To see the other types of publications on this topic, follow the link: Protéines à zinc – Inhibiteurs.
Dissertations / Theses on the topic 'Protéines à zinc – Inhibiteurs'
Create a spot-on reference in APA, MLA, Chicago, Harvard, and other styles
Consult the top 50 dissertations / theses for your research on the topic 'Protéines à zinc – Inhibiteurs.'
Next to every source in the list of references, there is an 'Add to bibliography' button. Press on it, and we will generate automatically the bibliographic reference to the chosen work in the citation style you need: APA, MLA, Harvard, Chicago, Vancouver, etc.
You can also download the full text of the academic publication as pdf and read online its abstract whenever available in the metadata.
Browse dissertations / theses on a wide variety of disciplines and organise your bibliography correctly.
1
Fougiaxis, Vasileios. "Discovery and Optimization of ERAP1-Metalloprotease Inhibitors through Kinetic Target-Guided Synthesis and Fragment-Based Screening." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2024. http://www.theses.fr/2024ULILS030.
Full textAbstract:
L’endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 (ERAP1) est une métalloprotéase à zinc de la famille M1, impliquée dans le processing des antigènes. Avec l’aminopeptidase homologueERAP2, elle intervient dans le clivage de l’extrémité N-terminale des peptides précurseurs afin de générer des épitopes matures et prêts à être chargés sur les molécules du complexe majeur d’histocompatibilité de classe I (CMH-I), induisant finalement la réponse immune cellulaire. La modulation d’ERAP1 par des petites molécules pour des applications thérapeutiques potentielles dans les maladies auto-immunes et l’immuno-oncologie est actuellement au centre d’efforts importants de recherche. L’inhibition sélective d’ERAP1 est un challenge en raison de la grande similarité structurale des protéines de la famille de M1-aminopeptidases. Il est donc impératif d’identifier et d’optimiser de nouveaux squelettes chimiques capables de moduler sélectivementERAP1.Dans la première partie de cette thèse, nous avons identifié et optimisé des inhibiteurs d’ERAP1par la KTGS (Kinetic Target-Guided Synthesis). La KTGS est une stratégie de synthèse des ligands guidée par les protéines elles-mêmes. Une librairie de 250 alcynes variés a été utilisée en combinaison (chimie "click") avec 13 porteurs d’une fonction azoture hydroxamate. ERAP1 a catalysé la synthèse de triazoles ciblant le site catalytique et les ligands assemblés ont été détectés par spectrométrie de masse. Nous avons identifié 18 « hits » présentant une inhibition micromolaire dose-dépendante de hERAP1. Des études de relation structure-activité ont permis de concevoir des analogues dont 3 inhibiteurs sont plus puissants (IC50 < 10 μM) que le hit initial.La deuxième approche a consisté en un criblage biochimique d’une librairie de fragments(∼3000 composés) sur hERAP1 (FBDD). Le FBDD permet d’identifier des composés de masse moléculaire faible qui peuvent ensuite être optimisés pour se lier plus efficacement aux poches protéiques. Après avoir appliqué divers filtres (confirmation de la dose-réponse, LE, LLE,disponibilité commerciale, accessibilité synthétique et potentiel de dérivatisation), nous avons sélectionné 13 chimiotypes (hits) qui ont été explorés et optimisés par « fragment growing ». Une série chimique dérivée de l’acide 2-thiénylacétique a été priorisée et des études de docking moléculaire ont permis de proposer un mode de liaison des analogues à hERAP1Endoplasmic reticulum aminopeptidase 1 (ERAP1) is a zinc-metalloprotease of the M1-family, implicated in the antigen processing and presentation pathway. Together with the highly homologous isoform ERAP2, they mediate the N-terminus trimming of peptide precursors in order to generate mature antigenic epitopes ready for loading upon major histocompatibility complex class I (MHC-I) molecules, ultimately eliciting T-cytotoxic cellular responses. Modulation ofERAP1 and putative therapeutic applications in autoimmune disorders and immune-oncology have been in the center of recent efforts to develop small molecules able to fine-tune immune dysregulation. Targeted and controlled inhibition of ERAP1 constitutes a challenging task because of the high structural similarity and broad substrate specificity within the M1-aminopeptidase subfamily. Therefore, the identification and optimization of potent and novel chemical scaffolds for selective modulation of ERAP1 is imperative. In the first part of the following PhD thesis we present and discuss the identification and development of ERAP1 inhibitors through kinetic target-guided synthesis (KTGS). KTGS is a protein-templated strategy able to provide potent hits against druggable targets. A library of 250diverse alkynes was used in combination (in situ “click” chemistry) with 13 in-house synthesized hydroxamate azide warheads. ERAP1 catalyzed the equilibrium-driven synthesis of 1,4- or 1,5-disubstituted hydroxamic acid triazole mixtures targeting the catalytic site and the assembled ligands were detected by mass-spectrometry. We successfully identified 18 hits displaying a dose dependent inhibition of hERAP1 at low micromolar range. These are appealing starting points for further hit-to-lead optimization and SAR studies leading to 3 inhibitors of improved potency (IC50< 10 μM). The second approach involved a fragment-based biochemical screening of a large in-house and commercial library (∼3000 fragment entries) against hERAP1. Fragment-based methods can identify low-molecular weight hits that can be optimized to bind into a small protein region more efficiently. After applying various filters (dose-response confirmation, LE, LLE, commercial availability, synthetic feasibility and derivatization potential) we selected 13 confirmed chemotypes (hits) that were further explored and optimized by fragment-growing efforts. One chemical series (2-thienylacetic acid) was prioritized and supplementary in silico docking studies were performed (catalytic and allosteric sites) to visualize the binding mode of the developed analogues
2
He, Ben. "Design, Synthesis And Evaluation Of ERAP/IRAP Inhibitors." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2024. http://www.theses.fr/2024ULILS032.
Full textAbstract:
ERAP1, ERAP2 et IRAP sont trois zinc metalloprotéases de la famille M1, impliquées dans divers processus biochimiques. Parmi leurs fonctions, le rôle des ERAPs et d'IRAP dans la présentation antigénique est particulièrement intéressant. En clivant les précuseurs en N-terminal, elles génèrent des peptides antigéniques de longueur appropriée pour être compléxés avec les molécules de CMH de classe I, régulant ainsi la réponse immunitaire. Des études génétiques ont établi un lien entre les niveaux d'expression et les mutations de ces enzymes avec des maladies auto-immunes (MHC-Iopathies), des infections virales ou bactériennes, ainsi que le cancer. Par conséquent, le développement d'inhibiteurs sélectifs de ces enzymes pourrait offrir de nouveaux traitements dans ces pathologies.Il existe plusieurs groupes capables de se lier au zinc, tels que les acides carboxyliques, les benzamides, les thiols et les acides hydroxamiques. Les inhibiteurs à base d'acides hydroxamiques présentés dans ce travail sont inspirés d'un inhibiteur dePfAM1, métalloprotéase plasmodiale de la famille M1. A partir de ces inhibiteurs,plusieurs inhibiteurs micromolaires des ERAPs ont été obtenus et optimisés pour donner des inhibiteurs puissants d’ERAP1 et/ou IRAP. Ces composés optimisés ont servi de point de départ pour cette thèse visant à concevoir, à synthétiser et caractériser biologiquement des inhibiteurs sélectifs d'ERAP1 et/ou d'IRAP. Dans cette thèse, trois séries d'inhibiteurs ont été particulièrement étudiées. Parmi les molécules, un inhibiteur nanomolaire et sélectif d'IRAP a été obtenu, ainsi que plusieurs inhibiteurs sub-micromolaires pour ERAP1 et IRAP. Certains de ces inhibiteurs ont également démontré une efficacité dans la présentation croisée des antigènes en test cellulaireERAP1, ERAP2, and IRAP are three zinC-containing M1 family enzymes involved invarious biochemical processes in the human body. Among their functions, the role of ERAPs and IRAP in antigen processing is particulary interesting. By cleaving precursors at the N-terminus, ERAP1, ERAP2, and IRAP generate antigens of proper length to form complexes with MHC-I molecules, therefore regulating the immune response. Genetic studies have linked the expression levels and mutations to autoimmune disease (MHC-Iopathies), infectious diseases as well as cancer. Therefore, developing selective inhibitors of these enzymes may provide new clinical treatments for these diseases. There are multiple zinC-binding groups available, such as carboxylic acids,benzamides, thiols, and hydroxamic acids. The hydroxamic acid-based inhibitors of this work was inspired by inhibitors of PfAM1, a plasmodial metalloprotease of the M1 family. Initial pharmacomodulation allowed to obtain micromolar inhibitors of ERAPs. These hit compounds were further optimized, resulting in several potent inhibitors of ERAP1 and/or IRAP. These compounds serve as the starting point for this thesis, to design, synthesize and characterize biologically selective ERAP1 and/or IRAP inhibitors. In the thesis, three series of small molecule inhibitors were developed and synthesized. Docking was used to propose new structures and to rationalize the activity and selectivity of the inhibitors. Among these compounds, a nano-molar selective IRAP inhibitor was identified, along with several sub-micromolar inhibitors for both ERAP1 and IRAP. Some of these inhibitors also demonstrated potency in a cellular antigen cross-presentation assay
3
Baumann, Jean Sébastien. "Synthèse de glyconanostructures : inhibiteurs potentiels des interactions sucres-protéines." Amiens, 2011. http://www.theses.fr/2011AMIE0102.
Full textAbstract:
Le thème central de cette thèse est la conception et la synthèse de diverses familles de glyconanostructure « multivalentes » en tant qu’inhibiteurs potentiels des glycosyltransferases et glycosylhydrolases. Nous nous sommes intéressés en particulier aux N cétyl-galactosaminetransférases (ppGalNAcTs) à cause de leurs rôles dans la biosynthèse des O-glycanes (mucines). Une bibliothèque de macromolécules « multivalentes » a été conçue à partir de leur mode d’action supposé. Les nanostructures ciblés comportent une grande variété de charpentes (des fullerènes, des nanodiamants, de diamants dopés au bore, des polymères,…) et des différents mimes de glycanes/iminosucres. De nouvelles stratégies utilisant des réactions dominos ont été mises en œuvre pour obtenir les partenaires iminosucres. Chacun de ces divers composants a été fonctionnalisé avec un groupement azoture ou alcyne, et par la suite les différents fragments ont été couplés entre eux par la réaction de cycloaddition 1,3 dipolaire. Plusieurs des glyconanostructures de la bibliothèque ciblée ont été obtenus. La réussite de la synthèse de ces nouvelles composé multivalents a permis d’étudier comment l’interaction faible typiquement observée entre un glycane et son récepteur protéine se manifeste dans le cas, peu étudié, des protéines catalytiques comme les ppGalNAcTs. Le type de glyconanostructures synthétisé dans cette thèse présente un potentiel énorme en tant qu’outil dans le domaine de la « glycomique » qui connaît un grand intérêt aujourd’huiThe central theme of this thesis is the design and synthesis of diverse family of “multivalent” glyconanostructures as potential inhibitors of glycosyltransferases and glycosylhydrolases. A special emphasis is placed on ppGalNAcTs because of their role in the biosynthesis of O-glycans (mucins). A library of multivalent macromolecules has been targeted based on the supposed mode-of-action of these enzymes. The targeted glycostructures are comprised of various scaffolds (fullerenes, nanodiamonds, boron-doped diamonds, polymers…) and various glycan mimics/iminosugars. New strategies based on dominos reactions have been developed to obtain the iminosugar components. Each of the various fragments have been functionalised with either azido or alkyne groups and then combined employing a 1,3 dipolar cycloaddition reaction. Several members of the targeted glyconanostructure library have been obtained. The successful synthesis of these new glyconano sructures has allowed to probe how weak interactions typically observed between glycans and their biological receptors manifest themselves in the case of little-studied catalytic proteins such as the ppGalNAcTs. The types of glyconanostructures synthesized in this work have great potential as tools in the domain of glycomics which is attracting a good deal of attention at the present time
4
Stephan-Queffeulou, Emilie. "Sélection de peptides inhibiteurs de l'activité des protéines STAT5." Compiègne, 2011. http://www.theses.fr/2011COMP1928.
Full textAbstract:
L'activation constitutive des protéines STAT5A et STAT5B, retrouvée dans de nombreux cas d'hémopathies malignes et de tumeurs solides, entraîne une forte transcription de gènes prolifératifs et anti-apoptotiques, contribuant au développement tumoral. Ces protéines représentent donc des cibles prometteuses pour de nouveaux traitements anticancéreux. De plus, la recherche d'inhibiteurs des protéines STAT5 est importante car les traitements actuels contre les leucémies sont peu spécifiques, entraînant des effets secondaires. Ainsi, ce projet vise à sélectionner des molécules capables d'inhiber l'activité des protéines STAT5 à partir d'une banque peptidique exprimée sur bactériophage (phage-display). Les premiers travaux ont consisté à produire et à purifier la protéine recombinante STAT5B. La recherche de peptides interagissant avec la protéine recombinante cible a ensuite été réalisée par une procédure de sélection par affinité, conduisant à l'identification de deux séquences peptidiques différentes (PepA et PepM) interagissant avec la protéine lorsqu'elles sont présentées sur phage. L'affinité des peptides sous forme soluble a ensuite été mesurée par Biacore (technologie SPR). Ces résultats montrent que le peptide PepM présente une forte affinité pour STAT5B de l'ordre du nanomolaire. Des expériences de pull-down également montrent que PepM interagit avec la protéine STAT5 lorsqu'elle est sous forme active. Enfin, après avoir confirmé le succès de l'internalisation du peptide dans différentes lignées cellulaires, les résultats préliminaires montrent que cette molécule diminue la viabilité de cellules cancéreuses lorsqu'elles dépendent de l'activité des protéines STAT5Constitutive activation of STAT5 proteins has been demonstrated in numerous cases of malignant hemopathies and solid tumors. This phenomenon results in enhanced transcription of proliferative and anti-apoptotic genes, contributing to cancer development. Consequently, STAT5 proteins are attractive targets for innovative anticancer therapy. Developing STAT5 direct inhibitors is all the more important that current treatment against leukemias are few specific and cause secondary effects. This project aims at selecting STAT5 inhibiting molecules from a peptide library expressed on bacteriophage surface (phage display technology). First, recombinant STAT5B protein was produced, purified and used as a target during affinity-based selection. After a two-step selection, two peptides (PepA and PepM) were identified. The affinity of the two soluble peptides was measured by Biacore (Surface Plasmon Resonance technology) : PepM shows an nanomolar affinity towards STAT5B recombinant protein. This peptide interacts also with active STAT5 protein as demonstrated by pull down experiments. Finally, PepM effects on different cell lines were studied. This peptide penetrates in cells and preliminary results show that PepM diminishes STAT5 dependent cell viability
5
Duran, Hubert. "Synthèse et propriétés complexantes de phénolamides analogues de substrats de la cinnamyl alcool déshydrogénase." Toulouse 3, 1989. http://www.theses.fr/1989TOU30186.
