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Dissertations / Theses on the topic 'Réseaux d'interaction de protéines'

Author: Grafiati
Published: 25 May 2024

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Souiai, Oussema. "Analyses et prédictions bioinformatiques de réseaux d'interactions protéine-protéines contextualisés." Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX22039.

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Abstract:
Mes travaux de thèse ont pour objet l'analyse et les prédictions bioinformatiques de réseaux d'interactions protéines-protéines contextualisés. Au cours de la première partie de mes travaux nous, avons prédit des interactomes tissulaires sur la base de la co-expression des deux interacteurs composant l'interaction dans un tissu. Par la suite nous avons analysé les caractéristiques fonctionnelles et topologiques des interactomes prédits. Cette analyse a permis de mettre en évidence l'existence d'un noyau d'interactions centrales dédiées aux fonctions de ménages, des interactions spécifiques localisées au centre dédiées aux processus de régulation et des interactions spécifiques localisées à la périphérie et dédiées aux accomplissements des fonctions physiologiques. Au cours de la deuxième partie de mes travaux, nous nous sommes intéressés à la contextualisation d'un interactome de macrophage via l'intégration de méta-données et des données de génomique (données d'expressions, annotation de termes) décrivant les interactions. Les résultats de la comparaison entre les analyses de trascriptomes et d'interactomes de macrophage suite à l'infection par le Mycobacterium tuberculosis se sont avérés complémentaires. En effet, alors que les analyses de transcriptomes mettent en évidence des processus immunitaires déployés par l'hôte, l'analyse des interactomes fait émerger des fonctions tout aussi cruciales pour l'éradication du pathogène telles que l'apoptose et sa régulation
This work aims at contextualizing and studying contextualized protein interaction networks. The first topic of my investigations is about predicting and analyzing tissular interactomes. Combined functional and topological analyses were performed. The combination of these features highlighted the existence of a functional core centrally located dedicated to housekeeping functions, central tissue-specific interactions involved in regulatory and developmental functions and peripheral tissue-specific interactions involved in organ physiological functions. This gradient of functions recapitulates the organization of organs, from cells to organs. The second topic of my thesis is the contextualization of macrophage interaction network. To infer the most likely macrophage interactome, we integrated the PPI dataset with other type of meta-data, statistically evaluated them and proposed a macrophage-contextualized interactome. The set of selected interactions is enriched in : experimentally verified interactions and immune related Biological Processes. The functional analysis of such networks brings valuable information on the cellular and molecular mechanisms sustaining the infection
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2

Brouard, Céline. "Inférence de réseaux d'interaction protéine-protéine par apprentissage statistique." Phd thesis, Université d'Evry-Val d'Essonne, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00845692.

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Abstract:
L'objectif de cette thèse est de développer des outils de prédiction d'interactions entre protéines qui puissent être appliqués en particulier chez l'homme, sur les protéines qui constituent un réseau avec la protéine CFTR. Cette protéine, lorsqu'elle est défectueuse, est impliquée dans la mucoviscidose. Le développement de méthodes de prédiction in silico peut s'avérer utile pour suggérer aux biologistes de nouvelles cibles d'interaction et pour mieux expliquer les fonctions des protéines présentes dans ce réseau. Nous proposons une nouvelle méthode pour le problème de la prédiction de liens dans un réseau. Afin de bénéficier de l'information des données non étiquetées, nous nous plaçons dans le cadre de l'apprentissage semi-supervisé. Nous abordons ce problème de prédiction comme une tâche d'apprentissage d'un noyau de sortie, appelée régression à noyau de sortie. Un noyau de sortie est supposé coder les proximités existantes entre les noeuds du graphe et l'objectif est d'approcher ce noyau à partir de descriptions appropriées en entrée. L'utilisation de l'astuce du noyau dans l'ensemble de sortie permet de réduire le problème d'apprentissage à partir de paires à un problème d'apprentissage d'une fonction d'une seule variable à valeurs dans un espace de Hilbert. En choisissant les fonctions candidates pour la régression dans un espace de Hilbert à noyau reproduisant à valeur opérateur, nous développons, comme dans le cas de fonctions à valeurs scalaires, des outils de régularisation. Nous établissons en particulier des théorèmes de représentation dans le cas supervisé et dans le cas semi-supervisé, que nous utilisons ensuite pour définir de nouveaux modèles de régression pour différentes fonctions de coût, appelés IOKR-ridge et IOKR-margin. Nous avons d'abord testé l'approche développée sur des données artificielles, des problèmes test ainsi que sur un réseau d'interaction protéine-protéine chez la levure S. Cerevisiae et obtenu de très bons résultats. Puis nous l'avons appliquée à la prédiction d'interactions entre protéines dans le cas d'un réseau construit autour de la protéine CFTR.
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3

Diss, Guillaume, and Guillaume Diss. "Architecture et évolution des réseaux d'interactions protéines-protéines : exploration de la carte génotype-phénotype." Doctoral thesis, Université Laval, 2014. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25454.

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Abstract:
Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdorales, 2014-2015
Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdorales, 2014-2015
La question des bases structurales du phénotype et de sa variation est une des questions les plus anciennes de la biologie. Le paradigme actuel stipule que le phénotype est exprimé à partir du génotype au travers de réseaux moléculaires dont l’architecture structure l’information génétique. Cette description mécanistique de la carte génotype-phénotype implique que c’est par la perturbation de l’architecture de ces réseaux que des variations génotypiques mènent à des modifications du phénotype. Les protéines constituant le principal vecteur de l’information génétique, comprendre la carte génotype-phénotype requiert de comprendre comment les variations génotypiques perturbent l’architecture du réseau d’interactions protéines-protéines. Au cours de cette thèse, nous avons développé une méthode permettant d’étudier chez la levure Saccharomyces cerevisiae l’impact de la délétion des gènes sur les interactions entre protéines. Nous avons appliqué cette méthode à l’étude des mécanismes moléculaires de la robustesse par lesquels le réseau d’interactions protéines-protéines filtre les variations génotypiques pour préserver le phénotype. Nous avons mis au jour un mécanisme de compensation fonctionnelle entre gènes paralogues basé sur la compensation des interactions protéines-protéines et expliquant un lien entre génotype et phénotype qui était mal compris jusqu’alors. En outre, en appliquant notre méthode à l’identification des régulateurs de la Protéine Kinase A, nous avons approfondi les connaissances sur la façon dont les maîtres régulateurs coordonnent les processus cellulaires et maintiennent l’homéostasie, une propriété distribuée de la robustesse. Ces résultats, et ceux qui seront produits à l’avenir par l’application de cette méthode, promettent une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires par lesquels l’information génétique est transmise du génotype au phénotype, condition essentielle à la compréhension du vivant et de son évolution.
La question des bases structurales du phénotype et de sa variation est une des questions les plus anciennes de la biologie. Le paradigme actuel stipule que le phénotype est exprimé à partir du génotype au travers de réseaux moléculaires dont l’architecture structure l’information génétique. Cette description mécanistique de la carte génotype-phénotype implique que c’est par la perturbation de l’architecture de ces réseaux que des variations génotypiques mènent à des modifications du phénotype. Les protéines constituant le principal vecteur de l’information génétique, comprendre la carte génotype-phénotype requiert de comprendre comment les variations génotypiques perturbent l’architecture du réseau d’interactions protéines-protéines. Au cours de cette thèse, nous avons développé une méthode permettant d’étudier chez la levure Saccharomyces cerevisiae l’impact de la délétion des gènes sur les interactions entre protéines. Nous avons appliqué cette méthode à l’étude des mécanismes moléculaires de la robustesse par lesquels le réseau d’interactions protéines-protéines filtre les variations génotypiques pour préserver le phénotype. Nous avons mis au jour un mécanisme de compensation fonctionnelle entre gènes paralogues basé sur la compensation des interactions protéines-protéines et expliquant un lien entre génotype et phénotype qui était mal compris jusqu’alors. En outre, en appliquant notre méthode à l’identification des régulateurs de la Protéine Kinase A, nous avons approfondi les connaissances sur la façon dont les maîtres régulateurs coordonnent les processus cellulaires et maintiennent l’homéostasie, une propriété distribuée de la robustesse. Ces résultats, et ceux qui seront produits à l’avenir par l’application de cette méthode, promettent une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires par lesquels l’information génétique est transmise du génotype au phénotype, condition essentielle à la compréhension du vivant et de son évolution.
The question of the structural bases of the phenotype and of its evolution is one of the oldest questions in biology. The present paradigm states that the phenotype is expressed from the genotype through molecular networks, the architecture from which structures genetic information. This mechanistic description of the genotype-phenotype map implies that it is through by perturbing of the architecture of these networks that genotypic variations lead to phenotypic modifications. Since proteins are the main vector of genetic information, understanding the genotype-phenotype map requires the understanding of how genotypic variations perturb the architecture of the protein interaction network. In the course of this thesis, we developped a methodology that allows to study the impact of gene deletions on the interactions between proteins in the yeast Saccharomyces cerevisiae. We applied this method to the study of the molecular mechanisms of robustness by which the protein interaction network filters genotypic variations to preserve the phenotype. We uncovered un mechanism of functional compensation between paralogous genes that is based on protein-protein interaction compensation and that explains the poorly understood link between genotype and phenotype. Moreover, we applied our method to the identification of regulators of Protein Kinase A and deepened our knowledge of how master regulators coordinate cellular processes and maintain homeostasis, a distributed property of robustness. These results, and the ones that will be produced in the future by applying this method, promise a better understanding of the molecular mechanisms through which genetic information is transmitted from the genotype to the phenotype, an essential condition for the understanding of life and its evolution.
The question of the structural bases of the phenotype and of its evolution is one of the oldest questions in biology. The present paradigm states that the phenotype is expressed from the genotype through molecular networks, the architecture from which structures genetic information. This mechanistic description of the genotype-phenotype map implies that it is through by perturbing of the architecture of these networks that genotypic variations lead to phenotypic modifications. Since proteins are the main vector of genetic information, understanding the genotype-phenotype map requires the understanding of how genotypic variations perturb the architecture of the protein interaction network. In the course of this thesis, we developped a methodology that allows to study the impact of gene deletions on the interactions between proteins in the yeast Saccharomyces cerevisiae. We applied this method to the study of the molecular mechanisms of robustness by which the protein interaction network filters genotypic variations to preserve the phenotype. We uncovered un mechanism of functional compensation between paralogous genes that is based on protein-protein interaction compensation and that explains the poorly understood link between genotype and phenotype. Moreover, we applied our method to the identification of regulators of Protein Kinase A and deepened our knowledge of how master regulators coordinate cellular processes and maintain homeostasis, a distributed property of robustness. These results, and the ones that will be produced in the future by applying this method, promise a better understanding of the molecular mechanisms through which genetic information is transmitted from the genotype to the phenotype, an essential condition for the understanding of life and its evolution.
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Bertin, Nicolas. "D'une représentation statique à un modèle dynamique des réseaux d'interaction protéine-protéine." Montpellier 2, 2006. http://www.theses.fr/2006MON20124.

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Abstract:
Afin d’appréhender la complexité des processus biologiques, il est important d’étudier la fonction des gènes dans le contexte de réseaux complexes d’interactions moléculaires. Pendant ma thèse, j’ai participé au développement d’outils informatiques facilitant la construction d’une ressource ORFéome (ensemble de séquences codantes clonées individuellement) couvrant ~60% des gènes prédits chez C. Elegans. Par la suite, ces mêmes outils ont servi à l’élaboration du premier ORFéome humain couvrant environ 8000 gènes et de l’ORFéome complet de la bactérie B. Melitensis. Dans le cadre d’un projet de cartographie du réseau d’interactions protéine-protéine (interactome) par double hybride, j’ai développé une plate-forme bioinformatique facilitant l’acquisition et l’exploitation de ~5500 interactions chez le ver. L’intégration de cette carte avec des données d’expression (transcriptome), de phénotypes issus de criblages ARNi (phénome) et autres informations fonctionnelles, a permis la formulation d’hypothèses concernant le fonctionnement de la , lalignée germinale du ver, la voie de signalisation par le TGF- machinerie de dégradation de l’ARN, et l’embryogenèse de C. Elegans. En intégrant les données de l’interactome, du transcriptome et du phénome chez la levure S. Cerevisiae, j’ai mis en évidence l’organisation modulaire dynamique de son interactome. Alors qu’il m’a été possible de mettre à jour cette propriété du réseau d’interactions chez un organisme unicellulaire en utilisant des données d’expression issues de puces à ADN, une telle démarche n’est pas appropriée chez un métazoaire tel que C. Elegans puisqu’elle ne prend pas en compte la spécificité tissulaire de l’expression. J’ai donc pris part à un projet de cartographie de l’activité spatiotemporelle de ~2000 promoteurs prédits chez le ver. Pour ce projet, j’ai développé les outils bioinformatiques qui ont permis l’analyse à haut débit de profils d’expression in vivo issus de populations d’animaux transgéniques
To further understand biological processes, it is important to consider gene functions in the context of complex molecular networks. I joined the lab of Marc Vidal in January 2001, in the midst of its effort to decipher at the scale of the proteome the complex network of protein-protein interactions in the metazoan model organism C. Elegans. To accomplish such a task, one has to first generate a physical resource of coding sequences that can be used in yeast two-hybrid (Y2H) screenings, as well as various other functional assays. In this respect, I participated in the development of a bioinformatics platform facilitating the cloning of 12,000 of the 19,000 predicted Open Reading Frames (ORFs) in C. Elegans (Nature Genetics 2003). This platform was subsequently used in two similar efforts to generate the ORFeome of the pathogen bacteria B. Melitensis (Genome Research 2004a) (96% of the predicted ORFs of B. Melitensis were cloned) and a first version of the human ORFeome containing approximately 8,000 ORFs (Genome Research 2004b). Using the C. Elegans ORFeome resource, a huge team effort led to the generation of one of the first metazoan interactomes, uncovering the network formed by 5,500 protein-protein interactions (Science 2004). My involvement in that project was the development of a bioinformatics pipeline allowing an efficient acquisition of the data generated by the high-throughput Y2H screenings, as well as tools to integrate this dataset with the huge body of transcriptional and phenotypic data available. I have demonstrated that currently known protein-protein interactions cover only a small portion of the full interactomes (Nature Biotechnology 2005). Nevertheless, they can be used as a scaffold on which other functional information can be overlaid to improve our understanding of key biological processes. By creating tools to bring together genetic, transcriptional and functional data into the interactome, I participated in the discovery of new functional links between genes expressed in the germline of C. Elegans (Current Biology 2002), as well as the uncovering of new components involved in the TGF-beta signaling pathway (Molecular Cell 2004), the RNAi machinery (Science 2005) and C. Elegans embryogenesis (Nature 2005). All of these studies generated testable hypotheses that strengthened the implication of those new functional links in each of the biological processes investigated. The integration of functional datasets can also be used to reveal emergent properties of biological networks. Taking advantage of the wealth of proteomic, transcriptional and genetic data available for S. Cerevisiae, I have shown that the genetic robustness of the yeast is linked to the modular and hierarchical nature of the topology of its interactome (Nature 2004 and recent submission PloS Biology). While the static nature of current interactomes can be partially overcome by integrating transcriptome and interactome data in unicellular organisms (Nature 2004 and recent submission to PloS Biology), such approaches remain limited for multicellular organisms such as C. Elegans. To decipher the dynamics of the worm interactome, one has to determine the localizations of the expression of its genes in space and in time. Therefore, I joined a high-throughput genome wide expression localization project. The originality of this project resides in a standardized and high-throughput data acquisition of in vivo gene reporter assays allowing the gathering of both spatial as well as temporal expression patterns for nearly 2,000 C. Elegans promoters. This new biological map, the "localizome", will be used to not only refine the current static interactome and define tissue-specific interactomes, but also to gain a system-level understanding of gene regulation during the post-embryonic development of C. Elegans (under consideration in Nature)
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Marois-Blanchet, François-Christophe. "Le rôle de la régulation transcriptionnelle dans l'évolution des réseaux d'interaction protéine-protéine." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28445/28445.pdf.

