Journal articles on the topic 'Ségrégation de l'ADN mitochondrial'

<p style="text-align: justify;">L'analyse des profils de restriction de l'ADN mitochondrial des levures permet une caractérisation fine des souches de <em>Saccharomyces cerevisiae</em>. Cette analyse a été appliquée à deux souches de levures sèches actives et à une vingtaine de souches indigènes, isolées de différents moûts lors de la fermentation spontanée.</p><p style="text-align: justify;">Les profils de restriction de l'ADN mt des souches étudiées présentent une grande diversité.</p><p style="text-align: justify;">La méthode mise en oeuvre est décrite de façon détaillée et les applications pratiques discutées.</p><p style="text-align: justify;">+++</p><p style="text-align: justify;">The analysis of restriction patterns from yeast's mitochondrial DNA leads to a fine characterization of different strains of <em>Saccharomyces cerevisiae</em>. This analysis has been applied to two commercial strains and to twenty wild yeasts, isolated from different musts in case of natural fermentations.</p><p style="text-align: justify;">The DNA restriction patterns of the strains studied present a wide diversity.</p><p style="text-align: justify;">The method we used is minutely described and the practical applications are discussed.</p>

Allèle : une des formes alternatives d'un locus. Dans une cellule diploïde, il y a deux allèles pour chaque locus (un allèle transmis par chaque parent), qui peuvent être identiques. Dans une population, on peut avoir plusieurs allèles pour un locus.Annotation structurale : repérage des coordonnées des diverses structures dans le génome, telles que les gènes.Annotation fonctionnelle : renseignements sur les fonctions des séquences, le plus souvent pour les gènes.BAC : Bacterial Artificial Chromosome. Vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant un grand fragment d’ADN génomique (taille > 100 kb*). Les BAC assemblés en contigs* sont à la base des cartes physiques du génome.Carte cytogénétique : carte des chromosomes. Réalisée par localisation visuelle (FISH*) au microscope de fragments d’ADN sur les chromosomes au stade métaphase de la mitose.Carte d’hybrides irradiés : réalisée en testant par PCR la présence ou l’absence de fragments d’ADN dans une collection de clones d’hybrides irradiés (RH*). Deux fragments d’ADN sont proches sur le génome s’ils sont trouvés fréquemment dans les mêmes clones.Carte génétique : obtenue par l’étude de la ségrégation dans des familles ou des populations, de marqueurs polymorphes, soit moléculaires, soit phénotypiques, deux séquences étant d’autant plus proches qu’elles sont souvent transmises ensemble lors de la méiose.Clonage positionnel : stratégie visant à identifier un gène responsable de l’expression d’un phénotype en utilisant des informations de position sur le génome.Contig : ensemble de clones (le plus souvent des BAC*) ou de lectures de séquence ordonnés grâce à des informations sur leur parties chevauchantes.Cosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragments d’ADN génomique de taille avoisinant les 50 kb*.CNV : Copy Number Variation ; polymorphisme du génome correspondant à la variation du nombre de copies d’une séquence, pouvant dans certains cas contenir un ou plusieurs gènes.Déséquilibre gamétique : pour deux loci quelconques, c'est le fait que la fréquence des haplotypes* estimée pour tous les gamètes est différente de celle attendue à partir du produit des fréquences alléliques de chaque locus. Synonyme : déséquilibre de liaison. Contraire de : équilibre gamétique.Dominance : qualificatif de l’effet d'un allèle, dont une copie suffit à l'expression du phénotype* approprié. L’allèle A est dominant sur l’allèle a si l’hétérozygote* Aa a le même phénotype* que l’homozygote AA.EST : Expressed Sequence Tag : séquences étiquettes (partielles) de transcrit, obtenues par séquençage aléatoire d’ARN.Evaluation génomique : évaluation de la valeur génétique d’individus d’après leurs génotypes pour un ensemble de loci distribués sur le génome, d’après des équations établies à partir des performances d’individus de référencephénotypés et génotypés.Expression génique : études visant à estimer le niveau de production (expression) des gènes en fonction d’états physiologiques ou de tissus différents.Exon : fraction de la partie codante d’un gène eucaryote. Les gènes des organismes eucaryotes sont le plus souvent fractionnés en plusieurs séquences d’ADN dans le génome, les exons, séparés entre eux par d’autres séquences (introns*).FISH : Fluorescent In Situ Hybridisation. Hybridation de sondes d’ADN marquées à l’aide d’un fluorochrome, sur des chromosomes au stade métaphase de la mitose. Permet la réalisation de la carte cytogénétique.Fingerprinting : technique permettant d’estimer très grossièrement la similarité entre des séquences d’ADN sans les séquencer, par la comparaison des longueurs de bandes produites par des enzymes de restriction coupant l’ADN à des sites précis.Fosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille déterminée et égale à 40 kb*.FPC : FingerPrint Contig* ; contig* de clones (généralement des BAC*) ordonnés par la technique du fingerprinting, afin d’obtenir une carte physique du génome.Génotype 1 : constitution génétique d'un individu. 