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Dissertations / Theses on the topic 'RFLP'

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Author: Grafiati
Published: 4 June 2021
Last updated: 10 March 2023

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1

Šuranská, Hana. "Identifikace vinných kvasinek metodou PCR-RFLP." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2009. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-216494.

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Abstract:
This thesis deals with identification of the wine yeasts by applying the PCR-RFLP method. The identification and characteristic of the yeasts has gone through substantial changes in recent years. There have been introduced new methods of taxonomic classifying based on the molecular methods, which are oriented to easy and fast identification. One of these methods is the PCR-RFLP method. The amplification of the 5•8S-ITS rDNA sequence by the polymerase chain reaction with use of the primers ITS1 and ITS4 leads to the amplification of the specific sequence of DNA. Such multiplied DNA is after repurifying by the ethanol and drying submitted to the restriction analysis. With use of the restriction endonuklases DNA is chopped into the specific segments typical for the particular genus. The chopped fragments can be separated in the electric field in the agarose gel and subsequently evaluated. In this thesis together 63 type yeasts were used. These yeasts were analysed by applying of the seven restriction endonuklases – HaeIII, HhaI, HinfI, HpaII, TaqI, AluI a MseI. The final image of type yeasts splitting was compared to the results of splitting of already identified wine yeasts and these yeasts were subsequently taxonomically classified. Evaluation of genetic similarity was conducted by program BioNumerics and as the results the dendrograms that were created with use of Jaccard‘s coefficients are obtained.
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2

Olivová, Radana. "Optimalizace metody PCR-RFLP pro taxonomické zařazení kvasinek." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2009. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-216560.

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Abstract:
This thesis deal with optimalization method PCR – RFLP for taxonomy enlistment of yeasts. Conventional identification methods for yeasts are time-consuming. Molecular biological method based on PCR are instrumental towards fast and precise identification as compared to conventional phenotypic methods. In this thesis molecular biological method PCR – RFLP was used for identification and enlistment of yeasts. This metod follow repeating spacers of ribozomal DNA of yeast, characteristic for each species and strain. By the help of PCR were amplified specific partitions of DNA. These fragments of DNA were split by restriction endonucleases and identified by horizontal electroforesis. In background of this thesis there are information about yeasts, their taxonomy and molecular biological methods.
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3

Wolf, Markus. "Markergestützte Vererbungsanalyse der Pollenfertilitätsrestauration bei Winterroggen (Secale cereale L.)." [S.l. : s.n.], 2001. http://www.bsz-bw.de/cgi-bin/xvms.cgi?SWB9818604.

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4

Cavell, Jane Sarah. "Cytogenetic and RFLP analyses of somaclonal variation in Nicotiana tabacum." Thesis, University of Bath, 1989. https://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.328517.

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5

Datta, Krishna. "Wide hybridisation and isozyme, RAPD and RFLP markers of #Corchorus' species." Thesis, Imperial College London, 1995. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.283339.

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6

Dreyer, Felix. "Chromosomale Lokalisation von Restorergenen argentinischer und iranischer Herkunft in F2-Populationen von Winterroggen /." Aachen : Shaker, 2000. http://bvbr.bib-bvb.de:8991/F?func=service&doc_library=BVB01&doc_number=009029454&line_number=0001&func_code=DB_RECORDS&service_type=MEDIA.

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7

SANTOS, Lorena Cristina. "Caracterização molecular de Mycobacterium tuberculosis isolados de pacientes atendidos na cidade de Goiânia-GO, pela técnica de RFLP-IS6110." Universidade Federal de Goiás, 2008. http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tde/1826.

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Abstract:
Made available in DSpace on 2014-07-29T15:30:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Lorena Cristina.pdf: 430117 bytes, checksum: 09642b3a4726659137a90dcbf634ba90 (MD5) Previous issue date: 2008-02-29
Tuberculosis is a serious public health problem all over the world. It has been demonstrated that different M. tuberculosis strains, characterized by the RFLP-IS6110 standard technique, have different virulence properties and antibiotic resistance. The aim of this study was to characterize M. tuberculosis strains isolated from patients attending two state reference hospitals of Goiânia-Goiás, using the RFLP-IS6110 technique. Positive cultures of M. tuberculosis sampled and isolated from January 2006 to June 2007 had their DNA extracted. A total of 142 viable DNA samples were analyzed, of which 126 samples presented an RFLP-IS6110 profile. Similarities comparisons between samples, as well as with literature reported profiles, were done with Bionumerics software (version 4.0). Forty three percent of the samples could be grouped in 24 clusters, when analyzed by the RFLP method, suggesting recent transmission among individuals belonging to the same cluster, however those patients did not present any epidemiological relationship, suggesting possible casual transmission between members of the same cluster. When compared with strain profile of the MDR-TB, three samples had grouped in the clade formed by families virulent. This study strengthens the importance of determining transmission routes not only within the state of Goiás but in the entire country, since there is the possibility of resistant strains transmissions.
A tuberculose é um grave problema de saúde pública em todo o mundo. Foi demonstrado que diferentes cepas de M. tuberculosis, caracterizadas pela técnica padrão mundial, RFLP-IS6110, possuem diferentes graus de virulência e resistência a antibióticos. O objetivo deste trabalho foi caracterizar as cepas de M. tuberculosis isoladas de pacientes atendidos em dois serviços de referência na cidade de Goiânia-Goiás no período de janeiro de 2006 a junho de 2007, utilizando a técnica RFLP-IS6110. Foram processadas para cultura 175 amostras de escarro com baciloscopias positivas e um total de 142 culturas positivas para M. tuberculosis tiveram seus DNA extraídos, estes foram posteriormente submetidos a técnica de southern blotting para obtenção de seus perfis de bandas de RFLP-IS6110. Destas, 126 amostras apresentaram um perfil de RFLP-IS6110 de fácil comparação de similaridade no programa BioNumerics (versão 4.0). As amostras analisadas pelo RFLP-IS6110 permitiram o agrupamento de 43% das amostras em 24 clusters, sugerindo transmissão recente entre indivíduos agrupados, contudo estes pacientes não apresentaram nenhuma relação epidemiológica, sugerindo possíveis transmissões casuais entre membros de um mesmo cluster. Quando comparamos as amostras com linhagens MDR descritas na literatura, três se agruparam no clado formado pelas famílias virulentas. Este estudo fortaleceu a importância de se traçar cadeias de transmissões bem como a necessidade de se manter um controle de imigrantes e emigrantes visto que há a possibilidade de disseminação de cepas resistentes.
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Ip, Ka-fai. "Molecular epidemiological study of mycobacterium tuberculosis using IS6110-RFLP and MIRU typing /." View the Table of Contents & Abstract, 2005. http://sunzi.lib.hku.hk/hkuto/record/B31495473.

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Ziebell, Kim. "Evaluation of PCR and PCR-RFLP protocols to identify the Shiga toxins." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2000. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape2/PQDD_0026/MQ51107.pdf.

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10

Ip, Ka-fai, and 葉嘉輝. "Molecular epidemiological study of mycobacterium tuberculosis using IS6110-RFLP and MIRU typing." Thesis, The University of Hong Kong (Pokfulam, Hong Kong), 2005. http://hub.hku.hk/bib/B45010092.

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Gray, Stephen James. "The genotyping of Neisseria meningitidis by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis." Thesis, Manchester Metropolitan University, 1996. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.360085.

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LU, YUN-HAI. "Diversite moleculaire (rflp) et cartographie genomique chez la canne a sucre (saccharumspp. )." Paris 11, 1992. http://www.theses.fr/1992PA112398.

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Abstract:
Les varietes modernes de canne a sucre (saccharum) sont aneuploides avec souvent plus de 100 chromosomes, qui proviennent en majorite (>80) de s. Officinarum et dans une moindre mesure des especes sauvages, surtout de s. Spontaneum l'utilisation des marqueurs genetiques moleculaires (rflp, restriction fragment length polymorphism), bien que delicate chez une plante si complexe, a ete developpee, avec pour objectifs la connaissance des ressources genetiques et l'exploitation des possibilites de cartographie moleculaire du genome. La diversite a ete analysee parmi une cinquantaine de clones representant les differents groupes taxonomiques du complexe saccharum a l'aide de sondes heterologues, dont 2 sondes chloroplastiques de grande taille, 9 sondes mitochondriales, 1 sonde nucleaire repetee (rdna), et 33 sondes nucleaires representant des sequences uniques couvrant l'ensemble du genome du mais. Les resultats ont confirme les schemas taxonomiques derives des donnees morphologiques et biochimiques et apporte en outre des informations nouvelles: la diversite mitochondriale a ete detectee entre et a l'interieur des especes s. Spontaneum et s. Robustum. La plus grande diversite concerne l'espece s. Spontaneum. L'espece s. Robustum presente deux types de profils mitochondriaux dont l'un est celui presente par toute les s. Officinarum. Cela permet de mieux cerner le groupe de s. Robustum potentiellement a l'origine de l'espece s. Officinarum, la diversite du rdna a montre une opposition entre les formes d'inde et les formes plus meridionales a grand nombre chromosomique chez s. Spontaneum et la presence de marqueurs de s. Spontaneum meridionaux en faible dosage chez s. Officinarum la diversite revelee avec les sequences nucleaires uniques a permis de structurer les genotypes s. Spontaneum en fonction de leur origine geographique, de la meme facon que l'analyse avec la sonde rdna. Les sondes nucleaires appliquees a un ensemble d'une cinquantaine de varietes commerciales se sont averees un outil d'identification varietale puissant. Ces sondes ont, en outre, permis de reperer chez les varietes des bandes caracteristiques de s. Spontaneum et ainsi de reperer la fraction du genome de cette espece encore presente chez les varietes modernes. La cartographie du genome a ete abordee en choisissant de se concentrer sur le marquage specifique des chromosomes de s. Spontaneum presents chez une variete. La segregation des bandes caracteristiques de s. Spontaneum a ete analysee dans la descendance de cette variete, obtenue par autofecondation. Des cosegregations fortes entre bandes revelees par differentes sondes ont permis de definir 20 groupes de cosegregation. Ils impliquent chacun entre 2 et 7 marqueurs et, au total, 74 marqueurs reveles par 32 sondes. L'implication de certains sondes dans plusieurs groupes de cosegregation a la fois a permis de repartir ceux-ci en 8 groupes de liaisons rassemblant des segments homologues. La mise en correspondance des groupes de liaison et des chromosomes de base de l'espece s. Spontaneum devra prendre en compte les possibilites de duplication. Ces resultats demontrent la possibilite de marquer de grandes portions de chromosomes de s. Spontaneum presentes dans les varietes a l'aide d'un petit nombre de sondes bien choisies, et la possibilite de tirer benefice de certains elements de la genetique du mais
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LAURENT, VALERIE. "Etude de la diversite genetique du cacaoyer a l'aide des marqueurs rflp." Paris 11, 1993. http://www.theses.fr/1993PA112110.

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Abstract:
L'espece theobroma cacao est originaire de l'amerique tropicale. Elle est divisee en trois groupes, criollo, forastero et trinitario, sur la base des caracteres morphologiques et de l'origine geographique des clones. Cette classification ne se revele pas toujours appropriee pour l'identification des clones et le choix des parents pour les croisements. Une etude de la diversite de l'adn de cacaoyer a ete realisee a l'aide des marqueurs rflp. La variabilite de l'adn ribosomique nucleaire, de l'adn mitochondrial et des sequences d'adn complementaire confirme la structuration de l'espece en trois groupes. Les deux groupes criollo et forastero sont bien discrimines et pourraient correspondre a deux sous-especes differentes qui se seraient differenciees independamment de part et d'autre de la barriere andine. La structure hybride des trinitario est confirmee. Les trois groupes presentent une tres grande diversite qui depasse largement la variabilite des clones cultives. La sous-exploitation des ressources genetiques de l'espece concerne essentiellement les criollo et les forastero sauvages de guyane, du venezuela et d'equateur qui sont caracterises par des types originaux d'adn
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Malvárez, Macedo Gabriela. "Aplicação das metodologias PCR/RFLP para caracterização de fungos ectomicorrízicos em eucalipto /." reponame:Repositório Institucional da UFSC, 1999. https://repositorio.ufsc.br/handle/123456789/112290.

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Rocha, Lidianne Leal. "Estudo de comunidades bacterianas de solos do Manguezal da Barra Grande, Icapuà â CE e SeleÃÃo de cepas com potencial para degradar hidrocarbonetos." Universidade Federal do CearÃ, 2008. http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=2773.

