Academic literature on the topic 'SCXtips à pH élevé'

En réponse à l'augmentation des saisies des carcasses de cerfs rusa (Cervus timorensis russa) pour purpura d'abattage en Nouvelle-Calédonie, une enquête écopathologique fut mise en oeuvre à l'occasion d'une campagne d'exportation de venaison. Les facteurs de risque pouvant expliquer l'apparition de purpura et de carcasses à pH élevé ont été analysés selon le mode d'élevage, les modalités de collecte et de transport des animaux ainsi que les conditions d'abattage. Sur 520 cerfs abattus, 15 p. 100 ont été saisis pour purpura d'abattage, 87 p. 100 ont affiché un pH supérieur à 6 et 48 p. 100 un pH supérieur à 6,5. Les différentes analyses réalisées ont révélé, dans le cas du purpura d'abattage, une inadéquation entre les structures d'abattage et les cerfs provenant d'élevage en voie d'intensification. Pour les carcasses à pH supérieur à 6,5, il s'agissait d'un phénomène plus complexe mettant en jeu, notamment, le degré de manipulation des animaux, la pratique de stabulation la veille de l'abattage et la présence de purpura d'abattage. Les modalités d'abattage du cerf rusa en Australie et du cerf rouge en Nouvelle-Zélande indiquent qu'il est possible d'améliorer le système actuel.

L'effet du pH (6.2, 7.2, 8.4, 9.6), de la température (4 °C, 12 °C, 23 °C) et du rayonnement solaire a été étudié expérimentalement sur les évolutions des abondances d'Escherichia coli 0126 : B16 et d'autres bactéries pathogènes d'intérêt sanitaire : Salmonella typhimurium et Aeromonas hydrophila. En eau usée épurée, les résultats obtenus montrent que la température et le rayonnement solaire sont parmi les facteurs responsables des variations des abondances de ces bactéries dans les milieux aquatiques. Les faibles valeurs de température (4 °C) favorisent la survie d'E. coli et de S. lyphimurlum et réduisent celle d'A. hydrophila. Les faibles valeurs de température (4 °C) augmentent non seulement la survie bactérienne d'E. coli et de S. typhimurium mais limitent les effets nocifs des pH alcalins (pH 9.6) sur la diminution des abondances de ces bactéries. Parmi les pH alcalins étudiés, le pH 9.6 entraîne la plus forte diminution du temps de survie vis-à-vis d'E. coli, de A. hydrophila et de S. typhimarlam. A pH 9.6, les T90 obtenus à une température de 12 °C sont respectivement de 23, 20 et 33 heures. Le rayonnement solaire joue également un rôle important dans la réduction des abondances bactériennes et ce d'autant plus que le pH est élevé. Dans l'eau usée épurée par lagunage, ajustée à pH 9.6 et exposée au rayonnement solaire, les T90 d'E coli, d'A. hydrophila et de S. typhimarium sont respectivement de 6, 4 et de 6 heures. L'effet combiné du pH et du rayonnement est beaucoup plus important sur la réduction des abondances bactériennes que si l'un des facteurs agit isolément.

La désodorisation physico-chimique en stations d'épuration s'effectue généralement par lavage basique oxydant pour piéger les espèces soufrées réduites telles que H2 S ou CH3 SH. L'utilisation du peroxyde d'hydrogène n'est pas encore répandue en comparaison de celle du chlore. Cette étude a été menée afin de déterminer le comportement de H2O2 en fonction de la composition de l'eau de lavage. L'influence des paramètres : concentration en métaux (fer, manganèse, cuivre et zinc), pH, [H2O2], [CO32-], [HS-] a été étudiée en utilisant un plan d'expériences. La décomposition de H2O2 et la concentration de radicaux libres ont été mesurées pour chaque expérience. En présence de métaux, un pH élevé et une forte concentration en peroxyde sont les deux paramètres principalement responsables d'une forte décomposition. Cette décomposition serait accompagnée d'une production de radicaux avec [HO°]max =10-13 M. Cette valeur mesurée de radicaux dans le milieu n'explique qu'une petite part de la décomposition de peroxyde observée. Par conséquent, la majorité de la décomposition est due à des réactions soit à la surface des oxydes, soit en solution avec les cations dissous. Le mélange de métaux et de carbonates à pH 10,5 présente un effet de synergie sur la décomposition de H2O2. Ces résultats démontrent que malgré le pouvoir oxydant des radicaux HO° formés, l'utilisation de H2O2 en désodorisation ne sera possible qu'avec l'ajout de stabilisant.

