Academic literature on the topic 'Sources hydrothermales peu profondes'

RÉSUMÉ La baie des Chaleurs, quatrième estuaire en importance de l’est du Canada, est un large bassin peu profond rempli de sédiments non consolidés d'une épaisseur allant jusqu'à 50 m. La répartition de cette masse sédimentaire est en partie imposée par le réseau de drainage datant du Cénozoïque (Tertiaire ou Quaternaire), qui suit les principaux éléments structuraux du socle sédimentaire sous-jacent. Les dépôts de contact glaciaire pleistocenes, y compris le till, sont généralement minces ou absents. Toutefois, au centre et vers l’extérieur de la baie, les chenaux cénozoïques renferment les accumulations morainiques linéaires, jusqu'à 30 m d'épaisseur, qui pourraient signaler l'emplacement final du dôme de la Gaspésie. Six grands cônes glaciomarins identifient les exutoires en fonction pendant la phase de retrait des calottes régionales. Ces dépôts pléistocènes ont en partie été érodes par des chenaux de drainage fluvioglaciaires pendant une phase de bas niveau marin (-90 m), vers 9000 BP. Par la suite, au cours de la transgression marine de l'Holocène inférieur à moyen, les sédiments glaciaires ont été soumis à l’érosion par les vagues. Les dépôts s'amincissent donc en eaux peu profondes et sont caractérisés par la présence de terrasses parallèles à la rive et des surfaces de sédiments grossiers le long des marges de la baie. À 7000 BP, le complexe de sandur qui occupait le fond peu profond de la baie a aussi été atteint par la transgression marine. La surface du delta était protégée par une barrière morainique. Les sédiments de l'Holocène inférieur ont d'abord été déposés dans les eaux plus profondes du centre et de l'entrée de la baie et ont subséquemment formé une pellicule sur le sandur du fond de la baie à mesure que le niveau marin montait. Ces sédiments montrent une progression dans la stratification et la granulométrie en relation avec les fluctuations du niveau marin et des sources sédimentaires. Les conditions océanographiques modernes se sont établies il y a environ 5000 ans.

L'antibiorésistance est une préoccupation croissante en termes de santé humaine et animale au niveau international. Escherichia coli est responsable de nombreuses infections chez l'Homme comme les infections urinaires, mais aussi des infections plus sévères (septicémies). Le but du travail est de suivre l'impact des eaux usées sur la qualité de l'eau et d'évaluer la capacité des E. coli résistantes aux céphalosporines de 3ème génération ou C3G (productrices de beta-lactamase à spectre élargi ou BLSE de type CTX-M) à se propager et survivre dans les eaux du bassin versant de l'Ouche (Bourgogne, France). Une stratégie pour l'échantillonnage des eaux de surface et souterraines a été déployée selon les contextes hydrogéologiques, l'utilisation des terres et les rejets de STEU. L'approche hydrochimique s'appuie sur l'analyse des paramètres chimiques tels que les nitrates et le bore complétés par l'analyse de Terres rares dont le gadolinium et le suivi de produits pharmaceutiques (caféine, carbamazépine, paracétamol, ibuprofène). Les premiers résultats montrent une contamination des eaux de surface par des souches d'E. coli productrices de BLSE. Cette dissémination est associée au rejet des eaux usées dans le milieu. On note néanmoins qu'au niveau de la nappe alluviale le transfert d'E. coli est nul à faible et celui des d'E. coli productrices de BLSE est nul. Dans ce contexte, la filtration des eaux de surface par les berges et potentiellement les temps de transfert jouent en faveur de l'épuration des E. coli A l'inverse en secteur karstique, on note la présence d'E. coli productrices de BLSE au niveau des émergences. Contrairement aux eaux de la nappe alluviale qui bénéficie d'une épuration naturelle, les eaux karstiques semblent fortement vulnérables.

La DMT (N,N-diméthyltryptamine) est une puissante tryptamine à effet de courte durée qui a gagné en popularité au cours de la dernière décennie, indépendamment de l’ayahuasca, un breuvage visionnaire d’Amazonie dont elle est un des principaux ingrédients actifs. Réputée pour sa capacité à déclencher des expériences extracorporelles et de profondes modifications de la perception sensorielle, de l’humeur et des pensées, elle est devenue l’inspiration de toute une communautéundergroundd’amateurs louant les vertus « enthéogènes » de la DMT et d’autres psychotropes. S’appuyant sur les témoignages des utilisateurs provenant de sites référentiels en ligne et d’autres sources, le présent article s’attarde à décrire l’évènement de percée (breakthrough event) ou l’hyperespace provoqué par la DMT. Dépeinte comme un évènement de gnose et parfois comparée à une expérience de mort imminente, l’expérience de la DMT est souvent associée à des contacts avec des entités et à des manifestations de communication visuelle. Les récits des voyages dans l’hyperespace mettent en lumière la manifestation fondamentale de la substance et nous aident à comprendre la phénoménologie liminale de la DMT et des autres tryptamines. Les comptes-rendus de ces voyages témoignent d’un processus transitionnel, interne et individualisé. Bien que la transe causée par la DMT soit privée, ses conditions ontologiques sont rapportées publiquement, généralement de manière anonyme, sur des sites comme Erowid et DMT-Nexus. Il s’agit aussi d’explorer ici le rôle d’Internet, moyen d’expression universel, dans la création d’une communauté mondiale d’usagers et d’amateurs de ce psychotrope. La navigation dans le cyberespace, sorte d’hyperespace numérique, s’apparente au phénomène de désincarnation propre au « voyage » dans l’hyperespace induit par la DMT. Or, l’ontologie liminale de cet hyperespace est bien plus qu’une simulation ou une réalité virtuelle. Les usagers la considèrent comme une expérience de transformation personnelle authentique. Par analogie, voyages, passages et transitions qui émaillent ces récits relèvent d’une rhétorique méta-ritualisée. Cet article se veut donc une discussion exploratoire sur ce phénomène peu documenté, et aborde l’hyperespace à partir des trois formes de transition qui caractérisent sa phénoménologie méta-ritualisée.

