Dissertations / Theses: 'Sans marqueurs'

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Calais-Desserée, Elodie. "Analyse de la marche humaine sans marqueurs." Dijon, 2002. http://www.theses.fr/2002DIJOMU02.

Abstract:

Ce travail de thèse présente une nouvelle approche de l'analyse dynamique de la marche humaine sans marqueurs. Le système d'acquisition développé est composé de 3 caméras CDD calibrées et synchronisées. L'objectif de ce travail est de reconnaître dans les séquences d'images en niveaux de gris la jambe du sujet de l'étude, de la reconstruire dans l'espace tridimensionnel, et enfin d'analyser la dynamique de son mouvement. Un modèle articulé 3D du corps humain, basé sur l'utilisation de superquadriques pincées a été défini dans un premier temps. Puis, afin d'extraire les contours en mouvement de la jambe étudiée, une segmentation basée sur le mouvement utilisant à la fois une différence d'images et des opérateurs de la morphologie mathématique est appliquée aux séquences d'images. Ensuite, pour déterminer la position de l'humain dans l'espace 3D, un processus de reconstruction utilisant une technique de minimisation au sens des moindres carrés médians est emloyé. Une opération de cohérence spatiale est imposée aux courbes reconstruites afin de mieux coller à l'anatomie de la jambe et de prendre en compte le modèle articulé. Finalement à partir des reconstructions effectuées pour chaque instant de la séquence, une analyse dynamique de la marche est menée. Chaque étape de la méthodologie a été testée séparément et les résultats obtenus montrent que l'approche proposée est prometteuse.

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Chaumeil, Anaïs. "Evaluation et développement de méthodes d'analyse du mouvement sans marqueurs à partir de vidéos." Electronic Thesis or Diss., Lyon 1, 2024. http://www.theses.fr/2024LYO10209.

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Abstract:

L’analyse du mouvement sans marqueurs à partir de vidéos a bénéficié, au cours des dernières années, du développement des méthodes automatiques d’estimation de points, basées sur l’apprentissage profond. Pour l’analyse du mouvement en biomécanique, ces méthodes présentent de multiples avantages, comme la non-instrumentation du participant ou encore la possibilité de réaliser l’analyse du mouvement en dehors du laboratoire. L’objectif de cette thèse est alors de contribuer à l’évaluation et au développement de méthodes d’analyse du mouvement sans marqueurs à partir de vidéos pour différentes applications en biomécanique. Tout d’abord, une méthode existante d’analyse du mouvement sans marqueurs à partir de vidéos est évaluée pour des mouvements et des paramètres cinétiques, qui sont peu étudiés dans la littérature. Ensuite, la caractérisation des points d’intérêt 2D estimés par les méthodes automatiques d’estimation de points est réalisée, et l’influence de ces caractéristiques sur la reconstruction en 3D des points est étudiée. Enfin, une méthode utilisant l’entièreté des cartes de confiance obtenues en sortie des méthodes automatiques d’estimation de points et permettant de calculer la cinématique 3D est proposée et évaluée
Video-based markerless motion capture has benefitted, in the last few years, from the development of automatic point estimation methods, which are based on deep learning techniques. For motion analysis in biomechanics, these methods have numerous advantages, such as the possibility to analyse the movement without participant-worn equipment or outside of the laboratory. The goal of this thesis is thus to contribute to the evaluation and development of video-based markerless motion capture methods for applications in biomechanics. First, an existing video-based markerless motion capture method is evaluated for movements and kinematic parameters, rarely studied in the literature. Then, 2D keypoints estimated by automatic point estimation methods are characterized, and the influence of these characteristics on 3D point reconstruction is studied. Finally, a method using whole confidence heatmaps – which are obtained using automatic point estimation methods – to compute 3D kinematics is proposed and evaluated

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Fromont-Hankard, Gaëlle. "Marqueurs tissulaires phénotypiques et moléculaires associés à la progression du cancer prostatique." Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077140.

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Abstract:

Une meilleure connaissance des facteurs prédictifs de lévolutivité tumorale et des mécanismes de progression est un enjeu clé pour la prise en charge des patients atteints de cancer prostatique. Nous avons premièrement recherché à optimiser l'analyse des facteurs histopronostiques en quantifiant les marges d'exérèse chirurgicales. Nous avons montré que la taille des marges est prédictive de tumeur résiduelle locale, et constitue un marqueur phénotypique supplémentaire du risque de récidive. Nous avons ensuite recherché d'autres facteurs pronostiques potentiels parmi les altérations du génome et de l'expression génique associées à la progression. En étudiant l'incidence des pertes d'hétérozygotie (LOH) les plus récurrentes en corrélation avec les facteurs histopronostiques et l'évolution, nous avons observé que l)le taux global de LOH augmente avec la progression du cancer, 2)la LOH en 8p22 est associée spécifiquement à l'infiltration périnerveuse, suggérant la présence dans cette région d'un gène impliqué dans les interactions épithélium-nerf. Enfin, 3)la LOH en 16q23. 2 est associé1 à des facteurs histopronostiques favorables, et constitue un facteur indépendant de bon pronostic, suggérant la présence dans cette région d'un gène impliqué dans la progression tumorale. Nous avons d'autre part analysé l'expression de 300 gènes en RT PCR quantitative. Nous avons retrouvé une expression génique différentielle entre le tissu tumoral, le tissu normal, et les proliférations bénignes. Il existe de plus un profil d'expression spécifique du cancer évolué hormono-réfractaire pa rapport au cancer localisé, incitant à analyser la valeur pronostique de ces gènes dysrégulés
A better knowledge of both the mechanisms underlying prostate cancer progression and the factors predictive of evolution is a key issue for the management of patients follow-up and treatment. We first tried to improve the analysis of commonly used histopronostic factors. We evaluated the impact of the positive surgical margin size after prostatectomy, and showed that the margin size is predictive of the incidence of residual tumor, therefore representing an additional phenotypic marker for the risk of progression. We then analyzed potentiel prognostic factors among the genomic alterations and gene expression dysregulations associated with prostate cancer progression. The incidence of loss of heterozygosity (LOH) on 6 chromosomal regions of interest was determined in relation with histoprognostic factors and evolution. We observed that l)the overall rate of LOH increased with cancer progression, 2)LOH at 8p22 is specifiquely associated with perineural invasion, suggesting the presence on this region of a gene involved in epithelium/nerve interaction. At the end, 3)LOH at 16q23. 2 is associated with favorable histopronostic factors, and constitute an independant marker of good prognosis, suggesting that this chromosomal region may contain a gene involved in tumor progression. The expression of 300 genes was analyzed by quantitative RTPCR. We observed a differential gene expression between normal prostate tissue, prostate cancer, and benign proliferative disorders. A specific gene expression profile was also identified in advanced hormone-refractory cancers whe compared to localized tumors, which prompt to study the predictive and therapeutic value of these dysregulated gene

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Stirnemann, Jérôme. "Maladie de gaucher : épidémiologie et modélisation de l'évolution des marqueurs biologiques et cliniques avec et sans traitement." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077051.

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Abstract:

La maladie de Gaucher (MG) est une maladie génétique lysosomale rare se compliquant d'événements osseux [EO] (ostéonécrose, infarctus osseux, fracture pathologique) non prévisibles. Certains biomarqueurs sont modifiés (augmentation de chitotriosidase, de l'enzyme de conversion de l'angiotensine, de la ferritine, des phosphatases acides tartrate-résistante et diminution des plaquettes). Elle bénéficie de traitements spécifiques. Une analyse de 62 patients traités a montré que les EO survenaient avant et sous traitement ; les biomarqueurs ont été modélisés (modèles mixtes) et l'impact des pentes et des valeurs au début du traitement ont été testés sur les EO. Un focus sur la ferritine, a montré que les autres paramètres du bilan martial restaient normaux (chez 72 patients) et a décrit, pour la première fois, la ferritine glyscosylée (abaissée) chez 25 patients atteints de MG. Deux atteintes spécifiques ont été décrites : 10 patients ayant une maladie de Parkinson et 42 enfants, en s'intéressant spécifiquement aux EO. Nous avons mis en place et labellisé le Registre Français de la MG en 2009. L'analyse épidémiologique de tous les cas de MG en France a identifié 562 patients enregistrés au total ; 378 ont eu un suivi (90 décès, 46 cas de gammapathie monoclonale) ; 283 un suivi dans les 2 dernières années ; la probabilité de survenue du premier EO à 10 ans : 20. 3% (14. 1% - 26. 5%) et 19. 8% (13. 5% - 26. 1%), respectivement avant et sous traitement. Ces travaux devraient se poursuivre par l'utilisation de la modélisation des biomarqueurs sur les patients du registre pour tenter de trouver des éléments prédictifs des EO
Gaucher disease (GD) is a rare genetic lysosmal disorder, which may be complicated by bone events [BE] (avascular necrosis, bone infarct, pathological fracture). Some biomarkers are modified (increased chitotriosidase, angiotensin converting enzyme, ferritin, tartrate-resistant acid phosphatase and decreased platelets levels). GD has available specific treatments. An analysis of 62 patients showed that BE occurred before and during treatment; biomarkers have been modeled (using mixed models) and the impact of slope and values at treatment onset were tested on BE. A particular interest has been focused on the ferritin, showing that other iron parameters remained normal (in 72 patients) and describing glycosylated ferritin in 25 patients with GD (decreased) for the first time. Characteristics of two specific complications have been described: the characteristics of 10 patients with Parkinson's disease (and 49 patients in other publications); BE incidence in 42 children with GD was analyzed (6 had BE at diagnosis and 32 during follow-up). We developed and labeled the French GD Registry in 2009. Epidemiological analysis of ail cases of GD in France identified 562 patients registered, including 378 with follow-up (90 deaths, 46 monoclonal gammopathy) and 283 with current follow-up. BE occurred before (130 BE in 67 patients), but also during treatment (60 BE in 41 patients) with respective frequencies (95% CI) of 20. 3% (14. 1% - 26. 5%) and 19. 8% (13. 5% - 26. 1%) at 10 years, respectively. These studies should continue with use of biomarkers modeling on patient registry to try predict BE

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Ajam, Marwan. "Évaluation de l'énergie métabolisable et de la digestibilité de l'azote chez le coq : comparaison des bilans avec ou sans marqueur : influence de la présence des caecums." Toulouse, INPT, 1987. http://www.theses.fr/1987INPT003A.

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Abstract:

Dans nos expériences nous avons utilisé la lignocellulose comme marqueur naturel de l'aliment donné aux coqs adultes pour estimer l'énergie métabolisable et le coefficient utilisation digestive azotée. Notre marqueur était choisi pour plusieurs raisons lié à l'animal, l'aliment et sa méthode de mesure. La digestibilité de notre marqueur était nulle, soit avec les coqs ayant subi l'ablation du caecum soit non opéré. L'estimation de l'EM et du CUDN avec le marqueur mesuré pendant un ou deux jours d'alimentation donne des valeurs non différentes de celles obtenues avec la collecte totale des fientes pendant toute la durée du bilan. Mais les caecums ont un rôle non négligeable pour l'EM qui était significativement inférieure chez les coqs ayant subi l'ablation du caecum quel que soit le régime. Par contre le CUDN est lié au régime, aucun effet n'est observé pour le régime riche en cellulose, alors qu'une valeur significativement plus forte est mise en évidence pour les coqs opérés avec un régime fort en lipides. En général, le CUDN est plus élevé dans le cas du régime riche en lipides

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Matter, Sophie. "Reconnaissance d'émotions évoquées par les visages et la musique, en association avec ses marqueurs somatiques, chez les personnes âgées sans trouble cognitif." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2011. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/186.

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Abstract:

Le vieillissement non pathologique affecterait la capacité à reconnaître les émotions exprimées par les visages et la musique, soit deux grands medium de communication des émotions dans notre société. Néanmoins, ce trouble de la reconnaissance émotionnelle serait restreint à certaines catégories d'émotions (p. ex., la colère, la tristesse et la peur).Le premier objectif de cette étude vise à explorer la capacité à catégoriser des émotions, évoquées par les visages et la musique, dans le vieillissement sans trouble cognitifLe second objectif est de relier ces mêmes capacités à ses marqueurs somatiques. Pour ce faire, l'activité musculaire du visage (i.e. zygomaticus majeur , le muscle du sourire, et corrugator supercilii , le muscle qui fait froncer des sourcils) a été enregistrée lors de la catégorisation d'émotions (i.e. gaieté, tristesse, peur, colère et surprise évoquées par les visages, et gaieté, tristesse et peur évoquées par la musique). Par rapport aux adultes, les personnes âgées ont eu de la difficulté à reconnaître les émotions évoquées par les visages, toute émotions confondues, ainsi que de la difficulté à reconnaître la peur évoquée par la musique. Aucun pattern d'activation musculaire du visage n'a été retrouvé lors de l'exposition aux items émotionnels.

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Campeotto, Florence. "Coprologie du nouveau-né prématuré : étude des marqueurs inflammatoires, du microbiote intestinal et de sa modulation par un lait fermenté sans bactéries vivantes." Paris 5, 2008. http://www.theses.fr/2008PA05P646.

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Abstract:

L’immaturité intestinale du nouveau-né prématuré ainsi que le retard d’implantation du microbiote intestinal l’expose à des complications majeures comme l’entéropathie ou l’entérocolite ulcéro-nécrosante qui sont des pathologies à morbidité et mortalité élevées. Nous avons travaillé sur le développement d’outils biologiques non invasifs permettant l’évaluation de la fonction digestive. Nous avons montré que la calprotectine fécale, marqueur de l’inflammation intestinale, est physiologiquement élevée dans cette population et avons défini des valeurs seuils en fonction de la gravité de l’atteinte intestinale. Nous avons décrit l’établissement du microbiote intestinal qui se traduit par un retard important de la colonisation d’origine entérique, concernant en particulier les bifidobactéries. Enfin, nous avons testé pour la 1ère fois, un lait fermenté sans bactéries vivantes. Cette formule semble réduire les ballonnements abdominaux et diminuer l’inflammation de la muqueuse intestinale
Due to the intestinal immaturity and to the delayed gut microbiota implantation, premature neonates are exposed to intestinal complications such as enteropathy or necrotizing enterocolitis with high morbidity and mortality. We focused our research on the preterm gut, developing the coprology analyses of the premature neonate in order to be the least invasive. We showed that faecal calprotectin is physiologically high in this population and defined cut-off values for the development of intestinal diseases according to their severity. We confirmed a delayed colonization of the normal microbiota and we showed that a threshold birth age of 33 weeks of gestation is a condition for colonization by bifidobacteria. For the first time we have tested a fermented preterm formula without live bacteria. This formula is safe and well tolerated and seems to reduce both abdominal distension and inflammation of the intestinal mucosa

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Garbati, Marco. "Contribution au développement d’un lecteur RFID sans puce basé sur l’approche ultra large bande impulsionnelle." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAT034/document.

