Dissertations / Theses on the topic 'Spectrométrie de masse – Analyse informatique'
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Lefévre, Soizic. "Caractérisation de la qualité des raisins par imagerie." Electronic Thesis or Diss., Reims, 2023. http://www.theses.fr/2023REIMS017.
Abstract:
L’identification des états sanitaires du raisin au moment de la vendange est un enjeu majeur afin de produire des vins de qualité. Pour répondre à cet enjeu, des données sont acquises par spectrométrie, imagerie hyperspectrale et imagerie RGB sur des échantillons de raisin au cours des vendanges.Plusieurs prétraitements adaptés à chaque type de données sont appliqués tels que la normalisation, la réduction, l’extraction de vecteurs de caractéristiques et la segmentation de zones utiles. D’un point de vue imagerie, la reconstitution en fausses couleurs des images hyperspectrales, éloignée de la réalité, ne permet pas d’étiqueter toute la diversité intra-classe. En revanche, la qualité visuelle de l’imagerie RGB favorise l’étiquetage des classes avec précision. A partir de cet étiquetage, des classifieurs tels que les machines à vecteurs de support, les forêts aléatoires, l’estimation du maximum de vraisemblance, la mise en correspondance spectrale, les k-moyennes sont testés et entrainés sur les bases étiquetées. En fonction de la nature des données, le plus performant est appliqué sur les images entières de grappes ou caisses de raisins de plusieurs cépages provenant de différentes parcelles.Les indices de qualité obtenus à partir du traitement des images RGB sont très proches des estimations effectuées par les experts du domaineIdentifying the health conditions of the grapes at harvest time is a major issue in order to produce quality wines. To meet this issue, data are acquired by spectrometry, hyperspectral imaging and RGB imaging on grape samples during harvest.Several pre-treatments adapted to each type of data are applied such as normalization, reduction, extraction of characteristic vectors, and segmentation of useful areas. From an imaging point of view, the reconstruction in false colors of hyperspectral images, far from reality, doesn’t allow to label all the intra-class diversity. On the other hand, the visual quality of RGB imaging enables accurate class labelling. From this labelling, classifiers such as support vector machines, random forests, maximum likelihood estimation, spectral mapping, k-means are tested and trained on labelled bases. Depending on the nature of the data, the most effective is applied to whole images of grape clusters or crates of grapes of several grape varieties from different parcels.The quality indices obtained from RGB image processing are very close to the estimates made by experts in the field
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Tirsoaga, Alina. "Analyse structurale d'endotoxines bactériennes par spectrométrie de masse." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112002.
Abstract:
Du point de vue chimique les endotoxines sont des lipopolysaccharides (LPS) constitués d’une chaîne de sucres, caractéristique de chaque espèce bactérienne, et d’une structure lipidique, le lipide A. Nous avons mis au point des méthodes d’analyse structurale et de purification permettant des avancées importantes dans le domaine de la relation structure-activité. La première est une micro-méthode d’analyse qui peut être appliquée à des quantités de bactéries de l’ordre du milligramme. Elle conduit à l’obtention de spectres de lipide A en une journée, au lieu d’une semaine par les techniques classiques. La seconde permet d’établir la structure et le positionnement des acides gras sur des quantités de lipide A minimes. Cette technologie a été appliquée aux lipides A de Citrobacter, une Entérobactérie responsable de maladies nosocomiales. Enfin, une méthode de purification permet d’obtenir des échantillons hautement purifiés pour les tests biologiques. Elle permettra des comparaisons plus fiables entre différentes préparations purifiées dans différents laboratoires. Nous avons aussi mis en évidence la présence de nouveaux substituants au niveau de la région lipidique des lipides A du genre Bordetella, dont B. Pertussis, la coqueluche. Il s’agit de la présence d’une glucosamine sur chaque phosphate dont l’implication sur les activités biologiques seront majeurs au niveau de l’action des peptides antibactériennes, car ces structures viennent neutraliser les charges du lipide A, la molécule responsable des activités endotoxiques du LPSEndotoxins are lipopolysaccharides (LPS) made up of a lipid - (called lipid A) and a sugar - chain, both characteristic of each bacterial species. We developed methods of structure analysis and a purification method representing an important improvement for studies of structure/activity relationships. The first one is a micro analytical method that can be applied to milligram quantities of bacteria. With it, one can obtain spectra of the lipid A in one day, instead of a week as for previous techniques. The second one leads to the determination of the structure and the positions of the fatty acids with a little amount of lipid A. This technology was applied to Citrobacter, an Enterobacterium causing nosocomial diseases. A LPS purification method gave highly purified samples suitable for biological tests. This method will give preparation having identical activities in different laboratories. We also have established the existence of new constituents on the lipid A of B. Bronchiseptica, from which the whooping cough originated. The presence of a glucosamine on the phosphate group(s) was demonstrated and its effect on the biological activities will be of high impact particularly on the activity of anti-bacterial peptides, as glucosamines neutralise the lipid A structure responsible for the endotoxic activities of LPS
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Gilles, Isabelle. "Spectrométrie de masse et réactivité chimique." Montpellier 2, 1995. http://www.theses.fr/1995MON20080.
Abstract:
L'identification d'un compose par spectrometrie de masse passe par l'etude d'un ion caracteristique a l'etat gazeux. Avec les methodes douces d'ionisation (essentiellement la methode fab), les deux etapes ne se font plus dans un ordre bien defini et une reactivite chimique intervient souvent dans la phase condensee. Une etude du phenomene le plus frequent de reactivite: la reduction, a ete realisee, ce qui a permis d'etablir que diverses transformations impliquent toutes dans une premiere etape la fixation d'electrons. L'ampleur de ces transformations imputables a une reduction a aussi ete demontree lors de la mise en uvre de la spectrometrie de masse fab en mode dynamique. Deux applications de cette reactivite chimique en spectrometrie de masse fab ont ete suggerees: determination de basicites relatives en phase gazeuse et de la configuration absolue d'un compose chiral. Par ailleurs, l'etude des spectres de masse fab de cations bicharges (bis-ammonium et phosphonium) a montre que grace au marquage par la deuxieme charge, plusieurs reactions entre le cation et le contre-ion interviennent. Le caractere complementaire des spectrometries de masse esi et fab a ete etabli
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Dron, Julien. "Analyse fonctionnelle par spectrométrie de masse tandem : application aux aérosols organiques atmosphériques." Phd thesis, Université de Provence - Aix-Marseille I, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00308753.
Abstract:
La matière organique particulaire (POM) des aérosols atmosphériques présente une composition chimique particulièrement complexe. Au mieux, seulement 20 % en masse des particules parviennent à être identifiés par les techniques de spéciation moléculaire. D'autre part, les méthodes d'analyse globale conduisent à une simplification importante de la matrice et par conséquent à une perte d'informations. Les travaux menés au cours de cette thèse s'inscrivent dans un objectif de développement de méthodes d'analyse chimique innovantes et complémentaires, permettant une meilleure connaissance et une meilleure compréhension de la fraction organique des aérosols atmosphériques. Trois méthodes d'analyse fonctionnelle par spectrométrie de masse tandem (MS/MS) ont été mises au point, pour la détermination quantitative des fonctions chimiques carboxyliques (RCOOH), carbonyles (R-CO-R') et nitros (R-NO2). Dans les trois cas, la précision des mesures a été estimée par le calcul de la variabilité obtenue pour l'analyse de 25 mélanges références constitués de 16 à 31 composés selon la fonction étudiée, dans des proportions différentes d'un mélange à un autre. Le résultat de cette étude statistique montre une erreur analytique inférieure à 20 % pour chacune des trois fonctions. Les limites de détection (de l'ordre de 0,005 mM) et la gamme de linéarité (0,01 - 0,5 mM) ont permis d'appliquer les méthodes développées sur des échantillons d'aérosols organiques secondaires produits en chambre de simulation, d'aérosols à l'émission, et sur des aérosols atmosphériques. Les résultats obtenus sont cohérents avec la littérature et notre connaissance actuelle des aérosols. Plusieurs pistes de réflexion sur l'utilisation des méthodes développées sont enfin présentées et montrent l'intérêt de cette nouvelle approche en termes d'études des sources et de vieillissement de l'aérosol.
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Dadi, Hala. "Analyse par spectrométrie de masse des tubulines et de l'hormone de croissance." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS582.
Abstract:
Les tubulines sont des protéines impliquées dans des processus biologiques essentiels à la vie cellulaire. Elles sont polymodifiées en leurs extrémités C-terminales. Différentes techniques ont été utilisées pour caractériser les polymodifications des tubulines. Mais certaines difficultés persistent concernant l’indentification fine de plusieurs structures. Le couplage de spectrométrie de masse à la mobilité ionique représente une avancée technique plus pertinente pour la séparation d’isomères de structures. En effet, la mobilité ionique peut séparer des ions de même rapport m/z en fonction de leur conformation. Dans la première partie de cette thèse, une analyse par mobilité ionique et spectrométrie de masse en tandem a permis la séparation de deux peptides de synthèse mimant des peptides C-terminaux de tubuline α diglycylés. L’hormone de croissance (GH) est une hormone anabolique et un agent dopant pour les sportifs. La disponibilité de la hGH recombinante (rhGH) dans le marché noir a augmenté la fréquence du dopage à la GH. Les tests antidopage approuvés par l’agence mondiale d’antidopage sont confrontés à certaines limites. Dans la deuxième partie de ma thèse, des analyses comparatives de la hGH naturelle et la rhGH ont été réalisées par spectrométrie de masse couplée à la chromatographie liquide en phase inverse pour trouver une différence chimique entre la hGH naturelle et la rhGH. La hGH naturelle extraite des glandes pituitaires de cadavres est glycosylée alors que la rhGH n’est pas modifiée. De manière intéressante, cette glycosylation se trouve sur un peptide protéospécifique de la hGH. Ce travail ouvre une piste pour le développement d’une nouvelle méthodologie pour les tests anti-dopage à la GHThe tubulins are proteins involved in cellular processes that are essential for cell life. The tubulins are polymodified at their C-terminal extremities. Different techniques have been used to characterize the polymodifications of tubulins. However, some challenges remain in the fine identification of some structures. In fact, mass spectrometry ion mobility can separate ions of the same m/z ratio depending on their conformations. In the first part of this thesis, an ion mobility mass spectrometry analysis allowed the separation of two synthetic peptides that mimic the structure of C-terminal peptides of biglycylated α-tubulins. In order to extrapolate this type of experiment to the C-terminal peptides purified from biological tubulins, we employed an analytical process to analyze these peptides from purified brain tubulins. Growth hormone (GH) is an anabolic hormone and a doping agent used by athletes. The availability of rhGH in the black-market has continuously increased because of doping in sports. The natural and the biosynthetic hGH have identical peptidic sequences. So far, the valid hGH anti-doping tests by the world antidoping agency are based on immunological recognition. However, Immunoassays have their own limitations. Therefore, the next generation analysis of GH has to be more specific and accurate. In the second part of this thesis, mass spectrometry coupled to reversed phase chromatography was used to find chemical differences between the pituitary hGH and the rhGH. The pituitary extracted hGH is glycosylated whereas the biotech product is sugar free. The present work represents an opening towards a novel methodology for a novel hGH anti-doping test
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Barrere, Caroline. "Analyse de polymères synthétiques par résonance magnétique nucléaire et spectrométrie de masse." Thesis, Aix-Marseille 1, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX10061/document.
Abstract:
Ces travaux de thèse sont consacrés à l’étude, par RMN et spectrométrie de masse, de la caractérisation structurale et la quantification en mélange, de polymères synthétiques à architectures complexes. La caractérisation structurale de copolymères à blocs amphiphiles POE-b-PS a été abordée dans un premier temps par la mise au point d’une nouvelle stratégie, rapide et sans prétraitement, pour la détermination de la masse moyenne en masse par RMN PGSE. La problématique des groupements terminaux fragiles en MALDI-MS, particulièrement cruciale dans le cas de polymères fonctionnalisés par des nitroxydes, a également été traitée. Une approche multidisciplinaire impliquant la RMN, la spectrométrie de masse et la chimie théorique a conduit au développement d’une stratégie de dérivation du groupement terminal labile qui permet la production d’adduits moléculaires intacts MALDI. Par ailleurs, la nécessité de quantifier les impuretés issues de la synthèse de ces macromolécules a conduit au développement d’une stratégie originale, rapide et efficace, basée sur la RMN PGSE. Cette stratégie, qui s’appuie sur la détermination des temps de relaxation magnétique des signaux au cours des expériences, suivie de la renormalisation des intégrales, a notamment soulevé la difficulté de mesurer le temps de relaxation transversale dans le cas de systèmes de spins magnétiquement couplés. Une nouvelle séquence d’impulsions a donc été proposée pour permettre une mesure précise de ce temps de relaxation dans un système de deux spins couplésThis thesis work deals with two main analytical aspects of PEO-b-PS amphiphilic block copolymers, their structural characterization and their quantitation in mixture, using NMR and mass spectrometry. In a first part, a novel approach was developed for the determination of copolymer weight average molecular weight by PGSE NMR. The issue of MALDI mass analysis of PEO homopolymers functionalized with a labile nitroxide end-group for the purpose of nitroxide mediated polymerization of the PS block was also addressed. A multidisciplinary approach involving NMR, mass spectrometry and theoretical calculation gave rise to an efficient derivatization strategy aimed at allowing intact PEO adducts to be generated by MALDI. In addition, requirement for impurity quantitation in polymer samples led to the development of a rapid and accurate method using PGSE NMR. This approach, based on the measurement of magnetic relaxation times during PGSE experiments to enable signal intensity renormalization, evidenced the issue of transverse relaxation time estimation in the case of coupled spin systems. A novel NMR pulse sequence was hence proposed and successfully applied for accurate measurement of transverse relaxation times in a model case of a two-spin coupled system
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Barrere, Caroline. "Analyse de polymères synthétiques par résonance magnétique nucléaire et spectrométrie de masse." Electronic Thesis or Diss., Aix-Marseille 1, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX10061.
