Journal articles on the topic 'Séquençage en cellule unique'

Les progéniteurs fibro-adipogéniques (FAPs), cellules stromales mésenchymateuses (CSMs) résidentes du muscle squelettique, jouent un rôle crucial dans l’homéostasie et la régénération musculaire via leur activité paracrine. Les avancées technologiques récentes dans le domaine du séquençage de l’ARN en cellule unique ont permis la description de l’hétérogénéité de cette population cellulaire. Dans cet article, nous présenterons les différentes sous-populations de FAPs en condition basale, lésionnelle ou de dégénérescence, ainsi que leurs fonctions associées chez la souris et l’homme. Nous discuterons ensuite de l’origine extra-musculaire possible d’une population de FAPs post-lésionnelle. En effet, nos travaux récents démontrent que des CSMs provenant du tissu adipeux et infiltrées dans le muscle pourraient participer à l’hétérogénéité des FAPs.

Les traitements médicaux de l’hyperplasie bénigne et du cancer de la prostate reposent essentiellement sur l’inhibition de la signalisation androgénique. Bien qu’initialement efficaces, ces traitements sont tôt ou tard confrontés à une résistance thérapeutique. Des données récentes de séquençage d’ARN sur cellules uniques montrent que les cellules luminales survivant à la déprivation androgénique dans ces contextes pathologiques présentent un profil moléculaire semblable à celui de cellules luminales progénitrices, présentes en faible quantité dans un contexte physiologique. Ce profil moléculaire pourrait constituer un hub de résistance à la castration et résulter, en partie, de la reprogrammation des cellules luminales tumorales. L’inhibition thérapeutique de cette plasticité cellulaire constitue une piste prometteuse pour limiter la progression du cancer prostatique.

Astroblastoma is an uncommon, controversial neoplasm of the Central Nervous System (CNS) emerging from the glia. “Astroblastoma” as a terminology was initially coined in 1924 for a tumefaction characteristically emerging as a unique astrocytic glioma comprised of tumour cells configuring perivascular pseudo-rosettes and appearing immune reactive to Glial Fibrillary Acidic Protein (GFAP). Bucy and Bailey in 1930 delineated diverse macroscopic and microscopic features of the neoplasm with description of individual astroblasts as unipolar cells with broad “feet” amalgamating adjacent to vascular articulations. Subsequently in 1933, Cox categorized astroblastoma as a neoplasm transitioning between astrocytoma and glioblastoma multiforme.

Le développement de techniques originales de manipulation de la lumière ont permis de grandes avancées dans le domaine de l’optogénétique. Elles permettent d’étudier et de stimuler la communication au sein des circuits neuronaux et du cerveau avec une précision spatiale et temporelle correspondant à l’activation d’une cellule unique au sein d’un circuit.

Contexte : Une éclosion de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est survenue en Saskatchewan du 12 septembre au 20 octobre 2020. L’événement index, la fréquentation d’un centre d’entraînement physique local, a donné naissance à six éclosions/agrégats de cas supplémentaires dans de multiples contextes. Il s’agissait d’une école secondaire, d’un hôpital, de trois lieux de travail (A, B et C) et de plusieurs ménages. L’aggrégat comprenait 63 cas au total, soit 27 membres du centre d’entraînement et 36 autres cas de deuxième, troisième et quatrième génération. Méthodes : Tous les cas de COVID-19 liés à l’éclosion et confirmés en laboratoire ont été inclus dans l’analyse. Les autorités locales de santé publique ont interrogé tous les cas et les contacts et ont mené des enquêtes environnementales dans le centre d’entraînement physique. Nous avons utilisé des méthodes épidémiologiques descriptives pour comprendre la dynamique de transmission de l’aggrégat associé au centre d’entraînement en utilisant l’enquête des cas, l’enquête sur les contacts et les données de laboratoire, y compris le séquençage du génome entier. Résultats : Les données de séquençage ont confirmé la lignée unique des cas liés à l’aggrégat (n = 32 séquencés; coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 [SRAS-CoV-2] lignée B.1.1.72). En plus de la fréquentation du centre d’entraînement, des cas infectieux fréquentaient l’école secondaire et étaient impliqués dans d’autres activités. Malgré la transmission continue dans le centre d’entraînement, aucun cas secondaire n’a été identifié dans l’école secondaire où quatre élèves appartenant à l’aggrégat ont assisté à des cours pendant leur période infectieuse. Conclusion : Nous décrivons une éclosion de COVID-19 où le ou les cas index fréquentaient un centre d’entraînement, et où la propagation s’est poursuivie pendant 38 jours malgré le dépistage et l’isolement des cas positifs au cours de cette période. En raison de la fréquentation du centre d’entraînement au fil du temps, la fermeture à court terme et le nettoyage peuvent ne pas interrompre les chaînes de transmission. Une mesure de santé publique ciblée et préventive dans les installations d’entraînement physique peut être justifiée. Les mesures de contrôle ont permis de limiter la propagation dans les écoles.

