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Journal articles on the topic 'Structure 3D du génome'

Author: Grafiati

Published: 18 May 2024

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1

VIGNAL, A., C. DIOT, C. MOLETTE, M. MORISSON, T. FARAUT, M. RAO, F. PITEL, V. FILLON, and C. MARIE-ETANCELIN. "Génomique des canards." INRAE Productions Animales 26, no. 5 (December 19, 2013): 391–402. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2013.26.5.3168.

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Abstract:

La démocratisation des outils de la génomique et plus particulièrement du séquençage à haut débit a permis le séquençage du génome du canard commun. Des projets complémentaires sont déjà initiés pour prolonger et exploiter au mieux ces premiers acquis. En tout premier lieu, il s’agit de poursuivre la description de la structure du génome et d’en exploiter les connaissances : cartes d’hybrides irradiés pour ordonner la séquence le long des chromosomes ; génomique comparée avec le génome de la poule pour bénéficier des connaissances sur ce génome modèle ; recherche de SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pour les études et la gestion de populations ; carte génétique pour la détection des QTL (Quantitative Trait Locus). La première détection de QTL influençant les performances du mulard, réalisée à l’aide de marqueurs microsatellites chez la cane commune, sera complétée par une seconde étude utilisant des marqueurs SNP développés spécifiquement et permettant une bien meilleure couverture du génome. Par ailleurs, il est important de réaliser une annotation fonctionnelle du génome, ce qui peut être abordé par le séquençage de transcrits. A terme, le génome annoté sera utilisé pour analyser son expression dans différents tissus et/ou conditions d’élevage, la connaissance des modèles de transcrits et de protéines facilitant les études en transcriptomique et protéomique. Le canard mulard, produit du croisement de la cane commune avec le canard de Barbarie, devra également être étudié en raison de son intérêt agronomique, lié à ses performances exceptionnelles dans la filière des palmipèdes gras.

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2

GELLIN, J., and H. LEVÉZIEL. "Stratégie d’établissement des cartes géniques des espèces d’élevage." INRAE Productions Animales 5, HS (December 2, 1992): 281–86. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1992.5.hs.4305.

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Abstract:

Au sein des différents pays impliqués dans les programmes de la CEE (BRIDGE et BIOTECH), la structure de recherche française est sans doute à l’heure actuelle, par le nombre de chercheurs, par l’ensemble des secteurs méthodologiques couverts, et par l’ensemble des soutiens dont elle dispose au niveau du Département de Génétique Animale, le regroupement le plus important travaillant sur la cartographie génique des porcs et des bovins. L’activité essentielle de cartographie chez les porcins et les bovins sera de définir, le long du génome, un certain nombre "d’étiquettes" (des microsatellites) permettant d’établir un premier réseau de marques génétiques espacées de 20 cM dont certains seront localisés précisement sur les chromosomes. Cette connaissance recueillie sur le génome sera intégrée aux analyses quantitatives actuelles grâce la mise en oeuvre de nouveaux concepts d’analyse génétique (programme INRA : PRODIGE-MMM). Elle permettra une évolution précoce des génotypes, une amélioration des méthodes d’identification des animaux et de vérification des filiations, la mise en évidence de régions du génome intervenant dans la variabilité de caractères quantitatifs (QTL), une appréciation de la diversité génétique des races. Les connaissances obtenues seront également utiles à la compréhension de certains aspects du génome humain, notamment le séquençage de eDNAs et la recherche de QTL difficile à étudier directement chez l’homme.

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3

VERRIER, E., and X. ROGNON. "Utilisation des marqueurs pour la gestion de la variabilité génétique des populations." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 253–57. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3848.

