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Dissertations / Theses on the topic 'Sites de fixation des anticorps'
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Bikoue, Arsène. "Etude de l'expression quantitative des antigènes de surface des leucocytes humains par cytométrie en flux : établissement de valeurs normales. Apport à la standardisation de la cytométrie en flux. Faisabilité." Aix-Marseille 2, 1997. http://www.theses.fr/1997AIXM1482.
Full text
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Chapot, Marie-Pierre. "Etude structurale du récepteur β-adrénergique : approches biochimique et immunochimique." Paris 7, 1989. http://www.theses.fr/1989PA077028.
Full textAbstract:
Le récepteur β-adrénergique des érythrocites de dinde a été identifié et caractérisé par deux approches, l'une biochimique et l'autre immunochimique et des nouveaux outils ont été développés pour l'étude des relations structure-fonction du récepteur. Le récepteur β-adrénergique des membranes d'érythrocites de dinde a été identifié par le ligand photoactivable iodocyanopindolol-diazirine marqué à l'iode 125. Deux polypeptides de masse moléculaire apparente 50kDa et 42kDa ont été marqués de manière spécifique. Le polypeptide de 42kDa provient du polypeptide de 50kDa par une protéolyse qui s'accompagne de la perte de la chaine glycosylée située sur l'extrémité N-terminale de la forme 50 kDa. Après solubilisation par la digitonine, le polypeptide de 42kDa a été purifié à homogénéité en deux étapes : par chromatographie d'affinité sur un gel où a été immobilisé l'antagoniste alprénolol, puis par électroélution d'un gel de polyacrylamide. Le site de fixation du ligand photoactivable iodocyanopindolol-diazirine a pu être localisé dans la région contenant les domaines transmembranaires VI et VII et serait un résidu acide aspartique. Des anticorps ont été produits contre les récepteurs β-adrénergiques. Après immunisation avec du récepteur β₁-adrénergique partiellement purifié à partir des érythrocites de dinde, un anticorps monoclonal a été sélectionné; celui-ci immunoprécipite le récepteur marqué par affinité et reconnait le récepteur en immunoempreinte. Il semble dirigé contre un épitote intramembranaire ou cytoplasmique. Après la détermination des séquences des récepteurs β₁-adrénergiques de dinde et des récepteurs β₁ et β₂-adrénergiques humains, des anticorps ont été produits contre des peptides synthétiques dérivés de ces séquences. Ces peptides sont situés sur des boucles intra-ou extracellulaires d'après le modèle de repliement transmembranaire des récepteurs β-adrénergiques qui a été proposé d'après le profil d'hydropathicité de ces protéines. Ces anticorps reconnaissent les récepteurs entiers dénaturés. Les anticorps dirigés contre la deuxième boucle extra-cellulaire du récepteur β₁-adrénergique humain interfèrent avec la liaison du ligand agoniste isoprotérénol sur le récepteur. Ces anticorps anti-peptides, ainsi que le marquage par affinité, ont été utilisés pour caractériser les récepteurs β-adrénergiques exprimés dans la bactérie Escherichia coli après fusion des génes codant pour les récepteurs β-adrénergiques avec le gène lamB codant pour la protéine de la membrane externe de la bactérie LamB. Ainsi ont également pu être localisés la protéine de fusion et le récepteur actif dans les différents compartiments cellulaires de la bactérie.
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Dalbon, Pascal. "La protéine mitochondriale de transport des adénine-nucléotides : localisation des sites nucléotidiques par photomarquage, étude de la topographie membranaire de la chaîne polypeptidique à l'aide d'anticorps anti-peptides synthétiques." Grenoble 1, 1987. http://www.theses.fr/1987GRE10121.
Full text
4
Bennay, Lai͏̈la. "Les anticorps anti-idiotypiques." Bordeaux 2, 1993. http://www.theses.fr/1993BOR2PE50.
Full text
5
Nedonchelle, Elsa. "Les anticorps catalytiques : des outils pour la production et l'étude des anticorps catalytiques semi-synthétiques et auto-immuns." Compiègne, 2000. http://www.theses.fr/2000COMP1320.
Full textAbstract:
Les anticorps catalytiques associent les propriétés de reconnaissance des anticorps aux propriétés de catalyse des enzymes. Différentes approches ont été envisagées pour leur faire mimer les enzymes : analogues d'états de transition, copie du site actif par le réseau idiotypique, ingénierie des protéines. De nombreuses enzymes s'associent avec des métaux pour assurer leurs fonctions. Le zinc est un élément intéressant dans ce cas car retrouvé dans plus de 300 enzymes. Ces sites de fixation étant bien caractérisés, ils ont pu semir de modèle en biotechnologie dans l'ingénierie des protéines. L'approche que nous proposons est basée sur la biosynthèse de nove du site de fixation du zinc catalique. Pour cela, nous nous appuyons sur les règles de reconnaissance de l'IDA-Zn (Il) par les protéines (IMAC). L'immunisation d'un animal contre l'IDA-Zn(ll) devrait produire des anticorps présentant au niveau de leur paratope une structure de ligands capable de fixer un ion métallique dans une conformation catalytique. Pour développer ce type d'anticorps, une nouvelle méthode ELISA a d'abord été développée. L'utilisation d'un présentateur dIhaptène non protéique (le PEG bifonctionalisé) nous permet d'éviter toute réaction croisée avec la protéine de trans ort utilisée pour l'immunisation. Les anticorps anti-IDA-Zn(ll) ont ensuite été réalisés selon deux tech¬niques. D'abord la méthode des hybridomes nous a permis d'isoler à partir de 1152 clones 14 clones présentant de bonnes affinités. Ensuite, le répertoire immunologique de la souris immunisée contre l'IDA-Zn(ll) a été exprimé en banque de phages (banque de scFv). L'avantage d'une telle banque réside dans l'expression de tout le répertoire immunologique de la souris immunisée, ce qui offre la possibilité de "screener" des spécificités plus vastes vis-à-vis d'autres métaux, chélates métalliques ou d'autres antigènes. Enfin, la production de ces anticorps anti-chélate métallique à grande échelle nous a fait apparaître la nécessité de développer une méthode de purification douce, respectueuse de la structure tridimensionnelle des anticorps. Une méthode, faisant appel au ligand pseudobiospécifique l'histidine, a été développée au laboratoire. Pour valider son utilisation aux anticorps catalytiques, nous avons décidé de l'appliquer à la purification des anticorps catalytiques naturels présents dans le sérum des malades afteints de maladies auto-immunes. Les résultats sont comparés avec les méthodes classiques protéine A et protéine G, en termes de pureté des fractions et d'activité catalytique.
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Erregragui, Lalla Khadija. "Topographie antigénique de la thyroglobuline humaine : sites hormonogéniques, récepteur cellulaire, auto-anticorps." Aix-Marseille 2, 2002. http://www.theses.fr/2002AIX2A002.
Full text
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Bernard, Virginie. "Relations entre l'organisation des sites de fixation des facteurs de transcription, la fonction des gènes et l'expression des gènes : vers une annotation des sites de fixation chez Arabidopsis thaliana." Phd thesis, Université d'Evry-Val d'Essonne, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00444896.
Full textAbstract:
Les sites de fixation des facteurs de transcription ou éléments régulateurs sont impliqués dans la régulation de l'expression des gènes. Une meilleure connaissance de l'architecture des promoteurs est aujourd'hui accessible via l'annotation des génomes et les données transcriptomiques. Certains éléments régulateurs sont conservés à une position préférentielle dans les promoteurs. Chez A. thaliana, nous avons mis au point une approche pour caractériser de tels motifs. Ce travail a permis de proposer une cartographie des promoteurs en identifiant 5105 motifs caractérisés par une sur-représentation locale dans les promoteurs proximaux. L'étude du promoteur central où est observée la boîte TATA, élément régulateur conservé entre eucaryotes, a été approfondie. Une liste de 15 variants fonctionnels de la boîte TATA a été identifiée, ainsi qu'une nouvelle classe d'éléments régulateurs qui sont caractérisés par des mêmes contraintes topologiques que la boîte TATA : les motifs-TC. Ils sont conservés chez A. thaliana et le riz, Oryza sativa, mais absents chez les mammifères. Les 18% de gènes d'A. thaliana contenant un motif-TC ont tendance à être exprimés dans des conditions expérimentales spécifiques. Ces éléments pourraient participer à la régulation de l'expression des gènes. L'étude de l'élément initiateur YR chez A. thaliana a mis en évidence une extension de ces 4 dinucléotides dans l'UTR 5'. Des associations entre ces éléments régulateurs peuvent montrer une collaboration fonctionnelle. La recherche de caractéristiques fonctionnelles communes aux gènes possédant une même organisation d'éléments régulateurs pourra permettre de contribuer à l'annotation fonctionnelle de ces éléments.
