Dissertations / Theses: 'Régulation ciblée de la transcription'

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Mateescu, Bogdan. "Ciblage et régulation du facteur HP1 sur la chromatine." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066203.

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Abstract:

Chez les mammifères, le facteur HP1 (heterochromatin protein 1) est un acteur majeur dans les processus de formation et de régulation de la chromatine condensée. Le ciblage de HP1 sur la chromatine nécessite sa fixation sur la lysine 9 méthylée de l’histone H3 mais également la reconnaissance d’un ARN dont la nature reste à ce jour inconnue. Dans un premier temps, nous avons démontré que les modifications post-traductionnelles adjacentes à la lysine 9 de l’histone H3 (phosphorylation et acétylation) module la fixation de HP1 sur la chromatine. Par la suite nous avons montré que HP1 est impliqué dans le contrôle de la latence transcriptionnelle du virus VIH-1. Enfin, nous présentons des données suggérant que la machinerie d’ARN interférence et en particulier l’ARN viral TAR, sont impliqués dans le contrôle de la transcription du VIH-1. L’interaction potentielle entre HP1, machinerie d’ARN interférence et ARN TAR dans le control de la transcription du virus VIH-1 est discutée.

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Berodes, Maëlle. "Étude de l'importance de la phosphorylation sur l'activité transcriptionnelle du facteur de transcription GATA4 sur certains promoteurs cibles." Master's thesis, Université Laval, 2012. http://hdl.handle.net/20.500.11794/23448.

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Abstract:

Le facteur de transcription GATA4 est un puissant régulateur du développement cardiaque, gonadique et digestif. Bien qu'un grand nombre de ses gènes cibles soient connus, les mécanismes contrôlant son expression et son activité demeurent incertains. GATA4 est phosphorylé par la PKA en réponse à l'AMPc en serine 261 et des MAPK en serine 105. L'objectif de mon projet de maîtrise est donc de définir l'importance de ces sites de phosphorylations et plus particulièrement par les MAPK sur l'activité transcriptionnelle de GATA4 sur certains promoteurs cibles. Les résultats de transfection transitoire au phosphate de calcium montrent que la stimulation par les MAPK potentialise l'activité transcriptionnelle de GATA4 sur les promoteurs Star, Inha et Cypl9. Cette stimulation potentialise également la coopération de GATA4 avec ses partenaires transcriptionnels comme LRH1 et SF1 sur le promoteur Inha. Ceci a permits de mettre en évidence l'importance des MAPK dans la régulation de l'activité transcriptionnelle de GATA4 sur certains promoteurs cibles.

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Lagha, Mounia. "Régulation du destin musculaire chez l'embryon de souris : les cibles de Pax3." Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077156.

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Abstract:

Pax3 agit en amont de la hiérarchie génétique contrôlant la myogenèse lors de la spécification des cellules mésodermiques multipotentes. Malgré ses fonctions essentielles, les cibles de ce facteur de transcription sont peu connues à ce jour. Afin d'identifier les cibles de Pax3, nous avons étudié le transcriptome des cellules progénitrices qui délaminent depuis les somite hypaxiaux pour coloniser le bourgeon de membre. Au stade El0. 5 de développement, cette population de cellules a l'avantage d'être dans un état non différencié. La souris Pax3GFP/+ permet d'isoler une population pure de cellules Pax3+ directement par cytométrie de flux. En utilisant des puces à ADN j'ai pu comparer le transcriptome des cellules Pax3GFP/+ à celui de cellules portant l'allèle gain de fonction où les cibles de Pax3 sont suractivées. Cette étude à permis l'identification de 200 cibles putatives dont 3 ont fait l'objet d'une analyse approfondie in vivo. D'abord, j'ai montré que la signalisation FGF est régulée par Pax3, notamment par l'activation directe du gène codant pour le récepteur Fgfr4 et Sproutyl, un inhibiteur intracellulaire de cette voie de signalisation. Cette double régulation permet de moduler l'entrée des cellules progénitrices dans la voie de différentiation musculaire. Deuxièmement, j'ai identifié une nouvelle interaction génétique entre les gènes Foxc2 et Pax3 : ces deux gènes se répriment mutuellement. La boucle d'inhibition réciproque entre les gènes Pax3/Pax7 et Foxc2 module le choix de destin musculaire au sein du dermomyotome. Enfin, j'ai montré que le gène Itm2a codant pour une protéine transmembranaire est sous le contrôle direct de Pax3. Afin d'étudier le rôle de Itm2a, j'ai invalidé ce gène chez le souris, avec des résultats potentiellement intéressants sur l'intégrité du somite
In the mouse embryo, Pax3, which encodes a paired and homeodomain transcription factor, regulates the entry of muscle progenitor cells into the myogenic program and ensures their survival. In order to identify Pax3 targets in vivo in the myogenic context, we decided to focus on a subpopulation of Pax3+ cells, namely the muscle progenitors that migrate to the forelimb bud, which, at El0. 5, are not yet differentiated. We have used the Pax3GFP/+ allele to directly isolate a pure population of muscle progenitor cells by FACS sorting and analyzed their transcriptome by comparing Pax3GFP/+ to Pax3PAX3~FKHR/GFP cells where Pax3 targets genes are up-regulated. This screen led to the identification of 200 putative Pax3 target genes, 3 of which have been validated and further analysed. First, we have shown that the FGF signaling pathway is regulated by Pax3, notably through the direct activation of the gene encoding the Fgfr4 receptor and the intracellular inhibitor Sproutyl. We propose that Pax3 orchestrates the effects of the FGF signaling pathway to modulate the balance between a progenitor state and a differentiated state. Second, we establish that Pax3 and Foxc2 repress each other through a negative feedback loop,/with important consequences for myogenesis when this loop is perturbed. We propose that this equilibrium is required for cell fate choices in the dermomyotome. Third, the gene encoding the transmembrane protein Itm2a is directly regulated by Pax3 and its function during development has been studied by generating an Itm2a conditional allele, with potentially interesting results on somite integrity in the mutant embryos

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Steunou, Anne-Lise. "Régulation de l'expression génique dans les mélanomes : implication des facteurs de transcription N Oct-3 et HIF." Toulouse 3, 2010. http://www.theses.fr/2010TOU30207.

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Abstract:

La protéine N Oct-3 (Brn-2 / POU3F2) joue un rôle clairement démontré dans la prolifération des mélanomes mais les mécanismes moléculaires associés demeurent méconnus. En collaboration avec l’équipe du Dr L. Larue à l’Institut Curie d’Orsay, le rôle de cette protéine et de la phosphorylation de son domaine de liaison à l’ADN dans la prolifération au sein du lignage mélanocytaire a été mis en évidence et les mécanismes moléculaires associés à ce processus élucidés. D’autre part, en collaboration avec l’équipe du Dr I. Davidson à l’Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire d’Illkirch, j’ai participé à la caractérisation exhaustive des gènes cibles de N Oct-3 dans la lignée de mélanome 501-mel. Je me suis également intéressée durant ma thèse aux facteurs de transcription induits par l’hypoxie HIF (Hypoxia Inducible Factor), des acteurs clé de l’angiogenèse impliqués dans de nombreuses pathologies parmi lesquelles les cancers et en particulier les mélanomes. Afin de caractériser les complexes de régulation de la transcription engageant la protéine HIF-2, j’ai entrepris l’identification des partenaires nucléaires de cette protéine dans les mélanomes à l’aide d’une stratégie protéomique. Ce travail a permis de mettre en évidence de nouveaux interactants de la protéine HIF-2 parmi lesquels se trouvent deux facteurs de transcription qui jouent un rôle central dans la régulation de l’expression génique au sein des mélanomes : MITF et SOX10 ainsi que la protéine Béta-caténine, protéine centrale de la voie Wnt/Béta-caténine retrouvée dérégulée dans environ 30% des mélanomes
N Oct-3 (Brn-2 / POU3F2) is a master gene of melanoma proliferation. However, the molecular mechanisms associated with N Oct-3 induced melanoma proliferation are still not well understood. In collaboration with Dr L. Larue’s team at Marie Curie Institute in Orsay, I have demonstrated the role of this protein and particularly the phosphorylation of its DNA binding domain on the proliferation in melanocyte lineage proliferation and elucidated the molecular mechanisms associated with this process. Moreover, in collaboration with Dr I. Davidson’s team from the Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology in Illkirch, I have participated to the exhaustive analysis of N Oct-3 target genes in the 501-mel melanoma cell line. Furthermore, during my Ph. D. , I have also deal with transcription factors induced by hypoxia known as HIF (Hypoxia Inducible Factor) proteins. These proteins play a crucial role in angiogenesis and are involved in numerous pathologies as cancers and in particular melanomas. In order to characterize transcriptional complexes involving HIF-2 protein, I used a proteomic approach to identify nuclear protein partners of HIF-2 in melanomas. Our data revealed new interesting partners of HIF-2 protein like the transcription factors MITF and SOX10, two factors demonstrated as essential regulators of gene expression in melanomas, as well as Béta-catenin, a central protein of the Wnt/Béta-catenin pathway deregulated in more than 30% of melanomas

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Devidal, Audrey. "Mécanismes et fonctions du ciblage centrométrique de NF-E2p18/MafK, sous-unité du facteur transcriptionnel érythroide NF-E2." Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077133.

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Yi, Jia. "The Role of Convergent Transcription in Regulating Alternative Splicing : Targeted Epigenetic Modification via Repurposed CRISPR/Cas9 System and Its Impact on Alternative Splicing Modulation." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2020. http://www.theses.fr/2020SORUS382.

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Abstract:

L'épissage alternatif de l'ARN précurseur est un processus co-transcriptionnel qui affecte la grande majorité des gènes humains et contribue à la diversité des protéines. Le dérèglement d'un tel processus est impliqué dans diverses maladies, y compris la tumorigènes. Cependant, les mécanismes qui régulent ces processus restaient à caractériser. Dans cette étude, nous avons montré que les perturbations de l'épissage alternatif étaient corrélées aux dérèglements de la transcription convergente et de la méthylation de l'ADN. Une transcription convergente peut être générée entre des paires de gènes voisins en en orientation opposée, ou entre des amplificateurs intragéniques et leur gène hôte. CENPO et ADCY3 ont été identifiés comme une paire de gènes de transcription convergentes. Nous avons constaté, dans un modèle de progression tumorale du cancer du sein, que le changement d'épissage de l'exon22 variant d'ADCY3 était corrélé à une augmentation de sa transcription qui allait contre celle de CENPO. En utilisant le système de répression ciblée de la transcription CRISPRi, nous avons démontré que l’inhibition de la transcription de CENPO ne pouvait pas inverser l'altération d'épissage alternatif d'ADCY3 dans les cellules cancéreuses (DCIS). Un activateur intragénique actif a été identifié dans l'intron16 du gène CD44, en aval de ses exons alternatifs. En utilisant le système d'activation ciblée de transcription CRISPRa, nous avons montré que l’augmentation de la transcription de CD44 ne pouvait pas modifier l'épissage alternatif de CD44 dans les cellules DCIS. Ces résultats suggèrent que la modification de transcription convergente par des changements d’activité des promoteurs ne permet pas d’altérer l'épissage alternatif de ADCY3 et CD44 dans les cellules DCIS. Cependant, en remplaçant l'amplificateur intragénique par un promoteur inductible, nous avons constaté que l'activation de la transcription intragénique augmentait le niveau d'inclusion de plusieurs exons alternatifs de CD44 dans les cellules HCT116. Ce résultat suggère que la transcription convergente local pourrait avoir un impact direct sur l'épissage alternatif de CD44. De plus, en utilisant le système de méthylation de l'ADN ciblée CRISPR/dCas9-DNMT3b, nous avons démontré que la méthylation de l'ADN au niveau des exons variants pouvait modifier l'épissage alternatif de CD44. Ce travail de thèse a également exploré les limites et la faisabilité de l'étude de l'épissage alternatif avec des outils moléculaires basés sur le système CRISPR
Alternative splicing of precursor RNA is a co-transcriptional process that affects the vast majority of human genes and contributes to protein diversity. Dysregulation of such process is implicated in various diseases, including tumorigenesis. However, the mechanisms regulating these processes were still to be characterized. In this study, we showed that perturbations of alternative splicing correlated with dysregulations of convergent transcription and DNA methylation. Convergent transcription could be generated between pairs of neighboring genes in opposite orientation, or between intragenic enhancers and their host gene. CENPO and ADCY3 was identified as a convergent transcription gene pair. We found, in a tumor progression model of breast cancer, that the splicing change of the ADCY3 variant exon22 correlated with an increase of its transcription that went against that of CENPO. By using targeted transcription repression system CRISPRi, we demonstrated that downregulating the transcription of CENPO could not reverse the alternative splicing alteration of ADCY3 in cancer cells (DCIS). An active intragenic enhancer was identified in the intron16 of CD44, at the downstream of its alternative exons. By using targeted transcription activation system CRISPRa, we showed that upregulating the transcription of CD44 could not alter the alternative splicing of CD44 in DCIS cells. These results suggest that convergent transcription modulation through changes of promoter activity does not alter the alternative splicing of ADCY3 and CD44 in DCIS cells. However, through replacing the intragenic enhancer by an inducible promoter, we found that intragenic transcription activation increased the inclusion level of several alternative exons of CD44 in HCT116 cells. This result suggested that local convergent transcription could have a direct impact on the alternative splicing of CD44. Furthermore, by using targeted DNA methylation system CRISPR/dCas9-DNMT3b, we showed that DNA methylation at variant exons could directly modify CD44 alternative splicing. This thesis work also explored the limitation and feasibility of studying alternative splicing with repurposed CRISPR systems

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Jangal, Maïka. "Implication de TLE3 et KDM5A dans la régulation de la transcription des gènes cibles du récepteur des œstrogènes ERα." Thèse, Université de Sherbrooke, 2016. http://hdl.handle.net/11143/8952.

