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Academic literature on the topic 'Sequenze'

Author: Grafiati

Published: 10 March 2023

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Journal articles on the topic "Sequenze"

1

Manfrè, L., C. Sarno, M. Laconi, A. Mangiameli, and R. Lagalla. "Fast Spin Echo e Spin-Echo." Rivista di Neuroradiologia 7, no. 4 (August 1994): 579–93. http://dx.doi.org/10.1177/197140099400700404.

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Abstract:

Uno dei maggiori problemi connessi alio studio del SNC di pazienti in età pediatrica con RM è indubbiamente costituito dalla durata dell'esame stesso, che impone sovente la necessità di una sedazione farmacologica del paziente e limita allo stretto indispensabile il numero delle acquisizioni effettuate. Appare pertanto facilmente intuibile l'entusiasmo rivolto verso nuovi tipi di sequenze che presentino quale caratteristica principale una drastica riduzione dei tempi di acquisizione pur mantenendo un'affidabile qualità diagnostica. Le sequenze di tipo Fast-Spin-Echo (FSE) costituiscono il successivo sviluppo delle sequenze denominate RARE (Rapid Acquisition Relaxation Enhanced) descritte da Henning nel 1986, abbinando la semeiotica di segnale RM delle convenzionali sequenze in Spin-Echo (Conventional Spin-Echo o CSE), largamente più diffuse, al vantaggio di un rapido tempo di acquisizione (figure 1, 2). La sequenza FSE, tuttavia, per le caratteristiche tecniche che la contraddistinguono, non può essere considerata semplicisticamente come una sequenza Spin-Echo veloce: la sua applicazione nella pratica quotidiana merita pertanto — al pari di quanto già fatto per sequenze ormai diffusamente utilizzate quali la Spin-Echo e la Gradient-Echo — una approfondita analisi delle capacità intrinseche e delle potenzialità diagnostiche. Il nostro scopo è stato quello di esaminare comparativamente le immagini ottenute, mediante sequenze FSE e CSE, in 78 pazienti in età pediatrica, valutando non solo la qualità diagnostica delle Stesse (nel normale e nel patologico), ma effettuando anche una analisi quantitativa del segnale rilevato e del contrasto relativo esistente tra le diverse componenti tissutali visualizzate.

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2

Ettorre, G. C., A. P. Garribba, A. Tirelli, P. Lavezzi, M. P. Bondioni, and A. Chiesa. "L'impiego delle sequenze 3DFT-CISS nello studio RM dell'orecchio interno." Rivista di Neuroradiologia 8, no. 4 (August 1995): 497–512. http://dx.doi.org/10.1177/197140099500800404.

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Abstract:

L'impiego in risonanza magnetica delle sequenze 3DFT-CISS consente una rappresentazione anatomica dettagliata delle strutture dell'orecchio interno grazie alle possibilità di ottenere strati sottili ad alta risoluzione spaziale e di contrasto. Gli autori riportano la loro esperienza nello studio dell'anatomia dell'orecchio interno mediante imaging RM con sequenze 3DFT-CISS ed analizzano, nei casi patologici, i risultati ottenuti comparativamente con sequenze Spin-Echo (SE) convenzionali. 126 pazienti con deficit uditivo neurosensoriale sono stati sottoposti a RM delle rocche petrose secondo un protocollo che ha previsto l'impiego di sequenze SE convenzionali e sequenze 3DFT-CISS. In tutte le rocche petrose giudicate normali le sequenze 3DFT-CISS hanno consentito una rappresentazione anatomica definita e dettagliata della coclea, del canale semicircolare laterale e del vestibolo nel 100% dei casi, del canale semicircolare posteriore e superiore rispettivamente nel 92% e nell'89% dei casi. Il VII nervo cranico e le branche cocleare, vestibolare superiore e vestibolare inferiore dell'VIII sono state identificate rispettivamente nell'89%, 95%, 80% ed 87% dei casi. Nei casi patologici l'apporto delle sequenze 3DFT-CISS è stato giudicato decisivo nelle malformazioni, nei conflitti neuro-vascolari e nell'otosclerosi cocleare obliterativa. La loro utilizzazione ha escluso nei casi di labirintite la presenza di un processo espansivo intralabirintico. Nella patologia espansiva del nervo acustico le sequenze 3DFT-CISS hanno consentito sempre l'identificazione del processo espansivo e sono risultate superiori alle sequenze SE T2 nella definizione spaziale del tumore, anche se non hanno fornito ulteriori informazioni rispetto alle sequenze SE T1 senza Gadolinio. Gli autori, in conclusione, ritengono che l'impiego delle sequenze 3DFT-CISS in associazione con sequenze SE T1 senza e con mezzo di contrasto possono rappresentare una ottima combinazione per un approccio RM di prima istanza in tutti i deficit uditivi neurosensoriali.

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3

Tosini, Giorgio, Carlo Cristini, and Bruno Mario Cesana. "Sequenze di scene di violenza non giustificata e giustificata, condotte aggressive e affettivitŕ." RICERCHE DI PSICOLOGIA, no. 1 (March 2010): 21–46. http://dx.doi.org/10.3280/rip2009-001002.

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Abstract:

Lo scopo principale di questa ricerca č la valutazione dell'effetto della visione di scene violente su un gruppo di studenti universitari (30 f, 30 m), presentate in due differenti sequenze: una scena di violenza "giustificata" seguita da una di violenza "non giustificata" o viceversa. Si sono utilizzati i seguenti questionari: 1) prima e dopo le sequenze, Questionario I-R sulle condotte aggressive, Scala d'Ansia ASQ-IPAT; 2) dopo ogni singola scena, Questionario self-report per valutare intensitŕ e tono edonico delle emozioni provate e il livello di giustificazione della violenza della scena. Sono stati esaminati anche processi di regolazione delle emozioni (suppression, reappraisal e autoefficacia). Ruminazione ed ansia (totale e nascosta) sono diminuite dopo la visione di entrambe le sequenze. Dopo la sequenza con la scena di violenza "non giustificata" seguita da quella "giustificata", la ruminazione č diminuita in modo significativo rispetto alla sequenza inversa. L'intensitŕ e la sgradevolezza delle emozioni negative provate durante la scena di violenza "giustificata" hanno registrato valori piů bassi rispetto a quelli della scena "non giustificata". La valutazione del livello di giustificazione della violenza della prima scena ha un effetto sulla valutazione di quella della seconda scena in entrambe le sequenze (effetto carry-over). Il livello di giustificazione della violenza "giustificata" č effettivamente piů alto rispetto a quella "non giustificata". Il processo di reappraisal, l'autoefficacia nel controllo delle emozioni negative, l'autoefficacia nell'epressione delle emozioni positive e l'autoefficacia empatica percepita non hanno avuto effetti.

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4

Pelliccioli, G. P., P. Floridi, P. F. Ottaviano, S. Campanella, G. Guercini, F. Leone, P. Chiarini, and G. Bocciarelli. "La RM nella dissecazione della carotide interna." Rivista di Neuroradiologia 7, no. 1 (February 1994): 103–8. http://dx.doi.org/10.1177/197140099400700114.