Les relations du travail en Amérique Latine se caractérisent par la présence traditionnelle d'un autoritarisme étatique qui se manifeste par une intervention continuelle, une législation abondante et parfois contradictoire, ainsi que par un conflit permanent. Tout cela dans un cadre social hétérogène dans lequel les relations du travail ont depuis peu cesse d'être atomisé pour se centraliser dans les branches industrielles. Ces caractéristiques normalisent toujours les relations du travail en Amérique Latine, mais leur poids diminue chaque fois que de nouveaux facteurs, tant internes qu'externes, entrent en jeu. Les nouvelles tendances, encore embryonnaires, amplifient le caractère extra juridique de la relation employeur-travailleur, de même que l'autonomie des acteurs immédiats en relations du travail, ainsi que la faible présence d'une optique coopérative et participative. La gestion patronale a joué un rôle principal dans cette évolution, particulièrement dans les domaines nouveaux, là où l'absence de tradition a facilité l'innovation. Les multinationales et le secteur d'exportations non traditionnel constituent les meilleurs exemples. Ce résumé a pour objet de présenter ces nouvelles tendances, d'identifier les facteurs internes et externes qui les ont générés, ainsi que d'offrir une base de comparaison pour faciliter une évolution globale de l'état des relations du travail au niveau international. Facteurs internes : La gestion patronale actuelle en Amérique Latine montre qu'il y a une crise complexe chez les protagonistes des relations du travail, c'est-à-dire les travailleurs, les employeurs et l'État. D'un cote, l'augmentation inusitée des grèves locales et nationales, le caractère « illégal » de la majorité des grèves locales dues à l'échec de la négociation collective, ou encore, leur emploi comme outil de solution des conflits, et enfin, l'importante complexité des demandes constituent les principaux problèmes. La source immédiate de ceux-ci est syndicale, alors que les causes plus profondes se rencontrent, pour la majorité, en dehors du contrôle des acteurs. À cause de cette distanciation, les relations se polarisent chaque fois plus. Les relations du travail doivent ainsi en venir à se rencontrer devant un tiers, l'État, qui lui aussi, devient chaque fois plus décisif. De l'autre cote, le maintien, l'accroissement ou le changement fréquent des lois du travail ainsi que la partialité des gouvernements en place soit avec les employeurs ou les travailleurs, reflètent la continuité ou l'augmentation de l'interventionnisme étatique dans la détérioration des relations entre les parties. Les réajustements périodiques des salaires selon les changements au cout de la vie dus à l'inflation, par exemple, exigent des employeurs qu'ils réajustent subséquemment leurs politiques salariales et leurs couts divers. Les changements dans la législation imposent une adaptation de la part des employeurs. En général, l'important interventionnisme étatique ainsi que le réglementarisme limitent de manière irrationnelle le mouvement autonome des relations du travail. Cependant, autant les employeurs que les travailleurs ont exercé, ces dernières années, une force extraordinaire tendant à changer, en leur faveur, le schéma et les règles qui gouvernent les relations du travail. Tous deux ont influencé le processus politique afin de limiter le déterminisme étatique dans les deux secteurs de la propriété, publique et privée, mais aussi dans le but de forcer la réconciliation avec leur acteur rival et ceci, en accord avec la logique de leurs propres intérêts. Le solde net de ce changement a été une relative ouverture du système traditionnel des relations du travail vers des formes nouvelles de relations, comme le système d'administration des ressources humaines, la concertation sociale, la négociation par branche industrielle et la transformation du régime du travail dans le secteur public, particulièrement dans les entreprises de l'État. Facteurs externes : La crise économique que vivent pratiquement tous les pays de cette région, l'accroissement disproportionne de l'offre de travail et de ses accompagnateurs naturels comme le chômage et le travail au noir, l'intervention excessive de l'État dans l'économie, de même que son centralisme, et le défi de la concurrence internationale basé sur l'internationalisation des facteurs de production sont les changements contextuels qui ont eu un impact majeur dans les relations du travail en Amérique Latine. Ceux-ci ont exercé une influence variable aussi bien sur les facteurs internes mentionnes plus haut que sur les relations du travail elles-mêmes, de façon directe. La gestion patronale a répondu à ces divers facteurs avec une grande variété de critères et d'actions. Une des réponses a été l'adoption de systèmes d'administration du personnel en remplacement du système de relations du travail. Même si cette pratique est naissante, son développement rapide, et ceci dans les secteurs les pins modernes et les plus rentables (les multinationales en constituent l'avant-garde), lui a concédée une importance majeure ces dernières années. Le système d'administration des ressources humaines est un concept radicalement différent de celui du système traditionnel des relations du travail. Alors que le premier est centre sur la relation individuelle employeur-travailleur, le second l'est sur la relation collective employeur-syndicat. L'expérience latino-américaine montre que la tendance actuelle va vers la superposition des systèmes. Les entreprises qui furent organisées sous le système traditionnel de relations du travail continuent dans cette direction, alors que les nouvelles entreprises, particulièrement celles qui participent aux secteurs les plus modernes de l'économie, ont l'option d'essayer un ou l'autre des systèmes, ou encore l'intégration des deux. Dans le cas où le système de l'administration des ressources humaines est adopte, le raisonnement logique est de donner fréquemment des avantages non économiques aux travailleurs, afin qu'ils ne voient pas la nécessité de recourir à la syndicalisation, ou encore, dans le but de diminuer les sources de conflit. Trois types de stratégies ont été pratiques dans divers pays : a) la création d'associations professionnelles dans le champ des ressources humaines et de l'administration du personnel, avec pour objectif d'améliorer le recrutement et la promotion dans l'emploi; b) la création et le développement de mécanismes destines à motiver les travailleurs, comme les cercles de qualité, les comités mixtes travailleurs-direction de l'entreprise et les programmes d'incitation non pécuniaires; c) l'ouverture d'alternatives participatives, aussi bien dans la gestion (cogestion, cogouvernement ou codétermination), que dans les bénéfices et la propriété de l'entreprise. Cette dernière stratégie a généralement été exécutée dans des conditions de faible stabilité du travail et de faible influence de la négociation collective. La motivation du travailleur a été le centre d'attention de divers programmes crées sous l'initiative de l'employeur. Les cercles de qualité sont les plus répandus en Amérique Latine, mais des comités de productivité, des programmes de préretraite et des clubs sociaux à l'intérieur de l'entreprise ont aussi été formes. En quelques mots, l'adoption du système d'administration des ressources humaines, même si elle est récente, est déjà une réalité en Amérique Latine. Le développement et l'établissement général de ces programmes sont ici plus que de simples souhaits des acteurs sociaux. On pourrait dire qu'il leur reste à traverser le même niveau de difficultés que le développement économique des pays latino-américains.