Full textAbstract:
La synthese de phenolamides definis comme inhibiteurs potentiels de la cinnamyl alcool deshydrogenase cadh (ec1. 1. 1. 2) ainsi que celle des analogues structuraux de ces phenolamides a ete entreprise afin de determiner l'influence des differents parametres structuraux intervenant dans la reconnaissance par l'enzyme. Les phenol'amides et leurs analogues hydrocinnamides ont ete obtenus par action des amidures de lithium des amines considerees avec les acides parahydroxycinnamiques actives et proteges. A titre de comparaison des alcools et cetones ethyleniques correspondants ont ete synthetises. Pour modeliser les interactions entre le substrat et le site catalytique, la complexation des aldehydes cinnamiques et les phenolamides a ete etudiee par spectroscopie uv en presence de sels de zinc en milieu aprotique. Les resultats sont en accord avec un processus de complexation faisant intervenir les formes ml et m#2l dans le cas des aldehydes substrats et des hydrocinnamides. Les sites de complexation sont le carbonyle (ou la fonction amide) et les substituants phenoliques par effet de type "catechol". Pour les cinnamides le modele faisant intervenir les formes ml et ml#2 est propose. La mise en evidence d'effets bathochromes importants est en faveur de la participation de complexes delocalises de structure quinonique. Ces resultats sont a rapprocher des tests biologiques effectues "in vitro" sur la cadh
6
Pietrancosta, Nicolas. "Nouvelles approches en cancérologie "les cicbles Met et p53" : Synthèse, optimisation et études du mécanisme d'action de nouveaux dérivés aminothiazoles." Aix-Marseille 2, 2006. http://www.theses.fr/2006AIX22091.
Full text
7
Benltifa, Mahmoud. "Synthèses de glyco-héterocycles inhibiteurs de la glycogène phosphorylase et de protéine kinases." Lyon 1, 2006. http://www.theses.fr/2006LYO10115.
Full textAbstract:
Si les hétérocycles ont depuis longtemps des applications biologiques et technologiques variées, les rôles essentiels des sucres pour le Vivant en général ont récemment suscité l’étude d’analogues variés ou glycomimétiques, comme abordé lors de la présente thèse co-dirigée : SYNTHESE DE GLYCOHETEROCYCLES INHIBITEURS DE LA GLYCOGENE PHOSPHORYLASE ET DE PROTEINE KINASES. Le premier chapitre décrit une étude utilisant des acrylates et cinnamates osidiques dans des cycloadditions 1,3-dipolaires impliquant le triméthylsilyldiazométhane ou des oxydes de nitrile. Cette étude a montré des stéréoinductions modestes qui ont été améliorées en utilisant un oxyde de nitrile chiral. Le chapitre 2 concerne les cycloadditions 1,3-dipolaires entre divers oxydes de nitrile et des exo-glucals, une hydroximo-lactone ou le cyanure de -D-glucopyranosyle benzoylé. Le chapitre 3 expose la synthèse de 3-C-glucosyl-1,2,4-oxadiazoles obtenus par conversion de cyanures de -D-glucopyranosyle en amidoximes, suivie de O-acylation et cyclisation thermique. Les glycomimétiques ont été testés comme inhibiteurs de la glycogène phosphorylase (GP) et de protéines kinases (PK). Le meilleur inhibiteur de GP est une glucosyl-spiro-isoxazoline à substituant 2-naphthyle (Ki : 630 nM). Les 3-, et surtout les 5-C-glucosyl-1,2,4-oxadiazoles inhibent la GP comme l’indique leurs Ki (respectivement 26,2 et 2,4 M pour les analogues à substituant 2-naphthyl). Quelques composés inhibent aussi certaines PKWhile heterocyclic compounds have found early wide applications because if their broad spectrum of bioactivities, the development of Glycosciences has shown the importance of carbohydrates for Life, and the crucial roles they exert for the normal development of living organisms, or their control based on glycomimics. These reasons explain the topic of this thesis : SYNTHESIS OF GLYCOHETEROCYCLES AS INHIBITORS OF GLYCOGEN PHOSPHORYLASE AND PROTEIN KINASES. The first chapter describes 1,3-dipolar cycloadditions reactions between sugar-based acrylates and cinnamates and such dipoles as trimethylsilyldiazomethane and nitrile oxides. Modest stereoinductions were observed, which were enhanced by using chiral dipoles. Chapter 2 is devoted to cycloadditions between several nitrile oxides and exo-glucals, one hydroximo-lactone or benzoylated -D-glucopyranosyl cyanide. Chapter 3 concerns synthetic routes toward 3-C-glucosyl-1,2,4-oxadiazoles obtained when -D-glucopyranosyl cyanides were converted into amidoximes, then reacted by O-acylation followed by thermal cyclization. The prepared glycomimics were tested as glycogen phosphorylase (GP) and protein kinases (PK) inhibitors. The best GP inhibitor was a glucosyl-spiro-isoxazoline with a 2-naphthyl substituent (Ki : 630 nM). The 5-C-glucosyl-1,2,4-oxadiazoles were better inhibors of GP as compared to their 3-C-glucosyl analogs, as indicated by their Ki (respectively 2,4 and 26,2 M for molecules with a 2-naphthyl substituent). Some compounds inhibited also various PK
8
Vogrig, Alexandre. "Synthèse et évaluation d'antalgiques originaux : les inhibiteurs de protéines à domaines PDZ." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00803458.
Full textAbstract:
Les protéines à domaine PDZ, en très grand nombre dans le génome humain, sont impliquées dans des interactions protéine-protéine. Elles participent ainsi à véhiculer des signaux à l'origine de différentes pathologies (cancer, douleur....). L'interruption de l'interaction entre la protéine à domaine PDZ, PSD-95, et le récepteur de la sérotonine, 5-HT2A, entraîne une réduction de l'hyperalgie chez le rat neuropathique. Le développement de molécules capables d'inhiber cette interaction pourrait donc conduire à une nouvelle classe d'antalgiques.Nous avons réalisé, au cours de ces travaux, la synthèse de trois générations de ligands, comportant un noyau indolique, capables d'interagir avec le site S0, site très conservé des protéines à domaines PDZ. Dans un premier temps, nous avons préparé 15 biligands possédant un noyau indolique polysubstitué lié, via un espaceur de longueur variable (2 à 6 atomes de carbone), à différents acides aminés, dans le but d'interagir avec le site S1, montrant beaucoup de diversité en fonction du domaine. Nous avons ensuite, après une étude de relation structure/activité, développé deux autres générations d'indoles polysubstitués présentant notamment des substituants hydrophobes en position 5.Nous avons montré, par RMN HSQC 1H/15N et chromatographie d'affinité, que deux de ces composés sont des inhibiteurs de l'interaction PSD-95/5-HT2A et présentent de fortes interactions avec le site S0 de PSD-95. Ces molécules présentent également des propriétés antalgiques particulièrement intéressantes in vivo. Nous avons également déterminé, par RMN NOESY, la structure du complexe protéine/ligand pour ces deux composés. L'orientation d'une de ces molécules dans le site de la protéine nous permet d'envisager le développement d'une nouvelle génération d'indoles polysubstitués, pouvant interagir avec le site S1 de la protéine et permettant ainsi d'obtenir des inhibiteurs sélectifs de l'interaction PSD-95/5-HT2A.
9
Primot, Aline. "Etude de la régulation de deux protéines kinases : : GSK-3 et polo." Rennes 1, 2001. http://hal.upmc.fr/tel-01117984.
Full textAbstract:
Nous avons étudié 2 protéines kinases : GSK-3 et Polo. La "Glycogen Synthase Kinase-3" intervient dans divers processus cellulaires. Nous avons démontré que GSK-3 peut être purifiée par chromatographie d'affinité sur axine fixée sur des billes de séraphose. Nous avons cloné le gène d'une protéine homologue de GSK-3 humaine chez le parasite responsable du paludisme. PfGSK-3 est localisée au niveau de la membrane plasmique de l'érythrocyte et à l'intérieur du parasite. L'utilisation de PfGSK-3 comme cible devrait permettre la découverte d'inhibiteurs sélectifs dont les effets thérapeutiques potentiels seront évalués. Polo intervient à différents niveaux de la régulation cellulaire. Le clonage d'une partie de l'ADNc de Polo d'oursin (Plu1) a permis la synthèse d'anticorps spécifiques. L'immunoprécipitation de la protéine Plu1 au cours des premières divisions d'embryon d'oursin a révélé que Plu1 se lie à différentes protéines au cours du cycle dont l'identité reste à confirmer.
10
Schmaltz, Gérard. "Protéines et mémoire : déficits mnésiques induits par l'administration d'un inhibiteur de la synthèse protéique." Lille 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LIL10103.
Full text
11
Bourotte, Maryline. "Synthèse d'inhibiteurs de protéines kinases : approches pharmacochimiques." Strasbourg 1, 2004. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2004/BOUROTTE_Maryline_2004.pdf.
Full textAbstract:
Les protéines kinases représentent une des plus grandes familles de protéines-cibles pour le développement de futurs médicaments. Ce sont des enzymes comptant plus de 500 membres dans le génome humain. Ces protéines kinases (PK) sont impliquées dans la plupart des voies de transduction du signal régulant le fonctionnement cellulaire sous tous ses aspects. La plupart des cancers sont associés au dérèglement de protéines kinases, tels que des mutations génétiques qui conduisent à une sur-expression ou à une activation constitutive de ces protéines. Elles sont également impliquées dans de nombreuses autres pathologies, d'où l'intérêt d'obtenir des inhibiteurs sélectifs et puissants capables de moduler l'action de ces kinases dans un but thérapeutique ou dans un but plus fondamental (outil pharmacologique). Dans un premier temps, notre travail s'est basé sur la synthèse et l'identification d'inhibiteurs de l'enzyme bifonctionnelle HPr Kinase/Phosphatase de B. Subtilis. La recherche d'inhibiteurs de cette kinase pourrait constituer une nouvelle approche pour un traitement anti-bactérien original. Au départ d'un composé chef de file bis-cationique dérivé de benzimidazole issu d'un criblage systématique de chimiothèques, une phase d'optimisation structurale a été réalisée. L'étude des relations structure-activité de ce composé, a permis de déterminer les requis structuraux nécessaires à l'obtention d'un inhibiteur de l'HPrK/P. Dans un deuxième temps notre attention s'est portée sur une autre kinase, la CaMKII pour laquelle une touche a été mise en évidence par le criblage systématique de la chimiothèque patrimoine. Un dérivé d'aminopyridazine a été identifié comme chef de file. Dans un objectif d'optimisation structurale de ce composé, une méthode de synthèse pallado-catalysée a été mise au point afin d'introduire de la diversité en position 4 de cet hétérocycle. Enfin nous nous sommes également intéressés à l'étude et au développement de séries d'hétérocycles fluorescents (imidazolones, oxazolones, buténolides et pyrrolinones) proches du chromophore de la "Green Fluorescent Protein" (GFP). Une étude des relations entre la structure des différents dérivés et la variation de leurs propriétés fluorescentes, a permis d'obtenir des composés fluorescents prometteurs. Par ailleurs, une nouvelle voie de synthèse par couplage au palladium a été mise au point. Elle permet d'introduire rapidement de la diversité structurale en position 2 des imidazolonesProtein kinases represent one of the largest protein superfamilies which are attractive targets in the search for new therapeutic agents. The human genome encodes for more than 500 members. Protein kinases are the central switches controlling intracellular communication, regulation, and signal transduction. Most cancers are associated with disregulation of protein kinases, usually through genetic mutation that lead either to overexpression, or to constitutive activity. Pathologies and therapies also of other serious diseases are increasingly recognized to involve protein kinases. As a consequence, inhibitors of this family of enzymes may serve as potential therapeutics and as pharmacological tools. On one hand, our work was based on the synthesis and identification of HPrK/P inhibitors. Since deficiency of HPrK/P in B. Subtilis mutants leads to severe growth deficits, inhibitors of the enzyme may constitute a new family of antibiotic drugs. Starting from a specific bis-cationic hit deriving from 3-benzyl-2-aminobenzimidazole, a structure-activity relationship analysis clearly identified specific features needed to HPrK/P inhibition. On the other hand, we focused our efforts on the optimization of a CaMKII inhibitor derived from screening. Thus, we have performed an efficient method using palladium-catalysed cross-coupling reactions for the preparation of 3-aminopyridazines substituted at position 4. Finally, we synthesized and investigated new interesting structural analogues of the Green Fluorescent Protein chromophore (imidazolones, oxazolones, butenolides and pyrrolinones). A study of relationships between compound structure and variation of their fluorescence properties yielded promising fluorescent compounds. Moreover, a new methodology for the synthesis of 2-arylimidazolin-5-ones based on palladium cross-coupling reactions was developed
12
Daher, Racha. "Nouveaux inhibiteurs selectifs des fructoses bis-phosphate aldolases de classe II (a zinc) : synthèse, évaluation biochimique, potentialité antibiotique." Paris 11, 2010. http://www.theses.fr/2010PA112015.
Full textAbstract:
La fructose -1,6- bisphosphate aldolase (FBA), une enzyme intervenant dans le métabolisme du glucose : la glycolyse et la gluconéogénèse, permet le clivage réversible du fructose bisphosphate (FBP) en deux trioses : le glycéraldéhyde-3-phosphate (G3P) et dihydroxyacétone phosphate (DHAP). Elle existe sous deux classes différentes. La classe I, présente chez les mammifères, les organismes évolués, et la classe II (à Zn) présente chez certaines levures, micro-algues et un certain nombre de pathogènes (M. Tuberculosis, H. Pylori, Y. Pestis). Nous nous sommes basés sur la différence mécanistique et structurale entre ces deux classes pour concevoir, synthétiser et tester de nouveaux inhibiteurs sélectifs de la FBA de classe II. Les inhibiteurs synthétisés sont des analogues du fructose bisphosphate (FBP) et présentent la particularité d’avoir un groupement chélatant des métaux en position 2-3 à base d’azote (hydroxamate). Leurs propriétés inhibitrices ont été évaluées sur les FBA de classe I (muscle de lapin) et de classe II (M. Tuberculosis, H. Pylori, Y. Pestis, C. Albicans). Ces tests, ont permis de mettre en évidence la très forte inhibition in-vitro de tous ces composés, et une très bonne sélectivité vis-à-vis des aldolases de classe II. Les inhibiteurs visés ou leurs dérivés pourraient donc inhiber la croissance de différents microorganismes pathogènes dont M. Tuberculosis, H. Pylori, C. Albicans, Y. Pestis. Huits composés (TD2, TD3, TD4, TD5, TD6, TD7, TD8, TD9) ont été synthétisés et testés in vitro sur les enzymes cibles de divers pathogènes, Le meilleur de ces composés (TD7) présente un IC50 < 1nM et une sélectivité classe II vs classe I > 100 000Fructose -1,6-bis-phosphate aldolase (FBA), one of the enzymes involved in the metabolism of glucose: glycolysis or in gluconeogenesis, allows the reversible cleavage of the fructose bisphosphate (FBP) into two trioses: dihydroxyacétone phosphate (DHAP) and glyceraldehyde-3-phosphate (G3P). FBA are divided into two classes depending on their reaction mechanism. Class I FBA are only found in higher organisms (mammals), green algae and some prokaryotes while class II FBA are only found in lower organisms such as bacteria, yeasts, microalgae, including many pathogenic microbes (M. Tuberculosis, H. Pylori, Y. Pestis). Based on mechanistic and structural differences between these two classes we conceived, synthesized and tested new selective inhibitors of class II FBA. The synthesized inhibitors are analogues of fructose bisphosphate (FBP) and present the particularity of having a hydroxamate group in position 2-3, able to chelate the metal ion present in the active site of the enzyme. Their inhibitory properties were evaluated on the FBA class I (rabbit muscle) and class II (M. Tuberculosis, H. Pylori, Y. Pestis, C. Albicans). These tests have helped to highlight the very strong inhibition of these compounds, and an excellent selectivity for class II aldolases. Inhibitors or their derivatives could inhibit the growth of various pathogenic microorganisms such as M. Tuberculosis, H. Pylori, M. Liprae, C. Albicans. Eight compounds (TD2, TD3, TD4, TD5, TD6, TD7, TD8, TD9) were synthesized and tested in vitro on target enzymes from various pathogenic. The best one (TD7) presents an IC50 <1nm and a selectivity Class II vs. Class I> 100 000
13
Van, Hijfte Nathalie. "Conception et synthèse de nouveaux inhibiteurs potentiels de la protéine mTOR." Le Havre, 2011. http://www.theses.fr/2011LEHA0007.
