Academic literature on the topic 'Prunus – Résistance aux maladies'

Les moyens de lutte antivectoriels et les différentes campagnes d'éradication ont souvent eu des effets limités géographiquement et dans le temps, avec des mesures de conservation qui se sont révélées parfois décevantes. A partir de ce constat, la lutte génétique est devenue une alternative très prometteuse pour l'avenir dans le cadre de programmes de lutte intégrée contre les maladies des espèces domestiques d'intérêt zootechnique. L'Office international des épizooties (OIE) vient de publier un numéro spécial de sa Revue scientifique et technique qui est entièrement consacré à la "Résistance génétique aux maladies animales"

En zones difficiles, la pérennité des systèmes d’élevage repose sur la capacité des animaux à survivre, se reproduire et maintenir un niveau de production en situation de fortes contraintes. Les principales contraintes auxquelles les animaux doivent faire face en régions chaudes, sont le climat (température et humidité), la sous-nutrition et les pathologies. Chez les monogastriques comme chez les ruminants, les caractéristiques anatomiques et le comportement alimentaire constituent les principaux facteurs de régulation des échanges thermiques. L’élément clé de l’adaptation comportementale des ruminants à la sous-alimentation est leur capacité à choisir leur alimentation. L’adaptation physiologique porte sur la réduction du métabolisme basal, l’efficience digestive, la valorisation de fourrages grossiers, la mobilisation des réserves corporelles, le recyclage des nutriments et la valorisation efficiente de l’eau. Les travaux les plus significatifs sur la résistance génétique aux maladies portent sur la trypanotolérance, la résistance aux maladies transmises par les tiques et les strongyloses gastro-intestinales. Dans l’élevage moderne, la gestion de ces contraintes environnementales doit se concevoir de façon intégrée. Différentes techniques d’alimentation, de prophylaxie, de gestion d’ambiance des bâtiments d’élevage doivent être combinées pour garantir durablement la pérennité des systèmes d’élevage. Cependant, l’efficacité de cette approche intégrée repose également sur le potentiel adaptatif des animaux pour répondre aux pratiques mises en œuvre. Le développement des productions animales en régions chaudes ne pourra être garanti sans l’utilisation de l’adaptation naturelle des populations animales ou pour le moins, sans inclure les caractères d’adaptation dans les objectifs de sélection des races locales ou spécialisées.

L’innervation sympathique artérielle (ISA) est un processus biologique complexe nécessitant un guidage fin des axones des neurones sympathiques par les artères. L’ISA est un élément clé de l’adaptation du système cardiovasculaire aux différentes contraintes (exposition au froid, exercice, etc.) : elle contrôle le diamètre des artères de résistance, donc le flux sanguin parvenant aux organes et la pression artérielle systémique via la modulation du tonus artériel. Son importance lors du vieillissement et dans de nombreux contextes pathologiques est de mieux en mieux reconnue et comprise. Son intégration à la prise en charge de nombreuses maladies (hypertension, cancer, etc.) permettrait d’en améliorer traitements et pronostic.

L’amélioration de la santé des cheptels est une composante essentielle du développement durable des filières aquacoles. La sélection d’animaux résistants aux différents organismes pathogènes rencontrés en élevage est une des stratégies possibles, complémentaire des approches prophylactiques, médicamenteuses ou vaccinales qui sont parfois difficiles à mettre en œuvre. L’analyse de la littérature scientifique permet en effet de conclure qu’il existe, dans les espèces et populations de mollusques et de poissons, une variabilité génétique de la résistance potentiellement exploitable par sélection. Les conditions d’exploitation de ce potentiel sont analysées. Pour des caractères complexes comme la résistance aux maladies, la mise au point de «marqueurs» susceptibles de fournir de l’information sur la valeur génétique des individus sans recourir à l’épreuve par le pathogène serait une aide précieuse pour mettre la sélection en pratique. Les travaux et perspectives dans ce domaine sont présentés, et leurs répercussions sur les stratégies possibles d’amélioration génétique discutées dans le contexte des filières aquacoles françaises.

Le traitement aux interférons (IFN) fournit une protection chez le bovin contre certaines infections virales expérimentales. L'efficacité du traitement a été démontrée contre des infections par le virus de la vaccine et par un rotavirus. En revanche, des infections par le virus de l'herpès bovin, BHV1 (cause de la rhinotrachéite et partiellement du complexe de la fièvre de transport), ne sont pas inhibées par IFN. Le rôle d'IFN dans la résistance des bovins à Cowdria ruminantium a été étudié au Zimbabwe. Une bonne corrélation a été trouvée entre la production d'IFN par l'animal après l'infection et sa résistance contre la rickettsie. Cela pourrait indiquer un rôle d'appui des interférons et d'autres cytokines.

