Dissertations / Theses on the topic 'Réseau de régulation traductionnelle'
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Pontheaux, Florian. "Activité traductionnelle et dynamique mitotique induites par la fécondation chez l’oursin." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2022. http://www.theses.fr/2022SORUS209.
Full textAbstract:
La régulation fine de la traduction pour la dynamique du cycle cellulaire est un sujet important dans la recherche cellulaire. Au cours de ma thèse, j'ai analysé les relations entre l’activité traductionnelle des ARNm et les divisions embryonnaires mitotiques d'oursins. La fécondation de l'œuf déclenche l'activation de la machinerie traductionnelle nécessaire à la reprise des divisions mitotiques. Un réseau de régulation traductionnelle (TlRN), indépendant de la transcription, reste à identifier et à caractériser en amont des acteurs du cycle cellulaire. A la recherche d'activités mitotiques pour visualiser la dynamique spatiale à l'intérieur d'œufs, j'ai obtenu des données originales montrant l'activité dynamique et spatiale du complexe mitotique CyclinB/CDK1 et la phosphorylation de l'histone H3 sur la thréonine 3 (pH3T3) pendant la mitose embryonnaire. Ensuite, j'ai analysé le rôle in vivo de 5'UTR spécifiques pour contrôler le recrutement d'ARNm dans les polysomes actifs après la fécondation. Enfin, j'ai montré que la traduction de l'ARNm codant pour eIF4B (facteur d'initiation eucaryote 4B) contrôle l'activité traductionnelle et la dynamique des deux premières divisions mitotiques induites par la fécondation. Je propose qu'eIF4B agisse comme un régulateur positif au sein du TlRN. Ces données permettront d'étudier l'effet potentiel d'eIF4B sur les activités CDK1 et pH3T3Fine tuning of translation for cell cycle dynamics remains an important topic in cell research. During my thesis, I analyzed the relationships between mRNA translational activity and mitotic cell division using sea urchin embryos. Egg fertilization triggers the activation of the translational machinery, which is required for resuming the first mitotic division, independently of any transcription. A Translational Regulatory Network (TlRN) remains to be identified and characterized upstream of the cell cycle actors. Seeking mitotic activities that can help visualize spatial dynamics inside isolated eggs, I obtained original data showing the spatial and dynamic activity of the mitotic complex CyclinB/CDK1 and the phosphorylation of histone H3 at threonine 3 (pH3T3) during embryonic mitosis. Then, I analyzed the in vivo role of specific 5’UTR for controlling the mRNA recruitment onto active polysome following fertilization. Finally, I showed that the translation of the mRNA encoding for eIF4B (eukaryotic Initiation Factor 4B) controls the translational activity and dynamics of the first two mitotic divisions induced by fertilization. I propose that eIF4B acts as a positive regulator within the TlRN. These data will allow to study the potential effect of eIF4B acting upstream the spatial dynamics of CDK1 and pH3T3 activities
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Garin, Alexandre. "Régulation transcriptionnelle et traductionnelle du gène CX3CR1." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066130.
Full text
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Friedel, Perrine. "Régulation post traductionnelle du co-transporteur potassium-chlorure KCC2." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM4018.
Full textAbstract:
Le co-transporteur potassium-chlorure 2, KCC2, contrôle la concentration intracellulaire des ion chlorure (Cl-) dans les neurones matures et régule ainsi la force inhibitrice de l'acide γ-amino butyrique (GABA) et de la glycine, principaux neurotransmetteurs inhibiteurs du système nerveux central. Plusieurs troubles neurologiques sont associés à une diminution de l'expression de KCC2, qui se traduit par l'hyperexcitabilité du réseau neuronal. L'objectif de ce travail de thèse était d'identifier et caractériser les éléments structuraux de la protéine qui sont impliqués dans la régulation de son activité d'un point de vue physiologique et pathologique. J'ai développé de nouvelles approches pour enregistrer l'activité de transporteur d'ions ainsi que l'expression membranaire de KCC2. Ces outils m'ont permis de caractériser de nouveaux éléments structuraux qui régulent le fonctionnement de cette protéine, à savoir, son insertion dans la membrane plasmique, son internalisation ou encore son activité intrinsèque de transporteur d'ions. Enfin, nous avons montré que deux mutations (R952H et R1049C), identifiées chez des patients atteints d'épilepsie idiopathique généralisée (EIG), entrainent la diminution de l'expression membranaire de la protéine et de sa fonction de transporteur de Cl- in vitro. Nos résultats changent la vision actuelle du rôle fonctionnel des régions de KCC2, soulignent l'importance d'étudier l'expression membranaire de la protéine, conjointement à son activité de transporteur, et enfin, démontrent pour la première fois que des mutations sur le gène KCC2, retrouvées chez des patients atteints d'EGI, peuvent perturber le fonctionnement du transporteurThe potassium chloride co-transporter 2, KCC2, controls the intracellular chloride (Cl-) concentration in mature neurons and thus regulates the inhibitory forces of γ-amino butyrique (GABA) and glycine, the major inhibitory neurotransmitters in the central nervous system. Several neurological disorders are associated with down-regulation of KCC2 expression, resulting in hyperexcitability of neural network. The aim of this thesis was to identify and characterize the structural elements of the protein involved in the regulation of its activity under physiological and pathological conditions. I developed new approaches to record ion-transport activity and membrane expression of KCC2. These tools allowed me to characterize new structural elements regulating the functioning of the protein, namely insertion into plasma membrane, internalisation or intrinsic activity of ion-transport. Finally, we showed that two mutations (R952H and R1049C) identified in patients with idiopathic generalized epilepsy (IGE), cause the decrease in membrane protein expression and its function of Cl-transporter in vitro. Our results change the current view on the functional role of KCC2 regions, emphasize the importance of studying membrane protein expression, together with its transporter activity, and finally, demonstrate for the first time that mutations in the KCC2 gene found in patients with EGI, may interfere with transporter function
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Latrèche, Lynda. "Synthèse et régulation des sélénoprotéines humaines." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066476.
Full textAbstract:
Le sélénium est un oligo-élément incorporé, sous forme de sélénocystéine (Sec) le 21ème acide aminé, dans les sélénoprotéines. Leur synthèse résulte du recodage traductionnel du codon stop UGA en Sec. Chez les eucaryotes, ce processus repose sur une structure secondaire en 3’UTR des ARNm des sélénoprotéines, l’élément SECIS et de facteurs agissant en trans : le sec-ARNtSer[Sec], son facteur d’élongation EFsec, et les protéines SBP2 et L30 qui lient le SECIS sur le même motif. Des études suggèrent une régulation traductionnelle qui permet le maintien des sélénoprotéines essentielles, illustrant une hiérarchisation fine au niveau tissulaire et cellulaire. Mon hypothèse de travail propose que la dynamique de l’élément SECIS et ses interactions directes ou non avec les facteurs de recodage sont au cœur de la régulation de l’insertion de Sec. J’ai caractérisé fonctionnellement les 26 éléments SECIS du génome humain et défini les déterminants majeurs qui contrôlent leur influence sur le recodage. J’ai aussi établi que la diminution de l’efficacité de recodage suite à l’extinction de l’expression de SBP2 est liée à la nature de l’élément SECIS, contrairement à EFsec.
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Forget, Antoine. "Régulation post-traductionnelle de deux inhibiteurs du cycle cellulaire p18Ink4c et p19Ink4d." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077231.
Full textAbstract:
La progression au cours du cycle cellulaire est inhibée par deux familles spécifiques d'inhibiteurs, les CIP/KIP et les INK4s. Les gènes ou protéines de ces deux familles sont très fréquemment altérés dans les cancers humains. Ainsi, l'expression de la famille des CIP/KIP peut être diminuée par des altérations affectant leurs gènes, ou la régulation de leurs niveaux protéiques par le système ubiquitine-proteasome (UPS). La diminution de l'expression des INK4s a quant à elle été décrite comme résultant exclusivement d'événements génétiques (délétions, mutations et méthylations de leur promoteurs). Cependant, la régulation post-traductionnelle des INK4s par l'UPS dans les tumeurs humaines a été est très peu caractérisée. Parmi les quatre gènes de la famille INK4s, seuls INK4A, INK4B et INK4C sont des gènes suppresseurs de tumeurs. Le quatrième, INK4D n'est pas altéré dans les tumeurs humaines. Cette étude démontre que p18Ink4c peut être poly-ubiquitinilé, confirme celle de p19Ink4d et prouve que la demi-vie de p18Ink4c (12Hr) es plus longue que celle de p19Ink4d (2Hr). Elle corrèle également l'augmentation de l'ubiquitinilation de ces deux protéines avec la baisse de leur demi-vie. Enfin, l'ubiquitinilation de ces deux protéines est sujette à une régulation opposé de la part de leur partenaire : l'ubiquitinilation de p18Ink4c est augmenté en présence de la cycline Dl alors qu'elle diminue en présence de Cdk4/6 ; les résultats inverse étant observé pour p19Ink4d. Ces résultats suggèrent que les niveaux protéiques des INK4s sont régulés de manière spécifique. Cette régulation pourrait être impliquée dans la genèse tumorale tout comme c'est le cas de la famille CIP/KIPThe cell cycle progression is inhibited by two families of cell cycle inhibitors: the CIP/KIP and INK4 families. The genes and proteins of those two families are frequently altered in human cancer. The expression of the CIP/KIP family can be diminished by gene deletion or by deregulation of there protein levels by the ubiquitin-proteasome System (UBS). On the other hand INK4 loss of expression seems to be only due to genetics events (deletions mutations and promoters methylation). However, the post-traductional regulation of INK4s by the UBS in human tumors has not been thoroughly studied. Among the four INK4s genes, only INK4A, INK4B and INK4C are tumour suppressors as alterations of INK4D have never been reported in human tumours. This study shows that p!8Ink4c can be poly-ubiquitinilated, confirmed p19Ink4d poly-ubiquitination and demonstrate that p18Ink4chalf life (12Hr) is greater than pl9Ink4d's (2hr). There half life is correlated with there ubiquitinilation status. The protein partners of p18Ink4c and p19Ink4d have opposite effect on there ubiquitinilation: in presence of cyclin Dl, p18Ink4c ubiquitinilation levels increases while it decreases with the Cdk4 and 6 proteins; the reverse observation is made for p19Ink4d. These results suggest that Ink4s proteins levels are specifîcally regulated by the UBS. This regulation could be implicated in tumorogenesis like it is for the CIP/KIP family
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Gonzalez, Herrera Irma Gabriela. "Etude in vivo de la régulation traductionnelle de l'expression du facteur FGF-2." Toulouse 3, 2004. http://www.theses.fr/2004TOU30097.
Full textAbstract:
Dans le premier chapitre, une étude bibliographique présente les carbènes stables, en mettant l'accent sur progrès réalisés depuis leur isolation. Dans le second chapitre, le réarrangement original d'un amino-aryl-carbène est présenté. L'interconversion entre les amino-carbènes et les ylures d'azométhine est discutée. Dans le troisième chapitre, une étude bibliographique présente les propriétés des NHC comme ligands des métaux de transition. La complexation d'un amino-anthryl-carbène sur des fragments métalliques est ensuite décrite. Des analyses par diffraction des rayons X menées sur ces complexes montrent que ce ligand a des propriétés électroniques analogues à celles des NHC. Dans le quatrième chapitre, la synthèse de nouveaux amino-hydrazino-carbènes est envisagée. Trois réarrangements originaux sont observés. Des études par DFT ont permis de mieux comprendre ces réactions, et de proposer des mécanismes radicalaires en chimie des diamino-carbènes
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Sarrazin, Sandrine. "Étude de l'implication du proto-oncogène FLI-1 dans les leucémies de Friend et de la régulation traductionnelle et post-traductionnelle de son expression." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO10016.
Full textAbstract:
L'objectif essentiel de mon travail de thèse était d'explorer les multiples niveaux de régulation de l'expression du proto-oncogène Fli-1 initialement décrit pour son activation récurrente dans les érythroleucémies induites par le virus de Friend F-MuLV chez la souris. Conformément à cet objectif, les résultats obtenus ont permis de mettre en évidence trois nouveaux mécanismes impliqués respectivement dans la régulation de l'expression du gène Fli-1 au niveau transcriptionnel, traductionnel et post-traductionnel. Au niveau transcriptionnel, nos travaux ont permis de montrer l'existence d'un nouveau promoteur du gène Fli-1 régulé positivement par le facteur de transcription SPI-1 dans les lignée érythroleucémiques induites par le virus SFFV. La surexpression de protéines FLI-1 qui en résulte contribue elle-même au blocage de la différenciation de ces lignées érythroleucémiques SFFV. Au niveau traductionnel, nous avons démontré l'existence d'un mécanisme original permettant la régulation, à la fois positive et négative, de la synthèse de deux isoformes de protéines FLI-1 à partir d'un même ARNm Fli-1. Ce mécanisme pourrait constituer une stratégie remarquablement bien adaptée permettant d'éviter les effets délétères d'une production trop élevée de protéines FLI-1 tout en permettant son ajustement aux besoins de la cellule. Au niveau post-traductionnel, nous avons pu démontrer que les protéines FLI-1 peuvent être clivées par la caspase 3 au moins in vitro. Le facteur FLI-1 étant probablement impliqué dans le maintien de la survie, sa protéolyse pourrait être un moyen de réguler cette activité. Ces résultats soulignent la complexité des mécanismes de contrôle de l'expression du proto-oncogène Fli-1. Compte tenu des effets délétères et multiples engendrés par l'inactivation complète du gène Fli-1, ce travail fournit la base de l'exploration des multiples fonctions du gène par des inactivations sélectives des différentes séquences régulant son expression.
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Sultan, Islam. "La construction du réseau de régulation transcriptionnelle." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS184/document.
