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Academic literature on the topic 'Structure 3D du génome'

Author: Grafiati
Published: 18 May 2024

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Journal articles on the topic "Structure 3D du génome"

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VIGNAL, A., C. DIOT, C. MOLETTE, M. MORISSON, T. FARAUT, M. RAO, F. PITEL, V. FILLON, and C. MARIE-ETANCELIN. "Génomique des canards." INRAE Productions Animales 26, no. 5 (December 19, 2013): 391–402. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2013.26.5.3168.

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Abstract:
La démocratisation des outils de la génomique et plus particulièrement du séquençage à haut débit a permis le séquençage du génome du canard commun. Des projets complémentaires sont déjà initiés pour prolonger et exploiter au mieux ces premiers acquis. En tout premier lieu, il s’agit de poursuivre la description de la structure du génome et d’en exploiter les connaissances : cartes d’hybrides irradiés pour ordonner la séquence le long des chromosomes ; génomique comparée avec le génome de la poule pour bénéficier des connaissances sur ce génome modèle ; recherche de SNP (Single Nucleotide Polymorphism) pour les études et la gestion de populations ; carte génétique pour la détection des QTL (Quantitative Trait Locus). La première détection de QTL influençant les performances du mulard, réalisée à l’aide de marqueurs microsatellites chez la cane commune, sera complétée par une seconde étude utilisant des marqueurs SNP développés spécifiquement et permettant une bien meilleure couverture du génome. Par ailleurs, il est important de réaliser une annotation fonctionnelle du génome, ce qui peut être abordé par le séquençage de transcrits. A terme, le génome annoté sera utilisé pour analyser son expression dans différents tissus et/ou conditions d’élevage, la connaissance des modèles de transcrits et de protéines facilitant les études en transcriptomique et protéomique. Le canard mulard, produit du croisement de la cane commune avec le canard de Barbarie, devra également être étudié en raison de son intérêt agronomique, lié à ses performances exceptionnelles dans la filière des palmipèdes gras.
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GELLIN, J., and H. LEVÉZIEL. "Stratégie d’établissement des cartes géniques des espèces d’élevage." INRAE Productions Animales 5, HS (December 2, 1992): 281–86. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1992.5.hs.4305.

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Abstract:
Au sein des différents pays impliqués dans les programmes de la CEE (BRIDGE et BIOTECH), la structure de recherche française est sans doute à l’heure actuelle, par le nombre de chercheurs, par l’ensemble des secteurs méthodologiques couverts, et par l’ensemble des soutiens dont elle dispose au niveau du Département de Génétique Animale, le regroupement le plus important travaillant sur la cartographie génique des porcs et des bovins. L’activité essentielle de cartographie chez les porcins et les bovins sera de définir, le long du génome, un certain nombre "d’étiquettes" (des microsatellites) permettant d’établir un premier réseau de marques génétiques espacées de 20 cM dont certains seront localisés précisement sur les chromosomes. Cette connaissance recueillie sur le génome sera intégrée aux analyses quantitatives actuelles grâce la mise en oeuvre de nouveaux concepts d’analyse génétique (programme INRA : PRODIGE-MMM). Elle permettra une évolution précoce des génotypes, une amélioration des méthodes d’identification des animaux et de vérification des filiations, la mise en évidence de régions du génome intervenant dans la variabilité de caractères quantitatifs (QTL), une appréciation de la diversité génétique des races. Les connaissances obtenues seront également utiles à la compréhension de certains aspects du génome humain, notamment le séquençage de eDNAs et la recherche de QTL difficile à étudier directement chez l’homme.
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VERRIER, E., and X. ROGNON. "Utilisation des marqueurs pour la gestion de la variabilité génétique des populations." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 253–57. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3848.

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Abstract:
Les méthodes usuelles de gestion de la variabilité génétique des populations reposent sur la connaissance des généalogies des animaux et sur un contrôle de la structure familiale de ces populations. Les marqueurs permettent d’affilier les animaux à des familles dans les situations où il est malaisé ou impossible d’enregistrer un état civil, donnant ainsi accès aux méthodes classiques de gestion de la variabilité. Ils procurent des outils de suivi de la variabilité intra-population, fondés sur les fréquences alléliques. Enfin, on peut choisir les reproducteurs présentant le plus de variabilité pour un ensemble de marqueurs. Les études effectuées dans ce sens montrent qu’une telle sélection est très efficace pour les régions du génome proches des marqueurs employés, mais qu’elle doit être réalisée en complément des méthodes usuelles si l’on s’intéresse à l’ensemble du génome.
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VIGNAL, A., and B. BESBES. "La séquence du génome de la poule et ses applications en sélection." INRAE Productions Animales 19, no. 2 (March 13, 2006): 109–18. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2006.19.2.3489.

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Abstract:
En décembre 2004, soit trois ans seulement après celle de l’homme, la première version de la séquence du génome de la poule a été publiée. Ce travail est le résultat de plus de dix années de recherches en génomique. Celles-ci ont débuté par la réalisation des premières cartes génétiques, puis de banques de clones BAC*, de cartes cytogénétiques incluant les microchromosomes, de cartes d’hybrides irradiés et la production de séquences d’EST. En effet, c’est la mise en commun de l’ensemble de ces données disponibles qui a contribué à l’assemblage final de la séquence. Bien entendu, comme la première version de celle du génome humain, la séquence de la poule n’est pas parfaite et des travaux de vérification et de corrections, notamment des microchromosomes, seront nécessaires. De plus, un effort d’annotation* est maintenant à réaliser. Cependant, le fait de disposer de la séquence du génome d’un nombre croissant de vertébrés va permettre d’affiner nos connaissances grâce aux études comparatives. La disponibilité de la séquence de la poule va permettre de remplacer une bonne partie des longs et fastidieux travaux de biologie moléculaire nécessaires à la détermination de la structure, de la fonction et du polymorphisme des gènes par des analyses in silico. Ceci devrait accélérer la mise au point de marqueurs moléculaires utilisables pour la sélection de phénotypes intéressants pour les productions animales
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BIDANEL, J. P., D. BOICHARD, and C. CHEVALET. "De la génétique à la génomique." INRAE Productions Animales 21, no. 1 (April 20, 2008): 15–32. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2008.21.1.3372.

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Abstract:
Cet article retrace les principales étapes et la contribution de l’INRA au développement de la génomique, qui révolutionne depuis deux décennies les connaissances sur la structure et le fonctionnement du génome des animaux d’élevage. L’élaboration, dans les années 90, des premières cartes de marqueurs microsatellites a rapidement permis de mettre en évidence de nombreux locus à effets quantitatifs et de localiser les premiers gènes majeurs. En parallèle, les travaux de cytogénétique et de génomique comparative permettaient de tirer parti de l’avancée des connaissances sur le génome de l’homme et de la souris. A la fin des années 90, la construction d’outils de cartographie à haute densité, cartes d’hybrides d’irradiation et banques de grands fragments, a permis l’essor des travaux de cartographie fine et l’identification des premières mutations causales. Le début des années 2000 a été marqué par le développement des outils d’étude systématique de l’expression des gènes, micro-réseaux et puces à ADN, le démarrage du séquençage des premiers génomes d’animaux d’élevage, et l’essor des bases de données génomiques et de la bioinformatique. La connaissance des séquences permet ensuite de détecter in silico leurs variations, en particulier les très nombreuses variations ponctuelles (SNP) et de caractériser finement la structure des génomes des populations animales. La génomique a également renouvelé les méthodes d’amélioration génétique des populations, avec la mise en place de programmes de sélection assistée par marqueurs, de caractérisation et de gestion de la variabilité génétique et le développement d’applications en matière de contrôle de généalogie ou de traçabilité.
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Belenkov, E. A., and V. A. Ali-Pasha. "3D-graphite structure." Crystallography Reports 56, no. 1 (January 2011): 101–6. http://dx.doi.org/10.1134/s1063774511010044.

