Dissertations / Theses on the topic 'Protein Biology'
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Robinson, Ross Alexander. "Structural biology of protein - protein interactions." Thesis, University of Oxford, 2008. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.504517.
Li, Wei. "Protein-protein interaction specificity of immunity proteins for DNase colicins." Thesis, University of East Anglia, 1999. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.302033.
Song, Hong Chang. "The role of protein structure and heat shock protein 70 molecules in the import of peroxisomal proteins /." Thesis, McGill University, 1997. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=20867.
Laos, Roberto, and Steven A. Benner. "Linking chemistry and biology: protein sequences." Revista de Química, 2016. http://repositorio.pucp.edu.pe/index/handle/123456789/99314.
In the last twenty years, the number of complete genomes that have been sequenced and deposited in data banks has grown dramatically. This abundance in sequence information has supported the creation of the discipline known as paleogenetics. In this article, without going into complex algorithms, we present some key concepts for understanding how proteins have evolved in time. We then illustrate how paleogenetic analysis can be used in biotechnology. These examples highlight the connection between chemistry and biology, two disciplines that twenty years ago seemed to be more different than what they seem to be today.
Strasser, Rona. "Protein-protein interactions of receptors LdPEX5 and LPEX7 with PTS1 and PTS2 cargo proteins, and with glycosomal docking protein LdPEX14 for protein import into «Leishmania donovani»." Thesis, McGill University, 2014. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=122960.
Le glycosome est une structure subcellulaire unique qui se trouve dans le parasite Leishmania donovani. Cette organelle compartimente la machinerie enzymatique requise pour de multiples voies métaboliques, y compris la glycolyse. Le bon ciblage des enzymes du glycosome est essentiel pour la viabilité du parasite. Les protéines ciblées pour le glycosome ont une séquence signal topogénique, un PTS1 C-terminale ou un PTS2 N-terminale, qui est reconnue par les récepteurs cytosoliques, le LdPEX5 ou le LPEX7, respectivement. Ces complexes de récepteurs chargés s'interagissent avec la protéine LdPEX14, située du côté cytosolique de la membrane glycosomale, un événement requis pour le transport des protéines à travers la membrane du glycosome. Cependant, la voie complète d'importation de protéines glycosomales n'a pas été totalement élucidée. Ce travail a été entrepris pour mieux comprendre ces interactions protéine-protéine.La fraction cytosolique des parasites L.donovani a été utilisée pour déterminer les interactions protéine-protéine des récepteurs LdPEX5 et LPEX7. La chromatographie d'exclusion de taille, la focalisation isoélectrique, et les interactions d'affinité proteine-proteine ont montré que, dans les cytosols, ces récepteurs forment des grands complexes hétérologues. Les glycosomes purifiés ont été utilisés pour évaluer l'effet des complexes récepteur sur la conformation du LdPEX14. Une protéolyse limitée a montré que l'interaction du LdPEX14 chargé avec les complexes récepteur l'à protèger de la digestion à la surface de la membrane. L'électrophorèse sur gel natif a montré que le LdPEX14 forme des grands complexes de ~ 800 kDa et que lorsqu'il est associé à des complexes récepteur, le poids moléculaire des complexes LdPEX14 passe à ~ 1200 kDa. Les extractions avec le carbonate alcalin a déterminé que le LdPEX14 seul s'agit comme une protéine périphérique; mais son chargement avec des complexes récepteur l'entrainer à s'agir comme une protéine membranaire intégrale. L'insertion de LdPEX14 dans la membrane du glycosome conduit à l'insertion du LdPEX5 et LPEX7 dans la membrane aussi. L'association des complexes récepteur à causer LdPEX14 à subir un changement de conformation causant l'insertion profonde dans la membrane et l'augmentation de la taille des complexes.La purification du récepteur LPEX7 recombinante été entravée par son association avec la protéine chaperonne bactérienne GroEL. Une technique de repliement a été développé pour purifier LPEX7 en évitant l'association de protéines bactériennes. Les techniques de Far Western et d'affinité protéine-protéine ont montré que ce LPEX7 replier est spécifiquement associé à des protéines PTS2, le co-récepteur LdPEX5, et le LdPEX14. La cartographie des domaines d'interaction de LPEX7 a montré que l'interaction LPEX7-PTS2 nécessit le LPEX7 entière, alors que les motifs d'interaction avec LdPEX5 et LdPEX14 étaient situés dans sa région N-terminale.Il y a des métabolites glycosomal qui ne sont pas importés par la voie de l'importation glycosomale, mais par des transporteurs membranaires du glycosome. L-arginine est un de ces métabolites, substrat de l'enzyme glycosomale PTS1 arginase. L-arginine est récupéré dans le milieu extracellulaire par son transporteur, LdAAP3. Un fractionnement subcellulaire a été utilisés pour séparer les membranes plasmiques des glycosomes, et LdAAP3 a été localisé sur les deux membranes. De plus, des promastigotes de L. donovani sont capable de detecter le niveau de L-arginine dans le millieu, ce qui provoque une régulation positive de l'expression de LdAAP3 à la fois dans la membrane plasmique et dans la membrane du glycosome. Ces études fournissent des preuves que des transporteurs de métabolites spécifique sont présent dans la membrane du glycosome.Ensemble, ces études contribuent à l'élucidation de la fonction glycosomale de Leishmania donovani, et une meilleure compréhension de certains mécanismes nécessaires pour l'importation glycosomale.