Full textAbstract:
Une part prépondérante de la régulation au niveau transcriptionnel passe par la modulation du taux d’initiation de la transcription. Chez les bactéries,l’initiation de la transcription implique la reconnaissance par le facteur sigma de l’ANR polymérase d’un motif de séquence particulier localisé approximativement10 bp en amont du site d’initiation de la transcription(TSS). Elle est modulée par la fixation de facteurs de transcription qui reconnaissent d’autres motifs à proximité. La technologie RNA-Seq donne accès au répertoire des TSS et des unités de transcriptions et offre donc des perspectives renouvelées pour s’attaquer au problème de l’identification des motifs de fixation des facteurs de transcription. Ce travail de thèse a visé à évaluer les outils existants et à développer de nouvelles méthodes pour la prédiction des sites de fixation des facteurs de transcription en combinant l’information des profils d’expression et des positions des TSS. Plusieurs approches fondées sur les modèles de matrices poids-position (PWM) vont être explorées pour étendre le modèle de mélange classiquement utilisé en relâchant l’hypothèse selon laquelle les motifs correspondants aux différents sites de fixations apparaissent indépendamment dans les différentes régions promotrices. Dans les nouveaux modèles, nous prendrons explicitement en compte une probabilité supérieure d’apparition d’un même motif dans des promoteurs dont les profils d’activité sont similaires. Une attention particulière sera aussi portée à la position du motif par rapport au TSS et au site de fixation du facteur sigma. En parallèle des développements méthodologiques nous travaillerons aussi sur l’utilisation de ces approches pour reconstruire le réseau des régulations transcriptionnelles chez L. monocytogenes en s’appuyant sur les données de la littérature et du projet List MAPS. Enfin,nous envisageons d’utiliser l’information sur le réseau de régulation pour étudier un point particulier qui serait pertinentThis PhD project takes place in List MAPS, a Horizon 2020-funded Marie Curie Actions InnovativeTraining Network (ITN) with the goal of understandingof the ecology of Listeria monocytogenesthrough the combination of high throughput Epigenetics, Deep sequencing of transcripts, Proteomics, Bioinformatics, Mathematics and Microbiology. Acentralobjective of the ITN is to decipher the mechanismsunderlying adaptation and virulence of L. monocytogenes“from farm to fork”.This PhD project (subproject9) aims to tackle the task of transcription regulatorynetwork construction. A significant part of regulationat the transcriptional level is achieved by modulationof transcription initiation rate. In bacteria, transcriptioninitiation relies on recognition of particular sequencemotif by a Sigma-factor approximately 10 bpupstream of the transcription start site (TSS) and ismodulated by the binding of transcription factors recognizingother sequence motifs located nearby. RNASeqtranscriptomics provides direct information on therepertoire of TSSs and transcription units and therebyoffers renewed perspectives to address the problemof transcription factor binding sites identification. Thegoal of this PhD project is to assess existing toolsand to develop new methods for prediction of TF bindingsites by combining expression profiles and preciseinformation on the location of the TSSs. Severalapproaches based on position weight matrix (PWM)models will be investigated to extend the classicalmixture model by relaxing the hypothesis that motifscorresponding to different TF binding sites occur independentlybetween TSS regions.In the new model,we will explicitly account for the increased probabilityof occurrence of a same motif in two promoters whentheir profiles of activity across conditions are similar. A particular attention will also be paid to the positionof the motif with respect to the TSS and the sigmafactor binding site. In parallel to the methodologicaldevelopments we will also work on the use of theseapproaches to build the transcription regulatory networkof L. monocytogenes based on data form theliterature and from the List MAPS project. Finally, wewish to use the information on the regulatory networkto tackle a particular point relevant for the List MAPSproject using a dedicated model
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Costache, Vlad. "Régulation traductionnelle en réponse à la fécondation et en conditions perturbées dans l'embryon d'oursin." Phd thesis, Université Rennes 1, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00706548.
Full textAbstract:
La traduction est une étape critique de la régulation de l'expression des gènes. Chez l'oursin, la fécondation induit une augmentation de la synthèse protéique, qui dépend essentiellement de la traduction d'ARN messagers maternels. Cette synthèse protéique est indispensable au déroulement des cycles cellulaires du développement précoce. Le développement embryonnaire de l'oursin constitue ainsi un modèle de choix pour étudier la régulation de la traduction. Dans le cadre de cette thèse, le contrôle de la traduction a été étudié chez l'oursin dans deux situations : le contexte physiologique de la fécondation et le contexte de l'induction de l'apoptose. Nous nous sommes interrogés d'abord sur les mécanismes régulateurs impliqués dans la synthèse protéique après fécondation. L'une des étapes limitantes de la traduction est l'initiation. Dans ce cadre, le facteur d'initiation eIF2 joue un rôle clé. eIF2 est responsable de l'apport de la méthionine initiatrice au niveau du ribosome. Lorsque la sous-unité alpha d'eIF2 est phosphorylée, la synthèse protéique globale est inhibée et la traduction sélective de certains ARNm est stimulée. Dans les ovules non fécondés d'oursin, eIF2alpha est physiologiquement phosphorylé et la fécondation provoque sa déphosphorylation. En micro-injectant dans les ovules non fécondés un variant d'eIF2alpha mimant l'état phosphorylé, nous avons montré que la déphosphorylation d'eIF2alpha est nécessaire pour la première division mitotique chez l'oursin. Nous nous sommes intéressés au lien entre la phosphorylation d'eIF2alpha et l'induction de l'apoptose chez l'oursin. En effet, la traduction d'ARNm codant pour des protéines pro- ou anti- apoptotiques influence directement la survie des cellules. L'embryon d'oursin possède la machinerie nécessaire pour le déclenchement de l'apoptose, après induction par l'agent génotoxique MMS. Le traitement au MMS des embryons provoque la phosphorylation d'eIF2alpha. Dans cette situation, nous avons trouvé que la kinase GCN2 est impliquée dans la phosphorylation d'eIF2alpha. En fin, dans le but d'étudier comment la machinerie traductionnelle module le recrutement polysomal, nous avons analysé le traductome en réponse à la fécondation et après le traitement au MMS. Nous avons effectué une approche de séquençage à haut-débit des transcrits purifiés par gradients de polysomes. L'analyse de ces transcrits nous permettra d'appréhender le réseau des gènes régulés au niveau traductionnel lors de la fécondation et de l'induction de l'apoptose dans les embryons d'oursin.
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Kirsh, Olivier. "Etude de la voie de modification post-traductionnelle SUMO : implication dans la régulation transcriptionnelle." Paris 11, 2003. http://www.theses.fr/2003PA112170.
Full textAbstract:
SUMO (Small Ubiquitin-related Modifier) est une protéine apparentée à l'Ubiquitine. A ce jour, une centaine de protéines ont été décrites comme étant sumoylées. Les fonctions biologiques liées à la sumoylation des protéines ne sont pas clairement comprises. Récemment, 3 familles distinctes de SUMO E3 ligase ont été découvertes ; les PIAS (Protein Inhibitor of Activated STAT), la nucléoporine RanBP2 et le co-répresseur Polycomb2 (Pc2). Afin de définir plus précisément le rôle de la voie SUMO dans la régulation transcriptionnelle, nous avons recherché de nouveaux substrats de SUMO et étudié l'activité des nouveaux facteurs SUMO E3 ligase. Par l'étude des protéines HDAC4 (Histone DeAcetylase 4) et MR (Mineralocorticoi͏̈d Receptor), nous avons pu montrer le rôle majeur de la voie SUMO dans les mécanismes de répressions transcriptionnelles. Ces deux protéines sont modifiées in vivo et in vitro par SUMO et leur modification est associée à la répression de la transcription. La modulation de leurs activités transactivatrices par la voie SUMO fait intervenir des mécanismes moléculaires différents, dépendants de leur état de sumoylation, de la nature du promoteur et des activités SUMO E3 ligase et transcriptionnelles des PIAS. Ces travaux ont également mis en évidence l'activité SUMO E3 ligase de RanBP2 sur HDAC4 et des PIAS sur MR. L'activité SUMO E3 ligase de RanBP2 sur HDAC4 indique également que la sumoylation et l'import nucléaire sont peut-être couplés. A l'échelle cellulaire, la sumoylation de PML est nécessaire à la formation de corps nucléaires normaux. En outre la sur-expression de PML dans des fibroblastes primaires induit leur sénescence prématurée, un processus capable de protéger les cellules contre la transformation tumorale induite par certains oncogènes. En cherchant à savoir si ces processus étaient liés, nous avons pu montrer que ni la sumoylation de PML, ni l'intégrité des corps nucléaires ne sont nécessaires à l'induction de la sénescence prématuréeSumoyiation is a novel post-translational modification pathway that resembles Ubiquitylation. SUMO (Small Ubiquitin-like Modifier) is a small 101 amino-acid protein structurally related to Ubiquitin that is covalently linked to a lysine residue side chain of a target protein. To date, about one hundred proteins, including a large number of transcription factors, are known to be modified by SUMO, yet the functions of this modification remain obscure. Very recently, three different families of SUMO E3 ligases have been described; the Protein Inhibitor of Activated STAT (PIASs) family, the nucleoporin RanBP2 and the co-repressor Polycomb2 (Pc2). To better understand the role of sumoylation in transcriptional regulation, we studied the effect of sumoylation on the transcriptional activities of two substrates, the histone deacetylase HDAC4 and mineralocorticoîd Receptor (MR). We show that in both cases, sumoylation is associated with transcriptional repression, although SUMO-mediated repression by HDAC4 and MR are driven by different molecular mechanisms that likely depend on protein's sumoylation level, the promoter context and E3 ligase (PIAS) activities. Furthermore, we show that the RanBP2 provides E3 ligase activity for the modification of HDAC4 and PIAS proteins for MR. The RanBP2 SUMO E3 ligase activity led us to propose a model whereby sumoylation and nuclear import are coupled events. At the cellular level, PML's sumoylation was shown to be determinant for nuclear bodies assembly. It was also previously demonstrated that PML over-expression in human primary fibroblasts induces premature senescence. This process is suspected to be a protection against oncogenes-induced transformation. We were interested in studying the roles of PML's sumoylation and nuclear bodies integrity during on PML-induced premature senescence. Our results indicates that neither the sumoylation of PML nor the integrity of the nuclear bodies is necessary for this process
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Costache, Vlad. "Régulation traductionnelle en réponse à la fécondation et en conditions perturbées dans l’embryon d’oursin." Rennes 1, 2011. https://ecm.univ-rennes1.fr/nuxeo/site/esupversions/90a59e79-f757-41e0-8873-f8286ef854ee.
Full textAbstract:
La traduction est une étape critique de la régulation de l'expression des gènes. Chez l'oursin, la fécondation induit une augmentation de la synthèse protéique, qui dépend essentiellement de la traduction d'ARN messagers maternels et qui est indispensable au déroulement des cycles cellulaires embryonnaires. Dans le cadre de cette thèse, le contrôle de la traduction a été étudié chez l'oursin dans deux situations : le contexte physiologique de la fécondation et le contexte de l'induction de l'apoptose. L'une des étapes limitantes de la traduction est l'initiation, qui fait intervenir le facteur d'initiation eIF2, responsable de l'apport de la méthionine initiatrice au niveau du ribosome. Lorsque la sous-unité α d'eIF2 est phosphorylée, la synthèse protéique globale est inhibée et la traduction sélective d'ARNm est stimulée. Dans les ovules non fécondés d'oursin, eIF2α est physiologiquement phosphorylé et la fécondation provoque sa déphosphorylation. En microinjectant dans les ovules un variant d'eIF2α mimant l'état phosphorylé, nous avons montré que la déphosphorylation d'eIF2α est nécessaire pour la première division mitotique chez l'oursin. Nous nous sommes intéressés au lien entre la phosphorylation d'eIF2α et l'induction de l'apoptose chez l'oursin. La traduction d'ARNm codant pour des protéines pro- ou anti- apoptotiques influence directement la survie des cellules. Le traitement au MMS provoque la phosphorylation d'eIF2α par la kinase GCN2, et induit ainsi l'apoptose dans les embryons. En fin, dans le but d'étudier comment la machinerie traductionnelle module le recrutement polysomal, nous avons analysé le traductome en réponse à la fécondation et après le traitement au MMS, par une approche de séquençage à haut-débit. L'analyse des transcrits nous permettra d'appréhender le réseau des gènes régulés au niveau traductionnel lors de la fécondation et de l'induction de l'apoptose dans les embryons d'oursinTranslation is a critical step in gene expression regulation. In sea urchin embryos, fertilization induces an increase in protein synthesis, which depends mainly on the translation of maternal messenger RNAs. This protein synthesis is essential for the first cell cycles. In this thesis, translational regulation in sea urchin embryos was studied in two situations: the physiological context of fertilization and the context of apoptosis induction. Initiation is one of the limiting steps of translation. In this context, the initiation factor eIF2 plays a key role. EIF2 is responsible for bringing the initiator methionine to the ribosome. When the α subunit of eIF2 is phosphorylated, global protein synthesis is inhibited and the selective translation of certain mRNAs is stimulated. In the sea urchin unfertilized eggs, eIF2α is physiologically phosphorylated and fertilization induces its dephosphorylation. By microinjecting a variant mimicking the phosphorylated state of eIF2α into the unfertilized eggs, we showed that dephosphorylation of eIF2α is required for the first mitotic division in the sea urchin. We were interested in the relationship between the phosphorylation of eIF2α and induction of apoptosis in the sea urchin. Indeed, the translation of mRNAs encoding proteins pro- or anti-apoptotic directly influences cell survival. Exposing embryos to MMS, a DNA-damaging agent, causes phosphorylation of eIF2α and apoptosis activation. We found GCN2 kinase involved in the phosphorylation of eIF2α in this situation. Finally, we analyzed the translatome in response to fertilization and after exposure to MMS. We conducted deep sequencing of transcripts that are present in polysomes. Analysis of these transcripts, following annotation, will allow a better understanding of the genes regulatory network at the translational level during fertilization and the induction of apoptosis in sea urchin embryos
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Beaucher, Jocelyn. "Étude in vitro de la régulation post-traductionnelle du facteur sigma F de mycobacterium tuberculosis." Thèse, Université de Sherbrooke, 2005. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/5046.
Full textAbstract:
L'agent causal de la tuberculose est la bactérie Mycobacterium tuberculosis. Son génome, entièrement séquencé en 1998, contiendrait les gènes de 13 facteurs [sigma], de même que de plusieurs facteurs anti-, et anti-anti-[sigma] présumés. Au cours des travaux présentés dans cette thèse, nous nous sommes donc intéressés particulièrement au facteur [sigma[indice supérieurF]] et à sa régulation post-traductionnelle. Il a précédemment été montré que [sigma[indice supérieurF]] semblait impliqué dans le contrôle de certains facteurs de virulence de la bactérie, ainsi que dans sa persistance. Au cours de nos recherches, nous avons établi que [sigma[indice supérieurF]] voyait sont activité spécifiquement inhibée par UsfX, son facteur anti-[sigma]. Toutefois, il s'est avéré qu'UsfX se montrait à son tour régulé post-traductionnellement par deux facteurs anti-anti-[sigma]. Le premier de ceux-ci, nommé RsfA, voit son activité anti-UsfX modulée par le potentiel oxydo-réducteur du milieu. RsfB, le second, semblerait quant à lui être régulé par une voie de phosphorylation, car il se trouve inactivé par une mutation imitant l'ajout d'un groupement phosphate sur un de ses résidus sérine conservés. Cependant, contrairement aux modèles de voies de régulation [sigma] : anti-[sigma] : anti-anti-[sigma] connus chez Bacillus subtilis, l'anti-[sigma] UsfX ne semble pas posséder d'activité kinase, ni réguler par lui-même l'activité de ses antagonistes. Ces résultats suggèrent donc que l'activité du facteur [sigma[indice supérieurF]] semble modulée par au moins deux voies afférentes distinctes, en réponse à différents stimuli physiologiques. Ce nouveau type de régulation post-traductionnelle d'un facteur a concorde bien avec la grande capacité d'adaptation qui est reconnue à M. tuberculosis.
