Academic literature on the topic 'Siti di integrazione'

L’indagine nel sito architettonico-archeologico che fu antico teatro romano sul mare poi trasformatoin ninfeo - erroneamente denominato Tomba di Agrippina - intende affidare alla dimensioneastratta e conoscitiva della rappresentazione la restituzione dei significati del manufatto come‘presenza preziosa’ nel paesaggio urbano di Bacoli. L’approccio di indagine, avvicinandosialla insita dimensione metaprogettuale del rilievo, si propone di suggerire linee di indirizzo permirate strategie di rigenerazione del patrimonio culturale flegreo, laddove l’espansione urbana nonpianificata ci restituisce una mappa territoriale priva di segni di connessione tra le attuali zoneurbanizzate e i resti dei pregevoli manufatti antichi. Diffusamente, e in particolare nel caso inesame, i ritrovamenti archeologici rivelano problematiche compenetrazioni con l’edilizia moderna.I preziosi reperti, spesso ancora parzialmente interrati o inagibili, esigono decisioni e interventidi integrazione che facciano riferimento alle peculiarità territoriali e che, confermandone le azionidi tutela, consentano nuove forme di accessibilità ai siti, attivabili attraverso operazioni dirappresentazione digitale del patrimonio che implementino livelli di fruizione alternativi allavisita diretta.Muovendo da questa esigenza, l’orientamento metodologico della ricerca è inteso ad assumerela digitalizzazione dei processi in ogni fase di lavoro. Obiettivo prioritario è rendere disponibilimodelli tridimensionali del sito, sezionabili ed interrogabili secondo diversi livelli semantici,sia durante la prima fase di acquisizione dei dati (SAPR, TLS), sia in quelle successive dimodellazione (modello virtuale e ABIM) e di consultazione-interrogazione dei simulacri che siprestano a rappresentare in maniera efficace e propositiva il sistema spaziale complessivo e gliapparati figurativi puntualmente esaminati.

<img src="/public/site/images/pgranata/intro.jpg" alt="" /><br /><p class="titolo"><strong>Aspetti clinico-organizzativi nella degenza medica ospedaliera in Italia: il ruolo della Medicina Interna nel dipartimento medico e continuità assistenziale</strong> 499<br /><em>G. Panigada, I. Chiti</em></p><img src="/public/site/images/pgranata/Sezioni3.jpg" alt="" /><br /><p class="titolo"><strong>Organizzazione delle Medicine Interne della Toscana: analisi specifica delle criticità</strong> 503<br /><em>R. Laureano, S. Meini</em></p><p class="titolo"><strong>Risultati di una <em>survey</em> sulla complessità promossa da FADOI</strong> 509<br /><em>M. Gambacorta, A. Montagnani, P. Gnerre</em></p><p class="titolo"><strong><em>Fare di più non significa fare meglio</em>: il contributo FADOI al programma di <em>Slow Medicine</em> per una medicina sostenibile</strong> 513<br /><em>L. Lusiani, R. Frediani, A. Fortini, R. Nardi</em></p><p class="titolo"><strong>Gli effetti della riorganizzazione ospedaliera sulla comunicazione medico-paziente: un’analisi di cambiamento necessario</strong> 523<br /><em>M. Felici, S. Lenti</em></p><p class="titolo"><strong>Survey sui fabbisogni di formazione e aggiornamento degli internisti FADOI</strong> 528<br /><em>C. Canale, M. Cannone, M. La Regina, R. Risicato, M. Silingardi</em></p><img src="/public/site/images/pgranata/Sezioni21.jpg" alt="" /> <br /><p class="titolo"><strong>L’internista ospedaliero: dentro o fuori?</strong> 531<br /><em>F. Orlandini, F. Pietrantonio</em></p><p class="titolo"><strong>La telemedicina in Medicina Interna</strong> 537<br /><em>A. Sciascera</em></p><p class="titolo"><strong><em>Red flags</em> e modelli di <em>fast track</em> per accedere rapidamente alla diagnosi precoce</strong> 541<br /><em>F. Pieralli, F. Corradi</em></p><img src="/public/site/images/pgranata/Sezioni4.jpg" alt="" /><br /><p class="titolo"><strong>Sovraffollamento e qualità assistenziale in Ospedale: sono previste soluzioni nei patti per la salute?