Journal articles on the topic 'Sélection de séquence'

En décembre 2004, soit trois ans seulement après celle de l’homme, la première version de la séquence du génome de la poule a été publiée. Ce travail est le résultat de plus de dix années de recherches en génomique. Celles-ci ont débuté par la réalisation des premières cartes génétiques, puis de banques de clones BAC*, de cartes cytogénétiques incluant les microchromosomes, de cartes d’hybrides irradiés et la production de séquences d’EST. En effet, c’est la mise en commun de l’ensemble de ces données disponibles qui a contribué à l’assemblage final de la séquence. Bien entendu, comme la première version de celle du génome humain, la séquence de la poule n’est pas parfaite et des travaux de vérification et de corrections, notamment des microchromosomes, seront nécessaires. De plus, un effort d’annotation* est maintenant à réaliser. Cependant, le fait de disposer de la séquence du génome d’un nombre croissant de vertébrés va permettre d’affiner nos connaissances grâce aux études comparatives. La disponibilité de la séquence de la poule va permettre de remplacer une bonne partie des longs et fastidieux travaux de biologie moléculaire nécessaires à la détermination de la structure, de la fonction et du polymorphisme des gènes par des analyses in silico. Ceci devrait accélérer la mise au point de marqueurs moléculaires utilisables pour la sélection de phénotypes intéressants pour les productions animales

Allèle : une des formes alternatives d'un locus. Dans une cellule diploïde, il y a deux allèles pour chaque locus (un allèle transmis par chaque parent), qui peuvent être identiques. Dans une population, on peut avoir plusieurs allèles pour un locus.Annotation structurale : repérage des coordonnées des diverses structures dans le génome, telles que les gènes.Annotation fonctionnelle : renseignements sur les fonctions des séquences, le plus souvent pour les gènes.BAC : Bacterial Artificial Chromosome. Vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant un grand fragment d’ADN génomique (taille > 100 kb*). Les BAC assemblés en contigs* sont à la base des cartes physiques du génome.Carte cytogénétique : carte des chromosomes. Réalisée par localisation visuelle (FISH*) au microscope de fragments d’ADN sur les chromosomes au stade métaphase de la mitose.Carte d’hybrides irradiés : réalisée en testant par PCR la présence ou l’absence de fragments d’ADN dans une collection de clones d’hybrides irradiés (RH*). Deux fragments d’ADN sont proches sur le génome s’ils sont trouvés fréquemment dans les mêmes clones.Carte génétique : obtenue par l’étude de la ségrégation dans des familles ou des populations, de marqueurs polymorphes, soit moléculaires, soit phénotypiques, deux séquences étant d’autant plus proches qu’elles sont souvent transmises ensemble lors de la méiose.Clonage positionnel : stratégie visant à identifier un gène responsable de l’expression d’un phénotype en utilisant des informations de position sur le génome.Contig : ensemble de clones (le plus souvent des BAC*) ou de lectures de séquence ordonnés grâce à des informations sur leur parties chevauchantes.Cosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragments d’ADN génomique de taille avoisinant les 50 kb*.CNV : Copy Number Variation ; polymorphisme du génome correspondant à la variation du nombre de copies d’une séquence, pouvant dans certains cas contenir un ou plusieurs gènes.Déséquilibre gamétique : pour deux loci quelconques, c'est le fait que la fréquence des haplotypes* estimée pour tous les gamètes est différente de celle attendue à partir du produit des fréquences alléliques de chaque locus. Synonyme : déséquilibre de liaison. Contraire de : équilibre gamétique.Dominance : qualificatif de l’effet d'un allèle, dont une copie suffit à l'expression du phénotype* approprié. L’allèle A est dominant sur l’allèle a si l’hétérozygote* Aa a le même phénotype* que l’homozygote AA.EST : Expressed Sequence Tag : séquences étiquettes (partielles) de transcrit, obtenues par séquençage aléatoire d’ARN.Evaluation génomique : évaluation de la valeur génétique d’individus d’après leurs génotypes pour un ensemble de loci distribués sur le génome, d’après des équations établies à partir des performances d’individus de référencephénotypés et génotypés.Expression génique : études visant à estimer le niveau de production (expression) des gènes en fonction d’états physiologiques ou de tissus différents.Exon : fraction de la partie codante d’un gène eucaryote. Les gènes des organismes eucaryotes sont le plus souvent fractionnés en plusieurs séquences d’ADN dans le génome, les exons, séparés entre eux par d’autres séquences (introns*).FISH : Fluorescent In Situ Hybridisation. Hybridation de sondes d’ADN marquées à l’aide d’un fluorochrome, sur des chromosomes au stade métaphase de la mitose. Permet la réalisation de la carte cytogénétique.Fingerprinting : technique permettant d’estimer très grossièrement la similarité entre des séquences d’ADN sans les séquencer, par la comparaison des longueurs de bandes produites par des enzymes de restriction coupant l’ADN à des sites précis.Fosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille déterminée et égale à 40 kb*.FPC : FingerPrint Contig* ; contig* de clones (généralement des BAC*) ordonnés par la technique du fingerprinting, afin d’obtenir une carte physique du génome.Génotype 1 : constitution génétique d'un individu. 2. Combinaison allélique* à un locus particulier, ex: Aa ou aa.Haplotype : combinaison allélique spécifique pour des loci appartenant à un fragment de chromosome défini.Héritabilité au sens strict : proportion de la variance phénotypique due à la variabilité des valeurs génétiques = proportion de la variance phénotypique due à la variance génétique additive.Hétérozygote : individu ayant des allèles non identiques pour un locus* particulier ou pour plusieurs loci. Cette condition définit l’ «hétérozygotie». Contraire de: homozygote.Homologues : séquences similaires en raison d’une origine évolutive commune.Hybride irradié : cellule hybride obtenue par fusion entre cellules hôte d’une espèce et donneuse d’une autre espèce, contenant une fraction aléatoire du génome de l’espèce donneuse, après cassures par irradiation, reconstitution aléatoire de chromosomes ou insertion dans des chromosomes de la cellule hôte et rétention partielle. Deux séquences proches sur le génome sont en probabilité dans les mêmes clones RH*, tandis que deux séquences distantes ont une probabilité faible d’être conservées ensemble.IBD : pour identity by descent. Identité entre deux chromosomes (ou parties de chromosomes), liée à leur descendance d’un même chromosome ancestral.Indel : Insertion – deletion ; polymorphisme de présence ou absence d’un ou plusieurs nucléotides.Intron : séquence non-codante dans les gènes, séparant les exons, qui codent pour une protéine.Kb : kilobase ; séquence de mille paires de bases (pb*).Locus (pl. : loci) : Site sur un chromosome. Par extension, emplacement d’un gène ou d’un marqueur génétique sur un chromosome.Marqueur génétique : séquence d'ADN dont le polymorphisme est employé pour identifier un emplacement particulier (locus) sur un chromosome particulier.Mate-pair : séquences appariées (1 à 10 kb* de distance), produites en circularisant les fragments d’ADN, puis par séquençage à travers le point de jointure.Mb : mégabase ; séquence d’un million de paires de bases (pb*) de longueur.Orthologues : séquences homologues* entre deux espèces.Paired-end : séquences appariées produites par la lecture des deux extrémités de courts fragments d’ADN (moins de 500 pb*) dans le cas des nouvelles technologies de séquençage.Paralogues : séquences homologues* résultat de la duplication d’une séquence ancestrale dans le génome. Il s’agit de deux (ou plus) séquences similaires par homologie dans un même génome.Pb : paire de base ; unité de séquence d’ADN, représentée par une base et sa complémentaire-inverse sur l’autre brin.Phénotype : caractère observable d'un individu résultant des effets conjugués du génotype et du milieu.Phylogénomique : utilise les méthodes de la génomique et de la phylogénie. Par la comparaison de génomes entiers, permet de mettre en évidence des pertes et gains de gènes dans les génomes, ainsi que leur variabilité moléculaire, afin (entre autres buts) d’aider à prédire leur fonctions.Plasmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille allant de 500 pb* à 10 kb* environ.Polymorphisme d'ADN : existence de deux ou de plusieurs allèles* alternatifs à un locus.Puce à ADN ou puce pangénomique : Système permettant pour un individu le génotypage simultané de très nombreux marqueurs génétiques (de quelques milliers à quelques centaines de milliers).QTL : abréviation de locus à effets quantitatifs (de l’anglais Quantitative Trait Locus).Récessivité : qualificatif de l’effet d'un allèle, où l'homozygotie* est nécessaire pour l'expression du phénotype* approprié. opposé de : dominance*.RH : Radiation Hybrid (hybride irradié*)Sanger (méthode de) : méthode de séquençage publiée en 1977 (Sanger et al 1977) et encore utilisée de nos jours avec les séquenceurs à électrophorèse capillaire.Scaffold : ensemble de contigs* de séquence reliés entre eux par des informations apportées par des lectures appariées (mate-pairs* ou paired-ends*).Sélection assistée par marqueurs (abréviation : SAM) : utilisation d’un jeu restreint de marqueurs de l'ADN pour améliorer la réponse à la sélection dans une population : les marqueurs sont choisis comme étroitement liés à un ou plusieurs loci cibles, qui sont souvent des loci à effets quantitatifs ou QTL*.SNP : polymorphisme d'un seul nucléotide à une position particulière de la séquence d’ADN (abréviation de l’anglais Single Nucleotide Polymorphism).Supercontig : nom alternatif pour les scaffolds*.WGS : Whole Genome Shotgun ; production de lectures de séquence d’un génome entier de manière aléatoire.

