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Academic literature on the topic 'Protéine recombinase'
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Journal articles on the topic "Protéine recombinase"
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Barbet, Anthony F., Travis McGuire, and Suman M. Mahan. "Séquence, expression élevée et purification d’une protéine recombinante de 21 kDa de Cowdria raminantium, à partir d’ Escherichia coli." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 46, no. 1-2 (January 1, 1993): 165. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.9353.
Full textAbstract:
Un des buts de notre projet est de fournir une source commode, économique et pure de protéine pour être testée dans des réactions diagnostiques et dans des vaccins contre la cowdriose. L'insertion d'ADN dans E. coli recombinante de la colonie F5.2, exprimant une protéine immunodominante de Cowdria ruminantium, a été séquencée. L'ADN était riche en A et T (74 p. 100), et hybridait avec tous les isolats de C. ruminantium testés et non pas avec de l'ADN bovin ou d'Anaplasma marginale. Il contient deux longs cadres ouverts de lecture (COL) de 627 et 831 paires de bases. Les COL étaient plus riches en G et C, comparés à la composition globale en bases et les deux COL codaient potentiellement pour des protéines contenant un peptide N-terminal. Des expériences de délétion suivies par des tests d'expression suggéraient que le COL de 627 paires de bases codait pour la protéine immunodominante de C. ruminantium reconnue par des sérums d'animaux infectés. Le COL pour ce polypeptide mature a été amplifié par réaction en chaîne de la polymérase et inséré dans un vecteur d'expression élevée où il a été exprimé comme protéine de fusion. Le peptide de fusion attaché, de 9 acides aminés, a permis une purification rapide de la protéine recombinante de C. ruminantium.
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ELOIT, M. "Vaccins traditionnels et vaccins recombinants." INRAE Productions Animales 11, no. 1 (February 1, 1998): 5–13. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.1998.11.1.3912.
Full textAbstract:
Différents types de vaccins sont actuellement disponibles ou en cours de développement. Ils peuvent être divisés en deux catégories : vaccins vivants et vaccins inertes. Les vaccins vivants traditionnels incluent des souches atténuées par des moyens conventionnels, comme la croissance dans des conditions de culture inhabituelles (bactéries), ou dans des cellules ou des animaux vis-à-vis desquels les souches ne sont pas initialement adaptées (virus). Les nouvelles générations de vaccins vivants utilisant les techniques de recombinaison génétique (vaccins recombinants) peuvent être fabriquées par mutagénèse dirigée de gènes de virulence, ou par clonage de gènes de protéines immunogènes dans des vecteurs viraux ou bactériens qui possèdent les propriétés souhaitées d’innocuité et d’efficacité. Les vaccins inactivés conventionnels sont fabriqués par traitement des microorganismes par des agents physiques ou chimiques. Dans la mesure où les fractions immunogènes des microorganismes sont de mieux en mieux connues, elles peuvent être utilisées pour fabriquer des vaccins ne comprenant que ces fractions immunogènes majeures (vaccin subunitaires) par purification, ou par expressionin vitro de protéines (un autre type de vaccin recombinant) ou enfin synthèse chimique de peptides. Récemment, il a été démontré, chez différentes espèces, que l’inoculation directe dans le muscle d’un gène codant pour une protéine immunogène (immunisation génétique) permettait d’induire une réponse immune cellulaire et humorale. Cette méthode correspond à un dernier type de vaccin recombinant. L’immunité systémique et muqueuse obtenue après injection de vaccin vivant est comparée à celle obtenue après injection de vaccin inerte.
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Bertrand, Monégier, CLERC François-Frédéric, FAUCHER Didier, and VUILHORGNE Marc. "Du côté des protéines recombinées." Biofutur 1997, no. 164 (February 1997): 8–10. http://dx.doi.org/10.1016/s0294-3506(97)86990-6.
Full text
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de Monti, Mireille, Sylvie Miot, Pascale Le Goff, and Jacques Duval. "Caractérisation d'une hémopexine sérique de truite par utilisation d'une protéine recombinante." Comptes Rendus de l'Académie des Sciences - Series III - Sciences de la Vie 321, no. 4 (April 1998): 299–304. http://dx.doi.org/10.1016/s0764-4469(98)80055-3.
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5
Labie, D. "Peut-on augmenter l'efficacité du BCG en l'utilisant comme vecteur d'une protéine recombinante ?" médecine/sciences 17, no. 5 (2001): 667. http://dx.doi.org/10.4267/10608/1987.