Cas à la fois emblématique et ambigu de littérature engagée, la littérature prolétarienne et révolutionnaire des années 1920-1940 a fait l’objet de nombreux travaux : que ce soit dans les cas de l’Allemagne, de la France, des États-Unis ou de la Russie soviétique, les principaux acteurs ont été identifiés, certaines oeuvres ont été republiées et il a été montré comment ces mouvements ont été encouragés puis déstructurés, au profit du seul réalisme socialiste, par l’Internationale communiste. Cependant, la dimension transnationale, voire mondiale, de ce mouvement littéraire, n’a pas été mise de l’avant, non plus que les profondes ressemblances entre les démarches institutionnelles menées d’un pays à l’autre dans ce domaine. Partant de sources critiques peu connues dans le monde francophone, cet article défriche ce terrain et dresse un état des lieux institutionnels de la littérature prolétarienne et révolutionnaire : groupes, revues, associations y sont considérés de façon à apporter un éclairage nouveau sur ce temps où, de par le monde, les ouvriers écrivaient.

The Bathurst Mining Camp of northern New Brunswick is approximately 3800 km2 in area, encompassed by a circle of radius 35 km. It is known worldwide for its volcanogenic massive sulphide deposits, especially for the Brunswick No. 12 Mine, which was in production from 1964 to 2013. The camp was born in October of 1952, with the discovery of the Brunswick No. 6 deposit, and this sparked a staking rush with more hectares claimed in the province than at any time since. In 1952, little was known about the geology of the Bathurst Mining Camp or the depositional settings of its mineral deposits, because access was poor and the area was largely forest covered. We have learned a lot since that time. The camp was glaciated during the last ice age and various ice-flow directions are reflected on the physiographic map of the area. Despite abundant glacial deposits, we now know that the camp comprises several groups of Ordovician predominantly volcanic rocks, belonging to the Dunnage Zone, which overlie older sedimentary rocks belonging to the Gander Zone. The volcanic rocks formed during rifting of a submarine volcanic arc on the continental margin of Ganderia, ultimately leading to the formation of a Sea of Japan-style basin that is referred to as the Tetagouche-Exploits back-arc basin. The massive sulphide deposits are mostly associated with early-stage, felsic volcanic rocks and formed during the Middle Ordovician upon or near the sea floor by precipitation from metalliferous fluids escaping from submarine hot springs. The history of mineral exploration in the Bathurst Mining Camp can be divided into six periods: a) pre-1952, b) 1952-1958, c) 1959-1973, d) 1974-1988, and e) 1989-2000, over which time 45 massive sulphide deposits were discovered. Prior to 1952, only one deposit was known, but the efforts of three men, Patrick (Paddy) W. Meahan, Dr. William J. Wright, and Dr. Graham S. MacKenzie, focused attention on the mineral potential of northern New Brunswick, which led to the discovery of the Brunswick No. 6 deposit in October 1952. In the 1950s, 29 deposits were discovered, largely resulting from the application of airborne surveys, followed by ground geophysical methods. From 1959 to 1973, six deposits were discovered, mostly satellite bodies to known deposits. From 1974 to 1988, five deposits were found, largely because of the application of new low-cost analytical and geophysical techniques. From 1989 to 2000, four more deposits were discovered; three were deep drilling targets but one was at surface. RÉSUMÉLe camp minier de Bathurst, dans le nord du Nouveau-Brunswick, s’étend sur environ 3 800 km2 à l’intérieur d’un cercle de 35 km de rayon. Il est connu dans le monde entier pour ses gisements de sulfures massifs volcanogènes, en particulier pour la mine Brunswick n° 12, exploitée de 1964 à 2013. Le camp est né en octobre 1952 avec la découverte du gisement Brunswick n° 6 et a suscité une ruée au jalonnement sans précédent avec le plus d’hectares revendiqués dans la province qu’à présent. En 1952, on savait peu de choses sur la géologie du camp minier de Bathurst ou sur les conditions de déposition de ses gisements minéraux, car l’accès était très limité et la zone était en grande partie recouverte de forêt. Nous avons beaucoup appris depuis cette période. Le camp était recouvert de glace au cours de la dernière période glaciaire et diverses directions d’écoulements glaciaires sont révélées sur la carte physiographique de la région. Malgré des dépôts glaciaires abondants, nous savons maintenant que le camp comprend plusieurs groupes de roches ordoviciennes à prédominance volcanique, appartenant à la zone Dunnage, qui recouvrent de plus vieilles roches sédimentaires de la zone Gander. Les roches volcaniques se sont formées lors du rifting d’un arc volcanique sous-marin sur la marge continentale de Ganderia, ce qui a finalement abouti à la formation d’un bassin de type mer du Japon, appelé bassin d’arrière-arc de Tetagouche-Exploits. Les gisements de sulfures massifs sont principalement associés aux roches volcaniques felsiques de stade précoce et se sont formés au cours de l’Ordovicien moyen sur ou proche du plancher océanique par la précipitation de fluides métallifères s’échappant de sources chaudes sous-marines. L’histoire de l’exploration minière dans le camp minier de Bathurst peut être divisée en six périodes: a) antérieure à 1952, b) 1952-1958, c) 1959-1973, d) 1974-1988 et e) 1989-2000, au cours desquelles 45 dépôts de sulfures massifs ont été découverts. Avant 1952, un seul dépôt était connu, mais les efforts de trois hommes, Patrick (Paddy) W. Meahan, William J. Wright et Graham S. MacKenzie, ont attiré l’attention sur le potentiel minier du nord du Nouveau-Brunswick, ce qui a conduit à la découverte du gisement Brunswick n° 6 au mois d’octobre 1952. Dans les années 50, 29 gisements ont été découverts, résultant en grande partie de l’utilisation de levés aéroportés, suivis de campagnes géophysiques terrestres. De 1959 à 1973, six gisements ont été découverts. Ce sont essentiellement des formations satellites de gisements connus. De 1974 à 1988, cinq gisements ont été découverts, principalement grâce à l’utilisation de nouvelles techniques analytiques et géophysiques peu coûteuses. De 1989 à 2000, quatre autres gisements ont été découverts. Trois étaient des cibles de forage profondes, mais l’un était à la surface.