Depuis quelques décennies, de nombreux outils technologiques initialement destinés à l’étude de la génomique humaine ont été rapidement déployés chez les animaux d’élevage, dont les chevaux. Tout d’abord, le génotypage permet l’analyse des variations génétiques dans l’ADN génomique d’un organisme : par exemple, les marqueurs microsatellites, séquences répétées présentes partout dans les génomes eucaryotes ou bien les SNP (Single Nucleotide Polymorphism) qui correspondent à des variations d’une seule base nucléotidique. En laboratoire, le génotypage est actuellement utilisé pour la réalisation des contrôles de filiation ou pour la recherche d’un caractère d’intérêt et des maladies monogéniques équines. La technologie de séquençage permet, quant à elle, de déterminer la séquence nucléotidique d’un fragment d’ADN ou d’un génome entier : ainsi, Twilight, premier cheval dont le génome a été entièrement séquencé en 2009. D’autres alternatives au séquençage permettent de mesurer l’expression des gènes dans un tissu donné par une approche de transcriptomique (ou RNAseq), de comprendre la régulation de cette expression génique par des études épigénétiques ou bien de connaître le microbiote d’un échantillon par analyse métagénomique. L’ensemble de ces développements génomiques offre de belles perspectives pour le diagnostic équin de demain grâce à une meilleure connaissance des maladies multifactorielles et la mise en place d’une médecine personnalisée. Ces outils apporteront également des éléments nouveaux aux professionnels de la filière en termes d’élevage ou de sélection ainsi qu’une amélioration de la prédiction des aptitudes au sport des chevaux athlètes.

Après une brève présentation de la pratique du testage selon la perspective historique, l'auteur s'attache à la description détaillée des interventions impliquant l'évaluation psychologique des personnes. A cette fin, il énonce la séquence des opérations ou phases caractérisant de telles interventions. Il y préconise notamment le choix ou la sélection des procédures à l'aide de grilles ou «filtres » (liste des critères pertinents). Et c'est à partir de ces descriptions et propositions qu'il définit finalement les compétences requises : culture générale, culture psychologique, formation et expériences spécifiques (interventions réelles et non seulement simulées) dans un contexte «Bac + 5».

L'épigénétique est communément définie comme l’étude de l'ensemble des mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de l’expression des gènes qui sont réversibles et transmissibles au cours du développement et parfois entre générations, sans altérer la séquence de l'ADN. Plusieurs mécanismes épigénétiques sont maintenant bien connus, comme la méthylation de l'ADN, les variants et modifications post-traductionnelles des histones, ainsi que certains ARN non codants. Grâce au développement technologique du séquençage tout-génome, ces « marques » épigénétiques peuvent être étudiées à l'échelle du génome entier. Il est aujourd’hui clairement établi que l’épigénome, c'est-à-dire l'ensemble des marques épigénétiques d'un tissu, est sensible aux fluctuations de l’environnement, notamment la température ou l’alimentation. Des stratégies de programmation précoce des phénotypes reposant sur ces mécanismes épigénétiques sont ainsi envisagées comme levier pour adapter le phénotype ultérieur des individus à leurs conditions de vie. Par ailleurs, au cours des dernières décennies, la sélection génétique a contribué à l’amélioration considérable des performances des animaux. Bien que la composante génétique puisse être estimée avec précision, une grande partie de la variabilité phénotypique n'est pas directement accessible par les approches actuelles. Dans un contexte de diversification des environnements de production (changement climatique, modes de production plus respectueux du bien-être et de l'environnement), il est nécessaire de comprendre l'impact de l'environnement sur la variabilité phénotypique via les marques épigénétiques, pour optimiser les systèmes d'élevage et mieux prédire le phénotype d'un animal. Comme la sélection génomique il y a quelques années, l'apport de la recherche en épigénétique pourrait contribuer à rendre les systèmes de production avicole plus efficaces et plus durables.

Les traitements funéraires agissent sur le déroulement de la décomposition du corps. Ils peuvent impliquer l'inhumation ou la crémation, mais aussi la segmentation du cadavre ou du squelette. Sur le site Lapita de Teouma (Vanuatu, c. 3000 BP) qui a livré 68 structures funéraires, des transformations anthropiques du défunt ont été effectuées à des moments distincts du « parcours funéraire », mettant en jeu cinq formes de traitements du corps et suggérant l'intervention d'officiants distincts. Deux chaînes opératoires principales, pratiquées au début et à la fin d'une séquence funéraire étalée dans le temps, ont été reconstruites. La première consiste en une découpe du cadavre, identifiée à l'aide de l'analyse taphonomique, suivie du dépôt des restes dans une fosse, et la seconde correspond au prélèvement d'une sélection d'ossements sur un corps squelettisé suivie, dans quelques cas, de leur dépôt au cimetière selon un arrangement élaboré. L'analyse des variations observées entre structures funéraires suggère que la découpe a été entreprise par des spécialistes alors que le dépôt du corps et le prélèvement des ossements ont été réalisés par d'autres opérateurs.

Les mutations bénéfiques à forts effets sont rares et les mutations délétères sont éliminées par la sélection naturelle. La majorité des mutations qui s’accumulent dans les génomes ont donc des effets sélectifs très faibles, voire nuls ; elles sont alors appelées mutations neutres. Au cours des deux dernières décennies, il a été montré que les mutations, même en l’absence d’effet sur la valeur sélective des organismes, affectent leur évolvabilité, en donnant accès à de nouveaux phénotypes par le biais de mutations apparaissant ultérieurement, et qui n’auraient pas été disponibles autrement. En plus de cet effet, de nombreuses mutations neutres – indépendamment de leurs effets sélectifs – peuvent affecter la mutabilité de séquences d’ADN voisines, et moduler l’efficacité de la recombinaison homologue. De telles mutations ne modifient pas le spectre des phénotypes accessibles, mais plutôt la vitesse à laquelle de nouveaux phénotypes seront produits, un processus qui a des conséquences à long terme mais aussi potentiellement à court terme, en lien avec l’émergence de cancers.