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Laune, Daniel. "Dissection peptidique du paratope de l'anticorps : identification de résidus impliqués dans la reconnaissance antigénique, de peptides bioactifs et d'idiotopes peptidiques." Montpellier 1, 1998. http://www.theses.fr/1998MON13527.
Full text
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Demichele, Ladan. "Utilisation des anticorps anti-idiotypes comme images internes fonctionnelles de sites actifs enzymatiques : production et caractérisation d'un anticorps catalytique à activité cholinestérase." Compiègne, 1993. http://www.theses.fr/1993COMPD672.
Full textAbstract:
L'exploitation des propriétés d'image interne des anticorps anti-idiotypes nous a permis d'obtenir des anticorps catalytiques (abzymes) par une approche réellement enzymologique. L'anticorps monoclonal 9A8 a été sélectionné contre l'anticorps monoclonal AE2, dirigé lui-même contre le site actif de l'acétylcholinestérase de l'érythrocyte humain. Selon la théorie du réseau idiotypique, l'anticorps monoclonal 9A8 représente l'image interne du site actif de l'acétylcholinestérase. L'hydrolyse de l'acétylthiocholine par l'anticorps monoclonal 9A8 présente un comportement cinétique de type michaëlien. La valeur de la constante catalytique (kcat égal 81 s 1) est plus faible que celle de l'enzyme naturelle alors que la valeur de la constante michaëlienne (Km égal 0,6 mM) est plus élevée. Cependant le taux d'accélération (kcat/kuncat égal 4,15 X 10) est plus élève que dans le cas des anticorps catalytiques obtenus par la voie des analogues d'état de transition. Par ailleurs, l'anticorps monoclonal 9A8 représente une spécificité relâchée vis à vis des substrats et inhibiteurs connus des estérases. Cette approche anti-idiotypique permet également d'étudier différentes copies structurales et fonctionnelles du site actif de la même enzyme afin de pouvoir étudier les relations structure fonction. De plus, la production d'anticorps anti-idiotypes à partir des enzymes modifiées chimiquement au niveau de leur site actif permet d'obtenir des copies protéiques des catalyseurs mais possédant une nouvelle activité enzymatique.
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Kohli, Évelyne. "Etude des sites antigeniques de la proteine majeure de capside interne du rotavirus et application au diagnostic." Dijon, 1990. http://www.theses.fr/1990DIJO0001.
Full text
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Adnet, Frédéric. "Mesures des interactions hyperfines dans les sites de fixation du calcium des calci-proteines." Paris 6, 1990. http://www.theses.fr/1990PA066005.
Full textAbstract:
Des mesures de correlations angulaires perturbees differentielles (capd) ont ete effectuees a temperature ambiante sur la cascade gamma-gamma 150-247 kev du cadmium 111m incorpore a la calmoduline et a la parvalbumine. Une anisotropie dependante du temps de la fonction de correlation a ete observee, son etude montre qu'il existe deux frequences d'interaction electrique quadrupolaire dans la calmoduline et une seule dans la parvalbumine. Ces parametres d'interaction quadrupolaire semblent montrer qu'il existe deux types de sites de fixation dans la camoduline et un dans la parvalbumine, celui-ci est analogue a un des deux types de sites de la calmoduline
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Esterlin, Sylvie. "Influence des rayonnements gamma sur la fixation des anticorps sur le polystyrène application au test immunoenzymatique ELISA." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37597402j.
Full text
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Esterlin, Sylvie. "Influence des rayonnements gamma sur la fixation des anticorps sur le polystyrène : application du test immunoenzymatique ELISA." Bordeaux 2, 1986. http://www.theses.fr/1986BOR22000.
Full text
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Sin, Tak-nam, and 冼德藍. "Evidence-based clinical practice guidelines for care of skeletal pin sites in orthopaedic patients." Thesis, The University of Hong Kong (Pokfulam, Hong Kong), 2010. http://hub.hku.hk/bib/B44626332.
Full text
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Boulday, Gwénola. "Étude de l'activation des cellules endothéliales en transplantation : expression différentielle des gènes en réponse à la fixation des anticorps naturels xénogéniques." Nantes, 2001. http://www.theses.fr/2001NANT20VS.
Full text
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Touzain, Fabrice. "Recherche des sites de régulation de la transcription dans des génomes bactériens." Thesis, Nancy 1, 2007. http://www.theses.fr/2007NAN10097.
Full textAbstract:
Nombre de programmes ont été développés pour identifier des sites de fixation de facteurs de transcription. La plupart ne sont pas capables d’inférer des motifs composés de deux mots en autorisant une variation de leur espacement, caractéristiques des sites de fixation des sous-unités s de l’ARN polymérase (SFFS). Cette thèse vise à l’élaboration d’un algorithme prenant en compte toutes les connaissances biologiques structurelles de ces sites en vue de leur prédiction fiable. Nous présentons une nouvelle approche, SIGffRid (pour SIGma Factor Finder using R’MES to select Input Data), pour l’identification des SFFS qui compare deux génomes bactériens phylogénétiquement apparentés. La méthode analyse des paires de régions promotrices de gènes orthologues. Elle utilise la sur-représentation statistiquement dans les génomes complets comme critère de sélection des boîtes -35 et -10 potentielles. Des motifs composites conservés sont alors groupés en utilisant des paires de courtes graines, en autorisant la variabilité de l’espacement qui les sépare. Les motifs sont ensuite étendus suivant des considérations statistiques. Les plus significatifs sont retenus. Cet algorithme a été applique´ avec succès à la paire de génomes bactériens apparentés de Streptomyces coelicolor A3(2) et Streptomyces avermitilis. Nous démontrons que notre approche, combinant des critères statistiques et biologiques, parvient à prédire des SFFS, et abordons les améliorations envisagéesMany programs have been developed to identify transcription factor binding sites. Most of them are not able to infer two-word motifs with variable spacer lengths, characteristics of RNA polymerase Sigma (s) Factor Binding Sites (SFBSs). The aim of this thesis is to design an algorithm taking into account the biological structural observations about these sites, in order to their relevant prediction. We describe a new approach, SIGffRid (SIGma Factor binding sites Finder using R’MES to select Input Data), to identify SFBSs by comparing two related bacterial genomes. The method performs a simultaneous analysis of pairs of promoter regions of orthologous genes. SIGffRid uses a prior identification of over-represented patterns in whole genomes as selection criteria for potential -35 and -10 boxes. These patterns are then grouped using pairs of short seeds, allowing a variable-length spacer between them. This is followed by motif extension guided by statistical considerations. Finally, statitically feasible and relevant motifs are selected. We applied our method to the pair of related bacterial genomes of Streptomyces coelicolor A3(2) and Streptomyces avermitilis. We demonstrate that our approach combining statistical and biological criteria was successful to predict SFBSs, and envisage ameliorations
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Darbouret, Daniel. "Détection immunochimique d'une substance dans un fluide biologique : utilisation de particules calibrées permettant la fixation de molécules biologiquement actives." Lyon 1, 1990. http://www.theses.fr/1990LYO10244.
Full text
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Entrevan, Marianne. "Caractérisation de la diversité des sites de fixation des protéines du groupe Polycomb chez la Drosophile." Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT029/document.