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Abstract:

Dans le noyau cellulaire, l’ADN est compacté autour de petites protéines appelées histones formant ainsi le nucléosome, unité de base de la chromatine. Les nucléosomes contrôlent la liaison des facteurs de transcription à l’ADN et sont ainsi responsables de la régulation des processus cellulaires tels que la transcription. Afin de permettre l’expression des gènes, la chromatine est remodelée, c’est-à-dire que les nucléosomes sont repositionnés de manière à ce que la machinerie générale de la transcription puisse atteindre l’ADN afin de produire l’ARN messager. La moindre petite modification dans la fonction des facteurs de transcription ou des enzymes responsables du remodelage de la chromatine entraine des variations d’expression des gènes, et donc des maladies telles que les cancers. Le cancer du sein est le cancer le plus couramment développé chez les femmes. Cette maladie est principalement causée par l’activité du récepteur des œstrogènes ERα et de ses co-régulateurs ayant, pour la plupart, un rôle direct sur le remodelage de la chromatine. Afin de mieux comprendre le développement et la progression du cancer du sein, nous avons décidé d’étudier le rôle de deux co-régulateurs de ERα, TLE3 et KDM5A, impliqués dans le remodelage de la chromatine et dont la fonction dans le cancer du sein est indéterminée. Nous avons démontré que TLE3 est un partenaire d’interaction du facteur pionnier FoxA1, facteur nécessaire à la liaison de ERα sur l’ADN pour la transcription des gènes cibles de ce récepteur. L’interaction de TLE3 avec FoxA1 inhibe la liaison de ERα à l’ADN en absence d’œstrogènes, via le recrutement de HDAC2 qui déacétyle la chromatine, empêchant alors l’activation fortuite de la transcription en absence de signal. Quant à KDM5A, malgré sa réputation de répresseur de la transcription, dans le cancer du sein, cette déméthylase de H3K4me2/3 est un coactivateur de ERα, dû à son rôle direct sur l’expression du récepteur.

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Marques, Maud. "Étude de la régulation de l'expression de gènes cibles du récepteur aryl hydrocarbone dans des cellules cancéreuses de la glande mammaire." Thèse, Université de Sherbrooke, 2012. http://hdl.handle.net/11143/6557.

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Abstract:

Notre laboratoire s'intéresse aux mécanismes impliqués dans la régulation de l'expression génique et plus particulièrement au rôle de la chromatine dans cette régulation. En effet, chez les eucaryotes l'ADN est compactée autour de protéines appelées histones créant ainsi des nucléosomes lesquels forment une structure plus complexe, la chromatine. Cette dernière est une barrière aux processus cellulaires touchant l'ADN dont la transcription. La compréhension de la régulation de la structure de la chromatine est essentielle pour saisir les variations de l'expression génique. Mon projet de doctorat a porté sur l'étude de la régulation des gènes cibles du récepteur aryl hydrocarbone (AhR), CYP1A1 et CYP1B1, et plus particulièrement sur le rôle du variant d'histone H2A.Z dans l'expression de ces gènes. AhR est un senseur moléculaire auquel va [i.e. vont] se lier de nombreux polluants appartenant principalement à ces deux grandes familles : les hydrocarbones aromatiques halogènes (HAH) et les hydrocarbones aromatiques polycycliques (PAH). En réponse à la liaison de ces polluants, AhR va induire l'expression de ses gènes cibles. CYP1A1 et CYP1B1 sont impliquées dans le métabolisme de l'estradiol (E2) en 2hydroxyestradiol et 4-hydroxyestradiol respectivement. Il a été proposé qu'une diminution du ratio CYP1A1/CYP1B1 soit importante pour l'initiation du cancer du sein. Au cours de mon doctorat, j'ai pu mettre en évidence un rôle du variant H2A.Z dans la régulation de l'expression de CYP1A1 et CYP1B1. J'ai aussi pu montrer que le statut de ER[alpha] déterminait l'importance de H2A.Z lors de l'induction de CYP1A1. De plus, nous avons observé que la déplétion de H2A.Z induit une augmentation de la méthylation de l'ADN au promoteur de CYP1A1. En parallèle, nous avons confirmé que ER[alpha] réprime spécifiquement l'induction de CYP1A1 sans affecter celle de CYP1B1. Nos résultats montrent qu'en présence de TCDD et d'E2, ER[alpha] et DNMT3B sont recrutés au promoteur de CYP1A1, ce qui conduit à une augmentation de la méthylation du promoteur de CYP1A1 et conséquemment à une diminution de son induction. AhR possède de nombreux ligands d'origine très variée qui peuvent être aussi bien toxiques que bénéfiques. Nous avons choisi de comparer deux de ces ligands : le TCDD et le DIM. Au cours de ces travaux, nous avons montré que le DIM utilisé à forte concentration (>50[mu]M) induit les gènes cibles de AhR (CYP1A1 et CYP1B1) mais aussi un arrêt de la croissance et la mort des cellules. À l'opposé, le traitement avec des concentrations plus faible [i.e. faibles] de DIM (10[mu]M) induit principalement les gènes cibles de ER[alpha] (TFF1 et GREB1) et la prolifération des cellules. Nous avons aussi montré que l'activation de ER[alpha] par le DIM est due à l'action de la protéine kinase A (PKA). En effet, l'inhibition de la PKA ainsi que la déplétion de ER[alpha] abolissent les effets du DIM sur l'expression de GREB1 et CYPIA1 ainsi que sur la prolifération cellulaire. En conclusion, nous avons dans un premier temps mis en évidence le rôle de deux protéines, DNMT3B et H2A.Z, dans la régulation de CYP1A1 dans les cellules MCF7. Nous avons ainsi découvert un nouveau corépresseur partenaire de ER[alpha] en DNMT3B et nous avons proposé une nouvelle façon pour ER[alpha] de promouvoir la carcinogenèse en dérégulant le ratio CYP1A1/CYP1B1. Dans un deuxième temps, nous avons montré que la concentration de DIM utilisée dans les expériences peut conduire à des résultats diamétralement opposés sur la croissance cellulaire.

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Bouchard, Marie France. "Fonctions aberrantes des facteurs de transcription GATA chez l'humain : régulation de l'expression ectopique du gène CYP19A1 par GATA 3/4 dans les cellules de cancer du sein et effet des mutations ponctuelle de GATA4 sur la régulation de ses gènes cibles gonadiques." Doctoral thesis, Université Laval, 2009. http://hdl.handle.net/20.500.11794/21206.

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Abstract:

Plusieurs pathologies humaines sont associées à l'altération de l'expression ou de la fonction de facteurs de transcription GATA. L'hyperméthylation, l'hypoacétylation ou la surexpression des gènes GALA sont observées dans plusieurs types de cancers. Des mutations ponctuelles des gènes GATA sont aussi à l'origine de graves maladies congénitales. Plus de 60% des tumeurs du sein sont dépendantes des estrogènes et produisent elles-mêmes les hormones nécessaires à leur croissance. Cette production aberrante d'estrogènes est causée par la surexpression de l'enzyme aromatase, codée par le gène CYP19A1. L'utilisation ectopique dans les tumeurs du sein du promoteur PII du gène CYP19A1, normalement spécifique à l'ovaire et régulé par la voie de signalisation AMPc/PKA, est reconnue comme étant responsable de la surexpression de l'enzyme et de la production inappropriée d'estrogènes par les tumeurs. Les facteurs GATA sont impliqués dans la régulation du promoteur PII de CYP19A1 dans les gonades. J'ai démontré que GATA3 et/ou GATA4 sont exprimés dans plusieurs lignées cellulaires de cancer du sein. En réponse à l'activation de la voie de signalisation AMPc/PKA, GATA3/4 et le récepteur nucléaire LRH1 coopèrent de façon synergique pour moduler l'activité du promoteur PII dans les cellules de cancer du sein MCF-7. Ces résultats fournissent un nouveau mécanisme dépendant de GATA pour expliquer l'expression aberrante de l'enzyme aromatase dans les tumeurs du sein. Les mutations hétérozygotes connues de GATA4 ségrègent avec de graves défauts cardiaques congénitaux. GATA4 est un important régulateur du développement cardiaque mais aussi un marqueur précoce du développement gonadique. Toutefois, aucune des mutations connues de GATA4 n'affecte le développement ou la fonction gonadique des individus porteurs. L'effet des différentes mutations de ce facteur sur la régulation de l'expression de ses cibles gonadiques demeurait par contre inconnu. J'ai étudié cinq mutations différentes du facteur GATA4. J'ai démontré que certaines de ces mutations affectent significativement la fonction de GATA4 dans un contexte de régulation de l'expression de gènes gonadiques. Mes résultats démontrent que malgré l'absence d'un phénotype observable, la plupart des mutations de GATA4 réduisent significativement sa capacité d'activer l'expression de ses gènes cibles sans affecter sa capacité à se lier à l'ADN ou celle de recruter ses co-activateurs transcriptionnels. Dans l'ensemble, les résultats présentés dans ma thèse démontrent comment les facteurs GATA exprimés dans un contexte tumoral contribuent à l'expression aberrante de CYP19A1 dans les cellules cancéreuses du sein selon un mécanisme rappelant celui menant à l'expression gonadique de ce gène et d'autre part comment l'altération de la séquence peptidique du facteur GATA4, telle qu'observée dans de nombreuses malformations cardiaques congénitales, affecte la fonction de ce facteur de transcription dans la régulation de l'expression de ses cibles gonadiques.

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Taffin, de Tilques Mathilde de. "Contrôle transcriptionnel de l'identité musculaire chez la drosophile : modules cis-régulateurs et gènes cibles directs de Collier." Toulouse 3, 2013. http://thesesups.ups-tlse.fr/2232/.

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Abstract:

Les facteurs de transcription (FT) COE (Col-EBF) sont conservés chez les métazoaires et participent au contrôle de divers processus biologiques : hématopoïèse, neurogenèse, myogenèse. Leur dérégulation entraîne de graves dysfonctionnements chez les mammifères (défauts de spécification des lymphocytes B, de sous-types neuronaux. . . ). Cependant les gènes cibles régulés par les FT COE restent majoritairement inconnus. Notre équipe utilise la drosophile comme système modèle pour étudier la spécificité d'action des FT COE selon le contexte cellulaire. Mon travail de thèse est centré sur l'identification de gènes cibles directement régulés par Collier (Col) et la caractérisation des modules cis-régulateurs associés. J'ai identifié un ensemble de gènes cibles de Col par des expériences d'immuno-précipitation de la chromatine (ChIP-SEQ). Cette analyse m'a permis d'identifier le motif ADN sélectivement reconnu par Col in vivo, et de montrer que cette reconnaissance est contextuelle. Plusieurs gènes cibles ont été validés par des expériences d'hybridation in situ et d'analyse fonctionnelle de leurs CRM, parmi lesquels une majorité d'autres FTs. L'ensemble des résultats révèle une complexité inattendue des réseaux de régulation transcriptionnelle contrôlant l'identité musculaire chez la drosophile et confirme que Col est un acteur majeur de différents réseaux dans différents tissus embryonnaires. Au vu de la conservation des FTs COE au cours de l'évolution, les conclusions de cette étude modèle chez la drosophile apportent un éclairage nouveau sur les études en cours sur des modèles mammifères
The COE (Collier/Early B cell Factor) family is a metazoan-specific family of transcription factors (TF) that are involved in the control of numerous biological processes, including hematopoiesis, neurogenesis and muscle identity. Mutant analysis of COE TFs across several organisms showed defects in the specification of different cell types, like neuron subtypes or, in mammalians, B lymphocytes and brown adipocytes. However, the COE target genes are mostly unknown. Drosophila (fruit fly) is an excellent model to study the functional diversity of COE TFs. The core of my PhD work was the identification of Collier direct target genes in the DA3 muscle lineage, and the characterization of the corresponding CRM to better understand how COE proteins activate specific target genes in a tissue-dependent manner. I performed chromatin immuno-precipitation on whole embryos followed by systematic sequencing of the immuno-precipitated fragments (ChIPseq). By bio-informatics, I identified Col in vivo binding motif and showed that Col binding in vivo is context-dependent. Several candidate genes were validated by in situ hybridizations and functional analysis of the Col binding CRM. TF are over-represented among these targets. All together, the results reveal an unexpected complexity of gene regulatory networks that control muscle identity in Drosophila and confirm the critical role for Col in several transcription regulatory networks in the embryo. Considering the evolutionary conservation of COE proteins and their in vivo DNA binding properties, these results bring new insight into the complexity of COE function in other organisms, including mammals

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Firlej, Virginie. "Facteurs de transcription du groupe PEA3 et cancérogenèse mammaire : modèles d'inhibition de l'expression, études phénotypiques et recherche de gènes cibles." Lille 1, 2006. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2006/50376-2006-Firlej.pdf.

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Abstract:

Les facteurs de transcription du groupe PEA3, Erm, Er81 et Pea3 (famille ETS) sont exprimés dès les stades d'embryogenèse précoce dans un grand nombre de tissus et organes. Leur surexpression est souvent corrélée au statut tumorigène des cellules et à l'évolution métastatique, notamment dans le modèle mammaire. Des cellules mammaires murines à caractère «normal» surexprimant les facteurs Erm et Pea3 présentent la capacité de faire spontanément de la morphogenèse et des propriétés invasives in vitro. Ces modèles ont permis la mise en évidence de nouvelles cibles moléculaires de ces facteurs. Les gènes bax, cycline D2 et p55cdc. Le travail de thèse s'est orienté autour de deux axes. La mise au point de modèles cellulaire, manmaires d'inhibition de l'expression des facteurs Erm et Pea3 et l'étude de la régulation des gènes cibles bax,cycline D2 et p55cdc. Nous avons pour cela utilisé deux lignées de cellules mammaires murines, une lignée de cellules à caractère «normal », les TAC (comme modèle cellulaire de morphogenèse) et une lignée cancéreuse, les MMT (comme modèle cellulaire de tumorigenèse), et le processus d'ARN interférence pour réprimer l'expression des facteurs Erm et Pea3. L'étude des modifications morphogénétiques des cellules MMT dont l'expression du facteur Enn comme celle du facteur Pea3 est inhibée, montre que ces cellules présentent une perte de leur capacité de prolifération, de migration et d'invasion in vitro
Injectées en sous-cutané à des souris immunodéficientes, ces même cellules induisent la formation de tumeurs de taille réduite par rapport aux cellules contrôles, confinnant l'implication des facteurs du groupe PEA3 dans les événements conduisant à la cancérogenèse. La caracténsation de la régulation du gène bax par les facteurs du groupe PEA3 a permis de mettre en évidence un nouveau mode de régulation non encore décrit pour ces facteurs, impliquant une interaction avec le facteur USF-I sans liaison directe des facteurs PEA3 à l'ADN. Celle des deux autres gènes cibles cycline D2 et p55cdc est en cours. La modulation de leur expression a été confirmée dans les modèles cellulaires de répression de l'expression des facteurs Erm et Pea3. L'étude de leur région promotrice a permis de définir des sites de régulation dont la caractérisation reste à affiner. La mise au point des différents modèles dans lesquels l'expression des membres du groupe PEA3 est modulée nous a conduit à initier une recherche plus complète des cibles moléculaires des facteurs Erm et Pea3 par utilisation de micro-arrays (Applied Biosystems) avec pour but la corrélation avec les modifications phénotypiques liées à la modulation de l'expression des facteurs du groupe PEA3

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VIEU, Erwann. "DISSECTION DU MÉCANISME DE TERMINAISON/ANTITERMINAISON AU NIVEAU DU TERMINATEUR TRI DU PHAGE LAMBDA : APPLICATION A L'ÉTUDE DES COMPLEXES ARN-PROTÉINE IN VIVO." Phd thesis, Université d'Orléans, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00009769.

