Journal articles on the topic 'Sélection et évolution du virus'

RÉSUMÉ Qu'attend-on réellement en économie ou en sociologie d'un modèle d'évolution par sélection ? C'est essentiellement un mode irremplaçable de présentation pour la convergence d'un processus pour lequel on ne dispose pas d'un schéma déterministe. Il y a là un paradoxe si l'on considère que Darwin a constamment critiqué tous les schémas de convergence relatifs au vivant et n'a jamais proposé d'en fournir un équivalent. Le secret de ce paradoxe pourrait bien résider dans un appoint trop peu reconnu, mais bien présent, du darwinisme : celui du premier schéma informationnel proposé pour la pensée des événements qui constituent une évolution.

La génétique a largement contribué au développement considérable de la filière avicole, notamment du fait des caractéristiques biologiques des espèces avicoles, particulièrement favorables à la sélection. Les demandes actuelles des consommateurs et des professionnels de la filière avicole amènent le généticien à considérer de nouveaux caractères : qualité des produits, résistance aux maladies (infectieuses ou non), réduction des rejets d’effluents, bien-être des animaux… En parallèle les méthodes d’analyse progressent vers une meilleure modélisation des caractères et des effets génétiques mais aussi vers une intégration des résultats de génétique moléculaire. L’ensemble permet non seulement d’introduire en sélection de nouveaux critères, mais aussi de renouveler l’étude des caractères déjà sélectionnés, tels que la croissance ou la ponte.

Après une présentation rapide du dispositif national historique de sélection des ruminants, cet article aborde les bouleversements politiques et techniques récents auquel celui-ci est confronté, notamment la sélection génomique, dans deux espèces : les bovins et les ovins laitiers. L’accent est mis sur l’analyse des changements organisationnels liés à cette nouvelle technique de sélection, dans quatre domaines des activités de sélection : i) les rapports entre acteurs de la recherche et acteurs de la sélection : développement de nouvelles formes de partenariats public-privé, de consortium, mais aussi développement de dynamiques privées de recherche, avec une évolution des relations historiques entre les opérateurs publics (INRA) et les entreprises ; ii) les relations entre opérateurs de la sélection, avec un regroupement de ceux-ci, mais aussi une remise en question des relations de coopération historiques du fait de l’augmentation de la concurrence et des possibilités offertes par la génomique ; iii) les relations et les pratiques entre acteurs de la sélection et éleveurs, du fait de l’accélération de la production de données et iv) la gouvernance des races, du fait du développement de critères de sélection « privés » pouvant remettre en question la gestion en « bien commun » de la race. Une démarche d’accompagnement des dispositifs de sélection en ovins laitiers à la mise en œuvre de ces changements est présentée, montrant comment des acteurs s’organisent pour anticiper ces changements et maintenir les dispositifs collectifs.

Le présent article examine la participation des artistes asiatiques au système d’art mondial que dominaient naguère les créateurs et les producteurs européens afin de déterminer si l’hégémonie occidentale est en déclin. Parmi les 500 artistes contemporains avec les montants de ventes aux enchères les plus élevés, 49 % étaient d’origine asiatique en 2011-2012, comparativement à 8 % en 2005. La nationalité des membres des comités de sélection des artistes influe énormément sur la sélection des artistes pour les biennales et les foires artistiques. La nationalité des artistes dont les oeuvres sont exposées dans les biennales et vendues aux enchères et dans les galeries dans le cadre de foires artistiques montre qu’il existe une forte « préférence nationale » pour les oeuvres produites au pays ou dans la région. Ainsi, le marché de l’art mondial est segmenté en différentes régions, entre l’Orient et l’Occident, chacune avec ses propres artistes et centres d’art d’importance.

Les fréquences alléliques en caséine αS1 ont été calculées à partir des 761 boucs d’IA nés de 1975 à 1994, dont 483 Alpins et 278 Saanen. Dans ces 2 races, le même schéma de sélection a entraîné une évolution différente des fréquences alléliques. Chez les boucs Alpins de testage et améliorateurs, la fréquence de l’allèle "fort" A n’a cessé d’augmenter (0,70 en 1994) aux dépens des allèles E et F. Chez les boucs Saanen, l’allèle E reste majoritaire et a même tendance à augmenter (0,69 en 1994) aux dépens de l’allèle F, alors que la fréquence de l’allèle A augmente peu. L’allèle "fort" B est rare dans les 2 races, mais tend à se fixer en race Alpine, alors que l’allèle "fort" C absent en race Saanen, tend à disparaître en race Alpine. Cette évolution moins favorable à la Saanen, s’explique par une plus faible fréquence initiale des allèles "forts", un effet défavorable du prétestage - reproduction, un niveau de sélection plus faible pour le taux de protéines, et des effectifs plus réduits. Cette évolution doit être corrigée si l’on souhaite améliorer la richesse en protéines vraies et protéines coagulables du lait des chèvres Saanen.

Les réflexions et débats à propos de la libre évolution sensu largo sont trop rarement replacés dans le cadre de l’évolution darwinienne. Après en avoir rappelé les mécanismes fondamentaux, le propos est ici d’appuyer sur la nécessité de prendre en compte dans la gestion forestière l’ensemble des processus éco-évolutifs qui résultent des interactions entre les humains et les autres vivants. En effet, si les pressions anthropiques fortes, directes ou indirectes, opérées sur les habitats forestiers et leurs espèces peuvent avoir assurément des impacts écologiques et socioéconomiques, elles représentent aussi un potentiel fort de pressions de sélection et d’effets directs et indirects sur l’évolution en cours au sein des forêts. Une réflexion éthique est alors nécessaire pour mettre en lumière la transition majeure que constitue la libre évolution des forêts si elle vise le respect des trajectoires évolutives des vivants. La libre évolution des forêts dans un contexte darwinien est ainsi interrogée sur la base de l’éthique dite évocentrée. Cette éthique vise à réduire au maximum les pressions anthropiques et favoriser la liberté des trajectoires évolutives. Elle implique de ne pas se retreindre aux approches instrumentales et de court terme pour dépasser une gestion forestière sur de seuls enjeux anthropocentrés.

De nombreuses études ont porté sur la génétique des capacités d’adaptation des oiseaux, qui ont été modifiées par la domestication, puis la sélection artificielle. Ces études comprennent des comparaisons entre lignées, des estimations de paramètres génétiques et des expériences de sélection. Elles portent sur de nombreux caractères, parmi lesquels le comportement sexuel, alimentaire ou social, la sensibilité au stress. Ces comportements liés aux capacités d’adaptation de l’animal sont généralement héritables, donc modifiables par sélection. De nombreuses expériences de sélection ont confirmé cette possibilité théorique, mais leur objectif a évolué avec le contexte des productions avicoles. En effet, si l’on a d’abord recherché à améliorer l’adaptation à un milieu donné, par exemple en diminuant les comportements de stéréotypie chez la poule en cage, la diversification des productions avicoles a entraîné une évolution des critères recherchés vers des capacités plus générales telles que la motivation sociale, des réactions de peur diminuées ou l’absence de comportements nuisibles tels que le picage. Ces caractères ne signent pas l’adaptation de l’animal à un milieu particulier, mais une bonne adaptabilité à divers milieux.

Résumé L'informatique d'oriention textuelle, domaine relativement nouveau, a beaucoup contribué à une évolution rapide de la lexicographie et de la terminologie. Depuis janvier 1991, nous organisons une base de données textuelles du portugais dans le cadre du Centre d'Études Comparées de l'Université Nouvelle de Lisbonne. Cette base est constituée surtout par des textes scientifiques et techniques, de vulgarisation, mais aussi par un nombre imponant de textes de langue courante. Dans cet article, nous mettons l'accent sur la scannérisation et les critères d'organisation de la base textuelle : la sélection de textes scientifiques concernant les différentes recherches en terminologie; l'utilisation d'hypertextes.

