Journal articles on the topic 'Résistance aux maladies – Génétique'

Les moyens de lutte antivectoriels et les différentes campagnes d'éradication ont souvent eu des effets limités géographiquement et dans le temps, avec des mesures de conservation qui se sont révélées parfois décevantes. A partir de ce constat, la lutte génétique est devenue une alternative très prometteuse pour l'avenir dans le cadre de programmes de lutte intégrée contre les maladies des espèces domestiques d'intérêt zootechnique. L'Office international des épizooties (OIE) vient de publier un numéro spécial de sa Revue scientifique et technique qui est entièrement consacré à la "Résistance génétique aux maladies animales"

L’amélioration de la santé des cheptels est une composante essentielle du développement durable des filières aquacoles. La sélection d’animaux résistants aux différents organismes pathogènes rencontrés en élevage est une des stratégies possibles, complémentaire des approches prophylactiques, médicamenteuses ou vaccinales qui sont parfois difficiles à mettre en œuvre. L’analyse de la littérature scientifique permet en effet de conclure qu’il existe, dans les espèces et populations de mollusques et de poissons, une variabilité génétique de la résistance potentiellement exploitable par sélection. Les conditions d’exploitation de ce potentiel sont analysées. Pour des caractères complexes comme la résistance aux maladies, la mise au point de «marqueurs» susceptibles de fournir de l’information sur la valeur génétique des individus sans recourir à l’épreuve par le pathogène serait une aide précieuse pour mettre la sélection en pratique. Les travaux et perspectives dans ce domaine sont présentés, et leurs répercussions sur les stratégies possibles d’amélioration génétique discutées dans le contexte des filières aquacoles françaises.

La génétique a largement contribué au développement considérable de la filière avicole, notamment du fait des caractéristiques biologiques des espèces avicoles, particulièrement favorables à la sélection. Les demandes actuelles des consommateurs et des professionnels de la filière avicole amènent le généticien à considérer de nouveaux caractères : qualité des produits, résistance aux maladies (infectieuses ou non), réduction des rejets d’effluents, bien-être des animaux… En parallèle les méthodes d’analyse progressent vers une meilleure modélisation des caractères et des effets génétiques mais aussi vers une intégration des résultats de génétique moléculaire. L’ensemble permet non seulement d’introduire en sélection de nouveaux critères, mais aussi de renouveler l’étude des caractères déjà sélectionnés, tels que la croissance ou la ponte.

Les réseaux de surveillance des maladies infectieuses aquacoles constituent un excellent outil de gestion de ces maladies. Un premier article (Joly et al) présente la surveillance des maladies des mollusques par le biais de deux réseaux de surveillance, REPAMO (surveillance de l’apparition des maladies chez les coquillages des côtes françaises métropolitaines) et REPANUI (surveillance de l’apparition des maladies de l’huître perlière en Polynésie). De tels réseaux n’existent pas pour les poissons. Etant donné leur intérêt pour la gestion des élevages, l’Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA) a décidé de mettre en place cette année un réseau de surveillance des maladies des poissons, qui bénéficiera de l’expérience des réseaux mollusques. Parmi les mesures de gestion des maladies infectieuses piscicoles, la vaccination est celle qui séduit le plus les professionnels de terrain. Un deuxième article (Quentel et al) dresse ainsi l’état des lieux des vaccins disponibles en pisciculture. La principale limite de la vaccination tient à la difficulté d'en garantir l'efficacité lors d'administration orale malgré des tentatives d'amélioration par microencapsulation. Par ailleurs, le nombre de vaccins disponibles est très limité en raison des investissements nécessaires pour obtenir une autorisation de mise sur le marché piscicole de taille réduite. Les autovaccins peuvent aussi être utilisés, notamment en situation d’urgence, même si leurs conditions de préparation sont réglementées. La sélection génétique d'animaux résistants est porteuse d'espoir, en particulier pour les animaux destinés à l'exportation. Un troisième article (Quillet et al) présente donc la génétique de la réponse aux pathogènes piscicoles. Néanmoins, cette sélection génétique soulève des questions, d’une part sur les éventuelles corrélations génétiques entre différentes maladies ou entre une maladie et d’autres caractères (par exemple, la résistance à la SHV montre une légère corrélation négative avec la croissance chez la truite), d’autre part sur la possibilité de mutation des agents pathogènes. Les probiotiques, les prébiotiques et les peptides antimicrobiens pourraient à terme et en partie se substituer aux antibiotiques, notamment pour des raisons d'image des élevages et des produits mais aussi par crainte de voir se développer des antibiorésistances dans les élevages. Un dernier article (Nicolas et al) souligne donc la nécessité de soutenir des études sur ce thème dans le double objectif, d’une part d'une meilleure compréhension de leurs effets sur le système immunitaire des animaux aquatiques, d’autre part de la détermination de leur innocuité pour les animaux cibles, le consommateur et l’environnement. Il faut également rappeler la nécessité de poursuivre des études sur l’utilisation raisonnée des antibiotiques, principal moyen thérapeutique à court et moyen terme contre certaines maladies infectieuses aquacoles, émergentes ou non.

Les décisions de gestion de la santé animale correspondent à un large éventail de situations et de problèmes. Illustrant ce constat, sept maladies majeures des troupeaux bovins laitiers sont examinées pour identifier les facteurs les plus courants limitant l’efficacité des plans de maîtrise ainsi que les perspectives d’amélioration de la maîtrise sur le terrain. Pour les infections intra-mammaires, la recherche vise à la mise au point de vaccins multivalents, le ciblage des vaches à traiter par les antibactériens, la méthodologie des interventions en ferme, et l’augmentation de la résistance innée par la sélection génomique. Pour les strongyloses gastro-intestinales, les recherches prioritaires s’orientent aussi vers les stratégies de traitement anthelminthique raisonné et ciblé, la voie génétique semblant moins prioritaire que chez les petits ruminants. La maîtrise de la maladie de Mortellaro, affection de l’appareil locomoteur, ne pourra plus recourir aux désinfectants classiquement utilisés dans les pédiluves et des approches alternatives sont nécessaires. La maîtrise de la fièvre Q est à rechercher par la vaccination de l’ensemble du troupeau sur plusieurs années et l’hygiène de la parturition. La paratuberculose pourrait à terme être maîtrisée par la sélection génomique, en raison de l’absence de traitement et de vaccin efficaces et de l’existence de bases génétiques de résistance/résilience prometteuses. La maîtrise de l’infection par le virus BVDV semble pouvoir être atteinte par des mesures sanitaires combinées ou non avec la vaccination. La quasi-éradication des sérotypes exotiques du virus de la fièvre catarrhale ovine pourrait être obtenue par la surveillance ciblée et la vaccination massive et rapide. Les spécificités de l’étiologie, de l’épidémiologie et des moyens de maîtrise des maladies étudiées n’autorisent guère de conclusions génériques.

Cet article synthétise les estimations des héritabilités et des corrélations génétiques entre les principaux caractères d’intérêt zootechnique pour différentes espèces de mammifères domestiques (bovins, ovins, caprins, porcins et lapins). Les caractères étudiés sont ceux relatifs à la production de lait et de viande. On donne aussi quelques indications pour des caractères d’adaptation au milieu ou de résistance aux maladies. La connaissance de ces paramètres génétiques est indispensable pour choisir les objectifs et les critères de sélection. Depuis quelques années on s’intéresse à de nouveaux caractères, plus analytiques que ceux qui étaient étudiés traditionnellement. Il s’agit par exemple des composantes de la taille de la portée ou de l’efficacité alimentaire.

En zones difficiles, la pérennité des systèmes d’élevage repose sur la capacité des animaux à survivre, se reproduire et maintenir un niveau de production en situation de fortes contraintes. Les principales contraintes auxquelles les animaux doivent faire face en régions chaudes, sont le climat (température et humidité), la sous-nutrition et les pathologies. Chez les monogastriques comme chez les ruminants, les caractéristiques anatomiques et le comportement alimentaire constituent les principaux facteurs de régulation des échanges thermiques. L’élément clé de l’adaptation comportementale des ruminants à la sous-alimentation est leur capacité à choisir leur alimentation. L’adaptation physiologique porte sur la réduction du métabolisme basal, l’efficience digestive, la valorisation de fourrages grossiers, la mobilisation des réserves corporelles, le recyclage des nutriments et la valorisation efficiente de l’eau. Les travaux les plus significatifs sur la résistance génétique aux maladies portent sur la trypanotolérance, la résistance aux maladies transmises par les tiques et les strongyloses gastro-intestinales. Dans l’élevage moderne, la gestion de ces contraintes environnementales doit se concevoir de façon intégrée. Différentes techniques d’alimentation, de prophylaxie, de gestion d’ambiance des bâtiments d’élevage doivent être combinées pour garantir durablement la pérennité des systèmes d’élevage. Cependant, l’efficacité de cette approche intégrée repose également sur le potentiel adaptatif des animaux pour répondre aux pratiques mises en œuvre. Le développement des productions animales en régions chaudes ne pourra être garanti sans l’utilisation de l’adaptation naturelle des populations animales ou pour le moins, sans inclure les caractères d’adaptation dans les objectifs de sélection des races locales ou spécialisées.

L’évolution du contexte sanitaire, économique et social de la production de lapin de chair a conduit les chercheurs de l’INRA à étudier la sélection de nouveaux caractères pour mieux répondre aux attentes des professionnels mais également du citoyen-consommateur, en particulier dans le domaine de la santé et de la longévité des animaux. Ces études reposent principalement sur la mise en place d’expériences mais également sur l’analyse de données de sélectionneurs privés et donnent lieu, après validation, à des applications dans les schémas de sélection commerciaux. Pour réduire la mortalité des jeunes, les chercheurs privilégient l’amélioration des aptitudes maternelles: l’application d’un modèle à effets génétiques directs et maternels pour le poids au sevrage a ainsi permis d’améliorer les aptitudes maternelles pour ce caractère. Une expérience de sélection canalisante pour l’homogénéité des poids de naissance intra-portée a permis d’améliorer la survie périnatale du lapereau. L’amélioration de la longévité de la femelle en reproduction est rendue possible par la mise en œuvre des méthodes d’analyse de survie. La résistance génétique aux maladies, principalement l’entérocolite épizootique et la pasteurellose, est explorée pour réduire les pertes économiques mais également pour améliorer le bien-être des animaux et réduire les risques sanitaires liés à l’utilisation des antibiotiques. Pour améliorer l’efficacité alimentaire du jeune en engraissement et ainsi réduire les coûts alimentaires qui grèvent lourdement le revenu de l’éleveur, deux critères de sélection sont comparées: la consommation résiduelle et la vitesse de croissance en régime alimentaire rationné. Afin de diminuer l’utilisation des hormones pour l’induction de l’oestrus, de nouveaux programmes visent à étudier la variabilité génétique du comportement d’oestrus des lapines.