Les Culicidae, communément appelés moustiques, par leur large distribution et leur abondance, sont impliqués dans la transmission de nombreuses maladies humaines et animales. La lutte contre ces insectes nécessite la connaissance de leurs lieux de développement dans lequel évoluent les stades pré imaginaux. La présente étude vise à caractériser ces gîtes larvaires en vue d’identifier les indicateurs entomologiques et écologiques de production de larves dans ces milieux. Pour ce faire, le pH, la température, la conductivité, la teneur en oxygène dissout et la densité larvaire des culicidae ont été estimés à la suite des prospections des gîtes larvaires effectuées de juillet 2007 à mars 2018 à Saga, un quartier périurbain de la Ville de Niamey. Au total, 17 gîtes ont été identifiés dont cinq (5) gîtes permanents (29,41%). Les surfaces d’eau artificielles ont été plus abondantes (64,71%). L’étude sur la caractérisation des gîtes par la méthode ACP (Analyse par Composantes Principales) a permis de grouper les gîtes en trois (3) catégories: le groupe 1 constitué par des gîtes qui présentent un pH légèrement acide (6,075 à 7,035) et un taux d’oxygène dissout élevé (1,11 à 2,32). Le groupe 2 qui est constitué par des gites qui présentent une conductivité plus élevée (compris entre 0,97 à 1,08) ainsi qu’un pH légèrement alcalin (7,51 à 7,83). Quant aux gîtes du groupe 3, ils appartiennent en effet, à une zone de transition ou les trois (3) paramètres sont élevés à savoir le pH (8,02 à 8,36), le taux d’oxygène dissout (1,43 mg/l à 2,54 mg/l) et de la conductivité (1170 μS/cm à 1370 μS/cm). L’étude a mis en évidence des affinités entre les espèces de moustiques et les conditions physico-chimiques des gîtes larvaires. C’est ainsi que An. gambiae s.l abonde dans les gîtes caractérisés par une température moins élevée, un pH neutre un taux d’oxygène dissout élevé alors que Culex pipens présente une affinité aux gîtes à forte conductivité et à taux d’oxygène dissout faible.Mots clès : Culicidae, Paramètres physico-chimiques, gîtes larvaires, Saga, Niger. English Title: Measurements of mosquito larvae proliferation indicators in the permanent and semi-permanent ponds of Saga, Niger Culicidae, commonly known as mosquitoes, by their wide distribution and abundance, are involved in the transmission of many human and animal diseases. The fight against these insects requires knowledge of their places of development in which the pre-imaginary stages evolve. The present study aims to characterize these breeding sites in order to identify entomological and ecological indicators of larval production in these environments. To do this, the pH, temperature, conductivity, dissolved oxygen content and larval density of culicidae were estimated following surveys of the breeding sites carried out from July 2007 to March 2018 in Saga, a peri-urban area of the City of Niamey. In total, 17 lodgings have been identified, including five (5) permanent lodgings (29.41%). Artificial water surfaces were more abundant (64.71%). The study on the characterization of the deposits by the ACP method (Principal Component Analysis) made it possible to group the deposits in three (3) categories: group 1 consisting of deposits that have a slightly acidic pH (6.075 to 7.035) and a high dissolved oxygen level (1.11 to 2.32). Group 2 which consists of gites which have a higher conductivity (0.97 to 1.08) as well as a slightly alkaline pH (7.51 to 7.83). As for the group 3 deposits, they indeed belong to a transition zone where the three (3) parameters are high, namely the pH (8.02 to 8.36), the dissolved oxygen level (1.43 mg / l to 2.54 mg / l) and conductivity (1170 μS / cm to 1370 μS / cm). The study highlighted affinities between mosquito species and the physicochemical conditions of the breeding sites. This is how An. Gambiae sl abounds in deposits characterized by a lower temperature, a neutral pH a high dissolved oxygen level while Culex pipens has an affinity for deposits with high conductivity and low dissolved oxygen rate.Keywords: Culicidae, Physico-chemical parameters, breeding sites, Saga, Niger.

L’acidose ruminale latente est une préoccupation majeure chez les ruminants à potentiel élevé de production. Sa prévention par la supplémentation des rations avec des Bactéries Probiotiques (BP) est une stratégie potentiellement intéressante compte tenu de leur capacité à s’adapter à l’environnement très compétitif du rumen. Une méta-analyse des données publiées regroupant 33 expériences (82 traitements) a permis de mettre en évidence l’effet des BP, seules ou associées à la levure Saccharomyces cerevisiae (BP + SC), sur les fermentations dans le rumen et les performances zootechniques de bovins laitiers et à viande. Chez ces derniers la supplémentation en BP ou en BP + SC n’a pas affecté en moyenne les performances animales. En revanche, chez la vache laitière la supplémentation en BP + SC a permis d’augmenter l’ingestion (+ 1,7 kg/j) et la production de lait (+ 2,36 kg/j) sans modifier sa composition. L’effet des probiotiques sur les fermentations dans le rumen est très variable et en moyenne relativement faible. La régulation du pH ruminal moyen par les BP seules ou les BP + SC n’est effective que lorsque la ration de base entraîne un pH ruminal inférieur à 5,75. Enfin, bien que non pris en compte dans le dispositif statistique du fait d’un nombre limité de données, les réponses des performances animales semblent également dépendre du type de BP employées.

Abstract. Le comblement et l'eutrophisation des retenues d'eau constituent des contraintes majeures pour les usages qu'en font les populations riveraines. L'étude bathymétrique a révélé une diminution moyenne de 0,116 m/an de la profondeur sur sept (07) ans. Ce niveau élevé de comblement s'explique par l'érosion des terres due à la dégradation du couvert végétal et le surpâturage. Les mesures directes de la qualité physique : le pH, la température et l'oxygène dissous avec le multi paramètre PC HORIBA WATER QUALITY CHECKER U-10; les paramètres chimiques par la méthode chromatographique ICS 1000 et de dosage de la chlorophylle a avec le spectrophotomètre DR 5000 par la Norme AFNOR T90-117 ont permis d'évaluer le risque d'eutrophisation par la grille de diagnostic d'Ifremer (2000). Les eaux sont dans un état eutrophe. Le comblement et l'eutrophisation de la retenue constituent des menaces potentielles à court terme pour la pisciculture, l'irrigation et la consommation tandis que la disponibilité quantitative de la ressource est menacée à moyen terme. Des relevés bathymétriques périodiques et des actions d'aménagement du bassin versant de la retenue sont nécessaires à la gestion intégrée de la retenue d'eau.