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Abstract:

Chez Escherichia coli la terminaison de la transcription peut intervenir selon deux mécanismes distincts : tout d'abord la terminaison intrinsèque qui correspond à une séquence ADN, codant pour une structure en tige boucle riche en GC suivie d'une répétition d'uridine sur l'ARN, induisant le relargage de l'ARN polymérase. Le second mécanisme est gouverné par un facteur de terminaison nommé Rho qui gouverne environ 50 % des événements de terminaison chez E. coli. Au cours de ma thèse, je me suis intéressé à ce deuxième mécanisme, et plus particulièrement à sa régulation in vivo (antiterminaison). Rho, sous la forme d'un anneau héxamèrique, se fixe à l'ARN naissant au niveau d'un site d'entrée (également appelé RUT), puis utilise son activité ATPase pour longer l'ARN et dissocier le complexe ternaire d'élongation stoppé au niveau d'un site de pause. Les terminateurs Rho-dépendants sont assez mal définis et peu d'entre eux on été analysés en détail. Le terminateur du tR1 du phage lambda (λ) est le terminateur Rho-dépendant le plus étudié à la fois in vitro et in vivo. La terminaison Rho-dépendante au niveau de ce terminateur est gouvernée principalement par les séquences localisées en 5', codant deux régions du transcript nommées RUTA et RUTB. Ces deux régions sont séparées par le motif ARN BOXB qui n'est pas indispensable à l'action de Rho mais sert, dans le mécanisme d'antiterminaison, de site de fixation pour la protéine N du paghe λ. Grâce à un système minimal d'étude in vivo, nous avons montré que le motif BOXB possède une fonction double dans les mécanismes de terminaiso/antiterminaison au niveau de λtR1 régulant l'expression temporale du génome du phage λ. Sous la forme d'une tige boucle hautement structurée, BOXB agit comme un lien permettant de placer RUTA et RUTB l'un à côté de l'autre pour une interaction optimale avec Rho et une terminaison efficace. A l'inverse, la fixation de la protéine N sur BOXB induit l'antiterminaison au niveau de λtR1 en empêchant l'accès de Rho à l'ARN. Ce double rôle a été démontré in vivo en substituant au couple N/BOXB la « coat protein » du phage MS2 et son motif cible en tige boucle. En complément de ce travail, j'ai utilisé cette faculté d'un complexe ribonucléoprotéïque de bloquer la terminaison Rho-dépendante, pour développer une nouvelle approche d'étude in vivo, des complexe ARN-protéine.

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La, Houssaye Guillaume de. "Le facteur de transcription ets-1 : implication dans le développement du néoplasme oculaire et identification de ses cibles biologiques." Paris 7, 2009. http://www.theses.fr/2009PA077011.

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Abstract:

Parmi les tumeurs oculaires, le cancer de la rétine (rétinoblastome) et le mélanome de la choroïde sont les plus connus et les plus étudiés. Beaucoup d'entre nous ignorent l'existence de l'adénocarcinome de l'épithélium pigmentaire de la rétine, qui résulte de la prolifération de l'épithélium pigmentaire de la rétine. Cette tumeur est très rare et se caractérise par l'envahissement de la rétine sus-jacente et du vitré provoquant une destruction des photorécepteurs. De ce fait, le développement de l'adénocarcinome de l'épithélium pigmentaire entraîne une baisse de l'acuité visuelle pouvant conduire pour les tumeurs volumineuses, à la cécité chez les patients atteints. Aucun mécanisme biologique n'a été identifié, à ce jour, dans le développement de cette pathologie. L'étude d'un modèle animal développant cette pathologie est un outil indispensable pour les scientifiques afin de décrypter les mécanismes moléculaires mis en jeux dans ces cancers et pour, nous l'espérons, pouvoir un jour proposer des approches thérapeutiques. Nous avons, dans un premier temps, caractériser le phénotype oculaire du modèle murin Tyrp-1 SV40, où l'oncogène T du virus SV40 est placé sous le contrôle du promoteur du gène TRP-1. Cette souris développe une tumeur dérivée de l'épithélium pigmentaire de la rétine, qui croit au pôle postérieur de l'œil et qui métastase majoritairement au cerveau. Nous avons observé un décollement rétinien associé à une perte des segments externes des photorécepteurs. Cette perte se traduit par une altération de la réponse physiologique de la rétine dès le stade P15, atteinte qui s'aggrave avec une absence de réponse de la rétine à la lumière au stade P20 et à l'obscurité au stade P25. Nous avons également montré que le développement tumoral est associé au développement d'un réseau vasculaire tumoral précoce. Dans un second temps, nous avons entrepris au laboratoire d'étudier l'implication des facteurs de transcription ETS-1 et ETS-2 dans le développement de cette tumeur oculaire chez les souris Tyrp-1 SV40. Nous avons montré que les oncoprotéines ETS-1 et ETS-2 s'expriment dans la rétine normale et pathologique chez les souris Tyrp-1 SV40. Nous avons également montré leur expression dans les cellules tumorales suggérant leur implication dans le développement tumoral. Nous avons montré que l'expression des facteurs de transcription ETS-1 et ETS-2 est fortement augmentée lors du développement de la tumeur chez les souris Tyrp-1 SV40. De plus, nous avons également mis en évidence une activation de la transcription de certains gènes cibles des facteurs ETS-1 et ETS-2 (MCP-1, p21, ICAM-1 et PAI-1), gènes ayant un rôle dans la propagation tumorale suggérant un rôle des protéines ETS-1 et ETS-2 dans le développement tumoral dans le modèle Tyrp-1 SV40. Dans la dernière partie de cette étude, nous avons identifié les gènes cibles de ETS-1 par Chromato Immuno Précipitation couplée à une analyse sur puce à ADN sur une lignée de cellules neuronales, de manière à mettre en évidence des voies de signalisation contrôlées par ce facteur de transcription. Nos résultats suggèrent que le facteur ETS-1 pourrait contrôler la balance apoptose/prolifération dans les cellules neuronales.

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Grans, Julia. "Étude de la régulation transcriptionnelle de Mlxipl par RFX6 et identification des gènes cibles dans les cellules bêta pancréatiques." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ013.

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Abstract:

La fonction endocrine du pancréas est essentielle pour l'homéostasie du glucose parce que les îlots pancréatiques contiennent le seul type des cellules endocrines, nommées cellules bêta, qui sont capable de produire et sécréter de l’insuline. Le facteur de transcription RFX6, maintenu dans toutes les cellules endocrines matures, est essentiel pour le développement, l'identité et la fonction des cellules bêta. Chez l'homme, des mutations de RFX6 causent le syndrome de Mitchell-Riley, un trouble du développement caractérisé par un diabète néonatal et des malformations du système gastro-intestinal. La recherche des cibles de RFX6 dans les îlots murins a révélé que le facteur de transcription Mlxipl est directement régulé par RFX6. Dans cette thèse, nous avons étudié le mécanisme de la régulation transcriptionnelle de Mlxipl par RFX6 ainsi que les rôles de RFX6 et MLXIPL dans les cellules bêta adultes. Nous avons démontré que RFX6 se lie au premier intron de Mlxipl qui contient un motif de liaison (xbox) critique, et nous avons identifié les cofacteurs de ce processus. En comparant l’effet de la répression de Rfx6 et Mlxipl dans des milieux riches ou faibles en glucose dans la lignée cellulaire bêta Ins-1 832/13 sur le transcriptome, nous avons déterminé les programmes génétiques contrôlés par RFX6 et MLXIPL
Pancreatic endocrine function is critical for glucose homeostasis because pancreatic islets contain the only cells of the body, the beta cells, capable of producing and secreting insulin. The transcription factor RFX6 is maintained in all mature islet cells and is as an essential regulator of beta cell development, identity and function. In humans, RFX6 mutations cause Mitchell-Riley syndrome, a developmental disorder characterized by neonatal diabetes and malformations of the digestive tract. The search for RFX6 targets in murine islets revealed that the transcription factor Mlxipl is directly regulated by RFX6. In this thesis, we investigated the mechanism of Mlxipl transcriptional regulation by RFX6, and the respective roles of RFX6 and its downstream target MLXIPL in adult beta cells. We demonstrated that RFX6 binds to the first intron of Mlxipl that contains a critical RFX binding motif (xbox), and we identified cofactors of this process. By comparing the changes in the transcriptomes linked to the loss of RFX6 or MLXIPL in the pancreatic beta cell line Ins-1 832/13 and the glucose level, we determined the genetic programs controlled by RFX6 and MLXIPL

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Bouchard, Marie-France. "Fonctions aberrantes des facteurs de transcription GATA chez l'humain : régulation de l'expression ectopique du gène CYP19A1 par GATA3/4 dans les cellules de cancer du sein et effet des mutations ponctuelles de GATA4 sur la régulation de ses gènes cibles gonadiques." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26555/26555.pdf.

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Gilbert, Marie. "Etude des mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de TTF-1 et recherche de nouvelles cibles thérapeutiques dans le carcinome papillaire de la thyroïde : rôle de l'oncogène RET/PTC1 et de la voie Wnt/Bêta-caténine." Paris 11, 2010. http://www.theses.fr/2010PA114827.

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Abstract:

Le carcinome papillaire de la thyroïde (PTC) représente 80% des tumeurs de la thyroïde et se caractérise principalement par un oncogène de fusion RET/PTC1 et par l’expression de TTF-1. La voie Wnt/β-caténine est particulièrement étudiée en raison de ses rôles multiples notamment au cours du développement. Elle a aussi été très étudiée dans de nombreux cancers et joue un rôle fondamental. Le but des travaux de thèse a été de montrer le rôle de ces voies afin de justifier une approche thérapeutique ciblée. Nos travaux montrent que TTF-1 est un gène régulé par la voie Wnt/β-caténine dans le PTC. De plus, nous avons pu construire un siRNA spécifique et efficace contre la jonction RET/PTC1 qui a été vectorisé sous forme de nanoparticules de squalène pour une utilisation in vivo. Nous avons également montré un effet inducteur du siRNA RET/PTC1 sur TTF-1 qui devrait être pris en considération dans le cas d’une utilisation thérapeutique dans des PTC agressifs ou résistants
The papillary thyroid carcinoma (PTC) represents 80% of thyroid tumors and is characterized by a RET/PTC1 fusion oncogene (60-70% of cases) and the expression of the TTF-1 transcription factor. This factor leads to the expression of specific proteins of the thyroid as thyroglobulin and is found in many papillary cancers. The Wnt /β-catenin pathway is particularly studied because of its multiple roles in particular during development. It has also been extensively studied in many cancers and plays a fundamental role. These pathways were the subject of the work and the aim of the thesis was to show their roles and justify a targeted therapeutic approach. Our studies show that TTF-1 gene is regulated by the Wnt /β-catenin pathway in the PTC. In addition, we designed a specific and effective siRNA against the RET/PTC1 junction. The siRNA was vectorized with nanoparticles of squalene for a therapeutic use. We also showed that the siRNA induce TTF-1 expression and could be considered in the case of its therapeutic use in aggressive or resistant PTC

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Gosselin, Pauline. "Analyses structurales et fonctionnelles des interactions entre elF4E et ses partenaires." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00829452.

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Abstract:

Le contrôle traductionnel est une étape critique de la régulation de l'expression des gènes impliqués dans le développement embryonnaire et de nombreux processus cellulaires. Au cours de l'initiation de la traduction chez les eucaryotes, le facteur eIF4E (eukaryotic Initiation Factor 4E) fixe la coiffe des ARNm et recrute la protéine eIF4G pour former le complexe d'initiation. L' interaction eIF4E/eIF4G est une étape clé de la régulation traductionnelle, faisant du site de liaison à eIF4E un lieu de compétition entre eIF4G, le répresseur général de la traduction 4E-BP et d'autres régulateurs appelés 4E-IPs (4E-interacting partners), qui partagent avec eIF4G un motif consensus de liaison à eIF4E. Longtemps considérée comme une protéine désordonnée, nous avons montré au cours de cette thèse que 4E-BP adopte en réalité une conformation repliée lorsqu'il se lie à eIF4E, impliquant une surface d'interaction plus importante. Ces résultats ont apporté un nouveau regard sur les interactions qui s'établissent entre eIF4E et ses partenaires, et ont fourni des informations cruciales pour l'établissement de nouvelles thérapies, notamment celles développées dans le cadre des cancers. Mon travail de thèse a également permis l'établissement d'un criblage de nouvelles 4E-IPs, basé sur une approche alliant analyses structurales, bioinformatiques et biochimiques. Parmi les 4E-IPs détectées, nous avons caractérisé la protéine Angel1, membre d'une famille de déadénylases. Ces résultats ont ouvert de nombreuses perspectives pour la compréhension du métabolisme des ARNm mais aussi celle des régulations traductionnelles spécifiques prenant pour cible moléculaire eIF4E

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Gosselin, Pauline. "Analyses structurales et fonctionnelles des interactions entre elF4E et ses partenaires." Phd thesis, Paris 6, 2012. http://hal.upmc.fr/tel-00829452.