Un foyer de dermatophilose grave est apparu en 1985 dans un troupeau de vaches Brahman importées de la Martinique en Guadeloupe en juillet 1983. La maladie était peu connue en Guadeloupe jusqu'alors, car la race zébu locale possède une résistance naturelle élevée aux maladies transmises par tiques ou associées à elles. Les conditions de l'apparition et du développement de la maladie ont été étudiées en rapport avec la gestion du troupeau, le climat et les traitements appliqués. les résultats ont démontré l'importance économique de cette maladie grave pour les bovins de la région, ainsi que la sensibilité des races exotiques.

Une alternative aux traitements phytosanitaires pour lutter contre le mildiou et l'oïdium de la vigne est le développement de variétés résistantes. Leur création doit intégrer non seulement le niveau de résistance mais également sa durabilité, ainsi que les performances agronomiques notamment la productivité et la composition des baies qui doit convenir à la production de vins de haute qualité. L'Inra (France) a engagé le programme de sélection ResDur, basé sur le pyramidage des facteurs de résistance, en 2000. Il a conduit à l'inscription au catalogue français d'une première série de variétés à résistance polygénique – Artaban, Floreal, Vidoc, Voltis – en 2018. Agroscope (Suisse) a démarré la création de variétés résistantes en 1996, en mobilisant les résistances portées par des variétés allemandes, principalement Bronner. Un premier aboutissement a été l'homologation en Suisse de Divico et Divona, respectivement en 2013 et 2018. En 2009 l'Inra et Agroscope ont démarré un programme de sélection commun, visant à combiner les facteurs de résistance aux maladies présents de manière complémentaire dans leurs lignées respectives. Les croisements réalisés ont généré, après sélection assistée par marqueurs, 400 descendants porteurs des facteurs de résistanceRpv1, Rpv10 et/ou Rpv3 ; Run1, Ren3 et/ou Ren3.2. Leur phénotypage agronomique et œnologique est réalisé dans le cadre d'un réseau d'essais situés dans les deux Instituts à Colmar (FR) et à Pully (CH). Les premières observations pluriannuelles, portant sur 80 descendants, ont permis d'étudier leur stabilité phénotypique pour les caractères de résistance, les traits culturaux et la qualité des vins. A l'issue de cette étape, quinze variétés candidates ont été sélectionnées et installées en essais d'évaluation de leur valeur agronomique, technologique et environnementale (VATE) en Valais (CH), ainsi que dans trois régions françaises (Champagne, Val de Loire, Vallée du Rhône). L'inscription au catalogue des premières co-obtentions Inra/Agroscope est prévue à l'horizon 2024–2025.

Les travaux concernent l'etude du controle genetique de la resistance d'une variete de pecher au puceron vert du pecher et l'analyse des causes de la resistance d'une autre variete de pecher a ce puceron. Les mecanismes associes a la resistance de rubira, processus necrotique et influence repulsive, sont induits par les fondatrigenes de myzus persicae sulz. Les reactions necrotiques restent localisees aux tissus piques par le puceron. L'influence repulsive qui peut intervenir avant l'apparition des reactions necrotiques presente un caractere systemique. En l'absence des pucerons, ce caractere ne persiste que deux a trois jours. L'influence repulsive est egalement induite par des pucerons non infeodes au pecher, virginogenes de m. Persicae et fondatrigenes de phorodum humuli schrank. Elle est attenuee par les fondatrigenes de brachycaudus persicae pass. , espece colonisant rubira. Les blessures mecaniques n'induisent pas l'influence repulsive de rubira. La relation plante-puceron dependrait donc de la nature et des lieux d'emission de la salive. L'etude par actographie du comportement alimentaire des fondatrigenes de m. Persicae montre que la resistance de rubira intervient d'abord au niveau des tubes cribles puis elle diffuse dans les tissus de l'ecorce. L'efficacite de la resistance induite depend de l'insecte inducteur et de duree de l'induction. La composition de la salive emise par les pucerons pourrait varier en fonction de celle de l'aliment car des pucerons eleves sur milieu synthetique transforment ce dernier lorsqu'il renferme notamment la prunasine. Cette substance cyanogenique defavorable aux pucerons particuliere au prunus, n'a pu etre detectee dans le phloeme du pecher. Les travaux concernant l'elevage des pucerons sur milieux synthetiques montrent qu'en presence du saccharose, le sorbitol est ingere et presente une bonne valeur nutritive