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Abstract:

Les méthodes usuelles de gestion de la variabilité génétique des populations reposent sur la connaissance des généalogies des animaux et sur un contrôle de la structure familiale de ces populations. Les marqueurs permettent d’affilier les animaux à des familles dans les situations où il est malaisé ou impossible d’enregistrer un état civil, donnant ainsi accès aux méthodes classiques de gestion de la variabilité. Ils procurent des outils de suivi de la variabilité intra-population, fondés sur les fréquences alléliques. Enfin, on peut choisir les reproducteurs présentant le plus de variabilité pour un ensemble de marqueurs. Les études effectuées dans ce sens montrent qu’une telle sélection est très efficace pour les régions du génome proches des marqueurs employés, mais qu’elle doit être réalisée en complément des méthodes usuelles si l’on s’intéresse à l’ensemble du génome.

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4

VIGNAL, A., and B. BESBES. "La séquence du génome de la poule et ses applications en sélection." INRAE Productions Animales 19, no. 2 (March 13, 2006): 109–18. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2006.19.2.3489.

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Abstract:

En décembre 2004, soit trois ans seulement après celle de l’homme, la première version de la séquence du génome de la poule a été publiée. Ce travail est le résultat de plus de dix années de recherches en génomique. Celles-ci ont débuté par la réalisation des premières cartes génétiques, puis de banques de clones BAC*, de cartes cytogénétiques incluant les microchromosomes, de cartes d’hybrides irradiés et la production de séquences d’EST. En effet, c’est la mise en commun de l’ensemble de ces données disponibles qui a contribué à l’assemblage final de la séquence. Bien entendu, comme la première version de celle du génome humain, la séquence de la poule n’est pas parfaite et des travaux de vérification et de corrections, notamment des microchromosomes, seront nécessaires. De plus, un effort d’annotation* est maintenant à réaliser. Cependant, le fait de disposer de la séquence du génome d’un nombre croissant de vertébrés va permettre d’affiner nos connaissances grâce aux études comparatives. La disponibilité de la séquence de la poule va permettre de remplacer une bonne partie des longs et fastidieux travaux de biologie moléculaire nécessaires à la détermination de la structure, de la fonction et du polymorphisme des gènes par des analyses in silico. Ceci devrait accélérer la mise au point de marqueurs moléculaires utilisables pour la sélection de phénotypes intéressants pour les productions animales

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BIDANEL, J. P., D. BOICHARD, and C. CHEVALET. "De la génétique à la génomique." INRAE Productions Animales 21, no. 1 (April 20, 2008): 15–32. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2008.21.1.3372.

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Abstract:

Cet article retrace les principales étapes et la contribution de l’INRA au développement de la génomique, qui révolutionne depuis deux décennies les connaissances sur la structure et le fonctionnement du génome des animaux d’élevage. L’élaboration, dans les années 90, des premières cartes de marqueurs microsatellites a rapidement permis de mettre en évidence de nombreux locus à effets quantitatifs et de localiser les premiers gènes majeurs. En parallèle, les travaux de cytogénétique et de génomique comparative permettaient de tirer parti de l’avancée des connaissances sur le génome de l’homme et de la souris. A la fin des années 90, la construction d’outils de cartographie à haute densité, cartes d’hybrides d’irradiation et banques de grands fragments, a permis l’essor des travaux de cartographie fine et l’identification des premières mutations causales. Le début des années 2000 a été marqué par le développement des outils d’étude systématique de l’expression des gènes, micro-réseaux et puces à ADN, le démarrage du séquençage des premiers génomes d’animaux d’élevage, et l’essor des bases de données génomiques et de la bioinformatique. La connaissance des séquences permet ensuite de détecter in silico leurs variations, en particulier les très nombreuses variations ponctuelles (SNP) et de caractériser finement la structure des génomes des populations animales. La génomique a également renouvelé les méthodes d’amélioration génétique des populations, avec la mise en place de programmes de sélection assistée par marqueurs, de caractérisation et de gestion de la variabilité génétique et le développement d’applications en matière de contrôle de généalogie ou de traçabilité.

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Belenkov, E. A., and V. A. Ali-Pasha. "3D-graphite structure." Crystallography Reports 56, no. 1 (January 2011): 101–6. http://dx.doi.org/10.1134/s1063774511010044.