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Cherfils-Vicini, Julien, and Éric Gilson. "Les horloges de la longévité." médecine/sciences 36, no. 12 (December 2020): 1113–17. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2020242.

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Abstract:
Le vieillissement est une altération de nos capacités physiologiques qui s’accompagne d’une susceptibilité accrue à un grand nombre de maladies et qui détermine en grande partie notre longévité. Cependant, son étiologie reste encore mal comprise. Nous discutons ici l’hypothèse que le raccourcissement des télomères, programmé pour débuter en fin d’embryogenèse dans de nombreux tissus, couple développement et vieillissement. Il existe en effet de nombreuses indications que des variations de la structure des télomères régulent dans le temps un ensemble interconnecté de processus essentiels à la maintenance somatique du génome, de l’épigénome, du métabolisme, du rythme circadien et de l’immunité.
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VIGNAL, A. "Etat de la carte de la poule." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 113–14. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3820.

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Abstract:
La carte génétique de la poule est développée depuis plusieurs années à l’aide de deux familles de référence de type rétro-croisement. Plus récemment, une troisième famille a été utilisée pour affiner la carte. La structure actuelle est d’environ 1800 locus répartis en 50 groupes de liaison couvrant 3800 cM, dont 785 repérés par des marqueurs de type microsatellite. La carte contient 350 marqueurs dans des séquences exprimées, dont 235 représentent des gènes identifiés, permettant de mettre en évidence des synténies conservées avec les génomes de mammifères. La particularité du génome de la poule, composé de macrochromosomes et de microchromosomes, complique la nécessaire intégration avec la carte cytogénétique.
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Fontanilla, Paula, Simon Willaume, Benoit Thézé, Angela Moussa, Gaëlle Pennarun, and Pascale Bertrand. "Le vieillissement." médecine/sciences 36, no. 12 (December 2020): 1118–28. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2020241.

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Abstract:
Le vieillissement est associé à une accumulation de cellules sénescentes produisant un environnement cellulaire inflammatoire qui pourrait expliquer différentes maladies liées à l’âge. Diverses situations menant à la sénescence sont liées à la présence de dommages de l’ADN. De plus, de nombreux syndromes progéroïdes sont associés à une instabilité du génome ou de la structure nucléaire. Nous discuterons du lien étroit existant entre l’altération des lamines, composants de l’enveloppe nucléaire, et le vieillissement cellulaire. Nous verrons que l’altération de l’enveloppe nucléaire, comme celle observée dans la Progéria, est aussi associée à des défauts de réparation de l’ADN, à une persistance de dommages de l’ADN et à un phénotype inflammatoire.
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Boutemy, Camille, Arthur Lebée, Mélina Skouras, Marc Mimram, and Olivier Baverel. "Modélisation et conception d’un coffrage réutilisable pour la fabrication de coques minces en béton de formes complexes." SHS Web of Conferences 147 (2022): 09003. http://dx.doi.org/10.1051/shsconf/202214709003.

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Abstract:
La construction de coques minces en béton est coûteuse en matériaux et en main d’œuvre à cause de la fabrication du coffrage qui génère une vaste quantité de déchets. Ces éléments non réutilisables ont un impact négatif sur l’ACV de la construction. Ces difficultés expliquent en partie pourquoi la construction de coques minces est devenue rare à la fin du XXème siècle malgré l’indéniable qualité architecturale qu’elles confèrent aux espaces créés. Cette recherche a pour objectif de modéliser et concevoir un nouveau système de coffrage économe en moyens, pour préfabriquer des éléments surfaciques en béton à partir de structures gonflables. Contrairement à des exemples historiques proposant des gonflables à simple peau, nous proposons de liaisonner deux membranes selon un motif. Composé de courbes, le motif est conçu afin qu’une fois les membranes gonflées, la métrique du plan varie de manière non uniforme et génère une surface en trois dimensions selon le theorema egregium de Gauss. Le dessin du motif d’assemblage est guidé par un outil numérique capable de simuler précisément une forme gonflée en 3D à partir d’un motif de soudure en 2D. Cette méthode de fabrication serait automatisable et transposable à plus grande échelle. L’article décrira les principes géométriques et l’outil de simulation numérique. Nous présenterons une application, la fabrication d’un coffrage gonflable et la construction d’une coque mince en béton.
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Dissertations / Theses on the topic "Structure 3D du génome"

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Varoquaux, Nelle. "Inférence de la structure tri-dimensionnelle du génome." Thesis, Paris, ENMP, 2015. http://www.theses.fr/2015ENMP0059/document.