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Abstract:

Le contrôle traductionnel est une étape critique de la régulation de l’expression des gènes impliqués dans le développement embryonnaire et de nombreux processus cellulaires. Au cours de l'initiation de la traduction chez les eucaryotes, le facteur eIF4E (eukaryotic Initiation Factor 4E) fixe la coiffe des ARNm et recrute la protéine eIF4G pour former le complexe d'initiation. L' interaction eIF4E/eIF4G est une étape clé de la régulation traductionnelle, faisant du site de liaison à eIF4E un lieu de compétition entre eIF4G, le répresseur général de la traduction 4E-BP et d'autres régulateurs appelés 4E-IPs (4E-interacting partners), qui partagent avec eIF4G un motif consensus de liaison à eIF4E. Longtemps considérée comme une protéine désordonnée, nous avons montré au cours de cette thèse que 4E-BP adopte en réalité une conformation repliée lorsqu'il se lie à eIF4E, impliquant une surface d'interaction plus importante. Ces résultats ont apporté un nouveau regard sur les interactions qui s'établissent entre eIF4E et ses partenaires, et ont fourni des informations cruciales pour l'établissement de nouvelles thérapies, notamment celles développées dans le cadre des cancers. Mon travail de thèse a également permis l'établissement d'un criblage de nouvelles 4E-IPs, basé sur une approche alliant analyses structurales, bioinformatiques et biochimiques. Parmi les 4E-IPs détectées, nous avons caractérisé la protéine Angel1, membre d'une famille de déadénylases. Ces résultats ont ouvert de nombreuses perspectives pour la compréhension du métabolisme des ARNm mais aussi celle des régulations traductionnelles spécifiques prenant pour cible moléculaire eIF4E
The control of mRNA translation is a complex process that is critical for gene expression during development and many physiological processes. During translation initiation in eukaryotes, the Initiation Factor 4E (eIF4E) binds the cap structure of the mRNA and recruits the large scaffolding protein eIF4G to form the initiation complex, step that is often the major site of protein synthesis control. Interaction between eIF4E and eIF4G is targeted by the small translational repressor 4E-BP and other specific eIF4E-interacting partners (4E-IPs), which share with eIF4G a similar eIF4E-binding motif and compete for eIF4E to modulate its functions at different levels. Commonly, the repressor 4E-BP is described as a completely disordered protein, even in its eIF4E-bound state. In the present work, we showed that 4E-BP adopts in fact a folded structure when it interacts with eIF4E, establishing fuzzy and dynamic contacts that involve a larger binding footprint of 4E-BP on eIF4E. These results brought new insight into the mechanisms involved in the interaction between eIF4E and its partners, and emphasized the role of structural studies to develop new therapies, particularly in cancer treatments. During my thesis, we also developed a new approach that combines structural, in silico and biochemical analyses to find novel 4E-IPs. Among the new putative 4E-IPs, we characterized Angel1, a protein related to a family of deadenylases. All together, these results have opened up new perspectives in term of mRNA metabolism and specific regulations that target eIF4E

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Delestré, Laure. "Régulation transcriptionnelle du gène RHOH et potentielles cibles de la protéine dans différents modèles hématopoïétiques normaux et leucémiques." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00612958.

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RhoH est une petite protéine G de la famille Rho constitutivement activée. Cette protéine, exclusivement exprimée dans les cellules hématopoïétiques, intervient dans le développement du système immunitaire. Elle régule la croissance des cellules souches et des progéniteurs hématopoïétiques, la différenciation des lymphocytes T et la signalisation des récepteurs TCR, BCR et FcεRI présents respectivement à la surface des cellules T, B et des mastocytes. La dérégulation de l'expression du gène RHOH est un facteur de progression tumorale dans certaines leucémies. En effet, l'augmentation de son expression dans la Leucémie Lymphoïde Chronique (LLC) et sa répression dans la leucémie à tricholeucocytes (HCL) sont des évènements impliqués dans la progression de ces maladies. La LLC et l'HCL sont deux pathologies affectant des lymphocytes B matures mais, pour cette dernière, les cellules présentent un état de différenciation plus avancé. RhoH module donc différemment les processus de prolifération, de migration et de survie cellulaires selon le stade de maturation des cellules, suggérant que son expression soit finement régulée dans les cellules hématopoïétiques. Au laboratoire, notre équipe a mis en évidence la répression de RHOH dans l'HCL, responsable de la progression de cette maladie. Cette expression anormale est le résultat d'une diminution des transcrits RHOH initiés en amont de l'exon 4. Le même phénomène a également été observé dans la leucémie T de l'adulte (ATL). L'HCL et l'ATL sont deux maladies caractérisées par une prolifération anormale de cellules matures activées de type B (HCL) ou de type T (ATL). Nous avons donc projeté de comprendre les mécanismes moléculaires intervenant dans la régulation physiologique du gène RHOH au cours de l'activation lymphocytaire B et T ; puis de mettre en évidence les évènements responsables de la répression de RHOH dans l'HCL et l'ATL. Notre objectif serait d'y restaurer l'expression de RHOH et ainsi d'essayer de contrecarrer le phénotype leucémique, ceci dans le but de proposer de potentielles nouvelles cibles thérapeutiques dans ces deux leucémies, dont les traitements sont soit inefficaces (ATL), soit satisfaisants mais associés à des taux de rechutes assez élevés (HCL). Notre projet s'est tout d'abord orienté sur l'étude de la régulation normale du gène RHOH dans les cellules B et T. Nos résultats ont permis de montrer que l'expression du gène RHOH est principalement due à l'activité du promoteur P3 dans les lymphocytes B et T normaux et dans des lignées cellulaires lymphoïdes. Dans les lignées lymphoïdes B, le promoteur P3 a été caractérisé et correspond à la séquence -236/+67, en regard du site d'initiation de la transcription. Nous avons observé une augmentation de son activité suite à l'activation de ces cellules par un analogue du diacylglycérol (DAG), suggérant que des facteurs de transcription comme AP1, complexe formé des membres des familles Jun et Fos, sont impliqués dans la régulation du gène RHOH dans des lignées cellulaires lymphoïdes B. Nos résultats ont également permis de mettre en évidence : d'une part, la fixation de JunD sur le promoteur P3, par immunoprécipitation de la chromatine et son rôle de régulateur négatif dans la transcription de RHOH ; d'autre part, l'importance des membres de la famille Fos dans l'expression de ce gène, dans la lignée lymphoïde B Raji. Dans les lymphocytes T, l'activation des cellules par des anticorps anti-CD3 et anti-CD28 a permis d'observer une variation biphasique de l'expression des transcrits RHOH initiés en amont de l'exon 4, au niveau du promoteur P3 : tout d'abord, une forte augmentation du taux des ARN messagers, reproduite par l'utilisation d'un ionophore pour le calcium, suivie d'une répression, mimée par l'analogue du DAG.

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Saillant, Vincent. "Comprendre le mécanisme du système senseur d’hème des bactéries pathogènes, une cible antibiotique innovante A novel Enterococcus faecalis heme transport regulator (FhtR) is a heme sensor in the gastrointestinal tract." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASB023.

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L’hème, une structure porphyrique contenant un atome de fer, est un cofacteur essentiel à de nombreuses fonctions bactériennes. Cependant, le fer de l’hème génère des radicaux libres, ce qui explique sa toxicité. Un des mécanismes principaux de détoxification de l’hème est l’expression, par les bactéries à Gram positif, d’un transporteur d’efflux de la famille ABC, HrtBA. La régulation de ce transporteur a été étudiée chez deux bactéries pathogènes opportunistes Enterococcus faecalis et Staphylococcus aureus, responsables d’infection nosocomiales multirésistantes. Chez E. faecalis, un nouveau régulateur de la famille TetR, FhtR, a été identifié et caractérisé. L’inhibition de la transcription de hrtBA par FhtR est levée par sa liaison à l’hème. FhtR a aussi un impact important sur l’activité de la catalase à hème, KatA. FhtR a donc un rôle majeur dans l’homéostasie intracellulaire de l’hème. Dans un modèle de transit intestinal chez la souris, HrtBA est induit, suggérant que ce mécanisme est important pour E. faecalis, une bactérie commensale de l’intestin, dans cet environnement. Chez S. aureus, la transcription de hrtBA est régulée par un système à deux composants HssRS. L’étude du mécanisme du senseur membranaire HssS a révélé que la partie cytoplasmique de l’histidine kinase était impliquée dans la liaison et la transduction du signal hème pour l’expression de HrtBA. L’ensemble de ces résultats démontrent que, bien que HrtBA soit conservée, plusieurs systèmes distincts régulent son expression, suggérant une adaptation complexe de la réponse bactérienne à l’hème de l’hôte et son importance dans la relation hôte-pathogène. Bloquer HrtBA ou la transduction du signal hème par ces deux senseurs d’hème pourrait constituer une cible pour la recherche antibiotique chez ces deux pathogènes
Heme, a porphyrin containing an iron atom, is an essential cofactor of several bacterial functions. Heme is also toxic because of the reactivity of the iron generating reactive oxygen species. One of the main mechanisms of heme detoxification, in Gram-positive bacteria, relies on the expression of a heme efflux ABC transporter, HrtBA. The regulation of this transporter has been investigated in two opportunistic pathogens, Enterococcus faecalis and Staphylococcus aureus, two bacteria responsible for multiresistant nosocomial infections. In E. faecalis, a new TetR family regulator, FhtR, has been identified and characterized. The FhtR dependent transcriptional inhibition of hrtBA is lifted by its binding to heme. FhtR controls the intracellular heme pools as showed par the activity of the endogenous heme dependent catalase, KatA. FhtR is thus a master regulator of heme intracellular homeostasis in E. faecalis. In a mouse model of intestinal transit, HrtBA is expressed, demonstrating the relevance of this system in the gastrointestinal tract where E. faecalis is a commensal resident. In S. aureus, hrtBA transcription is controled by the two-component system, HssRS. The study of the mechanism of the membrane heme sensor HssS showed that the intracytoplasmic of the histidine kinase was responsible of the binding and heme signal transduction for HrtBA expression. Alltogether, these results demonstrate that while HrtBA is conserved among Gram positive bacteria, the regulating mechanisms leading to its expression are varied. This suggests that the host heme response is dependent of the bacteria lifestyle and underlies the importance of this cofactor in the host-pathogen relationship. Inhibiting heme effux by HrtBA or the heme sensing mechanisms could lead to new antibiotic strategies

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Strasser, Perrine. "Rôle du facteur de transcription RFX6 dans la différenciation et la fonction des cellules β sécrétrices d'insuline : identification et étude de gènes cibles." Thesis, Strasbourg, 2015. http://www.theses.fr/2015STRAJ088.

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Abstract:

La régulation de l’homéostasie du glucose dans l’organisme est la fonction principale des cellules beta sécrétrices d’insuline dans le pancréas endocrine. Le facteur de transcription à domaine « winged helix », RFX6, a récemment, été identifié comme un nouveau régulateur de la différenciation endocrine pancréatique en aval de Ngn3 chez le poisson zèbre, la souris et l’homme. De plus, diverses mutations de Rfx6 chez l’homme ont été identifiées et reliées au syndrome de Mitchell Riley notamment caractérisé par un diabète néonatal, une atrésie de l’intestin grêle et une malabsorption intestinale. Lors de mes travaux de thèse, une approche combinée de transcriptomique chez la souris et la recherche des sites de fixation de RFX6 dans une lignée cellulaire beta et dans les ilots pancréatiques a permis de démontrer son importance dans le maintien de l’identité et de la fonction de la cellule beta. Pour la première fois, l’identification des cibles directes de RFX6 in vivo a été réalisée et a permis l’identification de l’ensemble du répertoire des gènes régulés directement par RFX6 dans les cellules beta qui n’ont pas été révélés dans le système cellulaire. Cette étude aura également permis d’identifier Mlxipl comme principale cible directement régulée par Rfx6 à la fois chez la souris et l’homme. Les expériences réalisées ont ainsi permis de déterminer les gènes cibles directs de RFX6 et contribué à élucider le rôle de ce facteur de transcription dans la différenciation et la fonction des cellules beta sécrétrices d’insuline
Glucose homeostasis regulation in the body is the main function of insulin secreting beta cells in the endocrine pancreas. The winged-helix transcription factor RFX6 has recently been identified as a new pancreatic endocrine differentiation regulator, downstream of Ngn3,in zebra fish, mouse and human. Moreover, several Rfx6 mutations in humans were discovered and linked to the Mitchell Riley syndrome, which is characterized by neonatal diabetes, intestinal atresia and malabsorption. My thesis consisted of using an approach combining transcriptomic analysis in mouse and the identification of RFX6 target genes in a beta cell line as well as in pancreatic islets. This work has demonstrated the crucial role of RFX6 in maintaining beta cell identity and function. For the first time, RFX6 target genes were identified in vivo as well as the whole repertoire of directly regulated RFX6 target genesin beta cells, which were previously unidentified in the beta cell line. These studies have also shown that Mlxipl is a main RFX6 regulated target gene in mice and human. Overall, this work has allowed the clear identification of RFX6 target genes, thus contributing inunderstanding the role of this crucial transcription factor in the differentiation and function of insulin secreting beta cells

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Léger, Amandine. "Analyse fonctionnelle d'AtMYB30, un régulateur transcriptionnel impliqué dans la mort cellulaire hypersensible chez Arabidopsis thaliana." Toulouse 3, 2010. http://thesesups.ups-tlse.fr/864/.

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Abstract:

Les mécanismes moléculaires qui sous-tendent la Réponse Hypersensible (HR), une forme de mort cellulaire programmée généralement associée à la résistance des plantes, demeurent mal compris. AtMYB30, membre de la famille de facteurs transcriptionnels de type MYB, a été identifié sur la base de son expression spécifique, rapide et transitoire au cours des premières étapes de la HR chez Arabidopsis thaliana. Des approches génétiques et moléculaires ont montré qu'AtMYB30 est un régulateur positif de la HR. A partir de ces données et afin de mieux comprendre le mode d'action d'AtMYB30, trois questions majeures ont sous-tendu mes travaux de thèse : (i) quelles sont les cibles directes d'AtMYB30? , (ii) quel est le rôle d'un proche homologue d'AtMYB30, AtMYB96 ? et (iii) AtMYB30 est-il à l'origine d'un ou plusieurs signaux de mort cellulaire de nature lipidique ? Le rôle régulateur d'AtMYB30 a pu ainsi être mis en évidence dans la génération d'un signal de mort cellulaire programmée chez les plantes via l'activation de ses gènes cibles, gènes appartenant à la voie de biosynthèse des acides gras à longue chaîne. Par ailleurs, AtMYB96, interacteur d'AtMYB30, est capable de collaborer via une interaction physique et par régulation transcriptionnelle avec AtMYB30 , pour le contrôle du programme de mort cellulaire hypersensible chez Arabidopsis thaliana
The molecular mechanisms underlying the Hypersensitive Response ( HR), a form of programmed cell death generally associated with the plant resistance, remain poorly understood. AtMYB30, a member of the family of MYB transcriptionnal factors, was identified on the basis of its specific, rapid and transient expression during the first stages of the HR in Arabidopsis thaliana. Furthermore, genetic and molecular approaches showed that AtMYB30 is a positive regulator of the HR. From these data and to further understand the mode of action of AtMYB30, three major questions were addressed in my thesis work : i) what are the direct targets of AtMYB30, ii) what about role of a close homolog of AtMYB30, AtMYB96? And iii) What role for AtMYB30 in cell death lipid signaling? Thus the regulatory role of AtMYB30 has been revealed in the generation of cell death signals via the activation of its target genes, belonging to the VLCFA (Very Long Chain Fatty Acid) biosynthesis pathway. Besides, the role of AtMYB96 was determined, acting through interaction with AtMYB30 and able to collaborate for the control of the hypersensitive cell death program at Arabidopsis thaliana

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Delest, Anna. "Ciblage dynamique et différentiel des complexes Polycomb au cours du développement de Drosophila melanogaster." Thesis, Montpellier 1, 2012. http://www.theses.fr/2012MON13520.