La pourriture brune des fruits (BR), causée par les champignons du genre Monilinia, est une maladie courante qui peut provoquer jusqu’à 40% de pertes de récolte chez la pêche. Toutes les pêches cultivées sont plus ou moins sensibles à la moniliose. Aucune alternative aux traitements chimiques n’est disponible, ce qui rend nécessaire les applications de fongicides jusqu'au stade pré-récolte, qui sont préjudiciables pour l'environnement et peuvent laisser des résidus sur les fruits. Une revue de la littérature compile les connaissances disponibles sur le couple pêcher-monilioses.Le but de cette étude est d'étudier les facteurs de résistance du fruit à M. laxa à différents stades de croissance chez la pêche et de déterminer leur contrôle génétique.Nous avons focalisé d’abord sur quelques cultivars pour étudier l'évolution de la sensibilité des fruits à M. laxa au cours de leur développement en relation avec les caractéristiques structurales et biochimiques des fruits (conductance cuticulaire du fruit, micro-fissures de l’épiderme et composés de surface des fruits). Certains composés ont été détectés pour la première fois chez la pêche. Les résultats ont confirmé que lors de la phase I les fruits immatures sont sensibles à la moniliose. Au stade de durcissement du noyau, les fruits sont résistants, la conductance cuticulaire faible et les niveaux de composés de surface présentaient un pic de teneurs. A l’approche de la maturité, les fruits sont sensibles de nouveau. Au stade I, nous avons exploré le rôle des stomates et de la conductance du fruit immature en relation avec la sensibilité à M. laxa. Une centaine de génotypes d'une descendance interspécifique de pêchers appelée BC2 a été caractérisée par une infection au laboratoire, un suivi de pertes transpiratoires des fruits et une estimation de la densité de stomates (uniquement pour les nectarines). Des symptômes inattendus (une ‘tache claire’ qui ne progresse pas) ont été observés. La conductance cuticulaire était significativement liée à la probabilité d'infection, mais le nombre de stomates n’a montré aucun effet sur la probabilité d'infection. Des QTL contrôlant la résistance des fruits à la moniliose, à la conductance cuticulaire et au nombre de stomates ont été identifiés et des co-localisations observées.A maturité, le contrôle génétique de la résistance à la moniliose et des composés biochimiques de l'épiderme des fruits a été étudié. Pendant trois ans, les fruits de la BC2 ont été infectés avec une suspension de spores de champignon selon deux modalités. La BC2 a affiché une forte variabilité de résistance à la moniliose. Malgré une faible stabilité entre les années, des génotypes à haut niveau de résistance ont été identifiés. De plus en 2015, nous avons exploré la variation des composés de l'épiderme des fruits au sein de la BC2. Les composés phénoliques, les terpènes et dérivés ont été quantifiés par HPLC. La relation entre la résistance à la moniliose et la présence et / ou les niveaux de certains composés de l'épiderme et le contrôle génétique de ces composés ont été étudiés.La moniliose des fruits de pêche est un problème complexe qui est encore loin d'être résolu. Des progrès ont été accomplis dans la connaissance des caractéristiques structurales et biochimiques impliquées dans la résistance et des régions du génome qui pourraient conférer une certaine tolérance à la maladie ont été détectées. Des travaux supplémentaires sont nécessaires pour développer des marqueurs moléculaires pour la sélection assistée par marqueurs. Les résultats obtenus suggèrent que des solutions pour l'avenir résident dans l’association de cultivars tolérants _ moins sensibles aux micro-fissures et à haute teneur en composés épidermiques potentiellement inhibiteurs du développement du champignon _ avec des pratiques culturales réduisant les risques de fissuration des fruits et d'apparition de conditions climatiques favorables à la propagation de la moniliose
Brown rot (BR) in peach fruit caused by the fungus Monilinia spp. is a common disease that can provoke as much as 30 to 40% losses of crop. Currently, all cultivated peaches are more or less sensitive to BR. No other alternative than chemical treatment is available, hence fungicide applications are required until pre-harvest. Such applications are damaging the environment and may let residues in fruits. A review of literature was accomplished to compile the knowledge scattered in the literature from many years. The aim of this study is to investigate the factors of resistance of the fruit to M. laxa at different stages of fruit growth and their genetic control by studying contrasted genotypes and an interspecific peach progeny. The first focus was made on few cultivars to study the evolution of sensibility of fruits to M. laxa during their development in relation with structural and biochemical characteristics of the fruit, e.g. cuticular conductance, micro-cracks and fruit surface compounds. Some compounds were detected for the first time on peach fruit. The results confirmed that during the stage I immature fruits are susceptible to BR. Fruit cuticular conductance was high probably due to high density of stomata and thin cuticule in formation. In contrary, at pit hardening stage fruits were resistant, cuticular conductance was low and the levels of surface compounds exhibit a peak. When maturity approaches, fruit become susceptible again. With rapid development of the fruit during this stage, the surface compounds were diluted and micro-cracks often appear which resulted in high cuticular conductance. At stage I we explored the different physical characteristics of the immature fruit in relation with susceptibility to M. laxa. A hundred of individuals of an interspecific peach progeny called BC2 were characterized through laboratory infection, monitoring of fruit transpiratory losses and estimating stomata density (only for nectarines). Unexpected symptoms (not progressing ‘clear spot’) were observed. The cuticular conductance was significantly linked to the likelihood of infection, but the stomata number had no effect on the likelihood of infection. QTL controlling fruit resistance to BR, cuticular conductance and stomata number have been identified and some co-locations observed. At maturity stage we investigated the genetic control of BR resistance together with biochemical compounds of fruit epidermis. For three years, mature fruits from the BC2 progeny were infected with two modalities of infection: spray until runoff in the orchard to measure infection probability and drop in the laboratory conditions in order to observe the characters of beginning, progression and speed of infection. The BC2 progeny displayed high variability for BR resistance. Despite low stability between years, genotypes with high level of resistance were identified. In addition in 2015, we explored the variation in epidermis compounds of fruit within the BC2 progeny. Phenolic compounds, terpenoids and derivatives were quantified by HPLC. The relationship between BR resistance and presence and/or levels of certain epidermis compounds and the genetic control of these compounds were investigated. BR of peach fruit is a complex problem which is still far from resolved. Progress has been made in the knowledge of structural and biochemical characteristics involved in BR resistance and regions of the genome that could confer certain disease tolerance have been detected. Further work is needed to develop molecular markers for marker assisted selection. The results obtained suggest that solutions for the future lie in associations of tolerant cultivars _ less susceptible to micro-cracks and with high content of epidermis compounds potential inhibitor of the fungus development _ with cultural practices reducing both risks of fruit cracking and occurrence of micro-climatic conditions favorable to BR spread and sporulation