L’océan Pacifique Sud-Ouest a été identifié comme un point chaud de fixation de diazote (N2) par les organismes diazotrophes, arborant des taux de fixation parmi les plus élevés des océans du globe. Le succès de ces espèces repose sur les concentrations non limitantes en fer dissous (DFe) dans la couche photique de la région, dont l’origine demeure méconnue. Dans le cadre de ce travail de thèse, la distribution du DFe a été étudiée le long d’un transect de 6100 km, allant de Nouméa jusqu’aux eaux de la gyre et traversant le Bassin de Lau et l’Arc des Tonga (175 °E à 166 °W, le long de 19–21 °S). Combinées avec une analyse optimale multiparamétrique des masses d’eau, les anomalies de DFe ont été déterminées sur la zone du transect, les plus notables étant présentes le long de l’Arc des Tonga. Les résultats ont démontré que les masses d’eau d’origine lointaine alimentant le Bassin de Lau ne peuvent expliquer les concentrations observées en surface dans cette région, permettant de conclure avec certitude que le DFe provient de sources hydrothermales peu profondes présentes le long de l’arc. Bien qu’une portion non négligeable de cet apport de DFe soit transportée sur de longues distances, une large majorité est rapidement éliminée à proximité des sources sous l’action de divers processus mis en lumière à l’aide d’un modèle en boîte. Outre le fer, les fluides hydrothermaux sont enrichis en de nombreux autres métaux susceptibles d’être toxiques pour les organismes. Ces fluides, directement introduits dans la couche photique, pourraient impacter le phytoplancton. Leur effet a été évalué lors d’une expérience innovante pendant laquelle des communautés planctoniques naturelles ont été soumises à un gradient d’enrichissement en fluides hydrothermaux. Malgré un effet toxique initial de quelques jours, les apports hydrothermaux ont finalement induit des taux de fixation de N2, de productivité et d’export de matière organique deux à trois fois plus élevés que dans le contrôle non enrichi. Cet effet fertilisant résulte probablement de la détoxification de l’environnement, riche en de nombreux éléments potentiellement toxiques, par des écotypes résistants capables de produire des ligands forts, les thiols, limitant la biodisponibilité de certains métaux. L’apport additionnel d’éléments fertilisants par les fluides, en particulier le DFe, a ainsi permis la croissance ultérieure des espèces les plus sensibles. Ces résultats expérimentaux, reproduisant fidèlement les observations in-situ, confirment l’implication des fluides hydrothermaux peu profonds dans la forte productivité observée dans la région. Les sources hydrothermales ont pu être tracées à différentes échelles spatiales et temporelles par le déploiement de pièges à sédiments dérivants (durant quelques jours, le long de l’Arc des Tonga) et fixe (durant une année, le long de la dorsale de Lau) et par le carottage des sédiments du fond marin aux sites de déploiement des pièges (échelle de temps géologique). Le traçage Al-Fe-Mn a révélé que le matériel lithogénique exporté à petite et large échelle spatiale dans la région provenait de sources hydrothermales peu profondes et/ou profondes localisées le long de l’Arc des Tonga. Cette empreinte hydrothermale a également été détectée dans les sédiments, notamment à proximité de la dorsale de Lau où la présence d’une importante source active est fortement suspectée. Finalement, les dynamiques similaires observées pour l’export de particules d’origine biologique et hydrothermale suggèrent que la production de surface serait liée aux apports hydrothermaux dans la couche photique. En conclusion, ce travail de thèse a démontré l’impact de sources hydrothermales peu profondes sur le cycle des éléments traces, notamment du fer, dans la colonne d’eau et les sédiments, ainsi que leur lien avec la productivité biologique dans la région du Pacifique Sud-Ouest
The Western Tropical South Pacific Ocean has been identified as a hotspot for dinitrogen (N2) fixation by diazotrophic organisms, with some of the highest rates recorded in the global ocean. The success of these species relies on non-limiting concentrations of dissolved iron (DFe) in the photic layer of the region, whose origin remains unclear. In this thesis work, the distribution of DFe was studied along a 6100-km transect from Noumea to the gyre waters, crossing the Lau Basin and the Tonga Arc (175°E to 166°W, along 19-21°S). Combined with an optimal multiparametric water mass analysis, DFe anomalies were determined over the transect area, the most notable being present along the Tonga Arc. The results demonstrated that water masses of remote origin entering the Lau Basin could not explain the concentrations observed at the surface in this region, leading to the confident conclusion that DFe originates from shallow hydrothermal sources present along the arc. Although a non-negligeable portion of this DFe input is transported over long distances, a large majority is rapidly removed near the sources through a variety of processes highlighted by a box model. Besides iron, hydrothermal fluids are enriched in numerous other metals that may be toxic to organisms. These fluids, introduced directly into the photic layer, could have an impact on phytoplankton. Their effect was evaluated in an innovative experiment during which natural plankton communities were subjected to an enrichment gradient of hydrothermal fluids. Despite an initial toxic effect of a few days, hydrothermal inputs ultimately induced N2 fixation, productivity and organic matter export rates two to three times higher than those of the non-enriched control. This fertilizing effect probably results from the detoxification of the environment, rich in numerous potentially toxic elements, by resistant ecotypes able to produce strong ligands, such as thiols, limiting the bioavailability of certain metals. The additional supply of fertilizing elements by the fluids, in particular DFe, thus allowed the subsequent growth of the most sensitive species. These experimental results, faithfully reproducing the in-situ observations, confirm the involvement of shallow hydrothermal fluids in the high productivity observed in the region. Hydrothermal sources could be traced at different spatial and temporal scales through the deployment of drifting (for a few days, along the Tonga Arc) and fixed (for a year, along the Lau Ridge) sediment traps and through the coring of seafloor sediments at the trap deployment sites (geological time scale). Al-Fe-Mn tracing revealed that the lithogenic material exported at small and large spatial scales in the region originated from shallow and/or deep hydrothermal sources located along the Tonga Arc. This hydrothermal signature has also been detected in the seafloor sediments, particularly in the vicinity of the Lau Ridge where the presence of a major active source is strongly suspected. Finally, the similar patterns observed for the export of biological and hydrothermal particles suggest that surface production is closely linked to hydrothermal inputs into the photic layer. In conclusion, this thesis work has demonstrated the influence of shallow hydrothermal sources on the fate of trace elements, particularly iron, in the water column and seafloor sediments, and their link to biological productivity in the Western Tropical South Pacific region