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Abstract:

Les protéines du groupe Polycomb (PcG) sont évolutivement conservées et sont des régulateurs chromatiniens responsables du maintien de la répression transcriptionnelle des gènes homéotiques (HOX) au cours du développement. Elles assurent ainsi une mémoire cellulaire. Cependant, ces protéines peuvent aussi cibler des gènes contrôlant le cycle cellulaire et la détermination du destin cellulaire. Au laboratoire, il a été montré que dans le disque imaginal d'œil de drosophile, plusieurs gènes de la voie de signalisation Notch sont réprimés par les protéines du PcG. La perte de fonction de ces dernières résulte en l'activation ectopique de Notch et en la formation de tumeurs néoplasiques. De manière intéressante, Notch n'est pas une cible des protéines du PcG dans les embryons. Ceci suggère qu'au cours du développement, les protéines du PcG pourraient être impliquées dans un contrôle dynamique de l'expression génique.L'objectif de ma thèse a été d'étudier le ciblage dynamique des protéines du PcG au cours du développement et de la différentiation tissulaire. Pour cela, j'ai effectué des expériences de ChIP dirigées contre des protéines du complexe PRC1 et pour la marque répressive H3K27me3 (typique du complexe PRC2) à partir de tissus larvaires : les disques imaginaux d'œil et d'aile. En comparant ces données aux données embryonnaires, nous avons découvert un néo-recrutement du système Polycomb spécifique du stade larvaire. Etonnamment, il existe plusieurs catégories de gènes cibles qui se distinguent sur la base de leurs profils de ChIP, ce qui suggère de nouveaux mécanismes de régulation par les protéines du PcG. En effet, certains gènes sont fixés uniquement par les protéines du PRC1 en l'absence de la marque H3K27me3 et inversement. Les 2 complexes PRCs pourraient donc agir indépendamment dans la régulation de l'expression génique
Polycomb group (PcG) proteins are an evolutionarily conserved set of chromatin regulators implicated in stable long-term homeotic gene silencing. PcG proteins additionally bind and regulate genes implicated in cell cycle control or cellular fate determination, suggesting that PcG proteins can be involved in more dynamic regulation of target genes. Recent studies in Drosophila eye imaginal discs showed that PcG proteins can control cellular proliferation by repression of signalling genes, and that abrogation of this process promotes tumours. Interestingly, one of the regulated genes was not found to be a PcG target in embryonic tissues, suggesting that PcG-mediated gene regulation is dynamic throughout development. To gain a comprehensive view of the targeting of PcG proteins throughout development and to understand its role during tissue differentiation, we performed ChIP experiments in eye and wing imaginal discs for components of the PcG complex, PRC1, and the repressive histone mark H3K27me3 (deposited by the PcG complex, PRC2). Compared to embryo datasets, we find many novel PcG target genes, several with tissue-specific recruitment in eye or wing discs. Furthermore, we report new classes of PcG target genes based on their ChIP profiles, which may have implications for their modes of regulation. For example, some genes are bound only by PRC1 components (Pc, Ph), without the presence of H3K27me3, or vice versa, indicating that these complexes may play more independent roles in gene regulation than previously appreciated

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Vigneault, François. "Régulation génique par les facteurs de transcription NFI." Thesis, Université Laval, 2008. http://www.theses.ulaval.ca/2008/25325/25325.pdf.

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Sii, Felice Karine. "Régulation par phosphorylation du facteur de transcription MafA." Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077081.

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Degerny, Cindy. "Sumoylation et régulation de l'activité de transcription ERM." Lille 1, 2007. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2007/50376-2007-69.pdf.

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Abstract:

ERM est un facteur de transcription de la famille ETS appartenant au groupe PEA3. Ce groupe se compose de trois protéines impliquées dans la tumorigènese mammaire, principalement dans le processus mètastatique. Ces protéines sont des activateurs transcriptionnels dont le niveau d'activation dépend de différentes modifications post-traductionnelles. La sumoylation est une modification post-traductionnelle qui joue un rôle clé dans la régulation de l'activité de certains facteurs de transcription. Elle consiste en la conjugaison d'une protéine SUMO sur la lysine d'une séquence consensus [psi]KXE ([psi] résidu hydrophobe) par l'enzyme de conjugaison Ubc9 et une SUMO-ligase. Nous avons montré qu'ERM, qui interagit avec Ubc9 et possède cinq sites consensus de sumoylation, est effectivement conjuguée à SUMO et que cette modification est très nettement impliquée dans l'inhibition de son activité transcriptionnelle. Cette inhibition est liée à la sumoylation de trois sites présents dans un domaine préalablement défini comme réprimant l'activité du domaine transactivateur N-terminal d'ERM. Toutefois, la sumoylation des deux sites extérieurs à ce domaine répresseur est aussi impliquée dans la régulation négative de l'activité d'ERM. Chaque site de sumoylation semble ainsi pouvoir correspondre à un module inhibiteur. Finalement, nous avons établi que la sumoylation d'ERM est dépendante de la SUMO-ligase PIAS1 sans toutefois exclure le rôle d'autres protéines de la famille PIAS dans ce processus. Ces travaux ouvrent maintenant la voie de l'étude des mécanismes d'inhibition mis en jeu par SUMO et des interconnexions entre les diverses modifications post-traductionnelles d'ERM.

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Hamdane, Abdelatif Nourdine. "Étude du rôle du facteur de transcription UBF dans la régulation de la transcription ribosomale "in vivo"." Doctoral thesis, Université Laval, 2015. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25768.

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Abstract:

La biogenèse ribosomale débute avec la transcription de l'ARN ribosomal (ARNr). La structure du nucléole, la formation des ribosomes et le recrutement des centaines de protéines et de Small Nucleolar Ribonucleic Acid (snoRNA) qui sont essentiels pour la biogenèse ribosomale dépendent de l'activité transcriptionnelle des gènes d’ARNr. Les génomes haploïdes murins et humains possèdent à peu près 200 copies de gènes d’ARNr présents sur le bras court de cinq chromosomes acrocentriques. Ces loci correspondent aux Nucleolar Organizer Regions (NORs) et restent en majorité hypocondensés par rapport au reste des chromosomes durant la mitose. Au commencement de chaque cycle cellulaire, les nucléoles se reforment autour des gènes d’ARNr actifs. Ces gènes d’ARNr sont transcrits par l'ARN polymérase I, ce qui nécessite la formation d'un complexe de pré-initiation de la transcription (Pre-Initiation Complex, PIC). À partir d'expériences in vitro, deux facteurs basaux pour l'ARN polymérase I ont été identifiés: Selectivity Factor 1 (SL1) et Upstream Binding Factor (UBF). Le complexe SL1 contient la protéine TATA-box Binding Protein (TBP) ainsi que plusieurs TBP-Associated Factor (TAF) qui permettent de reconnaître les séquences promotrices des gènes d’ARNr. Les données existantes à ce jour suggèrent qu'UBF est un facteur architectural qui permet la formation d'une structure nucléoprotéique, l'enhancesome, dans laquelle un dimère d'UBF forme une boucle d'ADN de 360° d'environ 140 paires de bases (pb) d'ADN, et de ce fait, aide à la formation du PIC. UBF a également été impliqué dans la régulation de l'élongation de la transcription. Cependant, il n'a pas encore été déterminé si UBF accomplit ces deux fonctions in vivo et si UBF est essentiel pour la transcription des gènes d'ARNr. Pour résoudre cette question fondamentale, nous avons généré des souris ainsi que des cellules murines qui portent une mutation conditionnelle du gène Ubf. L'inactivation du gène Ubf a entraîné un arrêt développemental au stade morula, ceci révélant l'importance du facteur pour la prolifération des cellules et pour le développement embryonnaire. L'inactivation conditionnelle du gène Ubf en culture cellulaire a mené à l'arrêt de la transcription ribosomale, à l'absence de formation du complexe PIC sur les gènes d’ARNr, à la mise en état inactif des gènes d’ARNr sans méthylation de l'ADN, à l'altération de la structure nucléolaire et à la formation d'une structure nucléaire qui contient les facteurs de l'initiation de la transcription et de la maturation des ARNr mais qui est dépourvue des NORs. L'inactivation conditionnelle d'Ubf dans les cellules a conduit à un arrêt de la prolifération cellulaire et à l'apoptose des cellules de manière indépendante p53, et ceci exclusivement dans les cellules transformées de manière oncogénique. Ces résultats suggèrent qu'UBF constituerait une cible de choix pour la chimiothérapie.
Ribosomal biogenesis starts with transcription of ribosomal RNA (rRNA). Nucleolus structure, ribosomes formation and recruitment of hundreds of proteins and snoRNAs Small Nucleolar Ribonucleic Acid essential for ribosomal biogenesis depend on transcription of rRNA. Human and mouse haploid genomes contain around 200 copies of rDNA genes on the short arms of five acrocentric chromosomes. These loci correspond to the NORs Nucleolar Organizer Regions and stay undercondensed during mitosis as compared with the rest of the chromosomes. At the beginning of each cell cycle, nucleoli are reformed around rDNA genes. rDNA genes are transcribed by RNA polymerase I, which requires the formation of the PIC. Two RNA polymerase I basal transcription factors were identified; SL1 Selectivity Factor 1 and UBF Upstream Binding Factor. The SL1 complex contains the TBP TATA-box Binding Protein protein and the TAF TBP-Associated Factor allowing the promoter sequences recognition on rDNA genes. Data suggest that UBF is an architectural factor that allows the formation of a nucleoproteic structure, the enhancesome, in which a UBF dimer forms a DNA loop of 360° of almost 140 bp of DNA and in this way aids PIC formation. However, UBF has also been implicated in the regulation of transcription elongation. But whether or not UBF actually performs either of these functions in vivo, or indeed is even essential for the transcription of the rRNA genes at all is still unknown. To resolve this fundamental question we have generated mice and mouse cells conditionally lacking the single copy Ubf gene. Inactivation of the Ubf gene in mouse leads to developmental arrest at morula stage, this revealing the factor's importance for cell proliferation and embryonic development. Conditional inactivation of Ubf gene in cell culture leads to shut-down of ribosomal transcription, to failure of PIC formation loss on rDNA genes, to a DNA methylation-independent inactivation of rDNA genes, to nucleolus structure alteration and to the formation of a sub-nuclear structure containing the initiation of transcription and the processing factors lacking the NORs. Conditional inactivation of Ubf gene in cells leads to a proliferation cell arrest and to a p53-independent apoptosis exclusively in oncogenically transformed cells, suggesting that UBF could represent a unique target for chemotherapy.

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Valbuzzi, Thierry. "Rôle de la protéine HuR et de ses gènes cibles dans le carcinome hépatocellulaire." Thesis, Bordeaux 2, 2010. http://www.theses.fr/2010BOR21788/document.

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Abstract:

HuR est une protéine liant l’ARN, qui contrôle l’expression des gènes au niveau post-transcriptionnel. Dans le cytoplasme, HuR module la stabilité et la capacité de traduction des ARNm sur lesquels elle se fixe. Nos résultats montrent que HuR est surexprimée dans le carcinome hépatocellulaire (CHC) humain et dans des lignées de CHC en culture. HuR est anormalement retrouvée dans le cytoplasme des cellules hépatiques tumorales, et participe à leur prolifération. En combinant l’analyse globale des gènes régulés par l’extinction d’HuR, celle des ARNm liés à HuR et celle du transcriptome des CHC humains, nous avons identifié 2 gènes dont l’expression est régulée par HuR. Ces gènes sont sous-exprimés dans les tissus de CHC et participent à la mise en place du phénotype cancéreux (résistance à l’apoptose, prolifération cellulaire, invasion,...)
HuR is a RNA binding protein that controls gene expression at post-transcriptional level. In the cytoplasm, HuR modulates the stability and capacity of mRNA translation upon which it binds. Our results show that HuR is overexpressed in hepatocellular carcinoma (HCC) and in human HCC cell lines in culture. HuR is abnormally found in the cytoplasm of liver tumor cells, and contribute to their proliferation. By combining the global analysis of genes regulated by the extinction of HuR, the mRNAs associated with HuR and the transcriptome of human HCC, we identified two genes whose expression is regulated by HuR. These genes are under-expressed in HCC tissues and participate in the development of cancerous phenotype (resistance to apoptosis, cell proliferation, invasion ,...)

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Bourriquen, Gaëlle. "La régulation de la transcription dans les cellules cancéreuses." Master's thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27260.