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Le Quellec, Sandra. "Intérêt de la protéine de fusion recombinante facteur VIII-Fc chez les patients hémophiles A sévères." Hématologie 20, no. 6 (November 2014): 304–6. http://dx.doi.org/10.1684/hma.2014.0976.
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Salih Alj Debbarh, H., H. Hasnaoui, A. Souriau, A. Belhouari, R. Saïle, and A. Rodolakis. "Chlamydiose abortive des petits ruminants au Maroc : valeur épidémiologique d’un kit Elisar de Chlamydophila abortus (Chlamydia psittaci sérotype 1)." Revue d’élevage et de médecine vétérinaire des pays tropicaux 54, no. 3-4 (March 1, 2001): 201. http://dx.doi.org/10.19182/remvt.9773.
Full textAbstract:
Le test Elisa recombinant (Elisar) utilisant la protéine de 80 à 90 kDa spécifique de Chlamydophila abortus, développé à l’Inra de Nouzilly en France, a été évalué au Maroc. Trois cent sept sérums appartenant à cinq groupes d’ovins et de caprins, provenant d’élevages aux taux d’avortements élevés ou bien présentés pour contrôle vétérinaire, ont été testés. La comparaison des résultats obtenus avec le test de fixation du complément (Tfc) a montré une grande discordance entre les deux techniques. En effet, seulement 16 sérums ont été positifs avec Elisar contre 130 positifs avec Tfc. En particulier, parmi les 55 sérums provenant d’animaux avortés, 48 ont été positifs avec Tfc et 16 avec Elisar. Ceci soulève avec acuité la problématique du rôle de Chlamydophila pecorum dans les avortements des petits ruminants au Maroc. La recherche différentielle des pathologies à Chlamydophila abortus et Chlamydophila pecorum est nécessaire pour préciser l’origine des divergences observées entre Elisar et Tfc.
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Launay, O., E. Konate, M. Cachanado, M. Lachâtre, I. Ben Ghezala, K. Lacombe, F. Laine, C. Schmidt-Mutter, X. de Lamballerie, and T. Simon. "Persistance des anticorps neutralisants induits par le vaccin à protéine recombinante souche B1.531 contre les variants Omicron du SARS-COV-2." Médecine et Maladies Infectieuses Formation 2, no. 2 (May 2023): S23. http://dx.doi.org/10.1016/j.mmifmc.2023.03.056.
Full text
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Fournet, X., P. Dubernet-Gaudiot, M. Treilhaud, and Y. Blanloeil. "Utilisation de protéine C activée recombinante (rPCa) humaine (Xigris®) pour sepsis sévère en présence d'un épanchement péricardique après chirurgie cardiaque récente." Annales Françaises d'Anesthésie et de Réanimation 24, no. 4 (April 2005): 435–36. http://dx.doi.org/10.1016/j.annfar.2005.02.005.
Full text
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Sennoun, N., F. Meziani, C. Baron-Menguy, R. Andriantsitohaina, D. Henrion, P. Lacolley, and B. Levy. "A024 Étude du mécanisme d’action vasculaire in vivo et in vitro de la protéine c activée recombinante humaine (PCA) dans le choc endotoxinique." Archives of Cardiovascular Diseases 102 (March 2009): S15. http://dx.doi.org/10.1016/s1875-2136(09)72157-6.
Full textDissertations / Theses on the topic "Protéine recombinase"
1
Liu, Siyu. "Dynamics of Rad51 during homologous recombination in living yeast." Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2022. http://www.theses.fr/2022UPSLS050.