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Abstract:

La technologie d’identification radiofréquence (RFID) est aujourd’hui une technologie mature qui est amenée à remplacer le code à barre dans un futur proche. Au milieu de toutes les familles de RFID, la technologie RFID sans puce Ultra Large Bande (ULB) est devenue un sujet incontournable. Au cours de cette thèse, nous avons contribué au développement d’un lecteur de tag RFID sans puce ULB en nous basant sur une approche impulsionnelle. Deux prototypes de lecteur ont été développés en suivant les limitations d’émissions de la technologie ULB imposées par les normes. Le premier lecteur a permis principalement de valider le principe de la lecture de tags RFID sans puce en utilisant le temps équivalent. Une deuxième version du lecteur plus aboutis a ensuite été développée. En effet, la précision de lecture a été optimisée grâce à la réduction du bruit d’échantillonnage. Le temps de lecture ainsi que le coût du lecteur ont aussi été des paramètres clés qui ont été drastiquement réduits. Pour cela, un générateur d’impulsion faible bruit bas coût ainsi que des antennes ULB et des cartes de front-end RF ont été conçus et optimisés. Enfin, une technique de lecture des tags basée sur la diversité en polarisation est proposée et validée en pratique. L’objectif étant de permettre la lecture de tag dépolarisant indépendamment de leur orientation. Ce point est un aspect très important pour le développement futur de la technologie RFID sans puce car cela lève des contraintes sur la conception des tags
The RFID technology is in full development, and is intended to substitute barcode in the next future. Between all the RFID families, the UWB chipless RFID technology is a major topic nowadays. With this thesis we focus on development of UWB chipless RFID readers, based on IR-UWB approach.The international regulations that limit the UWB emission are taken into consideration, and two reader prototypes developed. The first was as a concept car, and therefore used as proof of concept. The second version represents a full optimized reader in all the key aspects. Between them, the reading precision, through sampling noise reduction, the reading time, and cost effectiveness. As part of reader development, a low noise and low cost UWB pulse generator prototype was realized, along with UWB antennas, and RF front-end boards. As prospective, a reading technique based on polarization diversity is shown, with the aim of reading cross-polarized tags independently from their orientation. This approach is valuable because does not give any constraint at the tag design level

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He, Lijie. "Elaboration et évaluation d'une nouvelle hétérostructure Ag°/TIO2 destinée à la détection par effet SERS sans marquage d'ADN." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015GRENI004/document.

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Abstract:

Des substrats SERS, élaborés selon une approche simple et à moindre coût, ont été étudiéspour la détection sans marqueurs d’ADN en vue d’applications dans le domaine du diagnostic médical.Un protocole de réduction photocatalytique assistée chimiquement conduisant à des hétérostructuresAg°/TiO2 a été optimisé. Nohttp://star.theses.fr/editeur.jsp?tefId=58411&action=save#droitsus avons montré en quoi l’utilisation d’un agent encapsulant et d’uneprocédure de nucléation-croissance permettent de contrôler la formation et l’agrégation de NPs Ag° à lasurface de couches minces TiO2. L’agrégation contrôlée des NPs conduit à des points chauds induisantune très forte amplification de l’effet SERS. Les performances des substrats SERS ont tout d’abord étévalidées par détection Raman de la molécule modèle R6G. Des études de fond, portant sur la détectionde polybases dérivées des quatre nucléobases constituant la structure de l’ADN, adénine, cytosine,guanine et thymine, ont ensuite été réalisées. Le potentiel de détection des hétérostructures Ag°/TiO2 apermis l’indexation quasi-intégrale des bandes Raman des quatre polybases étudiées, modifiées ou nonavec des groupements NH2, et nous a permis de discuter des effets d’accrochage, d’orientation etd’agencement des molécules d’ADN sur les substrats SERS. Des études complémentaires ont finalementconfirmé le potentiel de nos hétérostructures en fournissant différents aperçus sur l’hybridation despolybases et l’association de différentes polybases sur un même substrat SERS
SERS substrates, elaborated through a simple and low-cost procedure, have been studied forthe label-free detection of DNA in the view of applications in the medical diagnostic field. A chemicallyassisted photocatalytic reduction protocol leading to an Ag°/TiO2 heterostructure has been optimized.We have shown how the use of an encapsulating agent and a nucleation-growth procedure enable tocontrol the formation and aggregation of Ag° NPs at the surface of TiO2 thin films. The controlledaggregation of NPs leads to hot points inducing a very strong amplification of the SERS effect.Performances of the SERS substrate have first been evaluated through the Raman detection of the R6Gmodel molecule. Thorough studies dealing with the detection of polybases derived from the fournucleobases constituting the DNA structure, adenine, cytosine, guanine, and thymine, have then beenconducted. The detection potential of the Ag°/TiO2 heterostructure enabled a nearly exhaustiveindexation of the Raman bands for the four studied polybases, modified or not with NH2 groups, and todiscuss on binding, orientation, and ordering effects of the DNA molecules on the SERS substrate.Complementary studies finally enabled us to confirm the potential of our heterostructure by providingdifferent insights on the polybase hybridization and the association of different polybases on a sameSERS substrate

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Liamini, Redouane. "Nouveau concept de fluoroscopie virtuelle." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2008. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/1460.

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Abstract:

La fracture de la hanche est une pathologie fréquente chez les personnes âgées et provoque des effets indésirables tels que la perte de mobilité et des complications secondaires. Le traitement actuel de la fracture de la hanche nécessite l'utilisation d'un appareil à rayons X (le fluoroscope). La méthode conventionnelle de traitement procède par essais/erreurs pour placer correctement un guide métallique dans l'os du patient, nécessitant à chaque essai la prise d'un cliché radiologique. Ceci engendre une exposition importante du chirurgien et du patient aux rayons X (nocifs pour la santé) suite à l'utilisation répétée du fluoroscope. La méthode par essai/erreur a en outre pour conséquence de provoquer un traumatisme supplémentaire au patient due à des pénétrations répétées du guide au niveau de l'os et produit souvent un montage orthopédique final sous-optimal. Nous proposons de pallier à ces inconvénients grâce à un système de chirurgie orthopédique assistée par ordinateur sans marqueur vissé sur l'os du patient se basant sur l'utilisation d'une caméra de positionnement 3D. Le prototype développé dans le cadre de ce projet ressemble en tout point au système final désiré avec fluoroscope. Des caméras CCD serviront de substitut au fluoroscope dans notre cas. Le système final possède l'avantage de servir de support au chirurgien en lui clarifiant les données qui lui sont nécessaires sans s'y substituer. Son principe de fonctionnement est le suivant: nous effectuons le calibrage intrinsèque du fluoroscope avant l'opération et nous sauvegardons les données obtenues. En tout début d'opération nous prenons deux clichés fluoroscopiques, un latéral et un antéropostérieur. Sur ces clichés vont apparaître des grilles de référence visibles au fluoroscope, ce qui permettra d'effectuer le calibrage extrinsèque du fluoroscope. En phase intra-opératoire (pendant l'opération) les instruments chirurgicaux vont apparaître en temps réel dans le repère des grilles de référence grâce à la caméra de positionnement 3D, des paramètres de calibrage du fluoroscope et des marqueurs fixés sur les instruments chirurgicaux ainsi que sur les grilles de référence. Les grilles de référence communes aux images préopératoires et intra-opératoires vont permettre une extrapolation de la position des instruments chirurgicaux pendant l'opération sur les images préopératoires. Le prototype développé fonctionne de façon tout à fait similaire au système final décrit précédemment. Le prototype servira principalement à tester le produit final et à détecter les failles éventuelles du système. Une analyse des erreurs est réalisée à l'aide de ce dernier afin de déterminer les sources d'erreur les plus importantes. Notre travail se base sur l'hypothèse qu'entre la prise des images préopératoires et la fin de l'intervention chirurgicale, la position du fémur relativement aux grilles de référence n'a pas changé. Une étude des déplacements de l'anatomie du patient a été entamée au cours de notre projet ce qui permettra éventuellement de valider l'hypothèse de départ, ce qui n'a pu être réalisé dans le cadre des présents travaux. Cette hypothèse découle du fait que dans les opérations de la hanche, la jambe du patient est sous traction ce qui limite les mouvements de cette dernière. Notre système de réalité augmenté permettra une réduction du temps opératoire, un recours moins important à la fluoroscopie, une meilleure précision de positionnement des instruments chirurgicaux et l'obtention de montages orthopédiques plus fiables et plus solides, tout cela pour une amélioration des soins apportés aux patients.

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Tran, Viet Dung. "Reconstruction et segmentation d'image 3D de tomographie électronique par approche "problème inverse"." Phd thesis, Université Jean Monnet - Saint-Etienne, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01056695.

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Abstract:

Dans le domaine du raffinage, les mesures morphologiques de particules sont devenues indispensables pour caractériser les supports de catalyseurs. À travers ces paramètres, on peut remonter aux spécificités physico-chimiques des matériaux étudiés. Une des techniques d'acquisition utilisées est la tomographie électronique (ou nanotomographie). Des volumes 3D sont reconstruits à partir de séries de projections sous différents angles obtenues par microscopie électronique en transmission (MET). Cette technique permet d'acquérir une réelle information tridimensionnelle à l'échelle du nanomètre. Les projections sont obtenues en utilisant les possibilités d'inclinaison du porte objet d'un MET. À cause des limitations mécaniques de ce porte objet (proximité avec les lentilles magnétiques et déplacement nanométrique), on ne peut acquérir qu'un nombre assez restreint de projections, celles-ci étant limitées à un intervalle angulaire fixe. D'autre part, l'inclinaison du porte objet est accompagnée d'un déplacement mécanique nanométrique non parfaitement contrôlé. Ces déplacements doivent être corrigés après l'acquisition par un alignement des projections suivant le même axe 3D de rotation. Cette étape est un pré-requis à la reconstruction tomographique. Nous suggérons d'utiliser une méthode de reconstruction tomographique par une approche de type "problème inverse". Cette méthode permet d'aligner des projections et de corriger les lacunes de l'acquisition de l'objet observé en introduisant de façon pertinente des informations a priori. Ces informations sont donc basées à la fois sur la physique de l'acquisition (nature physique des images MET, géométrie et limitation spécifique de l'acquisition des projections, etc...) et sur la nature des objets à reconstruire (nombre et répartition des phases, critères morphologiques de type de connexité, etc...). L'algorithme proposé permet de réaliser la reconstruction nanotomographique avec une grande précision et un temps de calculs réduit considérablement par rapport à la technique classique. Nous avons testé avec succès notre méthode pour les projections réelles de différents supports de catalyseur

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Zendjebil, Imane. "Localisation 3D basée sur une approche de suppléance multi-capteurs pour la Réalité Augmentée Mobile en Milieu Extérieur." Phd thesis, Université d'Evry-Val d'Essonne, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tell-00541366.

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Abstract:

La démocratisation des terminaux mobiles telle que les téléphones cellulaires, les PDAs et les tablettes PC a rendu possible le déploiement de la réalité augmentée dans des environnements en extérieur à grande échelle. Cependant, afin de mettre en oeuvre de tels systèmes, différentes problématiques doivent êtres traitées. Parmi elle, la localisation représente l?une des plus importantes. En effet, l?estimation de la position et de l?orientation (appelée pose) du point de vue (de la caméra ou de l?utilisateur) permet de recaler les objets virtuels sur les parties observées de la scène réelle. Dans nos travaux de thèse, nous présentons un système de localisation original destiné à des environnements à grande échelle qui utilise une approche basée vision sans marqueur pour l?estimation de la pose de la caméra. Cette approche se base sur des points caractéristiques naturels extraits des images. Etant donné que ce type d?approche est sensible aux variations de luminosité, aux occultations et aux mouvements brusques de la caméra, qui sont susceptibles de survenir dans l?environnement extérieur, nous utilisons deux autres types de capteurs afin d?assister le processus de vision. Dans nos travaux, nous voulons démontrer la faisabilité d?un schéma de suppléance dans des environnements extérieurs à large échelle. Le but est de fournir un système palliatif à la vision en cas de défaillance permettant également de réinitialiser le système de vision en cas de besoin. Le système de localisation vise à être autonome et adaptable aux différentes situations rencontrées.

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Marzani, Franck. "Contribution à l'analyse et au suivi du mouvement humain sans marqueur." Dijon, 1998. http://www.theses.fr/1998DIJOS008.

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Abstract:

Le travail présenté dans ce mémoire est l'étude de la faisabilité d'un système d'analyse du mouvement humain, sans pose de marqueurs sur le sujet avant expérience. Le traitement que nous proposons consiste tout d'abord à acquérir une séquence d'images synchronisées par un système multi-cameras calibré. Cette séquence reproduit le mouvement d'un être humain. Le premier traitement appliqué à chacune de ces images est le calcul d'un champ de vecteurs de déplacement apparent. Ceux-ci sont obtenus par une méthode d'estimation de mouvement dans laquelle une transformée de Fourier à fenêtre glissante est utilisée afin de rendre adaptative la contrainte de lissage. Une extraction de lignes de crête est ensuite appliquée aux images de norme du champ de vecteurs de vitesse. L'étape suivante consiste à ajuster un modèle articulé 2D à base de superquadriques pincées sur les lignes de crête par une technique de classification floue. Pour chaque instant d'acquisition, la position du modèle précédant dans les référentiels liés aux cameras permet de reconstruire la position d'un modèle humain articule 3D associé, à base de superquadriques pincées a sections circulaires. Des contraintes spatiales ainsi qu'une phase de prédiction permettent d'assurer une certaine cohérence au modèle 3D. Finalement, la méthodologie est appliquée au mouvement d'une jambe au cours de la marche. Une synthèse des résultats ainsi qu'une discussion sont présentées avant la conclusion.

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Crehange, Gilles. "Evaluation de la spectroscopie du proton par RMN à 3 Tesla sans antenne endorectale chez les patients présentant un cancer de prostate localisé traité par radiothérapie exclusive." Thesis, Dijon, 2011. http://www.theses.fr/2011DIJOS097/document.