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Abstract:

Gli autori riportano la loro esperienza su 10 casi di dissecazione della carotide interna (DCI) studiati con RM in varie fasi evolutive, effettuando sequenze angiografiche TOF 2D e sequenze assiali T1 dipendenti associate alla soppressione del segnale del grasso. L'angio-RM ha fornito informazioni analoghe all'angiografia tradizionale con lieve tendenza alla sovrastima della stenosi, dimostrando anche una complicanza aneurismatica. Nella fase subacuta della DCI le sequenze assiali hanno dimostrato l'aumento di volume del vaso e, grazie alla sottrazione del segnale del grasso, hanno dato risalto ottimale alla patognomonica iperintensità del trombo murale. L'entità della stenosi è stata meglio valutata con le sequenze assiali che con le sequenze angiografiche. Nei controlli la RM ha documentato esaurientemente le possibili evoluzioni. A giudizio degli autori l'uso combinato di angio-RM e sequenze tradizionali è in grado di fornire tutte le necessarie informazioni in ogni fase evolutiva della DCI.

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5

Ettorre, G. C., P. D'Aprile, N. Medicamento, P. Spagnolo, M. Stefanelli, and A. Carella. "Anatomia del labirinto cocleo-vestibolare Tecnica di studio RM con sequenze 3D Turbo Spin Echo." Rivista di Neuroradiologia 11, no. 4 (August 1998): 507–15. http://dx.doi.org/10.1177/197140099801100410.

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Abstract:

La letteratura più recente ha dimostrato l'alta affidabilità diagnostica delle tecniche RM ad alta risoluzione nello studio dell'osso temporale. Lo sviluppo di sequenze 3D Turbo Spin Echo (TSE) con sezioni fino a 0,4 mm consente un elevato dettaglio anatomico anche tridimensionale del labirinto cocleo-vestibolare. L'utilizzo di idonee bobine di superficie centrate sulla regione dell'osso temporale e l'impiego di adeguati parametri di acquisizione permette di ottenere la migliore risoluzione spaziale e di contrasto, rendendo le sequenze TSE elettive soprattutto nello studio della patologia malformativa dell'orecchio interno. Tali sequenze sono preferibili alle Spin Echo tradizionali o alle sequenze Gradient Echo (CISS, GRASS etc.) per la minore incidenza di artefatti da suscettibilità magnetica dovuti alle innumerevoli interfaccie osso-aria dell'osso temporale e per la più elevata risoluzione spaziale e il più elevato rapporto segnale/rumore che esse offrono. Infine le sequenze TSE con TR e TF (Turbo Factor) molto alti consen-teno di ottenere un elevato contrasto liquor/nervi cranici che decorrono nel meato acustico interno.

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6

Santino, P., and R. Petsch. "Le Sequenze Turbo Spin Echo." Rivista di Neuroradiologia 7, no. 1 (February 1994): 71–80. http://dx.doi.org/10.1177/197140099400700111.

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Abstract:

Le sequenze spin echo sono fino al giorno d'oggi le più utilizzate nella tomografia con Risonanza Magnetica. Il loro principale vantaggio è l'alta sensibilita alle patologie delle immagine pesate in T2. Recentemente sono state introdotte nuove sequenze, denominate Fast Spin Echo o Turbo Spin Echo, a seconda dell'industria che le produce, le quali grazie ad un diverso modo di acquisire i dati permettono di ridurre i tempi di esame, mantenendo un contrasto simile alle immagini ottenute con le spin echo convenzionali. Lo schema di acquisizione diverso comporta delle piccole differenze con le immagini a cui sono abituati i neuroradiologi: segnale iperintenso del grasso anche nelle immagini pesate in T2; minore sensibilita agli artefatti da suscettibilità; presenza di altri artefatti, quali quello da troncamento o l'effetto bordo, visibili soprattutto se non si scelgono opportunamente i parametri. Tali sequenze si sono rivelate molto interessanti non solo per il risparmio di tempo, ma anche per gli studi in alta risoluzione o per applicazioni cliniche particolari.

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7

Ferrari, F., and G. Giovannini. "Sequenze Fast e Ultrafast: Un'analisi." Rivista di Neuroradiologia 9, no. 2 (April 1996): 165–80. http://dx.doi.org/10.1177/197140099600900205.

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Abstract:

Vengono analizzate le principali innovazioni tecnologiche che, a partire dalle classiche sequenze spin-eco, hanno permesso di ridurre i tempi di acquisizione delle immagini in corso di indagini di RM. In particolare sono state considerate le tecniche di acquisizione con angolo di eccitazione inferiore a 90°. Di ciascuna viene sottolineata la strategia di implementazione, le difficoltà che è stato necessario superare e le possibili potenzialità positive nell'applicazione clinica.

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8

Floris, R., A. Castriota, M. Mulas, A. Apruzzese, L. Gagliarducci, P. Taormina, U. Nocentini, and G. Simonetti. "Le sequenze pesate in diffusione nella valutazione diagnostica della sclerosi multipla." Rivista di Neuroradiologia 10, no. 2_suppl (October 1997): 46. http://dx.doi.org/10.1177/19714009970100s216.

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Abstract:

Scopo del nostro lavoro è di verificare il ruolo della Risonanza Magnetica funzionale con tecniche di diffusione, rispetto alle sequenze Spin-Echo T1 pesate dopo somministrazione di Gd-DTPA, nella valutazione dell'attività di placca nella Sclerosi Multipla. Abbiamo sottoposto ad esame RM tradizionale prima e dopo somministrazione di Gd-DTPA ed esame funzionale con tecniche di diffusione, 7 pazienti affetti da Sclerosi Multipla remittente, con controlli seriati eseguiti ad intervalli di 30 giorni. In ciascun paziente, oltre alle sequenze tradizionali, sono state utilizzate sequenze pesate in diffusione Echo-Planari Spin-Echo Single Shot, con due diversi coefficienti di diffusione (b=304 s/mm2, b= 1192 s/mm2). Nella valutazione delle immagini sono stati considerati i seguenti parametri: numero totale delle lesioni in fase attiva che si potenziano con il Gd-DTPA e valutazione comparativa tra le immagini T1 pesate con Gd-DTPA e le immagini pesate in diffusione. I risultati hanno dimostrato una significativa correlazione tra le lesioni con contrast-enhancement e le lesioni identificate nelle sequenze in diffusione con alto valore di b (1192 s/mm2). Le sequenze pesate in diffusione sembrano poter distingure le placche acute da quelle croniche. Inoltre dalla valutazione dei followup eseguiti si evince che tali sequenze sono in grado di rilevare più precocemente l'insorgenza di nuove placche.

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9

Alessandrini, F., G. Pinna, and P. Santino. "Valutazione della dinamica liquorale mediante Phase Contrast Cine-RM." Rivista di Neuroradiologia 8, no. 3 (June 1995): 383–98. http://dx.doi.org/10.1177/197140099500800305.