Allèle : une des formes alternatives d'un locus. Dans une cellule diploïde, il y a deux allèles pour chaque locus (un allèle transmis par chaque parent), qui peuvent être identiques. Dans une population, on peut avoir plusieurs allèles pour un locus.Annotation structurale : repérage des coordonnées des diverses structures dans le génome, telles que les gènes.Annotation fonctionnelle : renseignements sur les fonctions des séquences, le plus souvent pour les gènes.BAC : Bacterial Artificial Chromosome. Vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant un grand fragment d’ADN génomique (taille > 100 kb*). Les BAC assemblés en contigs* sont à la base des cartes physiques du génome.Carte cytogénétique : carte des chromosomes. Réalisée par localisation visuelle (FISH*) au microscope de fragments d’ADN sur les chromosomes au stade métaphase de la mitose.Carte d’hybrides irradiés : réalisée en testant par PCR la présence ou l’absence de fragments d’ADN dans une collection de clones d’hybrides irradiés (RH*). Deux fragments d’ADN sont proches sur le génome s’ils sont trouvés fréquemment dans les mêmes clones.Carte génétique : obtenue par l’étude de la ségrégation dans des familles ou des populations, de marqueurs polymorphes, soit moléculaires, soit phénotypiques, deux séquences étant d’autant plus proches qu’elles sont souvent transmises ensemble lors de la méiose.Clonage positionnel : stratégie visant à identifier un gène responsable de l’expression d’un phénotype en utilisant des informations de position sur le génome.Contig : ensemble de clones (le plus souvent des BAC*) ou de lectures de séquence ordonnés grâce à des informations sur leur parties chevauchantes.Cosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragments d’ADN génomique de taille avoisinant les 50 kb*.CNV : Copy Number Variation ; polymorphisme du génome correspondant à la variation du nombre de copies d’une séquence, pouvant dans certains cas contenir un ou plusieurs gènes.Déséquilibre gamétique : pour deux loci quelconques, c'est le fait que la fréquence des haplotypes* estimée pour tous les gamètes est différente de celle attendue à partir du produit des fréquences alléliques de chaque locus. Synonyme : déséquilibre de liaison. Contraire de : équilibre gamétique.Dominance : qualificatif de l’effet d'un allèle, dont une copie suffit à l'expression du phénotype* approprié. L’allèle A est dominant sur l’allèle a si l’hétérozygote* Aa a le même phénotype* que l’homozygote AA.EST : Expressed Sequence Tag : séquences étiquettes (partielles) de transcrit, obtenues par séquençage aléatoire d’ARN.Evaluation génomique : évaluation de la valeur génétique d’individus d’après leurs génotypes pour un ensemble de loci distribués sur le génome, d’après des équations établies à partir des performances d’individus de référencephénotypés et génotypés.Expression génique : études visant à estimer le niveau de production (expression) des gènes en fonction d’états physiologiques ou de tissus différents.Exon : fraction de la partie codante d’un gène eucaryote. Les gènes des organismes eucaryotes sont le plus souvent fractionnés en plusieurs séquences d’ADN dans le génome, les exons, séparés entre eux par d’autres séquences (introns*).FISH : Fluorescent In Situ Hybridisation. Hybridation de sondes d’ADN marquées à l’aide d’un fluorochrome, sur des chromosomes au stade métaphase de la mitose. Permet la réalisation de la carte cytogénétique.Fingerprinting : technique permettant d’estimer très grossièrement la similarité entre des séquences d’ADN sans les séquencer, par la comparaison des longueurs de bandes produites par des enzymes de restriction coupant l’ADN à des sites précis.Fosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille déterminée et égale à 40 kb*.FPC : FingerPrint Contig* ; contig* de clones (généralement des BAC*) ordonnés par la technique du fingerprinting, afin d’obtenir une carte physique du génome.Génotype 1 : constitution génétique d'un individu. 2. Combinaison allélique* à un locus particulier, ex: Aa ou aa.Haplotype : combinaison allélique spécifique pour des loci appartenant à un fragment de chromosome défini.Héritabilité au sens strict : proportion de la variance phénotypique due à la variabilité des valeurs génétiques = proportion de la variance phénotypique due à la variance génétique additive.Hétérozygote : individu ayant des allèles non identiques pour un locus* particulier ou pour plusieurs loci. Cette condition définit l’ «hétérozygotie». Contraire de: homozygote.Homologues : séquences similaires en raison d’une origine évolutive commune.Hybride irradié : cellule hybride obtenue par fusion entre cellules hôte d’une espèce et donneuse d’une autre espèce, contenant une fraction aléatoire du génome de l’espèce donneuse, après cassures par irradiation, reconstitution aléatoire de chromosomes ou insertion dans des chromosomes de la cellule hôte et rétention partielle. Deux séquences proches sur le génome sont en probabilité dans les mêmes clones RH*, tandis que deux séquences distantes ont une probabilité faible d’être conservées ensemble.IBD : pour identity by descent. Identité entre deux chromosomes (ou parties de chromosomes), liée à leur descendance d’un même chromosome ancestral.Indel : Insertion – deletion ; polymorphisme de présence ou absence d’un ou plusieurs nucléotides.Intron : séquence non-codante dans les gènes, séparant les exons, qui codent pour une protéine.Kb : kilobase ; séquence de mille paires de bases (pb*).Locus (pl. : loci) : Site sur un chromosome. Par extension, emplacement d’un gène ou d’un marqueur génétique sur un chromosome.Marqueur génétique : séquence d'ADN dont le polymorphisme est employé pour identifier un emplacement particulier (locus) sur un chromosome particulier.Mate-pair : séquences appariées (1 à 10 kb* de distance), produites en circularisant les fragments d’ADN, puis par séquençage à travers le point de jointure.Mb : mégabase ; séquence d’un million de paires de bases (pb*) de longueur.Orthologues : séquences homologues* entre deux espèces.Paired-end : séquences appariées produites par la lecture des deux extrémités de courts fragments d’ADN (moins de 500 pb*) dans le cas des nouvelles technologies de séquençage.Paralogues : séquences homologues* résultat de la duplication d’une séquence ancestrale dans le génome. Il s’agit de deux (ou plus) séquences similaires par homologie dans un même génome.Pb : paire de base ; unité de séquence d’ADN, représentée par une base et sa complémentaire-inverse sur l’autre brin.Phénotype : caractère observable d'un individu résultant des effets conjugués du génotype et du milieu.Phylogénomique : utilise les méthodes de la génomique et de la phylogénie. Par la comparaison de génomes entiers, permet de mettre en évidence des pertes et gains de gènes dans les génomes, ainsi que leur variabilité moléculaire, afin (entre autres buts) d’aider à prédire leur fonctions.Plasmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille allant de 500 pb* à 10 kb* environ.Polymorphisme d'ADN : existence de deux ou de plusieurs allèles* alternatifs à un locus.Puce à ADN ou puce pangénomique : Système permettant pour un individu le génotypage simultané de très nombreux marqueurs génétiques (de quelques milliers à quelques centaines de milliers).QTL : abréviation de locus à effets quantitatifs (de l’anglais Quantitative Trait Locus).Récessivité : qualificatif de l’effet d'un allèle, où l'homozygotie* est nécessaire pour l'expression du phénotype* approprié. opposé de : dominance*.RH : Radiation Hybrid (hybride irradié*)Sanger (méthode de) : méthode de séquençage publiée en 1977 (Sanger et al 1977) et encore utilisée de nos jours avec les séquenceurs à électrophorèse capillaire.Scaffold : ensemble de contigs* de séquence reliés entre eux par des informations apportées par des lectures appariées (mate-pairs* ou paired-ends*).Sélection assistée par marqueurs (abréviation : SAM) : utilisation d’un jeu restreint de marqueurs de l'ADN pour améliorer la réponse à la sélection dans une population : les marqueurs sont choisis comme étroitement liés à un ou plusieurs loci cibles, qui sont souvent des loci à effets quantitatifs ou QTL*.SNP : polymorphisme d'un seul nucléotide à une position particulière de la séquence d’ADN (abréviation de l’anglais Single Nucleotide Polymorphism).Supercontig : nom alternatif pour les scaffolds*.WGS : Whole Genome Shotgun ; production de lectures de séquence d’un génome entier de manière aléatoire.