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Abstract:
La structure de l'ADN, des chromosomes et l'organisation du génome sont des sujets fascinants du monde de la biologie. La plupart de la recherche s'est concentrée sur la structure unidimensionnelle du génome, étudiant comment les gènes et les chromosomes sont organisés, et le lien entre l'organisation unidimensionnelle et la régulation des gènes, l'épissage, la méthylation… Cependant, le génome est avant tout organisé dans un espace euclidien tridimensionnel, et cette structure 3D, bien que moins étudiée, joue elle aussi un rôle important dans la fonction génomique de la cellule. La capture de la conformation des chromosomes (3C) et les méthodes qui en sont dérivées, associées au séquençage à haut débit (NGS) mesurent désormais en une seule expérience des interactions physiques entre paire de loci sur tout le génome, permettant ainsi aux chercheurs de découvrir les secrets de l'organisation des génomes. Ces nouvelles technologies ouvrent la voie à des études systématiques et globales sur le repliement de l'ADN dans le noyau. Cependant, ces nouvelles méthodes 3C, comme toute nouvelle technologie, sont accompagnées de nombreux défis computationnels et théoriques. Le premier chapitre est dédié au développement d'une méthode robuste et précise pour inférer un modèle tridimensionnel à partir de données Hi-C. Notre méthode modélise les fréquences d'interaction comme une distribution de Poisson dont l'intensité est une fonction de la distance euclidienne entre paires de loci : nous formulons ainsi l'inférence de la structure 3D comme un problème de maximum de vraisemblance. Nous montrons que notre méthode infère des modèles plus robustes et plus stables selon les données et les résolutions de celles-ci. Le deuxième chapitre est consacré à l'étude de l'architecture du P. falciparum, un petit parasite responsable de la forme la plus virulente et mortelle de la malaria. Ce projet, dont l'objectif était avant tout de répondre à une question biologique, cherchait à comprendre comment l'architecture 3D du génome du P. falciparum est liée à l'expression et la régulation des gènes à différent moments du cycle cellulaire du parasite. En collaboration avec les équipes de K. Le Roch et de W. Noble, spécialisées respectivement dans l'étude du P. falciparum, et dans le développement de méthode computationnelle pour étudier, entre autre, la structure 3D du génome, nous avons construit des modèles de l'organisation du génome à trois moments du cycle cellulaire du parasite. Ceux-ci révèlent que le génome est replié dans le noyau dans une structure complexe, où de nombreux éléments génomiques colocalisent : centromères, télomères… Cette architecture indique une forte association entre l'organisation spatiale du génome et l'expression des gènes. Le dernier chapitre répond à une question très différente, mais aussi liée à l'étude des données 3C. Celles-ci, initialement développées pour étudier la structure tridimensionnelle du génome, ont été récemment utilisées pour des applications très diverses : l'assemblage de génomes de novo, la déconvolution d'échantillons métagénomiques et l'annotation de génomes. Nous décrivons dans ce chapitre une nouvelle méthode, Centurion, qui infère conjointement la position de tous les centromères d'un organisme, en utilisant la propriété qu'ont les centromères à colocaliser dans le noyau. Cette méthode est donc une alternative aux méthodes de détection de centromères classiques, qui, malgré des années de recherche et un enjeu économique certain, n'ont pu identifier la position des centromères dans un certain nombre d'espèces de levure
The structure of DNA, chromosomes and genome organization is a topic that has fascinated the field of biology for many years. Most research focused on the one-dimensional structure of the genome, studying the linear organizations of genes and genomes and their link with gene expression and regulation, splicing, DNA methylation… Yet, spatial and temporal three-dimensional genome architecture is also thought to play an important role in many genomic functions. Chromosome conformation capture (3C) based methods, coupled with next generation sequencing (NGS), allow the measurement, in a single experiment, of genome wide physical interactions between pairs of loci, thus enabling to unravel the secrets behind 3D organization of genomes. These new technologies have paved the way towards a systematic and genome wide analysis of how DNA folds into the nucleus and opened new avenues to understanding many biological processes, such as gene regulation, DNA replication and repair, somatic copy number alterations and epigenetic changes. Yet, 3C technologies, as any new biotechnology, now poses important computational and theoretical challenges for which mathematically well grounded methods need to be developped. The first chapter is dedicated to developping a robust and accurate method to infer a 3D model of the genome from Hi-C data. Previous methods often formulated the inference as an optimization problem akin to multidimensional scaling (MDS) based on an ad hoc conversion of contact counts into euclidean wish distances. Chromosomes are modeled with a beads-on-a-string model, and the methods attempt to place the beads in a 3D euclidean space to fullfill a number of, often non convex, constraints and such that the pairwise distances between beads are as close as possible to the corresponding wish distances. These approaches rely on dubious hypotheses to convert contact counts into wish distances, challenging the accuracy of the final 3D model. Another limitation is the MDS formulation which is only intuitively motivated, and not grounded on a clear statistical model. To alleviate these problems, our method models contact counts as a Poisson distribution where the intensity is a decreasing function of the spatial distance between elements interacting. We then formulate the 3D structure inference as a maximum likelihood problem. We demonstrate that our method infers robust and stable models across resolutions and datasets. The second chapter focuses on the genome architecture of the P. falciparum, a small parasite responsible for the deadliest and most virulent form of human malaria. This project was biologically driven and aimed at understanding whether and how the 3D structure of the genome related to gene expression and regulation at different time points in the complex life cycle of the parasite. In collaboration with the Le Roch lab and the Noble lab, we built 3D models of the genome at three time points which resulted in a complex genome architecture indicative of a strong association between the spatial genome and gene expression. The last chapter tackles a very different question, also based on 3C-based data. Initially developped to probe the 3D architecture of the chromosomes, Hi-C and related techniques have recently been re-purposed for diverse applications: de novo genome assembly, deconvolution of metagenomic samples and genome annotations. We describe in this chapter a novel method, Centurion, that jointly infers the locations of all centromeres in a single yeast genome from Hi-C data, using the centromeres' tendency to strongly colocalize in the nucleus. Indeed, centromeres are essential for proper chromosome segregation, yet, despite extensive research, centromere locations are unknown for many yeast species. We demonstrate the robustness of our approach on datasets with low and high coverage on well annotated organisms. We then predict centromere coordinates for 6 yeast species that currently lack those annotations
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Grange, Stéphane. "Modélisation simplifiée 3D de l'intéraction sol-structure : application au génie parasismique." Grenoble INPG, 2008. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00306842.

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Abstract:
Dans le domaine du génie parasismique, l’Interaction du Sol avec la Structure (ISS) est un phénomène important à considérer pour espérer rendre compte du comportement réel d’une structure et donc évaluer sa vulnérabilité. Ce travail présente la construction d’un élément d’interface 3D modélisant une fondation superficielle de forme circulaire, rectangulaire ou filante reposant sur un massif de sol semi infini et permettant de prendre en compte l’ISS en considérant les non-linéarités matérielles (la plasticité du sol) et les non-linéarités géométriques (le décollement de la fondation). Basé sur la méthode des macro-éléments, cet élément permet de travailler en variables globales (forces et déplacements) et comporte 5 degrés de libertés. Tous les éléments du torseur d’effort appliqués à la fondation sont présents excepté le moment de torsion qui n’est pas pris en compte. Cette description globale permet ainsi de simplifier le modèle en minimisant d’une part la préparation des données et du maillage et d’autre part les temps de calculs. Les nonlinéarités sont traitées grâce aux théories classiques de plasticité et peuvent ainsi être couplées de manière simple selon la théorie des multi-mécanismes. Une description mathématique de chaque mécanisme est proposée. Le macro-élément est implémenté dans FedeasLab, un code élément finis développé dans Matlab. Des comparaisons avec des résultats expérimentaux d’une fondation soumise à des chargements cycliques, ainsi que dynamiques mais aussi des simulations modélisant des ouvrages d’arts (bâtiment, pont. . . ) montrent le bon fonctionnement du macro-élément 3D d’ISS. Enfin, l’efficacité et la robustesse de ce genre d’outils permettent de faire des analyses paramétriques faisant évoluer plusieurs paramètres de sols qui seront présentées à l’issue de cette thèse
In structural engineering, Soil-Structure Interaction (SSI) is an important phenomenon that has to be taken into account. This paper presents a 3D non linear interface element able to compute SSI for rigid circular, rectangular or strip shape footings considering two types of non-linearties. A material non-linearity (plasticity of the soil) and a geometrical non-linearity (uplift mechanism). Several approaches exist to take this phenomenon into account: the following work is based on the "macro-element" concept. The particularity of the macro-element lies in the fact that the movement of the foundation is entirely described by a system of generalised variables (forces and displacements) defined in the foundation centre with five degrees of freedom. Torque moment is not taken into account. The non linear behaviour of the soil and the uplift mechanism are reproduced using the classical theory of plasticity. Coupling of the different mechanisms is straight forward following the multi-mechanism theory. The element is able to simulate the 3D behaviour of a rigid shallow foundation under static and dynamic loadings. It is implemented into FedeasLab, a finite element Matlab toolbox. Comparisons with experimental results on foundations but also civil engineering structures (buildings and bridges. . . ) under monotonic, cyclic and dynamic loadings show the good performance of the approach. The efficiency of this new tool allows us doing further parametrical studies for different soils that are presented at the end of this document
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Segueni, Julie. "DNA methylation changes CTCF binding and reorganizes 3D genome structure in breast cancer cells." Electronic Thesis or Diss., université Paris-Saclay, 2024. http://www.theses.fr/2024UPASL020.