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Abstract:
L’évolution par la duplication de gènes est maintenant reconnue comme un des mécanismes les plus importants dans l’évolution et plusieurs évidences ont été retrouvées dans le génome des organismes. Ce qui est moins connu, et plus débattu, est l’implication respective de la divergence de la régulation transcriptionnelle et de la divergence de la séquence codante dans l’évolution phénotypique. Nous avons établi une méthode nous permettant d’évaluer le rôle de la régulation transcriptionnelle dans la divergence des interactions protéine-protéine sur les gènes dupliqués chez l’organisme Saccharomyces cerevisiae. Nos résultats démontrent que cette méthode peut être utilisée pour vérifier si la différence d’interactions protéine-protéine peut être expliquée par la divergence de la régulation transcriptionnelle ou par la divergence de séquence codante. Nous avons identifié des cas où la divergence de régulation transcriptionnelle joue un rôle important, un rôle mineur ou aucun rôle dans la divergence des interactions protéine-protéine. La méthode développée peut être transposée à grande échelle, ce qui pourrait faire de la lumière sur l’importance de la régulation transcriptionnelle durant l’évolution.
Evolution by gene duplication is considered one of the most important mechanisms of evolutionary innovation. What is less known and highly debated is the relative role of the divergence of transcriptional regulation and the divergence of protein coding sequence in the evolution of molecular networks. We developed a method aimed at evaluating the role of transcriptional regulation in the divergence of protein-protein interactions among duplicated genes in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Our results demonstrate that our approach can be used effectively to test if divergence of protein-protein interaction profiles can be explained by the divergence of transcriptional regulation or the divergence of coding sequences. We found evidence supporting different scenarios, whereby expression regulation has a large effect, no effect or little effect on protein-protein interaction profiles of paralogous proteins. Our method can be brought to large scale and help elucidate the importance of gene transcriptional regulation in evolution of complex cellular networks.
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Chesneau, Alban. "Génération et utilisation d'un réseau d'interaction protéine/protéine : Exemple des protéines de remodelage de la chromatine chez C. elegans." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20029.

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Baussand, Julie. "Evolution des séquences protéiques : signatures structurales hydrophobes et réseaux d'acides aminés co-évolués." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066011.

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Peysselon, Franck. "Désordre intrinsèque et analyses de réseaux d'interactions extracellulaires : des protéines et polysaccharides aux interactions hôte-Leishmania." Thesis, Lyon 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LYO10317.

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Abstract:
Les biomolécules exercent leurs fonctions en interagissant avec d'autres molécules. Le recensement de l'ensemble des biomolécules et leurs interactions permet de construire leurs réseaux d'interactions et de les analyser sur le plan structural et fonctionnel par des outils bioinformatiques (BiNGO, DAVID). Cela permet d'identifier les biomolécules clés, de prédire de nouvelles fonctions des protéines et de comprendre et modéliser les mécanismes moléculaires d'un processus biologique ou pathologique donné. Les protéines ou régions intrinsèquement désordonnées, qui possèdent une grande plasticité structurale, sont susceptibles d'interagir avec de nombreux partenaires et d'être importantes dans les réseaux d'interactions. A l'aide du prédicteur IUPred, nous avons dans un premier temps cartographié le désordre intrinsèque des protéines dans le réseau d'interactions de la matrice extracellulaire et dans le réseau extracellulaire des protéoglycanes construits à partir de la base de données MatrixDB développée dans l'équipe. Nous avons montré que les protéines très connectées de ces deux réseaux ne sont pas enrichies en désordre. Les fonctions moléculaires surreprésentées dans le jeu de protéines extracellulaires contenant au moins 50% de désordre intrinsèque sont les interactions avec les facteurs de croissance ou les glycosaminoglycanes. Nous avons étudié un jeu de données d'interactions protéine-héparine comportant 118 valeurs de cinétique et nous avons montré une relation positive entre la vitesse d'association des protéines à l'héparine et le pourcentage de désordre de leurs sites de fixation à l'héparine. Nous avons également étudié les interactions de la matrice extracellulaire avec un pathogène, le parasite Leishmania. Nous avons montré que les protéines sécrétées par les Leishmania ne sont pas enrichies en désordre par rapport au protéome. Nous avons établi une liste de onze protéines parasitaires sécrétées possédant au moins trois motifs d'interaction et susceptibles d'interagir avec l'hôte
Biomolecules perform their functions by interacting with other molecules. The identification of all biomolecules and their interactions is required to build their interaction networks. Their structural and functional analysis with bioinformatics tools (BiNGO, DAVID) allow us to identify the key biomolecules, to predict new protein functions and to understand and model the molecular mechanisms of biological or pathological process. Intrinsically disordered proteins or regions, which are characterized by structural plasticity, may interact with many partners and may play a role in the interaction networks. Using the predictor IUPred we mapped the intrinsic disorder in protein interaction networks of the extracellular matrix and of the proteoglycans constructed from the MatrixDB database developed in the laboratory. We have shown that the highest connected proteins of these two networks are not enriched in disorder. The molecular functions overrepresented in the set of extracellular proteins containing at least 50% of intrinsically disordered residues are interactions with growth factors or glycosaminoglycans. We studied a dataset of heparin-protein interactions including 118 kinetic values and we have shown that the association rate of proteins with heparin is related to the intrinsic disorder of heparin-binding sites. We also studied the interactions of the extracellular matrix with a pathogen, the parasite Leishmania. We have shown that proteins secreted by Leishmania are not enriched in disorder compared to their proteome. We have selected eleven parasite proteins containing at least three interaction motifs, which may interact with the host
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Tiouajni, Mounira. "Caractérisation structurale et fonctionnelle du réseau d'interaction du Gelatin Binding Domain de la fibronectine humaine." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA114820.

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Abstract:
La matrice extracellulaire (MEC) intervient dans de nombreux processus biologiques tels que la migration, la différentiation ou l’adhésion cellulaire. Elle est également associée à plusieurs évènements pathologiques. La cohésion de la MEC est assurée par un réseau organisé et complexe de protéines présent au voisinage immédiat des cellules. Ce projet a pour objectif de contribuer à la caractérisation structurale et fonctionnelle de certaines de ces complexes protéiques. Le Gelatin Binding Domain (GBD) (⁶FI¹²FII ⁷⁸⁹FI), localisé dans la région N-terminale de la fibronectine est connu pour interagir avec la transglutaminase 2 (TG2), le collagène de type I, ou encore des protéines d’adhésion bactériennes tel que la FNE (protéine de Streptococcus equi). Mes travaux de thèse portent donc sur la caractérisation fonctionnelle et structurale de ces interactions par des approches biophysiques et biochimiques. Ce travail a permis de cartographier les régions d’interactionentre la TG2 et le GBD d’une part et la FNE et le GBD d’autre part. Nous avons par la suite entrepris une étude par SAXS des complexes TG2/GBD et FNE/GBD et réussi à établir des modèles structuraux d’interaction entre (1) le GBD et le domaine N-terminal de la TG2 et (2) entre la FNE et le sous fragment ⁷⁸⁹FI du GBD. La structure tridimensionnelle de la protéine FNE a été résolue par cristallographie aux rayons X grâce à l’utilisation d’un outil original facilitant l’obtention de cristaux
The extracellular matrix (ECM) is involved in a number of biological pathways associated with the cell migration, differentiation, adhesion and is also implicated in several pathological events. The cohesion of the ECM is accomplished by a highly organized protein complex network on the cell surface. The Gelatin Binding Domain (GBD) (⁶FI¹²FII ⁷⁸⁹FI) of the N-terminal region of fibronectin is found to interact with the transglutaminase 2 (TG2), collagen type I and the bacterial adhesion protein FNE. In this study, we conducted the structural and functional characterization of the protein complexes involved in the cohesion of ECM. The interactions between either TG2 or FNE and GBD have been characterized and the regions responsible for the interactions have also been mapped. Furthermore, we studied TG2/GBD and FNE/GBD complex by SAXS and built two models underscoring the interactions between (1), the GBD and the Nterminus of TG2 and (2), FNE and the sub-fragment ⁷⁸⁹FI of GBD providing insights on mechanistically elucidating the protein interactions during the cohehsion of ECM. The X-ray structure of the protein FNE of Streptococcus equi has been determined at 1.8 Å, by using an original tool that facilitates obtaining crystals
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Brohée, Sylvain. "Etude bioinformatique du réseau d'interactions entre protéines de transport ches les Fungi." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2008. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210432.

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Abstract:
Les protéines associées aux membranes sont d'une importance cruciale pour la cellule. Cependant, en raison d'une plus grande difficulté de manipulation, les données biochimiques les concernant sont très lacunaires, notamment au point de vue de la formation de complexes entre ces protéines.

L'objectif global de notre travail consiste à combler ces lacunes et à préciser les interactions entre protéines membranaires chez la levure Saccharomyces cerevisiae et plus précisément, entre les transporteurs. Nous avons commencé notre travail par l'étude d'un jeu de données d'interactions à grande échelle entre toutes les perméases détectées par une méthode de double hybride spécialement adaptée aux protéines insolubles (split ubiquitin). Premièrement, la qualité des données a été estimée en étudiant le comportement global des données et des témoins négatifs et positifs. Les données ont ensuite été standardisées et filtrées de façon à ne conserver que les plus significatives. Ces interactions ont ensuite été étudiées en les modélisant dans un réseau d'interactions que nous avons étudié par des techniques issues de la théorie des graphes. Après une évaluation systématique de différentes méthodes de clustering, nous avons notamment recherché au sein du réseau des groupes de protéines densément interconnectées et de fonctions similaires qui correspondraient éventuellement à des complexes protéiques. Les résultats révélés par l'étude du réseau expérimental se sont révélés assez décevants. En effet, même si nous avons pu retrouver certaines interactions déjà décrites, un bon nombre des interactions filtrées semblait n'avoir aucune réalité biologique et nous n'avons pu retrouver que très peu de modules de protéines de fonction semblable hautement inter-connectées. Parmi ceux-ci, il est apparu que les transporteurs d'acides aminés semblaient interagir entre eux.

L'approche expérimentale n'ayant eu que peu de succès, nous l'avons contournée en utilisant des méthodes de génomique comparative d'inférence d'interactions fonctionnelles. Dans un premier temps, malgré une évaluation rigoureuse, l'étude des profils phylogénétiques (la prédiction d'interactions fonctionnelles en étudiant la corrééélation des profils de présence - absence des gènes dans un ensemble de génomes), n'a produit que des résultats mitigés car les perméases semblent très peu conservées dès lors que l'on considère d'autres organismes que les \
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Iragne, Florian. "Prédiction de réseaux d'interactions biomoléculaires à partir de données de la génomique comparée." Phd thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00409871.

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Abstract:
Les systèmes biologiques présentent de nombreux phénomènes complexes, aux interactions encore plus complexes. La modélisation a pour but de faciliter l'étude et la compréhension des systèmes biologiques, par l'observation ou la simulation des modèles créés. Les réseaux d'interactions biomoléculaires sous-tendent ces modèles. Les travaux de thèse que nous présentons portent sur la prédiction systématique de réseaux d'interactions biomoléculaires, afin de fournir les éléments d'entrée nécessaires au processus de modélisation. Les deux thèmes centraux seront la prédiction de réseaux d'interactions protéine-protéine et l'extrapolation de voies métaboliques. Nous définissons tout d'abord un cadre formel d'extraction de graphes d'interactions dictée par des politiques, qui permet de créer des résumés intelligents à partir de jeux de données hétérogènes. Une séparation claire des tâches d'extraction et de visualisation de l'information nous permet d'exprimer différents algorithmes existants, estimant par exemple la qualité des réseaux d'interactions biomoléculaires prédits. Nous avons mis en oeuvre ce cadre formel dans le logiciel ProViz [Iragne et al., 2005]. Nous présentons par la suite, des méthodes informatiques d'extrapolation de voies métaboliques, inspirées du précédent formalisme et basées sur l'utilisation de voies de référence et sur une identification robuste d'équivalents fonctionnels. Ces méthodes nous permettent de prédire un ensemble de voies métaboliques centrales, formant la base de modèles pour des organismes dont seules les données génomiques sont disponibles. Les différents résultats, disponibles en ligne [Sherman et al., 2006] ou en cours de publication, nous permettent de valider notre approche.
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Mohseni, Behbahani Yasser. "New computational approaches to study the effect of genetic mutations on the topology of protein-protein interaction networks." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2022. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2022SORUS257.pdf.

