Academic literature on the topic 'Ressources génétiques forestières'

Français. Un inventaire des ptéridophytes a été entrepris dans les forêts de la région de Tlemcen. L’inventaire de ces populations constitue une étape importante pour le développement des stratégies de conservation des ressources génétiques et de la diversité de ces populations sur l’ensemble de leur aire de distribution naturelle. Nous avons ainsi effectué le recensement et l’identification des fougères existantes dans la région de Tlemcen. Au total, plusieurs stations dont les caractéristiques écologiques diffèrent d’un site à un autre ont été prospectées, cela a permis l’identification de 26 taxons (dont 5 exceptionnellement rare). La création de réserves naturelles forestières renforcée par une protection réglementaire des espèces les plus menacées est nécessaire pour le maintien de ces communautés si particulières. English. An inventory of Pteridophyta was begun in the forests of the Tlemcen region. The inventory of these populations constitutes an important stage for the developement of the strategies of preservation of the genetic resources and the diversity of these populations on their whole area of natural distribution. We so made the inventory and the identification of the existing ferns in the region of Tlemcen. On the whole, several stations the ecological characteristics differ from a site in the other one were canvassed; they allowed the identification of 26 taxes (among which 5 exceptionally rare). The creation of forest nature reserves strengthened by a statutory protection of the most threatened species is necessary for the preservation of these particular communities.

Depuis le début des années 1990, le Plant Biotechnology Laboratory, projet de collaboration en recherche et développement entre la Division Forestière du Yayasan Sabah Group et le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (Cirad), a oeuvré à regrouper au Sabah, en Malaisie orientale, des origines génétiques de teck (Tectona grandis) aussi diverses que possible. Outre son intérêt scientifique, le but de cette démarche était d¿établir au champ des populations de base suffisamment riches génétiquement pour l¿amélioration de l¿espèce et la sélection de clones en vue de plantations industrielles ou de leur diffusion à des fins commerciales. Durant cette même période, Plant Biotechnology Laboratory est devenu une filiale commerciale à part entière du Yayasan Sabah Group, sous l¿appellation de «YSG Biotech Sdn Bhd». Un inventaire des ressources génétiques de teck rassemblées dans ce cadre à l¿issue de deux décennies est présenté dans cet article. Les têtes de clone originelles ainsi que les parcelles de démonstrations mises en place pour examiner le comportement et la conformité au champ des plants issus de bouturage, de microbouturage et de culture de méristèmes in vitro sont décrites. Des semis d¿origines génétiques très diverses ont également servi à établir des essais de provenancesdescendances, convertis par la suite en peuplements semenciers et en vergers à graines. L¿article étaye l¿intérêt d¿utiliser, dans le cadre du projet, la culture in vitro et des biotechnologies connexes pour gérer, micropropager à l¿échelle industrielle, et expédier au niveau international, la ressource génétique. L¿ensemble de ces atouts devrait faciliter le développement, dans différentes régions du monde, de plantations de teck de qualité hautement productives et ainsi permettre de faire face aux difficultés croissantes d¿approvisionnement en germplasme à partir de pays appliquant une réglementation stricte de protection de leurs ressources génétiques. (Résumé d'auteur)

Avec une population estimée à dix milliards d’habitants dans quelques décennies, l’avenir du monde intertropical sera obligatoirement entre les mains des êtres humains. Ceux-ci protégeront une petite partie des forêts dites naturelles afin d’essayer d’y conserver la biodiversité qu’elles abritent ; ils géreront de façon plus productive une autre partie, ce qui passera très probablement par une simplification de leur diversité, dans la mesure où l’on favorisera les espèces les plus productives, les plus faciles à régénérer et dont les produits seront faciles à industrialiser et à vendre.Et entre la forêt protégée et la forêt aménagée, que restera-t-il ? Des plantations monospécifiques de bananiers, de riz, de cacaoyers, de coton ? Mais alors, comment les espaces forestiers pourront-ils évoluer en échangeant du matériel génétique, s’adapter aux changements climatiques, résister aux maladies nouvelles, etc. ?Les écologues estiment que la forêt ne pourra survivre que s’il existe des liens de continuité entre les massifs forestiers. La connectivité écologique ne pourra que très rarement être assurée par des corridors forestiers continus. L’existence d’îlots forestiers discontinus mais proches et à distance régulière permet le passage en « pas japonais » de nombreuses espèces végétales et animales, mais pas de toutes. Les micro-organismes et la macrofaune des sols forestiers ne peuvent se déplacer qu’à la condition d’une certaine continuité dans la trame arborée. Celle-ci n’est possible que par la présence d’arbres dans les zones cultivées, voire urbanisées. L’agroforesterie