Dissertations / Theses: 'Protéines de liaison aux ARNs'

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Guitard, Estelle. "Etude du rôle de deux protéines bifonctionnelles apparentées aux protéines de liaison aux ARNs, Sam68 et G3BP, dans la prolifération cellulaire." Paris 11, 2000. http://www.theses.fr/2000PA11T014.

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Abstract:

Les protéines ribonucléiques hétérogènes nucléaires (ou hnRNPs : beterogenous nuclear ribonucleonrotein) bifonctionnelles sont des protéines capables de lier à la fois des partenaires nucléiques et des partenaires protéiques impliqués dans différentes voies de signalisation cellulaire. Les protéines humaines de liaison aux ARNs Sam68 (. Src- ssociated ifl. Mitosis 68) et G3BP (RasGAP-SHJ Binding frotein) appartiennent à cette famille de protéines. Sam68 est le principal substrat et partenaire du produit de l'oncogène src au cours de la mitose. G3BP est le premier partenaire du domaine SH3 de la protéine RasGAP, effecteur de l'oncoprotéine Ras. L'interaction RasGAP/G3BP est dépendante de l'état d'activation de Ras sous forme liée au GTP, ce qui suppose que la protéine G3BP ait une fonction dans la transmission des signaux de prolifération cellulaire en aval de Ras. Etant donné le rôle supposé des protéines Sam68 et G3BP dans la transmission des signaux de prolifération cellulaire en aval des molécules Src et RasGAP, nous avons décidé de préciser par quels mécanismes moléculaires elles pouvaient jouer un rôle sur la régulation de la prolifération cellulaire. Nous avons identifié un variant d'épissage de la protéine Sam68, Sam68ΔKH, délété de son domaine KR de liaison aux ARNs. En inhibant la transition G1/S du cycle cellulaire et l'expression de la cycline Dl , Sam68ôKH régule négativement la prolifération cellulaire et se comporte comme un dominant négatif de Sam68. Ces résultats mettent pour la première fois en évidence un rôle de la protéine Sam68 dans la régulation du cycle cellulaire, pendant la phase G1. Nous avons ensuite démontré que Sam68 interagit avec la protéine RasGAP de façon dépendante des domaines SH3 et/ou SH2 de RasGAP, et que cette interaction a lieu exclusivement pendant la mitose. Ces résultats indiquent que Sam68 pourrait également avoir des fonctions mitotiques, et que celles-ci participeraient aux cascades non seulement en aval de Src, mais aussi en aval de la protéine RasGAP. Nous avons aussi étudié les protéines de la famille G3BP. Nous avons tout d'abord cloné l'ADNe codant une protéine humaine homologue à G3BP, G3BPh, puis montré que cette protéine, codée par un autre gène, possède des éléments de séquence et des propriétés qui divergent de G3BP, suggérant que les deux isoformes ont, au moins en partie, des fonctions différentes. Par les techniques de western blot et northem blot, nous avons montré que la protéine G3BP est surexprimée dans un grand nombre de tumeurs et de lignées cellulaires tumorales humaines. Nous avons observé que cette surexpression est indépendante des caractéristiques des différentes tumeurs ainsi que de l'évolution des patients. Nous avons aussi mis en évidence que G3BP stimule la transition G1/S du cycle cellulaire de façon dépendante de son domaine de liaison aux ARNs. Ainsi, nous proposons que les protéines des familles Sam68 et G3BP, qui constituent un lien entre les molécules de la signalisation cellulaire et le métabolisme des ARNs, exercent un contrôle du cycle cellulaire au travers de leurs interactions avec leurs ARNs cibles. Nous proposons aussi que la protéine G3BP soit un nouveau marqueur de détection des cancers humains.

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Bruckert, Hélène. "Caractérisation d'Hrp48, une protéine de liaison aux ARNs, lors de la morphogenèse axonale chez la drosophile." Nice, 2012. http://www.theses.fr/2012NICE4063.

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Abstract:

Des études récentes ont montré que le contrôle post-transcriptionnel des ARNms joue un rôle essentiel sur la croissance et le guidage axonal, processus permettant la mise en place de circuits neuronaux. Afin d’étudier ce type de régulation in vivo, mon projet de thèse visait à caractériser Hrp48, une protéine de liaison aux ARNs appartenant à la famille conservée des hnRNPA/B. J’ai montré que l’inactivation d’hrp48 entraîne des défauts de croissance axonale comme des neurones projetant leurs axones dans une mauvaise direction ou au-delà de leur cible classique, défauts remarquablement plus forts chez les femelles que chez les mâles. Mes travaux ont révélé que la protéine femelle-spécifique Sex-léthal s’accumule ectopiquement dans le noyau des cellules mutantes hrp48, ce qui pourrait être à l’origine des défauts sexe-spécifiques de migration axonale observés. En parallèle, j’ai montré que l’inactivation de sema-1a, une cible ARNm putative d’Hrp48, provoque des défauts proches des mutants hrp48, et qu’hrp48 et sema-1a interagissent génétiquement. Par ailleurs, le niveau général d’ARNm sema-1a est plus faible chez les femelles que chez les mâles. Ces résultats suggèrent donc qu’une dérégulation de sema-1a pourrait induire les défauts sexe-spécifiques de croissance axonale observés en contexte mutant hrp48. Ce travail a permis de proposer un modèle préliminaire de régulation post-transcriptionnelle par une protéine de liaison aux ARNs de la famille hnRNPA/B in vivo et a mis en évidence des différences cryptiques entre les femelles et les mâles. Il s’inscrit dans le cadre d’études récentes révélant des différences sexe-spécifiques dans le contrôle de l’expression des gènes
Recent studies have shown that post-transcriptional regulatory mechanisms play essential roles in axon growth and guidance, processes involved in the establishment of neuronal circuits during development. To study these mechanisms in vivo, my project aimed at characterizing the role of the RNA-binding protein Hrp48, which belongs to the conserved hnRNP A/B family. I showed that inactivating hrp48 function leads to strong and specific axon migration defects, including axon misguidance and overextension. Notably, I have observed that the frequency of hrp48 mutant phenotypes is much higher in females than in males. Moreover, I showed that the female-specific Sex-lethal protein ectopically accumulates in the nucleus of mutant cells. This abnormal nuclear accumulation could explain the sex-specific defects observed in axonal migration. In parallel, I could show that inactivation of sema-1α, an Hrp48 putative mRNA target, causes defects similar to those observed in hrp48 mutants, and that hrp48 and sema-1 α genetically interact. Moreover, the overall levels of sema-1 α transcripts are much lower in females than in males. These results suggest that sema-1 α misregulation may induce the sex-specific defects in axonal growth observe upon hrp48 downregulation. Tis work has allowed us to propose a preliminary in vivo model for a post-transcriptional regulatory mechanism controlled by a member of the hnRNP A/B family. Furthermore, it has revealed cryptic differences between females and males in the context of recent studies revealing sex-specific differences in the control of gene expression

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Le, Tonquèze Olivier. "Identification des cibles de la protéine de liaison aux ARN CUGBP1, par séquençage massivement parallèle." Rennes 1, 2010. http://www.theses.fr/2010REN1S024.

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Abstract:

CUGBP1 est une protéine de liaison aux ARN impliquée dans le contrôle de l'épissage alternatif, la stabilité et la traduction des ARNm. Des situations de sur ou sous-expression de la CUGBP1 peuvent induire des conditions pathologiques liées à ses fonctions. Pour comprendre le rôle biologique et élucider le mode d’action de la CUGBP1, il est important d’identifier le répertoire global de ses cibles. A cette fin, nous avons donc développé deux approches. Une approche bioinformatique à permis d’identifier l’ARNm codant pour la tetraspanine CD9, comme une nouvelle cible régulée par la CUGBP1. La deuxième approche, basée sur le séquençage massivement parallèle des ARN co-immunoprécipités avec la CUGBP1, nous a permis d’identifier l’ensemble de ses cibles in vivo. A terme ces résultats nous permettront à la fois d’identifier les conséquences de la fixation de la CUGBP1 sur chacun de ces ARN et d’affiner le motif de fixation de la CUGBP1 qui pourra être ensuite utilisé pour la recherche des cibles dans d’autres types cellulaires
The RNA binding protein CUGBP1 is involved in regulation of alternative splicing, mRNA stability and translation. These functions appear conserved across evolution and may lead to pathological conditions in situations of CUGBP1 gain or loss of function. In order to determine the real extent of the regulations by CUGBP1 we realised two different studies aimed at identifying the targets for CUGBP1. First, based on an in silico approaches, we identify the mRNA encoding the protein CD9 as a direct target for CUGBP1-mediated regulation. In the second study I developed a Cross-link ImmunoPrecipitation procedure for CUGBP1 in human cells and identified the in vivo binding sites and targets by SOLiD deep sequencing. The in vivo binding sites identified allow us to present a genome wide landscape of CUGBP1 binding targets. These targets are potentially dis-regulated in loss of function for CUGBP1. The binding sites identified should allow us to refine the prediction algorithms for CUGBP1 binding sites thereby permitting the identification of the CUGBP1 target in any cellular context. This approach may prove especially useful in conditions where CUGBP1 is either misexpressed or mislocalized

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Rekad, Zeinab. "Rôle de la protéine de liaison aux ARNs SAM68 dans l'adhésion des cellules endothéliales et la genèse de leur matrice extracellulaire." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur, 2023. http://www.theses.fr/2023COAZ6006.

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Abstract:

L'angiogenèse est le processus de formation de nouveaux vaisseaux sanguins à partir de vaisseaux préexistants. Ce processus repose sur la modification des propriétés adhésives des cellules endothéliales vasculaires ainsi que sur la production et l'assemblage de leur matrice extracellulaire (MEC) spécialisée, appelée membrane basale. L'adhésion des cellules endothéliales est médiée par des interactions entre les composants de la matrice extracellulaire (MEC) et les récepteurs transmembranaires (intégrines) qui, une fois engagés, entraînent la formation de complexes d'adhésion multimoléculaires dynamiques qui régulent l'organisation du cytosquelette et la transmission des forces (mécanotransduction) pour la migration et la fonction des cellules. Des études récentes suggèrent que la production locale de protéines aux sites d'adhésion contribue à leur consolidation et à leur maturation.Récemment, les cribles protéomiques réalisés sur les sites d'adhésion ont identifié la présence de protéines de liaison à l'ARN (RBP) ayant des fonctions de régulation de l'expression génétique. SAM68 (Src associated in mitosis, of 68 kDa), un membre de la famille STAR (signal transduction and activation of RNA metabolism), est l'une de ces protéines connues pour réguler à la fois la biogenèse de l'ARN et la transduction du signal en jouant un rôle d'échafaudage après l'activation du récepteur à la surface de la cellule. En effet, il a été démontré que SAM68 s'associe à la kinase Src et participe à l'épissage alternatif des gènes codant pour la MEC et les protéines associées à la MEC, comme la tenascine-C et la glycoprotéine de surface cellulaire CD44 impliquée dans l'adhésion/migration. Dans le contexte de l'angiogenèse et de l'adhésion des cellules endothéliales, nous avons émis l'hypothèse que la RBP SAM68 pourrait constituer un relais moléculaire pendant la mécanotransduction (médiée par les intégrines) en participant à la formation d'adhésions focales et aux réponses transcriptionnelles/post-transcriptionnelles en aval qui régule le phénotype angiogénique.En utilisant des cultures de cellules endothéliales primaires en 2 et 3 dimensions, nous avons montré que la RBP SAM68 participe à l'établissement d'adhésions focales par sa contribution à l'approvisionnement localisé d'ARNm (y compris le transcrit β-actine) requis pour la maturation des adhésions focales. De plus, nous avons démontré que SAM68 régule l'expression de gènes codant pour les protéines de la membrane basale, notamment via la régulation du promoteur du gène FN1, conditionnant ainsi la matrice sous-endothéliale et le phénotype angiogénique des cellules. En effet, dans un contexte tridimensionnel, nous avons constaté que la déplétion de SAM68 entrave le bourgeonnement des cellules endothéliales ainsi que leur organisation en pseudo-capillaires.Ces travaux ouvrent la voie à l'exploration du rôle d'autres protéines de liaison à l'ARN en tant que régulateurs de la signalisation d'adhésion et à l'évaluation de leur fonction dans les processus d'angiogenèse physiologiques et pathologiques
Angiogenesis is the process underlying the formation of new blood vessels from pre-existing ones. This process relies on the modification of the adhesive properties of vascular endothelial cells as well as the production and assembly of their specialized extracellular matrix (ECM) known as the basement membrane. Endothelial cell adhesion is mediated by interactions between extracellular matrix (ECM) components and transmembrane receptors (integrins) that, upon engagement, drive the formation of dynamic multimolecular adhesion complexes that regulate cytoskeletal organization and force transmission (mechanotransduction) for cell migration and function. Recent studies suggest that local protein production at adhesion sites contributes to their consolidation and maturation.Proteomics screens performed on adhesion sites have identified the presence of RNA-binding proteins (RBP) with gene expression regulatory functions. SAM68 (Src associated in mitosis, of 68 kDa), a member of the STAR (signal transduction and activation of RNA metabolism) family of RBPs, is one such protein known to regulate both RNA biogenesis and signal transduction by playing a scaffolding role following receptor activation at the cell surface. Indeed, SAM68 has been shown to associate with Src kinase following receptor activation and to participate in alternative splicing of genes encoding ECM and ECM-associated proteins, such tenascin-C and the cell surface glycoprotein CD44 involved in adhesion/migration. In the context of angiogenesis and endothelial cell adhesion, we hypothesized that the RBP SAM68 may constitute a molecular relay during integrin-mediated mechanotransduction at adhesion sites by participating in the formation of focal adhesions and downstream transcriptional/post-transcriptional responses that regulates the angiogenic phenotype.Using 2- and 3-D cultures of primary endothelial cells, we showed that the RBP SAM68 participates in the establishment of focal adhesions through its contribution to the localized supply of mRNAs (including the β-actin transcript) required for adhesion site maturation. Further, we demonstrated that SAM68 regulates the expression of genes encoding basement membrane proteins, in particular via regulation of the promoter of the FN1 gene, thus conditioning the sub-endothelial matrix and angiogenic phenotype of cells. Indeed, in a 3-D context, SAM68-depletion was found to hamper endothelial cell sprouting activity and capillary-like tube formation.This work paves the way to explore the role of other RNA-binding proteins as regulators of adhesion signaling and assessment of their function in physiological and pathological angiogenesis processes

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Rothé, Françoise. "Identification des protéines FBP1 et FBP2 comme partenaires des protéines de liaison aux éléments riches en adénine et uridine (ARE) TIA-1 et TIAR." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2006. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210897.