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7

Cherfils-Vicini, Julien, and Éric Gilson. "Les horloges de la longévité." médecine/sciences 36, no. 12 (December 2020): 1113–17. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2020242.

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Abstract:

Le vieillissement est une altération de nos capacités physiologiques qui s’accompagne d’une susceptibilité accrue à un grand nombre de maladies et qui détermine en grande partie notre longévité. Cependant, son étiologie reste encore mal comprise. Nous discutons ici l’hypothèse que le raccourcissement des télomères, programmé pour débuter en fin d’embryogenèse dans de nombreux tissus, couple développement et vieillissement. Il existe en effet de nombreuses indications que des variations de la structure des télomères régulent dans le temps un ensemble interconnecté de processus essentiels à la maintenance somatique du génome, de l’épigénome, du métabolisme, du rythme circadien et de l’immunité.

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VIGNAL, A. "Etat de la carte de la poule." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 113–14. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3820.

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Abstract:

La carte génétique de la poule est développée depuis plusieurs années à l’aide de deux familles de référence de type rétro-croisement. Plus récemment, une troisième famille a été utilisée pour affiner la carte. La structure actuelle est d’environ 1800 locus répartis en 50 groupes de liaison couvrant 3800 cM, dont 785 repérés par des marqueurs de type microsatellite. La carte contient 350 marqueurs dans des séquences exprimées, dont 235 représentent des gènes identifiés, permettant de mettre en évidence des synténies conservées avec les génomes de mammifères. La particularité du génome de la poule, composé de macrochromosomes et de microchromosomes, complique la nécessaire intégration avec la carte cytogénétique.

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Fontanilla, Paula, Simon Willaume, Benoit Thézé, Angela Moussa, Gaëlle Pennarun, and Pascale Bertrand. "Le vieillissement." médecine/sciences 36, no. 12 (December 2020): 1118–28. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2020241.

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Abstract:

Le vieillissement est associé à une accumulation de cellules sénescentes produisant un environnement cellulaire inflammatoire qui pourrait expliquer différentes maladies liées à l’âge. Diverses situations menant à la sénescence sont liées à la présence de dommages de l’ADN. De plus, de nombreux syndromes progéroïdes sont associés à une instabilité du génome ou de la structure nucléaire. Nous discuterons du lien étroit existant entre l’altération des lamines, composants de l’enveloppe nucléaire, et le vieillissement cellulaire. Nous verrons que l’altération de l’enveloppe nucléaire, comme celle observée dans la Progéria, est aussi associée à des défauts de réparation de l’ADN, à une persistance de dommages de l’ADN et à un phénotype inflammatoire.

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Boutemy, Camille, Arthur Lebée, Mélina Skouras, Marc Mimram, and Olivier Baverel. "Modélisation et conception d’un coffrage réutilisable pour la fabrication de coques minces en béton de formes complexes." SHS Web of Conferences 147 (2022): 09003. http://dx.doi.org/10.1051/shsconf/202214709003.

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Abstract:

La construction de coques minces en béton est coûteuse en matériaux et en main d’œuvre à cause de la fabrication du coffrage qui génère une vaste quantité de déchets. Ces éléments non réutilisables ont un impact négatif sur l’ACV de la construction. Ces difficultés expliquent en partie pourquoi la construction de coques minces est devenue rare à la fin du XXème siècle malgré l’indéniable qualité architecturale qu’elles confèrent aux espaces créés. Cette recherche a pour objectif de modéliser et concevoir un nouveau système de coffrage économe en moyens, pour préfabriquer des éléments surfaciques en béton à partir de structures gonflables. Contrairement à des exemples historiques proposant des gonflables à simple peau, nous proposons de liaisonner deux membranes selon un motif. Composé de courbes, le motif est conçu afin qu’une fois les membranes gonflées, la métrique du plan varie de manière non uniforme et génère une surface en trois dimensions selon le theorema egregium de Gauss. Le dessin du motif d’assemblage est guidé par un outil numérique capable de simuler précisément une forme gonflée en 3D à partir d’un motif de soudure en 2D. Cette méthode de fabrication serait automatisable et transposable à plus grande échelle. L’article décrira les principes géométriques et l’outil de simulation numérique. Nous présenterons une application, la fabrication d’un coffrage gonflable et la construction d’une coque mince en béton.