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Abstract:

Le cancer de la prostate est la tumeur cancéreuse la plus fréquente chez l'homme. Quand la prostate reste en place et subit un traitement par irradiation, le PSA diminue lentement et progressivement pour atteindre son nadir parfois 18 à 24 mois après la fin de l'irradiation sans hormonothérapie. Avec une hormonothérapie associée, le PSA chute brutalement sans qu'il soit possible de discerner l'impact respectif de l'hormonothérapie et de l'irradiation sur le PSA. La valeur de PSA idéale devant être atteinte après irradiation et le délai d'apparition idéal de ce nadir sont inconnus. Même quand une valeur satisfaisante du nadir du PSA a été atteinte, des fluctuations du PSA au cours du temps sont présents avec un effet « rebond » dans 20 à 40% des cas.La spectroscopie du proton par RMN permet d'évaluer les concentrations de Choline, métabolite dont la concentration est souvent augmentée en cas de processus tumoral, et les concentrations de Citrate. La synthèse et l'oxydation du Citrate sont des éléments déterminants du métabolisme normal, des capacités fonctionnelles, de croissance, de reproduction et de survie des cellules prostatiques. L'objectif de notre travail était d'évaluer la faisabilité de la spectroscopie 3D du proton par RMN sur l'ensemble de la glande prostatique à 3T sans antenne endorectale chez des patients présentant un cancer de prostate localisé traité par une irradiation, avec ou sans hormonothérapie. Dans un premier temps, nous avons établi une classification des spectres en 5 classes (bénin à malin), à partir d'un groupe témoin de patients traités par prostatectomie radicale. Cette classification nous a permis de mettre en évidence une forte corrélation entre la présence de spectres pathologiques, le volume tumoral métabolique établit à partir de la classification prédéfinie et les facteurs pronostiques validés du cancer de la prostate qui sont utilisés dans la pratique clinique. Parallèlement, un protocole prospectif de recherche clinique visant à Evaluer la Réponse après une Irradiation par Spectroscopie (ERIS) a été mis en place pour surveiller les patients irradiés, avec ou sans hormonothérapie, par la réalisation répétée d'une IRM multiparamétrique pendant 2 ans. Des résultats préliminaires nous ont permis d'observer une corrélation entre la valeur de Choline sécrétée par la prostate en totalité et la valeur du PSA obtenue un an après irradiation. Avec plus de recul, nous avons observé une forte corrélation entre la valeur du PSA à 1 an et les valeurs de Choline et de Citrate sécrétés par la prostate, 3 mois après la fin d'une irradiation, alors que l'ADC en IRM de diffusion et la valeur de la pente reflétant la prise de contraste mesurée sur une IRM de perfusion dynamique n'étaient pas corrélés au PSA.L'ensemble de ces résultats confirme que la concentration de Choline évaluée à 3 mois parait plus pertinente que la valeur du PSA pour prédire précocement la réponse thérapeutique. La diminution du métabolisme du Citrate pourrait être un nouveau biomarqueur de la radiosensibilité individuelle des patients présentant un cancer de prostate localisé traité par irradiation
Prostate cancer is the most frequent tumour affecting the male population. When the prostate is not removed and is treated with radiation therapy, PSA slowly decreases over time to reach its nadir, even sometimes 18 to 24 months after the completion of radiation therapy without combined androgen suppression therapy. When combined with hormones, PSA falls abruptely with no possibility to perceive the impact of either hormones or radiation effects on PSA.The optimal value of PSA that should be reached after radiation therapy (nadir) and time to this nadir are still unclear.Even when a satisfactory value of the PSA nadir is reached, on-going variations of the PSA and its “bounce” effects, which occurs in 20% to 40% of the cases.Proton magnetic resonance spectroscopy allows one to assess the relative concentration of Choline and Citrate. Choline is a metabolite of whose concentration is often increased in the presence of a tumour, whereas the synthesis and the oxidation of Citrate are two decisive elements of the normal metabolism, functional abilities, growth, reproduction and survival of prostatic cells. This MR technique can be performed in combination with diffusion-weighted MRI and DCE-MRI (multiparametric MRI).The goal of our study was to evaluate the feasibility of a 3D CSI proton MR spectroscopy of the entire prostate gland at 3.0 Tesla without an endorectal coil among patients with a localised prostate cancer treated with radiation therapy, with or without hormones. We first have classified spectra in a 5-point scale (from benign : class I, to malign : class V) based on a control group with radical prostatectomy as the standard of reference. This classification enabled us to establish a strong correlation between malignant spectra or the metabolic tumor volume and clinically validated prognostic factors.In parallel, a prospective clinical trial of which the aim is to Evaluate the Response to Irradiation with proton MR Spectroscopy (ERIS trial) has been set up to follow patients with serial multiparametric MRI over 2 years after radiation therapy. Sextant-biopsies of the prostate were performed at 6 months and 12 months. Preliminary results after one year of follow-up showed a correlation between the Choline value measured in the whole prostate and the PSA value reached one year after radiation therapy. With a longer follow-up, we have performed a new analysis to evaluate the benefit of multiparametric MRI and the place of each sequence to evaluate the radiation response. We found a strong correlation between the PSA value observed at 1 year and the Choline and Citrate values measured as early as 3 months after the completion of radiotherapy, whereas ADC value from diffusion-weighted MRI and the slope of the contrast uptake from DCE-MRI, were not correlated with PSA. All our results confirm that the Choline concentration seems to be a more relevant biomarker to predict an early radiation response. The decrease of the Citrate metabolism could become a new biomarker of individual radiosensitivity among patients with a localized prostate cancer

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Rancourt, Caroline. "Validation de marqueurs génétiques de la prééclampsie." Thesis, Université Laval, 2006. http://www.theses.ulaval.ca/2006/23335/23335.pdf.

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Abstract:

La prééclampsie, une complication obstétricale fréquente, est la première cause de mortalité maternelle au Canada. La grossesse génère un état hypercoagulable physiologique, état exagéré chez les femmes prééclamptiques, conduisant parfois à des complications thrombotiques. Nous avons tenté de répliquer des associations publiées entre des polymorphismes des gènes des facteurs de coagulation II, V et VII et la prééclampsie dans un important échantillon de femmes nullipares canadiennes-françaises (307 appariées à deux témoins normotensifs pour l’IMC et l’âge maternel). Les génotypes ont été déterminés par PCR-ASO suivie d’une détection fluorimétrique. La puissance était de 80 % (α = 0,05) de détecter ces associations si, contrairement aux résultats, les fréquences alléliques avaient été différentes de plus de 3 % entre les cas et les témoins. L’équilibre de Hardy-Weinberg était respecté pour chacun des polymorphismes. Nos résultats ne supportent donc pas de rôle pour ces polymorphismes dans la physiopathologie de la prééclampsie chez les Canadiennes Françaises.
Preeclampsia, a common pregnancy complication, is the leading cause of maternal death in Canada. Normal pregnancy is associated with a physiologic increase in coagulation activities. In preeclamptic women, this change is further exaggerated and may lead to thrombotic complications. We attempted to validate published associations with SNPs in genes for coagulation factors II, V and VII in a large sample of French-Canadian pregnant nulliparous women (307 cases were matched with two controls for BMI and maternal age). All genotypes were obtained by a PCR-ASO method combined to a fluorimetric detection. Power was 80 % (α = 0,05) to detect association if differences between rare allele frequencies had been superior to 3 % between groups. We observed no such difference. Genotypes distribution followed Hardy-Weinberg equilibrium for all SNPs studied. Thus, our results do not support a role for those SNPs in the pathophysiology of preeclampsia in the French Canadian population.

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Garcia, del Rio Diego Fernando. "Studying protein complexes for assessing the function of ghost proteins (Ghost in the Cell)." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2023. https://pepite-depot.univ-lille.fr/ToutIDP/EDBSL/2023/2023ULILS115.pdf.

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Abstract:

Le cancer de l'ovaire (OvCa) est le cancer le plus mortel parmi les cancers féminins. Il est souvent diagnostiqué tardivement ou mal diagnostiqué, ce qui le rend difficile à traiter. Les options de traitement incluent la chirurgie ou la chimiothérapie, toutefois la résistance à la chimiothérapie est un problème majeur. Il est donc urgent de trouver de nouvelles cibles et de développer de nouvelles stratégies pour surmonter cette résistance.Dans ce contexte le protéome fantôme est une source potentiellement riche de biomarqueurs. Le protéome fantôme, ou protéome alternatif, est composé de protéines traduites à partir de cadres de lecture ouverts alternatifs (AltORFs). Ces AltORFs proviennent de différents codons START issus de différente région de l'ARNm, tels qu'un décalage de cadre de lecture (+1, +2) dans la séquence codante de l'ADN (CDS), dans le 5'-UTR, 3'-UTR et éventuellement de la traduction d'ARN non codants (ncRNA).Les études sur les protéines alternatives (AltProts) sont souvent complexes et nécessite des études biomoléculaires coûteuses. Cependant, leurs fonctions peuvent être déduites en identifiant leurs partenaires d'interaction, la détection des interactions protéine-protéine (PPI) entre AltProts et protéines de référence (RefProts) peut aider à identifier leur fonction. La stratégie de pontage chimique (crosslink) combiné à la spectrométrie de masse (XL-MS) est un outil approprié à cet objectif. De plus, les outils bioinformatiques qui relient les informations fonctionnelles des RefProt et les analyses d'ontologie génique (GO) permettent la visualisation des voies de signalisation et le regroupement des RefProts en fonction de leur processus biologique, de leur fonction moléculaire ou de leur localisation cellulaire, et ainsi y placer certaine AltProt.Dans ce travail, nous avons développé une méthodologie combinant XL-MS et le fractionnement subcellulaire. L'étape de fractionnement subcellulaire nous a permis de réduire la complexité des échantillons analysés par chromatographie liquide et spectrométrie de masse (LC-HRMS/MS). Pour évaluer la validité des interactions, nous avons réalisé une modélisation moléculaire des structures 3D des AltProts, suivie d'une prédiction informatique de l'interaction et de mesure des distances de pontages identifiés expérimentalement. L'analyse a révélé des rôles d'AltProts dans les fonctions et les processus biologiques tel que la réparation de l'ADN ou encore la présentation d'antigène.La protéogénomique a été utilisée pour générer des bases de données protéiques personnalisées à partir des données de séquençage ARN afin d'étudier les protéomes de deux lignées cellulaires de cancer de l'ovaire (PEO-4 et SKOV-3) en comparaison avec une lignée cellulaire ovarienne normale (T1074). L'expression différentielle de plusieurs protéines a ainsi été identifiée entre les lignées cellulaires cancéreuses et normales, avec une association aux voies de signalisation connues pour le cancer. Des PPI ont également été identifiées dans les lignées cellulaires cancéreuses en utilisant la méthodologie XL-MS.Ce travail met en évidence le potentiel de l'approche protéogénomique pour découvrir de nouveaux aspects de la biologie du cancer de l'ovaire. Il nous permet d'identifier des protéines et des variants auparavant inconnus qui peuvent avoir une signification fonctionnelle. L'utilisation de bases de données protéiques personnalisées et de l'approche de réticulation a mis en lumière le "protéome fantôme", une vision du protéome restée inexplorée jusqu'à présent
Ovarian cancer (OvCa) has the highest mortality rate among female reproductive cancers worldwide. OvCa is often referred to as a stealth killer because it is commonly diagnosed late or misdiagnosed. Once diagnosed, OvCa treatment options include surgery or chemotherapy. However, chemotherapy resistance is a significant obstacle. Therefore, there is an urgent need to identify new targets and develop novel therapeutic strategies to overcome therapy resistance.In this context the ghost proteome is a potentially rich source of biomarkers. The ghost proteome, also known as the alternative proteome, consists of proteins translated from alternative open reading frames (AltORFs). These AltORFs originate from different start codons within mRNA molecules, such as the coding DNA sequence (CDS) in frameshifts (+1, +2), the 5'-UTR, 3'-UTR, and possible translation products from non-coding RNAs (ncRNA).Studies on alternative proteins (AltProts) are often limited due to their case-by-case occurrence and complexity. Obtaining functional protein information for AltProts requires complex and costly biomolecular studies. However, their functions can be inferred by profiling their interaction partners, known as "guilty by association" approaches. Indeed, assessing AltProts' protein-protein interactions (PPIs) with reference proteins (RefProts) can help identify their function and set them as research targets. Since there is a lack of antibodies against AltProts, crosslinking mass spectrometry (XL-MS) is an appropriate tool for this task. Additionally, bioinformatic tools that link protein functional information through networks and gene ontology (GO) analysis are also powerful. These tools enable the visualization of signaling pathways and the grouping of RefProts based on their biological process, molecular function, or cellular localization, thus enhancing our understanding of cellular mechanisms.In this work, we developed a methodology that combines XL-MS and subcellular fractionation. The key step of subcellular fractionation allowed us to reduce the complexity of the samples analyzed by liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS). To assess the validity of crosslinked interactions, we performed molecular modeling of the 3D structures of the AltProts, followed by docking studies and measurement of the corresponding crosslink distances. Network analysis indicated potential roles for AltProts in biological functions and processes. The advantages of this workflow include non-targeted AltProt identification and subcellular identification.Additionally, a proteogenomic analysis was performed to investigate the proteomes of two ovarian cancer cell lines (PEO-4 and SKOV-3 cells) in comparison to a normal ovarian epithelial cell line (T1074 cell). Using RNA-seq data, customized protein databases for each cell line were generated. Differential expression of several proteins, including AltProts, was identified between the cancer and normal cell lines. The expression of some RefProts and their transcripts were associated with cancer-related pathways. Moreover, the XL-MS methodology described above was used to identify PPIs in the cancerous cell lines.This work highlights the significant potential of proteogenomics in uncovering new aspects of ovarian cancer biology. It enables us to identify previously unknown proteins and variants that may have functional significance. The use of customized protein databases and the crosslinking approach have shed light on the "ghost proteome," an area that has remained unexplored until now

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Muller, Leslie. "Développements de méthodes de préparation d’échantillons pour l’analyse protéomique quantitative : application à la recherche de biomarqueurs de pathologies." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAF067/document.

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Abstract:

Les stratégies de protéomique quantitative sans marquage sont très attractives dans le domaine de la recherche de biomarqueurs de pathologies. Cependant, elles requièrent une pleine maîtrise du schéma analytique et de sa répétabilité. Plus particulièrement, la préparation d’échantillons nécessite d’être suffisamment répétable pour ne pas impacter la qualité et la fiabilité des résultats. Les objectifs de cette thèse étaient de développer et d’optimiser des méthodes analytiques pour la protéomique quantitative, en particulier pour l’étape de préparation d’échantillons. Ainsi, un protocole innovant, simple, rapide et permettant l’analyse quantitative sans marquage d’un grand nombre d’échantillons avec une haute répétabilité a été développé et optimisé : le « Tube-Gel ». Par ailleurs, des préparations d’échantillons adaptées à différentes matrices biologiques pour la recherche de biomarqueurs ont été élaborées. Les méthodes mises au point et leur application ont permis de proposer des candidats biomarqueurs pour plusieurs pathologies : le glioblastome, les lymphomes B diffus à grandes cellules, et les complications survenant sur les greffons rénaux
Label-free quantitative proteomics strategies are very attractive for diseases biomarkers researches. These approaches require the full control and the repeatability of the analytical workflow. In particular, the sample preparation has to be repeatable enough to ensure the quality and reliability of the results. Objectives of this work were to optimize and develop analytical methods for quantitative proteomics, with a special focus on the sample preparation step. Thus, an innovative, easy and fast protocol allowing the analysis of high sample numbers with high repeatability was developed and further optimized: the “Tube-Gel” protocol. Besides,sample preparations adapted to a variety of biological matrices were developed for the search of biomarkers. The developed methods and their application allowed the identification of potential biomarkers for a variety of diseases: glioblastoma, diffuse large B-cell lymphomas and renal transplants failures

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Begueret, Hugues. "Mise au point et application d'un test de détection de cellules exprimant des marqueurs neuroendocrines dans le sang de 36 patients atteints de carcinomes neuroendocrines pulmonaires." Bordeaux 2, 1999. http://www.theses.fr/1999BOR23059.