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Abstract:

Dans les cellules eucaryotes, l’expression d’un gène peut être régulée à de nombreux niveaux. Les études réalisées sur le contrôle de l’expression génique se sont généralement intéressées aux mécanismes de contrôle transcriptionnel. Cependant de nombreux exemples mettent de plus en plus en évidence l’importance des mécanismes post-transcriptionnels dans cette régulation. Les contrôles post-transcriptionnels de l’expression génique reposent essentiellement sur des interactions spécifiques entre les régions 5’ et 3’ non traduites de l’ARNm et des protéines agissant en trans qui contrôlent spécifiquement la maturation des ARNs messagers (ARNms), leur localisation cytoplasmique, leur stabilité et/ou leur traduction. Les éléments riches en adénine et en uridine (ARE), localisés dans la région 3’ non traduite de nombreux ARNms, font partie des séquences régulatrices les plus étudiées. Elles sont notamment présentes dans les ARNms codant pour des cytokines et des proto-oncogènes. Les protéines de liaison à l’ARN jouent donc un rôle central dans la régulation de l’expression des gènes. Les protéines TIA-1 et TIAR appartiennent à la famille des protéines qui fixent l’ARN et qui contiennent des domaines RRM (RNA Recognition Motif). Elles sont impliquées dans des mécanismes permettant la régulation de l’expression génique tels que l’épissage alternatif et la traduction. En particulier, elles participent à l’arrêt général de la traduction qui accompagne un stress environnemental en séquestrant les ARNms poly(A)+ non traduits dans des foci cytoplasmiques appelés granules de stress (SGs). Elles sont également impliquées dans la répression traductionnelle d’ARNms spécifiques en liant les ARE présents dans les extrémités 3’ non traduites de certains ARNms, et notamment des ARNs messagers codant pour le TNF-α et la cyclooxygénase-2 (Cox-2). L’invalidation des gènes tia-1 et tiar chez la souris conduit à une létalité embryonnaire élevée suggérant que ces protéines jouent également un rôle important au cours de l’embryogenèse. Afin de comprendre les mécanismes par lesquels les protéines TIA-1 et TIAR remplissent leurs différentes fonctions, nous avons réalisé un criblage par la technique du double hybride en levure afin d'identifier des partenaires d’interaction de ces deux protéines. Les protéines TIA-1 et TIAR interagissent avec les protéines FBPs (Fuse Binding Proteins). Celles-ci participent notamment à la maturation et à la dégradation des ARNs. Nous avons montré que les protéines FBPs co-localisent parfaitement avec TIA-1 dans le noyau et migrent dans les granules de stress en réponse à un stress oxydatif. De plus, des expériences de retard de migration sur gel réalisées à partir d’extrait cytosolique de macrophages ont montré que les protéines FBPs sont présentes dans le même complexe liant l’ARE du TNF-α que TIA-1. Enfin, la surexpression du domaine de liaison à l’ARN KH3 de FBP2 en fusion à l’EGFP induit la séquestration spécifique des protéines TIA-1 et TIAR dans des foci cytoplasmiques, empêchant ainsi leur accumulation nucléaire. Nos résultats indiquent que les protéines TIA-1/R et FBPs pourraient être fonctionnellement impliquées dans des étapes communes du métabolisme de l’ARN dans le noyau et/ou le cytoplasme.
Doctorat en sciences, Spécialisation biologie moléculaire
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Bour, Tania. "Exploration au coeur de la machinerie traductionnelle de Plasmodium falciparum : étude de domaines de liaison aux ARN de transfert." Strasbourg, 2009. http://www.theses.fr/2009STRA6109.

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Abstract:

Ce travail de thèse concerne deux protéines impliquées dans la traduction chez Plasmodium falciparum, parasite responsable du paludisme chez l’Homme. Elles ont en commun de reconnaître les ARN de transfert (ARNt): (i) l’aspartyl-ARNt synthètase (AspRS) reconnaît spécifiquement l’ARNtAsp et catalyse l’attachement de l’acide aspartique sur son extrémité 3’ et (ii) une protéine de fonction inconnue, appelée PftRBP (tRNA binding protein) qui elle, interagit avec tous les ARNt. L’AspRS cytoplasmique de P. Falciparum, qui s’accumule au cours du stade sanguin du développement du parasite est plus courte que ne l’indique la banque de données génomique. De plus, deux domaines fonctionnels caractéristiques de cette enzyme ont été identifiés : un motif riche en lysines dans l’extension N-terminale et une courte insertion présente dans le domaine de liaison à l’anticodon. Comme ces deux domaines, essentiels pour l’activité de l’AspRS du parasite, sont absents dans son homologue humain, ils ont été utilisés dans diverses approches prometteuses pour la recherche de molécules pourvues de propriétés potentiellement antipaludiques. La deuxième protéine, PftRBP n’est retrouvé que chez Plasmodium et comporte un domaine de liaison aux ARNt à son extrémité C-terminale. Nous avons pu montrer in vitro que†PftRBP: (i) lie spécifiquement et avec une forte affinité tous les ARNt, (ii) reconnaît le coude formé par les boucles D et T dans la structure conservée en L des ARNt, (iii) s’organise en tétramère et (iv) est localisée à la surface du parasite. L’ensemble de ces données suggère une fonction unique et originale pour cette protéine impliquant un trafic d’ARNt entre le parasite et son hôte
This PhD work concentrates on two proteins of the human malaria parasite Plasmodium falciparum. They are both involved in the protein synthesis process of this parasite and interact with transfer RNAs (tRNAs): (i) aspartyl-tRNA synthetase (AspRS) specifically recognizes tRNAAsp and catalyzes the binding of aspartic acid to its 3’ end and (ii) a protein of unknown function, PftRBP (tRNA binding protein), that interacts with all tRNAs. It has been shown that the plasmodial AspRS, which accumulates during the erythrocytic stage of the parasite is shorter than expected, based on the genome database. This AspRS has two unique functional domains: a lysine-rich tRNA binding motif in the N-terminal extension of the protein and a short insertion in the anticodon binding domain. It has been demonstrated that these two motifs are essential for the parasite’s AspRS activity. Since they are absent in the human homologue, they were targeted to identify specific inhibitors with putative antimalarial effects. The second protein, PftRBP, displays a tRNA binding domain at its C-terminus that binds to all tRNA sequences. Indeed, in vitro PftRBP (i) binds only tRNAs with a high affinity, (ii) recognizes the elbow formed by the D and T loops of the conserved tRNA L-shaped structure, (iii) forms a tetramer and (iv) is exposed at the parasite’s surface. These results suggest a unique and original function for this protein implicating tRNA trafficking between the parasite and its host

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Le, Borgne Maïlys. "Étude in vivo de la fonction biologique de la protéine de liaison aux ARN Mex-3B." Thesis, Lyon 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LYO10141.

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Abstract:

La protéine de liaison aux ARN MEX-3 est un régulateur essentiel du développement embryonnaire chez le nématode Caenorhabditis elegans. Une famille de quatre gènes homologues à hMex-3 (dénommés hMex-3A, 3B, 3C et 3D) a été identifiée chez les mammifères par notre équipe. Afin de mieux comprendre la fonction physiologique in vivo des protéines Mex-3, nous avons invalidé le gène Mex-3B chez la souris. Cette approche expérimentale a révélé que Mex-3B est un acteur majeur de la spermatogenèse. Les souris mâles nullizygotes présentent une obstruction des tubes séminifères conduisant à une réduction importante du nombre des spermatozoïdes produits. L’ablation de Mex-3B ciblée à la cellule de Sertoli, cellule somatique essentielle à la fonction de l’épithélium séminifère, a permis d’établir que le phénotype testiculaire a pour origine une perturbation des propriétés biologiques de cette cellule. En effet, les cellules de Sertoli déficientes pour Mex-3B présentent des défauts de la phagocytose qui conduisent à une élimination défectueuse des corps résiduels au cours de la spemiogenèse. L’exploration des mécanismes moléculaires impliqués a montré que Mex-3B contrôle la phagocytose via la régulation de l’activité et de la localisation membranaire de Rap1GAP, une protéine qui régule négativement la petite protéine G Rap1. En accord avec ces données, l’absence de Mex-3B provoque une déstabilisation de la barrière hémato-testiculaire due à un défaut de localisation à la membrane plasmique des molécules de jonction connexine 43 et N-Cadhérine, protéines dont la translocation et la stabilité dépendent de Rap1. En conclusion, mes travaux de thèse ont permis de mettre en évidence un rôle clé de Mex-3B dans le contrôle spatial de la voie de signalisation Rap1 au cours de la spermatogenèse
The RNA binding-protein MEX-3 is a post-transcriptional regulator involved in early embryogenesis of the nematode Caenorhabditis elegans. We have recently reported the characterization of a novel family of four mammalian genes homologous to hMex-3 (called hMex-3A, 3B, 3C and 3D). To gain insight into the biological functions of these proteins in vivo, we disrupted the Mex-3B gene in mice. Using this experimental approach, we found that Mex-3B is as a major regulator of spermatogenesis. We observed that male Mex-3B null mice hypofertile and present an obstruction of seminiferous epithelium. Phagocytic properties of Sertoli cells were impaired, thus impeding the clearance of residual bodies released during spermiogenesis. Exploration of the underlying molecular mechanisms revealed that Mex-3B regulates phagocytosis through the activation and the transport at the peripheral membrane of Rap1GAP, a protein that downregulates the small G protein Rap1. Consistently, the Rap1-dependent recruitment of the junction proteins, connexin 43 and N-Cadherin at the cell surface was compromised in Mex-3B deficient mice. In conclusion, my work highlights a key role gor Mex-3B in the spatial control of Rap1 signaling during spermatogenesis

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Chabrolles, Hélène. "Interaction de la protéine Core du virus de l’Hépatite B avec les protéines de liaison aux ARN : effets sur la réplication virale et perspectives thérapeutiques." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1321.

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Abstract:

Plusieurs données expérimentales suggèrent que la protéine Core du virus de l’Hépatite B (HBV), en plus de ses fonctions structurales pour la formation des nucléocapsides dans le cytoplasme, pourrait avoir des fonctions régulatrices importantes dans le noyau des hépatocytes infectés. En effet, Core s’associe à l’ADNccc et aux promoteurs de certains gènes cellulaires dans le noyau des hépatocytes infectés et pourrait ainsi contrôler leur régulation transcriptionnelle. De plus, de par sa capacité à lier les ARN, elle pourrait également participer au métabolisme post-transcriptionnel de gènes viraux et/ou cellulaires. Pour caractériser ces fonctions, nous avons réalisé une analyse protéomique des facteurs cellulaires qui interagissent avec la protéine Core dans le noyau d’hépatocytes humains. Cet interactome a mis en évidence un grand nombre de protéines de liaison aux ARN (RBP), qui participent au métabolisme des ARN et en particulier aux mécanismes d’épissage. Deux interactants majeurs de Core ont été plus particulièrement étudiés, SRSF10 et RBMX, impliqués notamment dans l’épissage et la réparation de l’ADN. Une analyse fonctionnelle effectuée par une approche siRNA a montré que SRSF10 et RBMX affectent différemment le niveau des ARN viraux, vraisemblablement en agissant à des étapes différentes du cycle viral. De même, un composé ciblant l’activité de certaines RBP diminue fortement la réplication d’HBV en affectant l’accumulation des ARN viraux. Ainsi, ces résultats suggèrent que Core pourrait interagir avec certaines RBP pour contrôler le destin des ARN viraux et/ou cellulaires, une piste intéressante pour le développement de nouvelles stratégies antivirales ciblant l’hôte
Converging evidences suggest that the Hepatitis B virus (HBV) core protein, beside its well-known structural role to form nucleocapsids in the cytoplasm, could have important regulatory functions in the nucleus of infected hepatocytes. Indeed, nuclear Core was shown to associate with the cccDNA and to the promoters of some cellular genes, suggesting that Core may control viral and/or cellular gene expression. In addition, Core has the capacity to bind RNA, and may thus regulate HBV RNA metabolism. To elucidate these functions, we performed a proteomic analysis of the cellular factors interacting with nuclear Core in human hepatocytes. This interactome revealed a majority of highly interconnected RNA-binding proteins (RBPs), which participate in several steps of mRNA metabolism, including transcription, splicing and nuclear egress. We focused on two major Core-interacting factors, SRSF10 and RBMX that were previously involved in splicing and DNA repair. Functional analyses performed by a siRNA approach indicated that RBMX and SRSF10 were able to differentially regulate the levels of all viral RNAs most likely by acting at different steps of the viral life-cycle. Similarly, a small compound, affecting the activity of selected RBPs, severely impaired HBV replication by strongly reducing viral RNA accumulation. Altogether, these results strongly suggest that Core interacts with some selected RBPs to control the fate of viral and/or cellular RNAs and provide new critical information for the development of novel host-targeting antiviral agents (HTA)

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Cosson, Bertrand. "Le Facteur de terminaison de la traduction eRF3 et les protéines de liaison aux ARNm polyadénylés : liens structuraux et fonctionnels." Rennes 1, 2001. http://www.theses.fr/2001REN10120.

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Abstract:

Du gène à la protéine, l'étude des régulations de l'expression des gènes n'a fait que mieux révéler la complexité du monde eucaryote. Les mécanismes post transcriptionnels ont un rôle fondamental indiscutable. Une queue poly(A) est mise en place à l'extrémité de presque tous les ARNm après transcription. Elle joue un rôle important dans le contrôle de la stabilité et de la traduction des ARNm. C'est par la famille des protéines de liaison à la queue poly(A) (PABP) que la queue poly(A) intervient dans l'expression génique. Nous avons montré chez la levure que la PABP n'intervient pas seulement dans l'initiation de la traduction mais aussi dans la dernière étape de la synthèse protéique via son interaction avec le facteur de terminaison de la traduction eRF3. La PABP interagit in vivo avec eRF3 chez les eucaryotes, de la levure à l'homme, suggérant que la fonction associée à cette interaction dans la terminaison de la traduction est conservée. Nous avons caractérisé une nouvelle PABP de classe I chez le Xénope, appelée ePABP pour PABP embryonnaire. EPABP est capable de substituer fonctionnellement le gène levure PAB1. L'analyse du profil d'expression des protéines PABP de Xenope (ePABP et PABP1) au cours du développement précoce et dans les tissus adultes révèle une expression différente pour ces deux protéines. Nous proposons différents rôles clefs que peuvent jouer ces protéines dans la régulation de l'expression des gènes au cours du développement. La surproduction du facteur de terminaison eRF3 seul dans des cellules humaines en culture est sans effet sur la terminaison, mais elle modifie l'abondance de certains ARNm. L'effet de la surexpression d'eRF3 est différent en fonction du promoteur, suggérant un rôle d'eRF3 via la transcription ou un mécanisme couplé. De plus, nos analyses de localisation d'eRF3 n'ont pas permis de détecter cette protéine dans le noyau, suggérant que l'effet d'eRF3 est cytoplasmique et donc probablement indirect.

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Glorian-Schmitt, Valérie. "Contribution à la compréhension de la régulation de la traduction sélective des ARNm sous stress, par l'étude de la régulation traductionnelle de l'ARNm de la GTPase rhoB sous UV." Toulouse 3, 2012. http://thesesups.ups-tlse.fr/1281/.