Les programmes de sélection sur les aptitudes bouchères ont un double objectif : l’abaissement du coût de production et l’amélioration de la qualité du produit. Cet article rappelle un certain nombre de données de base sur les aptitudes bouchères : courbe de croissance, évolution de la composition chimique et tissulaire chez l’animal en croissance (notion d’allométrie), énergétique de la croissance (relation entre efficacité alimentaire et croissance musculaire), développement des tissus musculaire et adipeux, qualités de la viande et du gras. Les objectifs et les critères de sélection sont décrits pour chacune des espèces bovine, ovine et porcine. L’importance relative accordée aux différents caractères (vitesse de croissance, efficacité alimentaire, teneur en viande de la carcasse, qualité de la viande) varie selon l’espèce. Chez les bovins allaitants et les ovins, l’évaluation génétique des mâles repose dans un premier temp sur le contrôle individuel et dans un second temps sur le contrôle de descendance. Chez le porc, la composition corporelle peut être estimée avec précision sur l’animal vivant (échographie aux ultra-sons) et le contrôle individuel a été largement utilisé dans les deux dernières décennies.

Résumé Molinié (Anne-Françoise). - Des secteurs et des âges Qu'apporte l'analyse des structures d'âges et de leur évolution à la compréhension des liens entre l'âge des salariés et la nature des emplois qu'ils occupent? Peut-on, à un niveau global, trouver les traces de processus de sélection liée aux exigences du travail qui sont mis en évidence dans des travaux ergonomiques ? S'appuyant principalement sur des données du recensement, cet article propose une analyse de l'évolution des structures d'âge des ouvriers par secteur d'activité, entre 1975 et 1990. Utilisant deux scénarios de référence, il tente d'apprécier les phénomènes de décalage et de stabilité de ces structures d'âge, en lien avec les variations d'effectifs et le plus ou moins grand renouvellement de la population.

M. Aemilius Scaurus (pr. 56) et P. Plautius Hypsaeus (pr. 55) furent des proches de Pompée, auquel ils doivent une bonne partie de leur cursus, notamment une questure orientale qui ouvrit la voie à leurs carrières politiques, dont Pompée n’était jamais absent. En examinant en détail la vie de ces deux hommes et les pratiques de leur époque, plusieurs éléments ont été dégagés qui suggèrent de dater leurs questures non seulement de façon concomitante, mais surtout un peu plus tôt que généralement admis. Car elles pourraient bien être tombées en 67, en vertu de la lex Gabinia. Ainsi, Scaurus et Hypsaeus illustrent la façon dont Pompée concevait ses rapports avec ses questeurs, préférant la sélection extra sortem. En la matière, une rapide comparaison avec les pratiques de Sylla et César suggère une évolution majeure au Ier s. av. J.-C., marquée par le mépris des règles républicaines de la sortitio.

Le cancer est un dommage collatéral inévitable inhérent à l’évolution des organismes multicellulaires, apparus à la fin du Précambrien. L’exploration de la manière dont les animaux, en particulier ceux de grande taille et de longue durée de vie, font face au cancer, comporte des enjeux à la fois fondamentaux et appliqués. Dans cet article, nous commençons par présenter le cadre conceptuel nécessaire pour comprendre les théories qui traitent de l’évolution des défenses anti-cancéreuses. Nous présentons ensuite un certain nombre d’exemples, notamment les rats-taupes nus, les éléphants, les baleines, les xénarthres (paresseux, tatous et fourmiliers), les chauves-souris et les placozoaires1. Les contributions de la génomique comparative à la compréhension des convergences évolutives sont également abordées. Enfin, nous indiquons que la sélection naturelle a également favorisé des adaptations visant à éviter les zones mutagènes, par exemple, ou à maximiser l’effort de reproduction immédiat en cas de cancer. L’exploration de ces solutions, intéressante conceptuellement, pourrait aussi permettre d’envisager de nouvelles approches thérapeutiques pour la santé humaine.

Cet article rappelle les notions et principes relatifs aux anomalies génétiques dont on observe régulièrement des émergences dans les populations animales d’élevage. Ces anomalies proviennent de mutations naturelles et certaines d’entre elles voient leur fréquence augmenter du fait principalement de la dérive génétique, parfois de la sélection. Lorsqu’elles sont dominantes, elles sont généralement rapidement contre-sélectionnées et tendent à disparaître. Mais lorsqu’elles sont récessives, les cas observables ne représentent qu’une toute petite fraction des individus porteurs. On définit généralement les anomalies génétiques comme des syndromes monogéniques. Toutefois, cette règle a beaucoup d’exceptions, soit parce que l’anomalie se révèle plus complexe qu’initialement supposé, soit parce que le syndrome présente une variabilité phénotypique due à des gènes modulateurs. Les anomalies récessives sont principalement dues à des mutations de type perte de fonction, tandis que les mutations dominantes résultent souvent d’interactions entre gènes ou entre protéines, ou de l’altération d’un gène répresseur. Les anomalies cytogénétiques conduisent à des phénotypes anormaux généralement différents entre types de caryotypes déséquilibrés. Enfin, les anomalies présentent parfois des déterminismes particuliers, par exemple dans le cas de gènes portés par les chromosomes sexuels ou soumis à empreinte parentale.

Depuis l’école de Jules Ferry les mêmes interrogations se posent sur ce qui caractérise la réussite scolaire des élèves, leurs difficultés, leurs orientations au sein du système éducatif. L’école républicaine n’a pas toujours cherché à scolariser les élèves en difficulté scolaire au même titre que les autres. Les dispositifs d’évaluation participent à la sélection des élèves, dont il résulte que les plus en difficulté scolairement sont orientés vers les Sections d’enseignement général et professionnel adapté (Segpa). Selon les textes législatifs, les élèves orientés vers ces enseignements adaptés relèvent d’abord de «difficultés scolaires graves et durables» mais qu’en est-il en réalité ? Le profil des élèves actuellement scolarisés dans les Segpa est-il uniquement caractérisé par la difficulté scolaire ou est-il marqué par d’autres données ?

Les paramètres anthropométriques et physiologiques à l’effort constituent des éléments déterminants dans la pratique sportive à haut niveau. Notre étude s’est appliquée à dresser l’évolution du profil d’un échantillon de surfeurs du pôle France entre deux périodes (2000-2005 versus 2010-2015) et à déterminer quels paramètres sont associés à la performance en surf de haut niveau (jugée par rapport au classement fédéral des individus). Nous avons utilisé les données issues des évaluations annuelles de ces sportifs. Elles comprennent l’âge, les paramètres anthropométriques : taille, poids, indice de masse corporelle (IMC), pourcentage de masse grasse à l’adipomètre ainsi que physiologiques à l’effort : consommation maximale d’oxygène (VO2 max), puissance maximale aérobie (PMA), fréquences cardiaques aux seuils ventilatoires aérobie (SV1) et anaérobie (SV2) exprimées en pourcentage de la fréquence cardiaque maximale (FC max) et puissance maximale anaérobie alactique (PMAA) des membres inférieurs évaluée par un test de détente verticale. Nous avons étudié au total 83 hommes et 23 femmes. Par rapport à l’échantillon plus ancien, nous avons mis en évidence une réduction du dimorphisme sexuel et du pourcentage de masse grasse et, sur le plan physiologique, une amélioration globale des paramètres physiologiques chez les hommes avec une significativité statistique au niveau du VO2 max et de la PMAA. Les paramètres physiologiques retrouvés significativement associés à la performance chez les hommes (p < 0,05) sont la PMAA ou la détente des membres inférieurs, les puissances à SV2 et à SV1, les pourcentages de FC max atteints à SV2 et à SV1 et la PMA. On observe un processus de sélection/adaptation chez les surfeurs de haut niveau spécifique à leur discipline sur le plan biométrique et physiologique. Des constatations identiques ont été faites dans diverses autres pratiques sportives, mais avec une distribution différente des paramètres associés à la performance. Ces éléments sont importants pour la sélection initiale et le suivi des individus ainsi que pour la mise en place de programmes optimaux d’entraînement.

