Academic literature on the topic 'Protéine NS4B'

Le virus Zika (ZIKV), historiquement limité à l'Afrique et à l'Asie, est devenu une préoccupation mondiale majeure, surtout après les épidémies récentes dans les Amériques associées à des malformations congénitales graves et des troubles neurologiques. Bien que la recherche se soit principalement concentrée sur le génotype asiatique/américain, des preuves croissantes montrent que les souches africaines du ZIKV pourraient également représenter une menace sévère, notamment en termes de pathogénicité fœtale. Cette thèse vise à améliorer notre compréhension des mécanismes moléculaires de la pathogénicité des souches contemporaines de ZIKV d'Afrique de l'Ouest, en mettant l'accent sur les protéines non structurales dans la réplication virale, l'évasion immunitaire et la réponse au stress des cellules hôtes.Pour cela, nous avons généré un clone moléculaire infectieux, GUINEA-18, à partir d'une souche de ZIKV (ZIKV-15555) isolée en Guinée en 2018, représentant une souche contemporaine de la lignée africaine. Nous avons comparé ce clone avec le clone bien caractérisé de la souche historique MR766 (MR766MC). Les propriétés de réplication des deux clones ont été examinées dans les lignées cellulaires VeroE6, A549 et HCM3. GUINEA-18 a montré un taux de réplication plus lent, une cytotoxicité réduite et une moindre capacité à activer le système immunitaire inné comparé à MR766MC, suggérant une interaction différente avec les cellules hôtes.Pour explorer ces différences, nous avons construit des virus chimériques en échangeant les régions codantes des protéines non structurales entre GUINEA-18 et MR766MC. Nos résultats ont souligné les rôles critiques des protéines NS1 à NS4B dans la réplication et la pathogénicité, avec NS4B étant clé pour GUINEA-18. Nous avons également découvert que GUINEA-18 inhibe efficacement l'assemblage des granules de stress cytoplasmiques (SGs) dans les cellules A549, un mécanisme de défense cellulaire. Cette inhibition dépend des protéines NS1 à NS4B, soulignant leur rôle dans l'évasion des défenses de l'hôte.La thèse examine aussi le rôle de NS1 dans la pathogénicité des souches contemporaines. L'alignement des séquences protéiques a révélé sept substitutions dans la protéine NS1 de GUINEA-18 par rapport à celle de MR766. Ces mutations montrent que NS1CWA est sécrétée plus efficacement et présente une localisation subcellulaire différente de NS1MR766, augmentant la réplication virale et la cytotoxicité tout en réduisant l'activation des réponses immunitaires. Un virus chimérique MR766 avec NS1CWA a montré ces traits pathogéniques renforcés, soulignant l'importance de NS1 dans la virulence des souches contemporaines du ZIKV d'Afrique de l'Ouest.En conclusion, cette thèse analyse les déterminants moléculaires de la réplication et de la pathogénicité des souches contemporaines du ZIKV d'Afrique de l'Ouest. Les recherches mettent en évidence les rôles critiques des protéines NS1 à NS4B, en particulier NS1 et NS4B. Les résultats soulèvent des questions sur les risques associés aux souches actuelles du ZIKV en Afrique subsaharienne et soulignent la nécessité de surveillance continue pour comprendre les implications pour la santé publique. Ce travail offre des perspectives pour les stratégies de gestion et de prévention des maladies associées au ZIKV, surtout dans les régions où la lignée africaine est prévalente
The Zika virus (ZIKV), historically confined to Africa and Asia, has become a significant global health concern, especially after recent outbreaks in the Americas linked to severe congenital malformations and neurological disorders. While much research has focused on the Asian/American ZIKV genotype, evidence suggests that African ZIKV strains might also pose a serious threat to public health, particularly regarding fetal pathogenicity. This thesis aims to enhance our understanding of the molecular mechanisms underlying the pathogenicity of contemporary ZIKV strains from West Africa, focusing on nonstructural proteins involved in viral replication, immune evasion, and the host cell stress response.To achieve this, we generated an infectious molecular clone, GUINEA-18, from a ZIKV strain (ZIKV-15555) isolated in Guinea in 2018. This clone represents a contemporary African ZIKV strain. We compared it with the infectious molecular clone of the historical African ZIKV strain MR766, designated