est la voie la plus prometteuse pour assurer cette continuité écologique.L’agroforesterie consiste à associer des arbres avec l’agriculture et/ou l’élevage, au niveau des parcelles, des exploitations ou des paysages. Les systèmes traditionnels, à faibles niveaux d’intrants, étaient et sont encore agroforestiers ; mais l’agriculture industrielle à hauts niveaux d’intrants (cf. mécanisation du travail, apport d’engrais, d’herbicides, de semences très améliorées, voire génétiquement modifiées) a, en général, exclu l’arbre des parcelles.Aujourd’hui, de nombreux agronomes, pastoralistes et forestiers travaillent ensemble pour appuyer techniquement et politiquement le retour des arbres dans l’espace agricole et pastoral.La diffusion à grande échelle de méthodes standardisées, mises au point en station de recherche, a rarement marché en milieu tropical. Par exemple, la culture en couloirs, mise au point par l’Icraf1 dans ses stations du Kenya au cours des années 1980, n’a pas été adoptée par les agriculteurs. Elle nécessitait trop de travail pour rabattre régulièrement les rejets d’arbres et limiter le développement de leurs racines, sans résoudre le problème de l’acidification des sols.Croire que l’agroforesterie permettra de stopper les défrichements forestiers par les agriculteurs essarteurs (sur abattis-brûlis) est également une erreur d’analyse. Il est certes vrai que l’agroforesterie permet aux agriculteurs qui la pratiquent de récolter chez eux de nombreux produits qu’ils récoltaient autrefois en forêt ; elle facilite également la culture continue sur le même sol, sans avoir à défricher de nouvelles forêts. Cependant, tant que les gouvernements laisseront les agriculteurs s’approprier des terres en défrichant la forêt publique, puis en la brûlant et en la mettant en culture, ceux-ci continueront à utiliser cette pratique qui permet d’étendre son capital foncier et de cultiver, avec peu de travail et une bonne production, pendant au moins une trentaine d’années.Les systèmes agroforestiers, qui permettent de répondre à presque tous les besoins d’une famille sur une surface limitée, nécessitent une bonne technicité pour limiter les concurrences entre espèces végétales et animales, récolter les différents produits – il est par exemple difficile d’abattre un arbre, pour en récolter son bois, sans écraser les cultures associées – et demandent un travail soutenu. C’est pourquoi les systèmes agroforestiers les plus performants se rencontrent dans les pays où la densité de la population rurale est la plus forte et où les forêts ont disparu (lakous d’Haïti, jardins agroforestiers de Java, bocage Bamilèkè et parcs arborés sur terrasses Kapsiki au Cameroun). Les résultats les plus probants, en matière de diffusion des systèmes agroforestiers au cours des trois dernières décennies, résultent du respect de modalités présentées ci-après :- L’accès aux forêts est limité, soit de fait lorsqu’il n’en existe plus, soit par décision du gouvernement qui met des forêts « sous cloche », en créant des forêts protégées définitivement (parcs et réserves) ou temporairement (capital foncier pour l’avenir), ce gouvernement ayant les moyens de faire appliquer cette politique, ce qui est très rarement le cas (ex. : Costa Rica, certains États de l’Inde).- On apporte une subvention durable aux agriculteurs qui conservent de jeunes arbres pour restaurer ou étendre leurs systèmes agroforestiers. C’est le cas de l’extension des parcs à Faidherbia albida au Nord-Cameroun, la subvention étant financée par un prélèvement sur la vente du coton. Également, les agroforestiers sont subventionnés pour les services écosystémiques qu’ils rendent à une communauté solvable ; tel est le cas des têtes de bassins versants approvisionnant une ville en eau en Inde ou au Costa Rica. En dehors des zones tropicales, ailleurs dans le monde, la plantation de haies bocagères est financée, notamment par la PAC2 en Europe.- On valorise les produits issus des systèmes agroforestiers en leur donnant des labels, qui permettent de les vendre plus cher à des consommateurs engagés (cas du café bio et équitable et du bois d’œuvre au Nicaragua).- On sécurise le foncier, ce qui garantit à l’agriculteur que les arbres qu’il plante pourront être récoltés par lui ou ses héritiers (exemple de la loi Gestion locale sécurisée, à Madagascar).- On encourage chaque agroforestier à adapter le système à ses possibilités (conditions écologiques, sociales, économiques) et à son accès aux marchés. Par exemple, dans l’Ouest-Cameroun, les agriculteurs éliminent de leurs haies des arbres devenus sans valeur (exemple : ficus producteurs de fibres végétales) pour les remplacer par des fruitiers ou des arbres producteurs de bois de sculpture et de menuiserie, de plus en plus recherchés en ville.Sans être une panacée qui permettra de bloquer le défrichement des forêts, l’agroforesterie est une nécessité absolue pour assurer aux populations du monde tropical une partie des biens et des services qui étaient autrefois rendus par les forêts. Par ailleurs, elle permettra aux forêts conservées d’être moins sollicitées par les populations, et elle contribuera à assurer leur survie à long terme, en facilitant le flux et l’évolution des ressources génétiques forestières.