Au cours des dernières années, l’intérêt porté par la communauté scientifique à la traduction audiovisuelle n’a cessé de croître, en raison de la constante évolution du métier de traducteur audiovisuel, comme l’indique Gauthier : « les médias sont en constante évolution et la mentalité du traducteur audiovisuel doit être celle d’un découvreur » (2022 :156). Parallèlement, l’enseignement de la traduction audiovisuelle, dans toutes ses modalités (sous-titrage, doublage, audiodescription, respeaking…), a gagné du terrain dans les formations universitaires en traduction, comme l’atteste le modèle EMT (réseau European Master’s in Translation), qui invite les universités candidates à préciser les différents types de traduction contemplés dans leurs cursus, « tels que la traduction et l’interprétation au service des citoyens, la localisation ou la traduction audiovisuelle » (Groupe d’experts EMT, 2017 :7). L’ouvrage sur lequel porte le présent compte-rendu met justement l’accent sur ces problématiques actuelles, à savoir l’évolution des médias et de la pratique des métiers de la traduction audiovisuelle, à travers une sélection de chapitres soulignant chacun un aspect particulier de l’une des pratiques qui s’inscrivent dans ladite traduction audiovisuelle....

Résumé Kodio (Belco), Etard (Jean-François). - Évolution récente de la mortalité infantile à Bamako, Mali Le suivi de 4 575 enfants nés vivants issus de 4 718 femmes enceintes du quartier de Bankoni à Bamako, a permis d'estimer les différentes composantes de la mortalité infantile. La cohorte s'est constituée en 1989-1992, et la dernière naissance a eu lieu en août 1993. Les quotients de mortalité néonatale, post-néonatale et infantile ont respectivement été estimés à 15, 40 et 55,6 pour 1 000 naissances vivantes. Une analyse de survie a identifié certains prédicteurs indépendants de la mortalité infantile : la gémellité (RR = 5,0 [3,3-7,7]), la primiparité (RR = 1,5 [1,1-2,1]), la durée de résidence dans le quartier inférieure à 5 ans (RR= 1,4 [1,0-1,9]), les enfants nés entre 1991-93 (RR = 1,4 [1,1-1,9]) et pendant la saison chaude ou humide (RR = 1,4 [1,1-1,9]). Un biais de sélection lié à la proportion d'enfants nés vivants mais non revus à la date anniversaire est discuté. Cette estimation de la mortalité infantile, sur une courte et récente période, est inférieure aux estimations antérieures des années quatre-vingt de la ville de Bamako. Elle est cependant équivalente à la mortalité infantile sur la période 1983-1992 en milieu urbain sénégalais, où une forte baisse est observée depuis le milieu des années quatre-vingt. Une estimation récente pour la 3e ville du Mali (Sikasso) fournit des arguments pour une évolution identique à celle de Bamako.

La présente thèse s’intéresse aux mécanismes à l’origine de la diversification des espèces d’arbres tropicaux. Elle utilise le genre Guibourtia Benn. (Fabaceae-Detarioideae) comme modèle biologique afin de comprendre les mécanismes historiques, biologiques et environnementaux à l’origine de la diversité de ce genre. Plus particulièrement, elle vise, d’une part, à étudier, au niveau interspécifique, le rôle relatif des forces évolutives neutres et de sélection dans la diversification du genre Guibourtia et, d’autre part, au niveau intra-spécifique, à questionner les causes de la différenciation des populations de trois espèces de Guibourtia. Au niveau interspécifique, la phylogénie datée basée sur le séquençage du génome chloroplastique complet a globalement confirmé la taxonomie actuelle. Elle a montré une diversification au milieu du Miocène en trois clades qui sont décrits aujourd’hui comme des sous-genres (Guibourtia, Gorskia et Pseudocopaiva). Elle démontre en outre que deux espèces américaines sont issues d’une migration de l’Afrique vers l’Amérique à la fin du Miocène. Il est également apparu que certains traits morphologiques ont été sélectionnés de manière convergente au sein des différents clades du genre Guibourtia en fonction des niches climatiques des espèces. Ce dernier résultat a été consolidé au moyen d’une expérimentation écophysiologique prouvant que la lumière constitue un important facteur de sélection et de différenciation adaptative entre certaines espèces du genre. Au niveau intraspécifique, une étude de phylogéographie a permis de mettre en évidence que les barrières biogéographiques chez G. ehie et les gradients climatiques chez G. coleosperma auraient contribué à la différenciation génétique des populations. En outre, cette étude montre une forte différenciation entre les populations de G. ehie d’Afrique de l’Ouest et d’Afrique centrale, en lien avec quelques traits morphologiques, ce qui préjuge de l’existence d’une nouvelle espèce. Enfin, chez G. tessmannii, espèce aux fruits déhiscents et graines arillées, nous avons identifié les principaux disperseurs dont les calaos (Ceratogymna atrata) qui pourraient contribuer à une dispersion à longue distance, influençant la structure spatiale de la variation génétique des populations. Cette thèse, en utilisant le genre Guibourtia comme modèle d’étude, a apporté de nouveaux éléments à la compréhension des mécanismes qui génèrent la diversité au sein des espèces d’arbres.

Les forêts tempérées subissent un fort accroissement des attaques d’insectes ravageurs en réponse aux changements climatiques comme en attestent l’augmentation récente des pullulations de scolytes des conifères. Avec l’interdiction des insecticides et l’impasse de la sélection génétique, adapter la gestion des forêts pour prévenir ou contrôler ces infestations demeure la meilleure option. En termes de prévention, l’augmentation de la diversité des essences forestières, associant conifères et feuillus, permet de réduire la densité d’arbres hôtes, de renforcer leur vigueur, de perturber les processus de colonisation et de maintenir les ennemis naturels, améliorant globalement la résistance des peuplements aux attaques de scolytes. En termes de lutte, les coupes sanitaires visant à évacuer les bois scolytés et à limiter leur substrat de développement ne sont que rarement efficaces, à moins d’être pratiquées rapidement en visant la quasi-totalité du volume de chablis. Les forêts en libre évolution, pourvu qu’elles soient composées d’un mélange équilibré d’essences contrastées, n’apparaissent donc pas intrinsèquement plus vulnérables aux attaques de scolytes.

L’Evidence Based Medecine (EBM) a contribué à obliger les chercheurs à une exigence de rigueur accrue. Les Revues Scientifiques ont participé à cette évolution par une plus grande sévérité dans la sélection des articles. Le nombre des articles refusés (75%) pour certaines publications) et la dénonciation fréquente, parmi les raisons de rejet, des failles dans le traitement statistique, incitent à la réflexion développée ici, qui aborde successivement : Les erreurs liées aux premières étapes du protocole (sélection des échantillons, choix des VA…).Les déficits concernant les statistiques descriptives et la mise en œuvre des statistiques élémentaires au niveau d’un pré-protocole… Enfin le manque de communication avec le statisticien aguerri en charge des statistiques complexes et/ou spécifiques qui conduisent à la compréhension intime des relations internes (inter-paramètres) au sein du fichier-source. Les auteurs conseillent aux jeunes chercheurs en charge d’une base de données importante d’être vigilants à trois moments : Considérez attentivement les mesures à réaliser, les échantillons à réunir, les paramètres à utiliser, quels résultats vous attendez et quelle analyse vous envisagez. Pensez à un pré-protocole sur quelques patients, avec mise en œuvre systématiques des outils usuels (accessibles sur tout logiciel et même sur un tableur) et examen attentif des statistiques descriptives et des rapprochements élémentaires (cœfficient de corrélation par exemple). Abordez des Statistiques complexes avec l’aide d’un statisticien « chevronné ».

[fr] Cet article se propose d’étudier le traité de ḥisba, intitulé Tuḥfat al-nāẓir wa-ġunyat al-ḏākir fī ḥifẓ al-šaʿā’ir wa-taġyīr al-manākir, du juriste tlemcénien Muḥammad al-ʿUqbānī (m. 871/1467). C’est d’abord le contexte de production de ce texte qui est envisagé : celui du Maghreb central dans la seconde moitié du IXe/XVe siècle caractérisé par une évolution des rapports de force entre différents pouvoirs, saints, savants et pouvoirs sultaniens. Se pose alors avec une nouvelle acuité la question du maintien de l’ordre social abordé à travers cet ouvrage situé à l’intersection de deux genres, traité de ḥisba et recueil de fatwā-s. Al-ʿUqbānī propose ainsi une discussion du précepte coranique d’ordonner le bien et d’interdire le mal puis une sélection de fatwā-s traitant de la ḥisba. Ce texte, loin d’être atemporel, s’inscrit pleinement dans son temps et témoigne des transformations sociales à l’œuvre.