MR766MC. The replication properties of both viral clones were examined in VeroE6, A549, and HCM3 cells. GUINEA-18 exhibited a slower replication rate, reduced cytotoxicity, and a lower ability to activate the host’s innate immune system compared to MR766MC, suggesting different interactions with host cells.To dissect these differences, we created chimeric viruses by swapping nonstructural protein-coding regions between GUINEA-18 and MR766MC. Results highlighted the critical roles of NS1 to NS4B proteins in replication efficiency and pathogenicity, with NS4B being crucial for GUINEA-18’s replication properties. GUINEA-18 also developed an efficient mechanism to inhibit the assembly of cytoplasmic stress granules (SGs) in A549 cells, a defense mechanism typically triggered by viral infection. The ability of GUINEA-18 to block SG formation depended on the NS1 to NS4B proteins, underscoring their role in evading host defenses.Further investigation into the NS1 protein revealed seven amino acid substitutions in GUINEA-18 compared to MR766. Functional analyses showed that the contemporary NS1 protein (NS1CWA) is secreted more efficiently and has a different subcellular localization than NS1 from MR766 (NS1MR766). This altered behavior of NS1CWA significantly enhances viral replication and cytotoxicity while reducing the activation of innate immune responses in infected cells. A chimeric MR766 virus containing NS1CWA demonstrated these enhanced traits, emphasizing NS1’s role in the virulence of contemporary West African ZIKV strains.In conclusion, this thesis provides a comprehensive analysis of the molecular determinants of replication and pathogenicity in contemporary West African ZIKV strains. The research underscores the crucial roles of NS1 to NS4B proteins, particularly NS1 and NS4B, in these processes. The findings raise questions about risks associated with circulating ZIKV strains in sub-Saharan Africa and highlight the need for ongoing surveillance and research to understand the public health implications. This work contributes valuable insights that could inform future strategies for managing and preventing ZIKV-associated diseases, especially in regions where the African lineage of the virus is prevalent

NS5B est l’ARN polymérase du virus de l’hépatite C (VHC). Sa structure a beaucoup été étudiée par radiocristallographie, elle contient trois sous-domaines appelés doigts, paume et pouce. Cependant, les études structurales de cette protéine en solution sont très limitées. La résonance magnétique nucléaire (RMN) a été utilisée pour étudier NS5B en solution ainsi que son interaction avec différents partenaires. L’emploi d’un échantillon de NS5B (65kDa) perdeuterée et sélectivement enrichie au niveau des méthyles 1 des résidus d’isoleucines a permis d’obtenir un spectre simplifié et de bonne qualité. Cette étude a confirmé la présence d’une dynamique particulière dans le pouce et a permis de mettre en évidence des effets à longues distances que se transmettent aux autres sous-domaines. Cette approche a alors été utilisée pour étudier l’interaction entre NS5B et le domaine 2 de la protéine NS5A (NS5A-D2) du VHC. Celui-ci est un domaine intrinsèquement désordonné qui interagit directement avec NS5B in vitro. Nous avons identifié que NS5A-D2 se lie via deux sites d’interaction sur le sous-domaine du pouce. Puisqu’un de ces sites est le site de liaison de l’inhibiteur allostérique filibuvir, nous avons étudié la liaison de cette molécule à la polymérase. Sa liaison cause des effets à longues distances tout au long de NS5B. Enfin, nous avons caractérisé la liaison d’un ARN simple brin à NS5B et nous avons identifié que NS5A-D2 et filibuvir réduisent mais ne suppriment pas l’interaction de NS5B avec l’ARN. L’analyse de NS5B par RMN en solution a permis d’étudier des interactions et d’accéder à des paramètres dynamiques très complémentaires des études cristallographiques