L’œuf de poule est le lieu de développement de l’embryon, mais aussi un aliment de base et une source importante de molécules dotées d’activités biologiques largement utilisées en santé humaine et dans les industries agroalimentaires, cosmétiques et pharmaceutiques. L’identification des protéines de l’œuf initialement réalisée par des techniques classiques de biochimie, a connu un essor considérable grâce aux développements d’outils d’analyse à haut débit, la publication de la séquence génomique de la poule et l’essor de la bioinformatique. Dans cette revue, nous décrirons quel est l’apport de la génomique fonctionnelle et comment l’analyse transcriptomique et protéomique constituent des avancées majeures dans la connaissance des protéines de l’œuf. Ces avancées ont permis en quelques années l’identification et la caractérisation dans les différents compartiments de l’œuf de centaines de nouveaux composés aux fonctions riches et variées. Des études expérimentales supplémentaires seront nécessaires pour explorer les fonctions des composés nouvellement identifiés dans l’œuf. Ces nouvelles molécules constituent potentiellement des composés biologiquement actifs aux propriétés bénéfiques pour l’Homme ou l’animal. Certains de ces composés pourront être utilisés comme marqueurs biologiques dont le polymorphisme d’un nucléotide simple (SNP) permettra de développer une Sélection Assistée par Marqueurs (SAM) pour améliorer les défenses naturelles de l’œuf et réduire le risque de toxi-infections alimentaires humaines.

Les Encéphalopathies Spongiformes Transmissibles (EST) sont des maladies neurodégénératives caractérisées par l’accumulation dans le cerveau d’une forme anormale de la protéine prion, la PrP. La PrP cellulaire est une glycoprotéine membranaire qui a deux sites de glycosylation. La susceptibilité des moutons à la tremblante, la plus répandue des EST, est sous le contrôle d’un polymorphisme génétique en position 136, 154 et 171 de la protéine PrP. Différents travaux ont montré que l’efficacité de la conversion de la PrP normale (PrPc) en PrP anormale (PrPsc) pouvait être influencée à la fois par son degré de glycosylation et par sa séquence primaire en acides aminés. Au cours de notre travail de production d’anticorps monoclonaux dirigés contre la PrP ovine, nous avons obtenu de nouveaux anticorps discriminants les différentes formes glycosylées de la PrP. Parmi ces anticorps, nous avons montré que certains présentent une affinité différentielle vis-à-vis des allèles de la PrP, essentiellement en position 171. Cette position est connue pour jouer un rôle majeur dans le contrôle de la résistance (Arginine, R171) et de la sensibilité (Glutamine, Q171) des moutons à la tremblante. Ces anticorps représentent de nouveaux outils pour étudier la relation entre le niveau de glycosylation de la PrPc et sa capacité à être convertie en PrPsc. Ils nous permettront également une analyse plus fine du profil électrophorétique des différentes glycoformes de la PrP anormale dans le cadre du typage de souches de prions. Enfin, ces anticorps peuvent être utilisés pour le génotypage rapide des moutons en vue d’une sélection d’animaux résistants à la tremblante et pour la compréhension des bases moléculaires de la résistance à la tremblante conférée par la présence de l’Arginine en position 171 de la PrP.

Le locus de la caséine alphas1 caprine se distingue par un fort polymorphisme et surtout par le fait qu’il existe, entre allèles ou groupes d’allèles, de nettes différences de niveau de synthèse protéique. Les premiers travaux ont établi que ce polymorphisme était déterminé par un minimum de 7 allèles, correspondant à 4 niveaux de synthèse différents : les allèles A, B et C s’accompagnent d’un taux "fort" de caséine alphas1 (environ 3,6 g/l), l’allèle E d’un taux "moyen" (1,6 g/l), les allèles D et F d’un taux "faible" (0,6 g/l), l’allèle O étant un allèle nul (pas de caséine alphas1 chez l’homozygote). En 1985, les allèles E et F prédominaient largement dans les races laitières françaises Alpine et Saanen, ce qui expliquait, en partie, la faiblesse du taux protéique des laits dans ces races, limitant leur rendement fromager, et posait la question de l’intérêt et des modalités d’une sélection en faveur des allèles "forts". Chacun des variants "faibles" se caractérise par la délétion d’une séquence d’acides aminés (résidus 59 à 95 dans F, 59 à 69 dans D, 14 à 26 dans G) qui résulte, tout au moins pour F et G, d’une anomalie d’épissage des ARN messagers. Dans le cas de l’allèle F, cette anomalie paraît due à la délétion d’un nucléotide, dans le cas de l’allèle G à une substitution nucléotidique. La diminution du niveau de synthèse constatée avec l’allèle E semble imputable à une insertion de 458 nucléotides dans le dernier exon du gène. La subdivision B1 de l’allèle "fort" B est le type originel de l’espèce. Les allèles à taux réduit sont donc des mutants défectifs. L’étude des performances en fermes de la descendance de 5 boucs hétérozygotes au locus alphas1-Cn a mis en évidence des différences de taux protéique conformes aux estimations ci-dessus (environ 2,5 g/kg entre les allèles A et F, 2 g/kg entre A et E). Ce polymorphisme n’a pas d’effet sur la quantité de lait produite ; mais on observe, par contre, des différences significatives inattendues, pour le taux butyreux, entre l’allèle A, et les allèles E et F. Globalement, l’allèle A a, par rapport à l’allèle F, un effet significatif sur la quantité totale de matière protéique par lactation, mais non sur la quantité de matière grasse. L’analyse des propriétés physico-chimiques des laits de chèvres homozygotes pour les 3 allèles principaux (A, E, F) confirme les effets du génotype sur le taux de caséine et sur le taux butyreux, et révèle en outre des effets significatifs sur le diamètre des micelles et leur degré de minéralisation calcique, inférieurs dans les laits A/A. Ces observations expliquent les différences constatées dans l’aptitude des laits à la coagulation par la présure, supérieure pour les laits A/A. Les écarts les plus importants concernent la fermeté maximale du gel (A/A>E/E>F/F) et sa vitesse de raffermissement (A/A>E/E et F/F), les laits de type A/A ayant, en moyenne, un temps de prise intermédiaire entre celui des laits E/E (plus long) et F/F (plus court). Des essais de fabrication traditionnelle de fromages du type Pélardon des Cévennes ont mis en évidence de nettes différences de rendement fromager corrigé : + 7,4 % entre les laits A/A et E/E, + 14,8 % entre les laits A/A et F/F, les variations saisonnières de rendement suivant celles de la matière fromagère utile (TP + TB). Des différences de fermeté des fromages (A/A>E/E>F/F) constatées par des mesures instrumentales, ont été confirmées par un jury de dégustation. Selon ce même jury, le goût de chèvre tend à être moins prononcé dans des fromages fabriqués à partir de laits A/A. Dans les races laitières européennes, on observe, selon les cas, une prépondérance des allèles "forts" A et B, de l’allèle moyen E ou de l’allèle faible F. Ce dernier prédomine dans les races Alpine et Saanen françaises et italiennes ainsi que dans la population Corse. Dans les races Alpine et Saanen, les allèles "forts" sont quasi absents chez les chèvres à index ou taux protéique faible, mais sont majoritaires en race Alpine (0,72) ou fréquents en race Saanen (0,42) chez les sujets à index ou taux protéique fort. En race Alpine, la fréquence de l’allèle A a nettement augmenté au cours des années précédentes chez les mâles de testage (environ 0,5 en 1992) et les boucs améliorateurs (0,6). En race Saanen, l’allèle E reste prédominant, mais la fréquence de l’allèle A s’accroît également. Les apports et les prolongements scientifiques de ce travail ainsi que les perspectives d’application à la sélection sont discutés.

Grâce aux progrès récents de la biologie moléculaire, en particulier la découverte des séquences microsatellites et la technique d’amplification des séquences d’ADN par PCR, de nombreux marqueurs génétiques sont maintenant disponibles et organisés en cartes génétiques dans la plupart des espèces d’élevage. Cet article présente d’abord les principales propriétés des marqueurs génétiques, en particulier le polymorphisme et la liaison, qui permettent d’identifier et de suivre des segments chromosomiques entre générations. Il décrit ensuite les principales applications possibles des marqueurs dans la gestion des populations et l’analyse de leur variabilité génétique, et il met l’accent sur l’application la plus développée à l’heure actuelle, la détection des principales régions chromosomiques (ou QTL) impliquées dans le déterminisme des caractères d’intérêt économique, préliminaire indispensable à leur utilisation par sélection assistée par marqueurs ou introgression. Enfin, cet article présente succinctement les méthodes, en particulier celles basées sur la cartographie comparée, pour passer des marqueurs aux gènes responsables de la variabilité génétique des caractères d’intérêt, ouvrant ainsi la voie à une meilleure compréhension des mécanismes impliqués et à une utilisation plus facile et plus généralisable des résultats.