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Abstract:

Lo sviluppo di nuove sequenze sensibili ai flussi in movimento ha rinnovato l'interesse per lo studio della dinamica liquorale. Questo lavoro ha lo scopo di valutare le caratteristiche di tale circolazione mediante sequenze con immagini di ampiezza e di fase (Phase Contrast) in Cine-RM, in soggetti sani ed in pazienti con patologie del distretto intra-cranico e cervicale. Gradient Echo sequences, especially phase contrast images have led to major advances in the study of cerebrospinal fluid dynamics. This study assesses this technique in the so-called «third circulation» by dynamically displayed phase and amplitude images (Cine-mode). Technical indications are given on the acquisition of the moving CSF signal together with the results obtained.

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10

Scarabino, T., G. M. Giannatempo, F. Perfetto, T. Popolizio, M. Armillotta, and U. Salvolini. "La sequenza Fast Spin Echo nello studio del distretto spinale." Rivista di Neuroradiologia 8, no. 5 (October 1995): 675–84. http://dx.doi.org/10.1177/197140099500800505.

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Abstract:

Questo lavoro prende in considerazione gli aspetti tecnici, semeiologici ed applicativi della sequenza Fast Spin Echo (FSE) nello studio della patologia del distretto spinale. Tale sequenza può essere considerata una Spin Echo (SE) multieco, rapida, caratterizzata infatti da una drastica riduzione del tempo di acquisizione, rispetto alla SE, con conseguente riduzione degli artefatti da movimento e di disagi per i pazienti (specie se sofferenti e non collaboranti). Il tempo risparmiato può essere utilizzato per eseguire esami ad alta definizione, o altre sequenze e proiezioni lungo piani accessori. L'iconografia FSE è molto simile a quello ottenuta con la SE. In realtà esistono alcune lievi differenze semeiologiche che possono talvolta creare dei problemi di interpretazione e che pertanto bisogna tener presenti, quali la persistenza dell'iperintensità del grasso (anche in sequenza T2-W) e la riduzione degli effetti da suscettibilità magnetica. Importanti applicazioni sono l'«effetto mielografico», la possibilità di studiare ampi tratti di colonna (con FOV ampi e bobina del corpo) e di ottenere, con sequenze altamente pesate in T2 la soppressione del grasso e, con rielaborazione MIP, immagini tridimensionali simil-mielografiche.

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More sources

Dissertations / Theses on the topic "Sequenze"

1

Piva, Francesco. "Analisi computazionale di sequenze del genoma umano." Doctoral thesis, Università Politecnica delle Marche, 2007. http://hdl.handle.net/11566/242662.

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2

Bilardi, Alessandra. "Regolatori di RNA e loro sequenze bersaglio." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2008. http://hdl.handle.net/11577/3425986.

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Abstract:

Bioinformatics is an interdisciplinary subject which integrates fields like biology, chemistry, biophysics, biostatist ics and computer science to solve biological problems. Its goal is to enable the discovery of new biological insights as well as to create global perspective from which unifying principles in biology can be discerned. The first and foremost biological problem is the annotation of functional genes hidden in sequenced genomes which can be effectively scanned by computational approaches. The other problems include protein structure prediction, drug discovery, metabolic pathway manipulation and much more. These problems can be consolved in a faster way by using bioinformatics as a catalyst. In these four years I have been involved in the annotation of structural and functional genes. In prokariotes I study Rho dependent terminator (RDT) as attenuator and/or terminator of transcriptional unit (TU). In gram negative bacteria, RDT study is important to understand alternative TUs inside each operon so as it is weighty to identify Rho independent terminator (RIT). If we know where terminators (RDT and RIT) are located then we could cluster genes in operons and so we could contribute in annotating structural and functional genes. In the literature, documented RDT are less than 40 and there are 18 only in Escherichia coli. There is not a RDT prediction program and not even a RDT consensus sequence but only some features that they describe RDT shares. I designed first algorithm about RDT prediction and I suggested first RDT consensus sequence with a weighed matrix. I designed oligos and conditions about microarray experiments in order to confirm our RDT predictions and to understand about Rho functional correlation with genes that they have got a RDT. Microarray results confirmed that I can use intensity of oligos to calculate if one putative RDT exits. But to confirm putative RDTs we do other microarray experiments. In eukariotes I study plants microRNA and their targets as genes annotated hardly and their function. Standard automatic gene annotation identifies and/or predicts genes that they will be translate. There are programs that they identify and/or predict genes about transfer, ribosomal and microRNA but there is little about microRNA and their targets in plants. I am involved in the annotation of microRNA genes and their targets in Vitis vinifira sequencing genome project. I implemented and tested more finder and predictor programs about microRNA genes and their targets for plants and animals. I proposted an integrated method with which I obtain positive results. Results about microRNA gene prediction could be validate with highthroughput sequencing approach. Results about microRNA target prediction protocol could be the starting point for lab experiments necessary for the validation of microRNA targets. Beyond, I contributed to visualize data and to do advanced queries with databases about lab projects. I gained through experience and manage a generic genome browser and a advanced query tool about GMOD project. GMOD is the Generic Model Organism Database Toolkit, a collection of software tools for creating and managing genome-scale biological databases. I realized new versions of some scripts about GMOD tool that they will be proposed in the next GBrowse release. I implemented and tested scripts more fast than real GBrowse scripts and without some bugs. Results of configuration and design about visualization and querying of databases are important since our genomics research group will be the responsible for the development of the Vitis vinifera annotation platform.

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3

Cerasoli, Sara. "Caratterizzazione di sequenze di DNA mediante catene di Markov." Bachelor's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2015. http://amslaurea.unibo.it/9574/.

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Abstract:

Questa tesi si inserisce nell’ambito di studio dei modelli stocastici applicati alle sequenze di DNA. I random walk e le catene di Markov sono tra i processi aleatori che hanno trovato maggiore diffusione in ambito applicativo grazie alla loro capacità di cogliere le caratteristiche salienti di molti sistemi complessi, pur mantenendo semplice la descrizione di questi. Nello specifico, la trattazione si concentra sull’applicazione di questi nel contesto dell’analisi statistica delle sequenze genomiche. Il DNA può essere rappresentato in prima approssimazione da una sequenza di nucleotidi che risulta ben riprodotta dal modello a catena di Markov; ciò rappresenta il punto di partenza per andare a studiare le proprietà statistiche delle catene di DNA. Si approfondisce questo discorso andando ad analizzare uno studio che si ripropone di caratterizzare le sequenze di DNA tramite le distribuzioni delle distanze inter-dinucleotidiche. Se ne commentano i risultati, al fine di mostrare le potenzialità di questi modelli nel fare emergere caratteristiche rilevanti in altri ambiti, in questo caso quello biologico.

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4

Morrone, Maria Francesca. "Analisi e confronto di sequenze di DNA mediante modelli Markoviani." Bachelor's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2015. http://amslaurea.unibo.it/9508/.