NS5B is the hepatitis C virus (HCV) RNA-dependent RNA polymerase. This protein has been extensively studied by X-ray crystallography and shows an organization in three subdomains called fingers, palm and thumb. Whereas static crystallographic data are abundant, structural studies of this protein in solution are limited. Nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy was used to study the 65 kDa NS5B in solution as well as its interaction with binding partners. It was characterized using selective isotopic labeling of isoleucine side-chain methyl groups, which gives rise to a simplified NMR spectrum with an improved signal-to-noise ratio. This characterization confirmed the presence of particular dynamics in the subdomains, especially in the thumb, as well as long-range effects that are transmitted through to other subdomains. Furthermore, this system was used to investigate the binding of the domain 2 of NS5A (NS5A-D2), a disordered domain of another HCV protein that has been shown to directly interact with NS5B in vitro. With paramagnetic relaxation enhancement experiments we showed that NS5A-D2 binds to NS5B via, at least, two binding sites on the thumb subdomain. As one of these sites was the binding site of allosteric inhibitor filibuvir, we characterized the binding of this small molecule to NS5B by NMR and found long-range effects of its binding throughout the polymerase. Finally, we studied the binding of a small RNA template strand to NS5B and found that both NS5A-D2 and filibuvir reduce but do not abolish the interaction between the polymerase and RNA. In sum, NMR spectroscopy was used to study dynamic properties of NS5B and its interactions with binding partners

Le projet de thèse se focalise sur la synthèse de biomolécules et se subdivise en deux parties. La première partie concerne la conception et la synthèse de dérivés de produits naturels d'intérêt thérapeutique nommés aurones en vue de mettre au point de nouvelles molécules à activité antivirale. Récemment, les aurones ont été identifiées comme étant des inhibiteurs de l'ARN-polymérase ARN-dépendante (NS5B) du virus de l'hépatite C (VHC). Cette enzyme, présente chez le virus mais absente chez l'homme, joue un rôle central dans la réplication virale. Suite à ces résultats antérieurs, les efforts ont été poursuivis et, dans le cadre de cette thèse, nous avons entrepris,d'une part, la synthèse d'analogues originaux dont le cycle B des aurones a été remplacé par des hétérocycles et, d'autre part, la synthèse depseudodimères d'aurones dans le but d'affiner les exigences structurales pour améliorer l'effet inhibiteur.L'activité a été évaluée selon des tests enzymatiques et cellulaires et a permis d'identifier quelques candidats doués d'une bonne activité inhibitrice et d'une faible toxicité. La deuxième partie du projet de thèse, sans lien avec la première partie,concerne des aspects plus fondamentaux et porte sur la synthèse de nouveaux surfactants agissant comme agents stabilisants lors des procédures d'extraction et de cristallisation des protéines membranaires. Les surfactants sont des composants clés dans le domaine de la biologie structurale et de la biochimie des protéines membranaire. Ils sont nécessaires pour maintenir les protéines membranaires dans leur état fonctionnel après extraction. La grande majorité des protéines membranaires est riche en résidus basiques à l'interface. Sur la base de cette caractéristique, une nouvelle famille de surfactants est développée et testée sur des protéines membranaires appartenant aux pompes d'efflux ABC multi-résistantes
The PhD project focuses on biomolecules and is divided into two parts. The first part concerns the design and synthesis of natural product derivatives with therapeutic interest in order to develop new molecules with antiviral activity. Recently, aurones were identified as new inhibitors of hepatitis C virus (HCV) NS5B polymerase. Following these results, efforts were continuedand we undertook, on the one hand,the synthesis of original analogues in which the aurone B-ring was replaced by a heterocyclic rings and, on the other hand, the synthesis of aurone pseudodimers in order to refine the structural requirements to improve the inhibitory effect. The potent NS5B inhibitory activity combined with their low toxicity make aurones attractive drug candidates against HCV infection. The second part of the PhD thesis is unrelated to the first part and concerns more fundamental aspects. It focused on the synthesis of new surfactants acting as stabilizing agents during extraction of membrane proteins (PM). Surfactants are required for maintaining PM in their functional state after extraction from membrane lipid matrix. The vast majority of PM shares a net enrichment in basic residues at the interface between membrane and cytoplasm, a property known as the positive inside rule. Based on this feature, a new family of surfactants is developed and tested on membrane proteins belonging to the multidrug ABC efflux pumps family