2. Combinaison allélique* à un locus particulier, ex: Aa ou aa.Haplotype : combinaison allélique spécifique pour des loci appartenant à un fragment de chromosome défini.Héritabilité au sens strict : proportion de la variance phénotypique due à la variabilité des valeurs génétiques = proportion de la variance phénotypique due à la variance génétique additive.Hétérozygote : individu ayant des allèles non identiques pour un locus* particulier ou pour plusieurs loci. Cette condition définit l’ «hétérozygotie». Contraire de: homozygote.Homologues : séquences similaires en raison d’une origine évolutive commune.Hybride irradié : cellule hybride obtenue par fusion entre cellules hôte d’une espèce et donneuse d’une autre espèce, contenant une fraction aléatoire du génome de l’espèce donneuse, après cassures par irradiation, reconstitution aléatoire de chromosomes ou insertion dans des chromosomes de la cellule hôte et rétention partielle. Deux séquences proches sur le génome sont en probabilité dans les mêmes clones RH*, tandis que deux séquences distantes ont une probabilité faible d’être conservées ensemble.IBD : pour identity by descent. Identité entre deux chromosomes (ou parties de chromosomes), liée à leur descendance d’un même chromosome ancestral.Indel : Insertion – deletion ; polymorphisme de présence ou absence d’un ou plusieurs nucléotides.Intron : séquence non-codante dans les gènes, séparant les exons, qui codent pour une protéine.Kb : kilobase ; séquence de mille paires de bases (pb*).Locus (pl. : loci) : Site sur un chromosome. Par extension, emplacement d’un gène ou d’un marqueur génétique sur un chromosome.Marqueur génétique : séquence d'ADN dont le polymorphisme est employé pour identifier un emplacement particulier (locus) sur un chromosome particulier.Mate-pair : séquences appariées (1 à 10 kb* de distance), produites en circularisant les fragments d’ADN, puis par séquençage à travers le point de jointure.Mb : mégabase ; séquence d’un million de paires de bases (pb*) de longueur.Orthologues : séquences homologues* entre deux espèces.Paired-end : séquences appariées produites par la lecture des deux extrémités de courts fragments d’ADN (moins de 500 pb*) dans le cas des nouvelles technologies de séquençage.Paralogues : séquences homologues* résultat de la duplication d’une séquence ancestrale dans le génome. Il s’agit de deux (ou plus) séquences similaires par homologie dans un même génome.Pb : paire de base ; unité de séquence d’ADN, représentée par une base et sa complémentaire-inverse sur l’autre brin.Phénotype : caractère observable d'un individu résultant des effets conjugués du génotype et du milieu.Phylogénomique : utilise les méthodes de la génomique et de la phylogénie. Par la comparaison de génomes entiers, permet de mettre en évidence des pertes et gains de gènes dans les génomes, ainsi que leur variabilité moléculaire, afin (entre autres buts) d’aider à prédire leur fonctions.Plasmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille allant de 500 pb* à 10 kb* environ.Polymorphisme d'ADN : existence de deux ou de plusieurs allèles* alternatifs à un locus.Puce à ADN ou puce pangénomique : Système permettant pour un individu le génotypage simultané de très nombreux marqueurs génétiques (de quelques milliers à quelques centaines de milliers).QTL : abréviation de locus à effets quantitatifs (de l’anglais Quantitative Trait Locus).Récessivité : qualificatif de l’effet d'un allèle, où l'homozygotie* est nécessaire pour l'expression du phénotype* approprié. opposé de : dominance*.RH : Radiation Hybrid (hybride irradié*)Sanger (méthode de) : méthode de séquençage publiée en 1977 (Sanger et al 1977) et encore utilisée de nos jours avec les séquenceurs à électrophorèse capillaire.Scaffold : ensemble de contigs* de séquence reliés entre eux par des informations apportées par des lectures appariées (mate-pairs* ou paired-ends*).Sélection assistée par marqueurs (abréviation : SAM) : utilisation d’un jeu restreint de marqueurs de l'ADN pour améliorer la réponse à la sélection dans une population : les marqueurs sont choisis comme étroitement liés à un ou plusieurs loci cibles, qui sont souvent des loci à effets quantitatifs ou QTL*.SNP : polymorphisme d'un seul nucléotide à une position particulière de la séquence d’ADN (abréviation de l’anglais Single Nucleotide Polymorphism).Supercontig : nom alternatif pour les scaffolds*.WGS : Whole Genome Shotgun ; production de lectures de séquence d’un génome entier de manière aléatoire.