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Abstract:

Lo scopo di questa tesi è quello di evidenziare, attraverso varie analisi statistiche ed applicazione di modelli stocastici, il comportamento strutturale e funzionale dei dinucleotidi che compongono le sequenze di DNA di diversi organismi. Gli organismi che abbiamo scelto di prendere in considerazione sono l'uomo, il topo e l'Escherichia coli. Questa scelta non è stata casuale, ma oculata, al fine di mettere in risalto alcune differenze tra organismi eucarioti, quali l'uomo e il topo, ed organismi procarioti come il batterio E.coli. Nella prima parte del nostro studio, abbiamo computato le distanze che intercorrono tra occorrenze successive dello stesso dinucleotide lungo la sequenza, usando un metodo di non sovrapposizione, ed abbiamo iterato il calcolo per tutti i 16 dinucleotidi. Dopodiché ci siamo preoccupati di graficare le distribuzioni di distanza dei 16 dinucleotidi per l'E.Coli, il topo e l'uomo; gli istogrammi evidenziano un comportamento anomalo della distribuzione di CG che accomuna gli organismi eucarioti e di cui, invece, è esente l'organismo procariote esaminato. Questo dato statistico trova una spiegazione nei processi biologici di metilazione che possono innescarsi sul dinucleotide CG nelle sequenze eucariotiche. In seguito, per determinare quanto ciascuna delle 16 distribuzioni si discosti dalle altre abbiamo usato la divergenza di Jensen-Shannon. Per quantificare le differenze sostanziali tra le distribuzioni di CG dei 3 organismi considerati abbiamo deciso di verificare quale fosse il miglior fit per tali curve tra un esponenziale ed una power-law. L'esponenziale rappresenta un buon fit per le code delle distribuzioni di CG del topo e dell'uomo; ciò rivela la presenza di una lunghezza caratteristica per entrambi gli organismi. Nella seconda parte dello studio, i risultati vengono confrontati con modelli markoviani: sequenze random generate con catene di Markov di ordine zero (basate sulle frequenze relative dei nucleotidi) e uno (basate sulle probabilità di transizione tra diversi nucleotidi). Quest'ultima riproduce abbastanza fedelmente la sequenza biologica di partenza, per cui abbiamo scelto di utilizzare la catena Markov del 1° ordine per altre analisi statistiche riguardanti le distribuzioni dei nucleotidi, dinucleotidi, ed anche dei trinucleotidi con particolare interesse per quelli in cui è contenuto CG, in modo da verificare se l'anomalia si ripercuote anche in essi. Riteniamo pertanto che metodi basati su questo approccio potrebbero essere sfruttati per confermare le peculiarità biologiche e per migliorare l'individuazione delle aree di interesse, come le isole CpG, ed eventualmente promotori e Lamina Associated Domains (LAD), nel genoma di diversi organismi.

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5

Cirino, Alessandro. "Misura di risposta impulsiva mediante sequenze casuali per comunicazioni Power-Line." Bachelor's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2016. http://amslaurea.unibo.it/11530/.

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Abstract:

Nell’ambito delle telecomunicazioni risulta di notevole rilievo la tecnologia ad onde convogliate, definita Power-Line Communication (PLC), che permette la trasmissione di dati sfruttando la rete elettrica come mezzo di trasmissione. Essa rappresenta una delle tecnologie promettenti per quanto concerne la fornitura di servizi come l’accesso ad Internet, alla rete telefonica e al telecontrollo di apparecchi sempre più sofisticati. Al fine di rendere possibile sia la trasmissione di potenza (alla frequenza di 50 Hz per l’Italia) che di altri segnali dati (su bande a frequenza maggiore) saranno necessarie tecniche di modulazione avanzata, che però non rappresentano un argomento trattato a fondo in questa tesi. Lo sviluppo tecnologico degli ultimi anni ha permesso una notevole diffusione delle PLC soprattutto in applicazioni domestiche, grazie ai prezzi molto contenuti in parallelo alle ottime prestazioni, soprattutto nell’automazione. Obbiettivo dell’elaborato risulta la rilevazione della risposta impulsiva in ambienti Power-Line di tipo Narrowband (a banda stretta), immettendo in rete sequenze di tipo casuale o pseudo-casuale, queste ultime definite Pseudo-Noise (PN); esse infatti hanno particolari proprietà che renderanno possibile il raggiungimento dello scopo prefissato. Lo strumento fondamentale per le misurazioni sul campo effettuate risulta l’Analog Discovery (Digilent ne è il produttore), utilizzato non solo come generatore di forme d’onda in ingresso ma anche come oscilloscopio per l’analisi del segnale ricevuto.

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6

Zappala', Domenica. "Espressione di diverse sequenze geniche del Polyomavirus JC nel soggetto immunocompromesso." Doctoral thesis, Università di Catania, 2012. http://hdl.handle.net/10761/1091.

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Abstract:

E' noto che il sistema immunitario rappresenta la base per la protezione dell'organismo dalle infezioni e quindi ogni suo deficit facilita l'insorgenza di malattie infettive e le rende più gravi. Lo stato di immunodepressione, in cui possono trovarsi alcuni soggetti a causa di diversi eventi patologici, diventa il presupposto per la riattivazione di agenti patogeni virali già presenti in forma latente nell organismo. Il JCV è un polyomavirus ubiquitario che infetta l uomo in età pediatrica e permane latente, dopo la prima infezione, nell organismo ospite, alternandosi talvolta ad episodi di attiva replicazione e stati di quiescenza a seconda della capacità reattiva del soggetto infetto. Nonostante la comparsa degli anticorpi, il virus non viene eliminato dall organismo ma rimane latente nel rene, nel midollo osseo, nelle cellule del tessuto nervoso, nei linfonodi e nell epitelio intestinale, rendendo l ospite portatore sano fino ad un eventuale riattivazione. In condizioni di severa immunosoppressione il virus potrebbe riattivare e indurre una fatale malattia demielinizzante conosciuta come Leucoencefalopatia Multifocale Progressiva (PML). Il meccanismo della riattivazione sembra essere strettamente legato ai processi di replicazione e all espressione di particolari sequenze geniche. E stato, quindi, oggetto di questo studio, la valutazione della presenza del DNA di JCV in termini di espressione genica di due differenti regioni del virus: la regione precoce Large-T (early) o l introne late mRNA di mVP1/mVP2 (late) di JCV in cinque distinti gruppi di soggetti immunodepressi. Sono stati analizzati 200 campioni di plasma di pazienti ricoverati presso le U.O. di ematologia, trapianti, gastroenterologia appartenenti a diversi nosocomi catanesi. Inoltre venivano inclusi 55 campioni bioptici a fresco e paraffinati provenienti da un numero corrispondente di pazienti affetti da RCU (mucosa intestinale), appartenenti a soggetti con forme precancerose o cancro del colon (formazione neoplastica) e trapiantati di rene (rene trapiantato). Per lo studio retrospettivo sono state applicate metodiche di Nested-PCR e Real-Time PCR sia per confermare la presenza del DNA virale di JCV sia per la valutazione dell espressione delle due sequenze geniche ricercate. Di tutti i plasma analizzati solo il 26% (52/200) risultava negativo, per gli altri si poteva apprezzare una positiva solo alla regione tardiva del 38,5% (77/200) e una positività per la sola regione precoce del 25% (51/200). La copresenza delle due regioni ricercate si notava nel 10% dei casi (20/200). Data la prevalenza di positività alla regione tardiva, sembra che, nonostante la regione early sia una sequenza di riferimento diagnostico, la sequenza late rivesta un ruolo fondamentale nella diagnosi di tale tipologia di soggetti confermato altresì da un associazione statisticamente significativa tra le due regioni (p<0,05). Per quanto riguarda i campioni bioptici, si aveva positività solo alle sequenza VP1/VP2; ciò potrebbe dipendere dai meccanismi di replicazione che si instaurano in seguito allo stato di latenza o riattivazione del virus nelle cellule per esso non permissive come nel caso delle cellule dell epitelio intestinale. Poiché l espressione di Large-T e VP1/VP2 è strettamente correlata al completamento del ciclo virale, il loro reperimento dipende dalle diverse fasi della replicazione. Il nuovo bersaglio diagnostico, quindi, confrontato ed affiancato a quello tradizionale, potrebbe chiarire l evoluzione delle patologie connesse a questo virus. La ricerca di due regioni differenti del virus potrebbe essere di aiuto nel chiarire la diagnosi e, laddove fosse in corso una terapia, permettere un corretto monitoraggio e l ottimizzazione dell intervento terapeutico.