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Abstract:
Os manguezais sÃo ecossistemas entremarÃs produtivos e biologicamente importantes que ocorrem em regiÃes tropicais e subtropicais do mundo. Ãreas de manguezais nÃo perturbados fornecem habitats para uma variedade de plantas, animais e microrganismos. Estes ecossistemas recebem materiais sedimentares do mar e continente, tornando-se uma Ãrea de transiÃÃo com elevada produtividade. Importantes processos, tais como ciclagem de nutrientes, estÃo diretamente conectados à atividade e diversidade das comunidades microbianas dos solos do manguezal. No entanto, devido a sua localizaÃÃo estratÃgica, manguezais tÃm sido amplamente impactados por todo o mundo. A compreensÃo da estrutura e das funÃÃes das comunidades microbianas e suas adaptaÃÃes Ãs alteraÃÃes ambientais resultantes de xenobiÃticos, alteraÃÃes climÃticas e a prÃtica industrial, tais como a exploraÃÃo petrolÃfera, à essencial para manter ou restabelecer funÃÃes desejÃveis do ecossistema. Dessa forma, o presente estudo investigou a estrutura de comunidades bacterianas de amostras de solos do manguezal da Barra Grande, Icapuà (37 20âW, 4 40âS), por mÃtodo independente de cultivo usando Polimorfismo do Tamanho de Fragmentos de RestriÃÃo Terminal (T-RFLP) e tambÃm avaliou o mÃtodo dependente de cultivo (enriquecimento) para isolar cepas de bactÃrias com potencial para degradar petrÃleo e n-Hexadecano. Um total de trÃs pontos foi amostrado ao longo do manguezal, com 150 metros de distÃncia entre cada um deles. Temperatura, pH, salinidade, matÃria orgÃnica e granulometria dos solos foram medidas. AnÃlises de T-RFLP foram feitas apÃs a digestÃo de DNA genÃmico com as enzimas HhaI e MspI e o nÃmero e diversidade de Unidades TaxonÃmicas Operacionais (OTU) de cada amostra foi analisado pelo programa T-Align (Applied Biosystems). A cepa selecionada para testes de diferentes concentraÃÃes de n-Hexadecano foi identificada pelo seqÃenciamento do gene do rRNA 16S. Esta cepa foi tambÃm avaliada em relaÃÃo à susceptibilidade a radiaÃÃo UV e antibiÃticos. Os resultados mostraram que as comunidades bacterianas de solos do manguezal sÃo semelhantes em nÃmero de OTUs, mas diferem em composiÃÃo. Provavelmente a peculiaridade das variÃveis fÃsico-quÃmicas e granulometria do solo sÃo responsÃveis pelas diferenÃas na composiÃÃo e estrutura das comunidades bacterianas. Dezoito cepas de bactÃrias foram isoladas de culturas de enriquecimento com petrÃleo e quatro cepas mostraram potencial particular para degradar n-Hexadecano. Uma cepa identificada como Acinetobacter sp. IC18 foi caracterizada como uma boa degradadora de hidrocarboneto, pois foi capaz de degradar 1% do n-Hexadecano em 48 horas. Esta cepa tambÃm utilizou cerca de 30% de uma concentraÃÃo total de 20% (v/v) de n-Hexadecano durante o mesmo perÃodo de incubaÃÃo. AlÃm disso, IC18 foi susceptÃvel a vÃrios antibiÃticos e resistente à radiaÃÃo UV. Em conclusÃo, a estrutura da comunidade bacteriana de solos do manguezal da Barra Grande parece nÃo ser afetada pela presenÃa da exploraÃÃo petrolÃfera em IcapuÃ. AlÃm disso, os solos deste manguezal sÃo colonizados por vÃrias cepas com potencial para degradar hidrocarbonetos, que à particularmente interessante em virtude do risco de derramamentos de petrÃleo.
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Mendes, Lucas William. "Análise molecular das estruturas e diversidade de comunidades microbianas em solo de manguezal preservado da Ilha do Cardoso-SP." Universidade de São Paulo, 2009. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/64/64133/tde-27042010-112316/.

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Abstract:
Os manguezais tropicais são considerados um dos ecossistemas mais produtivos do mundo, sendo caracterizados pela alta taxa de ciclagem de matéria orgânica e nutrientes que ocorre entre os oceanos e os ambientes terrestres. Embora os manguezais sejam considerados áreas de proteção ambiental, a destruição desses ambientes é progressiva, devido a atividades industriais e portuárias nos estuários. Nos manguezais, a ciclagem de nutrientes está diretamente relacionada às atividades e a diversidade das comunidades microbianas presentes no solo. Este trabalho está inserido em um projeto mais amplo dentro do programa BIOTA/FAPESP, no que tange aos estudos da biodiversidade no Estado de São Paulo e utilização dessa biodiversidade de modo sustentável. O objetivo deste trabalho foi avaliar as estruturas e diversidade das comunidades de Bacteria, Archaea e Fungi presentes no solo de manguezal preservado da Ilha do Cardoso-SP. As amostras foram analisadas pelas técnicas de T-RFLP, ARISA, clonagem e seqüenciamento a fim de obter uma caracterização das estruturas das comunidades microbianas de uma área de manguezal preservado em comparação com os ambientes adjacentes de restinga e floresta e também a um manguezal antropizado. Os resultados permitiram concluir que o manguezal possui características exclusivas, com a presença de organismos distintos, revelando um possível potencial biotecnológico a ser explorado. Adicionalmente, os dados revelaram que a ação antrópica afetou as estruturas dessas comunidades de modo a ser notada uma sensível diminuição de diversidade no manguezal antropizado, evidenciando, dessa maneira, a importância da preservação desse ecossistema
The tropical mangroves are considered one of the most productive ecosystems of the world, being characterized by the high tax of organic matter and recycling of nutrients, that happens between the oceans and the terrestrial habitats. Although the mangroves are considered areas of environmental protection, the destruction of those ecosystems is progressive, due to industrial and port activities in the estuaries. In mangroves, the recycling of nutrients is directly related to the activities and to the diversity of microbial communities present in the soil. This work is part of a wider project inside of the program BIOTA/FAPESP, with respect to the studies of the biodiversity in the State of São Paulo and use of that biodiversity in a maintainable way. The objective of this work was to evaluate the structures and diversity of communities of Bacteria, Archaea and Fungi present in the soil of preserved mangrove of Ilha do Cardoso-SP. The samples were analyzed by T-RFLP and ARISA techniques, cloning and sequencing in order to obtain a characterization of the microbial communities structure of preserved mangrove area in comparison with the adjacent environments of restinga (tropical moist forest) and forest and also to a degraded mangrove. The results allowed concluding that the mangroves present exclusive characteristics, with the presence of distinct organisms, revealing a possible biotechnological potential to be explored. Additionally, the data revealed that the human action affected the structures of those communities in a way to be noticed a sensitive diversity decrease in the degraded mangrove, evidencing, this way, the importance of the ecosystem preservation
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Björkbom, Tommy. "PCR-RFLP analys av mt-DNA hos Öring (Salmo trutta) i Gävleborgs län." Thesis, University of Gävle, Department of Electronics, Mathematics and Natural Sciences, 2010. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:hig:diva-7624.

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Kleiner, Sven. "Entwerfen und Entwickeln mit Systems Engineering auf Basis des RFLP-Ansatzes in V6." Saechsische Landesbibliothek- Staats- und Universitaetsbibliothek Dresden, 2017. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:14-qucosa-228610.

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Abstract:
Der Begriff Systems Engineering taucht in letzter Zeit verstärkt in Verbindung mit der Entwicklung, dem Testen und Validieren von technischen Systemen auf (Alt 2012, Sendler 2012, Stark 2012). Die Gesellschaft für Systems Engineering GfSE beschreibt Systems Engineering als eine umfassende Ingenieurtätigkeit, die zur Entwicklung komplexer Produkte notwendig ist (GfSE 2012). Neben den klassischen Anwendungsgebieten, der Luft- und Raumfahrt, gewinnt diese Methodik auch in weiteren Bereichen, wie z.B. der Automobilbranche oder der Medizintechnik, immer mehr an Bedeutung. In diesem Zusammenhang dient Systems Engineering als Leitlinie zum Lösen komplexer Problemstellungen auf Systemebene. Dieses Vorgehensmodell beinhaltet Methoden, Verfahren und Hilfsmittel um technisch komplexe Systeme, beginnend bei der Anforderungsdefinition und der Systemanalyse über die physikalische Entwicklung bis hin zur Systemintegration, zu entwickeln und zu realisieren. Schwerpunkt der Methodik des Systems Engineering ist der Problemlösungsprozess der aus den zwei Komponenten Systemgestaltung und Projektmanagement besteht und als Grundlage ein Systemdenken voraussetzt. Dabei ist das Hierarchisierungsprinzip bzw. das Vorgehen »Vom Groben zum Detail« ebenso Grundlage wie das Verwenden und Bilden von Modellen als Strukturierungshilfe (Daenzer & Huber 1997). Durch das modellhafte Abstrahieren von komplexen Systemen lassen sich diese oft in Teilsystemen zerlegen und die Minimierung der Komplexität des Realen darstellen (Cellier 1991). Aus dieser Entwicklung heraus hat sich der Ansatz des Systemgedankens in das Zentrum der Produktentwicklung gedrängt mit der Absicht, innovative und global wettbewerbsfähige Produkte bei vollster Umsetzung der Kundenanforderungen zu produzieren (Janschek 2010). Insbesondere durch die Vielzahl an Disziplinen wie Mechanik, Elektrik/Elektronik und Software in heutigen innovativen Produkten wird die Beherrschung des Systems Engineering zunehmend zu einem echten Wettbewerbsvorteil für entwickelnde und produzierende Unternehmen. So ist beispielsweise eine konkurrenzfähige Entwicklung mechatronischer Produkte ohne die Einführung einer Systems Engineering Methode und der modellbasierten Entwicklung nur schwer erfolgreich umsetzbar. Die VDI-Richtlinie 2206 hat sich deshalb an die Methodik des Systems Engineering angelehnt mit dem Ziel, eine methodische Unterstützung für die domänenübergreifende Entwicklung mechatronischer Systeme zu gewährleisten und eine durchgängige Entwicklungsumgebung für mechatronische Systeme vorzuschlagen (VDI 2206).
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Sultan, Amal Hassan. "The development of molecular tools for identification of Leishmania species by PCR-RFLP." Thesis, University of Liverpool, 2008. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.479067.

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Kleiner, Sven. "Entwerfen und Entwickeln mit Systems Engineering auf Basis des RFLP-Ansatzes in V6." TUDpress - Verlag der Wissenschaften GmbH, 2012. https://tud.qucosa.de/id/qucosa%3A30518.

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Abstract:
Der Begriff Systems Engineering taucht in letzter Zeit verstärkt in Verbindung mit der Entwicklung, dem Testen und Validieren von technischen Systemen auf (Alt 2012, Sendler 2012, Stark 2012). Die Gesellschaft für Systems Engineering GfSE beschreibt Systems Engineering als eine umfassende Ingenieurtätigkeit, die zur Entwicklung komplexer Produkte notwendig ist (GfSE 2012). Neben den klassischen Anwendungsgebieten, der Luft- und Raumfahrt, gewinnt diese Methodik auch in weiteren Bereichen, wie z.B. der Automobilbranche oder der Medizintechnik, immer mehr an Bedeutung. In diesem Zusammenhang dient Systems Engineering als Leitlinie zum Lösen komplexer Problemstellungen auf Systemebene. Dieses Vorgehensmodell beinhaltet Methoden, Verfahren und Hilfsmittel um technisch komplexe Systeme, beginnend bei der Anforderungsdefinition und der Systemanalyse über die physikalische Entwicklung bis hin zur Systemintegration, zu entwickeln und zu realisieren. Schwerpunkt der Methodik des Systems Engineering ist der Problemlösungsprozess der aus den zwei Komponenten Systemgestaltung und Projektmanagement besteht und als Grundlage ein Systemdenken voraussetzt. Dabei ist das Hierarchisierungsprinzip bzw. das Vorgehen »Vom Groben zum Detail« ebenso Grundlage wie das Verwenden und Bilden von Modellen als Strukturierungshilfe (Daenzer & Huber 1997). Durch das modellhafte Abstrahieren von komplexen Systemen lassen sich diese oft in Teilsystemen zerlegen und die Minimierung der Komplexität des Realen darstellen (Cellier 1991). Aus dieser Entwicklung heraus hat sich der Ansatz des Systemgedankens in das Zentrum der Produktentwicklung gedrängt mit der Absicht, innovative und global wettbewerbsfähige Produkte bei vollster Umsetzung der Kundenanforderungen zu produzieren (Janschek 2010). Insbesondere durch die Vielzahl an Disziplinen wie Mechanik, Elektrik/Elektronik und Software in heutigen innovativen Produkten wird die Beherrschung des Systems Engineering zunehmend zu einem echten Wettbewerbsvorteil für entwickelnde und produzierende Unternehmen. So ist beispielsweise eine konkurrenzfähige Entwicklung mechatronischer Produkte ohne die Einführung einer Systems Engineering Methode und der modellbasierten Entwicklung nur schwer erfolgreich umsetzbar. Die VDI-Richtlinie 2206 hat sich deshalb an die Methodik des Systems Engineering angelehnt mit dem Ziel, eine methodische Unterstützung für die domänenübergreifende Entwicklung mechatronischer Systeme zu gewährleisten und eine durchgängige Entwicklungsumgebung für mechatronische Systeme vorzuschlagen (VDI 2206).
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Besse, Pascale. "Identification clonale et analyse de la diversité génétique chez hevea brasiliensis par RFLP." Paris 11, 1993. http://www.theses.fr/1993PA112124.

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Abstract:
Hevea brasiliensis est un arbre originaire d'amerique du sud. Des techniques de marquage moleculaire par rflp ont ete developpees afin d'appuyer les programmes de selection. Le developpement de la technique d'empreintes genetiques a permis d'identifier les 73 clones cultives wickman etudies. Une etude de diversite a ete entreprise afin d'appuyer la gestion des ressources genetiques d'hevea (comparaison clones cultives et individus prospectes au bresil dans l'acre, le rondonia et le mato-grosso). L'etude de l'adn ribosomique a permis d'emettre l'hypothese de l'existence de deux sous-races dans l'espece h. Brasiliensis, dont l'une serait composee des clones de l'acre. Les resultats obtenus par l'etude rflp de sequences uniques d'une banque d'adn nucleaire d'hevea, ont permis d'affiner les resultats obtenus par les isozymes. Trois groupes genetiques sont clairement definis: acre, rondonia (+vila bela), et mato-grosso+wickham. La structure genetique observee semble refleter la localisation geographique des regions prospectees et les flux migratoires entre ces regions, sans doute fortement dependants du reseau hydrographe du bassin amazonien. Les resultats obtenus montrent l'interet de l'etude de differents marqueurs genetiques pour l'analyse et la gestion des ressources genetiques
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SZABO, VERONIQUE. "Cartographie des genes qui differencient mais et teosinte a l'aide de marqueurs rflp." Paris 11, 1991. http://www.theses.fr/1991PA112406.

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Abstract:
La segregation des caracteres clefs qui differencient mais et teosinte a ete analysee dans trois populations f#2 et trois backcross entre la lignee de mais t232 et zea mays ssp. Parviglumis. Ces caracteres sont: epillets femelles par paire chez le mais, distiches chez la teosinte, epis femelles et glumes de l'epi femelle indurees chez la teosinte. Les autres caracteres etudies sont l'inclinaison des grains par rapport a l'axe du rachis, la polystichie (respectivement distichie) du mais (respectivement teosinte) et la date de floraison. 50 marqueurs rflp couvrant la totalite du genome ont ete utilises dans un premier temps pour cartographier ces caracteres; des marqueurs supplementaires ont ensuite ete utilises pour raffiner la cartographie une fois la liaison detectee. Tous les caracteres presentent un determinisme simple sauf la floraison qui est heritee de maniere quantitative. Le caractere epillets par paire est sous le controle de deux genes independants. Le placement de la plupart de ces genes ne concorde pas avec les resultats obtenus par d'autres auteurs et les raisons de ces differences ont ete analysees. Les resultats obtenus sont en accord avec l'hypothese selon laquelle mais et teosinte peuvent etre differencies par cinq genes majeurs avec la presence de genes modificateurs permettant la transformation complete de l'un en l'autre
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Grain, Françoise. "Étude des gènes du complexe majeur d'histocompatibilité : typage d'ovins par la méthode RFLP." Lyon 1, 1994. http://www.theses.fr/1994LYO1T183.