Full textAbstract:
Les protéines du groupe Polycomb (PcG) ont initialement été identifiées chez la drosophile comme répresseurs transcriptionnels des gènes homéotiques. Aujourd’hui, nous savons que ces protéines jouent un rôle bien plus large puisqu’elles régulent des gènes dont les produits sont impliqués dans de nombreux processus biologiques (régulation des gènes HOX, maintien de la plasticité des cellules souches, la différenciation cellulaire, l’inactivation du chromosome X, la régulation des gènes soumis à empreintes). Leur dérégulation est source de nombreux cancers chez l’homme. Hautement conservées, elles forment deux principaux complexes : PRC 1 et 2 (Polycomb repressive complex 1 and 2), dont l’activité est respectivement reflétée par la mono-ubiquitinylation de la lysine 118 l’histone H2A (H2AK118Ub) et la tri-méthylation de la lysine 27 de l’histone H3 (H3K27me3). Chez la Drosophile, les sites de fixation de ces complexes sont appelés PRE (Polycomb Responsive Elements) où ils sont recrutés via des facteurs de transcription (FT).La complexité du recrutement des complexes du PcG, chez la Drosophile comme chez les mammifères, est visible à différents niveaux : au niveau de la séquence même de leurs sites de fixations, au niveau des facteurs de transcription qui les recrutent, au niveau de l’interface entre les deux complexes PRC1 et PRC2 et enfin au niveau global, part le présence de ces complexes au niveau de sites transcriptionnellement actifs. L’ensemble de ces résultats démontre clairement la nature hétérogène des PRE. Ces derniers diffèrent non seulement par leur séquence, mais également par les FT qui les recrutent et enfin par la manière dont les complexes PcG sont recrutés (PRC2 recrute PRC1 ou le contraire). Mon projet de thèse s’est donc dessiné autour d’une hypothèse : il existe différentes classes de PRE chez la Drosophile. Mon travail a donc consisté à définir ces différentes classes et à les caractériser pour en déduire des rôles spécifiques à l’échelle génomique. En effet, l’implication des complexes du PcG dans l’apparition de cancer chez l’Homme requière que l’on comprenne comment ces protéines sont recrutées à la chromatine.Mes travaux de thèse ont permis d’identifier six classes différentes de sites de fixation aux protéines du PcG. Nous avons retrouvé une classe correspondant aux sites de fixations canoniques fixés par les protéines du PcG et présents au sein de larges domaines répressifs marqués par H3K27me3. Une seconde classe correspond à des éléments de régulation marqués par un état de pause transcriptionnelle. De façon surprenante, nous avons démontré qu’une grande partie des sites de fixation des complexes du PcG était localisée au niveau de régions transcriptionnellement actives. Ces classes de PRE diffèrent en particulier en éléments génomiques qui les composent. Deux classes correspondent à des enhancers développementaux. Une classe correspond à des promoteurs actifs pouvant réguler des gènes de ménage. Enfin, une dernière classe correspond à des bordures de TAD. Les sites actifs et réprimés fixés par le PcG fixent également des combinaisons différentes de FT. Des analyses in vivo associées à un transcriptome réalisé à partir de cellules mutantes pour une protéine du PcG révèlent que les complexes du PcG jouent également un rôle de répresseur transcriptionnel au niveau des sites actifs. L’ensemble de ces résultats suggère une hétérogénéité inattendue des sites de fixation des complexes du PcG et permettra de mieux comprendre les caractéristiques liées à ces protéines dont la dérégulation mène à l’apparition de cancers chez l’Homme marqués par leur agressivitéPolycomb group (PcG) complexes were initially discovered in Drosophila as transcriptionnal repressors of homeotic genes. To date, we know that they are involves in a large pleithora of biological processes including the maintenance of stem cells plasticity, differentiation, X chromosome inactivation and imprinting. PcG complexes are highly conserved from Drosophila to Humans and can be divided into two main complexes: PRC1 and PRC2 (Polycomb repressive complex 1 and 2). Both complexes have a histone modifying activity: PRC1 catalyses the mono-ubiquitination of the lysine 118 on histone H2A (H2AK118Ub) and PRC2 catalyses the tri-methylation of the lysine 27 on histone H3 (H3K27me3).In Drosophila, these complexes are recruited to cis regulatory elements named Polycomb Responsive Elements (PREs) that drive the epigenetic inheritance of silent chromatin states throughout development. Importantly, PcG complexes do not contain DNA-binding activity but are recruited to PREs via their interaction with Transcription Factors (TF) recognizing DNA motifs clustered at PREs. However the mechanism how PREs target PcG complexes is still not well understood due to the complexity of PcG recruitment, which is reflected at different levels: The DNA signature between PREs can differ significantly and several TF are implicated in PcG recruitment, but none of them is sufficient to recruit PcG complexes to PREs. Moreover PcG complexes can cooperate in different ways to stabilize each other’s binding. Finally, another layer of complexity is found at a more global level since PcG complexes do not only bind repressed sites, but they are also found at active regions.Therefore, our working hypothesis is that different classes of PREs exist in Drosophila. My PhD work was thus to define these different classes of PREs on a genome-wide scale and to functionally characterize them in order to get a complete molecular description of PRE function. Understanding how PcG complexes are recruited is of high importance, since deregulation of both, PcG complexes and their recruiting factors can led to cancer and diseases. My work led to the identification of six different classes of PREs that are characterized by different chromatin and genomic features. Interestingly the majority of PREs are associated with active genes that can be divided into housekeeping regulatory regions and developmental enhancers. In addition another class comprises bona fide chromatin domain boundaries. On the other hand PREs associated with repressed chromatin states shows features of previously described PREs and associate with repressed genes and PcG-associated histone marks. Finally another class comprises PREs that are likely in a poised chromatin state. We further demonstrated that PREs located at repressed and active regions differ in their combination of TF. In vivo analyses along with a transcriptomic analysis performed in cell lines mutated for a member of PcG complexes revealed that PcG complexes play a repressive role at both, active and repressed PREs.Taken together, our result suggest an unexpected heterogeneity of PREs and contributes to the better understanding of their characteristics and function
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Valtier, Delphine. "Les sites de fixation de type périférique des benzodiazépines sur la plaquette sanguine et l'iris humains." Paris 5, 1989. http://www.theses.fr/1989PA05P611.
Full text
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Garin, Jérôme. "Etude topographique des sites de fixation des substrats de l'H+-ATPase mitochondriale à l'aide d'analogues photoactivables." Grenoble 1, 1989. http://www.theses.fr/1989GRE10056.
Full textAbstract:
Etude structurale des six sites nucleotidiques (dont trois catalytiques) des h#+-atpase, a l'aide d'analogues photoactivables qui se fixent exclusivement sur les sousunites de l'enzyme; thypotheses sur la structure fine des sites catalytiques
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Zhang, Lili. "Étude des sites de fixation de molécules neurotropes au sein des cellules nerveuses par microscopie ionique." Paris 12, 1992. http://www.theses.fr/1992PA120030.
Full textAbstract:
La localisation intracellulaire de deux drogues neurotropes, l'une de la famille des phenothiazines, l'autre de la famille des benzodiazepines a ete etudiee par microscopie ionique. Cette methode a permis d'obtenir des cartographies chimiques representant la distribution microscopique de ces molecules au sein de plusieurs varietes cellulaires: une lignee d'astrocytome de rat (souche c6) des astrocytes primaires de souris une lignee d'astrocytome humain (souche gl-15) une lignee de neuroblastome de rat (souche b-104). Les molecules etudiees: la triflupromazine et la trifluoperazine pour les phenothiazines et le flunitrazepam et le flurazepam pour les benzodiazepines, ces molecules sont tres largement utilisees en therapeutique humaine. Elles ont ete choisies car leur radical fluore permet de reconnaitre aisement leur emplacement par microscopie ionique. Ce travail a montre que les quatre molecules penetrent au sein des cellules ou elles se fixent de facon selective. Dans les quatre varietes cellulaires etudiees, les molecules de la famille des phenothiazines sont presentes au sein du cytoplasme alors que les molecules de la famille des benzodiazepines sont selectivement concentrees dans les noyaux cellulaires
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Ghim, Shinje. "Etude de la topologie des sites et des variations antigéniques du virus respiratoire syncitial." Lyon 1, 1989. http://www.theses.fr/1989LYO10186.
Full textAbstract:
Les etudes de la topologie antigenique et fonctionnelle de la proteine de fusion du virus respiratoire syncitial (vrs) et des variations antigeniques du vrs ont ete realisees respectivement par le moyen de la competition en elisa sur cellules infectees avec quatorze anticorps monoclonaux (acmc) et par la technique d'immunofluorescence sur dix-sept souches avec vingt-et-un acmc ainsi que sur des prelevements nasopharynges. Les resultats montrent la presence d'au moins quatre sites antigeniques sur la proteine de fusion et une variation antigenique des souches analysees. Parmi ces quatre sites antigeniques, deux forment un domaine complexe. Ces deux sites sont impliques dans la neutralisation du pouvoir infectieux et l'inhibition de la fusion cellulaire sont antigeniquement stables. Un epitope (ii#4), defini par un ac neutralisant mais non inhibiteur de la fusion, est localise a la peripherie de ce domaine et montre une mutation detectable uniquement par neutralisation croisee avec nos acmc. Les deux autres sites antigeniques, n'interviennent pas dans les activites de la neutralisation ni dans l'inhibition de la fusion et antigeniquement instables. Nous avons pu conclure que le domaine complexe, sur la sous-unite f#1, possede une ou plusieurs regions immunodominantes impliquees dans deux activitees biologiques et indispensables a l'infectivite de ce virus
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El, Jawad Lucienne. "Etude par photomarquage d'affinité du site de fixation des modulateurs stéroïdes sur la glycoprotéine-P humaine." Lyon 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LYO10180.
Full text
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Darrouzet, Élisabeth. "Caractérisation génétique et biochimique des sites de fixation des inhibiteurs de la NADH-CoQ réductase de Rhodobacter capsulatus." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 1997. http://www.theses.fr/1997GRE10187.