Résumé L'étude conjointe du pollen, des palynofaciès et du phytoplancton d'une séquence de 44 m de long extraite du lac d'Annecy montre les changements majeurs de végétation et de sédimentation organique dans un grand lac des préalpes du nord fran- çaises depuis la dernière glaciation. La chronologie est établie par comparaison avec les régions voisines et seize dates SMA. La composition des assemblages polliniques reflète des processus sédimentaires particuliers (tri sélectif, remaniements). Ainsi la présence à la base de la séquence d'éléments remaniés plus anciens que Saint-Germain II réduit la possibilité de dater la fin de la glaciation par des macrorestes végétaux dans ce bassin. Les palynofaciès montrent que cinq changements majeurs dans l'apport de matière organique dans le lac correspondent aux grands changements de végétation régionale. L'épisode glaciaire final est caractérisé par une longue séquence faiblement organique. L'expansion des arbustes autour de 13 000 BP est marquée par une augmentation nette de matière organique dans les sédiments. L'établissement de Pinus marque une période de fortes fluctuations des taux de matière organique entre 12 500 et 10 000 BP. La progression des feuillus à l'Holocène concorde avec l'apport de matière plus structurée. Les taux les plus élevés d'éléments ligneux et planctoniques sont atteints pendant l'établissement des forêts de sapins à l'Atlantique. Ces taux se maintiennent pendant les premiers déboisements après 6000 BP. Après 2000 BP le phytoplancton décroît fortement alors que la réduction des éléments ligneux est moins prononcée.

Introduction : La greffe osseuse alvéolaire (GOA) constitue une phase chirurgicale importante dans le traitement des fentes labio-alvéolo-palatines (FLAP). Elle permet d’éliminer les fentes oro-nasales, de rétablir la continuité du maxillaire et de fournir un support parodontal optimal pour l’éruption spontanée des canines permanentes adjacentes à la fente. Le but de la présente revue systématique était de déterminer le calendrier idéal de la GOA qui permettrait d’atteindre ces objectifs. Matériels et méthodes : Les bases de données consultées étaient MEDLINE, Embase et EBSCOhost, en utilisant les mots-clés présents dans le MeSH : [cleft lip and palate] and [alveolar bone graft] and [tooth eruption]. Les critères de sélection ont inclus les études rétrospectives, prospectives et les méta-analyses depuis janvier 2005 et dont le texte intégral est disponible. Résultats : Parmi 105 références, 9 articles répondaient à nos critères de sélection. La GOA réalisée avant ou juste après l’éruption des canines permanentes adjacentes à la fente, entre 8 et 12 ans, présente le meilleur taux de succès de la greffe (71 % à 89 %) et le risque d’inclusion canine le plus faible (5 à 19 %). Conclusion : D’après les données de la littérature, le calendrier optimal de la GOA garant de meilleurs résultats est situé entre 8 et 12 ans, avant ou juste après l’éruption des canines permanentes adjacentes à la fente. Cependant, ce calendrier pourrait être modifié par l’équipe pluridisciplinaire en fonction des priorités, particulièrement esthétiques, définies pour chaque enfant.

Afin de pallier le manque de ressources multimédia présentant des situations de communications authentiques de la vie quotidienne, nous avons choisi, analysé et utilisé des séquences de la série Plus belle la vie à des fins d’apprentissage du Français Langue Etrangère (FLE). Dans cet article, nous exposons tout d’abord les arguments en la faveur de l’utilisation de cette série. Ensuite, nous présentons les analyses langagières et interactionnelles des dialogues afin d’examiner s’ils sont proches ou éloignés d’interactions verbales authentiques. Un corpus est ensuite constitué à partir notamment d’une sélection des dialogues jugés proches du français parlé en interaction. Enfin, nous rendrons compte brièvement des premières expérimentations de l’utilisation de ce corpus à des fins d’apprentissage du français. Nous verrons que l’approche que nous mettons en place s’inscrit dans le cadre de l’utilisation des corpus multimédia à des fins didactiques, bien que le corpus Plus belle la vie soit particulier.

La dislocation en tant que dispositif syntaxique se caractérise par la présence d’un syntagme à la périphérie d’une structure phrastique, au sein de laquelle celui-ci conserve généralement une trace sous une forme pronominale. Cette construction, qui connaît de nombreuses variantes, a été décrite aussi bien à l’écrit qu’à l’oral, et tout en étant globalement peu fréquente, est souvent considérée comme caractéristique de l’oral. L’oral ne formant pas un ensemble homogène, la présente étude se propose d’examiner ce phénomène dans un corpus oral échantillonné issu des Enquêtes Sociolinguistiques à Orléans (ESLO). A partir d’un relevé systématique et d’une annotation manuelle de leurs propriétés syntaxiques et pragmatiques, nous cherchons à estimer la distribution des dislocations au sein d’une sélection de contextes interactionnels différents, illustrant les pratiques orales des plus formelles aux plus spontanées, afin de mettre en évidence un effet du contexte interactionnel sur le mode de structuration des énoncés à l’oral. Par ailleurs, notre travail offre des pistes pour l’analyse de l’emploi du format disloqué dans la réalisation des tâches interactionnelles spécifiques comme la préclôture topicale ou les séquences narratives.

Cet article retrace les principales étapes et la contribution de l’INRA au développement de la génomique, qui révolutionne depuis deux décennies les connaissances sur la structure et le fonctionnement du génome des animaux d’élevage. L’élaboration, dans les années 90, des premières cartes de marqueurs microsatellites a rapidement permis de mettre en évidence de nombreux locus à effets quantitatifs et de localiser les premiers gènes majeurs. En parallèle, les travaux de cytogénétique et de génomique comparative permettaient de tirer parti de l’avancée des connaissances sur le génome de l’homme et de la souris. A la fin des années 90, la construction d’outils de cartographie à haute densité, cartes d’hybrides d’irradiation et banques de grands fragments, a permis l’essor des travaux de cartographie fine et l’identification des premières mutations causales. Le début des années 2000 a été marqué par le développement des outils d’étude systématique de l’expression des gènes, micro-réseaux et puces à ADN, le démarrage du séquençage des premiers génomes d’animaux d’élevage, et l’essor des bases de données génomiques et de la bioinformatique. La connaissance des séquences permet ensuite de détecter in silico leurs variations, en particulier les très nombreuses variations ponctuelles (SNP) et de caractériser finement la structure des génomes des populations animales. La génomique a également renouvelé les méthodes d’amélioration génétique des populations, avec la mise en place de programmes de sélection assistée par marqueurs, de caractérisation et de gestion de la variabilité génétique et le développement d’applications en matière de contrôle de généalogie ou de traçabilité.