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Trocka, Daria, Anne-Pascale Satie, and Célia Ravel. "La zone pellucide." médecine/sciences 39, no. 6-7 (June 2023): 522–29. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2023081.

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Abstract:

La zone pellucide (ZP) est une matrice extracellulaire spécifique enveloppant l’ovocyte. Elle régule la liaison des spermatozoïdes à l’ovocyte lors de la fécondation. Après la fécondation, la zone pellucide prévient la polyspermie en modifiant sa conformation. La zone pellucide est importante pour la protection de l’embryon pré-implantatoire en développement lors de son trajet oviductal en évitant l’implantation ectopique. Suite au développement des techniques génétiques et du séquençage du génome, de nombreuses mutations ont été récemment décrites chez des patientes infertiles. Après avoir présenté la structure et les fonctions des glycoprotéines ZP constituant la zone pellucide, nous discutons dans cette revue de l’impact des mutations mises en évidence dans les gènes codant ces glycoprotéines sur la fertilité féminine.

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Denise, A. "Unveiling protein 3D structure." L"Edition of Universite Paris-Saclay, Iss. 03, January (2016): 8–9.

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Joosten, Robbie P., and Thomas Lütteke. "Carbohydrate 3D structure validation." Current Opinion in Structural Biology 44 (June 2017): 9–17. http://dx.doi.org/10.1016/j.sbi.2016.10.010.

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Cichocka, Agnieszka, Pascal Bruniaux, Pascal Bruniaux, and Iwona Frydrych. "3D Garment Modelling – Conception of Its Structure in 3D." Fibres and Textiles in Eastern Europe 24, no. 4(118) (July 1, 2016): 121–28. http://dx.doi.org/10.5604/12303666.1201141.

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Камилов, Э. М., and А. А. Егоров. "3D Porous Structure Image Generation." Успехи кибернетики / Russian Journal of Cybernetics, no. 3(3) (September 30, 2020): 33–40. http://dx.doi.org/10.51790/2712-9942-2020-1-3-4.

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Abstract:

Разработана сверточная генеративно-состязательная нейронная сеть, генерирующая объемные изображения пористых сред (горной породы). Рассматриваются возможности модификации нейронной сети для генерации пористых сред с заданными характеристиками: коэффициент пористости, проницаемости, состав и размеры зерен, каналов и каверн. In this study, a convolutional generative adversarial neural network generating 3D images of porous media (rock) was developed. The neural network can be modified to generate porous media with specific properties such as porosity factor, permeability factor, composition and sizes of the grains, channels, and voids.

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Jha, Ramesh K., and Charlie E. M. Strauss. "3D structure analysis of PAKs." Cellular Logistics 2, no. 2 (April 2012): 69–77. http://dx.doi.org/10.4161/cl.21883.

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Chen, J. "MMDB: Entrez's 3D-structure database." Nucleic Acids Research 31, no. 1 (January 1, 2003): 474–77. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkg086.

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Jebara, T., A. Azarbayejani, and A. Pentland. "3D structure from 2D motion." IEEE Signal Processing Magazine 16, no. 3 (May 1999): 66–84. http://dx.doi.org/10.1109/79.768574.

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Lind, Mats, Geoffrey P. Bingham, and Camilla Forsell. "Metric 3D Structure in Visualizations." Information Visualization 2, no. 1 (March 2003): 51–57. http://dx.doi.org/10.1057/palgrave.ivs.9500038.