Projetée trois semaines après le lancement de l’opération, la cellule de coordination et d’évacuation de blessés est un maillon incontournable du soutien santé du théâtre. L’immensité du territoire malien, l’entrée en premier, mais également la dureté des combats associée à une rusticité des conditions de vie, ont constitué autant de défis pour le personnel du Service de santé des armées projeté sur place. Le flux des blessés dans les premières semaines, le faible nombre de vecteurs aériens et le point unique d’évacuation vers la métropole ont bien démontré l’impérieuse nécessité d’une régulation des demandes d’évacuation médicale associée à un suivi des patients en temps réel. Nous proposons de décrire cet outil projeté pour la deuxième fois sur un théâtre et qui fait partie intégrante de la chaîne du soutien médical en opération extérieure mais aussi de la chaîne de conduite des opérations.

La situation de la Guyane-Française, département français d’Amérique, est un exemple fort de l’exigence de prendre en compte les paramètres transculturels pour comprendre et agir sur la prévention du suicide. On distingue, dans cette région, la population vivant sur le littoral ayant accès aux principales ressources et la population vivant dans les communes de l’intérieur. En effet, les peuples de la Guyane sont irrégulièrement répartis sur 84 000 km2. Certains villages sont éloignés des structures de soins et de santé parfois de plusieurs jours de pirogues. Les dernières études de l’OMS démontrent que les risques du suicide croissent avec l’éloignement des centres urbanisés. La population résidant sur les deux fleuves de la Guyane et à l’Intérieur (espace forestier amazonien) présente une vulnérabilité au suicide supérieure à tous les autres segments de la société guyanaise et française. Ces suicides sont essentiellement le fait de jeunes. La question du suicide chez les populations autochtones de la Guyane révèle un mal être profond qui dépasse la simple conception médicopsychologique du risque de passage à l’acte. Les causes de ce phénomène sont pluridimensionnelles et regroupent entre autres des facteurs psychologiques, sociaux, anthropologiques, écologiques et politiques. Si les passages à l’acte sont dans la majorité des cas liés à une consommation excessive d’alcool et déclenchés par des motifs au premier abord anodins (différends familiaux, obstacle à l’achat de produits de consommation), ils résultent plutôt de la manifestation extrême d’un mal-être bien plus profond. Pertes de repères liés à la modification brutale des modes de vie, déstructuration de la cellule familiale, inactivité en particulier chez les jeunes, échecs scolaires, absence de perspectives d’avenir et isolement sont des motifs qui peuvent expliquer le comportement suicidaire. Un partenaire majeur dans cette réflexion est le CCPAB (Conseil consultatif des populations amérindiennes et Bushininge de Guyane), instance auprès de la future collectivité unique, siégeant à la Préfecture, spécifique aux DOM, qui fait du suicide des autochtones un axe prioritaire de lutte. C’est une démarche intégrative de ces dimensions pour une évaluation globale avec des outils spécifiques que nous construisons au sein de l’équipe Inserm (Ipsom) à laquelle est adossée la CeRMEPI (cellule régionale pour le mieux être des populations de l’intérieur) créée par le préfet. Cette prise en charge holistique permettra d’aider le travail plus spécifiquement médical de prévention et de soins qui est actuellement effectué par les services de psychiatrie de Guyane grâce aux équipes mobiles et à la CUMP (cellule d’urgence médicopsychologique).

La myopathie de Bethlem (BM) est une maladie caractérisée par des rétractions et une faiblesse musculaires. Cette pathologie résulte de mutations dans un des gènes codant l’une des trois chaînes α du collagène VI (COLVI), un composant de la matrice extracellulaire musculaire squelettique. Aujourd’hui, une question non résolue est de comprendre comment l’altération de COLVI présent à l’extérieur des cellules musculaires conduit à des modifications fonctionnelles dans les fibres musculaires. Le modèle poisson zèbre col6a1Δex14 est actuellement un modèle animal unique de la BM puisqu’il est le seul à reproduire spécifiquement l’une des mutations la plus fréquemment retrouvée chez les patients. Chez les patients et le poisson col6a1Δex14, la structure du réticulum sarcoplasmique est altérée, suggérant une perturbation de l’homéostasie calcique musculaire et/ou des canaux ioniques qui, en contrôlant cette homéostasie, jouent un rôle crucial dans la fonction et la pathogenèse musculaire. Notre projet vise ainsi à étudier à l’aide de techniques électrophysiologiques et de mesure de Ca2+ les propriétés des canaux ioniques et la régulation du Ca2+ intracellulaire au repos et en activité dans la fibre musculaire du poisson col6a1Δex14. Nos recherches devraient contribuer à mieux comprendre comment la perturbation de la matrice influe sur la fonction musculaire et conduire à terme à identifier des cibles thérapeutiques pour traiter cette maladie actuellement incurable. Enfin, du fait de la rareté des études fonctionnelles sur la cellule musculaire de poisson zèbre, ce projet permettra de constituer une base de données de référence sur les propriétés électrophysiologiques de ce modèle.