L’évolution récente des technologies de séquençage et l’apport de la génomique a révolutionné nos connaissances sur les génomes et leurs polymorphismes, et permis d’élaborer des outils de génotypage qui accélèrent l’identification de polymorphismes causaux et contribuent à améliorer significativement le progrès génétique réalisé chez certaines espèces d’élevage, en particulier les bovins laitiers. Le séquençage complet du génome du lapin réalisé par le « Broad Institute » (Boston, USA), avec l’appui d’un consortium international auquel a contribué l’INRA, a été publié en 2014. Les résultats obtenus ont apporté un éclairage nouveau sur l’évolution et la domestication du lapin. En 2016, dans le cadre d’un projet Européen (COST Action TD1101 « A Collaborative European Network on Rabbit Genome Biology – RGB-Net »), une puce de génotypage avec 200000 SNP (« Single-Nucleotide Polymorphism ») a été développée, permettant de renouveler les approches de génétique chez le lapin. L’objet de cette synthèse est de faire le point sur les connaissances relatives au génome du lapin et d’établir un inventaire des gènes ou régions génomiques liés à certaines fonctions ou caractères d’intérêt dans cette espèce. Nous décrivons ici le principe des outils (cartes génétiques, puces SNP, séquençage) et des méthodes (détection de QTL, approche gènes candidats, identification de mutations causales) qui ont déjà été appliqués chez le lapin. Nous illustrons les perspectives d’utilisation des outils maintenant disponibles pour la sélection avec deux projets de recherche portant sur la résistance aux maladies et l’efficacité alimentaire. Une réflexion prospective sur la sélection génomique est également proposée.

L’influence du polymorphisme au locus Prnp sur la sensibilité des animaux aux Encéphalopathies Spongiformes Transmissibles (EST) est très bien documentée pour l’espèce ovine, avec la mise en évidence d’allèles associés à une plus grande sensibilité des animaux aux EST ou au contraire à une plus grande résistance. Cela a résulté dans la mise en place de nouvelles stratégies de sélection afin de diminuer l’incidence de cette maladie chez cette espèce. Chez d’autres espèces, des études sont en cours, notamment chez la chèvre où plusieurs allèles du gène Prnp ont été trouvés. En dehors du locus Prnp, d’autres facteurs génétiques influencent la sensibilité des animaux. Le développement des études de cartographie du génome des animaux de ferme a permis la recherche de QTL (Locus agissant sur un caractère quantitatif). Cela a conduit à la mise en évidence de gènes influençant la sensibilité des animaux aux EST, autres que Prnp, chez les bovins et les ovins, ainsi que chez la souris, même si l’identification et la validation des gènes concernés restent à déterminer.

L’analyse de l’évolution des performances des élevages porcins français indique une amélioration nette de la productivité numérique des truies, sans qu’il y ait eu de détérioration de leur longévité, et bien que la mortalité des porcelets se soit légèrement accrue. Cette amélioration des performances s’explique à la fois par l’obtention de progrès génétiques et par la sophistication des pratiques d’élevage. La question est toutefois posée de la capacité des truies et des porcelets à faire face aux nombreux changements biologiques qui sous-tendent l’amélioration de ces performances. Chez la truie, on a ainsi pu identifier deux problèmes essentiels : la faiblesse des aplombs et la difficulté accrue des animaux à couvrir leurs besoins nutritionnels. Chez les porcelets, la question de la compétition pour les nutriments entre les individus d’une même portée, in utero et durant la lactation, se pose de façon marquée dans les grandes portées, conduisant à un accroissement de la variabilité du développement et de la mortalité. Les performances d’engraissement des porcs se sont également améliorées, mais on note toujours, pour certains caractères, un écart important entre les résultats des élevages et le potentiel génétique, ce qui semble indiquer des problèmes d’adaptation. La sensibilité des porcs aux maladies d’origine multifactorielle constitue sûrement aujourd’hui l’un des facteurs les plus limitants dans les élevages. En termes de perspectives, les questions liées à la robustesse doivent être appréhendées à la lumière des évolutions attendues des systèmes d’élevage et des réglementations. La recherche d’animaux plus autonomes, résistant mieux aux maladies et capables de valoriser des ressources alimentaires plus diversifiées et moins en compétition avec l’alimentation humaine, fait partie des pistes à envisager.

Jusqu’à une date très récente (l’émergence de la sélection génomique), l’essentiel des plans de sélection était basé sur l’évaluation desvaleurs génétiques à partir des informations phénotypiques et de pedigree. Cependant, ont aussi été mis en place plusieurs exemplesréussis de sélection valorisant la connaissance de gènes à effets importants sur les caractères ou utilisant l’aide de marqueurs moléculaires(la «Sélection Assistée par Marqueurs»). Ces exemples sont riches en enseignements pour l’avenir de la sélection. Les applicationsfurent variées, tant en termes de type de caractères (reproduction, qualité de carcasse, résistance aux maladies...) que d’organisation(éliminations d’allèles défavorables, introgression, accouplements ciblés…). Les limites, qui sont détaillées, de ces plans desélection sur gènes ou marqueurs, sont autant de contraintes qu’il faudra intégrer dans l’organisation de la sélection génomique.

La sélection génomique repose sur l’évaluation des valeurs génétiques des candidats à la sélection par un « score moléculaire » calculé d’après leurs génotypes en un très grand nombre de marqueurs de l’ADN. Dans une première étape, les effets des marqueurs sont estimés sur une population de référence génotypée et phénotypée pour les caractères à améliorer. La table des valeurs génotypiques ainsi établie est utilisée pour calculer les valeurs génétiques des candidats au cours des générations suivantes, qui peuvent alors n’être que génotypées. En quelques années, cette stratégie a été mise en place chez les bovins laitiers. Les opérateurs de la sélection dans les autres filières animales ont assisté à cette révolution et se posent légitimement la question de l’intérêt pour eux d’entrer dans cette démarche. La disponibilité d’une puce « poule » de 600k SNP permet d’ores et déjà d’appliquer une sélection génomique dans les filières poule pondeuse et poulet de chair. Pour les autres espèces avicoles, les outils de génotypage à haut débit sont en cours de développement. Quelle que soit l’espèce, trois composantes du progrès génétique peuvent être améliorées. L’intensité de sélection peut être augmentée pour les caractères non mesurables en routine (qualités des produits, efficacité alimentaire, résistance aux maladies). La précision des valeurs génétiques peut être augmentée, notamment pour les mâles dans le cas des caractères exprimés uniquement par les femelles. Enfin, l’intervalle de génération peut être diminué grâce à une évaluation précoce des candidats, notamment en sélection des poules pondeuses. Par ailleurs, l’évaluation génomique offre pour la première fois la possibilité de sélectionner des individus de race pure de l’étage de sélection pour leur valeur en croisement et dans le milieu de production. Les coûts de mise en oeuvre de la sélection génomique sont élevés, en raison de la taille de la population de référence nécessaire à une évaluation précise, du nombre élevé de candidats à génotyper et de la variété des populations à sélectionner. Toutefois, chez les volailles, l’énorme diffusion des reproducteurs pourrait permettre de compenser ces coûts.

La saisonnalité de la reproduction chez les chèvres originaires des latitudes tempérées ou subtropicales peut maintenant être contrôlée par des changements artificiels de la photopériode. Les jours courts stimulent l’activité sexuelle tandis que les jours longs l’inhibent. Ces connaissances ont permis le développement de traitements photopériodiques pour le contrôle de l’activité sexuelle des chèvres et des boucs. En France, l’Insémination Artificielle (IA) des chèvres joue un rôle central pour le contrôle des appariements et l’organisation du schéma de sélection. La plupart des chèvres sont inséminées en dehors de la saison sexuelle avec de la semence cryoconservée, après induction hormonale de l’ovulation seule ou en combinaison avec des traitements photopériodiques. Les taux de fertilité sont en moyenne de 65%. De nouvelles stratégies sont en cours d’expérimentation. Elles sont basées sur l’IA après un effet mâle pour réduire l’utilisation des hormones. Le schéma de sélection s’est développé grâce aux progrès de l’IA. Ce schéma repose sur des plans d’accouplements entre reproducteurs d’élite, le testage sur descendance en fermes et la diffusion des semences de boucs améliorateurs. Après les caractères laitiers, les caractères fonctionnels sont désormais pris en compte. Actuellement, l’accent est mis sur la morphologie de la mamelle. La résistance à certaines maladies est à l’étude. Outre cette approche de génétique quantitative, de nouvelles perspectives basées sur une approche moléculaire permettront de détecter des gènes économiquement intéressants pour l’élevage caprin.

A l'aide de données biologiques et de la recherche historique, on a essayé d'expliquer la différence, en ce qui concerne la résistance et la sensibilité aux maladies transmises par (cowdriose) ou associées à (dermatophilose) la tique Amblyomma variegatum, entre deux races bovines des Antilles françaises : la race Créole hybride de la Guadeloupe et le zébu Brahman de la Martinique. Les polymorphismes de 5 systèmes génétiques indépendants (hémoglobine érythrocytaire, albumine et transferrine du sérum, la région classe I du complexe BolA et le gène gamma S cristallin) ont été étudiés chez différentes races, à savoir des Bos taurus d'Europe et d'Afrique, des Bos indicus d'Afrique de l'Ouest et de l'Est, le Brahamn de la Martinique et le Créole de la Guadeloupe. Par comparaison des fréquences de différents allèles de ces 5 loci polymorphiques non liés et à l'aide de deux matrices mathématiques différentes de NEI et de CAVALLI-SFORZA, on a établi les distances génétiques entre ces races. Il apparaît clairement que le bovin Créole de la Guadeloupe est dans une position intermédiaire entre le Bos taurus N'Dama de l'Afrique de l'Ouest et le Brahman.