Full textAbstract:
L'ADN est le principal vecteur d'information génétique et son intégrité est vitale pour la survie des cellules. Pourtant, l'ADN est sous la pression des dommages causés par des facteurs exogènes et endogènes. Les cassures double brin (CDB) sont parmi les dommages les plus toxiques puisqu’une CDB non réparée peut être léthale. Les cellules ont développé plusieurs voies pour réparer les CDB, dont la jonction d'extrémités non homologues (NHEJ) et la recombinaison homologue (RH). RH est une voie de réparation fidèle qui utilise une séquence homologue intacte comme modèle pour réparer les dommages. Cela implique d'identifier la séquence homologue parmi les mégabases du génome et dans le volume nucléaire des cellules eucaryotes. Au niveau moléculaire, la recherche d’homologie de l'ADN et l'invasion de l’ADN double brin homologue sont réalisées par un filament nucléoprotéique (NPF), formé par la recombinase, RecA chez les bactéries et Rad51 chez les eucaryotes, associée à l'ADN simple brin flanquant la CDB. Ce mécanisme a été largement étudié in vitro et in vivo par des approches génétiques et moléculaires au niveau des populations cellulaires, mais sa dynamique n'a pas pu être étudiée dans les cellules vivantes faute de version fluorescente fonctionnelle de Rad51. Ainsi, comment l'ADN brisé peut-il trouver une séquence homologue dans le volume du noyau et parmi les mégabases d'ADN reste mystérieux.Sur la base d’études structurales, en collaboration avec Raphael Guerois (I2BC, CEA, France), nous avons développé et caractérisé la première version fonctionnelle étiquetée d'une recombinase chez la levure S. cerevisiae.Suite à l'induction de DSB unique, nous observons pour la première fois dans des cellules vivantes, Rad51 formant des filaments pouvant atteindre un ou deux microns de longueur et traverser le volume du noyau pour contacter une séquence homologue. Comme prédit par des études génétiques et des données obtenues in vitro, leur formation nécessite le chargeur de recombinase Rad52 et la formation d'un long fragment d'ADNsb. De plus, les filaments Rad51 adoptent une variété de formes qui sont modulées par des facteurs auxiliaires de Rad51, apportant un nouvel éclairage sur la fonction de ces facteurs dans les cellules vivantes.Contrairement à ce qui a été rapporté pour les filaments RecA chez les bactéries, les filaments Rad51 montrent un comportement étonnamment dynamique : avec de fréquents événements de compaction suivis d’une ré-extension offrant des opportunités pour le filament d'être projeté dans une zone nucléaire différente, et ainsi d'explorer de nouvelles régions génomiques. La modélisation biophysique du processus de recherche d'homologie par notre collaborateur Leonid Mirny (MIT, USA) révèle que ces cycles de compaction/extension constituent une stratégie très robuste pour qu'une identité unique trouve sa cible dans l'espace nucléaireDNA is the major carrier of genetic information in prokaryotic and eukaryotic cells and its integrity is vital for the survival of cells. However, DNA is under pressure of damages caused by both exogenous and endogenous factors. Double strand break (DSB) is one of the most toxic DNA damages and even one unrepaired DSB is lethal to cells. Cells have evolved several pathways to repair DSBs, including non-homologous end joining (NHEJ), and homologous recombination (HR). HR is an error free repair pathway that uses an intact homologous sequence as a template to repair the damage. This involves identifying the homologous sequence among the mega bases of the genome and in the nuclear volume of eukaryotic cells. At the molecular level, DNA sampling and strand invasion of the homologous dsDNA is achieved by a nucleoprotein filament (NPF), formed by the recombinase, RecA in bacteria and Rad51 in eukaryotes, coating ssDNA. This mechanism has been extensively studied in vitro and in vivo through genetic and molecular approaches at the level of cell populations, but its dynamics could not be studied in living cells due to lack of functional fluorescent version of Rad51. Thus, how broken DNA can find a homologous sequence in the volume of the nucleus and among the megabases of DNA remains mysterious.Thanks to structural insights from our collaborator Raphael Guerois (I2BC, CEA, France), we developed and characterized the first functional, internally tagged version of a recombinase in the yeast S. cerevisiae. Following the induction of unique DSB, we observe for the first time in living cells, Rad51 forming micrometer long filaments spanning across the whole nucleus and contacting the donor sequence. As predicted from genetic and in vitro data, their formation requires the recombinase loader Rad52 and the formation of long stretch of ssDNA. Furthermore, emerging filaments adopt a variety of shapes, not reported in vitro and modulated by Rad51 ancillary factors, shedding new light on the function of these factors in living cells.In contrast to what has been reported for RecA filaments in bacteria, Rad51 filaments show a surprisingly dynamic behavior: with frequent compaction events followed by re-extension providing opportunities for the NPF to be projected into a different nuclear area, and thus explore new genomic regions. Biophysical modeling of the homology search process by our collaborator Leonid Mirny (MIT, USA) reveals that these cycles of compaction/extension constitute a very robust strategy for a unique identity to find its target in the nuclear space
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Jaunet, Titouan. "Modélisation et simulation de nouveaux inhibiteurs de Rad51 au sein d'une protéine de transport." Thesis, Nantes, 2017. http://www.theses.fr/2017NANT4050/document.