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Gohard, Philippe-Antoine. "De la réalité augmentée sans marqueur pour l'aménagement d'intérieur à la réalité diminuée sur plateforme mobile." Thesis, Toulouse 3, 2018. http://www.theses.fr/2018TOU30344.

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Abstract:

La réalité augmentée en vision désigne les systèmes rendant possibles l'incrustation d'objets virtuels dans une séquence d'images en temps réel. Les applications de cette technologie sont multiples et touchent de plus en plus de domaines, mais la diffusion massive des téléphones mobiles équipés d'une caméra ont permis le déploiement de premiers services grand public exploitant la réalité augmentée. Le contexte de cette thèse concerne l'utilisation de cette technique sur plateforme mobile pour assister un usager à décorer un environnement d'intérieur, notamment en rajoutant des meubles virtuels dans les images. La réalité augmentée suppose la localisation de la caméra ainsi qu'une reconstruction partielle de la scène observée afin de pouvoir disposer le meuble de manière physiquement cohérente avec l'environnement : nos contributions portent d'une part sur l'odométrie optique pour une caméra à obturateur déroulant, et d'autre part sur des méthodes simples de reconstruction 3D adaptées à des environnements intérieurs
Augmented reality in computer vision means the systems allowing inlay/incrustation of virtual objects inside a sequence of images in real time. Applications of this technology are multiple and affect more and more field, but the massive spread of mobile phone equipped with camera allowed the deployment of first public services exploiting Augmented Reality. The context of this thesis frames the use of these systems on mobile phone for the fitting of virtual furniture in an indoor environment. Augmented reality involves the location of the camera as well as a partial reconstruction of the observed scene in order to be able to arrange the piece of furniture in a manner that is physically consistent with the environment : our contributions concern first visual odometry for a rolling shutter camera, then simple methods for the 3D reconstruction of indoor environments

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Michoud, Brice. "Reconstruction 3D à partir de séquences vidéo pour l'acquisition du mouvement de personnages en temps réel et sans marqueur." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00603786.

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Abstract:

Nous nous intéressons à l'acquisition automatique de mouvements 3D de personnes. Cette opération doit être réalisée sans un équipement spécialisé (marqueurs ou habillage spécifique), pour rendre son utilisation générale, sous la contrainte du temps réel. Pour répondre à ces questions, nous sommes amenés à traiter de la reconstruction et l'analyse de la forme 3D. Concernant le problème de reconstruction 3D en temps réel d'entités en mouvement à partir de plusieurs vues, les approches existantes font souvent appel à des calculs complexes incompatibles avec la contrainte du temps réel. Les approches du type SFS offrent un compromis intéressant entre efficacité algorithmique et précision. Ces dernières utilisent les silhouettes issues de chaque caméra pour proposer un volume englobant des objets. Cependant elles nécessitent un environnement particulièrement contraint, dont le placement minutieux des caméras. Les travaux présentés dans ce manuscrit généralisent l'utilisation des approches SFS à des environnements peu contrôlés. L'acquisition du mouvement revient à déterminer les paramètres offrant la meilleure corrélation entre le modèle et la reconstruction 3D. Notre objectif étant le suivi temps réel, nous proposons des méthodes qui offrent la précision requise et le temps réel. Couplé à un suivi temporel par filtre de Kalman, à un recalage d'objets géométriques simples (ellipsoïdes, sphères, etc.), nous proposons un système temps réel, offrant une erreur de l'ordre de 6%.De par sa robustesse, il permet le suivi simultané de plusieurs personnes, même lors de contacts. Les résultats obtenus ouvrent des perspectives à un transfert vers des applications grand public

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Michoud, Brice. "Reconstruction 3D à partir de séquences vidéo pour l’acquisition du mouvement de personnages en temps réel et sans marqueur." Thesis, Lyon 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LYO10156/document.

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Abstract:

Nous nous intéressons à l'acquisition automatique de mouvements 3D de personnes. Cette opération doit être réalisée sans un équipement spécialisé (marqueurs ou habillage spécifique), pour rendre son utilisation générale, sous la contrainte du temps réel. Pour répondre à ces questions, nous sommes amenés à traiter de la reconstruction et l'analyse de la forme 3D. Concernant le problème de reconstruction 3D en temps réel d'entités en mouvement à partir de plusieurs vues, les approches existantes font souvent appel à des calculs complexes incompatibles avec la contrainte du temps réel. Les approches du type SFS offrent un compromis intéressant entre efficacité algorithmique et précision. Ces dernières utilisent les silhouettes issues de chaque caméra pour proposer un volume englobant des objets. Cependant elles nécessitent un environnement particulièrement contraint, dont le placement minutieux des caméras. Les travaux présentés dans ce manuscrit généralisent l'utilisation des approches SFS à des environnements peu contrôlés. L'acquisition du mouvement revient à déterminer les paramètres offrant la meilleure corrélation entre le modèle et la reconstruction 3D. Notre objectif étant le suivi temps réel, nous proposons des méthodes qui offrent la précision requise et le temps réel. Couplé à un suivi temporel par filtre de Kalman, à un recalage d'objets géométriques simples (ellipsoïdes, sphères, etc.), nous proposons un système temps réel, offrant une erreur de l'ordre de 6%.De par sa robustesse, il permet le suivi simultané de plusieurs personnes, même lors de contacts. Les résultats obtenus ouvrent des perspectives à un transfert vers des applications grand public
We aim at automatically capturing 3D motion of persons without markers. To make it flexible, and to consider interactive applications, we address real-time solution, without specialized instrumentation. Real-time body estimation and shape analyze lead to home motion capture application. We begin by addressing the problem of 3D real-time reconstruction of moving objects from multiple views. Existing approaches often involve complex computation methods, making them incompatible with real-time constraints. Shape-From-Silhouette (SFS) approaches provide interesting compromise between algorithm efficiency and accuracy. They estimate 3D objects from their silhouettes in each camera. However they require constrained environments and cameras placement. The works presented in this document generalize the use of SFS approaches to uncontrolled environments. The main methods of marker-less motion capture, are based on parametric modeling of the human body. The acquisition of movement goal is to determine the parameters that provide the best correlation between the model and the 3D reconstruction.The following approaches, more robust, use natural markings of the body extremities: the skin. Coupled with a temporal Kalman filter, a registration of simple geometric objects, or an ellipsoids' decomposition, we have proposed two real-time approaches, providing a mean error of 6%. Thanks to the approach robustness, it allows the simultaneous monitoring of several people even in contacts. The results obtained open up prospects for a transfer to home applications

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Martinez, Xavier. "Tracking sans marqueur de modèles physiques modulaires et articulés : vers une interface tangible pour la manipulation de simulations moléculaires." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS231/document.

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Abstract:

Les modèles physiques moléculaires sont depuis longtemps utilisés dans le domaine de la biologie structurale et de la chimie. Malgré l’apparition de représentations numériques qui offrent une grande variété de visualisations moléculaires dynamiques et permettent notamment d’analyser visuellement les résultats de simulations, les modèles physiques moléculaires sont encore fréquemment utilisés. En effet, la manipulation directe et la construction manuelle de modèles physiques moléculaires facilitent l’élaboration et la mémorisation d’une représentation mentale des structures moléculaires 3D. Les techniques d’interaction avec des objets 3D n’atteignent pas encore la finesse et la richesse de perception et de manipulation des modèles physiques. Par ailleurs, l’interaction avec des représentations moléculaires virtuelles est rendue particulièrement difficile car les structures moléculaires sont très complexes du fait de leur taille, de leur caractère tridimensionnel et de leur flexibilité, auquel s'ajoutent la quantité et la variété des informations qui les caractérisent. Pour aborder la problématique de l'interaction avec ces structures moléculaires, nous proposons dans cette thèse de concevoir une interface tangible moléculaire combinant les avantages des représentations physiques et virtuelles. Pour réaliser une interface tangible flexible et modulaire, à l’image des biomolécules à manipuler, ce travail de thèse a dû relever plusieurs défis scientifiques avec pour contrainte majeure le fait de proposer une approche se passant de marqueurs et dispositif de capture 3D complexe. La première étape fut de choisir, concevoir et fabriquer un modèle physique permettant la manipulation de molécules avec de nombreux degrés de libertés. La seconde étape consistait à créer un modèle numérique permettant de reproduire le comportement mécanique du modèle physique. Enfin, il a fallu concevoir des méthodes de recalage utilisant des techniques de traitement d'image en temps réel pour que le modèle physique puisse contrôler, par couplage, son avatar virtuel. En terme de traitement d’image, de nouvelles méthodes ont été conçues implémentées et évaluées afin d'une part, d’identifier et de suivre les atomes dans l’espace image et d'autre part, d'alimenter la méthode de reconstruction 3D avec un faible nombre de points. L'une de nos contributions a été d'adapter la méthode de Structure from Motion en incluant des connaissances biochimiques pour guider la reconstruction. Par ailleurs, la visualisation conjointe de modèles physiques de molécules et de leur avatar virtuel dynamique, parfois co-localisé dans un contexte de réalité augmentée, a été abordée. Pour cela, des méthodes de visualisation haute performance adaptées à ce contexte ont été conçues afin d’améliorer la perception des formes et cavités, caractéristiques importantes des molécules biologiques. Par exemple, l’occultation ambiante ou le raycasting de sphères avec des ombres portées dynamiques permettent d’augmenter un modèle physique en tenant compte de l’illumination réelle pour une meilleure intégration en réalité augmentée. Les retombées de ce travail en terme d’usage sont nombreuses dans le domaine de la recherche et de la pédagogie en biologie moléculaire, comme dans le domaine de la conception de médicaments et plus particulièrement du Rational Drug Design. L'expert doit être au centre de la tâche de conception de médicament pour la rendre plus efficace et rationnelle, à l’image du succès du jeu sérieux Fold’It, auquel s’ajoute le bénéfice de l’utilisation d’interface tangible capable de manipuler les nombreux degrés de liberté intrinsèques des biomolécules
Physical molecular models have long been used in the structural biology and chemistry fields. Despite the emergence of numerical representations offering various and dynamic molecular visualizations to analyze the simulation results, molecular physical models are still being used. Direct manipulation and assembly of physical models ease to create and memorize a mental representation of 3D molecular structures. Interaction techniques to manipulate virtual 3D objects are not reaching the fineness and the benefits of the perceptual cues and manipulation skills of physical models. Moreover, interacting with virtual molecular representations remains a hard task because of the complexity of molecular structures, their size, their flexibility and the various data that define them. In this thesis, we address this issue by designing a molecular tangible interface combining the perks of physical and virtual representations. To match the flexibility and modularity of biomolecules to manipulate, this work met challenges in different scientific fields with the constraint to not use a tracker based system. The first step was to choose, conceive and build a physical model to handle the manifold degrees of freedom of molecules. The second step consisted in creating a numerical representation of mechanical properties of the physical model. Lastly, we needed to develop tracking methods using real-time image processing algorithms in order to control the virtual representation by coupling it to the physical one. New image processing methods have been implemented and evaluated to identify and track atoms in the image space. A Structure from Motion method was designed and adapted to reconstruct in 3D the atom positions by using a small amount of points and by including biochemical knowledge to guide the reconstruction. At last, we address the visualization of physical and dynamic virtual representations, sometimes co-localized in an Augmented Reality context. High performance visualization methods adapted to this context have been developed to enhance shape and cavity perception, two major specifics of biological molecules. For instance, ambient occlusion or sphere raycasting with dynamic shadows can augment a physical object taking the real illumination of the scene for a better insertion in an Augmented Reality context. The impact of this work targets both the education in molecular biology and the research field: the rational drug design field could benefit from the expertise of the user to optimize the design of drugs by manipulating biomolecule's numerous degrees of freedom using a tangible interface. Just like Fold'It is contributing to solve the folding problem, a similar approach could be used to solve the molecular docking problem using advanced manipulation interfaces

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Marcoux, Geneviève. "Étude du potentiel inflammatoire et immunitaire des vésicules extracellulaires dérivées des plaquettes." Doctoral thesis, Université Laval, 2021. http://hdl.handle.net/20.500.11794/69305.

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Abstract:

Les plaquettes sont très abondantes dans le sang où elles ont un rôle dans l'hémostase, l’inflammation et l’immunité. Activées, elles vont subir un changement de conformation qui permet la libération de nombreuses molécules effectrices ainsi que la production de vésicules extracellulaires (EV). Les EV sont formées par le bourgeonnement de la plaquette et emportent une partie de son contenu, incluant des acides nucléiques, des protéines de surface et des organelles. Hétérogène, le contenu diversifié des EV de plaquettes suggère qu’elles peuvent exercer de nombreuses fonctions. Dans le cadre de cette thèse, nous nous sommes d’abord intéressés à l’utilisation de l’algorithme SPADE couplé à la cytométrie en flux pour améliorer la détection d’EV et mieux apprécier leur hétérogénéité dans des concentrés plaquettaires (PC) servant à la transfusion. Nous avons aussi évalué l’utilisation de cette approche pour le développement de biomarqueurs dans le cadre de l’analyse d’EV dans le liquide synovial de patients arthritiques. Cette étude a révélé que l’utilisation d’algorithmes couplés à la cytométrie en flux tels que SPADE pourrait faciliter la compréhension des fonctions des EV et le développement de leur étude comme biomarqueurs. Nous nous sommes ensuite intéressés à une première sous-catégorie d’EV de plaquettes, celles qui contiennent des mitochondries (mito+EV). Nous avons émis l'hypothèse que ces mito+EV représentent un réservoir d'ADN mitochondrial, signal de danger (motifs moléculaires associés aux dommages, DAMP) reconnu et présent dans de nombreuses conditions inflammatoires, et qu’elles pourraient être impliquées dans les réactions transfusionnelles. Nous avons observé que les mito+EV étaient plus abondantes dans les PC impliqués dans des réactions transfusionnelles et qu’elles corrèlent significativement avec l’ADN mitochondrial. Comme la majorité de l’ADN mitochondrial est encapsulée dans des EV, cette étude suggère que les EV peuvent être un biomarqueur utile pour la prédiction du risque potentiel de réactions transfusionnelles, bien que des investigations soient iii nécessaires pour déterminer s'il existe un rôle pathogène causal du DAMP mitochondrial encapsulé dans les EV par opposition à l'ADN mitochondrial en solution. Nous nous sommes enfin intéressés à une seconde sous-catégorie d’EV de plaquettes, celles qui contiennent du protéasome. Les plaquettes contiennent un protéasome actif et présentent des antigènes par l'intermédiaire du complexe majeur d’histocompatibilité de classe I (CMH I) ce qui leur confère une fonction dans l’immunité adaptative. Étant donné qu’il n’a jamais été examiné si le protéasome est également transféré dans les EV de plaquettes auparavant, nous avons émis l'hypothèse qu'une machinerie fonctionnelle pour l'apprêtement et la présentation de l'antigène est transférée aux EV de plaquettes. En utilisant une combinaison d'analyses moléculaires et fonctionnelles, nous avons montré la présence d'un protéasome 20S actif dans diverses conditions où les plaquettes sont activées, ainsi que du CMH I et des molécules de coactivation des lymphocytes. L’incubation d’EV de plaquettes avec l’ovalbumine (OVA) a mis en évidence, par l'activation et la prolifération des lymphocytes T CD8+ spécifiques de l'antigène OVA, qu’elles peuvent apprêter et présenter efficacement l’antigène. Ces résultats suggèrent que les EV de plaquettes contribuent à l'immunité adaptative. Dans l’ensemble, nous avons montré que les EV de plaquettes ont un rôle dans l’inflammation et l’immunité avec leur contenu en mitochondries et en protéasome. Elles sont hétérogènes et peuvent être utilisées comme biomarqueurs dans différents contextes.
Platelets are very abundant in the blood where they play a role in hemostasis, inflammation and immunity. Activated, platelets will undergo a change of conformation which allows the release of numerous effector molecules as well as the production of extracellular vesicles (EVs). EVs are formed by the budding of the platelet and bring some of its contents, including nucleic acids, surface proteins and organelles. Heterogeneous, the diverse content of platelet EVs suggests that they can perform many functions. As part of this thesis, we first looked at the use of the SPADE algorithm coupled with flow cytometry to improve the detection of EVs and allow a better appreciation of their heterogeneity in platelet concentrates (PC) used for transfusion. We also evaluated the use of this approach for the development of biomarkers in the analysis of EVs in the synovial fluid of arthritis patients. This study revealed that the use of algorithms such as SPADE coupled with flow cytometry could facilitate the understanding of the functions of EVs and the development of their studies as biomarkers. We then looked at a first subcategory of platelet EV, those that contain mitochondria (mito+EVs). We hypothesized that these mito+EVs represent a reservoir of mitochondrial DNA, a damage-associated molecular pattern (DAMP) recognized and present in many inflammatory conditions, and that they could be involved in transfusion reactions. We observed that mito+EVs were more abundant in PCs involved in transfusion reactions and that they correlate significantly with mitochondrial DNA. As the majority of mitochondrial DNA is encapsulated in EVs, this study suggests that EVs may be a useful biomarker for predicting the potential risk of transfusion reactions, although further investigation is needed to determine if there is a pathogenic role of mitochondrial DAMP encapsulated in EVs as opposed to mitochondrial DNA in solution. We finally focused on a second subcategory of platelet EVs, those that contain proteasome. Platelets contain an active proteasome and present antigens through the major histocompatibility complex I (MHC I), which gives them an important function in adaptive immunity. Whether the proteasome is also transferred into the v platelet EVs has never been examined. We hypothesized that a functioning machinery for the processing and presentation of the antigen is transferred to the platelet EVs. Using a combination of molecular and functional assays, we have demonstrated the presence of an active 20 S proteasome under various conditions where platelets are activated, as well as MHC I and lymphocyte coactivation molecules. Demonstrated by activation and proliferation of ovalbumin (OVA) antigen specific CD8 + T lymphocytes, EVs from platelets incubated with OVA can efficiently prepare and present antigen. These results suggest that platelet EVs contribute to adaptive immunity. Overall, we have shown that platelet EVs have a role in inflammation and immunity with their mitochondria and proteasome content. They are heterogeneous and can be used as biomarkers in different contexts.

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Zhang, Qian. "Etude des corrélations entre les marqueurs de l'hôte et les marqueurs virologiques du virus de l'hépatite B en fonction de la réponse aux traitements par interféron." Paris 7, 2014. http://www.theses.fr/2014PA077006.

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Abstract:

Avec 350 millions de porteurs chroniques dans le monde, le virus de l'hépatite B (VHB) est un problème majeur de santé publique. L'évolution de l'infection peut conduire au développement d'une cirrhose et/ou d'un carcinome hépatocellulaire. L'ensemble de mes travaux de thèse a pour but d'étudier la corrélation entre la réponse au traitement, les marqueurs de l'hôte et ceux du virus chez des patients atteints d'hépatite chronique B (CHB). Dans un premier temps, nous avons étudié l'impact du polymorphisme rs12979860 de l'IFNL3 sur la réponse à l'IFN standard chez 97 patients atteints de CHB, AgHBe-positif. Aucune association n'a été observée entre le génotype de l'IFNL3 (rs12979860) et la réponse au traitement par IFN. Dans un deuxième temps, mes travaux ont porté sur la variabilité génomique de l'AgHBs chez les patients CHB, traités par IFN-pégylé plus Ténofovir. 12, 5% des patients traités (n=40) ont une perte de l'Ag HBs. L'analyse des quasi-espèces virales a montré qu'il y avait une variabilité génomique dans le gène S chez les non-répondeurs. Ces mutations sont localisées au niveau de la RHM et plus spécifiquement dans le déterminant « a ». L'analyse, in vitro, a montré que la présence des mutations dans le déterminant «a » est associée à une plus faible production de l'AgHBs mais à une réplication virale équivalente au virus sauvage. En conclusion, mes travaux de thèses ont permis de mieux comprendre le rôle de l'IFNL3 et de l'AgHBs, dans les mécanismes de réponse au traitement. Ces recherches ont pour but d'optimiser l'utilisation de ces marqueurs, dans la pratique, clinique afin d'améliorer la prise en charge des patients CHB
Hepatitis B virus (HBV) chronic infection remains a serious global public health problem with 350 million people infected. The major aim of my thesis is to study the association between the response to treatment of interferon (IFN) and host and virolgic markers in patients with chronic hepatitis B (CHB). In the first part of our work, we have assessed the impact of IFNL3 polymorphism (rs12979860) on response to IFN in 97 patients with HBeAg positive CHB. No significant relationship was observed between IFNL3 and response to IFN therapy. The second part of our work forked on indentifying the S gene variability of patients at baseline of Pegylated interferon (PegIFN) plus tenofoviron (TDF) combination therapy in order to determine the role of HBsAg variants on response to treatment. A SVR was observed in 22% of patients and HBsAg loss in 12% patients. N-SVR patients showed more variability along the S protein. The Accumulation of residue substitutions in and around the "a" determinant at baseline should be a sensitive predictor of response to combination of PegIFN and TDF therapy in CHB patients. In vitro analysis showed less HBsAg secretion in N-SVR group accompanying with similar viral replication to wild type HBV. In conclusion, my thesis work led to a better understanding of the role of IFNL3 and HBsAg in the mechanism of response to IFN treatment. These researches aimed to optimize the use of these markers to improve the clinical management of CHB patients

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Anzai, Yuki. "Quelques considérations sur l'ajustement intersubjectif et informationnel dans les dialogues spontanés : A travers l'analyse de deux marqueurs "tu vois", "tu sais" en français et de quelques marqueurs correspondants en japonais." Paris 3, 2008. http://www.theses.fr/2008PA030162.

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Abstract:

Cette thèse repose sur le cumul de trois secteurs de recherche : l’analyse de l’oral, l’opération d’ajustement intersubjectif et la comparaison de ses modes et de ses modalités entre le français et le japonais. À travers ces trois plans d’étude, et en analysant des extraits de dialogues spontanés, nous cherchons à déterminer comment les énonciateurs ajustent la relation informationnelle, d’une part vis-à-vis de la réflexion qu’ils ont sur la pertinence de leurs énoncés (dimension métadiscursive), d’autre part vis-à-vis du niveau de compréhension qu’ils attribuent à leur co-énonciateur (dimension intersubjective). Cette opération sert à la co-construction d’un dialogue en rattachant leurs paroles à la suite des productions du partenaire, parfois en intervenant l’un sur l’autre. Nous examinons cette opération entre les deux énonciateurs par le biais des types d’occurrences des deux marqueurs français tu vois et tu sais et des marqueurs correspondants en japonais aux niveaux morphosyntaxiques et intonatifs. Enfin, des situations interactives et des phénomènes linguistiques dans l’entourage de ces marqueurs, on peut déduire que les éléments qui sont occurrents avec les marqueurs apportent les ajustements nécessaires à la communication. Ainsi ces marqueurs sont là pour « signaler » au co-énonciateur la nécessité de procéder à une opération d’ajustement, ou bien pour que l’énonciateur « annonce » au co-énonciateur qu’il est en train d’ajuster la relation informationnelle
This thesis rests on the combination of three main areas of research : the analysis of the oral, the operation of intersubjective adjustment and the comparison of modes and modalities of this operation in French and Japanese. Through these three study plans, and by analysing extracts of spontaneous dialogue, we try to determine how utterers adjust the informational relation, on the one hand as regards their reflections on the relevance of their utterances (metadiscourse dimension), on the other as regards the level of understanding they assign to their co-utterer (intersubjective dimension). This operation enables the co-construction of a dialogue through the connecting of words to follow the partner's productions, sometimes with mutual interventions. We examine this operation between the two utterers through the types of occurrences of the two French markers "tu vois" and "tu sais", and of corresponding markers in Japanese, at morphosyntactic and intonational levels. Finally, from the interactive situations in which they appear and the linguistic phenomena around these markers, we can deduce that it is the elements which appear with the markers which contribute the adjustments necessary to communication. These markers, then, are there to "signal" to the co-utterer the necessity to conduct an adjustment operation, or for the utterer to "announce" to the co-utterer that he or she is adjusting the informational relation

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Aleil, Boris. "La glycoprotéine V soluble, marqueur d'activation spécifique des plaquettes par la thrombine. : Intérêt dans les thromboses et en transfusion." Strasbourg 1, 2003. http://www.theses.fr/2003STR13210.

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Stoitchkov, Konstantin J. "Détection moléculaire des marqueurs biologiques de progression dans le sang périphérique des sujets atteints de mélanome : intérêt diagnostique et pronostique." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077238.

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Wiesinger, Evelyn. "Le syntagme nominal en créole guyanais. : Une étude synchronique et diachronique du marqueur LA." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM3039.

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Abstract:

Notre travail est consacré à l’élément LA (< fr. là) en guyanais, langue créole française pour laquelle il n’existe que peu de données linguistiques accessibles. Nous fournissons un nouveau corpus du guyanais qui inclut une vaste gamme de textes anciens de 1799 à 1893 et des données du guyanais parlé. En nous basant sur notre corpus, nous proposons une analyse diachronique et synchronique de LA, élément extrêmement polyfonctionnel en guyanais. Nous commençons notre étude par distinguer ses différentes fonctions : adverbe/marqueur de discours, élément du pronom déictique-démonstratif, LA en fin de proposition subordonnée ou interrogative, ainsi que LA marqueur postnominal. Pour l’analyse du dernier, nous proposons une approche théorique de la référence nominale qui tient compte de l’usage de l’élément en question en discours, et donc aussi des fonctions interactionnelles et sociales du langage. Notre analyse de corpus nous permet de classer LA comme marqueur dont l’emploi est non seulement incomplètement généralisé dans les contextes définis, mais dont l’usage dépend d’une interaction complexe de différents facteurs d’ordre sémantico-pragmatique, ontologico-cognitif et informationnel-syntaxique. LA dénote en outre une certaine variation graduelle en fonction de la tradition discursive, ou bien des conditions/intentions communicatives respectives. LA est enfin un élément qui laisse toujours entrevoir à un certain degré son enracinement initial dans la deixis et l’oralité. De ce lien témoigne également le rôle joué par là/LA non seulement dans les autres créoles français, mais également dans les variétés orales du français en Afrique ou au Canada
Die vorliegende Arbeit widmet sich dem Element LA (< fr. là) im Guayanakreol, einer französischen Kreolsprache für die bisher kaum Untersuchungen vorliegen. Unsere Arbeit legt ein neues Korpus vor, das sich aus Texten von 1799-1893 sowie aus eigenen Sprachaufnahmen zusammensetzt. Das Hauptaugenmerk der Untersuchung liegt auf einer detaillierten synchronen und diachronen Beschreibung der Verwendungskontexte des im Guayanakreol stark polyfunktionalen LAs. Hierfür nehmen wir zunächst eine Abgrenzung zwischen LA als Adverb/Diskursmarker, LA als Teil des Demonstrativpronomens, LA am Ende von Neben- oder Fragesätzen sowie dem postnominalen Marker LA vor. Für die Analyse des postnominalen LAs entwickeln wir anschließend einen umfangreichen theoretischen Unterbau zur Nominalreferenz, wobei ein semantisch-pragmatischer und kognitiver Ansatz verfolgt wird. Die Korpusanalyse zeigt schließlich, dass das postnominale LA allenfalls als definiter Marker auf einer niedrigen Grammatikalisierungsstufe eingeordnet werden kann, dessen Auftreten durch ein komplexes Zusammenspiel semantisch-pragmatischer, ontologisch-kognitiver sowie informationell-syntaktischer Faktoren bestimmt wird. Unsere diachrone Analyse zeigt zudem, dass in unserem Korpus der Gebrauch von LA weitgehend stabil bleibt, dass aber eine gewisse graduelle Variation je nach Diskurstradition und Kommunikationsintentionen vorliegt. Die Funktionalität von LA zeugt außerdem bis heute von einer gewissen Verankerung in der Deixis und in der Nähesprache, die auch in anderen Frankokreols sowie in gesprochenen Varietäten des Französischen, wie etwa in Afrika oder Kanada, zutage tritt

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Mohamed, Fauzia. "Etude multicentrique de nouveaux marqueurs tumoraux moléculaires dans les épanchements péritonéaux et le sang : analyse par PCR quantitative en temps réel." Phd thesis, Université Jean Monnet - Saint-Etienne, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00672144.