</strong> 544<br /><em>A. Fontanella</em></p><p class="titolo"><strong>L’area critica di medicina interna: stato dell’arte nella Regione Puglia. Quali motivazioni? Per quali pazienti? Secondo quali normative?</strong> 548<br /><em>F. Ventrella</em></p><p class="titolo"><strong>Il <em>medico tutor</em> nell’ospedale per intensità di cura</strong> 556<br /><em>M. Alessandri</em></p><p class="titolo"><strong>L’<em>Hospitalist</em></strong> 563<br /><em>I. Stefani, A. Mazzone</em></p><p class="titolo"><strong>Il dipartimento medico è tuttora una soluzione per il governo clinico della complessità assistenziale?</strong> 567<br /><em>G. Landini</em></p><p class="titolo"><strong>Modalità organizzative e clima interno nell’area medica</strong> 569<br /><em>S. De Carli, R. Re</em></p><p class="titolo"><strong>Malattie endocrino-metaboliche in area medica: percorsi clinico-assistenziali ed implicazioni economiche</strong> 575<br /><em>M. Cappagli, S. Barbieri, V. Scardigli, C. Rossi, L. Sanna, E. Romano</em></p><p class="titolo"><strong>Cure palliative: nuova branca specialistica o competenze da riscoprire?</strong> 583<br /><em>G. Chesi, P. Montanari, R. Nardi</em></p><p class="titolo"><strong>Strumenti di comunicazione esterna per la continuità assistenziale: dimissioni protette, percorsi integrati ospedale territorio, integrazione di servizi</strong> 588<br /><em>G. Chesi, E. Scalabrini, N. Branchetti, C. Sarti, F. Bencivenni, A. Giudici</em></p><p class="titolo"><strong><em>Integrated delivery system</em>: effetti su costi e qualità. Quale futuro?</strong> 599<br /><em>E. Desideri</em></p><p class="titolo"><strong>L’ospedale del futuro tra assistenza in acuzie e continuità di cura: il modello inglese può essere implementato anche nei nostri ospedali?</strong> 601<br /><em>P. Gnerre, M. Gambacorta, A. Montagnani</em></p><img src="/public/site/images/pgranata/concl.jpg" alt="" /><p class="titolo"><strong>Conclusioni: chi garantisce il coordinamento e la continuità delle cure?</strong> 608<br /><em>C. Nozzoli</em></p><img src="/public/site/images/pgranata/appendix.jpg" alt="" /><br /><p class="titolo"><strong>I documenti FADOI</strong> 610<br /><em>M. Campanini</em></p>

Music care is a developing approach to care that allows the therapeutic principles of music to inform caring practices in both formal healthcare settings and community or home-based contexts, and to create an integral role in developing more relational and person-centered cultures in caregiving. A significant part of the music care approach is a conceptual framework describing 10 domains of delivery. This article is the third in a three-part series on the theory and applications of a music care framework. Music is increasingly being recognized in health care communities as an effective psychosocial and rehabilitative intervention, increasing many aspects of quality of life. Currently, there is little standardization as to how music may best be integrated into individual care goals and care settings, though a growing body of literature supports the important impact of music in health care. It is this absence of standardization that has led the authors to develop a music care conceptual framework, so the varying scopes of practice that integrate music can be distinguished from one another and new possibilities for optimizing music in care can be identified. While the first study in this series examined how music care is understood in Canadian long term care facilities (1), the purpose of the second study explored how music could be optimized in complex continuing care environments, using one such facility in Ontario, Canada, as an exploration site (2). The 10 Domains of Music Care presented in this paper can be used as both a research tool and a practical, actionable tool for healthcare providers, managers, and decision makers. The paper discusses the 10 domains of music care delivery, need for a music care conceptual framework, and the implications and applications the framework provides. (1) Foster, B., Bartel, L. (2016) Understanding music care in Canadian facility-based long term care. Music Med, 1(8) 29-35.