Full textAbstract:
La protéine RAD51 est l’un des acteurs majeurs des mécanismes de la résistance et de la reconstruction des cellules cancéreuses. La modulation de son activité ouvre une nouvelle voie dans la lutte contre le cancer. De nouveaux inhibiteurs potentiels de RAD51 ont été recensés, notamment, les dérives du stilbène disulfonique (SD). Dans cette thèse, nous étudions ces inhibiteurs dans différents milieux (solvant et protéine). La première partie de cette thèse est dédiée à l’étude des propriétés physico-chimiques en solution des dérivés SD. À l’aide de spectres optiques expérimentaux et de simulations par calculs quantiques (DFT et TD-DFT), nous avons montré que les SD se présentent sous leur forme dianionique en condition physiologique et la prise en compte du couplage vibronique est cruciale pour simuler des bandes des spectres d’absorption. La seconde partie se focalise sur la modélisation du complexe SD2- en interaction avec la protéine de transport albumine sérique humaine (ASH), qui joue un rôle prépondérant dans le transport de molécule au sein du corps humain. Elle apparaît être un excellent candidat pour acheminer des inhibiteurs SD2- vers les cellules cancéreuses. Sans donnée cristallographique du complexe ASH-SD2-, la modélisation moléculaire est le seul outil prédictif utilisable pour obtenir des données structurales, et nous avons associé ici des méthodes de docking moléculaire et de dynamique moléculaire. Cette méthodologie nous a permis (i) d’identifier le(s) résidu(s) important(s), (ii) d'évaluer les énergies d'interaction par des calculs MM-GBSA et (iii) d'identifier les sites d’accueil les plus adéquats pour les composés de type SD2-In this PhD thesis, the SD behavior is studied in various environments (in solution and within protein). In the first part, the physico-chemical properties of SD molecules in solution are explored in a joint experimental and theoretical (DFT and TD-DFT) investigation. The latter demonstrates the dianionic nature of SD compounds in physiological conditions and indicates that accounting for vibronic coupling is crucial to reproduce the bandshape of the absorption spectra. The second part is focused on the modeling of SD2- complexes within a carrier protein, the human serum albumin (HSA), which is essential for the drug transport process through the human body. HSA appears to be an excellent candidate to carry SD2- compounds into cancer cells. Without any cristallographic structure of HSA-SD2- complex, molecular modelling is the only predictive tool to obtain structural data. We performed molecular docking and molecular dynamic methodology to (i) identify the key residues, (ii) investigate the complex energies by MM-GBSA calculations and (iii) determine the most potent binding sites to host SD2- derivatives
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Miladi, Baligh. "Développement d’outils moléculaires de production et de purification de protéines recombinantes par suivi en temps réel." Thesis, Cergy-Pontoise, 2011. http://www.theses.fr/2011CERG0533/document.
Full textAbstract:
Les besoins en protéines recombinantes dans les diverses activités des bio-industries a considérablement augmenté ces dernières années. Cependant, les procédés de leur production sont encore limités par le manque de marqueurs permettant de suivre l'expression et la purification des protéines d'intérêt, la formation des corps d'inclusion et les faibles degrés de pureté.Afin de pallier à ces difficultés, nous avons développé et mis en œuvre un nouveau procédé de production et de purification de protéines recombinantes chez Escherichia coli. Ce procédé est basé sur l'utilisation d'une cassette d'expression appelée Multitags et sur le clivage par une TEV protéase immobilisée sur une matrice de streptavidine. Le Multitags comporte, à partir de son extrémité N-terminale, un double tag d'affinité (10xHis et SBP), le domaine de fixation de l'hème du cytochrome b5 et le site de clivage de la TEV protéase. En utilisant deux modèles différents de protéine d'intérêt (MyRIP et la Pfu DNA polymérase), nous avons montré l'efficacité du cytochrome b5 dans le suivi visuel et quantitatif par mesure d'absorbance des différentes étapes de production et de purification. Nous avons obtenu plus de 90% de chacune des deux protéines de fusion dans la phase soluble. L'application d'une chromatographie double via les deux tags d'affinité 10xHis et SBP a permis d'atteindre un degré de pureté du Multitags-MyRIP et du Multitag-Pfu de 99%. Nous avons construit des colonnes protéolytiques en produisant la TEV protéase sauvage et sa version mutée (S219V) en fusion avec le Streptag II et en immobilisant ces enzymes par affinité sur colonne de streptavidine-agarose. La caractérisation des colonnes protéolytiques et leur application aux protéines recombinantes d'intérêt modèles ont montré l'avantage de cette méthode d'immobilisation en termes d'activité protéase retenue, de stabilité des enzymes, de leur réutilisation et de simplification