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Abstract:
Les génomes des mammifères adoptent une organisation 3D fonctionnelle où les interactions entre les enhancers et les promoteurs des gènes sont contenues à l'intérieur de domaines d'association topologique (TADs). La protéine insulatrice CTCF a deux rôles dans ce processus : sa liaison aux promoteurs permettant la formation de boucles enhancers-promoteurs (structure intra-TAD) et sa liaison aux frontières des TADs empêchant la formation de boucles ectopiques entre domaines voisins. Surtout, les perturbations de la liaison de la protéine CTCF à des sites particuliers dans des cellules cancéreuses peuvent être dues à des changements de séquences d'ADN (mutations) ou à des changements de méthylation de l'ADN (épi-mutations). Nous avons d'abord réalisé des expériences calibrées de CTCF ChIP-seq et avons trouvé qu'un grand nombre de sites ont une liaison différente de CTCF, avec une grande fraction de sites différemment liés étant partagés parmi les lignées cancéreuses. Ces changements de liaison de CTCF peuvent être des gains ou des pertes de liaison et sont souvent situés près de gènes associés à la transformation cancéreuse. Nous avons trouvé une remarquable corrélation entre les changements de liaison de CTCF et les changements d'enrichissement de la marque H3K27ac, indiquant un lien entre la liaison de CTCF et l'activité d'éléments cis-régulateurs (CREs). Grâce à des expériences de Hi-C à haute résolution, nous avons évalué l'impact de ces changements de liaison de CTCF sur la structure de la chromatine, caractérisant une réorganisation considérable de la structure 3D du génome à des loci de gènes qui contiennent des pics CTCF perturbés. De manière inattendue, nous trouvons les exemples les plus drastiques de réorganisation à l'intérieur des TADs, au niveau des boucles enhancers-promoteurs. Ensuite, nous avons identifié les changements de méthylation de l'ADN comme la cause de la dérégulation de la liaison de CTCF dans notre modèle. En utilisant un agent retirant la méthylation de l'ADN sur l'ensemble du génome, nous avons réussi à partiellement inverser des changements de liaison de CTCF que nous avons observés et les changements d'expression induits. Ainsi, notre étude identifie une réorganisation invasive de la liaison de CTCF et des structures intra-TADs, induite par la méthylation de l'ADN. Ces épi-mutations récurrentes peuvent expliquer les mécanismes de dérégulation commune des gènes dans les cancers
Mammalian genomes adopt a functional 3D organization where enhancer-promoter interactions are constrained within Topologically Associating Domains (TADs). The CTCF insulator protein has a dual role in this process, with binding at promoters resulting in the formation of enhancer-promoter loops (intra-TAD structure) and binding at TAD boundaries preventing the formation of inappropriate loops between neighboring domains. Importantly, perturbations of CTCF binding at specific sites in cancer cells can be caused by both changes to the DNA sequence (mutations) or DNA methylation changes (epi-mutations). We first performed precisely-calibrated CTCF ChIP-seq experiments and found that a large number of sites are differentially bound, with a substantial fraction of differential CTCF binding peaks shared among cancer cell lines. Differential CTCF peaks can both be gained and lost and are often localized close to genes associated with breast cancer transformation. We found a striking correlation between CTCF binding changes and H3K27ac changes indicating a link between CTCF binding and the activity of cis-regulatory elements (CREs). Using high-resolution Hi-C, we assessed the impact of differential CTCF binding on chromatin structure, characterizing considerable 3D genome reorganization at gene loci with perturbed CTCF peaks. Unexpectedly, we find the most drastic examples of reorganization within TADs, at the level of enhancer-promoter loops. Then, we identified DNA methylation changes as the upstream cause of CTCF binding deregulation in our breast cancer model. Using genome-wide hypomethylating agent, we were able to partially reverse observed CTCF binding changes and the gene expression changes they induced. Our work thus identifies a pervasive DNA-methylation-guided reorganization of CTCF binding and intra-TAD structure. Such recurrent patterns of epi-mutations can provide a mechanistic explanation for shared gene deregulation in cancers
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Nader, François. "Modélisation de la rupture 3D des grains polyédriques par éléments discrets." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSEI082/document.

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Abstract:
Les structures en enrochements sont parmi les ouvrages les plus usuels de génie civil (barrages, murs de soutènement,. . . ). Des tassements importants peuvent apparaître tout au long de leur durée de vie et sont principalement dus à la rupture des blocs rocheux. Cette thèse propose un modèle numérique permettant de simuler le comportement de matériaux granulaires présentant des ruptures de grains. Afin de prendre en compte la nature discontinue de ces milieux, la méthode des éléments discrets est utilisée. La modélisation adoptée est de type "Non-Smooth Contact Dynamics", où les grains et particules sont supposés rigides. Afin de générer des blocs ayant des formes complexes, un modèle de grain 3D est proposé. Ce modèle de grain est ensuite discrétisé en sous-éléments de forme tétraédrique liés par des liaisons cohésives afin de pouvoir représenter la rupture. Un critère de rupture de Mohr-Coulomb est utilisé. Le modèle est implémenté sur la plateforme logicielle LMGC90. Le modèle est d’abord éprouvé lors de simulations d’écrasement de blocs cassables entre deux plaques. Plusieurs paramètres contrôlant la résistance du grain sont étudiés : cohésion intergranulaire, taille, discrétisation, forme et orientation du grain. L’effet d’échelle observé sur ce type de matériau est vérifié. Le modèle est ensuite testé lors de simulations numériques de compression œdométrique d’enrochements. L’effet des paramètres du modèle et de l’assemblage du milieu granulaire est également étudié. Les simulations œdométriques sont confrontées à des résultats expérimentaux et présentent une bonne concordance. Enfin, des expérimentations numériques sont menées afin d’étudier les énergies mises en jeu dans ces essais. L’énergie de création de surface est estimée pour ce type de matériau. Les résultats sont proches des données de la littérature
Rockfill structures are very popular among civil engineering structures (dams, retaining walls, . . . ). Important settlements can take place during the lifetime of these structures, settlements mainly caused by the breakage of rockfill grains. This thesis proposes a numerical model that allows the simulation of the behavior of granular materials exhibiting grain breakage. To take into account the discrete nature of these media, the discrete element method is chosen. The adopted strategy is the Non-Smooth Contact Dynamics method, where grains are considered to be rigid. To generate blocks having complex shapes, a 3D grain model is suggested. This grain model is then discretized into tetrahedral subgrains, joined together using cohesive bonds so that breakage can be simulated. A Mohr-Coulomb failure criterion is used for the cohesive bonds. The model is implemented into the LMGC90 software platform. At first, the model is tested in single grain crushing simulations between two plates. Multiple parameters controling the strength of the grain are studied : the intra-granular cohesion, the size, the discretization and the orientation of the grain. The scale effect that characterizes this type of material is verified. Then the model is tested in numerical simulations of œdometric compression of rockfill. The influence of the parameters of the model and of those of the granular medium are studied. The results of œdometric simulations are compared to experimental results, and present a good agreement. Lastly, numerical experimentations are conducted in order to study the energies that are brought into play in the simulations. The surface creation energy is estimated for this type of material. Results are close to the data provided in the literature
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N'Guessan, Cécilia. "La phosphatase PPM9 de Plasmodium : caractérisation moléculaire et fonctionnelle, structure 3D du site catalytique et découverte de nouvelles molécules antipaludiques." Thesis, Lille, 2020. http://www.theses.fr/2020LILUS033.