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Abstract:

A large body of results on the characteristics of human spatial vision suggests that space perception is distorted. Recent studies indicate that the geometry of visual space is best understood as affine. If this is the case, it has far-reaching implications on how 3D visualizations can be successfully employed. For instance, all attempts to build visualization systems where users are expected to discover relations based on Euclidean distances or shapes will be ineffective. Since visualization can, and sometimes does, employ all possible types of depth information and because the results from vision research usually concentrates on one or two such types, three experiments were performed under near-optimal viewing conditions. The aim of the experiments was two-fold: to test whether the earlier findings generalize to shape perception under near-optimal viewing conditions and to get a sense of the size of the error under such conditions. The results show that the findings do generalize and that the errors are large. The implications of these results for successful visualizations are discussed.

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Wang, Y. "MMDB: Entrez's 3D-structure database." Nucleic Acids Research 30, no. 1 (January 1, 2002): 249–52. http://dx.doi.org/10.1093/nar/30.1.249.

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Marchler-Bauer, A., K. J. Addess, C. Chappey, L. Geer, T. Madej, Y. Matsuo, Y. Wang, and S. H. Bryant. "MMDB: Entrez's 3D structure database." Nucleic Acids Research 27, no. 1 (January 1, 1999): 240–43. http://dx.doi.org/10.1093/nar/27.1.240.

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Van Gough, Dara, Abigail T. Juhl, and Paul V. Braun. "Programming structure into 3D nanomaterials." Materials Today 12, no. 6 (June 2009): 28–35. http://dx.doi.org/10.1016/s1369-7021(09)70178-6.

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Chudakova, Ekaterina. "3D-structure of galactic disks." Proceedings of the International Astronomical Union 10, S309 (July 2014): 306. http://dx.doi.org/10.1017/s1743921314010023.

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Abstract:

AbstractWe suggest a new photometric method to estimate thicknesses of galactic disks which is working for the galaxies seen under arbitrary inclination. We have applied our method to 45 galaxies from the open SDSS archive and to 57 galaxies from the Spitzer Survey S4G).

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Orban, Guy A., Peter Janssen, and Rufin Vogels. "Extracting 3D structure from disparity." Trends in Neurosciences 29, no. 8 (August 2006): 466–73. http://dx.doi.org/10.1016/j.tins.2006.06.012.

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Gillet, V. J., A. P. Johnson, P. Mata, and S. Sike. "Automated structure design in 3D." Tetrahedron Computer Methodology 3, no. 6 (January 1990): 681–96. http://dx.doi.org/10.1016/0898-5529(90)90167-7.

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Estrada, Ernesto. "Characterization of 3D molecular structure." Chemical Physics Letters 319, no. 5-6 (March 2000): 713–18. http://dx.doi.org/10.1016/s0009-2614(00)00158-5.

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Dauplais, M., B. Gilquin, L. D. Possani, G. Gurrola-Briones, C. Roumestand, and A. Menez. "The 3D structure of noxiustoxin." Toxicon 34, no. 10 (October 1996): 1086. http://dx.doi.org/10.1016/0041-0101(96)83808-6.

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Zulkifli, N. A., A. Abdul Rahman, and M. I. Hassan. "DESIGN OF 3D TOPOLOGICAL DATA STRUCTURE FOR 3D CADASTRE OBJECTS." ISPRS - International Archives of the Photogrammetry, Remote Sensing and Spatial Information Sciences XLII-4/W1 (September 30, 2016): 325–27. http://dx.doi.org/10.5194/isprs-archives-xlii-4-w1-325-2016.

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Abstract:

This paper describes the design of 3D modelling and topological data structure for cadastre objects based on Land Administration Domain Model (LADM) specifications. Tetrahedral Network (TEN) is selected as a 3D topological data structure for this project. Data modelling is based on the LADM standard and it is used five classes (i.e. point, boundary face string, boundary face, tetrahedron and spatial unit). This research aims to enhance the current cadastral system by incorporating 3D topology model based on LADM standard.