Dans l’espèce caprine, il existe au locus αs1-caséine, un polymorphisme complexe alliant variabilité quantitative et qualitative. Les caractéristiques physico-chimiques des laits caprins et leurs aptitudes technologiques sont gouvernées par ce polymorphisme. Ses fondements moléculaires ont été exploités pour mettre en place un protocole de génotypage des animaux. Si ce caractère est, d’ores et déjà, pris en compte dans les schémas de sélection caprine, ces travaux multidisciplinaires ont ouvert de nombreuses voies de recherche. En effet, outre le modèle de co-évolution d’un marqueur microsatellite et d’un gène à effet majeur, le gène αs1-cas fournit un modèle pertinent d’étude des mécanismes d’épissage et leur implication dans la diversité structurale inter-spécifique. De plus, le polymorphisme génétique de la caséine αs1 constitue un moyen d’investigation incomparable pour étudier la structure micellaire dans le lait ainsi qu’un moyen de décrypter son édification au cours du transport intracellulaire des caséines qui est particulièrement perturbé chez les individus porteurs d’allèles défectifs au locus αs1-Cas. Le polymorphisme αs1-Cas caprin n’a donc pas encore dévoilé tous ses effets.

Un dossier d’INRA Productions Animales consacré à l’élevage caprin en 2012 peut surprendre. Représentant moins de 1% du produit brut de l’Agriculture Française, cet élevage largement ancré dans son environnement socioculturel local et dans la tradition de terroirs variés, évoque encore, mais de moins en moins, des images du passé comme celle de la «vache du pauvre» ou de la grandmère gardant trois chèvres au bord du chemin. Cet élevage s’est en effet marginalisé au XIXème siècle et dans la première moitié du XXème siècle dans les pays qui s’industrialisaient, notamment en Europe où l’effectif caprin ne représente plus actuellement que 2% du total mondial. De nombreux arguments ont milité pour éditer ce dossier, d’abord la rapide transformation de l’élevage caprin à la fin du XXème siècle et plus encore dans ces premières années du XXIème siècle, ensuite des travaux originaux conduits récemment sur l’espèce caprine, qui sont venus combler le retard important que cette espèce avait accumulé en matière de recherches agronomiques et vétérinaires. A l’échelle mondiale, l’élevage caprin est celui dont les effectifs ont le plus augmenté au cours de ces vingt dernières années (FAOSTAT 2010) : 4ème troupeau mondial avec plus de 900 millions de têtes (470 millions en 1975) derrière les bovins, les ovins et les porcins ; d’après les prévisions, il deviendrait le 3ème autour de 2015. Nombreuses sont les explications à cette situation un peu paradoxale, mais deux sont souvent avancées par les experts. Cette progression actuelle des effectifs caprins s’observe presque exclusivement dans les pays en développement et dans certains pays émergents. Elle serait surtout due aux difficultés que rencontre le maintien de l’élevage des autres espèces domestiques dans ces zones, dans certains cas du fait de l’appauvrissement des éleveurs et des acteurs des filières animales. Cette progression tient aussi au fait que le marché des caprins a une réalité essentiellement locale et que, dans ces conditions, il n’est pas exposé aux crises internationales que le marché des produits des autres espèces a pu subir au cours des quarante dernières années. En Europe, les effectifs caprins sont restés assez stables : 12,5 M de têtes au total, 1,3 M en France dont 1,1 M de femelles laitières âgées de plus d’un an. La France possède le troisième troupeau (10% des effectifs européens), assez loin derrière la Grèce (37%) et l’Espagne (22%). Il convient de noter la progression importante des effectifs caprins en Roumaine et aux Pays-Bas au cours de la dernière décennie. L’élevage caprin européen, et particulièrement l’élevage français, s’est fortement spécialisé en production laitière puisque 75 à 93% environ du produit brut des ateliers caprins en France provient du lait. En effet, la marge brute que dégage la production de chevreaux de boucherie est réduite en raison des coûts des aliments d’allaitement et des aléas liés à la mortalité périnatale. Des avancées dans les techniques d’élevage, notamment dans les domaines de l’alimentation et de la génétique, ont permis des améliorations assez rapides des performances des femelles laitières. La production laitière moyenne des 240 000 chèvres inscrites au contrôle laitier en 2010 était de 842 kg de lait sur une durée moyenne de lactation de 274 jours avec un taux protéique de 32,3 g/kg de lait et un taux butyreux de 37,0 g/kg de lait. Le plus intéressant à noter, c’est qu’en dix ans la production laitière annuelle au contrôle laitier a progressé de 90 kg, le taux protéique de 1,6 g/kg et le taux butyreux de 2,5 g/kg (Institut de l’Elevage 2012). La France est le premier producteur européen de lait de chèvre avec 30% du lait produit. Plus de 80% de ce lait est transformé en fromages. Même si la consommation présente quelques signes d’essoufflement actuellement, l’augmentation de la production de lait de chèvre depuis plus de trente ans et en conséquence celle des fromages a en général été bien absorbée par la demande, en progression malgré quelques périodes tendues. Ce résultat est dû notamment à de nouveaux produits de qualités rhéologique et organoleptique bien adaptées pour conquérir de nouveaux marchés, à l’utilisation de technologies avancées en matière fromagère et à la bonne image de ce fromage (produit festif et de qualité) auprès des consommateurs. Le secteur caprin en France a suivi l’évolution générale des productions animales : mécanisation du travail, simplification des techniques pour réduire le coût de production et pour améliorer l’efficacité du travail, augmentation rapide de la taille des unités de production. Plus de 35% de chèvres laitières appartiennent à des unités de plus de 350 têtes et la production est de plus en plus concentrée dans une région, le Poitou-Charentes, qui produit plus de 50% du lait de chèvre en France et en transforme encore plus. Bref, cette évolution et ces résultats, malgré un contexte qui tend à devenir de moins en moins favorable, s’expliquent par de multiples raisons, entre autres, la mise en place d’une filière bien organisée, des éleveurs motivés et le plus souvent passionnés par leur métier et une coopération étroite et efficace entre la recherche et le développement tant au niveau national que régional. Cette coopération exemplaire a débuté dès les années 1955-1965 avec des pionniers comme G. Ricordeau, à qui l’on doit la mise en évidence du gène sans corne expliquant le taux élevé d’infertilité en caprins, facteur qui a longtemps freiné le développement caprin (Ricordeau 2008) et J.-M. Corteel, qui a beaucoup travaillé sur la mise au point des techniques d’insémination artificielle (Leboeuf 2013). Ils ont su gagner la confiance des éleveurs, même parfois de petites unités. Ce lien s’est poursuivi et développé ensuite grâce à la création de la section caprine de l’Institut technique ovin et caprin (ITOVIC), mais aussi par des relations directes et personnelles entre chercheurs et responsables du développement ou par des réunions informelles autour de certains problèmes que rencontraient les éleveurs.Cette coopération a très bien résisté dans les années 1980, d’une part, aux nouvelles demandes des éleveurs qui donnaient la priorité aux questions socio-économiques suite à la première crise du prix du lait de chèvre en 1981 et, d’autre part, aux évolutions de la politique de l’INRA, qui face aux nouveaux enjeux scientifiques et technologiques, a été conduit à considérer comme moins prioritaire certaines recherches appliquées intéressant le développement. Ainsi, malgré l’évolution des problématiques scientifiques et des relations entre le monde de la recherche et du développement, mais aussi face au développement rapide de la recherche caprine dans les pays émergents, la recherche caprine en France est toujours très active. Un sondage bibliométrique montre que le nombre de publications avec «dairy goat» en mot-clé, de 250 à 300 par an dans les années 1980-1990, s’est accru nettement au début des années 2000 pour se situer actuellement vers les 700 publications par an. Au cours des dix dernières années, les pays qui ont le plus contribué à ces publications ont été la France, donc l’INRA, suivie par les USA, l’Italie et l’Espagne, eux-mêmes suivis par le Brésil, le Mexique et la Turquie. Ce dossier de la revue INRA Productions Animales a donc