Des essais en erlenmeyers de 0,5 L ont été faits afin d'évaluer les possibilités d'application d'un procédé de solubilisation biologique aux sédiments. Ce procédé utilise la capacité des thiobacilles de lixivier les métaux en milieu acide. Au cours des essais, l'influence, sur la solubilisation des métaux, de la quantité de substrat (FeSO4 × 7H2O), du pourcentage d'inoculum et de la teneur en solides totaux a été suivie. La concentration de substrat n'a pas d'effet sur l'enlèvement du Cd, du Zn, du Mn et du Cu. Les taux d'enlèvement moyens pour le Cd, Zn et Mn, sont, après 46 heures, de 70 à 90 %, 90 à 100 % et 64 à 72 % pour des concentrations de substrat variant de 0 à 30 % FeSO4 × 7H2O (poids sec/poids sec). A 29 et 46 heures, des coefficients de détermination (r2) de 0,46 et 0,59 entre le pH et la concentration de FeSO4 × 7H2O, et de 0,92 et 0,55 entre le POR et la concentration de FeSO4 × 7H2O ont été trouvés. A plus forte teneur en FeSO4 × 7H2O, le POR est moins élevé, surtout au début des essais. La présence des ions ferreux en plus grande quantité expliquerait les plus faibles valeurs du potentiel-rédox. A 20 % d'inoculum, la solubilisation des métaux est optimale avec une solubili- sation de 86 % pour le Cd et 73 % pour le Cu et le Mn. La forte corrélation entre le POR, le pH et le pourcentage d'inoculum (r2 à 29, 46 et 70 heures de 0,94, 0,94 et 0,63 pour le POR et le pourcentage d'inoculum et de 0,80, 0,69 et 0,60 pour le pH et le pourcentage d'inoculum), a permis d'établir une corrélation entre le POR, le pH et la solubilisation du Cu. Les seuils trouvés permettant une solubilisation du Cu supérieure à 10 % sont un pH de 3,75 et un POR de 260 mV. L'augmentation des solides totaux (ST) semble limiter le développement des thiobacilles et diminue les rendements de solubilisation du Cd (à 21 heures) et du Zn (à 45 heures). Ainsi, pour le Cd, les pourcentages de solubilisation passent de 71 % à 24 % pour 3 et 15 % ST, alors que dans le cas du Zn, ils diminuent de 94 % à 81 % pour 3 et 15 % ST. La solubilisation du Mn serait, pour sa part, plutôt de type chimique.

Moringa oleifera leaf extract (MLE) contains antibacterial properties; this study evaluated the effect of including MLE, breed and storage time on semen quality of boars extended with Beltsville thawing solution (BTS). Semen samples were collected weekly from twelve boars (Four Duroc, four Large White and four Landrace). Samples were extended with 0, 0.25, 0.50, 0.75 and 1.00g MLE inclusions. Parameters; volume and concentration were taken immediately after collection while pH, mass activity (%MA), progressive motility (%PM), liveability (%LA) and abnormality (%ABN) were taken at 0, 24, 48 and 72 hours. Data obtained were subjected to analysis of variance. All parameters considered except %ABN were significant (p<0.05). MA ranged between 3.31 (1.00gMLE) and 4.00 (0gMLE). Highest PM was 60.93% in 0.25gMLE, pH differed with 6.98 (0gMLE) and 6.90 (1.00gMLE), 0gMLE (89.64%) had higher LA compared to 0.25gMLE (86.40%), ABN ranged between3.94 to 4.60%. As storage time increased viability of all semen parameters reduced, between 48 and 72 hours parameters reduced below normal limits. Breed effect differed (p<0.05) for MA, Volume and Conc., Duroc (3.78) had higher MA compared to Large White (3.64) and Landrace (3.60). Semen volume (p<0.05) for Landrace (255.20g) was highest while Duroc (170.80g) was lowest. Large white concentration (201.8million spermatozoa/ml) was higher (p<0.05) than Landrace (187.4 million spermatozoa/ml) and Duroc (123.8million spermatozoa/ml). %LA ranged between 88.06% and 88.72% for Duroc and landrace respectively while %ABN was between 3.97-4.41% for Large White and Landrace. This study concluded that 0.75-1.00gMLE could replace synthetic antibiotic in BTS for 24 hours. L'extrait de feuille de Moringa oleifera (le 'MLE') contient des propriétés antibactériennes ; Cette étude a évalué l'effet de l'inclusion de 'MLE', de la race et du temps de stockage sur la qualité du sperme de verrats exotiques additionnés de solution de décongélation de Beltsville (le 'BTS'). Des échantillons de sperme ont été prises chaque semaine de douze verrats (quatre Duroc, quatre Large White et quatre Landrace). Les échantillons ont été étendus avec des inclusions de 0, 0,25, 0,50, 0,75 et 1,00 g de 'MLE'. Paramètres ; le volume et la concentration ont été prélevés immédiatement après le prélèvement tandis que le pH, l'activité massique (% 'MA'), la motilité progressive (% 'PM'), l'habitabilité (% LA) et l'anomalie (% ABN) ont été pris à 0, 24, 48 et 72 heures. Les données obtenues ont été soumises à une analyse de variance. Tous les paramètres considérés à l'exception du% ABN étaient significatifs (p <0,05). Le MA variait entre 3,31 (1,00 g MLE) et 4,00 (0 gMLE). La'PM la plus élevée était de 60,93% dans 0,25 gMLE, le pH différait de 6,98 (0 gMLE) et 6,90 (1,00 gMLE), 0 gMLE (89,64%) avait un LA plus élevé par rapport à 0,25 gMLE (86,40%), l''ABN' variait entre 3,94 et 4,60%. À mesure que la durée de stockage augmentait la viabilité de tous les paramètres du sperme, entre 48 et 72 heures, les paramètres étaient réduits en dessous des limites normales. L'effet de la race était différent (p <0,05) pour la MA, le volume et la concentration. Duroc (3,78) avait une MA plus élevée que le Large White (3,64) et le Landrace (3,60). Le volume de sperme (p <0,05) pour Landrace (255,20 g) était le plus élevé, tandis que Duroc (170,80 g) était le plus faible. La grande concentration de blanc (201,8 millions de spermatozoïdes / ml) était plus élevée (p <0,05) que Landrace (187,4 millions de spermatozoïdes / ml) et Duroc (123,8 millions de spermatozoïdes / ml). % LA variait entre 88,06% et 88,72% pour Duroc et landrace respectivement tandis que% ABN était entre 3,97-4,41% pour Large White et Landrace. Cette étude a conclu que 0,75-1,00 gMLE pouvait remplacer l'antibiotique synthétique dans le BTS pendant 24 heures.