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Abstract:

Lors de stress génotoxiques, une programmation rapide, spécifique et hautement contrôlée de l'expression des gènes est nécessaire, pour permettre aux cellules de s'adapter aux nouvelles conditions environnementales. La traduction des ARNm, l'étape finale de l'expression de l'information génétique est un processus finement régulé. Ainsi, sous différents stress, bien que la traduction de la plupart des ARNm soit inhibée, certains ARNm, codant des protéines impliquées dans le contrôle de la mort cellulaire, de la réparation de l'ADN ou du cycle cellulaire, sont préférentiellement traduits. Afin d'étendre la compréhension de ces mécanismes, nous nous sommes intéressés à la régulation de la traduction de l'ARNm de la GTPase rhoB sous UV. RhoB est un gène de réponse précoce, qui est induit sous UV pour participer à la réponse apoptotique. De plus, au cours de l'oncogénèse rhoB a un rôle suppresseur de tumeur et son expression protéique est diminuée dans plusieurs cancers. Nos résultats montrent que la traduction de l'ARNm codant rhoB est réprimée par l'action interdépendante du microARN miR-19 et de la protéine de liaison aux ARNm HuR. Nous mettons en évidence un nouveau mécanisme par lequel l'ARNm de rhoB résiste à l'inhibition générale de la traduction sous UV. Cet effet n'est pas associé à une variation de l'expression de miR-19 sous UV, mais implique la dissociation de HuR et de miR-19 de l'ARNm de rhoB, levant ainsi la répression traductionnelle de l'ARNm de rhoB exercée par ces facteurs. Nos travaux démontrent également que cette régulation contribue au rôle anti-apoptotique de RhoB sous UV. En conclusion, cette étude suggère que la régulation de la traduction par des microRNAs et des protéines de liaison aux ARNm puisse être déterminante dans de nombreux processus cellulaires et plus particulièrement dans la réponse au stress
When confronted with genotoxic stress, a highly specific and controlled gene expression program is necessary to allow cells to adapt rapidly to environmental changes. MRNA translation, the final step of gene expression, is finely regulated. Although global protein synthesis is inhibited by different cell stresses, mRNAs encoding some stress response proteins are preferentially translated. To study stress-dependent regulation of translation, we have investigated the translational regulation of the immediate-early response gene rhoB upon UV exposure. UV-induced RhoB expression contributes to the regulation of keratinocyte cell survival after UV exposure. RhoB has also been proposed to act as a tumor suppressor and its expression is often down-regulated in several cancers. We have shown that miR-19 and HuR bind to rhoB mRNA in an interdependent manner to inhibit RhoB expression. We have identified a novel mechanism by which the rhoB mRNA evades global repression of translation upon UV exposure. This effect is not associated with UV-dependant regulation of miR-19 expression but involves the loss of the interdependent binding of HuR and miR-19 on the rhoB mRNA upon UV exposure. Thus, inhibition of rhoB mRNA translation mediated by those factors is relieved. Furthermore, we have shown that this regulation contributes to the anti-apoptotic function of RhoB. This work suggests that the regulation of translation by microRNAs and mRNA binding proteins may be determinant in several cellular processes including the response to stress

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Argüelles, Camilla. "Étude du rôle de la protéine de liaison aux ARN messagers Smaug dans la voie Hedgehog chez la drosophile." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCC053.

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Abstract:

Les protéines signal Hedgehog (HH) sont des acteurs majeurs du développement animal et de la carcinogenèse. Leur transduction requiert la protéine à 7 domaines transmembranaires Smoothened (SMO) dont l’activité est régulée par Patched (PTC), un récepteur et antagoniste d’HH. PTC et HH régulent le trafic, la phosphorylation et l’accumulation de SMO mais de nombreux aspects de sa régulation restent incompris. Au cours de ma thèse, j’ai travaillé sur Smaug, un nouveau partenaire de SMO chez la drosophile identifié au laboratoire dans un crible double-hybride. Smaug est connue pour lier et réprimer de nombreux ARNm au cours de l’embryogenèse chez la mouche. Durant ma thèse j’ai étudié comment Smaug agit sur SMO et la voie HH et aussi comment elle est régulée par HH. J’ai montré que Smaug était un régulateur positif de la voie HH et ce très probablement via sa capacité à fixer des ARNm. J’ai également montré que SMO et Smaug colocalisaient dans des foci cytoplasmiques en absence de signal et que Smaug était relocalisée à la membrane plasmique avec SMO en réponse à HH. Enfin j’ai mis en évidence un effet de SMO et d’HH sur la phosphorylation de Smaug suggérant une potentielle régulation en retour sur l’activité de Smaug. Ce travail m’a permis de proposer à la fois un nouveau rôle de la protéine de liaison aux ARN Smaug dans un processus de signalisation cellulaire ainsi que l’implication jusqu’ici insoupçonnée, d’une possible régulation post-transcriptionnelle d’ARNm dans la voie HH
Hedgehog Proteins (HH) are major players of animal development and carcinogenesis. Their transduction requires the 7 transmembrane protein Smoothened (SMO) whose activity is regulated by Patched (PTC), the HH receptor and antagonist. PTC and HH regulates SMO trafficking, phosphorylation and accumulation but numerous aspects of these regulations remain poorly understood. During my thesis, I focused on Smaug, a new partner of SMO in drosophila which was identified in the laboratory in a yeast two-hybrid screen. Smaug is known to bind and repress numerous mRNA during embryonic development in fly. I analyzed how it acts on SMO and HH signaling and also how is it regulated by HH. I have shown that Smaug is a positive regulator of the HH pathway and that it probably acts via its capacity to bind mRNA. I have also demonstrated that SMO and Smaug colocalise in cytoplasmic foci in absence of signal and that SMO is sufficient to localized Smaug to the plasma membrane in response to HH. Finally, I highlighted an effect of SMO and HH on the phosphorylation of Smaug suggesting the existence of a regulatory loop

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Leriche, Mélissa. "Mise en évidence d’une interaction entre la protéine 53BP1 et les fragments d’Okazaki." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASS065.

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Abstract:

Le maintien de l’intégrité du génome est un processus crucial à la vie cellulaire. Ce n’est que récemment que les protéines de liaison à l’ARN (« RNA-binding protein » ou RBP) ont été montré être impliquées dans ce processus. En présence d’ADN endommagé, les RBP régulent l’expression des gènes de réponse aux dommages de l’ADN et contrôlent le destin cellulaire. Elles jouent également un rôle plus direct dans la prévention et la réparation des dommages de l’ADN. De plus, des ARN sont présents aux sites de dommages de l’ADN et participent au maintien de l’intégrité du génome. Ainsi, le laboratoire recherche des acteurs protéiques capables de lier directement l’ARN au sein des protéines médiatrices de la réponse aux dommages de l’ADN. Un des candidats est la protéine 53BP1 (p53 binding protein 1) qui contient un domaine de liaison à l’ARN nommé domaine GAR (« Glycine-Arginine Rich »). 53BP1 est un acteur central de la signalisation des cassures double-brin de l’ADN et de la régulation de leur réparation par le processus de jonction d’extrémités non homologues pendant la phase G1 du cycle cellulaire. Le recrutement de 53BP1 aux sites de dommages de l'ADN dépend à la fois d'interactions directes entre 53BP1 et des marques d’histones, mais aussi d’une composante ARN.L’objectif était d’étudier l’interaction entre 53BP1 et l’ARN.Grâce aux méthodes de CLIP (« CrossLinking and ImmunoPrecipitation ») et de 2C (« Complex Capture »), nous avons montré que 53BP1 possède une activité de liaison directe à l'ARN, via son domaine GAR. Nous avons identifié l’acide nucléique interagissant avec 53BP1 comme étant une chimère ARN-ADN constituée d’une partie d’environ 10 ribonucléotides, suivie d’environ 100 désoxyribonucléotides. Ce type de molécule est très similaire à celle des fragments d’Okazaki qui sont impliqués dans l’initiation de la synthèse du brin retardé de la fourche de réplication. Par la méthode de SIRF (« In Situ Protein Interaction with Nascent DNA Replication Forks »), nous avons montré que 53BP1 est présent au niveau de l’ADN naissant, dans un contexte de réplication normal. De plus, la déplétion de la sous-unité catalytique de la primase (PRIM1) qui synthétise l’amorce ARN des fragments d’Okazaki, conduit à la diminution de la présence de 53BP1 à proximité d’ADN naissant. La déplétion de PRIM1 affecte également l’interaction de 53BP1 avec la chimère ARN-ADN in vivo. Ces résultats indiquent que 53BP1 est présent à la fourche de réplication via une interaction directe avec les fragments d’Okazaki. Enfin, sous stress réplicatif induit par l’hydroxyurée, la présence de 53BP1 au niveau de l’ADN naissant est fortement augmentée, indiquant que 53BP1 s’accumule aux fourches de réplication bloquées. L'ensemble de ces résultats montre que 53BP1 est une protéine de liaison aux ARN qui interagit directement avec les fragments d’Okazaki
Maintenance of genome integrity is essential for cell survival. It is only recently that RNA-binding proteins (RBPs) have been shown as fundamental actors in this process. In the presence of DNA damage, RBPs regulate the expression of DNA damage response (DDR) related genes and control cell fate. RBPs also have a more direct role in preventing and repairing DNA damage. Moreover, some RNAs are present at sites of DNA damage and, thus, participate in the maintenance of genome integrity. The laboratory is interested in proteins that are both able to directly bind RNA and involved in DDR. One candidate is the 53BP1 protein (p53 binding protein 1) that contains an RNA-binding domain called GAR domain (Glycin-Arginin Rich). 53BP1 is a key protein mediating the signalling of DNA double-strand breaks and channels DNA repair to the non-homologous end-joining pathway during the G1 phase of the cell cycle. The recruitment of 53BP1 to sites of DNA damage depends on both histones marks and an RNA component.The objective was to study the interaction between 53BP1 and RNA.By using CLIP (CrossLinking and Immunoprecipitation) and 2C (Complex Capture) technologies, we showed that 53BP1 presents a direct RNA-binding activity within its GAR domain. We identified the nucleic acid interacting with 53BP1 as being an RNA-DNA chimera composed of about 10 ribonucleotides, followed by about 100 dexoribonucleotides. This type of entity is highly similar to that of Okazaki fragments, that are involved in the initiation of lagging strand synthesis at replication forks. By using the SIRF method (In Situ Protein Interaction with Nascent DNA Replication Forks), we showed that 53BP1 is localized at sites of newly synthetized DNA, under normal conditions of replication. Furthermore, depletion of the catalytic sub-unit of the primase (PRIM1), that catalyzes the synthesis of the RNA primer of Okazaki fragments, results in a decrease in 53BP1 at sites of newly synthetized DNA. PRIM1 depletion also decreases the interaction between 53BP1 and RNA-DNA chimera in vivo. These results indicate that 53BP1 is localized at the replication fork through a direct interaction with Okazaki fragments. Likewise, under replicative stress induced by hydroxyurea, the presence of 53BP1 at the newly synthetized DNA is increased, indicating that 53BP1 accumulates at stalled replication forks. Altogether, these results show that 53BP1 is an RNA-binding protein that directly interacts with Okazaki fragments

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Veyrier-Cammas, Anne. "Rôle et mode d'action du régulateur traductionnel hnRNP A1 dans les cellules tumorales mammaires." Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/335/.

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Abstract:

Les protéines de liaison aux ARNms ou mRBPs participent à la régulation, à la coordination et au couplage des étapes post-transcriptionnelles de l'expression des gènes. Des modifications de la régulation de leur expression et de leur activité dans les cancers pourraient contribuer au développement tumoral. Nos travaux se sont accès sur l'étude d'une mRBP régulatrice de la traduction, hnRNP A1, dans les cellules tumorales mammaires. Nous avons montré que l'activité traductionnelle de hnRNPA1 pouvait être régulée par sa relocalisation cytoplasmique dans certaines conditions de stress. Nous avons observé qu'une localisation cytoplasmique de hnRNPA1 était associée à des rechutes métastatiques et à un mauvais pronostic dans des tumeurs du sein, et précisé l'effet de cette relocalisation cytoplasmique sur la tumorigenèse. Cette étude suggère que la régulation de la traduction par relocalisation subcellulaire d'une mRBP puisse être déterminante dans les cancers
MRNA binding proteins or mRBPs are involved in the regulation, the coordination and the coupling of post-transcriptional gene expression. Modifications in the regulation of their expression and/or activity in cancer contribute to the tumoral development. Our work focused on the study of the translational regulator, hnRNP A1,. We have shown that the translational activity of hnRNP A1 is regulated by its cytoplasmic relocalization upon different stress conditions. We have also observed that a cytoplasmic localization of hnRNP A1 is associated with metastatic relapse and bad prognosis in breast tumors, and we have initiated a study of the effects of this cytoplasmic relocalization on tumorigenesis. This work suggests that regulation of translation by subcellular relocalization of an mRBP may be determinant in cancer

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Lacroix-Triki, Magali. "Dérégulation de l'épissage des pré-ARNm dans la progression métastatique des cancers du sein." Thesis, Toulouse 3, 2015. http://www.theses.fr/2015TOU30271.

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Abstract:

Le contrôle post-transcriptionnel de l'expression des gènes représente un vaste ensemble de processus biologiques autour de la machinerie des ARNm, jouant un rôle majeur dans la création de la diversité du répertoire protéique. La dérégulation de ces processus, générant un phénotype altéré, pourrait contribuer à la progression tumorale dans les cancers du sein. Nos travaux se sont axés sur l'étude de l'épissage alternatif des pré-ARNm et la dérégulation de la machinerie de l'épissage dans la progression métastatique des cancers du sein. Dans un modèle murin de carcinome mammaire, nous avons identifié des variants d'épissage spécifiquement associés au potentiel métastatique. Dans une large cohorte de patientes, nous avons montré que l'expression de certains de ces variants dans des tumeurs est associée à un pronostic défavorable. Enfin, nous avons caractérisé le profil d'expression des protéines régulatrices de l'épissage dans plusieurs séries de cancer du sein. Cette étude offre de nouvelles connaissances et perspectives pour le développement de biomarqueurs de la progression tumorale
Alternative RNA processing is a mechanism that plays a critical role for creation of protein diversity through selective inclusion or exclusion of RNA sequences during post-transcriptional control of gene expression. We hypothesized that alteration in this process might contribute greatly to tumour development and progression in breast cancer. The aim of our study was to identify and characterize defects in alternative splicing during breast tumour progression. In a murine model, we could identify specific mRNA splicing variants associated with metastatic development. In a large cohort of breast cancer patients, expression of a subset of these variants was correlated to poor prognosis. Finally, we characterised the expression profile of a large panel of proteins of the splicing machinery in breast cancer. Our study provides new insights in the understanding of mechanisms leading to tumour progression and perspectives for the development of new biomarkers and therapies

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David, Géraldine. "Rôle de la protéine CELF1 dans la régulation post- transcriptionnelle de l'expression des gènes." Thesis, Rennes 1, 2015. http://www.theses.fr/2015REN1S094.

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Abstract:

Dans les cellules eucaryotes, l'expression des gènes est régulée à de multiples étapes. Les régulations post-transcriptionnelles regroupent l'ensemble des contrôles qui s'exercent sur un ARN, en particulier sa maturation nucléaire, sa stabilité et son contrôle traductionnel. Les protéines de liaison aux ARN sont des acteurs majeurs de ces régulations post-transcriptionnelles. Les protéines CELF1 et ELAVL1, abondantes et quasiment ubiquitaires, participent à ces différents niveaux de régulation et sont susceptibles de modifier le devenir des transcrits. Au cours de ces travaux, nous avons étudié l'impact de CELF1 sur l'abondance et la maturation des ARN par des approches transcriptomiques. Nous avons classé les transcrits en fonction de leurs réponses aux différentes inactivations. L'ensemble de ces données montre que i) CELF1 et ELAVL1 ont des rôles bivalents, leur déplétion étant associée à une répression ou une activation de certains gènes ; ii) dans des cellules HeLa, les effets des différentes déplétions sont majoritairement des effets indirects ; iii) CELF1 et ELAVL1 ont très majoritairement le même effet sur l'abondance des ARNm qu'elles contrôlent directement ; iv) CELF1 et ELAVL1 ont le plus souvent des effets coopératifs ou redondants sur l'abondance des transcrits liés. L'effet combinatoire de CELF1 et ELAVL1 dépend de l'ARNm considéré, révélant une complexité des régulations post-transcriptionnelles critiques pour le devenir d'une cellule
In eukaryotic cells, after transcription gene expression is controlled at multiple steps. These qualitative and quantitative post-transcriptional regulations are specified by RNA binding proteins (RBP). By combining transcriptomic analysis and binding site information for CELF1, we showed that CELF1 regulates both nuclear and cytoplasmic steps of gene expression. CELF1 directly controls the stability of cyclin D1 mRNA and the splicing of several RNA including KLC1 (light chain kinesin 1). Because mRNAs are in complexes consisting of multiple RBP we studied whether CELF1 and ELAVL1 would interact and control the abundance of their bound mRNAs. This analysis unravel a surprising redundancy or cooperativity of CELF1 and ELAVL1. The combinatorial effects of CELF1 and ELAVL1 were highly dependent on the considered RNA. Interestingly, we showed that both proteins cooperate and interact physically

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Torossian, Avédis. "Contrôle de l'expression de Bcl-2 dans les lymphomes anaplasiques à grandes cellules par la protéine HuR en réponse au crizotinib : impact sur l'apoptose et l'autophagie." Thesis, Toulouse 3, 2017. http://www.theses.fr/2017TOU30190/document.