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Abstract:
Le paludisme est l’une des maladies infectieuses les plus répandues à travers le monde. En 2018, cette parasitose fut responsable de 405 000 morts. RTS, S/A01, le seul vaccin testé à grande échelle, ne remplit pas à ce jour tous les critères d’efficacité exigés. Plasmodium falciparum (Pf), l’espèce responsable de la plus forte mortalité, a développé des résistances contre quasi tout l’arsenal thérapeutique. Il est crucial d’approfondir nos connaissances sur la biologie de ce parasite, en vue de découvrir de nouveaux médicaments. Chez Pf, de nombreuses études ont montré que les kinases et les phosphatases jouent un rôle crucial pour la survie du parasite. L’étude du kinome a permis de mettre en lumière que cibler les kinases pouvait représenter une stratégie intéressante dans le traitement de la maladie. Toutefois, les phosphatases de Pf restent peu étudiées. Des analyses comparatives des séquences en acides aminés, réalisées chez P. berghei (Pb), espèce spécifique des rongeurs, ont révélé que 6 d’entre elles sont spécifiques du genre Plasmodium. Parmi ces phosphatases, la métallophosphatase 9 (PPM9) une sérine thréonine phosphatase spécifique de Plasmodium, semble être essentielle dans le développement des stades érythrocytaires du parasite. Le gène a également été identifié comme étant essentiel chez Pf, grâce à une méthode de mutagénèse saturante à haut débit. Notre projet a pour objectif la caractérisation moléculaire et fonctionnelle de PPM9 et la validation de cette phosphatase spécifique de Plasmodium, en tant que nouvelle cible potentielle pour le paludisme. Le gène a été cloné, annoté, exprimé sous forme de protéine recombinante et sa fonction phosphatase caractérisée. L’activité enzymatique de PfPPM9 recombinante a été standardisée au sein du test au Malachite Green et nous avons montré qu’elle était dépendante de l’ion manganèse. La caractérisation fonctionnelle, a été explorée via la construction de lignées knock-out conditionnelles mais également des lignées parasitaires knock-in pour suivre leur trafic tout au long du cycle de vie (chez Pf et Pb). Nous avons en effet montré une localisation principalement cytoplasmique de PPM9 et suggéré un export possible dans le cytoplasme de l’hématie. Par ailleurs, parmi ces études de génétique inverse, nous avons notamment employé la technologie CRISPR-Cas9 facilitant l’utilisation de la Cre recombinase dimérisable (diCre) qui permet d’exciser une séquence d’ADN flanquée par des sites loxP, après activation de la rapamycine. Enfin, nous avons déterminé une structure 3D putative de PfPPM9 par homologie comparative afin d’identifier in silico des inhibiteurs spécifiques de son site actif. Un criblage virtuel a ainsi été réalisé avec la database ZINC15 et celle de L’ICPAL sur notre structure 3D. Environ 80 composés ont été testés pour leur activité antipaludique in vitro. Trois hits ont été mis en évidence : M19, M51 et M74. M19 possède une concentration inhibant 50% de la croissance parasitaire (CI50) de 3,87 μM +/- 0,25 et une structure originale jamais encore décrite comme composé antipaludique. De plus, via des études en RMN (Waterlogsy et CPMG), nous avons montré une interaction spécifique de ces hits avec PfPPM9. En perspective, l’intéractome de PPM9 devrait permettre de déterminer ses partenaires/cibles protéiques chez le parasite. En conclusion, ce projet nous conduira à une meilleure compréhension du rôle de PPM9 dans le développement du parasite et la découverte de nouvelles molécules antipaludiques
Malaria today is one of the wide spread infectious diseases in the world. In 2018, 405 000 malaria deaths have been reported. RTS, S/A01 the only vaccine tested on a large scale does not fulfil its promises with a lack of efficiency. Plasmodium falciparum (Pf), the deadliest agent of malaria, has developed resistances to almost all chemotherapeutics. It is necessary to understand the biology of this parasite in order to develop new drugs. In Pf, extensive research has now been started to study the Pf kinome and to examine whether targeting kinases could represent an effective mean for the treatment of the infection, the study of its phosphatome is still under-investigated. Amino acid sequence comparative analyses of Plasmodium berghei (Pb), a rodent malaria species, revealed that 6 are Plasmodium specific. Among these phosphatases, the metalloprotein phosphatase 9 (PPM9), a Plasmodium specific serine/threonine phosphatase, was also suggested to be essential for blood stage parasites development. Besides in a high-throughput saturation mutagenesis method in Pf, PPM9 gene was also identified essential. The present project is focused on the molecular and functional characterization of the PPM9 and on the validation of this specific phosphatase as a new potential target for malaria. The gene has been cloned, annotated and expressed as a recombinant protein and its phosphatase function has been characterized. The enzymatic activity of PfPPM9 recombinant protein has been standardised using a malachite green phosphate assay kit and this activity is manganese dependant. Functional characterization was explored by conditional gene knock-out studies as well as by generating knock-in parasite lines to follow their trafficking during the parasite lifecycle (in Pf and Pb). PfPPM9 seems to be mainly localised in the parasite cytoplasm and could be exported in the cytoplasm of red blood cell. Among these studies, we employ CRISPR-Cas9 in Pf to facilitate use of the dimerisable Cre-recombinase (diCre) that is used to mediate the excision and loss of loxP-flanked DNA sequences in a rapamycin-controlled manner. Finally, we solved in silico the 3D structure of PfPPM9 by homology modelling and identified a new set of potential specific inhibitors. We screened in silico ZINC15 database and ICPAL base on the 3D structure. We have tested around 80 compounds for their anti-plasmodial in vitro activity. We have highlighted 3 hits: M19, M51 and M74. M19 has a half maximal inhibitory concentration (IC50) of 3,87 μM +/- 0,25 and a unique scaffold as antimalarial compound. Besides, via NMR studies (Waterlogsy and CPMG), we have shown a specific interaction between these hits and PfPPM9. As a perspective, PPM9 interactome will be carried out to determine its target/partner proteins in the parasite. In conclusion, this study will lead to a deeper understanding of the role of PPM9 in the parasite development and the discovery of new antimalarial compounds
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Bouyer, Charlène. "Manipulations acoustiques de cellules pour l'ingénierie tissulaire." Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10297/document.