L'analyse en particules uniques (SPA) par microscopie électronique à transmission cryogénique (Cryo-EM) permet aujourd'hui l'analyse structurale à l'état natif d'une large gamme de protéines et de complexes macromoléculaires. Elle est particulièrement intéressante pour les complexes pour lesquels la prédiction de la structure reste difficile, tels que les complexes anticorps-antigènes. Nous couvrons dans ce manuscrit plusieurs points de validation aux étapes pré-microscope, in-microscope et post-microscope. Nous détaillons une large gamme d'analyses biophysiques permettant une description détaillée des propriétés biochimiques des échantillons en solution. À la suite de ces analyses, nous discutons de l'approche optimale de préparation et criblage de grilles de Cryo-EM. La dernière partie est consacrée au traitement des données avec des analyses exhaustives de l'effet du matériau de la grille sur l'échantillon. Nous exposons une application pratique des logiciels actuels pour faire face à l'hétérogénéité conformationnelle continue. Ces travaux ont permis l'obtention de la première carte expérimentale au-delà de 3 Angströms de résolution du complexe ternaire flexible "HTP" de 162 kDa entre le récepteur du facteur de croissance épidermique humain 2 (HER2) et les fragments de liaison à l'antigène (Fab) de deux anticorps thérapeutiques distincts, le pertuzumab et le trastuzumab. Notre carte mieux définie que les précédentes, à permis de mettre en lumière une interaction précédemment négligée qui pourrait expliquer l'effet synergique des anticorps. Le troisième chapitre reprend l'approche développé avec le complexe HTP en l'appliquant à la protéine non structurale de norovirus NS4. Cette partie apporte les premiers résultats exhaustifs des propriétés biochimique de la protéine NS4. Elle expose également les limitations de l'utilisation des anticorps monoclonaux comme outils d'analyse structurale. Enfin il est montré comment nous avons réussi à obtenir un catalogue diversifié de protéines artificielles "alpharep" ciblant NS4 ainsi que les premières applications possibles
Single particle analysis (SPA) from cryogenic transmission electron microscopy (Cryo-EM) nowadays allows structural analysis in the native state of a broad range of proteins and macromolecular complexes. It is particularly attractive for complexes for which structure prediction remains intractable, such as antibody-antigen complexes. In the second chapter of this manuscript, we cover several validation points at the pre-microscope, in-microscope and post-microscope stages for the studies of such complexes by cryo-EM. We detail a wide range of biophysical analyses allowing a detailed description of the biochemical properties of samples in solution. Following these analyses, we discuss the optimal approach for preparing and screening Cryo-EM grids. The last part is devoted to data processing, with exhaustive analyses of the effect of the grid material on the sample. We also present a practical application of current software to deal with continuous conformational heterogeneity. This part shows how we manage to obtain the first experimental map bellow 3 Angstroms resolution of the flexible ternary complex "HTP" between the human epidermal growth factor receptor 2 (HER2) and the antigen-binding fragments (Fab) of two distinct therapeutic antibodies, pertuzumab and trastuzumab. Our map, which is better defined than previous ones, has brought to light a previously neglected interaction that could explain the synergistic effect of the antibodies.The third chapter takes up the approach developed with the HTP complex by applying it to the non-structural norovirus protein NS4. This section provides the first comprehensive results on the biochemical properties of the NS4 protein. It also outlines the limitations of using monoclonal antibodies as structural analysis tools. Finally, it shows how we have succeeded in obtaining a diversified catalogue of artificial proteins "alpharep" targeting NS4, as well as the first possible applications