Afin de réduire les effets néfastes de l’utilisation des pesticides chimiques sur l’environnement et la qualité des aliments, de nouvelles alternatives sont recherchées pour lutter contre les nématodes à galles en culture maraichère. La présente étude analyse l’effet du biochar et d’une formulation (le Mycotri) à base de champignons et de bactéries parasites des nématodes à galles en culture de la grande morelle. Elle a été réalisée en conditions de serre dans un dispositif expérimental en bloc aléatoire complet comportant huit traitements répétés chacun six fois. Les différents traitements étaient : le biochar (26,6 g/kg de sol stérilisé), le Mycotri (2,6 g/kg de sol stérilisé) ou leur combinaison (40 g de biochar et 4 g de Mycotri pour 1456 g de sol stérilisé). Les résultats montrent que le biochar, le Mycotri et leur combinaison améliorent le pH du sol. Le biochar et sa combinaison au Mycotri favorise l’augmentation de la surface foliaire des plants et de la masse des feuilles et racines. L’indice de galles, le nombre de galles et la densité de la population des nématodes dans le sol sont plus élevé au niveau des traitements avec biochar, tandis que la densité de la population de nématodes a diminué dans les racines en présence du Mycotri. Toutefois, l’amendement du biochar combiné au Mycotri mérite une attention particulière dans la lutte contre les nématodes à galles

La croissance des animaux, de la naissance à l’âge adulte, ainsi que les caractéristiques de la carcasse des cerfs sont présentées dans cet article. Le jeune faon qui pèse de 8 à 9 kg à la naissance, a une croissance rapide pendant la phase d’alimentation lactée. Cette croissance varie entre 250 et 450 g/j selon le niveau alimentaire de sa mère. Elle dépend également du sexe du faon (+ 20 à + 50 g/j pour les mâles par rapport aux femelles) et de son poids à la naissance (1 kg supplémentaire l’améliore de 5 à 15 g/j). Le sevrage, qui peut être réalisé en septembre ou en novembre, avant ou après le brame, entraîne une chute de croissance de 20 à 50 g/j selon la production laitière de la mère. La croissance restera voisine de 200-250 g/j jusqu’à la fin novembre pour diminuer ou s’annuler de décembre à fin février et reprendre à partir de mars, elle variera entre 150 et 250 g/j au cours de la deuxième année au pâturage. L’apport d’aliment concentré (jusqu’à 1 kg/j) en hiver permet de maintenir un gain quotidien de 100 g/j environ mais, après mise à l’herbe, les animaux ainsi traités ont une croissance réduite d’environ 50 g/j par rapport aux témoins. Le poids atteint au cours du second automne représente 70 à 75 % du poids adulte pour les biches mais 50 % seulement pour les cerfs. Les femelles atteignent leur poids adulte vers 4 ou 5 ans et les mâles poursuivent leur croissance jusqu’à 8-9 ans. Le rendement en carcasse des cerfs d’élevage est élevé (55 à 58 %). Leur carcasse se caractérise par une forte proportion de muscles et très peu de tissu adipeux sauf chez les mâles adultes avant le brame, chez lesquels ce tissu peut dépasser 20 % du poids de carcasse. Le cerf est un animal « tardif » qui ne commence à déposer une quantité importante de gras qu’à partir de 16-18 mois, lorsqu’il a atteint plus de 50 % de son poids potentiel adulte. Les besoins stricts pour la croissance sont voisins de 4 Mcal EM par kg de gain chez le faon de 60 kg, ils atteignent 5 Mcal pour des animaux de 90 kg. Les besoins d’entretien sont relativement plus élevés : 0,2 Mcal EM/kg P0,75. Les manipulations pour regrouper les animaux et les traitements avant abattage peuvent avoir un effet très défavorable sur la qualité de la viande dont les muscles restent à un pH élevé (supérieur à 6) 24 h post-mortem chez les animaux stressés lors de ces opérations.