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Naamala, J., SK Jaiswal, and FD Dakora. "Microsymbiont diversity and phylogeny of native bradyrhizobia associated with soybean (Glycine max L. Merr.) nodulation in South African soils." Systematic and Applied Microbiology, 2016. http://encore.tut.ac.za/iii/cpro/DigitalItemViewPage.external?sp=1001977.

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Abstract:
Abstract The genetic diversity and identification of slow- and fast- growing soybean root nodule bacterial isolates from different agro-climatic regions in Mpumalanga, Limpopo and Gauteng Provinces of South Africa were evaluated. The 16S-rDNA-RFLP analysis of 100 rhizobial isolates and eight reference type strains placed the isolates into six major clusters, and revealed their site-dependent genomic diversity. Sequence analysis of single and concatenated housekeeping genes (atpD, glnII and gyrB), as well as the symbiotic gene nifH captured a considerably higher level of genetic diversity and indicated the dominance of Bradyrhizobium diazoefficiens and Bradyrhizobium japonicum in Mpumalanga, Limpopo and Gauteng Provinces. Gene sequence similarities of isolates with type strains of Bradyrhizobium ranged from 97.3 to 100% for the 16S rDNA, and 83.4 to 100% for the housekeeping genes. The glnII gene phylogeny showed discordance with the other genes, suggesting lateral gene transfer or recombination events. Concatenated gene sequence analysis showed that most of the isolates did not align with known type strains and might represent new species from South Africa. This underscores the high genetic variability associated with soybean Bradyrhizobium in South African soils, and the presence of an important reservoir of novel soybean-nodulating bradyrhizobia in the country. In this study, the grouping of isolates was influenced by site origin, with Group I isolates originating from Limpopo Province and Group II and III from Mpumlanga Province in the 16S rDNA-RFLP analysis.
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Fiore, Rebecca de Ara?jo. "Potencial de esp?cies florestais para remedia??o de substrato contaminado com atrazine e 2,4-D." UFVJM, 2014. http://acervo.ufvjm.edu.br:8080/jspui/handle/1/338.

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Abstract:
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Funda??o de Amparo ? Pesquisa do estado de Minas Gerais (FAPEMIG)
Em se tratando da contamina??o de ecossistemas por res?duos de defensivos agr?colas, especial aten??o ? dada para a classe dos herbicidas, em fun??o do volume de aplica??o. Os que possuem mol?culas sol?veis pass?veis de contamina??o de len??is h?dricos subterr?neos se destacam pela abrang?ncia dos efeitos negativos. Nesse sentido, objetivou-se selecionar esp?cies vegetais arb?reas interessantes na remedia??o de ambientes contaminados por res?duos de atrazine e 2,4-D. Foram avaliados 36 tratamentos compostos pela combina??o de 12 esp?cies florestais [Inga marginata (ing?), Schizolobium parahyba (guapuruvu), Handroanthus serratifolius (ip? amarelo), Jacaranda puberula (carobinha), Cedrela fissilis (cedro), Calophyllum brasiliensis (landin), Psidium mirsinoides (goiabinha), Tibouchina glandulosa (quaresmeira), Caesalpinia f?rrea (pau-ferro), Caesalpinia pluviosa (sibipiruna), Terminalia arg?ntea (capit?o) e Schinopsis brasiliensis (bra?na)] e tr?s solu??es simulando o composto lixiviado (atrazine, 2,4-D e ?gua ? controle), com quatro repeti??es. Foram feitas 3 aplica??es dos herbicidas atrazine e 2,4-D com intervalos de 20 dias (aos 60, 80 e 100 dias ap?s o plantio), sendo cada aplica??o correspondente ? metade da dose comercial dos produtos. Para as avalia??es de crescimento foram mensuradas a altura da planta, o di?metro do caule, o n?mero de folhas, a ?rea foliar e o ac?mulo de biomassa seca. Na estimativa do efeito visual dos herbicidas ?s plantas avaliadas, optou-se pela atribui??o de notas em escala de intoxica??o. Para verifica??o de capacidade remediadora das esp?cies arb?reas procedeu-se a semeadura da esp?cie indicadora para indicativo do res?duo do herbicida no solo, (Cucumis sativus (L.)). Posteriormente em amostras de solo provenientes da esp?cie remediadora mais promissora procedeu-se a an?lise de polimorfismo de comprimento de fragmento de restri??o terminal (T-RFLP), com intuito de caracterizar a diversidade microbiana presente. As esp?cies florestais sobreviveram ? aplica??o dos herbicidas, sendo que umas se mostram mais sens?veis do que outras. O ing? apresentou bons resultados de remedia??o com o bioensaio, assim como o ip? amarelo, apesar da sua sensibilidade aos herbicidas. Observou-se aumento no conte?do relativo de macronutrientes para as plantas sob a??o dos herbicidas, na maioria dos tratamentos. Os resultados de T-RFLP confirmaram a diversidade microbiana diferenciada associada ? rizosfera de ing?, principalmente quando submetida ? a??o de atrazine.
Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Ci?ncia Florestal, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2014.
ABSTRACT In the case of contamination of ecosystems by residues of pesticides, special attention is given to the class of herbicides, according to the application volume. Those with likely contamination of underground water soluble molecules sheets are distinguished by breadth of negative effects. In this sense, the aim of this work was to select interesting woody plant species in the remediation of contaminated by residues of atrazine and 2,4-D environments. Were evaluated 36 treatments consisted of combinations of 12 forest species [Inga marginata (ing?), Schizolobium parahyba (guapuruvu), Handroanthus serratifolius (ip? amarelo), Jacaranda puberula (carobinha), Cedrela fissilis (cedro), Calophyllum brasiliensis (landin), Psidium mirsinoides (goiabinha), Tibouchina glandulosa (quaresmeira), Caesalpinia f?rrea (pau-ferro), Caesalpinia pluviosa (sibipiruna), Terminalia arg?ntea (capit?o) and Schinopsis brasiliensis (bra?na)] and three leachate solutions simulate the compound ( atrazine , 2,4 - D and water - control),with four replicates each. Three applications of atrazine and 2,4-D were made at intervals of 20 days (at 60, 80 and 100 days after planting), each application was corresponding to half of the recommended. Evaluations of growth were measured plant height, stem diameter, number of leaves, leaf area and dry biomass. In estimating the visual effect of herbicides on plants assessed, was opted for the grading scale of intoxication. To check remediation ability of tree species proceeded seeding indicator species for indication of herbicide residue in the soil (Cucumis sativus (L.)). Later in soil samples from the species most promising remedial proceeded to analysis of length polymorphism terminal restriction fragment (T-RFLP), in order to characterize the microbial diversity present. Forest species survived the herbicide application, and some are more sensitive than others. The ing? had good results with the remediation bioassay, as well as the ipe amarelo, despite their sensitivity to herbicides. Observed increase in the relative content of macronutrients for plants under the effect of herbicides in most treatments. The results of T-RFLP confirmed the differentiated microbial diversity associated with the rhizosphere of ing?, especially when subjected to the action of atrazine.
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MEDEIROS, Rafael Acioli. "Caracterização da Leishmania infantum e Leishmania (Viannia) braziliensis em cães provenientes da Região Metropolitana do Recife, Pernambuco." Universidade Federal de Pernambuco, 2013. https://repositorio.ufpe.br/handle/123456789/12218.

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Abstract:
Submitted by Milena Dias (milena.dias@ufpe.br) on 2015-03-12T17:45:21Z No. of bitstreams: 2 Dissertação Rafael Medeiros.pdf: 841724 bytes, checksum: 770fac09975639de3352fde1d0ea2ec3 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5)
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CAPES
As Leishmanioses são uma antropozoonose com ampla distribuição geográfica e ocorrência em torno de 88 países. Na Leishmaniose visceral americana (LVA), os cães domésticos são considerados os principais reservatórios da L. infantum no ambiente domiciliar. Diferentes perfis epidemiológicos da Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) têm sido caracterizados pela presença de casos humanos em áreas de colonizações antigas, sugerindo uma antropozoonose entre os animais domésticos por demonstrarem lesões tegumentares causadas pela Leishmania (Vianna) braziliensis. O diagnóstico das leishmanioses pode ser realizado através de métodos clínicos, epidemiológicos, parasitológicos, imunológicos e moleculares. Em áreas endêmicas o diagnóstico clínico e epidemiológico dessas zoonoses é dificultado pela similaridade clínica com outras doenças, tornando a utilização de exames laboratoriais de suma importância para confirmação diagnóstica. Em virtude da necessidade de diagnóstico especifico das leishmanioses na espécie canina, este trabalho tem como objetivo a utilização da PCR-RFLP, tendo como alvo o espaçador interno transcrito (ITS-1), para diferenciação das espécies de Leishmania em cães provenientes da Região Metropolitana do Recife. Foram coletadas 40 amostras de soro e medula de cães, 30 machos e 10 fêmeas, com idades entre 2 e 7 anos , que apresentaram suspeita clinica de leishmaniose quando atendidos no Hospital Veterinário da UFRPE. Foram realizados os testes diagnósticos de exame direto em medula e Reação indireta de imunoflorescência tanto para LTA quanto LVA. Além disso foi realizado a PCR-RFLP nas amostras de soro e urina para a pesquisa de L. infantum e L. (viannia) braziliensis. Dos 40 cães pesquisados 23 foram positivos para L.infantum e 17 foram negativos para as duas espécies pesquisadas. Quando comparado com os testes diagnósticos convencionais , 3 dos 23 cães foram positivos apenas na técnica molecular. Portanto, a ITS1-PCR RFLP pode ser uma importante ferramenta para o diagnostico e caracterização da leishmaniose canina em uma determinada região.
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Santana, Maiele Cintra. "Análise da comunidade de fungos em áreas de monoculturas e consórcio de Eucalyptus grandis e Acacia mangium." Universidade de São Paulo, 2018. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11138/tde-03052018-173930/.

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Abstract:
Os fungos representam cerca de 75% da biomassa microbiana em áreas florestais, desempenhando funções importantes, desde a mineralização dos resíduos orgânicos até a disponibilização de nutrientes para plantas por meio das associações micorrízicas, o que influencia a ciclagem de nutrientes e, consequentemente, o crescimento das árvores. O objetivo desse trabalho foi avaliar a comunidade de fungos do solo, da rizosfera e do sistema radicular de Eucalyptus grandis e Acacia mangium plantados em monocultivos e em consórcio, e encontrar respostas para os padrões observados por meio da correlação com os atributos físicos, químicos, biológicos e a profundidade do solo. A coleta das amostras foi realizada na Estação Experimental de Ciências Florestais de Itatinga, em 2016, quando as plantas estavam com 2 anos de idade. Foram coletadas amostras em quatro tratamentos: monoculturas de E. grandis e de A. mangium e consórcios de E. grandis e de A. mangium, nos quais foram construídas trincheiras para coleta das amostras nas camadas de 0-10, 10-20, 20-50 e 50-100 cm de profundidade. Foram caracterizados os atributos físicos e biológicos do solo e os atributos químicos do solo, da rizosfera e das raízes. Para a avaliação micorrízica, foi quantificado o número de esporos de fungos micorrízicos arbusculares (FMA) e as taxas de colonização radicular por FMA e por fungos ectomicorrízicos. Foi avaliada a morfologia das estruturas das micorrizas arbusculares e ectomicorriza (ECM). A estrutura da comunidade de fungos do solo e da rizosfera foi avaliada por meio da técnica de Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP). Para isso, o DNA foi amplificado utilizando os primers ITS1f-FAM e ITS4 e a restrição dos fragmentos foi realizada com a enzima HaeIII. A abundância de cópias do gene ITS do solo e da rizosfera foi quantificada por PCR quantitativo (qPCR), utilizando os primers ITS1f e 5.8s. Os atributos físicos, químicos e biológicos tiveram poucas variações entre os tratamentos avaliados, sendo as maiores diferenças encontradas entre as profundidades. O número de esporos (<29) e as taxas de colonização micorrízica (<48%) foram baixos em todos os tratamentos, e se reduziram com o aumento da profundidade. As plantas de A. mangium não formaram micorrizas arbusculares. Nas raízes de E. grandis, não houve a formação de arbúsculos, mas foi verificada a presença de hifas enroladas (hyphal coils), estrutura de micorriza do tipo Paris. A anatomia das ECM confirmou a colonização destes fungos nas raízes das plantas estudadas. O qPCR mostrou maior abundância de genes ITS na rizosfera em relação ao solo, assim como nas camadas superficiais (0-10 cm) em relação às mais profundas (10 cm abaixo). A Análise de Coordenadas Principais revelou diferenças na estrutura das comunidades de fungos nos tratamentos estudados, principalmente para a região da rizosfera, diferenciando o perfil de fungos do monocultivo de E. grandis dos demais tratamentos, assim como a influência da A. mangium na estruturação da comunidade. A análise de redundância mostrou a influência de alguns atributos químicos nas taxas de colonização e estruturação da comunidade. Dessa forma, conclui-se que em sistema de consórcio, uma espécie de planta parece ser mais influente do que a outra na estruturação da comunidade de fungos e essa influência é mais evidente na rizosfera. Além disso, os atributos químicos são fatores importantes na organização da comunidade fúngica.
The fungi represent about 75% of the microbial biomass in forest areas, performing important functions, from the mineralization of the organic residues to the availability of nutrients to plants through mycorrhizal associations, which influences the nutrient cycling and, consequently, the growth of trees. The objective of this work was to evaluate the community of fungi of the soil, rhizosphere and root system of Eucalyptus grandis and Acacia mangium planted in monocultures and consortium, and to find explanations for the observed patterns through the correlation with physical and chemical soil attributes and soil depth. The samples were collected at the Experimental Station of Forest Sciences of Itatinga in 2016, when the plants were 2 years old. Samples were collected in four treatments: monocultures of E. grandis and A. mangium and consortia of E. grandis and A. mangium, in which trenches were constructed to collect samples in the 0-10, 10-20, 20 -50 and 50-100 cm deep. The physical and biological attributes of the soil and the chemical attributes of soil, rhizosphere and roots were characterized. For the mycorrhizal evaluation, the number of spores of arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) and the rates of root colonization by AMF and ectomycorrhizal fungi were quantified. The morphology of arbuscular mycorrhizal and ectomycorrhizal (ECM) structures was evaluated. The structure of the soil and rhizosphere fungi community by was evaluated by the technique of Terminal restriction fragment length polymorphism (T-RFLP). For this, the DNA was amplified using primers ITS1f-FAM and ITS4 and restriction of the fragments was performed with the enzyme HaeIII. The abundance of ITS gene copies of soil and rhizosphere was quantified by quantitative PCR (qPCR), using primers ITS1f and 5.8s. The physical, chemical and biological attributes had few variations among the evaluated treatments, being the greatest differences found between the depths. The number of spores (<29) and mycorrhizal colonization rates (<48%) were low in all treatments, and reduced with increasing depth. A. mangium plants did not form FMA. In the roots of E. grandis, there was no formation of arbuscules, but we found the presence of hyphal coils, mycorrhizal structures of the Paris type. The anatomy of the ECM confirmed the colonization of these fungi in the roots of the studied plants. The qPCR showed higher abundance of ITS genes in the rhizosphere in relation to the soil, as well as in the superficial layers (0-10 cm) in relation to the deeper ones (10 cm below). The Principal Coordinates Analysis revealed differences in the structure of the fungal communities in the treatments studied, especially for the rhizosphere region, differentiating the fungal profile of the E. grandis monoculture from the other treatments, as well as the influence of A. mangium on the structure of the community. The redundancy analysis showed the influence of some chemical soil attributes on the rates of colonization and community structuring. Thus, it is concluded that in a consortium system, one plant species seems to be more influential than the other in structuring the fungal community, and this influence is more evident in the rhizosphere. In addition, chemical attributes are important factors in the organization of the fungal community.
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Abreu, Daniel Paiva Barros de. "Caracteriza??o fenot?pica, genot?pica e perfil de sensibilidade a antif?ngicos de isolados cl?nicos de c?es e gatos pertencentes ao Complexo Sporothrix schenckii oriundos do estado do Rio de Janeiro." Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro, 2017. https://tede.ufrrj.br/jspui/handle/jspui/2031.