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Abstract:

Les lymphomes anaplasiques à grandes cellules (LAGC) sont des lymphomes non-hodgkiniens dits de type T ou nul, représentant la majorité des lymphomes T pédiatriques (20 à 30%). Dans plus de 80% des cas, une translocation chromosomique réciproque aboutissant à l'expression anormale de protéines chimères de type X-ALK qui arborent constitutivement et de manière anormale l'activité tyrosine-kinase ALK (Anaplastic Lymphoma Kinase) est le moteur de la tumorigenèse (LAGC dits "ALK+ "). L'une des particularités de ces lymphomes, mise en évidence par mon équipe, est le fait que B-Cell Lymphoma-2 (BCL-2) demeure indétectable dans les cas ALK+ contrairement aux cas ALK-. Ce point est d'autant plus surprenant que BCL-2, oncogène largement établi comme prototype de protéines anti-apoptotiques ainsi que régulateur clé de l'autophagie, est fortement surexprimé dans la majorité des lymphomes. A l'inverse, Human Antigen R (HuR) est surexprimée dans les LAGC (comme dans la plupart des cancers). Il a été démontré que cette protéine de liaison aux ARN participait au maintien du phénotype tumoral, et que sa localisation subcellulaire et ses fonctions dépendaient étroitement de son statut de phosphorylation, lequel est régulé par ALK dans les LAGC ALK+. Au niveau du cytoplasme, HuR permet de stabiliser et d'augmenter la traduction d'ARNm possédant, dans leur région 3'-UTR, des séquences riches en adénine et uridine (AU-rich elements, "ARE"). De manière plus générale, HuR a la capacité de dialoguer avec les microARNs (miARN), soit en empêchant leur action par compétition, soit à l'inverse en coopérant avec ces derniers et en promouvant ainsi leur fonction de régulateur négatif sur certains transcrits cibles communs. Le transcrit Bcl-2, dont l'expression est réprimée dans les LAGC ALK+, fait partie des cibles potentielles de HuR. Au cours de ma thèse, j'ai ainsi cherché à comprendre les mécanismes moléculaires mis en jeu dans la répression de l'expression de Bcl-2, en me focalisant sur le rôle de HuR et de miARN "partenaires" dans ce processus. Mes données semblent indiquer que ce mécanisme implique le recrutement par HuR du miR-34a sur l'ARNm Bcl-2, conduisant à la mise en silence de ce dernier. A l'inverse, quand l'activité tyrosine- kinase de ALK est inhibée, l'interaction entre HuR et le transcrit Bcl-2 diminue, ce qui limite le recrutement de miR-34a et conduit à une restauration de l'expression de cette oncogène majeur dans les cellules lymphomateuses. Dans le contexte des essais cliniques d'inhibiteurs ciblant l'activité tyrosine kinase de ALK tels que le Crizotinib, la question de cette ré-expression de BCL-2 éclaire d'une lumière nouvelle certains échecs thérapeutiques subis par cette molécule pourtant prometteuse. Je me suis donc également consacré, pendant ma thèse, à l'étude des conséquences de cette ré-expression de BCL-2 sur les LAGC ALK+ traités par le Crizotinib. Les résultats que j'ai obtenus in vitro et in vivo montrent que contrecarrer, par interférence à l'ARN, l'élévation du taux de BCL-2 consécutive au traitement par le Crizotinib, permet de potentialiser les effets de la drogue : cela se traduit en particulier par une potentialisation de la mort par apoptose induite par le traitement mais aussi, de manière fascinante, par une conversion de la réponse autophagique initialement cytoprotectrice et pro-tumorale en une autophagie incontrôlée et délétère, qui participe alors à l'effet thérapeutique accru de la drogue. De manière globale, ce travail permet d'envisager de nouvelles combinaisons et alternatives thérapeutiques pour les patients souffrants de LAGC ALK+, et illustre la complexité des régulations croisées entre processus apoptotiques et autophagiques
Anaplastic large cell lymphoma (ALCL) are T/-null non-hodgkin lymphoma representing most of childhood T-cell lymphoma (up to 30%). More than 80% of cases bear reciprocal chromosomic translocation responsible for abnormal expression and constitutive activation of X-ALK type (Anaplastic Lymphoma Kinase) chimeric proteins (ALK+ ALCL). A striking characteristic of this lymphoma is that B-Cell Lymphoma-2 (BCL-2) remains undetectable in ALK+ cases compared to ALK- cases. This is all the more surprising as the BCL-2 oncogene, which is firmly established as a prototypic anti-apoptotic factor as well as a key autophagy regulator, has been shown to be overexpressed in a majority of lymphomas. On the other hand, the RNA-binding protein HuR (Human Antigen R) is overexpressed in ALCL (as in most cancers). It has been demonstrated that this protein was involved in the sustainability of the tumoral phenotype, and that its subcellular localization and functions were closely related to its phosphorylation status, which in turn heavily depends on ALK activity in ALK+ ALCL. In the cytoplasm, HuR has the ability to bind adenine and uridine-rich elements (ARE) located on the 3'-UTR of target mRNAs, and both protect them from degradation and increase their translation. From a general point of view, HuR is able to establish an interplay with microRNAs (miRNAs), either blocking them through competition, or actually cooperating with them and thus promote their function of negative regulators of gene expression on common target transcripts. The BCL-2 transcript, which expression seems to be silenced in ALK-expressing ALCL, has been described as a potential target of HuR. During my PhD work, I dedicated myself to understand the molecular mechanism at work in the silencing of BCL-2 expression with a focus on HuR and collaborating miRNA. The data I obtained point at a cooperation between HuR and miR-34a leading to the silencing of the BCL-2 transcript. However, when the ALK tyrosine kinase activity is inhibited, it appears the interaction between the BCL-2 mRNA diminishes, which limitates the miR-34a 's access to this transcript and ultimately results in a re-expression of the BCL-2 oncogene in these lymphoma cells. In the current context of clinical trials for ALK-targeting inhibitors, such as the Crizotinib, this BCL-2 re-expression observed upon ALK inhibition shed light on potential reasons behind some therapeutic failures that have recently been reported. Indeed, during my PhD work, I also studied the consequences of the BCL-2 re-expression observed in Crizotinib-treated cells. The data I obtained in vitro and in vivo show that, by blocking this re-expression using RNA interference, the Crizotinib anti-tumoral efficiency can be greatly potentiated. This potentiation took the form of an increase of apoptotic cell death induction and, interestingly, also affected the autophagic response triggered by the drug, making it switch from a cytoprotective- type, protumoral autophagic flux to an enhanced, deletary-type and tumor suppressive flux, adding to the therapeutic effect of the drug. This work in general provides insights for new therapeutic combinations that could potentially benefit to ALK+ ALCL patients, and illustrates the complex cross-regulations between apoptotic and autophagic pathway

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Masson, Aymeric. "Approches multi-omiques des anomalies transcriptionnelles dans les maladies rares du développement." Electronic Thesis or Diss., Bourgogne Franche-Comté, 2024. http://www.theses.fr/2024UBFCI006.

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Abstract:

L’expression des gènes passe par le processus de transcription dans le noyau des cellules eucaryotes qui produit les ARNs, intermédiaires indispensables pour former des protéines. La synthèse et le devenir des ARNs sont soumis à un contrôle complexe assuré par de nombreux acteurs incluant entre autres les séquences d'ADN non codantes régulatrices qui assurent une régulation spatio-temporelle fine de l’expression génique et les ribonucléoprotéines hétérogènes nucléaires (hnRNP) capables de lier les molécules d’ARN et de réguler leur maturation, leur stabilité et leur localisation.L'approche standard actuelle pour l'exploration moléculaire des patients atteints d'anomalies du développement (AD) et/ou de déficience intellectuelle (DI), déploie la combinaison de l’analyse chromosomique par puces à ADN, le test de l’X fragile, le séquençage d'exome, et plus récemment le séquençage du génome pour établir un diagnostic moléculaire. L’ensemble de ces approches comporte un rendement diagnostique inférieur à 50% pour les AD/DI. Cependant, les analyses peuvent parfois mettre en évidence la présence de variations de signification incertaine dans des gènes candidats, non encore impliqués en pathologie humaine. Des tests fonctionnels sont alors nécessaires afin d’établir une correcte corrélation génotype-phénotype. De cette manière, des variations pathogènes ont été identifiées au sein de deux gènes candidats codant des hnRNPs intervenant dans le métabolisme des ARNs : PTBP1 et PTBP2. Le but de cette première étude est de décrire le mécanisme cellulaire physiopathologique lié aux défauts transcriptionnels à l'origine de l’atteinte neurodéveloppementale syndromique (pour PTBP1) ou non syndromique (pour PTBP2) par des approches moléculaires fonctionnelles in vitro et in vivo dont le séquençage d'ARNs immunoprécipités (RIP-seq) dans une cohorte d’individus atteints.Dans certains cas, l’analyse génomique met en évidence la présence de variations de structure complexes, pouvant interrompre la séquence d’un gène sensible au dosage, modifier l’activité d’un enhancer ou encore exercer des effets de position sur l'expression génique en altérant les interactions enhancer/gène(s) cible(s). Ces communications moléculaires sont facilitées au sein de domaines d'association topologique (TADs) qui jouent un rôle important dans la régulation transcriptionnelle de manière tissu-spécifique. Par conséquent, toute variation de structure susceptible de réorganiser les TADs (fusion, mélange entre deux TADs ou même création) peut entraîner une altération de l’expression génique. Dans ce contexte, l'objectif du second travail de recherche est de caractériser, au moyen de la capture de conformation de chromosomes à haut débit (Hi-C), les remaniements complexes des patients capables de modifier la structure des TADs. Combinée avec d’autres techniques omiques comme le séquençage longs fragments, les études transcriptomiques ou encore épigénomiques, cette approche permet d'étudier les mécanismes moléculaires sous-jacents sur différents modèles cellulaires dérivés des individus affectés.Ces travaux de recherche mettent en évidence l'impact physiopathologique des variations génétiques ponctuelles et de structure sur les mécanismes de régulation transcriptionnelle et post-transcriptionnelle des gènes cibles et ouvrent la voie à de nouvelles hypothèses biologiques dans le cadre de la recherche translationnelle en pathologie humaine
Gene expression occurs through the transcription process in the nucleus of eukaryotic cells, which produces RNAs, essential intermediates for protein formation. RNA synthesis and fate are controlled by a complex network of factors, among which are regulatory non-coding DNA sequences that ensure precise spatio-temporal regulation of gene expression and heterogeneous nuclear ribonucleoproteins (hnRNP), able to bind RNA molecules and contributing to their maturation, stability, and localization.The current standard approach for molecular exploration of patients with developmental disorders (DD) and/or intellectual disabilities (ID) uses a combination of chromosomal analysis using DNA microarrays, fragile X testing, exome sequencing, and more recently, genome sequencing to establish a molecular diagnosis. These approaches yield a diagnostic yield of less than 50% for DD/ID. However, the analyses sometimes reveal the presence of variations of uncertain significance in candidate genes not yet implicated in human pathology. Functional tests are then necessary to establish a correct genotype-phenotype correlation. In this way, pathogenic variations have been identified in two candidate genes encoding hnRNPs involved in RNA metabolism: PTBP1 and PTBP2. The aim of this first study is to describe the cellular pathophysiological mechanism related to transcriptional defects causing syndromic (for PTBP1) or non-syndromic (for PTBP2) neurodevelopmental impairment using in vitro and in vivo functional molecular approaches including RNA immunoprecipitation sequencing (RIP-seq) in a cohort of affected individuals.In some cases, genomic analysis identifiy complex structural variations that can disrupt the sequence of a dosage-sensitive gene, alter the activity of an enhancer, or exert position effects on gene expression by altering enhancer/target gene interactions. These molecular communications are facilitated within topological associating domains (TADs), which play an important role in tissue-specific transcriptional regulation. Consequently, any structural variation that reorganizes TADs (fusion, shuffling or even new TAD) can lead to an alteration in gene expression. In this context, the goal of this second research project is to characterize, through high-throughput chromosome conformation capture (Hi-C), the complex rearrangements in patients reorganizing the structure of TADs. Combined with other omic techniques such as long fragment sequencing, transcriptomic or epigenomic analysis, this approach allows the study of the underlying molecular mechanisms on different cellular models derived from affected individuals.These research efforts highlight the physiopathological impact of punctual and structural genetic variations on the transcriptional and post-transcriptional regulatory mechanisms of target genes and pave the way for new biological hypotheses in the context of translational research in human pathology

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Boulanger, Gaëlla. "Rôles de la protéine de liaison aux ARN, CELF1, dans les fonctions testiculaires." Rennes 1, 2012. http://www.theses.fr/2012REN1S057.

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Abstract:

La CELF1 est une protéine de liaison aux ARNm ubiquitaire et multifonctionnelle, intervenant dans les régulations post-transcriptionnelles de l'expression génétique. Les souris mâles dont le gène Celf1 a été invalidé (Celf1⁻/⁻) présentent une hypofertilité associée à des défauts de la spermiogenèse, l'élongation des cellules post-méiotiques. Nous montrons ici que ces défauts apparaissent dès la première vague de la spermatogenèse chez l'animal prépubère, et sont associés à un retard du développement des souris Celf1⁻/⁻. Chez l'adulte, les mâles présentent une chute de la testostéronémie. L'élongation des spermatides rondes étant fortement dépendante de la testostérone, nous avons supposé que les défauts de spermiogenèse étaient dus à cette hypotestostéronémie. Nous avons pu valider cette hypothèse par une supplémentation en testostérone des souris Celf1⁻/⁻. Nous avons montré que l'hypotestostéronémie des souris (Celf1⁻/⁻) est associée à une surexpression du gène Cyp19al, codant pour l'aromatase, un enzyme qui convertit les androgènes en oestrogènes. Or la CELF1 interagit in vitro avec l'ARNm chez la souris sauvage. Ces données indiquent que la CELF1 réprime l'expression de l'aromatase en déstabilisant son ARNm chez la souris sauvage, et que l'hypotestostéronémie observée chez les souris Celf1⁻/⁻ est due au moins en partie à une perte de cette répression. L'aromatase étant fortement exprimée dans les cellules de Leydig, nous avons supposé que cette dérégulation a lieu principalement dans ces cellules. Nous avons donc réalisé une inactivation conditionnelle de Celf1 dans les cellules de Leydig pour le confirmer
CELF1 is an ubiquitous and multifunctional RNA-binding protein, involved in the epost-transcriptional regulations of the genetic expression. Male mice that are inactivated for the Celf1 gene (Celf1⁻/⁻) display a hypofertility associated with defects of the spermiogenesis, the elongation of post-meiotic cells. We show here that these defects appear from the first wave of the spermatogenesis in the prepubescent animal, and are associated to a delay of the development of Celf1⁻/⁻ mice. At the adult, males present a decreased testosterone level. The elongation of the round spermatid being strongly dependent on the testosterone, we supposed that the defects of spermiogenesis are due to this hypotestosteronemia. We validated this hypothesis by a supplementation in testosterone of Celf1⁻/⁻ mice. We showed that the decreased testosterone level of Celf1⁻/⁻ mice is associated with an overexpression of the Cyp19al gene, encoding for the aromatase, an enzyme that converted androgens into estrogens. CELF1 interacts in vivo with the Cypl19al mRNA. These data indicate that CELF1 represses the expression of the aromatase by destabilizing its mRNA to the wild-type mice, and that the hypotestosteronemia in Celf1⁻/⁻ mice is due at least in part to a loss of this repression. The aromatase being strongly expressed in the Leydig cells, we supposed that this deregulation takes place mainly in these cells. We thus generated a conditional inactivation of Celf1⁻/⁻ in the Leydig cells to confirm it

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Lecomte, Marc A. "Etude de la liaison covalente d'eicosanoides aux protéines des plaquettes." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1992. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/212939.