Les travaux présentés dans ce manuscrit relatent les recherches les plus significatives de mon parcours professionnel au cours des onze dernières années. Dans un premier temps, nous montrons comment il est possible de prospecter de nouvelles molécules actives contre l’hépatite C en développant de nouveaux acides aminés non naturels innovants. Cette étude a été assistée par le logiciel de docking GenMol pour le design des divers composés. Nous y détaillons l’évolution des structures produites en fonctions des propriétés recherchées et des dernières avancées du domaine. Les synthèses énantio convergeantes, appuyées par la chimie des peptides, ont pu aboutir à cinq molécules finales qui ont montré différents potentiels antiviraux. Ensuite, la synthèse et l’étude structurale du composé BHH-BTT sont abordées. Nous y décrivons les propriétés physico-chimiques de l’empilement des molécules et comment celles-ci finissent par influer les propriétés de transport des charges. Nous avons ainsi élaboré des OFETs performants qui montrent de bonnes perspectives en termes de futurs détecteurs. Enfin nous rapportons la première intégration de matériaux semi-conducteurs organiques (BTBT) au sein de matériaux hybrides organique-silice. Cette démarche impliquait la réalisation d’un précurseur sol-gel optimisé bis(triéthoxysilane) qui nous permettait de contrôler l’organisation des cœurs π conjugués lors de la création des matériaux. Nous avons, grâce à des suivis spectroscopiques détaillés, démontré une agrégation de type J lors de la formation des films minces et une réorganisation des cœurs π-conjuguées en agrégation de type H lors l’application du procédé sol-gel. Après une mise au point au niveau de l’interface semi-conducteur/électrodes, nous avons alors réalisé des transistors hybrides organique-silice à effet de champs entièrement réticulés dont la robustesse face à une grande diversité de solvants organique a été démontrée
The different works presented in this manuscript relate the most relevant investigations representing my career evolution along this last eleven years. First, we show how it is possible to explore new active molecules by developing innovating non-natural amino-acids. This investigation was supported by the docking software GenMol. We show here the structures evolution of the produced molecules according to desired properties and to last advances in the field. The enantio convergent synthesis supported by peptide chemistry allowed us to reach five final molecules with diverse antiviral potentials. Then, synthesis and structural investigation of the compound BHH-BTBT was broached. We describe here physicochemical properties of the packing and how they affect charge transport properties. So then, we achieved OFET with good performance that show interesting perspective for future sensors. Finally we reported the first integration of a semi-conducting material (BTBT) in a hybrid organo-silica material. This approach involved the conception of an informed sol-gel bis(triethoxysilane) precursor that allowed us to control the π-conjugated cores organisation during the creation of the material. With detailed spectroscopic monitoring we demonstrated a J-aggregation during the thin film formation and a reorganisation to a H-aggregation during the sol-gel process. After optimisation of the semiconductor/electrode interface, we obtained hybrid organo-silica field effect transistors entirely reticulated showing a high resilience to a large diversity of organic solvent

Introduction : Le virus de l’hépatite C (VHC), est l’une des premières causes de pathologie hépatique dans le monde. Ce virus à ARN est responsable de l’hépatite C qui aboutit au développement de la cirrhose et du cancer du foie. Selon l’Organisation Mondiale de la Santé, le VHC infecte actuellement plus de 170 millions de personnes dans le monde, soit 3% de la population. L’hépatite C chronique connait toujours en Tunisie un taux de guérison faible pour le génotype 1 car le traitement standard actuellement disponible est la bithérapie interféron pégylé associé à la ribavirine. A l’heure actuelle, le développement de différentes molécules ciblant spécifiquement le VHC, appelées les antiviraux à action directe (AAD), apparait comme une potentielle révolution dans le traitement de l’infection par le VHC.Ces AAD comprennent les inhibiteurs de protéase (IP), les inhibiteurs nucléos(t)idiques (IN) et les inhibiteurs non-nucléosidiques (INN) de la polymérase NS5B ainsi que les inhibiteurs de la protéine NS5A. La quasi-espèce virale est formée d’un mélange complexe de variants viraux parmi lesquels se trouvent des variants associés à des degrés variables à la résistance aux AAD. Ces