pour objectif d’illustrer le dynamisme des recherches menées en France sur les caprins, s’il était encore nécessaire de le faire. Le choix des six thèmes de recherche retenus pour constituer ce numéro n’a pas été aisé en raison du nombre de thèmes possibles. L’ambition de ce dossier n’étant pas d’être exhaustif, la rédaction de la revue et son comité se sont mis d’accord pour ne pas retenir de sujets dans les domaines où les publications ont déjà été nombreuses. C’est le cas, par exemple, de la traite des chèvres laitières (Le Du 1989, Marnet et al 2001), du polymorphisme de la caséine alpha chez les caprins (Grosclaude et al 1994, Manfredi et al 1995) ou encore de la reproduction caprine. INRA Production Animales a en effet déjà publié des articles exhaustifs sur la neuro-endocrinologie de la reproduction chez le caprin (Chemineau et Delgadillo 1994), sur le comportement sexuel de cette espèce (Fabre-Nys 2000), sur la production et la conservation de semence de bouc (Leboeuf et al 2003) et récemment sur la maîtrise de la reproduction de l’espèce caprine (Leboeuf et al 2008). Il a été proposé de sélectionner des thèmes novateurs ou riches en résultats récents, qui intéressent le développement de l’élevage caprin en France, mais aussi de portée internationale. Dans ces conditions, il a d’abord été retenu trois thèmes représentant des dimensions basiques de l’élevage : génétique, pathologie, alimentation avec des articles faisant le point sur les dernières avancées dans chaque secteur, et trois autres thèmes originaux et porteurs d’avenir, le pâturage des chèvres laitières hautes productrices, les apports de la modélisation pour comprendre le fonctionnement du troupeau de chèvres laitières et les techniques rationnelles d’élevage caprin en milieu tropical. Le premier article de Manfredi et Ådnøy (2012) sur la génétique des caprins laitiers, est un travail franco-norvégien illustrant la collaboration continue sur ce thème entre les deux pays depuis près de 50 ans. Il fait le point sur les études de génétique polygénique relatives à la production et à la composition du lait. Il traite de l’approche moléculaire qui démarre en caprins et surtout répond à la question d’actualité sur ce que nous pouvons attendre dans les années futures de la sélection génomique en caprins. Le deuxième article de Hoste et al (2012) sur la pathologie caprine, a réuni des spécialistes de l’INRA, des écoles vétérinaires, de l’Anses et de l’Institut de l’Elevage. Il fait le point sur les recherches en cours et leurs applications concernant diverses pathologies infectieuses d’actualité dans le secteur caprin. Ainsi il passe en revue les principales pathologies provoquées par les prions et les virus, par les agents bactériens et la question des parasites gastro-intestinaux. L’article évoque aussi le projet de la mise en place d’un observatoire des maladies caprines en France. Il se termine par une réflexion intéressante soulignant la proximité des agents pathogènes en ovins et caprins et les différences dans les processus morbides chez ces deux espèces. Il en conclut que des études originales sur caprins sont tout à fait fondamentales pour appréhender certains mécanismes pathogéniques. L’article suivant de Sauvant et al (2012) se propose d’actualiser les recommandations alimentaires des caprins publiées en 2007, pour répondre à une demande du développement. Les avancées dans ce domaine proviennent notamment d’une approche modélisée de la connaissance des nombreuxfacteurs de variation du poids vif, de la production laitière et de la composition de lait. Les lois de réponse plus précises aux apports d’aliments concentrés, les nouvelles lois de réponse concernant la sécrétion des acides gras du lait ainsi que les excrétions d’azote et de méthane, ainsi que les valeurs repères applicables sur le terrain concernant le comportement alimentaire, l’acidose et les besoins en eau sont les principales nouveautés. L’alimentation représente, rappelons-le, 70% en moyenne du prix de revient du litre de lait de chèvre. Parmi les trois articles plus spécifiques sur des sujets originaux, figure l’article de Lefrileux et al (2012) sur l’aptitude des chèvres hautes productrices de lait à valoriser les prairies temporaires au pâturage. Il répond à des demandes variées, notamment la demande sociétale pour une conduite d’élevage plus écologique. Or, peu d’information existe sur ce sujet, d’une part, en raison de la diminution de ce mode d’alimentation à cause des problèmes parasitaires rencontrés et, d’autre part, car la chèvre a la réputation d’être une mauvaise utilisatrice du pâturage et d’avoir un comportement très affirmé pour sélectionner son ingéré. Les auteurs montrent qu’il est possible d’obtenir des performances laitières de 1000 – 1100 kg de lait par an et par chèvre avec des régimes alimentaires où plus de 50% des besoins énergétiques sont couverts par le pâturage. L’étude du fonctionnement du troupeau caprin est un sujet qui a déjà été développé à l’INRA (Santucci et al 1994) mais, au cours de ces dernières années, elle a fait l’objet d’avancées importantes grâce à l’utilisation de la modélisation. L’article de Puillet et al (2012) présente un simulateur de fonctionnement du troupeau caprin laitier permettant de tenir compte de la variabilité individuelle des carrières animales et d’étudier comment les conduites de l’alimentation et de la reproduction mises en œuvre par l’éleveur, modulent les performances du troupeau. De tels outils sont appelés à l’avenir à avoir diverses applications au niveau du terrain pour les agents de développement, par exemple pour quantifier le risque biologique associé à certaines conduites d’élevage. Le Centre INRA des Antilles-Guyane travaille depuis plus de 50 ans sur l’amélioration des systèmes de production caprine en milieu tropical (Alexandre et al 1997). Alexandre et al (2012) présentent dans le dernier article de ce numéro une synthèse sur la situation de l’élevage caprin en zone tropicale. Rappelons que 95% des caprins vivent en milieu tropical. A travers leur grande expérience du sujet, ces auteurs proposent des voies d’amélioration très prometteuses grâce à l’apport d’intrants bien réfléchi techniquement et économiquement, à l’utilisation de l’effet mâle en reproduction et à une complémentation à base d’aliments non conventionnels. Les six articles de ce numéro ne doivent pas occulter les autres recherches sur les caprins effectuées par l’INRA ou d’autres organismes. Comme il n’est pas possible d’être exhaustif, citons simplement quelques exemples qui peuvent intéresser le développement : la maîtrise de la reproduction femelle sans utilisation d’hormones pour répondre aux cahiers des charges de certains produits caprins labellisés (Brice et al 2002) ; la monotraite, technique qui a priori séduit les éleveurs en permettant une réduction de charge de travail (Komara et Marnet 2009) ; les risques d’acidose en liaison avec le comportement alimentaire des chèvres laitières, trouble métabolique encore fréquent avec certainstypes de régimes et dont les conséquences économiques peuvent être importantes (Desnoyers et al 2009) ; l’évaluation des systèmes de production caprine (Bossis et al 2008, Toussaint et al 2009) sans oublier les travaux de technologie laitière réalisées par l’ITPLC sur le fromage de chèvre (Raynal-Ljutovac et al 2007a). Il faut noter aussi le début d’études sur le bien-être des caprins (Servière et Morand-Fehr 2012) et le besoin de travaux sur les lactations longues (14 - 20 mois),technique qui séduit de plus en plus d’éleveurs. Nous devons aussi signaler deux documents importants, l’un sur la qualité du lait de petits ruminants (Haenlein et al 2007) et l’autre sur la production et la qualité de la viande caprine (Mahgoub et al 2011) dans lesquels les travaux de recherches français sur l’influence des systèmes d’alimentation sur la qualité du lait de chèvre (Morand-Fehr et al 2007), sur la stabilité à la chaleur de ce lait (Raynal-Ljutovac et al 2007b) et sur la composition lipidique du chevreau (Morand-Fehr et al 2011) sont présentés. Il nous reste à souhaiter que la lecture de ce numéro apporte une somme d’informations originales à tous les lecteurs cherchant à prendre connaissance des dernières avancées de la recherche caprine et que la recherche caprine se maintienne et se développe à l’avenir en France pour répondre aux demandes de la filière, mais aussi en milieu tropical où les caprins jouent un rôle socio-économique essentiel pour certaines populations rurales.