In the Central African Republic (CAR), poultry production primarily relies on indigenous chicken (Gallus gallus domesticus) as a raw genetic resource that has never been characterised despite its great genetic and economic potential in rural and periurban areas. The present study assessed the genetic diversity of native chicken in CAR using 16 microsatellite markers. Blood samples were randomly collected on FTA filter cards from 205 adult native chickens from two agroecological zones out of four in CAR, including 102 from the forest and 103 from the savannah. Sixteen microsatellite markers could amplify, giving a coverage rate of 61.54% of the SSR panel used. A low but positive Fis mean value (0.16) suggested a low inbreeding and a weak reduction in Heterozygosity of individuals due to non-random mating within each population. Overall genetic diversity (0.54), Heterozygosity (0.45) and allele frequency (0.61) confirmed a moderate to high genetic variation within the CAR indigenous chicken population. The molecular variance was more significant within individuals (81%) than among individuals (16%) and between populations (3%). Evanno’s method shows that the likely number of sub-populations is 2 as influenced by the agroecological zone while Structure showed admixture between the two populationsdespite the low observed inbreeding. These results suggest a weak structuring of the CAR native chicken population and great possibilities for selection and genetic improvement. However, SSR markers are neutral and further studies need to be done using functional markers to detect functional and productivity genes relevant to disease resistance, environmental resilience and production traits. En République Centrafricaine (RCA), la production avicole repose principalement sur la poule locale dite indigène (Gallus gallus domesticus). Cette ressource n’a jamais été génétiquement caractérisée malgré l’énorme potentiel économique découlant de son exploitation en milieu rural et périurbain. Cette étude avait pour but d’évaluer la diversité génétique de la poule locale en RCA par génotypage à l’aide de 16 marqueurs microsatellites. Des échantillons de sang ont été prélevés au hasard sur 205 sujets adultes provenant de deux des quatre zones agroécologiques de RCA, dont 102 en zone forestière et 103 en savane. Les résultats ont révélé que 16 marqueurs microsatellites ont été amplifiés avec un taux d’amplification de 61,54 % des marqueurs recommandés pour l’espèce poule. La valeur moyenne du Fis a été faible et positive (0,16) suggérant une faible consanguinité et une faible réduction de l’hétérozygotie. La diversité génétique globale (0,54), l’hétérozygotie moyen (0,45) et la fréquence allélique élevée (0,61) ont confirmé une variabilité génétique modérée à élevée au sein de la population de poule locale de la RCA. La variance moléculaire au sein de l’individu a été très élevée (81 %) qu’entre individus (16 %) et entre populations (3 %). La méthode d’Evanno montre que le nombre probable de sous-populations est de 2, tandis que la structure génétique a confirmé un brassage de deux sous populations et une faible consanguinité observée. Ces résultats suggèrent une faible structuration de la population de poules originaires de RCA et une possibilité de sélection et d’amélioration génétique. Cependant, les microsatellites étant des marqueurs neutres, des études supplémentaires doivent être réalisées à l’aide des marqueurs fonctionnels pour détecter les gènes utiles en vue de l’amélioration des performances de production et d’adaptabilité .