(2) Nelson, M., Foster, B., Pearson, S., Berends, A., Ridgway, J., Lyons, R., Bartel, L. (2016) Optimizing music in complex rehabilitation and continuing care: A Community Site Facility Study (Part 2 of 3), Music Med, 8(3) 128-136. Keywords: music care, person centered care, health arts, music therapy, 10 domains of music careSpanishParte 3 de 3: Diez dominios del cuidado musical. Un encuadre para ofrecer música en entornos médicos canadiensesResumen: el cuidado musical es un abordaje de atención en desarrollo que permite utilizar los principios terapéuticos de la música para informar las prácticas de asistencia tanto en abordajes de salud formales y comunitarios como en contexto domiciliarios, y crea un rol integral en el desarrollo de cuidados relacionales y centrados en la persona. La música está siendo reconocida de manera creciente en las comunidades de atención de salud como una efectiva intervención psicosocial y biomédica, mejorando varios aspectos de la calidad de vida. Actualmente en Canadá hay muy poca estandarización sobre cómo la música puede ser integrada en los objetivos asistenciales y en los settings de atención en salud. También hay un vacío en la regulación de lenguajes y competencias de la práctica para encontrar los tipos de asistencia musical que se brindará, aunque la creciente literatura sostiene la importancia del impacto de la música en la atención de salud. Contar con un marco conceptual para el entendimiento de la asistencia musical y cómo es brindada es beneficioso y sería una herramienta oportuna para direccionar estas discrepancias. Una parte significativa del abordaje de asistencia musical es el marco conceptual que describe diez dominios de servicio. Este artículo es el tercero en una serie de tres partes sobre la teoría y las aplicaciones del marco de la asistencia musical. La música está siendo reconocida de manera creciente en las comunidades de atención de salud como una efectiva intervención psicosocial y biomédica , incrementando varios aspectos de la calidad de vida. Existe poca estandarización sobre cómo la música puede ser integrada de la mejor manera en los objetivos individuales y en los settings de atención. Es esta ausencia en la estandarización la que ha llevado a los autores a desarrollar un marco conceptual para la asistencia musical, así la variedad competencias de la práctica que integra la música pueden ser distinguidas unas de otras y pueden identificarse nuevas posibilidades de optimizar la asistencia musical. El primer estudio de esta serie examina la optimización de la asistencia musical en instituciones de cuidado prolongado en Canadá, el propósito del segundo estudio fue explorar cómo la música puede ser optimizada en ambientes de cuidado complejo continuo, usando una institución en Ontario, Canadá como sitio de exploración.Los diez dominios de asistencia musical en el presente estudio pueden ser empleados tanto como herramienta de investigación y práctica como herramienta de acción para proveedores de salud, managers, y quienes toman decisiones. Este paper analiza los diez dominios de servicio de la asistencia musical, la necesidad de un marco conceptual de la asistencia musical, como así también las implicancias y aplicaciones que este marco provee. Palabras claves: asistencia musical, cuidado centrado en la persona, arte, musicoterapia, diez dominios de asistencia musicalGerman Teil 3 von 3: Zehn Bereiche von musikalischer Pflege: Ein Rahmen, um Musik im Canadischen Gesundheitsfürsorge zu verankernMusikpflege ist ein Ansatz zur Pflege, der es den therapeutischen Prinzipien von Musik erlaubt, über Pflegepraktiken sowohl in formalen Settings der Gesundheitsfürsorge