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Dissertations / Theses on the topic 'Structure de motifs'
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Tang, Thomas Cheuk Kai. "Discovering Protein Sequence-Structure Motifs and Two Applications to Structural Prediction." Thesis, University of Waterloo, 2004. http://hdl.handle.net/10012/1188.
Full textAbstract:
This thesis investigates the correlations between short protein peptide sequences and local tertiary structures. In particular, it introduces a novel algorithm for partitioning short protein segments into clusters of local sequence-structure motifs, and demonstrates that these motif clusters contain useful structural information via two applications to structural prediction. The first application utilizes motif clusters to predict local protein tertiary structures. A novel dynamic programming algorithm that performs comparably with some of the best existing algorithms is described. The second application exploits the capability of motif clusters in recognizing regular secondary structures to improve the performance of secondary structure prediction based on Support Vector Machines. Empirical results show significant improvement in overall prediction accuracy with no performance degradation in any specific aspect being measured. The encouraging results obtained illustrate the great potential of using local sequence-structure motifs to tackle protein structure predictions and possibly other important problems in computational biology.
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Stombaugh, Jesse. "Predicting the Structure of RNA 3D Motifs." Bowling Green State University / OhioLINK, 2008. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=bgsu1225391806.
Full text
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Gaillard, Anne-Laure. "Identification de motifs au sein des structures biologiques arborescentes." Phd thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00652227.
Full textAbstract:
Avec l'explosion de la quantité de données biologiques disponible, développer de nouvelles méthodes de traitements efficaces est une problématique majeure en bioinformatique. De nombreuses structures biologiques sont modélisées par des structures arborescentes telles que les structures secondaires d'ARN et l'architecture des plantes. Ces structures contiennent des motifs répétés au sein même de leur structure mais également d'une structure à l'autre. Nous proposons d'exploiter cette propriété fondamentale afin d'améliorer le stockage et le traitement de tels objets. En nous inspirant du principe de filtres sur les séquences, nous définissons dans cette thèse une méthode de filtrage sur les arborescences ordonnées, permettant de rechercher efficacement dans une base de données, un ensemble d'arborescences ordonnées proches d'une arborescence requête. La méthode se base sur un découpage de l'arborescence en graines et sur une recherche de graines communes entre les structures. Nous définissons et résolvons le problème de chaînage maximum sur des arborescences. Nous proposons dans le cas des structures secondaires d'ARN une définition de graines (l−d) centrées. Dans un second temps, en nous basant sur des techniques d'instanciations utilisées, par exemple, en infographie et sur la connaissance des propriétés de redondances au sein des structures biologiques, nous présentons une méthode de compression permettant de réduire l'espace mémoire nécessaire pour le stockage d'arborescences non-ordonnées. Après une détermination des redondances, nous utilisons une structure de données plus compacte pour représenter notamment l'architecture de la plante, celle-ci pouvant contenir des informations topologiques mais également géométriques.
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Dyer, Charlotte Emma. "Investigation of the structure of fibrillin eight-cysteine motifs." Thesis, University of Manchester, 1998. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.488146.
Full textAbstract:
The eight-cysteine motif is a protein repeat sequence that has been identified in extracellular matrix proteins of the fibrillin superfamily which includes isoforms fibrillin-l and fibrillin-2 and the closely related latent transforming growth factor-B binding proteins (LTBPs). These multidomain glycoproteins contain a number of cysteine-rich sequence repeats which resemble precursor epidermal growth factor domains (EGF-like domains) interspersed with eight-cysteine motifs and so-called "hybrid" domains, which exhibit some features of both these repeats. The signature of the eight-cysteine motif is a conserved pattern of eight"cysteine residues, three of which are contiguous. The structure of fibrillin eight-cysteine motifs has not been determined but mutations within fibrillin-l eight-cysteine motifs cause the heritable connective tissue disorder Marfan syndrome, confirming their critical role in fibrillin function and microfibril integrity. This study investigated the structure of fibrillin eight-cysteine motifs. Computer predictions of eight-cysteine motif secondary structure suggest limited amounts of defined secondary structure, most of which is beta-sheet (B-sheet), and a high proportion of loop regions. Several of the cysteine residues were predicted to be involved in disulphide bond formation. Eight-cysteine motif sequences did not fit to any known protein fold structures. Attempts to express a recombinant DNA molecule encoding a polyhistidine tagged human fibrillin-2 hybrid motif in mammalian and yeast cells, using plasmid expression vectors pCR™3 and pCS69 respectively, failed to produce detectable levels of recombinant protein, although a functional transcript and full-length polypeptide were produced using cell-free transcription and translation systems. However, a recombinant protein consisting of human fibrillin-l sixth eight-cysteine motif, flanked on either side by single EGF-like domains, was subsequently expressed using vector pSPEK in COS-I mammalian cells. This recombinant protein was N-glycosylated and exhibited anomalous migration during SDS-P AGE analysis, appearing larger than its predicted molecular weight of 18 kDa. Mass spectrometry analysis of the purified recombinant protein revealed products of masses 18 863 and 20 783 Da.. thought to correspond to non-glycosylated and glycosylated forms of. the protein respectively. Circular dichroism analysis of the recombinant protein revealed a high amount of ~-sheet structure (58% +/- 0.59), a small but significant alpha-helix (a-helix) content (1.0 +/- 0.56) and high amounts of residual structure (41 +/- 1.0), indicating significant amounts of ~-turn or loop regions. This study has provided insights into the secondary structure of eight-cysteine motifs. Computer predictions of secondary structure support data obtained by structural analysis of a recombinant protein containing a fibrillin eight-cysteine motif It is proposed that the eight-cysteine motif assumes a novel protein fold which contains a limited amount of defined secondary structure, most of which is ~-sheet with a small but significant amount of a-helix, the predominant feature of this motif being a high proportion of loop regions, which are held in place by disulphide bonding between pairs of the eight cysteine residues.
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Sarver, Michael. "STRUCTURE-BASED MULTIPLE RNA SEQUENCE ALIGNMENT AND FINDING RNA MOTIFS." Bowling Green State University / OhioLINK, 2006. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=bgsu1151076710.
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Roll, James Elwood. "Inferring RNA 3D Motifs from Sequence." Bowling Green State University / OhioLINK, 2019. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=bgsu1557482505513958.
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Hébert, David. "Structure de poids : homologique & motivique." Paris 13, 2012. http://www.theses.fr/2012PA132006.
Full textAbstract:
L’objet de cette thèse est l’étude des structures de poids et leurs applications au monde motivique, en particulier aux motifs de Beilinson, version relative des motifs de Voevodsky, introduits et étudiés par Ayoub, Cisinski et Déglise. Le résultat principal construit une structure de poids sur cette catégorie coïncidant, lorsque la base est un corps, avec la structure précédemment établie par Bondarko sur la catégorie des motifs de Voevodsky. Il est accompagné d’un théorème de fonctorialité et de divers applications : poids des motifs, complexe de poids à la Gillet-Soulé, caractéristique d’Euler motivique. La première partie est entièrement dédiée au formalisme des structures de poids du point de vue de la théorie des catégoriesThe purpose of this thesis is the study of weight structures and their applications to motivic world, especially to the Beilinson motives, relative version of Voevodsky motives, introduced and studied by Ayoub, Cisinski and Déglise. The main result builds a weight structure on this category which coincide, when the base is a field, with the structure previously established by Bondarko on the category of Voevodsky motives. It isaccompanied by a theorem of functoriality and various applications : weight of motives, weight complex à la Gillet-Soulé, motivic Euler characteristic. The first part is dedicated to the formalism of weight structures in terms of category theory
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Carpentier, Mathilde. "Méthodes de détection des similarités structurales : caractérisation des motifs conservés dans les familles de structures pour l' annotation des génomes." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066571.
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Filling, Charlotta. "Short-chain dehydrogenases/reductases : structure, function and motifs of hydroxysteroid dehydrogenases /." Stockholm, 2002. http://diss.kib.ki.se/2002/91-7349-371-6/.
Full text
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Crowley, Louis J. "Structure-function studies of conserved sequence motifs of cytochrome b5 reductase." [Tampa, Fla] : University of South Florida, 2007. http://purl.fcla.edu/usf/dc/et/SFE0001913.
Full text
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Dybas, Joseph M. "The evolution of protein folds from the perspective of structure motifs." Thesis, Yeshiva University, 2015. http://pqdtopen.proquest.com/#viewpdf?dispub=3664550.
Full textAbstract:
Understanding how protein structures evolve is essential for deciphering relationships between homologous proteins, which can inform structure classification and function annotation and aid in protein modeling and design methods. The observation that structure is more conserved than sequence, over the course of evolution, implies a model of evolution where sequences diverge within a discrete set of well-defined folds, which suggests that homology does not exist across fold definitions. However, as more structures have been experimentally solved and the coverage of the universe of folds has increased, the original view of a discrete fold space has been revised to include a more nuanced view of a continuous space defined by regions in which structural similarities can connect globally disparate topologies.
Structural, functional and evolutionary relationships are known to, in some cases, span fold definitions. A hallmark of relationships connecting disparate topologies is the conservation of local structure motifs within globally different folds. In order to systematically identify and analyze these relationships, a new approach to structure comparisons and structure classification is required. The goal of this work is to systematically identify evolutionary relationships between folds and to generate a classification of the fold universe that can accurately represent even the relationships that exist across disparate topologies.
An exhaustive library of supersecondary-structure motifs (Smotif), defined as two secondary structures connected by a loop, is established and characterized. A novel Smotif-based, superposition-independent structure comparison method (SmotifCOMP) is developed that quantitatively measures the Smotif-based similarity of compared structures in order to identify evolutionary relationships. SmotifCOMP is able to provide a quantitative and robust measure of similarity between disparate topologies since it does not rely on a global superposition. The comparison method is used to perform a systematic analysis of the SCOP Superfamilies and generate a non-hierarchical, network-based representation of the fold universe.