Full textAbstract:
La nadh-coq reductase (ou complexe i) est le premier complexe de la chaine respiratoire mitochondriale. Cette enzyme, composee de 43 sous-unites transfere les electrons depuis le nadh jusqu'a l'ubiquinone en transportant activement des protons au travers de la membrane interne. La decouverte chez les bacteries de complexes homologues plus simples a permis des progres importants. Les sous-unites hydrophobes du domaine membranaire du complexe i sont mises en cause dans des pathologies mitochondriales. Cependant, ce domaine membranaire qui contient le site de reduction des quinones et la machinerie de pompage des protons reste tres mal connu. Le travail presente dans cette these porte sur la caracterisation de ce domaine membranaire et revet deux aspects: i) une premiere approche a consiste a reproduire chez r. Capsulatus la mutation 3460 de l'adn mitochondrial humain decrite pour alterer partiellement l'activite du complexe i ainsi que la sensibilite a la rotenone. Chez la bacterie mutante, nous avons pu effectivement mettre en evidence une baisse d'activite mais pas de variation de la sensibilite a la rotenone. Ii) de nombreux inhibiteurs tels que la piericidine agissent sur le complexe i au niveau des sites quinones. L'etude du site de fixation de ces inhibiteurs revet donc un interet fondamental pour la comprehension du mecanisme du complexe i. Par une strategie originale, nous avons pu isoler des mutants de r. Capsulatus resistants a la piericidine. Une mutation associee a cette resistance a pu etre identifiee au niveau de l'extremite c terminale de la proteine nuod. Ce resultat totalement inattendu remet en question la localisation generalement admise du site inhibiteur sur les sous-unites ndi ou nd4. La baisse d'activite associee tend a montrer que l'on a affecte le site de reduction des quinones ou le transfert des electrons. Enfin, la caracterisation biochimique des mutants a permis de classer de facon plus rigoureuse les inhibiteurs du complexe i.
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THEDREZ, PHILIPPE. "Ciblage therapeutique des cancers ovariens par des anticorps monoclonaux radiomarques." Nantes, 1989. http://www.theses.fr/1989NANT2004.
Full textAbstract:
Cette these presente une etude sur l'utilisation des anticorps monoclonaux radiomarques dans un but therapeutique en cancerologie. Des etudes de biodistribution de l'anticorps monoclonal oc125, qui possede une affinite specifique pour les cancers ovariens, ont ete realisees dans un modele animal greffe dans la cavite peritoneale avec un carcinome ovarien humain afin de determiner differents parametres tel que la specificite in vivo de l'anticorps, le mode d'injection et le type de radioelement. Des etudes de biodistribution chez les malades de l'oc125 marque a l'in111 sont analysees
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Li, Hong. "Azotobacter vinelandii Nitrogenase: Multiple Substrate-Reduction Sites and Effects of pH on Substrate Reduction and CO Inhibition." Diss., Virginia Tech, 2002. http://hdl.handle.net/10919/27608.
Full textAbstract:
Mo-nitrogenase consists of two component proteins, the Fe protein and the MoFe protein. The site of substrate binding and reduction within the Mo-nitrogenase is provided by a metallocluster, the FeMo cofactor, located in the a-subunit of the MoFe protein. The FeMo cofactorâ s polypeptide environment appears to be intimately involved in the delicate control of the MoFe proteinâ s interactions with its substrates and inhibitors (Fisher K et al., 2000c). In this work, the a-subunit 278-serine residue of the MoFe protein was targeted because (i) a serine residue at this position is conserved both in the Mo-nitrogenase from all organisms examined and in the alternative nitrogenases (Dean, DR and Jacobson MR, 1992); (ii) its hydroxyl group hydrogen bonds to the Sg of the a-subunit 275-cysteine residue that directly ligates the FeMo cofactor; and (iii) its proximity to the a-subunit 277-arginine residue, which may be involved in providing the entry/exit route for substrates and products (Shen J et al., 1997).
Altered MoFe proteins of A. vinelandii nitrogenase, with the a278Thr, a278Cys, a278Ala and a278Leu substitutions, were used to study the interactions of H+, C2H2, N2 and CO with the enzyme. All strains, except the a278Leu mutant strain, were Nif+. From measurement of the Km for C2H2 (C2H4 formation) for the altered MoFe proteins, the a278Ala and a278Cys MoFe proteins apparently bind C2H2 similarly to the wild type, whereas the a278Thr and the a278Leu MoFe proteins both have a Km ten-times higher than that of the wild type. Unlike wild type, these last two altered MoFe proteins both produce C2H6. These results suggest that C2H2 binding is affected by substitution at the a-278 position. Moreover, when reducing C2H2, the a278Ala and a278Cys MoFe proteins respond to the inhibitor CO similarly to the wild type, whereas C2H2 reduction catalyzed by the a278Thr MoFe protein is much more sensitive to CO. Under nonsaturating concentrations of CO, the a278Leu MoFe protein catalyzes the reduction of C2H2 with sigmoidal kinetics, which is consistent with inhibitor-induced cooperativity between at least two C2H4-evolving sites. This phenomenon was previously observed with the a277His MoFe protein, in which the a-subunit 277-arginine residue had been substituted (Shen J et al., 1997). Together, these data suggest that the MoFe protein has at least two C2H2-binding sites, one of which may be located near the a277-278 residues and, therefore, most likely on the Fe4S3 sub-cluster of the FeMo cofactor. Like the wild type, N2 is a competitive inhibitor of the reduction of C2H2 by the a278Thr, a278Cys and a278Ala MoFe proteins. Apparently, the binding of N2 in these altered MoFe proteins is similar to that with the wild type MoFe protein, suggesting that the aSer278 residue is not directly involved in N2 binding and reduction. Previous work suggested that both a high-affinity and low-affinity C2H2-binding site were present on the MoFe protein (Davis LC et al., 1979; Christiansen J et al., 2000). Our results are generally consistent with this suggestion.
Currently, there is not much information about the proton donors and how the protons necessary to complete all substrate-to-product transformations are transferred. The dependence of activity on pH (activity-pH profiles) has provided useful information about the nature of the groups involved in proton transfer to the FeMo cofactor and the bound substrate. Approximately bell-shaped activity-pH profiles were seen for all products from catalysis by all the MoFe proteins tested whether under Ar, in the presence of C2H2 as a substrate, or with CO as an inhibitor. The profiles suggested that at least two acid-base groups were required for catalytic activity. The pKa values of the deprotonated group and protonated group were determined from the pH that gave 50% maximum specific activity. These pKa values for the altered a278-substituted MoFe proteins and the a195Gln MoFe protein under various assay atmospheres were compared to those determined for the wild type. It was found that the pKa value of the deprotonated group was not affected by either substitution or changing the assay atmosphere. The wild type MoFe protein has a pKa (about 8.3) for the protonated group under 100% argon that was not affected very much by the substitution by Cys, Ala and Leu, whereas the Thr substitution shifted the pKa to about 8, which was the same as that of the wild type MoFe protein in the presence 10% CO. The pKa values for the protonated group for all the altered MoFe proteins were not changed with the addition of 10% CO. These results suggest that the aSer278 residue, through hydrogen bonding to a direct ligand of the FeMo cofactor, is not one of the acid-base groups required for activity. However, this residue may â fine-tuneâ the pKa of the responsible acid-base group(s) through interaction with the aHis195 residue, which has been suggested (Dilworth MJ et al., 1998; Fisher K et al., 2000b) to be involved in proton transfer to substrates, especially for N2 reduction. The activity-pH profiles under different atmospheres also support the idea that more than one proton pathway appears to be involved in catalysis, and specific pathway(s) may be used by individual substrates.Ph. D.
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Viola-Bettsworth, Florence. "Étude d'un complexe anticorps - haptène : détermination et modification par ingénierie génétique des éléments moléculaires impliqués dans cette interaction." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO10261.
Full textAbstract:
Le travail présenté dans ce rapport s'inscrit dans un projet d'ingénierie génétique et moléculaire qui a pour but l'amélioration de la sensibilité d'anticorps monoclonaux anti-œstradiol vis-à-vis de l'œstradiol naturel. En effet, obtenir des anticorps anti-stéroi͏̈des spécifiques et très affins est difficile en raison de la petite taille des molécules et des réactions croisées avec des analogues de structures très proche. À partir des hybridomes d'anticorps monoclonaux anti-œstradiol très spécifiques, les techniques de l'ADN recombinant nous ont permis d'isoler et amplifier les gènes codant la chaîne légère et la région Fd et d'en déterminer leur séquence nucléotidique. Les gènes codant les régions variables ont été assemblés en scFv ("single chain Fragment variable"), clonés et exprimés sous forme de protéines recombinantes. Les scFv ont été testés pour évaluer leur capacité à reconnaître l'œstradiol. Nous avons ensuite cartographié le paratope fonctionnel de l'anticorps 17E12E5, par une approche combinant modélisation moléculaire et mutagenèse dirigée. Les résultats ont été confirmés et complétés par la résolution de la structure tridimensionnelle du complexe à partir de cristaux de fragments de l'anticorps avec l'œstradiol naturel. À partir de ces différentes informations structurales et fonctionnelles, deux banques de variants du scFv 17E12e5 ont été construites. Ces banques ont été exprimées puis criblées via la technique de "phage display". Enfin, les variants isolés à l'issue de la sélection ont été caractérisés.