La maladie de la sharka, causée par le Plum pox virus (PPV), est responsable d’importantes pertes économiques chez les Prunus. Toutefois, aucun traitement préventif ou curatif n’est à ce jour disponible et peu de sources de résistance naturelle ont été retrouvées. En France, une approche prophylactique, qui repose essentiellement sur la détection et l’élimination rapide des arbres infectés, a été adoptée afin de réduire la propagation du virus. Néanmoins, certaines contraintes technico-économiques ne permettent pas la détection précoce et efficace du PPV à grande échelle par des méthodes conventionnelles. Le département des Pyrénées Orientales (France) est le plus touché par cette maladie (85% des contaminations). Ces enjeux ont motivé la création du projet Antishark, issu d'une collaboration entre AkiNaO, l'Université de Perpignan Via Domitia, la FDGDON66 et les producteurs locaux. L'objectif du projet consiste à développer une méthode innovante de détection précoce, en ciblant les réponses métaboliques de Prunus persica à un stade précoce de l'infection. Par conséquence, deux études en conditions contrôlées utilisant une approche métabolomique non-ciblée (UHPLC-HRMS) ont été réalisées. Cette approche constitue un outil prometteur pour mettre en évidence les interactions métaboliques entre le PPV et son hôte. Dans une première étude, la réponse métabolique globale à l'infection par le PPV (souches Dideron et Marcus), intégrant les feuilles symptomatiques et asymptomatiques, a permis de discriminer les profils métaboliques provenant de feuilles infectées par le PPV et de feuilles saines. Bien qu’il existe une réponse commune aux deux souches, des différences métaboliques ont également été révélées, mettant en évidence des altérations métaboliques souche-dépendante. De fait, cette observation pourrait amener à terme, la possibilité d’identifier la ou les souches virales responsables d’une infection. De plus, il est possible de discriminer les plants infectés par le PPV (feuilles symptomatiques et asymptomatiques) des plants sains et des plants infectés par un autre virus phytopathogène. Ces observations suggèrent l’existence d’une réponse spécifique potentielle à la maladie de la sharka. L’ensemble de nos résultats corroborent l'hypothèse selon laquelle les arbres asymptomatiques mais infectés par le PPV, pourraient être détectés via les altérations métaboliques provoquées le virus. Par ailleurs, les réponses métaboliques observées sur les feuilles asymptomatiques pourraient être considérées comme des réponses précoces, déclenchées avant l’apparition des symptômes. Dans un deuxième temps, des altérations métaboliques précoces, avant l’apparition des symptômes sharka, ont été confirmées par une étude cinétique et ce, malgré des tests moléculaires négatives (RT-qPCR). Nos résultats indiquent que la détection précoce des plantes infectées par le PPV, en ciblant les réponses métaboliques de Prunus persica, est de facto une stratégie prometteuse. Finalement, des corrélations statistiques entre les deux études ont été retrouvées. Bien que les cultivars présentent des profils métaboliques significativement différents, certaines variables discriminantes sont communes entre les différents cultivars testés (GF-305, nectarine jaune, pêche jaune) et également entre les différents stades d’infection du virus (symptomatique et asymptomatique). Cependant, une co-infection PPV et oïdium observée le long de l’étude cinétique en conditions contrôlées, serait susceptible d’altérer l'impact de l'infection par le PPV. Par conséquent, une nouvelle étude cinétique sans co-infection est en cours pour confirmer ou infirmer ces observations. De plus, l'identification de biomarqueurs liés à la maladie, également en cours, permettrait de mieux comprendre les interactions métaboliques entre la pêche et le PPV. Enfin, d'autres expérimentations en conditions naturelles sont en cours afin d'évaluer la robustesse de nos potentiels biomarqueurs
Sharka disease, caused by Plum pox virus (PPV), is responsible for significant economic losses in Prunus. However, no preventive or curative treatments are currently available and only a few sources of natural resistance have been found. In France, a prophylactic approach has been adopted in an attempt to limit the spread of the PPV, which is essentially based on the rapid detection and removal of infected trees. However, certain technical and economic limitations do not allow the early andeffective detection of PPV on a large scale by conventional methods. The department of Pyrénées Orientales (France) is the most affected by this disease (85% of infections). These issues motivated the creation of the Antishark project, which is the result of a collaboration between AkiNaO, the University of Perpignan Via Domitia, FDGDON66 and local producers. The objective of the project was to develop an innovative method of early detection, targeting the metabolic responses of Prunuspersica at an early stage of the infection. Consequently, two studies under monitored conditions using an untargeted metabolomics approach (UHPLC-HRMS) were carried out. This approach is a promising tool to reveal the metabolic interactions between PPV and its host. In a first study, the global metabolic response to PPV-infection (Dideron and Marcus strains), including symptomatic and asymptomatic leaves, allowed the discrimination of metabolic profiles from PPV-infected and healthy leaves. Although there was a common response between the two strains, metabolic differences were also revealed, notably highlighting strain-specific metabolic alterations. In fact, this novel result could eventually lead to the possibility of identifying the viral strain(s) responsible for the infection. Furthermore, it was possible to discriminate PPV-infected plants (symptomatic and asymptomatic leaves) from healthy plants and from plants infected by another plant pathogenic virus. These observations suggest the existence of a potential specific response to the sharka disease. Based on all these findings, the hypothesis that asymptomatic PPVinfected trees could be detected through virus-induced metabolic alterations is supported.Furthermore, the metabolic responses collected from asymptomatic leaves could be considered as early responses to PPV-infection, i.e., before the appearance of symptoms. In a second step, early metabolic alterations, before the appearance of sharka symptoms, were confirmed by a kinetic study, despite negative molecular tests (RT-qPCR). Our results indicate that early detection of PPVinfected plants by targeting metabolic responses in Prunus persica was a promising strategy. Finally,statistical correlations between the two studies were found. Although the cultivars showed significantly different metabolic profiles, some discriminant features were common between the different cultivars tested (GF-305, yellow nectarine, yellow peach) and also between the different stages of the virus infection (symptomatic and asymptomatic). Nevertheless, a co-infection of PPV and powdery mildew observed during the kinetic experiment under monitored conditions could alter the impact of PPV-infection. Consequently, a new kinetic study without co-infection, is ongoing to confirm or refute these first observations. In addition, the identification of biomarkers related to the sharka disease, also in progress, would provide a betterunderstanding of the metabolic interactions between peach and PPV. Finally, other experiments under natural conditions are underway to evaluate the robustness of our potential biomarkers