RÉSUMÉL’Étude longitudinale canadienne sur le vieillissement (ÉLCV) a progressé à partir d’une vision lancée par l’Institut du vieillissement des IRSC en 2001 à une plateforme nationale de recherche subventionnée par le fédéral en 2008. Le développement du protocole d’ÉLCV a été mis en valeur par une série d’examens internationaux par les pairs, un comité de coordination multisectoriel, et un comité des IRSC des questions d’éthique, juridiques, et sociales; chacun était essentiel à l’excellence de la science et à rendre l’ÉLCV pertinente aux secteurs multiples. L’équipe de recherche de l’ÉLCV, menée par trois cochercheurs principaux (Kirkland, Raina, et Wolfson), a développé un protocole unique se concentrant sur le vieillissement de la cellule à la société – conçue pour suivre 50 000 personnes âgées entre 45 à 85 ans, sur une période de 20 ans années. Une association stratégique avec Statistique Canada a été cruciale au développement et au lancement de l’ÉLCV. L’ÉLCV contribuera à notre compréhension des transitions et de la trajectoire chez une population qui vieillit, et différera des études longitudinales du vieillissement dans le monde entier par rapport á l’ampleur de sa portée, le recrutement des moins âgés dans l’étude (âge 45), la diversité ethno-culturelle de la population du Canada, et au potentiel de lier des données rassemblées aux données administratives de santé au niveau provincial. L’étude d’IRSC est une étude novatrice longitudinale, basée sur la population, qui sera une ressource de recherche sans précédent soutenant la recherche multidisciplinaire et la prise de décision fondée sur des faits dans le domaine du vieillissement au Canada.

Le groupe "Ingestion" du Département Elevage et Nutrition des Animaux contribue, par des échanges interdisciplinaires, à une meilleure compréhension des facteurs de variation de la consommation alimentaire et à favoriser le développement de nouvelles méthodes de mesures qui puissent être appliquées à différents types d’élevages. La palatabilité d’un aliment, analysée dans le dossier précédent (INRA Prod. Anim., 9, 337-366) dépend pour une large mesure de l’expérience alimentaire d’un animal. La mesure de la palatabilité pendant des tests de courte durée ne permet donc que difficilement de caractériser l’ingestibilité d’un aliment chez les animaux mono ou polygastriques. Une prévision intégrée de la consommation peut être obtenue grâce à un modèle global comme celui proposé par Sauvant et al (réunion du groupe ingestion du 9-10-95). Au coeur de ce modèle, la bouchée (ou la becquée) représente l’acte élémentaire conduisant à l’ingestion. De durée comparable chez l’herbivore ruminant et chez le poulet granivore, il est le premier contact physique entre l’animal et l’aliment. A ce titre, il est apparu important au groupe "Ingestion" de dresser un état des connaissances sur cet acte central de la prise alimentaire. Les organes qui permettent aux animaux de reconnaître et saisir de la nourriture sont adaptés depuis des millions d’années à des conditions environnementales complexes. "La connaissance de la nutrition peut masquer le fait que les animaux sont des nutritionnistes depuis que la première cellule assimila des nutriments et se reproduisit à la fin du précambrien, il y a quelques milliards d’années et que les herbivores paissent efficacement depuis 65 millions d’années sans l’assistance des hommes." (Provenza 1995 in: Ruminant Physiology, F. Enke Verlag (ed), Stuttgart (Deu), 233-247). Les conditions d’élevage placent aujourd’hui l’animal dans des situations différentes selon le type de production. Dans ce dossier deux situations opposées sont décrites. Les conditions hétérogènes du parcours étudiées par Michel Meuret imposent une gestion spatio-temporelle optimale des ressources disponibles. A l’autre extrême les volailles reçoivent un aliment unique dans un environnement simplifié analysé par Michel Picard et al. Entre ces deux situations il existe une communauté d’approche méthodologique que Sophie Prache et Jean-Louis Peyraud illustrent en analysant d’abord la préhension de l’herbe par les ruminants. Au-delà des mécanismes physiologiques de régulation et malgré les particularités de chacune des espèces animales, ces articles montrent qu’il est important de ne pas négliger les aspects de structure et de spatialisation des aliments dans le déterminisme de la prise alimentaire.