Abstract:
Ces travaux de thèse sont consacrés à l’étude, par RMN et spectrométrie de masse, de la caractérisation structurale et la quantification en mélange, de polymères synthétiques à architectures complexes. La caractérisation structurale de copolymères à blocs amphiphiles POE-b-PS a été abordée dans un premier temps par la mise au point d’une nouvelle stratégie, rapide et sans prétraitement, pour la détermination de la masse moyenne en masse par RMN PGSE. La problématique des groupements terminaux fragiles en MALDI-MS, particulièrement cruciale dans le cas de polymères fonctionnalisés par des nitroxydes, a également été traitée. Une approche multidisciplinaire impliquant la RMN, la spectrométrie de masse et la chimie théorique a conduit au développement d’une stratégie de dérivation du groupement terminal labile qui permet la production d’adduits moléculaires intacts MALDI. Par ailleurs, la nécessité de quantifier les impuretés issues de la synthèse de ces macromolécules a conduit au développement d’une stratégie originale, rapide et efficace, basée sur la RMN PGSE. Cette stratégie, qui s’appuie sur la détermination des temps de relaxation magnétique des signaux au cours des expériences, suivie de la renormalisation des intégrales, a notamment soulevé la difficulté de mesurer le temps de relaxation transversale dans le cas de systèmes de spins magnétiquement couplés. Une nouvelle séquence d’impulsions a donc été proposée pour permettre une mesure précise de ce temps de relaxation dans un système de deux spins couplésThis thesis work deals with two main analytical aspects of PEO-b-PS amphiphilic block copolymers, their structural characterization and their quantitation in mixture, using NMR and mass spectrometry. In a first part, a novel approach was developed for the determination of copolymer weight average molecular weight by PGSE NMR. The issue of MALDI mass analysis of PEO homopolymers functionalized with a labile nitroxide end-group for the purpose of nitroxide mediated polymerization of the PS block was also addressed. A multidisciplinary approach involving NMR, mass spectrometry and theoretical calculation gave rise to an efficient derivatization strategy aimed at allowing intact PEO adducts to be generated by MALDI. In addition, requirement for impurity quantitation in polymer samples led to the development of a rapid and accurate method using PGSE NMR. This approach, based on the measurement of magnetic relaxation times during PGSE experiments to enable signal intensity renormalization, evidenced the issue of transverse relaxation time estimation in the case of coupled spin systems. A novel NMR pulse sequence was hence proposed and successfully applied for accurate measurement of transverse relaxation times in a model case of a two-spin coupled system
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Carapito, Christine. "Vers une meilleure utilisation des données de spectrométrie de masse en analyse protéomique." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2006/CARAPITO_Christine_2006.pdf.
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Oliva, Mizar Francesca. "Analyse biochimique et par spectrométrie de masse d'un complexe ribonucléoprotéique d'export du VIH-1." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAV029/document.
Abstract:
Une étape importante du cycle viral du virus de l'immunodéficience humaine (VIH) est l'export nucléaire de transcrits viraux incomplètement épissés, incluant le génome viral ARN. Ce processus fait intervenir la protéine virale de liaison à l'ARN Rev. Dans le noyau, Rev interagit avec les transcrits viraux non épissés et partiellement épissés en s'oligomérisant sur une séquence intronique de 350 nucléotides, appelée Element de Response à Rev (RRE). Rev recrute également le facteur d'export cellulaire CRM1 et la petite GTPase Ran pour former le complexe d'export RRE/Rev/CRM1/Ran. Connaître l'architecture 3D de ce complexe ribonucléoprotéique fournirait des informations utiles pour une meilleure compréhension de l'export des ARN du VIH incomplètement épissés. Cependant, les détails moléculaires de ce complexe sont mal connus ; en particulier, la stœchiométrie des molécules Rev et CRM1 liées au RRE est en discussion.Mon doctorat vise à étudier l'architecture du complexe RRE/Rev/CRM1/Ran. Dans le cadre de ce travail, j'ai utilisé des essais biochimiques et cellulaires pour caractériser les interactions entre CRM1 et Rev et entre Rev et RRE. La majorité de mes efforts ont porté sur l'étude de ces interactions par spectrométrie de masse (MS) en condition native, une méthode puissante pour déterminer la stœchiométrie de complexes macromoléculaires. J'ai mis en place des protocoles pour la préparation à grande échelle d'un fragment du RRE de 66 nucléotides (IIABC), portant un site de liaison Rev de haute affinité, protocoles que j'ai ensuite adaptés à l'analyse de IIABC par MS en condition native. Comme Rev a tendance à s'agréger et à précipiter en solution, j'ai également conçu une forme mutante de Rev (Rev*) permettant de contourner ces problèmes. L'analyse des complexes IIABC/Rev* par électrophorèse sur gel natif confirme l'oligomérisation de Rev* sur l'ARN. Après d'intenses optimisations, j'ai obtenu des spectres MS en condition native de haute qualité, révélant que IIABC lie jusqu'à 6 monomères Rev*. De plus, j'ai reconstitué un complexe à 4 partenaires IIABC/Rev*/CRM1/Ran et j'ai réussi à déterminer sa masse et sa stœchiométrie par MS en condition native, une tâche techniquement difficile. Des efforts supplémentaires pour analyser le RRE seul et en complexe avec Rev de type sauvage ont également généré des spectres informatifs, alors que l'analyse du complexe intact RRE/Rev/CRM1/Ran a été plus compliquée. Ces résultats illustrent les forces et les limites de la spectrométrie de masse en condition native et son potentiel pour son développement futur en tant qu'outil d'analyse des complexes de ribonucléoprotéinesAn important step in the life cycle of human immunodeficiency virus (HIV) is the nuclear export of incompletely spliced viral transcripts, including the replicated viral RNA genome. This process is mediated by the viral RNA-binding protein Rev. In the nucleus, Rev recognizes unspliced and partially spliced viral transcripts by multimerizing on a 350-nucleotide intron sequence, the Rev-response element (RRE). Rev then recruits the host cell export factor CRM1 and the small GTPase Ran to form the RRE/Rev/CRM1/Ran export complex. Knowledge of the 3D architecture of this ribonucleoprotein complex would provide important insights into how unspliced viral RNA export is achieved. However, the molecular details of this complex are poorly understood. In particular, the stoichiometry of Rev and CRM1 molecules bound to the RRE is under debate.My Ph.D. project aims to investigate the architecture of the RRE/Rev/CRM1/Ran complex. As part of this work, I used biochemical and cell-based assays to characterize the interactions between CRM1 and Rev and between Rev and the RRE. The majority of my efforts focused on investigating these interactions by native mass spectrometry (MS), a powerful method for determining the stoichiometry of macromolecular complexes. I set up protocols for the large-scale preparation of a 66-nucleotide RRE fragment (IIABC) bearing a high-affinity Rev binding site, and adapted these for compatibility with native MS analysis. Because Rev tends to aggregate and precipitate in solution, I engineered a mutant form of Rev (Rev*) to overcome this problem. Analysis of IIABC/Rev* complexes by native gel electrophoresis confirms multimerization of Rev on the RNA. After extensive optimization, I obtained high-quality native MS spectra of these complexes, revealing that IIABC binds up to 6 Rev* monomers. Furthermore, I reconstituted a 4-species complex, IIABC/Rev*/CRM1/Ran, and succeeded in determining its mass and stoichiometry by native MS – a technically challenging task. Additional efforts at analyzing the intact RRE and complexes with wild-type Rev have also yielded informative spectra, while analysis of the intact RRE/Rev/CRM1/Ran holo-complex has had more limited success. These results illustrate the strengths and limitations of native mass spectrometry and its potential for future development as a tool for analyzing ribonucleoprotein complexes
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Rhourri-Frih, Boutayna. "Analyse, classification et caractérisation de résines d'origine végétale par chromatographie et spectrométrie de masse." Thesis, Orléans, 2009. http://www.theses.fr/2009ORLE2054/document.
Abstract:
L’analyse et la classification de 31 résines végétales par différentes méthodes analytiques (HPTLC, CPL-UV, CPL-DEDL, CPL-SM, CPG-SM et RMN) a été réalisée dans un but d’établir un lien de parenté entre l’identité chimique d’une résine et son appartenance botanique. Les résines naturelles étant riches en dérivés triterpéniques une étude de leur détection par spectrométrie de masse (SM) a été menée montrant l’intérêt de l’ionisation douce pour cette famille moléculaire et l’avantage des sources APCI et APPI pour une détection sensible en LC-MS e ces composés. Ces métabolites secondaires peu polaires et très riches en isomères, ont nécessité la mise au point des méthodes d’extraction et de séparation efficace pour permettre l’amélioration de leur rendement d’extraction et faciliter leur identification dans leur milieu naturel. Trois dérivés triterpéniques ont été identifiés pour la première fois dans l’une des résines étudiées (Manilkara bidentata) et leur activité biologique a été testée sur des cellules de peau humaine en cultureThe aim of this research was to analyze and classify 31 natural resins using different analytical tools (HPTLC, LC-UV, LC-ELSD, LC-MS, GC-MS and NMR) in order to verify the link between the chemical composition of resins and their botanic belongs. Natural resins are mostly composed from triterpens that is the reason why development of sensitive liquid chromatography method hyphenated to mass spectrometry detection was necessary. APPI and APCI were proved to be the most adequate sources of ionization for triterpens mass spectrometry analysis. Triterpens have low polarity index and contain number of isomers making their extraction and separation difficult in liquid chromatography. To improve their extraction and separation in their natural matrix, different parameters were considered. Finally, three triterpens derivatives were described for the first time in Manilkara bidentata resin and their bio-activity was tested on human skin cells cultures
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Thompson, Maureen. "Analyse protéomique de NOTCH1 : exploitation d'un système fiable pour l'identification de nouveaux partenaires d'interaction." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2015. http://hdl.handle.net/11143/8167.
Abstract:
NOTCH1 est un récepteur transmembranaire qui, suite à la liaison de son ligand, subit une série de clivages protéolytiques libérant un fragment intracellulaire actif NIC1. Une fois libéré, NIC1 transloque au noyau où il s’associe à des cofacteurs transcriptionnels tels CSL et MAML1 afin d’initier la transcription de gènes cibles dont HES1. La voie Notch joue un rôle dans différents processus cellulaires, dont la prolifération, la mort cellulaire et la différenciation cellulaire. En conséquence, une mauvaise régulation ou une perte d’activité de cette voie de signalisation mène à des maladies humaines telles que des pathologies du développement et le cancer. De ce fait, la voie Notch est grandement régulée à divers niveaux. Entre autres, NIC1 subit des modifications post-traductionnelles qui régulent sa stabilité et par conséquent influence la durée du signal NOTCH1. L’activité transcriptionnelle de NIC1 est également régulée via le recrutement coordonné de cofacteurs transcriptionnels. Malgré tout, très peu de choses sont connues quant aux modifications post-traductionnelles pouvant moduler spécifiquement l’activité du complexe transcriptionnel formé par NIC1. De plus, les études jusqu’à présent n’ont pas permis d’identifier tous les partenaires d’interaction se retrouvant dans le complexe transcriptionnel NIC1/CSL/MAML1 et pouvant moduler son activité. Ainsi, l’objectif de cette étude était d’établir un système permettant l’identification de nouveaux partenaires transcriptionnels de NIC1. Nous avons exprimé une forme tronquée et constitutivement clivée de Notch1 et, suivant des analyses par spectrométrie de masse, nos résultats suggèrent l’interaction possible de NIC1 avec des membres du complexe médiateur et d’autres protéines impliquées dans la régulation génique. Nous avons également exprimé un NIC1-GFP et nos travaux ont permis de montrer qu’il était principalement localisé au noyau, où il s’associe à l’ARN polymérase II, et qu’il est dégradé par le protéasome. Suivant des analyses par spectrométrie de masse, nos résultats suggèrent l’interaction possible de NIC1 avec plusieurs régulateurs transcriptionnels et des protéines impliqués dans l’ubiquitination/Sumoylation. Bref, les analyses protéomiques sont un bon système d’exploitation pour l’identification de nouveaux partenaires d’interaction de NIC1. Ainsi, notre étude permettra une meilleure compréhension de la signalisation Notch d’apparence simple, mais plutôt complexe.
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Guy, Philippe. "Utilisation de la spectrométrie de masse pour l'étude structurale des protéines." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1996. http://www.theses.fr/1996GRE10085.
Abstract:
Nous decrivons les progres recents de la spectrometrie de masse dans l'etude structurale des proteines. Nos etudes associent la degradation chimique d'edman, les hydrolyses enzymatiques et les analyses par esims pour resoudre des problemes specifiques a la caracterisation de la structure primaire des proteines. Ainsi nous montrons qu'il est possible de preparer des sels d'ammonium quaternaires d'isothiocyanates par synthese chimique et de les utiliser dans les conditions de la degradation d'edman. La detection des produits resultants est realisee par esims afin d'ameliorer la sensibilite et d'assurer la caracterisation de certains residus. La connaissance de la structure primaire des proteines nous a conduit a l'etude de la localisation des ponts disulfures, responsables en partie du maintien de la structure tridimensionnelle des proteines. Une approche nouvelle utilisant la tris-(2-carboxyethyl) phosphine pour la reduction des ponts disulfures et le n-hydroxymethyl benzamide comme methode d'alkylation des cysteines libres en milieu acide est presentee. Apres avoir realise une etude comparative de peptides lies a l'aide d'un pont disulfure par sm avec divers modes d'ionisation, nous avons identifie ceux des puroindolines a et b de ble. Enfin, par esims, nous avons obtenu des renseignements sur la stabilite et la conformation des cytochromes c#2 et c#5#5#3 sauvages et mutes. Nous avons mis en evidence la presence de plusieurs conformeres de proteines par observation de la distribution des etats de charges et par la mesure des echanges isotopiques (h/d). Nous avons ainsi classe en fonction de leur stabilite, les mutants des deux cytochromes par rapport aux types sauvages. De plus, nous avons mis au point et realise l'etude des sites de deuteriation des hydrogenes amidiques du squelette polypeptidique. Celle-ci utilise les echanges isotopiques suivis d'une digestion rapide par la pepsine permettant d'obtenir des informations locales sur la penetration du solvant deuterie dans la proteine
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Mathieu, Alex-Ane. "Analyse protéomique de lignées cellulaires et de tissus de cancer colorectal par spectrométrie de masse." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2015. http://hdl.handle.net/11143/7615.
Abstract:
Résumé : L’adénocarcinome colorectal est parmi les plus importants cancers au Canada en terme de mortalité et morbidité. Cependant, nous n’en connaissons encore que peu, entres autres sur les voies cellulaires importantes et les protéines présentant un potentiel comme biomarqueur. Cette étude fut divisée en deux sous-projets.
Sous-projet A. Il n’y a présentement aucun biomarqueur permettant de prédire la réponse à la radiothérapie comme modalité de traitement pour le cancer colorectal. Le but de ce sous-projet était de mettre au point les méthodes permettant d’effectuer une étude prospective ou rétrospective par spectrométrie de masse sur la réponse à la radiothérapie en utilisant des échantillons de tissu de patient. Des échantillons de tissu de souris et de tissu humains anonymisés ont été utilisés pour évaluer la faisabilité d’une telle étude. Différentes techniques d’extraction protéique ont été évaluées. Les extraits totaux et fractionnements subcellulaires de tissu frais ont permis une analyse appropriée des protéines cellulaires. Il en était de même pour l’extraction totale de tissus fixés. Cependant, les protéines extraites suite à microdissection au laser de tissu fixé étaient inadéquates et en nombre insuffisant.