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Abstract:
Submitted by Celso Magalhaes (celsomagalhaes@ufrrj.br) on 2017-09-13T12:31:48Z No. of bitstreams: 1 2017 - Daniel Paiva Barros de Abreu.pdf: 1307092 bytes, checksum: b384d4db2cb316d3f640b111bc8efba4 (MD5)
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Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico - CNPq
Dimorphic fungi belonging to Sporothrix schenckii complex are responsible for sporotrichosis, important fungal infection with worldwide distribution. The anthropozoonotic characteristic is of high relevance in the state of Rio de Janeiro, where an increasing in the number of cases in human patients was observed in the last decades, highlighting the role of domestic cat as a transmitter agent. The description of new species compounding de Sporothrix genus, based on phenotypic and genotypic evaluations, showed the involvement of other members of this group in the epidemic status installed in Rio de Janeiro. The verification of strains resistant to itraconazole, a widely used antifungal in human and animal medicine for the treatment of this mycosis, is an important factor that possibly results in relapse and therapeutic failure of this disease. The present study aimed to identify, by phenotypic and molecular approaches, 168 isolates obtained from the routine of Veterinary Clinical Microbiology Laboratory ? UFRRJ, and the determination of minimal inhibitory concentration (MIC) for amphotericin B (AMB), ketoconazole (KTC), itraconazole (ITC), terbinafine (TRB) and voriconazole (VRC). Based on morphophysiological characteristics it was possible to identify 159 (94.64%) isolates as S. brasiliensis and 9 (5.36%) as S. luriei. However, applying PCR-RFLP of calmodulin 168 (100%) samples were identified as S. brasilensis. The susceptibility test, based on M38-A2 document (CLSI), showed that TRB was the most effective antifungal tested, followed by ITC, KTC, AMB, and VRC, respectively. No ITC resistant isolates were detected in the present study. These results demonstrate that the identification reached only by phenotypic evaluation is not recommended for the characterization of Sporothrix schenckii complex components. It also proves the predominance of S. brasiliensis in other regions of RJ state. The better efficacy of TRB added to the absence of isolates resistant to ITC support the necessity of pharmacodynamics and pharmacokinetics studies for the optimization of the therapeutic protocols. More information about isolates from dogs and cats correlated with the species from the S. schenckii complex, as well as in vitro antifungal efficacy evaluation provide knowledge about therapeutic alternatives. In this way, the present study also provides relevant information about the endemic status in Rio de Janeiro and important data for the treatment of human and animal sporotrichosis.
Fungos dim?rficos pertencentes ao complexo Sporothrix schenckii s?o respons?veis pela esporotricose, importante infec??o f?ngica que apresenta distribui??o mundial. Sua conhecida caracter?stica antropozoon?tica apresenta grande relev?ncia no estado do Rio de Janeiro, onde se verifica aumento significativo no n?mero de pacientes humanos e animais acometidos pela doen?a nas ?ltimas d?cadas, destacando-se em tais casos o papel do felino como agente transmissor. A descri??o de novas esp?cies pertencentes ao g?nero Sporothrix, baseada em caracter?sticas fenot?picas e genot?picas, demonstrou o envolvimento de outros componentes deste g?nero na epidemia instalada no estado. A verifica??o de isolados resistentes a itraconazol, antif?ngico amplamente utilizado na medicina humana e veterin?ria para o tratamento da doen?a, ? fato preocupante e tem poss?vel associa??o a recidivas e falhas terap?uticas. O presente estudo objetiva a identifica??o fenot?pica e genot?pica de 168 exemplares oriundos de pacientes felinos e caninos, obtidos na rotina do Diagn?stico Microbiol?gico Veterin?rio - UFRRJ, com determina??o da Concentra??o Inibit?ria M?nima (CIM) frente ? anfotericina B (AMB), cetoconazol (KTC), itraconazol (ITC), terbinafina (TRB) e voriconazol (VRC). A partir de caracter?sticas morfofisiol?gicas foi poss?vel identificar 159 (94,64%) isolados como S. brasiliensis e 9 (5,36%) como S. luriei. Contudo, metodologias moleculares identificaram 168 (100%) S. brasiliensis, a partir de PCR-RFLP em gene respons?vel pela s?ntese de calmodulina. O teste de sensibilidade, realizado a partir do documento M38-A2 (CLSI) determinou maior efic?cia in vitro para TRB, seguido por ITC, KTC, AMB e VRC, respectivamente. Cepas resistentes a ITC n?o foram detectadas no presente estudo. Tais resultados demonstram que a identifica??o alcan?ada exclusivamente por m?todos fenot?picos n?o ? recomendada para caracteriza??o de componentes do complexo Sporothrix schenckii. Comprova-se ainda a predomin?ncia de S. brasiliensis em outras regi?es do estado do RJ. A maior efic?cia de TRB, somada a aus?ncia de exemplares resistentes a ITC, refor?a a necessidade de estudos farmacodin?micos e farmacocin?ticos para otimiza??o dos protocolos terap?uticos atualmente utilizados. Obten??o de maiores informa??es acerca dos isolados provenientes de amostras provenientes de c?es e gatos correlacionados a esp?cies dentro do complexo S. schenckii, bem como a avalia??o da efic?cia in vitro de antif?ngicos proporcionam conhecimento sobre alternativas terap?uticas. Tais informa??es auxiliam no entendimento do quadro instalado no estado do Rio de Janeiro e fornece dados de grande utilidade para o tratamento humano e veterin?rio
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Burger, Joachim A. "Sequenzierung, RFLP-Analyse und STR-Genotypisierung alter DNA aus archäologischen Funden und historischen Werkstoffen." [S.l. : s.n.], 2000. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=961822848.

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Miao, Yu. "Development and use of T-RFLP for studies of take-all infection of wheat." Thesis, University of Nottingham, 2008. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.490991.

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Abstract:
Take-all of wheat is caused by the soil-borne fungus Gaeumannomyces graminis var. tritici (Ggt), and is a widespread and destructive disease in temperate climates around the world where losses may be as high as 50%. Several practices are used to limit the disease on susceptible crops, including tillage, rotation, choice of variety, N fertilizer, and chemical and biological seed treatments. In relation to biological control, it is necessary to better understand the effects of different treatments on microbial dynamics in the rhizosphere and on roots.
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Spengler, C. J. "PCR-RFLP typification of microbes used in the production of a fermented fish product." Thesis, Stellenbosch : Stellenbosch University, 2001. http://hdl.handle.net/10019.1/52397.

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Abstract:
Thesis (MScFoodSc)--Stellenbosch University, 2001.
ENGLISH ABSTRACT: The preservation of various fresh fish products is achieved by either smoking, salting, canning, freezing or fermenting a highly perishable raw product. Since many of these facilities are not readily available, the use of fermentation as a means of preserving the product has been extensively practiced. However, the fermentation of fish is a time consuming practise and only by accelerating the process would it be possible to ensure the production of a more cost effective and readily available safe end-product. The quality of the fermented fish product is partially determined by the fermentation conditions and the metabolic activity of the microbes present. The rapid identification of the microbes present during the fermentation would enable the selection of possible starters to ensure an accelerated production of high quality fermented fish products. This study was thus undertaken to develop identification fingerprints for bacteria isolated from fermented fish products. A 1300 bp fragment of the 16S rRNA genes of each of the bacteria previously isolated was successfully amplified using the PCR technique. The isolates included strains of the genera Bacillus, Staphylococcus, Sphingomonas, Kocuria, Brevibacillus, Cryseomonas, Vibrio, Stenotrophomonas and Agrobacterium. The data obtained can, therefore, be used in the identification of these microbes isolated from other similar fermented fish products. The fingerprints could also be used to assist in determining the dominant microbial populations responsible for the characteristic qualitative changes occurring in the fish product during fermentation. The microbial composition of a fermenting fish product partially determines the quality of the end-product, therefore, the use of selected bacterial starters could result in the accelerated production of a microbial safe fermented fish product. A further objective of this study was to accelerate the production of a fermented fish product by inoculating macerated trout with either selected lactic acid bacteria (LAB) or with selected bacteria with high proteolytic activity over a 30 day fermentation period. The LAB included a combination of Lactobacillus plantarum, Lactococcus diacetylactis and Pediococcus cerevisiae strains, whereas the bacteria with high proteolytic activity included strains of Kocuria varians, Bacillus subtilis, two strains of B. amyloliquefaciens and a combination of these bacterial species. The quality of the fermented product was determined using changes in product pH, titratable acidity (%TA) and free amino nitrogen (FAN) formation as efficiency parameters. The data obtained during the fermentation of the macerated trout showed that the selected starters did not have a significant effect on the pH decrease in the product over a 30 day fermentation period. The LAB strains did not have a significant effect on the %TA of the fermenting fish product, yet the presence of these bacteria appeared to limit the FAN production in the product. The bacteria with high proteolytic activity resulted in slightly enhanced %TA values and a higher FAN content in the fermented product. It was also determined that the LAB and Kocuria varians, in contrast to the Bacillus spp. inoculums, did not survive the fermentation conditions well, possibly due to the low pH environment. The presence of the starter bacteria in the fermenting fish mixture at the end of the fermentation was also successfully determined with the use of the PCR-RFLP technique. The fermented fish product, obtained at the end of the fermentation period, had a good aroma and compared favourably to similar commercially available fermented fish products. The use of different microbial starters could in future enable the production of a diverse range of high quality products, which could be produced and marketed locally.
AFRIKAANSE OPSOMMING: Die preservering van ‘n verskeidenheid vars vis produkte word bereik deur die hoogs bederfbare produk te rook, te sout, te blik, te vries of te fermenteer. Aangesien baie van hierdie fasiliteite nie geredelik beskikbaar is nie, is die gebruik van fermentasie as ‘n preserverings metode al ekstensief beoefen. Die fermentasie van vis is egter 'n tydsame proses en slegs deur die versnelling van die proses sal dit moontlik wees om die produksie van ‘n meer koste effektiewe en geredelike beskikbare veilige eindproduk te verseker. Die kwaliteit van die gefermenteerde vis produk word gedeeltelik bepaal deur die fermentasie kondisies en die metaboliese aktiwiteit van die mikrobes teenwoordig. Die vinnige identifikasie van die mikrobes teenwoordig gedurende die fermentasie sal die seleksie van moontlike suursels om die versnelde produksie van hoë kwaliteit gefermenteerde vis produkte moontlik maak. Hierdie studie is dus onderneem om identifikasie vingerafdrukke vir bakteriee wat gei'soleer is van gefermenteerde vis produkte moontlik te maak. ‘n 1300 bp fragment van die 16S rRNA gene van elkeen van die bakteriee wat voorheen gei'soleer is, is suksesvol geamplifiseer deur die PCR tegniek. Die isolate sluit in stamme van die genera Bacillus, Staphylococcus, Sphingomonas, Kocuria, Brevibacillus, Cryseomonas, Vibrio, Stenotrophomonas en Agrobacterium. Die data kan dus gebruik word in die identifikasie van hierdie mikrobes as dit gei'soleer word van ander gefermenteerde vis produkte. Die vingerafdrukke kan ook gebruik word om die dominante mikrobiese populasies wat verantwoordelik is vir die kenmerklike kwalitatiewe veranderinge wat plaasvind in die vis produk gedurende die fermentasie, te identifiseer. Die mikrobiese samestelling van ‘n fermenterende vis produk bepaal gedeeltelik die kwaliteit van die eindproduk, daarom kan die gebruik van geselekteerde bakteriese suursels die versnelde produksie van ‘n mikrobies veilige gefermenteerde vis produk teweeg bring. ‘n Verdere doel van hierdie studie was om die produksie van ‘n gefermenteerde vis produk te versnel deur fyngemaakte forel met of geselekteerde melksuurbakteriee of met geselekteerde bakteriee met hoë proteolitiese aktiwiteit te inokuleer oor ‘n 30 dag fermentasie periode. Die melksuurbakteriee het ingesluit ‘n kombinasie van Lactobacillus plantarum, Lactococcus diacetylactis en Pediococcus cerevisiae, terwyl die bakterieë met hoë proteolitiese aktiwiteit stamme van Kocuria varians, Bacillus subtilis, twee stamme van Bacillus amyloliquefaciens en ‘n kombinasie van hierdie bakteriese stamme ingesluit het. Die kwaliteit van die gefermenteerde produk is bepaal deur die veranderinge in die pH, titreerbare suur (%TS) en vrye amino stikstof (VAS) vorming van die produk as effektiwiteits parameters te gebruik. Die data wat verkry is gedurende die fermentasie van die fyngemaakte forel het gedui daarop dat die geselekteerde suursels nie ‘n merkwaardige effek op die afname in pH in die produk oor ‘n 30 dag fermentasie periode het nie. Die melksuurbakteriee het nie ‘n merkwaardige effek op die %TS van die gefermenteerde vis produk gehad nie, terwyl dit geblyk het dat die teenwoordigheid van hierdie bakterieë die produksie van VAS in die produk belemmer het. Die bakteriee met hoe proteolitiese aktiwiteit het ‘n effense verhoogde %TS en ‘n hoër VAS inhoud in die gefermenteerde produk veroorsaak. Dit is ook bepaal dat die melksuurbakteriee en Kocuria varians, in teenstelling met die Bacillus spp. inokulums, nie die fermentasie kondisies goed oorleef het nie, moontlik as gevolg van die lae pH omgewing. Die teenwoordigheid van die suursel bakteriee in die fermenterende vis mengsel aan die einde van die fermentasie is ook suksesvol bepaal met die PKR-RFLP tegniek. Die gefermenteerde vis produk, verkry aan die einde van die fermentasie periode, het ‘n goeie aroma gehad en het goed vergelyk met soortgelyke kommersieel beskikbare gefermenteerde vis produkte. Die gebruik van verskillende mikrobiese suursels kan in die toekoms die produksie van ‘n diverse reeks hoë kwaliteit produkte wat plaaslik geproduseer en bemark kan word moontlik maak.
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Okuda, Liria Hiromi. "Orthopoxvirus bovino: inquérito soroepidemiológico e caracterização de amostras pela técnica de PCR e RFLP." Universidade de São Paulo, 2013. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-09122013-152339/.