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Abstract:

La chromatine eucaryote, contenant l’ADN et de nombreuses protéines de liaison, subit une compaction dynamique et fonctionnelle à de multiples échelles, nécessaire pour la régulation de nombreux processus biologiques comme l’expression génique. Afin de définir et maintenir les fonctions cellulaires, les protéines de la régulation transcriptionnelle et de la régulation de la structure chromatinienne agissent de concert pour orchestrer les programmes d’expression génique des cellules. Les facteurs de transcription opèrent de manière combinée et hiérarchique au niveau de nombreux éléments régulateurs, dont le fonctionnement est complexe et intégré, capables de générer de larges boucles topologiques pour réguler spécifiquement un promoteur cible à un moment précis. Le co-activateur transcriptionnel Mediator sert de centre d’interprétation, en connectant physiquement les régulateurs de la transcription à la machinerie transcriptionnelle, pour générer une réponse calibrée. Le complexe de maintenance de la structure des chromosomes, Cohesin, est impliqué dans la formation et la stabilisation des connexions génomiques à l’échelle de nombreuses structures chromatiniennes tri-dimensionnelles dont la caractérisation fonctionnelle commence à être explorée. Ensemble, les facteurs de transcription, Mediator et Cohesin contrôlent l’expression des programmes responsables du maintien de l’identité cellulaire. Les cellules cancéreuses présentent de nombreuses dérégulations au niveau transcriptionnel, et donc un programme d’expression aberrant. Nous avons démontré que les mécanismes de régulation qui contrôlent les cellules cancéreuses sont conservés, et proposons une stratégie qui permette de révéler les facteurs clefs dans la progression tumorale. Nous avons appliqué cette stratégie à la problématique de la résistance endocrinienne dans la progression du cancer du sein hormono-dépendant. Les résultats obtenus suggèrent que le complexe transcriptionnel AP-1 pourrait être impliqué dans l’acquisition et/ou le maintien de la résistance, en réponse aux pressions de sélection induites par les traitements hormonaux. Nous proposons une adaptation progressive et agressive des cellules cancéreuses par re-hiérarchisation des facteurs clefs qui contrôlent sa croissance.
Human chromatin, that contain both DNA and numerous binding proteins, is the target of a dynamic and functional multi-scaled compaction, which leads to the regulation of biologic processes as gene expression. In order to define and maintain cellular functions, transcriptional and structural regulatory proteins act together to orchestrate the different genes expression programs. Transcription factors function in a combinatorial and hierarchical manner on regulatory elements within the genome, which are able to generate large topological loops to specifically regulate a target promoter in the right temporal frame. The general co-activator Mediator functions as a center for proper transduction of the transcriptional input, physically connecting regulatory proteins to the transcriptional machinery, to generate a calibrated biological response. Cohesin is implicated into the formation and stabilization of genomic connections at multi-scaled tri-dimensional resolution, which functional features are beginning to be elucidated. Together, transcription factors, Mediator and Cohesin control expression programs that enable the maintenance of cellular identities. Cancerous cells often show deregulations at the transcriptional level, which lead to aberrant expression programs. We demonstrated that regulatory mechanisms, controlling transcription in cancerous cells, obey to the same rules that in normal cells and are conserved, then enable the characterization of key transcription factors that drive cancer progression. We applied this discovery to hormonal resistance in breast cancers. Our results suggest that AP-1 family could be involved into the acquisition of this more aggressive phenotype, by transcriptionally bypassing the drug effects. We proposed that a model for aggressiveness in cancer cells could be through their adaptation to transcriptional treatments, leading to a modulation of key important transcription factors driving transcriptional programs within the cells.

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Ouararhni, Khalid. "Régulation épigénétique de la transcription par les variants d'histones." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA11T016.

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Fauquier, Lucas. "Régulation de la transcription par l'arginine méthyltransférase CARM1/PRMT4." Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/439/.

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Abstract:

Les enzymes de remodelage et de modification de la chromatine jouent un rôle majeur dans de nombreux processus biologiques et sont notamment primordiales au cours de la régulation de la transcription. L'arginine méthyltransférase CARM1/PRMT4 méthyle l'histone H3 ainsi que d'autres protéines et joue un rôle clé dans l'activation de la transcription dépendante des récepteurs nucléaires. Nous avons mis en évidence l'implication de CARM1 dans la régulation de la transcription dépendante d'autres facteurs de transcription tels que E2F-1 ou le transactivateur CIITA. Enfin, nos résultats indiquent que CARM1 régule également l'expression de gènes cibles du facteur de transcription c-Fos à un niveau transcriptionnel mais aussi post-transcriptionnel. Ainsi, nos résultats suggèrent un rôle majeur de CARM1 dans la régulation de l'expression génique dans différentes voies de signalisation
Chromatin remodelling and modifying enzymes play a major role in numerous biological processes including transcription regulation. The arginine methyltransfearse CARM1/PRMT4 methylates specifically histone H3 N-terminal tail as well as others proteins and plays a key role in nuclear receptors-dependent transcriptional regulation. Here we show that CARM1 is implicated in transcriptional regulation dependent upon others transcription factors, such as E2F-1 or the CIITA transactivator. Finally, we demonstrate that CARM1 also regulates c-Fos-dependent gene expression both at the transcriptional and post-transcriptional level. Hence, our results suggest a role for CARM1 in gene expression regulation implicated in different pathways

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Gissot, Mathieu. "Etude de la régulation transcriptionnelle des gènes lors du cycle érythrocytaire de Plasmodium falciparum : implication des acteurs de la régulation transcriptionnelle dans les évènements clefs du cycle érythrocytaire." Paris 6, 2005. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00008492.

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Sultan, Islam. "La construction du réseau de régulation transcriptionnelle." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS184/document.

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Abstract:

Une part prépondérante de la régulation au niveau transcriptionnel passe par la modulation du taux d’initiation de la transcription. Chez les bactéries,l’initiation de la transcription implique la reconnaissance par le facteur sigma de l’ANR polymérase d’un motif de séquence particulier localisé approximativement10 bp en amont du site d’initiation de la transcription(TSS). Elle est modulée par la fixation de facteurs de transcription qui reconnaissent d’autres motifs à proximité. La technologie RNA-Seq donne accès au répertoire des TSS et des unités de transcriptions et offre donc des perspectives renouvelées pour s’attaquer au problème de l’identification des motifs de fixation des facteurs de transcription. Ce travail de thèse a visé à évaluer les outils existants et à développer de nouvelles méthodes pour la prédiction des sites de fixation des facteurs de transcription en combinant l’information des profils d’expression et des positions des TSS. Plusieurs approches fondées sur les modèles de matrices poids-position (PWM) vont être explorées pour étendre le modèle de mélange classiquement utilisé en relâchant l’hypothèse selon laquelle les motifs correspondants aux différents sites de fixations apparaissent indépendamment dans les différentes régions promotrices. Dans les nouveaux modèles, nous prendrons explicitement en compte une probabilité supérieure d’apparition d’un même motif dans des promoteurs dont les profils d’activité sont similaires. Une attention particulière sera aussi portée à la position du motif par rapport au TSS et au site de fixation du facteur sigma. En parallèle des développements méthodologiques nous travaillerons aussi sur l’utilisation de ces approches pour reconstruire le réseau des régulations transcriptionnelles chez L. monocytogenes en s’appuyant sur les données de la littérature et du projet List MAPS. Enfin,nous envisageons d’utiliser l’information sur le réseau de régulation pour étudier un point particulier qui serait pertinent
This PhD project takes place in List MAPS, a Horizon 2020-funded Marie Curie Actions InnovativeTraining Network (ITN) with the goal of understandingof the ecology of Listeria monocytogenesthrough the combination of high throughput Epigenetics, Deep sequencing of transcripts, Proteomics, Bioinformatics, Mathematics and Microbiology. Acentralobjective of the ITN is to decipher the mechanismsunderlying adaptation and virulence of L. monocytogenes“from farm to fork”.This PhD project (subproject9) aims to tackle the task of transcription regulatorynetwork construction. A significant part of regulationat the transcriptional level is achieved by modulationof transcription initiation rate. In bacteria, transcriptioninitiation relies on recognition of particular sequencemotif by a Sigma-factor approximately 10 bpupstream of the transcription start site (TSS) and ismodulated by the binding of transcription factors recognizingother sequence motifs located nearby. RNASeqtranscriptomics provides direct information on therepertoire of TSSs and transcription units and therebyoffers renewed perspectives to address the problemof transcription factor binding sites identification. Thegoal of this PhD project is to assess existing toolsand to develop new methods for prediction of TF bindingsites by combining expression profiles and preciseinformation on the location of the TSSs. Severalapproaches based on position weight matrix (PWM)models will be investigated to extend the classicalmixture model by relaxing the hypothesis that motifscorresponding to different TF binding sites occur independentlybetween TSS regions.In the new model,we will explicitly account for the increased probabilityof occurrence of a same motif in two promoters whentheir profiles of activity across conditions are similar. A particular attention will also be paid to the positionof the motif with respect to the TSS and the sigmafactor binding site. In parallel to the methodologicaldevelopments we will also work on the use of theseapproaches to build the transcription regulatory networkof L. monocytogenes based on data form theliterature and from the List MAPS project. Finally, wewish to use the information on the regulatory networkto tackle a particular point relevant for the List MAPSproject using a dedicated model

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Louis-Plence, Pascale. "Régulation transcriptionnelle de l'expression des gènes HLA-DR." Montpellier 1, 1994. http://www.theses.fr/1994MON1T026.

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Lauzier, Marie-Claude. "Régulation de l'activité des facteurs de transcription induits par l'hypoxie." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26884/26884.pdf.

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Abstract:

Les facteurs de transcription induits par l’hypoxie (HIF) sont responsables de la transcription de nombreux gènes impliqués dans la réponse à l’hypoxie. En plus de réguler de nombreux processus cellulaires et physiologiques, ces facteurs sont impliqués dans plusieurs pathologies. Hétérodimères constitués d’une sous-unité β constitutive et d’une sous-unité α sensible à l’oxygène, ces facteurs sont majoritairement régulés par l’hydroxylation et la dégradation de la sous-unité α. En situation d’hypoxie, ce mécanisme de dégradation est inhibé, ce qui favorise la formation de complexes HIF. Les travaux présentés dans cette thèse visent à élucider les mécanismes régulant l’activation de HIF en situation d’hypoxie ou de normoxie. Dans la section Résultats, vous retrouverez une section consacrée à l’activation de HIF par l’angiotensine II (AngII) chez les cellules musculaires lisses vasculaires. Plus précisément, le rôle de la transactivation de récepteurs à activité tyrosine kinase suivi de l’implication de HIF dans la biologie de ces cellules seront abordés. Dans un deuxième temps, un inhibiteur des métalloprotéases, le BiPS, vous sera présenté comme étant un puissant inducteur des protéines HIF-α. En effet, le BiPS est un puissant inhibiteur des enzymes responsables de la dégradation des protéines HIF-α. En outre, le BiPS permet l’activation des complexes HIF ainsi formés. Ces résultats inattendus pourraient avoir des répercussions importantes dans l’utilisation de cet agent à des fins angiostatiques dans le traitement du cancer en plus de présenter un nouvel agent ayant un potentiel thérapeutique important dans le traitement de pathologies ischémiques. Finalement, vous retrouverez une section consacrée à l’étude d’un nouveau répresseur de HIF, l’histone acétyltransférase HBO1. De façon étonnante, HBO1 réprime l’activité des complexes HIF par un mécanisme indépendant de la stabilisation des sous-unités α mais dépendant du remodelage de la chromatine. En conclusion, ces résultats mettent en lumière de nouveaux mécanismes de régulation de l’activité des facteurs de transcription HIF. Considérant les rôles physiologiques importants de ces complexes ainsi que leurs implications dans diverses maladies, ces résultats permettront d’accroître les connaissances disponibles quant aux fonctions de ces complexes et mèneront vers le développement d’outils thérapeutiques efficaces.
Hypoxia-inducible transcription factors (HIF) are decisive elements in the transcriptional regulation of numerous genes expressed in conditions of hypoxic stress. In addition to their roles in many physiological and cellular processes, HIF are also involved in diverse pathological situations. Obligate heterodimers composed of a constitutive β subunit and of an oxygen tension-regulated α subunit, these transcription factors are mainly regulated by the hydroxylation and subsequent degradation of the α subunit. In hypoxia, this degradation mechanism is inhibited, resulting in HIF complex formation and binding to specific DNA sequences. The work presented in this thesis aims to elucidate regulatory mechanisms involved in HIF activation during hypoxia or in normal oxygen conditions. In the Results section, you will find a study devoted to HIF activation by angiotensin II (Ang II) in vascular smooth muscle cells. Specifically, the role of receptor tyrosine kinase transactivation on HIF activation was evaluated along with a description of HIF-1’s role in smooth muscle cells biology. Next, an inhibitor of matrix metalloproteases, BiPS, will be presented as a novel and potent HIF activator. This unexpected effect may have important implications for the use of this compound for its angiostatic potential in cancer treatment. In addition, BiPS and derivative molecules could also have strong therapeutic potential in ischemic diseases. Finally, you will find a section devoted to the study of a new transcriptional repressor of HIF complexes, the histone acetyltransferase bound to ORC-1, HBO1. Surprisingly, HBO1 represses the activity of HIF complexes by a mechanism independent of the availability of the α subunits, but dependent on a chromatin remodelling event. In conclusion, this thesis highlights new regulatory mechanisms responsible for HIF activation. Considering the important physiological roles of HIF complexes and their implications in the pathogenesis of different diseases, these studies increase the available knowledge concerning the biological functions of these complexes and could contribute to the development of more effective and safe therapeutic tools.

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Kautzmann, Marie Audrey. "Régulation transcriptionnelle du facteur de transcription spécifique des bâtonnets, Nrl." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00790423.

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Abstract:

La leucine zipper de la rétine neurale (Nrl) joue un rôle central dans le développement et l'homéostasie des bâtonnets en activant I'expression de gènes tels que le photopigment Rhodopsine. Nrl est aussi associé à la Rétinite Pigmentaire, faisant ainsi de ce gène un modèle intéressant pour la compréhension des programmes contrôlant le développement et I'homéostasie des photorécepteurs.Ce travail de thèse vise à caractériser les mécanismes régulateurs de I'expression de Nr/ au cours du développement rétinien. L'électroporation in vivo de vecteurs rapporteurs dans des rétines de souris en développement, a révélé des séquences minimales de promoteur Nr/ nécessaires à une expression spécifique dans les photorécepteurs. Nous avons identifié RORI3 comme facteur requis pour cette expression, et montré que les facteurs OTX2, CRX et CREB s'accrochent aussi directement à des régions régulatrices particulières du promoteur. Nous avons construit un virus adéno-associé (AAV) contenant un promoteur minimal Nrl de 0.3 kb, et montré qu'il est adapté à la délivrance de gène spécifiquement dans les photorécepteurs.Nous avons montré que NRL, CRX et NR2E3, les régulateurs principaux de la Rhodopsine, ont une expression rythmique au cours de 24 h, et que l'expression cyclique de Nr/ peut être due à l'activation par RORp, un composant l'horloge circadienne. Enfin, nous avons identifié un nouveau facteur de transcription, NonO, au niveau de la région du promoteur proximal de la Rhodopsine, qui en combinaison avec NRL et CRX, active le promoteur de la Rhodopsine. L'invalidation de NonO au cours du développement rétinien a prouvé son implication pour le développement et I'homéostasie des bâtonnets.

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Kautzmann, Marie audrey. "Régulation transcriptionnelle du facteur de transcription spécifique des bâtonnets, Nrl." Thesis, Strasbourg, 2012. http://www.theses.fr/2012STRAJ060/document.