Sous-projet B. Afin d’investiguer l’importance de fonctions, voies ou protéines dans différents types de cancer colorectaux, neuf lignées cellulaires de cancer colorectal et de côlon normal ont été fractionnées en quatre compartiments subcellulaires et analysées par spectrométrie de masse. Aucun groupe de recherche n’avait analysé jusqu’à présent plus de cinq lignées et plus d’un compartiment subcellulaire à la fois. Les résultats montraient que certaines voies canoniques et fonctions cellulaires étaient de haute importance dans plusieurs des lignées analysées, dont la voie de signalisation par eIF2. De plus, les régulateurs de transcription TP53, MYC et TGFB1, pouvant être responsables des caractéristiques cellulaires observées, ont été identifiés.
En conclusion, ce projet nous a permis d’améliorer nos connaissances sur les caractéristiques moléculaires d’importance dans le cancer colorectal et de mettre au point des techniques qui pourraient permettre la découverte de nouveaux biomarqueurs.Abstract : Colorectal adenocarcinoma is one of the most important cancers in Canada in terms of mortality and morbidity. However, we still know very little on its molecular features. This study was divided into two sub-projects. Sub-project A. At this time, no biomarker has the capacity of predicting a patient’s response to radiotherapy, which is a commonly used treatment of colorectal cancer. The goal of this section was to develop the methods to conduct a prospective or retrospective mass spectrometry study on the patient response to radiotherapy, through the use of human tissues. Mouse tissues and tissues of an anonymous patient were obtained in order to evaluate the feasibility of such a study. Different protein extraction techniques were evaluated. Total lysates and subcellular fractionations of fresh tissues allowed for a successful analysis of the samples. The same was true of total lysates of fixed tissues. However, proteins extracted from cells isolated through laser capture microdissection were insufficient in numbers and their types were inconsistent with the expected results. Sub-project B. In order to study the importance of proteins and cellular functions or pathways in different types of colorectal cancers. nine cell lines originating from colorectal carcinoma and from normal colon were fractionated according to four subcellular compartments and analysed through mass spectrometry. Until now, no research group had analysed, in a single study more than 5 cell lines as well as more than one subcellular compartment at once. Some cellular functions and canonical pathways were shown to be of high importance in many of the studied cell lines, such as the signalling through eIF2 pathway. Furthermore, the transcription regulators TP53, MYC and TGFB1were identified as potentially responsible for the observed proteomic characteristics. In conclusion, this study allowed for a better understanding of important molecular caracteristics of colorectal cancer and allowed for the optimization of techniques that may serve in the discovery of new biomarkers relative to the use of radiotherapy as a treatment.
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Tin, Philippe. "Métabolites acides de différentes bactéries anaérobies : analyse par chromatographie en phase gazeuse-spectrométrie de masse." Paris 5, 1991. http://www.theses.fr/1991PA05P175.
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Damerval, Virginie. "Analyse de la composition et de mécanismes de polymérisation d'oligomères téléchéliques aromatiques par spectrométrie de masse." Lyon 1, 1997. http://www.theses.fr/1997LYO10303.
Abstract:
L'objectif de ce travail a ete, d'une part d'etudier la composition d'oligoimides telecheliques a extremites reactives oxazolines et lactames (capro et lauro) intervenant dans la formulation de copolymeres blocs et d'autre part de determiner le mecanisme de reticulation thermique d'oligomeres a terminaisons nadimides. Nous montrons que la spectrometrie de masse permet une precision dans la caracterisation que les techniques conventionnelles d'analyse des polymeres ne permettaient pas d'atteindre. Ainsi, des analyses lsims et maldi-tof d'oligoimides bisoxazolines et bislactames ont permis de mettre en evidence la formation d'un sous produit oligomere comportant une terminaison acetamide. La methode de synthese a ete modifiee afin de prevenir la formation de ce produit secondaire, qui ne permettait pas d'obtenir des copolymeres blocs. L'etude du mecanisme de la polymerisation thermique des oligomeres bisnadimides a ete entreprise sur composes modeles. Contrairement aux techniques d'analyse ir, rmn et ces, la spectrometrie de masse (lsims, eletrospray, maldi-tof) a permis de determiner avec precision la structure des polynadimides. Des etudes de spectrometrie de masse en tandem (ms/ms) ont permis d'etablir la nature des enchainements et la structure des terminaisons du polynadimide. Sur la base de ces resultats un mecanisme de polymerisation a ete propose. Celui-ci repose sur l'equilibre retro diels-alder/diels-alder conduisant a la formation de maleimide et de cyclopentadiene a partir du nadimide. La polymerisation des nadimides est de ce fait atypique et deux reactions paralleles se developpent : 1) une polymerisation radicalaire amorcee par le maleimide, 2) une polyaddition de diels-alder a partir du cyclopentadiene. Cette contribution a l'etude de polymeres de synthese par spectrometrie de masse a permis sur deux exemples de montrer l'interet de ces methodes pour l'analyse de la structure et de la microstructure d'oligomeres telecheliques. Ces analyses permettent de remonter aux mecanismes de formation de ces produits et dans le cas particulier des nadimides, nous avons pu montrer un mecanisme de polymerisation en phase solide non classique. En conclusion, ce travail souligne l'enorme potentialite de la spectrometrie de masse pour l'etude de la structure des polymeres et des mecanismes de polymerisation.
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Vernerey, Franck. "Analyse multivariable de données ToF-SIMS, spectres de surface - profiles en profondeurs - imagerie de surface : développement du logiciel MULTI-ION SIMS." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO10247.
Abstract:
L'interprétation des spectres ToF-SIMS requiert une expérience et une expertise confirmées et nécessite un temps d'exploitation important. Les méthodes classiques d'interprétation des spectres ToF-SIMS se focalisent sur quelques ions spécifiques considérés comme étant physiquement significatifs. Ceci génère une importante perte de l'information contenue dans les données ToF-SIMS. Par contraste, les méthodes multivariables prennent en compte la totalité des volumineux spectres de masse, corrèlent tous les ions et extraient exhaustivement l'information spectrale. Afin de démontrer l'intérêt de ces méthodes, l'analyse en composantes principales et la régression sur composantes principales ont été appliquées aux trois modes d'analyse ToF-SIMS : les spectres de surface, le profil en profondeur et l'imagerie de surface. Au cours de ce travail de recherche, le logiciel MULTI-ION SIMS®, spécialement dédié à l'analyse multivariable de données ToF-SIMS, a été développé.
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Berahia, Tahar. "Comportement par couplage chromatographie gazeuse-spectrométrie de masse et activité antioxydante de polyméthoxyflavones : application aux huiles essentielles de Citrus sinensis." Aix-Marseille 3, 1993. http://www.theses.fr/1993AIX30034.
Abstract:
Notre etude vise a une meilleure connaissance de la composition flavonique de l'huile essentielle de peaux de citrus sinensis (orange valencia) et de l'incidence de la flavone, des polymethoxyflavones (pmfs) et d'un extrait flavonique d'huile d'orange sur les phenomenes d'oxydation. Il est possible de separer individuellement les flavonoides presents dans la meme plante par chromatographie, de determiner leur structures en n'utilisant que tres peu de materiel vegetal. Les outils les plus puissants sont la chromatographie gazeuse (cg) et la spectrometrie de masse (sm). La mise au point de la technique cg fait intervenir 39 pmfs (comprenant de 0 a 7 groupements methoxyles) etalons et a ete menee sur une colonne capillaire de phase apolaire. L'influence de la methoxylation est montree et discutee. Le comportement en spectrometrie de masse est etudie par couplage cg/sm. Ce travail fournit de nombreuses donnees sm et de nouveaux fragments sont proposes. Un protocole experimental realise a partir d'une huile de citrus sinensis a ete mis au point. Il permet d'obtenir un extrait brut tres enrichi en composes flavoniques. Six flavones completement methoxylees ont ete isolees et quatre flavones monohydroxylees ainsi qu'une flavanone ont ete caracterisees par couplage cg/sm. L'evaluation de l'activite antioxydante (aao) faisant appel a la variation de l'absorbance du beta-carotene resultant de son oxydation par les produits de degradation de l'acide linoleique a ete appliquee aux flavones polymethoxylees. Dans les conditions operatoires, la flavone possede une aao marquee pour une concentration egale ou proche de 45 mg/l. Bien que les pmfs n'aient pas montre une aao prononcee, l'extrait flavonique brut de l'huile de peaux d'orange presente un caractere antioxydant relativement eleve
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Lafitte, Daniel. "Mécanisme de liaison des cations sur la calmoduline : étude par spectrométrie de masse et analyse thermique." Montpellier 1, 1996. http://www.theses.fr/1996MON1T002.
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Maubert, Marie-Anne. "Analyse de peptides cellulaires par spectrométrie de masse à très haute résolution : application à l'inflammation intestinale." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066634.
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Allain, François. "Nouvelle méthode d’interprétation de données de spectrométrie de masse en tandem pour l’identification de microorganismes dans un échantillon complexe." Thesis, Rouen, INSA, 2014. http://www.theses.fr/2014ISAM0010.
Abstract:
Identifier rapidement le contenu microbien d’un échantillon biologique complexe constitue un enjeu majeur en biodéfense et dans les domaines concernant la santé humaine, les biotechnologies et l’environnement. La spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) permet de sonder le contenu protéique d’un échantillon avec précision. Ce travail de thèse porte sur le développement d’un nouveau concept d’interprétation des données de spectrométrie de masse MS/MS à des fins d’identification sans a priori du contenu microbien d’un échantillon à l’aide de bases de données protéiques généralistes. L’approche d’identification se base (i) sur la base de données actuelle la plus exhaustive, et (ii) sur un algorithme d’interprétation de spectres MS/MS. Une architecture informatique a été développée afin de regrouper les résultats MS/MS selon la taxonomie des organismes vivants tout en veillant à minimiser le temps de traitement nécessaire et à maximiser le taux d’attribution de spectres MS/MS. Une stratégie d’identification récursive à travers l’arbre taxonomique basée sur le nombre de spectres spécifiques associés à chaque taxon est possible, mais ne permet pas d’identifier avec confiance le contenu d’un échantillon multi-organismes séquencés. Le concept innovant développé a permis d’établir une corrélation entre le nombre de spectres attribués à un taxon et la distance phylogénétique de ce taxon au taxon de l’organisme présent dans le cas d’un échantillon mono-organisme séquencé. Cette corrélation permet de modéliser et de déterminer la présence de tout organisme séquencé dans un échantillon multi-organismes. Un outil automatique d’estimation de distances phylogénétiques entre taxons a donc été mis au point, basé sur l’ajout de nouveaux organismes à un alignement multiple de séquences de référence composé de 31 familles de protéines universelles pour des organismes des 3 domaines du vivants (bactéries, archées, eucaryotes). Enfin, deux algorithmes d’identification du contenu d’un échantillon multi-organismes séquencés ont été évalués : un algorithme glouton naïf basé sur une heuristique et un algorithme résolvant un problème d’optimisation non-convexe de manière itérative utilisant un terme de régularisation pondéré de norme ℓ1The rapid identification of the microbial content of a complex biological sample is a major issue in biodefense and in areas related to human health, biotechnology and the environment. Tandem mass spectrometry (MS/MS) enables accurate profiling of the protein content of a sample. This thesis focuses on the development of a new concept in MS/MS data interpretation to identify the microbial content of a sample using general protein databases without prior knowledge of the target. The identification approach is based on (i) the most extensive protein database currently available and (ii) an MS/MS spectra interpretation algorithm. A dedicated computer architecture has been developed to combine the MS/MS results according to the taxonomy of living organisms while minimizing the required processing time and maximizing the MS/MS spectra assignment rate. A recursive identification strategy across the taxonomic tree based on the number of specific spectra associated with each taxon is possible but does not confidently identify the contents of a sample containing multiple sequenced organisms. The innovative concept developed here enables the correlation of the number of spectra assigned to a given taxon and the phylogenetic distances between this taxon and the taxon of the organism present in the case of a sample containing a single sequenced organism. This correlation allows us to model and determine the presence of any sequenced organism in a sample containing multiple organisms. An automatic tool for estimating phylogenetic distances between taxa has been developed. This tool is based on the addition of new organisms to a multiple sequence alignment comprising 31 families of universal proteins from organisms from all 3 domains of life (Bacteria, Archaea, Eukarya). Finally, two algorithms for identifying multiple organisms from a single sample have been assessed : a naive greedy algorithm based on a heuristic and an iterative algorithm that solves a non-convex optimization problem using a weighted ℓ1 norm regularization term
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Madec, Edwige. "Analyse moléculaire d'une protéine-kinase, PrkC, et d'une phosphatase, PrpC, impliquées dans deux processus de développement chez Bacillus subtilis." Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA112283.