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Abstract:

La progression naturelle des tumeurs consiste en une extension locale, puis à distance (métastase) par migration de cellules dans le sang et la lymphe vers des sites secondaires. Il est donc primordial de pouvoir détecter des cellules tumorales circulantes en plus de l'analyse morphologique et de l'immunocytochimie. De plus, deux technologies (cytométrie en flux et RT-PCR quantitative en temps réel) sont adaptées pour une analyse automatisée, rapide et sensible d'une très faible quantité de cellules. Le but de notre travail a été de mettre au point des systèmes de détection pour l'identification de cellules cancéreuses dans les épanchements péritonéaux et dans le sang. L'étude des biomarqueurs moléculaires apparaît comme une approche complémentaire intéressante pour améliorer l'efficacité du diagnostic dans ce type d'échantillons biologiques. Nous nous sommes intéressés à la mise en évidence de nouveaux marqueurs tumoraux qui pourront être utilisés pour le diagnostic précoce et le pronostic des cancers en utilisant les nouvelles techniques de biologie moléculaire. Il est probable que l'utilisation de multiples marqueurs moléculaires puisse permettre d'évoquer plus particulièrement certains types de cancers. Nous avons pu mettre en place une technique de PCR quantitative en temps réel, nettement plus sensible que la cytologie classique, et nous avons appliqué cette technique à l'étude de marqueurs tumoraux dans les liquides d'épanchement, mais aussi dans le sang pour rechercher et doser l'ARN messager. Nos résultats montrent que la cytométrie en flux adaptée à des lignées cellulaires ne l'est pas pour des prélèvements cliniques. Par la PCR quantitative, il a été possible de quantifier le niveau d'expression des marqueurs tumoraux étudiés en utilisant des plasmides de référence qui ont été préparés pour chaque gène. Plusieurs marqueurs permettent de différencier des épanchements malins et des épanchements bénins, mais surtout les antigènes CLDN4 et Ep-CAM étaient significativement plus élevés (68% et 57%, respectivement) chez les patients avec épanchements malins. L'ARN messager circulant de la CLDN4 était détectable et significativement plus élevée dans les sérums de patients atteints de cancer du sein (64% p<0,05). Les résultats indiquent que l'utilisation d'une combinaison de marqueurs comportant laclaudine 4 est plus susceptible de détecter des cellules malignes et d'être utiles pour le suivi de patients

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Chabbert, Elisabeth. "Marqueurs de la réaction inflammatoire au cours de la circulation extra-corporelle : étude en chirurgie cardiaque avec cardioplégie au sang chaud." Paris 5, 1995. http://www.theses.fr/1995PA05P190.

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Oprea, Laura Montreuil Jean Artenie Vlad. "Recherche de nouveaux marqueurs de mort programmée (apoptose) dans les membranes des hématies humaines sénescentes impact en transfusion sanguine /." Villeneuve d'Ascq : Université des sciences et technologies de Lille, 2007. https://iris.univ-lille1.fr/dspace/handle/1908/1018.

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Abstract:

Reproduction de : Thèse de doctorat : Sciences de la vie et de la santé : Lille 1 : 2006.
Thèse soutenue en cotutelle. N° d'ordre (Lille 1) : 3930. Résumé en français. Titre provenant de la page de titre du document numérisé. Bibliogr. f. 163-187. Liste des publications et des communications.

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Iltis, Isabelle. "Imagerie par résonance magnétique de perfusion myocardique in vivo chez le rat : applications au coeur sain et pathologique." Aix-Marseille 2, 2005. http://www.theses.fr/2005AIX20657.

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Abstract:

La perfusion est un facteur important de la viabilité et de la fonction du myocarde. Des atteintes microvasculaires diffuses, précédant l'infarctus ou l'insuffisance cardiaque, sont probablement impliquées dans les cardiomyopathies associées à certaines pathologies générales, telles que les diabètes de type 1 et 2 et l'hypertension. Pour l'étude de ces défauts subtils de la régulation de la perfusion, le développement de méthodes de mesure de la perfusion à la fois quantitatives et non invasives est de premier intérêt. Dans ce but, une séquence d'imagerie par résonance magnétique (IRM) répondant aux particularités des études cardiaques chez le petit animal in vivo (quantitative, adaptée à des rythmes cardiaques élevés) a été mise au point au laboratoire, basée sur le principe du " marquage de spins ". Chez le rat, la cartographie la perfusion du myocarde in vivo a été réalisée grâce à cette séquence, avec une excellente résolution spatiale. De plus, l'utilisation de l'IRM a permis l'acquisition de données fonctionnelles sur le ventricule gauche (IRM ciné) au cours de la même expérience. Une première partie de mon travail de thèse a consisté en la mise en place chez le rat de ces méthodes. Dans un deuxième temps, ces techniques ont été appliquées à l'étude de l'effet sur la physiologie cardiaque d'anesthésiants d'une part, et du diabète et de l'hypertension d'autre part. Il a ainsi été montré que l'isoflurane était associé à une perfusion plus élevée et à une fonction cardiaque plus proche de l'état physiologique que le pentobarbital. Les conditions optimales d'anesthésie disponibles au laboratoire et leurs principaux effets sur la physiologie du cœur in vivo ont ainsi été déterminés. Le rat Goto-Kakizaki (GK) est un modèle polygénique, non obèse de diabète de type 2. Nous avons mis en évidence une altération de la régulation de la perfusion associée à une fraction d'éjection plus basse in vivo chez ces rats. L'effet du diabète de type 1 et/ou de l'hypertension sur la perfusion du myocarde a également été étudié. L'exploration de la perfusion chez ces animaux in vivo a montré un défaut exclusivement lorsque les deux pathologies sont associées, alors que des altérations morphologiques du ventricule gauche ont été identifiées dans tous les groupes en absence de défaut fonctionnel. Dans le cadre de ce travail, le développement d'une méthode par marquage de spins adaptée à l'étude chez le petit animal a permis de caractériser in vivo des altérations de la perfusion du myocarde dans des modèles de diabètes et d'hypertension. Ces modèles offrent d'intéressantes perspectives pour l'investigation des processus biologiques impliqués dans ces altérations
Myocardial blood flow is an important factor of tissue viability and function. Diffuse changes in microcirculation preceding heart failure are likely to be related to cardiomyopathies associated with pathologies such as diabetes mellitus or hypertension. For the study of these subtle defects in myocardial blood flow regulation, the development of methods allowing quantitative and non invasive perfusion assessment is of main interest. To this end, a magnetic resonance imaging (MRI) sequence adapted to in vivo small animal cardiac studies (quantitative, featuring high heart rates) was implemented in the laboratory, based on the "arterial spin labeling" principle. This sequence allowed myocardial blood flow maps acquisition in in vivo rats with an excellent spatial resolution. Functional data of the left ventricle were acquired during the same experiment using cine-MRI. A first part of this thesis was dedicated to the validation of these methods on the rat heart. These techniques were then applied to the study of the effects of anesthesia and of diabetes and hypertension on cardiac physiology. We have shown that myocardial blood flow was higher under isoflurane than under pentobarbital. Optimal anesthesia conditions available in the laboratory as well as their principal effects on cardiac physiology in vivo were determined. The Goto-Kakizaki (GK) rat is a non obese model of type 2 diabetes. An altered myocardial blood flow regulation was evidenced in these rats, along with a decreased ejection fraction in vivo. Effects of type 1 diabetes and/or hypertension on myocardial blood flow were also studied. A defective myocardial blood flow was observed exclusively when both pathologies were associated, whereas morphological alterations were identified in all pathological groups in absence of functional defect. In this work, an original arterial spin labeling method dedicated to small animal studies was implemented and allowed to characterize in vivo myocardial blood flow alterations in diabetic and hypertensive rat models. These models offer interesting perspectives for the study of the biological processes associated with these alterations

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Hénaff, Séverine Kevorkian Jean-Philippe. "Cinétique des D-dimères au cours de la maladie thromboembolique veineuse implication dans la stratification du risque de récidive /." Créteil : Université de Paris-Val-de-Marne, 2006. http://doxa.scd.univ-paris12.fr:80/theses/th0243609.pdf.

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Ajam, Marwan. "Evaluation de l'énergie métabolisable et de la digestibilité de l'azote chez le Coq comparaison des bilans avec ou sans marqueur, influence de la présence des caecums /." Grenoble 2 : ANRT, 1987. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37602161b.

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Fest, Thierry. "Etude des marqueurs des virus B et C de l'hépatite chez une population de donneurs de sang en Guadeloupe : résultats d'un travail prospectif portant sur 2368 personnes avec recherche de facteurs de risque par analyse statistique multivariée." Besançon, 1991. http://www.theses.fr/1991BESA3042.

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Oprea, Laura. "Recherche de nouveaux marqueurs de mort programmée (apoptose) dans les membranes des hématies humaines sénescentes : impact en transfusion sanguine." Lille 1, 2006. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2006/50376-2006-Oprea.pdf.

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Abstract:

Nous avons contribué à la mise en place d'une série de tests de cytométrie en flux destinés à évaluer la viabilité des hématies et destinés à se substituer aux procédés classiques de dosage de l'ATP et du 2,3-DPG. Nous nous sommes intéressée en particulier à une méthode à la calcéine-AM (un ester acétoxyméthylé de la fluorescéine) de détermination des activité estérasiques liées à la sénescence de cellules et sommes parvenue à la conclusion qu'elle représentait un test de choix en raison de sa simplicité, de sa sensibilité et de sa fiabilité. Dans le domaine de la recherche fondamentale, nous avons démontré que le test cytochimique de Dimri et al. (1995) de détection de l'activité p-galactosidasique à l'aide du substrat 5-bromo-4-chloro- 3-indolyl-j3-D-galactoside est certes valable pour l'étude de l'enzyme cytosolique des cellules nucléées, mais qu'il ne l'est pas pour celle de l'enzyme membranaire érythrocytaire car il annonce, d'une manière artefactuelle, une augmentation de son activité. En effet, la mesure de cette dernière par la méthode biochimique fondée sur l'emploi de l'umbelliféryl--D-galactoside qui exclut tout artefact, démontre, au contraire, une diminution de l'activité de l'enzyme chez les hématies physiologiquement ou artificiellement vieillies. En conséquence, à l'inverse des résultats obtenus avec les cellules nucléées, la diminution de l'activité 3-galactosidasique devient un marqueur de sénescence des hématies. Dans le domaine de la transfusion nous avons démontré que la clairance rapide des hématies transfusées (70% au terme de 3 jours) était liée à la transformation des discocytes en sphérocytes, seuls phagocytables et détectées par la microscopie électronique de balayage, transformation provoquée par la glycation des protéines érythrocytaires induite par le glucose ajouté aux milieux de conservation des hématies (9g par litre, Soit 10 fois la glycémIe) En outre, nous avons démontré que l'utilisation de l'automate MacoPharma ABC® imaginé et breveté par la Société MacoPharma de Tourcoing pour effectuer le prélèvement des sangs à hématocrite constant est un réel progrès car il protège les hématies du stress provoqué par le pH acide (5,5) des milieux de prélèvement

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Vololona, Marie Fidèle. "Urbanisme et disparités sociales à Fianarantsoa. Contribution à l'étude de l'espace urbain à Madagascar." Thesis, Paris, INALCO, 2020. http://www.theses.fr/2020INAL0025.

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Abstract:

L’espace urbain de Fianarantsoa, sur les Hautes Terres centrales sud de Madagascar, a été modelé dans un milieu physique contrasté caractérisé, entre autres, par un relief accidenté, un climat tropical d’altitude, une hydrographie assez abondante. Les géosymboles changent suivant les périodes, mais ceux ayant une connotation de disparités sociales sont omniprésents. Pendant le « royaume de Madagascar », époque où cette ville est née (1830), ses fondateurs ont voulu créer une réplique de la ville de Tananarive. Fianarantsoa a été ainsi bâti suivant la stratification altitudinale selon la hiérarchie sociale ou les fonctions. Sous la colonisation, la Nouvelle ville, attribuée aux Européens, est caractérisée par un plan géométrique, un espace aéré, tandis que les Malgaches vivaient dans la Ville indigène. Actuellement, Fianarantsoa est devenue une ville multifonctionnelle, dans laquelle prévalent édifices religieux, rizières, cultures de bas-fond et sur tanety, et quelques quartiers à plan géométrique. Cependant, ceux qui sont désorganisés prédominent. Ce sont des géosymboles dénotant la prédominance de la religion chrétienne, des activités rurales dans la ville. Par ailleurs, les inégalités sociales y règnent
The urban area of Fianarantsoa, on South Central Highland of Madagascar, has been shaped in a physical space that is contrasted by a ragged relief, an altitude tropical climate, a quite abundant hydrography. Geosymbols change according to period, but those having a connotation of social disparities are omnipresent. During Malagasy Kingdom, period where that city was born (1830), its founders wanted to replicate the city of Antananarivo, Fianarantsoa has been built in accordance with altitudinal stratification as per the social hierarchy or functions. During colonisation, the new city, attributed to Europeans, is characterized by a geometric plan, airy space, while Malagasy people live in indigenous city. Currently, Fianarantsoa becomes a multifunctional city in which prevail religious buildings, rice fields, shallow farming and tanety farming; some neighborhoods with geometric plan, however deorganized ones, predominate. Geosymbols indicate predominance of christian religion, rural activities in the city, in addition social differences prevail

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El, Balkhi Souleiman. "Métabolisme du cuivre et maladie de Wilson : approche bioanalytique réalisée chez les sujets sains et chez des patients atteints de la pathologie : recherche de marqueurs biologiques de suivi et de diagnostic." Paris 5, 2010. http://www.theses.fr/2010PA05P633.

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Abstract:

La maladie de Wilson est une maladie génétique secondaire liée à une accumulation de cuivre dans l'organisme et se manifestant par des atteintes du foie et du système nerveux. L’évolution spontanée de la maladie expose le patient à des atteintes irréversibles. Le diagnostic reste difficile à établir et les marqueurs biologiques utilisés pour le suivi thérapeutique souffrent d’un manque de sensibilité et de spécificité. Par ailleurs, les mécanismes de la toxicité du cuivre et de l’effet des traitements chélateurs utilisés dans la maladie de Wilson au niveau cellulaire ne sont pas totalement élucidés. Notre étude porte sur la séparation et le dosage des différents composés cupriques dans le plasma et sur lien entre ces composés et la toxicité du cuivre. L’ultrafiltration (directe ou indirecte) d’une part, et la spéciation des molécules cupriques par CLHP-ICP-MS d’autre part, constituent les deux principaux axes de développement analytique entamés dans cette thèse. Les mécanismes de la toxicité du cuivre sont explorés à travers des expérimentations in vitro sur les cellules HepG2 et SH-SY5Y et l’effet d’un des traitements chélateurs, la trientine, sur les cellules exposées au cuivre est évalué. Les résultats de ces travaux ont permis d’évaluer l’apport de la détermination du cuivre échangeable dans le diagnostic et le suivi de la maladie et d’en étudier l’origine. La détermination du cuivre ultrafiltrable nous a permis de suivre l’effet des traitements chélateurs à court terme. Grâce aux études cellulaires nous avons exploré une partie des effets toxiques du cuivre responsables de la neurodégénérescence et de l’hépatotoxicité et démontré l’effet protecteur de la trientine
Wilson's disease (WD) is an autosomal recessive genetic disorder in which copper accumulates in tissues and leads to irreversible damages. The diagnosis of the disease is still difficult to establish and the biological markers used for therapeutic monitoring lake of sensitivity and specificity. In addition, the mechanisms of copper toxicity are still a matter of debate and the biological effects of treatments used in WD are not well understood. This study focused on the separation and the determination of copper molecules in human plasma and the possible link between these and the copper toxicity in WD. Direct and indirect ultrafiltration as well as the speciation of copper in the plasma (by HPLC-ICP-MS) were the major analytical approaches used. On the other hand, the copper toxicity mechanisms were explored by exposing HepG2 and SH-SY5Y cells to high concentrations of copper. The effect of trientine, one of the chelator treatments used in WD, on the exposed cells was also studied. Our results allowed us to evaluate the interest of the determination of exchangeable copper in the diagnosis and the monitoring of WD. Additionally, the speciation studies allowed us to determine the origin of this fraction. The ultrafiltable copper demonstrated the effect of the chelator treatments on short term. Finally, copper toxicity mechanisms were explored on the exposed cells and a protective effect of trientien on these cells was observed

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Denarier, Eric. "Isolement et étude de l'expression d'un gène marqueur du mégacaryocyte : le gène de la glycoprotéine plaquettaire IIb humaine." Grenoble 1, 1991. http://www.theses.fr/1991GRE10158.