variants peuvent donc exister naturellement en absence de toute pression médicamenteuse et sont susceptibles d’avoir un impact sur la réponse aux différents traitements par AAD. Notre objectif était de déterminer la prévalence des variants associés à la résistance dans les souches tunisiennes circulantes en préambule à l’introduction deces molécules en Tunisie. Méthodes : L’amplification et le séquençage direct de la protéase NS3, de la polymérase NS5B ainsi que la région NS5A ont été effectuées chez 149 patients tunisiens naïfs de traitement et infectés par le VHC de génotype 1 (génotype 1b = 142 ; génotype 1a = 7). Résultats : Douze séquences NS3 (12/131 ; 9,2%) ont montré des mutations connes pour conférer une résistance aux IP. Une seule séquence (1/95 ; 1,1%) a montré la mutation V321I connue pour conférer une résistance aux IN-NS5B. Trente quatre séquences (34/95 ; 35,8%) ont montré des mutations connues pour diminuer la sensibilité des INN-NS5B. Une seule séquence de génotype 1a (1/7 ; 14,3%) et 17 séquences de génotype 1b (17/112 ; 16,2%) ont montré des mutations connues pour conférer une résistance au inhibiteurs de la protéine NS5A. Conclusions : Notre étude a permis de mettre en évidence la présence de substitutions conférant une diminution de la sensibilité aux AAD chez des patients tunisiens naïfs de tout traitement anti-VHC. Des études in situ seront nécessaires pour évaluer l’impact de ces mutations sur la réponse au traitement
Introduction: Hepatitis C virus (HCV) is a major cause of liver disease worldwide. This RNA virus is responsible for hepatitis C, which leads to the development of cirrhosis and liver cancer. According to the World Health Organization, HCV infects more than 170 million people worldwide, about 3% of the population. Chronic hepatitis C still know in Tunisia low cure rates for genotype 1, because the currently standard treatment available is combination therapy of pegylated interferon plus ribavirin. At present, the development of different molecules that specifically target HCV, called direct-acting antivirals (DAA) appears as a potential revolution in the treatment of HCV infection. These DAA include protease inhibitors (PI), nucleos(t)ide (NI) and non-nucleoside inhibitors (NNI) for NS5B polymerase and NS5A inhibitors. The viral quasispecies is formed by a complex mixture of viral variants including variants associated with variable degrees of resistance to DAA. These variants may therefore exist naturally in absence of drug pressure and may affect response to different treatments by DAA. Our objective was to determine the prevalence of variants associated with resistance in circulating Tunisian strains preamble to the introduction of these molecules in Tunisia. Methods: Amplification and direct sequencing of NS3 protease, NS5B polymerase and NS5A region were performed in 149 Tunisian naïve patients infected with HCV genotype 1 (genotype 1b = 142; genotype 1a = 7) . Results: Twelve sequences NS3 (12/131; 9.2%) showed mutations known to confer resistance to PI. One sequence (1/95; 1.1%) showed the V321I mutation known to confer resistance to NS5B-IN. Thirty four sequences (34/95; 35.8%) showed mutations known to reduce the sensitivity of NS5B-INN. One genotype 1a sequence (1/7; 14.3%) and 17 genotype 1b sequences (17/112; 16.2%) showed mutations known to confer resistance to NS5A inhibitors.Conclusions: Our study highlighted the presence of substitutions conferring decreased susceptibility to DAA in naïve patients infected with HCV genotype 1. Field studies will be needed to evaluate the impact of these mutations on the treatment response

Il n'existe pas de thérapies curatives ou préventives de la dengue (DF). Seuls des soins médicaux complémentaires et une thérapie par les fluides sont disponibles pour lutter contre la dengue. Certains patients optent pour des mesures de prévention et de traitement utilisées par les peuples anciens ou des remèdes populaires pour traiter la maladie. L'un des remèdes populaires utilisés par les patients atteints de dengue à l'hôpital de Malaisie est la consommation de soupe de viande de grenouille au melon amer (Momordica charantia). La chair des fruits et les graines du Momordica charantia (M. charantia) ont été utilisées dans cette étude. L'huile des graines de M. charantia a été extraite par extraction enzymatique aqueuse (AEE) et le rendement en huile a augmenté avec la condition