This thesis describes the development of a novel method of comparing structures and an improved representation of the relationships within the fold space. This work provides insight into the existence of evolutionary relationships between folds and strengthens the view of a connected and continuous fold universe.
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Allan, Robert Douglas. "Computational analysis and experimental characterisation of natural antiparallel coiled-coil motifs." Thesis, University of Sussex, 2000. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.343369.
Full text
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ELIAS, FLORENCE. "Organisation de motifs bidimensionnels de ferrofluide : le cas de la structure cellulaire." Paris 7, 1998. http://www.theses.fr/1998PA077047.
Full textAbstract:
Le systeme etudie est une couche bidimensionnelle (2d) de ferrofluide confinee entre deux plaques horizontales. Sous l'effet d'un champ magnetique perpendiculaire, l'interface du ferrofluide se destabilise. Cela conduit a la formation de structures periodiques a l'echelle millimetrique : bandes de ferrofluide, reseau hexagonal de bulles, dentelle ou bien anneaux. Ces morphologies d'equilibre sont dues a la competition entre termes energetiques antagonistes : une interaction attractive a courte portee, et une interaction repulsive a longue portee, d'origine dipolaire magnetique. Apres une introduction aux ferrofluides et aux instabilites statiques de leur interface, nous donnons un inventaire de ces architectures 2d. Nous presentons un calcul de la taille des domaines en fonction des parametres exterieurs. La morphologie choisie depend a la fois des conditions initiales et de la valeur des parametres de controle. Nous recapitulons dans un diagramme qualitatif le moyen d'obtenir ces motifs. Parmi ces morphologies, la structure cellulaire 2d, dont les parois sont faites de ferrofluide, presente toutes les caracteristiques topologiques des mousses liquides 2d ordinaires. Cependant, a la difference des mousses de savon, qui vieillissent dans le temps, une mousse de ferrofluide peut etre stable. Ses proprietes sont gouvernees par l'amplitude du champ magnetique exterieur, h#0. Si h#0 decroit, des cellules disparaissent. Si l'on augmente rapidement h#0, une instabilite se produit : les parois entre cellules ondulent. Enfin, pour de fortes valeurs de h#0, le systeme sort de son etat d'equilibre, et evolue dans le temps. Apres avoir caracterise les comportements de cette nouvelle structure, nous proposons de l'utiliser comme systeme modele pour l'etude des mousses 2d liquides. En effet, l'introduction de forces magnetiques locales permet de le manipuler aisement ; on peut alors etudier la relaxation de la structure perturbee vers son equilibre mecanique.
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Lazar, Noureddine. "Structure secondaire et activité biologique : relations structure-fonction dans le PF4 Humain et la Prosomatostatine." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066181.
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Lahaye, Katia. "Caractérisation du gène XNAP codant pour une protéine à motifs Ankyrin impliquée dans la voie de signalisation Notch." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2005. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/211023.
Full text
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Drew, Bradley. "Réalisations tannakiennes des motifs mixtes triangulés." Paris 13, 2013. http://www.theses.fr/2013PA132066.
Full textAbstract:
On généralise la notion d’une théorie de Weil mixte, due à D. -C. Cisinski et F. Déglise ([CD12a]), afin d’obtenir un formalisme de réalisations tannakiennes des motifs mixtes triangulés au sens de V. Voevodsky sur un schéma de type fini sur un corps parfait. On l’applique à la construction d’un foncteur de réalisation de Hodge mixte rationnelle. Sur un schéma X, quasi-projectif, lisse sur un corps de caractéristique nulle , on obtient un foncteur de réalisation de De Rham à valeurs dans la catégorie dérivée des DX=-modules holonomes. Cela permet d’en déduire une correspondance de Riemann-Hilbert purement algébriqueWe generalize the notion of a mixed Weil theory, introduced by D. -C. Cisinski and F. Déglise in [CD12a], in order to obtain a formalism of Tannakian realization functors on V. Voevodsky’s triangulated mixed motives over schemes of finite type over a perfect field. We apply this formalism to the construction of a rational mixed Hodge realization functor. For a scheme X, smooth, quasi-projective over a characteristic zero field , we obtain a de Rham realization functor with values in the derived category of holonomic DX=-modules. This allows us to deduce a purely algebraic Riemann-Hilbert correspondence
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Amey, Claude. "La structure narrative et le sens : le roman policier." Paris 1, 1988. http://www.theses.fr/1988PA010625.
Full textAbstract:
Le roman policier, récit essentiellement moderne, peut être néanmoins comparé au conte quant à la syntaxe de ses actions : il est structure selon un dallage immuable de "fonctions", au sens de v. Propp, et d'oppositions simples. Il est également, comme son nom l'indique, un roman, c'est-à-dire la forme littéraire d'un univers complexe, ressortissant aussi bien aux rapports sociaux, à l'intrication des itinéraires biographiques et aux enchevêtrements de l'énigme-intrigue. Au niveau narratif (fonctions, actants, modalités), la structure du texte policier rend aussi possible la comparaison avec le texte de la philosophie classique du droit (Hegel, Kant). Issu de la prédominance de la valeur d'échange, le rapport juridique (échange contractuel) qui sous-tend celui-ci, pose notamment ce qu'il est convenu de dénommer "crime" comme acception au premier chef juridique, soit d'abord comme violation du droit; et le sujet de l'action comme n'ayant que deux parcours possibles, celui qui conduit au crime, et celui de la légalité ou de la conformité a l'état de droit. . . De la sorte, le système de signification articule par le "texte juridique", ainsi que la forme narrative correspondante, éclairent-ils la forme spécifique du roman policier. C'est à partir de cette intertextualité que l'on peut comprendre le sens du genre comme une forme dégradée du roman. Réduisant l’énigme socio-biographique qui anime celui-ci a une énigme factuelle et à sa résolution univoque, il réduit de même l'ambivalence du monde de référence à la certitude d'oppositions diamétrales inter définies. Ce faisant le roman policier enferme l'écriture dans la reconduction d'une structure, et redouble sur le plan de la fiction littéraire la pétrification des relations socio-humaines relatives au fétichisme de la valeurThe detective novel, an essentially modern narration, can be compared to e folktale. It is build up of a certain number of fixed structural elements or "fonctions" in the sens of v. Propp, and of simple oppositions. It is also, as the name indicates, a novel, that is the litterary form which refers to a complex universe dealing with social relations, the complexities of biography and the interweaving of intrigue. At the narrative level (fonction, actant, modality), the structure of the detective novel may also be compared with that of classical philosophy of law (Hegel, Kant). The judical relationship of contractuel exchange, which arises from the predominance of exchange value, lesds to the concept of "crime" as primordial, first of all as violation of the law; in which case the subject of the action dispose of only two possible itineraries, one which leads to crime, and the other which remains with the state. Thus, the system of signification articulated by the "juridical text", as well as the correspoding narrative structure, throws light on the specific form of the detective novel. The intertextual analysis allows us to understand the genre as a degraded form of the novel. Reducing the socio-biographical enigma to a factuel enigma with an unambiguous resolution, reduces the ambivalence of the wold to the certainty of interdefined diametrical opposites. In this way the detective novel encloses the writen's task withim the reproduction of a defined structure : an repeats on the level of fictional litterary creation the petrification of sociohuman relations, a consequence of the fetichism of value
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Vignoud, Lucile. "Étude du rôle des motifs NPXY dans la fonction de l'intégrine alpha 5/beta 1." Grenoble 1, 1996. http://www.theses.fr/1996GRE10274.
Full textAbstract:
Le travail presente concerne l'etude du role joue par les deux motifs peptidiques npxy localises dans le domaine cytoplasmique de la sous-unite beta 1 des integrines. Par analogie avec le recepteur des ldl, ces deux motifs etaient assimiles au signal d'internalisation npxy permettant une association au complexe d'adaptines ha-2 et une internalisation dependante des puits a clathrine. En generant des lignees stables exprimant des integrines a sous-unite beta 1 mutees, nous avons montre que contrairement a d'autres recepteurs, les motifs npxy n'intervenaient pas dans l'internalisation de l'integrine alpha 5/beta 1. En revanche, nous avons observe que chacun des motifs npxy etait indispensable a l'assemblage des adherences focales. L'affinite pour le ligand extracellulaire n'etant pas affectee par les mutations realisees, nos resultats attribuent aux deux motifs npxy un role en tant que sites d'interaction, ou permettant la formation de sites d'interaction, avec une ou plusieurs proteines cytoplasmiques necessaires a l'assemblage des adherences focales. L'analyse de la fixation in vitro de la taline sur les chaines beta 1 mutees au niveau des sequences npxy, indique que cette proteine, pourtant necessaire a l'etablissement des adherences focales, n'est pas la proteine cible qui interagit avec les motifs npxy des integrines pour permettre leur recrutement au sein de ces adherences. La taline n'est pas suffisante a elle seule pour permettre l'assemblage des adherences focales. L'identite des proteines interagissant avec la sous-unite beta 1 de maniere dependante des motifs npxy, reste a determiner. L'immunoprecipitation des integrines a sous-unite beta 1 humaine dans des conditions menagees, a mis en evidence leur association avec diverses proteines cellulaires, controlee par le premier motif npxy (tyr 783). Ces proteines, non identifiees, pourraient jouer un role essentiel dans l'organisation des adherences focales, dependante du premier motif npxy de la sous-unite beta 1 des integrines, et/ou dans la signalisation cellulaire
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Makhalova, Tatiana. "Contributions à la fouille d'ensembles de motifs : des données complexes à des ensembles de motifs signifiants et réutilisables." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2021. http://www.theses.fr/2021LORR0124.