Les flagelles ont été décrits comme un facteur de virulence important pour l'attachement initial à l'hôte ou à la surface des équipements hospitaliers. Cependant, la question de savoir comment les bactéries utilisent leurs flagelles pour passer d'un état flottant (planctonique) à un état d'attachement immédiat (sessile) reste ouverte. Cette transition implique la mécanodétection flagellaire. Il a été démontré que les méthylations des lysines dans les flagelles de S. Typhimurium facilitent l'adhésion de la bactérie à la surface ou au récepteur par le biais de l'hydrophobicité. Cependant, l'étude de l'ensemble du méthylome, et plus particulièrement la méthylation des protéines autres que des histones, reste un défi majeur en raison de l'absence de techniques efficaces d’enrichissement des protéines/peptides méthylés. Ici, pour étudier la méthylation des protéines et ses mécanismes chez S. Typhimurium et ses mutants, nous avons appliqué deux stratégies complémentaires pour l'enrichissement des protéines méthylées : l’enrichissement sélectif grâce à la sélection d’aptamères spécifiques, et la séparation de protéines/peptides méthylés par la technologie SCXtips à pH élevé. Des aptamères d'ADN spécifiques ont été obtenus après plusieurs cycles de sélection positive et un cycle de sélection négative à partir d'une bibliothèque d'oligonucléotides aléatoires par le biais de la procédure FluMag-SELEX. Plusieurs oligonucléotides issus du dernier tour de sélection ont été séquencés et des redondances de séquence de 10 %, 11 % et 33 % respectivement contre la MML, DML et TML, ont pu être observées. Une caractérisation plus fine de l’interaction entre l'aptamère sélectionné contre le TML et sa cible a été menée par différentes méthodes (ITC, PCR, liaison sur billes suivie d’une quantification par spectrométrie de masse). La spécificité a été confirmée tandis que l'affinité a été déterminée avec un KD=2,48±0,14 mM. Par la suite, nous avons exploité l’aptamère sélectionné en l’immobilisant à la surface de billes magnétiques afin de disposer d’un outil d’enrichissement des protéines/peptides méthylés sur différents modèles cellulaires. Après avoir validé la démarche sur un contrôle positif (cellules humaines HEK293), nous avons identifié 19 sites de méthylation de la lysine sur 5 protéines de Salmonella. Les résultats préliminaires de l'analyse protéomique ont confirmé que l'aptamère sélectionné était effectivement capable de distinguer et d'enrichir les protéines contenant de la méthyllysine provenant de souches de S. Typhimurium.Parallèlement, la technologie SCXtips à pH élevé a été utilisée comme stratégie de séparation à partir culture de souches bactériennes dans le milieu hM-SILAC. Cette méthode a permis d'identifier 23 sites de méthylation uniques chez la souche ΔmetE, 51 sites de méthylation uniques chez la souche ΔmetEΔmotAB, et enfin 18 sites uniques chez la souche ΔmetEΔfliB sur 19 protéines méthylées. En comparant les différences de méthylation des protéines, nos résultats suggèrent que lorsque les bactéries manquent de motilité, les méthylations de lysine dans les protéines bactériennes semblent être régulées à la hausse. Outre la méthylation par la méthylase FliB, un grand nombre d’événements de méthylation pourraient être régulés par d’autres méthylases
Flagella have been described as an important virulence factor for initial attachment to the host or to the surface of hospital equipment. However, how bacteria use their flagella to switch from a floating (planktonic) state to an immediately attached (sessile) state remains an open question. This transition involves flagellar mechanosensing or surface-sensing. It has been illustrated that lysine methylations in S. Typhimurium flagella facilitate bacterial adhesion to the surface or receptor via hydrophobicity. However, the study of the entire methylome, including non-histone methylation, remains a major challenge because of the lack of efficient methyl protein/peptide enrichment techniques. Here, to investigate protein methylation and its mechanisms in S. Typhimurium and its mutants, we applied two complementary strategies for methyl protein enrichment: aptamer-based enrichment technology and high pH SCXtips separation strategy. The specific DNA aptamers were obtained after performing several rounds of positive selection and one round of negative selection from a random oligonucleotide library through the FluMag-SELEX procedure. The selected ssDNA pools were sequenced and 10%, 11%, and 33% of redundant sequences for MML, DML, and TML, respectively have been observed. The highest redundancy was observed with oligonucleotides directed against TML. The interaction study of this aptamer with its target was then performed by the methods like ITC, PCR, and bead-based binding assays followed by mass spectrometry titration. The specificity was confirmed while the affinity was determined to be KD=2.48±0.14 mM. Then, the selected aptamer has been used as an enrichment tool based on the aptamer-bound beads method, in order to isolate methylated proteins or peptides on various cell lines. After the validation of our approach using a positive control (HEK293 cells), we identified 19 lysine methylation sites on 5 proteins from Salmonella Preliminary results from proteomic analysis confirmed that the selected aptamer was indeed able to distinguish and enrich methyllysine-containing proteins from S. Typhimurium strains and human cell lines. In parallel with this, the high pH SCXtips technology was performed as a complementary separation strategy when cultivating the strains in the hM-SILAC medium. Using this method, 23 unique methylation sites in ΔmetE, 51 unique methylation sites in ΔmetEΔmotAB, and 18 unique sites in ΔmetEΔfliB on 19 methylated proteins were identified. By comparing the differences in protein methylation, our results suggest that when bacteria lack motility, lysine methylations in bacterial proteins seem to be upregulated. Besides being methylated by the methylase FliB, a large number of methylation events could be regulated by other methylases