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Abstract:
Avec les progrès récents dans la prédiction de la structure des protéines, les interactions protéine-protéine (PPI) deviennent plus centrales que jamais. Prédire de manière fiable qui sont les partenaires, comment ils interagissent, ainsi que l'affectation de ces interactions par les mutations, ont d'énormes implications en médecine. Cette thèse se concentre sur deux aspects de PPI. Premièrement, la connaissance actuelle des PPI repose sur des données partielles, bruitées et hétérogènes. Nous avons développé un outil web fiable, polyvalent et interactif, appelé LEVELNET, permettant de visualiser, explorer et comparer les réseaux PPI en une interprétation biologique. Il décompose la complexité des réseaux PPI en les représentant sous forme de graphes multicouches. Deuxièmement, nous avons introduit un nouveau cadre de calcul, basé sur l'apprentissage profond géométrique, appelé Deep Local Analysis (DLA), qui représente une interface protéique comme un ensemble de cubes centrés et orientés localement sur les résidus interfaciaux les décrivant eux et leurs environnement atomiques. Elle est invariant à l'orientation globale de la structure tout en tenant pleinement compte de l'orientation relative d'un résidu interfacial par rapport à ses atomes voisins. Nous avons également construit un encodeur à usage général basé sur la structure générant des représentations informatives à partir d'environnements interfaciaux locaux qui peuvent être utilisés dans diverses tâches en aval. Nous avons testé DLA sur deux questions fondamentales concernant les PPI: (i) l'identification des conformations de complexes protéiques quasi-natifs, et (ii) la prédiction des effets des mutations sur les interactions protéiques. Au-delà d’atteindre la puissance prédictive d’état de l'art dans ses objectifs, l'utilité de DLA est présentée pour de multiples applications
With the recent advances in protein structure prediction, protein-protein interactions (PPI) are becoming more central than ever. Reliable predictions of who the cognate partners are and how they interact, as well as how missense mutations affect these interactions, have enormous implications for medicine. This thesis focuses on two aspects of PPI. First, the current knowledge of PPI relies on partial, noisy and heterogeneous data. To address this problem, we developed a reliable, versatile and interactive web-based tool, called LEVELNET, for visualising, exploring and comparing PPI networks toward biological interpretation. It breaks down the complexity of PPI networks by representing them as multi-layered graphs inferred from different sources. Second, we introduced a novel computational framework based on geometric deep learning, called Deep Local Analysis (DLA), that represents a protein interface as an ensemble of locally oriented residue-centred cubes describing a residue and its atomic environment. It is invariant to the global orientation of the structure while fully accounting for the relative orientation of an interfacial residue with respect to its neighboring atoms. We also built a structure-based general-purpose encoder generating informative representations from local interfacial environments that can be used in various downstream tasks. We challenged DLA on two fundamental questions about PPI: (i) identification of near-native protein complex conformations, and (ii) prediction of the effects of mutations on protein interactions. Beyond achieving the state-of-the-art predictive power in its objectives, DLA is shown useful for multiple applications. The local cubes are found to be the minimum unit of information at the interface necessary to predict both the quality of interactions and the effect of mutations
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Carvunis, Anne-ruxandra. "Des protéines et de leurs interactions aux principes évolutifs des systèmes biologiques." Phd thesis, Université de Grenoble, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00586614.

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Abstract:
Darwin a révélé au monde que les espèces vivantes ne cessent jamais d'évoluer, mais les mécanismes moléculaires de cette évolution restent le sujet de recherches intenses. La biologie systémique propose que les relations entre génotype, environnement et phénotype soient sous-tendues par un ensemble de réseaux moléculaires dynamiques au sein de la cellule, mais l'organisation de ces réseaux demeure mystérieuse. En combinant des concepts établis en biologie évolutive et systémique avec la cartographie d'interactions protéiques et l'étude des méthodologies d'annotation de génomes, j'ai développé de nouvelles approches bioinformatiques qui ont en partie dévoilé la composition et l'organisation des systèmes cellulaires de trois organismes eucaryotes : la levure de boulanger, le nématode Caenorhabditis elegans et la plante Arabidopsis thaliana. L'analyse de ces systèmes m'a conduit à proposer des hypothèses sur les principes évolutifs des systèmes biologiques. En premier lieu, je propose une théorie selon laquelle la traduction fortuite de régions intergéniques produirait des peptides sur lesquels la sélection naturelle agirait pour aboutir occasionnellement à la création de protéines de novo. De plus, je montre que l'évolution de protéines apparues par duplication de gènes est corrélée avec celle de leurs profils d'interactions. Enfin, j'ai mis en évidence des signatures de la co-évolution ancestrale hôte-pathogène dans l'organisation topologique du réseau d'interactions entre protéines de l'hôte. Mes travaux confortent l'hypothèse que les systèmes moléculaires évoluent, eux aussi, de manière darwinienne.
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Rochette, Samuel. "Utilisation de pertubations environnementales et génétiques du réseau d'interactions protéine-protéine pour disséquer des processus cellulaires." Master's thesis, Université Laval, 2014. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25483.

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Abstract:
Les protéines sont les machines moléculaires permettant à la cellule d’accomplir des fonctions biologiques. Pour accomplir ces fonctions, les protéines interagissent souvent entre elles de manière réversible et régulable, ce qui permet à la cellule de s’adapter rapidement à un environnement souvent instable en modulant ces interactions. Par conséquent, l’étude de la dynamique des interactions protéine-protéine est essentielle pour comprendre comment les cellules s’adaptent à diverses perturbations. Les deux chapitres de ce mémoire illustrent respectivement le développement d’une méthode pour identifier et quantifier des modulations d’interactions protéine-protéine en réponse à des perturbations environnementales et comment ces interactions peuvent être utilisées pour disséquer le réseau de régulation d’une protéine phosphatase, la calcineurine, à l’aide de perturbations génétiques. Ensemble, ces deux chapitres illustrent comment l’utilisation d’approches de perturbation du réseau d’interactions protéine-protéine permet de disséquer des processus cellulaires complexes.
Proteins are the molecular machines allowing the cell to accomplish a myriad of biological functions. To do so, proteins physically interact with each other in a reversible and tunable way, providing the cell a mechanism to quickly adapt to a changing environment. Thus, studying the dynamics of protein-protein interactions is key in understanding how cells adapt to various perturbations. The chapters included in this thesis illustrate the development of a method to identify and quantify changes in protein-protein interactions in response to environmental perturbations and how protein-protein interactions can be used as reporters to dissect the regulatory network of a protein phosphatase, calcineurin, using a network perturbation approach. Together, these two chapters illustrate the utility of network perturbation approaches to dissect complex cellular processes.
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Ribeiro, Diogo. "Discovery of the role of protein-RNA interactions in protein multifunctionality and cellular complexity." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0449/document.

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Abstract:
Au fil du temps, la vie a évolué pour produire des organismes remarquablement complexes. Pour faire face à cette complexité, les organismes ont développé une pléthore de mécanismes régulateurs. Par exemple, les mammifères transcrivent des milliers d'ARN longs non codants (ARNlnc), accroissant ainsi la capacité régulatrice de leurs cellules. Un concept émergent est que les ARNlnc peuvent servir d'échafaudages aux complexes protéiques, mais la prévalence de ce mécanisme n'a pas encore été démontrée. De plus, pour chaque ARN messager, plusieurs régions 3’ non traduites (3’UTRs) sont souvent présentes. Ces 3’UTRs pourraient réguler la fonction de la protéine en cours de traduction, en participant à la formation des complexes protéiques dans lesquels elle est impliquée. Néanmoins, la fréquence et l’importance ce mécanisme reste à aborder.Cette thèse a pour objectif de découvrir et comprendre systématiquement ces deux mécanismes de régulation méconnus. Concrètement, l'assemblage de complexes protéiques promus par les ARNlnc et les 3'UTRs est étudié avec des données d’interactions protéines-protéines et protéines-ARN à grande échelle. Ceci a permis (i) de prédire le rôle de plusieurs centaines d'ARNlnc comme molécules d'échafaudage pour plus de la moitié des complexes protéiques connus, ainsi que (ii) d’inférer plus d’un millier de complexes 3'UTR-protéines, dont certains cas pourraient réguler post-traductionnellement des protéines moonlighting aux fonctions multiples et distinctes. Ces résultats indiquent qu'une proportion élevée d'ARNlnc et de 3'UTRs pourrait réguler la fonction des protéines en augmentant ainsi la complexité du vivant
Over time, life has evolved to produce remarkably complex organisms. To cope with this complexity, organisms have evolved a plethora of regulatory mechanisms. For instance, thousands of long non-coding RNAs (lncRNAs) are transcribed by mammalian genomes, presumably expanding their regulatory capacity. An emerging concept is that lncRNAs can serve as protein scaffolds, bringing proteins in proximity, but the prevalence of this mechanism is yet to be demonstrated. In addition, for every messenger RNA encoding a protein, regulatory 3’ untranslated regions (3’UTRs) are also present. Recently, 3’UTRs were shown to form protein complexes during translation, affecting the function of the protein under synthesis. However, the extent and importance of these 3’UTR-protein complexes in cells remains to be assessed.This thesis aims to systematically discover and provide insights into two ill-known regulatory mechanisms involving the non-coding portion of the human transcriptome. Concretely, the assembly of protein complexes promoted by lncRNAs and 3’UTRs is investigated using large-scale datasets of protein-protein and protein-RNA interactions. This enabled to (i) predict hundreds of lncRNAs as possible scaffolding molecules for more than half of the known protein complexes, as well as (ii) infer more than a thousand distinct 3’UTR-protein complexes, including cases likely to post-translationally regulate moonlighting proteins, proteins that perform multiple unrelated functions. These results indicate that a high proportion of lncRNAs and 3’UTRs may be employed in regulating protein function, potentially playing a role both as regulators and as components of complexity
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Lippi, Sylvain. "Théorie et pratique des réseaux d'interaction." Aix-Marseille 2, 2001. http://www.theses.fr/2002AIX22012.

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Berger, Caroline, and Caroline Berger. "Étude du dynamisme et de l'évolution des réseaux d'interactions protéiques par une approche de protéomique comparative." Master's thesis, Université Laval, 2020. http://hdl.handle.net/20.500.11794/38219.

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Abstract:
Un objectif fondamental de la biologie évolutive est de comprendre comment l’information contenue dans le génotype peut être transmise au phénotype. Les hybrides, issus du croisement entre deux espèces différentes, représentent une opportunité unique d’explorer le lien qui existe entre génotype et phénotype. L’hybridation peut mener à la mise en place de phénotypes extrêmes (tels que l’hétérosis ou la sous-dominance) et beaucoup d’études s’intéressent aux bases génétiques de ces phénotypes. Pourtant, il y a une véritable lacune dans notre compréhension du lien entre génotype et phénotype chez les hybrides. Notre hypothèse était que ce lien se fait par l’intermédiaire des complexes protéiques et que l’hybridation devrait induire une réorganisation des complexes. Pour tester cette hypothèse, nous avons utilisé une méthode d’étude des complexes protéiques (SEC-PCP-SILAC) qui permet de cibler un grand nombre de complexes dans la cellule. Des hybrides de levures ont été générés au laboratoire et SEC-PCP-SILAC a été utilisé pour comparer les complexes protéiques des hybrides par rapport aux complexes parentaux. Nous avons été en mesure de capturer une large fraction de l’interactome avec la détection de 39% des complexes protéiques présents chez la levure. Nos résultats mettent en évidence la robustesse générale des complexes protéiques après hybridation. Toutefois, des modifications non négligeables du réseau d’interactions ont aussi été détectées. Ces modifications affectent deux voies biologiques majeures : la voie de synthèse du glucose et la voie liée à l’activité ribosomale. Ce sont des voies candidates intéressantes pour expliquer la différence de phénotype qui peut exister entre parents et hybrides. Finalement, l’utilisation d’une méthode alternative, la PCA, a permis de complémenter les données de spectrométrie de masse, en démontrant notamment la présence d’interactions parentales (intra-espèces) et chimériques (inter-espèces) chez les hybrides. Ce mémoire souligne ainsi l’importance d’adopter une approche intégrative pour une meilleure compréhension du lien génotype-phénotype.
Un objectif fondamental de la biologie évolutive est de comprendre comment l’information contenue dans le génotype peut être transmise au phénotype. Les hybrides, issus du croisement entre deux espèces différentes, représentent une opportunité unique d’explorer le lien qui existe entre génotype et phénotype. L’hybridation peut mener à la mise en place de phénotypes extrêmes (tels que l’hétérosis ou la sous-dominance) et beaucoup d’études s’intéressent aux bases génétiques de ces phénotypes. Pourtant, il y a une véritable lacune dans notre compréhension du lien entre génotype et phénotype chez les hybrides. Notre hypothèse était que ce lien se fait par l’intermédiaire des complexes protéiques et que l’hybridation devrait induire une réorganisation des complexes. Pour tester cette hypothèse, nous avons utilisé une méthode d’étude des complexes protéiques (SEC-PCP-SILAC) qui permet de cibler un grand nombre de complexes dans la cellule. Des hybrides de levures ont été générés au laboratoire et SEC-PCP-SILAC a été utilisé pour comparer les complexes protéiques des hybrides par rapport aux complexes parentaux. Nous avons été en mesure de capturer une large fraction de l’interactome avec la détection de 39% des complexes protéiques présents chez la levure. Nos résultats mettent en évidence la robustesse générale des complexes protéiques après hybridation. Toutefois, des modifications non négligeables du réseau d’interactions ont aussi été détectées. Ces modifications affectent deux voies biologiques majeures : la voie de synthèse du glucose et la voie liée à l’activité ribosomale. Ce sont des voies candidates intéressantes pour expliquer la différence de phénotype qui peut exister entre parents et hybrides. Finalement, l’utilisation d’une méthode alternative, la PCA, a permis de complémenter les données de spectrométrie de masse, en démontrant notamment la présence d’interactions parentales (intra-espèces) et chimériques (inter-espèces) chez les hybrides. Ce mémoire souligne ainsi l’importance d’adopter une approche intégrative pour une meilleure compréhension du lien génotype-phénotype.
A fundamental goal in evolutionary biology is to understand how the information contains in the genotype can be transmitted to the phenotype. Hybrids, that are the result of the cross between different species, represent a unique opportunity to investigate the link between genotype and phenotype. Hybridization can lead to extreme phenotypes (such as heterosis or underdominance) and many studies try to understand the genetic bases of these phenotypes. However, there is a real gap in our understanding of the link between genotype and phenotype in hybrids. Our hypothesis was that protein complexes would play a key role and that hybridization would lead to changes in the organisation of protein complexes. To test this hypothesis, we used a method (SEC-PCP-SILAC) that allows studying broadly protein complexes in the cell. Hybrids between yeast species were generated in the laboratory and SEC-PCP-SILAC was applied to compare the protein complexes of the hybrids with their parental species. We were able to detect a large fraction of the interactome with the identification of 39% of the protein complexes reported in yeast. Our results highlight the general robustness of the protein complexes after hybridization. However, some significant changes of the interaction networks were also detected in hybrids. These modifications involve two main biological pathways: the glucose synthesis pathway and the ribosomal activity pathway. They are promising candidates to explain the phenotypic differences between hybrids and parents. Finally, a complementary PCA approach was used to complement the mass-spectrometry data and we demonstrated the presence of both parental (within species) and chimeric (between species) interactions. This thesis emphasizes the importance to use an integrative approach for a better understanding of the link between genotype and phenotype.
A fundamental goal in evolutionary biology is to understand how the information contains in the genotype can be transmitted to the phenotype. Hybrids, that are the result of the cross between different species, represent a unique opportunity to investigate the link between genotype and phenotype. Hybridization can lead to extreme phenotypes (such as heterosis or underdominance) and many studies try to understand the genetic bases of these phenotypes. However, there is a real gap in our understanding of the link between genotype and phenotype in hybrids. Our hypothesis was that protein complexes would play a key role and that hybridization would lead to changes in the organisation of protein complexes. To test this hypothesis, we used a method (SEC-PCP-SILAC) that allows studying broadly protein complexes in the cell. Hybrids between yeast species were generated in the laboratory and SEC-PCP-SILAC was applied to compare the protein complexes of the hybrids with their parental species. We were able to detect a large fraction of the interactome with the identification of 39% of the protein complexes reported in yeast. Our results highlight the general robustness of the protein complexes after hybridization. However, some significant changes of the interaction networks were also detected in hybrids. These modifications involve two main biological pathways: the glucose synthesis pathway and the ribosomal activity pathway. They are promising candidates to explain the phenotypic differences between hybrids and parents. Finally, a complementary PCA approach was used to complement the mass-spectrometry data and we demonstrated the presence of both parental (within species) and chimeric (between species) interactions. This thesis emphasizes the importance to use an integrative approach for a better understanding of the link between genotype and phenotype.
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Chaintreau, Augustin. "Processus d'interaction dans les réseaux de données." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066601.