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Abstract:

La differenciation megacaryocytaire mene a la production de plaquettes sanguines. Les differents stades de cette differenciation sont sous le controle de facteurs humoraux et cellulaires qui induisent l'expression de genes specifique de la lignee. Afin d'identifier les facteurs agissant sur cette regulation transcriptionnelle nous avons isole le promoteur du gene de la glycoproteine iib marqueur precoce de cette lignee. Ce rapport decrit tout d'abord l'isolement et la caracterisation des sequences flanquantes de ce gene. Nous avons mis en evidence, dans la region 5, le site d'initiation de la transcription. Le sequencage de 1000 paires de bases en amont du gene a permis d'identifier certaines sequences pouvant intervenir dans la regulation transcriptionnelle. La deuxieme partie de ce rapport concerne le role fonctionnel de ces sequences dans la regulation. Ces etudes ont ete effectuees par transfection de constructions du promoteur du gene de la gpiib, fusionne au gene de la chloramphenicol acetyl transferase, dans differents types cellulaires. L'ensemble des resultats a permis de mettre en evidence deux regions importantes dans le promoteur du gene: (1) une region a activite positive sur l'expression dans la lignee hel; (2) une region dont l'activite reprime l'expression du gene dans les lignees k562 et hela. La transfection de cellules blastiques derivant de leucemie myeloide chronique montre que les constructions du promoteur de la gpiib sont actives dans ce modele cellulaire. Les sequences etudiees portent toutes les informations utilisees in vivo dans les megacaryocytes humains. D'autre part le promoteur de la gpiib humaine est capable de produire une expression tissu-specifique dans des lignees cellulaires murines. Les elements gouvernant cette expression sont donc homologues entre les deux especes

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Roche-Rajot, Hélène. "Réponses des paramètres sanguins d'un poisson marin, le loup (Dicentrarchus labrax), à l'évolution des conditions environnementales : effets des modifications de nature physique (salinité et température) et chimique (xénobiotiques)." Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO10069.

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Abstract:

Les reponses des parametres sanguins du loup (dicentrarchus labrax) a des modifications, naturelles ou accidentelles de l'environnement, ont ete analysees dans le but de degager celles qui presentent le plus d'interet pour des etudes de toxicologie ou d'ecotoxicologie. In vivo, l'analyse des effets non letaux a ete abordee selon deux themes: la modification experimentale d'un facteur physique de l'environnement, salinite ou temperature, et la presence dans le milieu de divers xenobiotiques: sels metalliques: sulfate de cuivre, chlorure de zinc et bichromate de potassium ou des composes phenoliques (le phenol et des phenols monosubstitues: o,m,p-hydroxyphenols, o-alkylphenols, o,m,p-nitrophenols). L'analyse de l'ensemble des resultats atteste que deux parametres constitueraient des indicateurs aspecifiques: la cortisolemie et les activites superoxyde dismutases totales (sods). Parmi les phenols, les diphenols se sont reveles les plus toxiques. In vitro, une etude toxicologique s'adressant aux substances chimiques testees in vivo, a ete effectuee sur des erythrocytes. Les effets toxicologiques ont ete evalues par l'estimation de la viabilite cellulaire et par la mesure des activites des enzymes antioxydantes. Les effets les plus marques concernent le cuivre qui est hemolysant a une tres faible concentration et qui active les sods. Dans le cas des composes phenoliques, des relations de type structure chimique-effet biologique ont ete etablies. Les hydroxyphenols sont les plus actifs notamment sur l'hemolyse. Les alkylphenols ont dans l'ensemble peu d'effets sur les activites enzymatiques, alors que les reponses des enzymes erythrocytaires dependent de l'emplacement sur le noyau benzenique du radical no2 des nitrophenols

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Chaouni, Samia. "Effets secondaires de la radiothérapie conventionnelle et de la protonthérapie sur les tissus sains : biomarqueurs sanguins et tissulaires The possibility of using genotoxicity, oxidative stress and inflammation blood biomarkers to predict the occurrence of late cutaneous side effects after radiotherapy Side effects of scattered versus scanned proton beamson normal tissues in total body irradiated mice: survival, genotoxicity, oxydative stress and inflammation Differential normal skin transcriptiomic response in total body irradiated mice exposed to scattered versus scanned proton beams." Thesis, Normandie, 2020. http://www.theses.fr/2020NORMC416.

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Abstract:

Malgré les améliorations apportées, la radiothérapie conventionnelle et la protonthérapie continuent d’engendrer des toxicités sur les tissus sains. Nous avons cherché ici à évaluer les effets de l’irradiation sur les tissus sains par le biais de biomarqueurs sanguins et tissulaires chez des patients traités par radiothérapie conventionnelle ainsi que sur des modèles murins exposés à des faisceaux de protons diffusés, technique de délivrance passive du faisceau, ou balayés, nouvelle technique conduisant à une délivrance de la dose complètement différente. Nous avons pu mettre en évidence des différences de réponse dans le sang des patients les plus radiosensibles avec une diminution de l’apoptose, de la génotoxicité et de la capacité antioxydante et une augmentation de l’inflammation. Sur les modèles murins, l’irradiation par les faisceaux de protons balayés conduit de manière générale à une augmentation de la génotoxicité, de la capacité antioxydante, de la carbonylation des protéines et de l’inflammation. Une grande disparité est observée selon les tissus. L’étude transcriptomique (ARNm et ARNnc) de la peau met en avant la voie de la kératinisation qui semble prépondérante après un faisceau de protons balayés. Il apparaît donc primordial de prendre en compte la spécificité de chaque tissu et la modalité de délivrance des faisceaux de protons. Les perspectives sont de pouvoir mesurer les biomarqueurs mis en avant dans ces travaux chez des patients traités par protonthérapie et d’utiliser ces connaissances pour prédire les effets secondaires et améliorer les traitements par radiothérapie conventionnelle et protonthérapie
Despite the improvements made, conventional radiotherapy and protontherapy continue to cause toxicities in healthy tissues. We sought here to evaluate the effects of irradiation on healthy tissues through blood and tissue biomarkers in patients treated with conventional radiotherapy as well as in mouse models exposed to scattered proton beams, a technique for passive delivery of the beam, or scanned proton beams, a new technique leading to a completely different dose delivery. We were able to demonstrate differences in biological response in the blood of the most radiosensitive patients with a decrease in apoptosis, genotoxicity and antioxidant capacity and an increase in inflammation. In mouse models, irradiation by scanned proton beams generally leads to increased genotoxicity, antioxidant capacity, protein carbonylation, and inflammation. A great disparity is observed according to the tissues. The transcriptomic study (mRNA and ncRNA) of the skin highlights the pathway of keratinization which seems to be dominant after scanned proton beams. It therefore appears essential to take into account the specificity of each tissue and the mode of delivery of the proton beams. The prospects are to be able to measure the biomarkers highlighted in this work in patients treated with protontherapy and to use this knowledge to predict side effects and improve treatments by conventional radiotherapy and protontherapy

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Carbonnel, Marie. "Enjeux immunologiques liés à la grossesse, à propos de deux modèles : la transplantation utérine et l’infection à SARS-CoV-2." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2023SORUS521.pdf.

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Abstract:

La transplantation utérine est un nouveau traitement permettant aux femmes avec une infertilité utérine d’être enceintes. Cette greffe d’organe est tout à fait unique car son but est l’obtention d’un enfant en bonne santé et le greffon est transitoire. Néanmoins, elle nécessite un traitement immunosuppresseur comme les autres greffes d’organes. Le but de mon travail de thèse était de mieux comprendre les mécanismes en jeu dans le rejet de greffe utérine et l’impact des altérations immunologiques sur l’interface materno-foetale. Sur une série rétrospective de biopsies de col analysées par RNA seq et imagerie de spectrométrie de masse, j’ai pu identifier certains mécanismes dont 2 inédits : la présence de structures lymphoïdes tertiaires en lien avec le rejet chronique et humoral et des macrophages sécrétant du granzyme B en lien avec un rejet sévère et une altération définitive de l’utérus le rendant impropre à porter une grossesse à terme. J’ai initié une cohorte prospective (MARNI) afin de regarder de manière longitudinale et plus précise ces mécanismes. Sur l’analyse de la première patiente, j’ai conforté certains résultats retrospectifs et mis en évidence deux potentiels biomarqueurs de rejet sanguin (granzyme B et IL1β). J’ai constaté une immunomodulation particulière liée aux immunosuppresseurs et à la grossesse. Je retrouve dans mes travaux un lien entre altérations du microbiote, infection, modulation de l’immunité innée et rejet. Afin de mieux appréhender l’interface materno-fœtale, j’ai mené en parallèle une étude sur le SARS-CoV-2 et la grossesse (MATERCOV). J’ai constaté que dans la majorité des cas, le rôle de barrière était rempli par une modulation des cellules immunitaires innées NK et macrophages ainsi que le rôle protecteur des oestrogènes. Des anomalies des cellules NK ont été responsables de pathologies impliquant le placenta comme celui de la mort fœtale dans MATERCOV et celui de la préeclampsie dans la greffe utérine. J’ai montré une empreinte immunitaire du nouveau-né dans MATERCOV. Dans la greffe utérine, elle reste à évaluer, bien que nous puissions déjà mentionner une altération du microbiote. La poursuite de mes travaux sur une plus grande série, ainsi que le suivi des enfants à moyen et long terme seront nécessaires pour étayer mes hypothèses
Uterine transplantation is a new treatment enabling women with uterine infertility to become pregnant. This organ transplant is unique in that its aim is to have a healthy child, and the graft is transient. Nevertheless, it requires immunosuppressive treatment like other organ transplants. The aim of my phd was to gain a better understanding of the mechanisms involved in uterine graft rejection and the impact of immunological alterations on the maternal-fetal interface. Based on a retrospective series of cervical biopsies analyzed by RNA seq and imaging mass cytometry, I was able to identify some mechanisms, including 2 novel ones: the presence of tertiary lymphoid structures associated with chronic, humoral rejection, and granzyme B secreting macrophages associated with severe rejection and definitive alteration of the uterus, making it unfit to carry a pregnancy to term. I set up a prospective cohort (MARNI) to take a longitudinal and more precise look at these mechanisms. Based on the analysis of the first patient, I confirmed some retrospective results and highlighted two potential biomarkers of blood rejection (granzyme B and IL1β). I observed a particular immunomodulation linked to immunosuppressive therapy and pregnancy. My work showed a link between alterations in the microbiota, infection, modulation of innate immunity and rejection. In parallel, to better understand the materno-foetal interface I conducted a study on SARS-CoV-2 and pregnancy (MATERCOV). I found that in the majority of cases, the placenta barrier role was fulfilled by modulation of the innate immune cells NK and macrophages, as well as the protective role of estrogens. Abnormalities in NK cells were responsible for pathologies involving the placenta, such as fetal death in MATERCOV and preeclampsia in uterine transplantation. I have shown an immune imprinting of the newborn in MATERCOV. In uterine transplantation, this remains to be assessed, although we can already mention an alteration in the microbiota. Further work on a larger series, as well as medium- and long-term follow-up of the children, will be necessary to substantiate my hypotheses

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Batxelli, Isabelle. "Recherche d'un profil protéique corrélé aux encéphalopathies spongiformes subaigües transmissibles (ESST) : analyses en spectrométrie de masse SELDI-TOF." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20127.

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Abstract:

Les encéphalopathies spongiformes subaigües transmissibles (ESST) sont des maladies neurodégénératives affectant l'Homme et les animaux, l'issue est toujours fatale. La détection dans le sang de l'agent pathogène responsable de l'infection (protéine prion pathologique)reste difficile à ce jour et l'identification de nouveaux biomarqueurs impliqués dans la physiopathologie des ESST constitue un projet ambitieux et risqué. Dans ce contexte, notre objectif est d'établir un profil protéique corrélé aux ESST. L'utilisation d'un modèle animalbien caractérisé : la tremblante naturelle du mouton, d'une technologie adaptée à l'analyse de profils protéiques : SELDI-TOF MS et d'un fluide biologique : le sérum, a constitué la base de nos travaux de recherche. Dans un premier temps, les protocoles expérimentaux ont été mis en place et optimisés. Puis, ils ont été évalués pour leur pertinence dans la discrimination de moutons pathologiques en phases précoce et tardive de la maladie versus des moutons contrôles par analyse des sérums fractionnés ou non. Des biomarqueurs potentiels de faibles poids moléculaires ont été sélectionnés à l'aide de la méthode statistique SAM et une signature protéique permettant un diagnostic précoce a été établie (87% de sensibilité et 90%de spécificité). Un des biomarqueurs a été identifié comme étant un fragment de la transthyrétine, puis son potentiel discriminant a été évalué en SELDI-TOF MS dans une étude cinétique de hamsters Syriens infectés par la scrapie, en western blot et par dosage ELISA.Finalement, une cohorte de validation constituée de moutons appelés « scrapie-free » a permis de valider les biomarqueurs les plus pertinents
Transmissible spongiform encephalopathies (TSEs) are fatal neurodegenerative diseasesoccurring in animals and humans for which no ante-mortem diagnostic test in biological fluidsis available. In such pathologies, detection of the pathological form of the prion protein (i.e.,the causative factor) in blood is difficult. Identification of new biomarkers implicated in thepathway of prion infection is relevant. In this context, our objective was to find a proteicprofile correlated to TSEs. We used a well-known TSE model: scrapie in sheep breeding, amass spectrometry technology easy-to-use for proteic profiling: SELDI-TOF MS and abiological fluid: serum. First, experimental tools have been developed and optimized. Thesetools were evaluated for their discriminating potential of control sheep and animals with earlyor late phase scrapie using a large number of serum samples (fractionated or not). Then, usingthe SAM statistical method, potential low molecular weight biomarkers were selected. Amongthese biomarkers, a protein signature pattern was identified; it can discriminate between earlyphase scrapie and control sera (sensitivity of 87% and specificity of 90%). One of theseproteins was identified as a fragment of transthyretin and evaluated as a biomarker using aSELDI-TOF MS kinetic study of sera from scrapie infected Syrian hamsters. This biomarkerwas also confirmed by western blot analysis and ELISA quantitation. Finally, a cohort of freescrapiesheep permits to validate the diagnostic potential of the candidate biomarkers

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Geffré, Anne. "Nouvelles approches de la production d'intervalles de référence de populations." Toulouse 3, 2011. http://thesesups.ups-tlse.fr/1433/.