Les sources hydrothermales profondes sont des édifices géologiques formés par l’infiltration d’eau de mer dans la croûte océanique, formant un fluide chaud (>400 °C), riche en métaux qui précipite pour former des cheminées dans lesquelles circulent un courant électrique. Les travaux de recherche présentés ici avaient pour objectif de révéler la présence de microorganismes capable de participer à la production de ce courant électrique ou d’utiliser cette électricité pour vivre au sein de ces cheminées électriquement conductrices. Nous nous sommes focalisés sur les microorganismes capables de survivre à haute température (entre 60 et 95°C). Différentes communautés microbienne en interaction et électroactives ont pu être cultivées permettant de poser des hypothèses crédibles quant à la colonisation primaire de ces environnements extrêmes. Ces hypothèses pourraient également s’appliquer aux théories d’origine de la vie en contexte hydrothermal
Deep hydrothermal vents are geologic structures formed by the infiltration of seawater into the oceanic crust, forming a hot metal-rich fluid (> 400 ° C) that precipitates to form chimneys in which an electric current flows. The purpose of the research presented here was to reveal the presence of microorganisms capable of participating in the production of this electric current or of using this electricity to live within these electrically conductive chimneys. We focused on microorganisms able to survive at high temperatures (between 60 and 95 ° C). Different interacting and electroactive microbial communities have been cultivated, allowing the building of credible hypotheses about the primary colonization of these extreme environments. These hypotheses could also be applied to theories of origin of life in a hydrothermal context

Les sources hydrothermales profondes sont des édifices géologiques formés par l’infiltration d’eau de mer dans la croûte océanique, formant un fluide chaud (>400 °C), riche en métaux qui précipite pour former des cheminées dans lesquelles circulent un courant électrique. Les travaux de recherche présentés ici avaient pour objectif de révéler la présence de microorganismes capable de participer à la production de ce courant électrique ou d’utiliser cette électricité pour vivre au sein de ces cheminées électriquement conductrices. Nous nous sommes focalisés sur les microorganismes capables de survivre à haute température (entre 60 et 95°C). Différentes communautés microbienne en interaction et électroactives ont pu être cultivées permettant de poser des hypothèses crédibles quant à la colonisation primaire de ces environnements extrêmes. Ces hypothèses pourraient également s’appliquer aux théories d’origine de la vie en contexte hydrothermal
Deep hydrothermal vents are geologic structures formed by the infiltration of seawater into the oceanic crust, forming a hot metal-rich fluid (> 400 ° C) that precipitates to form chimneys in which an electric current flows. The purpose of the research presented here was to reveal the presence of microorganisms capable of participating in the production of this electric current or of using this electricity to live within these electrically conductive chimneys. We focused on microorganisms able to survive at high temperatures (between 60 and 95 ° C). Different interacting and electroactive microbial communities have been cultivated, allowing the building of credible hypotheses about the primary colonization of these extreme environments. These hypotheses could also be applied to theories of origin of life in a hydrothermal context

Nos connaissances sur la diversité virale associée aux micro-organismes présents dans les sources hydrothermales océaniques profondes restent encore limitées. Seules quelques études concernant l’abondance virale et l’impact de ceux-ci sur la mortalité microbienne dans ces écosystèmes sont disponibles. En effet, seuls 6 bactériovirus et 2 archéovirus provenant de ces écosystèmes ont été caractérisés à l’heure actuelle. Les deux archéovirus infectent des archées anaérobies hyperthermophiles appartenant à l’ordre des Thermococcales et ont été décrits au laboratoire.Afin d’étendre nos connaissances sur la diversité virale associée aux micro-organismes colonisant ces environnements, il a été décidé d’élargir les recherches à l’ordre bactérien des Thermotogales. Cet ordre bactérien est composé de bactéries chimio-organotrophes anaérobies en majorité thermophiles ou hyperthermophiles. De nombreux transferts latéraux de gènes ont contribué à l’histoire évolutive des Thermotogales supposant une forte implication des virus dans celle-ci. Ces travaux de thèse ont permis la caractérisation fonctionnelle et génomique de deux nouveaux siphovirus, MCV1 et MCV2, infectant deux souches de Marinitoga camini. Ces souches ont été isolées de deux sites hydrothermaux profonds (Menez Gwen et Lucky Strike) au niveau de la dorsale médio-atlantique. Ces virus mettent en oeuvre un cycle lysogénique avec une production basale sans induction relativement haute (>107 virions/ml). Une comparaison de ces deux génomes viraux à celui de MPV1, virus précédemment isolé de Marinitoga piezophila, a été réalisée, révélant la présence de nombreuses similarités. Un core genome de 35 ORFs partagé par ces trois génomes a été identifié, incluant des protéines impliquées dans le métabolisme de l’ADN, l’assemblage des virions et le cycle lysogénique. Des protéines hypothétiques ont aussi été identifiées parmi ces gènes communs, elles portent donc probablement des fonctions importantes pour ces bactériovirus. Par ailleurs, 60% des gènes de ces virus ayant une correspondance dans les bases de données, après exclusion des Thermotogales, partagent des similarités avec lesFirmicutes et les bactériovirus qui leurs sont associés. Le génome d’une autre Thermotogales, Thermosipho sp. AT1244-VC14 a été étudié ainsi que son système CRISPR-cas. Ces résultats indiquent que cette souche, qui porte un système CRISPR-cas qui semble complet et fonctionnel, a probablement déjà été infectée par MCV1, MCV2 ou un virus similaire. Ces travaux permettent d’étendre nos connaissances sur les virus portés par les bactéries du phylum Thermotogae, encore peu décrits à ce jour. Les éléments génétiques mobiles associés à ce phylum sont particulièrement intéressants car ils ont probablement eu un impact important dans l’évolution de ces communautés microbiennes ainsi que dans leur adaptation aux conditions physico-chimiques extrêmes et fluctuantes présentes dans les écosystèmes qu’elles colonisent
Our knowledge of the viral diversity associated to microorganisms inhabiting the deep-sea hydrothermal vents is still limited. Only a few studies have focused on viral abundance and impact on microbial mortality within these ecosystems. A limited number of viruses (6 bacterioviruses and 2 archaeoviruses) were isolated from these environments and characterized. Two viruses associated to hyperthermophilic anaerobic Archaea, from the Thermococcales order, have been described in our laboratory. In order to deepen our knowledge on the viral diversity of these extreme environments, we have extended our investigation to the bacterial order of Thermotogales. This order is composed of anaerobic chemoorganotrophic bacteria that are, for the most part, hyper/thermophilic. Numerous lateral gene transfers have contributed to the evolutionary history of the Thermotogales, implying the potential involvement of viruses. Here, we will report the characterization of two new siphoviruses MCV1 and MCV2 that infect two strains of Marinitoga camini. Those bacterial strains were isolated from two deep-sea hydrothermal vents sites (Menez Gwen and Lucky strike) in the Mid Atlantic Ridge. These viruses are temperate with a high basal production of virions (>107 virions/mL). Comparative genomics with MPV1, a virus isolated from M. piezophila, was performed and show that those bacterioviruses share numerous similarities. A set of “core genes” shared by all these three viruses was identified and includes proteins involved in DNA metabolism, head and tail assembly and lysogenic cycle. Shared hypothetical proteins were also identified, suggesting that these unknown proteins probably provide important functions for these viruses. Interestingly, for genes with blastp matches in Genbank, over 60% have their top matches, outside the Thermotoga, to genes from Firmicutes and bacterioviruses associated to Firmicutes. We also analyzed the genome of Thermosipho sp. 1244 and studied his CRISPR-cas system. Our results indicated that thisThermosipho strain, with a complete and functional CRISPR-cas system, had already been infected by MCV1, MCV2 or a similar virus. The analyses presented here extend our knowledges about these newly discovered viruses in the deeply branching bacterial phylum Thermotogae. This bacterial order and associated mobile genetic elements are significant for addressing long-term evolutionary adaptation to fluctuant and extreme physicochemical conditions