Full textAbstract:
MTOR (mammalian target of Rapamycin) est une protéine kinase qui intervient dans la voie de signalisation PI3K/Akt/mTOR, impliquée dans le contrôle de la croissance, la prolifération et la survie cellulaire. Cette voie étant fréquemment dérégulée dans les cellules cancéreuses, la recherche de médicaments ciblant la protéine mTOR présente un grand intérêt. Ces dix dernières années, un nouveau mode d’inhibition a été mis en avant, par inhibition compétitive et sélective du site catalytique de l’ATP de mTOR. L’objectif du projet de thèse a consisté, à partir d’un modèle tricyclique commun, en la conception et la synthèse de nouveaux composés capables d’interagir avec la poche ATP de mTOR. De plus, la synthèse d’un nouveau synthon a également été mise au point lors de ce travail. L’évaluation biologique de différents composés a été réalisée dans les laboratoires de notre partenaire industriel (Janssen) ainsi que par le National Cancer Institute (NCI)Mammalian target of Rapamycin (mTOR) is a protein kinase, involved in the PI3K/Akt/mTOR signaling pathway, which controls cell growth, proliferation, and cellular survival. This pathway is often deregulated in cancer, and there is a great interest in developing drugs that target the protein mTOR. During the last ten years, a new inhibition mode has been highlighted: it consists in the competitive and selective inhibition of the catalytic site of mTOR. The aim of this PhD project was to design and synthesize new compounds, from a common tricyclic scaffold, able to interact with the ATP pocket of mTOR. The synthesis of a new scaffold has also been determined during this work. Biological evaluations were performed in laboratories of our industrial partner (Janssen) as well as the National Cancer Institute (NCI)
14
Lacombe, Thierry. "Origine de l'ubiquitine et déubiquitination : rôle du précurseur Ubi3p, liaison du zinc aux UBP." Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20068.
Full text
15
Chaari, Ali. "Modulation de l'agrégation des protéines amyloïdes par de petites molécules : modèle du lysozyme." Versailles-St Quentin en Yvelines, 2012. http://www.theses.fr/2012VERS0003.
Full textAbstract:
Au moins vingt protéines humaines peuvent s’agréger anormalement pour former des dépôts pathologiques qui sont associés à plusieurs maladies dégénératives. Malgré les nombreuses études concernant l’agrégation des amyloïdes et leurs toxicité, la base moléculaire de ce mécanisme reste inconnu. Au cours de ma thèse, j’ai analysé le processus d'agrégation du lysozyme à pH 2 et à 57°C par différents techniques. D’autre part, une attention particulière a été concentrée sur l'exploration de l'activité inhibitrice, de certains produits naturels, de la formation des fibrilles du lysozyme d’œuf de poulet en utilisant la spectroscopie de fluorescence, la microscopie de force atomique, la spectroscopie infra rouge et la diffusion dynamique de la lumière. Nous avons constaté que la formation des fibrilles in vitro a été inhiber par tous les produits de manière dose dépendante. De plus, ces molécules ont la capacité de désintégrer les fibrilles déjà préformés. Basé sur l'analyse de structure et de morphologie nous avons constaté que ces produits inhibent l’agrégation avec la même efficacité mais ils remodèlent différemment les oligomères. Aussi nous avons évalué l'effet de ces produits sur l’agrégation de l’alpha synucleine et les résultats montrent que ces produits inhibent son agrégation d’une manière dose dépendante. Ainsi, il apparaît que nicotine, dopamine, resvératrol, rutine et tyrosol sont des inhibiteurs génériques de la formation de fibrilles et peuvent remodeler différents de protéines amyloïdesAt least twenty human proteins can fold abnormally to form pathological deposits that are associated with several degenerative diseases. Despite extensive investigation on amyloid fibrillogenesis and toxicity of certain aggregate forms, its detailed molecular mechanisms remain unknown. During my PhD, I was analysed the aggregation process of lysozyme at pH 2 and 57°C by different techniques. Particular attention has been focused on the exploring the inhibitory activity of natural products such us nicotine, dopamine, resveratrol, rutine and tyrosol against the fibrillation of hen lysozyme by using fluoresecence spectroscopy, atomic force microscopy, infra rouge spectroscopy and dynamic light scattering. We found that the formation of amyloid fibrils in vitro was inhibited by all products in a dose dependent manner. Moreover, they were also capable of robustly disaggregating pre-formed oligomers. Based upon structure analysis we demonstrate that natural products inhibit the aggregation with the same efficacity but they remodel differently oligomers and amyloid fibrils. Also we have tested the effect of these products in the aggregation of alpha synuclein and results demonstrate that the formation of alpha synuclein amyloid fibrils was inhibited by all products in a dose dependent manner. Thus, it appears that nicotine; dopamine, resveratrol, rutine and tyrosol are generic inhibitors of amyloid fibril formation and can remodel different conformers of amyloid proteins
16
Renaud, Stéphanie. "Impact des osmolytes organiques sur l'activité catalytique des protéines." Rennes 1, 2004. http://www.theses.fr/2004REN10134.
Full textAbstract:
Au cours de ce travail nous avons montré que les osmolytes organiques tels que la glycine bétai͏̈ne (GB) inhibent l'activité de plusieurs enzymes dont celle de la glutamate déshydrogénase (GDH) et de la dihydrofolate réductase (DHFR). Cet effet est proportionnel à la concentration de l'osmolyte et présente les caractéristiques d'une inhibition incompétitive. Ces osmolytes organiques provoquent en effet une diminution de la vitesse de catalyse et une augmentation de l'affinité apparente pour les substrats. Au delà des paramètres optimaux des enzymes, ces dernières ne sont plus inhibées mais activées par la GB. Cette dualité d'effets est liée à la capacité de la GB à stabiliser les protéines et à réduire leur flexibilité. Nos résultats montrent que tous les solutés compatibles ont la capacité d'activer ou d'inhiber les enzymes, nous proposons un modèle qui, suivant les caractéristiques du soluté et de la protéine permet de comprendre cette dualité d'effet. Les agents déstabilisants tels que les sels, la température et l'urée ont un effet opposé à celui de la GB sur l'activité de la GDH. Leurs effets sont également intégrés au modèle proposé. L'inhibition de l'activité de la GDH contribuerait à réduire l'accumulation du glutamate lorsque la GB s'accumule dans la cellule. Ce phénomène permet ainsi d'expliquer la préférence des cellules pour la GB au détriment des solutés néosynthétisés lors de l'adaptation à un stress hyperosmotique. L'inhibition d'autres enzymes telles que la DHFR laisse présager un impact plus général de ces molécules sur le métabolisme cellulaire.
17
Bunyapaiboonsri, Taridaporn. "Dynamic combinatorial chemistry : Exploration using biological receptors." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13065.
Full textAbstract:
La chimie combinatoire dynamique a été récemment introduite comme une approche nouvelle et attractive pour générer et cribler un grand nombre de bibliothèques de composés en une seule étape. Basé sur l'interconnexion réversible entre les composés de la bibliothèque, le processus d'auto-ajustement donne accès à la sélection et à l'amplification du meilleur inhibiteur en présence d'une cible. Au cours de cette thèse, nous avons choisi deux cibles biologiques qui nous ont permis d'explorer l'approche de la chimie combinatoire dynamique. La réversibilité du système a été rendue possible en utilisant l'échange de disulfures ou la formation réversible d'acyl hydrazones. Premièrement, une bibliothèque dynamique d'inhibiteurs d'acétylcholinestérase a été générée grâce à l'échange de disulfures. Nous avons observé la réversibilité du système à l'aide de la spectroscopie de RMN. A partir d'un mélange initial de 5 homodisulfures en présence d'un agent réducteur, une bibliothèque contenant 15 composantes a été obtenue. Les composantes de cette bibliothèque ont été mises en évidence par SM-ES et par EC. Deuxièmement, une bibliothèque combinatoire dynamique d'inhibiteurs d'acétylcholinesterase a été générée en se basant sur la formation réversible d'acyl-hydrazones. Le processus pré-équilibré a été utilisé pour obtentir d'une bibliothèque dynamique composée de 66 espèces possibles, à partir de 13 unités de bases. Nous avons ensuite identifié l'inhibiteur très puissant (IC50 et Ki de l'ordre de nM), en utilisant la méthode de la déconvolution dynamique. Finalement, le processus pré-équilibré combiné à la technique de la déconvolution dynamique a été employé pour identifier les inhibiteurs de la HPr kinase/phosphatase. Ainsi, nous avons pu préparer une bibliothèque dynamique constituée de 440 composés possibles, en une seule étape, à partir de 21 unités de bases. Le ligand hétérocyclique bis-cationique s'est révélé un inhibiteur relativement puissant (IC50 de l'ordre de mM)Dynamic combinatorial chemistry (DCC) has recently been introduced as a new and attractive approach for generating and screening large numbers of library compounds in one step. Based upon the reversible interconnection between library components, the self-adjusting process give access to selection and amplification of the best binder in the presence of a target. In this thesis, two biological targets were chosen to explore the DCC approach. The reversibility of the system was achieved using disulfide interchange or reversible acyl hydrazone formation. Firstly, a dynamic library of acetylcholinesterase inhibitors was generated through disulfide exchange. The reversibility of the system was observed by NMR spectroscopy. Upon scrambling 5 initial homodisulfides in the presence of a reducing agent, a 15-compound library was produced. The library components were analyzed by ESI-MS and CE. Secondly, a dynamic combinatorial library of acetylcholinesterase inhibitors was further generated through reversible acyl hydrazone formation. The pre-equilibrated process was applied to produce a dynamic library composed of 66 possible species, from a set of 13 initial aldehyde and hydrazide building blocks. Using a technique called dynamic deconvolution, a highly potent inhibitor was identified with IC50 in the nanomolar range. Finally, the pre-equilibrated process combined with the dynamic deconvolution technique was further studied to identify HPr kinase/phosphatase inhibitors. From a set of 21 initial aldehyde and hydrazide builiding blocks, a dynamic library of 440 possible compounds was formed in one operation. A bis-cationic heterocyclic ligand was identified as a relatively potent inhibitor, displaying an IC50 in the micromolar range
18
Pozza, Alexandre. "Surexpression hétérologue et purification du transporteur membranaire ABCG2 : mécanisme d'interaction avec des substrats et des inhibiteurs spécifiques." Lyon 1, 2007. http://www.theses.fr/2007LYO10327.
Full textAbstract:
ABCG2 est un demi-transporteur ABC impliqué dans le phénotype de résistance à de multiples drogues des cellules cancéreuses. Notre but est de comprendre le mécanisme de transport et d’interaction avec des inhibiteurs spécifiques. Après des tentatives infructueuses en bactérie, ABCG2 a été surexprimée sous forme fonctionnelle dans le système cellules d’insecte/baculovirus. L’effet de certains inhibiteurs sur l’activité ATPasique de la protéine a été étudié, ainsi que leur fixation sur le transporteur purifié. Cela a permis de mettre en évidence un mécanisme d’inhibition différent pour un même inhibiteur entre les formes sauvage et mutée R482T du transporteur. La différence dans le spectre des substrats transportés induite par la mutation n’est pas due à la fixation, mais plus probablement à la translocation membranaire des substrats. La protéine recombinante apparaît sous forme de deux bandes dont la différence est probablement de nature conformationelleABCG2 is an ABC half-transporter involved in multidrug resistance of cancer cells. Our aim is to understand the mechanism of transport and of interaction with specific inhibitors. After some unsuccessful attempts in bacteria, ABCG2 was functionally overexpressed with the insect cells/baculovirus system. The effects of some inhibitors on ATPase activity were studied, as well as the capacity of binding to the purified transporter. This allowed to bring evidence for a different inhibition mechanism for the same inhibitor between the wild-type and R482T mutant of the transporter. The difference in transport-substrate spectrum induced by the mutation is not due to binding, but more likely related to membrane translocation. The recombinant protein appears as two bands, the difference of which is probably of conformational origin
19
Xie, Juan. "Synthèse, étude biologique et pharmacologique de nouveaux inhibiteurs des enzymes de dégradation des enképhalines." Paris 5, 1988. http://www.theses.fr/1988PA05P617.
Full text
20
Sibille, Estelle. "Criblage d'inhibiteurs réversibles et irréversibles des phosphatases CDC25s par spectrométrie de masse : Application à des extraits d'origine végétale." Thesis, Université de Lorraine, 2013. http://www.theses.fr/2013LORR0260/document.
