Academic literature on the topic 'Réseaux d'interaction de protéines'
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Journal articles on the topic "Réseaux d'interaction de protéines"
Brisson, Par Alain. "Les réseaux de protéines sur supports solides." Biofutur 1999, no. 190 (June 1999): 22–24. http://dx.doi.org/10.1016/s0294-3506(99)80195-1.
Full textFraternali, Franca. "Bricoler avec les réseaux d’interactions protéines-protéines, leurs structures et leurs mutations associées aux maladies." Biologie Aujourd'hui 211, no. 3 (2017): 223–28. http://dx.doi.org/10.1051/jbio/2017031.
Full textMcNutt, Kathleen. "Research Note: Do Virtual Policy Networks Matter? Tracing Network Structure Online." Canadian Journal of Political Science 39, no. 2 (June 2006): 391–405. http://dx.doi.org/10.1017/s0008423906060161.
Full textPierre, Karin Domnick. "Amélioration du bien-être en milieu de travail : un défi pour le programme d’aide aux employés." Santé mentale au Québec 10, no. 2 (June 7, 2006): 171–75. http://dx.doi.org/10.7202/030307ar.
Full textDenoeud-Belgacem, Lucile. "Recherche de classes empiétantes dans un graphe : application aux réseaux d’interactions entre protéines." Mathématiques et sciences humaines, no. 187 (December 30, 2009): 7–42. http://dx.doi.org/10.4000/msh.11106.
Full textLeroux, Élodie, Romain Perbet, Luc Buée, and Morvane Colin. "Les vésicules extracellulaires." médecine/sciences 37, no. 12 (December 2021): 1133–38. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/2021205.
Full textSANCHEZ, Marie-Pierre, Valérie WOLF, Cécile LAITHIER, Mohammed EL JABRI, Éric BEUVIER, Odile ROLET-RÉPÉCAUD, Nicolas GAUDILLIÈRE, et al. "Analyse génétique de la « fromageabilité » du lait de vache prédite par spectrométrie dans le moyen infrarouge en race Montbéliarde." INRAE Productions Animales 32, no. 3 (November 29, 2019): 379–98. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2019.32.3.2950.
Full textServais, P., P. Laurent, and G. Randonl. "Mesure de la biomasse et de l'activité bactérienne dans l'eau de distribution." Revue des sciences de l'eau 5, no. 4 (April 12, 2005): 473–88. http://dx.doi.org/10.7202/705142ar.
Full textNatij, Salah. "La nuit inaugurale de Kitāb al-Imtā' wa-l-mu'ānasa d'Abū Hayyān al-Tawhīdī: une leçon magistrale d'adab." Arabica 55, no. 2 (2008): 227–75. http://dx.doi.org/10.1163/157005808x310642.
Full textAhiwe, E. U., H. O. Obikaonu, O. E. Kadurumba, T. C. Iwuji, O. O. Emenalom, and E. B. Etuk. "Climate change and youth unemployment challenges in Nigeria: The poultry production option." Nigerian Journal of Animal Production 48, no. 4 (March 8, 2021): 107–20. http://dx.doi.org/10.51791/njap.v48i4.2992.
Full textDissertations / Theses on the topic "Réseaux d'interaction de protéines"
Souiai, Oussema. "Analyses et prédictions bioinformatiques de réseaux d'interactions protéine-protéines contextualisés." Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX22039.
Full textThis work aims at contextualizing and studying contextualized protein interaction networks. The first topic of my investigations is about predicting and analyzing tissular interactomes. Combined functional and topological analyses were performed. The combination of these features highlighted the existence of a functional core centrally located dedicated to housekeeping functions, central tissue-specific interactions involved in regulatory and developmental functions and peripheral tissue-specific interactions involved in organ physiological functions. This gradient of functions recapitulates the organization of organs, from cells to organs. The second topic of my thesis is the contextualization of macrophage interaction network. To infer the most likely macrophage interactome, we integrated the PPI dataset with other type of meta-data, statistically evaluated them and proposed a macrophage-contextualized interactome. The set of selected interactions is enriched in : experimentally verified interactions and immune related Biological Processes. The functional analysis of such networks brings valuable information on the cellular and molecular mechanisms sustaining the infection
Brouard, Céline. "Inférence de réseaux d'interaction protéine-protéine par apprentissage statistique." Phd thesis, Université d'Evry-Val d'Essonne, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00845692.