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Perot, Stéphanie. "Caractérisation et classification des sites de liaison : vers un modèle de prédiction du partenaire de l'interaction." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077135.
Full textAbstract:
Les sites de liaison, ou poches, sont à l'heure actuelle une des principales cibles des projets de découverte de médicaments, à l'intersection entre plusieurs champs de recherche, depuis la biologie structurale à la modélisation mathématique. L'objectif de mon travail de thèse a été de proposer une classification des poches au travers des appariements poche-ligand, classification qui pourrait permettre de proposer des processus de criblage virtuel poche-spécifiques. Après avoir défini et caractérisé les poches, et notamment la classe des poches dites druggables, nous avons mis en évidence cinq profils de poches auxquels correspondent cinq profils de ligands. Nous avons pu voir qu'un de ces cinq profils correspondait plus particulièrement aux poches druggables. Cette classification nous a amené à développer une méthode de prédiction du partenaire de l'interaction aux taux prometteurs. Cette méthode pourrait permettre, à partir d'une poche donnée, de déterminer le profil d'un ligand potentiel, et réciproquement, à partir d'un ligand donné, de caractériser le profil d'une poche potentiellePockets are today at the cornerstones of modem drug discovery projects and at the crossroad of several research fields, from structural biology to mathematical modeling. The goal of my PHD thesis has been to propose a pocket classification based on pocket ligand pairs. This classification could help in the development of pocket-specific virtual screening processes. We have first defined and characterized pockets and in particular druggable pockets. Then we have proposed a five-clusters pocket-ligand pairs classification which reveals five profiles of pockets corresponding to five profiles of ligands. We have seen that one of this profile contains more particularly druggable pockets. This classification have provided a basis to develop a binding partner prediction model, which show promising rates. This method could predict several ligand properties critical for binding to a given pocket, and conversly, several pocket properties for a given ligand
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Marsan, Laurent. "Inférence de motifs structurés : algorithmes et outils appliqués à la détection de sites de fixation dans le séquences génomiques." Marne-la-Vallée, 2002. http://www.theses.fr/2002MARN0128.
Full textAbstract:
Au cours de ce travail, nous nous sommes particulièrement intéressés à un problème de biologie moléculaire: la détection de sites de fixation dans des séquences d'ADN. Ce problème, perçu sous un certain angle, trouve des solutions variées grâce aux travaux réalisés en algorithmique du texte. Après une présentation des spécificités de ces sites, nous passons en revue les représentations informatiques existantes utilisées pour les modéliser. Puis, nous faisons état des différents travaux algorithmiques effectués dans le domaine de leur détection. La pertinence des principales approches est discutée. Nous essayons en particulier de présenter les différents aspects du compromis qui paraît inévitable entre sensibilité et complexité quand on traite un tel problème. Notre apport consiste ensuite à développer une nouvelle représentation pour les sites de fixation. Celle-ci prend en compte une caractéristique de certains d'entre eux: leur capacité à s'associer sous certaines contraintes. Nous introduisons la notion de modèle structuré, et développons plusieurs algorithmes combinatoires exacts de détection de tels modèles. Nous présentons ensuite l'outil que nous avons conçu à partir de ces algorithmes, dénommé SMILE. Nous ramenant au problème biologique qui a motivé ces travaux algorithmiques, nous appliquons cet outil à l'inférence de sites de fixation connus et inconnus dans des jeux de séquences nucléiques expérimentaux ou directement issus de génomes complets. Les résultats de ces expériences sont comparés avec ceux qu'obtiennent certains outils couramment utilisés sur les mêmes jeux de données, et leur pertinence biologique est discutée. Pour finir, nous jugeons l'apport des modèles structurés et esquissons plusieurs directions à explorer pour améliorer la détection de sites de fixation. Les représentations, algorithmes et outils développés dans cette thèse sont généraux, et peuvent donc être appliqués à l'extraction de tous types de signaux structurés et approchés, communs à plusieurs séquences. En particulier, ils peuvent d'ores et déjà être utilisés pour inférer des motifs dans des séquences protéiquesIn this work, we concentrated our interest on a problem in molecular biology: the detection of binding sites in DNA sequences. This problem, from a certain point of view, finds diverse solutions in text algorithmics. We first present the specificity of such sites, and look at the existing representations used to modelize them. We then review the existing algorithms aimed at detecting these sites, and try to evaluate the pertinence of the main approaches employed. In particular, we try to discuss the trade off that exists between sensibility and complexity when dealing with such a problem. Our work consists in developing a new representation for binding sites, which incorporates one of the main characteristics of some of them: their ability to appear associated in a more or less constrained manner. We introduce the notion of a structured model, develop several exact combinatorial algorithms to infer such models, and present the software, called SMILE, we made using these algorithms. Going back to the biological problem which motivated this work, we apply our tool to infer known and unknown binding sites in a few sets of DNA sequences. The results of these experiments are compared to those obtained by some of the most used software on the same sets of sequences. We then discuss of the biological pertinence of all these results. Finally, we try to place our work in the current context, and define several directions to explore to improve the inference of binding sites. The algorithms and tools we made are all generic, they can be applied to extract any kind of structured signals that are common to a set of sequences. In particular, they can already treat protein sequences
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Rostaing-Capaillon, Odile. "Optimisation de l'efficacité antitumorale des immunotoxines "in vivo"." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20188.
Full textAbstract:
L'utilisation des immunotoxines in vivo rencontre de nombreuses difficultes dont les principales sont une faible localisation tumorale apres injection intraveineuses et une activite cytotoxique insuffisante. L'amelioration de la capacite de ciblage des immunotoxines a chaine a de ricine eeeeea ete realisee grace a l'utilisation de fragments d'anticorps f(ab)2 et fab qui reduisent la taillee de l'immunotoxine et facilitent son extravasation et grace a la deglycosylation de la chaine a qui ralentit considerablement la clairance plasmatique de l'immunotoxine. Toutefois, seule l'injection intratumorale permet d'obtenir une saturation des antigenes cibles. Des facteurs specifique et non-specifique sont responsables de l'inactivation du site de fixation de l'anticorps, ce qui limite la capacite de ciblage de l'immunotoxine circulante mais l'activite cytotoxique des immunotoxines associees aux cellules tumorales est preservee. L'efficacite cytotoxique des immunotoxines in vivo est liee au nombre de molecules fixees par cellule. Cependant, meme apres saturation des antigenes cibles, l'effet antitumoral reste limite. L'injection intratumorale du conjugue albumine-monensine permet alors d'eradiquer une large masse tumorale constituee d'au moins huit cent millions de cellules par souris, meme si la localisation tumorale de l'immunotoxine est reduite
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TARTAVEL, MERMET SYLVIE. "Hypothyroidie neonatale transitoire chez un nouveau-ne de mere presentant une thyroidite d'hashimoto : presence chez la mere et l'enfant d'anticorps bloquant la fixation de tsh a ses recepteurs." Saint-Etienne, 1989. http://www.theses.fr/1989STET6206.
Full text
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Lambrecht, Valérie. "Régulation des sites de fixation du FGF-2 des cellules épithéliales mammaires normales et cancéreuses par des inhibiteurs de prolifération." Lille 1, 1997. http://www.theses.fr/1997LIL10095.