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Abstract:
No Brasil, casos de doença exantemática em bovinos e humanos têm sido relatados em diversas regiões, cujo agente causal é o virus vaccinia pertencente ao gênero Orthopoxirus da família Poxviridae. Classicamente, a varíola bovina é causada pelo Cowpoxvirus, entretanto, outros Poxvirus, como o vírus vaccinia podem desenvolver sintomatologia clínica semelhante. Além de comprometer a cadeia produtiva de leite, uma vez que dificulta a ordenha, predispõe a mastite e descarte do produto, é uma zoonose e atualmente está incluída no diagnóstico de doença vesicular. A origem desses casos bem como a epidemiologia da doença ainda é pouco conhecida. Assim, objetivou-se no presente estudo 1) Avaliar a soroprevalência de Orthopoxirus em rebanhos bovinos do circuito sete do Estado de São Paulo que compreendem as regiões do Vale do Paraíba e Mogi das Cruzes e associar os possíveis fatores de risco envolvidos na transmissão da doença; 2) Detectar e caracterizar a presença de Orthopoxirus em amostras suspeitas de doença vesicular, no período de 2007 a 2009, provenientes de diversas regiões do Brasil utilizando técnicas convencionais e moleculares: microscopia eletrônica, isolamento viral, PCR e RFLP; 3) Sequenciamento e análise filogenética das amostras positivas para o vírus vaccinia. Para o inquérito soroepidemiológico foram analisadas 76 propriedades pertencentes ao circuito 7 que compreendem as regiões do Vale do Paraíba e Mogi das Cruzes, estado de São Paulo, selecionadas aleatoriamente, totalizando 619 animais, estratificados em fêmeas acima de dois anos. A soroprevalência de Orthopoxirus no Vale do Paraíba foi de 32,3% (200/619) pela virusneutralização. Associação positiva foi encontrada para presença de animais silvestres. No diagnóstico virológico foram analisadas 227 amostras de epitélio, negativas para outras doenças vesiculares. Encontrou-se frequencia de 63,4% (144/227) positivas para o Orthopoxirus em praticamente todas as regiões do país. A análise por RFLP revelou perfil de padrão para o vírus vaccinia. O sequenciamento dos isolados confirmou que o vírus vaccinia é a estirpe circulante e está agrupado no grupo I de isolados de vaccinia brasileiros.
In Brazil, cases of rash illness in cattle and humans have been reported in several regions whose causal agent is the vaccinia virus belonging to the genus Orthopoxirus (OPV) family Poxviridae. Classically, cowpox is caused by Cowpoxvirus, however, other poxviruses such as vaccinia virus may develop same clinical signs. In addition to compromising the production chain of milk, as it hampers milking, predisposes to mastitis and discard the product, also it is a zoonosis and is currently included in the differential diagnosis of vesicular disease. The origin of these cases as well as the epidemiology of the disease is still unknown. Thus, the aim of the present study 1) assess the serum prevalence of OPV in cattle herds circuit seven Vale do Paraíba and associate the possible risk factors involved in disease transmission, 2) identify and characterize the presence of OPV in samples suspected vesicular disease in the period 2007-2009, from various regions of Brazil using conventional techniques and molecular electron microscopy, virus isolation, PCR and RFLP; 3) Sequencing and phylogenetic analysis of the samples positive for OPV. For epidemiological survey were analyzed 76 properties in the region of Vale do Paraíba, São Paulo, randomly selected, totaling 619 animals, stratified in females more than two years. The serum prevalence of OPV in the Paraíba Valley was 32.3% (200/619) by virus neutralization. Positive association was found for presence of wild animals. The virological diagnosis were analyzed 227 samples of epithelium, negative for other vesicular diseases. Met frequency of 63.4% (144/227) positive for OPV in practically all regions of the country. RFLP analysis revealed default profile for the vaccinia virus. The sequencing of the isolates confirmed that vaccinia virus strain is circulating and is clustered in group I isolates of Brazilians vaccinia.
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Alvarez, Vega Luis Guillermo. "Detección de Staphylococcus pseudintermedius y Staphylococcus aureus aislados de piodermias caninas mediante PCR-RFLP." Bachelor's thesis, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, 2019. https://hdl.handle.net/20.500.12672/11838.

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Abstract:
A nivel mundial la piodermia es una de las enfermedades de la piel más diagnosticada en caninos. Entre los agentes involucrados se encontraba Staphylococcus intermedius, el que se creía el principal agente de las piodermias caninas; sin embargo, en el año 2005 fue reclasificado en 3 especies: S. intermedius, S. pseudintermedius y S. delphini. Posteriormente, estudios en diferentes países reportaron que el Staphylococcus pseudintermedius es en realidad el agente bacteriano más frecuentemente aislado en piodermias, seguidamente surgieron los primeros reportes de aislados resistentes a meticilina. Por otro lado, Staphylococcus aureus, patógeno importante en medicina humana, se aísla con más frecuencia en muestras de piodermias caninas, siendo estos potenciales reservorios para reinfecciones en humanos de cepas resistentes a antibióticos. Por ello, este estudio buscó determinar la presencia S. pseudintermedius y S. aureus en 141 aislados de Staphylococcus sp. provenientes de casos de piodermia canina del periodo 2016 - 2018. El ADN de los 141 aislados fue extraído y analizado mediante PCR-RFLP, el cual consistió en la amplificación del gen pta y la digestión con la enzima MboI. Obteniendo que los aislados de Staphylococcus sp. fueron identificados como Staphylococcus pseudintermedius en un 87.9%, 12.1% como otros Staphylococcus sp. y no se detectó Staphylococcus aureus. Concluyéndose que el Staphylococcus más frecuentemente involucrado en piodermias caninas es el Staphylococcus pseudintermedius; sin embargo, no se debe omitir el rol potencial que puede cumplir Staphylococcus aureus como patógeno en caninos.
Universidad Nacional Mayor de San Marcos (Lima). Vicerrectorado de Investigación y Posgrado
Tesis
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Georges, Agnès. "Chlamydia Trachomatis et tetracyclines : étude de souches récidivantes par PCR-RFLP du gène omp1." Bordeaux 2, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR2P094.

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Pereira, Lucas Carlos Gomes. "Importância dos polimorfismos C3435T e C1236T do gene de resistência a múltiplas drogas (MDR1) na resposta ao tratamento com mesilato de imatinib em pacientes com Leucemia Mielóide Crônica (LMC)." Universidade Federal de Goiás, 2013. http://repositorio.bc.ufg.br/tede/handle/tede/3100.

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Abstract:
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In recent years, the evolution of health expenditures and specifically drugs, has worried governments. Among the various specialties, oncology is among those dealing with the greatest difficulties in the management of drug therapy. It is known that patients treated with various drugs have variability of response and susceptibility to drug toxicity. In present work, we study the role of Multiple Drug Resistance gene (MDR1) polymorphisms C1236T and C3435T frequencies and response to treatment with imatinib mesylate in 96 patients with chronic myeloid leukemia (CML). A total of 96 patients with CML were treated according to the Brazilian National Cancer Institute (INCA) guidelines and the blood samples were collected for genotyping. Genomic DNA was extracted and C1236T and C3435T polymorphisms genotyping was performed by the polymerase chain reaction with restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP), which detects a variation in length of a DNA fragment generated (370pb and 340pb) by a specific endonuclease in a specific site of the genome (HaeIII and MboI). Of the 96 CML samples, 31 samples were homozygous (CC), 13 homozygous (TT) and 52 heterozygous (CT) for exon 12 (1236). For the exon 26 (3435), 35 were homozygous (CC), 12 homozygous (TT) and 49 heterozygotes (CT). All frequencies for both polymorphisms were in Hardy-Weinberg equilibrium (p = 0.229 and q = 0.414). We found percentage association between polymorphisms and their distribution in different populations, and the response to treatment both cytogenetic and molecular difference was not statistically significant (p <0.05) when compared to age and sex presented response by patients and also no statistical difference (p <0,050). We conclude that the observed allele frequency for exons 1236 were 59.4% for C and 40.6% for T and the frequencies for the exon 3435 were 62.0% for C and 38.0% for T. That the relationship between the frequencies of polymorphisms of MDR1 in populations of different geographic locations, can provide tools that help in choosing a more appropriate and effective treatment of CML.
Neste estudo, o papel dos polimorfismos C1236T e C3435T do gene de Resistência a Múltiplas Drogas (MDR1) foram investigados em relação à frequência e a resposta ao tratamento com imatinibe em pacientes com leucemia mielóide crônica (LMC). Um total de 96 pacientes com LMC foram tratados de acordo com as diretrizes do Instituto Nacional do Câncer (INCA) e amostras de sangue foram coletadas para genotipagem do gene MDR (Resistência à Multiplas Drogas). O DNA genômico foi extraído e a genotipagem dos polimorfismos C1236T e C3435T foi realizada por meio da reação em cadeia da polimerase com fragmentos de restrição (PCR-RFLP), que detectou uma variação no comprimento de um fragmento de DNA gerado (370pb e 340pb) por uma endonuclease específica em um sítio específico do genoma (HaeIII e Mbol). Analisando as 96 amostras de pacientes para o polimorfismo no éxon 12 (1236) com LMC, 31 amostras apresentaram homozigose (CC), 13 homozigose (TT) e 52 heterozigose (CT). Para o estudo do polimorfismo no éxon 26 (3435), 35 foram homozigotas (CC), 12 homozigotas (TT) e 49 heterozigotas (CT). Todas as frequências para ambos os polimorfismos apresentaram-se em equilíbrio de Hardy-Weinberg (p = 0,229 e q = 0,414). Foi encontrada associação do percentual dos polimorfismos estudados em relação à distribuição dos mesmos em grupos de diferentes localizações geográficas, e sobre a resposta ao tratamento tanto citogenética e molecular, não houve diferença estatísticamente significante (p<0,05), quando foi comparado à idade e ao gênero apresentados pelos pacientes e a resposta também não houve diferença estatística (p<0,05). Conclui-se que as frequências alélicas observadas para o éxon 1236 foram de 59,4% para C e 40,6% para T e as frequências para o éxon 3435 foram de 62,0% para C e 38,0% para T e que a relação entre as frequências de polimorfismos de MDR1 nas populações de diferentes localizações geográficas, pode fornecer ferramentas que auxiliem na escolha de um tratamento mais adequado e eficaz da LMC.
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Vitaliano, Sérgio Netto. "Isolamento e caracterização biológica e genotípica de Toxoplasma gondii em animais selvagens do Brasil." Universidade de São Paulo, 2012. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/10/10134/tde-04102012-182312/.