Full textDiss, Guillaume, and Guillaume Diss. "Architecture et évolution des réseaux d'interactions protéines-protéines : exploration de la carte génotype-phénotype." Doctoral thesis, Université Laval, 2014. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25454.
Full textTableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdorales, 2014-2015
La question des bases structurales du phénotype et de sa variation est une des questions les plus anciennes de la biologie. Le paradigme actuel stipule que le phénotype est exprimé à partir du génotype au travers de réseaux moléculaires dont l’architecture structure l’information génétique. Cette description mécanistique de la carte génotype-phénotype implique que c’est par la perturbation de l’architecture de ces réseaux que des variations génotypiques mènent à des modifications du phénotype. Les protéines constituant le principal vecteur de l’information génétique, comprendre la carte génotype-phénotype requiert de comprendre comment les variations génotypiques perturbent l’architecture du réseau d’interactions protéines-protéines. Au cours de cette thèse, nous avons développé une méthode permettant d’étudier chez la levure Saccharomyces cerevisiae l’impact de la délétion des gènes sur les interactions entre protéines. Nous avons appliqué cette méthode à l’étude des mécanismes moléculaires de la robustesse par lesquels le réseau d’interactions protéines-protéines filtre les variations génotypiques pour préserver le phénotype. Nous avons mis au jour un mécanisme de compensation fonctionnelle entre gènes paralogues basé sur la compensation des interactions protéines-protéines et expliquant un lien entre génotype et phénotype qui était mal compris jusqu’alors. En outre, en appliquant notre méthode à l’identification des régulateurs de la Protéine Kinase A, nous avons approfondi les connaissances sur la façon dont les maîtres régulateurs coordonnent les processus cellulaires et maintiennent l’homéostasie, une propriété distribuée de la robustesse. Ces résultats, et ceux qui seront produits à l’avenir par l’application de cette méthode, promettent une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires par lesquels l’information génétique est transmise du génotype au phénotype, condition essentielle à la compréhension du vivant et de son évolution.
La question des bases structurales du phénotype et de sa variation est une des questions les plus anciennes de la biologie. Le paradigme actuel stipule que le phénotype est exprimé à partir du génotype au travers de réseaux moléculaires dont l’architecture structure l’information génétique. Cette description mécanistique de la carte génotype-phénotype implique que c’est par la perturbation de l’architecture de ces réseaux que des variations génotypiques mènent à des modifications du phénotype. Les protéines constituant le principal vecteur de l’information génétique, comprendre la carte génotype-phénotype requiert de comprendre comment les variations génotypiques perturbent l’architecture du réseau d’interactions protéines-protéines. Au cours de cette thèse, nous avons développé une méthode permettant d’étudier chez la levure Saccharomyces cerevisiae l’impact de la délétion des gènes sur les interactions entre protéines. Nous avons appliqué cette méthode à l’étude des mécanismes moléculaires de la robustesse par lesquels le réseau d’interactions protéines-protéines filtre les variations génotypiques pour préserver le phénotype. Nous avons mis au jour un mécanisme de compensation fonctionnelle entre gènes paralogues basé sur la compensation des interactions protéines-protéines et expliquant un lien entre génotype et phénotype qui était mal compris jusqu’alors. En outre, en appliquant notre méthode à l’identification des régulateurs de la Protéine Kinase A, nous avons approfondi les connaissances sur la façon dont les maîtres régulateurs coordonnent les processus cellulaires et maintiennent l’homéostasie, une propriété distribuée de la robustesse. Ces résultats, et ceux qui seront produits à l’avenir par l’application de cette méthode, promettent une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires par lesquels l’information génétique est transmise du génotype au phénotype, condition essentielle à la compréhension du vivant et de son évolution.