Le microbiote digestif est un symbionte dont on a démontré l’implication essentielle dans la régulation de la physiologie de l’hôte qui l’héberge pour la digestion, le métabolisme et l’immunité. Ce microbiote a en particulier un rôle majeur, et jusqu’ici sous-estimé, sur la santé de son hôte et participe à son adaptabilité à des environnements changeants. Les technologies de séquençage à haut débit devraient faciliter l’inclusion de cet écosystème complexe dans le phénotypage des animaux d’élevage. Il faut pour ce faire prendre en compte sa composition, sa diversité, sa stabilité au cours du temps et ses variations selon différents facteurs comme le génotype de l’hôte, l’alimentation et les conditions d’élevage. Ces connaissances devraient permettre de définir les propriétés d’un microbiote digestif « normal » associé à une bonne santé, d’en préciser les dysfonctionnements et de comprendre leurs répercussions sur l’état de santé de l’animal. Cela conduira à identifier des marqueurs de diagnostic et de pronostic de ces dysfonctionnements, fournissant des moyens de contrôle nouveaux de la santé en élevage, appréhendée en terme d’optimisation des rendements de production, de résistance aux maladies et de maintien du bien-être. A terme, le contrôle du microbiote digestif par l’alimentation, la génétique ou les pratiques d’élevage permettra de favoriser l’adaptation des animaux à leur environnement d’élevage en améliorant leur robustesse, de limiter l’utilisation d’antibiotiques et de préserver la sécurité sanitaire des aliments en évitant le développement de bactéries pathogènes pour l’Homme. L’ampleur des données à générer et à analyser pour les différentes espèces d’intérêt reste le défi à relever.

Les agents des encéphalopathies spongiformes transmissibles (ESST) sont responsables de maladies neurodégénératives fatales chez l’homme (maladie de Creutzfeldt-Jakob, insomnie fatale familiale, syndrome de Gerstmann-Straussler-Scheinker, Kuru) et chez les animaux (tremblante ovine et caprine, encéphalopathie spongiforme bovine, encéphalopathie spongiforme féline, encéphalopathie transmissible du vison, dépérissement chronique des cervidés. L’encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) est une maladie nouvelle apparue en 1985 au Royaume-Uni, puis s’est propagée ensuite dans les autres pays européens et en particulier en France (premier cas identifié en 1990). La tremblante des ovins est en revanche connue depuis plus de deux siècles en Europe. Elle se distingue de l’ESB par sa contagiosité et la distribution de la protéine prion pathologique PrPsc dans les tissus périphériques. L’agent de l’ESB est transmissible des bovins à l’homme chez lequel il provoque une forme particulière (variant) de la maladie de Creutzfeldt-Jakob. En revanche, l’agent de la tremblante ovine semble sans danger pour l’homme. Jusqu’en 1992, date du premier rapport réalisé à la demande du ministre de la recherche, Hubert Curien, par une commission de 9 chercheurs présidée par Dominique Dormont, les recherches poursuivies en France sur les ESST étaient le fait d’un petit réseau informel qui a été à l’origine d’un premier programme de recherches piloté par l’INSERM. L’annonce faite le 20 mars 1996 par les autorités du Royaume-Uni que 10 britanniques venaient de succomber à une variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob liée à l’ESB, entraîne une crise de confiance sans précédent des consommateurs. Interpellée, la communauté scientifique incluant l’INRA est alors brutalement placée devant un ensemble de questions nouvelles qui l’oblige à recentrer sa stratégie en termes d’expertise collective. La mise en place à cette occasion, du comité interministériel d’experts sur les ESST animé par Dominique Dormont (et auquel 8 chercheurs INRA participaient) a été un facteur très important dans la mobilisation de la communauté scientifique française et en particulier de l’INRA (voir à ce sujet l’analyse critique du fonctionnement de ce comité interministériel faite par Jacqueline Estades et Elisabeth Rémy dans l’ouvrage « l’expertise en pratique : les risques liés à la vache folle et aux rayonnements ionisants », 249 pages, L’Harmattan éditeur, Novembre 2003). Depuis 1993, les chercheurs INRA du département de génétique animale réfléchissaient aux conditions de développement de projets de recherche nouveaux sur les maladies à prions et en particulier sur la tremblante ovine qui sévissait de façon spectaculaire dans un troupeau ovin expérimental (domaine INRA de Langlade). Les chercheurs concernés de ce département ont eu un rôle moteur dans la mobilisation ultérieure des autres départements. En effet, à partir de l’automne 1996, des chercheurs INRA appartenant à 6 départements de recherche différents (génétique animale, santé animale, physiologie animale, transformation des produits animaux, hydrobiologie et faune sauvage, économie et sociologie rurale) ont décidé de s’engager dans des projets de recherche centrés sur les maladies à prions. Cet intense effort de mobilisation s’est accompli essentiellement par mobilité thématique (et non pas à la faveur de recrutements nouveaux), ce qui a représenté pour chacun des chercheurs engagés un effort personnel de remise en cause l’obligeant à repartir de zéro dans un domaine totalement nouveau, en abandonnant des recherches où chacun avait acquis un positionnement national et international. Cette mobilisation collective importante a été favorisée par trois facteurs différents : - l’exceptionnelle demande sociétale résultant d’une crise de confiance sans précédent touchant à la fois le consommateur et le citoyen, - l’ensemble des nombreuses questions nouvelles posées par la problématique « prions » qui a profondément excité la curiosité et l’intérêt des chercheurs de disciplines différentes, - et, enfin, la mise en place rapide de nouveaux moyens financiers, à la faveur d’une série d’appels d’offres successifs (INRA en interne, interministériels, GIS Prions, Union Européenne) qui ont exercé un effet incitatif puissant. Dans ce contexte nouveau, les objectifs prioritaires de l‘INRA ont été les suivants : - tout d’abord, créer les conditions optimales pour la mise au point des différents outils indispensables au développement des recherches sur les ESST : . les souris transgéniques pour les infections expérimentales,. les lignées de cultures cellulaires pour la propagation in vitro du prion,. les anticorps monoclonaux anti protéine prion (PrP),. les techniques immunocytohistochimiques pour identifier la protéine prion pathogène PrPsc dans les tissus infectés,. les méthodes de génotypage à grande échelle du gène PrP chez les ovins,. les approches épidémiologiques adaptées,. et surtout toute la logistique appropriée pour la manipulation des prions en toute sécurité au laboratoire et dans les animaleries (souris et gros animaux). - parallèlement, organiser des instances nouvelles pour la coordination (comité d’action incitative programmée, bureau permanent des recherches ESST) et l’animation scientifique interdisciplinaire (séminaires réguliers) de façon à assurer les meilleures conditions pour favoriser les échanges entre les équipes et la cohérence des projets entre eux. - et, enfin, mettre en place des moyens nouveaux en termes de ressources humaines (redéploiements, recrutements). Plus d’une vingtaine d’équipes INRA se sont engagées depuis 1996. A partir des nouveaux outils mis à disposition des différentes équipes, les recherches se développent et les résultats obtenus ont été présentés et discutés lors des séminaires organisés en 1998, 2000 et 2003. Ces résultats ont été valorisés par un nombre important de publications et ont été concrétisés au niveau des applications par la mise au point de tests rapides de diagnostic des ESST (contribution au test Biorad pour l’ESB, convention avec l’Institut Pourquier pour la tremblante ovine) ainsi que par un plan ambitieux de contrôle génétique et d’éradication de la tremblante dans les troupeaux ovins français. Dans le domaine de la biosécurité du retraitement des farines animales, un brevet a été pris en mars 2004. A l’issue du dernier séminaire, la direction scientifique Animal et Produits Animaux a décidé de valoriser l’ensemble des résultats obtenus et des connaissances en découlant, par la réalisation de ce numéro hors-série. L’objectif était de présenter au plus grand nombre l’ensemble des avancées scientifiques et des axes de recherche actuels sur les prions, menés dans les différentes disciplines. Ce numéro hors-série de la revue « Productions Animales » comprend 7 chapitres structurés autour des questions nouvelles que les chercheurs se sont attachés à résoudre : les animaux modèles, la caractérisation des souches et la nature de l’agent, la protéine prion cellulaire, la pathogénie des ESST, la variabilité de la résistance aux ESST et enfin l’épidémiologie et la lutte contre les ESST. En outre à la fin du numéro, figurent des annexes présentant successivement : la liste des publications scientifiques réalisées à partir des résultats obtenus, la liste des séminaires scientifiques organisés en interne, et enfin la liste des 18 projets scientifiques européens dans le domaine des ESST, impliquant des équipes INRA comme coordinateur ou comme partenaire, illustrant ainsi leur positionnement international.

L’Egypte, où la température moyenne augmenterait de 1 à 1,5 °C au cours des deux prochaines décennies, serait particulièrement exposée au changement climatique dans la zone méditerranéenne. La majorité des travaux de recherche sur les caractères adaptatifs des animaux se sont concentrés sur les ovins et les caprins dans les zones non-irriguées, avec un faible intérêt pour les systèmes d’élevage dans les zones irriguées, alors que les gros ruminants – bovins et buffles – assurent l’essentiel de l’apport en lait et viande de l’Egypte. De plus, la recherche sur l’amélioration génétique pour augmenter la production a ignoré les races bovines locales, telle que la Baladi qui semble être en voie de disparition. A partir d’entretiens individuels et collectifs menés dans deux gouvernorats de l’Egypte, la présente étude visait à décrire la situation de la race locale Baladi, à partir des perceptions et pratiques des acteurs de la filière (dont les éleveurs, commerçants et fournisseurs de service), et d’en tirer des perspectives pour son devenir. D’après les entretiens, la Baladi serait adaptée et plus résistante à des conditions difficiles, en particulier aux températures chaudes extrêmes, à des périodes de carence alimentaire, et à certaines maladies, en particulier la fièvre aphteuse. Cependant, il n’y a pas d’organisation ou d’action collective pour préserver ou promouvoir cette race en raison de son faible niveau de production laitière, bien que la viande soit très appréciée dans les zones rurales et pourrait être à l’origine d’un potentiel marché de niche.