Full textAbstract:
Les protéines CDC25 (Cell Cycle Division 25) sont des régulateurs clés de la progression du cycle cellulaire et leur surexpression a été reportée dans de nombreux types de cancers. Leur inhibition apparait donc intéressante dans le cadre de traitements anticancéreux. L'objet de ces recherches a été de développer un test de criblage permettant de détecter les inhibiteurs réversibles et irréversibles des CDC25s, puis d'appliquer ce test à des extraits végétaux. La première partie implique la spectrométrie de masse par désorption/ionisation laser assistée par matrice couplée à un détecteur à temps de vol (MALDI-TOFMS) afin de détecter les molécules se liant aux CDC25s avec une liaison faible (inhibiteurs réversibles). La deuxième partie de ce test beaucoup plus innovante consiste à mettre en évidence les ligands se liant avec une liaison plus forte (inhibiteurs irréversibles) aux CDC25s. Pour cela, une étape de digestion trypsique des protéines est réalisée, puis l'étude de l'empreinte peptidique massique est procédée sur le digest afin de déceler les inhibiteurs irréversibles. En parallèle, nous nous sommes intéressés à l'application de ce test à des extraits végétaux dans le but d'identifier de nouveaux inhibiteurs des CDC25s. L'activité inhibitrice de CDC25s de ces extraits est également évaluée in vitro grâce à des tests biologiques visant à compléter les premiers résultats obtenus lors du criblage par spectrométrie de masse. De ces travaux il résulte qu'une molécule encore non connue pour son activité sur CDC25s a montré un potentiel effet inhibiteur de ces protéines et cytotoxique sur lignées cellulaires humainesThe CDC25s phosphatases are key regulators of the physiological cell cycle progression. Their overexpression has been reported in a significant number of cancers and their inhibition appears to be an interesting strategy for treatments. We propose here a rapid screening test allowing the detection of reversible and irreversible CDC25 inhibitors. The test is based on the incubation of the candidate molecules with the human CDC25 proteins followed by an ultrafiltration step. The retentate is then directly analyzed by MALDI-TOFMS to detect reversible inhibitors or submitted to PMF analysis to reveal irreversible inhibitors. In parallel we applied this test to vegetable extracts in order to identify novel CDC25 inhibitors. The CDC25s inhibitory activity of these extracts is also evaluated in vitro thanks to biological tests. It results from this work that one molecule never known for its activity on the CDC25s shows a potential inhibitory effect and is cytotoxic on human cellular lineage
21
Foret, Johanna. "Conception et synthèse de nouveaux types d’inhibiteurs des phosphomannose isomérases : étude structure-activité par évaluations cinétiques et modélisation moléculaire." Paris 11, 2009. http://www.theses.fr/2009PA112187.
Full textAbstract:
Les phosphomannose isomérases (PMIs) sont des métalloprotéines de la classe des aldose-cétose isomérases catalysant l’interconversion réversible entre le 6-phosphate-D-mannose (M6P) et le 6-phosphate-D-fructose. Etant essentielles à la survie ou à la virulence de plusieurs microorganismes pathogènes tels que les champignons C. Albicans, C. Neoformans et A. Nidulans, le parasite L. Mexicana ou encore la bactérie P. Aeruginosa, elles apparaissent comme des cibles thérapeutiques potentielles. Ce travail de thèse est une étude structure-activite��. Trois analogues de M6P et une quinzaine d’analogues de l’intermédiaire de haute énergie de la réaction catalysée par l’enzyme ont été synthétisés. Leurs propriétés inhibitrices vis-à-vis de deux PMIs ont été évaluées. L’ensemble des résultats cinétiques obtenus a mis en évidence les fonctions du substrat ou des inhibiteurs essentielles à leur affinité pour l’enzyme, et les possibilités de modification ou de fonctionnalisation de ces structures pour obtenir des molécules d’intérêt thérapeutique. En l’absence de structures tridimensionnelles de complexes PMI-ligand, des études de modélisation moléculaire à l’aide de la méthode SIBFA ont été menées pour générer des complexes de la PMI avec le M6P ou avec certains des inhibiteurs synthétisés. L’analyse de ces complexes a permis d’approfondir les connaissances mécanistiques et structurales actuelles des PMI. De plus, des améliorations du modèle théorique ont pu être proposées à partir de comparaisons entre les études de modélisation et les données cinétiques, avec pour objectif d’obtenir un outil puissant et fiable pour concevoir des inhibiteurs de PMI d’intérêt thérapeutiquePhosphomannose isomerases (PMIs) are metal-dependent aldose-ketose isomerases which catalyze the reversible isomerization of D-mannose 6-phosphate (M6P) and D-fructose 6-phosphate. As they are essential for the survival of several pathogenic microorganisms, including yeasts (C. Albicans, C. Neoformans and A. Nidulans), P. Aeruginosa and L. Mexicana, PMIs are considered as potential therapeutic targets. This work is a structure-activity relationship (SAR) study. Three substrate analogue inhibitors and about fifteen analogue inhibitors of the postulated PMI catalyzed reaction high-energy intermediate were synthesized, and the evaluation of their properties towards PMIs was performed. Overall, the obtained kinetic results highlighted the essential parts of the inhibitor for its enzyme affinity, as well as the allowed structural modifications of the substrate or known inhibitors which would lead to molecules of therapeutic interest. In the absence of three-dimensional crystal structures of PMI-inhibitor complexes, some of these compounds were docked into the active site of PMI by energy-minimization using the polarizable molecular mechanics procedure SIBFA (Sum of Interactions Between Fragments ab initio computed). Results of these theoretical studies improved our structural and mechanistic knowledge of PMI. Moreover, comparison between kinetic and molecular modelling data resulted in an improvement of the SIBFA theoretical procedure so as to get a powerful tool for the future design of PMI inhibitors of therapeutic interest
22
Chapuis, Hubert. "Synthèse d'analogues structuraux de la puromycine écourtée abec le couplage de Staudinger." Lyon 1, 2006. http://www.theses.fr/2006LYO10070.
Full textAbstract:
La puromycine 1 est un antibiotique naturel élaboré par la souche Streptomyces alboniger qui inhibe la synthèse ribosomale des protéines bactériennes. Toutefois, la dégradation de la puromycine engendre la formation d'un produit toxique chez l'homme. Par conséquent, la quête d'analogues structuraux de la puromycine est menée dans l'idée de poursuivre conjointement plusieurs objectifs, tels: la recherche d'un nouvel antibiotique à large spécificité, une meilleure compréhension du mécanisme de la synthèse ribosomale de protéines en général, et de la biosynthèse de la puromycine chez Streptomyces alboniger. Les analogues synthétisés sont à la fois des intermédiaires putatifs de la biosynthèse de la puromycine, mais aussi des inhibiteurs potentiels de la synthèse ribosomale des protéines
23
Leblond-Castaing, Julie. "Caractérisation de l’interaction des protéines IMA/MIF2 et CSN5 au niveau moléculaire et physiologique." Thesis, Bordeaux 1, 2011. http://www.theses.fr/2011BOR14466/document.
Full textAbstract:
Les plantes ont la capacité à former de nouveaux organes grâce à une croissance continue assurée par une réserve de cellules souches au sein de structures spécifiques, les méristèmes. Les méristèmes floraux diffèrent des méristèmes végétatifs par leur caractère déterminé aboutissant à la production des fleurs. Le gène IMA (INHIBITOR OF MERISTEM ACTIVITY) code une protéine contenant un motif «doigt à zinc» (MIF) régulant les processus développementaux de la fleur et des ovules chez la tomate. En effet, IMA inhibe la prolifération cellulaire au cours de la terminaison florale en agissant sur l’expression du gène WUSCHEL, responsable du maintien du pool de cellules souches et contrôle le nombre de carpelles (Sicard et al., 2008). De plus, les protéines IMA et son orthologue chez Arabidopsis, MIF2, modulent la réponse à certaines phytohormones. De manière identique à la protéine MIF1 (Hu and Ma, 2006), IMA/MIF2 régule négativement la réponse aux brassinostéroïdes, à l’auxine, aux cytokinines et aux gibbérellines mais positivement la réponse à l’acide abscissique suggérant une fonction commune des protéines MIF dans les voies de réponse aux phytohormones. Un criblage d’une banque d’ADNc par la technique de double hybride a permis de révéler l’interaction entre les protéines IMA/MIF2 et une sous-unité du complexe signalosome, CSN5. De façon intéressante, les plantes mutantes csn5 d’Arabidopsis montrent de nombreuses altérations phénotypiques telles qu’un aspect buissonnant résultant de la perte de la dominance apicale, et une altération de la réponse à l’obscurité et à l’auxine. Ces phénotypes sont fortement ressemblants aux phénotypes des plantes MIF1OE d’Arabidopsis (Hu and Ma, 2006) et des plantes IMAOE de tomate (Sicard et al., 2008). Les résultats obtenus au cours de ce projet montrent que la protéine IMA inhibe la fonction du complexe signalosome grâce à son interaction avec la protéine CSN5Plants have the ability to form new organs as a result of indeterminate growth ensured by specific regions of pluripotent cells, called meristems. Flowers are produced by the activity of floral meristems which differ from vegetative meristems in their determinate fate. The INHIBITOR OF MERISTEM ACTIVITY (IMA) gene encoding a Mini Zinc Finger (MIF) protein from tomato (Solanum lycopersicum) regulates the processes of flower and ovule development. IMA inhibits cell proliferation during floral termination, controls the number of carpels during floral development and acts as a repressor of the meristem organizing centre gene WUSCHEL (Sicard et al., 2008). We demonstrated that IMA and its Arabidopsis ortholog MIF2 is also involved in a multiple hormonal signalling pathway, as a putative conserved feature for plant MIF proteins (Hu and Ma, 2006). Alike Arabidopsis MIF1, IMA/MIF2 regulates negatively BR, auxin, cytokinin and gibberellin signalling and positively ABA signaling. Using yeast two-hybrid screening experiments, we identified a strong protein-protein interaction between IMA and the signalosome subunit 5 (CSN5). Interestingly the csn5 mutant in Arabidopsis displays pleiotropic developmental defects such as a bushy phenotype originating from the loss of apical dominance and the alteration in sensitivity to darkness and auxin signals. These phenotypes are strikingly similar to what was described for Arabidopsis MIF1 (Hu and Ma, 2006) and tomato IMA overexpressors plants (Sicard et al., 2008), respectively. Taken together our data strongly suggest that IMA may act as an inhibitor of CSN function through its physical interaction with SlCSN5. The observed converse effects of IMA/MIF2 overexpression or deregulation on plant development and the abundance of developmental marker genes further support the notion of a CSN inhibitory control, since the COP9 signalosome through the specific deneddylation activity of the CSN5 subunit regulates plant hormone signalling
24
Laborie-Crémont, Hélène. "Synthèse de nouveaux inhibiteurs de kinases d'origine marine à visée thérapeutique." La Rochelle, 2009. http://www.theses.fr/2009LAROS278.
Full textAbstract:
Les protéines kinases représentent une des plus grandes familles d’enzymes impliquées dans la transduction et la régulation du signal intracellulaire. Leur dysfonctionnement est à l’origine de nombreux cancers et maladies neurodégénératives, d’où l’intérêt de rechercher de puissants ligands sélectifs capables de moduler l’activité de ces enzymes. Dans le cadre des recherches menées au laboratoire sur la conception, le design et la synthèse de molécules marines inhibitrices de kinases, nous nous sommes focalisés d’une part sur la préparation de nouveaux indigoïdes, structurellement proches des indirubines halogénées naturelles isolées du milieu marin qui sont reconnues pour leur forte activité anti-kinasique. Afin de dégager des relations structure-activité, notre choix s’est porté sur la modulation des parties ouest/est du squelette bis-indolique, par la préparation d’indoloazaindoles originaux diversement fonctionnalisés, d’indolobenzofuranes et de plusieurs oxindoles de type isoindigos et imino-oxindoles. D’autre part, mettant à profit notre savoir-faire sur la chimie de sel d’Appel, nous avons opté pour la synthèse d’alcaloïdes « tris-aromatiques » dérivés de l’hamacanthine, présentant un cycle 1,2,3-dithiazole. Une chimiothèque de 92 molécules a ainsi été constituée. L’évaluation biologique sur kinases a montré que bon nombre de ces composés sont actifs sur la GSK-3 et les CDKs. Avec une spécificité sur GSK-3 (IC50 de l’ordre du nanomolaire voire subnanomolaire) ; les indigoïdes constituent de nouvelles têtes de série avec un avenir prometteur pour un développement en thérapeutiqueIn an effort to develop new marine inhibitors of kinases as anticancer and anti-Alzheimer’s disease agents, we synthesized original indigoids substituted in position 1, 5, 5’, 6, structurally closed to marine indirubins. Because of their poor water solubility and low bioavailability, monoxime analogs were also prepared. The effect on cyclin dependant kinases, glycogen synthase kinase 3, casein kinase 1 and on the survival of human neuroblastoma SH-SY5Y cells were estimated. On the other hand, we synthesized new 1,2,3-dithiazoles via Appel’s Salt chemistry, which are closed to marine hamacanthin. These compounds were screened for their antibacterial, antifungal and antitumor activity
25
Braka, Abdennour. "Prédiction de la cinétique des inhibiteurs de protéines kinases et de leur affinité par docking flexible." Thesis, Orléans, 2018. http://www.theses.fr/2018ORLE2016.
Full textAbstract:
Dans le cadre d’un projet de drug design, l’amélioration de la prédiction de l’affinité représente toujours un défi malgré les nombreux efforts déployés dans ce sens. De plus, les constantes cinétiques d’association et de dissociation sont d'un intérêt majeur pour la découverte de nouveaux médicaments, notamment au stade précoce de l'optimisation des molécules afin de mieux évaluer leurs tolérances et efficacités. De par la récente émergence des études de constantes cinétiques, il existe peu de méthodes de prédiction de ces dernières et aucune approche efficace n'a encore été développée pour estimer correctement ces paramètres cinétiques.En relevant ces deux défis, le premier volet de cette thèse consiste au développement de nouvelles méthodes qui permettent dans un premier temps d’améliorer la prédiction de l’affinité par docking flexible et dans un deuxième temps la prédiction des constantes cinétiques d’association et de dissociations (kon et koff) grâce à des simulations de dynamique moléculaire accélérées.Dans le second volet de cette thèse, nous avons conçu de nouveaux inhibiteurs des LIM kinases, cibles émergentes impliquées dans plusieurs physiopathologies incluant la neurofibromatose et le cancer. Nos composés ont de bonnes affinités et sélectivités in vitro, et d’excellentes activités et tolérances évaluées sur des tests cellulairesIn a drug design project, improving the prediction of affinity is still an issue despite the considerable efforts made in this direction. In addition, binding kinetic constants are of major interest for the discovery of new drugs, in particular at the early stage of molecules optimization to better evaluate their tolerance and efficacy. Due to the recent emergence of the importance of binding kinetics, methods of kinetic rates prediction remain scarce and no efficient computational approach has still been developed to correctly estimate kinetic parameters.In order to challenge these two problematics, the first part of this thesis consists in the development of new methods that allow, first, to improve the prediction of affinity by a flexible docking and, second, to predict the ligand binding/unbinding pathways and binding kinetic rates (kon and koff) by enhanced molecular dynamics simulations.In the second part of this thesis, we have designed novel inhibitors of LIM kinases, emerging targets involved in several pathophysiologies including neurofibromatosis and cancer. Our compounds have good affinities and selectivities in vitro, and excellent activities and tolerances evaluated on cellular tests
26
Uzan, Catherine. "Expression des métalloprotéinases et de leurs inhibiteurs, de la protéine c-kit, des protéines de l’apoptose et des protéines HER1 et 2 dans l’endométriose." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066096.