Les pucerons sont des ravageurs importants des principales espèces fruitières en France, pêcher et pommier notamment. Dans le but de réduire l’usage des produits phytosanitaires, différentes alternatives sont envisagées pour contrôler les pucerons en verger. Nous avons commencé ce travail de thèse par une synthèse des différentes méthodes alternatives de contrôle envisageables et leur positionnement au cours des différentes étapes du cycle biologique du puceron. Puis nous avons étudié les effets de la modulation des caractéristiques de la plante hôte, via les pratiques culturales, sur l’abondance des pucerons. Notre étude se base sur l’hypothèse « Plant Vigor » qui énonce que les insectes phytophages sont plus performants sur les plantes ou les organes de forte vigueur. Par conséquent, sur nos deux dispositifs expérimentaux factoriels nous avons combiné des suivis dynamiques de croissance végétative et d’abondance de pucerons : Prunus persica - Myzus persicae (2 niveaux d’irrigation × 2 niveaux d’apport azoté) et Malus domestica - Dysaphis plantaginea (2 niveaux d’irrigation × 2 génotypes d’arbre). Les facteurs ont été choisis pour leur impact potentiel sur la croissance végétative et la qualité nutritionnelle de la plante hôte. Les expérimentations ont été menées sur de jeunes arbres en pot, ne portant pas de fruit. Au niveau du rameau, l’abondance des pucerons est positivement corrélée à la croissance végétative sur les deux systèmes étudiés. Sur pêcher, la relation disponibilité en azote et abondance de pucerons semble être médiée par le fort impact de l’azote sur la croissance végétative. L’effet négatif de la restriction hydrique sur l’abondance de pucerons ne semble pas lié à un impact sur la croissance végétative. Aussi sur le second système étudié : pommier-puceron cendré, nous avons choisi de faire varier les apports en eau et de travailler sur deux génotypes, pour tester la généricité de la réponse observée. A l’échelle du rameau, l’effet de la restriction hydrique sur l’abondance de pucerons est négatif pour un génotype et positif pour l’autre. Par contre à l’échelle de l’arbre, sur les deux génotypes l’abondance de pucerons est corrélée positivement à la croissance végétative et la restriction hydrique impacte négativement l’abondance de pucerons, ce qui suggère que la performance des pucerons est limitée sur les arbres en restriction hydrique par une autre composante que la vigueur de l’arbre. Ce travail de thèse montre que la restriction hydrique et le contrôle de la vigueur via les apports azotés peuvent s’avérer être des leviers pour le contrôle des pucerons en verger fruitier. Cependant les relations mises en évidence sont dépendantes du génotype, ainsi que de l’échelle d’analyse. Il reste à évaluer l’applicabilité de telles mesures sur des arbres en conditions de production, en prenant en compte notamment l’effet des restrictions hydrique et azotée sur la production fruitière
Aphids are major pests of important fruit trees in France, especially peach and appletrees. In order to reduce chemical use, various alternatives can be implemented for themanagement of aphids in orchards. This thesis starts by a review of the different alternativemanagement methods and their positioning at different aphid life cycle stages. Then our workfocuses on the study of the effects of modulation of host plant characteristics, through culturalpractices, on aphid abundance. Our study is based on the Plant Vigor Hypothesis which statesthat phytophagous insects are more performant on vigorous plant or organ. Thus, in theexperimental part we combined dynamic assessment of vegetative growth and aphid abundanceduring two factorial experiments: Prunus persica – Myzus persicae (2 levels of water supply ×2 levels of nitrogen supply) and Malus domestica – Dysaphis plantaginea (2 levels of watersupply × 2 tree genotypes). We chose those factors for their possible impact on vegetativegrowth and nutritional quality of the host plant. We conducted the experiments on young nonbearingpotted trees. At shoot scale, aphid abundance is positively correlated to vegetativegrowth for both studied systems. On peach tree, the positive impact of nitrogen availability onaphid abundance seems to be mediated by the strong positive impact of nitrogen on vegetativegrowth. The negative effect of water restriction on aphid abundance seems to be unrelated toan impact of water availability on vegetative growth. Thus on the second studied system: appletree – rosy apple aphid, we chose to vary water supply and to work on two genotypes to test thegenericity of the observed pattern. At shoot scale, water restriction has a positive effect on aphidabundance on one tree genotype and a negative effect on the other one, whereas at tree scalefor both tree genotypes aphid abundance is positively correlated to vegetative growth and waterrestriction negatively impacts aphid abundance. These results suggest that aphid performanceon water restricted trees is limited by another host plant characteristics than vegetative growth.This thesis shows that water restriction and vigour management through nitrogen fertilizationcan be implemented to manage aphids in fruit orchards. However, the patterns evidenced aredependent on tree genotype and on the scale of analysis. The applicability of these alternativemethods remains to be assessed in producing orchards, taking into account the effects of waterand nitrogen restrictions on fruit production