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Delbecq, Pascal. "Etude de la régulation traductionnelle par l'arginine de l'expression du gène CPA1 chez saccharomyces cerevisiae." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1998. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/212071.
Full text
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Blanchard, Orphée. "Régulation post-traductionnelle de p73 par les calcium calmoduline dépendantes kinases dans le système neuronal." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ032/document.
Full textAbstract:
Le facteur de transcription p73 est impliqué dans des pathologies du système neuronal (maladie d’Alzheimer, neuroblastome…) en régulant le cycle cellulaire, l’apoptose et la différenciation neuronale.Identifier les modifications post-traductionnelles de p73 permettrait de mieux comprendre les fonctions biologiques des isoformes p73 et leurs régulations. Notre analyse bio-informatique prédit entre autres, trois sites sur p73 potentiellement phosphorylés par la calcium-calmoduline dépendante kinase 2 (CamKII), qui est aussi impliquée dans le cycle cellulaire, l’apoptose et la différenciation neuronale. Après avoir confirmé la phosphorylation de p73 par cette kinase in vitro, nous avons démontré que la CamKII favorise l’activité transcriptionelle de p73 et modifie le niveau de protéique des isoformes de p73. L’étude de la caractérisation des sites impliqués dans cette régulation suggère que les effets de la CamKII sur p73 résultent davantage de la coopération de l’ensemble des sites que d’un seul site précis. Par ailleurs, cette étude moléculaire s’inscrit dans un contexte physiologique précis où l’apoptose neuronale induit par le déséquilibre de l’homéostasie calcique s’expliquerait en partie par la signalisation p73-CamKIIThe transcription factor p73 is implicated in neurodegenerativ diseases (Alzheimer disease, neuroblastoma…) by regulating cell cycle, neuronal apoptosis and differenciation.Identifying the post-translationnal modifications on p73 would allow to better understand the p73 biological functions and regulations. Bioinformatic analyses predict amongst others, three potential phosphorylation sites on p73 for the calcium-calmodulin dependant kinase 2 (CamKII), which is also implicated in cell cycle, neuronal apoptosis and differenciation. After showing the p73 phosphorylation by CamKII in vitro, we demonstrated that CamKII favors the p73 transcriptional activity and modulates the proteic expression of the p73 isoforms. The study to identify the sites implicated in these CamKII effects highlights cooperation between the sites instead of the prevalence of a specific site.. Besides this molecular approach, we also investigate the implication of this regulation in a physiologic context. Our results reveal that the neuronal death triggered by a calcic homeostasis alteration could be mediated by the p73-CamKII signalization
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Akpawu, Akuvi Kafui Anna. "Étude de la régulation pré-traductionnelle de l’inclusion de motifs d’import et d’export nucléaires chez l’humain." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2016. http://hdl.handle.net/11143/8377.
Full textAbstract:
Résumé : INTRODUCTION : Les protéines doivent se retrouver dans le bon compartiment cellulaire afin de pouvoir exercer leurs fonctions. Une fois synthétisées dans le cytoplasme, les protéines se déplacent à travers les différents compartiments cellulaires, guidés par des signaux de ciblage protéique. Des modifications post-traductionnelles jouent un rôle dans la régulation et le contrôle dynamique de la localisation des protéines. Des exemples dans la littérature indiquent que cette régulation existe également au niveau pré-traductionnel. Ce projet cherche à investiguer cette régulation pré-traductionnelle sur les motifs d’import et d’export nucléaires choisi comme signaux modèles. A l’aide de la bio-informatique, nous caractérisons cette régulation pré-traductionnelle, pour ensuite analyser de façon quantitative le niveau du contrôle de l’inclusion de ces motifs dans les transcrits en considérant des données de RNA-seq. MÉTHODE : Des données du transcriptome humain ont été regroupées dans une base de données locale MySQL. Une curation extensive de bases de données publiques a permis d’identifier les motifs d’import et d’export nucléaires, validés expérimentalement. Des scripts dans les langages Python et PHP ont été créés afin d’interroger la base de données et d’implémenter les algorithmes. Par la suite des ensembles de données de RNA-seq ont été analysés pour quantifier le niveau d’inclusion de ces motifs. RÉSULTATS : La majorité de ces motifs varie pour les gènes dont seulement certaines isoformes contiennent ce motif. Nous avons pu déterminer la distribution de la position des motifs chez l’humain, et caractériser quatre différents types de régulation pré-traductionnelles pour ces motifs. Ces catégories sont : les sites d’initiation et de terminaison différentiels de transcription /traduction, l’épissage (d’introns/d’exons) et le décalage du cadre de lecture. L’index d’inclusion du motif (MII) varie pour les gènes à travers différents tissus d’un même ensemble de données et varie également dans des tissus cancéreux. Certains gènes produisent des isoformes dont le MII est tissu-spécifique. CONCLUSION : La régulation pré-traductionnelle de l’inclusion de motifs de ciblage d’import et d’export nucléaires joue un rôle important sur la localisation de la protéine résultante. Les données de RNA-seq ont abouti à une analyse quantitative sur ces motifs dans différents tissus normaux et cancéreux.Abstract : INTRODUCTION: Proteins have to be in the right compartment in order to perform their functions. Once synthesized in the cytosol, proteins are guided by sorting signals as they move through different subcellular compartments. Post-translational modifications play a role in the regulation and dynamic control of protein localization. Some examples in the literature show that this regulation also exist at the pre-translational level. The purpose of this research is to investigate this regulation on nuclear import and export motifs, chosen as model signals. Using bioinformatics, we characterize this pre-translational regulation then using RNA-seq data, perform a quantitative analysis on the level of motif inclusion among transcripts. METHODS: Data of the human transcriptome was put in MySQL in house. For this study, we used experimental data. Extensive manual curation was performed on nuclear import and export motifs that were experimentally validated and obtained from public databases. In order to interrogate the database and implement the algorithms, scripts in Python and PHP were used. RNA-seq data were used and analyzed in order to quantify the level of inclusion of these motifs. RESULTS: The majority of these motifs are only present in a subset of the coding isoforms of the genes. The position distribution of these motifs in the human proteome was determined. We characterized four different types of pre-translational regulation for alternative motifs. The categories a re: differential initiation and termination sites of transcription/translation, splicing (of introns/exons) and frameshift mutation. Genes have a motif inclusion index (MII) that varies among different types of tissues within the same dataset and varies as well in cancer tissues. Some genes produce isoforms with MII that are tissue-specific. CONCLUSION: Pre-translational regulation plays an important role in the inclusion of nuclear import and export motifs and the localization of proteins containing them. Quantitative analyses showing the behaviour of the motifs in different types of normal and cancer tissues were performed with RNA-seq data.
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Méteignier, Louis-Valentin. "Investigation sur la régulation traductionnelle pendant la réponse immunitaire végétale induite par les protéines NB-LRR." Thèse, Université de Sherbrooke, 2015. http://hdl.handle.net/11143/6706.
Full textAbstract:
L’immunité végétale est garantie par plusieurs niveaux d’action dont l’interconnexion et les voies signalétiques sont peu élucidées. Deux des trois couches de défenses immunitaires sont constituées par les protéines NB-LRR (Nucleotide-Binding Leucine-Rich Repeat), encodées par les gènes de Résistance (gènes R), et l’interférence à ARN (iARN). L’étude de la voie de signalisation induite par l’activation des NB-LRR en réponse à la reconnaissance (directe ou indirecte) de protéines pathogéniques est très compliquée, car cette réponse culmine, dans la majeure partie des cas, en un phénotype macroscopique de mort cellulaire dénommée Réponse hypersensible (HR), empêchant toute analyse biochimique. Récemment, il a été montré chez Nicotiana benthamiana que la réponse antivirale déclenchée par la protéine NB-LRR N, qui n’induit pas de HR lorsqu’activée, implique la répression de la traduction de l’ARN viral. Dans ce système, la résistance conférée par N est dépendante de la protéine AGO4 dont le rôle dans l’iARN est assez bien défini. En effet, bien que l’ARN viral se multiplie à l’intérieur de la cellule hôte, il n’est pas associé à la machinerie de traduction et ne produit donc plus de virions. Cependant, nous ne connaissons pas à ce jour les évènements de régulation de l’expression génique responsables de ce mécanisme de défense. Les études du transcriptome immunitaire chez Arabidopsis thaliana n’ont révélé que peu de candidats majeurs impliqués dans la réponse NB-LRR, alors que certaines études mettent en lumière l’implication de la régulation de l’expression génique, au niveau traductionnel, dans la réponse immunitaire. En s’appuyant sur les travaux de Bhattacharjee et al. (2009), nous avons entrepris de caractériser, au niveau cellulaire, la répression de la traduction de l’ARN viral pendant la réponse induite par N. Nous observons, dans un système inductible permettant de déclencher la réponse immunitaire après l’établissement de l’infection virale, une large formation de granules à ARN appelés PBs (Processing Bodies), en conséquence de l’inhibition spécifique de la traduction de l’ARN viral. Le mécanisme effecteur de cette répression est différent des mécanismes de répression traductionnelle mis en place en réponse à la perception de stress tel que les UVs, ou de l’induction des mécanismes de répression traductionnelle par l’iARN. De plus, des plantes d’Arabidopsis mutantes pour une protéine fonctionnant dans les PBs sont plus résistantes à des bactéries phytopathogènes. D’une façon intéressante, on détecte un niveau d’expression augmenté de certains gènes de défense dans ce mutant, de manière similaire à des mutants d’Arabidopsis compromis dans l’une des voies de dégradation des ARNm. En parallèle, nous avons développé des outils transgéniques pour déterminer si la régulation de la traduction des ARNm de l’hôte, à l’échelle génomique, joue un rôle dans l’établissement de l’immunité. Nous avons généré une lignée d’Arabidsopsis exprimant sous le contrôle d’un promoteur inductible le facteur d’Avirulence (Avr) AvrRpm1, dont la présence est reconnue par la protéine NB-LRR RPM1; en combinaison avec une protéine ribosomale étiquetée nous permettant d’immunopurifier les ribosomes avec les ARNm en cours de traduction. Le séquençage à haut-débit des ARN totaux et des ARNm engagés dans la traduction a révélé que cinq fois plus de gènes sont régulés au niveau traductionnel par rapport au niveau transcriptionnel, après l’induction de la réponse NB-LRR. Une analyse comparée avec les connaissances précédentes a révélé que la réponse NB-LRR induit l’expression de 20% des gènes NB-LRR totaux, qui sont aussi constitutivement exprimés dans des mutants compromis dans certains processus de dégradations des ARNm. Cependant, la réponse NB-LRR induit l’expression de centaines de gènes précédemment impliqués dans les défenses, ce qui n’est pas le cas dans les mutants de dégradation d’ARNm, soulignant ainsi la spécificité de la réponse NB-LRR. Une analyse bio-informatique a déterminé qu’environ cinq cent gènes sont régulés au niveau traductionnel de manière indépendante de leur abondance totale, fournissant une liste de nouveaux candidats potentiellement impliqués dans l’immunité NB-LRR et spécifiquement régulés au niveau traductionnel. Une analyse génétique de certains mutants de ces gènes candidats dans les défenses a été entreprise, et a révélé que des plantes d’Arabidopsis TOR-déficientes ou mutantes pour les gènes CIPK5, CCT2 et BIG possèdent une résistance altérée positivement pour les TOR-déficientes ou négativement pour les autres, par rapport à une plante sauvage. Dans leur ensemble, ces résultats prouvent une grande implication de la régulation de la traduction dans la mise en place de l’immunité végétale.
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Leiba, Jade. "Régulation post-traductionnelle des protéines via phosphorylation chez deux bactéries pathogènes : Mycobacterium tuberculosis et Staphylococcus aureus." Thesis, Montpellier 1, 2013. http://www.theses.fr/2013MON1T006/document.
Full textAbstract:
La capacité d'adaptation des bactéries à leur environnement repose, entre autres choses, sur des mécanismes de transduction du signal. Ces mécanismes leur permettent de percevoir la nature et les modifications du milieu dans lequel elles évoluent et d'adapter en conséquence leur métabolisme et leur physiologie. L'un de ces mécanismes identifié chez les procaryotes repose sur un processus de régulation impliquant, suite à un stimulus extérieur, une modification réversible des protéines au niveau de résidus séryles et thréonyles par phosphorylation via les sérine/thréonine protéine-kinases (STPK). Chez les bactéries pathogènes, notamment Mycobacterium tuberculosis et Staphylococcus aureus, les STPKs sont impliquées dans la régulation du métabolisme central, de la division cellulaire, de la composition de la paroi et de la virulence. Mes travaux de thèse ont eu pour objectif d'approfondir les connaissances sur la régulation post-traductionnelle des protéines via les STPKs chez ces deux pathogènes humains. Nous avons ainsi identifié de nouveaux substrats des STPKs chez M. tuberculosis et S. aureus et caractérisé l'effet de la phosphorylation sur l'activité de ces substrats. L'ensemble de mes travaux de thèse met en avant le rôle important de la régulation par les STPKs de voies métaboliques diverses chez ces deux pathogènesTo overcome the stressful conditions imposed during host infections, pathogens have evolved various protective and offensive responses that could be achieved through cascades of phosphorylation. Many of the encountered external stimuli are transduced via sensor kinases embeded within the bacterial membrane, allowing the pathogen to adapt and survive in hostile environments. In addition to the classical two-component systems, Staphylococcus aureus and Mycobacterium tuberculosis possess eukaryotic-like Serine/Threonine Protein-Kinases (STPK). It is becoming clear that in these two human pathogens, many of the STPKs are involved in the regulation of metabolic processes, division, cell wall composition, virulence, etc. Therefore, signalling through STPK phosphorylation has recently emerged as a key regulatory mechanism in pathogenic bacteria. Thus, to investigate the mechanisms of STPK-dependent regulation in M. tuberculosis and S. aureus, we identified and characterized novel endogenous phosphorylated substrates, and analyzed the impact of phosphorylation on their specific activity. Overall, the results presented herein emphasize the important role of STPK-dependent mechanisms in various metabolic pathways in these two pathogens
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Lamaa-Mallak, Assala. "Rôle de la protéine de réparation de l'ADN Ku dans la régulation traductionnelle de l'ARNm p53." Thesis, Toulouse 3, 2015. http://www.theses.fr/2015TOU30291.