<p style="text-align: justify;">Une typologie sensorielle des vins de Cabernet franc lors du millésime 1988 en Val de Loire, provenant de terroirs définis par la notion de séquence écogéopédologique est effectuée.</p><p style="text-align: justify;">Le jeu de données (19 vins, 31 dégustateurs, 31 descripteurs) est traité selon des méthodes d'analyse multidimensionnelle. La pondération des groupes actifs (olfaction, vision, gustation) est nécessaire pour adapter une Analyse Factorielle Multiple (AFM).</p><p style="text-align: justify;">Celle-ci particulièrement descriptive confirme une influence considérable du milieu naturel sur les critères organoleptiques des vins produits, elle amplifie même la typologie.</p><p style="text-align: justify;">Une relation entre leurs caractéristiques sensorielles et les composantes de la vendange est tentée.</p><p style="text-align: justify;">Il est montré l'importance du pouvoir anthocyanique et phénolique de la baie de Cabernet franc sur la notion de « Puissance et d'Harmonie », facteurs déterminants de la qualité des vins rouges en Val de Loire.</p><p style="text-align: justify;">Une analyse fine de ces constituants nobles permettra au viticulteur de disposer de critères sélectifs qui seront à privilégier et concourront à l'originalité du produit. Il pourra de ce fait engager des techniques oenologiques appropriées afin de renforcer la typicité naturelle des vins de chaque terroir.</p>

Les récits populaires véhiculent des représentations, que certains considèrent comme figées. Les séries télévisées n’échappent pas à la règle. Cela permet de les analyser sous un angle sociologique et de vérifier ce qu’elles disent du monde. Dans ce numéro consacré aux Francophones, l’article vérifie le portrait qui est produit des Belges et de la Belgique dans les séries françaises. Le corpus sélectionné est composé de seize épisodes co-produits entre les deux pays et se déroulent exceptionnellement en Belgique. L’analyse de contenu est inductive et tente de repérer les traits présents dans les récits sans avoir au préalable établi de liste de stéréotypes sur les Belges. Les lieux représentés, les milieux, les personnages intervenant dans les récits, les intrigues et les thèmes abordés, les traits typiques utilisés dans les intrigues et les séquences où la Belgique ou les Belges étaient explicitement discutés ont retenu l’attention. L’analyse est précédée d’un état de l’art où les notions de représentations sociales, de stéréotypes nationaux sont précisées ainsi que les liens qu’elles entretiennent avec le média télévision. L’article montre que les stéréotypes sur les Belges sont présents dans les épisodes, mais peut-être pas autant qu’on aurait pu l’attendre. Les récits donnent à voir des représentations consensuelles de la Belgique, tout en permettant une certaine évolution des images (notamment celles liées au conflit linguistique). Les traits typiques utilisés montrent les deux pays sont proches (ce qui expliquent peut-être que les stéréotypes relèvent du détail), mais que le voyage en Belgique révèle malgré tout un certain exotisme. Enfin, il apparaît que les clichés employés se veulent surtout lisibles pour les Français.