La réunion d’arguments scientifiques, techniques et économiques peut permettre d’élaborer encore de nombreuses stratégies de progrès pour l’aviculture. Ainsi, les améliorations à attendre de la génétique quantitative classique sont loin d’être terminées. Des critères nouveaux (anatomiques ou physiologiques) de sélection sont en préparation et ils pourront être complétés par des études de polymorphismes d’ADN utilisés comme indicateurs de caractères économiques, notamment de résistance à certaines maladies. Ces méthodes sont cependant coûteuses, de même que la transgénèse qui n’en est encore, quant à elle, qu’au stade des études méthodologiques. Elles ne seront donc mises en place que si la possibilité d’amélioration d’un critère économique important est démontrée. Dans l’entre temps, toute modification de la croissance par administration de somatotropine paraît exclue. L’utilisation métabolique des matières premières alimentaires devra de son côté être de mieux en mieux connue et quelquefois accrue par utilisation d’enzymes afin de réduire les rejets dans l’environnement (azote et phosphore). L’obtention d’aliments bactériologiquement irréprochables devra aussi être assurée. L’avenir de la reproduction est fortement lié à la maîtrise de la consommation alimentaire des animaux reproducteurs et, ultérieurement, à l’usage généralisé de l’insémination artificielle qui permettra une gestion totalement séparée des deux sexes. La pathologie se diversifie avec l’apparition de syndromes complexes (anémie infectieuse, troubles locomoteurs ...) tandis que le portage sain de bactéries pathogènes pour l’homme constitue désormais l’autre source principale de préoccupations. Les techniques de recombinaison génique devraient permettre, en juxtaposant les gènes de différents épitopes à l’intérieur d’une même bactérie ou virus, la création de vaccins multipotents qui, autre innovation, seront peut-être administrés in ovo à l’embryon. Les modes d’élevage ont encore à s’adapter aux spécificités des pays (et même des régions) en privilégiant toujours la qualité, notamment microbiologique, des produits obtenus (volailles et oeufs) et les problèmes de bien-être animal. Les produits avicoles eux-mêmes seront de plus en plus souvent l’objet d’une première, voire d’une seconde transformation améliorant sans cesse leur commodité d’emploi et leurs caractéristiques diététiques ; ils seront valorisés par une politique de marque et d’« image-qualité ». Globalement, la gestion par résultat économique vrai intégrant l’ensemble d’une filière est probablement appelée à se développer.

Despite their crucial importance, limited information exists about how livestock are affected by climate change in Nigeria. Changing climatic patterns are manifested through occurrences like abrupt temperature increase, dwindling rainfall pattern, rise in spells of drought and flood. These conditions exert different effects across the geographical landscape of the country, which can broadly be classed as Semiarid, Sahel and Derived Savannah, respectively as well as Forest and Montane. Livestock provide humans with the full complement of amino acids, which are the only known natural suppliers of Vitamin B12 and equally supply iron, calcium, iodine and zinc. In addition, livestock accounts for 40% of Agricultural Gross Domestic Product and significantly contributes to enhancing rural livelihood. Stress conditions are induced in livestock by harsh weather conditions that reduce the feed available to them as well as impede growth rate and reproduction efficiency and disease incidence which may eventually result in death. In the light of the livestock benefits to humanity, it is necessary to devise means of making their climate resilient. Some of the proven strategies include animal genetic improvement for stress tolerance, growing disease resistant, early maturing and drought tolerant crops, selecting for and rearing climate tolerant animal species and breeds. Malgré leur importance cruciale, il existe peu d'informations sur la manière dont le bétail est affecté par le changement climatique au Nigéria. Le changement des modèles climatiques se manifeste par des événements tels que l'augmentation brutale de la température, la diminution des précipitations, l'augmentation des périodes de sécheresse et d'inondation. Ces conditions exercent des effets différents sur le paysage géographique du pays, qui peuvent être globalement classés comme semi-aride, sahélien et savane dérivée, respectivement, ainsi que forêt et montagne. Le bétail fournit aux humains le complément complet d'acides aminés, qui sont les seuls fournisseurs naturels connus de vitamine B12 et fournissent également du fer, du calcium, de l'iode et du zinc. En outre, l'élevage représente 40% du produit intérieur brut agricole et contribue de manière significative à l'amélioration des moyens d'existence ruraux. Les conditions de stress sont induites chez le bétail par des conditions météorologiques difficiles qui réduisent les aliments disponibles pour eux et entravent le taux de croissance, l'efficacité de la reproduction et l'incidence des maladies qui peuvent éventuellement entraîner la mort. À la lumière des avantages de l'élevage pour l'humanité, il est nécessaire de concevoir des moyens de rendre leur résilient climatique. Certaines des stratégies éprouvées comprennent l'amélioration génétique animale pour la tolérance au stress, la culture de cultures résistantes aux maladies, à maturation précoce et à la sécheresse, la sélection et l'élevage d'espèces et de races animales tolérantes au climat.

Avant-Propos : Anomalies génétiques Les anomalies génétiques sont observées depuis toujours par les éleveurs et ont été décrites depuis longtemps par les chercheurs. Toutefois, elles ont toujours eu une situation à part dans la sélection des espèces d’élevage. Si la sélection s’est structurée, organisée, raffinée, elle n’a le plus souvent concerné que des caractères économiquement importants mais dits « quantitatifs », c’est-à-dire des caractères au déterminisme génétique complexe soumis à la fois à des effets du milieu et un nombre important de gènes. Parfois, des gènes à effet majeur ont également été pris en compte (gène culard, gène « sans cornes », coloration, absence de plumes…). Mais les anomalies ont toujours été considérées comme un problème inévitable, éventuellement à cacher. Elles ont été peu prises en compte en sélection, elles ne font pas l’objet de déclarations dans le cadre du contrôle de performances usuel et, au contraire, jusqu’à récemment, faisaient plutôt l’objet d’éliminations, volontairement ou non, sans déclaration. Considérées comme rares, elles ont été intégrées dans les incompressibles pertes d’élevage. La situation se complique en général lorsqu’un reproducteur largement diffusé s’avère porteur d’une anomalie. L’anomalie change alors de statut : d’inconvénient inéluctable mais peu important, elle apparaît comme un problème majeur pour les éleveurs, source de contentieux, porteur d’une mauvaise image. Son éradication rapide devient prioritaire, et l’élimination des reproducteurs porteurs est généralement préconisée. Au cours des années 1990 et 2000, quelques cas dans l’espèce bovine, finalement peu nombreux, ont marqué les esprits par l’impact qu’ils ont eu dans les populations concernées quand les meilleurs taureaux du moment se sont révélés porteurs. De plus, aucun réseau « du déclarant au généticien » n’étant mis en place, il a fallu du temps entre la déclaration des premiers cas et la disponibilité d’un test moléculaire permettant une éradication réellement efficace. Les anomalies génétiques sont inéluctables. Elles résultent de mutations de l’ADN qui sont un phénomène normal source de la diversité génétique. Souvent neutres, parfois fonctionnelles, les mutations peuvent dans des cas rares être responsables d’anomalies. Les populations d’élevage étant des populations génétiquement petites (malgré des effectifs physiques parfois très élevés), elles présentent des conditions favorables pour la diffusion et l’expression de ces anomalies, du fait de la dérive génétique et de la consanguinité. Contrairement à ce qui est parfois supposé, la sélection ne crée pas les anomalies, mais elle peut favoriser leur diffusion (l’augmentation de leur fréquence allélique et l’apparition de cas), de façon analogue aux antibiotiques qui ne créent pas de résistance, mais sélectionnent les populations bactériennes résistantes. On pense également à tort que les populations génétiquement petites présentent plus d’anomalies. Il est plus exact de dire qu’à effectif d’animaux identique, les populations génétiquement petites présentent un nombre d’anomalies différentes plus faible, mais un nombre de cas par anomalie plus élevé. Alors que la sélection est un modèle de rationalité, les anomalies sont longtemps restées hors de ce cadre. Une des raisons était sans doute le manque d’outils pour les éliminer. Une mise en place progressive depuis quinze ans et une accélération certaine des techniques de dépistage depuis le début des années 2010 a permis de définir un nouveau cadre pour intégrer les anomalies dans le processus de sélection. Tout d’abord, il est essentiel de disposer d’un système d’observation des anomalies. Les cas étant souvent rares et dispersés, il est essentiel que ce système soit largement implanté sur le terrain et que les informations soient centralisées, de façon à détecter les émergences le plus tôt possible, à partir de cas considérés éventuellement à tort comme sporadiques. Différents observatoires dédiés, souvent distincts du contrôle de performances classique, ont été mis en place à travers le monde et dans différentes espèces d’élevage ou de compagnie. Nous présentons dans ce dossier l’Observatoire National des Anomalies Bovines – ONAB ; https://www.onab.fr/ – (Grohs et al 2016) et la situation chez le porc (Riquet et al 2016). Ces dispositifs ont réellement montré toute leur efficacité lorsque les outils moléculaires les plus récents, de génotypage et séquençage, ont été disponibles, permettant de caractériser rapidement une anomalie à partir de quelques cas (Duchesne et al 2016). Ces outils génomiques peuvent même être utilisés pour orienter la recherche des anomalies avant leur observation (Fritz et al 2016). Enfin, il convient d’insister sur le fait que l’analyse de cas mais aussi de leurs ancêtres n’est possible que si d’excellentes collections d’échantillons sont stockées, comme c’est le cas pour l’ONAB ou pour le Centre de Ressources Biologiques pour les animaux domestiques (CRB-Anim ; https://www.crb-anim.fr/). La situation est bien sûr très variable selon les espèces. L’impact d’une anomalie, et donc la prise de conscience des sélectionneurs, est plus élevé dans les espèces conduites en race pure et quand l’individu a une forte valeur. L’espèce bovine est caractérisée par un double réseau de phénotypage associé au conseil en élevage et au travers des vétérinaires, par une conduite en race pure quasi-exclusive, par une sélection puissante, devenue génomique. Elle connaît une évolution récente favorisant la détection des anomalies. La situation est également très avancée chez le chien, une espèce bénéficiant d’une bonne supervision vétérinaire et organisée en de nombreuses races pures d’effectifs génétiques très petits et souvent sujettes à des anomalies spécifiques. Aujourd’hui, la situation a beaucoup évolué, de sorte qu’un nombre croissant d’anomalies est mis en évidence, dans toutes les races, quel que soit le mode de reproduction prédominant (monte naturelle ou insémination artificielle). En revanche, leur prise en compte reste encore partielle, et rarement à la hauteur (c’est-à-dire parfois trop, parfois trop peu) de leur importance réelle. Nous proposons dans Boichard et al (2016) différentes approches pour inclure les anomalies de façon objective dans la sélection. Pour le chercheur, les anomalies sont des objets d’étude hors du commun. L’anomalie, en provoquant une perturbation sévère en dehors de la gamme physiologique normale, permet parfois de comprendre un mécanisme habituellement peu variable et donc peu étudiable autrement. On comprend ainsi mieux le rôle des gènes au travers de leurs effets lorsqu’ils sont mutés. Les mécanismes mis en jeu touchent souvent des voies fondamentales du vivant et, à ce titre, sont souvent transposables entre espèces. Les connaissances sont bien sûr bien plus avancées chez l’Homme ou les espèces modèles comme la souris et nous bénéficions de ces informations pour caractériser rapidement les mutations découvertes dans les espèces d’élevage. Mais parfois, une anomalie observée dans une espèce d’élevage peut aussi contribuer à résoudre des questions chez l’Homme, par exemple pour des maladies très rares alors que la structure des populations d’élevage avec de grandes familles permet l’étude de cas familiaux. Il arrive alors que l’espèce d’élevage, de même que le chien, prenne le rôle d’espèce modèle de pathologies humaines.