La génération d'harmoniques d'ordre élevé (HHG), qui dans le domaine temporel se traduit par l'émission d'un train d'impulsion VUV attoseconde (1as =10-18s), a connu un grand intérêt scientifique depuis une dizaine d'années. Cette source constitue en effet un bon candidat pour la mise en oeuvre d'expériences pompe sonde visant à observer la dynamique électronique au coeur même des atomes et des molécules.
Au CELIA, nous avons implémenté une technique de post-compression qui nous a permi de comprimer nos impulsions laser IR de 40 fs à 9 fs (1fs=10-15s). Ces impulsions sont ensuite utilisée pour confiner la HHG. Étant donné que le processus de HHG est efficace uniquement si les impulsions IR génératrices sont polarisées linéairement, nous avons créé une porte dans le profil temporel de nos impulsions sub-10fs où la polarisation est linéaire pendant une durée inferieure à la durée de l'impulsion IR génératrice. Ceci nous permet de confiner la HHG en dessous d'un demi-cycle optique IR. Cette technique de porte d'ellipticité, complètement caractérisée dans cette thèse, nous a permis de confiner la HHG jusqu'à l'émission d'une à deux impulsions attosecondes. Afin de caractériser le profil temporel du train d'impulsions attosecondes, nous avons également implémenté un interféromètre à deux couleurs qui nous a permit de mesurer la phase harmonique et de reconstruire nos trains d'impulsions attosecondes.

Ce travail de thèse a porté sur la conception et la caractérisation d'un dispositif efficace pour l'amélioration du contraste d'impulsions laser femtosecondes ultra-intenses. La notion de contraste désigne le rapport d'intensité entre l'impulsion proprement dite et son piédestal, de durée nanoseconde. Ce piédestal est constitué par l'émission spontanée amplifiée (ASE pour Amplified Spontaneous Emission), inhérent au mécanisme d'amplification laser et particulièrement néfaste pour les interactions laser-matière sur cible solide.
Le travail présenté consiste en l'étude théorique et expérimentale d'un filtre temporel basé sur un effet non linéaire du troisième ordre, agissant sur la polarisation de l'impulsion. Nous avons étudié plusieurs déclinaisons de ce principe. Le dispositif finalement retenu repose sur la génération d'une onde polarisée orthogonalement (XPW) dans des matériaux cristallins dont la susceptibilité non linéaire d'ordre trois est anisotrope. Ce filtre non linéaire a été testé sur différents systèmes femtosecondes et permet l'amélioration du contraste sur plusieurs ordres de grandeur, comme le confirment les mesures de profils temporels sur une grande dynamique réalisées après filtrage. Nous avons également conçu un dispositif pour optimiser l'efficacité de conversion du processus non linéaire, c'est-à-dire la transmission du filtre. Cette méthode consiste à générer des interférences constructives entre les signaux XPW émis dans des cristaux distincts. Dans ces conditions, l'efficacité de transmission théorique (supérieure à 20%) est atteinte expérimentalement et dans le même temps la stabilité du système est assurée. Nous avons enfin démontré que le filtre préserve, voire améliore, les qualités spectrales et spatiales de l'impulsion.
Ces résultats sont donc particulièrement prometteurs et permettent d'envisager l'implémentation définitive du filtre dans les systèmes femtosecondes.

Cette thèse traite de l'étude de phénomènes ultra-rapides, et plus particulièrement de dynamiques de relaxation initiées par une impulsion femtoseconde (10-15 s). Dans la première partie, l'imagerie de vecteurs vitesses a permis d'étudier deux systèmes : l'iodure de méthyle (CH3I), excité dans son premier état de Rydberg et le tetrathiafulvalène (TTF - C6H4S4). Dans le TTF, le but est de caractériser les deux bandes majoritaires d'absorption vers 300 nm. Durant l'étude de la prédissociation de CH3I, la distribution vibrationnelle du fragment CH3 a été caractérisée, alors que pour le TTF une force de liaison du dimère a été extraite. L'interprétation des spectres de photoélectrons de CH3I permet une bonne compréhension des dynamiques depuis et/ou en résonance avec des états proches du potentiel d'ionisation. Dans la seconde partie, la structure électronique d'atomes ou de molécules est sondée par la génération d'harmoniques d'ordre élevé (GHOE). Le minimum de la section efficace totale de photoionisation de l'argon (minimum de Cooper) a été observé et étudié dans le spectre harmonique. Cette étude a permis, entre autre, la mise au point d'un modèle théorique fiable et complet. Dans une autre étude, la GHOE a montré la sensibilité du rayonnement harmonique à la chiralité lors de interaction des 2 énantiomères de la fenchone (C10H16O), avec un rayonnement polarisé elliptiquement. Pour finir, l'utilisation de la GHOE pour sonder une dynamique moléculaire, amorcée par un réseau transitoire d'excitation à 400 nm, a été réalisée sur le dioxyde d'azote (NO2). Ceci à l'échelle picoseconde : photodissociation, et femtoseconde : transfert de population par le biais d'une intersection conique.

