage complet de la réplication virale reste un prérequis nécessaire à l’élaboration de stratégies d’éradication futures
Since the era of highly active antiretroviral therapy, patients infected with HIV present mostly "undetectable" viral loads in plasma. However, ultrasensitive techniques could detect the virus in plasma representing low level viremia. Release from reservoirs or ongoing residual replication? The origin of residual viremia remains controversial and had been widely debated among the scientific community. Moreover, HIV-infected patients are more frequently prone to metabolic disorders, cardiovascular diseases and premature aging. In this work we investigated whether certain molecules could reduce residual viremia, and then explored the clinical significance of viremia, studying different inflammatory markers. Finally, we wondered if presenting low level viremia was associated with reduced risk of virological failure during darunavir monotherapy. A study from patients treated with nevirapine or efavirenz associated with emtricitabine and tenofovir showed that nevirapine could induce reduced levels of residual viremia in patients compared with efavirenz, arguing in favor of ongoing viral replication. Then, two studies evaluating inflammatory markers showed that IL-6 for the first and CD14s for the secund could be associated with residual viremia. Finally, we evidenced that low level viremia could be a reliable predictive marker of virological failure during treatment with protease inhibitor monotherapy. Mechanisms involved in these residual viremia remain to be elucidated, and total blocking of viral replication is necessary for elaboration of future eradication strategi

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Norais, Cédric. "Etude de la réplication de l'ADN chez l'archaea halophile Haloferax volcanii." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112104.

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Abstract:

J'ai étudié, durant mon travail de thèse, la réplication de l'ADN chez l'archaea halophile Haloferax volcanii. Le premier objectif de ma thèse était de mettre en place l'utilisation des outils génétiques disponibles chez H. Volcanii, dont la méthode de délétion de gène par intégration/excision de plasmide (pop-in/pop-out), pour un usage routinier au laboratoire. L'annotation partielle des gènes impliqués dans les mécanismes de réplication et réparation de l'ADN a permis d'identifier 16 protéines Initiator Cdc6/Orc1 putatives. L'utilisation des outils génétiques, combinée à une analyse des biais de représentation des nucléotides, nous ont permis d'identifier cinq origines de réplication. Le chromosome majeur possède au moins deux origines de réplication tandis qu'une autre est retrouvée sur les deux épisomes pHV1 et pHV4. L'activité in vivo de ces origines a pu être confirmée par cartographie des sites d'initiation de la réplication (RIP mapping) et par gel bidimensionnels d'ADN. L'étude des peptides interagissant avec PCNA nous a permis d'identifier que RnaseH interagit avec PCNA pour former un complexe inactif. Nos analyses génétiques chez H. Volcanii ont permis d'illustrer l'implication dans les processus de réparation de l'ADN des protéines Fen1 et de manière surprenante de RNAseH I et RnaseHII. Ces analyses ont montré que Fen1 intervient aussi dans la réplication de l'ADN. J'ai pu confirmer que les fragments d'Okazaki font moins de 200 bases et portent une amorce ARN synthétisée par la primase de type eucaryote PriS/L qui est essentielle chez H. Volcanii. En revanche, la primase de type bactérienne putative DnaG peut être inactivée, mais son rôle reste à caractériser. Mes travaux ont démontré qu'avec ses multiples réplicons et des outils génétiques efficaces permettant la caractérisation des gènes, H. Volcanii est un modèle novateur et pertinent pour l'étude de la réplication de l'ADN chez les archaea
During my doctoral work, I have studied DNA replication in the halophilic archaeon Haloferax volcanii. The first aim of this study was to establish the use of available genetic tools for H. Volcanii, including the pop-in/pop-out gene deletion system, for routine work at the laboratory. A partial annotation of the genes implicated in DNA replication and repair allowed the identification of 16 putative Initiator Cdc6/Orc1. The use of genetics combined with nucleotide skews analyses allowed the identification of five replication origins. The main chromosome carries at least two replication origins whereas another origin is used to replicate both pHV1 and pHV4. The in vivo activity of these origins could be confirmed by replication initiation point mapping and DNA two-dimensional gels. The study of PCNA interacting peptides revealed that archaeal RNAseH interacts with PCNA to form an inactive complex. Genetic analyses with H. Volcanii revealed the implication in DNA repair of Fen1 and surprisingly RnaseHI and RnaseHII. These studies also showed that Fen1 is required for DNA replication. I confirmed that H. Volcanii Okazaki fragments are less than 200 bases long and carry an RNA primer synthesized by the essential PriS/L eukaryotic-like primase. On the other hand, the putative bacterial-like primase DnaG can be deleted and its role remains to be characterized. My studies have demonstrated that with its multi-replicon structure and efficient genetic tools for gene characterization, H. Volcanii is a novel and pertinent model for the study of archaeal DNA replication

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Ceschia, Audrey. "Dynamique de la réplication et instabilité du génome chez "S. Cerevisiae"." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20100.

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Jakubénas, Paulius. "Les problèmes d'arbitrage et de sur-réplication dans les marchés incomplets." Paris 6, 2000. http://www.theses.fr/2000PA066226.

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Gregoire, Damien. "Spécification des origines de réplication au cours de la différenciation cellulaire." Montpellier 2, 2006. http://www.theses.fr/2006MON20073.

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Girard-Reydet, Claire. "Spécification endogène et expérimentale d'une origine de réplication chez l'eucaryote pluricellulaire." Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20138.

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Zane, Linda. "Réplication du virus HTLV-1 et phénotype lymphocytaire : implication dans l’apoptose." Thesis, Lyon 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LYO10317.