Full textAbstract:
Le FGF-2, facteur de croissance ubiquitaire à large spectre d'action, exerce ses activités biologiques par l'intermédiaire de deux catégories de sites de fixation : des récepteurs membranaires de haute affinité à activité tyrosine kinase (FGFr) et des sites de liaison de basse affinité correspondant à des protéoglycanes de type héparane sulfate (HSPg). Ce facteur stimule de manière autocrine la prolifération et la migration d'un grand nombre de cellules cancéreuses et semble par conséquent jouer un rôle important dans la croissance tumorale et la formation de métastases. Afin d'apprécier le rôle du FGF-2 dans le contrôle de la cancérogenèse mammaire, nous avons recherche la régulation des sites de fixation de ce facteur après avoir tente de restituer aux cellules cancéreuses mammaires une physiologie normale, tant sur le plan de leur prolifération que de leur mobilité, en les soumettant a l'action d'inhibiteurs de prolifération et/ou d'inducteurs de différenciation : le TGF1, le butyrate de sodium (NAB) et l'acide rétinoique (RA). Notre étude a porte sur deux lignées cancéreuses différant par leur statut de dépendance hormonale et leur pouvoir métastatique ainsi que sur des cellules épithéliales mammaires normales issues de réductions mammaires et servant de témoin. Il apparaît que chacun des inhibiteurs utilises agit de façon particulière sur la prolifération/différenciation et le système UPA/pai-1 (système régule par le FGF-2 et intervenant dans la migration cellulaire). Le TGF1, bien que bon inhibiteur de la prolifération et du système UPA/pai-1 des cellules normales, n'exerce aucun effet favorable sur la normalisation des cellules cancéreusesLe ra est capable de réduire la croissance et d'induire une faible différenciation des seules cellules cancéreuses hormono-dependantes ; il n'entraîne cependant aucune diminution de l'activité UPA des cellules mammaires. Le NAB se révèle être un bon agent anticancéreux, capable de réduire a la fois la prolifération et le système UPA/pai-1 des cellules et pouvant en outre réorienter les cellules cancéreuses hormono-dépendantes vers un phénotype de cellules mammaires normales. Nous avons ainsi obtenu des situations expérimentales variées permettant l'étude de la régulation des sites de liaison du FGF-2. Aucun des agents utilises ne modifie de façon significative le nombre et l'affinité des FGFr mais le TGF1 et le NAB réduisent la prolifération cellulaire et l'activité UPA tout en augmentant la synthèse des HSPg. Ces deux agents pourraient donc exercer leurs effets biologiques en réduisant la biodisponibilité du FGF-2 endogène par séquestration dans les HSPg néosynthétisés. Afin de vérifier cette hypothèse nous avons soumis les cellules a l 'action des carraghenanes, recréant ainsi un environnement cellulaire proche de celui obtenu après action du TGF1 et du NAB. Nous avons observe que ces molécules régulent différemment la prolifération et l'activité UPA des cellules mammaires suggérant ainsi que le FGF-2 agit de manière distincte selon le statut normal ou cancéreux des cellules : ce facteur de croissance n'affecterait que la prolifération des cellules normales alors qu'il influencerait a la fois la prolifération et l'activité UPA des cellules tumorales. L'ensemble de nos résultats souligne donc le rôle important des HSPg dans le contrôle de la prolifération et de l'activité UPA des cellules cancéreuses mammaires
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Arfaoui, Mounir. "Étude structurale et électronique des sites de fixation de biomolécules par modélisation ab-initio de spectres d'absorption des rayons X." Paris 6, 2008. https://hal.science/tel-04469788.
Full textAbstract:
Les métalloprotéines utilisent les propriétés chimiques de leur site actif, un métal de transition, afin d'accomplir un large éventail de processus biologiques. Une description détaillée de la géométrie autour de ces sites est un pré-requis pour comprendre leur mode de fonctionnement et à terme synthétiser des molécules thérapeutiques. Le XANES (X-ray Absorption Near Edge Structure) est une spectroscopie capable de fournir une description locale fine autour de l'atome absorbeur. A l'aide de modélisation ab-initio de spectres XANES, nous montrons qu'il est possible de discriminer entre des modèles structuraux obtenus par diffraction des rayons X à haute résolution. La méthode de calcul reposant sur la théorie de la fonctionelle de la densité utilise une base d'ondes planes. Nous l'avons appliquée pour analyser le site du fer dans différents dérivés de la myoglobine et le site du cobalt dans la méthyle-cobaloxime, un composé modèle pour la vitamine B12. Une attention particulière est portée à la description des états électroniques impliqués dans la liaison chimique au travers de la région du préseuil K du métalMetalloproteins use the chemical properties of their active site, a transition metal, to carry out a wide range of biological processes. A detailed description of the geometry around these sites is a prerequisite for understanding their mode of operation and ultimately synthesizing therapeutic molecules. The XANES (X-ray Absorption Near Edge Structure) is a spectroscopy capable of providing a fine local description around the absorbing atom. Using ab-initio modeling of XANES spectra, we show that it is possible to discriminate between structural models obtained by high-resolution X-ray diffraction. The calculation method based on density functional theory uses a plane wave basis. We applied it to analyze the iron site in different derivatives of myoglobin and the cobalt site in methyl-cobaloxime, a model compound for vitamin B12. Special attention is paid to the description of the electronic states involved in the chemical bond through the K pre-edge region of the metal
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Michel, Laurent. "Etude topographique des sites de fixation du phosphate, du pyrophosphate et de l'ADP sur l'ATPase mitochondriale de coeur de boeuf." Grenoble 1, 1992. http://www.theses.fr/1992GRE10205.
Full textAbstract:
Les h#+-atpases impliquees dans la chaine d'oxidation phosphorylante sont composees d'un canal a protons (f#0) et d'un secteur hydrophile (f#1) qui contient les sites catalytiques. Cette etude porte sur la structure de sites d'interaction entre f#1 isole de mitochondries de cur de buf et certains de ses ligands par une approche de photomarquage. Le pyrophosphate (ppi) possede trois sites de fixation sur f#1. Un analogue photoactivable du ppi, le (#3#2p)azido-ppi, a ete synthetise et ses caracteristiques de fixation a l'equilibre ont ete etudiees. Les sites occupes par le ppi sont au cur d'un reseau d'interaction avec les autres sites ligands, a une interface entre sous-unites alpha et beta. Sur beta, les sites de fixation sont les residus tyr 311 et tyr 345. Sur alpha, le marquage est porte par les peptides cb3 et cb8. 9. Nous faisons l'hypothese que ces regions peptidiques constituent une zone charniere entre sites catalytiques et non catalytiques. Le fluorure de beryllium est capable d'inhiber f#1 en induisant la formation d'un complexe abortif. Avec deux sites echangeables bloques, ce f#1 inhibe fixe toujours les memes quantites de ppi. Une etude de photomarquage a ete realisee sur cet etat de f#1. L'analogue de phosphate (anpp) se fixe dans la region beta-tyr 311, dont la structure du site est peu modifiee par rapport a la conformation native. La cartographie du site phosphate sur f#1 de chloroplastes a ete realisee et le residu beta-tyr 328 a ete identifie comme porteur du marqueur anpp. Ce residu est homologue de la beta-tyr 311 du f#1-mitochondrial
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Muller, Noëlle. "Sites de fixation des anti-inflammatoires non stéroïdiens à la sérum albumine humaine : importance de la stéréochimie et des facteurs physicochimiques." Nancy 1, 1992. http://www.theses.fr/1992NAN10417.
Full text
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Hondermarck, Hubert. "Expression de sites de fixation des "Fibroblast Growth Factors" (FGFs) acide et basique au cours du développement du cerveau de poulet." Lille 1, 1990. http://www.theses.fr/1990LIL10142.
Full textAbstract:
Les « fibroblast growth factors » acide et basique (FGFa et FGFb) sont des facteurs de croissance présents en quantités importantes dans le cerveau, mais dont la fonction dans cet organe reste inconnue. La prolifération cellulaire, évaluée par mesure de l'incorporation de 3H-thymidine, diminue au cours du développement du cerveau et particulièrement entre E7 et E10 puis à la naissance. La différenciation neuronale, évaluée par mesure des taux de neurotransmetteurs aminergiques, augmente au cours du développement et notamment entre E10 et E15. Les quantités de FGFa et b, déterminées par mesures de l'activité biologique et dosages immunologiques augmentent de façon importante entre E10 et E15. L'utilisation de techniques de dosage radiorécepteur et de pontage moléculaire révèle que le FGFa et FGFb interagissent au niveau de sites de fixation communs sur les membranes de cerveau. Deux catégories de sites de fixation spécifiques des FGFs ont été détectées : les sites de fixation à haute affinité et les sites de fixation à basse affinité. Les sites de fixation à haute affinité correspondent à des récepteurs de poids moléculaires apparents proches de 130 et 95 kDa. La capacité membranaire de ces récepteurs diminue au cours du développement du cerveau et particulièrement entre E7 et E10 puis entre P1 et l'état adulteCette diminution du nombre de récepteurs est similaire à la diminution de la quantité d'ARNm correspondant au gène BEK. Les sites de fixation à basse affinité sont généralement considérés comme étant des glycosaminoglycannes. L'extraction des glycosaminoglycannes du cerveau (E15) a permis de montrer que seuls les héparane sulfates fixent les FGFs, leur poids moléculaire est proche de 15 et 65 kDa et leur interaction avec le FGFb est définie par un Kd de 5 nM. Ces héparanes sulfates empêchent la fixation du FGFb sur les membranes de cerveau et inhibent l'activité mitogène de ce facteur de croissance. Une étude radioautographique montre que les héparanes sulfates fixant le FGFb sont localisés au niveau de l’ensemble du cerveau et particulièrement dans les éléments vasculaires. L’ensemble de ces résultats permet d’aborder l’activité biologique des FGFs au cours du développement du cerveau, qui semble régulée par l’expression de sites de fixation à haute et à basse affinité pour ces facteurs de croissance
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Duranthon, Véronique. "Interactions spécifiques des HDL et des LDL avec la membrane basolaterale des cellules épithéliales intestinales chez le porc : caractérisation et effets d'un régime déficient en acides gras essentiels." Paris 7, 1992. http://www.theses.fr/1992PA077319.