The question of the structural bases of the phenotype and of its evolution is one of the oldest questions in biology. The present paradigm states that the phenotype is expressed from the genotype through molecular networks, the architecture from which structures genetic information. This mechanistic description of the genotype-phenotype map implies that it is through by perturbing of the architecture of these networks that genotypic variations lead to phenotypic modifications. Since proteins are the main vector of genetic information, understanding the genotype-phenotype map requires the understanding of how genotypic variations perturb the architecture of the protein interaction network. In the course of this thesis, we developped a methodology that allows to study the impact of gene deletions on the interactions between proteins in the yeast Saccharomyces cerevisiae. We applied this method to the study of the molecular mechanisms of robustness by which the protein interaction network filters genotypic variations to preserve the phenotype. We uncovered un mechanism of functional compensation between paralogous genes that is based on protein-protein interaction compensation and that explains the poorly understood link between genotype and phenotype. Moreover, we applied our method to the identification of regulators of Protein Kinase A and deepened our knowledge of how master regulators coordinate cellular processes and maintain homeostasis, a distributed property of robustness. These results, and the ones that will be produced in the future by applying this method, promise a better understanding of the molecular mechanisms through which genetic information is transmitted from the genotype to the phenotype, an essential condition for the understanding of life and its evolution.
The question of the structural bases of the phenotype and of its evolution is one of the oldest questions in biology. The present paradigm states that the phenotype is expressed from the genotype through molecular networks, the architecture from which structures genetic information. This mechanistic description of the genotype-phenotype map implies that it is through by perturbing of the architecture of these networks that genotypic variations lead to phenotypic modifications. Since proteins are the main vector of genetic information, understanding the genotype-phenotype map requires the understanding of how genotypic variations perturb the architecture of the protein interaction network. In the course of this thesis, we developped a methodology that allows to study the impact of gene deletions on the interactions between proteins in the yeast Saccharomyces cerevisiae. We applied this method to the study of the molecular mechanisms of robustness by which the protein interaction network filters genotypic variations to preserve the phenotype. We uncovered un mechanism of functional compensation between paralogous genes that is based on protein-protein interaction compensation and that explains the poorly understood link between genotype and phenotype. Moreover, we applied our method to the identification of regulators of Protein Kinase A and deepened our knowledge of how master regulators coordinate cellular processes and maintain homeostasis, a distributed property of robustness. These results, and the ones that will be produced in the future by applying this method, promise a better understanding of the molecular mechanisms through which genetic information is transmitted from the genotype to the phenotype, an essential condition for the understanding of life and its evolution.
Bertin, Nicolas. "D'une représentation statique à un modèle dynamique des réseaux d'interaction protéine-protéine." Montpellier 2, 2006. http://www.theses.fr/2006MON20124.
Full textTo further understand biological processes, it is important to consider gene functions in the context of complex molecular networks. I joined the lab of Marc Vidal in January 2001, in the midst of its effort to decipher at the scale of the proteome the complex network of protein-protein interactions in the metazoan model organism C. Elegans. To accomplish such a task, one has to first generate a physical resource of coding sequences that can be used in yeast two-hybrid (Y2H) screenings, as well as various other functional assays. In this respect, I participated in the development of a bioinformatics platform facilitating the cloning of 12,000 of the 19,000 predicted Open Reading Frames (ORFs) in C. Elegans (Nature Genetics 2003). This platform was subsequently used in two similar efforts to generate the ORFeome of the pathogen bacteria B. Melitensis (Genome Research 2004a) (96% of the predicted ORFs of B. Melitensis were cloned) and a first version of the human ORFeome containing approximately 8,000 ORFs (Genome Research 