A la question «Qui de l’oeuf ou de la poule est né le premier ?» Silésius répondait «l’oeuf est dans la poule et la poule dans l’oeuf» soulignant sa dualité, le passage du deux en un. Dans l’imagerie populaire, l’oeuf reflète le tout et son contraire, fragilité, protection, épargne, abondance (être «plein comme un oeuf»), richesse («avoir pondu ses oeufs»), éternité (le Phénix est né de l’oeuf) mais aussi mort et destruction («casser ses oeufs» se dit d’une fausse couche). Dans la mythologie de nombreuses civilisations, l’oeuf est le symbole de la naissance du monde (Apollon, le dieu grec de la lumière est né de l’oeuf). L’oeuf décoré apparu 3000 ans avant J.-C. en Ukraine fête, au printemps, le retour de la fécondité de la nature ; l’oeuf de Pâques la résurrection du Christ. L’oeuf est un tout à condition d’en sortir ! Fragile cependant car selon La Fontaine briser l’oeuf de la poule aux oeufs d’or (par curiosité) rompt l’effet magique (Auer et Streff 1999). Pour l’Homme, l’oeuf séduit pour sa valeur nutritionnelle, sa diversité d’utilisation en cuisine et son prix modique. Il en existe une grande diversité, de l’oeuf de Colibri (0,5 g) à l’oeuf de l’Aepyornis (8 litres soit l’équivalent de 150 oeufs), un oiseau de Madagascar (500 kg) disparu au 18ème siècle. Mais l’Homme ne consomme que l’oeuf de caille, de poule ou de cane. L’ère moderne a considérablement intensifié la production de ces deux dernières espèces car les poules saisonnées, qui étaient élevées avec soin par la fermière, ont plus que doublé leur production en 60 ans (de 120 oeufs par an dans les années 50 à plus de 300 aujourd’hui). Cette révolution technique résulte des efforts conjugués de la sélection génétique, d’une alimentation raisonnée répondant aux besoins nutritionnels, d’une évolution du système de production (apparition des cages) et d’une meilleure connaissance de la pathologie aviaire. Qu’en est-il du contrôle de la qualité nutritionnelle, organoleptique, technologique et hygiénique de l’oeuf ? L’oeuf est la plus large cellule reproductrice en biologie animale. Il assure dans un milieu externe le développement et la protection d’un embryon dans une enceinte fermée matérialisée par la coquille. Aussi, une de ses particularités est la diversité de ses constituants, de leur parfait équilibre nutritionnel et leur forte digestibilité, qui assure la croissance d’un être vivant. Ces caractéristiques sont à l’origine de la qualité nutritionnelle exceptionnelle de l’oeuf pour l’Homme. Une autre particularité est la présence d’une protection physique, la coquille mais, aussi d’un système complexe de défenses chimiques. Aussi, ce produit est-il remarquable de par son aptitude à engendrer la vie et pour l’oeuf de table à se conserver. Outre les éléments nutritifs, on y trouve de multiples molécules participant au développement et à la protection de l’embryon (molécules antibactériennes, antivirales, antioxydantes). Certaines d’entre elles, comme par exemple le lysozyme de blanc d’oeuf, sont partiellement valorisées par différents secteurs industriels (agroalimentaire, cosmétique, santé animale/humaine). La révélation récente d’un grand nombre de nouveaux constituants de l’oeuf, suite au séquençage génomique de la poule et au développement de la biologie intégrative, a conforté l’existence d‘activités antimicrobiennes, anti-adhésives, immuno-modulatrices, hypertensives, anticancéreuses, antiinflammatoires ou cryoprotectrices, prometteuses en médecine humaine et devrait à terme enrichir le potentiel d’utilisation de ce produit en agroalimentaire et en santé. L’objet de ce numéro spécial d’INRA Productions Animales est de rassembler les principales informations qui ont contribué au développement économique récent de ce produit, de rappeler les efforts en génétique, élevage et nutrition qui ont assuré des progrès quantitatifs et qualitatifs remarquables de la production et de la qualité des oeufs au cours des trente dernières années. Les poules élevées à l’origine par la femme pour un usage domestique se comptent aujourd’hui par milliers dans les élevages. Quelle sera la durabilité de ce système d’élevage dans un contexte socio-économique européen remettant en cause en 2012 le système éprouvé de production conventionnel d’oeufs en cage pour des cages aménagées ou des systèmes alternatifs avec ou sans parcours ? Notre objectif est d’analyser les facteurs qui contribueront à son maintien, notamment le contrôle de la qualité de l’oeuf. Il est aussi de décrire l’évolution spectaculaire des connaissances sur ce produit liée au développement des techniques à haut débit et des outils d’analyse des séquences moléculaires. Il permettra enfin d’actualiser les atouts de ce produit. Ce numéro est complémentaire d’un ouvrage plus exhaustif sur la production et la qualité de l’oeuf (Nau et al 2010). Le premier article de P. Magdelaine souligne la croissance considérable en 20 ans de la production d’oeufs dans les pays d’Asie et d’Amérique du Sud (× 4 pour la Chine, × 2 en Inde et au Mexique). En revanche, les pays très développés notamment européens à forte consommation (> 150 oeufs/hab) ont stabilisé leur production malgré une évolution importante de la part des ovoproduits mais aussi de leurs systèmes de production. La consommation des protéines animales entre pays est tout aussi hétérogène puisque le ratio protéines de l’oeuf / protéines du lait varie de 0,4 au USA, à 0,9 en France et 2,7 en Chine ! Le doublement de la production mondiale d’oeufs en 20 ans n’a été possible que grâce à des progrès techniques considérables. La sélection génétique a renforcé les gains de productivité (+ 40 oeufs pour une année de production et réduction de l’indice de consommation de 15% en 20 ans !). L’article de C. Beaumont et al décrit cette évolution, la prise en compte croissante de nouveaux critères de qualité technologique, nutritionnelle ou sanitaire. Ces auteurs soulignent les apports des nouvelles technologies, marqueurs moléculaires et cartes génétiques sur les méthodes de sélection. Ils dressent un bilan actualisé des apports et du potentiel de cette évolution récente en sélection. Le séquençage génomique et le développement de la génomique fonctionnelle est aussi à l’origine d’une vraie révolution des connaissances sur les constituants de l’oeuf comme le démontre l’article de J. Gautron et al. Le nombre de protéines identifiées dans l’oeuf a été multiplié par plus de dix fois et devrait dans un avenir proche permettre la caractérisation fonctionnelle de nombreuses molécules. Il donne aussi de nouveaux moyens pour prospecter les mécanismes d’élaboration de ce produit. Un exemple de l’apport de ces nouvelles technologies est illustré par l’article de Y. Nys et al sur les propriétés et la formation de la coquille. Des progrès considérables sur la compréhension de l’élaboration de cette structure minérale sophistiquée ont été réalisés suite à l’identification des constituants organiques de la coquille puis de l’analyse de leur fonction potentielle élucidée grâce à la disponibilité des séquences des gènes et protéines associés. La mise en place de collaborations internationales associant de nombreuses disciplines, (microscopie électronique, biochimie, cristallographie, mécanique des matériaux) a démontré le rôle de ces protéines dans le processus de minéralisation et du contrôle de la texture de la coquille et de ses propriétés mécaniques. Cette progression des connaissances a permis de mieux comprendre l’origine de la dégradation de la solidité de la coquille observée chez les poules en fin d’année de production. La physiologie de la poule est responsable d’évolution importante de la qualité de l’oeuf. Aussi, l’article de A. Travel et al rappelle l’importance d’effets négatifs de l’âge de la poule contre lequel nous disposons de peu de moyens. Cet article résume également les principales données, souvent anciennes, concernant l’influence importante des programmes lumineux ou de la mue pour améliorer la qualité de l’oeuf. Enfin, il souligne l’importance de l’exposition des poules à de hautes températures ambiantes sur leur physiologie et la qualité de l’oeuf. Le troisième facteur indispensable à l’expression du potentiel génétique des poules, et déterminant de la qualité technologique et nutritionnelle de l’oeuf, est la nutrition de la poule. Elle représente plus de 60% du coût de production. L’article de I. Bouvarel et al fait le point sur l’influence de la concentration énergétique de l’aliment, de l’apport en protéines et acides aminés, acides gras et minéraux sur le poids de l’oeuf, la proportion de blanc et de jaune ou sa composition notamment pour obtenir des oeufs enrichis en nutriments d’intérêt en nutrition humaine. Cependant, la préoccupation principale des éleveurs depuis une dizaine d’année est la mise en place en 2012 de nouveaux systèmes de production d’oeufs pour assurer une meilleure prise en compte du bien-être animal. L’article de S. Mallet et al traite de l’impact des systèmes alternatifs sur la qualité hygiénique de l’oeuf. Ces auteurs concluent positivement sur l’introduction de ces nouveaux systèmes pour la qualité hygiénique de l’oeuf une fois que les difficultés associées aux méconnaissances d’un nouveau système de production seront résolues. La qualité sanitaire de l’oeuf est la préoccupation majeure des consommateurs et un accident sanitaire a des conséquences considérables sur la consommation d’oeufs. L’article de F. Baron et S. Jan résume d’une manière exhaustive l’ensemble des éléments déterminants de la qualité microbiologique de l’oeuf et des ovoproduits : mode de contamination, développement des bactéries dans les compartiments de l’oeuf, défenses chimiques du blanc et moyens pour contrôler la contamination des oeufs et des ovoproduits. Le consommateur ne souhaite pas, à juste titre, ingérer d’éventuels contaminants chimiques présents dans ses aliments. L’article de C. Jondreville et al analyse ce risque associé à la consommation des oeufs. Il est exceptionnel de détecter la présence de polluants organiques au seuil toléré par la législation. Les auteurs insistent notamment sur l’importance de contrôler la consommation par les animaux élevés en plein air de sols qui peuvent être une source de contaminants. Une caractéristique de l’évolution de la production d’oeufs est le développement des ovoproduits qui répondent parfaitement à l’usage et à la sécurité sanitaire exigée en restauration collective. L’article de M. Anton et al décrit le processus d’obtention et l’intérêt des fractions d’oeufs du fait de leurs propriétés technologiques (pouvoirs moussant, foisonnant, gélifiant ou émulsifiant). Les différents processus de séparation, de décontamination et de stabilisation sont analysés pour leur effet sur la qualité du produit final. Enfin le dernier article de ce numéro spécial de F. Nau et al se devait d’aborder la principale qualité de l’oeuf qui conditionne son usage : la qualité nutritionnelle de ce produit pour l’Homme. Cet article actualise l’information dans ce domaine et fait le point sur les atouts nutritionnels en tentant de corriger de fausses idées. L’oeuf présente un intérêt nutritionnel du fait de la diversité et l’équilibre de ces constituants pour l’Homme mais mériterait plus d’études pour mieux évaluer son potentiel réel. En conclusion, l’oeuf est la source de protéines animales ayant la meilleure valeur nutritionnelle, la moins chère, facile d’emploi et possédant de nombreuses propriétés techno-fonctionnelles valorisées en cuisine. Dans les pays développés, l’oeuf a souffert jusqu’à aujourd’hui d’une image entachée par plusieurs éléments négatifs aux yeux des consommateurs : sa richesse en cholestérol, le risque sanitaire associé à sa consommation sous forme crue ou son système de production en cage. L’évolution des connaissances sur le risque cardio-vasculaire, les progrès réalisés sur le contrôle sanitaire des Salmonelloses en Europe et la modification radicale des systèmes de production d’oeufs devraient modifier positivement son image. La consommation de protéines de l’oeuf a augmenté de plus de 25% en 20 ans (2,53 g/personne/j vs 4,3 g pour le lait en 2005) et poursuivra sa croissance rapide notamment dans les pays en développementoù sa consommation par habitant reste faible. Cette évolution considérable de la production de ce produit devrait être mieux intégrée dans les formations des écoles spécialisées en productions animales. L’oeuf restera dans l’avenir une des sources de protéines animales dominantes et l’acquisition de connaissances sur la fonction des nombreux constituants récemment mis à jour devait renforcer son intérêt pour la santé de l’Homme. Je ne voudrais pas terminer cette préface sans remercier au nom des auteurs, Jean-Marc Perez, le responsable de la revue INRA Productions Animales, d’avoir pris l'initiative de la publication de ce numéro spécial dédié à l'oeuf et d’avoir amélioré par plusieurs lectures attentives la qualité finale des textes. Je voudrais aussi adresser mes remerciements à sa collaboratrice Danièle Caste pour le soin apporté dans la finition de ce document. Enfin, je n'oublie pas le travail d'évaluation critique des projets d'article par les différents lecteursarbitres que je tiens à remercier ici collectivement. Auer M., Streff J., 1999. Histoires d’oeufs. Idées et Calendes, Neuchatel, Suisse, 261p.Nau F., Guérin-Dubiard C., Baron F., Thapon J.L., 2010. Science et technologie de l’oeuf et des ovoproduits, Editions Tec et Doc Lavoisier, Paris, France, vol 1, 361p., vol 2, 552p.