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Saravanamuthu, Gunalini. "Détermination des sites d'interaction des protéines par spectrométrie de masse MALDI-TOF." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066730.

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Abstract:
L’objectif principal de ce travail était l’étude par spectrométrie de masse des propriétés des complexes non covalents désorbés en phase gazeuse et le développement de méthode pour établir les sites d’interactions entre protéines. Pour cela, un complexe non covalent entre la trypsine bovine (T) et son inhibiteur sBBI a été choisi comme modèle dans nos études. Une première approche pour déterminer les sites d’interaction a été abordée. Elle consiste d’une part en l’optimisation de la modification chimique des systèmes étudiés soit isolés soit au sein du complexe non-covalent sous conditions non dénaturantes et d’autre part en la comparaison des produits de digestion de ces protéines par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Ainsi l’analyse comparative permet l’identification des zones d’interactions entre les protéines. Pour cela, plusieurs modifications chimiques ont été choisies. Pour préciser les positions des résidus des modifiées, le séquençage de peptides en en MS/MS par MALDI-TOF/TOF a été effectué. Cette approche a permis de déterminer des sites d’interactions entre la trypsine (T) et son inhibiteur sBBI. Dans un second temps, la formation et le comportement du complexe T/sBBI (préparé sous conditions physiologiques) ont été explorés par ESI-MS pour être étendus à d’autres inhibiteurs. L’utilisation de cet outil a montré des changements significatifs de conformation du complexe en phase gazeuse selon l’état de solvatation et l’état de charge, responsables de la migration de Ca2+ de l’enzyme à l’inhibiteur
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Velázquez-Godínez, Erick. "Des techniques d'interaction bimanuelles pour la manipulation de visualisations de réseaux." Mémoire, École de technologie supérieure, 2012. http://espace.etsmtl.ca/973/1/VELAZQUEZ%2DGODINEZ_Erick.pdf.

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Abstract:
Ce mémoire présente les résultats d’une exploration de l’espace de conception des interfaces utilisateurs à deux mains pour interagir avec une visualisation de réseaux (c.-à-d. un graphe). Un prototype logiciel réalisé en Java, démontrant des nouvelles techniques d’interaction bimanuelles, est proposé. Le prototype utilise deux dispositifs d’entrée indirects (comme deux souris ou des dispositifs semblables, qui ne sont pas sur la surface d’affichage). L’utilisation de tels dispositifs indirects permet d’éviter les problèmes associés à l’entrée multitactile directe sur la surface d’affichage, comme l’occlusion des données par les doigts. Le prototype permet des interactions habituelles, comme la manipulation directe (translation, rotation, et changement d’échelle avec deux points d’entrée) de sous-graphes. De plus, des techniques d’interaction novatrices sont réalisées dans le prototype, comme (1) l’utilisation des deux mains pour sélectionner le plus court chemin entre deux noeuds, suivie d’un glissement pour sélectionner les voisins du chemin jusqu’à une distance voulue ; et (2) l’utilisation de la main non-dominante (MND) pour contrôler le zoom pendant que la main dominante (MD) sélectionne des noeuds le long d’un chemin. Le prototype comprend aussi (3) un HotGlass, une synthèse novatrice des widgets antérieurs de ToolGlass (Bier et al., 1993) et de HotBox (Kurtenbach et al., 1999). Le HotGlass se tient dans la MND, et peut être cliqué-à-travers par la MD comme un ToolGlass, mais peut aussi être “téléporté” sous le curseur de la MD comme s’il s’agissait d’un HotBox. Enfin, le prototype comprend (4) un autre widget novateur bimanuel, la lentille MultiVisu, qui permet de modifier la représentation visuelle d’un sous-graphe. Chaque lentille MultiVisu peut montrer une partie du réseau soit sous forme noeuds-liens, ou bien sous forme de matrice d’adjacence, ou bien sous forme de nuage de points. Plusieurs lentilles MultiVisu peuvent être affichées simultanément, permettant de configurer une visualisation hybride du graphe qui étend le genre de visualisation hybride possible avec NodeTrix (Henry et al., 2007). Le mémoire se termine par la présentation des premières réactions d’utilisateurs.
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De, Falco Marc. "Géométrie de l'Interaction et Réseaux Différentiels." Phd thesis, Université de la Méditerranée - Aix-Marseille II, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00392242.

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Abstract:
La Géométrie de l'Interaction (GdI) de Girard est une sémantique des langage de programmations tenant compte de leur dynamique de réduction.
Dans un premier temps, on présente les réseaux d'interaction de Lafont comme une instance particulière de GdI. Puis, on définis un cadre général d'étude de la GdI à partir d'un ensemble de symboles et de règles d'interaction.
Dans un second temps, on introduit une notion de concision associée à la GdI et on montre dans quelle mesure cette notion fait du sens à l'aide d'une famille d'exemple basée sur les entiers de Church.
Dans un dernier temps, on présente les réseaux d'interaction différentiels d'Ehrhard et Regnier et on définit leur GdI. On montre que la théorie usuelle de Danos-Regnier est entièrement récupérée.
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Elqaidi, Samir. "Etude de la spécificité d'interaction des protéines homologues Mlc et NagC avec l'ADN." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066434.

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Abstract:
Les protéines homologues NagC et Mlc sont des régulateurs de la transcription des gènes d'utilisation des sucres chez E. Coli. In vitro, chacune des deux protéines peut interagir avec l'opérateur de l'autre alors qu'aucune régulation croisée n'a été détectée in vivo. Pour comprendre les aspects moléculaires de cette spécificité étroite, nous avons muté les opérateurs du gène ptsG qui est régulé par Mlc, et identifié deux caractéristiques principales permettant de basculer ce gène vers le régulon NagC. Afin de caractériser d'autres gènes régulés par NagC ou Mlc, nous avons effectué une analyse in silico dont les résultats suggéraient l'appartenance du gène galP au régulon NagC. L'étude de la région régulatrice de ce gène a montré que NagC réprime l'expression du gène galP en coopération avec GalR et GalS, isorépresseurs du régulon gal, et que ce contrôle correspondrait à un nouveau mode de régulation, impliquant les régulateurs spécifiques de deux voies métaboliques distinctes.
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Baslé, Emmanuel. "Détection d'interaction avec les protéines : synthèse de sondes polyfonctionnelles et application aux polyamines." Rennes 1, 2010. http://www.theses.fr/2010REN1S105.

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Abstract:
Le terme anglophone de "Chemical Biology" définit un domaine dont l'objectif principal est le développement d'outils chimiques pour la biologie. Dans ce domaine nous nous sommes intéressés à deux thématiques importantes : la modification de protéines endogènes et la synthèse de sondes polyfonctionnelles. Ce travail de thèse s’est plus particulièrement articulé autour de l’étude la biologie des polyamines. Il présente une approche originale puisqu'il allie à la fois méthodologie de synthèse et synthèse multi-étapes. L'objectif de ce travail est dans un premier temps de développer une réaction organométallique catalysée par les complexes de cuivre pour la N-arylation d'hétérocycles azotés. Son développement a permis de mettre au point des conditions optimales ayant été appliquées à la modification de protéines endogènes. Dans un second temps, des sondes bifonctionnelles et trifonctionnelles, dérivées des polyamines, ont été synthétisées. Ces molécules possédant des propriétés de fluorescence, d'affinité ou de photo-activation ont finalement été testées sur différents systèmes biologiques
Chemical Biology defines a domain focused on the development of chemical tools for biology. Among this domain, our interests were directed toward two important areas: endogenous protein chemical modification and polyfunctional probes synthesis. This work was especially focused on the biology of polyamines. Its originality lies in the combination of methodology and multi-step synthesis. We first developped a copper catalyzed reaction for nitrogen heterocycles N-arylation. After optimization of reaction conditions, it was applied to endogenous protein chemical modification. Then bifunctional and trifunctional probes, derived from polyamines, have been synthesized. These molecules have fluorescent, affinity or photo-activatable moieties. They subsequently have been tested on different biological systems
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Begue, Hervé. "Etude du rôle de la protéine CDC48 dans l'immunité des plantes." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2018. http://www.theses.fr/2018UBFCK037/document.

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Abstract:
La protéine chaperonne CDC48 (Cell division cycle 48) est un acteur important du contrôle qualité des protéines chez les eucaryotes et est associée à divers processus physio(patho)logiques chez les mammifères. En revanche, son rôle au sein du règne végétal a été peu appréhendé. Ce travail de thèse s’inscrit dans l’étude des fonctions de CDC48 chez les plantes et concerne plus particulièrement son implication dans la réponse immunité induite chez le tabac par cryptogéine produite par l’oomycète phytophthora cryptogea.Trois stratégies ont été adoptées. Premièrement, la dynamique d’accumulation de la protéine CDC48 ainsi que les événements intracellulaires sous-jacents à la réponse immunitaire ont été étudiés à la fois dans des cellules de tabac sauvages et des cellules sur-exprimant la protéine CDC48 (lignée CDC48-TAP). Deuxièmement, une liste de protéines interagissant avec CDC48 a été établie suite à des expériences d’immuno-précipitation de CDC48 suivit d’analyses de spectrométrie de masse. Parmi celles-ci, la forme cytosolique de l’ascorbate peroxydase (cAPX), une enzyme impliquée dans la détoxication du H2O2 intracellulaire, a fait l’objet d’une étude ciblée. Enfin, ces travaux ont été complétés par une analyse bio-informatique de l’ensemble des partenaires de CDC48 identifiés chez le tabac et d’établissement du réseau d’interaction protéique de CDC48 chez Arabidopsis thaliana.Les principaux résultats obtenus ont montré que l’activation de la réponse immunitaire s’accompagne de l’induction d’une accumulation des transcrits et la protéine CDC48. De plus, une mort cellulaire précoce a été observée chez les cellules CDC48-TAP, suggérant un rôle de cette dernière dans la régulation de la réponse hypersensible. L’interaction physique entre CDC48 et cAPX a été confirmée par différentes approches. De façon intéressante, il s’est avéré que l’activité et la dynamique d’accumulation de cAPX sont fortement impactées par la surexpression de CDC48. En accord avec ses résultats, le statut rédox s’est également révélé altéré dans la lignée surexpresseur. Enfin, l’analyse bio-informatique du réseau d’interaction protéique de CDC48 a permis de dégager de nouvelles protéines cibles, en particulier celles impliquées dans le métabolisme de la S-adenosylméthionine, une molécule substrat des réactions de trans-méthylation et précurseur de l’éthylène et de la nicotianamine. De plus, cette analyse a confirmé son rôle dans du système de dégradation Ubiquitine/protéasome.Pour conclure, ce travail de thèse apporte de nouvelles informations quant au rôle de CDC48 dans la biologie des plantes. Il indique que celle-ci est mobilisée dans les cellules végétales exprimant une réponse immunitaire et impacte le statut rédox via la régulation du turnover de cAPX. De nouvelles pistes de recherche ont été dégagées, en particulier un rôle probable de CDC48 dans la régulation de la synthèse de la S-adenosylméthionine et de la réponse hypersensible suivant des mécanismes restant à déterminer
The chaperone protein CDC48 (Cell division cycle 48) is a major regulator of the quality control of proteins and is involved in various cellular processes in animals and yeast. In contrast, the role of CDC48 in plants is poorly known. In the present work, we investigated the function of CDC48 in plant immunity thanks to the cryptogein/tobacco biological model, cryptogein being produced by the oomycete phytophthora cryptogea.Three strategies were carried out. First, the dynamic of accumulation CDC48 together with intracellular events inherent to the immune response were analyzed in both wild-type and CDC48 overexpressing tobacco cells (CDC48-TAP line). Second, a list if CDC48 partners was established based on immunoprecipitation assays followed by mass spectroscopy analysis. Among those partners the cytosolic form of acorbate peroxidase (cAPX), a central enzyme of the regulation of the redox status regulation, has been specifically studied. Finally, a computational analysis of the partner list of CDC48 and the subsequent generation of the protein-protein interaction (PPI) network of CDC48 in Arabidopsis thaliana were undertook.Our data indicated that the activation of the immune response is accompanied by an induction of the accumulation of both CDC48 transcript and protein. In addition, an early and exacerbated cell death was observed in the CDC48-TAP line, suggesting a role for CDC48 in the hypersensitive response. The interaction between CDC48 and cAPX was confirmed by different approaches. Interestingly, the activity of CDC48 and its dynamic of accumulation were strongly impacted in the CDC48 overexpressing line. Accordingly, a dysregulation of the redox status also occurred in this line. Finally, the computational analysis of the CDC48 PPI network highlighted new potential target proteins including proteins involved in the metabolism of S-adenosylmethionine, a substrate molecule of trans-methylation reactions and precursor of ethylene and nicotianamine.To summarize, this work provides new information about CDC48 in plant biology. It indicates that CDC48 is mobilized by plant cells undergoing an immune response and impacts the redox status through the regulation of the cAPX turnover. New research avenues emerged from our study, notably a putative role of CDC48 in the regulation of S-adenosylmethionine biosynthesis and in the establishment of hypersensitive response through process which remain to be investigated
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Mazouzi, Hamza. "Ingénierie des protocoles d'interaction : des systèmes distribués aux systèmes multi-agents." Paris 9, 2001. https://portail.bu.dauphine.fr/fileviewer/index.php?doc=2001PA090041.