Full textAbstract:
Nous étudions différents aspects de l’exploration ou fouille de motifs dans des jeux de données tabulaires binaires et numériques. L’objectif de l’exploration de motifs est de découvrir un petit ensemble de motifs non redondants qui peuvent recouvrir presque entièrement un ensemble de données et être interprétés comme des unités de connaissances significatives et utiles. Nous nous concentrons sur les questions clés telles que la définition formelle de l’intérêt des motifs, la minimisation de l’explosion combinatoire des motifs, la définition de mesures pour évaluer les performances des méthodes d’exploration de motifs, et le rapprochement entre l’intérêt et la qualité des ensembles de motifs. Nous proposons une structure dite “de niveaux de fermetures” et l’algorithme GDPM qui la calcule. Cette structure nous permet d’estimer à la fois la complexité des données et celle des motifs. En pratique, cette structure peut être utilisée pour représenter la topologie des données par rapport à une mesure d’intérêt. Du point de vue conceptuel, cette structure autorise un analyste à comprendre la configuration intrinsèque des données avant de sélectionner une mesure d’intérêt plutôt que de comprendre les données au moyen d’une mesure d’intérêt choisie arbitrairement. Nous discutons également de la différence entre l’intérêt et la qualité des ensembles de motifs. Nous proposons d’adopter les bonnes pratiques de l’apprentissage supervisé et de les adapter à la fouille de motifs. Ainsi, nous avons développé un algorithme d’exploration d’ensembles de motifs appelé KeepItSimple, qui met en relation l’intérêt et la qualité des ensembles de motifs et qui permet de retrouver de façon efficace un ensemble de motifs intéressants sans craindre d’explosion combinatoire. De plus, nous proposons un algorithme glouton d’énumération de motifs susceptibles d’intérêt qui remplace les méthodes classiques d’énumération de motifs fermés fréquents lorsque les motifs sont trop nombreux. Enfin une dernière contribution porte sur le développement d’un algorithme qui s’appuie sur le principe MDL appelé Mint qui a pour objectif d’extraire des ensembles de motifs dans les données numériques. Il repose sur des bases théoriques solides tout en ayant l’objectif pratique de retourner un ensemble concis de motifs numériques qui sont non redondants et informatifs. Les expérimentations montrent que Mint surpasse généralement ses concurrents en efficacité et qualité des motifs retournésIn this thesis, we study different aspects of pattern mining in binary and numerical tabular datasets. The objective of pattern mining is to discover a small set of non-redundant patterns that may cover entirely a given dataset and be interpreted as useful and significant knowledge units. We focus on some key issues such as (i) formal definition of pattern interestingness, (ii) the minimization of pattern explosion, (iii) measure for evaluating the performance of pattern mining, and (iv) the discrepancy between interestingness and quality of the discovered pattern sets. Moreover, we go beyond the typical perspectives of pattern mining and investigate the intrinsic structure underlying a tabular dataset. The main contributions of this research work are theoretical, conceptual, and practical. Regarding the theoretical novelty, we propose a so-called closure structure and the GDPM algorithm for its computing. The closure structure allows us to estimate both the data and pattern complexity. Furthermore, practically the closure structure may be used to represent the data topology w.r.t. an interestingness measure. Conceptually, the closure structure allows an analyst to understand the intrinsic data configuration before selecting any interestingness measure rather than to understand the data by means of an arbitrarily selected interestingness measure. In this research work, we also discuss the difference between interestingness and quality of pattern sets. We propose to adopt the best practices of supervised learning in pattern mining. Based on that, we developed an algorithm for itemset mining, called KeepItSimple, which relates interestingness and the quality of pattern sets. In practice, KeepItSimple allows us to efficiently mine a set of interesting and good-quality patterns without any pattern explosion. In addition, we propose an algorithm for a greedy enumeration of likely-occurring itemsets that can be used when frequent closed itemset miners return too many itemsets. The last practical contribution consists in developing an MDL-based algorithm called Mint for mining pattern sets in numerical data. The Mint algorithm relies on a strong theoretical foundation and at the same time has a practical objective in returning a small set of numerical, non-redundant, and informative patterns. The experiments show that Mint has very good behavior in practice and usually outperforms its competitors
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Magne, François. "La structure du travailleur et ses modifications : ernst junger, 1914-1949." Toulouse 2, 1987. http://www.theses.fr/1987TOU20089.
Full textAbstract:
La these suit le devenir des figures du heros et du travailleur dans l'oeuvre d'ernst junger. L'apparent statisme de ces figures cache des refections profondes. "der arbeiter" traite de la question de la technique et de la representation de la technique sous le signe de la puissance. L'essai de 1932 reprend les schemas nationalistes des annees 1920-1925, et imagine un passage au-dela de la mobilisation massive suscitee par la technicisation. Ce passage est mis au service d'une utopie active. La figure du travailleur est reconsideree par junger a partir de 1934, et l'oeuvre discerne une antithese a la mobilisation technicienneThe thesis follows the development of the hero and the worker's figures in ernst junger's work. The apparent statism hides deep reconstructions. The "arbeiter" is about "technic" and representation of "technic" under the sign of power (macht). The 1932 essay repeats the nationalist views of the 1920-1925 years, and imagines a passage beyond the massive mobilisation. This passage serves an active utopia. The arbeiter's figure is reconstructed by junger from 1934, and the work distinguishes an antithesis to the technical mobilisation
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Reinharz, Vladimir. "Towards 3D structure prediction of large RNA molecules: an integer programming framework to insert local 3D motifs in secondary structure." Thesis, McGill University, 2013. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=114361.
Full textAbstract:
The prediction of RNA three-dimensional structures from its sequence only is a milestone to RNA function analysis and prediction. In recent years, many methods addressed this challenge, ranging from cycle decomposition and fragment assembly to molecular dynamics simulations. However, their predictions remain fragile and limited to small RNAs. In this work, we introduce RNA-MoIP, a new framework incorporating the novel local motif information available in databases for the prediction of RNA structures. We show that our approach (i) improves the accuracy of canonical base pair predictions, (ii) identifies the best secondary structures in a pool of sub-optimal structures, and (iii) predicts accurate 3D structures of large RNA molecules.Un objectif principal de l'analyse fonctionnelle et prédictive de l'ARN est d'obtenir sa structure tridimensionnel à partir de sa séquence. Pour résoudre ce problème, plusieurs méthodes ont été développées durant les dernières années, telles la décomposition cyclique, l'assemblage de fragments et la simulation de dynamiques moléculaire. Cependant, leurs capacacités prédictives restent limitées. Nous avons mis au point un nouvel outil, RNA-MoIP, permettant d'incorporer l'information des motifs locaux nouvellement accessibles dans des bases de données pour la prédiction de structures d'ARN. Nous montrons que notre approche (i) améliore la prédiction des paire de bases canoniques (ii) identifie la meilleure structure secondaire dans un ensemble de sous-optimaux et (iii) prédit des structures 3D précises pour de large molécules d'ARN.
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CHETOUANI, FARID. "Developpement d'un logiciel d'edition/analyse de la structure secondaire des arns - recherche informatique de motifs arns structures et d'enzymes de modifications de nucleotides." Toulouse 3, 1999. http://www.theses.fr/1999TOU30011.
Full textAbstract:
La biogenese des ribosomes se deroule dans un compartiment nucleaire dedie, le nucleole, ou l'arn preribosomique subit de nombreux decoupages et modifications de nucleotides impliquant l'intervention d'un grand nombre de petits arns (snoarns). Les sites des modifications de nucleotides les plus frequentes dans l'arnr (methylations en 2-o du ribose et pseudouridylations) sont specifies par l'appariement au pre-arnr de deux familles distinctes de snoarns, qui forment une structure en duplex reconnue par une enzyme specifique de chaque type de modification. Pour assister le biologiste dans l'analyse des relations structure/fonction des arns, nous avons d'abord developpe essa. C'est un logiciel de visualisation, d'edition, et d'analyse de structure secondaire adapte a des arns de structure aussi complexe que les arnr. Essa est un outil graphique et interactif, utilisable quelle que soit la famille d'arn etudie, qui pourra servir ulterieurement de base a de nouveaux developpements dans le domaine de l'analyse du repliement tridimensionnel des arnr et de leurs precurseurs. Dans la perspective de rechercher dans le genome complet de la levure s. Cerevisiae de nouveaux snoarns a boites h/aca, les guides de pseudouridylation du pre-arnr, nous avons ensuite adapte un logiciel de recherche de motifs arns structures, palingol, en y incorporant des fonctions de detection de motifs en sequence. Nous avons pu detecter de nombreuses sequences positives parmi lesquelles pourront etre experimentalement recherches de nouveaux snoarns h/aca, et aussi obtenir de nouvelles informations sur les cibles probables de plusieurs snoarns deja connus. Enfin, nous avons recherche dans le genome complet de s. Cerevisiae les enzymes susceptibles de catalyser la methylation ribose et la pseudouridylation de l'arn, par analyse de sequences proteiques. Outre la detection de trois pseudouridine synthases putatives, ce travail a conduit a l'identification et la caracterisation experimentale de la premiere 2-o-ribose methylase eucaryotique, qui est specifique d'une position unique dans les arnt.
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Onoda, Fuko. "Circular motifs and structure in Euphrase Kezilahabi’s Nagona and Mzingile and an ongoing Buddhistic study." Universitätsbibliothek Leipzig, 2017. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:15-qucosa-220441.