AbstractThe conclusions of a collaborative study of the occurrence and importance of root-knot nematodes (RKN, Meloidogyne spp.) and of their control agent, Pasteuria penetrans, in parts of Europe, Africa, South America and the Caribbean are presented. Rootknot nematodes were estimated to reduce the yields of a wide range of horticultural crops by > 25% in Ecuador, Malawi and Tanzania, and by ca 10% in Trinidad and Tobago. The greatest proportion of infected crops were observed in Ecuador (205 of 207) and the least in Trinidad and Tobago (70 of 174). The mean gall index was greatest in Ecuador (5.5). Levels of galling were least in Senegal (1.6), even though 89% of crops were infested and virulent M. mayaguensis was widespread. In all countries, M. incognita and M. javanica were the most abundant species, but M. hispanica occurred widely in Burkina Faso, even in newly cultivated areas in the Sahile. Several new esterase phenotypes were detected, especially in Ecuador and Malawi. Juveniles (J2) collected from the soil during the surveys were examined for attached spores of P.penetrans. It was widespread (20 to 60% of RKN populations), except in Malawi and Tanzania (< 10% were infected), and was found for the first time in Crete (Greece). Generally, < 50% of the J2 carried spores. The occurrence of P.penetrans was sometimes correlated with soil type e.g., in Senegal it was least frequent in sandy soils. Laboratory assays of the binding of spores of isolates of P.penetrans to populations of RKN indicated large variations in specificity and substantial interactions; differences between populations within a species of RKN were sometimes almost as great as those between species. In microplot trials in which an "exotic" isolate of P.penetrans was introduced (ca 103 spores per g soil), its incidence was not increased by increasing the frequency or intensity of the growing of RKN-susceptible crops. However, in two such trials at sites in Tanzania and Ecuador naturally infected with P.penetrans, there were large increases in the proportions of spore-encumbered J2 (up to 100% encumbered) and in the yields of spores (up to 3.3 × 106 spores per mg dry root) in those plots amended with an "exotic" isolate. In these plots, numbers of J2 in the soil were decreased and damage by RKN was suppressed; gall indices were decreased (from > 8 to < 3) and yields were increased (by up to 30%). No such changes were observed in the unamended control plots. Increased suppression of RKN was also observed in a field trial, even in plots where RKN-susceptible and non-host crops were alternated. Increased suppression following amendment with the "exotic" isolate of P.penetrans was not observed at sites not previously infected with P.penetrans. Regression analysis of the results from the microplot and field trials indicated that tomato yields were decreased by > 5% for every increase of one in the gall index. Yields were increased by alternating tomato with leguminous crops in some trials, but not in others. It is proposed that, in natural infections, mutual selection produces a dynamic balance between the P.penetrans and the RKN whereby levels of infection are rarely suppressive. However, the introduction of an "exotic" isolate of P.penetrans, with a different attachment profile, can disturb this balance, resulting in a greatly increased proportion of infected J2 and females, increased yields of spores and more suppression of RKN populations. Importance des nématodes à galles tropicaux (Meloidogyne spp.) et facteurs affectant l'utilité de Pasteuria penetrans, agent de contrôle biologique - Ce travail présente les conclusions d'une étude, menée en collaboration par plusieurs équipes de recherche, sur la présence et l'importance des nématodes phytoparasites du genre Meloidogyne et de leur parasite bactérien, Pasteuria penetrans, dans certains pays d'Europe, d'Afrique, d'Amérique du Sud et des Caraïbes. Les réductions de rendement de cultures maraîchères très diverses dues à ces nématodes atteignent 25% en Equateur, Malawi et Tanzanie, et 10% à Trinidad et Tobago. La plus forte proportion de parcelles infestées a été rencontrée en Equateur (205 sur 207) et la plus faible à Trinidad et Tobago (70 sur 174). C'est en Equateur que l'indice de galles moyen (égal à 5,5) était le plus élevé. Même si cet indice était faible en moyenne au Sénégal (1,6), 89% des cultures étaient infestées dans ce pays, en grande partie par l'espèce virulente M. mayaguensis. M. incognita et M. javanica sont les plus répandues dans tous les pays prospectés. Cependant, M. hispanica est très répandu au Burkina Faso, même dans des zones récemment cultivées en maraîchage en région sahélienne. Plusieurs phénotypes estérasiques nouveaux ont été détectés, spécialement en Equateur et au Malawi. Les juvéniles de second stade (J2) extraits des échantillons de sol collectés lors des prospections ont été examinés pour détecter la présence de spores de P.penetrans sur leur cuticule. Trouvé pour la première fois en Crète (Grèce), P.penetrans est très répandu dans les autres pays prospectés, infestant 20 à 60% des populations de Meloidogyne spp., sauf au Malawi et en Tanzanie où moins de 10% des populations sont atteintes. Le plus souvent, moins de 50% de J2 portent des spores bactériennes. Le taux de parasitisme des J2 par P. penetrans est influencé par les types de sols, comme par exemple au Sénégal où il est très faible dans les sols sableux grossiers. Des expériences en laboratoire portant sur l'attachement de spores de divers isolats de P. penetrans à des populations de Meloidogyne spp. ont révélé une grande variation de la spécificité et des interactions; les différences observées pour diverses populations d'une même espèce de Meloidogyne sont parfois presque aussi marquées que celles observées entre espèces. L'incidence parasitaire d'un isolat "exotique" de P. penetrans introduit dans des microparcelles (ca. 103 sporespar g. de sol) n'a pas été accrue par l'augmentation de la fréquence ou de la densité de plantation des cultures sensibles à Meloidogyne spp. employées. Cependant, dans deux microparcelles natullement infestées en P.penetrans, situées en Equateur et en Tanzanie, l'introduction d'un isolat "exotique" s'est traduite par un accroissement de la proportion de J2 infestés (jusqu'à 100%) et de la production de spores ((jusqu'à 3, 3 × 106 spores par mg [poids sec] de racines), d'une diminution de la population de J2 dans le sol, et d'une disparition des dégâts racinaires; les indices de galles moyens ont diminué (de plus de 8 à moins de 3) et les rendements des cultures ont augmenté (jusqu'à 30%). De tels changements n'ont pas été observés dans des sols non amendés en isolats "exotiques" de P.penetrans. Un meilleur contrôle des populations de Meloidogyne spp. a également été observé au champ, même lorsque la séquence culturale alternait des cultures sensibles et des cultures non-hôtes du nématode. Dans des parcelles non infectées en P.penetrans, la baisse des populations de Meloidogyne spp. n'a pas été observée après introduction d'un isolat "exotique" de la bactérie. Des analyses de régression portant sur les données obtenues en microparcelles ou au champ montrent que les rendements en tomate diminuent de plus de 5% chaque fois que l'indice de galle augmente d'une unité. Ces rendements ont parfois été améliorés lorsque des cultures de légumineuses alternaient les cultures de tomate. Ainsi, sur la base des analyses nématologiques et agronomiques faites en fin de cycles culturaux, il est suggéré que, dans les cas d'infestations naturelles en P.penetrans, des sélections mutuelles entraîneraient un équilibre dynamique entre les populations de la bactérie et celles du nématode, représentatif d'une densité-dépendance retardée. En revanche, l'introduction inondative d'isolats "exotiques" de P.penetrans, aux propriétés parasitaires différentes de celles des populations natives, pourraient rompre temporairement cet équilibre en faveur d'un accroissement de la proportion de nématodes (J2 et femelles) infestés et de la production de spores bactériennes, ainsi qu'un meilleur contrôle des populations de Meloidogyne spp. La capacité des populations de P.penetrans à survivre dans les sols et à contrôler durablement les populations de Meloidogyne spp. dépendraient de la spécificité entre les organismes, des propriétés des sols et des systèmes de culture.

Le séquençage du génome entier est devenu abordable chez la poule. Le projet « Mille Génomes Gallus » a pour objectif de rassembler les séquences d’animaux du genre Gallus, produites dans des projets de recherche. L’intérêt est d’augmenter la puissance des analyses génomiques en augmentant le nombre de génomes comparés. Les applications possibles concernent l’analyse de la structure du génome, la caractérisation globale de la diversité de l’espèce, l’identification de mutations causales et l’aide à la sélection génomique. Cette synthèse décrit d’abord le contexte de la génomique de la poule avant de développer le concept de « Mille Génomes », de l’illustrer avec un projet pilote porté par des équipes françaises et de discuter les modalités de son extension. Le projet pilote français regroupe 207 séquences individuelles pour 8 projets de recherches financés par des fonds publics, sur une large gamme de populations (poulets de chair, poules pondeuses, races locales, espèces sauvages). Les jeux de données sont décrits par des métadonnées techniques et des métadonnées liées à l’animal et sa population d’origine. Aucune information phénotypique n’est partagée. La comparaison des séquences à la version 5 du génome de référence a permis de répertorier plus de 40 millions de variants SNP. L’analyse de structure des populations a identifié sept groupes génétiques. Le gène MC1R a été choisi comme exemple permettant de détecter une signature de sélection chez les pondeuses de plumage rouge et d’autres gènes candidats sont en cours d’étude sur la qualité de coquille. D’autres données produites en Europe et en Chine montrent que 1000 génomes de poule ont déjà été séquencés. Les principes d’un accord de consortium sont exposés afin d’élargir notre projet à un plus grand nombre de données de séquence.