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Wang, Xiaoye, Mats Lind, and Geoffrey Bingham. "Modeling 3D Slant Perception: Bootstrapping 3D Affine Structure to Euclidean." Journal of Vision 18, no. 10 (September 1, 2018): 129. http://dx.doi.org/10.1167/18.10.129.

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KANATANI, Takuya, Ryosuke MATUZAKI, and Akira TODOROKI. "FABRICATION 3D METAL STRUCTURE USING 3D PRINTINER AND ELECTROLYTIC PLATING." Proceedings of the Materials and processing conference 2018.26 (2018): 706. http://dx.doi.org/10.1299/jsmemp.2018.26.706.

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Miao, Zhichao, and Eric Westhof. "RNA Structure: Advances and Assessment of 3D Structure Prediction." Annual Review of Biophysics 46, no. 1 (May 22, 2017): 483–503. http://dx.doi.org/10.1146/annurev-biophys-070816-034125.

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Qin, Zhuo Kai, Jia Sheng Zhang, Yu Tian Yang, Jian Ju Luo, and Wei Gao. "Constructing 3D Model of Hardwood Structure." Key Engineering Materials 719 (November 2016): 9–13. http://dx.doi.org/10.4028/www.scientific.net/kem.719.9.

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Abstract:

Model constructing was conducted with 3D Studio Max modeling technology for hardwood minute structure in three steps. In the first step, the single-cell models were built according to the true form and shape of various kinds of cells, including vessel elements, wood-fiber cells, longitudinal parenchyma cells and ray cells. In the second step, the single-tissue models for all the four kinds of wood tissues (vessel, wood-fiber, longitudinal parenchyma and wood ray) were constructed by setting the same kind of single-cell models together according to the cell grouping ways inside true wood. In the third step, according to the distributing and arranging ways of the four kinds of wood tissues inside true wood, the whole model of wood block in minute structure was constructed by assembling the four kind of single-tissue models in a block. After that, the virtual model in computer was materialized by means of modern 3D printing technology, and finally the solid model in minute structure of Ficus microcarpa wood was constructed.

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Lavrykov, S., B. V. Ramarao, S. B. Lindström, and K. M. Singh. "3D network simulations of paper structure." Nordic Pulp & Paper Research Journal 27, no. 2 (May 1, 2012): 256–63. http://dx.doi.org/10.3183/npprj-2012-27-02-p256-263.

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Abstract:

Abstract The structure of paper influences its properties and simulations of it are necessary to understand the impact of fiber and papermaking conditions on the sheet properties. We show a method to develop a representative structure of paper by merging different simulation techniques for the forming section and the pressing operation. The simulation follows the bending and drape of fibers over one another in the final structure and allows estimation of sheet properties without recourse to arbitrary bending rules or experimental measurements of density and/or RBA. Fibers are first modeled as jointed beams following the fluid mechanics in the forming section. The sheet structure obtained from this is representative of the wet sheet from the couch. The pressing simulation discretizes fibers into a number of solid elements around the lumen. Bonding between fibers is simulated using spring elements. The resulting fiber network was analyzed to determine its elastic modulus and deformation under small strains. The influence of fiber dimensions, namely fiber lengths, widths and thicknesses as well as bond stiffnesses on the elasticity of the network are studied. A brief account of inclusion of fines, represented by individual cubical elements is also shown.

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Lan, Qi, Yan Jun Wang, and Zhuo Zhang. "Intelligent Substation 3D Design System Structure." Advanced Materials Research 479-481 (February 2012): 2605–9. http://dx.doi.org/10.4028/www.scientific.net/amr.479-481.2605.

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Abstract:

In accordance with the goal of building a unified national grid company strong and intelligent grid requirements for the practical needs of network engineering and design work and finish construction of three-dimensional design system for intelligent substation. While retaining the traditional design of planar projection based on the parallel use of three-dimensional drawing tools, using refined design, for security checking interval, the wire mechanics, lighting, materials of statistics, Achieving intelligent substation digital transfer, and lay the Foundation for the whole project life-cycle management.