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Abstract:
La problématique générale qui oriente notre travail concerne l'aptitude de groupes d'agents artificiels à offrir une observation sur leur comportement individuel et collectif. Cette recherche se situe au carrefour de l'intelligence artificielle distribuée et de la problématique de l'observation dans les systèmes répartis. Le propre d'une exécution effectuée dans un système multi-agents (SMA) est l'intervention de plusieurs agents autonomes et coopératifs qui participent selon leurs compétences à une activité collective finalisée. Au sein des systèmes multi-agents, la communication est souvent l'un des moyens utilisés pour échanger des informations entre agents (e. G. Plans, résultats partiels, buts, etc. . . ). La capacité de communiquer et par conséquent, de coopérer des agents s'appuie sur un fond commun d'aptitudes aussi complexes que la perception, l'apprentissage, la planification et le raisonnement. On retrouve ainsi dans la résolution de problèmes des situations d'interaction et des stratégies coopératives non déterministes, difficiles à interpréter et parfois non complètement reproductibles. Nos préoccupations rejoignent celles soulevées dans le cadre des systèmes répartis pour lesquels l'analyse et la vérification des applications réparties est un problème largement étudié. Notre approche vise à pouvoir analyser les interactions au cours de leur exécution au sein d'un SMA aussi bien pour observer et comprendre les stratégies coopératives adoptées par les agents que pour tester et valider des protocoles d'interaction. Alors que les évènements d'un calcul séquentiel sont linéairement ordonnés, la représentation la plus fine que l'on peut faire d'une exécution répartie est un ordre partiel. Ces évènements sont structurés en un graphe causal à l'aide de techniques d'algorithmique répartie. Pour comprendre et analyser finement les interactions, nous modélisons des patterns d' interaction par des réseaux de Petri colorés et utilisons le graphe causal généré pour en extraire des instances d'interactions. Pour réaliser la reconnaissance, nous proposons un algorithme basé sur la corrélation causale des évènements qui tire parti de la sémantique du dépliage des réseaux de Petri. Une fois les interactions identifiées, leur analyse permet d'expliquer le comportement du système tandis que leur évaluation fournit aux agents des critères qualitatifs pour améliorer leurs interactions futures. C'est une approche originale à notre connaissance, par le traitement des aspects dynamiques des interactions, sans avoir à manipuler le temps physique et global. Nous proposons également une utilisation des réseaux de Petri pour modéliser des protocoles d'interaction et de leur sémantique d'ordre partiel pour analyser leur exécution.
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Gallaud, Julien. "Etude des réseaux d'interactions protéiques impliqués dans le trafic du nickel et de l'ammoniac et de leurs rôles dans la virulence chez Helicobacter pylori." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077093.

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Abstract:
Pour résister au stress rencontrés dans sa niche, H. Pylori (Hp) possède une réponse d'urgence qui dépend de la production d'ammoniac par l'uréase, métalloenzyme à nickel abondante et très active. Une autre enzyme essentielle à la colonisation, l'hydrogénase possède des centres catalytiques à nickel. C'est pourquoi le nickel est un micronutriment essentiel pour Hp, Pour survivre, Hp doit importer du nickel puis l'insérer correctement au sein des deux enzymes à nickel. De plus, ce métal doit être stocké pour éviter les effets délétères qu'il peut occasionner. Nous avons étudié le rôle de deux protéines riches en histidine, Hpn et Hpn-2. Nous avons montré que ces protéines sont essentielles à la colonisation, interagissent entre elles, interviennent dans le maintien de l'homéostasie et le stockage du nickel et agissent comme régulateurs de l'activité uréasique. Nous avons caractérisé deux systèmes d'hydrolyse périplasmique de l'asparagine et de la glutamine associés à la production d'ammoniac. Ces enzymes sont couplées à un import de l'aspartate et du glutamate dans la cellule. Ces systèmes sont essentiels à la colonisation et jouent un rôle dans la pathogénicité de Hp. En utilisant le double hybride bactérien, des interactions entre des enzymes productrices d'ammoniac et des enzymes qui l'utilisent comme substrat ont été mises en évidence. Nous proposons l'existence d'un channeling métabolique de l'ammoniac permettant d'optimiser la biodisponibilité de cette molécule et l'activité des enzymes correspondantes. Nos résultats ont révélé l'existence d'interactions protéiques qui optimisent les flux d'ammoniac et de nickel, des éléments essentiels à la virulence de Hp
To withstand stress encountered in its niche, H. Pylori (Hp) got an emergency response that depends on ammonia production by urease, an abundant and very active nickel metalloenzyme. Another enzyme essential for colonization, the hydrogenase, needs nickel too for its catalytic centers. That is why nickel is an essential micronutrient for Hp. To survive, Hp has to import nickel and then insert it correctly in these two enzymes. Moreover, this metal should be stored to avoid the deleterious effects it may cause. We studied the role of two histidine-rich protein, Hpn and Hpn-2. We have shown that these proteins are essential for colonization, interact with each other, are involved in the nickel homeostasis and storage of nickel and act as regulators of urease activity. We have characterized two periplasmic Systems of hydrolysis of asparagine and glutamine associated with ammonia production. These enzymes are coupled to an import of aspartate and glutamate in the cell. These Systems are critical to colonization and play a role in the pathogenicity of Hp. Using the bacterial two-hybrid, the interactions between ammonia-producing enzymes and enzymes that use it as substrate have been identified. We propose the existence of metabolic channeling of ammonia to optimize the bioavailability of this molecule and the corresponding enzymes activity. Our results revealed the existence of protein interactions that optimize the flow of ammonia and nickel and are essential for the virulence of Hp
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Khalil, Lionel. "Généralisation des réseaux d'interaction avec l'agent amb de Mc Carthy : propriétés et applications." Palaiseau, Ecole polytechnique, 2003. http://www.theses.fr/2003EPXX0015.

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Huget, Marc-Philippe. "Une Ingénierie des protocoles d'interaction pour les systèmes multi-agents." Paris 9, 2001. https://portail.bu.dauphine.fr/fileviewer/index.php?doc=2001PA090015.

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Abstract:
Dans le cadre de cette thèse, nous nous intéressons à l'interaction dans les systèmes multi-agents et plus particulièrement aux protocoles d'interaction. Nous avons pu constater l'absence d'une ingénierie des protocoles d'interaction. Aussi, nous faisons la proposition d'une telle ingénierie. Elle s'inspire de celle présente dans les télécommunications et se décompose en plusieurs phases : (1) l'analyse, (2) la description formelle, (3) la validation, (4) l'implémentation et (5) le test de conformité. L'analyse décrit le protocole en langage naturel. La description formelle donne le protocole selon un formalisme afin d'éviter toute ambiguïté due à la langue naturelle. La validation s'assure que le protocole dispose des propriétés définies lors de l'analyse. L'implémentation génère un protocole qui est exécutable par les agents. Enfin, le test de conformité vérifie que le protocole exécutable dispose, lui aussi, des propriétés définies lors de l'analyse. L'un des apports de cette thèse, hormis l'ingénierie en tant que telle, est la proposition d'un langage CPDL pour la conception de protocoles de manière modulaire. Un protocole est vu comme une composition de micro-protocoles. Le langage graphique UAMLe pour la représentation des interactions entre agents est un deuxième apport. Nous fournissons un ensemble d'outils : DIP pour les phases d'analyse, de description formelle et d'implémentation, TAP pour la validation et CTP pour le test de conformité. Il faut ajouter à ceux-ci un module d'interaction pour le suivi et la gestion de l'interaction entre agents, un serveur de messages entre agents et un outil pour surveiller les interactions. Nous instancions cette proposition d'ingénierie au projet Baghera de télé-enseignement de la géométrie en classe de quatrième et à une application de gestion de chaîne logistique.
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Pécot, Jessie. "Dépendance des cellules cancéreuses à BCL-xL : ciblage thérapeutique du réseau d'interactions PUMA, BAX et BCL-xL : effets oncogéniques non canoniques de l'interaction RAS / BCL-xL." Nantes, 2015. https://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show/show?id=57dfe09c-18e6-4d60-a1e1-cbc567f5cda6.

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Abstract:
La protéine BCL-xL fréquemment surexprimée dans les cancers est impliquée dans la résistance aux chimiothérapies. De nouvelles molécules ciblant cette protéine ont ainsi été développées. Le travail présenté dans le cadre de cette thèse montre que, malgré une spécificité de plus en plus grande de ces molécules, elles restent inefficaces à antagoniser certaines interactions impliquant BCL-xL. Ainsi un traitement au WEHI-539 (ciblant spécifiquement BCL-xL) ne sensibilise pas des cellules surexprimant BCL-xL à une mort dépendante de PUMA, une protéine interagissant avec BCL-xL qui joue un rôle essentiel dans le déclenchement de l'apoptose. Alors que les interactions BAX/BCL-xL répondent au WEHI-539, nos résultats montrent que les interactions PUMA/BCL-xL n'y sont sensibles qu'en dessous d'un certain seuil d'expression de BCL-xL, au-delà duquel la survie des cellules est maintenue par des complexes PUMA/BCL-xL résistants aux BH3-mimétiques. Ces données soulignent l'importance de la compréhension du rôle joué par ce réseau d'interactions impliquant les membres de la famille de BCL-2, en particulier BCL-xL, dans le contexte du développement tumoral. L'autre partie de ce travail est ainsi consacrée à l'étude des conséquences fonctionnelles de l'interaction entre BCL-xL et l'oncogène RAS qui demeurent largement inconnues bien que des travaux lui attribuent des effets oncogéniques. Pour ce faire, nous avons développé des approches de BRET et de pep-scan en vue de mieux caractériser cette interaction d'un point de vue structurel et fonctionnel
BCL-xL plays a role in chemoresistance that needs to be overcome. We show here that currently available BH3-mimetics do not efficiently derepress BCL-xL inhibition of BAX-mediated cell death induced by PUMA, a major pro-apoptotic effector of chemotherapy. Live cell measurements of protein-protein interactions reveal that BH3-mimetics readily inhibit BAX interactions with BCL-xL and the effects of BCL-xL on BAX oligomerization but that PUMA interactions with BCL-xL are highly resistant. Thus, PUMA only favors BAX oligomerization/activation and induction of cell death in response to BH3-mimetics when BCL-xL expression is limiting. Mutagenesis studies show that the robustness of PUMA/BCL-xL interactions is due to the avidity of the PUMA BH3 domain for mitochondrial BCL-xL. This has important consequences for the design of strategies combining PUMA-inducing genotoxics and BCL-xL inhibitors, and argues that mitochondrial membranes per se influence treatment outcome. BCL-xL does not only function as guardian of mitochondrial permeability. Non-canonical effects and functions of this protein have been described, as its interaction with the RAS oncogene. Some studies suggest the oncogenic effects of the BCL-xL/RAS interaction. However, its functional consequences remain unknown. So we have used BRET and pep-scan assays in order to structurally and functionally characterize this interaction
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Pozza, Alexandre. "Surexpression hétérologue et purification du transporteur membranaire ABCG2 : mécanisme d'interaction avec des substrats et des inhibiteurs spécifiques." Lyon 1, 2007. http://www.theses.fr/2007LYO10327.

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Abstract:
ABCG2 est un demi-transporteur ABC impliqué dans le phénotype de résistance à de multiples drogues des cellules cancéreuses. Notre but est de comprendre le mécanisme de transport et d’interaction avec des inhibiteurs spécifiques. Après des tentatives infructueuses en bactérie, ABCG2 a été surexprimée sous forme fonctionnelle dans le système cellules d’insecte/baculovirus. L’effet de certains inhibiteurs sur l’activité ATPasique de la protéine a été étudié, ainsi que leur fixation sur le transporteur purifié. Cela a permis de mettre en évidence un mécanisme d’inhibition différent pour un même inhibiteur entre les formes sauvage et mutée R482T du transporteur. La différence dans le spectre des substrats transportés induite par la mutation n’est pas due à la fixation, mais plus probablement à la translocation membranaire des substrats. La protéine recombinante apparaît sous forme de deux bandes dont la différence est probablement de nature conformationelle
ABCG2 is an ABC half-transporter involved in multidrug resistance of cancer cells. Our aim is to understand the mechanism of transport and of interaction with specific inhibitors. After some unsuccessful attempts in bacteria, ABCG2 was functionally overexpressed with the insect cells/baculovirus system. The effects of some inhibitors on ATPase activity were studied, as well as the capacity of binding to the purified transporter. This allowed to bring evidence for a different inhibition mechanism for the same inhibitor between the wild-type and R482T mutant of the transporter. The difference in transport-substrate spectrum induced by the mutation is not due to binding, but more likely related to membrane translocation. The recombinant protein appears as two bands, the difference of which is probably of conformational origin
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Jean-Alphonse, Frédéric. "Récepteur V2 de la vasopressine : à la recherche de partenaires d'interaction et d'outils thérapeutiques." Montpellier 1, 2008. http://www.theses.fr/2008MON13514.

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Abstract:
L’arginine vasopressine (AVP) est une hormone qui au niveau du rein présente une activité antidiurétique permettant le contrôle de l’osmolalité, du volume sanguin et de la pression artérielle. Cette action est médiée par le récepteur membranaire V2 (RV2) localisé dans les cellules principales du tubule collecteur du rein. Une pathologie génétique rare, le diabète insipide néphrogénique congénital (DINc), est associée à une absence de réponse à l’AVP et est due majoritairement à des mutations du RV2. A ce jour, plus de 200 mutations du gène du RV2 ont été identifiées dont la plupart conduisent à une séquestration intracellulaire du récepteur, ce qui l’empêche de répondre à l’AVP. Dans ce contexte, nous avons cherché à mieux comprendre et à caractériser les mécanismes impliqués dans la séquestration intracellulaire du RV2 dans le DINc. Nous avons aussi recherché les partenaires protéiques potentiellement impliqués dans cette rétention intracellulaire. Enfin, d’un point de vue thérapeutique, nous avons caractérisé de nouveaux outils pour le traitement du DINc. Nous avons donc étudié le rôle probable de deux clusters arginines situés sur les boucles intracellulaires i1 et i3 du RV2 dans les mécanismes de séquestration. Nous avons constaté que l’absence du cluster de la boucle i1 est létale pour le repliement du récepteur tandis que celui de la boucle i3 semble à l’origine d’un contrôle du trafic vers la membrane plasmique. Par ailleurs, à l’aide d’un peptide mimétique de la boucle i3 et/ou avec le récepteur entier, nous avons identifié de probables acteurs protéiques impliqués dans la rétention intracellulaire. Nous nous sommes notamment intéressés à la protéine P32 (gC1qR) pour laquelle nous avons validé l’interaction directe de cette protéine avec le cluster arginines de la boucle i3 du RV2 et vérifié qu’elle pouvait interagir avec le récepteur entier. Nous avons aussi pu montrer une interaction de P32 avec les mutants du DINc suggérant ainsi le rôle de cette protéine dans la régulation du trafic. Enfin, l’absence de traitements spécifiques et efficaces pour le DINc nous a conduit à caractériser de nouvelles molécules permettant de rétablir la fonction biologique. Nous avons donc montré que de nouveaux ligands agonistes nonpeptidiques étaient capables de restaurer l’adressage à la membrane plasmique et la fonction de plusieurs mutants du DINc. Nos travaux ont ainsi permis de caractériser de nouvelles pharmacochaperones potentiellement efficaces pour plusieurs mutants du DINc.
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Astier, Catherine. "Caractérisation des propriétés d'interaction de la titine, protéine musculaire géante, et stabilité des structures sarcomériques." Montpellier 1, 1993. http://www.theses.fr/1993MON1T033.