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7

Edera, Andrea. "Simulazione e studio del modello Broken stick per l'analisi di sequenze geniche." Bachelor's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2021. http://amslaurea.unibo.it/22781/.

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Abstract:

Alcuni risultati ottenuti studiando le proprietà statistiche dei dinucleotidi all'interno del DNA umano, mostrano che l'andamento delle distribuzioni delle interdistanze dei dinucleotidi TA è ben descritto da una legge di potenza. È stato ideato un modello in grado di generare un andamento di questo tipo e che potrebbe rendere conto del meccanismo generativo delle distribuzioni osservate all'interno della sequenza del DNA umano. Questo risulta essere una variante del modello Broken stick. Scopo di questa tesi è confrontare il modello Broken stick con la sua variante, che chiameremo Broken stick con memoria, in modo da valutarne analogie e differenze. Si sono implementati i due modelli ed è stata condotta un'analisi variando il numero di tagli iniziali e il numero di iterazioni, tenendo fisso il valore della probabilità di taglio. L'implementazione del modello ha messo in luce i limiti computazionali del programma utilizzato, Matlab, e ha mostrato che non è banale fittare le distribuzioni che si ottengono. Tagliando casualmente i segmenti si raggiunge un limite superato il quale il calcolatore non riesce più a distinguere gli estremi del segmento, generando così segmenti di lunghezza nulla. In questo modo non è possibile realizzare il modello così come è stato pensato, cioè in un dominio continuo in cui è possibile tagliare il segmento infinite volte. Di conseguenza la scelta delle condizioni iniziali non può essere arbitraria. Si sono studiate generazioni che hanno prodotto circa 1'000'000 di segmenti e si è visto che l'andamento descritto dai due modelli, a parità di condizioni iniziali, risulta differente. Il tipo di taglio iniziale determina una traslazione della distribuzione in scala log-log. Il modello Broken stick con memoria genera un andamento riconducibile ad una legge di potenza lungo tutto il range in cui viene rappresentata la distribuzione, a differenza di quello semplice che presenta effetti di cutoff sia in intervalli piccoli che grandi.

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Baldassarre, Valentina. "Regole di Chargaff e matematica: un modello per le sequenze di DNA." Master's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2013. http://amslaurea.unibo.it/5206/.

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Pandiscia, Nicola. "Analisi di sequenze video per rilevazioni demografiche ed emotive da software su microcontroller." Bachelor's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2020.

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Abstract:

Il seguente progetto è volto ad implementare sul microcontroller "Raspberry Pi v.4 Model B" un software utilizzante a mo' di scatola nera, anche, in parte, una rete neurale che sulla base di una classificazione precedentemente realizzata da soggetti terzi e sulla base di opportuni modelli preaddestrati sfrutti un meccanismo di apprendimento supervisionato per stimare ragionevolmente, secondo opportuni criteri, il sesso, la fascia d'età, lo stato emotivo (caricaturale, ossia forzato) e la distanza approssimativa di uno o più soggetti ripresi frontalmente in volto da una telecamera in tempo reale.

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Di, Iorio Erika. "Suoli e peleosuoli tardo Pleistocenici-Olocenici in sequenze fluvio-lacustri della regione Molise." Doctoral thesis, Università degli studi del Molise, 2015. http://hdl.handle.net/11695/66253.

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Abstract:

High-resolution environmental proxies from the southern central Apennines (Molise Region) are essential to understand past climatic changes in the late Pleistocene-Holocene. The aim of this PhD thesis is to enrich our knowledge of the outcropping fluvial-lacustrine succession in two intermontane basin, located in the southern Apennines (Italy). The first basin studied is located in Matese pedemontane area and consists of alluvial and fluvial-lacustrine sequences of about 11 m in detpth. The study area consists of top soil and several clastic sedimentary levels alternated with four layers of paleosols and clastic sediment layers. Present-day soils consist of well-developed Andosols. Soil and paloesols were analyzed with laser grain size distribution (GSD), geochemical and magnetic properties in order to evaluate the relative contributions of pedogenic and/or detrital components. The results showed that the finest pedogenic ferrimagnetic grains in the clay fraction exhibit two trends with respect to the degree of pedogenesis. The paleosols sequence was composed of highly-weathered Vertisols (Solum I and IV) and of less weathered Entisols (Solum II and III ) intercalated in the clastic sedimentary levels. A greater pedogenetic degree occurs in Vertisols (Solum I), with high clay content, which developed under temperate climates and formed below the layer of Neapolitan Yellow Tuff (12 ky BP). Solum II and III show a low magnetic degree of fine fractions, consistent with a low rate of pedogenesis, could have developed under more cold humid climatic conditions after the last eruption (Campanian Ignimbrite, 39 ky BP). Solum IV is characterized by a greater pedogenetic intensity associated with high value of magnetic susceptibility. The second intermontane basin was located in the north-east part of the Molise Region, in Montenero Valcocchiara village. Up to now, no systematic pedologic and paleoenvironmental studies have been carried out in the peat bog, that is located in this basin. Therefore, high-resolution and systematic magnetic studies combined with geochemical, palynology and mineralogy data were carried. Based on these data, the peat bog sequence can be separated into 3 units. Unit 1 (0–199 cm, 2-3 ky BP) shows high organic matter content, pyrite and some anthropogenic trace elements. Low magnetic susceptibility (χ) degree suggests that detrital input signals was due to effects of anaerobic dissolution processes. This Unit contains pollen of aquatic plants of lacustrine environment (Potamogeton) and cereals. For Unit 2 (200–300 cm, 3-5 ky BP), magnetic measurements increase and the corresponding concentration of ferrimagnetic minerals is also improved, besides this unit was characterized by increasing percentages of cereals pollen (graminaceae). For Unit 3 (300–400 cm, 5-7 ky BP), the bulk magnetic properties are dominated by detrital (calcium carbonate) sediments, correlated with Fe and Ti content. There was a significant change in arboreal taxa of deciduous trees towards Abies alba presence. In conclusion, combination of magnetic properties, trace elements, and other proxies provide a viable framework for reconstructing the paleoenvironmental changes of this lacustrine sequence during the middle of the Holocene period (6 ky BP).
I proxy ambientali ad alta risoluzione dell'Appennino centro-meridionale (Regione Molise) sono indispensabili per la comprensione dei cambiamenti climatici nel tardo Pleistocene-Olocene. Lo scopo di questa tesi di dottorato è quello di arricchire le conoscenze sulle successioni fluvio-lacustri in due bacini intermontani, situati nell'Appennino meridionale. Il primo bacino studiato si trova nella zona pedemontana del Matese ed è composto da una sequenza alluvionale di sedimenti fluvio-lacustri di circa 11 m di profondità. L'area studio è costituita da un suolo di superfice e da diversi livelli sedimentari alternati a quattro paleosuoli. I suoli attuali sono Andosuoli ben sviluppati. I suoli ed i paleosuoli sono stati analizzati mediante granulometria laser (GSD), geochimica e proprietà magnetiche, al fine di valutare i contributi pedogenetici e/o sedimentari. I risultati hanno mostrato che le particelle ferrimagnetiche pedogenetiche della frazione argillosa hanno seguito due trend diversi, indicando due livelli di pedogenesi. La sequenza dei paleosuoli è composta da Vertisuoli fortemente alterati (Solum I e IV) e da Entisuoli meno alterati (Solum II, III) intercalati da livelli clastici sedimentari. Un maggior grado di pedogenesi è rinvenuto nel Vertisuolo (Solum I), ad elevato contenuto argilloso, che potrebbe essersi formato in clima temperato al di sotto dello strato del Tufo Giallo Napoletano (12 ka BP). I Solum II e III, mostrano un basso grado magnetico dei sedimenti fluvio-lacustri che indica un minor grado di pedogenesi, coerente con delle condizioni climatiche più fredde che si verificate dopo l'ultima eruzione (Ignimbrite Campana 39 ka BP). Il Solum IV è caratterizzato da un maggiore intensità della pedogenesi associato ad elevati valori di suscettibilità magnetica. Il secondo bacino intermontano è situato nella parte nord-est della Regione Molise, nel comune di Montenero Valcocchiara. Fino ad oggi, non è stato condotto nessuno studio sistematico pedologico e paleoambientale sulla torbiera, che occupa tale bacino. Pertanto, è stato condotto uno studio sistematico combinando dati magnetici, palinologici, mineralogici e geochimici. Sulla base di tali dati, la sequenza sedimentaria rinvenuta può essere divisa in 3 unità. L’Unità 1 (0-199 cm, 2-3 ka BP) è dominata dalla presenza di sostanza organica, di pirite e da alcuni elementi in traccia di origina antropica. E’ stato osservato un basso grado di suscettibilità magnetica (χ), indicante che i segnali magnetici dei sedimenti sono condizionati dai processi di dissoluzione in ambiente anaerobico. Sono stati identificati pollini di piante acquatiche di ambienti lacustri (Potamogeton) e di cereali. Nell’unità 2 (200-300 cm, 3-5 ka BP) vi è un aumento della suscettività magnetica, corrispondente ad una più alta concentrazione di minerali ferrimagnetici, inoltre è caratterizzata da percentuale crescente di polline di cereali (graminacee). L’Unità 3 (300-400 cm, 5-7 ka BP) è dominata dalle proprietà magnetiche di litotipi sedimentari (carbonato di calcio) correlate con il contenuto di Fe e Ti. Si rinviene un cambiamento nel contenuto pollinico, da taxa arborei di caducifoglie verso la presenza di Abies alba. In conclusione, la combinazione delle proprietà magnetiche, degli elementi in traccia e altri proxy, fornisce un quadro comprensibile utile per ricostruire i cambiamenti paleoambientali di questa sequenza lacustre durante la seconda metà dell'Olocene (6 ka BP).

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Books on the topic "Sequenze"

1

Gigliotti, Lorenzo. Sequenze. Napoli: T. Pironti, 2014.

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2

Sequenze di memoria. Torino: G. Einaudi, 2011.

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3

Melotti, Fausto. Fausto Melotti: Sequenze d'amore. Milano: Arnoldo Mondadori arte, 1991.

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4

1925-, Berio Luciano, and Restagno Enzo, eds. Sequenze per Luciano Berio. [Milano]: Ricordi, 2000.

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5

Sequenze orfiche: Martirologio della follia. Firenze: Edizioni Polistampa, 2017.

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6

Belgium) Biennale d'analyse musicale (1st 2011 Brussels. Les XIV Sequenze de Luciano Berio. Sampzon]: Éditions Delatour France, 2015.

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7

Sequenze: Caratteri distributivi degli edifici : l'abitazione. Palermo: Grafill, 2004.

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8

Portfolio!: Costruzione e lettura delle sequenze fotografiche. Roma: Postcart, 2015.

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Toccaceli, Enzo Eric. A casa di Alda: Racconto fotografico in 50 sequenze. Viterbo: Stampa alternativa, 2014.

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10

Campi, Enzo. Ex tra sistole: (dieci sequenze per un poema irrisolvibile). Milano: Marco Saya edizioni, 2017.

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Book chapters on the topic "Sequenze"

1

D’Agata, Federico, Mario Coriasco, Osvaldo Rampado, Marina Corsico, and Gianni Boris Bradac. "Sequenze RM: tecniche avanzate." In Elementi di risonanza magnetica, 129–66. Milano: Springer Milan, 2014. http://dx.doi.org/10.1007/978-88-470-5641-1_5.

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2

Rampado, Osvaldo, Mario Coriasco, and Gianni Boris Bradac. "Le sequenze RM: tecniche fondamentali." In Elementi di risonanza magnetica, 89–128. Milano: Springer Milan, 2014. http://dx.doi.org/10.1007/978-88-470-5641-1_4.

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3

Meduri, Agostino, Luigi Natale, and Lorenzo Bonomo. "Le sequenze a sangue nero." In Risonanza magnetica cardiaca, 31–38. Milano: Springer Milan, 2010. http://dx.doi.org/10.1007/978-88-470-1694-1_4.

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4

Esposito, Antonio, Francesco De Cobelli, Silvia Ravelli, and Alessandro Del Maschio. "Studio funzionale: sequenze cine e velocity-encoded." In Risonanza magnetica cardiaca, 39–51. Milano: Springer Milan, 2010. http://dx.doi.org/10.1007/978-88-470-1694-1_5.

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5

Manenti, Guglielmo, and Gabriele Bazzocchi. "Carcinoma della prostata: pattern RM dell’imaging morfologico e sequenze pesate in diffusione." In Imaging RM della prostata, 95–104. Milano: Springer Milan, 2010. http://dx.doi.org/10.1007/978-88-470-1516-6_13.