Les virus représentent un énorme réservoir en termes de biodiversité. Parmi les 5550 virus de procaryotes connus à ce jour, seulement une soixantaine de virus d’Archaea ont été isolés et décrits. Ces derniers sont répartis en 8 nouvelles familles. A ce jour, une seule particule de type viral a été isolée d’une euryarchée hyperthermophile marine, il s’agit de PAVI isolé de Pyrococcus abyssi. Mon travail de thèse a consisté à rechercher et à caractériser de nouveaux virus isolés deuryarchées hyperthermophiles appartenant à l’ordre des Thermococcales. Cet ordre est composé de micro-organismes anaérobies et hétérotrophes métabolisant le soufre. Nous avons ainsi pu mettre en évidence un nouveau virus dont l’hôte est une nouvelle espèce de Thermococcus, isolée d’une cheminée hydrothermale collectée sur la dorsale Est-Pacifique à 2700 mètres de profondeur. Une première étude a conduit à la caractérisation de cette nouvelle souche: T. Prieurii sp. Nov (article soumis). Le virus porté par T. Prieurii, TPV1, a la forme d’un citron (140 nm x 80 nm) et ressemble aux Fusellovirus. Par la mise au point d’une méthode originale, dérivée des «spots tests », nous avons prouvé le caractère infectieux de TPV1 et mis en évidence une gamme d’h6tes. Le génome de TPV1 est constitué d’un ADN double brin circulaire de 21,5 kb. également présent sous une forme extra- chromosomique (20 copies par cellule). 12 ORFs ont pu être annotés. Ce virus qui n’est pas encore classé pourrait nécessiter la création d’une nouvelle famille virale
Recent studies have revealed that viruses represent a large part of the biodiversity in natural environments suggesting that they participate to the diversity within organisms. Viruses infecting prokaryotes (Bacteria and Archaea) constitute the largest & ail viral groups. However, our knowledge of viruses of Archaea is rather limited with less than 60 archaeal viruses well described to date. Viruses of Archaea are classified in 8 new viral familles. To date, only one virus like-particle was isolated from a hyperthermophilic marine euryarchaeote: PAV1 isolated from Pyrococcus abyssi. During my PhD work, I have screened and characterized new viruses from the Thermococcales order. We found a new virus in a strain of Thermococcus sp, isolated from a hydrothermal chimney sample collected from the East pacific Rise at 2700 m depth. The first study led to the characterization of Thermococcus prieurii sp. Nov which is hyperthermophile, strictly anaerobe, and chemoorganotroph. The virus isolated from Thermococcus prieurii, named TPV1, is lemon-shaped (140 nm x 80 nm) and resembles to members of the Fuselloviridae family. The infectious character of TPV1 was proved by using an original method derived from the spot tests, and its host range was established. TPVI particles contain a double-stranded circular DNA of 21. 5 kb which is present in a free form in the host cytoplasm, at approximately 20 copies per chromosome. This genome was totally sequenced and 26 ORFs were identified. 12 ORFs were annotated. This virus s not yet classified and should be attached to a novel viral family

Le but de cette thèse est d'étudier deux types de collagène cuticulaire et interstitiel chez des annélides et des vestimentifères des sources hydrothermales et des suintements froids. Après un premier chapitre de rappels sur les collagènes en général et des collagènes des invertébrés et des organismes des sources hydrothermales en particulier et un second chapitre récapitulant les matériels et les méthodes utilisées au cours de ce travail, nos résultats sont exposés en cinq parties. La première partie précise les caractéristiques ultrastructurales de la cuticule d'annelides et de vestimentifères et fait le point sur les données obtenues chez les espèces côtières et hydrothermales. Pour la première fois le collagène est localisé dans la cuticule et l'assemblage de ce collagène cuticulaire est analyse in situ et in vitro. La seconde partie est centrée sur les caractéristiques immunologiques des collagènes interstitiels et cuticulaires dans le corps des organismes. La localisation spécifique du collagène est réalisée chez différentes espèces et étendue aux deux types de collagène cuticulaire et interstitiel. L'analyse de leurs réactions croisées nous permet d'aborder la question de la proximité évolutive de ces collagènes. L'abondance de collagène interstitiel dans l'obturaculum de riftia pachyptila nous a conduit à analyser en détail la structure de cette matrice extracellulaire. Cette troisième partie nous permet de préciser la variabilité de ces caractéristiques chez les vestimentifères des sources hydrothermales et des suintements froids. La diversité biochimique de ces collagènes est analysée dans la quatrième partie à partir de la méthode de matsumura (1972) et l'ensemble des résultats obtenus sont discutés dans la dernière partie