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Kawamura, Yuri, and Takashi Hara. "Space Structure System Consisting 3D Facade." Advanced Materials Research 831 (December 2013): 100–104. http://dx.doi.org/10.4028/www.scientific.net/amr.831.100.

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Abstract:

In recent years, temporary housing built in a stricken area has been built by steel construction. But temporary housing could not be built unless an engineer went to a stricken area and the building could not carry a short-time loading like an earthquake or wind loadings. This research aims to develop the permanent box unit construction which is carried and assembled a part by victims. Analysis model used the vinylon fiber reinforced concrete in order to make a concrete ductile without using a reinforced rod. The linear model was analyzed with FEM software. The analysis was carried out and the validity of a temporary housing was confirmed.

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Miki, T., Y. Fujitsuka, and S. Takada. "Simulating 3D structure of Membrane Proteins." Seibutsu Butsuri 43, supplement (2003): S33. http://dx.doi.org/10.2142/biophys.43.s33_4.

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Samsó, Montserrat. "3D structure of muscle dihydropyridine receptor." European Journal of Translational Myology 25, no. 1 (January 7, 2015): 27. http://dx.doi.org/10.4081/ejtm.2015.4840.

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Abstract:

Excitation contraction coupling, the rapid and massive Ca2+ release under control of an action potential that triggers muscle contraction, takes places at specialized regions of the cell called triad junctions. There, a highly ordered supramolecular complex between the dihydropyridine receptor (DHPR) and the ryanodine receptor (RyR1) mediates the quasi‐instantaneous conversion from T‐tubule depolarization into Ca2+ release from the sarcoplasmic reticulum (SR). The DHPR has several key modules required for EC coupling: the voltage sensors and II‐III loop in the alpha1s subunit, and the beta subunit. To gain insight into their molecular organization, this review examines the most updated 3D structure of the DHPR as obtained by transmission electron microscopy and image reconstruction. Although structure determination of a heteromeric membrane protein such as the DHPR is challenging, novel technical advances in protein expression and 3D labeling facilitated this task. The 3D structure of the DHPR complex consists of a main body with five irregular corners around its perimeter encompassing the transmembrane alpha 1s subunit besides the intracellular beta subunit, an extended extracellular alpha 2 subunit, and a bulky intracellular II‐III loop. The structural definition attained at 19 Å resolution enabled docking of the atomic coordinates of structural homologs of the alpha1s and beta subunits. These structural features, together with their relative location with respect to the RyR1, are discussed in the context of the functional data.

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Ljulj, Matko, and Josip Tambača. "3D structure–2D plate interaction model." Mathematics and Mechanics of Solids 24, no. 10 (May 8, 2019): 3354–77. http://dx.doi.org/10.1177/1081286519846202.

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Abstract:

In this paper, we derive models for the interaction of a linearized three-dimensional elastic structure with a thin elastic layer of possibly different material attached to it. Rigorous derivation is performed by considering a thin three-dimensional layer and the asymptotics of the solution of the full remaining three-dimensional problem when the thickness [Formula: see text] of the thin layer tends to zero. Furthermore, the attached thin material is assumed to have the elasticity coefficients which are of order [Formula: see text], for [Formula: see text] with respect to the coefficients of the three-dimensional body. In the limit, five different models are obtained with respect to different choices of p, namely [Formula: see text], [Formula: see text], [Formula: see text], [Formula: see text], and [Formula: see text]. Furthermore a three-dimensional–two-dimensional model is proposed that has the same asymptotics as the original three-dimensional problem. This is convenient for applications because one does not have to decide in advance which limit model to use.

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Wang, Y. "MMDB: 3D structure data in Entrez." Nucleic Acids Research 28, no. 1 (January 1, 2000): 243–45. http://dx.doi.org/10.1093/nar/28.1.243.