und Einrichtungen oder ambulanten Zusammenhängen zu informieren – und damit eine wesentliche Rolle für eine beziehungsorientiertere und personenzentrierte Kultur in der Pflege schafft. Musik wird zusehends mehr in Gesundheitsfürsorgeeinrichtungen als eine effektive psychosoziale und biomedizinische Intervention anerkannt, die viele Aspekte der Lebensqualität (QoL) erhöht.Zur Zeit gibt es in Canada eigentlich keine Standardisierung, wie Musik am besten in individuelle Pflegeziele und Pflegesettings zu integrieren ist. Auch gibt es eine Lücke, in Praxisstilen und –bereichen, um Modelle von Leistungen der Musikpflege einzuordnen, obwohl eine wachsende Anzahl von Literatur den wichtigen Einfluss von Musik in der Gesundheitsfürsorge unterstützt. Ein konzeptueller Rahmen, um Musikpflege zu verstehen und wie sie einzuordnen ist, ist ein nützliches und aktuelles Mittel, um diese Diskrepanz anzugehen. Ein signifikanter Teil in dem Musikpflegeansatz ist ein konzeptueller Rahmen, der zehn Bereiche der Anwendung beschreibt. Dieser Artikel ist der dritte in einer dreiteiligen Serie über Theorie und Anwendung eines Rahmens der Musikpflege. Musik wird zusehends mehr in Gesundheitsfürsorgeeinrichtungen als eine effektive psychosoziale und rehabilitative Intervention anerkannt, die viele Aspekte der Lebensqualität (QoL) erhöht. Es gibt wenig Standardisierung, wie Musik am besten in individuelle Pflegeziele und Pflegesettings zu integrieren ist. Weil es eben keine Standardisierung gibt, haben sich die Autoren vorgenommen, einen konzeptuellen Rahmen für Musikpflege zu entwickeln, damit die verschiedenen Praxisbereiche voneinander unterschieden und neue Möglichkeiten, die Musikpflege zu optimieren, bestimmt werden können. Während die erste Studie dieser Serie die Optimierung der Musikpflege in Langzeiteinrichtungen in Canada untersuchte [1], war der Zweck für die zweite Studie zu untersuchen, wie Musik in komplexen Dauerpflegeeinrichtungen optimiert werden könnte, wobei eine dieser Einrichtung in Ontario, Canada als Untersuchungsort diente [2].Die Zehn Bereiche der Musikpflege, die in dieser Studie präsentiert werden, können sowohl als Forschungstool wie auch als durchführbares, einklagbares Tool für Gesundheitsfürsorger, Manager und Entscheidungsträger dienen. Dieser Artikel diskutiert die zehn Bereiche der Anwendung der Musikpflege, die Notwendigkeit eines konzeptuellen Rahmens für Musikpflege, und die Zusammenhänge und Anwendungen, die dieser Rahmen bereitstellt.Keywords: Musikpflege; personenzentrierte Pflege, Musiktherapie, zehn Bereiche der MusikpflegeItalianParte 3 di 3: Dieci Domini di Cura con la Musica: Un Modulo per Introdurre la Musica nei Sistemi Sanitari CanadesiLa cura con la musica è un approccio che si sta sviluppando nella cura che permette ai principi terapeutici della musica di informare le practiche sia nell’ambiente sanitaria formale che in contesti communitari o delle pratiche fatte da casa, e creare un ruolo di integrazione per uno sviluppo delle culture piú relazionale e piú incentrato su una cura sulla persona. La musica è sempre piú riconosciuta nelle comunitá di assistenza sanitaria come un efficace intervento psicosociale e biomedico in aumento. Attualmente in Canada c’è poca standardizzazione su come la musica puó essere meglio integrata I obbiettivi di cura individuali e in ambiti di cura. C’è anche un vuoto nel linguaggio regolamentato o in ambiti di pratica per la localizzazione di tipi di cura con la musica, anche se c’è una crescente materiale di letteratura che sostiene l’importanza della musica nella cura sanitaria. Un modulo concettuale per la comprenzione della cura con la musica e come viene effettuata è uno stumento utile e tempestivo per affrontare questa discrepanza. Una parte simportante del metodo di cura con la musica è un modulo concettuale che descrive dieci domini di consegna. Questo articolo è il terzo di una serie in