2004b). Using the C. Elegans ORFeome resource, a huge team effort led to the generation of one of the first metazoan interactomes, uncovering the network formed by 5,500 protein-protein interactions (Science 2004). My involvement in that project was the development of a bioinformatics pipeline allowing an efficient acquisition of the data generated by the high-throughput Y2H screenings, as well as tools to integrate this dataset with the huge body of transcriptional and phenotypic data available. I have demonstrated that currently known protein-protein interactions cover only a small portion of the full interactomes (Nature Biotechnology 2005). Nevertheless, they can be used as a scaffold on which other functional information can be overlaid to improve our understanding of key biological processes. By creating tools to bring together genetic, transcriptional and functional data into the interactome, I participated in the discovery of new functional links between genes expressed in the germline of C. Elegans (Current Biology 2002), as well as the uncovering of new components involved in the TGF-beta signaling pathway (Molecular Cell 2004), the RNAi machinery (Science 2005) and C. Elegans embryogenesis (Nature 2005). All of these studies generated testable hypotheses that strengthened the implication of those new functional links in each of the biological processes investigated. The integration of functional datasets can also be used to reveal emergent properties of biological networks. Taking advantage of the wealth of proteomic, transcriptional and genetic data available for S. Cerevisiae, I have shown that the genetic robustness of the yeast is linked to the modular and hierarchical nature of the topology of its interactome (Nature 2004 and recent submission PloS Biology). While the static nature of current interactomes can be partially overcome by integrating transcriptome and interactome data in unicellular organisms (Nature 2004 and recent submission to PloS Biology), such approaches remain limited for multicellular organisms such as C. Elegans. To decipher the dynamics of the worm interactome, one has to determine the localizations of the expression of its genes in space and in time. Therefore, I joined a high-throughput genome wide expression localization project. The originality of this project resides in a standardized and high-throughput data acquisition of in vivo gene reporter assays allowing the gathering of both spatial as well as temporal expression patterns for nearly 2,000 C. Elegans promoters. This new biological map, the "localizome", will be used to not only refine the current static interactome and define tissue-specific interactomes, but also to gain a system-level understanding of gene regulation during the post-embryonic development of C. Elegans (under consideration in Nature)
Marois-Blanchet, François-Christophe. "Le rôle de la régulation transcriptionnelle dans l'évolution des réseaux d'interaction protéine-protéine." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28445/28445.pdf.
Full textEvolution by gene duplication is considered one of the most important mechanisms of evolutionary innovation. What is less known and highly debated is the relative role of the divergence of transcriptional regulation and the divergence of protein coding sequence in the evolution of molecular networks. We developed a method aimed at evaluating the role of transcriptional regulation in the divergence of protein-protein interactions among duplicated genes in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Our results demonstrate that our approach can be used effectively to test if divergence of protein-protein interaction profiles can be explained by the divergence of transcriptional regulation or the divergence of coding sequences. We found evidence supporting different scenarios, whereby expression regulation has a large effect, no effect or little effect on protein-protein interaction profiles of paralogous proteins. Our method can be brought to large scale and help elucidate the importance of gene transcriptional regulation in evolution of complex cellular networks.
Chesneau, Alban. "Génération et utilisation d'un réseau d'interaction protéine/protéine : Exemple des protéines de remodelage de la chromatine chez C. elegans." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20029.
Full textBaussand, Julie. "Evolution des séquences protéiques : signatures structurales hydrophobes et réseaux d'acides aminés co-évolués." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066011.
Full textPeysselon, Franck. "Désordre intrinsèque et analyses de réseaux d'interactions extracellulaires : des protéines et polysaccharides aux interactions hôte-Leishmania." Thesis, Lyon 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LYO10317.