RESUMEN: El presente estudio responde al interés de unir la investigación en la práctica educativa con el desarrollo del conocimiento pedagógico. En concreto, a partir de una investigación sobre la enseñanza de los conocimientos en alimentación en futuros profesores, se plantea una secuencia de niveles de concepciones que pueden constituir una guía de selección de contenidos educativos para trabajar en la Educación de la Alimentación.ABSTRACT: The present study responds to the interest of uniting research in educational practice with the development of pedagogical knowledge. Specifically, based on research into the teaching of nutritional knowledge to future teachers, a sequence of concept levels is proposed which may serve as a guide for selecting educational content to work with in the area of Nutrition Education.SOMMAIRE: Cette étude répond à l’intérêt d’unir la recherche dans le domaine de la pratique éducative au développement de la connaissance pédagogique. À partir d’une recherche sur l’enseignement des connaissances en alimentation à des futurs professeurs, on y développe une séquence de niveaux de conception qui pourraient constituer un guide pour la sélection des contenus éducatifs à travailler dans l’Éducation à l’Alimentation.

Dans les années 1980, la prescription des premières céphalosporines de troisième génération (C3G) en médecine humaine a provoqué la sélection de mutants ou variants de pénicillinases de type TEM ou SHV dénommées : « Bêta-Lactamases à Spectre Elargi/Etendu » ou BLSE. Dans les années 1990 ont émergé de nouvelles enzymes ou CéfoTaXimases-München (CTX-M), transférables, inactivant les C3G, certaines étant devenues pandémiques. Elles sont maintenant retrouvées dans les trois écosystèmes (homme, animal, environnement) et leur grande diffusivité est liée à l’insertion du gène blaCTX-M (plasmide, transposon, intégron, séquence d’insertion) et à son association à d’autres gènes : des gènes de résistance par exemple aux fluoroquinolones et/ou aminoglycosides, mais aussi des gènes de virulence. Ces phénomènes ont conduit à la notion de clone majoritaire, en particulier chez l’homme, comme Escherichia coli ST131 du groupe phylogénétique B2 et du sérotype O25b ou H4 producteur du variant CTX-M-15. Ces gènes, d’une grande diversité, retrouvés chez de nombreux animaux (volailles, bovins, ovins…, voire les coquillages et les mouches) sont issus d’entérobactéries du genre Kluyvera dont la taxonomie et l’habitat restent à être mieux précisés. Mots clés : bêta-lactamase, BLSE, CTX-M, diversité, phylogénie, diffusion, homme, animal, environnement

Objectives: The aim of this study is to show the interest of diffusion MRI in the early diagnosis of stroke in a country with limited resources and to expose our difficulties in the management of patients for thrombolysis. Material and methods: In this multicenter prospective study with descriptive aim over 30 months, a selection of the files was carried out in front of the clinical suspicion of an acute cerebral vascular accident were (less than 24 hours). The patients were all explored with a 1.5 Tesla MRI by Flair sequences with followed by diffusion sequences with apparent diffusion coefficient (ADC) calculation. Results: Among 232 cases retained out of 1567, with a mean age of 53.5 years, patients histories were dominated by hypertension and diabetes respectively in consultation were hemiplegia in 69.5% followed by aphasia in 23.2%.In 92% of cases acute infarction was not visible on Flair sequences. Cerebral ischemia was revealed in 100% of cases in all patients investigated by ADC-base diffusion sequences. Thrombolysis was the emergency treatment with a success rate of 91% of cases. Conclusion: Diffusion imaging is the most sensitive way to detect ischemic stroke early. It must be carried out systematically before any cerebral exploration for clinical suspicion of stroke. This technique makes it possible to identify the site and extent of the lesion early in order to allow patients to benefit very quickly from thrombolysis. RÉSUMÉ Objectif : Le but de cette étude est de montrer l’intérêt de l’IRM de diffusion dans le diagnostic précoce des AVC dans un pays à ressources limitées et d’exposer nos difficultés dans la prise en charge des patients pour thrombolyse. Matériel et Méthodes : Dans cette étude multicentrique prospective à visée descriptives sur 30 mois, une sélection de dossiers a été effectuée devant la suspicion clinique d’un accident vasculaire cérébral en phase aigüe (moins de 24h). Les patients, après consentement éclairé, ont tous été explorés avec un appareil d’IRM de 1,5 Tesla par des séquences «Flair» suives des séquences de diffusion avec le calcul du coefficient apparent de diffusion (ADC). Résultats : Parmi 232 dossiers retenus sur 1567 l’âge moyen était de 53,5 ans. Les antécédents des patients étaient dominés par l’hypertension artérielle et le diabète respectivement dans 62,5% et 56% des cas. Les motifs de consultation étaient l’hémiplégie dans 69,5% des cas suivie de l’aphasie dans 23,2%.Dans 92% des cas l’infarctus à la phase aigüe n’était pas visible sur la séquence Flair. L’ischémie cérébrale était révélée dans 100% des cas chez tous les patients explorés par les séquences de diffusion avec calcul de l’ADC. La thrombolyse était le traitement pratiqué en urgence avec un taux de réussite à 91% des cas. Conclusion :L’imagerie de diffusion est le moyen le plus sensible pour détecter de façon précoce un AVC ischémique. Elle doit être réalisée systématiquement devant toute exploration cérébrale pour suspicion clinique d’AVC. Cette technique permet de préciser de façon précoce le siège et l’étendue de la lésion afin de permettre aux patients de pouvoir bénéficier très rapidement d’une thrombolyse.

Les travaux sur les élites scolaires mobilisent différentes analogies pour conceptualiser et rendre compte de ce que le passage par une institution de formation prestigieuse et sélective implique quant à la sélection des élèves, leur formation et in fine la production/reproduction des inégalités sociales. En particulier, dans les travaux sur la France, on trouve souvent une alternance entre deux types de métaphore : une métaphore « industrielle » (la « production » ou la « fabrique » des élites) et une métaphore d’inspiration biologique (la « reproduction » des élites). Ces deux analogies mettent en lumière différents points saillants du système français de sélection/formation des élites, soit sa capacité à uniformiser les pratiques et représentations des futures élites ainsi qu’à participer à l’inertie de l’inégale répartition de certaines positions prééminentes (et des ressources matérielles et symboliques qui y sont associées). Dans cet article, nous présenterons ces deux analogies, leur pertinence et leur principale limite : celle de focaliser presque uniquement l’attention sur les conditions d’accès aux parcours scolaires élitistes. Nous présenterons également les potentialités d’une autre analogie d’inspiration géographique (« la voie royale ») pour problématiser les séquences des parcours de vies des lauréat·e·s des concours des grandes écoles en aval du concours d’entrée, pendant les années d’étude et – surtout – lors de l’insertion, la stabilisation et la progression dans les espaces professionnels desservis par ces cursus sélectifs.

Je donnerai ici des pistes pour construire une séquence d’enseignement/apprentissage à partir d’un exemple concret, fourni par une peinture sur vase (images 1 et 2) et par deux courts extraits de textes littéraires en langue originale (1a et 2a) : leur avantage est d’illustrer d’une manière synthétique et efficace un imaginaire héroïque ancré dans la mémoire culturelle des Grecs. En l’occurrence, j’ai sélectionné un moment particulier de la chute de Troie en m’appuyant sur deux monographies scientifiques (Anderson 1997 et Mangold 2006). L’objectif de la séquence est d’amener les élèves à reconstruire ce moment à travers une lecture contextualisée de l’image et des textes, ainsi qu’à comprendre et à mémoriser les points forts de cet imaginaire : des détails figuratifs susceptibles d’illustrer le champ sémantique de certains mots grecs.