Full textAbstract:
Introduction : L’endométriose est définie par la présence, hors de l’utérus, de tissu endométrial constitué de glandes et de chorion cytogène. Les métalloproteinases matricielles (MMPs) et leurs inhibiteurs endogènes (TIMPs), les protéines de l’apoptose, le récepteur c-kit et des protéines de la famille à récepteurs à l’EGF ont un rôle dans la progression tumorale mais leur rôle dans l’endométriose a été peu ou pas étudié. Matériel et méthodes : L’objectif de ces travaux était d’étudier en immunohistochimie l’expression de MMP-2, MMP-3, MMP-11, TIMP-1, TIMP-2, c-kit, des protéines de l’apoptose, HER1 et HER2 dans l’endomètre de patients atteintes ou non d’endométriose et dans les lésions d’endométriose péritonéale, ovarienne et colo-rectale. HER2 a de plus été étudié par FISH dans les lésions d’endométriose rectale et dans des prélèvements de carcinome endométrioïde de l’ovaire. De plus, des techniques de microdissection et de CGH (Hybridation Génomique Comparative) ont été effectuées pour rechercher des anomalies cytogénétiques dans les lésions d’endométriose. Résultats : Dans l’endomètre des patientes atteintes d’endométriose, comparé à l’endomètre de patientes non endométriosiques, une diminution de l’expression de MMP-2 et une perte complète de l’expression de MMP-3 ont été observées. L’expression de MMP-2, -3, -11, TIMP-1 et –2 était la même dans l’endomètre de patientes endométriosiques et dans les lésions d’endométriose péritonéale. L’expression de MMP-2, -3 et –11 était plus élevée dans les lésions colo-rectales que dans les lésions ovariennes et péritonéales. Inversement, l’expression de TIMP-2 était plus faible dans les lésions colo-rectales et ovariennes que dans les lésions péritonéales. L’expression de p53 et p21 était plus importante dans les endométriomes que dans l’endométriose péritonéale et l’endométriose colorectale. L’expression de bcl-2 était plus faible dans les endométriomes que dans l’endométriose péritonéale et l’endométriose colorectale. L'expression de c-kit était plus élevée dans les lésions colo-rectales que dans les lésions péritonéales et ovariennes. Il n’a pas été retrouvé d’expression d’HER1 et 2 dans les différentes lésions d’endométriose et il n’y avait pas de surexpression d’HER2 dans les lésions d’endométriose colorectales et dans les carcinomes endométrioïdes de l’ovaire. Conclusions : Ces résultats suggèrent une possible implication de MMP-2, –3 et TIMP-2, du c-kit et des protéines de l’apoptose dans la pathogénie de l’endométriose
27
Faucher, Didier. "Inhibiteurs naturels de métalloproteinases : relations structure-activité." Tours, 1988. http://www.theses.fr/1988TOUR3805.
Full text
28
Coulombeau, Agnès. "Synthèse de phosphinodipeptides." Montpellier 2, 2000. http://www.theses.fr/2000MON20147.
Full textAbstract:
Intervenant dans de nombreuses pathologies humaines, les metalloproteases sont, aujourd'hui, considerees comme des cibles therapeutiques de premiere importance. Dans la recherche de nouveaux inhibiteurs de metalloproteases a zinc, nous avons etudie la synthese d'analogues phosphinodipeptidiques dont l'interet reside d'une part dans la tres forte analogie existant entre leur structure et celle des substrats des metalloproteases a zinc dans leur etat de transition tetraedrique, et d'autre part, dans la possibilite d'incorporation en syntheses paralleles dans des structures peptidiques plus etendues. Afin d'obtenir des esters phosphores aussi stables que possible, nous avons d'abord effectue la synthese pas-a-pas de phosphinates d'ethyle. Mais, a cause de la difficulte a purifier les intermediaires hydrogenophosphinates d'ethyle, instables a divers traitements, nous n'avons pas poursuivi dans cette voie. Nous avons alors effectue une etude de la reaction conduisant au reactif de depart, l'hypophosphite d'alkyle, pour l'obtenir avec la meilleure purete possible. Une methode generale de synthese one-pot a ainsi ete elaboree pour la preparation des phosphinates de methyle obtenus sous forme protegee impliquant l'addition de l'hypophosphite de methyle sur des imines puis celle des hydrogenophosphinates resultants sur des esters ,-insatures. Cette methode permet de faire varier les substituants aliphatiques ou aromatiques sur les carbones en et en du phosphore avec de bons rendements en produits isoles. Des deprotections totale ou selectives fournissent les produits de depart pour des syntheses peptidiques ulterieures par elongation du cote n-, p-, ou c-terminal. Enfin, quelques essais de synthese asymetrique ont ete realises a titre exploratoire, visant a diminuer le nombre de diastereoisomeres obtenus lors de la synthese.
29
Routhier, Sophie. "Le développement des inhibiteurs de pace4 et leurs effets sur la progression tumorale." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2008. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/3950.
Full textAbstract:
Les pro-protéines convertases (PCs), nommées PC1/3, PC2, furine, PACE4, PC5/6, PC4 et PC7, sont impliquées dans l'activation de précurseurs protéiques de par le clivage endoprotéolytique qu'elles effectuent en C-terminal des paires de résidus basiques Lys/Arg-Arg. Ces protéases à sérine occupent des fonctions dans l'initiation et le maintient [i.e. maintien] du phénotype néoplasique puisqu'elles activent, entre autres, des protéines reliées à la prolifération, l'adhésion et l'invasion cellulaire cancéreuse. Étant donné le caractère unique et redondant dans la fonctionnalité des PCs, il est important de distinguer les rôles spécifiques tenus par chacune. Ainsi, l'implication de PACE4 dans la progression cancéreuse est de plus en plus investiguée. L'inhibiteur peptidique spécifique envers PACE4, LLLLRVKR (Multi-Leu ou ML), offre la possibilité d'étudier les impacts d'une inhibition de PACE4 sur les traits distinctifs d'une lignée cancéreuse. Pour introduire ces travaux, il a été prouvé que la lignée cancéreuse humaine de la prostate DU145 surexprimait uniquement PACE4. Nous démontrons par essais MTT que le ML réduit de 50% la prolifération de ce modèle. Suite à l'optimisation de la pénétration et de la stabilité du peptide, l'inhibition de la prolifération obtenue fut quasi complète. Des travaux ont aussi été réalisés afin de mieux comprendre ces effets. La formation de colonies, la viabilité cellulaire, le cycle de division et l'expression de diverses protéines furent étudiées. Enfin, la progression des tumeurs DU145 fut abolie par des traitements intra tumoraux avec le ML. Le ML est donc un inhibiteur de PACE4 qui bloque la progression tumorale, ce qui lui confère une application thérapeutique potentielle.
30
Velic, Denis. "Élaboration et analyse de molécules inhibitrices de protéines de la réparation de l'ADN par recombinaison homologue." Doctoral thesis, Université Laval, 2016. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27052.
Full textAbstract:
Thèse en cotutelle, Doctorat en biologie cellulaire et moléculaire, Université Laval, Québec, Canada et Université de Nantes, Nantes, FranceLes cellules humaines sont soumises à des stress induisant des cassures double-brin de l’ADN (CDB). Ces CDB sont réparées notamment par la recombinaison homologue, impliquant les protéines RAD51 et RAD52. Une stratégie thérapeutique émergente est de développer des molécules inhibant RAD51 ou RAD52 afin d’accentuer l’instabilité génétique et la mort de la cellule cancéreuse. En effet, dans certains cancers, l’activité de RAD51 est dérégulée promouvant la prolifération tumorale. Il existe plusieurs molécules inhibitrices de RAD51 et nous nous sommes intéressés au DIDS dont le mode d’action n’a pas encore été déterminé. Concernant RAD52, une létalité synthétique a été montrée lorsque celle-ci est inactivée dans des cellules déficientes en BRCA1, BRCA2 ou PALB2, trois gènes mutés dans de nombreux cancers. Récemment, trois types de molécules inhibitrices de RAD52 ont été mis en évidence. Nous avons tout d’abord étudié l’impact du DIDS ainsi que des molécules dérivées afin de comprendre le mécanisme mis en jeu. Nous avons montré que le DIDS, ainsi que ses dérivés inhibent la liaison de RAD51 à l’ADN. Ces molécules empêchent la formation du nucléofilament entrainant une diminution du nombre de foyers RAD51. Nous avons développé une méthode de criblage par fluorescence pour évaluer l’effet d’une banque de 696 molécules sur la capacité de RAD52 à hybrider deux ADNsb. Deux molécules capables d’inhiber la fonction d’hybridation de RAD52 ont été mises au jour. In vivo, elles entrainent une diminution de la survie de cellules déficientes en PALB2. La recherche et le développement de nouveaux inhibiteurs de RAD51 et RAD52 constituent des stratégies thérapeutiques d’avenir.
Human cells are subjected to stress inducing DNA double-strand breaks (DSB). DSB are repaired in particular by homologous recombination, involving RAD51 and RAD52 proteins. An emerging therapeutic strategy is to develop RAD51 or RAD52 inhibitors that promote genetic instability and induce cancer cell death. In some cancers, the activity of RAD51 is deregulated promoting tumor proliferation. There are several RAD51 inhibitors and we focused on DIDS, whose mechanism of action has not been yet determined. Concerning RAD52, a synthetic lethality has been shown when its gene is inactivated in BRCA1, BRCA2 or PALB2 deficient cells, those genes being mutated in various cancers. Recently, three types of molecules inhibiting RAD52 were highlighted. We studied the impact of DIDS and its derivatives to understand the mechanism involved in the inhibition. We showed that DIDS and its derivatives inhibit RAD51 DNA binding function. These molecules prevent the formation of nucleofilament leading to a decrease in RAD51 foci formation. We have developed a fluorescent method of screening to evaluate the effect of a library of 696 molecules on the RAD52 ability to hybridize two ssDNA. Two molecules were able to inhibit the RAD52 hybridization function. In vivo, they induce a decrease in PALB2 deficient cell survival. Research and development of new RAD51 and RAD52 inhibitors represent promising therapeutic strategies.
31
Loidreau, Yvonnick. "Synthèse de composés hétérocycliques [6,5,6] polyhétéroatomiques, inhibiteurs potentiels de kinases." Rouen, 2013. http://www.theses.fr/2013ROUES001.
Full textAbstract:
Ce manuscrit décrit la conception, la construction et les applications potentielles d'une chimiothèque construite autour de structures planes tricycliques [6,5,6] polyhétéroatomiques. Dans un premier temps, une étude des différentes voies d'accès aux précurseurs bicycliques clés [6,5] a été réalisée. Après l'obtention de ces synthons, une seconde étude a permis la formation du troisième cycle, soit à partir de la dégradation du formamide sous irradiation micro-ondes, soit à partir du réarrangement de Dimroth. A l'issue de ces travaux, une centaine de molécules a pu être synthétisée. Cette chimiothèque a ensuite été testée sur un panel de sept familles de kinases (CDK-5, GSK-3, CK-1, DYRK-1A, CK-1, EGF-R et VEGF-R) conduisant à la détermination d'un composé leadre 87 (0. 031 nM sur CK-1 et 0. 68 microM sur CLK-1). Une dernière étude a donc consisté à pharmacomoduler cette molécule, en s'appuyant sur la réaction de Suzuki. Au total, près de 200 molécules ont été obtenues et ce projet ouvre de nombreuses perspectives pharmacologiquesIn this manuscript, we describe the design, synthesis and potential applications of a combinatorial library based on polyheteroatomic [6,5,6] planar tricyclic structure. Initially, a study of different synthetic ways to bicyclic [6,5] precursors was carried out. Upon completion of these scaffolds, the third heterocycle was generated by using decomposition of formamide or from the Dimroth rearrangement. More than one hundred molecules were obtained following this work. The products of this library were screened on seven families of kinases (CDK-5, GSK-3, CK-1, DYRK-1A, CK-1, EGF-R and VEGF-R) in order to determine a lead compound 87 (0. 031 nM on CK-1 and 0. 68 microM on CLK-1). A last study consisted in modulating this compound by Suzuki cross-coupling. Finally, more than two hundred molecules were synthetized and this project opens various pharmacological perspectives
32
Montoir, David. "Synthèse de nouveaux analogues de la novobiocine, inhibiteurs potentiels de la Hsp90." Nantes, 2015. http://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show.action?id=6c48ca52-acbc-4cf1-aaa9-deed157ff1bc.
Full textAbstract:
La protéine de choc thermique Hsp90 est une protéine ATP-dépendante à activité chaperon jouant un rôle important dans le maintien de l'homéostasie protéique. Elle va pouvoir réguler la maturation et le repliement dans l’espace de nombreuses « protéines clientes » dont un nombre important est impliqué dans l’oncogénèse. Ainsi, l’inhibition de la Hsp90 représente une voie intéressante pour le développement de nouveaux médicaments anticancéreux. La novobiocine, un antibiotique de la famille des aminocoumarines, a montré un début d’activité antiprolifératif (CI50 = 700 μM sur SKBr3, lignée cellulaire cancéreuse du sein) en se liant spécifiquement sur la région C-terminale de la Hsp90. Le travail présenté ici décrit la synthèse de nouveaux analogues de la novobiocine en séries 1,6-naphtyridin- 2(1H)-one et 1,6-naphtyridin-4(1H)-one. Les composés synthétisés ont été évalués sur des lignées cellulaires cancéreuses mammaires afin de mesurer leur potentiel antiprolifératif puis une étude de binding sur la protéine entière Hsp90 et ses fragments a été réalisée. Les meilleurs candidats ont par la suite fait l’objet d’une analyse Western-Blot afin de mesurer leur capacité à induire une dégradation des protéines clientes de Hsp90. En parallèle un travail de méthodologie de synthèse mettant en jeu des couplages pallado-catalysés a conduit à l’obtention de 1,6-naphtyridin-2(1H)-ones 3,7- disubstituées originalesThe 90-kDa Heat shock protein (Hsp90) is an ATP-dependent chaperone known to play a crucial role in protein homeostasis. Hsp90 is directly involved in the conformational stability of « client proteins », many of which are associated with cancer cell survival. Thus, Hsp90 inhibition represents an attractive route for the development of new anticancer drugs. Novobiocin, an aminocoumarin antibiotic, was reported to inhibit Hsp90 targeting C-terminal domain, and showed anti-proliferative properties (IC50 = 700 μM in SKBr3, breast cancer cell line). The work presented here describes the synthesis of new analogs of novobiocin derived from 1,6- naphthyridin-2(1H)-one and 1,6-naphthyridin-4(1H)-one series. Newly synthesized compounds were evaluated against breast cancer cell lines for their antiproliferative activities and selected regarding their capacity to bind the mammalian Hsp90 and its fragments. The best candidates were subsequently tested by Western blot analysis to measure their ability to induce degradation of Hsp90 client proteins. In parallel a synthetic methodology involving palladium-catalyzed coupling reactions was developed to produce original 3,7-disubstituted 1,6-naphthyridin-2(1H)-ones
33
Tahtouh, Tania. "Optimisation et caractérisation de nouveaux inhibiteurs pharmacologiques de DYRKs et CLKs, les leucettines." Thesis, Rennes 1, 2013. http://www.theses.fr/2013REN1S015.