tre parti sulla teoria e le applicazioni di un modulo di cura con la musica. La musica è sempre piú riconosciuta nella comunità di assistenza sanitaria come un efficace intervento psicosociale e riabilitativo, aumentando molti aspetti della qualità della vita. C’è poca standardizzazione su come la musica può essere meglio integrata in obbiettivi di cura individuali e ambienti sanitari. Mentre il primo studio di questa serie ha esaminato l’ottimizzazione delle cure con la musica nelle strutture di assistenza a lungo termine Canadesi [[i]], lo scopo del secondo studio ha eslorato come la musica può essere ottimizzata in complessi ambienti di assistenza continua, utilizzando un impianto I Ontario, Canada, come sito di esclorazione. (2)I Dieci Domini di Cura con la Musica presentato in questo studio può essere utilizzato sia come strumento di ricerca che come stumento pratico, come strumento operativo per gli operatori sanitari, manager e coloro che fanno le decisioni. L’articolo discute I dieci domini della cura con la musica, il bisogno di un modulo concettuale della cura con la musica, e le implicazioni e applicazioni che procura il modulo.Parole Chiave: cura con la musica, cura sulla persona, musicoterapia, dieci domini della cura con la musica Chinese音樂照護是一種發展中的照護方式，能夠讓音樂的治療原則運用在正規的醫療照護場所以及社區或居家照護，並在發展重視關係、以人為本的照護文化中扮演不可或缺的角色。以音樂作為心理社會以及生理醫學的有效處遇方式，在健康照護領域逐漸被認可，且能增加各層面的生活品質。最近加拿大正針對如何將音樂最佳的在照護場域中融入個人照護目標制定標準。目前音樂在照護場域的運用缺少正規的詞彙和定位音樂照護提供的實踐範圍。透過越來越多的文獻支持音樂在照護場域的重要影響，藉由此一概念性的架構來了解音樂照護，並以此有益而即時的工具來解決矛盾。 在音樂照護方法中一個很重要的部分為論述十種可提供的照護領域的概念架構。本文是三篇音樂照護概念理論與應用系列文章當中的第三篇。在健康照護領域，音樂逐漸被認定為是有效的物理與復健介入，並促進多方面的生活品質。關於音樂如何最佳的被融入個人照護目標或照護機構中則幾乎沒有任何標準。由於缺少了這樣的標準，作者於是發展出音樂照護的概念架構，如此一來，便得以區隔各種不同範疇的音樂照護並界定出最理想化的實踐。本系列中的第一篇評估了加拿大長期照護機構音樂照護的理想[[i]]，而第二篇的目的則實地考察加拿大安大略省的一個機構，探討音樂如何最佳的被運用在複合式照護環境中(2)。在最近的研究中所提到的十種音樂照護領域可同時作為研究工具方法，並提供臨床照顧者、經營者以及決策者可用的方法。本文討論了十種音樂照護的領域，對音樂照護概念架構的需求，以及此架構的影響與應用。 JapanesePart 3 of 3: ミュージックケアにおける１０の領域: カナダのヘルスケア施設に音楽を提供する枠組み ミュージックケアは、音楽の治療的原理を用いてヘルスケア施設やコミュニティおよび在宅介護で、療法的活動を行う開発途中のアプローチである。ケア提供において、対人関係を促し、パーソンセンタードな文化を向上させる重要な役割も果たしている。音楽は、心理社会的および生物医学的な介入におけるQOL（生活／生命の質）を向上させる効果的な方法として、ヘルスケア領域で認められるようになってきた。カナダでは、個別ケアの目的と実践の中に音楽がいかに統合され得るかについて、まだ最良の形態で標準化されていない現状がある。また、ヘルスケアにおける音楽の重要な効果に関する文献は顕著に増加しているものの、ミュージックケアの実践に関する用語や介護分類を表す言語が欠けているといえるであろう。ミュージックケアを理解しいかに提供するかという概念的枠組みを考えることは、上述の不足を 解決するためにも、有益である。ミュージックケアアプローチにおける重要な側面として、実践における１０の領域の概念的枠組みがある。本論文は、ミュージックケアの枠組みにおける理論と実践について書いた3部シリーズの第3部である。音楽は、心理社会的およびリハビリテーション医学的な介入におけるQOL（生活／生命の質）を向上させる効果的な方法として、ヘルスケア領域で認められるようになってきた。個別ケアの目的と実践の中に音楽がいかに統合され得るかについて、まだ最良の形態で標準化されていない現状がある。このような標準化の不足をふまえ、筆者達はミュージックケアの概念的枠組みを展開することにし、それによって様々な音楽を活用した活動との違いを明らかにし、ケアにおける音楽の適正な利用法の新しい可能性と役割を検証した。この研究の第1部では、カナダの長期ケア施設におけるミュージックケアの適正な活用法について考察し [[i]]、第2部ではカナダ・オンタリオにおける複合施設という状況下での音楽の適正な応用について探索した(2)。 本研究におけるミュージックケアにおける10の領域は、研究ツールとしても実践および活動ツールとしても、ヘルスケア提供者、管理者など治療を提供することを決定するすべての専門職が応用できるものとなっている。本論では、ミュージックケアの実践における１０の領域、ミュージックケアの概念的枠組みに対するニーズ、そしてこの枠組みが提供する実践と応用について考察する。 キーワード:ミュージックケア、パーソンセンタードケア、音楽療法、ミュージックケアにおける１０の領域 KoreanPart 3 of 3: 음악 치료의 10가지 영역: 캐나다 건강관리 환경에서 음악을 전달할 수 있는 체계음악 치료는 발전하고 있는 치료 접근법이며, 음악 치료 원칙들이 정규 의료 환경과 공동체(커뮤니티) 또는 가정에서 치료 관행을 알리고, 보다 관계 중심적이고 사람 중심적인 치료 문화를 개발하는 데 있어서 중요한 역할을 만들 수 있도록 만들어준다. 의료 사회에서 음악은 점점 효과적인 심리사회적, 생물의학적 중재 방법으로 인식되고 있으며, 삶의 질에 여러 가지 측면들을 증가시키고 있다. 현재 캐나다에는 음악을 개별 치료 목표와 치료 환경에 가장 잘 통합시킬 수 있는 방법에 대한 표준이 거의 없다.비록 점점 더 많은 문헌들이 건강관리에 음악이 끼치는 중요한 영향들을 뒷받침 해주고 있지만, 음악 치료 제공의 유형을 찾아내는 데 필요한 언어 및 관행 범위에는 여전히 빈틈이 있다. 음악 치료와 그것을 전달하는 방법을 이해하기 위한 개념적 토대는 이런 빈틈을 해결하는 데 유익한 도구이다. 음악 치료 접근법의 중요한 부분은 10가지 전달 영역을 설명하는 개념 체계이다. 본 연구는 음악 치료 체계의 이론과 적용에 대한 3가지 시리즈 가운데 세 번째 이다.음악은 의료 사회에서 삶의 질의 여러 측면들을 증진시켜주는 효과적인 심리 사회 및 재활 중재 방법으로 점점 더 인정을 받고 있다. 음악을 개별 치료 목표와 치료 환경에 가장 잘 통합시킬 수 있는 방법에 대한 표준화는 거의 없다. 저자들은 음악을 통합하는 관행의 다양한 범위를 구분하고 치료에 있어서 음악을 최적화시킬 수 있는 새로운 가능성을 확인할 수 있도록 제안한다. 또한 저자들이 음악 치료의 개념적 토대를 개발하게 만든 목적 역시 이러한 표준화의 부재에 대한 대안을 제시하고자 함이다. 이 시리즈 중 첫 번째 연구는 캐나다 장기 요양 시설에서의 음악 치료 최적화에 대해 조사한 반면, 두 번째 연구는 조사 현장으로 캐나다 Ontario에 있는 그런 시설 한 곳을 이용해서 음악을 복합한 지속 치료 환경에서 최적화 시킬 수 있는 방법을 조사했다. 의료 제공자, 관리자들, 의사 결정자들은 본 연구에서 제시한 음악 치료의 10가지 영역을 실용적인 도구이자 연구 도구로 사용할 수 있다. 본 논문은 음악 치료 전달의 10가지 영역, 음악 치료의 개념적 토대 필요성 및 그 토대가 제공하는 의의와 적용점 등에 대해 논의할 것이다. 키워드: 음악돌봄(music care), 사람 중심 치료, 건강 예술, 음악치료, 음악치료의 10가지 영역