Abstract:
La phosphorylation des protéines sur les résidus Ser/Thr/Tyr est d'une importance vitale dans de nombreux processus cellulaires. Mes travaux de thèse concernent la caractérisation, pour la première fois de PrkC, une Ser/Thr protéine-kinase de type eucaryote chez Bacillus subtilis. PrkC est une protéine membranaire dont l'organisation topologique est similaire à celle des récepteurs à activité kinase chez l'homme, avec un domaine extracellulaire, présumé senseur, un domaine transmembranaire unique (TMD) et un domaine kinase conservé. Grâce à l'utilisation d'un système génétique, j'ai montré que PrkC forme des dimères, le TMD et le domaine extracellulaire étant capables de promouvoir la dimérisation. En présence d'ATP, la protéine PrkC purifiée, est capable de s'autophosphoryler et de phosphoryler la protéine exogène MBP. Dans les deux cas, la phosphorylation concerne un ou plusieurs résidus thréonine. En collaboration avec Ole Jensen (Danemark), nous avons pu identifier après analyse par spectrométrie de masse en mode tandem MS/MS, huit résidus phosphorylés chez PrkC. Ainsi, quatre Thr sont localisées dans la boucle d'activation, trois Thr dans la région jouxtant la membrane et une Ser dans une région non conservée. La mutagénèse dirigée de ces résidus a montré que l'autophosphorylation de la Ser et des thréonines dans la boucle d'activation est essentielle pour l'activité kinase de PrkC. Parallèlement à ce travail, PrpC, une protéine homologue de la phosphatase humaine PP2C, a été caractérisée. La forme autophosphorylée de PrkC est déphosphorylée par PrpC. Le fait que PrkC et PrpC soient codées par deux gènes adjacents sur le chromosome et cotranscrits, suggère que ces enzymes pourraient fonctionner in vivo comme un couple kinase/phosphatase. La délétion des gènes prkC ou prpC réduit l'efficacité de la sporulation et la formation de biofilms. Une meilleure compréhension du rôle de PrkC et PrpC dans la cellule exige l'identification de leurs cibles/partenairesProtein phosphorylation on Ser/Thr/Tyr residues plays a vital role in many cellular processes. My studies in this Thesis concerned the characterization, for the first time of PrkC, a membrane linked protein kinase in Bacillus subtilis, belonging to the super-family of Hanks kinases, predominantly found in eukaryotes. PrkC was shown to be an integral membrane protein with the topology of some receptor kinases found in humans, with an external domain presumed sensor, a single transmembrane domain (TMD) and a highly conserved kinase domain. I have shown that PrkC forms dimers with both the extracellular domain and the TMD capable of promoting dimerization. In the presence of ATP, PrkC or its catalytic domain, PrkCc, autophosphorylates in vitro and phosphorylates MBP. In both cases, phosphorylation involves one or more Thr residues. In collaboration with Ole Jensen (Danemark), we were able to identify precisely eight phosphorylated residues in PrkC by mass spectrometry. These residues were localised to specific regions of a 3D structure of PrkCc modelled on known kinase structures. Four Thr were localised to the activation loop whereas three Thr are in the juxtamembrane region, and one Ser in a non conserved region. Site directed mutagenesis of these residues confirmed that autophosphorylation of Ser214 and the threonine residues in the activation loop is essential for kinase activity. In a complementary approach, PrpC, a protein phosphatase homologue of the human PP2C family was also characterized. The autophosphorylated form of PrkC was dephosphorylated by PrpC. PrkC and PrpC are encoded by adjacent genes which are co-transcribed. These results indicate that these enzymes form a functional protein kinase/phosphatase couple. Moreover, other studies showed that mutants deleted for prkC or prpC displayed reduced biofilm formation and sporulation frequencies. A better understanding of the role of PrkC and PrpC in the cell requires identification of targets/partners
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Pratbernou, Françoise. "Détection et localisation de modifications post-traductionnelles ou de mutations sur des protéines par spectrométrie de masse." Toulouse 3, 1990. http://www.theses.fr/1990TOU30112.
Abstract:
La spectrometrie de masse fab occupe a l'heure actuelle une place importance dans l'etude des proteines; elle trouve sa pleine utilisation dans certaines analyses tres difficiles a realiser par les methodes traditionnelles comme la localisation et la determination de modifications post-traductionnelles et de mutations en pathologie humaine. Des analyses utilisant conjointement des methodes de spectrometrie de masse: fab-mapping et spectrometrie de masse en tandem et des degradations enzymatiques nous ont permis de caracteriser de nouveaux mutants de l'hemoglobine (mutant grenoble et mutant r). La strategie utilisee a ete prealablement testee sur des mutants connus. L'identification de deux residus acetyle sur des enzymes erythrocytaires mpgm et dpgm a ete realise selon des strategies voisines. Afin d'essayer de resoudre les problemes poses par la desorption de peptides en melange dans le mode d'ionisation fab, nous avons, en regard avec des donnees de la litterature, realise une serie de derivations tendant a augmenter l'hydrophobie des differents constituants et accroitre ainsi le rendement d'ionisation. Cette technique de derivation a permis la visualisation de la totalite des peptides issus de la chaine ainsi que l'identification de modifications post-traductionnelles sur le peptide c terminal de la tubuline qui n'etait pas desorbe a l'etat natif
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Chevreux, Guillaume. "Etude des interactions moléculaires spécifiques par spectrométrie de masse : application à la chimie du vivant." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2005/CHEVREUX_Guillaume_2005.pdf.
Abstract:
Le développement de nouvelles techniques d'ionisation dites " douces ", au début des années 90, marque un tournant décisif dans le domaine de la spectrométrie de masse. En particulier, la technique d'ionisation électrospray se révéla rapidement adaptée à l'analyse de macromolécules d'origine biologique. Par ailleurs, certaines preuves supportaient l'idée que des interactions moléculaires spécifiques entre plusieurs molécules en solution, pouvaient être préservées lors de l'analyse en phase gazeuse dans le spectromètre de masse. Ce travail de thèse explore le potentiel de la spectrométrie de masse dans l'étude des interactions moléculaires impliquant des biomolécules. Dans une première partie, nous avons développé et utilisé cette approche pour découvrir de nouvelles molécules à visée thérapeutique. Dans ce cadre, la spectrométrie de masse s'est imposée comme une technique d'analyse de choix permettant de caractériser des interactions spécifiques protéine/ligand. Une des applications majeure consiste à éliminer les faux positifs sélectionnés après un premier criblage sur une protéine cible. Dans une seconde partie, nous avons étudié différents mécanismes biologiques impliquant des interactions moléculaires. La fonction d'une protéine et donc son rôle au sein de la cellule, est modulée par des mécanismes de reconnaissance impliquant des interactions moléculaires non covalentes. En caractérisant finement les partenaires de complexes biologiques, la spectrométrie de masse a apporté des informations décisives sur des mécanismes biologiques au sein de la cellule (mécanisme de motilité, d'adhésion cellulaire et de lutte contre le stress oxydant). Dans une dernière partie, nous avons évalué les possibilités de la technique pour étudier la dynamique d'échange dans le temps de complexes. En visualisant en temps réel des stoechiométries d'interaction, il est en effet possible d'accéder à des données cinétiques telles que les constantes de dissociation de complexes biologiquesThe development of new soft ionization methods at the early nineties provided new insight in the application range of mass spectrometry. Thus, the new ionization technique called “electrospray” showed rapidly that it was well fitted for the analysis of biological macromolecular entities such as proteins. Moreover, first studies reported that supramolecular complexes in solution could be transferred intact in the gas phase of the mass spectrometer, allowing their study by mass spectrometry. The aim of this work is to explore the potential of electrospray ionization mass spectrometry for the study of non covalent complexes in the biological field. We have first developed instrumental conditions and methodologies allowing the discovery of new drugs. In this context, mass spectrometry rapidly appeared as a fruitful technique allowing the characterization of specific protein/ligand interactions. The main application consists in the validation of hits after high throughput screening applied on a therapeutic target. In a second part, we studied biological mechanisms based on various binding partners. The protein function in vivo is modulated by host/guest mechanisms implying non covalent molecular interactions. The accurate characterization of such binding partners, using mass spectrometry, was very useful for the comprehension of complex biological mechanisms such as the cellular motility, the adhesion process or the oxidative stress. In a last part, we used real time resolved mass spectrometry to explore the dynamic of non covalent complexes (subunit exchange, ligand dissociation). With this approach, it was possible to reach kinetic data such as dissociation constant, thus providing new perspectives for the characterization and understanding of biological complexes
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Vernex-Loset, Lionel. "Étude des processus d'interaction laser de fibres naturelles par spectrométrie de masse : application à la validation expérimentale des critères de différenciation du cheveu." Metz, 1999. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/UPV-M/Theses/1999/Vernex_Loset.Lionel.SMZ9950.pdf.
Abstract:
Le cheveu suscite l'intérêt de nombreux scientifiques, car il se comporte comme une bande enregistrant l'imprégnation de l'organisme par divers composes : drogues, médicaments, éléments minéraux. . . Cependant, comme le montre notre travail bibliographique, l'interprétation des résultats obtenus nécessite une connaissance approfondie du cheveu et des interactions avec son environnement. Les différentes techniques d'analyse du cheveu sont généralement longues à mettre en œuvre et consommatrices en échantillon. C'est pourquoi, nous avons étudié dans ce mémoire une méthode de caractérisation des cheveux à l'aide des microsondes laser couplées à la spectrométrie de masse : LAMMA et FTMS. En effet, elles permettent une analyse rapide sur seulement quelques millimètres de tige pilaire. Les ions formés lors de l'ablation laser d'un cheveu témoin (irradiance = 5 10 [à la puissance]8 W/cm2, longueur d'onde = 266 nm) ont été caractérisés afin de faciliter l'interprétation des spectres de masse. Pour cela, nous avons travaillé sur des cheveux dopés en éléments minéraux ou lavée pour observer la matrice organique et, effectué des calibrations en haute résolution. Ces analyses montrent que l'empreinte « minérale » est due à l'agrégation des cations minéraux avec les anions organiques majoritaires (CN- et CNO-), tandis que l'empreinte organique est principalement liée à la fragmentation de la chaine polypeptidique des kératines. Enfin, nous exposons le protocole d'expertise discriminante des cheveux, tel qu'il a été développé dans notre laboratoire. Dans ce contexte, nous effectuons des analyses morphologiques et par spectrométrie de masse LAMMA. Nous augmentons ainsi le nombre de critères d'analyses, pour qu'une comparaison deux à deux des résultats de chaque cheveu, puisse exclure ou non l'appartenance à une seule et même personne
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Duez, Benoit. "Caracterisation de dépôts multicouches TiCxNy et Al2O3 sur WC : analyse quantitative par SIMS." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 2003. http://www.theses.fr/2003INPL089N.
Abstract:
La quantification en Spectrométrie de Masse des Ions Secondaires (SIMS) est un problème récurrent depuis la création de cette technique d'analyse. Le but de ce travail était de proposer d'autres voies permettant d'accéder à la concentration des éléments constitutifs d'un échantillon inconnu avec certitude. Pour cela nous avons décidé d'explorer diverses voies, certaines déjà étudiées (MCs+ et bombardement oxygène) et d'autres plus originales (EEF/OF). La technique d'analyse EEF/OF se caractérise par du bombardement primaire oxygène, une énergie initiale des ions secondaires de 600eV et du soufflage d'oxygène en surface de l'échantillon. Le pouvoir quantitatif de ces trois méthodes a été testé sur des standards de calibration puis sur des échantillons multicouches à base titane et aluminium au travers de la détermination du rendement utile des éléments. . Notre étude nous a montré que malgré sa très grande sensibilité de détection la technique par bombardement oxygène ne sera jamais une technique quantitative. Elle nous montre que les deux autres techniques ont un pouvoir quantitatif certain: la technique EEF/OF a un fort pouvoir quantitatif pour les éléments majeurs d'une matrice, elle ne permet pas d'analyser l'oxygène et sa limite de sensibilité de détection ne permet pas de détecter ou de quantifier certains éléments mineurs. Cette technique est complémentaire de la technique MCs+ qui permet de détecter l'oxygène et dont la limite de sensibilité de détection est plus importante. Par contre la technique MCs+ montre des écarts plus importants que la technique EEF/OF entre les concentrations calculées et les concentrations réelles pour la plupart des élémentsQuantification in Secondary Ion Mass Spectrometry is a recurring problem since the creation of this analytical technique. The determination of elements concentration inside an industrial sample was the final goal of this project. So, we work on several ways to succeed: some of them are already known (oxygen bombardment and cationization), others are more original (EEF/OF). EEF/OF technique uses oxygen bombardment, secondary ions have an initial energy of 600eV and there is oxygen flooding on sample surface. For these three methods, quantitative power has been tested on calibration standards and on multiplayer based titanium and aluminum samples. Our study shows us that oxygen bombardment will never be a quantitative analytical technique in spite of an important detection sensibility. The two others techniques have quantitative power: for majors elements EEF/OF has an important quantitative power but this technique is unable to quantify oxygen and the limit of detection sensibility does not authorize the detection of some minors elements. EEF/OF could be used in addition to cationization method, which allows oxygen detection and which have a higher detection sensibility limit. On the other hand, the accuracy between calculated concentrations and real concentrations are better for EEF/OF method
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Roy, Sandrine. "Analyse des bio-marqueurs de la maladie de Fabry par techniques séparatives couplées et spectrométrie de masse." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA114841.
Abstract:
La maladie de Fabry est une maladie orpheline de transmission récessive qui se caratérise par l'accumulation des certains glycosphingolipides (GSls) (le digalactosylcéramide, Ga2, et le globotriaosylcéramide, Gb3) suite à la mutation du gène codant pour l'α-galactosidase A. Différentes techniques ont été développées pour analyser les classes lipides et les espèces moléculaires de chaque classe. Tout d'abord, les principaux GSLs ont été séparés. Une technique de CLHP couplée à un detecteur évaporatif à diffusion de la lumière a permis de détecter le Gb3 contenu dans des sédiments urinaires de patients. Puis, nous avons analysés les différentes espèces moléculaires du Gb3 et du Ga2 dans des sédiments urinaires par spectrométrie de masse en tandem (MALDI Q-TOF et CHLP APPI MS-MS). Environ vingt espèces moléculaires ont été identifiées pour leGb3 et le Ga2. Enfin, ces lipides ont été analysés directement sur la surface de coupes de tissus. Des approches d'imagerie par spectrométrie de masse, comme le MALDI-TOF et TOF-SIMS ont été utilisées pour localiser ces GSLs sur des coupes de peau et de rein de patients atteints de la maladie de FabryFabry disease in an X-linked inborn error of neutral glycosphingolipids (GSLs) metabolism, caused by a deficiency of the lysomal α-galactosidase A, wich results in high levels of globotriaosylceramide (Gb3) and galabiosylceramide (Ga2). Different techniques are developed to analyse lipid classes and molecular species in each lipid class. First, we optimised the separation of four major neutral GSLs. An HPLC separation combined with evaporative light-scattering detection allowed the detection of urinary globotriaosylceramide in urinary sediments of patients. Second, we analysed the different molecular species of Gb3 and Ga2 in urinary sediments with tandem mass spectrometry (MALDI Q-TOF and HPLC APPI MS-MS). About twenty molecular species are identified for Gaé and Gb3. Third, these lipids were analysed directly on the surface of tissue sections. MALDI-TOF ond cluster-TOF-SIMS imaging approaches were used to obtain the localization of GSLs on skin and kidney sections of patients affected by the Fabry disease
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Roux, Aurélie. "Analyse du métabolome urinaire humain par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse à haute résolution." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066575.