Le, Min. "Protein coimmobilization: Reactions of vicinal thiol groups of proteins /." The Ohio State University, 1997. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1487946776021788.
Rassadi, Roozbeh. "The effect of stress on nuclear protein transport : classical nuclear protein transport versus the nuclear transport of heat shock proteins." Thesis, McGill University, 1999. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=33476.
Under normal conditions, Aequorea victoria green fluorescent protein (GFP), carrying a classical nuclear localization sequence (cNLS-GFP) is nuclear. However, cNLS-GFP equilibrates throughout the cell upon exposure to heat, ethanol, H2O2 or starvation. Redistribution of the small GTPase Gsp1p, a soluble nuclear transport factor, correlates with cNLS-GFP equilibration. This suggests that a collapse of the Gsp1p gradient underlies the inhibition of classical nuclear protein import. In contrast to cNLS-GFP, the cytoplasmic heat shock protein Ssa4p accumulates in nuclei when classical nuclear import is inhibited. The N-terminal 236 amino acid residues of Ssa4p are sufficient for nuclear localization of Ssa4p-GFP upon heat and ethanol stress. The nuclear localization of Ssa4p(1--236)-GFP requires components of Gsp1-GTPase system, but is independent of Srp1p, the cNLS receptor.
Ssa4p(16--642)-GFP accumulates in nuclei of starving cells, mediated by a hydrophobic stretch of amino acid residues in its N-terminal domain. This nuclear localization is reversible upon addition of fresh medium and its export is sensitive to oxidants and temperature-dependent.
Field, James Edward John. "Engineering protein cages with synthetic biology." Thesis, Imperial College London, 2014. http://hdl.handle.net/10044/1/45404.
Sonnen, Andreas Franz-Peter. "Structural biology of protein-membrane interactions and membrane protein function." Thesis, University of Oxford, 2008. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.514997.
Lite, Thúy-Lan Võ. "The genetic landscape of protein-protein interaction specificity." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 2020. https://hdl.handle.net/1721.1/129035.
Cataloged from student-submitted PDF of thesis.
Includes bibliographical references.
Protein-protein interaction specificity is often encoded at the primary sequence level, and by just a few interfacial residues. Collectively, these residues have both positive and negative roles, promoting a desired, cognate interaction and preventing non-cognate interactions, respectively. However, for most protein-protein interactions, the contributions of individual specificity residues are poorly understood and often obscured by robustness and degeneracy of protein interfaces. Using bacterial toxin-antitoxin systems as a model, we use a variant of deep mutational scanning to dissect the positive and negative contributions of antitoxin residues that dictate toxin specificity. By screening a combinatorially complete library of antitoxin variants, we uncover a distribution of fitness effects for individual interface mutations measured across hundreds of genetic backgrounds. We show that positive and negative contributions to specificity are neither inherently coupled nor mutually exclusive. Further, we argue that the wild-type antitoxin may be optimized for specificity, because mutations that further destabilize the non-cognate interaction also weaken the cognate interaction. No mutations strengthen the cognate interaction. By comparing crystal structures of paralogous complexes, we provide a structural rationale for all of these observations. Finally, we use a library approach to identify hundreds of novel systems that are insulated from their parental systems, and that carry only two mutations - a negative specificity element on the toxin, and one on the antitoxin. This result demonstrates that highly similar (and in this case, nearly identical) complexes can be insulated using compensatory mutations of individually large effect. Collectively, this work provides a generalizable approach to understanding the logic of molecular recognition.
by Thúy-Lan Võ Lite.
Ph. D.
Ph.D. Massachusetts Institute of Technology, Department of Biology
Batal, Rami. "RNA and protein interactions of the measles virus nucleocapsid protein." Thesis, McGill University, 1994. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=55437.
Papadopoulos, Maria. "The prion protein interacts with Bcl-2 and Bax proteins." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1998. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape10/PQDD_0026/MQ50849.pdf.