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Abstract:
Manipuler génétiquement ou physiquement des cellules présente un très grand intérêt pour l'ingénierie tissulaire mais soulève encore de nombreux challenges. Les technologies actuelles pour la fabrication de tissus, comme l'assemblage de micro-gels, le remplissage de matrice 3D, le modelage ou l'impression biocompatible sont limités dans leur capacité à organiser spatialement des cellules, souffrent d'un temps de manipulation conséquent, d'effets secondaires potentiellement cytotoxiques et d'une grande complexité de mise en œuvre, empêchant leur utilisation à grande échelle. Nous nous sommes intéressés dans cette thèse à développer des techniques biocompatibles, faciles à implémenter, rapides et facilement transférables dans des laboratoires de biologie. Nous les avons orientées vers deux applications stimulantes car en grand essor et pour lesquelles les techniques actuelles ne permettent pas encore une utilisation grande échelle : la réparation osseuse et l'ingénierie tissulaire neuronale
Genetic or physical cells manipulation aspires to be new challenges in tissue engineering. Current technologies to generate tissues, such as micro-scale hydrogels (microgel) assembly, scaffold seeding, molding or bio-printing suffer from the difficulty to control cells organization, multi-steps time consuming procedures and/or potentially cytotoxic side effects. In this PhD, we aimed at developing cell-friendly and rapid techniques, easily transferable to biological laboratories, for two broadly challenging applications: bone healing and neural tissue engineering, for which the above-mentioned techniques cannot yet provide widely reliable models. In case of a bone critical size defect, external help is often needed for bone healing, and gold-standard for care is bone autograft. Alternatively, the fracture healing process can be stimulated and restored by the implantation at the fracture site of hydrogels embedding growth factors. Both technologies suffer however from side effects such as donor site morbidity or cells over-proliferation in the hydrogel proximity. Moreover, the kinetic of growth factors release cannot be temporally controlled. In this work, we aim at developing an alternative method using ultrasound to spatially and temporally control growth factors release within a biocompatible material: fibrin hydrogels. Towards this goal, we encapsulated, in lipoplexes, plasmids that are under the control of a heat-shock promoter. We then transfected cells, stimulate the production of the targeted protein by heat shock and reported its expression. We also optimized an encapsulation protocol for cells within fibrin gels. This proof of concept demonstrates the feasibility of transfection by lipoplexes with a plasmid under control of heat shock, and pave the way for future developments of in situ transfection of autologous cells, for a tight temporal and spatial control of therapeutic proteins expression using ultrasound-induced hyperthermia
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Collin, Simon. "Production d'échafaudages cellulaires épais pour applications de génie tissulaire via impression 3D d'encre fugitive." Master's thesis, Université Laval, 2020. http://hdl.handle.net/20.500.11794/66706.

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Abstract:
Les travaux présentés dans ce mémoire s’inscrivent dans un projet visant à fabriquer des valves aortiques bioartificielles de remplacement pour des patients atteints de maladies cardiaques. La méthode globale étudiée consiste à produire un moule sacrificiel en sucre vitrifié produit par fabrication additive, prenant la forme d’une valve aortique et injecté avec un échafaudage cellulaire. En soumettant la valve moulée aux conditions physiologiques ressenties par une valve aortique réelle, il est espéré qu’une valve aortique fonctionnelle sera développée. Un des éléments importants dans ce procédé est l’échafaudage cellulaire. Puisque ce biomatériau contient des cellules vivantes, il doit être à l’abri de toutes sources de contamination. De plus, il doit permettre aux cellules de survivre et de sécréter de la matrice extracellulaire, dans le but d’éventuellement transformer l’échafaudage cellulaire en un tissu biologique fiable. Ce mémoire présente une technique de fabrication d’échafaudages cellulaires qui tient compte des enjeux liés à l’utilisation de cellules vivantes. Il s’agit d’une preuve de concept visant à s’intégrer au projet de valves aortiques bioartificielles. Afin de tester la méthode, une expérience in vitro de fabrication et de culture dynamique fut menée. Celle-ci démontra que cette méthode de fabrication fut adaptée au contexte de travail en environnement stérile, que les cellules ensemencées dans les spécimens furent distribuées de manière homogène, et que les moules en sucre vitrifié fabriqués par impression 3D ne causèrent pas de mortalité cellulaire dans ce contexte. Toutefois, des dommages mineurs furent observés après plusieurs semaines de culture, et les taux de viabilité cellulaire furent plus bas qu’attendu à cause d’un défaut au niveau de la perfusion des spécimens. Ainsi, la technique développée est prometteuse pour le projet de fabrication de valves aortiques, mais des améliorations doivent être apportées au niveau de la perfusion et du maintien de l’intégrité physique des tissus.
The work presented in this thesis is part of a project which aims at fabricating bioartificial aortic replacement valves for patients suffering from cardiac diseases. The global method studied to achieve this consists of fabricating sacrificial molds made of carbohydrate glass, produced by additive manufacturing, replicating the geometry of an aortic valve, and injected with a cellular scaffold. By exposing the molded valve to the physiological conditions a real aortic valve would experience, it is hoped that a functional aortic valve will be developed. One important aspect of this process is the cellular scaffold. Since this biomaterial contains live cells, it has to be isolated from all possible sources of contamination. Moreover, it has to favor cell survival, as well as extracellular matrix secretion, in order to eventually transform the scaffold into a reliable biological tissue. This thesis presents a fabrication technique for cellular scaffold that takes into account all the challenges linked to the use of live cells. It is a proof of concept with the aim of being included to the artificial aortic valve project. To validate this process and its aspects, an in vitro experiment of fabrication and dynamic culture was conducted. The results of this experiment showed that this method is adapted to the sterile work environment context, and that the cells seeded in the specimens were distributed homogeneously. This experience also demonstrated that the carbohydrate molds fabricated by additive manufacturing did not cause cell mortality in this context. However, minor damage was observed after several weeks of dynamic culture, and the cell viability rates were lower than expected because of suboptimal perfusion rates. This fabrication technique for cellular scaffolds is promising for the artificial aortic valves project, but improvements in terms of perfusion and preservation of physical integrity should be made.
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Ravel, Christophe. "Structure et dynamique du génome de Leishmania (protozoa, kinetoplastida)." Montpellier 1, 1996. http://www.theses.fr/1996MON1T004.

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Doublet, V. "Structure et Evolution du Génome Mitochondrial des Oniscidea (Crustacea, Isopoda)." Phd thesis, Université de Poitiers, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00586370.