Abstract:
L’objectif de ce travail de thèse est de développer une base de données spectrale pour faciliter l’annotation et l’interprétation biologique des jeux de données d’analyse métabolomique obtenus en utilisant la chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse. Deux approches ont été utilisées : l’identification par comparaison aux spectres de masse de composés de références et l’identification directement à partir des données biologiques. Pour la première approche une chiomiothèque de métabolite a été constituée et analysée. L’identification à partir de données biologiques a été réalisée sur une cohorte de volontaires de 227 individus travaillant au CEA. 244 métabolites ont ainsi été identifiés dans les urines humaines, donc 78 jamais été décrits comme faisant parti du métabolome urinaire. 139 métabolites ont également était caractérisés sur la base de leur masse précise mais sans identification formelle. Ces 383 métabolites représentent environ 1000 ions dans chacun des modes d’ionisation. Les variations physiologiques au sein de la cohorte, en fonction de l’âge, du poids et du genre, de ces différents métabolites ont été étudiées afin de construire une base de données relationnelle. Enfin, le métabolome urinaire pouvant être affecté par les conditions de prélèvement des échantillons d’urines, nous avons réalisé des études de stabilité dans les conditions de prélèvement des métabolites précédemment caractérisés. Ces études nous ont permis de proposer des recommandations en termes de conditions de prélèvement et de stockage à court terme des urines et de mesurer l’impact de la contamination bactérienne sur les concentrations de différents métabolites urinaires
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Fabre, Bertrand. "Analyse de la diversité structurale des complexes de protéasome humain par approches protéomiques quantitatives." Toulouse 3, 2013. http://www.theses.fr/2013TOU30328.
Abstract:
La plupart des fonctions cellulaires essentielles nécessitent l'action coordonnée d'un nombre important de protéines qui sont associées en complexes multi-protéiques, ces derniers étant souvent hautement dynamiques à la fois dans le temps, dans l'espace, et en abondance. Le protéasome, complexe multiprotéique ubiquitaire et présent dans tous les compartiments cellulaires, est indispensable à la survie des cellules eucaryotes car il est responsable de la dégradation de protéines modifiées et non fonctionnelles, ou de protéines impliquées dans la régulation de nombreux processus cellulaires clés. Le protéasome présente donc une grande diversité fonctionnelle, mais également structurale. Il est en effet constitué par l'association dynamique de plusieurs sous complexes, un cœur catalytique appelé protéasome 20S présent dans tous les complexes de protéasome, et quatre types de régulateurs, 19S, PA28a/ß, PA28?, et PA200. Le protéasome 20S existe lui-même sous 4 formes principales, selon l'intégration contrôlée des sous-unités catalytiques standards (ß1, ß2 et ß5), ou immunologiques (ß1i, ß2i et ß5i), et peut être présent sous forme libre dans la cellule ou en association avec un ou deux complexes régulateurs, identiques ou différents. Le niveau de connaissance de la stœchiométrie de ces complexes, de leur répartition cellulaire, de leur dynamique, et de leur rôle fonctionnel spécifique est aujourd'hui très limité. L'objectif de ce travail de thèse a été de développer des approches utilisant les techniques les plus récentes d'analyses protéomiques quantitatives basées sur la spectrométrie de masse pour étudier la diversité structurale des complexes de protéasomes. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à la répartition des complexes de protéasome dans des cellules de leucémie aigüe myéloïde (U937 et KG1a). Pour cela, nous avons optimisé un protocole de fractionnement subcellulaire de cellule réticulées au formaldéhyde, un agent chimique qui va permettre de stabiliser les interactions protéine-protéine, associé à une technique de purification de l'ensemble des complexes de protéasome endogène et à une analyse par protéomique quantitative. Nos résultats ont montré qu'au niveau subcellulaire, le protéasome est régulé via des changements d'interaction avec ses régulateurs plutôt que via des variations de la stœchiométrie en sous unités-catalytiques. Dans un second temps, nous avons cherché à déterminer l'ensemble des protéines partenaires du protéasome dans les différents compartiments des cellules U937, pour accéder à ses fonctions subcellulaires principales. Nous avons montré que le protéasome est plutôt impliqué dans les voies de signalisation intracellulaire dans le cytosol alors qu'il est plutôt associé au contrôle qualité des protéines dans le réticulum endoplasmique. Dans le noyau, le protéasome semble avoir un rôle dans la transcription et la réparation de l'ADN endommagé. Ces résultats mettent en lumière des fonctions spécialisées du protéasome dans chaque compartiment cellulaire. Dans une troisième partie, nous avons étendu l'étude des complexes de protéasome à 8 lignées cellulaires d'origines différentes et avons pu montrer que les compositions en sous-unités catalytiques et en régulateurs étaient très variables en fonction du type cellulaire. Nous avons également développé une méthode d'étude de profil d'abondance protéique qui nous a permis de mettre en évidence des associations spécifiques et tout à fait originales de certains sous-complexes de protéasome, avec des régulateurs particuliers. L'une d'entre elles, l'interaction préférentielle entre l'immunoprotéasome et le régulateur PA28aß a pu être confirmée par d'autres approches biochimiques. Nos travaux, basés sur le développement d'outils biochimiques et de stratégies de protéomique quantitative innovants, ont donc permis de mieux comprendre la diversité, la stœchiométrie, et la dynamique des complexes de protéasome. Les méthodes développées pourront être appliquées à l'étude d'autres complexes protéiques d'intérêtMost of essential cellular pathways require the coordinated action of a large number of proteins that associate to form multi-protein complexes, often highly dynamic in time, space and abundance. The proteasome, an ubiquitous multiprotein complex, is responsible for the degradation of modified and non-functional proteins, or proteins involved in the regulation of most cellular key processes. Therefore the proteasome has a large functional, but also structural, diversity. It is constituted by the dynamic association between several complexes with a central catalytic particle, called 20S proteasome, present in all proteasome complexes, and four types of regulators, called 19S, PA28aß, PA28? and PA200. The cellular 20S proteasome exists in four main conformations, depending on the controlled integration of standard (ß1, ß2 and ß5), or immunological (ß1i, ß2i and ß5i) catalytic subunits, and can be found in its free form or in association with one or two, identical or different, regulatory complexes. The level of knowledge of these complexes stoichiometry, their cellular distribution, their dynamics and their specific functional roles is now very limited. The aim of this thesis project was to develop approaches using the most recent quantitative proteomic techniques based on mass spectrometry to study the structural diversity of proteasome complex. First, we studied the distribution of proteasome complexes in acute myeloid leukemia cells (U937 and KG1a). We optimized an integrated strategy combining in vivo formaldehyde cross-linking for an early stabilization of proteasome complexes, cellular fractionation of cross-linked cells, immunopurification of proteasome complexes, and label-free mass spectrometry quantification of proteins. Our results showed that, at the subcellular level, the proteasome is mainly regulated through changes in the 20S proteasome interaction with its regulators rather than through changes in the composition of its catalytic subunits. In a second part, we identified all proteasome associated proteins in three different compartments of U937 cells to determine its main subcellular functions. We showed that the proteasome is rather associated with intracellular signaling pathways in the cytosol whereas it is mainly associated with proteins involved in protein quality control in the endoplasmic reticulum. In the nucleus, we found that the proteasome is associated with proteins involved in transcription or DNA damage response. These results highlight a specialized function of proteasome in each cellular compartment. In a third part, we extended the study of proteasome complexes to 8 cell lines of different origins and we showed that catalytic subunits and regulators compositions of proteasome complexes are highly variable depending on the cell type. In addition, we have developed a method of protein abundance profiling that allowed us to define the existence of proteasome complex subtypes formed by specific 20S proteasome species and regulatory complexes. One of these preferential interactions involving the immunoproteasome and the PA28aß regulator has been confirmed by other biochemical approaches. Our work, based on the development of innovative biochemical tools and quantitative proteomic strategies, have thus helped to better understand the diversity, the stoichiometry and the dynamics of proteasome complexes at the subcellular level and between different cell types. The developed methods might be useful to study the distribution and composition of other protein complexes
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Cossoul, Emilie. "Caractérisation de Poly(Ether Cétone Cétone) (PEKK) par résonance magnétique nucléaire et spectrométrie de masse." Rouen, 2013. http://www.theses.fr/2013ROUES010.
Abstract:
L’objectif de ces travaux de thèse est de mettre en place des expériences de Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) et de spectrométrie de masse pour caractériser les Poly(Ether Cétone Cétone) (PEKK) afin d’apporter un support analytique à l’optimisation des procédés de synthèse et de purification. La RMN en solution a permis de mettre en évidence différents groupements terminaux grâce notamment à l’expérience sélective 1H-TOCSY et à des expériences couplées à un filtre T2. Ces expériences, en plus des expériences classiques, ont permis d’observer facilement les corrélations de signaux de faible intensité et fortement superposés et de les attribuer aux fins de chaîne du PEKK. Ces groupements terminaux ont également été quantifiés grâce à une expérience à 2 dimensions hétéronucléaire de type (1H-13C) HSQC, optimisée pour l’observation des couplages 1H-13C de 165Hz. La spectrométrie de masse sous ionisation MALDI a permis de compléter cette étude par l’identification des couples de fins de chaîne et la mise en évidence d’oligomères cycliques. Dans un second temps, le vieillissement thermique du PEKK a été étudié. L’analyse structurale par RMN en solution, spectrométrie de masse et pyrolyse-GC/MS a permis de proposer des hypothèses concernant la rupture de liaisons Ph-O et Ph-CO et la formation de branchements. Enfin, une analyse morphologique et dynamique a été réalisée par RMN du solide. Celle-ci a permis de confirmer la diminution de mobilité des chaînes polymériques après vieillissement thermique due aux branchements formés et de montrer que cette mobilité moléculaire du PEKK est dominée par des flips à 180° des cycles aromatiques. De plus, une transition secondaire a pu être observée vers 160°C. Cette transition a été associée à l’apparition de mouvements plus lents, mettant en jeu de longs segments, probablement associés aux prémices de mouvements caractérisant la transition vitreuse.
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Papin, Nelly. "Développement d'une puce à protéine pour l'analyse quantitative du protéome par spectrométrie de masse." Paris 5, 2007. http://www.theses.fr/2007PA05D033.
Abstract:
Ce projet de thèse s'inscrit dans le contexte d'extension à la fois qualitative et quantitative des domaines d'investigation post-génomiques. La protéomique en particulier a vécu ces dernières années un essor remarquable en terme de nouvelles technologies à haut débit. Ce travail vise à développer une puce à protéine permettant de quantifier de façon ciblée un grand nombre de protéines d'intérêt au sein d'échantillons complexes. Pour ce faire, les protéines issues d'échantillons différents sont discernées par un marquage chimique différentiel. Les échantillons ainsi marqués sont alors mélangés puis déposés sur une puce présentant des anticorps spécifiques de chaque protéine d'intérêt. Retenues spécifiquement sur la puce à anticorps, les protéines peuvent ensuite être analysées de façon quantitative par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Afin de démontrer la faisabilité de cette technologie, a été développée la quantification par MALDI-TOF basée sur une modification chimique différentielle et étudié son impact sur l'intéraction anticorps. Les agents de capture ont été sélectionnés et caractérisés parmi les anticorps commerciaux les plus adéquats à l'étude des protéines du sérum. Ceci afin de rendre ces techniques facilement applicables aux besoins diagnostics et cliniques. Nous avons ainsi réalisé la quantification de l'apolipoprotéine AI au sein du sérum en corrélation avec les analyses diagnosticsThis thesis project deals with protein quantification and characterization technology. The aim of this thesis was to develop a protein microarray to quantify proteins in different biological samples. The method involved differential labelling of proteome extracts with chemical tags for the purpose of protein differenciation and quantification. After modification, the protein samples were mixed and applied to a hydrogel antibody microarray. Following washing with PBST, the captured proteins were digested by trypsin or glu C on the features. The peptides were then analyzed by MALDI-TOF mass spectrometry to obtain their relative quantification. As a proof of concept, was developed the MS quantification based on differential chemical modification and studied the impact of modification on the antibody interaction. Capture agents were commercial available antibodies which had suitable binding characteristics. Using this approach, we achieved quantification of apolipoprotein AI in serum corresponding to classical diagnostic analysis results, thus supporting our goal of applying this technology for diagnostic and clinical analysis
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Delmotte, Nathanaël. "Développement de méthodes chromatographiques liquides multidimensionnelles couplées à la spectrométrie de masse, préparation et analyse d'échantillons biologiques complexes." Phd thesis, Université Louis Pasteur - Strasbourg I, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00193714.
Abstract:
Des immunoadsorbeurs ont été développés à partir de disques CIM monolithiques pour l'analyse de biomarqueurs impliqués dans des maladies cardio-vasculaires. Les colonnes développées ont permis d'isoler sélectivement la myoglobine et le NT-proBNP du sérum humain. Les colonnes anti-NT-proBNP ont permis l'isolation quantitative du NT-proBNP (R2=0,998) à des concentrations jusqu'à 750 amol/μL de sérum.Six matériaux à accès restreints ont été évalués en fonction de leur aptitude à exclure l'hémoglobine d'hémolysats sanguins. Des injections à différents pH ont montré que la rétention de l'hémoglobine est drastiquement restreinte à pH 10,7. En raison d'une bonne stabilité à pH basique, la colonne polymérique Biotrap 500 MS RAM a été retenue pour l'extraction d'antibiotiques d'hémolysats sanguins. Des extractions quantitatives d'analytes à faibles concentrations (200 pg/μL) ont été réalisées sans effet mémoire d'hémoglobine sur la colonne.
Un nouveau système 2D-HPLC-ESI-MS/MS pour l'analyse protéomique a été développé. Le système est composé d'une séparation par RP-HPLC à pH 10,0, suivie d'une séparation par IP-RP-HPLC à pH 2,1. Ce nouveau système a été comparé à un système conventionnel SCX x IP-RP-HPLC. L'orthogonalité des méthodes de séparation est plus élevée dans l'approche SCX x IP-RP-HPLC que dans le schéma RP x IP-RP-HPLC. Cependant, en raison d'une meilleure distribution des peptides et d'une meilleure efficacité de séparation, le système RP x IP-RP-HPLC permet d'identifier significativement plus de peptides. Les deux approches sont complémentaires et une combinaison des deux systèmes permet d'identifier plus de peptides que des analyses répétées par un système unique.
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Gimeno, Pascal. "Caractérisation d'échantillons de 3,4-méthylènedioxyméthamphétamine (MDMA) par analyse en chromatographie gazeuse - spectrométrie de masse des impuretés de synthèse." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO1T002.