La génération d'harmoniques d'ordre élevé en milieu gazeux est un phénomène décrit par un modèle à trois étapes: sous l'effet d'un champ laser intense, un atome (ou une molécule) est ionisé par effet tunnel. L'électron éjecté est par la suite accéléré dans le champ laser, avant de se recombiner sur son ion parent en émettant un photon XUV. D'abord utilisée dans le but de développer des sources de rayonnement secondaire dans le domaine XUV, la génération d'harmoniques d'ordre élevé est également un bon candidat pour sonder la structure électronique des atomes ou des molécules, avec une résolution potentielle de l'ordre de l'attoseconde dans le domaine temporel (1 as=10-18 s) et sub-nanométrique dans le domaine spatial. Au cours des travaux réalisés pendant cette thèse, nous avons étudié la sensibilité des caractéristiques du rayonnement harmonique (amplitude, état de polarisation, phase) à la structure électronique du milieu de génération. Ces études ont été menées tout d'abord dans un milieu atomique couramment utilisé en génération d'harmonique, l'argon, puis dans des milieux moléculaires (N2, CO2, O2). La confrontation de ces mesures avec différentes simulations numériques montre la nécessité de modéliser de façon détaillée le processus de génération, dépassant certaines hypothèses généralement admises. Nous avons également montré la possibilité d'utiliser la spectroscopie d'harmoniques d'ordre élevé afin de mesurer des dynamiques moléculaires de systèmes complexes (notamment le dioxyde d'azote NO2), pour lesquelles les mesures harmoniques peuvent obtenir des résultats complémentaires aux autres techniques couramment utilisées. Dans le cas d'excitations moléculaires peu efficaces, nous avons pu adapter des techniques de spectroscopie optique conventionnelle au domaine spectral des harmoniques d'ordre élevé, améliorant de manière significative le rapport signal/bruit.

Dans cette thèse, la dynamique de photodissociation de l'azoture de chlore (ClN3) est étudiée dans le domaine temporel par imagerie de vecteur vitesse des photofragments, spécialement du chlore et de N3. Cette imagerie résolue à l'échelle femtoseconde permet d'extraire les temps de dissociation, l'établissement temporel de la balance d'énergie de la réaction ainsi que la conservation des moments. Cette étude a permis de différencier deux domaines d'énergie: l'un menant à la formation d'un fragment N3 linéaire (étude autour de 4.5 eV d'excitation électronique) et le plus intéressant aboutissant à la formation d'un fragment N3 cyclique (autour de 6 eV). Dans une seconde étude, la dynamique de relaxation électronique du tétrathiafulvalène (C6H4S4-TTF) est étudiée autour de 4 eV par spectroscopie de masse résolue en temps ainsi que par spectroscopie de photoélectron. Les seuils d'ionisation dissociative sont extraits d'une détection en coïncidence entre les photoélectrons de seuil et les fragments ionisés réalisée sur rayonnement synchrotron. Les deux dernières expériences sont basées sur la génération d'harmoniques d'ordre élevé dans l'XUV d'une impulsion femtoseconde à 800 nm ou à 400 nm. Dans la première expérience, les harmoniques sont couplées à un imageur de vecteur vitesse en tant que rayonnement secondaire VUV. Par imagerie de photoélectron résolue en temps, nous avons révélé ainsi les dynamiques de relaxation des états de Rydberg initiée par une impulsion femtoseconde XUV à 15.5 eV dans l'argon et à 9.3 eV dans l'acétylène. Dans la seconde expérience, couramment nommée spectroscopie attoseconde, les harmoniques constituent le signal pompe sonde. Deux types de spectroscopie attoseconde ont été réalisés pour étudier la dynamique vibrationnelle de SF6: une expérience en réseau transitoire créé par deux impulsions pompe Raman avec une impulsion sonde intense générant les harmoniques à partir du réseau d'excitation et une expérience d'interférence de deux rayonnement XUV en champ lointain créés par deux impulsions sonde intenses.

Ce travail de thèse est une contribution à l'étude du rayonnement UVX cohérent produit par génération des harmoniques d'ordre élevé d'une impulsion laser intense focalisée dans un gaz rare.
Dans une première partie, nous présentons une étude approfondie de l'optimisation du flux harmonique produit soit dans une fibre creuse soit dans un jet. Dans chacun des cas, nous déterminons les facteurs limitant l'émission : accord de phase, absorption, ionisation, défocalisation. La comparaison des profils d'émission avec les simulations démontre le rôle crucial de la phase du dipôle atomique pour la génération dans une fibre. L'optimisation dans un jet conduit à des efficacités de conversion allant de 10-5 à 50nm (1010 ph/imp) à 10-7 à 15nm (5.107 ph/imp).
Dans une deuxième partie, nous étudions la focalisation du rayonnement harmonique par une lentille de Bragg-Fresnel, qui permet une focalisation efficace hors axe, sans aberration. Nous mesurons pour l'harmonique 39 une tache focale de l'ordre de 2µm. Compte tenu du flux élevé et de la courte durée (femtoseconde) des harmoniques, des éclairements élevés dans l'UVX peuvent être atteints.
Finalement, nous présentons les premières expériences de diagnostic de plasma par interférométrie UVX utilisant le rayonnement harmonique. Une technique originale est développée à partir de 2 sources harmoniques mutuellement cohérentes séparées spatialement. L'analogue temporel de l'interférométrie spatiale, qui utilise 2 impulsions harmoniques séparées en temps, est également démontré. Cette interférométrie fréquentielle a permis le premier diagnostic UVX de l'évolution temporelle d'un plasma avec une résolution femtoseconde. Une extension du schéma de 2 à 4 impulsions permet de mesurer avec une sensibilité extrême un déphasage équivalent à une demi-période harmonique, soit des écarts temporels à l'échelle attoseconde (1as=10-18s).