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6

Deng, Kang, and Osmar R. Zaïane. "Contrasting Sequence Groups by Emerging Sequences." In Discovery Science, 377–84. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2009. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04747-3_29.

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7

Duan, Lihua, and Jessica Chen. "Reducing Test Sequence Length Using Invertible Sequences." In Formal Methods and Software Engineering, 171–90. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2007. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-76650-6_11.

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Recasens, Adrià, and Ariadna Quattoni. "Spectral Learning of Sequence Taggers over Continuous Sequences." In Advanced Information Systems Engineering, 289–304. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2013. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-40988-2_19.

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9

Wang, Hong-Xia, and Jun-Jie Chen. "A Whole Sequence Matching Algorithm for Event Sequences." In Advanced Technology in Teaching - Proceedings of the 2009 3rd International Conference on Teaching and Computational Science (WTCS 2009), 311–19. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2012. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-25437-6_44.

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10

Sun, Ron. "Introduction to Sequence Learning." In Sequence Learning, 1–10. Berlin, Heidelberg: Springer Berlin Heidelberg, 2000. http://dx.doi.org/10.1007/3-540-44565-x_1.

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Conference papers on the topic "Sequenze"

1

Edgington, T. S., J. H. Morrissey, and H. Fakhrai. "MOLECULAR CLONING OF HUMAN TISSUE FACTOR cDNA." In XIth International Congress on Thrombosis and Haemostasis. Schattauer GmbH, 1987. http://dx.doi.org/10.1055/s-0038-1643740.

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Abstract:

Tissue factor (TF), the cell-surface receptor and allo-steric activator for factor Vll/VIIa, is important in hemostasis andinflammation. The TF apoprotein was purifiedfrom human brain using factor Vll-affinitychromatography and SDS gel electrophoresis,and was found to consist of a 47 kDa heavy chain plus a 12.5 kDa light chain. Approximately one-third of the heavy chain amino acid sequence was determined for four regions by microsequencing the intact protein and peptides derived from V8-protease digestion. A λgtll cDNA library, made from mRNA derived from the human fibroblastic cell line WI38,was screened with (a) affinity-purified rabbit antibodies to human tissue factor, and (b) a 45-mer oligonucleotide probe based on TF heavy chain amino acid sequence. Five overlapping cDNA clones were identifiedand sequenced which confirmed all four partial TF amino acid sequences. Together these clones span the entire heavy chain coding sequence as well as 5" and 3" nontranslated regions. The N-terminusof the TF heavy chain is preceded by an unusually long signal peptide which appears to be cleaved at alternative sites two amino acids apart. This results in two variants of TF heavy chains which differ slightly in length and amino-terminal sequence.The deduced protein sequence shows no major homology to known protein sequences. However,a relatively uncommon tripeptide sequence, Trp-Lys-Ser (WKS), appears three times in the TF heavy chain. This tripeptidesequence also occurs in HMW kininogen, factor VIII,von Willebrand"s factor andant ithrombin-III. Limited sequence similarity is observed in flanking sequences,andthis may indicate a possible functional domain for the recognition of members ofthe vitamin K-dependent serine protease famil.Supported by NIH grants HL-16411 andCA-41085.

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Decandia, Lidia. "Percorsi e terre di mezzo: dai cammini degli antenati ai luoghi dell'incontro e della festa contemporanei: il museo mater di Mamoiada." In International Conference Virtual City and Territory. Roma: Centre de Política de Sòl i Valoracions, 2014. http://dx.doi.org/10.5821/ctv.7975.

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Abstract:

Il saggio intende raccontare l’esperienza svolta insieme a Studio Azzurro nella progettazione del Museo di archeologia e del territorio di Mamoiada. In questa esperienza attraverso l’uso di strumenti multimediali e interattivi si è lavorato per costruire non un luogo contemplativo, ma una vera e propria centrale “centrale di produzione di conoscenza memoriale e immaginativa”. Nel raccontare alcuni aspetti della storia di questo territorio, per individuare una possibile chiave interpretativa, siamo partiti dalle peculiarità di questo contesto e in particolare dal suo essere terra di confine e di frontiera, e in quanto tale, anche luogo di incontro e di scambio. Questa particolare identità di confine è diventata la chiave per rileggere la presenza di particolari luoghi "sacri" preistorici e contemporanei che popolano questo contesto. Si è scelto di narrare questo peculiare aspetto della storia del territorio utilizzando fonti documentarie e orali, messe insieme non con un andamento lineare e continuo, ma lavorando piuttosto, attraverso immagini poetiche e metaforiche per frammenti, montaggi, accostamenti delicati che, nel rompere ogni associazione sistematica, si richiamano l'un l'altro, più attraverso analogie che sequenze logiche. Abbiamo pensato di costruire un percorso che diventasse capace di mostrare più che di dire, di far lavorare l'immaginazione attraverso l'accostamento inusuale tra epoche differenti, tra l'arcaico e il contemporaneo; di aprire domande e di mettere sul tavolo questioni insolute anziché costruire teorie da difendere.

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Huber, P., J. Dalmon, M. Laurent, G. Courtois, D. Thevenon, and G. Marguerie. "CHARACTERIZATION OFTHE 5’FLANKING REGION FOR THE HUMAN FIBRINOGEN β GENE." In XIth International Congress on Thrombosis and Haemostasis. Schattauer GmbH, 1987. http://dx.doi.org/10.1055/s-0038-1642889.

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Abstract:

Fibrinogen is coded by three separate genes located in a 50kb region of chromosome 4 and organized in a α - β - γ orientation with an inversion of the gene 3- A human genomic library was constructed using the EMBL4 phage and screened with cDNA probes coding for human fibrinogen Aα, Bβ and γ chains. Clones, covering the fibrinogen locus,were identified, and their organization was analyzed by means of hybridization and restriction mapping. Among these clones one recombinant phage containing the β gene and large 5’ and 3’ -flanking sequences was isolated.To identify the regulatory sequences Dpstream from the human β gene, a 1.5 kb fragment of the immediate 5’-flanking region was sequenced. The SI mapping experiments revealed three transcription initiation sites. PotentialTATA and CAAT sequences were identified upstream the initiation start points at the positions -21 and -58 from the first initiation start point.Comparison of this sequence with that previously reported for the same region upstream from the human γ gene revealed no significant homology which suggests that the potential promoting sequences of these genes are different. In contrast, comparison of the 5’flanking regions of human and rat β genes showed more than 80% homology for 142 bp upstream from the gene. This highly conserved region is a potential candidate for a regulatory sequence of the human β gene.To verify this activity, a β fibrinogen minigene was constructed by deletion of the internal part of the normal gene and including 3.4kb of the 5’flanking region and 1.4kb of the 3’flanking region. The minigene was transfected into HepG2, a human hepatoma cell line, to show whether the 5’flanking region of the human fibrinogen gene contains DNA sequences sufficient for efficient transcription in HepG2. Constructions of several parts of the sequenced 5’flanking region of the human β gene with the gene of the chloramphenical acetyl transferase have been also transfected in the HepG2 cells to determine the specificity of the gene expression and to localize the sequences controlling the transcription of the gene.