Full textAbstract:
Nagona na Mzingile, riwaya za mwandishi wa Kiswahili Euphrase Kezilahabi, zinasemekana kuwa na mtindo wa kipekee wa usimuliaji, na simulizi changamano ambalo si rahisi kueleweka. Makala haya yamezichukulia riwaya hizo mbili kama hadithi moja, na kuchunguza muundo wa fumbo unaosababisha upekee wa riwaya hizo. Muundo huo utafunuliwa kuwa ni duara inayorudia uhai na ufu. Nitajaribu kuelewa muundo huo wa duara kutumia fikra ya mwanafalsafa wa dini, Mircea Eliade, na dini ya UbudhaNagona and Mzingile, written by a Swahili author Euphrase Kezilahabi, have been considered to have the unique narrative style and complex storyline, which make the novels difficult to understand. This article regards these two novels as a single inner-connected story to reveal a hidden structure, which makes the novels unique. This structure turns out to be a cycle which regularly repeats birth and death. I will try to analyse this circular structure by using thoughts of a theologian Mircea Eliade and Buddhism
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KHARRAT, ABDELHAKIM. "La nucleoline : proteine modele dans l'etude de motifs peptidiques de fixation aux acides nucleiques." Toulouse 3, 1993. http://www.theses.fr/1993TOU30248.
Full textAbstract:
La nucleoline, de par sa structure composee d'elements varies - motifs acides, motifs basiques, domaines de fixation a l'arn, domaine riche en residus glycine et arginine - constitue l'exemple type d'une proteine modulaire a plusieurs fonctions. En utilisant un peptide-modele representatif du motif basique repete de la partie amino-terminale de la nucleoline, nous avons pu montrer que l'hypercondensation mitotique de l'adn est assuree par l'action synergique de l'histone h1 et de la nucleoline, amplifiee par leur phosphorylation concertee par la proteine kinase p34#c#d#c#2. Par des etudes biochimiques et spectroscopiques d'interaction in vitro, nous avons etabli que la partie centrale de la nucleoline (domaines rrm) est porteuse de la specificite de reconnaissance de la nucleoline vis-a-vis de la region 5-ets (pour 5 external transcribed spacer) du gene ribosomique. Ces domaines rrm presentent une forte proportion de structures en helice et brin qui constitueraient une surface de contact avec l'arn comparable a celle demontree dans le cas de la proteine u1a (). En outre, il apparait que le domaine c-terminal, de par sa capacite a desempiler les plateaux de bases, de structure des regions de l'arn, permettant aux domaines rrm d'acceder a leurs sites de fixation specifique. D'autre part, le peptide correspondant au motif conserve rnp-1 des domaines rrms se fixe exclusivement sur les arns simple-brin, l'interaction mettant en uvre a la fois des residus hydrophobes et hydrophiles. Au vu de nos resultats, il s'avere que chaque type d'interaction entre un domaine ou microdomaine peptidique et une structure nucleotidique particuliere, mis en evidence chez la nucleoline, peut, dans une certaine mesure, servir de systeme-modele
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Troude, Bernard Charles Marie. "Les déchets dans l'art contemporain : structure des matériaux : structure d'une société d'artistes contemporains." Paris 1, 2008. http://www.theses.fr/2008PA010622.
Full textAbstract:
Cette recherche est en quatre thèmes : les matériaux, organiques ou non, les artistes et leurs comportements, les langages artistiques avec les évènements et strucutures de sociétés au quotidien, enfin la matérialité et les particularismes. Nous étudions dans ces prospections comment les maîtres d'oeuvres ont été conduits à utliser les déchets et le rassemblement des altérations de notre consommation : ce pouvoir de représentation d'une sociologie évidente. Parler des intentions qualifie sûrement à se définir sur les intuitions. Les instincts émergent des travaux à cataloguer, à classifier. Sur ceux-ci nous devrons porter un jugement. Ces images, symboles du passé, du présent et symboles de découvertes des avenirs sont révélatrices de toutes nos contingences. Les réalités sont difficiles à décrypter de leur représentations. Le déchet, au travers de ses symptômes visuels plastiques, artistiques, sera désigné comme la notion et l'aphorisme incontestable de l'achèvement.
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Essandoh, Ernest. "Structural studies of organic crystals of pharmaceutical relevance : correlation of crystal structure analysis with recognised non-bonded structural motifs in the organic solid state." Thesis, University of Bradford, 2009. http://hdl.handle.net/10454/4444.
Full textAbstract:
Pharmaceutical solids tend to exist in different physical forms termed as polymorphs. Issues about pharmaceutical systems are mainly concerned with the active ingredient's physico-chemical stability and bioavailability. The main aim of this study is to investigate the non-bonded interactions in pharmaceutical solids that govern the physical pharmaceutics performance of such materials and through the use of structural techniques and correlation of these results with crystal structural database to establish the presence of physical motifs in selected systems. Structural motifs were identified by the use of single crystal and crystal packing analysis on diverse range of pharma-relevant materials including chalcones, cryptolepines, biguanides and xanthines. These selected systems were validated using functional group and molecular analysis and correlating them to the Cambridge Structural Database. Crystallization studies are done on these selected systems as well as exploiting those using synthetic analogues. A total of 51 crystal structures were investigated including 16 new structure determinations. Addition synthesis of new xanthines to investigate novel intermolecular patterns was also undertaken. The understanding and exploitation of intermolecular interactions involving hydrogen bonds and coordination complexation during packing can be used in the design and synthesis of solid state molecular structures with desired physical and chemical properties.
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Wang, Zhonghua Laity John H. "Characterization of novel structure-regulatory relationships within interacting two-finger Cys₂His₂ zinc finger protein motifs." Diss., UMK access, 2008.
Find full textAbstract:
Thesis (Ph. D.)--School of Biological Sciences. University of Missouri--Kansas City, 2008."A dissertation in cell biology and biophysics and molecular biology and biochemistry." Advisor: John H. Laity. Typescript. Vita. Title from "catalog record" of the print edition Description based on contents viewed Sept.12, 2008. Includes bibliographical references (leaves 148-166). Online version of the print edition.
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Crowley, Louis J. "Structure-Function Studies of Conserved Sequence Motifs of Cytochrome b5 Reductase:." Scholar Commons, 2007. https://scholarcommons.usf.edu/etd/682.
Full textAbstract:
NADH:Cytochrome b5 Reductase (cb5r) catalyzes the two electron reduction of the iron center of the heme cofactor found within cytochrome b5 (cb5) utilizing reducing equivalents of the nicotinamide adenine dinucleotide (NADH) coenzyme. Cb5r is characterized by two domains necessary for proper enzyme function: a flavin-binding domain and a pyridine nucleotide-binding domain. Within these domains are highly conserved "motifs" necessary for the proper binding and orientation of both the NADH coenzyme and the FAD cofactor.
To address the importance of these conserved motifs site-directed mutagenesis was utilized to generate a series of variants upon residues found within the motifs to allow for the full characterizations. Second, naturally occurring recessive congenital methemoglobinemia (RCM) mutants that are found within or in close proximity to these highly conserved motifs were analyzed utilizing site-directed mutagenesis.
The flavin-binding motif "91RxYSTxxSN97" was characterized by the generation of variants T94H, T94G, T94P, P95I, V96S, and S97N. In addition to this, the naturally occurring double mutant P92H/E255- was fully characterized to establish a role of the P92 residue giving rise to RCM.
The role of the "124GRxxST127" was determined by the introduction of a positive charge, charge reversal, and conserved amino acid mutations through site-directed mutagenesis of the G124, K125, and M126 residues. Based on the data presented here, each of the residues of the GRxxST motif are directly involved in maintaining the proper binding and orientation of the cb5r flavin prosthetic group.
Analysis of the NADH-binding motif "273CGxxx-M278" was accomplished through the characterization of the type II RCM variant M272- and the type I RCM variant P275L. This demonstrates that the deletion of the M272 residue causes a frame shift leading to the inability of the NADH substrate to bind. The introduction of the P275L variant showed that substrate affinity was diminished, yet turnover was comparable to wild-type cytochrome b5 reductase, indicating that although P275 is required for proper substrate binding it is not essential for overall catalytic function.
Finally, analysis of the naturally occurring double mutant G75S/V252M provided the first insight into a methemoglobinemia variant that possessed mutations in both the FAD-binding and NADH-binding domains.
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Baker, Nicholas Jackson. "A quantitative exploration of the meso-scale structure of ecological networks." Thesis, University of Canterbury. Biological Sciences, 2015. http://hdl.handle.net/10092/10667.
Full textAbstract:
Analysing ecological communities as complex networks of interactions has become an important tool for ecologists. Understanding how these networks change through time, over landscapes, or in response to disturbances is a primary goal of community ecology. The number of interactions and the way in which those interactions organise themselves as individuals, small groups, and the whole community can play an important role in predicting how ecological communities will respond to disturbances. In this thesis, we investigated variation in network structure at several scales both empirically and in a theoretical context.
Our first hypothesis was that the structural role of species in a variable system would show little variation, despite high levels of species turnover and a fragmented landscape. In a collaboration with Riikkaa Kaartinen and Tomas Roslin, we studied the distribution of species’ roles at three scales in host-parasitoid networks collected from a fragmented forest in Finland. We found that species’ roles were remarkably consistent through time and in the presence of species turnover. These results suggest that species’ roles may be an intrinsic property of species and may be predictable over spatial and temporal scales. Our second study investigated the structural variation of simulated ecological networks and the relationship between structural variation and whole-network measures of network organization, such as connectance, nestedness, and modularity. We quantified structural variation of networks at three scales, macro-scale, motif-scale, and participation scale. These scales represent whole-network measures (macro-scale), sub-network measures (motifs – small groups of interacting species), and individual measures (motif participation). We compared the variation in these structures to connectance, nestedness, and modularity. We found that at fixed levels of connectance, nestedness, and modularity, the motif profiles of networks and the distribution of species across those profiles showed remarkable dissimilarity. This result suggests that networks displaying similar macro-scale structural measures can be composed of vastly different motif- and participation-scale structures.