Cet article présente des arguments en vue d’une résolution des problèmes liés à la question de l’intentionnalité naturelle dans une perspective biosémiotique. En confrontant les théories de l’information au modèle évolutionniste dominant en biologie, l’auteur montre les insuffisances du réductionnisme néodarwinien dans les cas d’adaptation sans évolution au sens strict de la sélection naturelle. Ainsi est-ce l’agentivité qui se retrouve au coeur de l’interrogation : comment a-t-elle pu émerger au sein de la nature ? Est-elle suffisante pour définir le vivant ? Le modèle biosémiotique permet d’envisager un continuum évolutif au sein du vivant, dont le facteur de croissance, et l’effet, serait l’accroissement de la liberté sémiotique, c’est-à-dire l’amélioration, pour les organismes vivants, de leurs compétences interprétatives, liberté dont l’effet bénéfique sur la valeur sélective s’observe à travers une sophistication des modes de communication inhérents à leur organisation.

Le locus de la caséine alphas1 caprine se distingue par un fort polymorphisme et surtout par le fait qu’il existe, entre allèles ou groupes d’allèles, de nettes différences de niveau de synthèse protéique. Les premiers travaux ont établi que ce polymorphisme était déterminé par un minimum de 7 allèles, correspondant à 4 niveaux de synthèse différents : les allèles A, B et C s’accompagnent d’un taux "fort" de caséine alphas1 (environ 3,6 g/l), l’allèle E d’un taux "moyen" (1,6 g/l), les allèles D et F d’un taux "faible" (0,6 g/l), l’allèle O étant un allèle nul (pas de caséine alphas1 chez l’homozygote). En 1985, les allèles E et F prédominaient largement dans les races laitières françaises Alpine et Saanen, ce qui expliquait, en partie, la faiblesse du taux protéique des laits dans ces races, limitant leur rendement fromager, et posait la question de l’intérêt et des modalités d’une sélection en faveur des allèles "forts". Chacun des variants "faibles" se caractérise par la délétion d’une séquence d’acides aminés (résidus 59 à 95 dans F, 59 à 69 dans D, 14 à 26 dans G) qui résulte, tout au moins pour F et G, d’une anomalie d’épissage des ARN messagers. Dans le cas de l’allèle F, cette anomalie paraît due à la délétion d’un nucléotide, dans le cas de l’allèle G à une substitution nucléotidique. La diminution du niveau de synthèse constatée avec l’allèle E semble imputable à une insertion de 458 nucléotides dans le dernier exon du gène. La subdivision B1 de l’allèle "fort" B est le type originel de l’espèce. Les allèles à taux réduit sont donc des mutants défectifs. L’étude des performances en fermes de la descendance de 5 boucs hétérozygotes au locus alphas1-Cn a mis en évidence des différences de taux protéique conformes aux estimations ci-dessus (environ 2,5 g/kg entre les allèles A et F, 2 g/kg entre A et E). Ce polymorphisme n’a pas d’effet sur la quantité de lait produite ; mais on observe, par contre, des différences significatives inattendues, pour le taux butyreux, entre l’allèle A, et les allèles E et F. Globalement, l’allèle A a, par rapport à l’allèle F, un effet significatif sur la quantité totale de matière protéique par lactation, mais non sur la quantité de matière grasse. L’analyse des propriétés physico-chimiques des laits de chèvres homozygotes pour les 3 allèles principaux (A, E, F) confirme les effets du génotype sur le taux de caséine et sur le taux butyreux, et révèle en outre des effets significatifs sur le diamètre des micelles et leur degré de minéralisation calcique, inférieurs dans les laits A/A. Ces observations expliquent les différences constatées dans l’aptitude des laits à la coagulation par la présure, supérieure pour les laits A/A. Les écarts les plus importants concernent la fermeté maximale du gel (A/A>E/E>F/F) et sa vitesse de raffermissement (A/A>E/E et F/F), les laits de type A/A ayant, en moyenne, un temps de prise intermédiaire entre celui des laits E/E (plus long) et F/F (plus court). Des essais de fabrication traditionnelle de fromages du type Pélardon des Cévennes ont mis en évidence de nettes différences de rendement fromager corrigé : + 7,4 % entre les laits A/A et E/E, + 14,8 % entre les laits A/A et F/F, les variations saisonnières de rendement suivant celles de la matière fromagère utile (TP + TB). Des différences de fermeté des fromages (A/A>E/E>F/F) constatées par des mesures instrumentales, ont été confirmées par un jury de dégustation. Selon ce même jury, le goût de chèvre tend à être moins prononcé dans des fromages fabriqués à partir de laits A/A. Dans les races laitières européennes, on observe, selon les cas, une prépondérance des allèles "forts" A et B, de l’allèle moyen E ou de l’allèle faible F. Ce dernier prédomine dans les races Alpine et Saanen françaises et italiennes ainsi que dans la population Corse. Dans les races Alpine et Saanen, les allèles "forts" sont quasi absents chez les chèvres à index ou taux protéique faible, mais sont majoritaires en race Alpine (0,72) ou fréquents en race Saanen (0,42) chez les sujets à index ou taux protéique fort. En race Alpine, la fréquence de l’allèle A a nettement augmenté au cours des années précédentes chez les mâles de testage (environ 0,5 en 1992) et les boucs améliorateurs (0,6). En race Saanen, l’allèle E reste prédominant, mais la fréquence de l’allèle A s’accroît également. Les apports et les prolongements scientifiques de ce travail ainsi que les perspectives d’application à la sélection sont discutés.

L’adénocarcinome canalaire pancréatique (PDAC) est une maladie à évolution rapide le plus souvent mortelle. Malgré les énormes progrès dans la compréhension des mécanismes reliés à la pathogenèse du PDAC, l’impact de ces avancées sur la prise en charge des patients se fait encore attendre. L’une des applications les plus prometteuses des organoïdes est qu’ils peuvent servir de plate-forme pour la sélection de drogues mieux adaptées à chaque patient. Les organoïdes pancréatiques peuvent être générés à partir de petites quantités de tissu. Cette approche a ainsi le potentiel d’identifier les vulnérabilités thérapeutiques individuelles en permettant de personnaliser les traitements. Ces analyses nécessitent néanmoins plusieurs semaines avant d’obtenir suffisamment d’organoïdes d’un même individu, de pouvoir réaliser les tests de plusieurs drogues et d’analyser les résultats, ce qui limite l’utilisation de cette méthodologie en pratique clinique courante pour les patients, dont il faut se rappeler que la moitié décède dans les 6 mois qui suivent le diagnostic. Pour surmonter cet obstacle, nous avons évalué la capacité d’identification de patients présentant un profil particulier de sensibilité à un traitement donné, de signatures moléculaires transcriptomiques. Les approches fondées sur ce type de profilage transcriptomique ont l’énorme avantage d’utiliser très peu de matériel biologique. Elles permettent également de réduire sensiblement le temps pour la sélection des drogues qui se révèlent plus efficaces pour un patient défini.

Parmi les produits porcins corses bénéficiant récemment d’une AOP, le prisuttu (jambon sec) représente la plus forte valeur ajoutée. L’AOP exige que le prisuttu ait plus d’un an pour exprimer son potentiel. Comment intégrer ces perspectives et quelles difficultés rencontrées? Nous avons mené une enquête auprès d’un échantillon de 21 producteurs représentatif de la diversité des situations. Les questions concernent le choix des animaux, les jambons frais, la transformation et l’affinage, la mise en marché. Les résultats montrent une évolution sensible dans la période récente. Les porcs sont partiellement élevés selon le cahier des charges de l’AOP. La sélection des carcasses privilégie les plus lourdes pour produire le prisuttu. La durée d’affinage augmente progressivement selon la demande. Les modalités de mise en marché montrent plus de coupe et de tranchage, et l’exploration des foires et marchés, pour un doublement des prix, voire davantage. Les difficultés rencontrées sont la mise aux normes des ateliers, la traçabilité et la recherche de nouveaux circuits pour hausser les prix de vente. La transition vers le marché du haut de gamme n’est que partielle et les dynamiques espérées du fait de l’AOP se font attendre. Il manque une réflexion stratégique qui aiderait les producteurs à investir afin de mieux valoriser leurs efforts sur les animaux, la transformation et l’affinage.