AbstractDespite obvious advances in systematic research on Palaearctic white-toothed shrews ( Crocidura ), phylogenetic relationships and species diagnosis of 40-chromosome species ( suaveolens sp. group) remain poorly understood. Phylogenetic relationships of these shrews were analyzed on the basis of two independent molecular markers: interspersed repeat PCR fingerprints (inter-SINE-PCR) and complete (1140 bp) or partial (∼400 bp) sequences of the mtDNA cyt b gene. According to these data, C. suaveolens from Western Europe (Italy) appeared distinct from samples of C. suaveolens from Eastern Europe and Mongolia, as well as a Siberian sample. mtDNA introgression of Eastern European C. suaveolens with C. gueldenstaedtii in their contact zone in the Tuapse region was revealed. Hybrydization between C. gueldenstaedtii and C. suaveolens resulted in the formation of a population, nuclear DNA and morphological characteristics typical for C. gueldenstaedtii , while the mitochondrial genome is assimilated from C. suaveolens . The population of the Talysh region of the Caucasus ( C. caspica ) represents a separate entity that is clearly distinguished from the populations of Georgia and Tuapse ( C. gueldenstaedtii ) and C. suaveolens . Therefore, the position of C. caspica as a full species is supported. The present analysis of both inter-SINE-PCR and cyt b sequence data revealed two major clades in Palaearctic 40-chromosome Crocidura . The eastern clade is formed by true C. suaveolens/C. sibirica , together with C. caspica , and the western clade is formed by Western European C. suaveolens , which should be treated as a distinct species, C. mimula and the closely related C. gueldenstaedtii.

AbstractDespite obvious advances in systematic research on Palaearctic white-toothed shrews ( Crocidura ), phylogenetic relationships and species diagnosis of 40-chromosome species ( suaveolens sp. group) remain poorly understood. Phylogenetic relationships of these shrews were analyzed on the basis of two independent molecular markers: interspersed repeat PCR fingerprints (inter-SINE-PCR) and complete (1140 bp) or partial (∼400 bp) sequences of the mtDNA cyt b gene. According to these data, C. suaveolens from Western Europe (Italy) appeared distinct from samples of C. suaveolens from Eastern Europe and Mongolia, as well as a Siberian sample. mtDNA introgression of Eastern European C. suaveolens with C. gueldenstaedtii in their contact zone in the Tuapse region was revealed. Hybrydization between C. gueldenstaedtii and C. suaveolens resulted in the formation of a population, nuclear DNA and morphological characteristics typical for C. gueldenstaedtii , while the mitochondrial genome is assimilated from C. suaveolens . The population of the Talysh region of the Caucasus ( C. caspica ) represents a separate entity that is clearly distinguished from the populations of Georgia and Tuapse ( C. gueldenstaedtii ) and C. suaveolens . Therefore, the position of C. caspica as a full species is supported. The present analysis of both inter-SINE-PCR and cyt b sequence data revealed two major clades in Palaearctic 40-chromosome Crocidura . The eastern clade is formed by true C. suaveolens/C. sibirica , together with C. caspica , and the western clade is formed by Western European C. suaveolens , which should be treated as a distinct species, C. mimula and the closely related C. gueldenstaedtii.