McArdle, Bernadette. "Natural Product Interactions with Biology Space." Thesis, Griffith University, 2007. http://hdl.handle.net/10072/366724.
Thesis (PhD Doctorate)
Doctor of Philosophy (PhD)
Eskitis Institute for Cell and Molecular Therapies
Science, Environment, Engineering and Technology
Full Text
Nobrega, Robert P. "Early Folding Biases in the Folding Free-Energy Surface of βα-Repeat Proteins: A Dissertation." eScholarship@UMMS, 2014. https://escholarship.umassmed.edu/gsbs_diss/723.
Nobrega, Robert P. "Early Folding Biases in the Folding Free-Energy Surface of βα-Repeat Proteins: A Dissertation." eScholarship@UMMS, 2007. http://escholarship.umassmed.edu/gsbs_diss/723.
McElroy, Kyle A. "Balancing transcriptional activity in Drosophila through protein-protein interactions on chromatin." Thesis, Harvard University, 2016. http://nrs.harvard.edu/urn-3:HUL.InstRepos:33493492.
Biology, Molecular and Cellular
Diks, Sander Henricus. "Analysis of protein superhighways in cell biology." [S.l. : [Groningen : s.n.] ; University Library Groningen] [Host], 2006. http://irs.ub.rug.nl/ppn/298197421.
Larocque, Gabrielle. "Cell biology of tumor protein D54 (TPD54)." Thesis, University of Warwick, 2017. http://wrap.warwick.ac.uk/107000/.
Joachimiak, Lukasz A. "In silico evolution of protein-protein interactions : from altered specificities to de novo complexes /." Thesis, Connect to this title online; UW restricted, 2007. http://hdl.handle.net/1773/9211.
Kane, Émilie. "Protein-protein regulation of calsequestrin expression in cardiomyocytes." Thesis, McGill University, 2012. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=107782.
La maladie du coeur est la cause principale de mortalité chez les femmes et les hommes en Occident. L'arrêt cardiac est souvent associé à des anomalies en control de calcium intracellulaire. Le facteur de transcription Egr-1 est connu pour son contrôle négatif de l'expression de calsequestrine (CSQ2), une protéine réservoir de calcium. Un manque de CSQ2 impacte les quantités de calcium disponible pour un bon fonctionnement cardiaque. Ici nous avons examiné l'hypothèse que les protéines liées à Egr-1 et que ses modifications post-translationelles. Egr-1 et Sp1 sont en compétition pour le promoteur de CSQ2 mais sont aussi liés l'un à l'autre. En fait, ensemble ils forment un complexe avec le facteur de transcription universel YBX-1. Ce complexe a été identifié en vivo et en vitro par co-immunoprécipitations. Considérant que la formation de ce complexe ainsi que l'expression de CSQ2 peuvent être affectés par l'acétylation, des inhibiteurs d'acétyltransferase d'histone (ATH) et de déacétylase d'histone (DACH) ont été respectivement utilisés pour réduire et augmenter l'acétylation en cellules. Nous avons trouvés que la formation du complexe Egr-1: Sp1: YBX-1 qui est possiblement responsable de l'expression de CSQ2 n'est pas affecté par les changements en acétylation. Par contre, des changements ont été aperçus dans l'expression de CSQ2 quand l'acétylation a été modifiée par ATH ou par DACH. Nous croyons que l'acétylation impacte l'expression de CSQ2 mais pas par entremise du complexe Egr-1 : Sp1 : YBX-1 malgré l'acétylation de la protéine Egr-1 elle-même.
Louie, Brenton E. "Modeling uncertainty in data integration for improving protein function assignment /." Thesis, Connect to this title online; UW restricted, 2008. http://hdl.handle.net/1773/7154.
Feng, Bochen. "Specific DNA-Protein and Protein-Protein interactions determine the operation of the Nitrogen regulatory circuit of Neurospora Crassa /." The Ohio State University, 2000. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1488192447431226.
Grigoryan, Gevorg Ph D. Massachusetts Institute of Technology. "Computational approaches for the design and prediction of protein-protein interactions." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 2007. http://hdl.handle.net/1721.1/38997.
Includes bibliographical references (leaves 167-187).
There is a large class of applications in computational structural biology for which atomic-level representation is crucial for understanding the underlying biological phenomena, yet explicit atomic-level modeling is computationally prohibitive. Computational protein design, homology modeling, protein interaction prediction, docking and structure recognition are among these applications. Models that are commonly applied to these problems combine atomic-level representation with assumptions and approximations that make them computationally feasible. In this thesis I focus on several aspects of this type of modeling, analyze its limitations, propose improvements and explore applications to the design and prediction of protein-protein interactions.
by Gevorg Grigoryan.
Ph.D.