A la question «Qui de l’oeuf ou de la poule est né le premier ?» Silésius répondait «l’oeuf est dans la poule et la poule dans l’oeuf» soulignant sa dualité, le passage du deux en un. Dans l’imagerie populaire, l’oeuf reflète le tout et son contraire, fragilité, protection, épargne, abondance (être «plein comme un oeuf»), richesse («avoir pondu ses oeufs»), éternité (le Phénix est né de l’oeuf) mais aussi mort et destruction («casser ses oeufs» se dit d’une fausse couche). Dans la mythologie de nombreuses civilisations, l’oeuf est le symbole de la naissance du monde (Apollon, le dieu grec de la lumière est né de l’oeuf). L’oeuf décoré apparu 3000 ans avant J.-C. en Ukraine fête, au printemps, le retour de la fécondité de la nature ; l’oeuf de Pâques la résurrection du Christ. L’oeuf est un tout à condition d’en sortir ! Fragile cependant car selon La Fontaine briser l’oeuf de la poule aux oeufs d’or (par curiosité) rompt l’effet magique (Auer et Streff 1999). Pour l’Homme, l’oeuf séduit pour sa valeur nutritionnelle, sa diversité d’utilisation en cuisine et son prix modique. Il en existe une grande diversité, de l’oeuf de Colibri (0,5 g) à l’oeuf de l’Aepyornis (8 litres soit l’équivalent de 150 oeufs), un oiseau de Madagascar (500 kg) disparu au 18ème siècle. Mais l’Homme ne consomme que l’oeuf de caille, de poule ou de cane. L’ère moderne a considérablement intensifié la production de ces deux dernières espèces car les poules saisonnées, qui étaient élevées avec soin par la fermière, ont plus que doublé leur production en 60 ans (de 120 oeufs par an dans les années 50 à plus de 300 aujourd’hui). Cette révolution technique résulte des efforts conjugués de la sélection génétique, d’une alimentation raisonnée répondant aux besoins nutritionnels, d’une évolution du système de production (apparition des cages) et d’une meilleure connaissance de la pathologie aviaire. Qu’en est-il du contrôle de la qualité nutritionnelle, organoleptique, technologique et hygiénique de l’oeuf ? L’oeuf est la plus large cellule reproductrice en biologie animale. Il assure dans un milieu externe le développement et la protection d’un embryon dans une enceinte fermée matérialisée par la coquille. Aussi, une de ses particularités est la diversité de ses constituants, de leur parfait équilibre nutritionnel et leur forte digestibilité, qui assure la croissance d’un être vivant. Ces caractéristiques sont à l’origine de la qualité nutritionnelle exceptionnelle de l’oeuf pour l’Homme. Une autre particularité est la présence d’une protection physique, la coquille mais, aussi d’un système complexe de défenses chimiques. Aussi, ce produit est-il remarquable de par son aptitude à engendrer la vie et pour l’oeuf de table à se conserver. Outre les éléments nutritifs, on y trouve de multiples molécules participant au développement et à la protection de l’embryon (molécules antibactériennes, antivirales, antioxydantes). Certaines d’entre elles, comme par exemple le lysozyme de blanc d’oeuf, sont partiellement valorisées par différents secteurs industriels (agroalimentaire, cosmétique, santé animale/humaine). La révélation récente d’un grand nombre de nouveaux constituants de l’oeuf, suite au séquençage génomique de la poule et au développement de la biologie intégrative, a conforté l’existence d‘activités antimicrobiennes, anti-adhésives, immuno-modulatrices, hypertensives, anticancéreuses, antiinflammatoires ou cryoprotectrices, prometteuses en médecine humaine et devrait à terme enrichir le potentiel d’utilisation de ce produit en agroalimentaire et en santé. L’objet de ce numéro spécial d’INRA Productions Animales est de rassembler les principales informations qui ont contribué au développement économique récent de ce produit, de rappeler les efforts en génétique, élevage et nutrition qui ont assuré des progrès quantitatifs et qualitatifs remarquables de la production et de la qualité des oeufs au cours des trente dernières années. Les poules élevées à l’origine par la femme pour un usage domestique se comptent aujourd’hui par milliers dans les élevages. Quelle sera la durabilité de ce système d’élevage dans un contexte socio-économique européen remettant en cause en 2012 le système éprouvé de production conventionnel d’oeufs en cage pour des cages aménagées ou des systèmes alternatifs avec ou sans parcours ? Notre objectif est d’analyser les facteurs qui contribueront à son maintien, notamment le contrôle de la qualité de l’oeuf. Il est aussi de décrire l’évolution spectaculaire des connaissances sur ce produit liée au développement des techniques à haut débit et des outils d’analyse des séquences moléculaires. Il permettra enfin d’actualiser les atouts de ce produit. Ce numéro est complémentaire d’un ouvrage plus exhaustif sur la production et la qualité de l’oeuf (Nau et al 2010). Le premier article de P. Magdelaine souligne la croissance considérable en 20 ans de la production d’oeufs dans les pays d’Asie et d’Amérique du Sud (× 4 pour la Chine, × 2 en Inde et au Mexique). En revanche, les pays très développés notamment européens à forte consommation (> 150 oeufs/hab) ont stabilisé leur production malgré une évolution importante de la part des ovoproduits mais aussi de leurs systèmes de production. La consommation des protéines animales entre pays est tout aussi hétérogène puisque le ratio protéines de l’oeuf / protéines du lait varie de 0,4 au USA, à 0,9 en France et 2,7 en Chine ! Le doublement de la production mondiale d’oeufs en 20 ans n’a été possible que grâce à des progrès techniques considérables. La sélection génétique a renforcé les gains de productivité (+ 40 oeufs pour une année de production et réduction de l’indice de consommation de 15% en 20 ans !). L’article de C. Beaumont et al décrit cette évolution, la prise en compte croissante de nouveaux critères de qualité technologique, nutritionnelle ou sanitaire. Ces auteurs soulignent les apports des nouvelles technologies, marqueurs moléculaires et cartes génétiques sur les méthodes de sélection. Ils dressent un bilan actualisé des apports et du potentiel de cette évolution récente en sélection. Le séquençage génomique et le développement de la génomique fonctionnelle est aussi à l’origine d’une vraie révolution des connaissances sur les constituants de l’oeuf comme le démontre l’article de J. Gautron et al. Le nombre de protéines identifiées dans l’oeuf a été multiplié par plus de dix fois et devrait dans un avenir proche permettre la caractérisation fonctionnelle de nombreuses molécules. Il donne aussi de nouveaux moyens pour prospecter les mécanismes d’élaboration de ce produit. Un exemple de l’apport de ces nouvelles technologies est illustré par l’article de Y. Nys et al sur les propriétés et la formation de la coquille. Des