Full textAbstract:
L'augmentation des taux cellulaires de p53 en réponse aux dommages à l'ADN a été largement attribuée à une augmentation de la demi-vie de la protéine. Il est maintenant bien établi que la régulation traductionnelle de l'ARNm de p53 est également critique à la fois pour la répression de l'accumulation de p53 dans des conditions normales, et l'induction de la protéine en réponse aux dommages de l'ADN. Nos travaux se sont accès sur l'étude du rôle de facteur de réparation de l'ADN Ku dans la régulation traductionnelle de l'ARNm P53. Nous avons montré que Ku réprime la synthèse de la protéine p53 et l'apoptose p53-dépendante via la liaison à une structure en tige-boucle dans la 5'UTR de l'ARNm. Cependant, la répression traductionnelle exercée par Ku est levée après un stress génotoxique. Le mécanisme sous-jacent implique l'acétylation de Ku qui perturbe les interactions Ku-ARNm p53. Ces résultats suggèrent que la répression traductionnelle de p53 par Ku constitue un nouveau mécanisme cytoprotectif liant la réparation de l'ADN et la traduction des ARNmIncreases in p53 protein levels after DNA damage have largely been attributed to an increase in the half-life of the p53 protein. It is now well accepted that translational regulation of p53 mRNA is also critical for both repression of p53 accumulation in unstressed conditions and induction of the p53 protein in response to DNA damage. Our work focused on studying the role of DNA repair factor Ku in the regulation of P53 mRNA translation. We showed that Ku represses p53 protein synthesis and p53-mediated apoptosis by binding to a stem-loop structure within the p53 5'UTR. However, Ku-mediated translational repression is relieved after genotoxic stress. The underlying mechanism involves Ku acetylation which disrupts Ku-p53 mRNA interactions. These results suggest that Ku-mediated repression of p53 mRNA translation constitutes a novel cytoprotective mechanism linking DNA repair and mRNA translation
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Bermudez, Olga. "Régulation post-transcriptionnelle et post-traductionnelle de DUSP6, une phosphatase des MAP kinases ERK 1/2." Nice, 2009. http://www.theses.fr/2009NICE4054.
Full textAbstract:
Les MAP kinases phosphatases (MKPs) appartiennent à la famille des Dual-Specificity Phosphatases (DUSP) et déphosphorylent les résidus thréonine et tyrosine des MAP kinases activées. DUSP6/MKP-3 est une phosphatase cytoplasmique qui déphosphoryle et donc inactive de façon spécifique les MAP kinases ERK1/2. DUSP6 a un rôle important au cours du développement, particulièrement dans la régulation du signal induit par le FGF, et son absence provoque des effet phénotypiques majeurs chez la Drosophile, le poulet, le poisson-zèbre et la souris. DUSP6 pourrait jouer également un rôle important au cours de la formation et du développement des tumeurs car son expression se trouve altérée dans divers cancers. Pour ces raisons, je me suis intéressée aux mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de son expression, au niveau post-transcriptionnel et post-traductionnel. Des données antérieures du laboratoire ont indiqué que DUSP6 était phosphorylée et dégradée après stimulation des cellules avec des facteurs de croissance, de façon MEK/ERK-dépendante (Marchetti et al. , 2005). Dans la première partie de ma thèse, j’ai étudié le rôle d’autres voies de signalisation dans la régulation de DUSP6. Nous avons montré qu’une autre voie de signalisation, la voie PI3K/mTOR, est responsable d’une partie de la phosphorylation et de la dégradation de DUSP6 induite par les facteurs de croissance (Bermudez et al. , 2008). Toutefois, une activité basale de MEK est nécessaire pour que la phosphorylation de DUSP6 par mTOR ait lieu. Des études de mutagenèse ont montré que la sérine 159 est le résidu phosphorylé par mTOR. La phosphatase DUSP6 pourrait donc constituer un nouveau point d’interaction entre deux grandes voies de signalisation cellulaire activées par les facteurs de croissance, la voie MEK/ERK et la voie PI3K/mTOR. Dans la deuxième partie de mon travail, je me suis intéressée à la régulation de dusp6 au niveau de son ARNm. D’autres équipes ont montré que la voie MEK/ERK jouait un rôle dans l’activation transcriptionnelle de dusp6. Nous avons confirmé que l’inhibition de MEK/ERK réduit fortement les quantités d’ARNm de dusp6. Afin d’étudier la régulation de la stabilité de l’ARNm de dusp6, nous avons cloné dans un vecteur d’expression un gène rapporteur luciférase en amont de la région non codante 3’UTR de dusp6, qui contient des sites consensus pour différents facteurs qui déstabilisent/stabilisent les ARNm. Nous avons trouvé que la voie MEK/ERK stabilise l’ARNm de dusp6. Par ailleurs, des conditions d’hypoxie, une caractéristique de nombreuses tumeurs in vivo, induisent une augmentation des niveaux d’ARNm de dusp6, augmentation qui dépend de HIF-1alpha. Finalement, nous avons identifié deux facteurs qui déstabilisent l’ARNm de dusp6, TTP (tristetraprolin) et PUM2, un homologue du gène pumilio de la drosophile. Les résultats présentés dans cette thèse montrent donc que la voie MEK/ERK est impliquée dans la régulation de DUSP6 à différents niveaux, de la régulation de son ARNm au niveau post-traductionnel, dans une boucle de rétrocontrôle. L’étude de la régulation de DUSP6 apporte des éléments supplémentaires pour la compréhension des mécanismes complexes impliqués dans l’activation d’ERK1/2 au sein du réseau de signalisation des MAPKs, où des régulations positives et négatives contribuent à un contrôle subtil de l’activation des MAP Kinases ERKs dans l’espace et le tempsMAP kinases phosphatases (MKPs) belong to the Dual-Specificity Phophatase family (DUSP) and dephosphorylate phospho-threonine and phospho-tyrosine within MAP kinases. DUSP6/MKP-3 is a cytoplasmic phosphatase that specifically dephosphorylates and inactivates the MAP Kinases ERK ½. DUSP6 has an important role during animal embryogenesis, specially in the regulation of FGF signaling, and its absence leads to major phenotypic effects in Drosophila, chicken, zebrafish and mice. The expression of DUSP6 can also be regulated in some cancers: its expression is upregulated in melanoma and myeloma but downregulated in invasive stages of pancreas cancer. Given the importance of dusp6 regulation in physiological and pathological cases, I focused my attention on studying the molecular mechanisms underlying the expression of dusp6. As the transcriptional regulation of dusp6 has been previously reported, I concentrated on dusp6 mRNA stability and the degradation of the protein DUSP6. Previous results in the lab have shown that at the protein level, DUSP6 was phosphorylated and degraded upon growth factor stimulation, in a MEK-dependent manner (Marchetti et al. , 2005). In the first part of my PhD, I studied the role of other signaling pathways in DUSP6 regulation and I showed that another pathway involved in growth factor signaling, the PI3K/mTOR signaling pathway, also accounts for a part of the phosphorylation and degradation of DUSP6 induced by serum growth factors (Bermudez et al. , 2008, Oncogene). However, a basal activity of MEK was required for the mTOR pathway-mediated phosphorylation to occur. Mutagenesis studies identified serine 159 within DUSP6 as the target of the mTOR pathway. The ERK phosphatase DUSP6 may thus constitute a novel branch-point of the cross-talk between two major signaling pathways induced by growth factors, the MEK/ERK pathway and the PI3K/mTOR pathway. In a second part of my work, I investigate the molecular basis of dusp6 regulation at the mRNA level. Others have shown a role for the MEK/ERK pathway in transcriptional activation of dusp6, and we confirmed that their inhibition strongly diminished the amount of dusp6 mRNA. To determine whether the stability of dusp6 mRNA could be subjected to regulation, a luciferase reporter was cloned upstream of the non coding 3’UTR of dusp6, which contains consensus sequences for various stabilization/destabilization factors. The MEK/ERK pathway was found to stabilize dusp6 mRNA. Hypoxic conditions, a hallmark of many tumors in vivo, induce a modest but reproducible increase in dusp6 mRNA levels, which is HIF1-alpha dependent. Consistent with increased dusp6 mRNA levels in hypoxia, we found that pERK levels are diminished under hypoxia in several albeit not all cancer cell lines tested. Finally, I identified two different mRNA-binding proteins, tristetraprolin (TTP) and PUM2 as factors destabilizing dusp6 mRNA. Altogether, these results indicate that the regulation of DUSP6 involves the MEK/ERK pathway at different levels, at the mRNA level as well as at the post-translation level, in a feedback loop. The study of dusp6 expression brings additional information about the complex mechanisms involved in ERK1/2 activity within the network of MAPKs, where positive and negative regulations lead to a subtle but tight control of ERK activation in space and time
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Daniau, William. "TCXO Numérique à réseau de capacité programmable." Besançon, 1991. http://www.theses.fr/1991BESA2029.
Full textAbstract:
Les oscillateurs à quartz comptent parmi les meilleures bases de temps. Les résonateurs à quartz sont toutefois sensibles à de nombreuses perturbations extérieures, et tout particulièrement la température. La nécessité croissante d'oscillateurs ultra-stables dans des environnements de plus en plus sévères, a conduit à la naissance de deux types d'oscillateurs s'affranchissant des variations de température: les oscillateurs thermostatés (OCXO) et les oscillateurs compensés en température (TCXO). La méthode de compensation d'un TCXO, peut-être analogique ou numérique. Dans les deux cas, on utilise une diode à capacité variable pour modifier la fréquence de l'oscillateur en fonction de la température, ce qui nécessite, pour une gamme de variation conséquente une grande tension d'alimentation. Dans le cas où le traitement est numérique, on utilise un convertisseur numérique/analogique; l'utilisation de celui-ci implique alors un accroissement de la consommation énergétique du dispositif. Un dispositif n'utilisant ni varicap, ni convertisseur, mais un réseau de capacités programmable a été étudié. Le réseau de capacités a été réalisé en technologie hybride couche mince, et un TCXO numérique utilisant ce réseau a été réalisé
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Schorova, Lenka. "Étude des mécanismes de régulation synaptique de la balance sumoylation/désumoylation." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018AZUR4021.
Full textAbstract:
La SUMOylation est une modification post-traductionnelle essentielle pour toutes les cellules eucaryotes. C’est un processus enzymatique qui permet la liaison covalente du polypeptide SUMO sur des résidus lysine de protéines cibles. La SUMOylation est un processus réversible sous l’action de désumoylases appelées SENP. Il est critique de maintenir un équilibre entre forme modifiée et non modifiée d’un substrat donné. En effet, la dérégulation de la balance SUMOylation/déSUMOylation a été mise en évidence dans plusieurs pathologies cérébrales. La synapse est le point de contact entre les neurones où s’effectue la communication synaptique. Ce sont des structures très denses où le processus de SUMOylation régule l’interaction et la fonction de multiples protéines. Durant ma thèse, j'ai combiné l’utilisation de l'imagerie en temps réel sur cellules vivantes avec des approches biochimiques et pharmacologiques pour identifier les mécanismes de régulation du transport de SENP1. J'ai ainsi démontré que l'activation neuronale augmente les niveaux synaptiques de SENP1. Cette augmentation synaptique résulte de la modification de la vitesse de diffusion de l’enzyme SENP1 entre les dendrites et les synapses d’une part, et d’autre part, de l’augmentation importante du temps de rétention synaptique de l’enzyme. Je rapporte également que ce mécanisme de régulation dynamique de SENP1 implique l'activation des récepteurs métabotropiques du glutamate. De plus, je suggère la participation du processus de phosphorylation dans cette régulation synapto-dendritique de SENP1 mettant ainsi en lumière un nouveau mécanisme de régulation de la balance neuronale entre SUMOylation et déSUMOylationSumoylation is a vital eukaryotic posttranslational modification. Sumoylation occurs as an enzymatic cycle that conjugates SUMO proteins to target proteins. SUMO proteases (SENP) deconjugate SUMO from modified proteins and thus maintain balanced levels of SUMOylated and un-SUMOylated proteins required for physiological homeostasis. Neuronal synapses are protein-rich structures that underlie synaptic transmission and plasticity. Strong evidence exists that sumoylation occurs in synapses and regulates the function of synaptic proteins. Indeed, distortion of the SUMO balance has been linked to several pathologies of the synapse. Gaining a deeper understanding into the molecular mechanisms regulating the SUMO balance is a prerequisite to envisaging the development of novel therapies. In my PhD work, I used a combination of live-cell confocal imaging, protein biochemistry and pharmacological approaches to identify SENP1 regulatory mechanisms at synapses. I provided evidence that synaptic activation increases SENP1 protein levels at synapses. I showed that the increase in synaptic SENP1 upon synaptic activation is a result of two processes: Although (a) fewer SENP1 proteins enter into spines at low diffusion speed (b) a significant proportion of SENP1 becomes immobile and is retained in spines. I demonstrate that the regulatory mechanisms of SENP1 dynamics involve a direct activation of mGlu1/5 receptors. Moreover, I suggest that phosphorylation may play an important regulatory role in SENP1 synapto-dendritic diffusion. Altogether, I propose a novel mechanism driving for the SUMO balance at synapses
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Gatty-Tran, Corinne. "Protéine E1 du BPV1 : auto-régulation traductionnelle et interaction avec des partenaires cellulaires impliqués dans la réplication." Nice, 2002. http://www.theses.fr/2002NICE5716.
Full text
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Aracena, Julio. "Modèles mathématiques discrets associées à des systèmes biologiques : applications aux réseaux de régulation génétique." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 2001. http://www.theses.fr/2001GRE10215.
Full textAbstract:
Cette thèse consiste en l'étude des rapports entre l'architecture du graphe de connexion et les attracteurs du réseau, dans le cas de trois modèles mathématiques discrets: réseaux neuronaux discrets, réseaux monotones et réseaux AND-OR. En plus, est présentée une application de ces modèles pour la compréhension globale du comportement dynamique d'un réseau de régulation génétique. En ce qui concerne les réseaux neuronaux discrets, nous étudions les rapports entre les circuits positifs et négatifs du graphe et les attracteurs. En particulier, nous présentons des conditions nécessaires et des conditions suffisantes pour qu'un réseau ait des points fixes, ainsi qu'une borne supérieure du nombre de points fixes d'un réseau, en fonction du nombre et des interactions des circuits positifs. Pour les réseaux monotones à deux ou plusieurs états, ayant un graphe de connexion symétrique, nous étudions la longueur maximum des cycles. À ce sujet, nous construisons une famille de ces réseaux ayant des cycles de longueur maximum. En outre, nous démontrons que, dans le cas particulier de graphes de type caterpillar, les cycles du réseau sont de longueur inférieure ou égale à deux. Dans le cas des réseaux AND-OR, nous étudions le problème de la dynamique inverse et nous exhibons le nombre maximal exact de points fixes. En outre, nous étudions l'ensemble des points fixes de ces réseaux avec un nouveau type d'itération développé dans cette thèse : l'itération séquentielle de sous-graphes. Enfin, en guise d'application des résultats obtenus dans cette thèse, nous proposons, en collaboration avec des biologistes, la construction partielle d'un réseau de régulation génétique pour la formation du sillon ventral de la Drosophile Melanoyaster lors du développement précoce de l'embryon
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Aracena, Julio. "Modèles mathématiques discrets associées à des systèmes biologiques : applications aux réseaux de régulation génétique." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2001. http://www.theses.fr/2001GRE1A004.