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Zenou, Benoît Pierre Léon. "Le capital social comme un potentiel d'interaction coopérative : Le cas des relations intergénérationnelles familiales." Montpellier 1, 2009. http://www.theses.fr/2009MON10040.

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Abstract:
A partir d'outils et d'approches issus de différentes disciplines, nous proposons une étude économique du capital social individuel permettant de révéler les enjeux économiques et comportementaux de l'introduction de ce concept dans les modèles économiques. Nous le définissons ainsi comme un potentiel d'interaction coopérative, c'est-à-dire un ensemble de ressources permettant aux agents d'accéder aux ressources de leurs partenaires. A partir d'une investigation de description du lien, nous montrons qu'il constitue une forme de capital puisqu'il fait l'objet d'une accumulation, d'une production et d'une dépréciation. Il permet ou facilite les transferts interpersonnels de ressources en diminuant notamment les coûts de transactions qu'ils impliquent. Nous montrons également qu'il peut faire l'objet d'un transfert en médiatisant une ressource relationnelle et particulièrement dans le cas des relations intergénérationnelles familiales. Les transferts descendants de capital social parental à l'enfant et le stock de capital social initial dont il dispose à sa naissance, lui permettent d'accumuler davantage de capital social non apparenté et de disposer d'avantages socioéconomiques certains. En transférant leur capital social, les parents s'assurent du bien être de leurs enfants et accumulent des créances relationnelles qu'ils pourront mobiliser à la fin de leur vie, pour bénéficier de transferts intergénérationnels temporels ascendants. Notre investigation doit être comprise comme un outil permettant de comprendre ce qui se passe dans une relation et dans les échanges interpersonnels qu'elle permet. Appliquées aux relations intergénérationnelles, nous posons la conceptualisation des liens et du capital social, comme un outil incontournable pour la compréhension des relations, de transferts et du patrimoine de l'agent
From tools and approaches of different disciplines, we propose an economic study of individual social capital to reveal the economic and behavioral stakes of the introduction of the concept in economic models. We define it as an interactionnal cooperative potential, ie a set of resources which enables agents to access the resources of their partners. From an investigation of the description of the link, we show that it is a form of capital since it is subject to an accumulation, a production and a depreciation. It enables or facilitates interpersonal resources' transfers including reducing transaction costs which involved. We also show that it can be a transfer in mediatized relationship resource and particularly in the case of intergenerational relationships into families. Descendant transfers of parental social capital to child and the stock of initial social capital available to it at its birth, enables accumulate more social capital and unrelate to have some socioeconomic benefits. By transferring their own social capital, parents ensure the well being of their children and accumulate related debts, which they can mobilize at the end of their life to benefit from ascendant intergenerational "transfers of time". Our investigation must be understood as a tool to comprehend what happens in a relationship between two agents and the exchanges they allow. Applied to intergenerational relations, we are laying the ties and conceptualization of social capital as a tool to understand relations, transfers and heritage of the agent
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Passot, Fanny. "Rôle et spécificité d'interaction des systèmes parABS de Burkholderia cenocepacia, bactérie multi-chromosomique." Toulouse 3, 2011. http://thesesups.ups-tlse.fr/1384/.

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Abstract:
Notre modèle d'étude est B. Cenocepacia J2315 (Bcen) dont le génome comporte 3 chromosomes (c1, c2 et c3) et 1 plasmide (pBC), chacun porteur d'un système parABS, homologue de systèmes de ségrégation plasmidiques connus. L'étude de délétions des opérons parAB et d'excès des sites parS a montré l'importance des parABS pour la croissance et la viabilité de Bcen. L'analyse de la localisation des origines des réplicons dans les mutants montre que les parABS sont impliqués dans la ségrégation leur réplicon. La cohabitation des 4 parABS nécessite l'absence d'interaction croisée. Ceci est possible grâce à l'étroitesse d'interaction entre ParB et parS, visible par la faible tolérance aux mutations de parSc1 et parSc3 dans des tests de toxicité chez Bcen. L'identification et l'analyse d'un groupe de systèmes parABS apparentés nous a permis d'identifier un domaine pHTH impliqué dans la fixation de ParB sur parS, et de révéler un rôle de la compatibilité dans la diversification des systèmes parABS
We are working on B. Cenocepacia J2315 (Bcen), which genome is divided into 3 chromosomes (c1, c2, c3) and 1 plasmid (pBC), each carrying a parABS system, homologs of known plasmid segregation systems. By studying deletions of the parAB operons and excess of parS sites, I proved that parABS systems are important for fitness. More specifically, the analysis of the replicon origin localizations indicates that these systems are implied in the segregation of their own replicons. To avoid incompatibility, the 4 parABS systems must avoid cross-interactions. This is achieved by a stringent ParB-parS interaction, as shown by lack of recognition of mutant parSc1 or parSc3 in toxicity tests in Bcen. Identification and analysis of a group of related parABS, exclusive of the secondary replicons of the Burkholderiales, allowed us to identify a pHTH domain implied in ParB binding on parS, and to reveal that compatibility drives a diversifying evolution of the parABS systems
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Clerici, Marcello. "Etudes structurales du mécanisme d'interaction des protéines UPF1 et UPF2, impliquées dans le "Nonsense Mediated mRNA Decay"." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2009. http://www.theses.fr/2009GRE10004.

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Abstract:
Le « Nonsense-mediated rnRNA decay » (NMD) est un des mécanismes de contrôle de l'ARNm les mieux caractérisés. Il assure la reconnaissance des transcrits contenant des codons Stop précoces (PTe) et leur dégradation. Les résultats présentés dans cette thèse couvrent deux aspects principaux de l'organisation structurale des protéines UPFI et UPF2 impliquées dans le NMD: l'interaction de UPFI et UPF2 et son influence sur la conformation de UPFI, et l'organisation des trois domaines MIF4G de UPF2, avec un aperçu de leur fonction. Les structures des domaines CH (Cysteine/Histidine-rich)-hélicase de UPFI, en complexe avec la région C-terminale de UPF2, fournissent les premières informations sur l'arrangement relatif des deux domaines de UPFI et sur les bases structurales de l'interaction entre UPFI et UPF2. En présence d'UPF2, le domaine CH de UPFI présente quand à lui une orientation fixe par rapport au domaine hélicase, qui est, lui, maintenu par une interface impliquant des contacts spécifiques avec des résidus conservés. Dans cette orientation, il est très improbable que le domaine CH interfère avec l'activité hélicase. Le domaine MIF4G-I de UPF2 est un domaine MIF4G classique, présentant une forte homologie structurale avec les autres domaines MIF4G connus, malgré cependant une faible identité de séquence. La cartographie de résidus conservés sur la surface exposée au solvant révèle une zone phylogénétiquement conservée de la protéine contenant des résidus probablement engagés dans la fixation à l'ARN et un site de phosphorylation déjà connu
Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is one of the best-characterized rnRNA control mechanisms, which recognise and mediate the degradation oftranscripts containing premature termination codons (PTCs). The data presented in this thesis covers two main aspects of the structural organisation ofUPFI and UPF2 essential NMD proteins: the UPFI-UPF: interaction and its influence on UPFI conformation, and the organisation of the three UPF2 MIF4G domains with insighl on their function. Structures ofthe combined CH (Cysteine/Histidine-rich) and helicase domains ofUPFI in complex with the C-terminal region ofhuman UPF2 provide the first information on both the relative arrangement of the two UPFI domains and the structural basis for the interaction between UPFI and UPF2. Ln the presence of UPF2 the UPFI CH-domain has a fixed orientation with respect to the helicase domain which is maintained by a small interface involvin¬specifie contacts of conserved residues. Ln this orientation, the CH-domain is unlikely to interfere with the helicase function. UPF2 MIF4G-I is a common MIF4G domain with high structural similarity to other known MIF4G domains, despite low sequence identity. Mapping sequence conservation on the solvent exposed surface reveals a phylogenetically conserved patch of the protein, carrying residues putatively involved in RNA binding and a predicted phosphorylation site
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Poisson, Ariane. "Etude des fonctions de la Menin, oncosuppresseur impliqué dans les Néoplasies endocriniennes multiples de type 1 : analyse du réseau d'interactions protéiques et identification de nouveaux partenaires." Nice, 2005. http://www.theses.fr/2005NICE4003.

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Abstract:
La compréhension de la Néoplasie Endocrinienne Multiple de type 1 (NEM1) repose sur l’élucidation du rôle du gène MEN1, dont les mutations prédisposent à ce syndrome familial. Identifié en 1997, ce gène ne nous a dévoilé que peu d’éléments sur sa fonction biologique. C’est un oncosuppresseur qui code pour une protéine nucléaire de 610 acides aminés, la Menin, dont aucune homologie avec une protéine ou un domaine connu n’a pu être trouvée. Ce que nous ont appris les études physiopathologiques, tant sur les patients atteints de NEM1 que sur les souris invalidées pour le gène MEN1, c’est que la Menin a une fonction endocrine et intervient dans le développement et différenciation, l’oncosuppression et le maintien de la stabilité génomique. Les informations obtenues depuis l’identification de MEN1, et notamment celles obtenues par l’identification des partenaires de la Menin, commencent à nous éclairer sur les fonctions biochimiques et biologiques de cette protéine. Nous savons aujourd’hui qu’elle a une activité GTPasique dépendante de son interaction avec la nucléoside diphosphate (NDP) kinase A (nm23H1) et qu’elle possède une affinité pour l’ADN double brin, sans qu’il ait été montré une spécificité de séquence. Elle est impliquée dans la régulation de la transcription par interaction avec des facteurs de transcription de la famille AP1 (JunD), NFkB (p65) ou participant à la voie TGFb (Smads) ; mais aussi par remodelage de la chromatine en s’associant à des complexes multi-protéiques possédant une activité histone acétyltransférase ou histone méthyltransférase. La Menin a une fonction endocrine et intervient dans le développement et la différenciation, l’oncosuppression et le maintien de la stabilité génomique. En parallèle des autres équipes étudiant la Menin, nous nous sommes également intéressés à la recherche de protéines interagissant avec la Menin. Dans le cadre d’une collaboration internationale, plusieurs gènes codant pour des partenaires de la Menin ont été découverts. Nous avons porté nos efforts sur l’un d’eux que nous avions nommé provisoirement MIP108 mais qui, depuis, a été décrit comme interagissant avec VHL et nommé Jade-1 (Gene for Apoptosis and Differentiation in Epithelia). Le gène Jade-1 humain s’étend sur plus de 80kb. Il code pour plus de dix ARNm différents qui sont exprimés de manière hétérogène dans de nombreux tissus humains. Jade-1 est traduit en plusieurs isoformes dont deux divergent par leur partie C terminale. Cette protéine active la transcription par l’intermédiaire de deux domaines PHD (Plant HomeoDomain) et par son interaction avec une acétyl transférase. Nous avons montré une association de Jade-1 avec MSH4, protéine qui pourrait jouer un rôle dans la recombinaison. L’interaction entre la Menin et Jade-1 pourrait donc impliquer la Menin 1/ à la fois dans un complexe histone acétyl transférase, 2/ et dans des événements de recombinaison. Nous avons également observé que la Menin interagissait avec la protéine p53 dans des conditions de stress qui induisent l’acétylation de p53. La Menin étant décrite comme vraisemblablement un régulateur de la transcription, nous avons regardé son activité sur le promoteur de p21, activé par p53 pour stopper le cycle cellulaire. La Menin inhibe l’expression de p21 au niveau des séquences de régulation de p53. Sachant que la Menin induit également l’apoptose, nous proposons qu’elle joue peut être un rôle dans le choix entre : l’inhibition de la prolifération cellulaire dans l’attente de la réparation des dommages à l’ADN et l’apoptose qui s’impose à la cellule pour maintenir la stabilité génomique quand elle n’a pas pu rétablir l’intégrité de son génome après un stress génotoxique. Nous avons contribué à compléter un tableau d’interactions autour de la Menin dont nous attendons qu’il nous permette de comprendre le rôle que pourrait jouer la Menin dans le développement tumoral.
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Storez, Hélène. "Identification de nouveaux partenaires d'interaction des β-arrestines : 1-oligomérisation des β-arrestines : 2-Caractérisation de l'intéraction β-arrestine- Filamine A." Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077098.

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Abstract:
Les β-arrestines sont des protéines ubiquitaires impliquées dans la régulation des récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) ainsi que dans de nombreuses voies de signalisation. Le crible de double hybride SRS (pour "SOS Recruitment System") effectué avec la β-arrestine 2 comme appât, a permis d'identifier parmi les proies, un clone correspondant à la β-arrestine 2 elle-même. Ce résultat nous a conduits à étudier l'oligomérisation des β-arrestines, déjà postulée d'après la structure du cristal de β-arrestine 1, mais non définitivement démontrée. Grâce à des approches basées sur le transfert d'énergie par résonance (FRET et BRET), nous avons pu montrer que les p-arrestines forment des oligomères constitutifs à des concentrations physiologiques. La co-expression des deux isoformes conduit à la délocalisation extranucléaire de la β-arrestine 1, via son hétéro-oligomérisation avec la p-arrestine 2, cette dernière étant exclue du noyau par un processus actif. L'oligomérisation des β-arrestines pourrait réguler leur distribution sub-cellulaire et celle de leurs partenaires d'interaction. Nous avons également identifié la filamine A (ou FLNA) protéine de liaison à l'actine, comme partenaire d'interaction des p-arrestines. A l'état basal, cette interaction renforce l'association des β-arrestines avec les MAPKinases ERKs. En réponse à l'activation des RCPGs (récepteurs M1 muscarinique et AT1 de l'angiotensine II), les p-arrestines et la FLNA coopèrent pour une activation optimale des ERKs. Dans les cellules Hep2, la stimulation des RCPGs conduit à la colocalisation du récepteur, de la p-arrestine, de la FLNA et d'ERKs activées dans les structures membranaires, appelées "ruffles" qui témoignent de la réorganisation du cytosquelette d'actine. L'invalidation de FLNA ou de p-arrestine par interférence à ARN et l'emploi d'un mutant dominant négatif de la MAP2 Kinase MEK1, inhibent la formation de ces "ruffles". Ainsi, la coopération entre les β-arrestines et la FLNA est déterminante pour l'activation optimale des ERKs et pour la réorganisation du cytosquelette qui en dépend. Ce phénomène pourrait expliquer une des fonctions des p-arrestines au cours du chimiotactisme
β-arrestins 1 and 2 (BARRIand I3ARR2) are two highly homologous proteins with multiple biological functions. First known as key regulators of G protein-coupled receptor (GPCR) desensitization and endocytosis, βARRs were shown more recently to act as scaffolding proteins for ERK1/2 and JNK3 cascades, to activate Src and to bind to ubiquitin ligases. In addition to their propensity to interact with multiple partners, βARRs might also auto-assemble to form oligomers, as suggested by the observation that both IJARR1 and visual arrestin, the isoform which is specifically expressed in the retina, form dimers in crystals. In a two-hybrid screen, based on the Sos Recruitment System and using a C-terminal truncated mutant of βARR2 as the bait, one of the preys corresponded to the C-terminal portion of βARR2 itself, suggesting that βARR2 might also form dimers in solution. To investigate whether βARR2 might function as a dimer in a more physiological context, we took advantage of the bioluminescence energy transfer (BRET) approach, which was developed recently to study protein-protein interaction in living cells. The cDNAs encoding Renilla luciferase (lue) and the yellow variant of the Green Fluorescent Protein (YFP), the BRET donor and accepter moieties, respectively, were fused 5' or 3' to the cDNAs of βARR1 or βARR2. Various appropriate combinations of the resulting constructs were transfected in COS-7 cells. A constitutive BRET was measured with βARR2 constructs. As expected for a specific non-random interaction between the BRET donor and accepter, BRET signals increased as a function of the BRET accepter concentration up to a maximal value (BRETmax), and constant BRET signals were measured when cells were transfected with increasing amounts of a fixed ratio of acceptordonor. Interestingly, significantly different BRETmax values were measured when the BRET donor construct (βARR2-luc) was co-expressed with fusion proteins in which the BRET accepter was located either at the N-terminal (YFP-βARR2) or the C-terminal (βARR2-YFP) extremity of βARR2, indicating that the βARR-2 dimer is oriented. A similar constitutive BRET was also measured for βARR1 and when the BRET donor and the accepter were fused to different UARRisoforms. These data are consistent with a model in which both βARR2 and βARR1 form constitutive homo-dimers in living cells and might also be engaged in constitutive hetero-dimers. Several important questions are still under investigation, such as the proportion of dimers versus monomers, the effect of GPCR activation on βARR dimerization, the potentially different biological function of monomers, homo-dimers and hetero-dimers
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Voitovich, Iuliia. "Les inhibiteurs d'interaction protéine-protéine, une stratégie innovante en cancérologie." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0701.