Ce travail s'inscrit dans le cadre du développement des sources XUV impulsionnelles cohérentes, et plus particulièrement des lasers XUV. Alors que la plupart des lasers XUV fonctionnent en régime d'émission spontanée amplifiée, c'est ici une géométrie de type oscillateur-amplificateur inspirée des lasers de puissance qui est étudiée. L'amplificateur, un plasma de krypton ionisé 8 fois par un champ laser intense, est injecté par un rayonnement harmonique d'ordre élevé à la même longueur d'onde. La source ainsi créée est étudiée aussi bien expérimentalement que numériquement, et l'accent est mis sur l'effet de l'amplification du faisceau harmonique par le plasma sur les caractéristiques spatiales du faisceau résultant (profil spatial, cohérence transverse et front d'onde), et ses caractéristiques spectro-temporelles. Il est entre autres démontré que, du fait du filtrage spatial par l'amplificateur, le faisceau possède des qualités optiques dignes du domaine visible (forte cohérence et proche de la limite de diffraction) et que son profil spatial peut être contrôlé entre un profil gaussien et un profil de Bessel. Ce faisceau se compose par ailleurs d'impulsion µJ de durée ps en limite de Fourier. Afin d'augmenter l'intensité de ces impulsions, on se propose également de guider l'impulsion de pompe dans un canal plasma préformé par laser à densité quasi-critique. Le guidage a été démontré et des résultats prometteurs ont ainsi été obtenus en régime non-injecté.

La génération d'harmoniques d'ordre élevé par focalisation d'impulsions laser femtosecondes et intenses dans des gaz permet d'obtenir des trains d'impulsions attosecondes dans l'XUV. Dans cette thèse, nous présentons une technique destinée à optimiser l'efficacité de génération, puis nous montrons comment la caractérisation du rayonnement permet l'étude de la dynamique des molécules en champ fort. Dans une première partie, par une manipulation de sa phase spatiale, nous transformons le profil du faisceau laser infrarouge au foyer afin d'agrandir le volume de génération. Nous mettons en évidence la possibilité de créer un profil carré, élargi d'un facteur 2.5 par rapport au profil gaussien. Nous étudions ensuite la génération d'harmoniques dans les gaz rares par un tel faisceau, à la fois expérimentalement et numériquement. Bien que nous n'ayons pu observer d'augmentation significative du signal harmonique, les simulations effectuées à plus forte énergie indiquent un gain d'efficacité. Dans une seconde partie, nous montrons que le spectre et la phase spectrale du rayonnement harmonique issu d'un ensemble de molécules linéaires alignées présentent des structures liées aux caractéristiques des molécules. Nous mettons en évidence la présence d'un saut de phase lié à un phénomène d'interférences quantiques lors de l'étape de recombinaison. Nous étudions la dépendance de ce saut de phase en fonction de différents paramètres, tels que l'orientation des molécules ou l'éclairement de génération. Ces mesures permettent l'étude de la dynamique électronique lors de la recombinaison du paquet d'ondes électroniques. De plus, elles devront servir de support pour les nouvelles modélisations du comportement des molécules en champ intense.

La génération d'harmoniques d'ordre élevé par focalisation d'un laser intense femtoseconde dans un jet de gaz rare permet d'obtenir des trains d'impulsions attosecondes dans l'extrême ultraviolet. Dans cette thèse, nous présentons une caractérisation temporelle de ce rayonnement sur deux échelles de temps, femtoseconde et attoseconde.
En transposant une technique d'interférométrie spectrale couramment utilisée pour la caractérisation complète d'impulsions infrarouges (SPIDER), nous effectuons une caractérisation complète monocoup du profil temporel d'harmoniques individuelles, à l'échelle femtoseconde.
Ensuite, nous étudions expérimentalement la structure attoseconde du rayonnement harmonique, et mettons en évidence une dérive temporelle dans l'émission : les harmoniques les plus faibles sont émises avant les plus élevées. Cette dérive, qui est directement liée à la dynamique électronique microscopique dans le processus de génération, limite la durée d'impulsion que l'on peut obtenir en augmentant la largeur spectrale. Nous présentons les résultats de l'optimisation des conditions de génération afin d'améliorer la synchronisation dans l'émission. Nous montrons également la possibilité de recomprimer les impulsions attosecondes.
Enfin, nous proposons une nouvelle technique pour la caractérisation complète d'impulsions attosecondes arbitraires : FROGCRAB. Elle permettrait une mesure simultanée des caractéristiques femtoseconde et attoseconde du rayonnement, et ainsi une connaissance complète de la source lumineuse attoseconde en vue de son utilisation dans des expériences d'applications.