Full textAbstract:
Cette thèse consiste en l'étude des rapports entre l'architecture du graphe de connexion et les attracteurs du réseau, dans le cas de trois modèles mathématiques discrets: réseaux neuronaux discrets, réseaux monotones et réseaux AND-OR. En plus, est présentée une application de ces modèles pour la compréhension globale du comportement dynamique d'un réseau de régulation génétique. En ce qui concerne les réseaux neuronaux discrets, nous étudions les rapports entre les circuits positifs et négatifs du graphe et les attracteurs. En particulier, nous présentons des conditions nécessaires et des conditions suffisantes pour qu'un réseau ait des points fixes, ainsi qu'une borne supérieure du nombre de points fixes d'un réseau, en fonction du nombre et des interactions des circuits positifs. Pour les réseaux monotones à deux ou plusieurs états, ayant un graphe de connexion symétrique, nous étudions la longueur maximum des cycles. À ce sujet, nous construisons une famille de ces réseaux ayant des cycles de longueur maximum. En outre, nous démontrons que, dans le cas particulier de graphes de type caterpillar, les cycles du réseau sont de longueur inférieure ou égale à deux. Dans le cas des réseaux AND-OR, nous étudions le problème de la dynamique inverse et nous exhibons le nombre maximal exact de points fixes. En outre, nous étudions l'ensemble des points fixes de ces réseaux avec un nouveau type d'itération développé dans cette thèse : l'itération séquentielle de sous-graphes. Enfin, en guise d'application des résultats obtenus dans cette thèse, nous proposons, en collaboration avec des biologistes, la construction partielle d'un réseau de régulation génétique pour la formation du sillon ventral de la Drosophile Melanoyaster lors du développement précoce de l'embryon
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Casabona, Maria guillermina. "Mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation post-traductionnelle du système de sécrétion du type VI chez Pseudomonas aeruginosa." Phd thesis, Université de Grenoble, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00949206.
Full textAbstract:
La bactérie à Gram-négatif Pseudomonas aeruginosa est un pathogène humain opportuniste qui peut causer des infections chroniques pouvant conduire à la mort des patients, et plus particulièrement ceux atteints de la mucoviscidose. Il a été montré qu'un de ses trois systèmes de sécrétion de type VI (SST6) est actif durant les infections chroniques, le SST6-H1. P. aeruginosa est capable d'injecter des toxines de type bactériolytique directement dans le périplasme des autres bactéries à Gram-négatif grâce au SST6-H1, ce qui laisse penser que cette nanomachine pourrait être capitale dans la compétitivité de P. aeruginosa dans les niches polymicrobiennes, comme par exemple un poumon infecté. Cette nanomachine insérée dans l'enveloppe bactérienne est régulée au niveau post-traductionnel par une voie de phosphorylation ressemblant à celles des eucaryotes. Cette voie est constituée par une kinase, PpkA, et une phosphatase, PppA, qui modulent ensemble le niveau de phosphorylation de la protéine Fha1. Nous avons démontré que quatre protéines spécifiques de Pseudomonas appelées TagT, TagS, TagR et TagQ, agissent en amont du couple PpkA/PppA, et sont indispensables pour l'activation du SST6-H1. De plus, elles sont aussi nécessaires lors de compétitions entre P. aeruginosa et d'autres bactéries. Nous avons montré que TagR, connue comme étant une protéine périplasmique, est en fait associée à la membrane externe et cette localisation dépend de TagQ, une lipoprotéine ancrée dans le feuillet interne de la membrane externe. TagT et TagS forment un transporteur de type ABC qui a une activité d'ATPase. L'association de TagR à la membrane externe a été mise en évidence par des études de protéomique à haut débit qui avaient pour but la caractérisation des membranes externe et interne de P. aeruginosa. Grâce à l'analyse des résultats, unmodèle de l'assemblage du SST6-H1 au sein de l'enveloppe a pu être proposé. Ce travail a permis l'identification de plus de 1700 protéines, parmi elles un complexe multi-protéique incluant MagD, une protéine homologue à la macroglobuline humaine. Les résultats obtenus lors de la caractérisation de ce complexe sont aussi présentés dans ce manuscrit.
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Casabona, Maria Guillermina. "Mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation post-traductionnelle du système de sécrétion du type VI chez Pseudomonas aeruginosa." Thesis, Grenoble, 2013. http://www.theses.fr/2013GRENV009/document.
Full textAbstract:
La bactérie à Gram-négatif Pseudomonas aeruginosa est un pathogène humain opportuniste qui peut causer des infections chroniques pouvant conduire à la mort des patients, et plus particulièrement ceux atteints de la mucoviscidose. Il a été montré qu‘un de ses trois systèmes de sécrétion de type VI (SST6) est actif durant les infections chroniques, le SST6-H1. P. aeruginosa est capable d'injecter des toxines de type bactériolytique directement dans le périplasme des autres bactéries à Gram-négatif grâce au SST6-H1, ce qui laisse penser que cette nanomachine pourrait être capitale dans la compétitivité de P. aeruginosa dans les niches polymicrobiennes, comme par exemple un poumon infecté. Cette nanomachine insérée dans l'enveloppe bactérienne est régulée au niveau post-traductionnel par une voie de phosphorylation ressemblant à celles des eucaryotes. Cette voie est constituée par une kinase, PpkA, et une phosphatase, PppA, qui modulent ensemble le niveau de phosphorylation de la protéine Fha1. Nous avons démontré que quatre protéines spécifiques de Pseudomonas appelées TagT, TagS, TagR et TagQ, agissent en amont du couple PpkA/PppA, et sont indispensables pour l'activation du SST6-H1. De plus, elles sont aussi nécessaires lors de compétitions entre P. aeruginosa et d'autres bactéries. Nous avons montré que TagR, connue comme étant une protéine périplasmique, est en fait associée à la membrane externe et cette localisation dépend de TagQ, une lipoprotéine ancrée dans le feuillet interne de la membrane externe. TagT et TagS forment un transporteur de type ABC qui a une activité d'ATPase. L'association de TagR à la membrane externe a été mise en évidence par des études de protéomique à haut débit qui avaient pour but la caractérisation des membranes externe et interne de P. aeruginosa. Grâce à l'analyse des résultats, unmodèle de l'assemblage du SST6-H1 au sein de l'enveloppe a pu être proposé. Ce travail a permis l'identification de plus de 1700 protéines, parmi elles un complexe multi-protéique incluant MagD, une protéine homologue à la macroglobuline humaine. Les résultats obtenus lors de la caractérisation de ce complexe sont aussi présentés dans ce manuscritPseudomonas aeruginosa is a human opportunistic pathogen that can cause severe infections and death in chronically infected cystic fibrosis (CF) patients. It has been shown that one of its three Type VI Secretion Systems (T6SS), the H1-T6SS, is active during chronic infections in CF patients. P. aeruginosa injects bacteriolytic toxins directly into other Gram-negative bacteria by means of its H1-T6SS, which could be of high importance in its outcome in complex niches such as an infected lung. This trans-envelope nanomachine is posttranslationally regulated by a eukaryotic-like phosphorylation pathway, which includes a kinase-phosphatase pair, PpkA and PppA, respectively. In this work, TagT, TagS, TagR and TagQ, Pseudomonas specific T6SS proteins that are encoded in the same operon as Ppka, PppA and Fha1, were analysed functionally and biochemically. We found that these four proteins are indispensable for the activation of H1-T6SS, by acting upstream of the phosphorylation checkpoint. Moreover, they were also needed for intra- and inter-species fitness mediated by H1-T6SS. We discovered that TagR, a periplasmic protein, associates with the outer membrane (OM) of P. aeruginosa in a TagQ-dependent manner. TagQ is an OM lipoprotein that faces the periplasm. TagT and TagS form a membrane-bound complex, an ABC transporter, with ATPase activity. TagR association with the OM was discovered by shotgun mass spectrometry analyses of the OM and the inner membrane (IM) of P. aeruginosa. In this work, the IM and OM sub-proteomes of P. aeruginosa are also presented, with highlights on T6SS global assembly. Moreover, these two sub-proteomes allowed the identification of a novel envelope-associated complex with macroglobulin-like protein, MagD. The studies concerning this protein and its partners in P. aeruginosa are also presented in this manuscript
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Ait, Ghezala Hayet. "La terminaison de la traduction et la régulation traductionnelle de l'activateur de la transcription ATF4 chez les mammifères." Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066315.
Full textAbstract:
Le taux de synthèse protéique est un des déterminants majeurs de la croissance des cellules, de leur progression à travers le cycle cellulaire et de leur prolifération. Il est contrôlé par plusieurs voies de signalisation qui mettent en jeu des protéines kinases et des cascades de phosphorylation qui ont pour cibles des facteurs agissant principalement dans les étapes d'initiation et d'élongation du processus de traduction de l'ARN messager en protéine. Ces voies de signalisation, et en particulier la voie de la protéine kinase mTOR (mammalian Target of Rapamycin), permettent d'adapter le taux de synthèse protéique à la disponibilité en nutriments et en énergie et à diverses stimulations extracellulaires provoquées par des hormones, des facteurs de croissance ou des stress. Notre équipe a montré qu'une déplétion du facteur de terminaison de la traduction eRF3a dans des cellules humaines en culture entraînait un arrêt du cycle cellulaire par inhibition de la voie mTOR chez les eucaryotes. Cette déplétion induit parallèlement une augmentation de l’expression d’un certains nombre de gènes, en particulier des gènes impliqués dans la biosynthèse des acides aminés et des gènes sous le contrôle de ATF4 comme les gènes REDD1 ou TRIB3 qui sont connus pour être des inhibiteurs de la voie mTOR. Ces gènes sont habituellement exprimés en condition de stress à travers la voie eIF2α. Nous avons montré que la déplétion du facteur eRF3a agit sur la voie mTOR par l’intermédiaire du gène REDD1, et ceci indépendamment de la voie eIF2α. Nous avons ainsi identifié un nouveau mécanisme de régulation de la voie mTOR qui passe par l’induction de l’expression d’ATF4The rate of protein synthesis is a major determinant of cell growth, proliferation through the cell cycle and cell proliferation. It is controlled by several signaling pathways involving protein kinases and phosphorylation cascades that target factors acting mainly in the initiation and elongation steps of the mRNA translation process. These signaling pathways, and in particular the protein kinase mTOR (mammalian Target of Rapamycin), adjust the rate of protein synthesis to nutrient and energy availability and to various extracellular stimuli caused by hormones, growth factors or stress. We have shown that the depletion of the translation termination factor eRF3a in human cells induces a cell cycle arrest by inhibiting the mTOR pathway in eukaryotes. This depletion induces in parallel an increase in the expression of numerous genes, especially genes involved in the biosynthesis of amino acids and genes under the control of ATF4, as REDD1 or TRIB3, known to be inhibitors of the mTOR pathway. These genes are usually expressed under stress conditions through the eIF2α pathway. We have shown that eRF3 depletion acts on the mTOR pathway through the REDD1 gene, independently of the eIF2α pathway. We have characterized a new mTOR regulation mechanism, which involves ATF4 induction
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Laurent, Anne-Marie. "Régulation traductionnelle de l'expression génique cellulaire et virale après infection par le virus herpes simplex de type 1." Lyon 1, 1998. http://www.theses.fr/1998LYO1T043.
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Alberts, Jens. "Contrat et réseau, le franchisage comme exemple d'une régulation juridique hybride." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1998. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk2/ftp04/mq26145.pdf.
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Saujet, Laure. "Etude du réseau de régulation de la sporulation chez Clostridium difficile." Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077269.
Full textAbstract:
Clostridium difficile est un bacille à Gram positif anaérobie strict et sporulé, responsable de diarrhées post-antibiotiques. Peu de données existent sur les processus cellulaires induits à rentrée en phase stationnaire de manière concomitante à la synthèse des toxines et sur les réseaux de régulation contrôlant la phase stationnaire et la sporulation. Nous avons construit un mutant sigH afin de déterminer le rôle de SigH, qui est un facteur sigma alternatif permettant l'expression de gènes de phase de transition et de l'initiation de la sporulation chez B. Subtilis. Nous avons comparé les profils d'expression de la souche 630Aerm et du mutant sigH en début de phase stationnaire. Chez C. Difficile, SigH régule l'expression de nombreux gènes impliqués dans la motilité, la sporulation, la division cellulaire, la virulence et le métabolisme. Enfin, l'expression des gènes de toxines est régulée négativement par SigH. Nous nous sommes ensuite intéressés à la cascade de régulation de la sporulation chez C. Difficile, qui implique 4 facteurs sigma chez B. Subtilis : SigF, SigE, SigG et SigK. Nous avons comparé les profils d'expression ; des mutants sigF, sigE, sigG et sigK et de la souche 630Aerm. Nous avons ainsi défini les régulons de chacun de ces facteurs sigma et montré que chez C. Difficile, le régulon SigE n'est pas sous la dépendance stricte de SigF et que SigG n'est pas nécessaire à l'activité de SigK. Nous avons aussi analysé le réseau de régulation dans chaque compartimeht de la spore et étudié le rôle des régulateurs SpoIIID et SpoVT. Ce travail a mis en évidence une communication moins stricte entre les deux compartiments de la spore que chez B. SubtilisClostridium difficile is a Gram-positive anaerobic spore-forming bacteria which is responsible for post-antibiotic diarrhea. Few data exist on cellular processes induced at the onset of stationary phase concomitantly with the synthesis of toxins and regulatory networks controlling stationary phase and sporulation. We constructed a sigH mutant to determine the role of SigH, which is an alternative sigma factor involved in the transcription of phase transition and initiation of sporulation genes in B. Subtilis. We compared the expression profiles of 630Aerm strain and the sigH mutant after 10 h of growth. In C. Difficile, SigH regulates the expression of many genes involved in motility, sporulation, cell division, virulence and metabolism. Finally, the expression of toxin genes is negatively regulated by SigH. We then studied the regulatory cascade of sporulation in C. Difficile, involving four sigma factors in B. Subtilis: SigF, SigE, SigG and SigK. We compared the expression profiles of the sigF, sigE, sigG and sigK mutants and the 6300erm strain. We defined the regulons of these sigma factors and showed that in C. Difficile, the SigE regulon is not under the strict dependence of SigF and SigG is not necessary for the SigK activity. We also analyzed the regulatory network in each compartment of the spore and studied the rote of SpoIIID and SpoVT regulators. This work showed a less strict communication between the two compartments of the spore in C. Difficile compared to B. Subtilis
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Tremblay, Jessy. "Étude de la régulation transcriptionnelle et post-traductionnelle du gène YPS1 codant pour l'endoprotéase yapsine-1 de Saccharomyces cerevisiae." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2001. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp04/MQ57841.pdf.