Background: The Sungbo Eredo Monument is an ancient public work with a system of defensive walls and ditches located in Eredo Local Council Development Area of Epe, Lagos State, southwest Nigeria. A huge section of the monument cuts through the Augustine University campus, forming two-sided vertical walls with a deep ridge in-between. The objective of this investigative study is to determine the microbial profile of soil samples from the monument in the University campus. Methodology: Soil samples were collected from the topsoil at a depth of 7.5cm from four randomly selected points along the edge of the monument. The samples were transported to the microbiology laboratory of the Department of Biological Sciences of Augustine University for analysis. Samples were cultured on Nutrient agar (NA) and incubated aerobically for 24-48 hours for bacteria isolation and on Sabouraud’s Dextrose agar (SDA) for 72 hours for fungi isolation. Bacterial colonies on NA were preliminarily identified to genus level by Gram reaction and conventional biochemical test scheme for Gram-positive (catalase, coagulase, starch hydrolysis) and Gram-negative isolates (oxidase, urease test, indole, methyl red, Voges Proskauer and sugar fermentation tests). Fungi colonies on SDA were identified using conventional macroscopic and microscopic characteristics. Antibiotic susceptibility test of the bacterial isolates to selected antibiotics was done using the Kirby Bauer disc diffusion method. Results: A total of twenty-three bacterial isolates in four genera; Bacillus, Staphylococcus, Cellobiococcus and Micrococcus and nine fungal isolates in three genera; Saccharomyces, Aspergillus and Botrytis were identified from the cultures. The bacterial isolates were sensitive (>50% sensitivity) to only gentamicin and ofloxacin, with 65.2% and 78.3% sensitivity rates respectively, while they were largely resistant to all other antibiotics such as ceftriaxone, erythromycin, cefuroxime, cloxacillin, ceftazidime and augmentin, with resistance rates of 65.2%, 65.2%, 73.9%, 82.6%, 86.9%, 91.3% respectively. Conclusion: The results of this investigative study revealed the presence of antibiotic-resistant bacteria (mainly Gram-positive) and fungi on the archaeological monument of Augustine University, adding to the existing data on microbial spectrum of archaeological monuments that could be useful for unraveling human cultural habits and microbe-related human diseases. However, further studies on molecular identification of these microbial spectrum will be required to ascertain their genetic relatedness and ancestral phylogeny, which will be useful for archaeologists in their study of the Sungbo-Eredo ancestral monument. French title: Identification phénotypique des communautés bactériennes et fongiques du sol habitant un monument archéologique à l'Université Augustine, Ilara Epe, sud-ouest du Nigeria Contexte: Le monument Sungbo Eredo est un ancien ouvrage public doté d'un système de murs défensifs et de fossés situé dans la zone de développement du conseil local d'Eredo à Epe, dans l'État de Lagos, au sud-ouest du Nigéria. Une énorme section du monument traverse le campus de l'Université Augustine, formant des murs verticaux à deux côtés avec une crête profonde entre les deux. L'objectif de cette étude d'investigation est de déterminer le profil microbien d'échantillons de sol provenant du monument du campus universitaire. Méthodologie: Des échantillons de sol ont été prélevés dans la couche arable à une profondeur de 7,5 cm à partir de quatre points choisis au hasard le long du bord du monument. Les échantillons ont été transportés au laboratoire de microbiologie du Département des sciences biologiques de l'Université Augustine pour analyse. Les échantillons ont été cultivés sur gélose nutritive (NA) et incubés en aérobie pendant 24 à 48 heures pour l'isolement des bactéries et sur gélose au dextrose de Sabouraud's(SDA) pendant 72 heures pour l'isolement des champignons. Les colonies bactériennes sur NA ont été préalablement identifiées au niveau du genre par réaction de Gram et schéma de test biochimique conventionnel pour les isolats Gram-positif (catalase, coagulase, hydrolyse de l'amidon) et Gram-négatif (oxydase, test à l'uréase, indole, rouge de méthyle, Voges Proskauer et sucre essais de fermentation). Les colonies de champignons sur SDA ont été identifiées en utilisant des caractéristiques macroscopiques et microscopiques conventionnelles. Le test de sensibilité aux antibiotiques des isolats bactériens à des antibiotiques sélectionnés a été effectué en utilisant la méthode de diffusion sur disque de Kirby Bauer. Résultats: Un total de vingt-trois isolats bactériens dans quatre genres; Bacillus, Staphylococcus, Cellobiococcus et Micrococcus et neuf isolats fongiques de trois genres; Saccharomyces, Aspergillus et Botrytis ont été identifiés à partir des cultures. Les isolats bactériens étaient sensibles (sensibilité >50%) uniquement à la gentamicine et à l'ofloxacine, avec des taux de sensibilité de 65,2 % et 78,3 % respectivement, alors qu'ils étaient largement résistants à tous les autres antibiotiques comme la ceftriaxone, l'érythromycine, la céfuroxime, la cloxacilline, la ceftazidime et l'augmentine avec des taux de résistance de 65,2%, 65,2%, 73,9%, 82,6%, 86,9%, 91,3% respectivement. Conclusion: Les résultats de cette étude d'investigation ont révélé la présence de bactéries résistantes aux antibiotiques (principalement à Gram positif) et de champignons sur le monument archéologique de l'Université Augustine, ajoutant aux données existantes sur le spectre microbien des monuments archéologiques qui pourraient être utiles pour démêler l'homme. les habitudes culturelles et les maladies humaines liées aux microbes. Cependant, d'autres études sur l'identification moléculaire de ces spectres microbiens seront nécessaires pour déterminer leur parenté génétique et leur phylogénie ancestrale, ce qui sera utile aux archéologues dans leur étude du monument ancestral Sungbo-Eredo.

La résistance génétique des petits ruminants aux infestations par les nématodes gastro-intestinaux (strongles) peut être sélectionnée puisqu’elle est mesurable indirectement par le comptage d’oeufs dans les fèces, héritable et génétiquement peu ou pas corrélée aux autres critères de sélection. La mise en place d’une telle sélection dans les schémas nécessitera la création de plateformes permettant de faire face au nombre de mesures à réaliser et imposera le suivi de l’évolution de la communauté de nématodes afin de prévenir un contournement potentiel de la résistance de l’hôte par les parasites. La meilleure pratique pour éviter ce contournement est de considérer la résistance génétique comme un levier d’action à intégrer à d’autres stratégies (la nutrition, la gestion des prairies et les traitements anthelminthiques).

La durabilité des systèmes d'élevage tropicaux et tempérés extensifs est à rechercher dans l'équilibre entre le milieu et les productions, animales et végétales. Ainsi, il est judicieux de choisir les animaux pour leur adaptation aux contraintes du milieu, plutôt que de chercher à les en soustraire. Dans ce contexte, les strongyloses gastro-intestinales représentent une contrainte pathologique majeure des petits ruminants, particulièrement en zone tropicale humide. Depuis quelques années, la stratégie d'éradication des parasites a évolué vers une logique de manipulation des équilibres hôtes-parasites dans les systèmes pâturés par combinaison de diverses stratégies. La résistance génétique aux strongles gastro-intestinaux s'inscrit dans cette nouvelle démarche et y tient un rôle majeur. L'objectif de cette synthèse est de souligner les apports de la génétique et de la génomique à la compréhension et à l'exploitation de différences entre individus pour la résistance aux strongyloses gastro-intestinales. Les races locales se révèlent dans la plupart des cas les plus résistantes et les plus productives dans leur milieu. Que ce soit chez des races de milieu tropical ou tempéré, une variabilité génétique intra-race a pu être observée chez les ovins et les caprins. Des critères de résistance exploitables en sélection sont connus chez les ovins comme chez les caprins avec un contrôle génétique comparable. Enfin, la composante immunitaire (complexe majeur d'histocompatibilité notamment) de la résistance est clairement impliquée dans les mécanismes. Cependant, du fait de comportements alimentaires différents, les mécanismes sous jacents pourraient être plus simples et moins efficients chez les caprins. L'information génomique s'accumule mais reste encore difficilement valorisable par les professionnels.

Certaines races locales de ruminants présentent des aptitudes génétiques particulières à résister et/ou à tolérer les parasites internes. Cet article passe en revue les données encore éparses existant sur les variabilité intra et inter-races de la résistance aux helminthes des bovins, ovins et caprins, et décrit plus précisément les projets de recherches de l’International Livestock Research Institute (ILRI) en matière de résistance génétique aux nématodes gastro-intestinaux des petits ruminants au Kenya, en Ethiopie, au Sénégal . Les agneaux Red Maasai sont plus résistants aux parasites internes que les agneaux Dorper dans la région côtière sub-humide du Kenya. En outre, des variations génétiques intra-race ont été mises en évidence. Les résultats montrent clairement l’intérêt économique de l’élevage de races ovines plus résistantes aux parasites internes dans cette partie du Kenya. Il semble aussi que les caprins Small East African soient plus résistants aux parasites internes que les caprins Galla. En Éthiopie (Debre berhan, 1780 m d’altitude), il n’a pas été mis en évidence de nette différence entre les ovins Menz (race indigène de la région) et les ovins Horro (race introduite des basses régions montagneuses). Cependant, la variabilité intra-race est prometteuse en termes de sélection ultérieure. Au Sénégal, en collaboration avec le CIRAD-EMVT et l’ISRA, des études en ferme ont débuté en 1992 sur différents sites dans la zone nord, aride (Louga, ovins Fulani et chèvres sahéliennes) et la zone humide du sud (Kolda, ovins Djallonké et caprins West African Dwarf). Dans une station expérimentale de Kolda, des accouplements raisonnés à partir de reproducteurs identifiés en ferme, permettront de déterminer des paramètres génétiques de la résistance aux strongles digestifs chez les ovins Djallonké.