Le plum pox virus (PPV), agent infectieux de la maladie de la sharka, affecte gravement les arbres fruitiers à noyaux du genre Prunus, rendant notamment les fruits impropres à la commercialisation. A ce jour, aucun cultivar de pêchers n'est résistant, mais des sources de résistance ont été identifiées et cartographiées chez P. Davidiana, espèce apparentée, et chez quelques cultivars d'abricotiers. Plusieurs des QTL cartographiés co-localisent avec des gènes candidats préalablement identifiés, parmi lesquels des facteurs d'initiation de la traduction. La résistance de P. Davidiana a été confirmée dans une population F2 et deux nouveaux QTL mineurs ont été détectés. L'étude des déterminants génétiques de la résistance portée par P. Armeniaca cv. 'Harlayne' a également été réalisée. La stratégie "gène candidat" a été poursuivie avec les facteurs d'initiation de la traduction elF4G et leurs isoformes. Nous l'avons associée au développement ciblé de marqueurs moléculaires pour la sélection assistée par marqueurs. Elle a révélé une fréquence inhabituelle de co-localisation de ces gènes avec les QTL de résistance identifiés chez P. Davidiana et P. Armeniaca cv. 'Harlayne'. Leur implication dans le contrôle de la résistance est discutée. Afin de valider ces résultats avec ceux préalablement publiés, l'ensemble des données a été intégré dans une méta-analyse QTL. Celle-ci a permis de préciser notamment les limites de la région du groupe de liaison 1 impliquée dans la résistance au PPV à la fois chez P. Davidiana et chez P. Armeniaca
The Plum pox virus (PPV), the causal agent of the sharka disease, is the most detrimental virus on stone-fruit trees, worldwide. Infected fruits are not marketable. To date, no peach cultivar is resistant. However sources of resistance have been identified and mapped in apricot and Prunus davidiana, a wild peach-related species. Several of the mapped QTL co-localize with candidate genes previously identified. Among them are the translation initiation factors. In this study, resistance in P. Davidiana was confirmed in an F2 population and two new QTL were identified. Quantitative analysis of the apricot cultivar 'Harlayne' resistance was also performed. A candidate gene strategy followed, including translation initiation factors elF4E, elF4G and their isoforms. Molecular markers targeting these genes were developped as a tool for marker-assisted selection. It revealed a striking co-localization with several resistance QTL identified in P. Davidiana and P. Armeniaca cv. 'Harlayne'. The implication od these genes in PPV resistance is discussed. In order to validate the consistency of these results with those previously published, data were merged in a QTL meta-analysis. It enabled to refine the boundaries of the genomic region controlling PPV resistance in both species, P. Davidiana and P. Armeniaca