Full textBiomolecules perform their functions by interacting with other molecules. The identification of all biomolecules and their interactions is required to build their interaction networks. Their structural and functional analysis with bioinformatics tools (BiNGO, DAVID) allow us to identify the key biomolecules, to predict new protein functions and to understand and model the molecular mechanisms of biological or pathological process. Intrinsically disordered proteins or regions, which are characterized by structural plasticity, may interact with many partners and may play a role in the interaction networks. Using the predictor IUPred we mapped the intrinsic disorder in protein interaction networks of the extracellular matrix and of the proteoglycans constructed from the MatrixDB database developed in the laboratory. We have shown that the highest connected proteins of these two networks are not enriched in disorder. The molecular functions overrepresented in the set of extracellular proteins containing at least 50% of intrinsically disordered residues are interactions with growth factors or glycosaminoglycans. We studied a dataset of heparin-protein interactions including 118 kinetic values and we have shown that the association rate of proteins with heparin is related to the intrinsic disorder of heparin-binding sites. We also studied the interactions of the extracellular matrix with a pathogen, the parasite Leishmania. We have shown that proteins secreted by Leishmania are not enriched in disorder compared to their proteome. We have selected eleven parasite proteins containing at least three interaction motifs, which may interact with the host
Tiouajni, Mounira. "Caractérisation structurale et fonctionnelle du réseau d'interaction du Gelatin Binding Domain de la fibronectine humaine." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA114820.
Full textThe extracellular matrix (ECM) is involved in a number of biological pathways associated with the cell migration, differentiation, adhesion and is also implicated in several pathological events. The cohesion of the ECM is accomplished by a highly organized protein complex network on the cell surface. The Gelatin Binding Domain (GBD) (⁶FI¹²FII ⁷⁸⁹FI) of the N-terminal region of fibronectin is found to interact with the transglutaminase 2 (TG2), collagen type I and the bacterial adhesion protein FNE. In this study, we conducted the structural and functional characterization of the protein complexes involved in the cohesion of ECM. The interactions between either TG2 or FNE and GBD have been characterized and the regions responsible for the interactions have also been mapped. Furthermore, we studied TG2/GBD and FNE/GBD complex by SAXS and built two models underscoring the interactions between (1), the GBD and the Nterminus of TG2 and (2), FNE and the sub-fragment ⁷⁸⁹FI of GBD providing insights on mechanistically elucidating the protein interactions during the cohehsion of ECM. The X-ray structure of the protein FNE of Streptococcus equi has been determined at 1.8 Å, by using an original tool that facilitates obtaining crystals
Brohée, Sylvain. "Etude bioinformatique du réseau d'interactions entre protéines de transport ches les Fungi." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2008. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210432.
Full textL'objectif global de notre travail consiste à combler ces lacunes et à préciser les interactions entre protéines membranaires chez la levure Saccharomyces cerevisiae et plus précisément, entre les transporteurs. Nous avons commencé notre travail par l'étude d'un jeu de données d'interactions à grande échelle entre toutes les perméases détectées par une méthode de double hybride spécialement adaptée aux protéines insolubles (split ubiquitin). Premièrement, la qualité des données a été estimée en étudiant le comportement global des données et des témoins négatifs et positifs. Les données ont ensuite été standardisées et filtrées de façon à ne conserver que les plus significatives. Ces interactions ont ensuite été étudiées en les modélisant dans un réseau d'interactions que nous avons étudié par des techniques issues de la théorie des graphes. Après une évaluation systématique de différentes méthodes de clustering, nous avons notamment recherché au sein du réseau des groupes de protéines densément interconnectées et de fonctions similaires qui correspondraient éventuellement à des complexes protéiques. Les résultats révélés par l'étude du réseau expérimental se sont révélés assez décevants. En effet, même si nous avons pu retrouver certaines interactions déjà décrites, un bon nombre des interactions filtrées semblait n'avoir aucune réalité biologique et nous n'avons pu retrouver que très peu de modules de protéines de fonction semblable hautement inter-connectées. Parmi ceux-ci, il est apparu que les transporteurs d'acides aminés semblaient interagir entre eux.
L'approche expérimentale n'ayant eu que peu de succès, nous l'avons contournée en utilisant des méthodes de génomique comparative d'inférence d'interactions fonctionnelles. Dans un premier temps, malgré une évaluation rigoureuse, l'étude des profils phylogénétiques (la prédiction d'interactions fonctionnelles en étudiant la corrééélation des profils de présence - absence des gènes dans un ensemble de génomes), n'a produit que des résultats mitigés car les perméases semblent très peu conservées dès lors que l'on considère d'autres organismes que les \
Doctorat en Sciences
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