Together, the work that makes up this thesis suggests that we should give more attention to the meso-scale structures of ecological networks. As the more detailed perspective of motifs can capture additional detail about the structure of empirical networks, and as a result, provide a clearer picture of ecological communities. In addition, we found that the particular species themselves can have a significant impact on the meso-scale structure and, in some cases, may impose strict limitations on what interactions can occur within a community. This has important implications for our understanding of how ecological networks are built and maintained, and thereby for our understanding of the stability and resilience of ecological communities.
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Zhong, Xuehua. "Tertiary structural and functional analyses of RNA motifs that mediate viroid replication and systemic trafficking." Columbus, Ohio : Ohio State University, 2007. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc%5Fnum=osu1194540856.
Full text
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Djelloul, Mahassine. "Algorithmes de graphes pour la recherche de motifs récurrents dans les structures tertiaires d'ARN." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00785953.
Full textAbstract:
Le repliement d'une molécule d'ARN non-codant est initié et stabilisé par ce qu'on appelle les motifs tertiaires. Ces motifs sont présents de manière récurrente dans les ARN de différents organismes vivants; ce qui suggère que leur rôle biologique a été conservé à travers l'évolution. Un recensement exhaustif et détaillé de ces motifs récurrents, incluant nombre d'occurrences et variantes, est donc une étape essentielle pour une meilleure compréhension du phénomène de repliement. Ce recensement peut être obtenu de manière efficace grâce à des méthodes automatiques d'extraction. Un inconvénient majeur des méthodes existantes est que la récurrence d'un motif est démontrée lorsque les occurrences trouvées sont strictement identiques. Dans la réalité, ces occurrences ne sont pas toujours identiques mais similaires en ce sens qu'elles possèdent une sous-structure commune ayant des propriétés biologiques spécifiques. Dans notre approche, une structure tertiaire d'ARN est modélisée par un graphe général étiqueté sur les sommets et les arêtes. Les sommets représentent les nucléotides étiquetés par leur base et leur numéro dans la séquence. Les arêtes représentent les interactions entre les bases étiquetées par leur type d'interaction. Les occurrences d'un motif récurrent deviennent, selon ce modèle, des sous-graphes similaires dont la structure commune est a priori inconnue. Ce type de recherche fait appel au problème du sous-graphe commun maximum bien connu en complexité algorithmique pour être NP-difficile et inapproximable. Ce travail propose (1) une nouvelle mesure de similarité de graphe permettant d'identifier des occurrences similaires d'un motif tertiaire potentiel. Cette mesure est obtenue par un algorithme de calcul d'un sous-graphe commun maximum ayant des propriétés structurales spécifiques, (2) une nouvelle méthode automatique d'extraction et de classification de (familles de) motifs d'ARN récurrents utilisant la nouvelle mesure de similarité. Il existe deux types de motifs tertiaires récurrents : les motifs locaux incrustés dans des éléments de structure secondaire et les motifs d'interaction faisant intervenir deux ou plusieurs éléments de structure secondaire. La méthode d'extraction et classification proposée a été appliquée à un échantillon représentatif de structures d'ARN. Les résultats obtenus ont été expertisés par des biochimistes de l'Institut de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IBMC) de Strasbourg.
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Mohammed, Sadia. "NMR studies of the structure, dynamics and interactions of the conserved RNA motifs of the EMCV picornavirus." Thesis, University of Manchester, 2012. https://www.research.manchester.ac.uk/portal/en/theses/nmr-studies-of-the-structure-dynamics-and-interactions-of-the-conserved-rna-motifs-of-the-emcv-picornavirus(2cc0fa5b-f80d-48f2-a918-44b7bf5a2429).html.
Full textAbstract:
The conserved secondary structural RNA motifs of EncephaloMyoCarditis Virus (EMCV) have been well characterised biochemically and shown to play an important role in translation initiation by a novel cap-independent mechanism called Internal Ribosomal Entry Site (IRES). However, the three dimensional structure and interactions of these conserved motifs are not known, and hence the mechanism is not fully understood. The NMR results described in this thesis have provided, for the first time, new structural knowledge on the conformation of these motifs, their affinity for Mg2+ and their intermolecular interactions. RNA motifs selected from two separate domains (I and J) of the IRES structure were investigated using a range of 2D and 3D NMR techniques. The apical ‘hammerhead’ region of the I domain contains a highly conserved 16mer RNA which hosts a stable and mutationally sensitive G547CGA550 tetraloop. Sequence specific assignments were carried out on this motif, along with its Mg2+ complex, and a large number of NMR experimental constraints were generated for the RNA structure determination. Similarly, high resolution NMR structures of a distal 17mer RNA, which has been predicted to be a potential receptor for the GCGA tetraloop, and its Mg2+ complex were also produced. Thus, we were able to demonstrate that Mg2+ stabilises the RNA tertiary structure via non-specific interactions. Since the largest changes were induced at the tetraloop motif, we propose that Mg2+ stabilises the 16mer into an optimum conformation which is essential for IRES function. The determination of the structures of the above motifs led us to investigate the 16mer-17mer binary (1:1) complex at 1 GHz, in the presence of Mg2+. Significant changes were observed in the 1H and 31P chemical shift, NOE intensity and line width, clearly demonstrating RNA-RNA interactions taking place between the two components. The most interesting result to emerge was the distinct absence of NOEs from G547{NH} of the stable tetraloop, thus highlighting an important structural role for this functionally critical residue. Since no previous work has shown a clear interaction between the two RNAs, the results obtained in this project provide the first direct experimental evidence for intramolecular interactions in the I domain of EMCV IRES.Finally, we show how isotopically labelled RNAs can be successfully used as an aid in NMR assignment, analysis and structure determination. The J domain of EMCV IRES binds to eIF4GII protein and is essential for translation initiation. A suite of 3D NMR techniques were carried out on a highly enriched and uniformly 13C, 15N-labelled 39mer RNA. Several key features of the RNA, which may be involved in protein recognition, were identified. Further, a selectively 19F-labelled 16mer RNA from the I domain, was also studied to show how fluorine NMR can be used to probe RNA structure, dynamics and interactions. The RNA motifs of the EMCV IRES were shown to exhibit high stabilities, which are brought about by the complex folding of the various secondary structural elements involving RNA- Mg2+, RNA-RNA and RNA-protein tertiary interactions. It is these vital interactions that enable the IRES to recruit the ribosome in the translation initiation step of protein synthesis, and have laid a strong foundation for further NMR investigation of the whole IRES.
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Ottosson, Niklas. "Aqueous Solutions as seen through an Electron Spectrometer : Surface Structure, Hydration Motifs and Ultrafast Charge Delocalization Dynamics." Doctoral thesis, Uppsala universitet, Yt- och gränsskiktsvetenskap, 2011. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-151435.
Full textAbstract:
In spite of their high abundance and importance, aqueous systems are enigmatic on the microscopic scale. In order to obtain information about their geometrical and electronic structure, simple aqueous solutions have been studied experimentally by photo- and Auger electron spectroscopy using the novel liquid micro-jet technique in conjunction with synchrotron radiation. The thesis is thematically divided into three parts. In the first part we utilize the surface sensitivity of photoelectron spectroscopy to probe the distributions of solutes near the water surface. In agreement with recent theoretical predictions we find that large polarizable anions, such as I- and ClO4-, display enhanced surface propensities compared to smaller rigid ions. Surface effects arising from ion-ion interactions at higher electrolyte concentrations and as function of pH are investigated. Studies of linear mono-carboxylic acids and benzoic acid show that the neutral molecular forms of such weak acids are better stabilized at the water surface than their respective conjugate base forms. The second part examines what type of information core-electron spectra can yield about the chemical state and hydration structure of small organic molecules in water. We demonstrate that the method is sensitive to the protonation state of titratable functional groups and that core-level lineshapes are dependent on local water hydration configurations. Using a combination of photoelectron and X-ray absorption spectroscopy we also show that the electronic re-arrangement upon hydrolysis of aldehydes yields characteristic fingerprints in core-level spectra. In the last part of this thesis we study ultrafast charge delocalization dynamics in aqueous solutions using resonant and off-resonant Auger spectroscopy. Intermolecular Coulombic decay (ICD) is found to occur in a number of core-excited solutions where excess energy is transferred between the solvent and the solute. The rate of ultrafast electron delocalization between hydrogen bonded water molecules upon oxygen 1s resonant core-excitation is found to decrease upon solvation of inorganic ions. The presented work is illustrative of how core-level photoelectron spectroscopy can be valuable in the study of fundamental phenomena in aqueous solutions.
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Signoret, Christian. "Réseaux polyuréthannes classiques et contenant des motifs furanniques pour le confinement de déchets radioactifs : relations structure-propriétés." Grenoble INPG, 1989. http://www.theses.fr/1989INPG0088.
Full textAbstract:
Etude des proprietes mecaniques, de la stabilite thermique de la diffusion de l'eau et de sels radioactifs dans des polyurethannes. Les polyetherurethannes souples ont un comportement moyen a la temperature et a la diffusion. Les polyesterurethannes ont un meilleur comportement mais sont hydrolyses rapidement les polyetherurethannes rigides (tv=20 a 40#oc) sont le meilleur compromis; amelioration de la tenue en temperature vers 350-500#oc par addition de derives furanniques
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Rasul, Usman Anawar. "NMR studies of the structure, kinetics and interactions of the conserved RNA motifs in the FMDV IRES." Thesis, University of Manchester, 2012. https://www.research.manchester.ac.uk/portal/en/theses/nmr-studies-of-the-structure-kinetics-and-interactions-of-the-conserved-rna-motifs-in-the-fmdv-ires(be21f327-53e1-48aa-bf9c-c4bd2d028417).html.