Les variations climatiques du Dernier Maximum Glaciaire ont fortement affecté la distribution des espèces dans les régions tempérées. Dans les régions tropicales, Haffer (1969) a émis l'hypothèse que la forte diversité spécifique des Néotropiques était liée aux variations climatiques du Quaternaire qui auraient fragmenté le couvert forestier en quelques zones "refuges" provoquant une diversification des espèces par spéciation allopatrique. Un tel effet du climat en Amérique du Sud reste cependant aujourd'hui toujours âprement débattu. Cette thèse a pour objectif de tester par des méthodes génétiques les attendus de la théorie des refuges en Guyane en retraçant l'histoire démographique d'Astrocaryum sciophilum, palmier inféodé aux forêts tropicales humides. L'utilisation de marqueurs microsatellites nucléaires et de séquences chloroplastiques nous a permis d'infirmer l'existence des zones refuges proposées par de Granville (1982) et par Tardy (1998). Bien que mettant en évidence une fragmentation de la forêt tropicale humide, la distribution de la diversité génétique ne laisse pas supposer l'existence de zones refuges en Guyane. Nous avons également montré l'absence de forêt tropicale humide sur la bande littorale antérieurement à 129 000 ans BP, ainsi qu'une recolonisation de proche en proche du littoral depuis le Nord-Ouest jusqu'à Kaw, antérieure au Dernier Maximum Glaciaire. Enfin, pour reconstruire l'histoire démographique d'A. sciophilum à une échelle spatiale très fine, nous avons utilisé la méthode d'inférence bayésienne MSVAR basée sur la théorie de la coalescence, qui permet de détecter et dater des changements de taille de population. Nous avons d'abord testé par simulation la performance de la méthode. L'application de MSVAR à notre jeu de données microsatellites a ensuite permis de mettre en évidence l'existence d'une diminution de taille des populations d'A. sciophilum quasi-généralisée en Guyane, à l'exception des populations de la région littorale située entre Sinnamary et Cayenne, également probablement liés à des évènements antérieurs au Quaternaire récent. Ce travail a ainsi permis de proposer de nouvelles hypothèses quant à l'impact des variations climatiques du Quaternaire ancien (antérieur à la dernière période glaciaire) qui semblent avoir eu des répercussions plus importantes sur la végétation que les variations « récentes » du dernier maximum glaciaire. Des études complémentaires seront nécessaires pour déterminer l'importance relative des différents évènements du Quaternaire dans la répartition des espèces forestières du Bouclier Guyanais et du Bassin Amazonien.

Le changement climatique affecte déjà les écosystèmes forestiers sur tous les continents, comme en témoignent la migration des espèces vers le nord et vers les plus hautes altitudes et l'augmentation du dépérissement des forêts en réponse, non seulement à des conditions climatiques plus rigoureuses, mais aussi à des épidémies de ravageurs et de maladies résultant d'événements climatiques sans précédent ainsi que de l'intensification des activités humaines. Ces phénomènes ont des conséquences négatives sur le fonctionnement des écosystèmes forestiers et la persistance des espèces et des populations, car ils menacent la disponibilité des ressources, perturbent la dynamique des populations et remettent en question les limites physiologiques et la résistance aux agents pathogènes. L'avenir des populations d'arbres de forêts naturelles face au changement climatique, compte tenu de leur nature sessile et de leur long temps de génération, est donc préoccupant, que ce soit en termes d'extinction, de capacité à migrer ou à s'adapter par le biais de changements génétiques. Du point de vue de la conservation, nous devons comprendre dans quelle mesure les arbres forestiers seront capables de survivre face au changement climatique actuel et futur. L'énorme quantité de données génomiques disponibles grâce aux outils de séquençage de nouvelle génération révolutionne notre compréhension de la base génétique de l'adaptation. À son tour, elle accélère le développement de nouvelles méthodes statistiques qui peuvent prédire la vulnérabilité génomique des arbres forestiers au changement climatique dans l'espace et dans le temps, et déterminer le potentiel de maladaptation génétique dans des conditions climatiques changeantes. Dans cette thèse de doctorat, j'ai utilisé le pin maritime (Pinus pinaster Ait.), un conifère à longue durée de vie originaire de la partie occidentale du bassin méditerranéen, comme étude de cas pour démêler les schémas spatiaux de la variation génétique à l'échelle de l'aire de répartition et à l'échelle régionale en fonction de différents gradients, anticiper les réponses des populations au changement climatique et donner un aperçu des tendances actuelles en matière de sélection naturelle. Le premier chapitre vise à comprendre comment, à l'échelle de l'aire de répartition de l'espèce, la variation génétique, l'adaptabilité et le potentiel d'inadaptation à court terme aux conditions climatiques futures sont distribués du coeur de l'aire de répartition vers les marges géographiques et climatiques. Le deuxième chapitre examine les 2 schémas spatiaux de la sélection naturelle contemporaine en analysant les changements phénotypiques en réponse