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Caillaud, Alexandre. "Rôle du facteur de transcription IRF-7 dans la défense cellulaire antivirale : étude des mécanismes de régulation post-traductionnelle." Paris 7, 2004. http://www.theses.fr/2004PA077029.
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Soty, Maud. "Mécanismes de régulation post-traductionnelle de la glucose-6-phosphatase par l'AMPc : importance de la glucose-6-phosphate translocase." Lyon 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LYO10012.
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Benjamin, Julie-Anna. "Étude et modélisation des mécanismes de régulation des petits ARN régulateurs chez Escherichia coli." Thèse, Université de Sherbrooke, 2014. http://hdl.handle.net/11143/5393.
Full textAbstract:
L’avancement des connaissances sur la biologie de l’ARN progresse à un rythme effréné. En effet, les découvertes des dernières années ont confirmé l’importance de l’ARN comme régulateur. Par exemple, de courtes molécules d’ARN, appelées sRNA (small RNA), ont été identifiées comme régulateurs post-transcriptionnels majeurs, capables de moduler l’expression des ARN messagers (ARNm) chez les procaryotes. Généralement, le mode d’action de ces sRNA consiste à s’attacher de manière anti-sens à leurs ARNm cibles, au site de la liaison du ribosome située dans la région 5′ non traduite de l’ARNm. L’inhibition de la traduction par le sRNA conduit, dans la majorité des cas, à la dégradation rapide de l’ARNm.
Dans le cadre de mes travaux de recherche, j’ai participé à modéliser, à partir de données biologiques, certains mécanismes de régulation de cibles ARNm. Plus précisément, deux des sRNA, parmi les mieux caractérisés chez E. coli, soient RyhB et Spot42, ont été analysés. Cette étude a montré qu’un sRNA peut réguler ses cibles selon différents régimes (efficace ou modéré) en fonction du mode de régulation priorisé par le sRNA, et ce, indépendamment de son abondance relative. Ces résultats permettront d’améliorer notre compréhension et notre capacité à prédire l’efficacité d’un sRNA à réguler ses cibles ARNm.
Par des recherches subséquentes, il m’a été possible de démontrer que l'expression de l’ARNm encodant pour la protéine aconitase B était régulée de manière antagoniste à la fois par le sRNA RyhB et par la protéine aconitase B et ce, dans une condition de carence en fer. Par la suite, j’ai pu mettre en évidence un deuxième mécanisme de régulation similaire pour l’ARNm grxD, encodant pour la glutharédoxine D. Jusqu'à ce jour, le sRNA RyhB démontrait une efficacité infaillible pour dégrader ses ARNm cibles. Les résultats obtenus durant ce projet démontrent sans équivoque une nouvelle voie de protection permettant à l’ARNm d'éviter la dégradation par un petit ARN régulateur. Ce mécanisme de protection de l'ARNm ouvre la porte à un tout nouveau processus cellulaire de régulation post-transcriptionnelle qui s'étend sûrement à un groupe plus important d’ARN.
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Jbel, Mehdi. "Caractérisation in vivo du mécanisme d'action du métallorégulateur Fep1." Thèse, Université de Sherbrooke, 2011. http://hdl.handle.net/11143/5807.
Full textAbstract:
L'objectif de mes travaux de doctorat était d'approfondir les connaissances sur le mode d'action du répresseur transcriptionnel Fep1 et de découvrir les mécanismes posttraductionnels par lesquels son activité serait régulée. Mes travaux ont été entrepris dans un contexte génétique php4[delta], où la régulation Php4-dépendante a été abolie. Ceci a permis d'exprimer Fep1 constitutivement et par conséquent d'étudier les effets directs du fer sur la protéine en la découplant de sa régulation transcriptionnelle par Php4. Dans le but de mieux caractériser la fonction de liaison à l'ADN de Fep1 dans un contexte in vivo, j'ai procédé par une approche d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP). Grace à une protéine de fusion TAP-Fep1, j'ai démontré que Fep1 s'associe à la chromatine de manière fer-dépendante. En utilisant différentes versions mutantes de la protéine TAP-Fep1, j'ai démontré que la région N-terminale de Fep1 est requise pour la liaison à la chromatine, cette région couvrant les 241 premiers acides aminés. Le rôle de la région C-terminale serait d'assurer la répression transcriptionnelle des gènes cibles étant donné qu'elle s'associe avec les corépresseurs Tup. Au niveau de la région N-terminale de Fep1, plusieurs motifs sont nécessaires pour une liaison optimale de Fep1 à la chromatine, notamment, deux doigts de zinc (ZF1 et ZF2) et une région riche en résidus cystéines (CRD). Lorsque la région 1-241 est fusionnée au domaine VP16 de transactivation, cette nouvelle protéine agit comme un activateur fer-dépendant, ce qui suggère que le domaine de liaison à la chromatine de Fep1 agit de façon modulaire et ce, indépendamment de la région C-terminale de la protéine. Afin d'élucider le mécanisme post-traductionnel impliqué dans l'inactivation de Fep1 en situation de carence de fer, j'ai procédé par une approche génétique. Grâce à une délétion du gène qui code pour la monothiolglutarédoxine Grx4, j'ai pu démontrer son rôle dans l'inactivation de Fep1 en réponse à la carence en fer. En effet, dans une souche grx4A, Fep1 agit comme un répresseur transcriptionnel constitutif. J'ai pu démontrer que la présence de Grx4 est nécessaire pour assurer le relargage de Fep1 de la chromatine en réponse à la carence en fer. La monothiolglutarédoxine, Grx4, est caractérisée par la présence de deux domaines fonctionnels: un domaine en N-terminal appelé thiorédoxine (TRX) et un domaine C-terminal appelé glutarédoxine (GRX). L'étude d'interaction de Fep1 avec Grx4 a révélé que le domaine TRX interagit avec la région C-terminale de Fep1 et ce, de manière constitutive. Par contre, le domaine GRX de Grx4 s'associe avec la région N-terminale de Fep1 et ce, d'une manière fer-dépendante. De plus, dans une souche grx4[delta], le domaine GRX s'est révélé être nécessaire à la fonction d'inhibition de Fep1 en réponse à la carence en fer. Le régulateur Fep1 possède plusieurs homologues fonctionnels potentiels chez les levures filamenteuses pathogènes, notamment Sfu1 chez Candida albicans. Grâce à l'expression de la protéine Sfu1 dans une souche fep1[delta], nous avons révélé le haut degré de conservation entre ces deux facteurs de transcription. En effet, l'expression hétérologue de Sfu1 dans S. pombe restaure tous les phénotypes observés suite à l'inactivation du gène fep1[indice supérieur +]. En conclusion, durant mes travaux de doctorat, j'ai caractérisé des déterminants moléculaires qui dictent la fonction du répresseur transcriptionnel Fep1. Ainsi, j'ai déterminé des régions nécessaires de Fep1 qui assurent sa liaison à la chromatine. J'ai aussi identifié un nouveau mécanisme de régulation post-traductionnelle de Fep1 faisant intervenir la monothiolglutarédoxine Grx4. De plus, j'ai démontré le potentiel qu'offre la compréhension des mécanismes de régulation de l'homéostasie du fer chez la levure à fission, puisque ce modèle peut être transposé jusqu'à un certain degré aux autres levures pathogènes, notamment, C. albicans. Enfin, étant donné l'importance de l'assimilation du fer pour le pouvoir infectieux de plusieurs levures pathogènes, il devient évident que les modes de régulation de l'acquisition du fer doivent être élucidés afin de contrer les levures pathogènes"--Résumé abrégé par UMI
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Deschinkel, Karine. "Régulation du trafic aérien par optimisation dynamique des prix d'utilisation du réseau." École nationale supérieure de l'aéronautique et de l'espace (Toulouse ; 1972-2007), 2001. http://www.theses.fr/2001ESAE0009.
Full textAbstract:
Le travail développé dans cette thèse porte sur l'élaboration d'un système de tarification dynamique des secteurs aériens pour réduire la congestion de l'espace. Un modèle décrivant la relation entre les prix d'entrée dans les secteurs et le choix des routes et des périodes de décollage par les compagnies aériennes est proposé. Les paramètres du modèle sont estimés en minimisant la différence entre un nombre de vols observés et un nombre de vols issus du modèle. Les prix de secteurs sont calculés de manière à minimiser la différence entre un nombre de vols définis par une cible et un nombre de vols issus du modèle. La cible correspond à une répartition du trafic dans le temps et dans l'espace qui conduit à une forte réduction de la congestion. Deux stratégies de tarification sont envisagées. La première consiste à établir des prix par secteur et par période indépendamment les uns des autres. La deuxième stratégie de tarification consiste à limiter le nombre de valeurs de prix et à affecter un niveau de prix à chaque secteur à chaque période. Plusieurs algorithmes basés sur la méthode du gradient, le recuit simulé et la méthode Tabou sont développés pour résoudre les problèmes d'optimisation. Tous ces algorithmes sont testés et comparés sur trois scénarios de trafic. Les résultats de l'optimisation et des simulations de trafic montrent que la tarification mise en place permet d'orienter partiellement le choix des compagnies et de diminuer les pointes de congestion.
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Tansug, Çagla. "La régulation des services publics de réseau en France et en Turquie." Paris 1, 2009. http://www.theses.fr/2009PA010275.
Full textAbstract:
La France et la Turquie ont une tradition de servIce public très similaire jusqu'à l'ouverture à la concurrence d'une partie de ces services en particulier ceux des télécommunications et de l'électricité dont l'activité s'exerce par un réseau. Pour l'ouverture à la concurrence, les législateurs français et turc ont fait des choix parallèles: définition d'une fonction administrative de «régulation» de ces services de réseau et création d'autorités sectorielles indépendantes responsables de celle-ci. Cependant la comparaison des droits français et turc révèle plusieurs différences dans la conception de la fonction de régulation et la définition de ses objectifs ainsi que les règles d'organisation et les pouvoirs des dites autorités administratives indépendantes.
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Champion, Magali. "Contribution à la modélisation et l'inférence de réseau de régulation de gènes." Toulouse 3, 2014. http://thesesups.ups-tlse.fr/2613/.
Full textAbstract:
Cette thèse propose des développements autour de l'étude théorique et l'utilisation de méthodes statistiques mathématiques et d'optimisation dans le contexte des réseaux géniques. De tels réseaux sont des outils puissants de représentation et d'analyse de systèmes biologiques complexes, et permettent de modéliser des relations fonctionnelles entre les éléments qui composent ces systèmes. La première partie de cette thèse est consacrée à l'étude de méthodes d'apprentissage statistique pour inférer ces réseaux par le biais de régressions parcimonieuses dans le contexte de grande dimension, et plus particulièrement les algorithmes de L2 -Boosting. D'un point de vue théorique, nous montrons des résultats de consistance et de stabilité du support, sous des hypothèses concernant notamment la dimension du problème. La deuxième partie concerne l'utilisation des algorithmes de L2 -Boosting pour l'apprentissage d'indices de Sobol dans le cadre d'analyse de sensibilité. Pour estimer ces indices, on s'appuie sur la décomposition du modèle sous forme de fonctionnelles d'ANOVA. Les composantes sont estimées via une procédure d'orthogonalisation hiérarchique de Gram-Schmidt, visant à construire une approximation de la base analytique, et une procédure de L2 -Boosting pour reconstruire une approximation parcimonieuse du signal. Nous montrons alors que l'estimateur obtenu est consistant dans un contexte de bruit sur le dictionnaire d'approximation. La dernière partie concerne enfin le développement de méthodes d'optimisation pour estimer des interactions au sein de réseaux. Nous montrons que le problème de minimisation de la log-vraisemblance peut être réécrit sous la forme d'un problème de double optimisation, consistant à trouver la forme complète du graphe (ordre des variables au sein du graphe) puis à le rendre parcimonieux. Nous proposons de le résoudre par le biais d'un algorithme génétique, spécifiquement adapté à la structure de notre problèmeThis manuscript intends to study a theoretical analysis and the use of statistical and optimization methods in the context of gene networks. Such networks are powerful tools to represent and analyse complex biological systems, and enable the modelling of functional relationships between elements of these systems. The first part is dedicated to the study of statistical learning methods to infer networks, from sparse linear regressions, in a high-dimensional setting, and particularly the L2-Boosting algorithms. From a theoretical point of view, some consistency results and support stability results were obtained, assuming conditions on the dimension of the problem. The second part deals with the use of L2-Boosting algorithms to learn Sobol indices in a sensitive analysis setting. The estimation of these indices is based on the decomposition of the model with functional ANOVA. The elements of this decomposition are estimated using a procedure of Hierarchical Orthogonalisation of Gram-Schmidt, devoted to build an approximation of the analytical basis, and then, a L 2 -Boosting algorithm, in order to obtain a sparse approximation of the signal. We show that the obtained estimator is consistant in a noisy setting on the approximation dictionary. The last part concerns the development of optimization methods to estimate relationships in networks. We show that the minimization of the log-likelihood can be written as an optimization problem with two components, which consists in finding the structure of the complete graph (order of variables of the nodes of the graph), and then, in making the graph sparse. We propose to use a Genetic Algorithm, adapted to the particular structure of our problem, to solve it
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Le, Nguyen-Hung. "Régulation post-traductionnelle et recherche d'inhibiteurs de la protéine FadD32, essentielle à la biosynthèse des acides mycoliques chez Mycobacterium tuberculosis." Thesis, Toulouse 3, 2017. http://www.theses.fr/2017TOU30238.