Abstract:
La 4e de couverture indique : "Ce travail présente une méthode d'analyse qualitative et semi-quantitative des impuretés de synthèse de la 3,4-méthylènedioxyméthamphétamine (MDMA) par chromatographie gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (GC/MS). L'identification des impuretés trouvées dans des échantillons de saisie a été réalisée par ionisation en impact électronique (Ei) suivie d'une détection en mode full scan. La majorité des impuretés d'intérêt a ensuite été confirmée par une analyse en ionisation chimique positive (CI+) suivi d'une fragmentation MS-MS de l'ion moléculaire obtenu. Des études ont été réalisées afin d'optimiser cette méthode par détermination des différents paramètres d'influence sur l'extraction (pH, solvants, concentration des extraits,. . . ). De plus, afin de vérifier les voies de synthèse susceptibles d'être utilisées par les laboratoires clandestins, différentes synthèses organiques de MDMA ont été réalisées. Les impuretés trouvées dans les précurseurs (safrole, isosafrole,. . . ), intermédiaires (MDP2P, b-nitroisosafrole,. . . ) et le produit final (MDMA) sont présentées, en prêtant une attention toute particulière à leur origine chimique. Enfin, des résultats de comparaison d'échantillons de saisie, à partir de leur profil d'impuretés dans un objectif de rapprochement (profiling) sont également donnés. "
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Pons, Alexandre. "Utilisation des dérivés heptafluorobutyrates pour l'analyse qualitative et quantitative des constituants des glycoconjugués par chromatographie gazeuse couplée à la spectrométrie de masse." Lille 1, 2004. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2004/50376-2004-207-208.pdf.
Abstract:
La GC-MS, utilisée pour son potentiel résolutif, sa sensibilité et sa rapidité, impose souvent de dériver leséchantillons afin de les protéger de la thermolyse et de favoriser leur volatilité. Il existe déjà de nombreuses méthodologies permettant cela, mais aucune d'entre elles ne permet d'analyser efficacement l'ensemble des constituants des glycoconjugués. C'est pourquoi, nous avons développé une technique plus universelle de dérivation par des groupements heptafluorobutyrates, qui permet en trois étapes successives, sur un seul et même échantillon sans qu'il ne quitte son contenant, d'analyser qualitativement et quantitativement la quasitotalité des constituants des glycoconjugués. Ainsi, elle permet d'obtenir la composition d'un mélange en monosaccharides (pentoses, hexoses, désoxy-hexoses, hexosamines, acides hexuroniques, etc. ), en acides sialiques, en lipides (acides gras, bases sphingoïdes, monoalkylglycérols, plasmalogènes, etc. ) et en acides aminés. .
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Caron, François. "Développement de microsystèmes fluidiques à électromouillage pour l'analyse de protéines par spectrométrie de masse MALDI." Lille 1, 2007. https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Num/2007/50376-2007-43.pdf.
Abstract:
Le présent travail a consisté à réaliser un microsystème pour l'analyse MALDI. Le prototype comporte la cible MALDI et trois modules intégrés pour la préparation de l'échantillon constitué d'un mélange simple de protéines : un module d'affinité pour le tri d'une protéine ciblée; un module de digestion pour fragmenter cette protéine en peptides; un module de dessalage pour l'amélioration du rapport signal/bruit du spectre de masse. Nous avons opté pour une microfluidique digitale où des gouttes de l'ordre du microlitre servent au transport des analytes et des différents tampons ou encore de la matrice sur la cible. L'actuation des gouttes est réalisée par électromouillage sur diélectrique. Les tests effectués permettent de valider le fonctionnement microfluidique du lab-on-a-chip. Nous avons proposé une structure originale pour le traitement sur des microzones bioactives 2D implantées dans des ouvertures spécifiques. Un protocole technologique de réalisation de ces ouvertures dans une couche de téflon AF® sans modifier les propriétés d'hydrophobicité et d'hystérésis du Téflon AF® a été développé. On obtient ainsi des zones sur lesquelles une chimie de fonctionnalisation de surface peut être effectuée ce qui permet l'intégration des trois modules de préparation de l'échantillon. Les spectres MALDI montrent la faisabilité de chacune de ces opérations de traitement. Le déplacement par électromouillage d'une goutte d'échantillon biologique qui interagit avec une surface fonctionnalisée a alors été réalisé validant ainsi les aspects microfluidiques. On détaille les solutions technologiques originales mises en œuvre et l'architecture finale proposée pour le Lab-on-a-chip.
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Tonleu, Temgoua Ranil Clément. "Simulation des dégradations environnementales de quelques pesticides électroactifs par couplage électrochimie : spectrométrie de masse haute résolution - calculs théoriques DFT." Electronic Thesis or Diss., Nantes, 2020. http://www.theses.fr/2020NANT4079.
Abstract:
La simulation/prédiction des dégradations environnementales de xénobiotiques est un axe de recherche important qui permet de mieux comprendre les risques potentiels que représentent les contaminants organiques dans les systèmes environnementaux. L’objectif principal de ce travail de thèse est la mise en oeuvre des couplages hybrides associant un dispositif électrochimique (EC) avec les outils analytiques que sont la chromatographie liquide (CL) et la spectrométrie de masse (SM) [(couplages EC-CL-SM et EC-SM)] pour la simulation des dégradations dans l’environnement de quelques pesticides électroactifs. Le mécanisme de dégradation oxydative de ces pesticides a été étudié à l'aide d'une cellule électrochimique en flux directement couplée à un spectromètre de masse pour une identification rapide de leurs produits de dégradation. Dans un premier temps, l’élucidation du comportement électrochimique du diuron (herbicide phénylurées) a été possible au travers de l’identification de ses produits d’oxydation par l’utilisation des couplages EC-LC-SM et EC-SM. Dans un second temps, le mimétisme par électrochimie de la dégradation environnementale de sept autres herbicides (fénuron, monuron, isoproturon, chlortoluron, métoxuron, monolinuron, linuron) de la même famille que le diuron a été mise en oeuvre. La troisième partie a portée sur l'étude du comportement/dégradation électrochimique d'un fongicide de la famille des carbamates (carbendazime). En plus des produits de transformation connus pour ces pesticides étudiés, deux nouveaux produits de dégradation très instables ont été identifiés dans ce travail pour la première fois, principalement les quinones imine et les ions nitrenium. Tous les résultats obtenus au cours de cette étude ont été étayés par des calculs de mécanique quantique (DFT)The simulation/prediction of the environmental degradations of xenobiotics is an important field of research which allows to better understand the potential risks that represent organic contaminants in environmental systems. The main objective of this work is the implementation of hybrid couplings, associating an electrochemical device (EC) with analytical tools that are liquid chromatography (LC) and mass spectrometry MS [(EC-LC-MS and EC-MS couplings)] for simulation of the environmental degradation of selected electroactive pesticides. The oxidative degradation of this fungicide was studied using an electrochemical flow-through cell directly coupled to a mass spectrometer for rapid identification of their degradation products. Firstly, the elucidation of the electrochemical behavior of diuron (phenylurea herbicide) was possible through the identification of its oxidation products using EC-LCMS and EC-MS couplings. Secondly, the mimicry by electrochemistry of the environmental degradation of seven other herbicides (fenuron, monuron, isoproturon, chlortoluron, metoxuron, monolinuron, linuron) was implemented. The third part focused on the study of the electrochemical behavior/degradation of a fungicide of the carbamate family (carbendazim). In addition to the known transformation products for these studied pesticides, two new very unstable degradation products have been identified in this work for the first time, mainly quinones imine and nitrenium ions. All the results obtained during this study were supported by quantum mechanics calculations (DFT)
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Ecker, Paul. "Etude de la répercussion des propriétés moléculaires et des caractéristiques de la pulvérisation sur la détection des ions MCs+ et MCs+2 en spectrométrie de masse d'ions secondaires." Metz, 1998. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/UPV-M/Theses/1998/Ecker.Paul.SMZ9847.pdf.
Abstract:
La spectrométrie de masse d'ions secondaires (SIMS) est une technique d'analyse de surfaces et interfaces dont la qualité principale est la sensibilité. Son point faible réside dans la difficulté de la quantification. Sous bombardement primaire de Cs+ ce problème est très réduit par la détection des ions moléculaires MCs+ et MCs2+. Ce travail est consacré à l'étude de ces ions tant par leur propriétés moléculaires que par leur mécanisme de formation. La stabilité de ces ions moléculaires est étudiée par des considérations qualitatives appuyées par des modélisations numériques de quelques molécules types. Il est montré que les stabilités relatives des molécules d'une série MCsx+ (x = 0 à 2) peuvent être estimées par l'application de considérations fondamentales de chimie. Ce travail montré l'importance du mécanisme de formation moléculaire pour l'information analytique portée par les ions. Ces points sont mis en évidence par une étude détaillée de rapports isotopiques déterminés par des ions M+, MCs+ et MCs2+. Ces mesures permettent une évaluation de l'ampleur des répercussions du bombardement primaire sur la composition locale de l'échantillon. Finalement, l'évolution lors du passage par certaines interfaces des signaux correspondant à ces ions est utilisé pour attribuer un mécanisme de formationSecondary Ion Mass Spectrometry (SIMS) is a surface and interface analysis technique, the main quality of which is its sensitivity. Its principal weakness lies in the difficulty of quantification. Under Cs+ primary bombardment, this problem is strongly reduced by the monitoring of MCs+ and MCs2+ molecular ions. The aim of this work is the study of these ions through their molecular properties as well as through their formation mechanism. The stability of these molecular ions is studied by qualitative considerations supported by numerical modelling of some representative molecules. It is shown that the relative stabilities of the molecules of a series MCsx+ (x = 0 to 2) can be estimated by the application of basic chemical concepts. This work shows the importance of the formation mechanism to the analytical information carried by these ions. This is pointed out through the detailed study of isotopic ratios determined by M+, MCs+ and MCs2+ ions. These measurements enable us to evaluate the amount of ionie bombardment induced local composition changes on the sample. Finally, the evolution at certain interfaces of the signals corresponding to these ions is used to attribute formation mechanisms to them
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Baboux, Nicolas. "Analyse ultime par Spectrométrie de Masses des Ions Secondaires des matériaux de la microélectronique avancée : contribution à l'interprétation des profils de bore dans le silicium." Lyon, INSA, 2001. http://theses.insa-lyon.fr/publication/2001ISAL0083/these.pdf.
Abstract:
La Spectrométrie de Masse des Ions Secondaires (SIMS) est une méthode d'analyse élémentaire qui, de part sa sensibilité et sa bonne résolution en profondeur, est une méthode de choix pour la caractérisation élémentaire des matériaux de la microélectronique. Cependant, la réduction rapide et continue des dimensions des dispositifs avancés de cette filière impose un cahier des charges de plus en plus éxigeant. La mise en œuvre de l'analyse SIMS prend alors un caractère ultime. Nous avons procédé à la mise en évidence et à l'interprétation de certains artefacts instrumentaux et montré qu'ils sont pour une grande part à l'origine des problèmes de reproductibilité. Bien sûr, la résolution en profondeur doit être améliorée drastiquement. L'évolution des paramètres de la fonction de résolution en profondeur a été étudiée de façon rigoureuse dans le cas du bore dans le silicium. Dans les conditions accessibles les plus favorables, la résolution atteinte est de l'ordre du nanomètre, soit quelques couches atomiques. D'autre part, le régime transitoire, correspondant aux premiers instants de l'érosion ionique, ne peut plus être négligé dans le contexte : une partie conséquente des profils d'intéret peut y résider, rendant leur quantification difficile, et l'effet intégral de ce processus peut conduire à un décalage systématique de l'échelle des profondeurs. Nous avons démontré que l'analyse SIMS sous soufflage permet une mesure précise de la dose des profils dans cette région, bien qu'ils subissent une distorsion importante. Il a été de plus établi que la précision absolue de l'échelle des profondeurs est meilleure que le nanomètre. Enfin, la recherche des conditions d'analyses optimales en terme de résolution en profondeur peut être compromise par l'apparition de rugosités à la surface de l'échantillon, dont les conséquences sur l'analyse ont été étudiées de façon quantitative. Le domaine des conditions d'analyses adéquates a été déterminé dans le cas du soufflage d'oxygèneSecondary Ion Mass Spectrometry (SIMS) is a method of choice for elemental characterization of micro-electronics materials, due to its high sensitivity and good depth resolution. However, as devices dimensions shrink continuously, the demand for this method becomes more and more stringent. Practical implementation of the technique then becomes ultimate. We reported a number of instrumental artifacts, trying to interpret them, and showed that they are for a great responsible for the lack of reproducibility. Of course, the depth resolution must be drastically improved. The evolution of the depth resolution function parameters was studied in a rigorous way in the case of boron in silicon. For the best available analysis conditions, the achieved resolution is of order of one nanometer that is to say a few atomic planes. Moreover, the transient region, corresponding to the first instants of the erosion process, cannot be neglected any more: a substantial part of the impurity profile can lie in it, making its quantification very difficult, and the integral effect of this phenomenon can lead to a systematic shift of the depth scale. We showed conclusively that flooding the sample with oxygen during analysis allows a precise measurement of the total profile's dose, although it undergoes a significant shape distorsion. It was also established that the absolute precision of the depth scale is better than one nanometer. Finally, the search of the optimal conditions in terms of depth resolution is hampered by the occurrence of roughness on the instantaneous surface of the sample. We have quantitatively studied its consequences on the measurements interpretation. Useful range of analysis conditions was determined for the case of oxygen flooting
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Lagarrigue, Mélanie. "Détection, identification et préconcentration de produits de dégradation d'agents de guerre chimique organophosphorés par couplage électrophorèse capillaire-spectrométrie de masse." Phd thesis, Paris 6, 2007. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00004615.
Abstract:
L'entrée en vigueur de la Convention d'Interdiction des Armes Chimiques depuis 1997 et l'augmentation de la menace terroriste nécessitent le développement de méthodes d'analyse permettant d'identifier des agents de guerre chimique. Le couplage électrophorèse capillaire-spectrométrie de masse (CE-MS) présente des propriétés intéressantes pour l'analyse de composés chargés ou très polaires tels que les produits de dégradation d'agents neurotoxiques (acides alkyl alkylphosphoniques spécifiques et acides alkylphosphoniques non-spécifiques). Le développement d'une méthode CE-MS pour l'analyse d'un mélange constitué d'acides alkyl alkylphosphoniques et alkylphosphoniques comportant des composés isomères, a permis d'évaluer la sélectivité et les capacités d'identification du couplage CE-MS. Les expériences CE-MS-MS se sont avérées particulièrement efficaces pour identifier des acides alkyl alkylphosphoniques isomères non séparés en CE, tandis que la séparation par CE est indispensable pour différencier des acides alkylphosphoniques isomères indiscernables en MS-MS. Deux méthodes de préconcentration électrophorétique en ligne ont ensuite été développées pour améliorer la sensibilité de détection. La préconcentration par amplification du champ électrique (FASS) a ainsi permis d'améliorer la sensibilité d'un facteur 10 dans des matrices environnementales de faible conductivité (eau potable et eau de rivière). Des limites de détection des acides alkyl alkylphosphoniques comprises entre 0,25 et 0,50 µg.mL-1 ont été atteintes. La préconcentration par isotachophorèse transitoire (tITP) a ensuite été développée pour améliorer la sensibilité de détection d'acides alkyl méthylphosphoniques contenus dans des matrices de forte conductivité (extrait de sol et urine de rat) en CE-MS. La méthode tITP-CZE-MS a ainsi permis d'améliorer la sensibilité d'un facteur 40 environ et d'atteindre des limites de détection des acides alkyl méthylphosphoniques contenus dans un extrait de sol et de l'urine de rat comprises entre 9 et 220 ng.mL-1.