aux pressions sélectives actuelles, et donne un aperçu des tendances actuelles de l'adaptation locale au changement climatique pour le pin maritime à l'état sauvage. Le troisième chapitre vise à identifier les schémas spatiaux de variation génétique du pin maritime dans l'île de Corse, caractérisée par des particularités spécifiques et constituant des ressources génétiques précieuses pour l'espèce, et à analyser leurs capacités d'adaptation actuelles et futures au changement climatique. Dans l'ensemble, cette thèse de doctorat étudie les facteurs sous-jacents et le potentiel des réponses adaptatives du pin maritime aux conditions environnementales changeantes à différentes échelles spatiales et temporelles, contribuant ainsi au développement d'un cadre intégratif essentiel pour anticiper les réponses des populations au changement climatique, sur la base duquel des prédictions solides pour les stratégies de conservation et de gestion peuvent être développées
Climate change is already affecting forest ecosystems on all continents, as evidenced by the northward and upward migration of species and the increase of forest dieback in response to not only harsher climate conditions but also to pest and disease epidemics resulting from unprecedented climatic events as well as the intensification of human activities. These phenomena have negative consequences for the functioning of forest ecosystems and the persistence of species and populations, as they threaten the availability of resources, disrupt population dynamics and call into question physiological limits and resistance to pathogens. The future of natural forest tree populations in the face of climate change, given their sessile nature and long generation times, is therefore worrying, whether in terms of extinction, ability to migrate or adapt through genetic change. From a conservation point of view, we need to understand the extent to which forest trees will be able to survive in the face of current and future climate change. The huge amount of genomic data available from next-generation sequencing tools is revolutionising our understanding of the genetic basis of adaptation. In turn, it is accelerating the development of new statistical methods that can predict the genomic vulnerability of forest trees to climate change in space and time, and determine the potential for genetic maladaptation under changing climatic conditions. In this PhD thesis, I used maritime pine (Pinus pinaster Ait.), a long-lived conifer native to the western part of the Mediterranean basin, as a case study to unravel the spatial patterns of genetic variation at the range-wide and regional scales function of different gradients, anticipate population responses to climate change and provide insight into current trends in natural selection. The first chapter aims to understand how, at the scale of the species range, genetic variation, adaptability and the potential for short-term maladaptation to future climatic conditions are distributed from the range core towards the geographical and climatic margins. The second chapter examines the spatial patterns of contemporary natural selection by analysing phenotypic changes in response to current selective pressures, and provides an overview of current trends in local adaptation to climate change for maritime pine in the wild. The third chapter aims to identify the spatial patterns of genetic variation of maritime pine in the Corsica Island, characterized by specific features and constituting valuable genetic resources for the species, and to analyse their current 4 and future adaptive capacities to climate change. Overall, this PhD thesis studies the underlying drivers and potential of maritime pine adaptive responses to changing environmental conditions at different spatial and temporal scales, thus contributing to the development of an integrative framework essential for anticipating population responses to climate change, on the basis of which robust predictions for conservation and management strategies can be developed

Cette recherche porte sur le Nevado de Toluca (Mexique), espace protégé où l’objectif de conservation des ressources forestières, tout en étant difficilement atteint, met en question les conditions d’existence des populations rurales. On étudie les dynamiques territoriales qui découlent de ces tensions. La question porte donc essentiellement sur la confrontation entre la conservation forestière telle qu’elle est portée par les autorités publiques d’une part, et d’autre part, les besoins vitaux des populations agricoles affectées par les politiques suivies. L’hypothèse principale est que les politiques de conservation forestière n’atteignent pas les objectifs de gestion fixés parce qu’il n’y a pas une vision globale dépassant les approches sectorielles des institutions en présence, et surtout parce que l’avis des paysans n’est pas assez pris en compte faute d’une connaissance approfondie des sociétés rurales. Pour rétablir cette connaissance, la méthode de recherche a consisté principalement, outre la documentation mobilisée, en de nombreux entretiens avec les habitants de plusieurs localités du Nevado, avec différents acteurs institutionnels et avec des experts forestiers qui participent à la conservation de cet espace protégé. À l’aide du