progrès considérables sur la compréhension de l’élaboration de cette structure minérale sophistiquée ont été réalisés suite à l’identification des constituants organiques de la coquille puis de l’analyse de leur fonction potentielle élucidée grâce à la disponibilité des séquences des gènes et protéines associés. La mise en place de collaborations internationales associant de nombreuses disciplines, (microscopie électronique, biochimie, cristallographie, mécanique des matériaux) a démontré le rôle de ces protéines dans le processus de minéralisation et du contrôle de la texture de la coquille et de ses propriétés mécaniques. Cette progression des connaissances a permis de mieux comprendre l’origine de la dégradation de la solidité de la coquille observée chez les poules en fin d’année de production. La physiologie de la poule est responsable d’évolution importante de la qualité de l’oeuf. Aussi, l’article de A. Travel et al rappelle l’importance d’effets négatifs de l’âge de la poule contre lequel nous disposons de peu de moyens. Cet article résume également les principales données, souvent anciennes, concernant l’influence importante des programmes lumineux ou de la mue pour améliorer la qualité de l’oeuf. Enfin, il souligne l’importance de l’exposition des poules à de hautes températures ambiantes sur leur physiologie et la qualité de l’oeuf. Le troisième facteur indispensable à l’expression du potentiel génétique des poules, et déterminant de la qualité technologique et nutritionnelle de l’oeuf, est la nutrition de la poule. Elle représente plus de 60% du coût de production. L’article de I. Bouvarel et al fait le point sur l’influence de la concentration énergétique de l’aliment, de l’apport en protéines et acides aminés, acides gras et minéraux sur le poids de l’oeuf, la proportion de blanc et de jaune ou sa composition notamment pour obtenir des oeufs enrichis en nutriments d’intérêt en nutrition humaine. Cependant, la préoccupation principale des éleveurs depuis une dizaine d’année est la mise en place en 2012 de nouveaux systèmes de production d’oeufs pour assurer une meilleure prise en compte du bien-être animal. L’article de S. Mallet et al traite de l’impact des systèmes alternatifs sur la qualité hygiénique de l’oeuf. Ces auteurs concluent positivement sur l’introduction de ces nouveaux systèmes pour la qualité hygiénique de l’oeuf une fois que les difficultés associées aux méconnaissances d’un nouveau système de production seront résolues. La qualité sanitaire de l’oeuf est la préoccupation majeure des consommateurs et un accident sanitaire a des conséquences considérables sur la consommation d’oeufs. L’article de F. Baron et S. Jan résume d’une manière exhaustive l’ensemble des éléments déterminants de la qualité microbiologique de l’oeuf et des ovoproduits : mode de contamination, développement des bactéries dans les compartiments de l’oeuf, défenses chimiques du blanc et moyens pour contrôler la contamination des oeufs et des ovoproduits. Le consommateur ne souhaite pas, à juste titre, ingérer d’éventuels contaminants chimiques présents dans ses aliments. L’article de C. Jondreville et al analyse ce risque associé à la consommation des oeufs. Il est exceptionnel de détecter la présence de polluants organiques au seuil toléré par la législation. Les auteurs insistent notamment sur l’importance de contrôler la consommation par les animaux élevés en plein air de sols qui peuvent être une source de contaminants. Une caractéristique de l’évolution de la production d’oeufs est le développement des ovoproduits qui répondent parfaitement à l’usage et à la sécurité sanitaire exigée en restauration collective. L’article de M. Anton et al décrit le processus d’obtention et l’intérêt des fractions d’oeufs du fait de leurs propriétés technologiques (pouvoirs moussant, foisonnant, gélifiant ou émulsifiant). Les différents processus de séparation, de décontamination et de stabilisation sont analysés pour leur effet sur la qualité du produit final. Enfin le dernier article de ce numéro spécial de F. Nau et al se devait d’aborder la principale qualité de l’oeuf qui conditionne son usage : la qualité nutritionnelle de ce produit pour l’Homme. Cet article actualise l’information dans ce domaine et fait le point sur les atouts nutritionnels en tentant de corriger de fausses idées. L’oeuf présente un intérêt nutritionnel du fait de la diversité et l’équilibre de ces constituants pour l’Homme mais mériterait plus d’études pour mieux évaluer son potentiel réel. En conclusion, l’oeuf est la source de protéines animales ayant la meilleure valeur nutritionnelle, la moins chère, facile d’emploi et possédant de nombreuses propriétés techno-fonctionnelles valorisées en cuisine. Dans les pays développés, l’oeuf a souffert jusqu’à aujourd’hui d’une image entachée par plusieurs éléments négatifs aux yeux des consommateurs : sa richesse en cholestérol, le risque sanitaire associé à sa consommation sous forme crue ou son système de production en cage. L’évolution des connaissances sur le risque cardio-vasculaire, les progrès réalisés sur le contrôle sanitaire des Salmonelloses en Europe et la modification radicale des systèmes de production d’oeufs devraient modifier positivement son image. La consommation de protéines de l’oeuf a augmenté de plus de 25% en 20 ans (2,53 g/personne/j vs 4,3 g pour le lait en 2005) et poursuivra sa croissance rapide notamment dans les pays en développementoù sa consommation par habitant reste faible. Cette évolution considérable de la production de ce produit devrait être mieux intégrée dans les formations des écoles spécialisées en productions animales. L’oeuf restera dans l’avenir une des sources de protéines animales dominantes et l’acquisition de connaissances sur la fonction des nombreux constituants récemment mis à jour devait renforcer son intérêt pour la santé de l’Homme. Je ne voudrais pas terminer cette préface sans remercier au nom des auteurs, Jean-Marc Perez, le responsable de la revue INRA Productions Animales, d’avoir pris l'initiative de la publication de ce numéro spécial dédié à l'oeuf et d’avoir amélioré par plusieurs lectures attentives la qualité finale des textes. Je voudrais aussi adresser mes remerciements à sa collaboratrice Danièle Caste pour le soin apporté dans la finition de ce document. Enfin, je n'oublie pas le travail d'évaluation critique des projets d'article par les différents lecteursarbitres que je tiens à remercier ici collectivement. Auer M., Streff J., 1999. Histoires d’oeufs. Idées et Calendes, Neuchatel, Suisse, 261p.Nau F., Guérin-Dubiard C., Baron F., Thapon J.L., 2010. Science et technologie de l’oeuf et des ovoproduits, Editions Tec et Doc Lavoisier, Paris, France, vol 1, 361p., vol 2, 552p.