du schéma de purification et de récupération des protéines d'intérêt à haut degré de pureté. En conclusion, ces travaux de thèse ont permis de développer et de valider des outils innovants pour l'expression et la purification de protéines recombinantesIn recent years, the need for recombinant proteins has substantially increased in various bio-industry activities. However, actual recombinant processes are still limited by the lack of markers allowing real-time expression and purification monitoring of target proteins, by inclusion bodies formation and by low quality of purity of the products. To overcome these difficulties, we have developed a new process for production and purification of recombinant proteins in Escherichia coli. The method combines the use of a multifunctional expression cassette, termed Multitags and an immobilized modified TEV protease on a streptavidin matrix. The Multitags contains, its N-terminus, two affinity purification tags (10xHis and SBP) and as a marker tag, the heme-binding domain of cytochrome b5 followed by the TEV cleavage site. Using two model proteins (MyRIP and Pfu DNA polymerase), we have demonstrated the visual and the quantitative monitoring capability of the cytochrome b5 during the expression and purification steps. When expressed in E. coli KRX more than 90% of both fusion proteins were produced in a soluble form. In addition, high purity (99%) of Multitags-MyRIP and Multitags-Pfu was achieved after two consecutive affinity purification steps using the dual affinity tag. We also produced the wild-type and the S219V mutant TEV proteases fused to the Streptag II affinity sequence and realized their affinity immobilization on a streptavidin-agarose matrix. The characterization of the proteolytic columns and their application to the recombinant model proteins demonstrated the advantage of this immobilization method in terms of retaining activities, enzyme stabilities, possibility of reuse and simplification of the cleavage downstream steps.In conclusion, this study allowed the development and the validation of innovative tools for expression and purification of recombinant proteins
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Philibert, Pascal. "Construction et optimisation d’anticorps intracellulaires pour l’analyse in vivo des protéines." Montpellier 1, 2009. http://www.theses.fr/2009MON13524.
Full textAbstract:
L’immunisation intracellulaire utilise des fragments d’anticorps (intracorps) exprimés à l’intérieur de la cellule afin de se lier à une protéine et d’inhiber sa fonction. Le problème majeur limitant l’utilisation des intracorps est l’absence de formation des ponts disulfures en milieu cytoplasmique (réducteur). En utilisant un fragment d’anticorps, le scFv 13R4, sélectionné pour sa forte expression et sa très bonne solubilité dans le cytoplasme malgré l’absence des ponts disulfures, nous avons construit par greffage des boucles hypervariables (CDR) un anticorps dirigé contre l'oncoprotéine E6 du papillomavirus. L'anticorps obtenu après optimisation présente des caractéristiques d'expression et de solubilité proche de l'anticorps 13R4 originel en ayant acquis les propriétés de reconnaissance de l'anticorps anti-protéine E6. Toutefois, devant les difficultés rencontrées pour obtenir des intracorps par greffages des boucles hypervariables, nous avons créé une banque d'anticorps optimisés pour l'immunisation intracellulaire. Pour cela, différentes boucles hypervariables ont été greffées sur la charpente de l'anticorps 13R4 en respectant la diversité des CDR observée dans les anticorps naturels humains. Cette banque a été testée contre différentes cibles intracellulaires et confirme son utilité pour isoler rapidement des intracorpsIntracellular immunization consists in the expression of antibody fragments inside the cell that bind to a protein and interfer with its function. The main problem limiting the use of intrabodies is the absence of disulfide bonds in the reducing conditions pertaining in the cell cytoplasm. We used the scFv13R4 antibody fragment, selected for its high soluble expression level in the cytoplasm, to construct, by loop (CDR) grafting, an antibody fragment against the E6 protein of human papillomavirus type 16. After several optimization steps, cytoplasmic soluble expression of the grafted anti-E6-protein antibody fragment was comparable to that of the original antibody (13R4). To circumvent this long procedure, we designed and constructed an optimised library of antibody fragments for intracellular immunization, based on the scFv13R4 framework with randomized CDR3 loops mimicking the natural diversity of human CDR loop sequences. This library has been tested against several proteins, demonstrating that it is now possible to rapidly obtain intrabodies against any protein
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Gomord, Véronique. "Contrôle de l'adressage de la sporamine dans la cellule végétale." Rouen, 1994. http://www.theses.fr/1994ROUES054.