La terapia genica (GT), il recente approccio per curare malattie genetiche rare ed ereditarie fornendo geni terapeutici in cellule mirate, ha interagito con la bioinformatica e i domini correlati all'analisi dei dati. Nelle applicazioni GT, è richiesto il monitoraggio molecolare del trattamento e sfrutta il sequenziamento di nuova generazione (NGS) per valutare l'efficacia e la sicurezza. Uno degli sforzi principali nell'identificazione dell'IS è mappare milioni di letture sequenziate nel genoma di riferimento. Oggi sono disponibili diversi allineatori per questo scopo. Tuttavia, lo scopo di alcuni lavori è ancora migliorare le prestazioni di rilevamento dell'IS tramite la scelta dell'algoritmo appropriato e testare varie strategie di filtraggio pre/post-allineamento. Poiché nonostante gli attuali miglioramenti nel campo, alcuni fattori come la lunghezza delle letture della sequenza, le regioni ripetute nei genomi di riferimento e gli errori di sequenza riducono l'accuratezza della mappatura. SI falso positivo, è un SI che viene riportato alla fine dell'identificazione SI quando non è presente. Il disallineamento è una delle possibili fonti di False Positive IS.Qui, per risolvere il problema dei False Positive e scartare il rumore nei nostri database clinici di IS, ci siamo prima concentrati sull'allineamento e sul filtraggio post-allineamento. A questo scopo, abbiamo generato una verità di base di letture simulate complessivamente composta da 125.778.685 letture di sequenziamento contenenti un numero totale di 4.333.904 IS e abbiamo provato a testare diversi passaggi della nostra pipeline bioinformatica. Abbiamo confermato che BWA-MEM, l'allineatore ampiamente utilizzato che è anche la scelta di VISPA2, ha buone prestazioni con una precisione del 91%. Ulteriori analisi hanno rivelato che alcune delle misurazioni statistiche come la qualità della mappatura (MAPQ) e il punteggio di allineamento subottimale (XS) riportate per ciascun risultato della mappatura non sono ben correlate con l'accuratezza dell'allineamento. Pertanto, i passaggi di filtraggio dopo l'allineamento potrebbero portare a scartare molte letture senza migliorare la precisione. L'eliminazione delle letture allineate correttamente potrebbe ridurre notevolmente il conteggio delle sequenze. Inoltre, sapendo che l'interazione di diversi fattori come la lunghezza di lettura, gli errori di sequenziamento, l'unicità del genoma di riferimento insieme potrebbero contribuire al risultato dell'allineamento finale, abbiamo proposto un approccio di filtraggio basato sull'albero decisionale. Il nostro risultato ha mostrato che l'algoritmo XGBoost e l'insieme di funzionalità correlate alle letture di sequenze, alle statistiche di allineamento e alle proprietà del genoma con una precisione del 95% è in grado di identificare gli artefatti delle letture sintetiche. Ciò ha suggerito che l'attuale approccio di filtraggio può essere sostituito dal nostro metodo proposto. Nella seconda parte, abbiamo mirato ad assegnare un punteggio di probabilità a ciascun IS da osservare in quella regione genomica. Per raggiungere questo obiettivo, abbiamo sfruttato le note preferenze genomiche del vettore virale e aggiunto nuove caratteristiche genomiche per generare un punteggio di probabilità. I nostri risultati su pazienti GT con due diversi background di malattia hanno mostrato AUROC > 80%. La maggior parte degli IS con punteggio di probabilità basso ha valori bassi per il conteggio delle sequenze e la ricorrenza. Ora stiamo convalidando punti di dati isolati con analisi più specifiche dell'IS.