logiciel TXM, ces entretiens ont fait l’objet d’une analyse quali-quantitative de type « textométrique ». Parmi les principaux résultats obtenus, on retiendra notamment le fait que les populations locales ont des représentations sociales très contrastées de leur milieu tout en ayant une pleine conscience des enjeux écologiques. Elles ressentent les restrictions d’usage, en particulier du bois de feu, comme une injustice sociale. Cependant, des configurations socio-spatiales et des dynamiques territoriales originales existent, et dépendent du contexte géographique, en particulier des phénomènes de proximité spatiale et sociale. La cohésion sociale des groupes importe et sera d’autant plus forte que ses membres partagent les mêmes valeurs culturelles, y compris religieuses. On constate également que l’éloignement de la ville produit paradoxalement des dynamiques endogènes d’organisation qui peuvent aussi constituer une base pour une politique de protection intégrée en dépit des contraintes de vie au quotidien. Au total, cette thèse propose une réflexion sur l’arbitrage à faire entre la conservation forestière et les impacts socio-économiques que cela provoque sur les populations rurales les plus démunies et esquisse des pistes de conciliation. Elle invite à penser la justice environnementale comme le fruit de l’innovation sociale
This research concerns the Nevado de Toluca (Mexico), a protected area where the goal of forest conservation, while being hardly reached, calls into questions the livelihoods of rural populations. Territorial dynamics which ensue from these tensions are examined. The question concerns essentially the confrontation between the forest preservation such as it is carried by the public authorities on one hand, and on the other hand, the vital needs for the agricultural populations affected by the followed policies. The main hypothesis is that policies of forest preservation do not reach the expected results because there is no global vision exceeding the sectorial approaches of institutions in presence, and especially because the opinion of the farmers is not enough taken into account, due to lack of a thorough knowledge of the rural societies. To restore this knowledge, the research method consisted mainly, besides the mobilized documentation, of numerous interviews with the inhabitants of several localities of Nevado, with the various institutional actors and with the forest experts who participate in the preservation of this protected space. Using the TXM software, these interviews were analysed employing a quali-quantitative analysis on the “textometric” type. Among the main obtained results, we shall hold in particular the fact that the local populations have very contrasted social representations of their environment while having a full consciousness of the ecological challenges. They feel the limitations of use, in particular some wood of fire, as a social injustice. However, socio-spatial configurations and original territorial dynamics exist, and depend on the geographical context, in particular the phenomena of spatial and social proximity. The social cohesion of the groups is important and will be all the stronger as his members share the same cultural values, including religious ones. We also notice that the distance of the city produces paradoxically endogenous dynamics of organization which may also be a basis for an integrated protection policy in spite of the constraints of everyday life. All in all, this thesis suggests a reflection around arbitration between the forest preservation and the socioeconomic impacts on the rural poorest population groups. She invites to think of the justice environmental as of the fruit of the social innovation

Au rythme actuel de déforestation de la région amazonienne, on s’attend à une sévère réduction de la diversité génétique, voire à l’extinction d’espèces natives de cette région. Dans le cas d’espèces économiquement prometteuses telles que Oenocarpus bataua (Arecaceae), l’érosion de la diversité génétique est de plus une préoccupation par rapport à la mise en place de programmes de domestications. Dans ce contexte, la présente recherche à pour but d’explorer la diversité génétique, biochimique, morphologique et écologique d’une espèce de palmiers largement utilisée par les habitants natifs et immigrants en Amazonie. Oenocarpus bataua Mart. Est un palmier monoïque largement distribué dans les terres basses du nord de l’Amérique du Sud. Ses fruits sont très recherchés pour leurs propriétés oléagineuses. La présente étude s’intéresse à plusieurs problématiques concernant la variabilité de l’espèce à différents niveaux taxinomiques. (i) Au niveau générique La position taxinomique de O. Bataua soit dans le genre Oenocarpus soit dans le genre monospécifique Jessenia a été très controversée. Une phylogénie moléculaire basée sur des séquences d’ADN chloroplastique réalisée au cours de cette étude est en accord avec la réduction de Jessenia en synonymie de Oenocarpus. (ii) Au niveau infraspécifique La variabilité biologique de O. Bataua a été étudiée par le passé sur la base des seuls caractères morphologiques. Ces études ont identifié deux variétés : var. Bataua de l’Amazonie centrale et occidentale et var. Oligocarpa des Guyanes. L’analyse génétique basée sur