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"PREDICTED RELATIVE METABOLOMIC TURNOVER - Predicting Changes in the Environmental Metabolome from the Metagenome." In Metagenomic Sequence Data Analysis. SciTePress - Science and and Technology Publications, 2011. http://dx.doi.org/10.5220/0003314803370345.

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5

"ANNOTATING UniProt METAGENOMIC AND ENVIRONMENTAL SEQUENCES IN UniMES." In Metagenomic Sequence Data Analysis. SciTePress - Science and and Technology Publications, 2011. http://dx.doi.org/10.5220/0003350803670368.

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"AUTOMATIC ANNOTATION OF BACTERIAL COMMUNITY SEQUENCES AND APPLICATION TO INFECTIONS DIAGNOSTIC." In Metagenomic Sequence Data Analysis. SciTePress - Science and and Technology Publications, 2011. http://dx.doi.org/10.5220/0003333703460353.

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"INFRASTRUCTURE FOR METAGENOME DATA MANAGEMENT AND ANALYSIS." In Metagenomic Sequence Data Analysis. SciTePress - Science and and Technology Publications, 2011. http://dx.doi.org/10.5220/0003333803570362.

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"PROPOSAL FOR OPEN DISCUSSION - Informatics Challenges for Next Generation Sequencing Metagenomics Experiments." In Metagenomic Sequence Data Analysis. SciTePress - Science and and Technology Publications, 2011. http://dx.doi.org/10.5220/0003334203630366.

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Benslimane, Fatiha M., Hebah Al Khatib, Dana Albatesh, Ola Al-Jamal, Sonia Boughattas, Asmaa A. Althani, and Hadi M. Yassine. "Nanopore Sequencing SARS-CoV-2 Genome in Qatar." In Qatar University Annual Research Forum & Exhibition. Qatar University Press, 2020. http://dx.doi.org/10.29117/quarfe.2020.0289.

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Abstract:

Background: The current pandemic, COVID-19, is cause by an RNA Coronavirus that was recently identified as SARS-CoV-2. RNA viruses tend to have a high mutation rate; the rate is around a million times greater than that of their hosts. The mutagenic potential of the virus depends on many factors, including the fidelity of nucleic acid-replicating viral enzymes, such as SARSCoV-2 RNA dependent RNA polymerase (RdRp). The rate of mutation drives viral evolution and genome variability, consequently allowing viruses to escape the immunity of the host and develop resistance to drugs. Therefore, the characterization of SARS-CoV-2 variants might lead to implement better therapeutics treatments, vaccines design and identify new diagnostics approaches. Aim: The aim of this study was to establish a fast sequencing method to identify SARS-CoV-2 mutations in Qatar. This will help to assess if there are new viral variants that are spreading in country. Methods: RNA was isolated from samples collected from Qatar COVID-19 positive patients. The Artic Network V3 primer scheme and Oxford Nanopore ligation sequencing kit were used to prepare the sequencing libraries. Libraries were loaded on to R9.4.1 flow cells and ran on a GridION. Bioinformatics analysis was done following the Artic Network SARA-CoV-2 bioinformatics tools. Results: Genome coverage of sequenced samples was >80% and the depth was average at 200x. The coverage was highly dependable on sample viral load; samples of CT value lower than 30 resulted in better sequence coverage. The sequenced genomes were deposited in GISAID and were mainly clustering with genomes deposited from the UK. Sequences were compared to Illumina and sanger sequences and they showed compatible results. Conclusion: The use of ONT to sequence SARA-CoV-2 is a quick, affordable, and reliable technique to determine viral mutation. Using this technique, the first sequences from Qatar were deposited in to GISAID. Up to date, 700 genomes have been sequenced from Qatari samples.

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10

Guest, Clark C. "Sequential associative processing." In OSA Annual Meeting. Washington, D.C.: Optica Publishing Group, 1985. http://dx.doi.org/10.1364/oam.1985.wt2.

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Abstract:

Associative memory (AM) is appropriate for storage of certain types of information. Conventional location addressable memory (LAM) can more efficiently store deterministic spatial and temporal patterns. A problem solving system may combine these types of memory under control of a microprogram, or context, sequencer. The solution of a problem progresses through a sequence of steps. Some steps involve decisions that refine or redirect the context of the solution process. The LAM is used to store meaningful sequences of solution steps. Output of the AM contains information associated with the input data, including the direction of the next appropriate step in the solution process. This information is used by the context sequencer to determine whether the next sequential step of the current solution path will be used or if a branch should be taken. Output of the sequencer indexes into the LAM for the next step information. Applications of sequential associative processing are presented. Implementation and integration of the component parts, the AM, the LAM, and the context sequencer are discussed.

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Reports on the topic "Sequenze"

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Kultys, Marek, James King, and Lydia Nicholas. Sequence Bundles. Science Practice, October 2013. http://dx.doi.org/10.14435/sequence-bundles-biovis.

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2

Mielke, Charles H., Alan M. Novak, Dwight G. Rickel, and Kimberly P. Schneider. Single Turn Shot Sequence. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), February 2014. http://dx.doi.org/10.2172/1122057.

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3

Foley, Brian Thomas, Thomas Kenneth Leitner, Cristian Apetrei, Beatrice Hahn, Ilene Mizrachi, James Mullins, Andrew Rambaut, Steven Wolinsky, and Bette Tina Marie Korber. HIV Sequence Compendium 2015. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), October 2015. http://dx.doi.org/10.2172/1222684.

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Kuiken, Carla, Brian Foley, Thomas Leitner, Christian Apetrei, Beatrice Hahn, Ilene Mizrachi, James Mullins, Andrew Rambaut, Steven Wolinsky, and Bette Korber. HIV Sequence Compendium 2010. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), December 2010. http://dx.doi.org/10.2172/1223877.

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Kuiken, Carla, Brian Foley, Eric Freed, Beatrice Hahn, Preston Marx, Francine McCutchan, John Mellors, Steven Wolinsky, and Bette Korber. HIV sequence compendium 2002. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), December 2002. http://dx.doi.org/10.2172/1184349.

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6

Kuiken, Carla, and Brian Foley. HIV Sequence Compendium 2000. Office of Scientific and Technical Information (OSTI), January 2000. http://dx.doi.org/10.2172/1186021.

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Sigman, David S. Synthetic sequence Specific Nucleases. Fort Belvoir, VA: Defense Technical Information Center, July 1989. http://dx.doi.org/10.21236/ada210751.

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8

Dixon, J., and J. R. Dietrich. Isopach map: Aklak Sequence. Natural Resources Canada/ESS/Scientific and Technical Publishing Services, 1996. http://dx.doi.org/10.4095/207682.

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Dixon, J., and J. R. Dietrich. Isopach map: Taglu Sequence. Natural Resources Canada/ESS/Scientific and Technical Publishing Services, 1996. http://dx.doi.org/10.4095/207683.

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10

Dixon, J., and J. R. Dietrich. Isopach map: Richards Sequence. Natural Resources Canada/ESS/Scientific and Technical Publishing Services, 1996. http://dx.doi.org/10.4095/207684.

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