Gene Therapy (GT), the recent approach to cure rare and inherited genetic disorders by delivering therapeutic gene in targeted cells interacted with bioinformatics and data analysis-related domains. In GT applications, the molecular monitoring of the treatment is required and exploits Next generation sequencing (NGS) to assess efficacy and safety. One of the principal efforts in IS identification is mapping millions of sequenced reads to the reference genome. Today, several aligners are available for this aim. However, still improving the IS detection performance by choice of appropriate algorithm and testing various pre-/post-alignment filtering strategies is the scope of some works. Since despite the current improvements in the field, some factors like length of sequence reads, repeat regions in the reference genomes and sequence errors decrease the mapping accuracy. False Positive IS, is an IS that is reported at the end of IS identification when it is not present. Mis-alignment is one of the possible sources for False Positive IS.Here, to solve the problem of False Positive and discarding the noise in our clinical IS databases, we first focused on alignment and post-alignment filtering. For this aim, we generated a ground truth of simulated reads overall composed by 125,778,685 sequencing reads containing a total number of 4,333,904 IS and tried to test several steps of our bioinformatics pipeline. We confirmed that BWA-MEM, the widely-used aligner which is also the choice of VISPA2 has a good performance with 91% accuracy. Further analyses revealed that some of the statistic measurements such as Mapping Quality (MAPQ) and Sub optimal Alignment Score (XS) that are reported for each mapping result are not well-correlated with alignment accuracy. Therefore, filtering steps after alignment might lead to discarding many reads without improving the accuracy. Discarding reads which are aligned correctly might highly reduce sequence count. Moreover, knowing that interaction of several factors such as read length, sequencing errors, uniqueness of the reference genome together could contribute to the final alignment outcome, we proposed a decision tree-based filtering approach. Our result showed that XGBoost algorithm and the set of features which are related to sequence reads, alignment statistics and genome properties with the accuracy of 95% is able to identify artifacts of synthetic reads. This suggested that the current filtering approach can be replaced by our proposed method. In the second part, we aimed at assigning a probability score to each IS to be observed in that genomic region. To achieve this goal, we exploited the known genomic preferences of viral vector and added new genomic features to generate a probability score. Our results on GT patients with two different disease backgrounds showed AUROC > 80%. Majority of IS with low probability score have low values for sequence count and re-occurrence. We are now validating isolated data points with more IS specific analyses.

Egnazia è un importante sito archeologico localizzato in Puglia sul litorale adriatico tra Bari e Brindisi. La frequentazione più antica del territorio è datata all’età del Bronzo (XVI secolo a.C.). Il centro si dota della prima sistemazione di tipo urbano e fra l’età di Augusto e il I secolo d.C. si realizzano gli spazi e le strutture tipiche di una città romana. Alla fine del VI secolo l’abitato torna a restringersi entro l’antica acropoli e perdura fino al XIII secolo. All’interno del sito è presente un articolato sistema viario caratterizzato da un’arteria principale, la via Traiana, che attraversa Egnazia in direzione Nord Ovest-Sud Est, separa le aree pubbliche dagli spazi residenziali e produttivi e prosegue alla volta di Brindisi, divenendo un asse di rilievo anche nell’organizzazione del territorio. Da quest’ultima si snodano degli assi viari secondari con la funzione di collegare tutti i settori della città. In questa tesi vengono presentati i risultati di una ricerca multidisciplinare effettuata con lo scopo di comprendere l’articolato sistema viario della città tramite lo studio integrato di mappe storiche e moderne, l’analisi di immagini aeree e satellitari multispettrali, multi temporali, multi scalari (MIVIS, QuickBird e Google Earth), prospezioni geofisiche elettromagnetiche e rilievi tridimensionali (laser scanner) di un importante struttura quale il criptoportico. L’integrazione di più metodologie ha aumentato la probabilità di successo della ricerca poiché ha fornito informazioni oggettive tramite la valutazione della convergenza di più parametri che descrivono la stessa situazione. Questo tipo di approccio, scientifico, tecnologico ed innovativo, grazie alla collaborazione con diversi istituti di ricerca nazionali ed internazionali, è stato trasferito ed applicato infine in numerosi contesti archeologici localizzati in territorio internazionale (città romana di Doclea (Montenegro), la Fortezza di Ighram Aousser (Marocco) e i siti archeologici di Tell El Maskhuta (Egitto), Umm ar-Rasas (Giordania) e Gur (Iran)) caratterizzati da peculiari condizioni geologiche e geografiche.
Egnazia is an important archaeological site located in Puglia on the Adriatic coast between Bari and Brindisi. The oldest human settlement is dated back at the Bronze age (XVI century B.C.). The first urban system was created between the IV and III century B.C. and the typical roman structures were built between the Augustan age and the I century A.C. After the half of the IV century the settlement reduces its size in the old acropolis and it lasts until the XIII century A.C. In the roman city there is a complex road system characterized by a main road that travels through Egnazia towards North West-South East; it separates the public, productive and economic areas from the residential zone and it proceeds in the direction of Brindisi becoming an important point in the organization of the territory. This road has access to secondary axis which join or unite all the sectors of the city. In this thesis the results of a multidisciplinary research are presented. It was carried out with the purpose of understanding the road system of the city through the study of historical and modern maps, the analysis of multispectral, multi-temporal, multi-scalar aerial and satellite images (MIVIS, QuickBird, Google™ earth images), electromagnetic geophysical data and tridimensional survey (laser scanner) of an important structure like the cryptoporticus. The integration of different methodologies has enhanced the probability of success of the research since has provided objective information through the evaluation of diverse parameters describing the same situation. This scientific, technological and innovative multidisciplinary research was transferred and applied in different archaeological sites (the roman city of Doclea (Montenegro), the fortification of Ighram Aousser (Morocco), the archaeological site of Tell El Maskhuta (Egypt), Umm ar-Rasas (Jordan) and Gur (Iran) located in international countries and characterized by different geological and geographical conditions, with the collaboration between Italian and international institution of research.