les données AFLP ainsi qu’une étude de la composition en acides gras des fruits révèlent une forte différentiation entre ces variétés. De plus, le génotypage d’un polymorphisme d’inversion dans une séquence chloroplastique distingue également les deux variétés. (iii) Au niveau populationnel Afin d’améliorer la connaissance de l’histoire naturelle de cette espèce, une étude écologique à une échelle régionale a été conduite pour caractériser les préférences écologiques de O. Bataua dans l’Amazonie occidentale. Ce travail à montré l’éxistence d’un écocline dans la distribution de l’espèce, les populations de l’extrême ouest et est de la zone étudiée étant spécialisées au niveau édaphique, tendis que les populations intermédiaires sont généralistes. L’étude de la structure de la diversité génétique dans cette région à l’aide de marqueurs microsatellites montre que les différentes populations ne forment pas des groupes distincts, en particulier en relation avec la spécialisation édaphique, et semblent au contraire être connectées entre elles par des flux de gènes à relativement grande distance. Cette thèse fournit de nouveaux éléments concernant la structure de la variabilité de O. Bataua, sur la base de différents jeux de données, ainsi que des données nouvelles sur la composition de l’huile du mécocarpe, qui est le produit principal tiré de cette plante
The deforestation of the Amazon forest will produce to medium-term the depletion of the genetic diversity, or even worst, the extinction of vegetal species. For promising species like Oenocarpus bataua (Arecaceae), the genetic erosion lead to the impoverishment of the genetic pool which is the raw material for future domestication programs. In this context, this research was addressed to explore the genetic, biochemical and ecological variability of a palm species largely used by the indigenous communities and householder of the Amazonia. Oenocarpus bataua Mart. Is a monoecious, out-crossed, and wild palm widely distributed in the tropical regions of northern part of South America. Its fruits are highly valued due to their oleaginous properties. This approach was structured within three different taxonomic levels in order to answer several questions about the taxonomy of this species: (i) Generic level. The taxonomic position of O. Bataua has been subject to numerous changes between Oenocarpus and the monospecific genus Jessenia. A molecular phylogeny with cpDNA gives support to the inclusion of Jessenia within Oenocarpus genus. (ii) Infraspecific level The biological variability of O. Bataua has only been studied with morphological traits. These studies have identified two major varieties within this species: bataua from western and central Amazonia and oligocarpa from Guayanas region. A genetic study with AFLP data and a biochemical approach using fatty acids reveals a significant genetic and biochemical differentiation between these varieties. This result has a particular interest, since previous botanical works have recognized both populations as two different species. An additional evidence of the molecular divergence between bataua and oligocarpa varieties comes from the chloroplastic sequences and a polymorphism of inversion used as molecular marker to characterize both varieties. (iii) Population level To improve the knowledge of the natural history of this species, an ecological study at regional scale was carried out to document the ecological preferences of O. Bataua in Western Amazon. This approach showed that O. Bataua forms an ecocline throughout the Western Amazonia, with edaphic specialized populations on the extremes of its geographical range, and generalist populations on intermediate areas of its range. In addition, a genetic study was performed to explore the genetic structure and its association with the ecological differentiation of this palm specie. This latter study reported that wild population of O. Bataua are not discrete group of genotypes, but rather behave as open units with a strong genetic connectivity. This dissertation gives new insights on the biological differentiation of O. Bataua populations using different sets of data, but also it was our interest to gather new information to valorize this valuable natural resource threatened by the deforestation and the destructive extractivism

Les systèmes de reproduction jouent un rôle fondamental dans la structuration spatio-temporelle de la diversité génétique des espèces. Cette thèse, portant sur l'étude de trois populations de merisiers, a pour but de mieux comprendre les implications évolutives d'un système de reproduction mixte chez les plantes combinant à la fois une propagation asexuée et une reproduction sexuée contrôlée par un système d'auto-incompatibilité gamétophytique (GSI).Nous avons étudié les influences de la propagation asexuée et du GSI sur (1) la structuration diversité génétique intra et inter populations et sur (2) l'efficacité de sa transmission d'une génération à l'autre.Confrontant des modèles et concepts théoriques aux réalités biologiques, nos résultats démontrent à la fois un effet de l'asexualité et du GSI sur l'évolution de la diversité génétique de notre espèce. Ces effets sont plus complexes voire contraires à ce que prédisent les modèles ou les concepts actuellement admis.