Dans un proche avenir, il sera nécessaire de disposer d’animaux résistants pour maîtriser les strongyloses gastro-intestinales des petits ruminants, du fait de l’incidence de cette pathologie, quelle que soit la zone d’élevage. Or, bien que l’élevage caprin soit une production importante, notamment en zone tropicale, et très sensible à cette pathologie, la résistance génétique est peu étudiée dans cette espèce. L’objectif du protocole conduit à l’INRA-Antilles-Guyane est de déterminer, après vérification de son existence chez les caprins Créoles, si le même caractère de résistance génétique s’exprime dans des environnements contrastés du point de vue du risque parasitaire et de l’apport fourrager. La résistance de 13 boucs Créoles a été estimée dans 2 systèmes de pâturage, par la moyenne des performances de leurs descendants, aux âges de 6 et 10 mois.Haemonchus contortus et "Trichostrongylus colubriformis" ont été les espèces parasites dominantes. Le déterminisme génétique de la résistance est mis en évidence chez les chevreaux de 6 mois par une tendance à un effet père significatif dans tous les environnements. Le classement relatif des 13 boucs est corrélé dans les 2 milieux nutritionnels favorables : + 0,83 (P<0,001). En revanche, la corrélation n’est pas significative entre les milieux nutritionnels favorables et le milieu nutritionnel défavorable. Ce résultat semble indiquer que des mécanismes biologiques gouvernés par des gènes de résistance différents s’expriment dans un milieu nutritionnel favorable et dans un milieu nutritionnel défavorable. Aucune variabilité génétique n’est mise en évidence sur les mesures à 10 mois du fait d’un niveau d’infestation insuffisant des chevreaux.

L’Agriculture Biologique (AB) se présente comme un mode de production agricole spécifique basé sur le respect d’un certain nombre de principes et de pratiques visant à réduire au maximum les impacts négatifs sur l’environnement. Elle est soumise à des interdictions et/ou des obligations de moyens, par exemple l’interdiction des Organismes Génétiquement Modifiés (OGM), des engrais de synthèse et des pesticides ou l’obligation de rotations pluriannuelles. Dans le cas de l’élevage, les critères portent sur l’origine des animaux, les conditions de logement et d’accès aux parcours, l’alimentation ainsi que la prévention et le traitement des maladies. Ainsi, la prévention des maladies est principalement basée sur l’utilisation de techniques d’élevage stimulant les défenses naturelles des animaux et, en cas de problème sanitaire, le recours à l’homéopathie ou à la phytothérapie ; l’emploi d’autres médicaments vétérinaires n’est pas exclu à condition de respecter des conditions réglementaires strictes1. L’AB s’inscrit dans des filières d’approvisionnement et de commercialisation incluant la transformation et la préparation des aliments, la distribution de gros et/ou de détail et le consommateur final. Dans tous les pays, agriculteurs, conditionneurs et importateurs doivent se conformer à des réglementations pour associer à leurs produits un étiquetage attestant de leur nature biologique. Les produits issus de l’AB sont certifiés et des mécanismes d’inspection assurent le respect des règlements. L’AB mondiale est aujourd’hui encore une activité marginale au regard des terres consacrées (moins de 2%), du nombre d’agriculteurs engagés ou des volumes concernés. Il s’agit toutefois d’une activité en forte croissance avec, par exemple, un triplement des surfaces mondiales dédiées entre 1999 et aujourd’hui. Le marché mondial des produits issus de l’AB était estimé à 25 milliards d’euros en 2006, soit deux fois plus qu’en 2000 (données IFOAM). La consommation est très fortement concentrée, à plus de 95% en Amérique du Nord d’une part, et en Europe de l’Ouest où les principaux marchés sont l’Allemagne, l’Italie, la France et le Royaume-Uni, d’autre part. Sur ces deux continents, les importations sont nécessaires pour pallier le déficit de l’offre domestique au regard de la demande intérieure. Ceci est particulièrement vrai en France. Selon le ministère en charge de l’agriculture (2009), «la demande [française] de produits issus de l’AB croît de 10% par an depuis 1999. Or, l’offre [nationale] de produits issus de l’AB est aujourd’hui insuffisante pour satisfaire cette demande croissante. Les surfaces des 11 970 exploitations agricoles françaises en AB ne représentent que 2% de la surface agricole. Par défaut d’organisation entre les producteurs et à cause de l’éparpillement des productions, une part significative des produits bio n’est pas valorisée». Et simultanément, 25% environ de la consommation française de produits bio est satisfaite par des importations. Cette situation a conduit le Ministre en charge de l’agriculture à proposer, dans le cadre du Grenelle de l’environnement, un plan visant le triplement à l’horizon 2012 des surfaces françaises en AB (6% de la surface agricole utile en 2012). Pour atteindre cet objectif, le plan inclut un soutien budgétaire à la structuration de la filière bio (sous la forme d’un fonds de structuration doté de 15 millions d’euros sur cinq ans), la mobilisation de la recherche (notamment sous la forme de crédits «recherche»), un soutien accru aux exploitations converties en AB (via le déplafonnement des 7 600 €/an/unité des aides agro-environnementales pour les exploitations en conversion vers l’AB et une augmentation de l’enveloppe dédiée, ainsi que la reconduction du crédit d’impôt en 2009, celui-ci étant par ailleurs augmenté) et enfin, l’obligation dès 2012 faite à la restauration collective de proposer dans ses menus 20% de produits issus de l’AB. Enfin, dans le cadre du bilan de santé de la Politique Agricole Commune (PAC) du 23 février 2009, une aide spécifique aux exploitations en AB d’un montant d’un peu moins de 40 millions d’euros a été adoptée. Le plan français en faveur de l’AB, popularisé sous le libellé «AB : objectif 2012», vise donc à développer la production domestique de produits issus de l’AB via la fixation d’un objectif quantitatif en termes de surfaces dédiées en jouant simultanément sur la demande (via une contrainte d’incorporation de produits issus de l’AB dans la restauration collective) et l’offre (via, de façon générale, un soutien augmenté aux exploitations en conversion vers l’AB et déjà converties à l’AB). Dans ce contexte, le comité éditorial de la revue Inra Productions Animales et la direction de l’Inra ont souhaité apporter un éclairage scientifique sur les acquis, les verrous et les perspectives en matière d’élevage AB. Ce numéro a été coordonné par J.M. Perez avec l’aide de nombreux relecteurs : que tous soient ici remerciés. Après une présentation du cahier des charges français et de la réglementation communautaire (Leroux et al), le numéro se décline en trois parties : une série d’articles sur différentes filières animales concernées (avicole, porcine, bovine allaitante, ovine allaitante), un focus sur deux approches à l’échelle des systèmes d’élevage (ovin allaitant et bovin laitier), et enfin des articles centrés sur les problèmes les plus aigus rencontrés dans le domaine de la gestion sanitaire et de la maitrise de la reproduction. L’article conclusif de Bellon et al fait le point sur les principales questions de recherche qui demeurent. En aviculture (Guémené et al), à l’exception de l’œuf, la production bio reste marginale, mais les filières sont bien organisées. Cette situation résulte d’une relative synergie avec les filières label rouge, avec lesquelles elles partagent plusieurs caractéristiques (types génétiques, longue durée d’élevage, parcours). Des difficultés multiples subsistent néanmoins. La production bio est pénalisée par le manque de poussins AB, des difficultés de maintien de l’état environnemental et sanitaire des parcours, la rareté de l’aliment bio et la difficulté d’assurer l’équilibre en acides aminés des rations (pas d’acides aminés de synthèse), élément susceptible d’expliquer la surmortalité constatée en pondeuse (liée à des problèmes comportementaux). Par suite, les performances sont inférieures à celles de l’élevage conventionnel (augmentation de la durée d’élevage et de l’indice de conversion) et l’impact environnemental, bien qu’amélioré quand il est rapporté à l’hectare, est moins favorable quand il est mesuré par unité produite, à l’exception notable de l’utilisation de pesticides. Prunier et al aboutissent aux mêmes conclusions dans le cas de la production de porcs AB. Relativement au conventionnel, les contraintes sont fortes sur le plan alimentaire (rareté de l’aliment AB, problème d’équilibre en acides aminés des rations) et de la conduite d’élevage (interdiction ou limitation des pratiques de convenance, âge des animaux au sevrage de 40 jours, difficultés de synchronisation des chaleurs et des mises bas, limitation des traitements vétérinaires). Ces contraintes et la grande diversité des élevages de porcs AB se traduisent par une forte variabilité des performances en termes de survie, reproduction, composition corporelle ou qualité des produits : autant de critères qu’il conviendra de mieux maîtriser à l’avenir pour assurer la pérennité de l’élevage porcin AB. Les performances zootechniques et économiques de l’élevage bovin allaitant bio sont abordées dans l’article de Veysset et al à partir d’un échantillon limité d’exploitations situées en zones défavorisées. Les caractéristiques des unités AB diffèrent peu de celles de leurs voisines en élevage conventionnel ; avec un chargement à l’hectare plus faible mais une plus grande autonomie alimentaire, les résultats techniques des élevages AB sont proches de ceux des élevages conventionnels et ce, en dépit d’une moindre production de viande vive par unité de bétail, en raison d’un cycle de production en moyenne plus long. Sur le plan économique, les charges plus faibles (pas de traitements antiparasitaires, pas de vaccinations systématiques) ne suffisent pas à compenser un moindre produit à l’hectare. Un verrou majeur est le déficit de gestion collective de la filière verticale (absence totale de débouché en AB pour les animaux maigres, en particulier) qui se traduit par un problème aigu de sous-valorisation puisque dans l’échantillon enquêté 71% des animaux sont vendus sans signe de qualité : nul doute qu’il s’agit là d’une priorité d’action. En élevage ovin (Benoit et Laignel), également sur la base d’un échantillon malheureusement restreint, les différences de performances techniques et économiques des élevages conventionnels versus bio varient sensiblement selon la localisation géographique, plaine ou montagne ; il est de ce fait difficile (et dangereux) de dégager des enseignements généraux valables pour l’élevage bio dans son ensemble. L’étude détaillée des adaptations des systèmes d’élevage aux potentialités agronomiques réalisée sur quatre fermes expérimentales montre néanmoins le rôle clé de la variable «autonomie alimentaire». Par suite, la situation économique des élevages ovins bio est plus difficile en zone de montagne où l’autonomie alimentaire, voire fourragère, est moindre (l’achat des aliments non produits sur l’exploitation représente 41% du prix de vente des agneaux dans l’échantillon enquêté). In fine, cela suggère que la variabilité des performances de l’élevage ovin bio, de plaine et de montagne, dépend plus du coût de l’aliment et de la valorisation des agneaux que de la productivité numérique. L’article de Benoit et al porte également sur l’élevage ovin biologique, plus précisément la comparaison de deux systèmes ovins allaitants AB différant par le rythme de reproduction des animaux. Cela montre que les performances de l’élevage ovin AB ne s’améliorent pas quand le rythme de reproduction est accéléré, le faible avantage de productivité numérique ne permettant pas de compenser l’augmentation des consommations d’aliments concentrés et la moindre qualité des agneaux. Au final, cela illustre la plus grande difficulté à piloter le système AB le plus intensif. L’article de Coquil et al relève aussi d’une approche systémique appliquée cette fois à l’élevage bovin laitier. Il porte sur l’analyse d’un dispositif original de polyculture-élevage mis en place à la Station Inra de Mirecourt reposant sur la valorisation maximale des ressources du milieu naturel et accordant une importance première à l’autonomie en paille et à la culture des légumineuses (protéagineux, luzerne). Le cheptel valorise les produits végétaux (prairies et cultures) et assure la fertilisation des parcelles en retour. L’autonomie alimentaire étant privilégiée, les effectifs animaux sont une variable d’ajustement, situation plutôt inhabituelle par comparaison avec des élevages laitiers conventionnels qui cherchent en premier lieu à maintenir les cheptels et les capacités de production animale. Les premiers retours d’expérience suggèrent une révision du dispositif en maximisant les synergies et les complémentarités plutôt que de considérer que l’une des deux activités, la culture ou l’élevage, est au service de l’autre. Cabaret et al proposent un éclairage sur les problèmes sanitaires en élevage biologique. Sur la base, d’une part, d’une analyse des déclaratifs des acteurs de l’élevage, et, d’autre part, d’évaluations aussi objectivées que possible, les chercheurs montrent qu’il n’y aurait pas de différence notable entre l’AB et le conventionnel sur le plan des maladies infectieuses et parasitaires (nature, fréquence). La gestion de la santé des cheptels AB repose davantage sur l’éleveur que sur les prescripteurs externes auxquels il est moins fait appel, et sur une planification sanitaire préalable privilégiant la prévention et une réflexion de plus long terme sur la santé globale du troupeau, l’ensemble des maladies qui peuvent l’affecter, etc. La planification n’est pas uniquement technique. Elle requiert aussi l’adhésion des éleveurs. De fait, l’enquête analysée dans cet article relative aux élevages ovins allaitants met en lumière l’importance de ces aspects individuels et culturels sur la gestion de la santé en élevage biologique. Les alternatives aux traitements anthelminthiques en élevage ruminant AB font l’objet de nombreux travaux (Hoste et al). Différents moyens de lutte contre les parasitoses sont mis en œuvre : gestion du pâturage de façon à limiter le parasitisme helminthique (rotations, mise au repos, assainissement), augmentation de la résistance de l’hôte (génétique, nutrition, vaccination), et traitements alternatifs des animaux infectés (homéopathie, phytothérapie, aromathérapie). Les protocoles d’évaluation objective de ces traitements alternatifs posent des problèmes méthodologiques non totalement résolus à ce jour. Mais traiter autrement, c’est aussi réduire le nombre de traitements anthelminthiques de synthèse via un emploi plus ciblé (saison, catégories d’animaux). Au total, de par la contrainte du cahier des charges à respecter, l’élevage biologique a recours à l’ensemble des moyens de lutte contre les maladies parasitaires. Dans le cadre de cette approche intégrée de la santé animale, l’élevage biologique peut jouer un rôle de démonstrateur pour l’ensemble des systèmes d’élevage concernés par le problème de la résistance et des alternatives aux anthelminthiques utilisés à grande échelle. Même si la réglementation n’impose pas de conduites de reproduction spécifiques en élevage AB, elle contraint fortement les pratiques, notamment l’utilisation des traitements hormonaux. L’impact de ces contraintes est particulièrement fort en élevage de petits ruminants (où le recours à des hormones de synthèse permet l’induction et la synchronisation des chaleurs et des ovulations) et en production porcine (où la synchronisation des chaleurs et des mises bas est très pratiquée). Néanmoins, Pellicer-Rubio et al rappellent que des solutions utilisées en élevage conventionnel peuvent également être mobilisées en élevage biologique, l’effet mâle et les traitements photopériodiques naturels notamment, et ce dans toutes les filières, en particulier celles fortement consommatrices de traitements hormonaux. De façon générale, les marges de progrès sont encore importantes et les solutions seront inévitablement multiformes, combinant diverses techniques selon une approche intégrée. Ici aussi, l’AB veut être valeur d’exemple, en particulier dans la perspective d’une possible interdiction des hormones exogènes en productions animales. L’article de Bellon et al conclut le numéro. Il met l’accent sur quatre thématiques prioritaires de recherche à développer, à savoir 1) la conception de systèmes d’élevage AB, 2) l’évaluation de l’état sanitaire des troupeaux et le développement d’outils thérapeutiques alternatifs, 3) la maîtrise de la qualité des produits et 4) l’étude des interactions entre élevage AB et environnement. A ces quatre orientations, on ajoutera la nécessité de recherches sur l’organisation des filières, la distribution, les politiques publiques, etc. dans la perspective de différenciation et de valorisation par le consommateur des produits issus de l’élevage biologique. Dans le droit fil de ces conclusions, l’Inra a lancé, ce printemps, un nouvel appel à projets de recherche sur l’AB dans le cadre du programme dit AgriBio3 (programme qui prend la suite de deux premiers programmes également ciblés sur l’AB). Les deux grandes thématiques privilégiées sont, d’une part, les performances techniques de l’AB (évaluation, amélioration, conséquences sur les pratiques), et, d’autre part, le développement économique de l’AB (caractérisation de la demande, ajustement entre l’offre et la demande, stratégie des acteurs et politiques publiques). Ce programme, associé à d’autres initiatives nationales (appel à projets d’innovation et de partenariat CASDAR du ministère en charge de l’agriculture) et européennes (programme européen CORE Organic en cours de montage, suite à un premier programme éponyme), devrait permettre, du moins nous l’espérons, de répondre aux défis de l’AB, plus spécifiquement ici à ceux de l’élevage biologique. Un enjeu important est aussi que les innovations qui émergeront de ces futurs programmes, tout comme des travaux pionniers décrits dans ce numéro, constituent une source d’inspiration pour faire évoluer et asseoirla durabilité d’autres formes d’élevage.