Full textAbstract:
Le système endomembranaire ou système de sécrétion est constitué de compartiments spécifiques et distincts et de vésicules qui assurent le transport entre ces différents compartiments. Les protéines sécrétées, solubles ou membranaires, sont introduites de façon co-traductionnelle dans le réticulum endoplasmique (RE). Du RE, ces protéines sont transportées tout au long du système endomembranaire de sécrétion jusqu'à leur compartiment cible: l'appareil de Golgi, la vacuole le tonoplaste, la membrane plasmique ou le compartiment extracellulaire. Des travaux récents ont permis d'identifier des signaux spécifiques d'adressage et de rétention qui par leur interaction avec des récepteurs, permettent le transport de certaines protéines vers leur localisation finale. Nos travaux font appel aux approches de la biologie cellulaire et moléculaire pour l'étude du transport et de l'adressage des protéines dans le système endomembranaire de sécrétion chez les plantes. Nous avons modifié par mutagénèse dirigée les signaux d'adressage d'une protéine recombinante modèle, la sporamine. De plus nous avons développé un système d'expression stable de ces protéines recombinantes dans des cellules de tabac (nicotiana tabacum CV BY2). Nous avons ainsi obtenu des cellules transgéniques exprimant fortement une même protéine modèle transportée vers la vacuole (sporamine), vers le milieu extracellulaire (dpro-sporamine) ou retenue dans la fraction microsomale (SpoHDEL ou dproHDEL). L'étude de la localisation intracellulaire de SpoHDEL a permis de montrer l'accumulation de cette protéine dans un compartiment présentant une activité IDPase
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Gainche, Isabelle. "Les animaux transgéniques : intérêt et perspectives d'avenir dans la production de protéines d'intérêt thérapeutique." Paris 5, 1993. http://www.theses.fr/1993PA05P069.
Full text
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Marque, Pierre-Emmanuel. "Modulation de l'activité de la thrombine." Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05P625.
Full textAbstract:
La coagulation du sang est déclenchée par une activation enzymatique en cascade de zymogènes initialement inactifs. Cette cascade, bien que de nature explosive, est sélective et auto-contrôlée. C'est la dernière enzyme générée (la thrombine) qui la module directement et indirectement. L'activité de la thrombine est elle même régulée par trois mécanismes : 1) un auto-contrôle de sa génération, 2) une modulation par la thrombomoduline et 3) sa neutralisation par l'antithrombine. Ces deux derniers mécanismes ont été abordés au cours de cette thèse, plus particulièrement celui de la voie de la protéine C, qui est le seul système anticoagulant inductible donc auto-régulé. La neutralisation directe de la thrombine par son principal inhibiteur plasmatique a été étudiée à l'aide d'un anticorps monoclonal qui permet de distinguer la conformation de l'antithrombine complexée de tous les autres conformères de cette serpine. Cette étude a fourni des informations incontournables sur la nature de l'interaction enzyme-serpine. L'étude sur la "thrombomodulation" a commencé par une cartographie de la spécificité des sous-sites catalytiques de la thrombine à l'aide de substrats à fluorescence réprimée. .Blood coagulation results in sequential activation of plasma proenzyme to their enzyme form. This burst of activation is very selective and auto-regulated. It is the last enzyme (thrombin) who controls directely and indirectely this cascade. Thrombin activity is regulated through three mechanisms 1) an auto-control of its generation, 2) modulation by thrombomodulin and 3) neutralization by antithrombin. The last two mechanisms were discussed in this thesis, especially Protein C activation which is the only inductible anticoagulant system. Direct neutralization of thrombin by antithrombin was investigated through the characterization of a monoclonal antibody that selectively recognizes complexed antithrombin. This antibody reacts with none of the monomeric conformers of antithrombin. These observations limit drastically the possible locations of the defeated protease within the complex. .
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Lu, Yang. "Functional studies of new protein-protein interactions potentially involved in homologous recombination in hyperthermophilic archaea : study of interactions between PCNA and Mre11-Rad50 complex & Primase and RadA." Thesis, Brest, 2018. http://www.theses.fr/2018BRES0077/document.