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Abstract:
L'ADN mitochondrial (ADNmt) des animaux est généralement constitué de molécules circulaires monomériques de ~16 kb. Cependant, parmi les rares exceptions qui ont été décrites, deux espèces d'Oniscidea Armadillidium vulgare et Porcellionides pruinosus (Crustacés Isopodes terrestres) présentent un ADNmt atypique composé de molécules monomériques linéaires de ~14 kb associées à des dimères circulaires et palindromiques de ~28 kb. Afin de connaître plus en détail sa structure, l'ADNmt atypique d'A. vulgare a été séquencé. Il contient bien les 13 gènes codants pour des protéines et les deux sous unités ribosomales généralement présents dans l'ADNmt des Métazoaires, mais en revanche il ne présente pas l'ensemble des 22 ARN de transferts (ARNt) attendus. De plus, une étonnante hétéroplasmie générant un ARNt alloaccepteur pour les acides aminés Alanine et Valine (ARNtAla/Val) a été découverte. Cette hétéroplasmie est un exemple unique chez les Eucaryotes par la présence de deux gènes différents sur le même locus mitochondrial. De façon surprenante, cette hétéroplasmie a également été observée chez de nombreuses autres espèces d'Oniscidea qui possèdent aussi un génome mitochondrial atypique. Il semble donc que l'apparition de cet ADNmt atypique chez les Isopodes ait permis l'apparition de l'ARNtAla/Val, et que les forces évolutives permettant le maintien de ces deux gènes essentiels à la traduction mitochondriale soient impliquées dans la conservation de cette structure atypique.
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Doublet, Vincent. "Structure et évolution du génome mitochondrial des Oniscidea (Crustacea, Isopoda)." Poitiers, 2010. http://theses.edel.univ-poitiers/theses/2010/Doublet-Vincent/2010-Doublet-Vincent-These.pdf.

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Abstract:
L'ADN mitochondrial (ADNmt) des animaux est généralement constitué de molécules circulaires monomériques de ~16 kb. Cependant, parmi les rares exceptions qui ont été décrites, deux espèces d’Oniscidea Armadillidium vulgare et Porcellionides pruinosus (Crustacés Isopodes terrestres) présentent un ADNmt atypique composé de molécules monomériques linéaires de ~14 kb associées à des dimères circulaires et palindromiques de ~28 kb. Afin de connaître plus en détail sa structure, l'ADNmt atypique d'A. Vulgare a été séquencé. Il contient bien les 13 gènes codants pour des protéines et les deux sous unités ribosomales généralement présents dans l'ADNmt des Métazoaires, mais en revanche il ne présente pas l’ensemble des 22 ARN de transferts (ARNt) attendus. De plus, une étonnante hétéroplasmie générant un ARNt alloaccepteur pour les acides aminés Alanine et Valine (ARNtAla/Val) a été découverte. Cette hétéroplasmie est un exemple unique chez les Eucaryotes par la présence de deux gènes différents sur le même locus mitochondrial. De façon surprenante, cette hétéroplasmie a également été observée chez de nombreuses autres espèces d'Oniscidea qui possèdent aussi un génome mitochondrial atypique. Il semble donc que l'apparition de cet ADNmt atypique chez les Isopodes ait permis l'apparition de l'ARNtAla/Val, et que les forces évolutives permettant le maintien de ces deux gènes essentiels à la traduction mitochondriale soient impliquées dans la conservation de cette structure atypique
In animals, mitochondrial DNA (mtDNA) is generally composed of ~16 kb circular monomer molecules. However, two species of terrestrial Crustaceans Armadillidium vulgare and Porcellionides pruinosus (Isopoda: Oniscidea) are exceptions. Their mtDNA is composed of ~14 kb linear monomers associated to ~28 kb circular head-to-head dimers. In order to describe its structure, the complete mtDNA sequence of A. Vulgare has been obtained. It does contain the 13 protein coding genes and the 2 ribosomal sub-units generally found in metazoan mtDNA, but not all of the 22 expected transfer RNA (tRNAs). Besides, a surprising heteroplasmy that generates a dual tRNA alloacceptor for both amino acids Alanine and Valine (tRNAAla/Val) has been discovered. This heteroplasmy by the presence of two different genes on a single mitochondrial locus is an unique example in eukaryotes. Interestingly, this heteroplasmy has been observed in a wide range of Oniscidea species carrying an atypical mtDNA. The appearance of the atypical mitochondrial genome in isopods may have permit the appearance of the tRNAAla/Val, and evolutionary forces that allow the maintenance of these two genes essential for mitochondrial translation might conserve the atypical structure of mtDNA
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Books on the topic "Structure 3D du génome"

1

Me de mite ugokasu 3D nanowārudo: 3D atomic world. Nagoya-shi: Sankeisha, 2011.

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Pollefeys, Marc, Luc Van Gool, Andrew Zisserman, and Andrew Fitzgibbon, eds. 3D Structure from Images — SMILE 2000. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2001. http://dx.doi.org/10.1007/3-540-45296-6.

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3

Leontis, Neocles, and Eric Westhof, eds. RNA 3D Structure Analysis and Prediction. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2012. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-25740-7.

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4

Leontis, Neocles. RNA 3D Structure Analysis and Prediction. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2012.

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5

Bevan, D. J. M., and Angel Vegas. Inorganic 3D structures. Heidelberg: Springer, 2011.

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6

Guarnieri, Pierpaolo, Anaïs Brethes, Thorkild M. Rasmussen, Anett Blischke, Ögmundur Erlendsson, and Tobias Bauer. CRUSMID-3D: Crustal Structure and Mineral Deposit Systems. Copenhagen: Nordic Council of Ministers, 2017. http://dx.doi.org/10.6027/tn2016-562.

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7

Motizuki, Kazuko, Hideaki Ido, Tadaei Itoh, and Masato Morifuji. Electronic Structure and Magnetism of 3d-Transition Metal Pnictides. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2010. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-03420-6.

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8

Koch, Reinhard, and Luc Van Gool, eds. 3D Structure from Multiple Images of Large-Scale Environments. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 1998. http://dx.doi.org/10.1007/3-540-49437-5.

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9

Motizuki, Kazuko. Electronic structure and magnetism of 3d- transition metal pnictides. Heidelberg: Springer, 2009.

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10

B, Sommers C., ed. Calculated electronic properties of ordered alloys: A handbook : the elements and their 3d/3d and 4d/4d alloys. Singapore: World Scientific, 1995.

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Book chapters on the topic "Structure 3D du génome"

1

Sadowski, Jens. "3D Structure Generation." In Handbook of Chemoinformatics, 231–61. Weinheim, Germany: Wiley-VCH Verlag GmbH, 2008. http://dx.doi.org/10.1002/9783527618279.ch9a.

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2

Izabela, Rumak, Gieczewska Katarzyna, Kierdaszuk Borys, Mostowska Agnieszka, Gruszecki Wieslaw Ignacy, and Garstka Maciej. "3D Chloroplast Structure." In Photosynthesis. Energy from the Sun, 771–74. Dordrecht: Springer Netherlands, 2008. http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4020-6709-9_172.

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3

Toriya, Hiroshi, and Hiroaki Chiyokura. "Solid Models and Structure Analysis." In 3D CAD, 255–67. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 1993. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-45729-6_14.