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Abstract:
Les protéines BET, modules impliqués dans la régulation épigénétique, jouent un rôle essentiel dans le développement du cancer. Actuellement plusieurs inhibiteurs de protéines BET font l'objet d'essais cliniques pour le traitement de différents types de cancer. Une des limitations au développement clinique est l'impact général de la modulation génique induite par des inhibiteurs de type ‘pan-BET’ non sélectifs. Un ciblage individuel des protéines BET et la discrimination des domaines BD1 et BD2 conduiraient à un effet transcriptionnel plus spécifique limitant les effets secondaires et l’apparition de résistance. Le criblage d’une chimiothèque focalisée sur les interactions protéine-protéine a permis d’identifier deux molécules avec des profils de sélectivité uniques. Une étude de SAR a révélé le fragment minimal nécessaire à l’interaction ligand-protéine. La résolution de la structure cristallographique en complexe avec Brd4(BD1) a permis de valider nos interprétations et de développer des inhibiteurs BET plus puissants et sélectifs. Une stratégie de synthèse originale orientée vers une diversité structurale (DOTS) combinant le criblage virtuel et l’élaboration automatisée de bibliothèques focalisées a été utilisée. Ce travail a découvert un inhibiteur optimisé de BD1 avec une affinité de 100x supérieure à la molécule initiale et un ratio de sélectivité BD1 vs BD2 égale à 300. L’activité cellulaire d’inhibition du pro-oncogène c-Myc, au µM, a permis de valider le composé en tant que sonde moléculaire. Des études in vitro et in vivo permettront d'élucider le rôle biologique individuel de chaque BD et de valider l'intérêt de leurs développement en clinique
BET-proteins, acting as epigenetic readers, play an essential role in cancer development. To date, numerous potent inhibitors disrupting BET functions have been discovered, including several of them that are undergoing clinical trials for the treatment of different types of cancer. The common drawback limiting their use in clinical practice is an inability to distinguish between BET-members that may cause side effects and resistances. The selective targeting of individual BET and the discrimination between BD1 and BD2 present an opportunity to achieve more selective transcriptional effect. A midthroughput screening of previously designed chemical library allowed identification of two molecules with unique profiles of selectivity that have never been observed. An undertaken structure-based program revealed a minimum scaffolds necessary for binding. Taking together with resolved X-Ray structures it allowed the development of more potent and selective BET inhibitors by DOTS (diversity oriented target focused synthesis) strategy, combining virtual screening and diversity oriented library design. This optimization led to a potent inhibitor with up to 100-fold improvement of affinity to the target and up to 300-fold selectivity toward BD1. Dose-response downregulation of c-Myc levels in low micromolar range in cell assays allowed the validation of the identified molecule as a chemical probe. Further comprehensive in vitro and in vivo evaluations of this compound will enable elucidating the biological role of each bromodomain and a validation of the interest toward the development of selective inhibitors in clinic
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Salmon, Valérie. "Production de la lactoferrine humaine par différents systèmes d'expression : applications à l'étude de son site d'interaction avec des cibles moléculaires." Lille 1, 1997. http://www.theses.fr/1997LIL10186.

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Abstract:
La lactoferrine humaine (hlf) est une proteine multifonctionnelle dont les activites anti-microbiennes, anti-fongiques, anti-virales et anti-tumorales sont liees a la defense immunitaire de l'hote. Ces nombreuses proprietes biologiques nous ont amene, d'une part, a nous interesser a l'expression de la hlf native en vue d'applications therapeutiques. D'autre part, afin de poursuivre les travaux entrepris au laboratoire sur la caracterisation du site d'interaction de la hlf avec ses cibles moleculaires, nous avons exprime et etudie des hlfs modifiees par mutagenese dirigee. Ces deux objectifs ont ete abordes en exprimant la hlf dans les cellules bhk, les cellules d'insectes infectees par un baculovirus recombinant et le tabac transgenique. Dans les trois cas, l'adnc de la lactoferrine a ete clone avec son propre peptide signal. Lors de l'expression dans du tabac transgenique, une seconde construction moleculaire a ete realisee par fusion du peptide signal de la sporamine de patate douce a la sequence de la lactoferrine mature. Les differentes hlfs recombinantes ont ete purifiees et leurs proprietes physico-chimiques et biologiques ont ete comparees a celles de la lactoferrine isolee du lait de femme. En particulier, la sequence n-terminale, la masse moleculaire analysee par spectrometrie de masse, la composition molaire en monosaccharides et la fixation aux cellules lymphoblastiques t jurkat et enterocytaires ht29-18c1 ont ete determinees. Les proprietes des differentes hlfs recombinantes se sont revelees semblables a celles de la proteine native a l'exception de la composition glycannique qui est specifique de chaque systeme d'expression.
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Corbel, Caroline. "Recherche de nouveaux agents anticancéreux agissant par inhibition d'interaction protéine/protéine : caractérisation de leurs effets cellulaire." Rennes 1, 2011. http://www.theses.fr/2011REN1S024.

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Abstract:
Les dérégulations du couple protéique CDK5/p25 sont notamment impliquées dans des pathologies neuronales, ainsi que dans la migration et le potentiel métastasique de cellules tumorales. Des inhibiteurs du couple CDK5/p25 existent mais agissent majoritairement via l’obstruction de la poche à ATP de la kinase. Ceci est potentiellement à l’origine d’un problème de sélectivité puisque de nombreuses protéines cellulaires utilisent l’ATP. La technique BRET (Bioluminescence Resonance Energy Transfer) a été utilisée dans le but de découvrir de nouveaux composés inhibiteurs de cette interaction. L’originalité de la technique élaborée réside dans le choix du système cellulaire employé : la levure Saccharomyces cerevisiae. Suite à la validation de la méthode développée, 5571 composés ont été criblés. Trois molécules sont ressorties de ce criblage ; deux d’entre elles ont été principalement étudiées, notamment pour comprendre leur mode d’inhibition bien différent de celui des mimétiques de l’ATP
Misregulations of CDK5/p25 are implicated in neuronal diseases, as well as in the migration and the metastatic potential of cancer cells. Inhibitors of the CDK5/p25 complex, acting mainly via the ATP pocket of the kinase, have been described. However, this class of inhibitors is subjected to a selectivity problem because a lot of cellular proteins need ATP. We used the BRET (Bioluminescence Resonance Energy Transfer) method to discover new inhibitors of CDK5/p25 interaction. The originality of the assay developed lies in the cellular system used: the yeast Saccharomyces cerevisiae. Following the validation of the method developed, 5571 compounds have been screened. Three molecules were characterized and two of them were mainly studied, notably to understand their mode of inhibition, different from the ATP mimetic compounds
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Gavarini, Sophie. "Protéines à domaines PDZ et récepteurs 5-HT2 de la sérotonine : spécificité d'interaction et rôle dans la signalisation." Montpellier 1, 2006. http://www.theses.fr/2006MON1T008.

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Abstract:
Les récepteurs 5-HT2 de la sérotonine sont des récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) de séquences proches, activant des voies de signalisation communes, mais aussi des voies plus spécifiques. Les récepteurs 5-HT2 expriment au niveau de leur extrémité C-terminale un motif de liaison des domaines d'interaction protéine-protéine PDZ (PSD-95 / Dlg / ZO-1). Grâce à une approche protéomique combinant des expériences de chromatographies d'affinité et la spectrométrie de masse, nous avons démontré que les récepteurs 5-HT2A et 5-HT2C recrutaient des ensemble de protéines à domaines PDZ spécifiques. La spécificité de ces interactions implique des résidus du motif ligand PDZ canonique, mais aussi des résidus localisés en amont. Dans des systèmes hétérologues, nous avons montré que les protéines à domaines PDZ exerçaient des effets différentiels sur la désensibilisation de la réponse calcique induite par le récepteur 5-HT2C et que ceux-ci étaient corrélés à leur effet sur l'internalisation du récepteur. Enfin, les protéines à domaines PDZ exercent un effet global inhibiteur sur la désensibilisation du récepteur 5-HT2C dans les neurones.
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Bénech, Dominique. "Infrastructures d'interaction pour les paradigmes distribués et coopératifs de la gestion intelligente de systèmes et de réseaux." Toulouse 3, 1999. http://www.theses.fr/1999TOU30149.

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Abstract:
Le domaine informatique, mais aussi le domaine de la gestion de reseaux et de systemes ont beaucoup evolue et un ensemble de nouveaux besoins sont apparus. Un etat de l'art et une etude detaillee nous permet de montrer que seule la combinaison des approches reparties et des approches intelligentes de la gestion offre la solution pour la gestion des systemes informatiques actuels. Dans une premiere etape, nous considerons un systeme de gestion intelligent centralise et etudions les moyens necessaires a la mise en place du paradigme distribue en vue d'obtenir une solution repartie et intelligente. Apres une analyse des besoins fonctionnels, informationnels, organisationnels et protocolaires, plusieurs solutions sont examinees pour retenir corba comme meilleure technologie support a l'infrastructure. La validite de ce choix a ete verifiee par prototypage sur une plate forme de gestion (flipper) des laboratoires de recherche de hewlett-packard. Cette etape sert a montrer la faisabilite de l'introduction du paradigme de distribution dans une approche de gestion intelligente tout en determinant une infrastructure adequate au support des interactions. Nous etudions ensuite une approche plus novatrice de la gestion, basee sur le paradigme de cooperation entre agents de gestion. Apres analyse des besoins, soulignant l'importance de l'aspect interaction et des services de la cooperation, nous avons retenu le standard de fait pour les echanges entre agents intelligents kqml. Pour conserver tous les avantages que nous avions soulignes dans notre premiere etude, nous l'avons combine avec corba pour obtenir une infrastructure d'interaction pour les paradigmes cooperatifs, denommee cobalt. Cobalt utilise corba pour transporter les messages kqml qui sont echanges entre les agents intelligents. Il a ete implemente en utilisant les technologies recentes, avec le souci de le rendre aussi generique et flexible que possible pour permettre sa reutilisation hors du contexte de la gestion.
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L'Hoste, Sébastien. "Etablissement d'une carte d'interactions protéiques des petites GTPases Ras et Rap chez l'Homme et la Drosophile par technique de double-hybride : validation génétique des interactions Ras1/CG8965 et Ras1/D-EPAC chez Drosophila melanogaster." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077117.

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Lagnier, Cédric. "Diffusion de l'information dans les réseaux sociaux." Thesis, Grenoble, 2013. http://www.theses.fr/2013GRENM072/document.

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Abstract:
Prédire la diffusion de l'information dans les réseaux sociaux est une tâche difficile qui peut cependant permettre de répondre à des problèmes intéressants : recommandation d'information, choix des meilleurs points d'entrée pour une diffusion, etc. La plupart des modèles proposés récemment sont des extensions des modèles à cascades et de seuil. Dans ces modèles, le processus de diffusion est basé sur les interactions entre les utilisateurs du réseau (la pression sociale), et ignore des caractéristiques importantes comme le contenu de l'information diffusé ou le rôle actif/passif des utilisateurs. Nous proposons une nouvelle famille de modèles pour prédire la façon dont le contenu se diffuse dans un réseau en prenant en compte ces nouvelles caractéristiques : le contenu diffusé, le profil des utilisateurs et leur tendance à diffuser. Nous montrons comment combiner ces caractéristiques et proposons une modélisation probabiliste pour résoudre le problème de la diffusion. Ces modèles sont illustrés et comparés avec d'autres approches sur deux jeux de données de blogs. Les résultats obtenus sur ces jeux de données montrent que prendre en compte ces caractéristiques est important pour modéliser le processus de diffusion. Enfin, nous étudions le problème de maximisation de l'influence avec ces modèles et prouvons qu'il est NP-difficile, avant de proposer une adaptation d'un algorithme glouton pour approcher la solution optimale
Predicting the diffusion of information in social networks is a key problem for applications like Opinion Leader Detection, Buzz Detection or Viral Marketing. Many recent diffusion models are direct extensions of the Cascade and Threshold models, initially proposed for epidemiology and social studies. In such models, the diffusion process is based on the dynamics of interactions between neighbor nodes in the network (the social pressure), and largely ignores important dimensions as the content diffused and the active/passive role users tend to have in social networks. We propose here a new family of models that aims at predicting how a content diffuses in a network by making use of additional dimensions : the content diffused, user's profile and willingness to diffuse. In particular, we show how to integrate these dimensions into simple feature functions, and propose a probabilistic modeling to account for the diffusion process. These models are then illustrated and compared with other approaches on two blog datasets. The experimental results obtained on these datasets show that taking into account these dimensions are important to accurately model the diffusion process. Lastly, we study the influence maximization problem with these models and prove that it is NP-hard, prior to propose an adaptation of the greedy algorithm to approximate the optimal solution
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Raux, Brigitt. "Développement d'inhibiteurs d'interaction protéine-protéine ciblant les protéines à bromodomaines : implications en épigénétique et dans le développement de cancers." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0521.