Full textAbstract:
Les archées hyperthermophiles ont une température optimale de croissance supérieure à 80°C.Les cellules exposées à un stress thermique subissent une augmentation de la sensibilité aux agents induisant des cassures double brin de l’ADN. Les études sur les eucaryotes et bactéries ont démontré que la recombinaison homologue joue un rôle essentiel non seulement dans la réparation de l’ADN, mais aussi dans le redémarrage des arrêts de la fourche de réplication. Les enzymes associées aux étapes initiales de la recombinaison homologue chez les archées sont homologues à celles des eucaryotes, et différentes des analogues bactériens. De plus, plusieurs études ont démontré que les protéines impliquées dans la recombinaison homologue sont essentielles chez les archées hyperthermophiles, soulignant l’importance biologique de cette voie de réparation chez ces organismes particuliers. Le rôle de la recombinaison homologue pour la stabilité génomique a été bien étudié chez les eucaryotes et les bactéries, cependant, peu de ses propriétés fonctionnelles ont été étudiées chez les archées hyperthermophiles. Pour mieux comprendre le mécanisme de recombinaison homologue impliquée au niveau de la maintenance génomique chez les archées, un réseau d’interactions protéine-protéines a été révélé précédemment au laboratoire à partir des protéines de Pyrococcus abyssi. Ces travaux ont démontré de nouvelles interactions où interviennent les protéines de la réplication et les protéines de la recombinaison de l’ADN. L’objet de cette étude de thèse est de présenter deux interactions : PCNA/Mre11-rad50 (MR) complexe et Primase/RadA. Pour la première fois chez P. furiosus, une interaction physique et fonctionnelle a été démontrée entre le PCNA et le complexe MR (l’initiateur de HR). Un motif, situé en position Cterminale de Mre11, permet l’interaction avec PCNA.PCNA stimule l’activité endonucléase du complexe MR à distance proche de l’extrémité 5’ d’une cassure double brin. Cette propriété est en accord avec l’intervention ultérieure des enzymes assurant la suite du mécanisme de réparation par recombinaison homologue. Par ailleurs, les protéines RadA, Primase et P41 ont été produites et purifiées. Leurs fonctions enzymatiques ont été confirmées. Cependant, nous n’avons pas pu caractériser la fonction de l’association de RadA/PrimaseHyperthermophilic archaea (HA) are found in high-temperature environments and grow optimally above 80°C. Usually, cells exposed to heat stress display an increased sensitivity to agents inducing double-stranded DNA breaks (DSBs). Studies in Eukaryotes and Bacteria have revealed that homologous recombination (HR) plays a crucial role not only in DNA DSBs repair, but also in the collapsed/stalled DNA replication fork restart.Recombinase and various HR-associated enzymes in archaea specifically resemble the eukaryotic homologues, rather than bacterial homologues.Furthermore, several studies have demonstrated the necessity of HR proteins in HA, suggesting that, HR is an important mechanism in HA. HR influencing genome stability has been well studied in Eukaryotes andBacteria, however, few of its functional properties have been studied in HA.To better understand how HR mechanism is involved in the archaeal genome maintenance process, a previous work proposed a protein-protein interaction network based on Pyrococcus abyssi proteins. Through the network, new interactions involving proteins from DNA replication and DNA recombination were highlighted. The targets of the study presented here for two protein interaction are: PCNA/Mre11-rad50 complex (MR complex) and Primase/RadA. For the first time in P. furiosus, we showed both physical and functional interactions between PCNA (Maestro in DNA replication) and MR complex (initiator of HR). We have identified a PCNA-interaction motif (PIP) located in the C-terminal of Mre11, and shown that PCNA stimulated MR complex endonuclease cleavage proximal to the s’ strand of DNA DSBs at physiological ionic strength. For the second interaction, we have purified the proteins PabRadA/PfuRadA, PabPrimase and PabP41, and confirmed its enzymatic functions. However, we were not able to characterize the function of Primase/RadA association
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Kobir, Ahasanul. "Physiological roles of Eukaryotic Hanks type Ser/Thr kinase in transition to stationary phase in Bacillus subtilis." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00911812.
Full textAbstract:
Bacillus subtilis is the model organism for low GC Gram-positive bacteria and is of great biotechnological interest. Protein phosphorylation is an important regulatory mechanism in bacteria and it has not been extensively studied yet. Recent site-specific phosphoproteomic studies identified a large number of novel serine/threonine phosphorylation sites in B. subtilis, including a) two transition phase global gene regulators DegS and AbrB and b) RecA, that plays a major role in double-strand break repair and DNA recombination. .B. subtilis disposes of several putative Ser/Thr kinases like PrkA, YbdM, YabT and a characterizd kinase PrkC, but very few physiological substrates for these have been defined so far. In vitro phosphorylation assays were used to identify which of these kinases were able to phosphorylate DegS, RecA and AbrB. DegS phosphorylation on serine 76 by the kinase YbdM influenced its activity towards DegU both in vitro and in vivo, and expression of DegS S76D( on replacing serine to aspartate) in B. subtilis perturbed cellular processes regulated by the DegS/DegU two component system. This suggests a link between DegS phosphorylation at serine 76 and the level of DegU phosphorylation, establishing this post-translational modification as an additional trigger for this two-component system. At the onset of sporulation, B. subtilis expresses an unusual serine/threonine kinase YabT, which exhibits a septal localization and is activated by non-sequence-specific DNA binding. Activated YabT phosphorylates RecA at the residue serine 2, which in turn promotes the formation of RecA foci at the onset of spore development. On the other hand, non-phosphorylatable RecA or inactivated YabT lead to reduced spore formation in the presence of DNA lesions . This suggests a functional similarity between B. subtilis developmental stage dependent RecA phosphorylation and its eukaryal homologous Rad51 phosphorylation, which leads to its recruitment to the lesion sites. We therefore proposed that RecA phosphorylation serves as an additional signal mechanism that promotes focus formation during spore development. AbrB is phosphorylated by YabT, YbdM and PrkC in vitro and AbrB phosphorylation leads to reduced affinity for its target DNA and abolished binding cooperativity in vitro and in vivo. Expression of the phosphomimetic AbrB-S86D or of the non-phosphorylatable AbrB-S86A mutant protein in B. subtilis disturbed some stationary phase phenomena such as exoprotease production, competence and the onset of sporulation, probably by deregulation of AbrB-target genes and operons. We therefore, proposed that AbrB phosphorylation as an additional regulatory mechanism needed to switch off this ambiactive gene regulator during the transition phase.