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Cibois, Marie. "Étude du rôle de la protéine de liaison aux ARN CUGBP1 dans le développement des vertébrés." Rennes 1, 2009. http://www.theses.fr/2009REN1S081.

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Abstract:

Les régulations post-transcriptionnelles sont indispensables au contrôle de l’expression génique. Les protéines de liaison aux ARNm font parties des acteurs des ces régulations. Au laboratoire, nous nous intéressons à la protéine CUGBP1, connue pour son rôle dans la régulation de la stabilité des ARNm et de l'épissage alternatif. L'inactivation du gène /Cugbp1/ chez la souris a montré son implication dans la spermatogenèse. Chez les souris /Cugbp1/-/- la spermatogenèse s'arrête, et les souris sont stériles. Nous avons pu montré que ces souris produisent moins de testostérone que les souris sauvages. Nous ne connaissons pas les causes moléculaires de cette chute qui pourrait expliquer cette stérilité. Chez l'amphibien xénope, une inhibition de la CUGBP1 provoque des défauts de segmentation somitique. Ce processus repose sur l'oscillation de l'expression de certains gènes, "l'horloge", et sur des gradients de signalisation permettant la définition d'un front de détermination au-delà duquel les oscillations s'arrêtent et les frontières se forment. Nous avons élaboré un outil permettant d'inhiber spécifiquement l'interaction de la CUGBP1 avec l'ARNm de Su(H), indispensable à la signalisation Notch. Cette inhibition conduit à une surexpression de Su(H) et à une absence de segmentation, la répression de l'ARNm Su(H) par la CUGBP1 est donc nécessaire à la segmentation somitique. Dans un second temps, nous avons étudié les conséquences de la "dé-répression" de Su(H). Impliquée jusqu'alors dans les oscillation de gènes nous avons montré que la voie Notch est également responsable du "couplage" des voies FGF et acide rétinoïque qui permet le bon positionnement du front. Ce rôle pourrait être conservé chez tous les vertébrés
Post-transcriptional controls of gene expression play key roles in cell life. These controls require RNA-binding proteins such as CUG-BP1 which is involved in the regulation of alternative splicing and mRNA stability. To elucidate the role of CUG-BP1 in mammalian development, mice inactivated for this/ /gene were obtained by homologous recombination. Most /Cugbp1/^-/- males exhibited impaired fertility due to a partial to total arrest of spermatogenesis. We have shown that testosterone production was strongly reduced in these males. The molecular causes for this decrease are unknown but it could explain the male sterility. In /Xenopus leavis/, inhibiting CUGBP1 function led to severe defects in somitic segmentation. Somitic segmentation relies on the oscillating expression of a subset of genes, “the clock”, and on gradients of signalling proteins that finely position the determination front. We have designed a new tool, an antisense oligonucleotide that masks the binding site of the RNA-BP CUGBP1 on Su(H), a CUG-BP1 mRNA target that encodes a key component of the Notch signalling. This masking derepressed Su(H) mRNA and lead to Su(H) overexpression and a concomitant loss of somatic segmentation, probably due to a deregulation of Notch signalling already known to be involved in gene expression oscillations. Here we show that Notch signalling controls the crosstalk between the RA and FGF pathways, allowing the correct positioning of the front. This new role of Notch signalling in somitic segmentation could be conserved among vertebrates

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Labat, Laurence. "Relations structure-activité des dérivés arylpropioniques antiinflammatoires non stéroi͏̈diens appliquées à leur liaison aux protéines plasmatiques et à leur liaison aux tissus." Bordeaux 2, 1997. http://www.theses.fr/1997BOR2B005.

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Lacombe, Thierry. "Origine de l'ubiquitine et déubiquitination : rôle du précurseur Ubi3p, liaison du zinc aux UBP." Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20068.

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Pattano, Nathalie. "Liaison des médicaments aux protéines plasmatiques : application à la toloxatone (Humoryl ®)." Paris 5, 1990. http://www.theses.fr/1990PA05P224.

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Lobbardi, Riadh. "Rôle de Quaking, protéine de liaison aux ARNm, dans le développement précoce des fibres musculaires lentes et rapides chez le poisson zèbre." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066279.

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Abstract:

Chez les Vertébrés, se déplacer nécessite l’intervention de structures comme les motoneurones (MN), les muscles ainsi que les jonctions neuromusculaires. Pendant ma thèse, j’ai identifié un mutant de motilité présentant des défauts de MN et de fibres musculaires lentes et rapides. Le clonage positionnel a mis en évidence le gène qkA, orthologue du gène quaking chez la souris, codant une protéine de liaison aux ARNm. QkA est exprimé dans les fibres lentes et rapides. Des greffes ont montré le rôle cellulaire-non autonome de ce gène dans la formation des fibres rapides suggérant que qkA est nécessaire dans les fibres lentes. Des études ont montré le rôle des fibres lentes dans l’élongation des fibres rapides et dans le guidage axonal des MN. Ensemble, ces données suggèrent que qkA est requis dans les fibres lentes qui agiront de manière permissive sur le développement des fibres rapides et sur les MN montrant ainsi une nouvelle fonction de ce gène dans la myogenèse chez les Vertébrés.

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Galvez, Thierry. "Oligomérisation et activation des récepteurs couplés aux protéines G : ce que révèle l'étude du récepteur GABAb." Montpellier 2, 2001. http://www.theses.fr/2001MON20068.

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Toinon, Justine. "A Legionella pneumophila type IV-secreted effector suppresses human Argonaute activities and promotes pathogenicity in macrophages." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2021. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2021SORUS485.pdf.

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Abstract:

L'ARN interférence (ARNi) est un mécanisme ancestral de régulation génique dirigé par des petits ARN non codants, incluant les microARN (miARN). Les miARN sont présents chez un grand nombre d'organismes eucaryotes et ont été caractérisés dans divers processus biologiques. Au cours de la dernière décennie, les miARN des plantes et des mammifères sont apparus comme des régulateurs majeurs des interactions hôtes-bactéries pathogènes. En effet, ils contrôlent de multiples étapes des infections bactériennes. De manière intéressante, le phytopathogène Pseudomonas syringae sécrète des protéines effectrices de type III qui suppriment différentes étapes de la voie des miARN chez les plantes pour promouvoir la maladie. Cependant, nous ignorons encore si les bactéries pathogènes des mammifères auraient pu développer des stratégies analogues. Nous montrons ici que la protéine effectrice de type IV LegK1 produite par Legionella pneumophila supprime les activités des miARN en cellules humaines. Ceci nécessite à la fois son activité sérine/thréonine kinase ainsi qu’une plateforme de liaison aux Argonautes (Ago). Nous avons découvert que LegK1 n’interagissait pas seulement avec les protéines Ago1, Ago2 et Ago4 humaines, mais aussi avec d’autres composants du « miRNA-Induced Silencing Complex (miRISC) ». De plus, LegK1 favorise la croissance de L. pneumophila à la fois chez son hôte naturel, l’amibe et en macrophages humains. Enfin, nous démontrons que Ago4 humain est une cible génétique majeure de LegK1. Ces résultats démontrent qu'une bactérie pathogène de l'homme peut supprimer directement l'ARNi et promouvoir ainsi la pathogénie bactérienne
RNA interference (RNAi) is an ancestral gene silencing mechanism orchestrated by short non-coding small RNAs, including microRNAs (miRNAs). miRNAs are present in a wide range of eukaryotic organisms and have been characterized in diverse biological processes. During the past decade, plant and mammalian miRNAs have emerged as major regulators of host-bacteria interactions by controlling multiple steps of bacterial infections. As a counter-defense mechanism, type III-secreted effectors from a phytopathogenic Pseudomonas syringae strain were found to suppress different steps of the plant miRNA pathway to enable disease. However, it remains unknown whether mammalian pathogenic bacteria could have evolved similar strategies. Here, we report that the Legionella pneumophila type IV-secreted effector LegK1 efficiently suppresses miRNA activities in human cells. This phenomenon requires both its known eukaryotic-like serine/threonine kinase activity and a newly identified Argonaute (Ago)-binding platform. We found that LegK1 not only interacts with human Ago1, Ago2 and Ago4 but also with other components of the miRNA-induced silencing complex (miRISC). Furthermore, LegK1 was found to promote L. pneumophila growth in both its natural host amoeba and in human macrophages, highlighting its biological relevance in bacterial pathogenesis. Finally, we demonstrated that human Ago4 is a major genetic target of LegK1, whose targeting is required to promote growth of L. pneumophila in human macrophages. Altogether, these findings provide the first evidence that a human pathogenic bacterium can directly suppress RNAi to promote pathogenicity

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Jagou, Maryline. "Fixation protéique des antiinflammatoires non stéroi͏̈diens et lipophilie moléculaire. Application aux dérivés arylpropioniques." Bordeaux 2, 1996. http://www.theses.fr/1996BOR2M086.

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Flayhan, Ali. "Reconnaissance phage-bactérie dans le système phage T5 - E. Coli : Caractérisation biochimique et structurale du complexe FhuA-pb5 et de la protéine caudale pb9." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077164.

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Abstract:

Au cours de cette thèse, j'ai abordé la première étape de l'infection dans le système E. Coli -phage T5. Mes travaux se sont focalisés sur la caractérisation du complexe formé entre pb5, la protéine de liaison au récepteur (RBP) de T5 et son récepteur FhuA à la surface d'E. Coli. J'ai montré que le complexe est très stable et identifié le domaine «bouchon» de FhuA comme un nouveau site d'interaction de pb5. La formation du complexe n'induit pas de réarrangements des structures de pb5 et/ou de FhuA. Seuls des changements de conformation subtils lors de la formation du complexe, au niveau de structures secondaires, ont été décelés et attribués à pb5. Ces derniers seraient à l'origine de la transmission du signal au reste du phage. Des cristaux 3D (8 A) et 2D (3 A) ont été obtenus. Des études de diffusion de neutrons et de rayons X aux petits angles ont permis d'obtenir une enveloppe de pb5 seule ou dans le complexe, en accord avec la structure à basse résolution de pb5 et du complexe, obtenues par microscopie électronique. Ces modèles montrent que l'interface de liaison couvre toute la section extracellulaire de FhuA. Pb5 se lie à FhuA par l'une de ses extrémités de telle manière que son grand axe et l'axe du tonneau de FhuA soient alignés. Contrairement aux différentes RBP décrites, pb5 semble composée d'un domaine unique et est présente en une seule copie au bout distal de la fibre droite de T5. Par ailleurs, je me suis intéressé à la surexpression, purification, caractérisation et structure de pb9, une protéine localisée dans la partie conique de la queue de T5. Une première carte expérimentale est obtenue et la résolution de sa structure atomique est en cours
This thesis approached the first step of infection in the System E. Coli - phage T5. My research has focused on the characterization of the complex formed between pb5, the receptor binding protein (RBP) of T5 and its receptor FhuA, on the surface of E. Coli. I showed that the complex FhuA-pb5 is very stable and determined the "plug" domain of FhuA as a novel interaction site of pb5. Complex formation does not induce major rearrangements of pb5 and/or FhuA. Only subtle conformational changes during complex formation, at the secondary structures level, were identified and assigned to pb5. These changes would be at the origin of the signal transmission to the phage. 3D crystals (8 À) and 2D crystals (3 À) were obtained. Small-angle neutron and X-ray scattering studies yielded a model of pb5 isolated and within the complex. These models are in agreement with the low resolution structure of pb5 and the complex, obtained by electron microscopy, and show that the binding interface covers the entire extracellular section of FhuA. Pb5 binds to FhuA by one of its ends in a way that its major axis and the axis of the FhuA barrel are aligned. Unlike the various RBPs described so far, pb5 seems composed of a single domain and is present in one copy at the distal end of the T5's straight fiber. Furthermore, I worked on the overexpression, purification, characterization and the structure of pb9, a protein that was located in the conical part of the tail of T5. The first experimental electron density map is obtained and the resolution of its atomic structure is underway

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Vandamme, Julien. "Analyse protéomique des complexes associés aux membres de la famille CBX (HP1 et Polycomb) dans des cellules humaines." Thesis, Lille 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL10160/document.

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Abstract:

Dans le noyau des cellules eucaryotes, l’ADN est associé aux histones pour former la chromatine. Les extrémités terminales des histones peuvent subir un grand nombre de modifications posttraductionnelles réversibles (méthylation, acétylation, phosphorylation, ubiquitinylation…). Certaines de ces marques épigénétiques définissent des domaines chromatiniens particuliers du noyau. Les triméthylations des lysines 9 et 27 de l’histone H3 (H3K9me3 et H3K27me3) correspondent respectivement à des domaines d’hétérochromatine constitutive et d’hétérochromatine facultative. Les proteines qui possèdent un chromo-domaine sont capables de se lier à des lysines méthylées, et permettent de recruter des complexes qui ont une activité enzymatique ou mécanique sur la chromatine. Les protéines de la famille CBX (ChromoBoX) possèdent toutes un chromodomaine, elles sont subdivisées en 2 groupes: les protéines du groupe HP1 (CBX1, CBX3 et CBX5) et celles du groupe Polycomb (CBX2, CBX4, CBX6, CBX7 et CBX8) qui se fixent respectivement sur H3K9me3 et H3K27me3, respectivement. Afin de mieux comprendre comment s’organise la chromatine au niveau des régions hétérochromatiques, nous avons purifié, en condition native, les complexes associés à ces 8 protéines dans des cellules humaines en culture. Pour ce faire, nous avons opté pour la purification d’affinité en tandem (TAP). Les protéines co-éluées ont été identifiées par spectrométrie de masse. Nos résultats confirment que, d’une part les protéines du groupe Polycomb sont associées au complexe PRC1 (Polycomb Repressive Complex 1). Toutefois, ces protéines sont mutuellement exclusives au sein du complexe PRC1, indiquant qu’il existe plusieurs complexes PRC1 de composition distincte dans la cellule. D’autre part, de nouveaux partenaires associés aux protéines du groupe HP1 ont été identifiés. La mise au point et le développement de la technologie TAP sur des cellules humaines en culture nous ont permis de purifier des complexes associés à la chromatine. Cette technique demeure un outil biochimique efficace pour la purification de complexes protéiques
In the nucleus of eukaryotic cells, DNA is wrapped around histones to form chromatin. The terminal ends of histones may undergo many reversible post-translational modifications (methylation, acetylation, phosphorylation, ubiquitinylation...). Some of these epigenetic marks define specific chromatic regions in the nucleus. The tri-methylation of lysines 9 and 27 of histone H3 (H3K9me3 and H3K27me3) correspond respectively to constitutive and facultative heterochromatin. Chromo-domain containing proteins can bind to methylated lysines, and can recruit complexes having enzymatic or mechanical activity on chromatin. All the members of the CBX (ChromoBoX) family contain a chromodomain, they are divided into 2 groups: the HP1 group (CBX1, CBX3 and CBX5) and the Polycomb group (CBX2, CBX4, CBX6, CBX7 and CBX8) able to bind to H3K9me3 and H3K27me3, respectively. To better understand how the chromatin is organized in heterochromatic regions we purified, in native condition, the complexes associated with these 8 proteins from human cells in culture. To this end, we opted for the tandem affinity purification (TAP). The co-eluted proteins were identified by mass spectrometry. Our results confirm that firstly, Polycomb group proteins are involved in PRC1 complex (Polycomb Repressive Complex 1). However, these proteins are mutually exclusive in the PRC1 complex, indicating that several PRC1 of distinct compositions co-exist in the cell. On the other hand, new partners associated with HP1 group were identified. The development of the TAP technology to cultured human cells allowed us to purify complexes associated with chromatin. This technique remains an effective tool for the biochemical purification of protein complexes

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Colas, Claire. "Exploration des déterminants structuraux caractérisant les interactions des récepteurs nicotiniques et de leurs homologues avec leurs ligands par arrimage et modélisation moléculaire." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077183.