L'environnement hydrothermal profond est hostile à la vie. Seuls les organismes qui ont développé des protections robustes ont pu y prospérer. L'étude de la matrice chitino-protéique du tube de Riftia pachyptila est la première étape de la compréhension des mécanismes d'adaptation de ces animaux. Afin de mieux connaître les processus de synthèse et de maturation de cet exosquelette, une étude de la composition qualitative et quantitative des composants principaux a été menée sur du tube mature et néo-synthétisé en aquariums pressurés. Elle a permis de montrer que les quantités de protéines et de chitine sont deux fois plus faibles dans le tube frais que dans le tube mature et que des variations de la nature des protéines s'observent tout au long de la hauteur du tube. L'obtention de microséquences peptidiques de protéines de tubes a autorisé le clonage des ADNc complets de deux polypeptides. La première protéine, appelée RP43, est constituée de trois domaines CUB et pourrait être impliquée dans les interactions avec les glycoprotéines du tube de R. Pachyptila. La seconde nommée RCBP, possède deux domaines de liaison à la chitine qui se sont révélés fonctionnels in vitro. RCBP est de plus la première protéine spécifique de la chitine ß et semble une bonne candidate pour les interactions directes avec la chitine beta du tube de R. Pachyptila. La localisation des transcrits de ces deux protéines dans différentes régions de l'épiderme de l'animal a également montré que ces protéines du tube n'étaient pas sécrétées par les glandes productrices de chitine. Cette étude ouvre de nouvelles vues sur la morphogenèse du tube de R. Pachyptila et doit permettre de caractériser des fonctions ou domaines nouveaux chez les protéines de la matrice extracellulaire de cet animal, confirmant l'intérêt de ce modèle pour une meilleure connaissance de la faune de l'écosystème hydrothermal ainsi que pour la compréhension des interactions moléculaires dans les exosquelettes.

299 bacteries heterotrophes ont ete isolees sur des milieux additionnes de metaux. Ces bacteries, qui colonisent l'epiderme et le tube des alvinellidae preleves sur un site hydrothermal du 13#on (dorsale du pacifique oriental), ont ete identifiees comme membres des genres pseudomonas, alteromonas et vibrio. La determination de leur cmi a montre que 92,3% d'entre elles sont resistantes a au moins un des metaux testes et que 57% sont resistantes a plus d'un metal. La capacite de 40 d'entre elles a accumuler les metaux a ete demontree. Une fraction de ces bacteries (19,1%) contient un a cinq plasmides dont les tailles s'echelonnent de 4,6 a 156,9 kb. Les bacteries concernees presentent de fortes resistances pour les metaux testes, et en particulier pour l'arseniate. Elles sont de plus pour la plupart resistances a la penicilinne et au chloramphenicol. Le plasmide le plus frequemment rencontre (45,3 kb) determine la resistance a l'arsenite et a l'arseniate. Ces resistances sont inductibles par chacun de ces composes. La resistance a l'arsenic est egalement inductible chez les souches partiellement curees, ce qui suggere que les plasmides remanents ainsi qu'un ou des genes d'origine chromosomique seraient impliques dans ce mecanisme, l'ensemble des caracteristiques mises en evidence montre l'adaptation de ces micro-organismes a un environnement enrichi en matiere organique et contenant de fortes concentrations en metaux. Leur capacite a accumuler les metaux les rend susceptibles de contribuer au transfert de ces elements toxiques du milieu exterieur vers les cellules epidermiques des polychetes

Nos connaissances de la diversité des communautés microbiennes marines ont longtemps été restreintes aux informations précieuses, mais incomplètes, issues de l’utilisation de méthodes de culture. Lors de cette étude, des techniques moléculaires (PCR, clonage, séquençage, hybridation, construction d’une banque métagénomique) et des marqueurs génétiques [ARNr 16S, gènes codants pour des enzymes spécifiques de la voie inverse du cycle tricarboxylique (acIB, oorA)] ont été utilisés pour contourner les limites inhérentes aux méthodes de culture et accéder à la diversité spécifique ainsi qu’aux fonctions des micro-organismes incultivés des sources hydrothermales profondes. Ce travail de recherche a permis de : -confirmer l’importance écologique des epsilon-Proteobacteria dans l’écosystème hydrothermal profond, notamment dans les processus de colonisation de surfaces vierges exposées aux fluides hydrothermaux. – de mettre au point une sonde oligonucléotidique spécifique des epsilon-Proteobacteria permettant de les quantifier et de les observer dans un échantillon environnemental. – de montrer la présence de bactéries Arcobacter-like vraisemblablement sulfo-oxydantes et qui seraient impliquées dans la formation d’un biofilm filamenteux contenant essentiellement du soufre. – Et d’obtenir via l’approche métagénomique, les premiers fragments génomiques d’Archea incultivées hydrothermales. Grâce à l’utilisation combinée de différentes approches moléculaires, ce travail a apporté un nouvel éclairage sur la diversité des communautés microbiennes de l’écosystème hydrothermal marin profond
Our knowledge of the diversity of marine microbial communities has long been restricted to the precious but incomplete information generated by the culture-based methods. In this study, molecular techniques (PCR, cloning, sequencing, hybridization, metagenomics library construction and genetic markers [16S rRNA, genes coding for enzymes specific to the reverse tricarboxylic acid cycle (acIB, oorA)] were used to circumvent the limits inherent to cultivation methods, and to obtain a more realistic view of the specific and functional diversity of the deep-sea hydrothermal vent microbial communities. This research allowed (i) to confirm the ecological significance of free-living epsilon-Proteobacteria at deep-sea hydrothermal vents, especially during in-situ colonization experiments (this study provides the first example of the prevalence and ecological significance of free-living Arcobacter-like at deep-sea hydrothermal vents, which are supposed to be sulfo-oxidizing bacteria involved in filamentous sulphur formation, (ii) to design and validate a 16S rRNA oligonucleotide probe targeting most of the epsilon-Proteobacteria found in hydrothermal systems, (iii) to obtain the physiology of yet uncultured groups of archea from deep-sea hydrothermal vents using metagenomics. By the combined use of variety of molecular approaches this work enlarges our view of the diversity of microbial communities in deep-sea hydrothermal vents