La tesi propone un processo di indagine per il rilievo di edifici storici e la generazione di prodotti a valenza metrica, al fine di ottenere una modalità di analisi completa, che si avvale di un’alta precisione di misura, per lo studio geometrico del manufatto d’interesse. I principali obiettivi di questa trattazione sono: la documentazione e caratterizzazione geometrica dell'edificato, tramite rilevamento laser scanning e GNSS; lo studio degli spostamenti al suolo del territorio circostante il sito di indagine, tramite interferometria satellitare; la ricerca e lo studio di eventuali relazioni tra gli spostamenti a scala territoriale e i risultati delle indagini a scala di edificio. Si propone l’integrazione di queste tecniche come strumento per l’analisi strutturale dell’edificio allo stato di fatto e per il monitoraggio delle evoluzioni future della struttura, in rapporto con quelle dell’ambiente circostante. Per testare le potenzialità del processo, lo si applica al Monastero di San Domenico sito in Montecreto, Modena (MO). Ottenuta la restituzione del rilievo laser scanner del Complesso, si vuole mettere in relazione lo spostamento del suolo con il rilievo fotografico del quadro fessurativo acquisito in loco, tramite l’analisi geometrica condotta attraverso il modello elaborato. Il processo d’indagine proposto offre grandi vantaggi: l’alta risoluzione ed accuratezza delle misure effettuate e l’alta densità di dato rilevato creano un continuum spaziale di dati, restituendo una documentazione completa del sito indagato. L'integrazione con altre tecniche topografiche (ad esempio GNSS) permette, di arricchire il prodotto finale e di verificarne la bontà del processo di elaborazione. Sebbene non sia stato possibile identificare una relazione diretta tra dato di spostamento al suolo e quadro fessurativo, il modello elaborato è uno strumento di analisi geometrica che, in confronto con indagini pregresse o future, agevolerà l’identificazione di criticità strutturali.

Il carcinoma epatocellulare (HCC) è un tumore solido considerato la seconda causa di mortalità per cancro a livello mondiale. Lo sviluppo di HCC è guidato da diversi fattori tra cui le infezioni da virus dell'epatite B (HBV). Uno dei principali meccanismi mediante il quale HBV è in grado di aumentare il rischio di sviluppo di epatocarcinoma è la sua capacità di integrarsi nel genoma dell'ospite. Date queste premesse, questo studio si prefigge lo scopo di individuare i siti di integrazione di HBV nel genoma umano. Metodi: sono stati analizzati 6 tessuti tumorali (T) e 6 tessuti non tumorali (NT) di pazienti HBsAg positivi affetti da HCC. Il DNA è stato estratto da tessuto e successivamente frammentato tramite sonicazione, sono stati legati dei linkers tramite reazione di ligazione e successivamente effettuato un primo round di PCR usando primer specifici per le sequenze di HBV. Un secondo round di PCR è stato effettuato usando adattatori che permettono il legame delle librerie alla flowcell Illumina. Il sequenziamento è stato eseguito con metodologia NGS su piattafroma Illumina MiSeq. Risultati: è stato rilevato un totale di 2.839 siti unici di integrazione (2.476 nei tessuti tumorali e 363 nei non tumorali), la maggior parte dei siti di breakpoint in HCC sono localizzati a livello di geni codificanti e sono state individuate integrazioni anche in regioni ripetute del DNA come SINE, LINE e LTR. È stata inoltre analizzata la presenza di sequenze di micro-omologia (MH) tra il DNA nucleare e il genoma di HBV a livello dei siti di integrazione, dai nostri risultati si evince che la maggior parte dei siti unici di integrazione di HBV ha effettivamente mostrato la presenza di MH sia in campioni di T che NT; ciò suggerisce che queste sequenze potrebbero promuovere l’inserzione virale a livello dei brackpoint genomici. Si è inoltre rilevato che un numero cospicuo di geni target dell’integrazione virale è coinvolto in patwhay metabolici facenti parte dei processi tumorigenici e, solo nei tessuti tumorali, sono stati rilevati come target dell’integrazione virale anche geni denominati “cancer driver” suggerendo il loro potenziale ruolo nello sviluppo di HCC.