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Kernalléguen, Angéline. "Caractérisation et localisation des xénobiotiques dans les cheveux par spectrométrie de masse Maldi." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0754.
Abstract:
L’analyse des cheveux est à présent reconnue comme un outil pertinent dans le domaine de la toxicologie car elle permet de fournir un historique des habitudes de consommation d’un individu, qu’il s’agisse d’une consommation ponctuelle ou répétée.L’analyse d’un seul cheveu par désorption/ionisation laser assistée par matrice (MALDI) offre de nombreux avantages par rapport aux techniques conventionnelles : la quantité de cheveux est réduite, la préparation des échantillons est simplifiée et les images sont acquises avec une résolution spatiale très élevée (~100 µm). L’imagerie MALDI (MALDI-MSn) nous a permis de caractériser et de cartographier l’évolution des quantités de xénobiotiques le long du cheveu avec une très haute résolution spatiale sans une préparation trop longue ou trop complexe des échantillons au préalable.La spectrométrie de masse MALDI couplée à des plaques micro-réseaux (Microarrays for Mass Spetrometry, MAMS) nous a permis de développer une méthode pour effectuer une semi-quantification de la cocaïne, de la benzoylecgonine, de l’ecgonine méthyl ester et du cocaéthylène à partir d’une quantité de 1 mg de cheveux et 2 heures d’extraction ; les résultats sont bien corrélés avec une méthode de quantification validée. Cette méthode est pertinente lorsque des résultats urgents sont requis. Au total, le développement de ces deux applications nous a permis de démontrer la pertinence de la spectrométrie de masse MALDI dans l’analyse toxicologique du cheveu. Les perspectives consistent à améliorer ces protocoles afin de les transposer en routine et de développer des méthodes de screening large par spectrométrie de masse MALDIHair analysis is now recognized as a relevant tool in the field of toxicology. It provides a precise history of an individual’s exposure to drugs, whether it is a punctual or repeated consumption.Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization (MALDI) has many advantages over conventional techniques: the amount of hair needed is reduced, the sample preparation is simplified and the images are acquired with high spatial resolution (~ 100 μm).MALDI (MALDI-MSn) imaging allowed us to characterize and map the evolution of drugs amounts along the hair with very spatial resolution avoiding long and complex pre-sample preparation.MALDI coupled to Microaarays for Mass Spectrometry (MAMS) allowed us to develop a method for semi-quantitation of cocaine, benzoylecgonine, ecgonine methyl ester and cocaethylene using 1 mg of hair and 2 hours of extraction; the results are well correlated with a validated quantification method. This method is relevant when urgent results are required.In total, the development of these two applications demonstrates the relevance of MALDI mass spectrometry in the toxicological analysis of hair. The prospects are to improve these protocols in order to transpose them routinely and to develop large screening methods by MALDI mass spectrometry
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Pagés, Jean-Charles. "Analyse de la concentration des androgènes nucléaires dans la prostate humaine par chromatographie gazeuse couplée à la spectrométrie de masse." Montpellier 1, 1990. http://www.theses.fr/1990MON11039.
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Fatou, Benoit. "Développements d’outils de micro-échantillonnage par ablation laser et spectrométrie de masse pour la caractérisation de tissus biologiques." Thesis, Lille 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL10205.
Abstract:
L’émergence de nouvelles sources ambiantes d’ionisation rendent possible l’étude par spectrométrie de masse d’échantillons natifs, sans préparation nécessaire. En combinaison avec des méthodes d’échantillonnage, elles permettent l’identification de biomolécules en conservant leur localisation histologique. Dans ce contexte, nous avons développé deux outils de micro-échantillonnage pour la caractérisation de tissus biologiques. Le 1er est basé sur l’ablation laser par une source impulsionnelle à 532 nm suivie de la capture en goutte du matériel ablatée. Nous avons démontré que l'analyse de biomolécules capturées était possible malgré leur faible absorbance à cette longueur d’onde. Ceci est dû à l’existence d’un mécanisme d’ablation induit par le substrat qui se substitue au processus d’ablation directe entre le laser et l’échantillon irradié. Cette stratégie a été appliquée avec succès à l’étude de protéines et de lipides sur tissu. Le 2nd est un nouvel instrument d’analyse de biomolécules en temps réel. Basé sur l’ablation laser à 2,94 µm - en coïncidence avec une bande d’absorption intense de l’eau - et couplé au spectromètre de masse par un tube d’aspiration, il permet la caractérisation de tissus biologiques ex vivo et in vivo. Les profils moléculaires générés correspondent à des métabolites et des lipides. Le caractère faiblement invasif et indolore de l’irradiation laser a été démontré lors d’études in vivo sur des phalanges d’individus volontaires. Le potentiel de ce dispositif est finalement démontré par une application clinique, le cancer de l’ovaire et le développement de banques de données de profils moléculaires correspondant aux différents grades de la pathologieRecent advances in ambient ionization sources enable the study by mass spectrometry (MS) of native samples, without any preparation. In combination with sampling methods, they allow identification of biomolecules with respect to their histological localization. In this context, we have developed and explored the potential of two micro-sampling tools for the characterization of biological tissues. The first one consists in the ablation of analytes from biological sample using a ns laser at 532 nm and their subsequent capture in a solvent droplet which can then be analyzed by MS. We demonstrate that analyses are possible, despite the low absorbance of the biological material at this wavelength. This is due to the preponderance of an indirect substrate-mediated ablation mechanism which contrasts with the conventional direct ablation driven by analyte absorption. The second tool is an instrument for real-time analysis of biomolecules. Based on the laser ablation at 2.94 µm in coincidence with a strong absorption band of the water, and coupled to the spectrometer by a transfer line, it provides the ex vivo and in vivo characterization of biological tissue. Molecular profiles generated in real-time show signals corresponding to metabolites and lipids. The low-invasive and virtually painless nature of the laser irradiation was demonstrated through in vivo studies on phalanges of voluntary individuals. Finally, some of the developments made on this tool was dedicated for a clinical application, namely the ovarian cancer, and the development of the databases of molecular profiles corresponding to different grades of the disease
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Gonzalez, de Peredo Anne. "Etude structurale de la protéine FUR (Ferric Uptake Regulation) d'Escherichia coli par spectrométrie de masse." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2000. http://www.theses.fr/2000GRE10006.
Abstract:
La proteine fur (ferric uptake regulation) regule les mecanismes d'acquisition du fer chez les bacteries gram negatives comme escherichia coli. Le fer est necessaire a la croissance de presque tous les organismes vivants, et les bacteries ont developpe des systemes complexes pour l'acquerir. Neanmoins, a forte concentration, il catalyse la formation de radicaux libres, et devient toxique. La concentration intracellulaire en fer doit donc etre strictement controlee. Lorsque celle-ci devient trop elevee, fur fixe des ions fe(ii) et est ainsi activee : elle se fixe alors sur la region promotrice des genes impliques dans l'acquisition du fer. La proteine inhibe ainsi l'expression de ces genes, et limite l'entree de fer dans la bacterie. Fur est une proteine homodimerique de 2 fois 17 kda. Elle possede un site de fixation du fe(ii) par monomere, et contient aussi du zn(ii). Sa structure tridimensionnelle n'est pas connue, et dans cette etude, la spectrometrie de masse a ete utilisee comme outil d'analyse pour obtenir diverses informations structurales concernant cette proteine. Des mesures en conditions non denaturantes ont montre que la proteine contient un site a zinc par monomere. Par ailleurs, une approche combinant modification chimique des cysteines et analyse par spectrometrie de masse a permis d'etablir que les cysteines 92 et 95 sont ligands du zinc. Des methodes de reticulation chimique proteine-proteine ont ete employees pour localiser les interactions monomere-monomere au sein du dimere de fur. Enfin, les interactions proteine-adn ont egalement ete etudiees. La modification chimique differentielle des lysines, en presence ou non d'adn, a montre que la lysine 76 est protegee apres liaison de la proteine a l'adn, suggerant que ce residu appartient a la zone d'interaction. La methode des echanges hydrogene-deuterium, associee a la spectrometrie de masse, a permis de caracteriser les changements conformationnels de la proteine lors de la fixation du metal ou de l'adn. Des experiences de pontage proteine-adn par laser uv, destinees a localiser les points de contact entre les deux especes, sont egalement decrites. Sur la base des resultats obtenus et des predictions de structure secondaire de fur, un modele d'interaction proteine-adn faisant intervenir un motif helice-coude-helice atypique est propose.
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Bard, Édouard. "Analyse isotopique du carbone en spectrométrie de masse par accélérateur : application à la géochimie marine et à la géochronologie." Paris 11, 1987. http://www.theses.fr/1987PA112383.
Abstract:
Au cours des cinq dernières années, le développement de la spectrométrie de masse par accélérateur a permis de mesurer des rapports isotopiques 14c/l2c dans des échantillons de l'ordre du milligramme de carbone. Les résultats présentés dans ce travail comptent parmi les premières déterminations d'âges de sédiments marins et de pénétration du 14c artificiel dans l'océan réalisées grâce à la spectrométrie de masse par accélérateur (SMA). Dans le domaine de la paléoclimatologie il devient donc possible de dater précisément les coquilles des micro-organismes que l'on utilise comme indicateurs climatiques. Les mesures d'âges 14C présentées dans cette thèse ont permis d'établir les vitesses de changement du climat lors de la dernière déglaciation et de mettre en corrélation sur de grandes distances les enregistrements paléoclimatiques. Ces nouveaux résultats permettent d'évaluer la vraisemblance des différentes théories proposées pour expliquer la structure complexe de la dernière déglaciation qui s'est déroulée de 15000 à 8000 années BP. Dans le domaine de l'océanographie, l'étude de la pénétration du C02 anthropogénique dans l'océan est conduite par l'étude des molécules radioactives 14co2, marquées par le radiocarbone artificiel synthétisé lors des essais nucléaires atmosphériques du début des années 1960. Comme le montrent les résultats de cette these, les mesures de 14c dans l'océan sont désormais possibles grâce à la spectrométrie de masse par accélérateur. Cette méthode permet de collecter des échantillons d'eau de mer de l'ordre de 100·ml qui sont par la suite traités et analysés au laboratoire dans de très bonnes conditions méthodologiques. L'étude du 14c d'origine anthropogénique dans l'océan Indien présentée dans ce travail, a permis de cartographier la pénétration de ce traceur transitoire entre 10°N et 20°S. Cette zone caractérisée par de forts contrastes de pénétration est très importante dans la compréhension et la quantification des mécanismes de mélange entre les eaux profondes et celles de la thermocline. La mesure en SMA du 14C artificiel dans l'océan permet aussi d'étudier certains détails océanographiques comme par exemple l'advection d'eau peu salée et chargée en 14C venant de l'est de l'océan Indien entre l'équateur et 10° de latitude Sud à des profondeurs entre 200-500 mètres.
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Ohara, Keiichiro. "Interactions non covalentes de dérivés guanidylés avec l'ADN : synthèse, évaluation biologique et analyse par spectrométrie de masse MALDI-TOF." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20154.
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Farenc, Mathilde. "Apports de la mobilité ionique couplée à la spectrométrie de masse pour l’analyse des matrices complexes." Thesis, Normandie, 2017. http://www.theses.fr/2017NORMR007/document.
Abstract:
Le pétrole est une matrice complexe qui est raffinée afin d’être valorisée. Les fractions obtenues après raffinage sont variées et vont des composés légers (gaz, gazole …) aux composés lourds (distillats sous vide, bitumes...). La coupe naphta subit des traitements tels que le vapocraquage pour obtenir les oléfines qui sont ensuite polymérisés notamment grâce à la catalyse métallocène pour produire les polyoléfines. Ce travail de thèse a porté sur la caractérisation des distillats sous vide, des polyoléfines, et des catalyseurs métallocènes afin de mieux maitriser les différentes étapes du raffinage. Une comparaison des différentes sources à pression atmosphérique a été réalisée pour l’étude de distillats sous vide par spectrométrie de masse à mobilité ionique (IMMS). .L’electrospray (ESI+) permet d’ioniser sélectivement les composés azotés basiques alors que la source ASAP ainsi que la source photoionisation à pression atmosphérique (APPI) permettent une identification des composés soufrés de type benzothiophènes. Les données IMMS obtenues en ESI fournissent des informations sur l’isomérie des composés azotés de ce mélange complexe. Pour mieux comprendre ce contenu isomérique, un indicateur d’isomérie basé sur la largeur à mi-hauteur des pics de mobilité ionique, a été développé. L’analyse de polymère a été réalisée à l’aide de la source ASAP. En particulier, dans le cas du polypropylène (PP) et du polyéthylène (PE) de nombreux résidus pyrolytiques fortement oxydés ont été mis en évidence. Des différences significatives en terme d’abondances relatives et au niveau des temps de dérive en mobilité ionique sont observées entre les polyoléfines et notamment entre des PP tactiques et atactiques. Enfin, une méthode d’analyse par ASAP de composés sensibles à l’air a été développée et a permis l’analyse des composés de type métallocènes,utilisés pour la polymérisation des polyoléfinesPetroleum is a highly complex mixture that needs to be refined in order to be commercialized. The petroleum fractions have various compositions from gasoline to petroleum coke. Naphtha distillation cut gives olefins by steam cracking which are polymerised using metallocene catalysts to produce polyolefins. This thesis work focused on the characterisation of vacuum gas oils, polyolefins and metallocene catalysts to better understand and optimized refining processes. A comparison of atmospheric pressure ionisation sources was realised for the characterisation of vacuum gas oils by ion mobility–mass spectrometry (IMMS). Electrospray (ESI+) source allows to selectively analyse the basic nitrogen containing species. The ASAP and APPI (atmospheric pressure photoionisation) sources allows to identify sulphur containing compounds like benzothiophenes. Based on the IMMS data, a new indicator based on the full width at half maximum (FWHM) of ion mobility peaks was developed to obtain isomeric information without any identification of the species. Polymers were also analysed using the ASAP source. In particular, polypropylene (PP) and polyethylene (PE) were analysed by ASAP-IMMS and allow us to identify the oxidized species obtained by atmospheric pressure pyrolysis. The relative abundance of these species and their drift time were significantly different between the different samples and notably between isotactic PP and atactic PP. Finally, a new method based on the ASAP source was developed to analyse air sensitive compounds like metallocene used for polyolefin polymerisation
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Morineaux, Valérie. "Identification et Quantification des Sous-Types de la Neurotoxine Botulique de Type A par Spectrométrie de Masse." Thesis, Paris 11, 2015. http://www.theses.fr/2015PA114826.