Full textAbstract:
Les DYRKs (dual specificity, tyrosine phosphorylation regulated Kinases) et CLKs (cdc2-like kinases) sont deux familles de kinases du groupe CMGC. Elles sont impliquées dans le développement de la maladie d'Alzheimer et de la trisomie 21. Nous présentons ici une optimisation et une caractérisation biologique détaillée des Leucettines, une famille d’inhibiteurs pharmacologiques de DYRKs/CLKs dérivés de la Leucettamine B, un alcaloïde extrait d'une éponge marine. Nous avons étudié la relation structure/activité de cette classe d'inhibiteurs sur un ensemble de réponses biologiques. Afin d'étudier les cibles potentielles de ces inhibiteurs, nous avons mis en œuvre une méthode de chromatographie d’affinité. La sélectivité de la Leucettine L41, sélectionnée comme représentative des Leucettines, a été étudiée par des essais d'activité et d'interaction de kinases recombinantes in vitro, et des tests de chromatographie d'affinité (Leucettines immobilisées sur billes d'agarose, compétition sur billes d’inhibiteurs non sélectifs). Des approches transcriptomiques et protéomiques ont été utilisées afin de mieux comprendre le mécanisme d'action cellulaire de la Leucettine L41. Ces approches ont confirmé la sélectivité de la Leucettine L41 pour DYRKs et CLKs mais aussi révélé l’existence de cibles secondaires intéressantes. La Leucettine L41 module l'épissage alternatif de pré-ARNm. Elle présente des propriétés neuroprotectrices vis-à-vis de la mort cellulaire induite par le glutamate. Les Leucettines méritent un développement en tant qu'agents thérapeutiques potentiels pour le traitement de la maladie d'Alzheimer et de la trisomie 21DYRKs (dual specificity, tyrosine phosphorylation regulated kinases) and CLKs (cdc2-like kinases) are two families of kinases belonging to the CMGC group. They are involved in the development of Alzheimer's disease and Down syndrome. We here present the optimization and a detailed biological characterization of Leucettines, a family of pharmacological inhibitors of DYRKs/CLKs derived from Leucettamine B, an alkaloid produced by a marine sponge. We studied the structure/activity relationship of this class of inhibitors on a set of biological responses. To investigate potential targets of these inhibitors, we implemented an affinity chromatography method. The selectivity of Leucettine L41, selected as a representative Leucettine, was studied by in vitro activity and interaction assays of recombinant kinases and affinity chromatography approaches (Leucettines immobilized on agarose beads, competition on non-selective inhibitors). Transcriptomics and proteomics approaches were used to better understand the cellular mechanism of action of Leucettine L41. These approaches confirmed the selectivity of Leucettine L41 for DYRKs and CLKs but also revealed the existence of interesting secondary targets. Leucettine L41 modulates alternative splicing of pre-mRNAs. It displays neuroprotective properties towards glutamate-induced cell death. Leucettines deserve further development as potential therapeutic agents for the treatment of Alzheimer's disease and Down syndrome
34
Weber, Philippe. "Synthèse et évaluation de nouveaux inhibiteurs de la fructose-1,6-diphosphate aldolase de classe II à zinc." Paris 11, 2003. http://www.theses.fr/2003PA112214.
Full textAbstract:
Le présent travail de recherche concerne la synthèse de nouveaux inhibiteurs d'une enzyme encore mal connue, la fructose 1,6-diphosphate (FdP) aldolase de classe II, très intéressante en tant que cible thérapeutique. Les deux classes de FdP aldolases se différencient par leur mode de fonctionnement très diffèrent et par les organismes dans lesquels ils se trouvent. Les aldolases de classe I sont présentes partout alors que les aldolases de classe II se trouvent uniquement dans les bactéries et les levures dont de nombreuses espèces pathogènes. En 1973, le phospho-glycolo-hydroxamate (PGH) s'est montré un très bon inhibiteur de cette enzyme in vitro. C'est le seul bon inhibiteur connu. Il y a donc de bonnes opportunités de recherche d'autres inhibiteurs pouissant dans ce domaine. Nous nous sommes intéressés à la synthèse d'analogues du DHAP en diversifiant au maximum les molécules visés. Nous avons tenté en premier lieu de préparer des acides thiohydroxamiques, analogues soufrés des hydroxamates, mais nous avons dû renoncer du fait de leur instabilité. Les tentatives de synthèse de dithiols et de thiirane phosphorylé ont échoué dans les dernières étapes. Nous avons aussi essayé la synthèse d'autres analogues azotés : les amidoximes. Deux ont été préparés : le phospho-glycolo-amidoxime (PGA) et le 3-phosphono-propiono-amidoxime (PPA). De plus, nous avons trouvé une nouvelle voie de synthèse du PGH qui est rapide et économique. Cette stratégie a aussi permis d'obtenir le phospho-glycolo-hydrazide qui n'avait jamais été décrit. Les tests de cinétique enzymatique effectués sur l'aldolase montrent que le PGH (le meilleur inhibiteur existant) est 10 fois plus efficace que le PGA pour l'aldolase de levure et 2 fois pour l'aldolase de muscle de lapin. Le PPA est par contre 1000 fois moins bon que le PGA car il manque pour le fixer au site actif de l'enzyme une liaison hydrogèneThis research work concerns the synthesis of new inhibitors of a not well known enzyme, the class II fructose-1,6-diphosphate aldolase. This enzyme is very interesting as a therapeutic target. The two classes of aldolase have very different ways of processing their substrates and are found in different organisms. The class I can be found everywhere and the class II is only found in microorganisms and mould, including several of pathogenic species. In 1973, phospho-glycolo-hydroxamate (PGH) has been proved to be a very good inhibitor of this enzyme in vitro. It's the only good inhibitor prepared against classe II aldolase. There are still large opportunities of research in this area. We were interessed in the synthesis of several analogs of DHAP. We have first tried to prepare thiohydroxamic acids, as sulfurated analogs of hydroxamates, but these counpounds are not stable enought. Attempts of synthesis of a phosphorylated dithiol and thiirane have failed in the last steps. We also tried the synthesis of another nitrogen containing analogs : amidoximes. Two of them have been prepared : phospho-glycolo-amidoxime (PGA) and 3-phosphono-propiono-amidoxime (PPA). Furthermore, we have found a new fast and cheap way to prepare PGH. The method can also lead to phospho-glycolo-hydrazide which has never been described before. The enzymatic tests carried out on aldolase show that PGA is only 10 times less effective than PGH (best known inhibitor) for yeast aldolase and 2 times for rabbit muscle aldolase. PPA is 1000 times less effective than PGA because of a missing hydrogen bound between an oxygen of phosphate ester and an amino acid of the enzyme
35
Brottier, Philippe. "Étude fonctionnelle d'une protéine non structurale de rotavirus : la protéine NS53 fixe le zinc et l'ARN." Compiègne, 1991. http://www.theses.fr/1991COMPD402.
Full textAbstract:
Les rotavirus constituent un groupe de virus classe dans la famille des Reoviridae et sont reconnus comme l'agent étiologique majeur des gastro-entérites néonatales de nombreuses espèces animales. Notre connaissance du cycle viral est encore très incomplète et en particulier du rôle joué par les cinq protéines non structurales dans la réplication virale. La protéine non structurale NS53 codée par le segment 5 est synthétisée à faible niveau dans la cellule. Pour étudier ses propriétés fonctionnelles, l'ADNc du gène 5 de rotavirus bovin a été cloné dans un vecteur de transfert baculovirus sous le contrôle du promoteur fort de la polyédrine. Les baculovirus recombinants expriment, dans les cellules d'insecte, la protéine NS53 en quantité importante sous une forme stable mais insoluble. L'expression abondante de la protéine recombinante nous a permis d'obtenir un antisérum spécifique de la protéine NS53 naturelle présente dans les cellules MA104 infectées par le rotavirus. A l'aide de ce sérum, nous avons confirmé que la protéine NS53 n'est pas associée aux particules virales simple ou double capside, mettant ainsi fin aux controverses sur sa nature non structurale. L'analyse de la séquence de la protéine révèle la présence de deux arrangements de cystéines caractéristiques d'un motif « doigt à zinc » récemment identifié dans la séquence de nombreuses protéines régulatrices qui fixent les acides nucléiques. De plus, bien que le segment 5 montre une extrême variabilité de séquence, le motif « doigt à zinc » de l'extrémité NH2 terminale de la protéine NS53 reste hautement conservé au sein des souches de rotavirus des groupes A et C. Par l'utilisation de plusieurs méthodes, nous avons montré que la protéine recombinante fixe spécifiquement le zinc et que celui-ci est impliqué dans la conformation compacte de la protéine en solution. En outre, la purification de la protéine recombinante par FPLC nous a permis de mettre en évidence la fixation de l'ARN simple brin sur la protéine. L'ensemble de ces résultats nous conduit à formuler l'hypothèse que la protéine NS53 pourrait être impliquée dans la formation des particules précoces RI et le regroupement ou l'encapsidation de l'ARN (+) dans les particules virales immatures.
36
Ilboudo, André Jules. "Contribution au traitement des carences en zinc : étude de la biodisponibilité d'un protéinate de zinc chez les rongeurs et les petits ruminants." Toulouse, INPT, 1993. http://www.theses.fr/1993INPT018A.
Full textAbstract:
L'etude de la distribution tissulaire du zinc par les techniques autoradiographiques a permis de confirmer le role du foie dans le metabolisme de cet oligoelement. Elle a confirme que l'intestin est la principale voie par laquelle le zinc est elimine de l'organisme, et que l'os joue un role majeur dans son stockage. Une cinetique conduite sur brebis avec du chlorure de zinc administre par voie orale a donne au niveau plasmatique les parametres cinetiques suivants: une demi-vie de 2,6 jours, un temps moyen de residence dans l'organisme de 4,5 jours, une aire sous la courbe de 2,95 microgrammes par litre et par jour et un volume de distribution de 16,05 litres par kilogramme. Ces parametres moyens sont respectivement de l'ordre de 6,2; 12,5; 116,9; et 23,1 lorsque le zinc est administre sous forme de proteinate de zinc. Ces observations permettent de conclure que le zinc administre sous forme de proteinate de zinc presente une meilleure biodisponibilite que sous la forme de chlorure de zinc. L'administration du chlorure de zinc par voie intraveineuse a montre que les animaux carences en proteines metabolisent mal le zinc. Chez ces animaux en effet le zinc a une demi-vie de 3 jours et un temps moyen de residence dans l'organisme de 4 jours. Ces deux parametres etant de 6 jours et 7,5 jours respectivement pour les animaux ne souffrant d'aucune carence. Les travaux ont par ailleurs souligne que, dans le sang circulant, le zinc est vehicule par les proteines plasmatiques et les erythrocytes. Grace a la technique de dialyse a l'equilibre, l'auteur conclut son travail en apportant des resultats selon lesquels le zinc dans les conditions in vitro, ne se fixerait pas principalement sur l'albumine, mais plutot sur les alpha et beta globulines. Cette fixation est de l'ordre de 91%
37
Nguyen, Kim-Anh. "Synthèse de nouveaux détergents extractants et stabilisants des protéines membranaireset synthèse de dérivés d'aurones comme inhibiteurs d'ABCC2." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAV043/document.
Full textAbstract:
L’obtention de la structure tridimensionnelle des protéines membranaires (PMs) est cruciale pour la chimie médicinale et la biochimie. Afin de maintenir les PMs en solution, et donc d’éviter leur agrégation, pour les études structurales et fonctionnelles, l’utilisation de détergents est indispensable. Cependant, la conformation des PMs en complexe avec les détergents pourrait être très différente de celle dans la membrane. Nous avons synthétisé une nouvelle famille de détergents, dans lesquels des carboxylates incorporés pourraient générer un réseau de ponts salins avec les acides aminés basiques des PMs, entraînant des interactions plus étroites qui pourraient préserver leur structure native. Les détergents dans lesquels la glycoconjugation a été réalisée par la réaction de cycloaddition d'azide-alkyne (CuAAC) catalysée par le Cu (I) ont montré une capacité remarquable à extraire, à stabiliser et à cristalliser les PMs étudiées. D'autre part, de nouveaux inhibiteurs efficaces d’ABCC2, une PM non cristallisée à ce jour, ont été identifiés par criblage : les 2-indolylméthylènebenzofuranones. De tels composés pourraient être considérés comme des outils pour étudier le rôle d’ABCC2 dans la pharmacocinétique des médicamentsUnderstanding of tridimensional structure of membrane proteins (MPs) is crucial in medicinal chemistry and biochemistry. To maintain them in solution and consequently to prevent them from aggregation for structural and functional studies, utilization of detergents is indispensable. However, the conformation of MPs in complex with detergents could be very different from its membrane-embedded one. We synthetized new family of detergents, in which the incorporated carboxylates could generate a network of salt-bridges with basic-residue-enriched region of MPs, confer tighter interactions which could preserve their structural integrity. The detergents in which the glycoconjugation was achieved by Cu(I)-catalyzed azide-alkyne cycloaddition (CuAAC) reaction showed remarkable capacity to extract, stabilize and crystallize studied PMs. On the other hand, novel inhibitors of ABCC2, a non-crystallized MP to date, were identified by screening: the 2-indolylmethylenebenzofuranones. Such compounds could be considered as useful tools to further investigate the role of ABCC2 in the pharmacokinetics of drugs
38
Paradis-Bleau, Catherine. "Développement accéléré de nouveaux inhibiteurs contre les protéines de division cellulaire FtsZ et FtsA de Pseudomonas aeruginosa." Thesis, Université Laval, 2003. http://www.theses.ulaval.ca/2003/21334/21334.pdf.
Full textAbstract:
L’impact des infections bactériennes couplé à l’émergence des mécanismes de résistance aux antibiotiques suscite un besoin urgent de nouvelles classes d’agents antibactériens. D’ailleurs, la résistance du pathogène opportuniste P. aeruginosa diminue l’efficacité de traitement et met en danger la vie des personnes infectées. Dans le but d’identifier de nouveaux antimicrobiens, nous exploitons la machinerie de division cellulaire bactérienne en tant que cible. Ainsi, les protéines de division cellulaire FtsZ et FtsA de P. aeruginosa ont été utilisées afin d’identifier des inhibiteurs protéiques spécifiques à l’aide de la technique de présentation phagique. Nous avons identifié des peptides détenant une affinité pour les enzymes FtsZ et FtsA puis nous avons caractérisé 3 peptides inhibiteurs de l’activité GTPase de FtsZ. Le peptidomimétisme devrait permettre le développement d’une nouvelle classe d’agents antimicrobiens à partir de ces peptides.The impact of bacterial infections and emergence of antibiotic resistance led to a serious need to develop new class of antibacterials. The acute resistance of the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa lowers the treatment efficiency of infected cystic fibrosis patients and immuno-compromised individuals. In the perspective of finding new antimicrobial agents, we are using the bacterial cell division machinery of as a new target. Thus, P. aeruginosa cell division proteins FtsZ and FtsA have been used to identify inhibitory peptides with the phage-display technique. We identified FtsZ and FtsA tight binding peptides and we characterized three inhibitory peptides of FtsZ GTPase activity. Peptidomimetism will allow the development of new antimicrobial agents with these leader peptides.