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Abstract:

Les récepteurs nicotiniques (nAChR) sont des protéines membranaires qui appartiennent à la superfamille des récepteurs Cys-loop. Chez les mammifères, ces récepteurs sont impliqués dans la transduction du signal nerveux. Il existe une grande variété de récepteurs nicotiniques qui interviennent dans différents processus cognitifs. De ce fait, ils sont impliqués dans de nombreux dysfonctionnements neuronaux et constituent une cible thérapeutique prometteuse. La conception de nouveaux ligands ciblant ces récepteurs nécessite en amont de caractériser les déterminants structuraux qui définissent l'effet agoniste ou antagoniste d'un ligand pour un récepteur. A ce jour il n'existe pas de protéines à suffisamment haute résolution permettant une étude structurale des interactions protéine-ligand. En revanche il existe des données expérimentales à haute résolution concernant deux types de protéines homologues aux récepteurs nicotiniques qui ont permis de réaliser des études structurales. D'une part, un criblage virtuel réalisé sur une protéine orpheline procaryote homologue aux récepteurs nicotiniques a permis de déceler un antagoniste de cette protéine. D'autre part, les structures de la protéine soluble Acetylcholine Binding Protein homologue des récepteurs nicotiniques ont été utilisées pour étudier les interactions protéine-ligand
For structure calculation, the main source of information from Nuclear Magnetic Resonance (NMR experiments is the Nuclear Overhauser Effects (NOEs), which provide information about the distance between some protons of the molecule studied. The ARIA software package (for "Ambiguous Restraints for Iterative Assignment") is used to analyse and interpret NMR data, to determine a set of three-dimensional structures consistent with experimental data. ARIA uses the above measures in the form of distance constraints imposed, in silico, on the molecule. To impose these distances, the software used so far the "Soft Square" potential which presents a window of tolerance around the target distance measured experimental in order to take into account the uncertainties on the experimental data. A Recent analysis has shown the NOE errors follow a log-normal distribution, suggesting the use of a new log-harmonic potential. The aim of my thesis has been to show the effectiveness of the log-harmonic potential in improving the quality of structures determined by NMR. The first part of my thesis focuses on studying the behaviour of the potential with some examples of structures well known and whose data have been manually prepared. In second part, the recalculation of 398 NMR structures has demonstrated the overall improvement of the qualit of structures calculated with the log-harmonic potential. Finally, in a third part, the study of two protein allowed identifying the properties of the log-harmonic potential for error detection in structures

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Grellier, Pascale. "Rôle des protéines de liaison des "insulin-like growth factors" (IGFBP) dans la prolifération cellulaire." Paris 11, 1999. http://www.theses.fr/1999PA11T028.

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Abstract:

Les IGF sont des facteurs de croissance impliqués dans la prolifération et la différenciation de nombreux types cellulaires. Ils interagissent avec un famille de protéines de liaison de haute affinité, les IGFBP, dont 6 espèces moléculaires sont actuellement bien caractérisées. Les IGFBP sont synthétisées de façon ubiquiste, avec un profil d'expression propre à chaque type cellulaire. Leur rôle principal est de moduler la biodisponibilité des IGF et de réguler ainsi leur activité biologique. Ce travail a pour but d'analyser les relations existant entre IGF et IGFBP et d'en étudier les conséquences sur la prolifération et la différenciation cellulaires dans différents modèles. Dans un premier temps, nous avons caractérisé l'expression des IGFBP dans différentes lignées de cellules stromales de mœlle osseuse de souris et dans les cellules mésangiales glomérulaires humaines en culture. Nous avons étudié leur régulation par différents facteurs de croissance potentiellement impliqués en pathologie tels que le TGF-, l'IGF-1 ou un agoniste de l'AMPc. Dans un deuxième temps, nous avons analysé le rôle de l'IGFBP-6 dans la prolifération de cellules dérivées de neuroblastome. Nous avons montré que l'expression d'IGFBP-6 apparaît concomitante de l'arrêt de la rolifération cellulaire. La surexpression constitutive d'IGFBP-6 par des cellules IGR-N-91, dérivées de neuroblastome humain, s'accompagne d'une diminution de la prolifération induite par les IGF-1 ou -II et du pouvoir tumorigène de ces cellules après injection chez des souns nude. Le mécanisme impliqué semble être la diminution de la biodisponibilité des IGF par la surexpression locale d'IGFBP-6. Cette hypothèse est renforcée par la présence de larges plages de cellules apoptotiques au sein de xénogreffes de très faibles volumes qui ne se sont pas développées. Par ailleurs, l'analyse des IGFBP dans le milieu conditionné par ces cellules et dans les xénogreffes montre qu'en présence d'IGFBP-6, les quantités d'IGFBP-2 sont diminuées. Ces résultats suggèrent l'existence d'un équilibre complexe entre les différentes IGFBP qui, chacune, possèdent des caractéristiques propres.

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Calvez, Philippe. "La liaison membranaire de neuroprotéines sensibles au calcium impliquées dans la phototransduction visuelle et optimisation de la méthode d'analyse de la liaison de protéines aux films monomoléculaires lipidiques." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/29335/29335.pdf.

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Crochetière, Marie-Eve. "Une protéine à domaine PHOX de liaison aux phosphoinositides impliquée dans le transport de l'hémoglobine chez le parasite de la malaria Plasmodium falciparum." Master's thesis, Université Laval, 2019. http://hdl.handle.net/20.500.11794/36374.

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Abstract:

La malaria est un des fléaux les plus dévastateurs dans les pays en voie de développement. L’absence d’un vaccin et la résistance aux agents antimalariaux disponibles démontrent le besoin urgent d’identifier de nouvelles cibles thérapeutiques. Les phosphoinositides (PIP) sont des composants essentiels des membranes cellulaires chez les eucaryotes jouant un rôle important dans la signalisation intracellulaire, la synthèse d’ADN et le trafic protéique, par exemple. Malgré leur importance chez les eucaryotes, on en connaît peu sur leurs fonctions chez le parasite de la malaria Plasmodium falciparum. Dans notre laboratoire, nous avons réalisé un criblage par inactivation génique de 36 effecteurs potentiels de la voie métabolique PIP pour identifier les gènes qui sont essentiels à la prolifération chez P. falciparum. Notre étude a montré que 72% des gènes potentiellement impliqués dans la voie métabolique des PIP ne pouvaient être inactivés et sont donc potentiellement essentiels pour la survie du parasite. L’analyse d’une souche knock-out pour la protéine PfPX, ayant un domaine de liaison aux PIP de type Phox, a démontré un ralentissement sévère de la croissance du parasite. La caractérisation de la protéine PfPX a révélé qu’elle se localisait à la membrane de la vacuole digestive, le site où le parasite digère l'hémoglobine (Hb) de l'hôte afin de subvenir à ses besoins en acides aminés. Nous avons montré que les parasites dépourvus de la protéine Phox accumulaient plus d'Hb et que celle-ci était piégée dans des vésicules à proximité de la vacuole digestive, suggérant un rôle pour cette protéine dans la fusion des vésicules d’Hb avec la membrane de la vacuole digestive. Globalement, nos résultats ont révélé que les PIP ont un rôle important dans le transport de l'Hb chez P. falciparum
Malaria is one of the most devastating curses in developing countries. The absence of a vaccine and resistance to available antimalarial agents demonstrate the urgent need to identify new therapeutic targets. Phosphoinositides (PIPs) are essential components of cell membranes in eukaryotes, playing an important role in intracellular signaling, DNA synthesis and protein trafficking, for example. Despite their importance in eukaryotes, little is known about their functions in the malaria parasite Plasmodium falciparum. In our laboratory, we screened 36 putative effectors of the PIP pathway by gene inactivation to identify the genes that are essential for proliferation in P. falciparum. Our studies showed that 72% of genes possibly involved in the PIP pathway could not be inactivated and are therefore potentially essential for parasite survival. Analysis of a knockout strain for PfPX protein, having a Phox-like PIP binding domain, demonstrated a severe slowdown in parasite growth. Characterization of the PfPX protein revealed that it was localized to the food vacuole membrane, the site where the parasite digests the hemoglobin (Hb) of the host in order to meet his needs in amino acids, and in vesicular type structures. We have shown that parasites lacking the Phox protein accumulate more Hb and that it is trapped in vesicles near the digestive vacuole, suggesting a role for this protein in the fusion of Hb vesicles with the membrane of the digestive vacuole. Overall, our results revealed that PIPs play an important role in the transport of P. falciparum Hb

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Lamy, Stéphane. "Mise au point et validation d'une méthode d'ultrafiltration pour la détermination de la liaison aux protéines plasmatiques du HMR 3647." Paris 5, 1999. http://www.theses.fr/1999PA05P215.

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Maia, Maria-Bernadete de Souza. "Etude de la liaison des médicaments aux protéines circulantes par la méthode du point d'annulation en spectrophotométrie dérivée et microdialyse." Toulouse 3, 1994. http://www.theses.fr/1994TOU30128.

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Abstract:

La premiere partie de ce travail a consiste a mettre au point une nouvelle technique de mesure de la concentration libre et liee des medicaments en adaptant la methode du point d'annulation en spectrophotometrie derivee, qui permet leur determination simultanee, sans separation physique prealable, a partir de la difference entre les spectres electroniques. Pour cela nous avons etudie la fixation de la mitoxantrone a la serum albumine (600 m), a l'alpha-1-glycoproteine (15 m) et aux proteines plasmatiques humaines. Les parametres de fixation, constante d'affinite, nombre de sites de fixation et pourcentage de fixation ont ete calcules dans ces differents milieux et compares a la methode d'ultrafiltration. Les resultats obtenus par les deux techniques presentent une similitude tres satisfaisante. La deuxieme partie a eu pour objectif d'etudier la fixation proteique du metrotrexate par la technique de microdialyse d'une part in vitro dans une solution de serum albumine humaine et dans du plasma humain et de rat et d'autre part in vivo chez six rats qui ont recu 250 mg/kg de methotrexate. Les resultats in vivo chez le rat ont permis de mesurer la cinetique de la forme libre et montrent une fixation 20% plus eleve que celle mesuree in vitro par la meme technique

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Vivancos, Julien. "Caractérisation fonctionnelle des gènes Terminal Ear like au sein de la lignée verte." Paris 11, 2009. http://www.theses.fr/2009PA112018.

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Abstract:

La conquête terrestre par les Plantes s’est accompagnée d’une augmentation importante de leur taille et d’une répartition des fonctions au sein de tissus ou d’organes spécialisés. Cette complexification cellulaire, associée à l’allongement de la phase sporophytique au détriment de la phase gamétophytique, a nécessité le recrutement et l’évolution de nombreux gènes. Afin de mieux comprendre la mise en place de ces mécanismes, nous avons orienté nos travaux vers les gènes TEL codant pour des protéines de liaison aux ARN de type RRM. En effet, ils constituent de bons candidats, n’étant présents que chez les Végétaux Terrestres et régulant la mise en place des organes floraux et foliaires chez les Poacées. Ainsi, nous avons initié la caractérisation fonctionnelle des gènes TEL au sein de la Lignée Verte. L’étude de transformants exprimant des versions tronquées de l’unique gène PpTEL nous a permis de montrer que chez la mousse Physcomitrella patens, ce gène contrôlait négativement la croissance des protonémas et des sporophytes, alors qu’il régule positivement l’initiation et le développement des pieds feuillés. Chez Arabidopsis thaliana, la caractérisation de nombreux mutants a permis de mettre en évidence un rôle-clé pour AtTEL1 et AtTEL2 dans la régulation positive de la croissance végétative et l’induction florale, alors que ces gènes contrôlent négativement la formation des fleurs. En outre, nous avons pu montré que les gènes TEL seraient potentiellement des senseurs métaboliques, capables de réguler la division cellulaire et donc la croissance de la plante, en fonction de « l’énergie » disponible pour celle-ci
The land colonisation by plants was accompanied by an enormous increase in their size and the sharing out of functions within specialised tissues and organs. This cellular complexification, associated with the rise to dominance of the diploid phase (sporophyte) of the life cycle, required the recruitment and the evolution of many genes. In order to better understand the involved mechanisms, we focused our attention on TEL genes which encode RRM-type RNA-binding proteins. Indeed, they appeared as good candidates, since they are only present in land plants and they were shown to regulate the initiation of foliar and floral organs in Poaceae. So, the functional characterisation of TEL genes within the Green Lineage was initiated. The analysis of Physcomitrella patens mutants expressing truncated versions of the unique PpTEL gene allowed us to show that this gene was negatively controlling the growth of the protonema and the sporophytes, whereas it regulates positively the initiation and the development of gametophores. In Arabidopsis thaliana, the characterisation of TEL mutants highlighted a key role for AtTEL1 and AtTEL2 in the positive regulation of vegetative growth and floral transition, whereas they negatively control the development of flowers. Moreover, we could show that TEL genes would act as metabolic sensors, able to regulate cellular division and therefore the plant growth, depending on the available energy for the plant

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Bazin, Ingrid. "Régulation transcriptionnelle et recherche de système d'expression fonctionnelle pour la caractérisation de protéines ABC impliquées dans la réponse aux stress biotiques et abiotiques chez A. Thaliana." Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20121.

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Beaulieu, Marie-Ève. "En quête des déterminants structuraux de la liaison et de l'activation des récepteurs couplés aux protéines G étude de mutagénèse et de modélisation moléculaire sur le récepteur de type 1 de l'angiotensine II (HAT[indice inférieur 1])." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2006. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/3830.