Full text
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Chopin, Christine. "Interactions entre nitrates, nitrites et protéines du lait : mise en évidence, paramètres et sites de fixation, influence des traitements thermiques : aspects méthodologiques." Dijon, 1985. http://www.theses.fr/1985DIJOS003.
Full textAbstract:
Le présent travail a pour objet, dans une premiere partie, de determiner si les oxydes d'azote reagissent au niveau des proteines laitieres, et d'etudier les parametres de cette réaction. Est abordée, ensuite, l'étude des sites potentiels de fixation des oxydes d'azote par des methodes de fractionnement et de purification des proteines et des methodes enzymatiques. Enfin, on etudie la specificité de la methode de Griess pour des produits laitiers chauffées en utilisant en parallele une nouvelle methode d'analyse des nitrites-nitrates, la chromatographie liquide haute performance.
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Denys, Agnès. "Les récepteurs lymphocytaires de la cyclophiline B : mise en évidence de deux sites de fixation membranaires : rôle de la CyPB dans l'immunosuppression." Lille 1, 1997. http://www.theses.fr/1997LIL10175.
Full textAbstract:
La cyclophiline b (cypb) est une immunophiline qui possede une activite peptidyl-prolyl cis/trans isomerase et qui fixe la cyclosporine (csa), un puissant immunosuppresseur utilise dans la prevention des rejets de greffe. Decrite comme une proteine residente du reticulum endoplasmique, elle a egalement ete caracterisee dans le lait et le plasma humain. Afin de comprendre les roles de la cypb extracellulaire, nous avons etudie ses proprietes de fixation a la surface des cellules t et son role potentiel dans l'activite immunosuppressive de la csa. Ainsi, nous avons mis en evidence sur les lymphocytes t une fixation specifique et reversible, avec un kd de l'ordre de 12 nm. Les sites de fixation se distribuent entre les differentes sous-populations lymphocytaires t, avec une preference pour les cellules cd4#+. Ces sites de fixation seraient constitues d'une part de glycosaminoglycannes de type heparine reconnaissant l'extremite n-terminale basique de la cypb et d'autre part, de recepteurs proteiques interagissant avec une region de la cypb impliquee dans la fixation de la csa et dans son activite enzymatique. La fixation de la cypb a la surface des lymphocytes qui induit un flux calcique membranaire, est suivie d'une endocytose et d'une degradation intracellulaire de la cypb. L'inhibition du flux calcique en presence de csa, suggere que l'induction de ce flux depend de l'interaction de la cypb avec les recepteurs de nature proteique, interaction qui est inhibee en presence de csa. Par contre, les sites de fixation de type heparine ne sont pas inhibes en presence de csa et sont capables de fixer le complexe cypb/csaCes interactions favorisent ainsi le ciblage de la csa vers les cellules lymphocytaires qui expriment ces sites de fixation. Le complexe cypb/csa augmente l'activite immunosuppressive de la csa et reduit considerablement in vitro les variations inter-individuelles de sensibilite au medicament. La mesure du taux plasmatique de la cypb chez des sujets sains et des patients traites a la csa a revele une augmentation significative de la concentration de la cypb chez ces derniers. Le fait que cette augmentation favorise la formation du complexe cypb/csa ainsi que l'activite immunosuppressive de la csa, laisse entrevoir une application clinique de la cypb, en particulier chez les patients resistants a la csa
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Issartel, Jean-Paul. "ATPases F de la bactérie Escherichia coli et de la mitochondrie de coeur de boeuf sites de fixation des nucléotides et de l'aurovertine." Grenoble 2 : ANRT, 1986. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37598438s.
Full text
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Mougel, Marylène. "Mécanisme de reconnaissance ARN-protéine dans le ribosome d'Escherichia coli étude des sites de fixation des protéines S8 et S15 sur l'ARN 16S /." Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb376082643.
Full text
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Mougel, Marylène. "Mecanisme de reconnaissance arn-proteine dans le risobome d'escherichia coli : etude des sites de fixation des proteines s8 et s15 sur l'arn 16s." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1987. http://www.theses.fr/1987STR13198.
Full text
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ARKHIS, MOHAMMED. "Etude des mecanismes et des sites de fixation des ions dans les zeolites : methodes d'echanges cycliques, spectrometrie electronique et microscopie electronique a transmission." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1992. http://www.theses.fr/1992STR13013.
Full textAbstract:
Les zeolites font partie de la grande famille des aluminosilicates naturels. Le but recherche dans ce travail etait d'etudier les differents modes de fixation d'ions dans les zeolites et ceci grace a notre approche originale par les echanges cycliques appuyes par des etudes de spectrometrie electronique (esca) et microscopie electronique par transmission utilisee en mode haute resolution. Par les echanges cycliques nous avons pu mettre en evidence, dans le cas d'une zeolite saturee en calcium, qu'au moins trois mecanismes d'echange interviennent: fixation ionique reversible. Fixation ionique irreversible. Fixation moleculaire type cacl#2. Par la methode esca, nous avons mis en evidence l'existence de deux types de liaison du calcium dans la meme zeolite. Par la microscopie electronique a transmission utilisee en mode haute resolution, nous avons d'une part reussi a obtenir l'image structurale de la zeolite et d'autre part correle les variations des espacements entre les franges dues aux plans reticulaires (111) de la zeolite aux diametres des ions incorpores dans cette meme zeolite. Cette etude nous a permis d'avancer des hypotheses sur la localisation des ions
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Dessailly, Benoît. "Binding sites in protein structures: characterisation and relation with destabilising regions." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2007. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210668.
Full textAbstract:
An increasing number of proteins with unknown function have their three-dimensional structure solved at high resolution. This situation, largely due to structural genomics initiatives, has been stimulating the development of automated structure-based function prediction methods. Knowledge of residues important for function – and more particularly – for binding can help automated prediction of function in different ways. The properties of a binding site such as its shape or amino acid composition can provide clues on the ligand that may bind to it. Also, having information on functionally important regions in similar proteins can refine the process of annotation transfer between homologues.Experimental results indicate that functional residues often have an unfavourable contribution to the stability of the folded state of a protein. This observation is the underlying principle of several computational methods for predicting the location of functional sites in protein structures. These methods search protein structures for destabilising residues, with the assumption that these are likely to be important for function.
We have developed a method to detect clusters of destabilising residues which are in close spatial proximity within a protein structure. Individual residue contributions to protein stability are evaluated using detailed atomic models and an energy function based on fundamental physico-chemical principles.
Our overall aim in this work was to evaluate the overlap between these clusters of destabilising residues and known binding sites in proteins.
Unfortunately, reliable benchmark datasets of known binding sites in proteins are sorely lacking. Therefore, we have undertaken a comprehensive approach to define binding sites unambiguously from structural data. We have rigorously identified seven issues which should be considered when constructing datasets of binding sites to validate prediction methods, and we present the construction of two new datasets in which these problems are handled. In this regard, our work constitute a major improvement over previous studies in the field.
Our first dataset consists of 70 proteins with binding sites for diverse types of ligands (e.g. nucleic acids, metal ions) and was constructed using all available data, including literature curation. The second dataset contains 192 proteins with binding sites for small ligands and polysaccharides, does not require literature curation, and can therefore be automatically updated.
We have used our dataset of 70 proteins to evaluate the overlap between destabilising regions and binding sites (the second dataset of 192 proteins was not used for that evaluation as it constitutes a later improvement). The overlap is on average limited but significantly larger than random. The extent of the overlap varies with the type of bound ligand. Significant overlap is obtained for most polysaccharide- and small ligand-binding sites, whereas no overlap is observed for nucleic acid-binding sites. These differences are rationalised in terms of the geometry and energetics of the binding sites.
Although destabilising regions, as detected in this work, can in general not be used to predict all types of binding sites in protein structures, they can provide useful information, particularly on the location of binding sites for polysaccharides and small ligands.
In addition, our datasets of binding sites in proteins should help other researchers to derive and validate new function prediction methods. We also hope that the criteria which we use to define binding sites may be useful in setting future standards in other analyses.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Brandebourger, Micheline. "Les liaisons sanguines de la ceftriaxone : interactions avec d'autres médicaments et substances endogènes : contribution à l'étude des sites de fixation des médicaments sur l'albumine." Paris 12, 1990. http://www.theses.fr/1990PA120005.