Notre objectif a été d’évaluer (i) l’importance de Plasmodium vivax dans les infections palustres à Madagascar, (ii) la sensibilité de ce parasite à la chloroquine et à la sulfadoxinepyriméthamine, (iii) et la place des marqueurs moléculaires pour la surveillance de la résistance aux antipaludiques et de la circulation des souches parasitaires. Pour cela, notre étude a été conduite sur 8 sites sentinelles. Les patients présentant un paludisme causé par P. Vivax ont été inclus dans des tests d’efficacité thérapeutique selon les critères de l’OMS. L’analyse de polymorphismes génétiques sur les gènes pvcrt-o, pvmdr1, pvdhfr et pvdhps, impliqués dans la résistance aux antipaludiques, ainsi que sur les gènes pvcsp, pvmsp3, pvmsp1 utilisés pour le génotypage des souches a été réalisée sur les isolats collectés. Des marqueurs microsatellites ont également été recherchés pour évaluer la diversité génétique de ces isolats, ainsi que la circulation des souches parasitaires et la propagation des isolats résistants
Our objective was to assess (i) the importance of Plasmodium vivax infections in Madagascar, (ii) the parasite sensitivity to antimalarial drugs, and (iii) molecular markers role to monitor antimalarial drug resistance. The study was led on 8 sentinel sites. An in vivo protocol was conducted according to WHO criteria. P. Vivax isolates were analysed for nucleotidic polymorphisms on pvcrt-o, pvmdr1, pvdhfr and pvdhps genes. We searched fro polymorphisms on pvcsp, pvmsp3, pvmsp1 genes and on microsatellites sequences to genotype the isolates from the in vivo protocol. Microsatellites markers were also used to assess the genetic diversity of the Malagasy isolates. Other microsatellites sequences located in the flanking regions of dhfr and dhps genes were identified to assess the origin and propagation of resistant clones

La protection immunitaire contre les infections virales respiratoires nécessite la mise en place de réponses innée et adaptative coordonnées. Durant ce travail de thèse, différents acteurs de ces réponses précoces et tardives ont été étudiés après infection et vaccination. Un modèle murin d’infection nasale par le virus de la vaccine nous a permis d’établir le rôle pivot de cellules dendritiques myéloïdes, exprimant le récepteur de chimiokine CX3CR1, dans l’initiation de la réponse lymphocytaire T. Ces résultats démontrent une coordination précoce des réponses innée et adaptative dans l'induction d'une réponse protectrice. Deux études cliniques ont permis d’étudier différents paramètres immunitaires et de modéliser la réponse induite après vaccination et infection par le virus influenza pandémique A(H1N1)pdm09. L'analyse multiparamétrique de 7 effecteurs de l’immunité adaptative met en évidence une forte hétérogénéité des réponses vaccinales, dépendante de la réponse antigrippale résiduelle. Une analyse en composantes principales identifie 5 profils de réponses adaptatives au vaccin. De plus, un an après vaccination, la mémoire immunitaire présente des caractéristiques similaires à la réponse induite après une infection modérée, alors que la qualité et l'intensité des réponses mémoires sont différentes après une infection sévère par le virus A(H1N1)pdm09. Ces résultats suggèrent qu’un équilibre entre les différents compartiments de la réponse cellulaire, après vaccination ou infection, est essentiel pour la protection immunitaire. Ces travaux ouvrent de nouvelles voies dans le choix des critères d’évaluation de l’efficacité vaccinale et des corrélats de protection
Immune protection against viral respiratory infections requires the induction of synchronized innate and adaptive immune responses. In this thesis, the role of various immune effectors acting in the early and late phases of the immune responses after infection and vaccination was studied. A murine model of vaccinia virus nasal infection allowed us to establish the pivotal role of myeloid dendritic cells expressing the CX3CR1 chemokine receptor in the initiation of specific T cell response. These results demonstrate the existence of an early coordination between innate and adaptive arms of the immune system, which is involved in the induction of a protective response. Data from two clinical studies were used to study various immune parameters after vaccination and infection with pandemic A(H1N1)pdm09 influenza virus and to model the induced responses. A multiparametric analysis of seven effectors of the adaptive immunity shows strong heterogeneity of vaccine-induced immune responses, depending on the residual anti-influenza response. A principal component analysis identifies five profiles of adaptive responses. In addition, a year after vaccination, specific immune memory has similar characteristics to the induced responses detected after a moderate viral infection. However, the quality and intensity of memory responses after pandemic vaccine are different from the one observed after a severe infection with A(H1N1)pdm09 influenza virus. These results suggest that a balance between the different compartments of the cellular immune responses after vaccination or infection is essential for immune protection. This work opens up new ways in the correlates of vaccine efficacy and protection