Les systèmes de gestion des déchets étant en constante évolution, chacune des décisions prises aujourd’hui aura une influence sur les actions futures. Parmi les difficultés rencontrées, la sélection d’un site pour l’implantation de nouvelles installations, quelle que soit leur nature, représente un enjeu majeur en raison des contraintes sociales, économiques et environnementales qui s’y rattachent. En conséquence, les décideurs réclament de nouveaux outils qui leur permettront de comparer les différentes options qui s’offrent à eux et d’en évaluer les impacts sur le système. Actuellement, les approches mathématiques utilisées pour résoudre les problèmes de localisation sur un territoire sont inadéquates pour la gestion des déchets. Notamment, ces approches ne permettent pas de considérer l’ensemble des impacts attribués à la gestion des déchets ainsi que les particularités associées aux trajets (longueur, contraintes de circulation, capacité). Dans le but de corriger ces lacunes, le présent article porte sur l’utilisation de la gestion dynamique des déchets (GDD) comme outil d’aide à la décision pour la gestion territoriale, et plus particulièrement pour les problèmes de localisation. Afin de démontrer les avantages de l’approche proposée, deux études de cas sont également présentées.

La propagation à Bamako en novembre 2014 de l’épidémie de maladie à virus Ebola a constitué une menace pour les militaires français déployés au Mali. Le Service de santé des armées a dû mettre en œuvre des mesures visant à évaluer la réalité du risque et son évolution, à protéger les forces d’une transmission, et à se préparer à dépister, prendre en charge et évacuer un éventuel cas possible ou confirmé de maladie à virus Ebola.

Les décisions de gestion de la santé animale correspondent à un large éventail de situations et de problèmes. Illustrant ce constat, sept maladies majeures des troupeaux bovins laitiers sont examinées pour identifier les facteurs les plus courants limitant l’efficacité des plans de maîtrise ainsi que les perspectives d’amélioration de la maîtrise sur le terrain. Pour les infections intra-mammaires, la recherche vise à la mise au point de vaccins multivalents, le ciblage des vaches à traiter par les antibactériens, la méthodologie des interventions en ferme, et l’augmentation de la résistance innée par la sélection génomique. Pour les strongyloses gastro-intestinales, les recherches prioritaires s’orientent aussi vers les stratégies de traitement anthelminthique raisonné et ciblé, la voie génétique semblant moins prioritaire que chez les petits ruminants. La maîtrise de la maladie de Mortellaro, affection de l’appareil locomoteur, ne pourra plus recourir aux désinfectants classiquement utilisés dans les pédiluves et des approches alternatives sont nécessaires. La maîtrise de la fièvre Q est à rechercher par la vaccination de l’ensemble du troupeau sur plusieurs années et l’hygiène de la parturition. La paratuberculose pourrait à terme être maîtrisée par la sélection génomique, en raison de l’absence de traitement et de vaccin efficaces et de l’existence de bases génétiques de résistance/résilience prometteuses. La maîtrise de l’infection par le virus BVDV semble pouvoir être atteinte par des mesures sanitaires combinées ou non avec la vaccination. La quasi-éradication des sérotypes exotiques du virus de la fièvre catarrhale ovine pourrait être obtenue par la surveillance ciblée et la vaccination massive et rapide. Les spécificités de l’étiologie, de l’épidémiologie et des moyens de maîtrise des maladies étudiées n’autorisent guère de conclusions génériques.

RESUMEL'article présente une révision intéressante de l'état actuel des ressources génétiques animales en Cóte d'Ivoire. Les cinq espéces principales (bovins, ovins, caprins, porcins et volailles) sont présentées. I1 existe trois groupe de bovins autochtones: le Baoulé, le N'Dama et le Lagune; les deux derniers sont considérés trypanotolérants. Le Baoulé posséde une population de presque 500 000 animaux et le N'Dama quelques 100 000, tandis que la population de Lagune de petite taille est de moins de 1000. I1 existe également u.ne population transhumante formée de zébus croisés (Baoulé x zébu) ainsi que de N'Dama croisés avec des German Fleckvieh ou des French Abondance. La race d'ovin plus répandue est la fameuse Djallonké (environ 1200 000 animaux) que l'on rencontre aussi bien dans les foréts que dans les savannes. L'Institut des Sciences a initié un programme de sélection en 1980 qui se poursuit actuellement. Dans le cas des chévres la seule race présente est la naine de l'Afrique de l'ouest, appelée aussi Djallonké, avec une population de un peu moins de 1 000 000. Les secteurs porcins et de volailles sont dominés par la présence de races locales et de quelques croisements avec des races importées. L'article présente une description approfondie des systémes de production traditionnels et de leur évolution; il donne également des indications sur les normes de conservations existantes pour les races N'Dama, Baoulé et Djallonké.

Résumé Munoz-Pérez Francisco, Prioux France.- Une enquête dans les registres d'état civil. Filiation et devenir des enfants nés hors mariage En raison de l'importance prise par la cohabitation en France, actuellement environ quatre enfants sur dix naissent hors mariage. L'Ined a entrepris une enquête par sondage direct dans les registres d'état civil, afin de mieux connaître la situation de ces enfants à leur naissance - filiation, nom - et son évolution avec l'âge. En marge de l'acte de naissance sont mentionnés en effet, avec leur date, tous les événements modifiant la filiation de l'enfant ou son nom : reconnaissance paternelle (et son annulation éventuelle), légitimation par le mariage des parents ou par voie judiciaire, changement de nom par déclaration conjointe des parents ou par jugement, contestation de paternité, adoption, Des informations sur les parents sont aussi disponibles : date et lieu de naissance, lieu de résidence, profession. L'enquête porte sur sept générations d'enfants nés entre 1965 et 1994, observés depuis la naissance jusqu'au moment de l'enquête, terminée en 1997. L'échantillon, représentatif à l'échelon national, est composé de 35 000 enfants au total. La sélection de l'échantillon a conduit à consulter et à classer 650 000 actes d'état civil. Cet article expose les méthodes mises en œuvre pour la réalisation de l'enquête et les différentes difficultés auxquelles les auteurs ont eu à faire face, liées à la nature particulière des renseignements recueillis.