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Les intervalles de référence décrivent les variations des marqueurs biologiques et sont utilisés quotidiennement par les cliniciens pour interpréter les résultats d'analyses. Ils sont déterminés chez des sujets supposés en bonne santé en tenant compte de nombreux facteurs de variations comme l'âge ou le sexe. Leur détermination fait l'objet de recommandations internationales et l'objectif de ce travail a été d'en tester l'application dans des cas concrets puis d'évaluer de nouvelles méthodes en suivant principalement deux pistes : d'abord en travaillant sur des échantillons de référence de petite taille (soit en déterminant un intervalle de référence de novo, soit en transférant un intervalle de référence préexistant), ensuite en travaillant sur des échantillons de référence " pollués " par des valeurs issues d'individus non sains. Un outil informatique permettant de répondre rapidement et simplement aux questions précédentes a également été mis au point et est aujourd'hui disponible gratuitement
Reference intervals describe the variations of biological markers and they are commonly used by clinicians to interpret test results. They are determined in healthy individuals and take into account variation factors such as age or sex. Groups of experts are regularly updating the recommendations on "how to determine reference intervals?" The aim of this work was to test the latest international recommendations using practical examples and to test new approaches by two different ways: firstly working on small reference sample groups (determining the reference interval de novo or transferring a pre-existing reference interval), and secondly working on reference sample groups that are "contaminated" by non healthy individuals' test results. An easy-to-use freeware has also been created

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Péault, Bruno. "Identification et caractérisation d'antigènes marqueurs de différenciation des cellules hématopoiétiques et endothéliales de l'oiseau : utilisation de ces sondes dans l'étude de l'ontogènese des systèmes sanguin et lymphoïde." Paris 13, 1987. http://www.theses.fr/1987PA132015.

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Bourdil, Sylvie. "La biologie délocalisée : applications en diabétologie, anesthésie-réanimation et cardiologie." Bordeaux 2, 2000. http://www.theses.fr/2000BOR2P050.

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Lacombe, Jérôme. "Identification de biomarqueurs par approche protéomique : application au diagnostic des formes précoces de cancer du sein et à la réaction des tissus sains aux rayonnements ionisants." Thesis, Montpellier 1, 2013. http://www.theses.fr/2013MON1T031.

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Abstract:

Le cancer du sein est un problème de santé public majeur. Avec 500 000 décès dans le monde chaque année, il concentre de nombreux efforts dans la recherche de nouvelles thérapies et de biomarqueurs aussi bien diagnostiques, pronostiques que de suivi thérapeutique. D'un point de vue diagnostique, la mammographie est actuellement la méthode de dépistage de référence. Cependant, elle présente de nombreuses limites, notamment chez les femmes avec une densité mammaire élevée. L'identification de marqueurs permettant de mettre en évidence de petites tumeurs ou pronostiquer l'évolution de ces tumeurs serait une aide précieuse dans la prise en charge de la maladie. D'un point de vue thérapeutique, la radiothérapie est l'un des traitements principaux contre le cancer du sein. Cependant, certaines patientes peuvent développer d'importants effets secondaires tardifs sévères. La prédiction de cette radiotoxicité est un enjeu majeur car elle permettrait d'identifier les patients à risque, de leur proposer un traitement personnalisé et au final d'optimiser leur prise en charge thérapeutique. Malgré de nombreux efforts, il n'existe à l'heure actuelle aucun marqueur prédictif de la radiotoxicité tardive utilisé en routine clinique.Ce travail de thèse a pour objectif d'identifier des marqueurs protéiques, d'une part pour le diagnostic et le pronostic des formes précoces du cancer du sein, et d'autre part pour la prédiction de la réponse à la radiothérapie. Grâce à différentes approches de protéomique, j'ai pu identifier trois signatures protéiques : (1) une signature d'autoanticorps sériques (GAL3, RACK1, PAK2, PHB2 et RUVBL1) pour le diagnostic des carcinomes canalaires in situ (CCIS) et des cancers précoces, (2) une signature d'autoanticorps sériques (CIRBP, ECHDC1, HMGN1, PSRC1 et RBP-Jκ) pronostic de la progression de CCIS en cancer invasif et (3) cinq protéines lymphocytaires (AK2, ANX1, APEX1, HSPA8 et IDH2) prédictives d'une toxicité radio-induite tardive. Au delà de leur intérêt diagnostic, pronostic ou prédictif, ces signatures ont également permis d'identifier de nouveaux partenaires moléculaires susceptibles d'être impliqués dans les mécanismes de carcinogénèse mammaire et de radiotoxicité tardive
Breast cancer is a major public health problem. With 500,000 deaths every year around the world, it focuses on many efforts in the search for new therapies and for therapeutic monitoring, diagnosis or prognosis biomarkers. From a diagnostic point of view, mammography remains gold standard for breast cancer detection. However, it has many limitations, especially in women with significant breast density. The identification of biomarkers for early diagnosis or for prognosis of in situ tumors in this population at risk would be a valuable improvement in the breast cancer management. Considering treatment strategies, radiotherapy has become a major treatment against breast cancer. However, some patients can develop severe radiation-induced late side effects. Their prediction is a main challenge as clinicians will be able to identify patients at risk and develop individualized treatment. Despite all efforts, no biomarkers are validated and used in clinical routine for normal tissues outcomes after irradiation. The aim of my PhD work was to identify protein markers for the diagnosis and prognosis of early-stage breast cancers, and also for the prediction of radiation-induced severe late effects. With different proteomic approaches, I was able to identify three protein signatures: (1) a serum autoantibody signature for the diagnosis of DCIS and node negative early-stage breast cancers (GAL3, RACK1, PAK2, and PHB2 RUVBL1), (2) a serum autoantibody signature of ductal carcinoma in situ progression to invasive breast cancer (CIRBP, ECHDC1, HMGN1, PSRC1 and RBP-Jκ) and (3) five lymphocyte proteins (AK2, ANX1, APEX1, HSPA8 and IDH2 ) that could predict late radiation-induced toxicity. In addition, these signatures allowed to identify new molecular partners likely to be involved in the mechanisms of mammary carcinogenesis and in the late radio-induced toxicity

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Deveaux, Ambre. "Supplémentation nutritionnelle en arginine chez des sujets sains présentant des facteurs de risque liés au syndrome métabolique : métabolisme de l'arginine alimentaire et impact sur la fonction endothéliale." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLA001/document.

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Abstract:

La dysfonction endothéliale vasculaire, processus majeur initiant l’athérosclérose, est étroitement liée à l’altération de la synthèse et/ou biodisponibilité du monoxyde d’azote (NO), dont l’arginine est le précurseur. Elle apparait aussi dès la phase postprandiale après un repas gras et sucré. Chez des sujets avec des facteurs de risque cardiométabolique, une supplémentation orale en arginine a un effet bénéfique sur des fonctions associées au NO. Aucune donnée ne permet cependant de lier la mise à disposition de l’arginine et la synthèse de NO, en situation normale ou de risque cardiométabolique. De plus, peu d’études ont étudié l’effet d’une supplémentation en arginine, dans un contexte nutritionnel (faible dose et libération lente) chez des sujets avec des facteurs de risque cardiométabolique. Ce travail vise donc à évaluer l’effet d’une supplémentation nutritionnelle en arginine, sur le métabolisme de l’arginine et la fonction endothéliale (FE), chez des sujets sains présentant des facteurs de risque cardiométabolique. Dans une première étude clinique, nous avons ainsi comparé la biodisponibilité de l’arginine ingérée et son utilisation pour la synthèse de NO, selon la présence de facteurs de risque cardiométabolique, et selon qu’elle était consommée sous une forme à libération immédiate (LI) ou sous une forme à libération prolongée (LP), mimant la mise à disposition naturelle de l’arginine alimentaire. Puis, dans une deuxième étude clinique, nous avons étudié l’effet de la supplémentation en arginine LP sur la FE à jeun et sur son altération postprandiale, chez des sujets sains présentant des facteurs de risque cardiométabolique; et si cet effet pourrait varier selon leur argininémie basale. Ce travail de thèse a ainsi mis en évidence une utilisation de l’arginine ingérée plus élevée pour la synthèse de NO chez les sujets avec des facteurs de risque cardiométabolique, et plus élevée avec la forme LP qu’avec la forme LI, en particulier chez ces sujets à risque. La deuxième étude, quant à elle, a révélé que les effets de la supplémentation en arginine-LP variaient selon l’argininémie basale des sujets présentant des facteurs de risque cardiométabolique. Chez les sujets avec une argininémie basale relativement plus faible, l’arginine-LP a atténué la diminution postprandiale de la FE et a conduit à une FE significativement meilleure à la fin de la période postprandiale
Vascular endothelial dysfunction, the hallmark of early atherosclerosis, results from an impairment of the synthesis and/or bioavailability of nitric oxide (NO), the precursor of which is arginine. Endothelial dysfunction is also known to be induced transiently by a high-fat meal. In subject with cardiometabolic risk factors, oral arginine supplementation has a beneficial effect on NO-related physiological functions. However, no data relates the availability of arginine to the synthesis of NO in normal or cardiometabolic risk condition. In addition, few studies only have investigated the effect of arginine supplementation in a nutritional context (low dose and slow release) in subjects with cardiometabolic risk factors. This work aims to evaluate the effect of a nutritional arginine supplementation, on the arginine metabolism and endothelial function in healthy subjects with cardiometabolic risk factors. In a first clinical study, we have compared the bioavailability of oral arginine and its utilization for NO synthesis, as a function of the presence of cardiometabolic risk factors, and as a function of the form of release (immediate release, IR, as free arginine, or sustained release, SR, which mimics the slow release of dietary arginine). Then, in a second clinical study, we studied the effect of SR-arginine supplementation on fasting endothelial function and its postprandial alteration in healthy subjects with cardiometabolic factors. A further aim was to investigate whether this effect may vary according to the baseline arginine status of subjects. This thesis work has demonstrated a higher utilization of oral arginine for NO synthesis in subjects with cardiometabolic risk factors, and a higher utilization with the SR form, particularly in these subjects at risk. As to the second study, it showed that the SRarginine supplementation effects largely varied with baseline fasting arginine concentration of subjects with cardiometabolic risk factors. In subjects with a relatively lower baseline arginine concentration, SR-arginine attenuated the decrease in postprandial endothelial function and led to a significantly higher endothelial function at the end of the postprandial period

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Massard, Christophe. "Biomarqueurs cellulaires circulants dans les cancers avancés." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01015618.

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Les biomarqueurs sanguins peuvent être utilisés pour définir le pronostic des patients ou permettre de déterminer les altérations moléculaires des cancers, et peut-être pouvoir guider les traitements de thérapies ciblées.Les cellules tumorales circulantes sont le reflet de la cascade métastatique et de la progression tumorale. La détection et la caractérisation des CTC est un domaine clé de la recherche dans le cancer. Cependant, il n'existe pas de méthode standard pour la détection des CTC, et le premier objectif de notre étude a été de comparer deux systèmes de détection des CTC basé sur l'expression de l'antigène EpCAM (CellSearch), ou la taille des cellules (ISET). Nos résultats montrent qu'il existe une bonne corrélation pour la détection des CTC dans les cancers du sein ou de la prostate, mais pas dans les cancers bronchiques. Ces résultats suggèrent qu'il est nécessaire de développer d'autres techniques de détection des CTC pour l'énumération et la caractérisation pour permettre une médecine de précision.A ce jour il n'existe aucun marqueur validé pour prédire l'efficacité des antiangiogéniques. Les CEC et CEP sont des marqueurs prometteurs. Dans notre étude, nous avons fait l'hypothèse que les CEC et les CEP pouvaient être pronostic de la survie des patients inclus dans les études de phases précoces. Nos résultats montrent qu'un taux élevé de CEP est associé à un mauvais pronostic, et que les CEP pourraient permettre de mieux sélectionner les patients. En conclusion, les marqueurs sanguins comme les CTC, les CEC ou les CEP peuvent être utilisés comme des facteurs pronostiques ou permettre une caractérisation moléculaire, et être une partie intégrante des programmes de médecine de précision.

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Travaillé-Aubert, Christelle. "Paludisme en zone d'hyperendémie : apport de la réponse cytokinique et transcriptomique." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5022/document.

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Abstract:

Parmi les manifestations cliniques du paludisme où P. falciparum est le principal responsable des formes graves, les manifestations pulmonaires sont souvent sous-estimées. Malgré de nombreuses études tentant de mieux comprendre les mécanismes inflammatoires mis en jeu dans l'aggravation de la maladie, des zones d'ombres persistent. Pour étudier les interactions hôte-parasite et identifier des biomarqueurs de classification et d'évolutivité de l'accès palustre, nous avons effectué une étude de cohorte longitudinale prospective à l'Hôpital Monkole de Kinshasa, par une approche combinée immunologique et transcriptomique sur 30 jours. L'étude devant porter initialement sur les atteintes pulmonaires a été recentrée sur l'étude de la sévérité de l'accès palustre devant le peu de patients présentant des atteintes pulmonaires.A travers l'approche immunologique, une réponse pro-inflammatoire de type Th1 modérée est activée à l'admission des patients impaludés. L'approche transcriptomique a permis de le relier à une activation modérée des monocytes/macrophages médiée par la voie de signalisation de l'IL-12, toutefois plus importante chez les accès graves. L'infection palustre, et plus particulièrement l'accès grave paraissent être fortement sous dépendance de la réponse Th17 et plus particulièrement à l'activité des neutrophiles. La mise en place d'une réponse Th2 est également observée chez les patients impaludés. A J7, la réponse Th2 est majoritaire, associée à une importante activité hématopoïétique. A J30, les patients sont guéris et présentent globalement un profil similaire aux témoins.Ces résultats sont à confirmer et à approfondir par une augmentation de notre cohorte
Among complications of the malaria access, mostly due to P. falciparum, the pulmonary injuries are often underestimated. Despite numerous studies trying to better understand the inflammatory mechanisms involved in disease worsening, they are still poorly understood. In view to study the host-parasite interactions and identify biomarkers according to severity of malaria, a prospective longitudinal cohort study was carried out in Monkole Hospital (Kinshasa) through a combined immunological and transcriptomic approach, with a follow up on 30 days. Initially, the study concerned the pulmonary injuries, but was focused on the the severity of malaria because of a weak patients number with lung damages.The immunological approach highlighted a moderate Th1 pro-inflammatory response at admission. The transcriptomic approach allowed to connect it with a moderate activation of monocytes/macrophages, mediated by IL-12 signaling pathway, higher in severe malaria. Malaria infection, particularly severe malaria, appears to be strongly dependent on Th17 response, especially to neutrophil activity. The establishment of a Th2 response is also observed in malaria patients. On day 7, Th2 response is predominant, associated with significant hematopoietic activity. On day 30, patients are cured and present a similar profile to healthy controls.These results have to be confirmed with an increased cohort

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Dissertations / Theses on the topic 'Sans marqueurs'

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