Full textAbstract:
The structure, kinetics, and interactions of the conserved 16mer and 15mer RNA motifs of the internal ribosome entry site (IRES) of the Foot-and-Mouth Disease virus (FMDV), have been investigated by homonuclear and heteronuclear NMR techniques. The 16mer RNA is endowed with a classic GNRA tetraloop motif, which is essential for IRES activity and the 15mer RNA motif is a potential tetraloop receptor. We have determined three high resolution NMR solution structures of the 16mer apo-RNA, the 16mer Mg2+ RNA complex and the 15mer apo-RNA with RMSDs of 0.17Å, 0.16Å and 0.35Å, respectively. The high precision of these NMR structures was achieved by including a large number of NMR experimental restraints, derived from NOEs and coupling constants, and validating them using the MolProbity program. The 16mer RNA structure comprised of six base pairs with a GUAA tetraloop and the 15mer RNA structure comprised of four base pairs and a large heptaloop; this is the first heptaloop to be studied by NMR.Addition of Mg2+ to the 16mer apo-RNA caused selective chemical shift changes to the stem G177 and loop G178 imino proton resonances, suggesting Mg2+-induced conformational change to the GUAA tetraloop. This was supported by a significant chemical shift change to the selectively 19F-labelled loop U179 in the 5-FU 16mer RNA. Furthermore, variable temperature experiments revealed retarded imino proton exchange for the stem and loop imino protons, demonstrating the enhanced thermodynamic stability conferred by Mg2+. This enhancement in stability was confirmed by measuring the imino proton exchange rates for the 16mer apo-RNA and the 16mer Mg2+ RNA complex. Analysis of the 16mer apo-RNA and its Mg2+ RNA complex NMR solution structures revealed that Mg2+-induced structural changes to the GUAA tetraloop act to stabilise the loop via stronger base stacking and intramolecular interactions. Fascinatingly, we discovered that Mg2+ ions provide increased stability required for the formation of a G.A sheared base pair in the GUAA tetraloop. RNA-RNA interactions between the 16mer and 15mer RNAs and their fluorinated analogues were studied by NMR spectroscopy. Small changes to chemical shift and linewidth of proton peaks in the non-fluorinated RNA-RNA complex provided evidence for a weak interaction between the loop of the 16mer RNA and the stem of the 15mer RNA. 19F-NMR experiments revealed additional peaks for the 19F-labelled U179 of the fluorinated 16mer/15mer RNA complex providing further good evidence of RNA-RNA interaction. The NMR structures of the conserved RNA motifs and their interactions have yielded important information in understanding the properties and behaviour of RNA. This will provide the first stepping stone in understanding the IRES mechanism and its use in antiviral therapy and biotechnology.
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Paranthoën, Thomas. "Génération aléatoire et structure des automates à états finis." Rouen, 2004. http://www.theses.fr/2004ROUES032.
Full textAbstract:
La génération aléatoire de structures combinatoires en plus de permettre de mieux connaître les comportements des objets que l'on génère, permet de tester les algorithmes basés sur ces structures. Dans le cas des automates déterministes nous donnons les algorithmes de génération qui construisent ces objets sur n'importe quel alphabet. Nous observons que quasiment tous les automates déterministes complets et accessibles sont minimaux. Dans le cas des automates non déterministes nous établissons un protocole de génération probabiliste qui maximise la taille des déterminisés des automates générés. Par ailleurs, nous formalisons la technique de déterminisation partielle. Nous établissons une structure de données, les recouvrements d'automates, qui permet de manipuler et de donner des propriétés des automates non déterministes. Nous en déduisons une technique qui réduit la complexité de l'algorithme de déterminisation exhaustif classiqueRandom generation of combinatoric structures allows one to test algorithms based on this structure, and to investigate the behavior of these structures. In the case of deterministic automata, we give the generation algorithms that allow us to build these objects on any alphabets. We show that almost all complete accessible deterministic automata are minimal. In the case of nondeterministic automata we establish a probabilistic generation protocol that maximise the deterministic automata associated with these nondeterministic automata. Finally we continue the progress in the use of determinization for the pattern-matching problem. We formalize the technique of the partial determinization. We establish a data structure: the deterministic cover. This structure allows one to manipulate and to give properties of non-deterministic automata. We deduce from this structure a technique that reduces the complexity of the classical brute force determinization algorithm
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Sotomayor, Perez Ana Cristina. "Biophysical characterization of the calcium-induced folding of the RTX motifs from the Bordetella pertussis adenylate cyclase toxin." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077185.
Full textAbstract:
Les motifs RTX (Repeat in ToXin) sont des séquences répétées caractéristiques d'une large famille de toxines bactériennes. La liaison du calcium aux motifs RTX induit la formation d'un type particulier de structure, appelée «β-roll ». La toxine adénylcyclase (CyaA) produite par Bordetella pertussis, l'agent de la coqueluche, est une des toxines RTX la mieux caractérisée. CyaA possède une partie C-terminale impliquée dans la liaison au récepteur cellulaire eucaryote (domaine R). R est constitué d'une quarantaine de motifs RTX organisés en cinq régions consécutives, appelées blocs I à V, séparées par des régions flanquantes non-RTX. Il a été précédemment montré que le bloc V avec ses régions flanquantes N- et C- terminales constitue un domaine autonome nécessaire pour la toxicité de CyaA. Lors de ces rencontres doctorales, nous présentons une étude biophysique qui a pour objectif d'identifier et de caractériser la contribution des régions flanquantes au processus de repliement du bloc V. Nos résultats indiquent que les motifs RTX, en absence de calcium, présentent les caractéristiques des protéines intrinsèquement désordonnées. Nous montrons que la région flanquante C-terminale est essentielle au repliement dépendant du calcium du bloc V. Par contre, la région N-terminale n'est pas nécessaire. Enfin, les structures secondaire et tertiaire se forment simultanément lors de la liaison coopérative de plusieurs ions calcium. Ce résultat suggère que le repliement du blocV est un processus à deux états: un état désordonné en absence du calcium tandis que la liaison du calcium aboutit à un état structuré et compact. Ces résultats ont un impact direct pour la sécrétion de la toxineRepeat in ToXin (RTX) motifs are nonapeptide sequences found among numerous virulence factors of Gram-negative bacteria. In the presence of calcium, these RTX motifs are able to fold into an idiosyncratic structure called the parallel β-roll. The adenylate cyclase toxin (CyaA) produced by Bordetella pertussis, the causative agent of whooping cough, is one of the best-characterized RTX cytolysins. CyaA contains a C-terminal receptor domain (RD) that mediates toxin binding to the eukaryotic cell receptor. RD is composed of about 40 RTX motifs organized in 5 successive blocks (called I to V). The RTX blocks are separated by non-RTX flanking regions of variable lengths. It has been shown that the block V with its N- and C-terminal flanking regions, constitutes an autonomous domain required for the toxicity of CyaA. Here, we investigated the calcium-induced biophysical changes of this domain to identify the respective contributions of the flanking regions to the folding process of the RTX motifs. We showed that the RTX polypeptides, in the absence of calcium, exhibited the hallmarks of intrinsically disordered proteins and that the C-terminal flanking region was critical for the calcium-dependent folding of the RTX polypeptides, while the N-terminal flanking region was not involved. Furthermore, the secondary and tertiary structures were acquired concomitantly upon cooperative binding of several calcium ions. This suggests that the RTX polypeptide folding is a two state reaction, from a calcium-free unfolded state to a folded and compact conformation in which the calcium-bound RTX motifs adopt a P-roll structure. These results have direct impact in the toxin secretion
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Devauchelle, Karine. "Approche métrique de la structure interne du vers complexe dans la poésie de Théodore de Banville, 1823-1891." Nantes, 2003. http://www.theses.fr/2003NANT3008.
Full textAbstract:
Après une brève présentation de la méthode métrico- ponctuo-métrique, du corpus banvillien et des bases de données, la première partie exploite les résultats de l'application de l'analyse distributionnelle. La seconde partie est consacrée aux vers atypiques présentant un des critères métrico-métriques sur leur 6ème syllabe. Ces vers sont étudiés par période selon une double perspective à la fois métrique, dans laquelle il s'agit de mettre à jour des régularités systématiques, et littéraire, dans laquelle est abordée la question de l'intérêt stylistique du décalage forme / sens, en particulier au niveau de la césure. La troisième partie consiste en une analyse comparative des vers X6 des recueils avec ceux d'un échantillon représentatif de l'œuvre théâtrale de Banville. Enfin, il est fait un recensement des vers présentant un des critères métrico-métriques sur leur dernière syllabe métrique et une comparaison de la teneur de ces critères avec ceux des X6 (poésie et théâtre)Following a brief presentation describing the chosen method of corpus banvillien and of the resources (database), the first part exploits the results of the application of the distributional analysis. The second part is devoted to the case of the atypical verses which contain one of the métrico-metrique criterion on their 6th syllable. These verses are studied by period according to a double perspective, at times metrical, in which, one needs to update some systematic regularities, and 'literary' in which one broaches the question of the interval between the phrase and the metre. The 3rd section consists of a comparative analysis of the X6 verse, encountered in the collections, with those found in a representative sample of Banville's theatrical work. To close, there is a census of the verses displaying one of the criteria métrico-métriques on their last metrical syllable and a comparison of the content of the criterions with those of the X6 (poetic and theatrical)
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Elias, Florence. "Ferrofluides et mousses liquides : structure, élasticité et dynamique." Habilitation à diriger des recherches, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00921801.