Full textAbstract:
La recrudescence de la tuberculose et l'apparition des souches de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) résistantes aux antibiotiques souligne la nécessité de rechercher de nouveaux antituberculeux avec de nouveaux mécanismes d'action. Les mycobactéries possèdent une membrane externe (appelée aussi mycomembrane), très riche en lipides qui leur confère une imperméabilité remarquable. Les constituants majeurs de la mycomembrane sont des acides gras originaux et à très longue chaine, appelés acides mycoliques (AMs). La biosynthèse de ces AMs est essentielle à la croissance mycobactérienne et comporte des enzymes-clefs, dont nombreuses ont été validées comme des cibles prometteuses pour la recherche de nouveaux antituberculeux. Parmi elles, FadD32, une Fatty-acyl AMP Ligase impliquée dans l'étape ultime de cette voie de biosynthèse. Si les propriétés physico-chimiques de l'enzyme ont été caractérisées, la régulation de l'activité de cette enzyme essentielle reste encore à découvrir. La première partie de cette thèse porte sur la mise en évidence de la régulation post-traductionnelle par phosphorylation de FadD32 par des Sérine/Thréonine Protéine Kinases (STPKs) de type eucaryote. Nous avons montré que FadD32 pouvait être phosphorylée in vitro par plusieurs STPKs de Mtb. Cette phosphorylation réversible module négativement l'activité de la protéine, comme démontré pour d'autres protéines de la voie de biosynthèse des AMs. Afin de mieux comprendre l'impact de la phosphorylation par STPK sur la production des AMs et sur la synthèse de la mycomembrane, nous avons surexprimé une STPK de Mtb chez M. smegmatis, espèce modèle des mycobactéries. Nous avons pu observer un changement significatif de la quantité des AMs. Dans la deuxième partie de la thèse, nous avons optimisé et réalisé le criblage biochimique d'une chimiothèque sur l'activité de FadD32 et avons identifié des touches qui devraient servir dans la recherche de nouveaux agents antituberculeuxThe resurgence of tuberculosis (TB), together with the emergence of drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis (Mtb), highlights the need for new anti-TB drugs with novel mechanisms of action. Mycobacteria possess an outer membrane (also called mycomembrane), which confers to them a remarkably impermeable cell envelope. The major constituents of the mycomembrane are very long-chain fatty acids with original structures, the so-called mycolic acids (MAs). The biosynthesis of MAs is essential for mycobacterial growth and involves several key enzymes, many of which have been validated as promising anti-TB drug targets. Among them, FadD32, a Fatty-acyl AMP Ligase implicated in the last step of the biosynthesis pathway, has been characterized biochemically and its protein structure has been solved recently. However, the regulation aspect of the enzyme is still to be deciphered. The first part of the thesis focuses on the post-translational regulation by protein phosphorylation of FadD32 by eukaryotic-like Serine/Threonine Protein Kinases (STPKs). We showed that FadD32 is the substrate of several Mtb STPKs. The reversible phosphorylation negatively modulates the adenylation activity of the protein. In order to determine the impact of the post-translational regulation on MA production, we over-expressed a STPK of Mtb in M. smegmatis, a validated surrogate of Mtb. We observed a significant change in the amounts of MAs. In the second part of the thesis, we screened a chemical library against FadD32 and identified several hits that should help in the development of new anti-TB agents
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Glorian-Schmitt, Valérie. "Contribution à la compréhension de la régulation de la traduction sélective des ARNm sous stress, par l'étude de la régulation traductionnelle de l'ARNm de la GTPase rhoB sous UV." Toulouse 3, 2012. http://thesesups.ups-tlse.fr/1281/.
Full textAbstract:
Lors de stress génotoxiques, une programmation rapide, spécifique et hautement contrôlée de l'expression des gènes est nécessaire, pour permettre aux cellules de s'adapter aux nouvelles conditions environnementales. La traduction des ARNm, l'étape finale de l'expression de l'information génétique est un processus finement régulé. Ainsi, sous différents stress, bien que la traduction de la plupart des ARNm soit inhibée, certains ARNm, codant des protéines impliquées dans le contrôle de la mort cellulaire, de la réparation de l'ADN ou du cycle cellulaire, sont préférentiellement traduits. Afin d'étendre la compréhension de ces mécanismes, nous nous sommes intéressés à la régulation de la traduction de l'ARNm de la GTPase rhoB sous UV. RhoB est un gène de réponse précoce, qui est induit sous UV pour participer à la réponse apoptotique. De plus, au cours de l'oncogénèse rhoB a un rôle suppresseur de tumeur et son expression protéique est diminuée dans plusieurs cancers. Nos résultats montrent que la traduction de l'ARNm codant rhoB est réprimée par l'action interdépendante du microARN miR-19 et de la protéine de liaison aux ARNm HuR. Nous mettons en évidence un nouveau mécanisme par lequel l'ARNm de rhoB résiste à l'inhibition générale de la traduction sous UV. Cet effet n'est pas associé à une variation de l'expression de miR-19 sous UV, mais implique la dissociation de HuR et de miR-19 de l'ARNm de rhoB, levant ainsi la répression traductionnelle de l'ARNm de rhoB exercée par ces facteurs. Nos travaux démontrent également que cette régulation contribue au rôle anti-apoptotique de RhoB sous UV. En conclusion, cette étude suggère que la régulation de la traduction par des microRNAs et des protéines de liaison aux ARNm puisse être déterminante dans de nombreux processus cellulaires et plus particulièrement dans la réponse au stressWhen confronted with genotoxic stress, a highly specific and controlled gene expression program is necessary to allow cells to adapt rapidly to environmental changes. MRNA translation, the final step of gene expression, is finely regulated. Although global protein synthesis is inhibited by different cell stresses, mRNAs encoding some stress response proteins are preferentially translated. To study stress-dependent regulation of translation, we have investigated the translational regulation of the immediate-early response gene rhoB upon UV exposure. UV-induced RhoB expression contributes to the regulation of keratinocyte cell survival after UV exposure. RhoB has also been proposed to act as a tumor suppressor and its expression is often down-regulated in several cancers. We have shown that miR-19 and HuR bind to rhoB mRNA in an interdependent manner to inhibit RhoB expression. We have identified a novel mechanism by which the rhoB mRNA evades global repression of translation upon UV exposure. This effect is not associated with UV-dependant regulation of miR-19 expression but involves the loss of the interdependent binding of HuR and miR-19 on the rhoB mRNA upon UV exposure. Thus, inhibition of rhoB mRNA translation mediated by those factors is relieved. Furthermore, we have shown that this regulation contributes to the anti-apoptotic function of RhoB. This work suggests that the regulation of translation by microRNAs and mRNA binding proteins may be determinant in several cellular processes including the response to stress
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Masse, Thierry. "Régulation traductionnelle de l'expression génétique dans des cellules infectées par le virus Herpes simplex de type 1 : définition d'un modèle expérimental." Lyon 1, 1990. http://www.theses.fr/1990LYO10150.
Full textAbstract:
Apres infection de cellules permissives par le virus herpes simplex de type 1, les ribosomes sont modifies de facon sequentielle par le virus qui: utilise une voie metabolique preexistante pour stimuler la phosphorylation de s6, en absence de serum et egalement en absence d'expression du genome viral; induit de nouvelles activites kinasiques specifiques de proteines ribosomiques habituellement non phosphorylees; entraine l'association aux ribosomes de proteines phosphorylees d'origine virale probable. Ces modifications des ribosomes sont correlees avec les changements de la synthese proteique survenant au cours du cycle viral. Le cycle des phosphatidyl inositols est stimule tres tot apres infection, pendant la phase d'adsorption et de penetration. La stimulation viro-induite de la phosphorylation de s6 passerait exclusivement par cette voie d'activation mitogenique, mais independamment de l'activation de la proteine kinase c. Enfin, le blocage de cette voie metabolique par un inhibiteur ou par l'oncogene ras entraine le maintien de la synthese proteique cellulaire apres infection ainsi qu'une inhibition de la multiplication de hsv-1. La stimulation de cette voie mitogenique lors de l'infection par hsv-1 semble donc participer a la preparation de la cellule pour le developpement du cycle de multiplication viral. Le role de l'extremite 5 non traduite d'un arn messager d'hsv-1 a ete analyse dans un systeme permettant l'expression d'arnm constitues de tout ou partie de l'extremite 5 non traduite de l'arnm d'icp-22 et de la partie traduite de l'arnm codant pour la chloramphenicol acetyl transferase bacterienne. Ce modele experimental a permis de demontrer que la sequence 5 non traduite d'un arnm tres precoce d'hsv-1 est impliquee dans la regulation de l'expression de ce gene
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Lourenço-Dias, Lionel. "FGF, FGF-2 et VEGF : régulation traductionnelle in vivo et nouvelle approche de la thérapie génique de l'ischémie des membres inférieurs." Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30272.
Full textAbstract:
L'expression des facteurs angiogéniques majeurs ( FGF-1, FGF-2 et VEGF-A) est régulée au niveau traductionnel par des éléments structuraux de leur ARNm appelés IRES (Internal Ribosome Entry Sites). Ils permettent une initiation de la traduction indépendante du mécanisme classique dépendant de la coiffe. Cette thèse porte sur la régulation de l'activité des IRESs des ARNm du FGF-1, du FGF-2 et du VEGF-A. Nous avons utilisé un modèle de souris transgéniques et démontré ainsi que l'activité de ces IRES d'ARNm cellulaires est finement régulée in vivo dans des conditions physiopathologiques précises. Les IRES sont utilisés dans une perspective biotechnologique car ils permettent de co-exprimer plusieurs molécules à partir d'un seul ARNm. Notre objectif est de créer des vecteurs dits multicistroniques co-exprimant, grâce aux IRES, plusieurs facteurs pro-angiogéniques, en espérant obtenir un effet synergique activateur de l'angiogenèse réparatrice lors de l'ischémie du membre inférieurGene expression of the major angiogenic factors (FGF-1, FGF-2 and VEGF-A) is controlled at the translational level by structural elements of their mRNA called IRES (Internal Ribosome Entry Sites). They allow an initiation of the translation independent of the traditional cap-dependent mechanism. This study concern the regulation of IRESs activities contained in FGF-1, FGF-2 and VEGF-A mRNA. We used a model of transgenic mice in and we showed that the activity of these IRESs of cellular mRNA is finely controlled in vivo under physiopathological conditions. IRESs were used in biotechnological applications. Indeed, they are translational enhancers and they make possible to co-express several molecules from one mRNA. Our objective was to create “multicistronic” vectors to co-express, thanks to IRESs, several pro-angiogenic factors, while hoping to obtain a synergistic effect in neo-vascularization of the lower limb ischemia
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Baradel, Bernard. "Un outil d'aide à la régulation du trafic sur réseau autoroutier maillé périurbain." Lyon, INSA, 1994. http://www.theses.fr/1994ISAL0113.
Full textAbstract:
Le nombre d'automobiles sur les réseaux péri-urbains de voies rapides ne cesse d'augmenter et, malheureusement, bouchons et congestions de toutes sortes ne cessent de s'amplifier. Une analyse des causes d'encombrements montre que ceux-ci sont dus, à parts égales, au manque de capacité du réseau, ainsi qu'aux événements exceptionnels (travaux, accidents). Les exploitants autoroutiers afin d’améliorer la qualité de service offerte aux usagers sont parties prenantes pour élaborer un système d’aide à la gestion du trafic. Afin de réaliser un logiciel d'aide à la gestion du trafic, toute une démarche méthodologique est présentée allant de la description des objectifs du système, de la justification de la démarche sur deux études concrètes (CORALY et SIRIUS) jusqu'à la description de l’ensemble des logiciels utilisés ou réalisés pour atteindre les objectifs définis. Le système présenté est fondé sur une modélisation macroscopique du trafic automobile, ainsi que sur une modélisation du comportement des usagers face à des informations ou conseils présentés sur des panneaux autoroutiers. Cette modélisation permet d'effectuer la prévision des situations en temps réel et de tester par la simulation des hypothèses de gestion du trafic. En complément du simulateur, un système expert d'aide à la gestion du trafic connecté au simulateur élabore des propositions de gestion du trafic, ainsi qu'une explication les justifiant. Ces propositions, si elles sont retenues par l’opérateur en charge de la gestion du trafic, sont implémentées sur le réseau autoroutier. Le système baptisé OPERA est à l'heure actuelle au stade de prototype informatique alimenté par des données de trafic réelles sur le réseau maillé écossais. Une évaluation a été faite par simulation sur une maquette du réseau Est des voies rapides de l’Ile-de-France; elle montre que le système de gestion procure des gains de temps passés surie réseau de 5 à 10% lors d'événements imprévus au cours des périodes de pointeOn peri-urban motorway network congestion problems are growing due to lack of capacities and incidents. People in charge of traffic control are concerned with system which can avoid or limit congestion and help to control such difficult situations. A methodology is described on LYON and PARIS networks in order to build traffic control systems. The software part of a system is an aid to decision tool to develop strategies using information and guidance messages on Variable Message Signs. This system, called OPERA makes use of a traffic flow simulation model for networks and a knowledge-based system which proposes VMS controls linked with detailed explanations. A mock-up has been designed and tested using real data on the northeast Paris regional motorway network on the Scottish network. Results are presented and discussed which indicate a 5% reduction in the travel tir for all journeys using the OPERA system
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Fauré, Adrien. "Modélisation logique du réseau de régulation contrôlant le cycle cellulaire chez les eucaryotes." Aix-Marseille 2, 2009. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/2009AIX22066.pdf.
Full textAbstract:
La dérégulation du cycle cellulaire peut entraîner d'importants dommages pour la cellule elle-même, ainsi que pour tout l'organisme : il s'agit en effet d'un des signes avant-coureurs du cancer. Par ailleurs, la souplesse des mécanismes de contrôle permet à la cellule de s'adapter à des signaux internes et externes variés. La réponse à ces signaux peut aller de l'arrêt du cycle à la possibilité de "sauter" une phase du cycle canonique, comme dans le cas des endocycles, des cycles syncytiaux ou de la méiose. Les données qualitatives étant les plus nombreuses, nous avons choisi le formalisme logique pour étudier le cycle cellulaire d'un point de vue théorique. La relative simplicité de ce formalisme nous permet de construire rapidement des modèles impliquant des dizaines de composants. De plus, des outils analytiques spécifiques permettent d'identifier les états stables ou d'analyser le rôle dynamique des circuits de régulation. Après une introduction au cycle cellulaire et au formalisme logique, je présente les résultats obtenus au cours de mon doctorat, articulés autour des articles auxquels j'ai collaboré. La première partie traite d'un modèle schématique du cycle cellulaire chez les mammifères et du système de priorités développé à cette occasion. La seconde partie traite de la levure bourgeonnante, et de l'approche modulaire utilisée pour étendre le modèle avec des modules de régulation supplémentaires. Pour finir, la troisième partie présente ma contribution à la dernière version publique du logiciel de modélisation logique GINsim. Au cours de la discussion, j'analyse la conservation de la fonctionnalité des circuits de régulation dans des modèles du cycle cellulaire de différents organismes. Ensuite, je discute les perspectives de développement des modèles levure et mammifères ouvertes par l'approche modulaire. Enfin, j'aborde les questions de modularité, de fonctionnalité des circuits et de robustesseDeregulation of the cell cycle can lead to important damage to the cell itself, or to the whole organism. Indeed, unrestricted proliferation is one of the hallmarks of cancer. Moreover, cell cycle control is very flexible, allowing the cell to adapt to many different external and internal signals. Response to these signals may involve profound modifications, including cell cycle arrest, or yet the possibility to “skip” one phase of the canonical cycle, as in endocycles, syncytial cycles or meiosis. In regard to the scarcity of quantitative data, we chose the logical formalism to study the cell cycle from a theoretical point of view. Moreover, the relative simplicity of this formalism allows us to rapidly build large models involving tens of components. Last but not least, this formalism comes with specific analytical tools, including the possibility to identify stable states and analyse the dynamical role of specific regulatory circuits. After an introduction to both the cell cycle and the logical formalism, I present the results obtained during my Ph. D, articulated around the articles I co-authored. The first part of my work deals with a schematic logical model of the mammalian cell cycle and the prioritisation system developed in this context. The second part deals with budding yeast and a modular approach used to extend and update a model of the core cell cycle engine with regulatory modules developed separately. Finally, the third part presents my contribution to the latest public version of the logical modelling software GINsim. In the discussion, I analyse the conservation of functional regulatory circuits in various logical models of the cell cycle in different organisms. Next I discuss perspectives of extension of the budding yeast and mammalian models open by the modular approach. Finally I consider the questions raised by my work in terms of modularity, circuit functionality and robustness
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Rünneburger, Estelle. "Évolution de la canalisation génétique dans un modèle quantitatif de réseau de régulation." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS547/document.