Le miel est traditionnellement consommé dans les îles de l’océan Indien et utilisé également pour ses propriétés cosmétiques et thérapeutiques. Ce produit, issu du nectar de fleurs ou de miellat d’insectes, est collecté et transformé par les abeilles produisant ainsi un miel unique caractéristique de la flore de chaque île. A l’issue de la récolte, l’apiculteur doit nor­malement veiller à ce que le miel soit conforme et respecte des caractéristiques physico-chimiques spécifiques selon les recom­mandations du Codex alimentarius. De plus, il doit indiquer des informations, comme l’origine botanique et géographique, sur chaque pot de miel vendu. En pratique il est toutefois très diffi­cile de vérifier l’exactitude de ces informations, d’autant qu’elles sont mises en avant comme argument de vente.La spectrométrie dans le proche infrarouge (SPIR), basée sur les propriétés physiques d’absorption de la lumière par les com­posés organiques, peut être un outil de contrôle et de traçabi­lité des miels mis sur le marché (1, 3). L’objectif principal de cette étude a été d’évaluer la faisabilité d’un contrôle qualité (authentification de l’origine botanique et/ou géographique et détection d’adultération) des miels commerciaux produits dans l’océan Indien. Les perspectives de cette méthode de laboratoire sont importantes dans le cadre du développement des filières apicoles, notamment lorsqu’elles sont orientées vers les marchés d’exportation et vers la promotion de leur qualité auprès de consommateurs désireux de profiter de produits d’excellence et fortement attachés à des territoires insulaires uniques.Au total, 625 miels des pays de l’océan Indien (tableau I) ayant diverses origines botaniques (tableau II) ont été mesurés sans ajustement à 30 °C et après ajustement à 70 °Brix avec de l’eau distillée (3). La mesure a été réalisée en réflexion diffuse à l’aide d’une cellule ronde avec un fond réflecteur doré (trajet optique 0,1 mm) sur un spectromètre FOSS NIRSystem 5000 (1 100–2 500 nm, 2 nm). En parallèle, les mesures du degré Brix, de l’humidité et de la conductivité des miels bruts ont été réalisées au laboratoire. Après l’analyse en composantes prin­cipales (ACP) de la base spectrale des 625 miels et le calcul des distances H de Mahalanobis, 83 miels ont été identifiés comme spectralement atypiques et retirés du jeu de données (tableau I). Sur la base des distances spectrales (H, Mahalanobis), 64 miels représentatifs des 542 miels retenus ont été sélectionnés, ajustés à 70 °Brix, puis adultérés avec du sirop de sucre de canne du commerce (Mascarin®) à 25 et à 10 p. 100 par pesée.Les modèles prédictifs des teneurs en humidité, Brix et conducti­vité ont été établis en utilisant la régression modified partial least square (M-PLS) du logiciel WinISI 3 (Infrasoft, Port Mathilda, PA, Etats-Unis). Les modèles PLS ont été réalisés sur la base des dérivées premières des spectres normalisés (SNV) et corri­gés pour la ligne de base (Detrend). Pour expliquer les critères géographiques et botaniques, nous avons utilisé une méthode non supervisée de discrimination (Cluster Analysis, Unscrumbler 10.3, CAMO, Oslo, Norvège), qui constitue des groupements naturels, sur la base des distances spectrales. Les spectres des miels non adultérés ont servi de base pour définir un espace multidimensionnel (ACP centrée, non réduite sur dérivée seconde des spectres bruts). La projection des spectres (dérivée seconde des spectres bruts) des miels adultérés sur cet espace a permis d’identifier un plan factoriel (CP1–CP7) expliquant 65 p. 100 de la variance totale, sur lequel les miels adultérés étaient nettement séparés des miels non adultérés. Les modèles d’étalonnage obtenus par régression PLS pour le degré Brix, l’humidité et la conductivité ont été performants avec des R² de l’ordre de 0,92 et des erreurs de validation croisée acceptables (tableau III) (figure 1).Les essais de groupement des individus sur la base de leur spectre (recherche de clusters), de même que l’utilisation d’autres méthodes mathématiques, comme l’analyse discrimi­nante linéaire (LDA) et la classification support vecteur machine (SVM) à partir des origines géographiques et botaniques n’ont pas donné de résultats satisfaisants (tableau IV). Cette impossi­bilité de discriminer les miels de l’océan Indien serait peut-être due à une identification botanique imprécise des miels. Sans analyses polliniques des échantillons de miels, les origines bota­niques ne peuvent être certifiées, en particulier les miels dits monofloraux. Plusieurs hypothèses peuvent expliquer l’impos­sibilité de discriminer les miels de l’océan Indien en fonction de leur origine géographique et/ou botanique. Parmi elles, les différences chimiques caractéristiques de l’origine géographique et/ou botanique correspondent à des classes de composés (aro­matiques par exemple) qui n’impactent pas suffisamment les empreintes spectrales, ne permettant pas de trouver des fac­teurs discriminants. La projection des miels adultérés à 25 p. 100 (figure 2), sur la base de miels non adultérés montre une sépara­tion nette des populations. En revanche, pour un niveau d’adul­tération à 10 p. 100, la séparation n’est pas évidente (figure 3).Les résultats obtenus montrent que la spectrométrie dans le proche infrarouge peut être utilisée pour prédire certains para­mètres physico-chimiques des miels. Ces premiers résultats montrent que la constitution d’une base spectrale de miels adultérés à différents niveaux au laboratoire, associée à des méthodes de régression ou de discrimination devrait permettre l’identification de miels non-conformes, comme montré précé­demment par Rios-Corripio et coll. (2).Ces résultats ne permettent pas, dans l’état actuel, de différencier l’origine géographique et botanique des miels collectés dans le commerce. La limite de détection des miels adultérés par du sucre de canne devra être déterminée. Elle se trouve entre 10 et 25 p. 100. Les fraudeurs adultérant fréquemment les miels avec du glucose, il serait important de poursuivre les essais avec ce produit. Il est donc possible de détecter, par la technique SPIR, des altérations importantes du miel par ajout de sucre de canne.