Full textAbstract:
Ce manuscrit est consacré à l'étude de la morphologie et des propriétés physiques de deux fluides complexes : les ferrofluides et les mousses liquides. Dans un premier temps, nous abordons la structuration dans un système formé d'un ferrofluide et l'influence d'un champ magnétique sur le motif adopté. Ensuite, nous étudions les propriétés de mousses liquides magnétiques, en particulier la façon dont elles peuvent être pilotées par un champ magnétique. Puis nous considérons des expériences permettant d'étudier localement la rhéologie de fluides complexes. Enfin, nous étudions la mécanique des mousses liquide à l'échelle de le bulle : vibration d'un film de savon et élasticité d'une jonction entre films de savon.
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Tetley, Romain. "Analyse mixte de protéines basée sur la séquence et la structure - applications à l'annotation fonctionnelle." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018AZUR4111/document.
Full textAbstract:
Dans cette thèse, l'emphase est mise sur la réconciliation de l'analyse de structure et de séquence pour les protéines. L'analyse de séquence brille lorsqu'il s'agit de comparer des protéines présentant une forte identité de séquence (≤ 30\%) mais laisse à désirer pour identifier des homologues lointains. L'analyse de structure est une alternative intéressante. Cependant, les méthodes de résolution de structures sont coûteuses et complexes - lorsque toutefois elles produisent des résultats. Ces observations rendent évident la nécessité de développer des méthodes hybrides, exploitant l'information extraite des structures disponibles pour l'injecter dans des modèles de séquence. Cette thèse produit quatre contributions principales dans ce domaine. Premièrement, nous présentons une nouvelle distance structurale, le RMSDcomb, basée sur des patterns de conservation structurale locale, les motifs structuraux. Deuxièmement, nous avons développé une méthode pour identifier des motifs structuraux entre deux structures exploitant un bootstrap dépendant de filtrations. Notre approche n'est pas un compétiteur direct des aligneurs flexibles mais permet plutôt de produire des analyses multi-échelles de similarités structurales. Troisièmement, nous exploitons les méthodes suscitées pour construire des modèles de Markov cachés hybrides biaisés vers des régions mieux conservées structurellement. Nous utilisons un tel modèle pour caractériser les protéines de fusion virales de classe II, une tâche particulièrement ardue du fait de leur faible identité de séquence et leur conservation structurale moyenne. Ce faisant, nous parvenons à trouver un certain nombre d'homologues distants connues des protéines virales, notamment chez la Drosophile. Enfin, en formalisant un sous-problème rencontré lors de la comparaison de filtrations, nous présentons un nouveau problème théorique - le D-family matching - sur lequel nous démontrons des résultats algorithmiques variés. Nous montrons - d'une façon analogue à la comparaison de régions de deux conformations d'une protéine - comment exploiter ce modèle théorique pour comparer deux clusterings d'un même jeu de donnéesIn this thesis, the focus is set on reconciling the realms of structure and sequence for protein analysis. Sequence analysis tools shine when faced with proteins presenting high sequence identity (≤ 30\%), but are lack - luster when it comes to remote homolog detection. Structural analysis tools present an interesting alternative, but solving structures - when at all possible- is a tedious and expensive process. These observations make the need for hybrid methods - which inject information obtained from available structures in a sequence model - quite clear. This thesis makes four main contributions toward this goal. First we present a novel structural measure, the RMSDcomb, based on local structural conservation patterns - the so called structural motifs. Second, we developed a method to identify structural motifs between two structures using a bootstrap method which relies on filtrations. Our approach is not a direct competitor to flexible aligners but can provide useful to perform a multiscale analysis of structural similarities. Third, we build upon the previous methods to design hybrid Hidden Markov Models which are biased towards regions of increased structural conservation between sets of proteins. We test this tool on the class II fusion viral proteins - particularly challenging because of their low sequence identity and mild structural homology. We find that we are able to recover known remote homologs of the viral proteins in the Drosophila and other organisms. Finally, formalizing a sub - problem encountered when comparing filtrations, we present a new theoretical problem - the D-family matching - on which we present various algorithmic results. We show - in a manner that is analogous to comparing parts of two protein conformations - how it is possible to compare two clusterings of the same data set using such a theoretical model
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Sepulcri, Patricia. "Synthèse, structure et réactivité de nouveaux motifs hétérocycliques issus de réactions ioniques et pericycliques en série benzofuroxane et benzofurazane." Versailles-St Quentin en Yvelines, 1999. http://www.theses.fr/1999VERS0006.
Full textAbstract:
Ce travail s'inscrit dans le cadre d'une étude de la réactivité des molécules hétéroaromatiques que sont les nitrobenzofuroxanes et les nitrobenzofurazanes. Deux propriétés essentielles de ces hétérocycles sont mises en exergue dans ce mémoire. La première est la superélectrophilie de ces molécules. De nombreuses études menées sur le 4,6-dinitrobenzofuroxane ont montré que ce dérivé fait preuve d'un caractère électrophile très marqué en revanche peu de recherches ont été effectuées sur son homologue benzofurazane ou encore sur les dérives cyanes, trifluoromethyles ou trifluoromethanesulfonyles de nitrobenzofuroxanes. Le travail rapporte dans ce mémoire a pour objectif l'étude de la réactivité de ces hétérocycles et la mise en évidence de leur caractère superelectrophile. Cette propriété est vérifiée par la synthèse d'adduits- qui sont presentés comme les précurseurs de nitrobenzofuroxanes résultant d'un couplage carbone-carbone et dont la synthèse reste délicate par les méthodes classiques. Les réactions de substitution nucléophile vicarienne et oxydante ici présentées font l'objet d'une étude mecanistique particulière puisqu'elles apparaissent comme un moyen simple de préparer des substrats résultant d'un couplage carbone-carbone. Outre leur très forte électrophilie, ces hétérocycles possèdent également un caractère aromatique intrinsèquement faible puisqu'ils sont capables d'intervenir comme réactifs dans des condensations de Diels-Alder. Cette étude met en évidence la multiréactivité de ces composés qui selon la nature du diene qui leur est opposé sont capables de se comporter comme hétérodiene, carbodiene ou dienophile dans des réactions de Diels-Alder a demande électronique normale ou inverse
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Tu, Shengjiang. "Identification Of Histone Demthylases In Budding Yeast And DNA Binding Motifs Of Human Demethylase RBP2." The Ohio State University, 2008. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1211487400.
Full text
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Bourja-Barbot, Kenza. "Analyse méthodique d'un texte éclaté de Rachid el Dai͏̈f : de la connotation à la structure." Toulouse 2, 2002. http://www.theses.fr/2002TOU20032.
Full textAbstract:
Cette thèse de 686 + 68 pages (3 index, bibliographie et table des matières) est consacrée à l'analyse thématique du roman arabe de Rachid El Dai͏̈f: Les créatures de l'ombre (Beyrouth 1987). L'introduction présente l'auteur, le récit (un couple citadin et son enfant, et son projet de construction à la montagne), la méthode d'analyse des principaux mots-clés à travers un texte éclaté en 88 séquences apparemment hétérogènes, anachroniques et contradictoires. Les concepts descriptifs (séquences, contexte, dénotation/connotation, isotopie, homotropie) sont définis. L'exposé se divise en six chapitres: Eléments naturels, Animaux, Humains, Maison, Amour et Sexualité, Violence et Société. Les occurences de chaque mot-clé sont citées chronologiquement dans leur contexte narratif, et ses valeurs (dénotatives et connotatives) analysées à la lumière des données extra-textuelles: histoire de l'auteur et cadre historique de la guerre civile (1975-1989). La conclusion de chaque rubrique et de chaque chapitre en résume le contenu et dégage le parcours sémantique correspondant. La méthode fait apparaître que chaque notion évolue (d'isotopie en homotropies) en convergeant vers le cataclysme final qui détruit tout. La synthèse établit que la symbolique du roman est, en fait, homogène jusque dans ses détails, et structurée par référence à la guerre du Liban. La logique narrative déconstruite en surface a fait place, en profondeur, à une multiplicité de logiques internes, à l'image même des destins individuels dans la société libanaise de l'époque. La méthode homotropique s'est révélée adéquate à son objet. En outre, le codage des Index thématique et analytique permet de futures explorations et questionnements croisés du roman et de la thèse avec l'aide de l'ordinateurThis doctoral dissertation is made up of 686 + 68 pages (indexes, bibliography, and summary), and consists in a thematic analysis of the arabic novel by Rashid El Dai͏̈f: Creatures of Shadow (Beirut 1987). The introduction presents the author, the story (a couple and their young child from the City, and their plan to build a new house on the mountain), the method adopted to analyse the main keyworks occuring through a split text divided into 88 sequences; that seems to be heterogeneous, anachronistic, and even contadictory. Descriptive concepts are defined: sequence, context, denotation/connotation, isotopy, homotropy. . . The exposition is divided into six chapters: Natural elements, Animals, Humans, House, Love and Sexuality, Violence and Society. The occurences of each keyword are chronologically mentioned in their narrative context. Their semantic (denotative and connotative) values are analysed in the light of extratextual data:the personal history of the writer, and the historical background of the Civil War (1975-1989). The conclusion of each thematic rubric (and of each chapter) summarizes its content, and brings out the corresponding semanti development. The adopted method makes clear that each notion is evolutive (from isotopy to homotropy), leading towards on the final cataclysm that destroys everything. The synthesis establishes that the symbolic system of the novel is, as a matter of fact, homogeneous in every detail, and also structured in reference to Lebanon War. Narrative logic, that seems to be deconstructed at the surface of the story, has given way in depth to a plurality of internal logics, in the true image of individual destinies in the Lebanese society of those times. Homotropic method has displayed its adequacy to its object of analysis. Moreover, the formal encoding of both thematic and analytic indexes allows further investigations, and a computer-assisted cross-examination of the novel and of the thesis, in the future
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Sweeney, Blake Alexander. "Building Representative Sets Of RNA 3D Structures and Selecting High Quality Loops." Bowling Green State University / OhioLINK, 2016. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=bgsu147947137381441.