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Abstract:
Toxoplasma gondii é um protozoário formador de cistos capaz de infectar diversas espécies de aves e mamíferos domésticos e selvagens, incluindo o homem. Apesar de evidências sorológicas da infecção por T. gondii em animais selvagens, pouco se sabe sobre o papel da vida selvagem na cadeia epidemiológica e tampouco a susceptibilidade das variadas espécies a este parasito. O presente trabalho consistiu no isolamento e caracterização genotípica de T. gondii de tecidos de animais selvagens, de vida livre e de cativeiro, provenientes de diversas localidades do Brasil e na detecção sorológica de anticorpos contra o parasito nas amostras em que foi possível obter o soro. A sorologia foi realizada em 54 amostras de soros de aves e mamíferos de várias espécies por meio do Teste de Aglutinação Modificado (MAT). Deste total, 18 amostras (cinco de aves e 13 de mamíferos) foram positivas para anticorpos anti-T. gondii. Para o isolamento do parasito foi realizado o bioensaio em camundongos. Homogenados de coração e cérebro de cada um dos animais foram submetidos à digestão péptica e inoculados em grupos de cinco camundongos. Tecidos dos camundongos que vinham à óbito eram examinados para constatar a presença de formas de T. gondii. Seis semanas após inoculação, foi colhido sangue dos camundongos para a realização de testes sorológicos (MAT) para detecção de anticorpos anti-T. gondii e dois meses após a inoculação estes animais foram submetidos à eutanásia para a procura por cistos teciduais do parasito. Por meio desta prova biológica foi possível isolar T. gondii em 18 animais selvagens (16 de diversas espécies de mamíferos e duas de aves) provenientes de diferentes localidades. T. gondii foi isolado em uma coruja-buraqueira (Athene cunicularia), um pica-pau-de-banda-branca (Dryocopus lineatus), um gato-do-mato-pequeno (Leopardus tigrinus), um lobo-guará (Chrysocyon brachyurus), uma mucura (Didelphis marsupialis), uma paca (Cuniculus paca), três queixadas (Tayassu pecari), uma raposa-do-campo (Pseudalopex etulus), três tamanduás-mirim (Tamandua tetradactyla), três tatus-galinha (Dasypus novemcinctus) e dois tatuspeba (Eufractus sexcinctus). Dezesseis dos 18 isolados obtidos foram letais para 100% dos camundongos infectados. O isolado de um tatu-peba não causou mortalidade em camundongos e o isolado da coruja-buraqueira causou 50% de mortalidade. A caracterização genotípica dos isolados foi realizada pela técnica de PCR/RFLP utilizando 12 marcadores genotípicos. As amostras primárias dos tecidos provenientes dos animais selvagens que foram positivas na PCR de triagem também foram submetidas à caracterização genotípica. Por meio da PCR/RFLP foi possível obter o genótipo completo de 22 amostras, 15 delas provenientes de isolados e sete de amostras primárias de tecidos. Dos 18 isolados obtidos através do bioensaio, em três (tatu-peba, coruja-buraqueira e mucura) não foi possível obter a caracterização completa de todos os 12 marcadores utilizados. Pela análise das 22 amostras caracterizadas foram observados 17 genótipos diferentes, sendo que 13 deles são inéditos. A mortalidade de camundongos infectados foi comparada com a ocorrência dos diferentes alelos no marcador CS3 nos 15 genótipos provenientes de isolados, dos quais, sete apresentaram o alelo tipo I, seis o alelo tipo II e os alelos u-1 e u-3 foram encontrados em um isolado cada. Todos os isolados apresentaram 100% de mortalidade para os camundongos infectados.
Toxoplasma gondii is an intracellular protozoan parasite that infects almost all warmblooded animals, including humans. Although studies indicate that wild animals are frequently positive for antibodies anti-T. gondii, the role of wild life in the epidemiology of this parasite is not well understood nor the susceptibility of different wild species. The present study aimed to isolate T. gondii from free-living and captive wild birds and mammals from different locations from Brazil, to perform the genotipic characterization of T. gondii found in the analyzed tissue samples and to detect aintibodies anti-T. gondii in samples which were possible to obtain the serum. Serology was performed in 54 serum samples from different species of wild birds and mammals by the Modified Agglutination Test (MAT). From this total, 18 samples (five from birds and 13 from mammals) were seropositive for antibodies anti-T. gondii. For the isolation of the parasite, mice bioassay was performed. Brain and heart homogenates were submitted to peptic digestion and were inoculated in groups of five mice per animal sampled. Tissues of mice that died were examined for the presence of T. gondii. Mice were bled six weeks post-inoculation, and their sera were tested for anti-T. gondii antibodies by MAT. Surviving mice were euthanized two months after the inoculation and their brains were examined for the presence of T.gondii tissue cysts. T. gondii was isolated in 18 wild animals (16 from different species of mammals and two from birds) from different locations. T. gondii was isolated from one burrowing owl (Athene cunicularia), one lineated woodpecker (Dryocopus lienatus), three collared anteater (Tamandua tetradactyla), one hoary fox (Pseudalopex vetulus), one maned wolf (Chrysocyon brachyurus), one oncilla (Leopardus tigrinus), one opossum (Didelphis marsupialis), one paca (Cuniculus paca), three nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus), two six-banded armadillo (Euphractus sexcincticus) and three white-lipped peccary (Tayassu pecari). Sixteen of the 18 isolates were lethal to 100% of inoculated mice. The genotypic characterization was performed using 12 PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) Primary tissue samples which were positive in a trial PCR were also submitted to genotypic characterization. It was possible, by PCR/RFLP, to obtain the complete genotype of 22 samples, 15 from isolates and seven from primary tissue samples. It was not possible to accomplish the complete genotypic characterization in three isolates; one burrowing owl, one opossum and one sixbanded armadillo. In this 22 samples characterized, a total of 17 different genotypes were found with 13 of them described for the first time. Mortality of infected mice was compared between the different alleles of the marker CS3 in the 15 genotypes originated from isolates, which seven were type I, six were type II and alleles u-1 and u-3 were found in one isolate each. All the isolates presented 100% of mortality in infected mice.
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Andrade, Vanessa da Silva Silveira. "Polimorfismos genéticos, susceptibilidade e resposta ao tratamento em crianças portadoras de leucemia linfoblástica aguda." Universidade de São Paulo, 2006. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-27082007-085802/.

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Abstract:
As leucemias constituem o câncer mais comum da infância, representando 30% de todas as neoplasias infantis. Dentre elas, a leucemia linfoblástica aguda (LLA) é a mais freqüente, atingindo 75% dos casos pediátricos de leucemias. A ocorrência da LLA tem sido relacionada com a exposição a alguns fatores ambientais (químico, físico e biológicos) e maternos (uso de drogas e dieta) tanto no desenvolvimento intra-útero como após o nascimento. No entanto, o processo de leucemogênese, particularmente com relação à importância da susceptibilidade genética herdade e fatores ambientais, ainda não foi elucidado. As enzimas do citocromo P450 (CYP), assim como outras enzimas das fases I e II do metabolismo estão envolvidas na biotransformação de uma variedade de xenobióticos presentes na alimentação, no cigarro, nas drogas, nas bebidas alcoólicas e nos poluentes ambientais. Polimorfismos em genes responsáveis por codificar essas enzimas de metabolismo têm sido associados com um aumento na susceptibilidade a diferentes tipos de câncer e a doenças hematológicas em adultos e crianças. Similarmente, a capacidade diferencial de crianças portadoras de leucemia aguda para metabolizar carcinógenos e drogas quimioterápicas, a qual é influenciada pelos polimorfismos dos genes que codificam enzimas de metabolização, podem modificar a resposta à terapia. Sendo assim, é importante a realização de investigações epidemiológicas moleculares em crianças portadoras de leucemia, pois estes estudos poderão fornecer informações sobre a etiologia e os mecanismos que levam a esta doença, e sobre as respostas adversas ou inadequadas a certos agentes terapêuticos, com o intuito de buscar tratamentos mais específicos e eficazes. O presente trabalho teve por objetivo estimar a freqüência dos polimorfismos dos genes CYP2D6, EPHX1, MPO (responsáveis pelo metabolismo de xenobióticos) e TS (associado à síntese de DNA) e investigar a associação destes polimorfismos com o efeito do tratamento quimioterápico. Foram genotipados através da técnica de PCR-RFLP 132 pacientes portadores de LLA e 300 indivíduos controles. Analisando o gene CYP2D6 foi observada uma prevalência significante do alelo CYP2D6*3 no grupo dos pacientes. Em relação ao gene EPHX1, o alelo polimórfico *2 foi mais freqüente no grupo de indivíduos controles, assim como a repetição tripla (3R) do gene TS. O genótipo heterozigoto para o gene TS e o homozigoto selvagem para o gene MPO foram mais freqüentes em indivíduos do sexo feminino, sugerindo uma associação destes genótipos com o sexo. Não foi encontrada nenhuma associação dos polimorfismos estudados com a resposta ao tratamento quimioterápico. Com base nestes dados, é possível sugerir uma associação destes polimorfismos com a susceptibilidade ao desenvolvimento da LLA, destacando a importância da sua determinação para o prognóstico bem como para o caráter preventivo relacionado ao risco aumentado de doenças associadas à exposição ambiental.
The leukemias are the most common type of cancer in children, representing above 30% of all the pediatric malignancies. Among them, the acute lymphoblastic leukemia (ALL) is the most frequent, with a percentage of 75% of the total pediatric cases of leukemia. Its occurrence is closely related to the exposure to chemical, physical and biological environmental factors and so maternal factors either, such as drugs, alcohol even in the uterine phase or after birth. Despite all the investigations made until now, little is known about the leucemogenous process, in particular about the importance of herdable genetic susceptibility and environmental factors. The citochrome P450 enzymes, as well as other phase I and II enzymes are involved on the biotransformation process of a huge variety of xenobiotics on food, smoke, alcohol, drugs and chemical poluents. Polymorphisms on these genes have been associated to the increased susceptibility to different kind of adult cancers and hematological diseases in adults and child. Similarly, the differential capacity of children with ALL to metabolize carcinogen compounds and chemotherapy drugs, witch is influenced by polymorphisms on genes that encode metabolizing enzymes, can modify the individual risk of relapse and therapy response. Thus, molecular epidemiological investigations in children with acute leukemia became so important to help clinicians answer questions about the etiology and the right mechanisms that induce this malignance and about the adverse responses to therapy found in huge number of patients, trying to reach more specific treatments. So, the present study objective is to evaluate the polymorphism frequency on the following genes CYP2D6, EPHX1 and MPO (xenobiotic metabolizing genes) and TS gene (DNA synthesis) in patients with ALL and in controls individuals. We analyzed 132 patients and 300 health controls by PCR-RFLP technique. The CYP2D6*3 variant was more frequent on the case group. The EPHX1*2 and the triple repeat (3R) of TS gene were more frequent on the control group. The heterozygous genotype for the TS gene and the homozygous for the MPO gene were more prevalent on the female group, suggesting an association of these polymorphisms with the gender. We did not find any association with the studied polymorphisms and the response to therapy. Beyond these data, is it possible to suggest an association of these polymorphisms and the leukemia development susceptibility, emphasizing the importance of the polymorphism determination for prognosis and for the prevention, related to the increased risk of the diseases related to environmental exposure.
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Costa, Nathalie Borges. "ANÁLISE DO POLIMORFISMO DO GENE CYP1A1m1 EM PACIENTES COM GLAUCOMA PRIMÁRIO DE ÂNGULO ABERTO DE UMA CLÍNICA OFTALMOLÓGICA EM GOIÂNIA, GO." Pontifícia Universidade Católica de Goiás, 2011. http://localhost:8080/tede/handle/tede/3425.

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Abstract:
Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2016-08-18T13:40:01Z No. of bitstreams: 1 Nathalie Borges Costa.pdf: 1419823 bytes, checksum: 9601be4b45901e83f91a699e9111d75f (MD5)
Made available in DSpace on 2016-08-18T13:40:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nathalie Borges Costa.pdf: 1419823 bytes, checksum: 9601be4b45901e83f91a699e9111d75f (MD5) Previous issue date: 2011-12-07
Glaucoma encompasses a group of eye diseases characterized by retinal ganglion cell damage, optical nerve damage and visual field loss. It is a complex optic neuropathy of genetically heterogeneity which can lead to irreversible blindness. The visual field loss is a late manifestation symptom, therefore it is not a reliable symptom to detect glaucoma in its early stages. It is the second biggest cause of blindness worldwide, responsible for 12% of all the cases of complete vision loss, while cataracts are responsible for 48% of reversible blindness worldwide. A positive family history plays an important role as a risk factor for primary openangle glaucoma development. This is the most common form of glaucoma and it typically occurs after 40 years old of age. If the disease is neither detected nor treated properly the risk of blindness is higher. Patients with a positive family history or patients with mutations in genes that are known to be associated with glaucoma should have medical attention in order to prevent later complications. In this way it is extremely important to seek new genes that could be related to glaucoma. Up to this time three genes have been associated with primary open-angle glaucoma, the myocilin gene (MYOC), the optineurin gene (OPTN) and the repeat domain 36 gene (WDR36). The CYP1A1 gene, located at 15q22-q24, encodes an enzyme which is involved in the conversion of chemical substances into highly reactive species leading to unwanted cell damage, cell death or mutation. The m1 polimorphism is related to a high rate of enzyme activity and it comprises increased lung cancer susceptibility. The objective of this paper is to analyze the correlation of 100 patients with primary open-angle glaucoma and 52 normal controls by the RFLP method (Restriction Fragment Length polymorphism). The frequency of the homozygous wild-type (w1/w1) of CYP1A1 gene among patients with primary open-angle glaucoma (n=100) was 16%, for the genotype w1/m1 the frequency of was 77% and for m1/m1 it was 7%. Among the control group (n=52) the frequency of the homozygous wild-type (w1/w1) of CYP1A1 gene was 54%, the frequency of w1/m1 was 46% and m1/m1 was 0%. The qui-square test ( 2) considered the result statistically significant (P<0,0001), and this suggests that the CYP1A1m1 polymorphism is associated with primary open-angle glaucoma.
Glaucoma engloba inúmeras doenças oculares que têm como característica a lesão das células ganglionares da retina, com conseqüente lesão do nervo óptico e perda do campo visual. É considerada uma neuropatia óptica complexa e geneticamente heterogênea, levando à cegueira irreversível. A perda do campo visual é uma manifestação tardia do glaucoma, e portanto não é particularmente adequada para a detecção da doença em seu início. É a segunda causa de cegueira no mundo, respondendo por 12% dos casos, ficando atrás apenas da catarata (48%). A história familiar positiva é um importante fator de risco para o desenvolvimento do glaucoma primário de ângulo aberto, que é a forma mais comum da doença e que se manifesta principalmente após os 40 anos. O glaucoma, quando não diagnosticado e, portanto não tratado, pode levar a um risco maior de cegueira. Sendo assim, indivíduos com histórico familiar ou mesmo alterações nos genes associados ao glaucoma devem ter uma atenção médica mais dirigida aos seus aspectos preventivos, por isso a importância da procura de novos genes associados ao glaucoma. Até o momento foram identificados três genes relacionados ao glaucoma primário de ângulo aberto, o gene myocilin (MYOC ), o optineurin (OPTN) e o gene de domínio de repetição WD 36 (WDR36). O gene CYP1A1, localizado no cromossomo 15q22-q24, codifica enzima que está envolvida na conversão de produtos químicos em moléculas altamente reativas, que podem produzir dano celular indesejado, morte celular ou mutações. O polimorfismo m1 está associado a uma maior atividade enzimática, tendo sido referido como fator genético de suscetibilidade para o câncer de pulmão. Este trabalho teve como objetivo verificar a possível associação entre 100 doentes com glaucoma primário de ângulo aberto e 52 controles por RFLP (polimorfismo de comprimento de fragmentos de restrição). A frequência do gene CYP1A1 entre os pacientes com glaucoma primário de ângulo aberto (n=100) para o genótipo homozigoto selvagem w1/w1 foi de 16%; 77% para o genótipo w1/m1 e 7% para o genótipo m1/m1. Entre os pacientes do grupo controle (n=52) a freqüência do gene CYP1A1 foi de 54% para o genótipo w1/w1, sendo a freqüência para o genótipo w1/m1 igual a 46% e 0% para o genótipo m1/m1. Foi realizado o 2 que mostrou que o resultado deste trabalho é estatisticamente significativo (P<0,0001), sugerindo relação entre o polimorfismo CYP1A1m1 e o glaucoma primário de ângulo aberto.
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Fialová, Lenka. "Izolace a identifikace kvasinek z vinice pro jejich možné využití k výrobě vína." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2016. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-240584.