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Kaiser, Ralf. "The 3D Structure of the Proton." Journal of Physics: Conference Series 381 (September 18, 2012): 012018. http://dx.doi.org/10.1088/1742-6596/381/1/012018.

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Wang, Siyu, Jinbo Xu, and Jianyang Zeng. "Inferential modeling of 3D chromatin structure." Nucleic Acids Research 43, no. 8 (February 17, 2015): e54-e54. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv100.

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Schrag, Joseph D., and Miroslaw Cygler. "Defining Substrate Characteristics from 3D Structure." Structure 12, no. 4 (April 2004): 521–22. http://dx.doi.org/10.1016/j.str.2004.03.014.

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Guo, Chongfeng, C. H. Choy, Dexiu Huang, and Yueping Fang. "Preparation of 3D ZnSe novel structure." Journal of Physics and Chemistry of Solids 67, no. 4 (April 2006): 818–21. http://dx.doi.org/10.1016/j.jpcs.2005.12.004.

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Mata, Paulina, Valerie J. Gillet, A. Peter Johnson, Jorge Lampreia, Glenn J. Myatt, Sandor Sike, and Anna L. Stebbings. "SPROUT: 3D Structure Generation Using Templates." Journal of Chemical Information and Modeling 35, no. 3 (May 1, 1995): 479–93. http://dx.doi.org/10.1021/ci00025a016.

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Fonda, R. W., M. J. Scherr, A. B. Geltmacher, and K. W. Sharp. "Soldering a 3D Wire Lattice Structure." Journal of Materials Engineering and Performance 22, no. 11 (July 27, 2013): 3376–80. http://dx.doi.org/10.1007/s11665-013-0655-3.

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Koutchmy, S., M. M. Molodensky, and J. C. Vial. "On the 3D Solar Corona Structure." International Astronomical Union Colloquium 144 (1994): 585–88. http://dx.doi.org/10.1017/s0252921100026099.

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Abstract:

AbstractWe consider the 3D structure of the solar corona using eclipse observations. We use a pseudostereoscopic effect of the rigidly rotating corona to determine the true position of the main coronal structures: broad threads, rays and streamers. We find that observations collected by the “Multi-station International Coronal Experiment” are well suited for solving this problem. Formula and error estimation are given to demonstrate the feasibility of the method. An example of stereo-view deduced from a simple analysis of results coming from the 1991 eclipse is given. The observed apparent shifts allow for the first time to apprehend the true 3D structure of the corona. The structure of streamers was compared with the pecularities (pleats and cusps) of the solar heliosphere current sheet, deduced from the sourse surface. The positions of the two main streamers systems rays (near the N-E and S-limb) coincide with the pleats of the current heliosphere layer. We conclude that large helmet streamers are composed by the pleats of the heliosphere current sheet projected on the plane of the sky.

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Liu, Wenpeng, Jian Ge, and Jiayuan Zhou. "3D Visualized RC Structure Durability Analysis." IOP Conference Series: Materials Science and Engineering 563 (August 9, 2019): 052085. http://dx.doi.org/10.1088/1757-899x/563/5/052085.

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Crunkhorn, Sarah. "3D structure of Zika virus protease." Nature Reviews Drug Discovery 15, no. 9 (August 30, 2016): 604. http://dx.doi.org/10.1038/nrd.2016.168.

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Gunár, Stanislav, and Duncan H. Mackay. "3D WHOLE-PROMINENCE FINE STRUCTURE MODELING." Astrophysical Journal 803, no. 2 (April 16, 2015): 64. http://dx.doi.org/10.1088/0004-637x/803/2/64.

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Axelsson, Maria, and Stina Svensson. "3D pore structure characterisation of paper." Pattern Analysis and Applications 13, no. 2 (February 24, 2009): 159–72. http://dx.doi.org/10.1007/s10044-009-0146-1.

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