Full textAbstract:
La liaison sanguine de la ceftriaxone, comme celle de nombreux medicaments acides faibles, s'effectue selon un mode saturable, sur un site unique de la sah, avec une affinite moderee. La liaison au serum varie avec l'age du sujet. La ceftriaxone se fixe sur un site proche de celui de la warfarine, commun aux autres cephalosporines et a une grande partie des anti-inflammatoires non steroidiens, independant des sites du diazepam et de la digitoxine. La bilirubine inhibe fortement la fixation serique de la ceftriaxone: le pourcentage de medicament lie est correle aux concentrations de bilirubine et de sah. A l'inverse, la presence de ceftriaxone provoque une augmentation de la concentration de bilirubine libre; celle-ci semble etre, au moins partiellement, responsable de la survenue de l'ictere nucleaire chez le nouveau-ne. Nous avons pu mettre en evidence que le caractere polaire et hydrophile des medicaments constitue un facteur determinant pour leur interaction avec la bilirubine. Enfin, nous avons montre que, contrairement a ce qui avait ete observe pour d'autres antibiotiques, la presence d'albumine n'influe pas sur l'activite antibacterienne de la ceftriaxone
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Zinn-Justin, Sophie. "Etude structurale du site toxique et de deux sites antigéniques d'une toxine curaremimétique." Châtenay-Malabry, Ecole centrale de Paris, 1993. http://www.theses.fr/1993ECAP0326.
Full textAbstract:
Le but de l'étude présentée dans ce document est de montrer l'apport de la détermination de la structure tridimensionnelle en solution de la toxine extraite du venin du naja nigricollis a la compréhension des mécanismes biologiques dans lesquels la toxine est impliquée. Cette étude comprend trois parties. Dans une première partie, la résolution de la structure tridimensionnelle de la toxine (61 acides amines, 4 ponts disulfure) est présentée. Le repliement de la toxine consiste en 3 boucles principales stabilisées par 3 ponts disulfure et 1 boucle c-terminale de plus petite taille stabilisée par un 4eme pont disulfure. Cette structure est très proche de celle d'une autre toxine de serpent, l'erabutoxine B, telle qu'elle a été déterminée par radiocristallographie. En revanche, aucune des molécules d'eau observées dans le cristal d'erabutoxine B n'a pu être mis en évidence par RMN sur la toxine. L'analyse des vitesses d'échange des protons amide de la toxine a plusieurs températures a permis d'aborder l'étude de la dynamique de la toxine. Dans une deuxième partie, les sites antigéniques correspondant a deux anticorps neutralisant l'activité toxique de la toxine ont été identifies. La comparaison de ces sites avec le site toxique a permis d'élucider les événements moléculaires associes au mécanisme de neutralisation. Dans une dernière partie, la connaissance de la structure du site toxique a permis de tenter de reconstruire ce site au sein d'une plateforme structurale stable et de petite taille
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Michels, Solange. "Caractérisation des sites de fixation anionique de la glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase NAD-dépendante : relation avec la glycéradéhyde-3-phosphate déshydrogénase non phosphorylante NADP-dépendante." Nancy 1, 1995. http://www.theses.fr/1995NAN10380.
Full textAbstract:
La détermination de la structure tridimensionnelle de la glycéraldéhyde-3-phosphate déshydrogénase (GAPDH) phosphorylante NAD-dépendante en présence de sulfate d'ammonium avait permis de mettre en évidence deux sites de reconnaissance anionique auxquels on a attribué la fixation des groupements phosphates des deux substrats: le site Ps et le site Pi. Le premier volet de cette thèse consistait à caractériser ces deux sites de fixation anionique. Pour cela, les différents résidus participant à la composition de ces sites ont été mutés pour la GAPDH de Bacillus stearothermophilus. Les propriétés cinétiques de ces mutants ont été déterminées par des études de cinétique à l'état stationnaire et par des études de cinétique en mélange rapide et comparées à celles de l'enzyme de type sauvage. Nous présentons ici des arguments qui suggèrent que le groupement phosphate du glyceraldehyde-3-phosphate interagit avec le site Pi lors de l'étape précédant la formation de l'acylenzyme. L’étude de l'étape associée à la phosphorylation montre que cette étape devient limitante pour tous les mutants, contrairement à l'enzyme de type sauvage pour laquelle l'étape limitante est le relargage du NADH. D’autre part, nous montrons que l'étape associée à la phosphorylation est davantage perturbée pour des mutants du site Ps que pour les mutants du site Pi. Cependant, nos résultats ne permettent pas de définir, avec certitude, le site qui fixe le phosphate inorganique lors de l'étape de phosphorylation. Le deuxième volet de cette thèse consistait à définir l'origine ancestrale de la GAPDH non phosphorylante NADP-dépendante. La détermination de sa stéréospécificité de transfert d'hydrure, ainsi que la détermination de trois structures primaires suggèrent que cette enzyme et la GAPDH phosphorylante n'ont pas évolué à partir d'un ancêtre commun, mais qu'elle appartient probablement à la même famille de protéines que les aldéhydes déshydrogénases non phosphorylantes
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Cau, Pierre. "Localisation des sites recepteurs pour les toxines de scorpion : aspects methodologiques." Aix-Marseille 2, 1987. http://www.theses.fr/1987AIX22079.
Full text
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DERAMAUDT, BERTRAND. "Role des proto-oncogenes fli-1 et erg dans l'expression du gene de l'heme oxygenase-1 humaine, caracterisation et etude de leurs sites de fixation a l'adn." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2001. http://www.theses.fr/2001STR13089.
Full textAbstract:
L'heme oxygenase-1 (ho1) est une enzyme degradant l'heme en biliverdine, fer et monoxyde de carbone. On observe une surexpression de ho-1 dans de nombreuses pathologies. La regulation du gene ho-1 est encore mal connue, du fait des nombreux transactivateurs susceptibles de moduler son expression. Le promoteur du gene ho-1 presente de nombreux sites de liaison de differents facteurs de transcription dont certains pourraient etre reconnus par des membres de la famille des genes ets. Cette famille de genes code pour des facteurs de transcription se liant a l'adn sur des sequences caracterisees par un motif cur gga(a/t) et sont notamment impliques dans la regulation de genes intervenant dans l'angiogenese. De nombreuses etudes ont montre l'expression du gene ho-1 durant la cicatrisation, l'inflammation ou la croissance des muscles lisses, mais le role direct du gene ho-1 dans l'angiogenese est peu documente. Pour ce faire, nous avons utilise un modele d'angiogenese in vitro et montre que des cellules endotheliales transformees de maniere stable et surexprimant le gene humain ho-1, croissent plus vite et forment un reseau plus fourni que des cellules non transformees. Des essais ovocytaires nous ont permis de mettre en evidence une regulation negative du gene ho-1 entre les nucleotides-1163 et -1004 et la levee de cette inhibition par les proteines fli-1, erg et ets-1 au travers d'une region comprise entre les nucleotides -1412 et -1322. En utilisant une methode de selection et d'amplification d'oligonucleotides de sequences aleatoires un motif consensus de liaison a l'adn pour erg et fli-1 a ete determine et s'avere etre pratiquement identique pour ces deux proteines : aaccggaary. Les proteines erg et fli-1 n'ayant pas de reelle difference d'affinite et de sequence vis-a-vis de leur motif de liaison a l'adn, leur difference d'action pourrait s'expliquer par l'intervention de partenaires proteiques modulant leur affinite et leur activite.
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Wendehenne, David. "Caractérisation des sites de fixation de la cryptogéine, un éliciteur des réactions de défense chez le tabac (Nicotiana tabacum) et rôle du calcium dans la transduction du signal." Dijon, 1996. http://www.theses.fr/1996DIJOS021.
Full textAbstract:
Ce travail est une contribution à l'étude du mode d'action de la cryptogéine, un éliciteur protéique des réactions de défense chez le tabac. Nous avons démontré l'existence de sites de fixation spécifiques de la cryptogéine sur le plasmalemme de feuilles de tabac. Nous avons en parallèle tente d'identifier le récepteur de la cryptogéine à partir d'une banque de tabac exprimée dans le système d'expression cos. Suite à l'étape de reconnaissance, la cryptogéine induit très rapidement dans les cellules de tabac un influx massif de calcium précédé d'un mécanisme de phosphorylation. Cet influx est essentiel à l'initiation et au maintien des réponses induites par la cryptogéine. L'influx de calcium pourrait résulter de la mobilisation d'un canal calcique non voltage-dépendant. En conclusion, la transduction du signal cryptogéine implique différents seconds messagers ainsi que plusieurs protéines de la membrane plasmique.