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Abstract:

HTLV-1 est l’agent étiologique de la leucémie/ lymphome T de l’adulte (ATLL). In vivo, ce virus infecte les lymphocytes T CD4+ et CD8+. Cependant, l’ATLL est presque toujours de phénotype CD4+. HTLV-1 se réplique essentiellement par expansion clonale des cellules T infectées. Cette expansion clonale repose sur deux mécanismes distincts dépendants du phénotype lymphocytaire : HTLV-1 induit la mise en cycle des lymphocytes T CD4+ et la résistance à l’apoptose des lymphocytes T CD8+. En plus d’une prolifération accrue, les cellules T CD4+ infectées in vivo présentent des ponts interchromatiniens caractéristiques d’une instabilité génétique. Ainsi, l’infection par HTLV-1 établit un phénotype préleucémique restreint aux lymphocytes T CD4+ infectés. Les objectifs de ma thèse étaient de comprendre les évènements moléculaires et cellulaires qui sous-tendent l’expansion clonale des cellules T CD4+ et CD8+ au cours de l’infection par HTLV-1. Dans un premier temps, dans l’hypothèse d’un effet général de l’infection sur l’expansion clonale des cellules T infectées et non infectées, nous avons comparé les effets d’une infection in vitro à ceux observés dans des lymphocytes T CD4+ et CD8+ issus d’individus infectés depuis plus de 6 à 26 ans. Cette étude nous a permis de montrer que les interactions directes virus-cellules sont suffisantes pour entraîner une résistance des lymphocytes T CD8+ à l’apoptose mais pas pour l’établissement d’un phénotype préleucémique des lymphocytes T CD4+ in vivo. Dans un deuxième temps, nous avons mis en évidence que les lymphocytes T CD8+ infectés in vivo résistent à l’apoptose médiée par Fas. La surexpression du gène antiapoptotique cIAP-2 mais pas celle de c-FLIP(L) est impliquée dans la résistance à l’apoptose médiée par Fas des lymphocytes T CD8+ infectés et donc dans leur expansion clonale
HTLV-1 is the etiological agent of Adult T-cell Leukemia/Lymphoma (ATLL). In vivo this virus infects CD4+ and CD8+ T lymphocytes yet ATLL is regularly of the CD4+phenotype. HTLV-1 mainly replicates via the clonal expansion of infected cells. Clonal 3 expansion relies on two distinct mechanisms with respect to the T-cell phenotype: HTLV-1 recruits CD4+ infected T cells into the cell cycle while preventing cell death in CD8+ infected T cells. Furthermore, infected tax-expressing CD4+ lymphocytes display morphological changes characteristic of genetic instability. Therefore, HTLV-1 infection establishes a Tax-dependent CD4+-restricted preleukemic phenotype. The objectives of my work were to investigate the molecular and cellular events that underlie clonal expansion of CD4+ versus CD8+ T cells upon HTLV-1 infection. We hypothesized that the infection could have consequences on both infected and uninfected T cells. Therefore, we first compared the effects of a recent experimental infection performed in vitro with those observed in cloned T cells from patients infected since > 6-26 years. Our findings suggest that the sole virus-cell interactions are sufficient for the resistance to apoptosis in CD8+infected T lymphocytes but not enough for the establishment of a CD4+-restricted preleukemic phenotype in vivo. Next, we evidenced that the CD8+ infected T cells resist to Fas-mediated cell death. Finally, cIAP-2 but not c-FLIP(L) overexpression in these cells appears involved in apoptosis resistance of CD8+ infected T cells and thereby in their clonal expansion

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Chakchouk, Fadoua. "Contribution à la robustesse dans les CSPs distribués par réplication locale." Thesis, Valenciennes, 2018. http://www.theses.fr/2018VALE0039/document.

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Abstract:

Nous visons à garantir la résolution d’un DisCSP en présence d’un ou plusieurs agents défaillants. Les méthodes traitant la tolérance aux fautes au sein des SMAs visent la continuité du fonctionnement du système. Mais, aucune de ces méthodes n’est appliquée pour résoudre un DisCSP. La défaillance d’un agent au cours de la résolution d’un DisCSP engendre la perte d’une partie du DisCSP global, d’où l’obtention d’un résultat erroné. Donc pour obtenir les résultats attendus, il faut garantir la résolution du CSP local de l’agent défaillant. Nous proposons de répliquer les CSPs locaux des agents défaillants au sein des agents non défaillants. Cette réplication permet la résolution du CSP local de l’agent défaillant par un autre agent. Cette résolution est effectuée en fusionnant les réplicats de CSPs des agents défaillants avec les CSPs des autres agents. Cette fusion permet la conservation de la modélisation initiale du DisCSP. L’algorithme de distribution des réplicats proposé garantit que les CSPs des agents défaillants ne soient pas répliqués au sein du même agent. De cette façon, le problème conserve son aspect distribué
We aim to ensure a DisCSP resolution in presence of failed agents. Methods handling fault tolerance in MASs aim to ensure the continuity of the system operation. But, none of these methods are applied to solve a DisCSP. The failure of an agent generates the loss of a part of the DisCSP providing wrong results. Therefore, to obtain expected results, it is necessary to ensure the resolution of the failed agent local CSP.We propose to replicate the local CSPs of the failed agents within active agents. This replication allows local CSP resolution of the failed agent by another agent. The resolution is done by merging the replicates of failed agents CSPs with the CSPs of other agents. This technique conserve the initial DisCSP modeling. The proposed replicates distribution algorithm ensures that the CSPs of failed agents are not replicated within the same agent. In this way, the problem keeps its distributed aspect

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Dissertations / Theses on the topic 'Tming de la Réplication'

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