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Abstract:

La leucine zipper de la rétine neurale (Nrl) joue un rôle central dans le développement et l'homéostasie des bâtonnets en activant I'expression de gènes tels que le photopigment Rhodopsine. Nrl est aussi associé à la Rétinite Pigmentaire, faisant ainsi de ce gène un modèle intéressant pour la compréhension des programmes contrôlant le développement et I'homéostasie des photorécepteurs.Ce travail de thèse vise à caractériser les mécanismes régulateurs de I'expression de Nr/ au cours du développement rétinien. L'électroporation in vivo de vecteurs rapporteurs dans des rétines de souris en développement, a révélé des séquences minimales de promoteur Nr/ nécessaires à une expression spécifique dans les photorécepteurs. Nous avons identifié RORI3 comme facteur requis pour cette expression, et montré que les facteurs OTX2, CRX et CREB s'accrochent aussi directement à des régions régulatrices particulières du promoteur. Nous avons construit un virus adéno-associé (AAV) contenant un promoteur minimal Nrl de 0.3 kb, et montré qu'il est adapté à la délivrance de gène spécifiquement dans les photorécepteurs.Nous avons montré que NRL, CRX et NR2E3, les régulateurs principaux de la Rhodopsine, ont une expression rythmique au cours de 24 h, et que l'expression cyclique de Nr/ peut être due à l'activation par RORp, un composant l'horloge circadienne. Enfin, nous avons identifié un nouveau facteur de transcription, NonO, au niveau de la région du promoteur proximal de la Rhodopsine, qui en combinaison avec NRL et CRX, active le promoteur de la Rhodopsine. L'invalidation de NonO au cours du développement rétinien a prouvé son implication pour le développement et I'homéostasie des bâtonnets
The Neural Retina Leucine zipper transcription factor (Nrl) plays a central role in rod photoreceptor development and homeostasis, by activating the expression of rod-specific genes such as the visual photopigment, Rhodopsin. Nrlhave been also associated with Retinitis Pigmentosa, making this gene an interesting model for understanding genetic programs controlling photoreceptors development and homeostasis.This thesis work aimed at characterizing regulatory mechanisms of Nr/ expression during retinal development. Using in vivo electroporation of reporter vectors carrying distinct portions of Nrlpromoter into neonatal mouse retina, we identified minimal sequences required for expression photoreceptors-specific expression. We identified RORI3 as being required for this expression and showed that OTX2, CRX and CREB transcription factors also directly bind to the defined regulatory regions.We designed a novel adeno-associated virus (AAV) vector containing a minimal Nrl promoter fragment of 0.3 kb, and showed that it is well-suited for gene delivery specifically into photoreceptors.We also showed that NRL, CRX, and NR2E3, the main transcriptional regulators of Rhodopsin, display rhythmic expression over 24 h. and that Nrl might undergo cyclic activation by RORB which is part of the photoreceptor circadian clock. Finally, we investigated the role of a novel Rhodopsin transcriptional regulator, NonO, identified in theRhodopsin proximal promoter region. We demonstrated that NonO co-activates Rhodopsin promoter along with NRL and CRX. By knocking down this gene during retinal development we provided evidence for its role in rod development and homeostasis

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Le, Bott Olivier. "Les protéines de la régulation de la transcription des gènes." Paris 5, 1989. http://www.theses.fr/1989PA05P057.

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Gachon, Frédéric. "Régulation de la transcription par l'oncoprotéine Tax de HTLV-I." Montpellier 1, 2001. http://www.theses.fr/2001MON1T007.

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Abstract:

Les virus ont developpe au cours de leur evolution differentes strategies permettant d'utiliser les fonctions de leur cellule hote dans le but de permettre leur replication. Cependant, ce detournement des fonctions cellulaires de l'hote entraine une levee des systemes de regulation pouvant conduire a la transformation de la cellule. C'est la principale raison de l'effet oncogenique des virus. Htlv-i (human t-cell leukemia virus type i) est un bon representant de ces virus utilisant la machinerie cellulaire pour permettre sa propre replication. Cette fonction est principalement due a sa proteine transactivatrice tax. Au cours de mes recherches il a ete mis en evidence l'interaction entre tax et le facteur de transcription cellulaire creb-2. [. . . ] ce mecanisme fait intervenir d'autres facteurs cellulaires comme l'acetyltransferase cbp (creb binding protein) et pourrait egalement permettre a tax d'activer de facon anarchique l'expression de genes cellulaires regules par creb-2. Enfin, la capacite de creb-2 a former des heterodimeres avec d'autres proteines de type bzip peut reguler cette activation par tax puisqu'il semble que seul l'homodimere de creb-2 puisse activer la transcription en cooperation avec tax. Cette etude a donc permis de caracteriser les mecanismes utilises par tax pour reguler la transcription par l'intermediaire de creb-2, et ainsi de contribuer a la comprehension du mecanisme conduisant au potentiel oncogenique de htlv-i.

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Prévôt, Déborah. "Protéines de la famille BTG et régulation de la transcription." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO1T159.

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Argaud, Déborah. "Étude de la régulation transcriptionnelle au locus ENPP2." Doctoral thesis, Université Laval, 2020. http://hdl.handle.net/20.500.11794/40224.

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Pasquet, Stéphanie. "Etude de la régulation transcriptionnelle du gène alpha-tropomyosine dans les cellules musculaires." Bordeaux 2, 2003. http://www.theses.fr/2003BOR21036.

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Abstract:

Nous avons étudié la régulation de la transcription du gène alpha-tropomyosine (TM) dans les cellules musculaires lisses (CML), squelettiques et cardiaques en culture. Les séquences régulatrices C-rich et MCAT activent la transcription dans les trois types cellulaires. Le trans-facteur TEF-1, qui lie la séquence MCAT, joue un rôle majeur dans la régulation de la transcription dans les trois types de muscles. Le facteur SRF interviendrait de façon indirecte, dans les CML et les cardiomyoctes, en augmentant la liaison de TEF-1 sur la boîte MCAT, et directement dans les myoblastes squelettiques en se liant à la boîte CArG. La fonction activatrice de TEF-1 et SRF semble corrélée à leur localisation sub-cellulaire dans les CML
We have studied the transcriptional regulation of alpha-tropomyosin (α-TM) gene, in smooth, skeletal and cardiac muscle cells in culture. The regulatory sequences, C-rich and MCAT enhance transcription of the α-TM gene in the three muscle types. TEF-1 trans-factor plays a major role in the transcriptional regulation in the three muscle types, by binding to MCAT sequence. SRF factor seems to be involved, directly and indirectly, in the transcription activation of the gene. SRF could act indirectly in smooth and cardiac muscle cells, by enhancing TEF-1 binding, and directly in skeletal muscle cells, by binding to a CarG box. The role of TEF-1 and SRF factors could be related to their subcellular localization in smooth muscle cells

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Allègre-Cultot, Jennifer. "Analyse de la régulation du facteur de transcription E2F1 par cIAP1." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2017. http://www.theses.fr/2017UBFCI013/document.

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Abstract:

CIAP1 (cellular Inhibitor of Apoptosis 1) possède une activité E3-ubiquitine ligase et présente des propriétés oncogéniques. Récemment, notre équipe a montré que cIAP1 pouvait réguler l’activité du facteur de transcription E2F1. L’objectif de mon travail de thèse était d’approfondir les mécanismes de cette régulation et d’évaluer l’importance de la coopération cIAP1-E2F1 dans l’activité oncogénique de cIAP1. J’ai démontré une interaction d’E2F1 avec la poche hydrophobe du domaine BIR3 de cIAP1. J’ai par ailleurs démontré l’importance de la première hélice α de ce domaine pour l’interaction de cIAP1 avec E2F1 et avec les autres protéines partenaires de cIAP1 capables de lier la poche hydrophobe du domaine BIR3. De plus, j’ai participé au travail montrant pour la première fois une régulation d’E2F1 par une ubiquitinylation non dégradative. cIAP1 permet la conjugaison de chaînes d’ubiquitines de type K63 sur les lysines 161 et 164 d’E2F1. Cette modification post-traductionnelle est indispensable à la stabilisation de la protéine lors d’un stress génotoxique et elle permet le recrutement du facteur de transcription sur les promoteurs des gènes cibles. Enfin, l’analyse des propriétés oncogéniques de cIAP1 n’ont pas permis, à ce jour, d’évaluer l’importance de la coopération cIAP1-E2F1. Cependant, nous avons montré l’importance du domaine BIR1 pour les propriétés oncogéniques de cIAP1 (domaine nécessaire à l’interaction de cIAP1 avec l’adaptateur moléculaire TRAF2)
The cellular inhibitor of Apoptosis 1 (cIAP1) behaves as an E3 ubiquitin ligase and has oncogenic properties. Previously, our team has shown that cIAP1 can regulate the E2F1 transcription factor activity. My research project has been focused on deepening our current knowledge on this interaction. Firstly, we characterized the E2F1-cIAP1 interaction, then we analyzed the regulation of E2F1 by cIAP1 and finally assessed the importance of the cIAP1-E2F1 interaction for the oncogenic properties of cIAP1. I have demonstrated a interaction of E2F1 with the hydrophobic pocket of the BIR3 domain of cIAP1. Moreover, I highlighted that the alpha 1 helix of the BIR3 domain is mandatory for the stability of this pocket. Moreover, we discovered an ubiquitination on lysine 161 and 164 of E2F1 by cIAP1. This ubiquitination is essential for the stability and transcriptional activity of E2F1. Finally, it appears that the cIAP1 BIR1 domain that is required for the interaction with TRAF2 is involved in its oncogenic properties

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Bongrand, Clotilde. "Régulation de la transcription par l'activité de sécrétion chez Shigella flexneri." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077084.

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Abstract:

Le système de sécrétion de type III de Shigella flexneri, bactérie responsable de la dysenterie bacillaire chez l'homme, est activé au contact des cellules hôtes, conduisant à la transcription des gènes codant certains effecteurs. Cette régulation implique des interactions entre un activateur transcriptionnel de la familte AraC (MxiE), un co-activateur (IpgC), deux anti-co-activateurs (IpaB et IpaC), un anti-activateur (OspDl) et un co-anti-activateur (SpalS). En condition de non sécrétion, MxiE est associé à OspDl:Spal5 et IpgC est associé séparément à IpaB et IpaC. La sécrétion de OspDl, IpaB et IpaC permet à MxiE et IpgC d'interagir pour activer la transcription des gènes cibles. Pour étudier les interactions impliquant MxiE et ses partenaires protéiques, nous avons construit des plasmides codant pour MxiE (en entier ou par domaine) fusionné à la Maltose Binding Protein et OspDl ou IpgC fusionnés à une étiquette poly-His. Des résultats de co-purification ont montré que chaque domaine de MxiE peut interagir avec IpgC et OspDl. L'état agrégé de MxiE, documenté par des études de tamisage moléculaire et de diffusion de la lumière, ne nous a pas permis de déterminer la stœchiométrie de ces complexes. Pour l'étude des régions promotrices, de la boîte MxiE et des régions 5' non traduites (5'UTR), nous avons construit des plasmides dans lesquels le gène rapporteur lacZ était sous le contrôle de ces éléments. Le dosage de l'activité β-galactosidase, en condition de sécrétion ou non, a permis de mesurer la force des promoteurs, de caractériser les nucléotides essentiels à leur activation et d'identifier des structures secondaires stabilisatrices dans certaines 5'UTR
The type III secretion System of Shigella flexneri, the bacterium responsible for bacillary dysentery in human, is activated upon contact with host cells, inducing transcription of some effector-ehcoding genes. This régulation involves interactions between an AraC family transcriptional activator (MxiE), a co-activator (IpgC), two anti-co-activators (IpaB and IpaC), an anti-activator (OspDl) and a co-anti-activator (SpalS). In condition ofnon-secretion, MxiE is associated with OspD:Spal5 and IpgC is associated independently with IpaB and IpaC. The sécrétion of OspDl, IpaB and IpaC allows MxiE and IpgC to interact and activate transcription oftarget genes. To study of interactions involving MxiE and its partners, we constructed plasmids encoding MxïE(full-length or each domain) fused to the Maltose Binding Protein and OspDl or IpgC fused to, a poly-His tag. Co-purification experiments showed that each domain of MxiE can interact with IpgC and OspDl. Aggregation of MxiE was documented by gel filtration and static or dynamic Hght scattering studies and did not allow us to détermine the stoichiometry of these complexes. For the study of the target promoter regions, the MxiE box and 5' untranslated regions (5'UTR), we constructed plasmids in which the reporter gene lacZ was under the control of these elements. Determination of β-galactosidase activity, in condition of secretion or not, allowed us to measure the strength of different promoters, to determined nucleotides essential for their activation and to identify stabilizing secondary structures in some 5'UTR

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Diring, Jessica. "Mécanismes moléculaires de la régulation fonctionnelle du facteur de transcription ATF7." Strasbourg, 2010. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2010/DIRING_Jessica_2010.pdf.

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Abstract:

La protéine ATF7 est un facteur de transcription à « leucine zipper » capable d’hétérodimériser avec les oncoprotéines Jun/Fos et de contrôler l’expression de divers gènes cellulaires et viraux en se fixant aux éléments de réponse CRE ou TRE des promoteurs. Le travail présenté dans cette thèse vise à préciser au niveau moléculaire les mécanismes qui régulent son activité transcriptionnelle. La phosphorylation et la sumoylation participent à ce contrôle en ciblant le domaine activateur de la protéine. Nous avons montré qu’en réponse à une stimulation cellulaire par le facteur de croissance EGF, la protéine ATF7 est phosphorylée par la MAP kinase p38-bêta2, cette modification posttraductionnelle promouvant l’interaction d’ATF7 avec le complexe de préinitiation de la transcription et par là même l’activation de l’expression des gènes. En parallèle, nous avons isolé et caractérisé un nouveau variant d’épissage d’ATF7 codant une petite protéine cytoplasmique, ATF7-4. Celle-ci est très conservée chez les mammifères et contrôle l’activité d’ATF7 et de son paralogue ATF2 en absence d’activation cellulaire en retenant dans le cytoplasme une kinase essentielle à leur activité. La dégradation de ce variant est requise pour le relargage de la kinase et l’activation d’ATF7/2 en réponse à un stress. Afin de mieux comprendre la fonction cellulaire de la protéine ATF7, nous avons également entrepris l’identification de ses gènes cibles sur l’ensemble du génome par une approche de ChIP-seq. Nos résultats indiquent qu’ATF7 contrôle de nombreux processus cellulaires clés, en particulier la division cellulaire, la signalisation, le métabolisme et le maintien de l’homéostasie cellulaire
ATF7 transcription factor is a member of the b-Zip family that heterodimerizes with Jun/Fos oncoproteins, binds to CRE (cAMP response element) or TRE (TPA response element) promoter elements and regulates the expression of specific cellular and viral genes. This study leads to a better insight into the molecular mechanisms involved in the regulation of ATF7 transcriptional activity. Phosphorylation and sumoylation are post-translational modifications that are implicated in this control by targeting the activation domain of the protein. Our results indicate that upon EGF stimulation, ATF7 gets phosphorylated by p38-bêta2 MAP kinase, which promotes its interaction with the transcription preinitiation complex, leading to the activation of gene expression. We also identified and characterized a new short alternatively spliced variant of ATF7 encoding a cytoplasmic protein, ATF7-4. The latter is highly conserved amongst mammalian species and regulates the activity of ATF7 and its paralog ATF2 under non-stressed conditions by retaining in the cytoplasm a kinase that is essential for their activity. ATF7-4 degradation is a prerequisite for the release of this kinase and the subsequent activation of ATF7/2 under stressed conditions. To decipher the cellular function of ATF7, we finally initiated a genome wide mapping of its target genes by a ChIP-seq technology. Our results indicate that ATF7 could regulate multiple key cellular pathways, especially cell division, signaling and metabolism, and may play a crucial role in cell homeostasis

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Pineau, Maiwenn. "Régulation globale de la transcription bactérienne par le surenroulement de l'ADN." Electronic Thesis or Diss., Lyon, INSA, 2023. http://www.theses.fr/2023ISAL0091.