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Rossi, Carvalho Mariana [Verfasser], and Matthias [Akademischer Betreuer] Scheffler. "Ab initio study of alanine-based polypeptide secondary-structure motifs in the gas phase / Mariana Rossi Carvalho. Betreuer: Matthias Scheffler." Berlin : Universitätsbibliothek der Technischen Universität Berlin, 2012. http://d-nb.info/1021219908/34.
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Roberts, Tiffiney Marie. "Redundant structural motifs in a unique retroviral posttranscriptional control element mediate a novel mechanism of translational enhancement." Columbus, Ohio : Ohio State University, 2003. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc%5Fnum=osu1066927045.
Full textAbstract:
Thesis (Ph. D.)--Ohio State University, 2003.Title from first page of PDF file. Document formatted into pages; contains xix, 165 p.; also includes graphics (some col.). Includes abstract and vita. Advisor: Kathleen Boris-Lawrie, Dept. of Molecular, Cellular and Developmental Biology. Includes bibliographical references (p. 148-165).
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Boukhetta, Salah Eddine. "Analyse de séquences avec GALACTIC – Approche générique combinant analyse formelle des concepts et fouille de motifs." Electronic Thesis or Diss., La Rochelle, 2022. http://www.theses.fr/2022LAROS035.
Full textAbstract:
Une séquence est une suite d’éléments ordonnés comme par exemple les trajectoires de déplacement ou les séquences d’achats de produits dans un supermarché. La fouille de séquences est un domaine de la fouille de données qui vise à extraire des motifs séquentiels fréquents à partir d’un ensemble de séquences, où ces motifs sont le plus souvent des sous-séquences. Plusieurs algorithmes ont été proposés pour l’extraction des motifs séquentiels fréquents. Avec l’évolution des capacités de calcul, la tâche d’extraction des motifs séquentiels fréquents est devenue plus rapide. La difficulté réside alors dans le trop grand nombre de motifs séquentiels extraits, qui en rend difficile la lisibilité et donc l’interprétation. On parle de déluge de motifs. L’Analyse Formelle de Concepts (AFC) est un domaine d’analyse de données permettant d’identifier des relations à partir d’un ensemble de données binaires. Les structures de motifs étendent l’AFC pour traiter des données complexes comme les séquences. La plateforme GALACTIC implémente l’algorithme Next Priority Concept qui propose une approche d’extraction de motifs pour des données hétérogènes et complexes. Il permet un calcul de motifs génériques à travers des descriptions spécifiques d’objets par des prédicats monadiques. Il propose également de raffiner un ensemble d’objets à travers des stratégies d’explorations spécifiques, ce qui permet de réduire le nombre de motifs. Dans ce travail, nous nous intéressons à l’analyse de données séquentielles en utilisant GALACTIC. Nous proposons plusieurs descriptions et stratégies adaptées aux séquences. Nous proposons également des mesures de qualité non supervisées pour pouvoir comparer entre les motifs obtenus. Une analyse qualitative et quantitative est menée sur des jeux de données réels et synthétiques afin de montrer l’efficacité de notre approcheA sequence is a sequence of ordered elements such as travel trajectories or sequences of product purchases in a supermarket. Sequence mining is a domain of data mining that aims an extracting frequent sequential patterns from a set of sequences, where these patterns are most often common subsequences. Support is a monotonic measure that defines the proportion of data sharing a sequential pattern. Several algorithms have been proposed for frequent sequential pattern extraction. With the evolution of computing capabilities, the task of frequent sequential pattern extraction has become faster. The difficulty then lies in the large number of extracted sequential patterns, which makes it difficult to read and therefore to interpret. We speak about "deluge of patterns". Formal Concept Analysis (FCA) is a field of data analysis for identifying relationships in a set of binary data. Pattern structures extend FCA to handle complex data such as sequences. The GALACTIC platform implements the Next Priority Concept algorithm which proposes a pattern extraction approach for heterogeneous and complex data. It allows a generic pattern computation through specific descriptions of objects by monadic predicates. It also proposes to refine a set of objects through specific exploration strategies, which allows to reduce the number of patterns. In this work, we are interested in the analysis of sequential data using GALACTIC. We propose several descriptions and strategies adapted to sequences. We also propose unsupervised quality measures to be able to compare between the obtained patterns. A qualitative and quantitative analysis is conducted on real and synthetic datasets to show the efficiency of our approach
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Valot, Gaëlle. "Extending the diversity of privileged natural product motifs : Synthesis of a library of resorcylic acid lactones and studies towards the guaianes and pseudoguaianes." Strasbourg, 2011. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2011/VALOT_Gaelle_2011.pdf.
Full textAbstract:
Les macrolides du résorcinol présentant une fonction cis-enone se sont révélés être de puissants et irréversibles inhibiteurs de protéines kinases, des enzymes impliquées dans toutes les transductions de signaux dont le dysfonctionnement est à l’origine de pathologies telles que le cancer, les inflammations ou les maladies neurodégénératives. Attiré par leur activité biologique, notre laboratoire a développé une voie synthétique pour ces composés, basée sur la technologie des tags fluorés. La première partie de ma thèse a consisté à appliquer cette synthèse à l’élaboration d’une chimiothèque de 51 macrocycles. Cette dernière a permis d’identifier deux modifications permettant d’accroître l’activité biologique : l’ajout d’un carbone supplémentaire dans le macrocycle et d’un groupement hydroxyl en position β du diol. La seconde partie de ma thèse a consisté à développer une voie de synthèse générale permettant d’accéder à divers membres d’une autre classe de puissants inhibiteurs irréversibles : les lactones sesquiterpéniques. Ces composés présentent un large spectre de propriétés biologiques comme des propriétés cytotoxiques, anti-tumorales et anti-inflammatoires. Malheureusement la plupart des cibles biologiques et mécanismes associés à ces propriétés n’ont pas encore été identifiés. La voie de synthèse élaborée, basée sur un intermédiaire central bicyclique simple accessible en 13 étapes (avec pour étape clé une métathèse domino d’enyne) et inspirée de la biosynthèse, devrait permettre de développer des « composés outils » pour lever ces interrogations. Cette synthèse a notamment pu être appliquée à la préparation des molécules naturelles geigérine et 6-deoxy-geigérineThe resorcylic acid lactones bearing a cis-enone functionality proved to be potent and irreversible inhibitors of protein kinases, a class of enzymes implicated in every transduction pathways whose dysfunction is at the origin of pathologies ranging from oncology to inflammation and neurodegenerative diseases. Attracted by their important biological activity, our laboratory developed a synthetic pathway to these pharmacophores, based on the fluorous tags technology. The first part of my thesis consisted in applying this synthesis to the elaboration of a library of 51 macrocycles. This library allowed to identify two modifications as increasing the biological activity : the introduction of an extra carbon in the macrocycle and of a hydroxyl group in β position of the diol. The second part of my thesis consisted in developing a general synthetic pathway to access various members of another class of potent irreversible inhibitors : the sesquiterpene lactones. These compounds exibit a wide spectrum of biological activity including cytotoxic, anti-tumor and anti-inflammatory properties. Unfortunately most of the targets and mode of action associated with these properties have not been identified yet. The synthetic pathway developed, based on a simple central bicyclic intermediate achievable in 13 steps (with the key step being a domino enyne metathesis) and inspired by the biogenesis, should allow the development of "tool compounds" to address these questions. This synthesis has been applied in particular to the preparation of the natural products geigerin and 6-deoxy-geigerin
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Wagner, Daniel L. "The dynamic structure of Isaiah 40-66 an analysis of organization based on transitions in the servant and other orienting motifs /." Online full text .pdf document, available to Fuller patrons only, 2004. http://www.tren.com.
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N'gom, Faye M'bare. "La littérature de Horacio Quiroga dans la société du Rio de la Plata : thèmes et structure." Paris 4, 1987. http://www.theses.fr/1987PA040180.
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Une étude des rapports entre littérature et société en Amérique hispanique. Rapports abordés ici à travers la création littéraire de Horacio Quiroga en un moment assez complexe du devenir historique du Rio de la Plata: l'ère alluviale. Cette période se caractérise d'une part, par l'incorporation des pays de cette partie du continent américain dans le système économique mondial (capitaliste), mais tout en restant périphérique à celui-ci, et de l'autre, par l'arrivée massive d'immigrants européens à ces pays. La combinaison de ces deux facteurs va créer une nouvelle réalité socio-économique limitée surtout aux espaces métropolitains. En effet, on a d'une part, une redéfinition de la structure sociale (nouvelles classes sociales, etc. . . ), et de l'autre, l'instauration de nouvelles relations sociales de production. A la lueur du structuralisme génétique de Lucien Goldmann, cette étude essaie de montrer comment la société alluviale avec ses contradictions socio-économiques, politiques et culturelles est thématisée dans les récits de Horacio QuirogaA study of the relations between literature and society in Hispanic America. These relations are studied here through the literary creation of Horacio Quiroga during a complicated period of the history of the river plate: the alluvial era. This period is characterized on the one hand, by the incorporation of the countries of this part of the American continent into the world economic system (capitalist), but being at the same time peripheral to it; and on the other hand, there is a massive arrival of European immigrants to these countries. The combination of both of these factors creates a new socio-economic reality. In fact, there is not only a new definition of the social structure (new social classes, etc. . . ); but also new social production relationship. Based on the genetic structuralism by Lucien Goldmann, this study tries to show how the alluvial society with its socio-economic, political and cultural contradictions is appearing as theme in the literary work of Horacio Quiroga