Full textAbstract:
La canalisation génétique est définie comme la capacité d’un organisme à avoir un développement constant en dépit des mutations qui l’affectent. A l’heure actuelle, trois hypothèses majoritaires cherchent à expliquer l’apparition de ce processus : évolutive, congruente et intrinsèque. Pour tester ces hypothèses, j’ai choisi d’étudier les réseaux de régulation. Pour cela, j’ai réutilisé un modèle théorique pour simuler in silico l’évolution des architectures génétiques, et les analyser par les outils de la génétique quantitative. J’ai d’abord étudié les comportements évolutifs de notre modèle et sa capacité de réponse à la sélection stabilisante. Outre l’analyse de l’impact des paramètres du modèle, j’ai mis en évidence l’absence d’équilibre mutation – sélection – dérive après des milliers de générations du fait de l’augmentation progressive de la canalisation. J’ai ensuite montré que les réseaux soumis à des mutations fréquentes et fortes, sélectionnés vers des optimums phénotypiques extrêmes, et dans lesquels certains gènes sont laissés libres d’évoluer sont plus aptes à faire évoluer de la canalisation génétique. Ces résultats nous ont amenés à proposer un double mécanisme impliqué dans l’évolution de la canalisation dans les réseaux de régulation : la réduction de la cible mutationnelle et la redondance de la régulation génique. Je termine ce manuscrit en présentant quelques pistes d’études complémentaires, portant notamment sur l’étude de la canalisation contre les perturbations environnementales et l’utilisation de modèles alternatifsGenetic canalization is defined as the capacity of an organism to undergo a normal development even when the genome is altered by mutations. Currently, three main hypotheses are prone to explain the apparition of such a process: evolutionary, congruent and intrinsic. To test these hypotheses, I chose to study gene regulatory networks. To this end, I used a theoretical model, ran in silico simulations, and analyzed the genetic architecture by using quantitative genetics tools. I first studied the evolutionary behavior of the model, and its capacity to respond to stabilizing selection. In addition to the sensitivity analysis to model parameters, I evidenced the absence of mutation-selection-drift equilibrium after several thousand generations, which reveals the evolution of canalization. I also showed that networks submitted to frequent and large mutations, and/or selected toward extreme phenotypic optima are more prone to evolve genetic canalization. This result leads us to propose a two-fold mechanism able to explain the evolution of canalization in gene regulatory networks: shrinkage of mutational targets and redundancy in genetic regulation. At the end of this manuscript, I propose some possible future studies, such as the study of canalization towards environmental perturbations, and use of alternative models
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Lagonotte, Patrick. "Analyse structurale des réseaux électriques : application au réglage hiérarchisé de la tension du réseau français." Grenoble INPG, 1987. http://www.theses.fr/1987INPG0114.
Full textAbstract:
Introduction du concept de "la distance électrique", qui mesure les interactions en tension entre les différents postes. Lien existant entre la distance électrique et l'entropie conditionnelle (de deux variables), utilisée dans la théorie de l'information, ce qui permet de situer l’étude dans l'analyse structurale des systèmes complexes. Corrélation des résultats obtenus avec le découpage empirique actuel utilisé par le réglage secondaire de la tension
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Delphin, Christian. "Étude des modes de régulation post-traductionnelle de l'activité de la protéine p53 : la phosphorylation de p53 par la protéine kinase C." Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015), 1994. http://www.theses.fr/1994GRE10202.
Full textAbstract:
L'objet de cette thèse et l'étude de la régulation de l'activité de la protéine p53. Nous nous sommes plus particulièrement intéressés à la phosphorylation de p53 par la pkc in vitro et in vivo. Tout d'abord, nous avons présenté une méthode de purification de la protéine. Cette méthode utilise l'interaction calcium-dépendante de p53 avec la calciproteine s100b. L'interaction de p53 avec les calciproteines se traduit par l'inhibition de l'oligomerisation et la dissociation des oligomères de p53 ainsi que par l'inhibition de la phosphorylation in vitro de p53 par la pkc. Les sites de phosphorylation de p53 par la pkc et un domaine d'interaction avec les calciproteines ont été localisés dans la partie c-terminale de la protéine. La protéine purifiée présente une réactivité importante de ses groupements soufres et nous avons montre que l'oxydation de ces résidus est responsable d'une diminution de l'interaction de la protéine avec une séquence cible d'adn. Nous avons également montré que p53 lie l'adn sous forme de dimère et que la formation de complexes de plus hauts poids moléculaires est due à une addition de molécules supplémentaires sur le complexe dimere/adn preforme. L'étude in vivo, utilisant un ester de phorbol pour stimuler l'activité de la pkc, a montré que ce traitement est capable, au moins dans le cas de cellules fibroblastiques transformées par ras et une protéine p53 thermosensible, de stimuler le blocage des cellules en phase g1 du cycle cellulaire. Ce blocage s'accompagne d'une augmentation de la phosphorylation de la conformation sauvage de p53, d'une augmentation de la quantité de p53 nucléaire, d'une augmentation de l'interaction de p53 avec l'adn et de son activité transcriptionnelle. Ces résultats suggèrent que la voie de régulation dépendante de la pkc forme un mode de régulation important de l'activité cellulaire de p53
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Zhou, Huide. "Concepts thermodynamiques et d'entropie pour la modélisation et la régulation d'un réseau de transport." Thesis, Belfort-Montbéliard, 2014. http://www.theses.fr/2014BELF0231/document.
Full textAbstract:
Dans ce travail, nous avons présenté notre contribution portant sur la modélisation et le contrôle a priori de congestion des réseaux de carrefours signalisés. De point de vue de la modélisation, nous avons introduit un nouveau regard sur les systèmes de transport en proposant un premier travail sur la manière dont les liens se tissent entre ces systèmes et la thermodynamique. Le point de vue dominant est l'assimilation des véhicules à l'énergie fournie ou/et échangée entre les intersections signalisées. L'avantages majeur de la modélisation thermodynamique est l'introduction de la notion d'entropie du transport mesurant le désordre du système. Elle peut être considérée non seulement comme un moyen pour la compréhension des phénomènes du trafic, mais aussi comme un outil d'évaluation surtout lorsqu'il s'agit de traiter des réseaux de grande taille. De point de vue du contrôle, nous nous sommes intéressés essentiellement à un travail en amont permettant d'éviter la congestion en forçant les files d'attente à ne pas dépasser le niveau du trafic correspondant à l'optimum opérationnel des lignes. Nous avons traité le problème de deux façons différentes. La première fait appel à l’approche de la commande dissipative. Nous avons exploité cet outil pour arriver à des résultats théoriques dont la vérification permet de conclure sur la possibilité de dissiper les véhicules au moyen d'une action de la commande adéquate. L'existence d'une commande dissipative est caractérisée par la faisabilité de certaines inégalités matricielles linéaires (LMI). La deuxième façon de traiter notre problème de commande fait appel à la commande H∞. Nous avons tiré profit de cet outil pour développer des résultats assurant l'invariance positive en boucle fermée d'un domaine ellipsoïdal contenu dans l'ensemble des contraintes. Le test d'existence et le calcul d'une loi de commande robuste par retour d'état peut alors se faire de façon simple par la résolution d'un problème de programmation linéaire convexe. Enfin, ses travaux ont été appliqués sur deux types de réseaux de carrefours, artériel et en grille afin de montrer l'intérêt des résultatsIn this work, we have presented a thermodynamic point of view for the transportation network. Analogies have been drawn between thermodynamic and transportation systems by considering traffic lanes as thermodynamic sub-systems and the vehicles as the abstract energy supplied to them. In addition, the concepts of thermal capacity and temperature are also introduced into transportation context to correspond to lane capacity and occupancy respectively. Then, it has been demonstrated that the first law of thermodynamics corresponds to the conservation of vehicles. It is also demonstrated that the transportation network can have a similar notion of entropy. Such transportation entropy is a measure of disorder of the system and hence may provide deep insight in the analysis of transportation control problems. In particular, this work has presented a dissipativity phenomenon of transportation entropy that reduces the system disorder and hence renders the system better organized. Though this phenomenon doesn’t exist naturally in transportation context, the ways to construct feedback control strategies have been proposed to achieve such objective by means of Linear Matrix Inequalities (LMIs). However, since transportation systems involve massive complex human activities, there exist substantial unpredictable uncertainties of the traffic demands. In this context, we have proposed a robust controller for disturbance attenuation of transportation network. The errors between input flows and the nominal ones are considered as disturbances and a constrained H∞ control has been formulated in terms of maximization of the tolerance under control constraints. The problem of disturbance attenuation is solved by means of a convex optimization with Linear Matrix Inequality. Finally, two types of networks (arterial and grid) are carried out to illustrate the performances of our strategies
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Gonzalez, Laporte Christian. "La régulation des services publics en réseau : une vision organisationnelle : le cas de l'Autorité de Régulation des Télécommunications (ART) et de la Commission de Régulation de l'Energie (CRE)." Grenoble 2, 2004. http://www.theses.fr/2004GRE21017.
Full textAbstract:
L'objet de cette recherche est d'étudier la genèse des instances indépendantes de régulation des services publics en réseau en France dans deux secteurs des plus ouverts à la concurrence : les télécommunications et l'électricité. Concrètement, il s'agit de clarifier la mise en forme institutionnelle (ou design institutionnel) de l'ART et de la CRE. L'intérêt se dégage d'un constat particulier : alors que la plupart de ces instances s'affichent comme une réponse aux directives européennes, les réponses institutionnelles varient selon les pays, les secteurs et les périodes. Dans le cas particulier de la France, plusieurs rapports publics mettent en évidence la difficulté des instances indépendantes (telles que l'AMF, la CNIL, le CSA, etc. ) au moment de leur insertion dans la structure politico administrative. On peut se demander alors : pourquoi les responsables politiques et les législateurs français ont opté à un moment donné et pas à un autre pour une politique publique de régulation qui met en place ce type de régulateurs spécifiques ? Cette question est d'autant plus pertinente que les directives européennes n'imposent aucun choix organisationnel dans ce sens. Cette étude part donc d'une affirmation : la mise en place de l'ART et de la CRE est le résultat d'un changement sur le plan global de l'organisation des marchés des services, mais surtout, il s'agit d'une co-construction institutionnelle assurée essentiellement par les principaux acteurs et instances qui se trouvent directement liés au devenir des opérateurs historiques France Télécom et EDF ; devenir qui est fortement déterminé par la concurrence internationaleThe main topic of this research is to analyse the genesis of the independent regulatory agencies in the French public utilities network in the two most opened sectors : telecommunications and electricity. Concretely, this means clarifying the process of the institutional design of the Telecommunications Authority (ART) and the Energy Commission (CRE). Our interest is linked to a particular point : while most of these agencies are presented as a response to European directives, those institutions vary according to country, sector and period. In the French case, many public reports show the problem of insertion of theses independent agencies in the political and administrative structures. One can ask : why do politicians and legislators choose to change the public policy of regulation that installs those kinds of regulators in both sectors at a specific moment ? This question is relevant as European directives do not force nation states to install independent regulators. Our affirmation is that the creation of the ART and the CRE is the result of an important change in the organisation of the services markets, but also, it's the result of an institutional co-construction assured basically by the principle actors and instances linked to the interests of the publics enterprises, France Télécom and EDF. Those interests are strongly driven by the international competition
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Pasternak, Cécile. "Le gène de la thiorédoxine de rhodobacter sphaeroides : sa régulation et sa fonction." Compiègne, 1994. http://www.theses.fr/1994COMPD732.
Full textAbstract:
La thiorédoxine, protéine omniprésente dans le monde vivant et multifonctionnelle, se caractérise par son activité de protéine disulfure oxydoréductase, sa thermostabilité et sa structure spatiale hautement conservée. Bien que la thiorédoxine soit soupçonnée d'être impliquée dans divers processus biologiques, les connaissances de ses rôles physiologiques se limitent aux thiorédoxines de chloroplastes, essentielles à la croissance photosynthétique et régulant l'assimilation de dioxyde de carbone. Chez la bactérie photosynthétique facultative, Rhodobacter sphaeroides, les études préalables du système thiorédoxine ont suggéré son intervention dans la régulation par l'oxygène de la biosynthèse de bactériochlorophylle. Dans ce travail, nous avons développé l'analyse génétique de la thiorédoxine de R. Sphaeroides afin de caractériser son fonctionnement in vivo et d'élucider les mécanismes gouvernant la régulation du gène trxA. De tels objectifs impliquaient en premier lieu de déterminer la carte physique de la région trxA du chromosome de R. Sphaeroides et de sous-cloner cette région. Le promoteur du gène trxA a ensuite été identifié lors d'analyses par délétion de fusions traductionnelles avec le gène lacZ sans promoteur d'E. Coli. Les rôles de l'oxygène et la lumière sur l'expression du gène trxA ont été étudiés par le biais d'hybridations ADN-ARN et par l'utilisation en trans de fusions trxA : lacZ. L'analyse transcriptionnelle, révélant un ARN messager trxA monocistronique à un niveau maximal en conditions photosynthétiques, indique que l'oxygène contrôle l'expression du gène trxA, par augmentation de la transcription en présence de tension élevée en oxygène. Cet effet de l'oxygène, confirme par les expériences de fusion traductionnelle, suggère un rôle protecteur de la thiorédoxine de R. Sphaeroides contre le stress oxydatif. L'effet de la lumière, non retrouve lors des analyses en trans de fusion trxA : lacZ, laisse supposer un contrôle de la lumière via des séquences régulatrices différentes agissant en cis. Enfin, les expériences de construction du mutant déficient en thiorédoxine, réalisées par mutagénèse site spécifique ont montre d'une part, que la thiorédoxine est indispensable a la croissance de R. Sphaeroides, et d'autre part, que la région en amont du gène trxA est essentielle a son expression en présence d'oxygène.