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Abstract:
The aim of this work was to isolate the Saccharomyces cerevisiae yeast from the surface of wine grapes of the Malverina and Sauvignon varieties. Isolated yeasts were identified by the PCR-RFLP method. 5,8S ITS rDNA was amplified using PCR and restricition endonucleases HaeIII, HhaI, HinfI and TaqI were used for the restriction analysis which followed. The results were processed by UPGMA cluster analysis using the BioNumerics programme. The dominant genus on the surface of the Malverina variety grapes was Brettanomyces/Dekkera, while on the surface of the Sauvignon grapes we found mainly yeasts of the Pichia genus. The Saccharomyces cerevisiae species was not isolated from any of the two grape varieties.
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Arraes, Ana Carolina Palmeira. "Detecção da diversidade molecular de Candida spp. isoladas de UTI neonatal." reponame:Repositório Institucional da UFBA, 2013. http://www.repositorio.ufba.br/ri/handle/ri/11817.

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Abstract:
Submitted by Hiolanda Rêgo (hiolandar@gmail.com) on 2013-06-10T20:55:35Z No. of bitstreams: 1 Dissertação_ICS_ Ana Carolina Arraes.pdf: 1876812 bytes, checksum: c4740a70b3675be50d2ebafeb0ba8fe3 (MD5)
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CAPES
A incidência de candidemia tem aumentado nos últimos anos e o espectro das espécies de Candida tem mudado com a emergência das espécies não-albicans e com o aumento da resistência antifúngica. A técnica de PCR associada à análise dos polimorfismos de fragmentos de restrição (PCR-RFLP) e AP-PCR são exemplos de técnicas moleculares utilizadas para a detecção da variabilidade genética desses micro-organismos. O objetivo deste trabalho foi caracterizar molecularmente Candida spp. clinicamente importantes. Foram estudadas 82 leveduras do gênero Candida, 73 isolados clínicos e nove cepas padrão de referência da “American Type Culture Collection” (ATCC). O DNA genômico foi extraído através de lise mecânica/química e fenol-clorofórmio. Após amplificação com iniciadores ITS1 e ITS4, os produtos da PCR foram digeridos com as enzimas DdeI, HaeIII, BfaI e MspI. Outra amplificação foi realizada com o iniciador arbitrário AP-4. A identificação fenotípica revelou a frequência de 38% de C. parapsilosis, 33% de C. albicans, 27,5% de C. tropicalis e 1,5% de C. guilliermondii. Após amplificação, foi possível identificar e diferenciar as espécies C. lusitaniae, C. guilliermondii, C. famata e C. glabrata. A diferenciação entre C. albicans, C. dubliniensis C. tropicalis, C. krusei e C. parapsilosis não foi bem evidenciada com as enzimas DdeI e HaeIII. Porém, MspI conseguiu diferenciar C. tropicalis, C. krusei, C. parapsilosis, C. glabrata, C. guilliermondii, C. lusitaniae e C. famata, juntamente com BfaI que separou C. albicans de C. dubliniensis. Já a técnica de AP-PCR com o iniciador AP-4, possibilitou a distinção das nove espécies cepas padrão ATCC de Candida, pois todas apresentaram perfis de amplificação com número, intensidade e tamanho de banda específico, onde cada espécie foi alocada em grupo distinto e a relação de similaridade variou de 38-69%, ratificando o poder de diferenciação das espécies. As técnicas moleculares foram reprodutíveis e relativamente rápidas, de fácil interpretação e podem ser aplicadas na identificação de espécies clinicamente importantes de Candida para auxílio no diagnóstico mais rápido e tratamento mais eficiente.
Salvador
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VINHAS, S. A. "ESTUDO SOBRE CARACTERÍSTICAS GENÉTICAS DE Mycobacterium tuberculosis ISOLADO DE PACIENTES COM E SEM LESÕES CAVITÁRIAS." Universidade Federal do Espírito Santo, 2013. http://repositorio.ufes.br/handle/10/4596.

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Abstract:
Made available in DSpace on 2016-08-29T15:35:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6777_Tese SAV 04-10-13.pdf: 4494409 bytes, checksum: 06e58e07b25332ca734da704af738a2c (MD5) Previous issue date: 2013-08-30
Introdução: Baseado na hipótese de que a variabilidade genética de Mycobacterium tuberculosis (MTB) pode influenciar a virulência e a gravidade da doença os perfis genéticos de isolados clínicos de MTB foram avaliados para detectar associação entre diversidade genética e gravidade da doença. Objetivos: Analisar características genéticas de isolados de MTB e verificar sua possível associação com a gravidade da TB pulmonar. Métodos: Estudo retrospectivo, caso controle, conduzido em Vitória-ES, utilizando isolados de MTB (2003 a 2006, n=214) de pacientes com TB pulmonar, cavitária (127) e não cavitária (87). Realizou-se genotipagem por meio de RFLP-IS6110, Spoligotyping, MIRU-VNTR 24 loci, e a análise de deleções e inserções, como RDRio, RD174 utilizando PCR multiplex, bem como a detecção do Ag85C103. Realizou-se análise estatística, para verificação dos padrões de distribuição das variáveis, seguida de análises bivariadas para verificação de associações entre elas, empregando-se os teste exato de Fisher ou Chi-quadrado, ambos com 95% de intervalo de confiança e nível de significância () < 0,05. Resultados: Após a regressão logística, as variáveis que contribuíram no modelo explicativo da doença foram baciloscopia (ORajust = 5,96; IC= 2,58-13,73) e produção de escarro (ORajust = 4,55; IC= 1,28-16,12). Não houve associação estatisticamente significativa com o restante das variáveis.A família LAM foi a mais frequente entre os dois grupos analisados, representando 65 (62%) dos isolados no grupo cavitário e 40 isolados (38%) do grupo não cavitário. Não houve diferença estatisticamente significativa entre os grupos em relação à deleção RDRio (p=0,65) e com relação à deleção RD174 (p=0,65). Dentre os 205 isolados analisados, 25 (12%) isolados do grupo não cavitário e 43 (21%) do grupo cavitário, estavam em cluster. não houve diferença estatisticamente significativa entre a quantidade de clusters e os grupos analisados (p= 0,4). Conclusões: Foi determinado o perfil genotípico dos isolados de pacientes com doença pulmonar, cavitária e não cavitária. Não houve associação entre a presença de cavidade e os genótipos encontrados. Não houve associação do genótipo com nenhum dos marcadores moleculares avaliados. Palavras Chaves: Mycobacterium tuberculosis, genotipagem molecular, RFLP- IS6110, MIRU-VNTR 24 loci , Spoligotyping.
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Michálek, Petr. "Sledování vlivu použité autochtonní kultury kvasinek na kvasný proces výroby vína." Master's thesis, Vysoké učení technické v Brně. Fakulta chemická, 2015. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-217130.

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Abstract:
This thesis deals with the identification of wine yeasts isolated from the grape must using PCR-RFLP method. The yeasts were isolated from Pinot Noir grape variety must. Grapes were grown and produced in accordance with the requirements placed on organic and integrated farming. Samples were processed in the laboratory, where pure cultures of individual yeast were obtained. A commercial kit was used for yeast DNA isolation. Obtained DNA was used for further analysis. Using the polymerase chain reaction and the primers ITS1 and ITS4 a specific segment of 5.8S rDNA-ITS region was amplified. The PCR products were then detected by electrophoresis in an agarose gel, and after a subsequent purification, three restriction enzymes: HaeIII, HinfI and HhaI were subjected to restriction analysis. The DNA was digested to fragments specific for yeast species and they were detected by agarose electrophoresis. Similarity of these isolates was compared using BioNumerics program and the result is dendrogram of genetic similarity of isolated yeast. The basic chemical analysis of samples must was also performed.
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陳子明 and Tsz-ming Chan. "Comparison of molecular epidemiological study on Mycobacterium tuberculosis using IS6110 RFLP and IS6110 PCR typing." Thesis, The University of Hong Kong (Pokfulam, Hong Kong), 2000. http://hub.hku.hk/bib/B31969689.

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Schmidt, Maren [Verfasser]. "Die Aussagekraft zusätzlicher RFLP-Analysen in defizienten Abstammungsbegutachtungen mittels Short-Tandem-Repeat-Analyse / Maren Schmidt." Kiel : Universitätsbibliothek Kiel, 2012. http://d-nb.info/1020283599/34.

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Fornazari, Anna Cristina Zari. "Determinação da comunidade microbiana pelo método molecular T-RFLP em carnes refrigeradas embaladas a vácuo." Universidade de São Paulo, 2011. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11141/tde-22112011-085341/.

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Abstract:
O estufamento de embalagens a vácuo de carnes refrigeradas, também conhecido como blown pack, é atribuído a bactérias psicrófilas e psicrotróficas, dentre as quais fazem parte algumas espécies de clostrídios, enterobactérias e bactérias lácticas. A capacidade desses microrganismos crescer em temperaturas de refrigeração adequadas torna um desafio o seu controle pela indústria. O Brasil é um dos grandes produtores de carne bovina no mundo e apesar da importância que a indústria de carne representa para o país, existem poucos estudos sobre as possíveis causas da deterioração do tipo blown pack. A importância deste trabalho fundamenta-se na escassez de pesquisas sobre esse problema que afeta a indústria de carne. O objetivo dessa pesquisa foi avaliar a presença dos principais microrganismos envolvidos na deterioração tipo blown pack, com ênfase em clostrídios, enterobactérias e bactérias láticas. Assim, o método Terminal- Restriction Fragment Length Polymorphism, disponível no laboratório de Biologia Molecular do CENA-USP, foi empregado por permitir um diagnóstico rápido e preciso para detecção de microrganismos. Foram analisadas 15 amostras de carne bovinas refrigeradas, embaladas a vácuo e estufadas, provenientes de frigoríficos dos estados de São Paulo, Mato Grosso do Sul e Goiás. Os cortes utilizados para as análises foram contrafilé, músculo, alcatra, cupim, picanha e filé de costela. As amostras apresentavam características de deterioração tipo blown pack dentro da data de validade, com períodos armazenamento variando de 30 a 120 dias. Foram identificadas as espécies Clostridium algidicarnis, Clostridium gasigenes, Clostridium putrefaciens, Clostridium frigidicarnis, Lactobacillus sakei, Hafnia alvei e Serratia liquefaciens pela técnica T-RFLP, que se mostrou uma excelente ferramenta de identificação microbiana nas amostras de carne. Devido à alta prevalência de enterobactérias nas amostras de carnes detectadas pela técnica de T-RFLP, foram realizadas análises convencionais com isolamento e identificação de enterobactérias, a fim de confirmar a presença destes microrganismos viáveis e cultiváveis nas amostras. As espécies de enterobactérias cultivadas e identificadas foram H. alvei, Ser. liquefaciens, Citrobacter braakii, Pantoea sp e Yersinia enterocolitica, sendo esta última potencialmente patogênica e de interesse em saúde pública. Observou-se que a H. alvei foi a espécie predominante nas amostras avaliadas, tanto pela técnica de T-RFLP como pelas análises microbiológicas convencionais. Com o objetivo de complementar os resultados, foram realizadas análises convencionais de cultivo visando o isolamento de Clostridium estertheticum e Clostridium gasigenes nas amostras de carne. A técnica de PCR foi empregada com a finalidade de identificação dos isolados obtidos.
The distension of the packaging of vacuum packed chilled meat, also know as blown pack, is assigned to psichrophilic and psychrotrophic bacteria, among which are part some clostridium, enterobacteria and lactic bacteria.The ability of these microorganisms to grow at refrigeration temperatures makes it an appropriate challenge its control by the industry. Brazil is a major producer of beef in the world and despite the importance of the beef industry represents for the country, there are few studies on the possible causes of deterioration of blown pack type. The importance of this work is based on the dearth of research on this problem that affects the meat industry. The aim of this study was to evaluate the presence of the main microorganisms involved in the deterioration blown pack type, with emphasis on clostridia, enterobacteria and lactic bacteria. Thus, the method-Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism, available at Molecular biology laboratory of CENA-USP, was used to allow a rapid and accurate diagnosis for the detection of microorganisms. We analyzed 15 samples of beef chilled, vacuum packed wich abundant gas production, refrigerators from the states of São Paulo, Mato Grosso do Sul and Goiás cuts used for the analysis were striploin, shin, rump, hump, cop of rump and cube roll. The samples showing signs of deterioration such blown pack within the shelf life, with storage periods ranging from 30 to 120 days. Were identified Clostridium algidicarnis, Clostridium gasigenes, Clostridium putrefaciens, Clostridium frigidicarnis, Lactobacillus sakei, Hafnia alvei and Serratia liquefaciens by TRFLP technique, which proved an excellent tool for microbial identification in meat samples. The high prevalence of enterobacteria in samples of meat detected by the technique of TRFLP analysis was performed with conventional isolation and identification of enterobacteria, in order to confirm the presence of viable and culturable microorganisms in the samples. The species of enterobacteria were identified and cultivated H. alvei, Ser. liquefaciens, Citrobacter braakii, Pantoea sp. and Yersinia enterocolitica, the latter being potentially pathogenic and interest in public health. It was observed that H. alvei was the predominant species in the samples evaluated by both the T-RFLP technique and by conventional microbiological tests. In order to complement the results were analyzed conventional cultivation and isolation of Clostridium estertheticum and Clostridium gasigenes in meat samples. The PCR technique was employed for the purpose of identification of isolates.
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Paes, Fernanda Araujo. "AnÃlise de comunidades microbianas de solo de manguezal por T-RFLP e microarranjos de DNA." Universidade Federal do CearÃ, 2008. http://www.teses.ufc.br/tde_busca/arquivo.php?codArquivo=2712.