La comorbidité psychiatrique est la règle plutôt que l’exception dans le cadre de la dépression majeure. 60 à 70 % des patients déprimés présentent au moins une comorbidité psychiatrique, et 30 à 40 % en ont au moins deux. Les comorbidités les plus fréquemment retrouvées sont les pathologies anxieuses, les addictions, et certains troubles ou traits de personnalité (borderline, neuroticisme) [1]. La présence de telles comorbidités compromet le pronostic de la maladie dépressive, avec une diminution des taux de rémission et de réponse aux traitements, un allongement du délai d’action, un tableau clinique plus sévère, une altération du fonctionnement et une chronicisation. Les comorbidités psychiatriques sont considérées comme un des facteurs participant à la résistance thérapeutique pour 20 à 30 % des épisodes [2].Cette absence de réponse pourrait être plus particulièrement associée à certains sous-types et phénotypes cliniques de dépression poussant alors à la recherche de biomarqueurs spécifiques (électrophysiologiques, anatomiques et fonctionnels, métaboliques, et génétiques) de chacune de ces formes cliniques afin d’améliorer la compréhension même de la pathologie et son pronostic [3]. Par ailleurs, les recommandations ne définissent pas de stratégies précises en cas de dépressions avec comorbidités psychiatriques, les études randomisées, contrôlées classiquement menées ayant généralement tendance à exclure ces patients, et notamment ceux présentant une addiction associée. Il est néanmoins possible que le traitement de la dépression puisse améliorer le trouble comorbide, comme en témoigne la place aujourd’hui occupée par les antidépresseurs dans la pharmacothérapie des troubles anxieux [4].Ces données soulèvent des questions cliniques, thérapeutiques et de recherche importantes, centrées sur une meilleure identification des facteurs de risque de la résistance en abordant le problème central de la comorbidité psychiatrique qu’il est essentiel de repérer dans le cadre d’une prise en charge globale du patient déprimé.

L’essor de la génétique au cours des dernières décennies a permis des avancées majeures dans la compréhension des mécanismes conduisant aux maladies rénales héréditaires. Des premières études par clonage positionnel jusqu’à l’avènement du séquençage à haut débit (NGS), les techniques d’analyse du génome sont devenues de plus en plus performantes, avec un niveau de résolution extraordinaire. Les prix de séquençage se sont effondrés, passant d’un million de dollars (environ 940 millions d’euros) pour le séquençage du génome de James Watson en 2008, à quelques centaines d’euros pour le séquençage d’un génome aujourd’hui. Le diagnostic moléculaire tient ainsi une place centrale pour le diagnostic des patients et influe sur la prise en charge thérapeutique dans de nombreuses situations. Mais si le NGS est un outil performant pour l’identification de variants impliqués dans les maladies, il expose au risque de surinterprétation de certains variants, conduisant à des diagnostics erronés. Dans cette revue, nous proposons une brève rétrospective des étapes essentielles qui ont conduit aux connaissances actuelles et au développement du NGS pour l’étude des néphropathies héréditaires de l’enfant. Nous développerons ensuite les principales néphropathies héréditaires et les mécanismes moléculaires sous-jacents.

L'efficacité des méthodes classiques et alternatives d'amélioration génétique repose sur l'évolution de la variabilité génétique des populations ségrégatives sous sélection. L'objectif de cette étude est de comparer l'évolution de la fréquence des gènes de résistance à la mouche de Hesse (Mayetiola destructor) sous deux méthodes classiques de sélection en comparaison avec la méthode de l'haplodiploïdisation. Les distributions et les proportions observées du caractère "résistance à la mouche de Hesse" ont été évaluées pour des lignées produites par la méthode de filiation unipare (FUP), la méthode " bulk " et l'haplodiploïdisation (DH) de quatre populations hybrides de blé tendre (Triticum aestivum). Ces populations sont issues des croisements entre des parents résistants à la mouche de Hesse marocaine et des parents sensibles mais adaptés aux conditions marocaines. Les résultats ont montré un effet marqué de la méthode d'amélioration génétique. En effet, malgré leur avancement à la génération F6, les lignées produites par les méthodes FUP et " bulk " présentent toujours un taux non négligeable d'hétérozygotie pour ce caractère alors que la méthode DH a abouti à une homozygotie parfaite. Les proportions de résistance observées chez les lignées FUP et haploïdes doublées sont approximativement les mêmes que celles théoriquement attendues. Cependant, la méthode " bulk " a permis une sélection naturelle au champ qui a favorisé le caractère résistant de manière significative

Les pseudohypoparathyroïdies (PHP) sont des maladies rares, caractérisées par une résistance à l’action rénale de la parathormone. Le défaut génétique est localisé au locus GNAS, qui code la sous-unité alpha stimulatrice des protéines G (Gαs). Ce locus est le siège de régulations complexes, épissage alternatif et empreinte parentale éteigant de façon tissu-spécifique l’expression de l’allèle paternel. Des mutations hétérozygotes perte de fonction, des épimutations responsables d’une perte d’expression sont associées à un large spectre pathologique : PHP1A, PHP1B, ossification hétérotopique, ostéodystophie, obésité, retard de croissance in utero, etc., dont les mécanismes restent encore incomplètement connus.