(francuski) Plusieurs sources historiques nous sont parvenues qui attestent le r?le actif des cultes de saint Simeon et saint Sava, les premiers saints de l'Eglise Serbe. Tout en ?tant compl?mentaires, ces deux cultes diff?rent par leur fonction, notamment du fait que saint Simeon, fondateur de l'Etat et de la dynastie serbes, est c?l?br? comme un saint myroblite, alors que saint Sava, premier archev?que de l'Eglise serbe ind?pendante, est v?n?r? comme un saint thaumaturge. Leur fusion en un culte faisant l'objet d'une c?l?bration unique a eu lieu ? l'?poque du roi Milutin (1282-1321). Le pr?sent article ?tablit que la formation finale du nouveau programme monarchique de Milutin, probablement inspir? par la communaut? monastique de Chilandar, se situe entre 1314-1316 et 1321. Outre l'observation g?n?rale de la fonction de ce culte et de sa polys?mie, nous proc?dons ?galement ? une analyse du ph?nom?ne constitu? par les pri?res de saint Sim?on et saint Sava apparaissant dans les chartes de l'?poque du roi Milutin ? indice certain de l'efficacit? reconnue du nouveau culte ? et de ses implications politiques. Cependant, une image compl?te de la signification des pri?res de ces deux saints dans les chartes et de leur usage dans le domaine id?ologique, ne peut ?tre obtenue qu'en proc?dant ? une analyse des divers types de t?moignages ? chartes, fresques, offices, canons et apologies ? c?l?brant ces deux personnages. La plus ancienne repr?sentation conserv?e de ces deux saints sur des peintures murales se trouve dans l'?glise Saint-Nic?tas pr?s de Skoplje. Les portraits associ?s de saint Simeon et saint Sa va situ?s sur le mur nord du naos de l'?glise datent de la deuxi?me d?cennie du XIV?me si?cle (avant 1316). Leur ex?cution pouvant ?tre situ?e apr?s la conclusion d'une paix ayant mis fin ? des conflits int?rieurs. Au tout d?but, le motif ?des pri?res de saint Sim?on et saint Sa va? a en fait trouv? place dans les clauses p?nales des chartes de l'?poque. Le r?le de la pri?re y est d'assurer une protection ancestrale et sacrale aux dons pieux du souverain actuel. Sur un plan plus large, ces pri?res visent ?galement ? assurer une protection c?leste aux conqu?tes du roi et aux garanties formul?es dans les documents de donation, mais aussi la protection de la patrie dont la prosp?rit? est fond? sur la fonction sot?riologique rendue possible par les pri?res des saints protecteurs. La premi?re mention d'une telle invocation invitant les deux saints serbes ? anath?matiser celui qui violerait les dispositions de l'auteur d'une charte, appara?t dans une charte de confirmation d?livr?e par Milutin au monast?re de Chilandar au sujet de la donation d'une cellule de Sainte-Parasc?ve sise au village de Tmorani pr?s de Skopje (1299/1300 : Chil. si., n. 9, 1. 67). Les pri?res des deux saints dans leur fonction de protecteurs de l'Etat et de la dynastie apparaissent ?galement dans d'autres documents de souverains datant du d?but du XIV?me si?cle. La mention de Vladislav, cousin du roi Milutin, au nombre d'h?ritiers potentiels dans les clauses p?nales d'une charte du roi Milutin d?livr?e au monast?re de Chilandar (Chil. si., n. 11), rend possible une nouvelle datation, plus pr?cise, de ce document entre 1314 et 1316. Cette charte nous fournit donc un cadre chronologique pour l'?tablissement des pri?res des deux saints serbes, lequel cadre co?ncide avec l'apparition de leur repr?sentation associ?e sur les peintures du monast?re Saint-Nicolas dans la r?gion de Skoplje, que le roi a offert ? Chilandar, par le biais de la charte mentionn?e. A cette ?poque-l?, au cours des deux premi?res d?cennies du XIV?me si?cle, le moine Tedosije, inspir? par la communaut? monastique de Chilandar, fut charg? de proc?der, selon les go?ts litt?raires et les besoins id?ologiques de l'?poque, ? une r?daction monumentale de la litt?rature hagiographique jusqu'alors cr??e, et de jeter les fondements du nouveau culte des premiers saints nationaux comme principal vecteur de l'id?e d'origine charismatique de la dynastie. La synth?se ainsi obtenue vers les ann?es vingt du XVI?me si?cle r?unit les exploits spirituels et les r?sultats des efforts convergents d'une ?lite rattach?e tant ? la cour de Serbie qu'au centre religieux de Chilandar. La co?ncidence d?j? relev?e entre les chartes, la peinture murale et l'apparition d'un nouveau culte s'inscrivant dans un programme politique plus vaste, avec sa c?l?bration en litt?rature, ne saurait ?tre fortuite. L'approche du centenaire du royaume repr?senta, sans doute, un moment crucial pour placer les saints nationaux au centre d'un complexe de programmes sot?riologiques, d?j? effectif au moment o? l'Etat serbe s'est activement tourn? vers l'Orient orthodoxe. L'unit? fondamentale et fonctionnelle du nouveau culte se manifeste par des actes miraculeux s'inscrivant dans un cadre clairement ?tabli, d?fini dans le sens spatial et national, et refl?tant un type de saintet? ?galement pr?sent chez les autres peuples du Moyen Age. La phase de repr?sentation de la dynastie devant le Christ est remplac?e par une signification plus vaste et sot?riologique de la repr?sentation de l'Etat, induite par les pri?res des deux saints. Ceci a entre autre abouti ? la symbolique polys?mique de Chilandar comme ? le nouveau Sion ?. La mention de saint Simeon et saint Sava dans les chartes de Milutin, publi?es durant les derni?res ann?es de sa r?gence, appara?t ?galement dans les documents de l'empereur Dusan (1331-1355). Cette reprise s'inscrit probablement comme un ?l?ment du concept complexe faisant du roi Milutin un exemple de la nouvelle fa?on de r?gner, lequel concept ?tait li? aux plans entrant dans la politique ext?rieure de l'empereur Dusan ? ? savoir une offensive sur les contr?es orientales de l'Empire grec ? pr?sent?e comme une poursuite des conqu?tes du roi Milutin. Etant les saints les plus importants de l'id?ologie monarchique serbe, Simeon et Sava seront c?l?br?s m?me apr?s la chute de l'Empire (1371). Ils sont peints comme un couple de saints, ou plac?s comme deux pendants, c?l?br?s comme ? les deux saints ? dans les chants. Ils sont devenus, ? travers leurs cultes r?unis, le fondement de l'id?ologie de l'Etat et de l'Eglise au cours de l'histoire serbe ult?rieure. .