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Abstract:

Les récepteurs couplés aux protéines G (GPCRs) sont des protéines à sept domaines transmembranaires (TM) impliquées dans la médiation des stimuli tels la lumière, les odeurs, les neuromédiateurs et les hormones à travers la membrane plasmique. La détermination des bases structurales de la liaison et de l'activation des GPCRs est d'une importance capitale dans notre compréhension de ces phénomènes, et à plus forte raison dans le développement de nouveaux médicaments, comme en témoigne le fait que plus de la moitié des médicaments actuellement sur le marché ciblent directement ou indirectement ces récepteurs. Cependant, leur caractéristique membranaire défie les limites actuelles des méthodes de détermination de structure par Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) ou par diffraction des rayons X et la seule structure de GPCR déterminée expérimentalement à ce jour est celle de la rhodopsine bovine (bRho) (PALCZEWSKI et al., 2000). Malgré une identité de séquence limitée entre ces récepteurs, la présence de plusieurs résidus strictement conservés dans les 7 TMs des GPCRs classés dans la famille A suggère qu'ils partagent un même mécanisme moléculaire d'activation. De plus, il a été montré que la mutation du résidu conservé N[indice supérieur 3.35] mène à l'activation constitutive de plusieurs GPCRs, dont les récepteurs PAF, B[indice inférieur 2], CXCR4 et hAT[indice inférieur 1]. Par ailleurs l'analyse du modèle du récepteur hAT[indice inférieur 1] basé sur l'homologie avec la bRho révèle une interaction entre le résidu N111[indice supérieur 3.35] et un résidu strictement conservé, D74[indice supérieur 2.50]. Fait intéressant, des expériences précédentes ont montré que la mutation du résidu D74[indice supérieur 2.50] conserve l'affinité du récepteur pour le ligand AngII mais empêche l'isomérisation de hAT[indice inférieur 1] dans une forme active capable d'activer la protéine G et de médier la transduction du signal à travers la membrane plasmique (HUNYADY et al., 1994). Dans la présente étude, une analyse approfondie du modèle du récepteur de type 1 de l'angiotensine II (hAT[indice inférieur 1]) combinée aux essais de production d'IP de récepteurs hAT[indice inférieur 1] mutants conçus de façon rationnelle appuie l'importance d'une interaction entre des résidus conservés (D74[indice supérieur 2.50] et N111[indice supérieur 3.35]) dans la stabilisation de l'état inactif du récepteur. Ainsi, la mutation de N111[indice supérieur 3.35] pour un résidu glycine déstabilise la forme inactive du récepteur, favorisant son isomérisation dans une forme active. Au contraire, la mutation du résidu D74[inidce supérieur 2.50] pour une asparagine stabilise hAT[indice inférieur 1] dans une forme inactive, empêchant l'isomérisation du récepteur dans une forme active.Les variations locales du potentiel électrostatique dans l'intérieur majoritairement hydrophobe du récepteur et de ses mutants suggèrent que la solvatation optimale de D74[indice supérieur 2.50] est critique dans l'isomérisation de hAT[indice inférieur 1] dans une forme active. La présence de plusieurs autres résidus conservés polaires à proximité de D74[indice supérieur 2.50] corrobore l'importance de la solvatation de ce résidu dans la perspective d'un mécanisme d'activation conservé pour tous les GPCRs de la famille A.

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Bendridi, Nadia. "Interaction de la protéine de transport plasmatique humaine des hormones stéroïdiennes sexuelles (Sex Steroid Hormone-Binding Globulin) (SHBG) avec un xéno-oestrogène, le Bisphénol A." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO1T093.

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Marrer, Estelle. "Therole of efflux proteins in antibiotic resistance : Identification of novel drug-efflux systems in Streptococcus pneumoniae." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2002. http://www.theses.fr/2002STR13034.

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Andric, Vedrana. "Study of the mechanisms of sexual differentiation in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe Formation of S. pombe Erh1 homodimer mediates gametogenic gene silencing and meiosis progression A scaffold lncRNA shapes the mitosis to meiosis switch." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL056.

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Abstract:

Chez la levure fissipare Schizosaccharomyces pombe, un sous-ensemble de gènes méiotiques est transcrit de manière constitutive au cours de la mitose. Afin d’éviter l'expression prématurée du programme méiotique et l'initiation de la différenciation sexuelle, les cellules ont développé un système de dégradation de l'ARN qui élimine sélectivement les transcrits méiotiques correspondants. Ce processus nécessite la protéine de liaison à l'ARN Mmi1 (à domaine YTH), qui reconnaît en cis les molécules d'ARN (motifs UNAAAC) et les cible pour la dégradation par l'exosome nucléaire. Au début de la méiose, Mmi1 est séquestrée au sein d’une particule ribonucléoprotéique composée de la protéine de liaison à l'ARN Mei2 et du long ARN non-codant (lncRNA) meiRNA, permettant ainsi l'expression des gènes méiotiques et le déroulement de la méiose. Mon travail de thèse a consisté à étudier les mécanismes par lesquels Mmi1 assure la dégradation des transcrits méiotiques et qui régulent son activité au cours des cycles mitotiques et méiotiques. Pendant la croissance végétative, Mmi1 s'associe étroitement à la protéine conservée Erh1 pour former le complexe hétérotétramérique Erh1-Mmi1 (EMC) qui est essentiel pour la dégradation des transcrits méiotiques. Par des approches de biologie structurale et de biochimie, nous avons montré qu'Erh1 s'assemble en homodimère in vitro et in vivo, en accord avec des analyses récentes. Des mutations qui empêchent l'homodimérisation d'Erh1 mais préservent son interaction avec Mmi1 entraînent l'accumulation de transcrits méiotiques en raison d'un défaut de liaison de Mmi1 à ses cibles ARN. L'homodimérisation d’Erh1 est également nécessaire pour séquestrer Mmi1 dans le complexe Mei2-meiRNA et assurer la progression de la méiose. Ainsi, l'assemblage d’EMC est essentiel pour la reconnaissance et la dégradation des transcrits méiotiques par Mmi1 dans les cellules mitotiques et contribue à l'inactivation de cette dernière au début de la méiose. Des travaux antérieurs ont montré que, pendant la croissance végétative, Mmi1 recrute le complexe Ccr4-Not pour ubiquitinyler et limiter l’accumulation de son propre inhibiteur Mei2, maintenant ainsi son activité dans la dégradation des ARNs méiotiques. Nous avons identifié un lncRNA, différent de meiRNA et appelé mamRNA (Mmi1- and Mei2-associated RNA), qui sert de plateforme à Mmi1 pour cibler Mei2 vers le complexe Ccr4-Not. Réciproquement, lorsque cette régulation négative de Mei2 est défectueuse, mamRNA est nécessaire pour l'inactivation de Mmi1 par les niveaux élevés de Mei2. Des expériences d’hybridation in situ par fluorescence en molécules uniques (smFISH) ont également montré que mamRNA est localisé dans un corps nucléaire contenant Mmi1, suggérant que le contrôle mutuel de Mmi1 et Mei2 est confiné dans l’espace. mamRNA peut également relayer meiRNA pour inhiber Mmi1 et favoriser la progression de la méiose. mamRNA apparait donc comme un régulateur critique des activités de Mmi1 et Mei2 pour ajuster la dégradation des ARNs méiotiques et modeler la transition de la mitose vers la méiose
In the fission yeast S. pombe, a subset of meiosis-specific genes is constitutively transcribed during the mitotic cell cycle. To prevent untimely expression of the meiotic program and premature initiation of sexual differentiation, cells have evolved an RNA degradation system that selectively eliminates the corresponding meiotic transcripts. This process requires the YTH-family RNA-binding protein Mmi1, which recognizes cis-elements within RNA molecules (UNAAAC motifs) and targets them for degradation by the nuclear exosome. At the onset of meiosis, Mmi1 is sequestered in a ribonucleoparticle composed of the RNA-binding protein Mei2 and the long non-coding RNA (lncRNA) meiRNA, thereby allowing expression of meiotic genes and meiosis progression. My PhD work consisted in studying the mechanisms by which Mmi1 promotes the degradation of meiotic transcripts and how its activity is regulated during both the mitotic and meiotic cell cycles. During vegetative growth, Mmi1 tightly associates with the evolutionarily conserved Erh1 protein to form the heterotetrameric Erh1-Mmi1 complex (EMC) that is essential for the degradation of meiotic transcripts. Using biochemical and structural approaches, we have shown that Erh1 assembles as a homodimer in vitro and in vivo, consistent with recent analyses. Mutations that disrupt Erh1 homodimerization but preserve interaction with Mmi1 result in the accumulation of meiotic transcripts due to inefficient binding of Mmi1 to its RNA targets. Erh1 homodimerization is also required for Mmi1 luring by the Mei2-meiRNA complex and meiosis progression. Thus, EMC assembly is essential for the recognition and degradation of meiotic transcripts by Mmi1 in mitotic cells and contributes to Mmi1 inactivation at meiosis onset. Previous work showed that, during vegetative growth, Mmi1 recruits the conserved Ccr4-Not complex to ubiquitinylate and downregulate a pool of its own inhibitor Mei2, thereby maintaining its activity in meiotic RNA degradation. We have identified a lncRNA, different from meiRNA and termed mamRNA (Mmi1- and Mei2-associated RNA), to which Mmi1 associates to target Mei2 to the Ccr4-Not complex. Conversely, when Mei2 downregulation is impaired, mamRNA is necessary for Mmi1 inactivation by increased Mei2 levels. Single molecule RNA FISH experiments also indicated that mamRNA localizes to a nuclear body enriched in Mmi1, suggesting that the mutual control of Mmi1 and Mei2 is spatially confined. mamRNA can also take over meiRNA to inhibit Mmi1 and promote meiosis progression. Therefore, mamRNA emerges as a critical regulator of Mmi1 and Mei2 activities to fine tune meiotic RNA degradation and shape the mitosis to meiosis transition

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Mancheron, Alban. "Extraction de Motifs Communs dans un Ensemble de Séquences.Application à l'identification de sites de liaison aux protéines dans les séquences primaires d'ADN." Phd thesis, Université de Nantes, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00257587.

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Abstract:

L'extraction de motifs ayant une signification biologique, et notamment l'identification de sites de régulation de la synthèse protéique dans les séquences primaires d'ADN est un des enjeux de la recherche en bioinformatique. Une anomalie dans cette régulation peut avoir de graves conséquences sur la santé d'un organisme. Aussi, l'extraction de ces sites permet de mieux comprendre le fonctionnement cellulaire et de soigner certaines pathologies.

Les difficultés posées par ce problème sont le manque d'informations sur les motifs à extraire, ainsi que le volume important des données à traiter. Deux algorithmes polynomiaux -- l'un déterministe et l'autre probabiliste -- permettant de le traiter ont été conçus. Dans ce contexte, nous avons introduit une nouvelle famille de fonctions de score et étudié leurs propriétés statistiques. Nous avons également caractérisé le langage reconnu par la structure d'index appelée "Oracle", et proposé une amélioration la rendant plus efficace.

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Najioullah, Fatiha. "Modifications du peptidoglycane et des protéines de liaison aux pénicillines de Staphylococcus aureus CIP 65-25 résistant à la méticilline, après action de six antibiotiques." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO1T228.

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Marchand, Philipp. "Caractérisation biochimique et biophysique de protéines impliquées dans des pathologies humaines : activité enzymatique des domaines de liaison aux nucléotides de la protéine de résistances aux drogues MRP1 et informations structurales par RMN du solide sur la protéine du prion." Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066250.

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Abstract:

Ce travail comporte deux projets indépendants. L'objet du premier était de produire et de caractériser les deux domaines de liaison aux nucléotides (NBD1 et NBD2) du transporteur ABC humain ABCC1/MRP1 d'un point de vue fonctionnel et/ou structural. Ceux-ci fournissent l'énergie nécessaire au transport de substrats à travers la membrane, en particulier pour l'export de molécules utilisées en chimiothérapie par des cellules cancéreuses. L'enjeu était de produire de grandes quantités du domaine NBD2 monomre pour des études structurales. Plusieurs approches ont été utilisées pour augmenter la solubilité de NBD2 sous forme de protéine recombinante dans E. Coli : différents construits, co-expression de chaperons et expression en corps d'inclusion suivie de renaturation. Mais la qualité des échantillons n'a jamais été suffisante pour envisager de poursuivre, par RMN en particulier. NBD1, dont la structure était déjà disponible, a été produit et purifié. La protéine sauvage ainsi qu'un mutant ne liant plus les nucléotides ont été testés pour une activité adénylate kinase, mise en évidence pour d'autres transporteurs ABC. Nous avons montré que dans le cas de MRP1 cette activité n'était pas liée à NBD1. Une deuxième partie a été consacrée à l'étude de la forme amyloïde du domaine H2H3 de la protèine du prion PrP, responsable d'encéphalopathies spongiformes transmissibles. L'objectif principal était l'amélioration de la qualité des échantillons pour des études par RMN du solide par sélection des voies d'oligomérisation. Au cours de ces études, nous avons pu montrer que le domaine H2H3 était suffisant pour transférer l'information structurale au cours du processus de fibrillisation
In the present work we dealt with two independent projects. The aim of the first part was to produce and functionally and/or structurally characterize the two nucleotide-binding domains (NBD1 and NBD2) of the human ABC transporter ABCC1/MRP1, which are needed to power the transport of substrates across the cell membrane, e. G. The export of chemotherapeutics from cancer cells. While a crystal structure together with functional reports are available for isolated NBD1, it has so far not been possible to produce large quantities of monomeric NBD2 to enable a more extensive structural/enzymatic characterization. Here, we tested a series of new approaches to increase the solubility of NBD2 expressed as a recombinant protein in E. Coli, including the use of different constructs, co-expression of chaperones, expression in inclusion bodies and refolding. Unfortunately this did not sufficiently improve the quality of NBD2 samples in terms of oligomeric state to envisage further investigation by NMR. In contrast, NBD1 could be produced and purified. The wildtype protein together with an a priori non ATP-binding mutant were tested for adenylate kinase activity, which had been reported for other ABC transporters, but which we showed not to be part of the activity spectrum of NBD1. In the second part we dealt with the H2H3 domain of the transmissible spongiform encephalopathy causing protein PrP in its amyloid conformation. The main objective was to improve sample quality for solid state NMR measurements by oligomerization pathway selection. Within the scope of this project we could show that the H2H3 domain is sufficient for structural information transference during fibrillation

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Peixoto, Paul. "Ciblage de l'ADN par de molécules antitumorales et modulation de l'activité des partenaires protéiques." Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00322954.