Depuis une vingtaine d’années, de grandes avancées ont été réalisées dans le domaine de la génomique équine, notamment par la mise en évidence de nombreuses mutations génétiques impliquées dans l’expression de maladies ou encore pour une meilleure compréhension des mécanismes infectieux. Ces modifications suscitent l’intérêt à plusieurs niveaux de la filière, des vétérinaires aux éleveurs en passant par les entraîneurs. Plusieurs tests génétiques ont ainsi pu être développés et proposés à l’ensemble de ces acteurs. Ces tests apportent une aide à l’élevage pour éviter la naissance de poulains porteurs d’anomalies congénitales, en leur permettant de réfléchir à des croisements raisonnés en amont de la mise à la reproduction. Les praticiens vétérinaires équins, en première ligne lorsqu’ils sont confrontés à ces cas, ont ainsi un rôle majeur à jouer dans la gestion de la clinique et le conseil à apporter aux éleveurs voire, dans certains cas, pour initier et promouvoir des études d’épidémio-génétiques.

De toute l’information au sujet d’une personne, celle qui l’identifie et la distingue des autres est nécessaire. Celle qui révèle ses aptitudes et ses déficiences est habituellement gardée secrète. Celle qui déterminerait ses prédispositions futures à une maladie est très intime. Or, aucune donnée n’est plus révélatrice que l’information de nature génétique. Elle offre à notre société des espoirs réels en matière de traitement et de prévention des maladies génétiques et des maladies à apparition tardive. Pourtant, dans le contexte de la communication des renseignements personnels, cette information pourrait circuler à l’insu des personnes les plus concernées et les plus susceptibles de bénéficier de la connaissance des données génétiques. À l’inverse, des tierces personnes pourraient utiliser cette information dans des prises de décisions individuelles importantes. C’est pourquoi nous devons repenser aux critères d’accès et de divulgation actuels et prendre davantage en considération la nature de l’information que le détenteur de cette information. Le type d’information définira le degré de protection qu’elle mérite. C’est ainsi que l’information de nature génétique sera mieux maîtrisée par les personnes qu’elle concerne intimement.

Cet article résume trois publications relatives aux relations entre les numérations cellulaires du lait et les mammites cliniques en race Prim’Holstein. Les travaux sont basés sur des données de mammite clinique collectées par les techniciens du Contrôle Laitier du Morbihan et du Finistère à chaque passage dans les troupeaux pendant deux ans et demi. Les deux premières études présentées sont consacrées au risque de mammite clinique associé à des numérations cellulaires très faibles. On analyse d’une part, le risque de première mammite clinique en fonction de la numération cellulaire au premier contrôle de la première lactation et, d’autre part, le risque de mammite clinique en deuxième lactation en fonction de la concentration cellulaire, mesurée par divers critères, en première lactation. Ces deux études donnent des résultats similaires et montrent très clairement que le risque de mammite clinique diminue d’autant plus que les numérations cellulaires sont plus faibles, sans optimum intermédiaire. La troisième étude est consacrée à l’estimation de paramètres génétiques. L’héritabilité des numérations cellulaires (0,17) est très nettement supérieure à celle des mammites cliniques (0,02) et la corrélation génétique entre ces deux caractères est positive et forte (0,72). Une sélection génétique en vue de diminuer les numérations cellulaires apparaît donc pertinente pour augmenter la résistance à la fois aux mammites cliniques et subcliniques. Pour être encore plus efficace, elle devra être complétée à l’avenir par une sélection directe sur la résistance aux mammites cliniques.

Cette étude a identifié les facteurs qui militent la résistance à la vaccination de masse dans l’aire de santé de Kiziba. Elle a porté sur 85 ménages dont la résistance au vaccin a été remarquée lors des campagnes de vaccination de 2020 à 2021. Par cette étude, nous nous sommes fixés les objectifs spécifiques ci-après : Déterminer si le fait d’appartenir aux sectes religieux ou diverses croyances religieuses peut occasionner des résistances à la vaccination. Vérifier si la population témoigne que l’équipe de vaccinateurs occasionne de cas de MAPI les frustrant d’adhérer aux séances de vaccination de masse. Vérifier si les perceptions négatives pendant la campagne de vaccination de masse peuvent causer des résistances. Déterminer les conséquences découlant de cette résistance Il s’agit d’une étude descriptive à visé analytique, à la fois transversale et quantitative. Les techniques et outils utilisés sont : L’enquête par questionnaire ; L’entretien individuel (interview) ; et l’exploitation des documents IL a résulté de nos investigations menées que : Les croyances religieuses de la population de l’AS KIZIBA, n’influencent pas la résistance à la vaccination de masse, IL existe une relation étroite entre les MAPI observés et la résistance des ménages de Kiziba, à la vaccination de masse, Les perceptions négatives de groupe résistant de Kiziba face aux vaccins administrés aux enfants pendant la campagne de vaccination ; pousse la population de Kiziba à manifester une résistance à la vaccination. La plupart des ménages de l’AS de Kiziba, ignorent les conséquences en terme de maladies PEV, qui surviennent lorsqu’ un enfant n’est pas complètement immunisé.

RésuméJusqu’à présent, différentes méthodes ont été utilisées pour mettre en évidence l’influence de facteurs de risque d’origine génétique: comparaison du taux de concordance chez des jumeaux monozygotes et dizygotes, études d’adoption, analyse de ségrégation et analyse de linkage. Le développement explosif de la biologie moléculaire, fournissant un nombre grandissant de marqueurs génétiques, rend particulièrement prometteuse l’application des techniques de linkage. Néanmoins, il faut être conscient que l’application de cette stratégie aux maladies psychiatriques se heurte à des difficultés spécifiques: critères diagnostiques, âge de début variable, hétérogénéité probable, corrélations intrafamiliales environnementales.

Des avancées importantes en recherche moléculaire grâce aux possibilités de séquençage à haut débit de l'ADN permettent des traitements “sur mesure ” de certaines maladies ainsi que l’avènement d’un ensemble de connaissances prédictives (prédispositions génétiques, tests en ligne). Cette “médecine du futur”, sous l’impulsion de la bio-informatique et de l’ingénierie génétique, suscite des espoirs et des craintes. Une étude par forums citoyens a été réalisée en Suisse romande afin de recueillir les avis et les préoccupations des membres du public (n=73) autour de ces enjeux. Une activité d’imagination prospective d’un monde “merveilleux” porté par les bienfaits de la génétique, ainsi que d’un monde “affreux” conditionné par ses aléas a été proposée. L’analyse des données a fait émerger d’une part une figure fictive, l’homo geneticus, qui recueille les caractéristiques d’une génétisation idéale, contrebalancée, d’autre part, par les dilemmes que pose l’accès pour tous à l’application des connaissances génétiques.

RésuméAlors que l'alimentation de l'homme a beaucoup évoluée depuis ses origines, le génome humain est resté très stable. Pourtant, de très nombreux gènes ont des polymorphismes connus. En fait, on considère maintenant que les principales pathologies humaines (maladies cardiovasculaires, diabète, obésité et cancers) résultent d'une interaction entre des facteurs de succeptibilité génétique et des facteurs de l'environement, dont l'alimentation. Dans le domaine du métabolisme des lipoprotéines et des maladies cardiovasculaires, des polymorphimes de plusieurs gènes ont été identifiés et associés aux niveaux des paramètres lipidiques ou aà des réponses variables aux régimes, comme pour les apoprotéines (apo) E, B, A-IV et C-III, le LDL récepteur, la protéine microsomiale de transport (MTP), la protéine de liason des acides gras (FABP), la protéine de transport des esters de cholésterol (CETP), la lipoprotéine lipase ou la lipase hepatique. Nous réalisons une étude d'intervention à Marseille dans le but d'étudier l'interaction

La résistance des vecteurs du paludisme aux insecticides utilisés dans la lutte anti vectorielle est un obstacle majeur pour les programmes nationaux de lutte contre le paludisme. La présente étude avait pour but d’évaluer la diversité génétique des populations de Anopheles gambiae et la résistance aux insecticides (mutation Kdr et Ace-1) en zone cotonnière au Bénin. Deux méthodes de capture ont été utilisées pour la collecte d’échantillon. La capture sur appât humain et la récolte de la faune résiduelle matinale par spray. La PCR SINE a permis de distinguer deux espèces jumelles et d’obtenir les différents génotypes pour les deux gènes. Deux espèces du complexe An. gambiae s.l ont été trouvées en sympatrie (Anopheles coluzzii et Anopheles gambiae). La résistance kdr et Ace-1 connaissent un flux saisonnier. L’allèle résistant du gène kdr est fixé dans la population de vecteurs (Fis>0). Par contre, un déficit de l’allèle résistant est noté au niveau du gène Ace-1 (Fis<0).Mots clés : Hétérogénéité, génétique, résistance, vecteur, paludisme. English Title: Genetic heterogeneity and resistance to insecticides in malaria vector Anopheles gambiae s.l in the cotton growing area in Benin Resistance of malaria vectors to insecticides used in vector control is a major threat for national malaria control programs. The purpose of this study was to assess the genetic diversity of Anopheles gambiae populations and resistance to insecticides (Kdr Ace-1 mutation) in the cotton growing area in Benin. Two samples methods were used for mosquito collection: Human Landing catch (HLC) and the residual fauna collection by spray. The SINE PCR allow to identify species the different genotypes resistance genes. Two species of the An. gambiae s.l complex have been found in sympatry (Anopheles coluzzii and Anopheles gambiae). kdr and Ace-1 resistance had seasonal variation trend. The kdr resistance allele is fixed in the vector population (Fis> 0). Moreover, a deficit of the Ace-1 resistance allele was observed (Fis <0). Keywords: Heterogeneity, genetic, resistance, vector, malaria.

L’innervation sympathique artérielle (ISA) est un processus biologique complexe nécessitant un guidage fin des axones des neurones sympathiques par les artères. L’ISA est un élément clé de l’adaptation du système cardiovasculaire aux différentes contraintes (exposition au froid, exercice, etc.) : elle contrôle le diamètre des artères de résistance, donc le flux sanguin parvenant aux organes et la pression artérielle systémique via la modulation du tonus artériel. Son importance lors du vieillissement et dans de nombreux contextes pathologiques est de mieux en mieux reconnue et comprise. Son intégration à la prise en charge de nombreuses maladies (hypertension, cancer, etc.) permettrait d’en améliorer traitements et pronostic.