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Abstract:
FundaÃÃo de Amparo à Pesquisa do Estado do CearÃ
The mangroves are essistemas important and productive, found along the coastline of tropical and subtropical regions. Important processes such as nutrient cycling, are directly connected to the activity of soil microbial communities. Given its strategic position the mangroves are very impacted the world. In Brazil, important areas such as the Bay of All Saints (BA) are severely affected by the presence of oil. Understanding the adaptation of the microbiota and its local dynamics, before the environmental change is essential to be able to maintain or restore these ecosystems. This thesis investigated the structure and function of microbial communities in a mangrove area of the Bay of All Saints polluted by the oil industry. Two sites were sampled - one located in the refinement of the industry and another, distant location and used as the control. Besides the measured abiotic data, two independent methods of cultivation were used: T-RFLP and DNA microarranjos. The results of both sites in the experiments of T-RFLP showed that the two bacterial communities differ in their structure. For the site sampled in the refinery, a greater number of Otus suggests an environmental stimulus, the bacterial community, a fact associÃvel the high organic matter content of the site. For microarranjos DNA, similar categories of genes were detected in both places, but the specificity of their sequences were distinct. The genes that encode for the remediation organic, were more representative, more than 40% in total in the two sites. Even detecting similar categories, only 4% of the gene sequences were common to the sites. These data show that different bodies are responsible for similar functions at each point. The difference between the sites observed in the experiments can be related with the fact that Site 1 is located in a region heavily affected by oil. Using the ecological data rates of T-RFLP indicated the site 1 as the most diverse, while the results with the DNA microarranjos show the opposite. In conclusion, the structure and function of the local microbiota are affected by the presence of the oil industry. Additional studies may help understand the dynamics of microbial communities, facing the future exposure to the oil and / or derivatives.
Os manguezais sÃo essistemas importantes e produtivos, encontrados ao longo da linha da costa de regiÃes tropicias e subtropicais. Processos importantes como a ciclagem de nutrientes, estÃo diretamente conectados à atividade das comunidades microbianas desses solos. Dada sua posiÃÃo estratÃgica os manguezais sÃo bastante impactados no mundo todo. No Brasil, Ãreas importantes como a da BaÃa de todos os Santos (BA) sÃo severamente afetadas pela presenÃa do petrÃleo. Compreender as adaptaÃÃes da microbiota local e sua dinÃmica, frente Ãs alteraÃÃes ambientais, à essencial para que se consiga manter ou restaurar esses ecossistemas. A presente dissertaÃÃo investigou a estrutura e a funÃÃo de comunidades microbianas em uma Ãrea de manguezal da baÃa de Todos os Santos poluÃda pela indÃstria do petrÃleo. Dois locais foram amostrados - um, situado na Ãrea de refinamento dessa indÃstria e o outro, distante desse local e usado como controle. AlÃm dos dados abiÃticos medidos, dois mÃtodos independentes de cultivo foram utilizados: T-RFLP e microarranjos de DNA. Os resultados de ambos os sÃtios nos experimentos de T-RFLP mostraram que as duas comunidades bacterianas diferem quanto à sua estrutura. Para o sÃtio amostrado na refinaria, um nÃmero maior de OTUs sugere um estÃmulo ambiental, na comunidade bacteriana, fato associÃvel ao alto teor de matÃria orgÃnica desse local. Para os microarranjos de DNA, categorias similares de genes foram detectados, em ambos os locais, mas a especificidade de suas sequÃncias foi distinta. Os genes que codificam para a remediaÃÃo orgÃnica, foram os mais representativos, mais de 40% no total nos dois sÃtios. Mesmo detectando categorias semelhantes, apenas 4% das sequÃncias genÃticas foram comuns aos sÃtios. Estes dados mostram que organismos diferentes sÃo responsÃveis por funÃÃes similares em cada ponto. A diferenÃa entre os locais observadas nos experimentos pode ser relacionada, com o fato do sÃtio 1 situar-se numa regiÃo fortemente afetada por hidrocarbonetos. Utilizando-se Ãndices ecolÃgicos os dados de T-RFLP indicaram o sÃtio 1 como o mais diverso, enquantoo os resultados com os microarranjos de DNA mostram o oposto. Concluindo, a estrutura e funÃÃo da microbiota local sÃo afetadas pela presenÃa da indÃstria do petrÃleo. Estudos adicionais poderÃo ajudar a compreender a dinÃmica dessas comunidades microbianas, frente Ãs futuras exposiÃÃes ao Ãleo e/ou derivados.
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Baud, Sylvie. "Recherche de corrélations entre marqueurs moléculaires de type RFLP et caractères agronomiques chez Zea mays." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO10119.

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Abstract:
Dans le cadre d'un programme eureka, 170 marqueurs ont ete etudies a l'aide de l'outil rflp (restriction fragment length polymorphism) sur 35 lignees de mais. Les distances genetiques existant entre ces lignees, ont pu etre ainsi evaluees. La precision de l'outil, sa bonne representation de la variabilite existante entre les differents groupes genetiques du mais ont pu etre mis en evidence. Trois approches differentes de recherche de qtl (quantitative trait loci) ont, au prealable, ete comparees, a l'aide de donnees simulees: basees sur la regression phenotype sur genotype et considerant un ou deux marqueurs (anova et mapmaker-qtl) ou basee sur un modele non lineaire, considerant un ou deux intervalles consecutifs de marqueurs adjacents (qtlstat). Une carte etablie a partir de 68 marqueurs analyses sur la descendance f2 du croisement choisi a permis de localiser differentes regions chromosomiques impliquees dans l'expression de divers caracteres: des genes majeurs impliques dans des pigmentations, dans differentes resistances et des qtl lies au rendement, a la precocite. Ces differentes descendances ont ete analysees dans plusieurs lieux d'essais. Des regions chromosomiques liees a certains caracteres se sont averees communes a toutes les descendances observees dans les differents lieux. D'autres, par contre, sont apparues propres a une descendance particuliere observee dans un lieu donne: cette etude a confirme la sensibilite des qtl a l'environnement et la necessite, en recherche de qtl, de pouvoir tenir compte des interactions genotype x environnement
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Chan, Tsz-ming. "Comparison of molecular epidemiological study on Mycobacterium tuberculosis using IS6110 RFLP and IS6110 PCR typing." Hong Kong : University of Hong Kong, 2000. http://sunzi.lib.hku.hk/hkuto/record.jsp?B22029850.

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Paes, Fernanda Araújo. "Análise de comunidades microbianas de solo de manguezal por T-RFLP e microarranjos de DNA." reponame:Repositório Institucional da UFC, 2008. http://www.repositorio.ufc.br/handle/riufc/4926.

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Abstract:
PAES, F. A. Análise de comunidades microbianas de solo de manguezal por T-RFLP e microarranjos de DNA. 2008. XVI; 128 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2008.
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Os manguezais são ecossistemas importantes e produtivos, encontrados ao longo da linha da costa de regiões tropicais e subtropicias. Processos importantes, como a ciclagem de nutrientes, estão diretamente conectados à atividade das comunidades microbianas desses solos. Dada sua posição estratégica, os manguezais são bastante impactados no mundo todo. No Brasil, áreas importantes como a da Baía de todos os Santos (BA) são severamente afetadas pela presença do petróleo. Compreender as adaptações da microbiota local e sua dinâmica, frente às alterações ambientais, é essencial para que se consiga manter ou restaurar esses ecossistemas. A presente dissertação investigou a estrutura e a função de comunidades microbianas em uma área do manguezal da baía de Todos os Santos, poluída pela indústria do petróleo. Dois locais foram amostrados – um, situado na área de refinamento dessa indústria e o outro, distante desse local e usado como controle. Além dos dados abióticos medidos, dois métodos independentes de cultivo foram utilizados: T-RFLP e microarranjos de DNA. Os resultados de ambos os sítios, nos experimentos de T-RFLP, mostraram que as duas comunidades bacterianas diferem quanto à sua estrutura. Para o sítio amostrado na área da refinaria, um número maior de OTUs sugere um estímulo ambiental, na comunidade bacteriana, fato associável ao alto teor de matéria orgânica desse local. Para os microarranjos de DNA, categorias similares de genes foram detectadas, em ambos os locais, mas a especificidade de suas sequências foi distinta. Os genes que codificam para a remediação orgânica foram os mais representativos, mais de 40% do total nos dois sítios. Mesmo detectando categorias semelhantes, apenas 4% das sequências genéticas foram comuns aos sítios. Estes dados mostram que organismos diferentes são responsáveis por funções similares em cada ponto. A diferença entre os locais, observada nos experimentos, pode ser relacionada com o fato do sítio 1 situar-se numa região fortemente afetada por hidrocarbonetos. Utilizando-se índices ecológicos, os dados de T-RFLP indicaram o sítio 1 como mais diverso, enquanto os resultados dos microarranjos de DNA mostraram o oposto. Concluindo, a estrutura e função da microbiota local são afetadas pela presença da indústria do petróleo. Estudos adicionais poderão ajudar a compreender a dinâmica dessas comunidades microbianas, frente às futuras exposições ao óleo e/ou derivados.
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Marson, Erica Perez. "Caracterização da freqüência de heterozigose em genes ligados à precocidade sexual em novilhas de corte compostas." Universidade de São Paulo, 2005. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/74/74131/tde-25072005-091446/.

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Abstract:
Os genes dos receptores do hormônio luteinizante (LHR) e folículo estimulante (FSHR), conhecidos por sua influência na manifestação da puberdade, foram avaliados por análise PCR-RFLP em uma população de 370 novilhas de corte compostas, de diferentes composições raciais Europeu-Zebu. Os objetivos foram caracterizar geneticamente a população investigada, utilizando-se de freqüências genotípicas e alélicas e estimativas de variabilidade e diversidade gênica; avaliar o efeito dos marcadores sobre a precocidade sexual, caracterizada pela probabilidade de prenhez por ocasião da primeira estação de monta (PP), e estimar a proporção da variância genética total da variável PP atribuída aos marcadores investigados, bem como a herdabilidade da característica pelo método de Máxima Verossimilhança Restrita (REML) sob modelo animal e sob modelo touro. Contatou-se elevada freqüência de animais heterozigotos em quase todas as composições raciais investigadas, para ambos os genes, com um valor médio de heterozigosidade de 57%, resultados estes que refletem a elevada variabilidade genética desta população híbrida. As novilhas heterozigotas apresentaram maiores taxas de prenhez (67 e 66% respectivamente, para os genes do LHR e FSHR), entretanto não se constataram efeito dos polimorfismos RFLP LHR (P=0,9188) e FSHR (P=0,8831) sobre a manifestação deste evento. As estimativas de herdabilidade obtidas para a PP foram de 0,21 e 0,41, respectivamente sob modelo animal e sob modelo touro. A magnitude das estimativas dos componentes de (co)variância atribuídas aos efeitos dos marcadores se mostrou muito baixa, constatando-se a pequena contribuição destes marcadores na proporção da variância total da prenhez, indicando ser esta uma característica de herança poligênica. Os resultados aqui demonstrados indicam que a seleção de novilhas para a precocidade sexual, com base em sua informação genotípica para os marcadores RFLP LHR e FSHR, não se justifica em programas de melhoramento genético animal, sugerindo-se a investigação de outros genes igualmente importantes, envolvidos na manifestação deste evento. Contudo, os marcadores avaliados se mostraram informativos, sendo indicados em estudos de caracterização genética em outras populações bovinas. A elevada heterozigosidade verificada na população composta estudada viabiliza a exploração destes animais em cruzamentos
The luteinizing hormone receptor (LHR) and follicle-stimulating receptor (FSHR) genes, known for their influence on the onset of puberty were evaluated by PCR-RFLP analysis in a population of 370 European-Zebu composite beef heifers from different breed contributions. The objectives were to genetically characterize the investigated population using genotype and allelic frequencies values besides on variability and gene diversity estimates; to evaluate the effect of markers on sexual precocity, characterized as the probability of pregnancy during the first breeding season (PP); and to estimate the proportion of total genetic variance in the PP related to the investigated markers, as well as the heritability estimate for PP by the Restricted Maximum Likelihood (REML) method for animal and sire models. The high number of heterozygous animals observed in almost all breed compositions studied for both loci, with average heterozigosity values of 57%, showed the high genetic variability on this hybrid population. Higher pregnancy rates were observed in heterozygous heifers (67% and 66% for LHR and FSHR genes, respectively), however, no effect of RFLP polymorphism for LHR (P=0.9188) and FSHR (P=0.8831) on pregnancy rate was observed. The heritabily estimates for PP were 0.21 and 0.41, using the animal and sire model, respectively. The small magnitude of the (co)variance components estimates related to random effects of LHR and FSHR, showed their small contribution in the proportion of total variance of pregnancy, indicating a polygenic inheritance for this trait. The results found in this work indicate that selection of beef heifers in animal genetic breeding programs for sexual precocity based on the inclusion of genotype information on RFLP for LHR e FSHR markers is not recommended. The investigation of other important genes related to puberty onset in heifers is necessary. However, the evaluated markers were informative and may be indicated for genetic characterization studies in other bovine populations. The high heterozigosity observed on the studied composite population maximizes the exploration of these animals in crossbreeding
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