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Abstract:
Les protéines à bromodomaines (BCPs) sont notamment impliquées dans la régulation de la transcription de gènes et la signalisation cellulaire. Leur dérégulation conduit au développement pathologies, telles que les maladies inflammatoires, cardiovasculaires et plus particulièrement les cancers. Les BCPs sont capables de reconnaitre les lysines acétylées de protéines histones via leur module BromoDomaine(s) (BDs). Parmi les huit familles de BCPs, mon projet de thèse s’intéresse à la famille « BET ». Celle-ci, comprend quatre protéines constituées de deux BDs en tandem, formant deux sous-familles BD1 et BD2. L’architecture de la cavité centrale des BDs, qualifiée de « druggable », a permis l’émergence de ces protéines en tant que nouvelles cibles épigénétiques prometteuses. À ce jour, une vingtaine d’essais cliniques ont été initiés pour des molécules « pan-BET », inhibant l’ensemble des membres de cette famille. Cependant, l'inhibition « pan-BET » est problématique au niveau clinique puisqu’elle impacte de nombreuses voies de transcription et engendre l’apparition de cellules résistantes. Mon projet de thèse s’intègre au challenge actuel qui est de développer des inhibiteurs plus sélectifs, par exemple envers l’une des sous-familles BD1 ou BD2 ou plus idéalement envers un seul BD de la famille BET. Le développement de « sondes épigénétiques sélectives » ciblant des BDs de la famille BET, devrait permettre de décrypter leur rôle et leur mécanisme d’action dans les divers processus biologiques. L’identification de « candidat médicament » devrait aboutir à de nouvelles thérapies ciblées et de pallier les résistances liées à l’utilisation de molécules pan-BET inhibitrices
Bromodomain-containing proteins (BCPs) are especially involved in the regulation of gene transcription and cell signalling. Their dysregulation lead to the development of pathologies, such as inflammatory, cardiovascular diseases, and more particularly cancers. BCPs involved in the recognition of acetylated lysine of the histone tails, through their BromoDomain(s) module(s) (BDs). Among the eight families of BCPs, my thesis project focuses on the “BET” family. This family comprises four proteins which are composed of a tandem of two BDs each belonging to the BD1 or the BD2 subfamily. The architecture of the central cavity of the BDs, qualified as "druggable", allows the emergence of these proteins as new promising epigenetic targets. To date, about twenty clinical trials targeting different types of cancer have been initiated for "pan-BET" molecules that target all the members of this family. However, "pan-BET" inhibition is clinically problematic because it impacts many transcriptional pathways and causes the appearance of resistant cells. My thesis project is part of the current challenge is to develop more selective inhibitors, for example towards the BET-BD1 subfamily or the BET-BD2 subfamily or ideally towards one single BD inside the BET family. The development of such "selective epigenetic probes" targeting BET family BDs should allow deciphering their role and mechanism of action in various biological processes. Identifying "drug candidates" should lead to new targeted therapies and overcome the resistances related to the use of pan-BET molecules
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Boizard, Franck. "Application de la biologie des systèmes pour l'identification de marqueurs moléculaires des maladies rénales dans les fluides biologiques." Thesis, Toulouse 3, 2019. http://www.theses.fr/2019TOU30157.

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Abstract:
Les maladies rénales concernent 5 millions de personnes en France et ce nombre ne cesse de croître compte tenu de l'augmentation de l'espérance de vie et de l'évolution de nos modes de vie (sédentarité, alimentation). La prise en charge des malades est actuellement peu efficace en raison d'un diagnostic trop tardif et de notre méconnaissance des mécanismes complexes qui régissent leur progression. L'étude du protéome urinaire s'est imposée comme un excellent moyen pour découvrir des biomarqueurs des néphropathies et ainsi mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques. La biologie des systèmes permet d'exploiter l'information moléculaire contenue dans l'urine pour en déduire l'organisation globale des réseaux de régulation dans le tissu rénal malade. C'est dans ce contexte que se situe ce travail de thèse. Deux problématiques ont été abordées dans cette thèse : La première relève de la compréhension des mécanismes physiopathologiques : " Comment identifier de nouveaux acteurs clés dans le développement des maladies rénales à partir de l'analyse de la composition moléculaire de l'urine ? " . L'information du protéome urinaire se limitant majoritairement aux protéines excrétées, il est essentiel d'avoir à disposition des méthodes d'analyses bio-informatiques pour "remonter" aux protéines clés présentes dans le tissu rénal, mais non excrétées dans l'urine. Ce type de méthodes étant peu utilisé en néphrologie, nous avons développé un outil méthodologique fiable pour identifier in silico de nouveaux acteurs clés des maladies rénales à partir de l'analyse du protéome urinaire. Ce nouvel outil, appelé PRYNT (PRioritization bY causal NeTwork), repose sur l'utilisation des interactions protéine-protéine associée à une méthode de priorisation pour repérer les protéines du réseau qui interagissent préférentiellement avec les biomarqueurs protéines urinaires. La seconde problématique s'inscrit dans une démarche de médecine diagnostique, la question étant : " Comment détecter la présence d'une maladie rénale ou prédire son évolution à partir de l'analyse de la composition de l'urine ? ". J'ai développé une approche quantitative pour proposer une réponse à cette question. J'ai ensuite appliqué cette approche au métabolome de l'urine et au peptidome du liquide amniotique qui reflètent la fonction rénale. La modélisation et les méthodes statistiques permettent dans ce contexte de prédire la maladie
Kidney disease affects about 5 million people in France mostly due to the increase in life expectancy and the evolution of our lifestyles (sedentary living, diet). Patient management is currently largely ineffective due to late diagnosis and our lack of understanding of the complex mechanisms that govern its progression. The study of the urinary proteome has emerged as an excellent way to discover biomarkers of nephropathies and thus to better understand the underlying pathophysiological mechanisms. Systems biology allows the molecular information contained in urine to be used to understand the overall organization of the regulatory networks in the diseased kidney tissue. In my thesis we have applied systems biology with two aims : The first aim was to improve the understanding of the pathophysiological mechanisms of kidney disease based on the analysis of urine molecular composition. Since the information in urinary proteome is mainly limited to excreted proteins, it is essential to have bioinformatic analysis methods available to "trace back" the key proteins present in the kidney tissue, but not excreted in the urine. Since this type of method is not widely used in nephrology, I have developed a methodological tool to identify in silico new key actors in kidney disease from the analysis of the urinary proteome. This new tool, called PRYNT (PRioritization bY causal NeTworks), is based on the use of protein-protein interactions with a prioritization method to identify proteins in the network that preferentially interact with urinary protein biomarkers. The second aim of my thesis was to develop systems biology approaches for the detection and progression of kidney disease using the molecular composition of urine. We developed a quantitative approach to propose an answer to these questions. I then applied this approach to the analysis of the urinary metabolome and amniotic fluid peptidome. Modelling and statistical methods allowed in these contexts to predict the presence of kidney disease and its progression
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Nabaa, Michel. "Morphodynamique de réseaux viaires - Application au risque." Phd thesis, Université du Havre, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00623691.

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Abstract:
Le travail présenté dans cette thèse a pour cadre la prévention des risques et la gestion de crises nécessitant une évacuation. La structure du réseau viaire est étudiée mais également les processus de mobilité qui s'y développent. Nous utilisons en particulier des techniques d'intelligence en essaim pour étudier la morphodynamique du réseau. La prévention des risques est considérée en analysant la vulnérabilité du réseau représenté par un multigraphe. Sa structure est étudiée à différents niveaux d'échelle, par des méthodes de calcul de la centralité d'intermédiarité et de clustering hiérarchique. La gestion de crise lors d'une évacuation a aussi été traitée et a conduit à l'étude de la dynamique des déplacements au sein du réseau routier et à un traitement et une analyse multi-échelle. Nous avons développé un modèle microscopique de trafic ainsi qu'un modèle de microévacuation permettant d'organiser une évacuation depuis l'occurrence de la crise jusqu'à l'évacuation des véhicules en passant par la délimitation d'éventuelles zones en danger et par les stratégies de choix d'itinéraires afin de les évacuer. Le modèle est adaptatif, il prend en compte la structure du multigraphe, la vulnérabilité des éléments à différents niveaux d'échelle, les événements inattendus lors d'une évacuation et permet d'amener des éléments de réponse aux décideurs gérant le risque.
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Charbaut, Elodie. "Parenté et diversité fonctionnelles des protéines de la famille de la stathmine." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066049.

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Achoch, Mounia. "Méthodes d’apprentissage et approches expérimentales appliqués aux réseaux d’interfaces protéiques." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015GREAA022/document.

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Abstract:
Cette étude s’inscrit dans le cadre d’un problème biologique et son objectif est de comprendre les mécanismes d’assemblage des protéines. L’assemblage d’une protéine en oligomère est particulièrement important car il est impliqué dans de nombreuses pathologies allant de l’infection bactérienne aux maladies de type Alzheimer ou même des cancers. L’assemblage protéique est un mécanisme de combinaison de deux ou plusieurs chaînes protéiques, il est aussi par ailleurs souvent utilisé par les organismes vivants pour déclencher une activité biologique. La sous unité B de la toxine du choléra(CtxB5), qui appartient à la famille des toxines AB5, est étudiée comme modèle principal de l’assemblage. Des résultats expérimentaux ont fourni des informations sur l’assemblage de la toxine mettant en avant l’implication de certains acides aminés. La première question que j’ai abordée pendant ma thèse était de comprendre leur rôle et de voir si les approches réseaux étaient pertinentes pour y répondre. J’ai pu montrer en utilisant des mutations d’acides aminés que ces derniers s’influençaient entre eux suivant des mécanismes en cascade ou de « Peer to Peer » afin de coordonner les étapes de l’assemblage (les chapitres 4, 5 et 6). La structure et la fonction des protéines sont définies par des séquences d’acides aminés qui varient naturellement en raison de mutation génétique. J’ai donc décidé d’élargir ce champ d’investigation pour voir si le mécanisme en cascade était généralisable comme moyen de perturber une structure de protéine par le biais d’une mutation. Ici il s’agit de comprendre les changements de structure liés à des mutations et pouvant menés à des maladies. J’ai tout d’abord étudié des jeux de données pour connaître les caractéristiques réseaux de protéines saines (chapitre 7, 8 et 9), avant de regarder l’effet de la mutation systématique de chacun des acides aminés de CtxB5 sur sa structure globale (chapitre 10 et 11). Les mutations peuvent engendrer des changements de structure modérés ou très grand autour de l’acide aminé muté ou à des distances très éloignées. Ces résultats sont consistants avec tous les effets connus de mutation : robustesse (maintien de la fonction), évolution ou adaptation (émergence d’une nouvelle fonction) et fragilité (pathologies). Les résultats montrent aussi une faible corrélation entre le nombre de contacts d’un acide aminé et la quantité de changement structuraux induit par sa mutation. Il n’est donc pas simple d’anticiper l’effet d’une mutation : Le dernier chapitre de ma thèse aborde ce problème (chapitre 12)
The aim of this study is to understand protein assembly mechanisms. The assembly of a protein in an oligomer is particularly important because it is involved in many pathologies going from bacterial infection, Alzheimer like diseases or even some cancers. Protein assembly is the combination of two or more protein chains to induce a biological activity. The B subunit of the cholera toxin pentamer (CtxB5), which belongs to the family of AB5 toxins, is studied as the main model of assembly. Experimental results have provided information on the assembly of the toxin highlighting the involvement of certain amino acids. The first problem addressed in my thesis is to understand their role and see if network approaches are relevant to such investigation. I was able to show using amino acid mutations, that amino acids influence each other by cascade or "peer to peer" mechanisms in order to coordinate the various steps of the assembly (Chapters 4, 5 and 6). The structure and function of the proteins are defined by amino acid sequences which naturally vary due to genetic mutation. So I decided to expand this field of investigation to see if the cascade mechanism was generalized as a mean of disrupting a protein structure. Here it is to understand how a protein loses its function by way of a significant change of structure upon mutation. First, I studied dataset to know the characteristics of healthy protein networks (Chapter 7, 8 and 9), and after I looked at the effects of the systematic mutation of each amino acid of CtxB5 on its overall structure (Chapter 10 and 11). Mutations led from moderate to very large structural changes around the mutated amino acid or at long distances. These results are consistent with known effects of mutation: robustness (maintenance function), evolution or adaptation (emergence of a new feature) and fragility (pathologies). The results also show a weak correlation between the number of amino acid contacts of the mutated amino acid and the amount of structural change induced by its mutation. It is therefore not easy to anticipate the effect of a mutation: The last chapter of my thesis addresses this problem (Chapter 12)
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Guillaume, Jean-Loup. "Analyse statistique et modélisation des grands réseaux d'interactions." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00011377.

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Abstract:
L'étude des grands réseaux d'interactions, ou réseaux rencontrés dans des contextes pratiques, vise à expliquer les interactions entre les différents individus d'un réseau par l'étude des grandes lois le gouvernant et à comprendre les divers phénomènes pouvant se produire sur ces réseaux. Cette thèse, divisée en trois parties, est consacrée à l'étude de ces réseaux.
La première partie est centrée sur l'analyse des réseaux et fait un point critique sur les réseaux étudiés et les paramètres introduits pour mieux comprendre leur structure. Un certain nombre de ces paramètres sont partagés par la majorité des réseaux étudiés et justifient l'étude de ceux-ci de manière globale.
La seconde partie qui constitue le coeur de cette thèse s'attache à la modélisation des grands réseaux d'interactions, c'est-à-dire la construction de graphes artificiels semblables à ceux rencontrés en pratique. Ceci passe tout d'abord par la présentation des modèles existants puis par l'introduction d'un modèle basé sur certaines propriétés non triviales qui est suffisamment simple pour que l'on puisse l'étudier formellement ses propriétés et malgré tout réaliste.
Enfin, la troisième partie est purement méthodologique. Elle permet de présenter la mise en pratique des parties précédentes et l'apport qui en découle en se basant sur trois cas particuliers : une étude des échanges dans un réseau pair-à-pair, une étude de la robustesse des réseaux aux pannes et aux attaques et enfin un ensemble de simulations visant à estimer la qualité des cartes de l'Internet actuellement utilisées.
Cette thèse met en lumière la nécessité de poursuivre les travaux sur les grands réseaux d'interactions et pointe plusieurs pistes prometteuses, notamment sur l'étude plus fine des réseaux, que ce soit de manière pondérée ou dynamique. Mais aussi sur la nécessité d'étudier de nombreux problèmes liés à la métrologie des réseaux pour réussir à capturer leur structure de manière plus précise.
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