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Betemps, Dominique. "Production de protéines recombinantes en système colibacille pour le virus de l'immunodéficience bovine et la protéine prion." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO10252.
Full textAbstract:
Nous avons utilisé le système colibacille pour produire des protéines de fusion avec un polypeptide de six histidines, dans le cas du virus de l'immunodéficience bovine et des maladies à prion. L'impact de l'infection par le VIB (Virus de l'Immunodéficience Bovine) sur le statut sanitaire des troupeaux est peu connu en France. Une protéine recombinante correspondant à la protéine p26 de la capside du (VIB) a été produite pour développer un test de dépistage sérologique des animaux infectés par ce virus. Le fragment du gène gag codant pour la protéine p26 a été cloné dans le vecteur d'expression pMH79, en aval d'une séquence codant pour six histidines, et a permis d'obtenir la protéine de fusion (His)6p26, purifiée par chromatographie sur résine par affinité avec des ions métalliques bivalents. Nos travaux montrent que la protéine (His)6-p26 recombinante est reconnue spécifiquement par des sérums issus de lapins et de bovins infectés expérimentalement avec la souche originelle R29 du VIB, en western blot ainsi qu'en l'ELISA. Dans le cas des sérums de bovins, les anticorps dirigés contre la protéine recombinante apparaissent dès la troisième semaine après l'inoculation, et se maintiennent à un taux détectable au moins un an après l'infection. Les Encéphalopathies Spongiformes Subaigue͏̈s Transmissibles (ESST), ou maladies à prion, sont des maladies neuro-dégénératives, touchant aussi bien l'homme que l'animal. L'agent infectieux responsable de ces maladies serait composé de la protéine PrPsc elle-même, qui s'accumule dans le cerveau de l'hôte. Cette protéine correspond à une forme anormale, résultant d'une modification post-traductionnelle d'une protéine PrPc (PrP cellulaire) codée par l'hôte. Nous nous sommes proposés de produire en colibacille les protéines prion ovine et murine, de les caractériser au niveau immunologique, et d'essayer d'obtenir une réponse anticorps chez des souris PrP0/0, dépourvues du gène prion. Nous avons mis en évidence des différences de réactivité des sérums polyclonaux produit chez la souris PrP0/0, vis-à-vis de la PrPres (PrP résistante à la protéinase K) de différentes espèces (bovine, ovine et murine). Ces deux sérums reconnaissent les trois glycoformes de PrPres, selon un profil différent de celui obtenu avec un sérum dirigé contre la séquence peptidique bovine 106-121.
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Loïc, Faye, and Gomord Véronique, eds. Recombinant proteins from plants: Methods and protocols. New York, NY: Humana, 2009.
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1947-, Stein Stanley, ed. Fundamentals of protein biotechnology. New York: M. Dekker, 1990.
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E, Robertson Dan, and Noel Joseph P, eds. Protein engineering. Amsterdam: Elsevier Academic Press, 2004.
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CEC-GBF Lipase Workshop (1990 Braunschweig, Germany). Lipases: Structure, mechanism, and genetic engineering : contributions to the CEC-GBF International Workshop, September 13 to 15, 1990, Braunschweig, Germany. Weinheim, Federal Republic of Germany: VCH, 1991.
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W, Thorner Jeremy, Emr Scott, and Abelson John, eds. Applications of chimeric genes and hybrid proteins. San Diego, CA: Academic Press, 2000.
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Recombinant Antibodies. Wiley-Spektrum, 1999.
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9
Robertson, Dan, and Joseph P. Noel. Protein Engineering. Elsevier Science & Technology Books, 2004.
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(Editor), Juan A. Asenjo, and Barbara A. Andrews (Editor), eds. Recombinant DNA Biotechnology III: The Integration of Biological and Engineering Sciences (Annals of the New York Academy of Sciences). New York Academy of Sciences, 1996.
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