Abstract:
Les toxines botuliques (BoNTs) sont les substances les plus toxiques connues. Elles sont responsables du botulisme, une maladie rare mais le plus souvent mortelle sans prise en charge médicale. Cependant, les applications médicales des BoNTs sont de plus en plus nombreuses du fait de leurs propriétés paralysantes. Leur toxicité par voie inhalée en fait un des 6 principaux agents du risque intentionnel. Les BoNTs, produites par Clostridium botulinum, se répartissent en 7 types sérologiques qui se déclinent en sous-types. Cette biodiversité rend difficile leur identification par les méthodes classiques utilisées pour les toxines protéiques (approches immunologiques). Jusqu’à présent, seule l’analyse génétique permettait de distinguer les différents sous-types entre eux. Dans ce travail a été développée une méthode d’analyse en LC-QqQ-MS/MS en mode MRM pour identifier les différents sous-types de la BoNT/A dans des matrices complexes à partir de peptides communs et spécifiques à ces sous-types. Un traitement d’échantillon par immunocapture sur billes magnétiques couplées à des anticorps anti-peptides a été développé pour isoler la toxine de l’échantillon avant analyse. Des surnageants de culture des sous-types A1 à A3, A5, A7 à A8 ont été utilisés pour valider la méthode. La limite de détection de la méthode est compatible avec les taux de toxine retrouvés habituellement dans les échantillons naturellement contaminés. Cette méthode de spectrométrie de masse a ensuite été utilisée pour quantifier les différents sous-types de la BoNT/A dans une matrice complexe (surnageants de culture de C. botulinum). Une technique de quantification, utilisant un isotope stable de la chaine légère de type A1, ([13C6]K et [13C6]R), a été retenu comme étalon interne. Les différents sous-types de BoNT/A ont été quantifiés dans les surnageants et la quantité de BoNT correspondante à une dose létale minimale de 100% a été déterminée pour chaque sous-typeBotulinum neurotoxins (BoNTs) are the most poisonous substances known. They are responsible for human botulism, a rare but potentially fatal disease if not quickly treated. However, BoNTs were approved for the treatment of numerous medical applications due to their temporary paralysis effects. BoNTs are among the six agents with the highest risk of potential use as bio-weapons because of their high toxicity in aerosol form. BoNTs, produced by Clostridium botulinum, are divised into seven toxinotypes and each toxinotype contains several subtypes. This biodiversity makes more difficult their identification with classical methods by immunological ways. Until now, only molecular genetical methods could differenciate subtypes among them. The aim of this work was to develop a liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) in MRM mode to efficiently discrimate the distinct subtypes from specific and common peptides. Immunocapture sample preparation with antipeptides antibodies was used and allowed the isolation of the toxin from the sample. Subtyping was performed with crude supernatants (BoNT/A1 to /A3, /A5, /A7 and /A8) in order to validate the method. Limit of detection (LOD) of the proposed method is in the range of minimal toxin concentration found in naturally contamined samples. In a second part of this work, this mass spectrometry method was used to quantify the neurotoxin in complex matrices (supernatants of Clostridium botulinum cultures). Isotope labeled light chain (13C6]K et [13C6]R) from botulinum A1 neurotoxin was produced and used as internal standart. Subtypes were quantified in supernatants and the quantity of neurotoxin for one minimal lethal dose 100% was determined for each subtype
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Dossat, Nadège. "Analyse discriminante des spectres en protéomique dans un but diagnostic et thérapeutique : application au cancer du sein." Montpellier 1, 2009. http://www.theses.fr/2009MON1T009.
Abstract:
"La protéomique est un outil essentiel dans la compréhension de maladies, tel que le cancer. Le profilage des protéines fournit une vue globale des processus de la maladie au niveau des protéines. La spectrométrie de masse SELDI-TOF est l'un des outils de laboratoire utilisés pour trouver les modèles protéiques associés à la maladie. Un spectre de masse contient l'information sur les protéines et leurs fragments. Un pic c. -à-d. Un maximum local du spectre de masse représente une protéine ou un fragment de protéine. L'objectif est de trouver des biomarqueurs discriminants, c. -à-d. Des pics présents dans les groupes cancer du sein et témond sains mais avec des intensités spécifiques à chaque groupe ou encore des pics présents dans un seul des deux groupes. Le problème de cette technique de spectrométrie de masse est la variablilité sur l'abscisse (masse/charge) et sur l'ordonnée (intensité). La variabilité sur l'abscisse rend difficile l'identification des pics statistiquement "identiques" en abscisse. La variabilté sur l'ordonnée conduit à des problèmes de classification des spectres de masse. Un premier objectif était donc d'identifier les pics en tenant compte de la double variablité de ceux-ci. Le principe est de modéliser la variabilité des pics en abscisse et sur l'ordonnée par une distribution normale bivariée. Ainsi, la distribution de la totalité des spectres de masse par groupe (cancer/témoin) est modélisée par un mélange normal bivarié. L'estimation des paramétres de mélange de modèles est faite en employant l'algorithme EM contraint. Après cette identification des pics, les biomarqueurspeuvent être sélectionnés en utilisant des tests statistiques. Pour nous assurer de la réalité de la non présencede certains pics dans un seul des deux groupes, une améloration des méthodes de débruitage des spectres de masse par les transformés en ondulettes invariantes en translation a été étudiée. Le bruit des spectres est influencé par la matrice chimique utiliséé dans la technique de spectrométrie SELDI-TOF, ce qui donne un bruit avec une variance qui décroît continûment en fonction de l'abscisse. Cette deuxième partie a consisté à adapté le seuillage des coefficients d'ondelettes au bruit spécifique des spectres de masse SELDI-TOF. Des adaptations de l'algorrithme EM contraint sont alors nécessaires pour identifier de nouveaus pics par rapport aux groupes de méthodes développés dans la premire partie"The proteomic is an essential tool in tehe diseases comprehension, such as cancer. The proteins profiling provides an integrated of the disease pocesses at the protein level. The SELDI-TOF mas spectrometry is one of the laboratory tolls employed to find the disease-related proteomic patterns. A mass spectrum contains information on proteind and their fragments. One peak i. E. One local maximum of the mass spectrum represents a protein or a protein fragment. The objective is to seek discriminating biomarkers i. E. The peaks present in the breast cancer and the healthy control groups but with intensities specific to each or the peaks present in only one of the two groups. The problem of this mass spectrompetrytechnique is variability on the X-coordinate (m/z) and Y-coordinate (intensity). La [i. E. The] variability on the X-coodinate makes difficult the identification of the peaks statistically "identical" on the X-coordinate. The variability on the Y-coordinate leads to problems in the mass spectra classification. A prime objectif was to identify the peaks by taking account of the double variability of those. The principle is to model the peak variability on the X-coordinate and on the Y-coordinate by a bivariate normal distribution. Thus, the distribution of the whole of the mass spectra for one group (cancer/control) is modelled by a bivariate normal mixture. The estimation of mixture model parameters is done by using constrained EM algoritm. After the peak identification, the biomarkers can by identified using statistical tests. For ensure us of the reality of the non presence of certain peaks in only one or the two groups, an improvement of the denoising methods of the mass spectra by the wavelts transforms invariant in translation was studied. The noise of the spectra is influenced by chemical process used in technique of spectrometry SELDI-TOF, which gives a noise with a variance which decrease continuously to the X-coordinate. The second part consisted in adapting the thresholding of the wavelets to the specific noise in the mass spectra SELDI-TOF. Adatations of constrained algorithm EM are then necessary to identify new peaks to compare them with those obtained by the groups of methodes developed in the first part
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Mialle, Sébastien. "Développements analytiques en spectrométrie de masse à thermo-ionisation pour l'analyse isotopique de faibles quantités." Toulouse 3, 2011. http://thesesups.ups-tlse.fr/1507/.
Abstract:
Dans le cadre d'un axe d'orientation de la loi Bataille sur la gestion des déchets nucléaires, des expériences ont été menées dans le réacteur à neutrons rapides Phénix. Certaines d'entre elles ont consisté en l'irradiation de plusieurs poudres enrichies en un isotope. Ces irradiations vont permettre, par détermination de la composition élémentaire et isotopique de ces échantillons, d'obtenir des données nucléaires de base afin d'étudier la faisabilité de la transmutation. Un des enjeux du projet provient du fait que de faibles quantités de poudres ont été initialement introduites et en conséquence certains produits issus de l'irradiation sont présents en très faibles quantités (nanogramme). L'objectif de cette étude est le développement de méthodes analytiques innovantes pour l'analyse de ces faibles quantités par spectrométrie de masse à thermo-ionisation, technique dans laquelle l'échantillon est déposé sur un filament métallique en vue de son évaporation, son ionisation et sa séparation en masse. Quatre grands axes d'étude ont ainsi été explorés : i) le développement de méthode d'analyse en consommation totale avec traitement des données obtenues, ii) l'étude des potentialités pour la mesure isotopique de nouveaux systèmes de détecteurs, iii) l'étude des techniques de dépôt de l'échantillon sur le filament afin d'améliorer la robustesse de la technique, et iv) enfin la comparaison des données obtenues avec d'autres techniques de spectrométrie de masse. Ces développements ont permis d'analyser des quantités de l'ordre du nanogramme sur des échantillons issus des expériences d'irradiation avec des incertitudes en adéquation avec les attentes des neutroniciens. Au-delà de l'atteinte des objectifs analytiques, cette étude a permis de proposer une technique de dépôt homogène de l'échantillon sur le filament et qui améliore la robustesse de la méthode pour des quantités déposées de l'ordre du nanogramme. De plus, des premières mesures sur des multiplicateurs d'électrons en consommation totale ont été réalisées et ont permis de mesurer des quantités allant jusqu'à quelques centaines de femtogrammes. Plusieurs échantillons irradiés mais aussi des échantillons naturels d'eaux de rivières ont pu être analysés en utilisant les procédures analytiques mises en place et ont fait l'objet d'une comparaison avec une autre technique analytique la spectrométrie de masse à source plasma et système multicollectionIn the framework of the French transmutation project of nuclear wastes, experiments consisted in the irradiation in a fast neutron reactor of few milligrams of isotopically enriched powders. Hence, the isotopic analysis of very small amount of irradiation products is one of the main issues. The aim of this study was to achieve analytical developments in thermal ionization mass spectrometry in order to accurately analyze these samples. Several axes were studied including the new total evaporation method, deposition techniques, electron multiplier potentialities and comparison between different isotope measurement techniques. Results showed that it was possible to drastically decrease the amounts needed for analysis, especially with Eu and Nd, while maintaining an uncertainty level in agreement with the project requirements
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Richert, Sophie. "De l'identification à la caractérisation de protéines : Développement de la spectrométrie de masse dans le cadre de l'approche protéomique." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2003/RICHERT_Sophie_2003.pdf.
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Boutegrabet, Lemia. "Approche métabolomique dans l'analyse de l'évolution oxydative des vins en spectrométrie de masse à très haute résolution." Thesis, Dijon, 2012. http://www.theses.fr/2012DIJOS025.
Abstract:
Tout au long du procédé d’élaboration d’un vin, des réactions d’oxydation peuvent se produire y compris au cours du vieillissement en bouteilles. Depuis quelques années, la profession viti-vinicole est confrontée au problème de l’oxydation prématurée des vins blancs.. A ce jour, peu d’études ont pu apporter des explications d’ordre chimique à ce phénomène, et les mécanismes réactionnels intervenant restent peu connus.L’objectif de ce travail de thèse est d’apporter, au travers d’une analyse moléculaire non ciblée en spectrométrie de masse à transformée de Fourier et à résonance cyclotronique des ions (FT-ICR-MS) couplée à une étude chimiométrique, des réponses originales aux questions posées par la problématique actuelle d’oxydation prématurée des vins blancs. Nous avons montré suite à l’étude d’une série de vins oxydés prématurément non seulement la grande diversité chimique des vins, mais aussi la présence d’un ensemble de masses typiques associées à ce phénomène. Pour une meilleure compréhension de l’origine de cette problématique, nous avons considéré deux autres types d’oxydation : une oxydation relative exclusivement à un apport contrôlé en oxygène et une autre relative à l'évolution naturelle de vins en bouteilles. Cette dernière consiste en le suivi de l'évolution des espaces chimiques de séries verticales de vins blancs et rouges en fonction du temps. Sur la série verticale des vins blancs allant de 1979 à 2006, une charnière à l’année 1990 a été observée avec des groupes de masses typiques de chacun des vins jeunes (1979-1990) et des vieux vins (1991-2006).La comparaison entre les espaces chimiques discriminants chacun de ces trois types d’oxydation ne révèle la présence que de trois masses en commun, ce qui appuie l'hypothèse de causes multiparamétriques à l’oxydation prématurée des vins blancs, qui ne serait donc pas un phénomène du exclusivement à une exposition non contrôlée à l'oxygène.Des essais d’élucidation structurale en FT-ICR-MS/MS des masses discriminantes des vins oxydés et de la série verticale ont été effectués et des schémas de fragmentation pour certaines masses sont proposésDuring winemaking processes, many oxidation reactions may occur especially during the aging period. Recently, white wines are characterized by a problem of premature oxidation for which few studies have provided chemical explanation. To date, the involved mechanisms in this phenomenon remain poorly understood.The aim of this thesis project is to provide, through an untargeted molecular analysis using Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry (FT-ICR-MS) coupled to chemometric analysis, original clue to understand the premature oxidation of white wines. Based on the study of a series of premature oxidized white wines, we were able to elucidate the high complexity and the chemical diversity of wine, and got out typical masses characterizing the oxidation state. In order to better understand the origin of this phenomenon, we considered two alternative possibilities of oxidation: the first one induced by oxygen, and the second through a natural evolution of wines in bottles. The latter included the monitoring of the chemical evolution of white and red wines as a function of time. A very interesting result was obtained on the vertical series of white wines from 1979 to 2006, where two groups were separated at the 1990 vintage to provide a group of old wines (1979-1990) and a group of new wines (1991-2006). Typical discriminant masses were found for each group.A comparison between the chemical spaces discriminating each of the three types of oxidation (premature oxidation, oxidation with oxygen and natural evolution of wine in bottle) revealed very few common masses that may indicate that the phenomenon of premature oxidation is indeed influenced by multiple factors.Finally, a structural elucidation of the typical masses of the groups of oxidized and aged wines were established using FT-ICR-MS/MS. Possible fragmentations schemes of some of these masses were proposed