Les forêts françaises couvrent 31% du territoire métropolitain. Elles contribuent de multiples façons au bien-être humain (production de bois, purification de l’air et de l’eau, maintien des sols, habitat pour la biodiversité, alimentation, santé, activités récréatives, etc.) et participent aux Objectifs de Développement Durable fixés par l’ONU. En particulier, la France s’étant engagée à atteindre la neutralité carbone dès 2050, le rôle de puits et de stockage de carbone des forêts est considéré comme un élément majeur de sa Stratégie Nationale Bas Carbone (SNBC). Depuis quelques années, les forêts françaises, dont la surface n’avait cessé de croître depuis plus d’un siècle, connaissent, de façon inquiétante, une diminution de productivité, des dépérissements massifs et un risque incendie accru. Le changement climatique en cours met ainsi en péril les ressources forestières et leur contribution attendue pour préserver la biodiversité, favoriser le développement rural et la bioéconomie, renforcer la production de bois, assurer le bien-être sociétal et équilibrer le bilan carbone de la France. Les enjeux sont considérables et l’orchestration des mesures à prendre s’avère extrêmement délicate en raison de la diversité des attentes de la société. L’Académie des sciences dresse ici un état des lieux des connaissances actuelles sur les diverses contributions des forêts à la société, puis identifie les défis à relever au regard des menaces actuelles et à venir. Finalement, elle présente un ensemble de recommandations pour assurer simultanément la résilience des forêts, leur rôle de puits de carbone, la production de bois, la préservation de la biodiversité, et la qualité des autres contributions du milieu forestier au bien-être humain. Les recherches scientifiques devront porter sur les connaissances nécessaires à la compréhension du bilan carbone des forêts, l’adaptation du milieu forestier au changement climatique et l’efficience d’utilisation du bois. Des modèles capables de simuler l’évolution des forêts en réponse aux perturbations naturelles et anthropiques ainsi que les pratiques sylvicoles doivent être développés. Les données nécessaires à leur validation (composition des peuplements, biomasse aérienne et souterraine, flux de carbone) doivent être acquises et diffusées largement. La prise en compte des facteurs physico-chimiques, biologiques, économiques et sociaux dans l’évaluation des enjeux liés aux forêts nécessite des études interdisciplinaires. Enfin, une méthodologie vérifiable et transparente de calcul des émissions évitées grâce aux usages du bois est nécessaire pour évaluer la contribution des produits bois aux objectifs de la SNBC. Un effort majeur de gestion forestière est nécessaire pour optimiser à l’échelle nationale l’adaptation des forêts au changement climatique, la production de bois et la préservation de la biodiversité. Ces pratiques doivent être flexibles, évolutives et adaptées au contexte socio-écologique local. Pour gérer les effets du changement climatique par une stratégie sans regrets, la structure des peuplements devra être ajustée en favorisant la sylviculture à couvert continu, en ajustant les densités de peuplement aux conditions hydriques, en augmentant la diversité des essences, en évitant autant que possible les coupes rases dont les impacts écologiques et climatiques sont trop importants, et en conservant des vieux arbres qui sont des refuges pour la biodiversité et représentent un patrimoine génétique à préserver. Le rôle de la filière bois sera crucial pour la réussite de la transition énergétique. La filière devra optimiser son bilan carbone depuis le prélèvement en forêt jusqu’au recyclage des produits bois et des connexes de scierie. Sa réindustrialisation doit être soutenue afin de permettre la transformation du bois français en France, le développement des produits bois à longue durée de vie, la valorisation des bois de feuillus, et une maîtrise à court terme des volumes de produits à courte durée de vie. Les politiques publiques devront accompagner la filière forêt-bois de manière cohérente pour assurer le succès de la transition énergétique. La récente diminution du puits net de carbone des forêts appelle à une révision urgente de la SNBC dont les objectifs ne seront pas tenus. D’autres scénarios doivent être évalués sur un temps long et en s’inscrivant dans une approche écosystémique et multifonctionnelle de la forêt. Enfin la gouvernance forestière devra mieux prendre en compte les intérêts et souhaits des différents acteurs.