optimale pour extraire l'huile de graines était d'utiliser HEL1:X7 (5:1.25). L'huile de graines ainsi que la teneur en lignine, hémicelullose, sucres solubles et acides uroniques étaient différentes selon le type de cocktail enzymatique. D'autre part, l'extrait d'acétate d'éthyle de la chair du fruit de M. charantia a inhibé 38.11±1.06 % de la DENV-2 protéase NS2B/NS3. Sur la base de l'analyse GC-MS, on a trouvé la trace d'acide gallique et on a sélectionné les cadres structurels de base pour la synthèse de l'inhibiteur de protéase DENV-2 NS2B/NS3. Les dérivés de l'indanone substituée par le pyrazolyle, 90a-t, ont été synthétisés et caractérisés par analyse FTIR, RMN et LC-MS. Un pourcentage approprié de rendement des composés a été obtenu. Les composés 90a-t ont été soumis à une étude in silico en utilisant AutoDock4.2 pour identifier le mode de liaison et la conformation avec la structure cristalline de la protéine d'homologie de Wichapong. Cinq composés ont obtenu une énergie libre de liaison (FEB) inférieure à -7.55 kcal/mol. Le composé 90p a montré huit interactions de liaison hydrogène, une interaction d'empilement π-π, et une interaction π-alkyle avec le résidu d'acide aminé dans la DENV-2protéase NS2B/NS3. Enfin, les études in vitro des cinq principaux composés synthétisés par ancrage vers la DENV-2 protéase NS2B/NS3 en utilisant le substrat peptidique fluorogène Boc-Gly-Arg-7-amino-4-méthylcoumarine ont été menées. La panduratine A a été utilisée comme témoin positif. Le composé 90p a montré une forte activité d'inhibiteur de la DENV-2 protéase NS2B/NS3 (65.61±0.98 %), tandis que la panduratine A (47.59±1.03 %) et l'acide gallique (25.11±1.11 %) ont été utilisés comme témoins positifs. La valeur de la CI50 pour le composé 90p a été observée à 78.87 µM, ce qui est inférieur à la valeur de 290.27 µM pour la panduratine A. Le composé 90p est considéré comme un puissant composé de type "hit-to-led" dans le développement de l'inhibiteur de DENV-2 protéase NS2B/NS3
There are neither curative nor preventive therapies of dengue fever (DF). Only supplemental medical care and fluid therapy are available to fight DF. Some patients opt for prevention and treatment measure used by the ancient people or folk remedy to treat sickness. One of folk remedy used among patients with dengue fever in the Malaysia hospital is consumption of frog meat soup with bitter melon (Momordica charantia). The fruits flesh and seeds of Momordica charantia (M. charantia) were utilized in this study. The oil of M. charantia seeds were extracted via aqueous enzymatic extraction (AEE) and the oil yield increased with optimum condition to extract the seed oil was to use HEL1:X7 (5:1.25). The seeds oil as well as the lignin, hemicelullose, soluble sugars, and uronic acids content were different accordance to the type of enzyme cocktail ratio. On the other hand, the M. charantia fruits flesh ethyl acetate extract was found to inhibit 38.11 ± 1.06 % of the DENV-2 NS2B/NS3 protease. Based on the GC-MS analysis the trace of gallic acid was found and was selected the basic structural frameworks for synthesis of the DENV-2 NS2B/NS3 protease inhibitor. The pyrazolyl substituted indanone derivatives, 90a-t were synthesized and characterized using FTIR, NMR, and LC-MS analysis. An appropriate percentage of yield of the compounds were obtained. The compounds 90a-t underwent in silico study using AutoDock4.2 to identify the binding mode and conformation with the Wichapong homology protein crystal structure. Five compounds were found to obtained free energy of binding (FEB) less than -7.55 kcal/mol. Compound 90p showed eight hydrogen bond interactions, one π-π stacking interaction, and one π-alkyl interaction with the amino acid residue in the DENV-2 NS2B/NS3 protease. Lastly, the in vitro studies of top five docked synthesized compound towards DENV-2 NS2B/NS3 protease by using fluorogenic peptide substrate Boc-Gly-Arg-7-amino-4-methylcoumarin were conducted. The panduratin A was used as the positive control. Compound 90p showed a high DENV-2 NS2B/NS3 protease inhibitor activity (65.61 ± 0.98 %), while panduratin A (47.59 ± 1.03 %), and gallic acid (25.11 ± 1.11 %). The IC50 value for compound 90p was observed to be 78.87 µM which is lower compared to the panduratin A, 290.27 µM. The compound 90p is concluded to be a potent hit-to-led compound in the development of DENV-2 NS2B/NS3 protease inhibitor