Notre connaissance de la diversité virale associée aux microorganismes procaryotiques issus des sources hydrothermales océaniques profondes demeure encore limitée. Peu d’études se sont intéressées à l’abondance virale ou à l’impact des virus sur la mortalité microbienne au sein de ces écosystèmes. Le nombre de virus caractérisés, issus de ces environnements, reste faible. Deux virus, PAV1 et TPV1, associés à des archées hyperthermophiles anaérobies appartenant à l’ordre des Thermococcales ont été décrits dans notre laboratoire. Afin de poursuivre nos recherches sur la diversité virale infectant les microorganismes hydrothermaux marins, l’ordre bactérien des Thermotogales a été ciblé. Cet ordre est composé de bactéries chimioorganotrophes anaérobies pour la plupart hyper/thermophiles. Elles partagent la même niche écologique que les Thermococcales et sont métaboliquement proches. De nombreux transferts latéraux de gènes ont, par ailleurs, contribué à l’histoire évolutive des Thermotogales, subodorant l’implication potentielle de virus. La présence de séquences CRISPR a également été rapportée au sein de plusieurs génomes de Thermotogales, suggérant que les Thermotogales sont ou ont certainement déjà été exposées à des infections virales. Pour autant, à ce jour, les seuls éléments génétiques mobiles à avoir réellement été décrits chez les Thermotogales sont 3 miniplasmides et aucun virus. Une cinquantaine de souches de Thermotogales provenant majoritairement de la collection de notre laboratoire (Souchothèque de Bretagne et Collection Ifremer) a été passée au crible quant à la présence d’éventuels bactériovirus associés. A l’issue de ce criblage, des éléments à ADN extra-chromosomiques, incluant 2 plasmides et 7 bactériovirus (du type Siphoviridae) ont été découverts au sein de souches appartenant aux genres Thermosipho et Marnitoga. Des analyses préliminaires ont été réalisées sur ces différents éléments et l’un des nouveaux systèmes hôte/virus a été caractérisé en détail. MPV1 (Marinitoga piezophila virus 1) est un siphovirus-like tempéré isolé d’une bactérie piezophile, il constitue le premier bactériovirus associé à l’ordre des Thermotogales. La souche hôte est piezophile mais aisément cultivable à pression atmosphérique au terme de plusieurs repiquages. Si l’essentiel des analyses a été mené à pression atmosphérique, la production virale s’est avérée tout à fait effective à pression hydrostatique. Nous avons réalisé les analyses de la séquence complète du génome MPV1 (43,7 kb, extrait des capsides virales purifiées) et sa comparaison avec le provirus présent au sein du génome séquencé de Marinitoga piezophila KA3. Les analyses de ce génome viral ont suggéré une proximité évolutive de MPV1 avec les bactériovirus de Firmicutes. Nous avons également mis en évidence que le bactériovirus partage son hôte avec un élément génétique extra chromosomique circulaire de 13,3 kb (pMP1). Ce « ménage à 3 » est surprenant dans le sens où l’élément de 13,3 kb, contenant 13 ORF de fonctions majoritairement inconnues, utilise les capsides virales afin de se propager. Ceci pourrait, ainsi, illustrer un nouvel exemple de piratage moléculaire
Our knowledge of the viral diversity associated to procaryotic microorganisms inhabiting the deep sea hydrothermal vents is still limited. Only few studies have focused on viral abundance and impact on microbial mortality within these ecosystems. A limited number of viruses from these environments were isolated and characterized. Two viruses, PAV1 and TPV1, associated to hyperthermophilic anaerobic Archaea, Thermococcales order, have ever been described in our laboratory. The topic of this phD thesis was to extend our investigation to other deep sea vent microorganisms in order to deepen our knowledge on the marine hydrothermal virosphere. We decided to focus more precisely on the bacterial order of Thermotogales. This order is composed of anaerobic chemoorganotrophic bacteria that are, for almost, hyper/thermophilic. They share the same ecological niche as the Thermococcales and are metabolically close. Numerous lateral gene transfers have contributed to the evolutionary history of the Thermotogales, implying the potential involvement of viruses. The presence of CRISPRs has also been reported in many genomes, suggesting that Thermotogales certainly are or have been exposed to viral infections. However, up till now, only 3 miniplasmids have been described within Thermotogales and no viruses. Fifty strains of Thermotogales, mostly from the LM2E culture collection (Ifremer and “UBOCC”), were screened for the presence of potential bacteriovirus. Extrachromosomal DNA elements, including 2 plasmids and 7 bacterioviruses (siphovirus-like), were discovered amongst strains belonging to both Thermosipho and Marinitoga genera. Preliminary studies were performed on these elements and one of the new virus-host systems was characterized in details. MPV1 (Marinitoga piezophila virus 1) is a temperate siphovirus-like isolated from a piezophilic bacterium, it is the first bacteriovirus associated to the Thermotogales order. This host strain is piezophilic but easily cultivable at atmospheric pressure after several subcultures. Whether most experiments were performed at atmospheric pressure, the viral production appeared to be effective at hydrostatic pressure. We reported the analyses of the complete sequence of the MPV1 genome (43.7 kb, extracted from purified virions) and its comparison to the provirus present in the sequenced genome of Marinitoga piezophila KA3. Analyses of the viral genome suggested a close evolutionary relationship of MPV1 to Firmicutes bacterioviruses .We also reported that this bacteriovirus shares its host with a circular extrachromosomal genetic element of 13.3 kb (pMP1). This ‘ménage à trois’ is surprising in the sense where the 13.3kb element, that contains 13 ORFs of mostly unknown function, uses the viral capsid to propagate. Therefore, it would likely correspond to a new example of molecular piracy