39
Dang-Trung, Khoi͏̈-Nguyên. "Intérêt potentiel en chimiothérapie anticancéreuse des inhibiteurs de protéines à activité tyrosine kinase : exemple de la génistéine." Paris 5, 1995. http://www.theses.fr/1995PA05P119.
Full text
40
Matz, Julie. "Développement de fragments d' anticorps simple-domaine inhibiteurs ciblant les protéines structurales et enzymatiques du VIH 1." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM4027.
Full textAbstract:
Le VIH-1 est l'agent infectieux qui cause le SIDA. De nombreuses thérapies existent pour combattre le SIDA mais aucune ne permet son éradication et des résistances apparaissent. Le développement de nouvelles thérapies est donc nécessaire. Les anticorps simple-domaine (sdAb) de lamas présentent les propriétés idéales pour le développement de molécules neutralisantes. Des lamas ont donc été immunisés avec Vpr et les formes native, ou induite par un miniCD4, du trimère de gp140 (partie extracellulaire de l'enveloppe (Env)). Des banques de sdAbs ont ensuite été construites et des sélections par phage display et par double hybride ont été réalisées. Trois sdAbs se liant au site de liaison du co- récepteur de l'Env et un sdAb se liant au site de liaison du CD4 ont ainsi été sélectionnés. Ces sites sont conservés mais difficile d'accès pour des immunoglobulines conventionnelles. Ces sdAbs ont ensuite été caractérisés par ELISA, SPR et cytométrie de flux pour leur capacité de liaison à différentes Env, et en « single round assay » pour leur capacité de neutralisation d'un large spectre (LS) de pseudovirus. Des protéines multidomaines (plusieurs sdAbs reliés par un linker) ont ensuite été construites et testées pour leur neutralisation. Plusieurs de ces molécules, neutralisant un LS de virus, pourraient être utilisées dans des microbicides. La stabilité caractéristique des sdAbs, même en absence de formation de pont disulfure, par exemple dans un environnement réducteur tel que le cytoplasme, est primordiale dans le développement d'anticorps intracellulaires (intrabodies)HIV-1 is the infectious agent of AIDS. Numerous therapies exist to fight AIDS, but they are not able to eradicate it, and resistances appear. So, new therapy development is necessary. Single-domain antibodies (sdAb) of llamas have ideal properties to develop neutralizing molecules. So, llamas have been immunized with Vpr and with free or miniCD4 induced trimeric gp140 (extracellular part of the envelope (Env)). SdAb libraries have been built and selections were done by phage display and yeast two hybrid. Three sdAbs targeting the co-receptor binding site of the Env and one sdAb targeting the CD4 binding site have been selected. These sites are conserved but inaccessible by conventional immunoglobulins. These sdAbs have been characterized by ELISA, SPR and FACS for their ability to bind different Env and by single-round assay for their neutralization ability. Multimeric proteins (linked sdAbs) have been built and tested for their neutralization ability. Several of these molecules are able to neutralize a broad spectrum of pseudoviruses. They can be used in microbicides. The characteristic stability of these sdAbs, even without disulfide bound formation, ie into reducing environment, as the cytoplasm, is primordial for intracellular antibody (intrabody) development. One sdAb anti-Vpr has been selected using the Sos Recruitment System (SRS), an yeast two-hybrid system allowing detection of cytoplasmic protein-protein interactions. This sdAb is able to alter the localization of its antigen into eukaryotic cells. It is a proof of concept ot the use of SRS in the selection of intracellularly functional sdAbs
41
Boulahjar, Rajâa. "Synthèse et évaluation de nouveaux dérivés d'urées à base de tétrahydropyrido-isoindolones comme inhibiteurs de protéines kinases." Thesis, Orléans, 2011. http://www.theses.fr/2011ORLE2002.
Full textAbstract:
La chimiothérapie antitumorale fait appel à des molécules visant des cibles thérapeutiques précises, en particulier, les protéines kinases. Afin de générer de nouveaux inhibiteurs de kinases, nous avons choisi de synthétiser des isoindolones possédant un motif urée. Ces composés constituent de nouveaux candidats susceptibles de lutter contre le cancer. Ce travail a nécessité dans un premier temps, la préparation de différentes amines portées par un noyau original de type tétrahydropyridoisoindolone. Afin d’apporter une diversité fonctionnelle sur l’hétérocycle précédemment nommé, différentes séquences réactionnelles ont été mises au point. Par la suite les amines ont été reliées à une large variété d’hétéroaryles via une fonction urée et ce, en développant, une fois encore de nouvelles méthodologies de synthèse. Enfin, nos investigations nous ont conduit à inclure l’urée dans un motif cyclique. Pour ce faire, nous avons inséré celle-ci dans une pyridopyrimidinedione. Une bibliothèque de plus de 80 molécules finales a ainsi été synthétisée et évaluée in vitro sur CDK1, CDK5 et GSK3, ainsi que sur 6 lignées de cellules cancéreuses. Une analyse structure-activité a montré que nos composés constituent une nouvelle classe d’inhibiteurs dotée d’une activité biologique significative. Les tests in vivo, réalisés sur trois de nos molécules, ont permis de mettre en évidence un effet antitumoral remarquableThe anti-tumor Chemotherapy uses molecules for specific therapeutic targets, particularly, protein kinases. To generate new kinases inhibitors, we tried to synthesize isoindolones containing the urea pattern. These compounds seem susceptible to fight cancer. This involved firstly, the preparation of various amines carried by an original kernel, type tétrahydropyridoisoindolone. To provide a functional diversity on the heterocycle previously named, different reactional sequences have been developed. Subsequently, the amines have been linked to a wide variety of heteroaryl via an urea function by developing, once again, new synthetic methodologies. Finally, our investigations have led us to include urea in a cyclical pattern. To this end, we inserted it in a pyridopyrimidinedione. A library of over 80 final molecules has been synthesized and evaluated in vitro on CDK1, CDK5 and GSK3, as well as on 6 different tumor cell lines. A structure-activity analysis showed that these compounds represent a new class of inhibitors of kinases with a significant biological activity. In vivo tests were done on three of our molecules and helped to highlight a significant antitumor effect
42
Bazille, Céline. "Rôle du statut de méthylation de H3K27 dans les cellules cartilagineuses normales et pathologiques." Caen, 2016. http://www.theses.fr/2016CAEN3166.
Full textAbstract:
La triméthylation de l’histone 3 sur la lysine 27 (H3K27me3) entraîne une compaction de l’ADN associée à une répression génique. Ce travail vise à mieux comprendre l’importance de cette marque épigénétique dans le développement des chondrocytes ainsi qu’au cours des pathologies associées au tissu cartilagineux. Dans un premier temps, nous avons étudié le rôle du 3-Deazaneplanocin A (DZNep) sur des chondrocytes de cartilage arthrosique. Cet inhibiteur, décrit initialement comme spécifique de la méthyltransférase EZH2, exerce une activité anti-inflammatoire sur les chondrocytes activés par l’interleukine-1. Une étude transcriptomique confirme que le DZNep régule l’expression de gènes liés au développement de l’arthrose. Cependant, nous n’avons pas pu confirmer que le DZNep inhibe la méthyltransférase EZH2. Dans un second temps, nous avons étudié l’effet du DZNep sur les chondrosarcomes. Les chondrosarcomes de haut grade expriment la protéine EZH2, mais pas les chondrosarcomes de bas grade. Le DZNep induit la mort cellulaire par apoptose des lignées de chondrosarcomes, en culture monocouche et de façon moindre en culture tridimensionnelle. In vivo, le DZNep réduit la croissance tumorale mais induit une splénomégalie et une atrophie testiculaire majeure. Enfin, nous avons montré que le DZNep entraîne une différenciation des cellules souches mésenchymateuses vers le lignage chondrocytaire et ostéogénique. Ces travaux démontrent les propriétés anti-inflammatoires et anti-tumorales du DZNep. Cette drogue pourrait être utilisée dans le traitement de l’arthrose ou des chondrosarcomes. En revanche, son mécanisme d’action semble indépendant d’EZH2, la méthyltransférase de H3K27Trimethylation of histone 3 on lysine 27 (H3K27me3) causes a compaction of DNA with gene repression. This work aims to better understand the importance of this epigenetic mark in the development of chondrocytes and during cartilaginous pathologies. First, we investigated the role of 3-Deazaneplanocin A (DZNep) on chondrocytes from osteoarthritic cartilage. This inhibitor, initially described as specific of methyltransferase EZH2, exerts anti-inflammatory activity on chondrocytes activated by interleukin-1. A transcriptomic study confirms that DZNep regulates the expression of genes related to osteoarthritis development. However, we have not been able to confirm that DZNep inhibits the methyltransferase EZH2. Secondly, we studied the effect of DZNep on chondrosarcomas. High grade chondrosarcomas overexpress EZH2 protein, but not low-grade chondrosarcomas. DZNep induces cell death by apoptosis of chondrosarcomas cell lines in monolayer culture and lesser in three-dimensional culture. In vivo, DZNep reduces tumor growth but induced splenomegaly and major testicular atrophy. Finally, we showed that the DZNep leads to a differentiation of mesenchymal stem cells into chondrocytic and osteogenic lineage. This work demonstrates the anti-inflammatory and anti-tumoral effects of DZNep. This drug could be widely used in the treatment of osteoarthritis or chondrosarcoma. However, its mechanism of action appears independent of EZH2, the H3K27 methyltransferase
43
Naud, Josy Baldaheania. "Inhibition du transport des analogues nucléosidiques par l'inhibiteur de tyrosine kinase nilotinib." Master's thesis, Université Laval, 2013. http://hdl.handle.net/20.500.11794/24025.
Full text
44
Coulibaly, Wacothon Karime. "Conception, synthèse de bis-(5-arylidène-imidazolinone) et de bis (5-arylidène thiazolidinone) dérivés du modèle de la pentamidine (pour la malaria) et évaluations biologiques." Rennes 1, 2012. http://www.theses.fr/2012REN1S087.
Full textAbstract:
Ce manuscrit décrit le développement synthétique de systèmes hétérocycliques symétriques mimant la pentamidine. La première partie est un état des lieux de la malaria, en particulier sur les aspects physiopathologiques, les médicaments et les phénomènes de résistance. Ensuite sont décrits les protéines kinases, leurs implications cellulaires et leur intérêt dans la découverte de nouveaux inhibiteurs pour le développement de nouveaux médicaments. Enfin cette première partie se termine par la description et l'utilisation de la technologie micro-onde comme outil d'activation thermique en synthèse organique. La seconde partie concerne la mise au point synthétique de bis-(5-arylidène imidazolinone) pontées et symétriques sous irradiation micro-onde et sans solvant. Les bras espaceurs assurant le pontage entre les deux entités hétérocycliques sont des diamines du type éthylènediamine, pipérazine et 1,4-bis(3-aminopropyl)pipérazine. Cette approche a été ensuite étendue à la synthèse de bis-(5-arylidène thiazolidinone)pontées en utilisant les mêmes bras espaceurs dans cette troisième partie. Ensuite, la mise au point d'une réaction "one-pot" à trois composants sous irradiation micro-onde a permis la construction de nouvelles bis-(5-arylidène rhodanine)pontées et des 5-arylidène thiazolidine-4-ones fonctionnalisées en position N-3 avec une chaîne alkylamino de longueur et de structure variable. Enfin l'ensemble de ces composés ont été l'objet d'évaluation d'activité biologique dans le cadre d'une étude relation structure-activité (RSA): --inhibition de protéines kinases (CDKs, DYRKs, CLKs, GSK-3, PI3k, etc) - cytotoxicité in-vitro sur des lignées cellulaires cancéreuses, - évaluation anti-plasmodium en milieu abiotique. Plusieurs molécules se sont révélées être actives à l'échelle sub-micromolaireThis manuscript describes the synthetic development of symmetric heterocyclic systems miming the pentamidine. The first part is a current inventory of the malaria, in particular on the physiopathological aspects, the drugs and the resistance. Then are described protein kinases, their role in cells and their interest in the discovery of new inhibitors of protein kinases for the development of new drugs. Finally the end of this part concerns the description and the use of the microwave technology as useful tool for thermal activation in organic synthesis. The second part is the synthetis of bis-(5-arylidène imidazolinone)bridged and symmetric diamines using solventless microwave reaction conditions. The spacer-arm between the two heterocyclic entities are diamines as ethylenediamine, piperazine and 1,4-bis(3-aminopropyl piperazine. This approach was then extended to the synthesis of bis(5-arylidène thiazolidinone)diamines using the same spacer-arms in this third part. Then, the use of a one-pot three component reaction under microwave irradiation allowed to the preparation of new bis-(5-arylidène rhodanine)diamines and 5-arylidène thiazolidine-4-ones functionalized in position N-3 with various alkylamino chains. Finally the biological activity of all of these compounds have been evaluated for a structure/activity relationship (SAR) study: - inhibition of proteins kinases (CDKs, DYRKs, CLKs, GSK-3, PI3k, etc. ) - in vitro antiproliferative activities on cells, - in vitro assessment of antimalarial activity. Several molecules have been identified as active with IC50 < 0. 1 mM for DYRK1A and IC50 ~ 100 mM for in vitro antimalarial activity
45
Rasolojaona, Olimihamina. "Synthèse et évaluation biologique d'analogues stables du radicicol : inhibiteurs antitumoraux potentiels du chaperon moléculaire HSP90." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA114832.