Avant-Propos : Anomalies génétiques Les anomalies génétiques sont observées depuis toujours par les éleveurs et ont été décrites depuis longtemps par les chercheurs. Toutefois, elles ont toujours eu une situation à part dans la sélection des espèces d’élevage. Si la sélection s’est structurée, organisée, raffinée, elle n’a le plus souvent concerné que des caractères économiquement importants mais dits « quantitatifs », c’est-à-dire des caractères au déterminisme génétique complexe soumis à la fois à des effets du milieu et un nombre important de gènes. Parfois, des gènes à effet majeur ont également été pris en compte (gène culard, gène « sans cornes », coloration, absence de plumes…). Mais les anomalies ont toujours été considérées comme un problème inévitable, éventuellement à cacher. Elles ont été peu prises en compte en sélection, elles ne font pas l’objet de déclarations dans le cadre du contrôle de performances usuel et, au contraire, jusqu’à récemment, faisaient plutôt l’objet d’éliminations, volontairement ou non, sans déclaration. Considérées comme rares, elles ont été intégrées dans les incompressibles pertes d’élevage. La situation se complique en général lorsqu’un reproducteur largement diffusé s’avère porteur d’une anomalie. L’anomalie change alors de statut : d’inconvénient inéluctable mais peu important, elle apparaît comme un problème majeur pour les éleveurs, source de contentieux, porteur d’une mauvaise image. Son éradication rapide devient prioritaire, et l’élimination des reproducteurs porteurs est généralement préconisée. Au cours des années 1990 et 2000, quelques cas dans l’espèce bovine, finalement peu nombreux, ont marqué les esprits par l’impact qu’ils ont eu dans les populations concernées quand les meilleurs taureaux du moment se sont révélés porteurs. De plus, aucun réseau « du déclarant au généticien » n’étant mis en place, il a fallu du temps entre la déclaration des premiers cas et la disponibilité d’un test moléculaire permettant une éradication réellement efficace. Les anomalies génétiques sont inéluctables. Elles résultent de mutations de l’ADN qui sont un phénomène normal source de la diversité génétique. Souvent neutres, parfois fonctionnelles, les mutations peuvent dans des cas rares être responsables d’anomalies. Les populations d’élevage étant des populations génétiquement petites (malgré des effectifs physiques parfois très élevés), elles présentent des conditions favorables pour la diffusion et l’expression de ces anomalies, du fait de la dérive génétique et de la consanguinité. Contrairement à ce qui est parfois supposé, la sélection ne crée pas les anomalies, mais elle peut favoriser leur diffusion (l’augmentation de leur fréquence allélique et l’apparition de cas), de façon analogue aux antibiotiques qui ne créent pas de résistance, mais sélectionnent les populations bactériennes résistantes. On pense également à tort que les populations génétiquement petites présentent plus d’anomalies. Il est plus exact de dire qu’à effectif d’animaux identique, les populations génétiquement petites présentent un nombre d’anomalies différentes plus faible, mais un nombre de cas par anomalie plus élevé. Alors que la sélection est un modèle de rationalité, les anomalies sont longtemps restées hors de ce cadre. Une des raisons était sans doute le manque d’outils pour les éliminer. Une mise en place progressive depuis quinze ans et une accélération certaine des techniques de dépistage depuis le début des années 2010 a permis de définir un nouveau cadre pour intégrer les anomalies dans le processus de sélection. Tout d’abord, il est essentiel de disposer d’un système d’observation des anomalies. Les cas étant souvent rares et dispersés, il est essentiel que ce système soit largement implanté sur le terrain et que les informations soient centralisées, de façon à détecter les émergences le plus tôt possible, à partir de cas considérés éventuellement à tort comme sporadiques. Différents observatoires dédiés, souvent distincts du contrôle de performances classique, ont été mis en place à travers le monde et dans différentes espèces d’élevage ou de compagnie. Nous présentons dans ce dossier l’Observatoire National des Anomalies Bovines – ONAB ; https://www.onab.fr/ – (Grohs et al 2016) et la situation chez le porc (Riquet et al 2016). Ces dispositifs ont réellement montré toute leur efficacité lorsque les outils moléculaires les plus récents, de génotypage et séquençage, ont été disponibles, permettant de caractériser rapidement une anomalie à partir de quelques cas (Duchesne et al 2016). Ces outils génomiques peuvent même être utilisés pour orienter la recherche des anomalies avant leur observation (Fritz et al 2016). Enfin, il convient d’insister sur le fait que l’analyse de cas mais aussi de leurs ancêtres n’est possible que si d’excellentes collections d’échantillons sont stockées, comme c’est le cas pour l’ONAB ou pour le Centre de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques (CRB-Anim ; https://www.crb-anim.fr/). La situation est bien sûr très variable selon les espèces. L’impact d’une anomalie, et donc la prise de conscience des sélectionneurs, est plus élevé dans les espèces conduites en race pure et quand l’individu a une forte valeur. L’espèce bovine est caractérisée par un double réseau de phénotypage associé au conseil en élevage et au travers des vétérinaires, par une conduite en race pure quasi-exclusive, par une sélection puissante, devenue génomique. Elle connaît une évolution récente favorisant la détection des anomalies. La situation est également très avancée chez le chien, une espèce bénéficiant d’une bonne supervision vétérinaire et organisée en de nombreuses races pures d’effectifs génétiques très petits et souvent sujettes à des anomalies spécifiques. Aujourd’hui, la situation a beaucoup évolué, de sorte qu’un nombre croissant d’anomalies est mis en évidence, dans toutes les races, quel que soit le mode de reproduction prédominant (monte naturelle ou insémination artificielle). En revanche, leur prise en compte reste encore partielle, et rarement à la hauteur (c’est-à-dire parfois trop, parfois trop peu) de leur importance réelle. Nous proposons dans Boichard et al (2016) différentes approches pour inclure les anomalies de façon objective dans la sélection. Pour le chercheur, les anomalies sont des objets d’étude hors du commun. L’anomalie, en provoquant une perturbation sévère en dehors de la gamme physiologique normale, permet parfois de comprendre un mécanisme habituellement peu variable et donc peu étudiable autrement. On comprend ainsi mieux le rôle des gènes au travers de leurs effets lorsqu’ils sont mutés. Les mécanismes mis en jeu touchent souvent des voies fondamentales du vivant et, à ce titre, sont souvent transposables entre espèces. Les connaissances sont bien sûr bien plus avancées chez l’Homme ou les espèces modèles comme la souris et nous bénéficions de ces informations pour caractériser rapidement les mutations découvertes dans les espèces d’élevage. Mais parfois, une anomalie observée dans une espèce d’élevage peut aussi contribuer à résoudre des questions chez l’Homme, par exemple pour des maladies très rares alors que la structure des populations d’élevage avec de grandes familles permet l’étude de cas familiaux. Il arrive alors que l’espèce d’élevage, de même que le chien, prenne le rôle d’espèce modèle de pathologies humaines.

En France, l’élevage des ovins laitiers repose sur des productions typiques, agneaux de lait et fromages de brebis à AOC, permettant le maintien d’une population rurale et le développement industriel dans trois régions de montagne aussi différentes que le sud du Massif Central (Rayon de Roquefort), les Pyrénées Atlantiques et la Corse. Dans les années 70, l’avenir de ces productions passait par une amélioration de la productivité des brebis, des troupeaux et du travail (particulièrement de la traite). Ces objectifs sont largement atteints : la taille moyenne des troupeaux a triplé entre 1970 et 1990, et la production laitière des brebis a doublé, avec l’émergence d’éleveurs spécialisés livrant leur lait, tandis que la tradition des fromages fermiers se perpétue dans certaines zones de production. L’impact de la génétique et de la physiologie animale a été déterminant dans cette évolution remarquable, dans trois domaines complémentaires : mécanisation de la traite, maîtrise de la reproduction, sélection des races locales dans leur bassin respectif. Ainsi en 1990, 75% du lait de brebis produit en France provient d’élevages en contrôle laitier, ce qui constitue un atout déterminant au plan international. Logiquement, de nouveaux objectifs de recherche-développement se font jour pour la décennie 90, dans un contexte où l’on verra se renforcer la relation entre terroirs de production, races locales, systèmes de production et fromages de brebis en AOC. Ces nouveaux objectifs et leurs conditions de mise en oeuvre sont décrits dans cet article. On peut noter en particulier la volonté des partenaires professionnels de renforcer l’interface entre la recherche et le développement avec l’officialisation du Comité National Brebis Laitières en 1991.

Les insuffisances respiratoires de patients avec une bronchopathie chronique obstructive (BPCO) hospitalisés en soins critiques sont de causes variées. Parmi elles, près de la moitié sont de cause infectieuse, essentiellement bactérienne ou virale. Les principaux microorganismes impliqués dans les exacerbations de BPCO sont pour les bactéries l’Haemophilus influenzae, le Streptococcus pneumoniae et Branhamella catarrhalis et pour les virus les Rhinovirus, Influenzae et Coronavirus. En cas d’exacerbation sévère nécessitant une ventilation artificielle, invasive ou non, les sociétés savantes recommandent une antibiothérapie probabiliste, avec le risque d’effets indésirables et de sélection de bactéries résistantes, notamment le Pseudomonas aeruginosa ou les enterobacteries. Même si l’examen clinique couplé aux outils paracliniques sont peu performants pour identifier l’implication d’un agent bactérien, une démarche systématique permet d’éliminer les causes non bactériennes d’insuffisance respiratoire aiguë et permet ainsi une épargne antibiotique chez les patients avec une BPCO.