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Abstract:

L'éventail thérapeutique utilisé en chimiothérapie antitumorale fait appel à des molécules ayant un indice thérapeutique limité dû à leur faible sélectivité d'action. C'est pourquoi nous développons au laboratoire de nouvelles approches pour guider la conception d'agents antitumoraux plus sélectifs. Cette approche s'intègre dans un design rationnel de ligands de l'ADN qui inhibent l'activité de liaison à l'ADN de facteurs de transcription afin de réguler l'expression de certains gènes.
Les dérivés DB, retenus pour cette étude, sont des molécules synthétisées par les Prs David Boykin et David Wilson (Atlanta) qui se fixent sur des séquences spécifiques dans le petit sillon de l'ADN. Ainsi, le composé diphényl-furane DB75 se lie en monomère à des séquences riches en paires de bases AT, alors que le dérivé phényl-furane-benzimidazole DB293 reconnaît la séquence 5'-ATGA en dimère. Cette reconnaissance «séquence-spécifique» pourrait cibler spécifiquement des interactions ADN-facteurs de transcription impliquées dans la régulation des gènes et la prolifération cellulaire.
Dans cette optique notre travail a été de déterminer la spécificité d'interaction à l'ADN de nouvelles molécules et d'en évaluer leur distribution cellulaire afin de pouvoir, dans un second temps, étudier la modulation de la liaison à l'ADN de facteur de transcription après fixation des dérivés.
Ainsi, nous nous sommes tout d'abord intéressés à la distribution cellulaire des composés DB dérivant du DB75 et du DB293 afin de déterminer s'ils pénètrent efficacement dans la cellule et se dirigent vers l'ADN nucléaire. Les résultats obtenus valident ceux publiés précédemment (Lansiaux et al., 2002a, 2002b) et montrent le faible impact des modifications du corps polycyclique sur la distribution des composés DB. Ainsi, les composés diphényl-furanes substitués sur le cycle furane, pénètrent efficacement dans le noyau alors que seules certaines substitutions sur les groupements phényles empêchent la molécule de pénétrer dans le noyau. Les conséquences cellulaires sont surprenantes puisque ces derniers composés présentent une très bonne cytotoxicité. Dans un second temps, nous avons étudié la spécificité et l'affinité de ces dérivés pour l'ADN. Nous avons ainsi découvert de nouveaux ligands des sites riches en paires de bases AT et des séquences ATGA qui ont permis de compléter nos connaissances des relations structure/affinité de ces composés.
Afin de déterminer si cette famille de ligands peut moduler sélectivement l'activité de liaison à l'ADN de facteurs de transcription, un criblage en mode compétitif de l'activité de 54 facteurs de transcription a été réalisé avec le DB293. Pour cela nous avons utilisé une approche innovante basée sur le principe des macroarrays : les membranes Transignal/Protein/DNA array I. Nous avons mis en évidence l'inhibition de la fixation de Pit-1 et Brn-3, deux facteurs de transcription à domaine POU dont les sites consensus contiennent un site riche en paires de bases AT et la séquence 5'-ATGA. Cependant, la seule présence d'un site 5'-ATGA ne prévient pas l'inhibition de l'activité de liaison à l'ADN par le DB293 puisque le facteur de transcription IRF-1 présentant aussi un site 5'-ATGA dans son site consensus n'est pas inhibé par le DB293. Nous avons montré que le DB293 interagit en dimère aux séquences 5'-ATGA des sites consensus Brn-3 et Pit-1 mais pas sur celui de IRF-1.
En parallèle, un ciblage de facteurs de transcription associés de manière privilégiée à un cancer donné et se liant au même type de séquence que les composés DB a orienté notre étude sur le complexe de transcription PBX/HoxA9. Ce complexe protéique se lie à une séquence nucléotidique à la fois riche en paire de base AT et contenant un site ATGA. Les membres de ce complexe sont sur-exprimés ou transloqués dans bon nombre de leucémies aiguës myéloïdes, lymphoïdes ou de syndromes myéloprolifératifs. Des tests d'interaction protéine/ADN nous ont permis de sélectionner des composés empêchant la fixation de HoxA9 sur sa séquence ADN cible. Les premiers résultats prometteurs dans la cellule montrent une toxicité induite par nos dérivés sur des cellules dont la prolifération est dépendante de l'activité de HoxA9 alors que cette toxicité est moindre dans des cellules n'exprimant pas HoxA9. Des tests clonogéniques effectués sur des cellules de moelle osseuse transformées par HoxA9 montrent un effet antiprolifératif du composé sélectionné qui est plus important sur les progéniteurs les moins engagés dans les voies de différentiation hématopoïétique.

De plus, le criblage de nouvelles séries de molécules dicationiques a permis d'identifier 3 nouveaux composés, les dérivés DB1255, DB1242 et RT-29 qui se lient à des séquences originales riches en paires de base GC. Il s'avère que le composé DB1255 inhibe efficacement la fixation du facteur de transcription Erg sur son site consensus EBS.

Cette étude montre pour la première fois l'inhibition de la fixation de facteurs de transcription par les composés DB et ouvre ainsi de nombreuses pistes prometteuses dans l'inhibition spécifiques de facteurs de transcription impliquées dans des processus de tumorogenèse.

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Monnet, François-Paul. "Caractérisation d'une protéine de fixation de lipides du blé dur (purification, séquençage, ADN complémentaire) : relations aux protéines végétales de transfert de lipides et aux inhibiteurs d'amylase/trypsine des céréales." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20311.

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Abstract:

Dans le cadre de l'etude des interactions lipides/proteins du ble dur, trois proteines ont ete purifiees. La premiere (7kda) est capable de realiser in vitro un transfert de lipides entre des liposomes et des mitochondries et est nommee proteine de transfert de lipides de 7kda ou 7kda ltp (lipid transfer protein). Les deux autres proteines (9kda) montrent des compositions en acides amines similaires a celles de ltps d'origine vegetale precedemment caracterisees. Une helice alpha a caractere amphiphile est predite du cote n-terminal de la ltp 7kda qui pourrait expliquer l'activite de transfert de lipides associee. Pour les ltps 9kda aucune structure de ce type n'a ete mise en evidence. La ltp 7kda est synthetisee sous la forme d'un precurseur de plus forte masse moleculaire, l'extension n-terminale presentant les caracteristiques d'un peptide signal. Les ltps semblent donc traverser la membrane du r. E. Et ceci semble incompatible avec un role de transporteur cytosolique de lipides in vivo. Les ltps sont semblables aux inhibiteurs d'alpha-amylase/trypsine des cereales du point de vue de leur faible masse moleculaire, leur organisation autour d'un squelette cysteine conserve, leur synthese sous forme d'un precurseur comprenant un peptide signal et leurs proprietes d'interaction avec les lipides. L'etude du routage et de la localisation de ces ltps sera poursuivie

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Neuwirth, Catherine. "Phénotypes inhabituels de résistance aux bêta-lactamines chez enterobacter aerogènes, klebsiella pneumoniae et proteus mirabilis." Dijon, 1996. http://www.theses.fr/1996DIJOMU01.

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Mancheron, Alban. "Extraction de motifs communs dans un ensemble de séquences : application à l'identification de sites de liaison aux protéines dans les séquences primaires d'ADN." Nantes, 2006. http://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show.action?id=ec42cb78-8fc6-4c4d-a3a3-42735a44dafb.

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Abstract:

L’extraction de motifs ayant une signification biologique, et notamment l’identification de sites de régulation de la synthèse protéique dans les séquences primaires d’ADN, est un des enjeux de la recherche en bioinformatique. Une anomalie dans cette régulation peut avoir de graves conséquences sur la santé d’un organisme. Aussi, l’extraction de ces sites permet de mieux comprendre le fonctionnement cellulaire et de soigner certaines pathologies. Les difficultés posées par ce problème sont le manque d’informations sur les motifs à extraire, ainsi que le volume important des données à traiter. Deux algorithmes polynomiaux – l’un déterministe et l’autre probabiliste – permettant de le traiter ont été conçus. Dans ce contexte, nous avons introduit une nouvelle famille de fonctions de score et étudié leurs propriétés statistiques. Nous avons également caractérisé le langage reconnu par la structure d’index appelée Oracle, et proposé une amélioration la rendant plus efficace
The extraction of significant biological patterns, and in particular the identification of regulation sites of proteinic synthesis in DNA primary sequences, is one of the major issues today in bioinformatics. Indeed any anomaly in proteinic synthesis regulation has detrimental damages on the well-being of certain organisms. Extracting these sites enables to better understand cellular operation or even to remove or cure pathology. What is promblematic is the lack of information on patterns to be extracted, as well as the large volume of data to mine. In ths dissertation, we introduce two polynomial algorithms – the first one is deterministic and the other one is probabilist – to address the issue of pattern extraction. We introduce a new family of score functions and we study theirs statistical properties. We characterize the language which is recognized by the index structure named “Oracle”, and we modifiy this structure in order to make it more efficient

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Barou, Emilie. "De l'ingénierie de protéines de liaison aux odorants à la détection électrochimique de molécules volatiles : vers la conception de biocapteurs et nez électroniques." Thesis, Dijon, 2014. http://www.theses.fr/2014DIJOS045.

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Abstract:

La détection de molécules odorantes représente un enjeu important dans divers domaines tels que l’industrie alimentaire, le diagnostic médical et la sécurité du territoire, par exemple. En effet, les odorants, présents par milliers dans notre environnement, véhiculent de nombreuses informations, via leur nature chimique ou leur concentration. Notre système olfactif est capable de discriminer des milliers de molécules différentes via des mécanismes biochimiques impliquant l’association de nombreux partenaires protéiques et un codage combinatoire de l’information. Ces biomolécules, qui englobent notamment les récepteurs olfactifs et les protéines de liaison aux odorants (OBP), constituent une source intéressante d’éléments de détection pour la conception de biocapteurs. Les OBP sont de petites protéines solubles présentent dans le mucus nasal à des concentrations de l’ordre du millimolaire. Leur poche de liaison hydrophobe leur confère la capacité de lier de façon réversible les molécules odorantes. Leur robustesse et leur manipulation aisée en font de bonnes candidates pour l’élaboration de biocapteurs. Au cours de ce travail, nous nous sommes intéressés à la détection de molécules odorantes en associant des OBP comme biorécepteur et l’électrochimie comme méthode de transduction. Par une méthode de mutagenèse dirigée, nous avons montré qu’en modifiant un seul des acides aminés dans la poche de liaison de deux OBP de rat (rOBP2 et rOBP3), il était possible de moduler leurs affinités envers les odorants. En parallèle, nous avons décrit la détection qualitative et quantitative de molécules volatiles à partir d’OBP. Nous avons montré que rOBP3 lie la 2-méthyl-1,4-naphtoquinone (MNQ), une sonde électrochimique. La quantité de MNQ déplacée de la poche de liaison de rOBP3 par la 3-isobutyl-2-méthoxypyrazine (IBMP), un odorant modèle, a été mesurée par voltammétrie cyclique à vagues carrées. Nous avons déterminé les constantes de dissociation des complexes rOBP3 / MNQ et rOBP3 / IBMP. Les valeurs mesurées par électrochimie ont été confirmées par compétition avec une sonde fluorescente et par titration calorimétrique isotherme. En combinant cette nouvelle méthode analytique à des variants de rOBP3 qui présentent des profils de liaison différents et complémentaires, nous avons détecté sélectivement chacun des constituants d’un mélange ternaire d’odorants. Ces travaux, qui allient ingénierie des OBP et électrochimie, offrent des perspectives intéressantes dans le domaine des nez électroniques
The detection of odorant molecules has become an important challenge in different research area, such as the food industry, medical diagnostics and homeland security. Indeed, the thousands of odorants in our environment provide information on their chemical nature or their concentration. Human olfactory system is capable of discriminating thousands of different molecules thanks to biochemical mechanisms involving multiple protein receptor partners and a combinatorial coding. These biomolecules that include olfactory receptors and odorant-binding proteins (OBP) represent an interesting source of detectors for the design of biosensors. OBPs are small soluble proteins present in nasal mucus at millimolar concentrations. Their hydrophobic binding pocket gives them the ability to reversibly bind odorant molecules. OBPs are robust and easy to produce and are thus good candidates for the design of biosensors. In this work, we focused on the detection of odorant molecules associating OBPs as a bioreceptor and electrochemistry as a transduction method. Using site-directed mutagenesis, we have shown that by substituting a single amino acid in the binding pocket of two rat OBPs (rOBP2 and rOBP3), it is possible to modulate their binding affinities towards odorants. In parallel, we described a qualitative and quantitative method for the detection of volatile molecules using OBPs. We have shown that rOBP3 binds 2-methyl-1,4-naphtoquinone (MNQ), an electrochemical probe. The amount of MNQ displaced from the binding pocket of rOBP3 by the model odorant 3-isobutyl-2-methoxypyrazine (IBMP), was measured using square-wave voltammetry. We determined the dissociation constants of the rOBP3 / MNQ and rOBP3 / IBMP complexes. These values measured by electrochemistry were confirmed by a competitive fluorescent assay and isothermal titration calorimetry. By combining this new analytical method to rOBP3 variants with different and complementary binding profiles, we were able to selectively detect each of the components of a ternary mixture of odorants. This work, that combines the engineering of OBPs and electrochemistry, offers us interesting perspectives in the field of electronic noses

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Nader, Serge. "Etudes structurales des mécanismes d'inhibition, d'oligomérisation et de liaison à l'ADN du régulateur de transcription Fur : des simulations in silico aux tests biologiques in vitro." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018GREAV037/document.

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Abstract:

Les antibiotiques sont les médicaments les plus utilisés dans la médecine moderne. Depuis leurs découvertes, ils ont drastiquement changé la façon dont les infections sont traitées. Toutefois, à travers le processus d’adaptation, les bactéries deviennent éventuellement résistantes aux antibiotiques. Malgré leur omniprésence dans la biosphère, l’émergence de souches résistantes est favorisée par le mauvais usage des antibiotiques, ce qui crée une menace importante pour la santé publique. Les antibiotiques actuelles perdent graduellement leur efficacité, et vue le faible nombre de nouvelles molécules développées, la priorité est donnée pour la découverte de nouvelles stratégies capables de combattre les pathogènes. Les nouvelles cibles thérapeutiques idéales doivent exercer une faible pression évolutive, diminuer la virulence et être unique aux microorganismes. Une façon d’atteindre cet objectif est d’interférer dans la régulation et l’homéostasie du Fer chez les bactéries. La biodisponibilité du Fer a fortement influencé l’émergence de la vie sur terre et les stratégies évolutives qu’elle a adoptée. Ce qui a mené à l’apparition d’un mécanisme central de détection du Fer assurant la régulation de cet élément de haute importance. Ce senseur est un point faible que nous pourrons exploiter dans notre combat contre les infections bactériennes. La protéine Fur, pour « Ferric Uptake Regulator », est un régulateur de transcription métal dépendant qui est impliqué dans vaste réseau de régulation contrôlant principalement l’homéostasie du Fer et l’expression de facteurs de virulence. Le travail présenté dans ce manuscrit complète les études précédentes sur des inhibiteurs de la protéine Fur en utilisant une approche combinée théorique et expérimentale grâce a des expériences de XAS, SAXS et MALLS associé a de la modélisation moléculaire. Nous décrivons pour la première fois la structure de Fur d’E. coli ainsi que la structure d’un tétramère de Fur d’un mutant de P. aeruginosa. Par ailleurs, les profils d’énergie libre des protéines Fur de différentes espèces ont été déterminé, pour des complexes tetramériques ou dans le cas de dimères liés à l’ADN, permettant une compréhension préliminaire de leur mécanistique. Les informations structurales obtenues grâce aux travaux présentés dans ce manuscrit permettront de mieux comprendre les mécanismes d’inhibition des protéines Fur ainsi que fournir de nouvelles opportunités pour le développement de molécules a visée thérapeutique
The most commonly prescribed drugs in human medicine are antibiotics. Since their discovery, they have drastically impacted the way we treat infections. However, a bacterium eventually becomes resistant to antimicrobial treatment through the natural process of adaptative evolution. Even if resistant bacteria are omnipresent in the biosphere, their emergence rate is accelerated by the misuse of antimicrobial agents leading to the public health threat we are facing now. As currently available antimicrobial agents lose their effectiveness and very few new drugs are being developed, a breakthrough in new strategies to fight pathogens should be a priority. Ideal new therapeutic targets should exert weak evolutionary pressure, disarm or weaken the pathogen and be unique to microorganisms. One way to do so is by interfering with the iron regulation and its homeostasis within Bacteria. The bioavailability of iron strongly influenced early life and the metabolic strategies that sustained it. A central iron sensing mechanism evolved to ensure the regulation of such an important element. Sadly for bacteria this sensor became an exploitable weakness in our battle against infection. The “Ferric Uptake Regulator” is a metal dependent transcription regulator with a large regulatory network controlling iron homeostasis and bacterial virulence. This work continues previous investigations on Fur inhibitors using a combined experimental and theoretical approach by performing XAS, SAXS and MALLS experiments together with computer simulations. We describe for the first time the structures of Fur from E. coli in addition to a tetrameric Fur structure of a mutant from P. aeruginosa. Moreover, free energy profiles of Fur proteins, as tetramers or dimers bound to DNA, from different species were generated and key residues involved in the interactions determined, providing mechanistic insights into Fur complexes. The structural information gathered from this work will be used to better understand inhibition mechanisms of Fur proteins providing new opportunities to overcome drug development challenges

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Dissertations / Theses on the topic 'Protéines de liaison aux ARNs'

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