Full textAbstract:
La résistance aux traitements actuels du cancer (polychimiothérapie) incite à trouver de nouvelles cibles thérapeutiques. La protéine chaperon hsp90 (Heat Shock Protein) est impliquée dans la maturation de protéines clientes oncogènes intervenant dans le cycle cellulaire ou la transduction du signal. Elle se révèle donc être une cible intéressante car l’inhibition de son activité ATPasique entraine la protéine cliente vers la dégradation protéasomale. De nombreux inhibiteurs sont connus à l’heure actuelle. La novobiocine se lie au site ATPasique C-terminal de la hsp90. La geldanamycine, les purines et le radicicol, quant à eux, se lient au site ATPasique N-terminal. Le radicicol est, parmi les produits d’origine naturelle, l’inhibiteur le plus puissant de la hsp90. Cependant, bien que très actif in vitro, il est totalement dépourvu d’activité antitumorale in vivo, certainement du fait de son instabilité dans le milieu biologique. L’objectif de ce travail a été de synthétiser des analogues stables du radicicol. La stratégie de synthèse de ces composés repose sur une étape de réaction de métathèse cyclisante. Enfin, les analogues ont fait l’objet d’une évaluation biologique in vitro, afin de réaliser des RSA vis-à-vis de la hsp90, notamment en évaluant l’influence de la taille de cycle des molécules synthétisées sur l’activité biologiqueResistance to current treatments of cancer encourages to find new therapeutical targets. Heat Shock Protein 90 (hsp90) is a molecular chaperone that regulates the folding and maintains the proper conformation of many client proteins associated with the all six hallmarks of cancer. Consequently, hsp90 has become an exciting new target in cancer drug discovery because the inhibition of its ATPase activity leads to depletion of these client proteins via the ubiquitin-dependant proteasome pathway. Over the past few years, several inhibitors of the hsp90 folding machinery have been reported. Novobiocin was shown to bind the C-terminal ATP-binding region. Geldanamycin, purines and radicicol bind the N-terminal nucleotide-binding site. Radicicol was reported to be the most potent natural product inhibitor. Nevertheless, despite its excellent antitumoral activity in vitro, it is not active in vivo, certainly due to its instability in biological media. This work aimed at the identification of new stable analogues of radicicol. The strategy used for the synthesis of these compounds lies on a key step of ring-closing metathesis. Then, the stable synthetic derivatives were tested in vitro for their ability of inhibiting hsp90 ATPase activity, in order to establish a SAR profile towards hsp90
46
Faure, Henri. "La fraction ultrafiltrable du zinc sérique : implications physiopathologiques et relations avec les amino-acides." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1994. http://www.theses.fr/1994GRE18004.
Full text
47
Tamhaev, Rasoul. "Conception, synthèse et caractérisation de dérivés diaryl éthers comme nouveaux inhibiteurs directs de la protéine InhA de Mycobacterium tuberculosis." Electronic Thesis or Diss., Université de Toulouse (2023-....), 2024. http://thesesups.ups-tlse.fr/6088/.
Full textAbstract:
La tuberculose, bien que maladie très ancienne, est toujours une des causes majeures de mortalité due à un agent infectieux unique. En 2021, 10 millions de personnes ont contracté la maladie et 1.5 millions de décès étaient directement imputables à cette dernière. Malgré la disponibilité de toute une panoplie d'antibiotiques, peu d'entre eux s'avèrent efficaces contre l'agent pathogène responsable de la tuberculose, Mycobacterium tuberculosis. Cette inefficacité est principalement due au caractère imperméable de l'enveloppe cellulaire mycobactérienne, composée majoritairement d'acides mycoliques. L'isoniazide, l'antituberculeux de première ligne le plus utilisé, cible la biosynthèse de ces acides mycoliques via la protéine InhA. L'isoniazide agit comme une pro-drogue nécessitant une activation par la protéine KatG. Cependant, l'émergence de résistances lors de l'étape d'activation de l'isoniazide implique la nécessité de développer des inhibiteurs directs d'InhA. Les travaux réalisés durant cette thèse avaient pour objectif de développer de nouveaux inhibiteurs directs d'InhA. Ces derniers ont été développés autour de la structure d'un motif diaryl éther, connu pour sa capacité à inhiber l'enzyme. La chimie combinatoire dynamique combinée à la cristallographie aux rayons X a été utilisée comme méthode de criblage de fragments pour découvrir de nouveaux inhibiteurs. Trois adduits, visualisés directement à l'intérieur du site actif de la protéine, ont ainsi été caractérisés et montrent des interactions avec le portail majeur de la protéine. Dans un autre projet, une nouvelle famille de diaryl éthers comportant trois pharmacophores a été conçue afin d'occuper entièrement le site de liaison du substrat. Une des molécules synthétisées possède une activité inhibitrice inférieure au micromolaire contre InhA. La structure du complexe correspondant a été résolue par cristallographie aux rayons X, mettant en évidence une ouverture inédite d'une des régions de la protéine, appelée portail mineur. Enfin, des approches multi-cibles, ciblant à la fois InhA et le complexe déshydratase HadABC du système FAS II, ont également été développées durant cette thèse. Plusieurs molécules duales ont été produites et montrent une inhibition de l'activité d'InhA de l'ordre du nanomolaire. Ces molécules montrent également une inhibition de la croissance de différentes souches mycobactériennesTuberculosis, despite being a very ancient disease, remains one of the major causes of mortality due to a single infectious agent. In 2021, 10 million people contracted the disease and 1.5 million deaths were directly attributable to it. Despite the availability of a variety of antibiotics, few of them prove effective against the pathogen responsible for tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis. This ineffectiveness is primarily due to the impermeable nature of the mycobacterial cell envelope, composed mainly of mycolic acids. Isoniazid, the most widely used first-line antitubercular drug, targets the biosynthesis of these mycolic acids through the protein InhA. Isoniazid acts as a pro-drug requiring activation by the protein KatG. However, the emergence of resistance during the activation stage of isoniazid necessitates the development of direct inhibitors of InhA. The work carried out during this thesis aimed to develop new direct inhibitors of InhA. These inhibitors were designed basedon the structure of a diaryl ether motif, known for its ability to inhibit the enzyme. Dynamic combinatorial chemistry combined with X-ray crystallography was used as a fragment screening method to discover new inhibitors. Three adducts, visualized directly within the active site of the protein, were characterized and showed interactions with the major portal of the protein. In another project, a new family of diaryl ethers with three pharmacophores was designed to fully occupy the substrate binding site. One of the synthesized molecules exhibited sub-micromolar inhibitory activity against InhA. The structure of the corresponding complex was resolved by X-ray crystallography, highlighting a wider opening of one of the protein's regions, called the minor portal. Finally, multi-target approaches, targeting both InhA and the dehydratase complex HadABC of the FAS II system, were also developed during this thesis. Several dual molecules were produced, showing inhibition of InhA activity in the nanomolar range. These molecules also demonstrated inhibition of the growth of different mycobacterial strains
48
Coude, Marie-Magdelaine. "Etude des effets d'un nouvel inhibiteur des bromodomaines dans les leucémies aigües." Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC125.
Full textAbstract:
Les bromodomaines BRD2/3/4 ont été identifiées comme des cibles clés dans le maintien du processus leucémique. Un nouvel inhibiteur oral de BRD, la thiénotriazolodiazépine : OTX015, est actuellement disponible. Nous rapportons ici ses effets biologiques sur des lignées cellulaires de LAL et de LAM ainsi que sur des échantillons frais de patients. L'exposition des cellules à OTX015 entraine l'inhibition de la croissance, un arrêt du cycle et l'apoptose à des concentrations submicromolaires dans des lignées de leucémies aiguës ainsi que sur des cellules leucémiques provenant de patients, comme décrit avec l'inhibiteur JQ1, chef de fil des inhibiteurs de BET. Le traitement par JQ1 et OTX15 induit des profils d'expression génique semblables dans des lignées cellulaires sensibles, y compris une sous-expression de c-MYC et une sur-expression d'HEXIMI. L'exposition à OTX015 a également induit une forte diminution de l'expression de BRD2/4 et c-Myc et une augmentation d'HEXIM1 au niveau protéique, tandis que celle de BRD3 était inchangée. Les niveaux d'ARNm, après une exposition à OTX015, de c-myc, BRD2/3/4 et HEXIM1 ne sont toutefois pas corrélés avec la viabilité observée. Au sein des LAM certain processus leucémique sont mieux identifiés que d'autre, la mutation de NPM1, entrainant une relocalisation cytoplasmique de la protéine perturbant ces activités, a été étudiée par Bacarani. C'est pourquoi la relocalisation de NPM1 observée sous OTX015 est extrêmement prometteuse. Nos résultats indiquent qu'OTX015 et JQ1 ont des effets biologiques similaires, soutenant l'évaluation en cours d'OTX015 dans un essai de phase lb chez les patients leucémiques réfractaires ou en rechutesThe bromodomain (BRD) and extraterminal (BET) proteins including BRD2, BRD3 and BRD4 have been identified as key targets for leukemia maintenance. A novel oral inhibitor of BRD2/3/4, the thienotriazolodiazepine compound OTX015, suitable for human use, is available. Here we report its biological effects in AML and ALL cell lines and leukemic samples. Exposure to OTX015 lead to cell growth inhibition, cell cycle arrest and apoptosis at submicromolar concentrations in acute leukemia cell lines and patient-derived leukemic cells, as described with the canonical JQ1 BET inhibitor. Treatment with JQ1 and OTX15 induces similar gene expression profiles in sensitive cell lines, including a c-MYC decrease and an HEXIM1 increase. OTX015 exposure also induced a strong decrease of BRD2, BRD4 and c-MYC and increase of HEXIM1 proteins, while BRD3 expression was unchanged. C-MYC, BRD2, BRD3, BRD4 and HEXIM1 mRNA levels did not correlate however with viability following exposure to OTX015. Sequential combinations of OTX015 with other epigenetic modifying drugs, panobinostat and azacitidine have a synergic effect on growth of the KASUMI cell line. In some leukemia AML processes are better identified than others, NPM1 mutation causing a cytoplasmic protein relocation disrupting these activities was studied by Bacarani et al. Therefore relocation of NPM1 observed under OTX015 is extremely promising for these pathologies. Our results indicate that OTX015 and JQ1 have similar biological effects in leukemic cells, supporting the ongoing evaluation of OTX015 in a Phase lb trial in refractory leukemia patients or relapses
49
Vandromme, Lucie. "Synthèse de purines trisubstituées en tant qu'inhibiteurs potentiels d'enzymes : application à l'inhibition des protéines kinases dépendantes des cyclines (CDK)." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112160.
Full textAbstract:
Les CDK sont les enzymes régulatrices du cycle cellulaire et leur dérégulation est impliquée dans l'apparition du cancer. Elles représentent de ce fait des cibles de choix dans la thérapie anti-cancéreuse. Au laboratoire, les recherches sont donc focalisées sur la synthèse d'inhibiteurs de CDK à la fois puissants et spécifiques. Des inhibiteurs synthétiques efficaces ont pu être découverts malgré la grande similitude structurale existant entre chaque CDK, et les purines constituent une des familles comportant les inhibiteurs les plus spécifiques. Au sein du laboratoire, la synthèse de purines 2,6,9-trisubstituées en tant qu'inhibiteurs potentiels de CDK est effectuée par synthèse parallèle. Cette stratégie a été appliquée tout d'abord en solution, et devra être optimisée sur résine pour ensuite aboutir à des bibliothèques de produits par synthèse supportée. L'objectif de ce travail de thèse est la synthèse de bibliothèques de purines originales à l'aide de la chimie du palladium, ainsi que leur évaluation biologique. Ainsi, après optimisation des conditions opératoires, de nouvelles purines ont pu être obtenues en solution en utilisant les réactions de Suzuki, de Sonogashira, d'amidation ou de carbonylation, puis leur activité inhibitrice de CDK a été déterminée. Une première approche sur support solide a consisté à étudier l'influence de la longueur du bras espaceur sur certaines réactions de couplage au palladiumCDK are key regulatory of cell cycle enzymes and their deregulation is involved in cancer. Therefore, they are targets of choice for cancer therapy. In the laboratory, researches are focused on the synthesis of powerful and specific CDK inhibitors. Effective synthetic inhibitors have been discovered despite the great structural similarity between each CDK, and purines are one of several families which include the most specific inhibitors. The synthesis of 2,6,9-trisubstituted purines as potential CDK inhibitors is carried out by parallel synthesis. This strategy was applied in solution at first, and should be optimized on resin to lead then to supported syntheses of libraries. This thesis deals with synthesis of new original purine libraries obtained by palladium coupling reactions, and their biological evaluation. Thus, after rection conditions optimization, new purines have been obtained using Suzuki, Sonogashira, amidation or carbonylation reactions. Then their CDK inhibitory activity has been tested. As a first approach on solid support, the influence of the spacer arm length in some palladium coupling reactions has been studied
50
Desvergne, Audrey. "Le protéasome et l'immunoprotéasome : cibles thérapeutiques et implication dans la modulation circadienne de l'accumulation des protéines carbonylées." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066308.
Full textAbstract:
Le protéasome et l’immunoprotéasome possèdent trois activités catalytiques différentes et dégradent une grande variété de protéines. Leur rôle central dans de nombreux processus tels que le contrôle du cycle cellulaire et circadien, la régulation des voies de défense contre le stress font d’eux des cibles majeures dans le processus de vieillissement et dans le traitement des cancers. Aussi, le lien établi entre l'horloge circadienne et les défenses anti-oxydantes suggère que l'homéostasie redox des protéines et leur élimination par le protéasome soient modulées par l'horloge circadienne. L’étude d’inhibiteurs bivalents et non covalents du protéasome a montré que de cibler deux sites actifs à la fois permet d’augmenter l’efficacité et la sélectivité. Nous avons également effectué l'évaluation de la pénétration cellulaire de ces molécules à l’aide de sondes fluorescentes non covalentes conçues par le laboratoire. Nous avons montré que les activités peptidases du protéasome présentent une rythmicité circadienne en antiphase avec le taux de protéines carbonylées. L'expression circadienne de NRF2 et de l'activateur PA28 expliquerait cette stimulation de l'activité du protéasome. De plus, contrairement aux fibroblastes jeunes, aucune modulation circadienne du protéasome et du niveau de ROS n’a été mise en évidence dans les fibroblastes sénescents. Des résultats préliminaires de nos inhibiteurs sur le modèle cellulaire HEK293 synchronisé montrent que leur efficacité varie en fonction du rythme circadien et qu’elle est meilleure lorsque les activités du protéasome sont minimales. Ces résultats suggèrent que le protéasome puisse être une nouvelle cible pour la chronothérapieProteasome and immunoproteasome have three different catalytic activities, and degrade a wide variety of proteins. Their central role in many pathways such as control of cellular and circadian cycles, regulation of the defense pathways against stress make them major targets in the aging process and in the treatment of cancer. Also, the link between the circadian clock and antioxidant defenses suggests that the redox homeostasis of proteins and their removal by the proteasome could be modulated by the circadian clock.Studying non-covalent and bivalent proteasome inhibitors showed that targeting two active sites at the same time results in increasing their efficiency and selectivity. We also carried out the evaluation of the cell penetration of these molecules using non-covalent fluorescent probes designed in the laboratory.We have shown that the peptidase activities of proteasome exhibit circadian rhythmicity in antiphase with protein carbonyl intracellular content. The circadian expression of NRF2 and PA28 activator can explain this stimulation of proteasome activity. Moreover, in contrast to young fibroblasts, no circadian modulation of the proteasome and the level of ROS have been observed in senescent fibroblasts.Preliminary results obtained with our inhibitors on the synchronized HEK293 cell model suggest that their effectiveness varies depending on the circadian rhythm and they are more efficient when proteasome activities are minimal. These results suggest that the proteasome could be a new target for chronotherapy