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Abstract:

Chez les bactéries, le chromosome est situé dans le cytoplasme, sous une forme très compacte. Cette compaction résulte notamment du surenroulement de l'ADN (SC), c'est à dire de la déformation torsionnelle de la double-hélice de l’ADN. Selon les conditions environnementales rencontrées par les bactéries, le niveau de SC peut varier. Ce niveau est principalement contrôlé par la gyrase, qui augmente le niveau de SC, et la topoisomérase I, qui relâche l'ADN. La régulation du niveau de SC est très importante car le SC est un régulateur de l'expression des gènes. L'objectif de ma thèse est de caractériser la régulation globale de la transcription bactérienne par le SC. Nous avons obtenu le premier transcriptome d'une bactérie à Gram négatif à une inhibition de sa topoisomérase I avec un antibiotique. Nous avons mis une nouvelle fois en évidence une régulation globale et complexe de la transcription par le SC et nous avons découvert que la réponse des gènes à une variation de SC dépend du niveau d'expression et du contexte génomique des gènes, de la direction de la variation de SC et du contexte physiologique de la bactérie. J’ai ensuite développé un package Python facilitant les analyses statistiques reproductibles de données expérimentales (ChIP-Seq, RNA-Seq…) et d'annotations dans le cadre de l'étude de l'expression d'un génome bactérien selon ses propriétés spatiales. Avec ce package j’ai pu exploiter des données publiées sur la fixation de la topoisomérase I et de la gyrase le long du chromosome. En analysant ces données qui donnent un aperçu du niveau de SC local, j'ai pu, d’une part, étudier l'effet de la transcription sur le niveau de SC à une échelle de 10 à 20 kb autour des unités de transcription et, d’autre part, observer une organisation méconnue du chromosome en domaines de 100 kb environ
The bacterial chromosome is highly compacted in the cytoplasm. This compaction is largely the result of DNA supercoiling (SC), which involves the torsional deformation of the DNA double helix and is dependent on the environmental conditions encountered by bacteria. SC levels are primarily controlled by gyrase, which increases SC, and topoisomerase I, which relaxes the DNA. The regulation of SC levels is crucial because SC serves as a regulator of gene expression. The objective of my thesis is to characterize the global regulation of bacterial transcription by SC. We obtained the first transcriptome of a Gram-negative bacterium under inhibition of its topoisomerase I using an antibiotic. We confirmed a global and complex regulation of transcription by SC and highlighted that the response of genes to SC variation depends on the gene's expression level, genomic context, the direction of SC change, and the physiological context of the bacterium. I also developed a Python package to facilitate reproducible statistical analyses of experimental data (ChIP-Seq, RNA-Seq, etc.) and annotations for studying the expression of a bacterial genome based on its spatial properties. With this package, I was able to analyze publicly available ChIP-Seq data of Escherichia coli topoisomerase I and gyrase along the chromosome. By examining this data, which provides insight into local SC levels, I was able to investigate, on one hand, the effect of transcription on SC levels within a 10 kb region around transcription units and, on the other hand, observe a previously unknown organization of the chromosome into approximately 100 kb domains

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Le, billan Florian. "Identification et régulation transcriptionnelle des gènes cibles du récepteur des minéralocorticoïdes dans les cellules rénales." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS277.

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Abstract:

Le récepteur minéralocorticoïde (MR), activé par l’aldostérone, exerce de nombreuses fonctions pléïotropes, notamment au niveau rénal où il régule l’homéostasie hydrosodée. Des dysfonctionnements de la signalisation minéralocorticoïde sont impliqués dans des pathologies majeures chez l’Homme. Dans ce travail, nous avons identifié par ChIP sequencing le premier cistrome du MR dans une lignée cellulaire rénale humaine. La caractérisation des cibles génomiques a permis de décrire l’élément de réponse spécifique du MR, et de démontrer l’existence de deux modes d’action pour le MR : par liaison directe à l’ADN, ou indirecte via la liaison à d’autres facteurs de transcription. Le MR est physiologiquement confronté à une dualité face au récepteur glucocorticoïde (GR) avec lequel il partage un ligand, le cortisol, et des cibles génomiques, dont le gène PER1. Sur ce dernier, les deux récepteurs se distinguent par des recrutements dynamiques et cycliques différents, variants selon l’hormone, et contemporains de celui de partenaires transcriptionnels, régulant ainsi des effets à court ou à long-terme. Enfin, par ChIP en série et en tandem, nous avons montré que le MR et le GR agissent sous forme d’homodimères ou d’hétérodimères.L’identification du cistrome du MR, et la caractérisation de ses mécanismes d’action moléculaires, améliore notre compréhension de la physiopathologie de la signalisation minéralocorticoïde, et pourrait aboutir, notamment par le développement d’antagonistes sélectifs du MR comme la Finérénone, à de nouvelles stratégies thérapeutiques
The mineralocorticoid receptor (MR), activated by aldosterone, exhibits numerous pleiotropic functions, most notably at the renal level where it regulates electrolytic homeostasis. Dysfunctions in the mineralocorticoid signaling pathway are involved in major diseases in Human. During this work, we have identified by ChIP sequencing the first MR cistrome in a human renal cell lineage. The characterization of the identified genomic targets allowed us to define a specific MR responsive element, and to demonstrate the existence of two transactivation processes for MR: through direct binding to DNA or through indirect interaction via binding to other transcription factors. MR is physiologically confronted with a duality with the glucocorticoid receptor (GR), since they share a common ligand, cortisol, and some of their genomic targets, whose PER1 gene. On the latter, MR and GR are distinguished by different dynamic and cyclical recruitment, varying according to hormone, and coordinated with the one of transcriptional partners, translating into the regulation of short-term and long-term effects. Finally, by serial and tandem ChIP experiment, we have demonstrated that MR and GR act as homodimer and as heterodimer.Identification of new MR genomic targets and characterization of its molecular mechanisms of action, improve our understanding of the pathophysiology of the mineralocorticoid signaling pathway. This could ultimately, notably through the development of selective MR antagonists like Finerenone, lead to new therapeutic strategies

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Mesplede, Thibault. "Etude de la régulation de la transcription des gènes interférons A murins : étude du rôle des facteurs de transcription Pitx1 et Oct-1 dans la régulation de la transcription des gènes IFN-A murins." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066642.

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Richard, Geoffrey. "Étude du rôle des facteurs de transcription inducteurs d’EMT dans la mélanomagenèse." Thesis, Lyon 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LYO10141/document.

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Abstract:

Les facteurs de transcription inducteurs de la transition épithélio-mésenchymateuse (EMT) sont fréquemment réactivés de manière aberrante dans de nombreux cancers. Dans les carcinomes, ils favorisent dans les étapes précoces le développement tumoral en inhibant les systèmes de sauvegarde tels que la sénescence ou l'apoptose et à terme dans les étapes finales, promeuvent la formation de métastases. Dans le cadre du mélanome nous avons mis en évidence des fonctions antagonistes de ces facteurs : il était connu que ZEB2 et SNAIL2 sont impliqués dans la délamination de la crête neurale et la détermination mélanocytaire mais de manière inattendue ZEB2 et SNAIL2 sont aussi exprimés dans les mélanocytes adultes normaux et leur expression est diminuée au cours de la progression maligne, au profit des facteurs ZEB1 et TWIST1. Ce changement de profil d'expression est un facteur de mauvais pronostic pour les patients. Mes travaux ont permis de montrer que cet effet antagoniste passe par la régulation de MITF, le facteur clef du développement mélanocytaire. ZEB2 et SNAIL2 exercent une fonction oncosuppressive en activant l'expression de MITF et en promouvant la différenciation mélanocytaire. Au contraire, ZEB1 et TWIST1 jouent un rôle oncogénique en inhibant MITF et favorisent l'acquisition de propriétés de cellules souches. J'ai poursuivi l'étude de la fonction oncogénique de Twist1 in vivo dans un modèle murin de mélanome induit par l'oncogène BRAFV600. J'ai ainsi mis en évidence que l'expression conjointe de Twist1 et de BRAFV600 entraîne la formation de mélanomes agressifs, dédifférenciés et invasifs. Enfin, j'ai analysé et caractérisé l'implication de ces facteurs dans le processus de résistance aux thérapies ciblées anti-BRAF dans les mélanomes BRAFV600E. J'ai démontré que ZEB1 peut contribuer à la résistance aux inhibiteurs de BRAF. En effet, l'expression de ZEB1 est augmentée dans des cellules de mélanomes résistantes (innée ou acquise), par rapport aux cellules sensibles. Tandis que l'expression de ZEB1 favorise l'émergence de cellules résistantes, cibler ZEB1 augmente la sensibilité des cellules à l'inhibiteur de BRAF et resensibilise les cellules résistantes, mettant en évidence l'intérêt de cette combinaison d'un point de vue thérapeutique
Embryonic transcription factors inducers of Epithelial to Mesenchymal Transition (EMT-TFs) are frequently and aberrantly reactivated in many cancers. In carcinomas they promote, in early stage, tumor development by inhibiting the failsafe programs of the cell like senescence and apoptosis, and in final stages, they promote metastases formation. In melanoma we highlighted antagonist’s functions of these factors: it was known that ZEB2 and SNAIL2 were involved in delamination of neural crest cells and melanocytes determination but unexpectedly, ZEB2 and SNAIL2 are also expressed in normal adult melanocytes and their expression is decreased during malignant progression, for the benefit of ZEB1 and TWIST1 factors. This change in expression profiling is a factor of poor prognosis for patients. The results I provide show that this antagonistic effect might go through the regulation of MITF, the key factor in the development of melanocytic. ZEB2 and SNAIL2 exert an oncosuppressive function by activating the expression of MITF and promoting melanocytic differentiation. On the contrary, ZEB1 TWIST1 plays an oncogenic role in inhibiting MITF and promotes the acquisition of stem cells properties. In order to go deeper in the study of TWIST1 oncogenic functions, I used an in vivo Melanoma murine model induced by the BRAFV600 oncogene. I thus put in evidence that the combined expression of TWIST1 and BRAFV600 leads to the formation of aggressive, dedifferentiated and invasive melanoma. Finally, I analyzed and characterized the involvement of these factors in the process of resistance to targeted therapies against BRAFV600E melanomas. I demonstrated that ZEB1 may contribute to BRAF inhibitors resistance. Indeed, ZEB1 expression is increased in resistant (innate or acquired) melanomas cells, compared to sensitive cells. While ZEB1 expression promotes the emergence of resistant cells, targeting ZEB1 increases the sensitivity to BRAF inhibitor and sensitizes resistants cells, highlighting the interest of this combination from a therapeutic point of view

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Blain, Jennifer. "Mécanismes de régulation de la voie NOTCH1." Thèse, Université de Sherbrooke, 2017. http://hdl.handle.net/11143/11519.

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Abstract:

La voie NOTCH est activée de manière aberrante dans de nombreux cancers. Son activation implique la liaison d’un récepteur transmembranaire NOTCH à son ligand, engendrant une série de clivages qui libèrent le domaine intracellulaire de NOTCH appelé NIC. Ce dernier transloque au noyau, s’associe à ses partenaires transcriptionnels MAML1 et CSL pour réguler l’expression génique. À prime abord, la signalisation NOTCH apparaît donc simple. Cependant, il existe certainement des mécanismes de régulation précis encore mal connus à ce jour qui permettent de réguler finement cette voie de signalisation. Bien que des études montrent que NOTCH1 est constamment internalisé, l’activation de NOTCH1 au niveau des endosomes est controversée chez les mammifères. Nous n’avons pas pu déterminer clairement si l’activation de NOTCH1 pouvait se réaliser au niveau des endosomes. Néanmoins, nous avons observé que l’inhibition de l’endocytose réduit les niveaux d’expression de NIC1 suggérant une contribution des processus endocytiques dans la régulation de NOTCH1/NIC1. De plus, nous avons découvert qu’une forme de NIC1 non phosphorylée est rapidement dégradée dans le lysosome tandis qu’une forme de NIC1 hautement phosphorylée est dégradée par le protéasome. Les mécanismes de régulation de NIC1, une fois libéré, étant peu connus, une équipe avait généré des souris transgéniques ROSANic1. Cependant, nous avons remarqué que ce Nic1 était tronqué d’une grande partie de son domaine C-terminal. Nous avons donc généré une version humaine de NIC1 similaire au Nic1 des souris ROSANic1, nommé NIC1dC. Nous avons observé que NIC1dC est beaucoup plus stable que NIC1 et qu’il n’est plus dégradé par le protéasome. Cependant, nos résultats montrent qu’une plus grande stabilité de NIC1dC ne confère ni un plus fort pouvoir transcriptionnel à NIC1dC vs. NIC1 ni une plus grande capacité aux cellules de croître en indépendance d’ancrage comparativement aux cellules qui expriment NIC1. Nos analyses de spectrométrie de masse montrent que les partenaires d’interaction de NIC1dC sont différents de NIC1. Finalement, nos résultats démontrent que la délétion du domaine C-terminal de NIC1 augmente la stabilité de son partenaire transcriptionnel MAML1 et prévient sa phosphorylation. Dans leur ensemble, notre étude montre que la signalisation induite par NIC1dC ne phénocopie pas celle de NIC1 et suggère que le domaine C-terminal de NIC1 est important pour récapituler la durée et l’amplitude du signal NOTCH1 afin de médier des réponses cellulaires appropriées.

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Dissertations / Theses on the topic 'Régulation ciblée de la transcription'

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