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4

Lanzinger, Franz. "Game Structure." In 3D Game Development with Unity, 191–97. Boca Raton: CRC Press, 2022. http://dx.doi.org/10.1201/9780429328725-9.

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5

Nilmeier, Jerome P., Elaine C. Meng, Benjamin J. Polacco, and Patricia C. Babbitt. "3D Motifs." In From Protein Structure to Function with Bioinformatics, 361–92. Dordrecht: Springer Netherlands, 2017. http://dx.doi.org/10.1007/978-94-024-1069-3_11.

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6

Rohrer, Douglas C., and Jordi Mestres. "3D Molecular Similarity Methods." In Structure-Based Drug Design, 211–22. Dordrecht: Springer Netherlands, 1998. http://dx.doi.org/10.1007/978-94-015-9028-0_18.

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7

Rohrer, Douglas C. "3D Molecular Similarity Methods." In Structure-Based Drug Design, 65–76. Dordrecht: Springer Netherlands, 1998. http://dx.doi.org/10.1007/978-94-015-9028-0_6.

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8

Papaconstantopoulos, Dimitrios A. "3D Transition-Metal Hydrides." In Band Structure of Cubic Hydrides, 147–221. Cham: Springer International Publishing, 2023. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-06878-2_6.

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Vegas, Angel. "FeLi[PO4]: Dissection of a Crystal Structure." In Inorganic 3D Structures, 67–91. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2010. http://dx.doi.org/10.1007/430_2010_35.

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10

Djinović-Carugo, Kristina, and Oliviero Carugo. "3D Structure and Drug Design." In Computational Medicine, 145–58. Vienna: Springer Vienna, 2012. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-7091-0947-2_8.

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Conference papers on the topic "Structure 3D du génome"

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Kosina, Petr, Edita Hejatkova, and Josef Sandera. "Bonding in 3D structure." In 2008 31st International Spring Seminar on Electronics Technology (ISSE). IEEE, 2008. http://dx.doi.org/10.1109/isse.2008.5276619.

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2

Chen, Jian-Ping. "3D Structure of Hadron." In The 2018 Weihai High-Energy Physics School (WHEPS), Asia/Shanghai, August 16, 2018. US DOE, 2018. http://dx.doi.org/10.2172/1968278.

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3

Husna, Khouser G., and Yogesh Kumar Choukikier. "3D-Dual Circular Metamaterial Structure." In 2019 International Conference on Vision Towards Emerging Trends in Communication and Networking (ViTECoN). IEEE, 2019. http://dx.doi.org/10.1109/vitecon.2019.8899447.

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4

Flint, Alex, Anthony Dick, and Anton van den Hengel. "Thrift: Local 3D Structure Recognition." In 9th Biennial Conference of the Australian Pattern Recognition Society on Digital Image Computing Techniques and Applications (DICTA 2007). IEEE, 2007. http://dx.doi.org/10.1109/dicta.2007.4426794.

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5

Richards, David. "Lattice Calculations of 3D Structure." In INT Program INT–17–3 Spatial and Momentum Tomography of Hadrons and Nuclei, Seattle, Washington, August 28, 2017. US DOE, 2017. http://dx.doi.org/10.2172/1986143.

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6

Egerer, Colin, and Raza Sufian. "LQCD 3D Meson Structure Prospects." In Workshop on Pion and Kaon Structure Functions at the EIC, Online, June 20, 2020. US DOE, 2020. http://dx.doi.org/10.2172/1974441.

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7

Luo, Ling, Yulia Gryaditskaya, Tao Xiang, and Yi-Zhe Song. "Structure-Aware 3D VR Sketch to 3D Shape Retrieval." In 2022 International Conference on 3D Vision (3DV). IEEE, 2022. http://dx.doi.org/10.1109/3dv57658.2022.00050.

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8

Oberhauser, Roy, Christian Silfang, and Carsten Lecon. "Code structure visualization using 3D-flythrough." In 2016 11th International Conference on Computer Science & Education (ICCSE). IEEE, 2016. http://dx.doi.org/10.1109/iccse.2016.7581608.

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9

Nicak, Michal, Boleslav Psota, Petr Kosina, Jiri Stary, and Josef Sandera. "Zero shrink LTCC 3D structure interconnections." In 2012 35th International Spring Seminar on Electronics Technology (ISSE). IEEE, 2012. http://dx.doi.org/10.1109/isse.2012.6273122.

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10

"MORPHOLOGICAL ANALYSIS OF 3D PROTEINS STRUCTURE." In International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. SciTePress - Science and and Technology Publications, 2011. http://dx.doi.org/10.5220/0003127000150021.

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Reports on the topic "Structure 3D du génome"

1

Sax, Martin, J. Pletcher, and S. Swaminathan. The 3D Structure of Staphylococcal Enterotoxins. Fort Belvoir, VA: Defense Technical Information Center, October 1994. http://dx.doi.org/10.21236/ada286091.

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2

Sax, Martin. The 3D Structure of Some Diarrheal Causing Bacterial Toxins. Fort Belvoir, VA: Defense Technical Information Center, July 1988. http://dx.doi.org/10.21236/ada201756.

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3

Sax, Martin. The 3D Structure of Some Diarrheal Causing Bacterial Toxins. Fort Belvoir, VA: Defense Technical Information Center, July 1992. http://dx.doi.org/10.21236/ada255257.

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Sax, Martin. The 3D Structure of Some Diarrheal Causing Bacterial Toxins. Fort Belvoir, VA: Defense Technical Information Center, July 1991. http://dx.doi.org/10.21236/ada242202.

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5

Kotula, Paul Gabriel, and Michael J. Rye. Advanced Characterization: 3D chemistry and structure at sub-nm resolution. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), October 2014. http://dx.doi.org/10.2172/1172785.

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Hexemer, Alex. 3D Structure and Organization in Polymeric and Organic Thin Films. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), May 2010. http://dx.doi.org/10.2172/1619202.

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7

Tyler, Christopher W., and Tai-Sing Lee. Encoding of 3D Structure in the Visual Scene: A New Conceptualization. Fort Belvoir, VA: Defense Technical Information Center, March 2013. http://dx.doi.org/10.21236/ada580528.

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Zhao, Zhengji, Juan Meza, Byounghak Lee, Hongzhang Shan, Erich Strohmaier, David Bailey, and Lin-Wang Wang. The linearly scaling 3D fragment method for large scale electronic structure calculations. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), July 2009. http://dx.doi.org/10.2172/979800.

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9

Zhao, Zhengji, Juan Meza, Byounghak Lee, Hongzhang Shan, Erich Strohmaier, David Bailey, and Lin-Wang Wang. The Linearly Scaling 3D Fragment Method for Large Scale Electronic Structure Calculations. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), June 2009. http://dx.doi.org/10.2172/964376.

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Yip, Cecil C., and Ira D. Goldfine. Identification of IGF-II-Binding Site on the Quaternary 3D Structure of the Insulin Receptor. Fort Belvoir, VA: Defense Technical Information Center, June 2002. http://dx.doi.org/10.21236/ada405367.

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