The intestinal epithelium has a determinant role in glucose homeostasis ensuring food digestion, nutrient absorption and gut-hormone release in response to dietary compounds. GLUT2, a high-capacity sugar transporter, is transiently recruited into the apical membrane of enterocytes in response to a sugar-rich meal. The consequent raise of serum insulin triggers GLUT2 internalization into the enterocytes, a mechanism that is lost in diabetic- or diet-induced insulin-resistant rodents. I could demonstrate an pathologic permanent apical GLUT2 location in the jejunum of morbidly obese subjects, who exhibit insulin resistance and type-2 diabetes. This apical GLUT2 location favors a bidirectional glucose transepithelial exchange. GLUT2 can also accumulate in enterocyte endosomes of obese subjects consuming a high-fat low-carbohydrate diet. Altered GLUT2 locations in enterocytes sign intestinal adaptations in human obesity (Diabetes J 2011). Obesity is a low-grade inflammatory disease, affecting the insulin sensitivity of many organs. Little is known about intestinal immunity in human obesity. I contributed to show that in obesity the intestinal mucosa is hypertrophic and contains an increased number of innate and adaptive immune cells. These modifications are associated to altered bioclinical parameters. The phenotype of jejunal T cell was determined in the epithelium and lamina propria by flow cytometry and by gene expression. The activity of T cell from obese, but not lean subjects impairs insulin sensitivity of Caco-2/TC7 enterocytes (2 manuscripts in preparation). Results show that immune adaptations of the small intestine lead to impaired insulin sensitivity of enterocytes and thereby may initiate the loss of GLUT2 trafficking, altering intestinal absorptive function in obesity
L'épithélium intestinal contribue à l'homéostasie glucidique assurant la digestion des aliments, l'absorption des nutriments et la sécrétion des entero-hormones aprs un repas. GLUT2, un transporteur de sucre à haute capacité, est transitoirement recruté dans la membrane apicale des entérocytes en réponse à un repas riche en sucre. L'augmentation de l'insulinémie provoquée par l'hyperglycémie postabsorptive déclenche l'internalisation de GLUT2 dans l'entérocyte, mécanisme qui est perdu chez les rongeurs diabétiques ou rendus résistants à l'insuline par le régime. Dans le jéjunum de sujets obèses morbides résistants à l'insuline et/ou diabétiques de type 2, j'ai montré une localisation anormalement permanente, de GLUT2 dans la membrane apicale des entérocytes. La localisation apicale de GLUT2 favorise un échange bidirectionnel transépithélial de glucose. GLUT2 peut aussi s'accumuler dans les endosomes des sujets dont l'alimentation est riche en graisse et plus pauvre en hydrate de carbone. Ces localisations anormales de GLUT2 dans les entérocytes sont un signe d'adaptation pathologique de l'intestin à l'obésité humaine (Diabetes J 2011). L'obésité est une maladie inflammatoire à bas grade, affectant la sensibilité à l'insuline de plusieurs organes. L'immunité intestinale est peu étudiée dans l'obésité humaine. J'ai montré que la muqueuse intestinale des sujets obèses est hypertrophique et associée à un accroissement du nombre de cellules de l'immunité innée et adaptative. Ces modifications sont en lien avec les changements biocliniques mesurés chez les sujets obèses. Le phénotype des lymphocytes T du jéjunum a été établi en cytométrie de flux et par l'expression de gènes. L'activité des lymphocytes T de sujets obèses, pas celle des sujets minces, dégrade la sensibilité à l'insuline des entérocytes Caco2/TC7 (2 manuscripts en préparation). Nos résultats suggèrent que l'adaptation de l'immunité intestinale dans l'obésité affecte la sensibilité à l'insuline des entérocytes modifiant la fonction d'absorption des sucres dans l'intestin