Chen, Huiling Zhou Huan Xiang Ferrone Frank A. "Prediction of protein structures and protein-protein interactions : a bioinformatics approach /." Philadelphia, Pa. : Drexel University, 2005. http://dspace.library.drexel.edu/handle/1860/481.
Chan, Man Kid. "The interaction between Y box binding protein 1 and DNA replication proteins." Thesis, McGill University, 2009. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=66802.
Une réponse coordonnée lors de dommages à l'ADN est vitale pour le maintien de la viabilité cellulaire et pour éviter l'installation de maladies. Dans les cellules de mammifères, le point de contrôle de la phase S, la protéine kinase ATR (Ataxia-telangiectasia mutated and RAD3-related), coordonne la réponse aux dommages de l'ADN afin d'assurer une réplication complète et fidèle du génome avant l'entrée en mitose. La protéine YB-1 (Y box Binding Protein 1), un facteur de transcription et de traduction, est impliqué dans la prolifération cellulaire et la résistance aux chimiothérapies. YB-1 est également lié à une large variété de stress cellulaires but aucune donnée n'est disponible quant à son rôle dans la réplication de l'ADN. Lors de mon travail de Master, j'ai pu montrer qu'YB-1 s'associe à la fois à l'origine de réplication de la β-globine et dans les régions contrôles de l'ADN. Ce résultat suggère qu'YB-1 pourrait être impliqué dans la phase d'élongation de la réplication de l'ADN plutôt que dans celui de l'initiation. Par immunoprécipitation, j'ai identifié PCNA et MCM7 comme interacteurs préférentiels d'YB-1 en phase S. Par contre, en immunofluorescence, je n'observe pas de colocalisation nucléaire entre ces protéines. Lors du blocage de la fourche de réplication par un traitement à l'hydroxyurée, l'interaction entre YB-1 et MCM7 a été réexaminée et j'ai mis en évidence que 8h après le traitement, ces deux protéines présentent une co-localisation diffuse dans le noyau. Ces données indiquent qu'YB-1 pourrait être impliqué dans une réponse tardive suite à un arrêt prolongé de la fourche de réplication soit directement au point d'arrêt soit au niveau d'origines « dormantes » liées aux complexes MCM. YB-1 peut donc avoir plusieurs rôles tels que l'aide à la reprise de la réplication de l'ADN ou l'activation d'origines de réplicatio
Ler, Lian Wee. "Identification and characterization of novel mammalian eIF4E-Homologous Protein (4EHP) interacting proteins." Thesis, McGill University, 2009. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=66760.
La traduction d'un ARNm commence par le recrutement du complexe eIF4F au niveau de la coiffe (ou cap) en 5' de l'ARNm et se complète lors de la reconnaissance du codon d'initiation par le complexe de pré-initiation. La régulation de l'initiation de la traduction est une étape majeure dans le contrôle de l'expression génique. Cette thèse s'intéresse à la protéine humaine 4EHP (h4EHP), un homologue du facteur d'initiation de la traduction se liant à la coiffe, eIF4E. 4EHP peut d'ailleurs s'associer à la coiffe de l'ARNm mais ne peut initier la traduction dépendante de la coiffe. L'homologue chez la drosophile, d4EHP, est un inhibiteur de la traduction de certain ARNm et agit en formant une boucle 5'-3' avec l'ARNm. Les partenaires protéiques de 4EHP définissent alors la spécificité pour l'ARNm. Cette thèse s'intéresse à la fonction de h4EHP en recherchant ses partenaires protéiques. Les trois nouveaux partenaires identifiés (PERQ1, PERQ2 et 4E-T) utilisent un même motif de liaison à h4EHP. Mes expériences démontrent non seulement, que les complexes h4EHP:PERQ1/2 sont impliqués dans la répression de la traduction, mais aussi qu'il existe une co-régulation des niveaux relatifs des protéines h4EHP, PERQ1 et PERQ2. Ce dernier est d'ailleurs dégradé par CUL7 après la déplétion de h4EHP. La protéine 4E-T est connu pour son rôle dans l'inhibition de la traduction, l'import nucléaire d'eIF4E, la formation des « P-Bodies » et le renouvellement des ARNm. Cette étude démontre que h4EHP a une localisation nucléaire et indépendante de 4E-T. La suppression de 4E-T augmente cependant de six fois le nombre de « P-Bodies », sans pour autant affecter le taux de renouvellement d'un ARNm reporteur. En conclusion, cette étude identifie PERQ1 et PERQ2 comme deux inhibiteurs de la traduction dont la fonction et la stabilité sont dépendantes de h4EHP. Cependant, le rôle de l'inter
Liu, Huanting. "Molecular biology of maize streak virus movement in maize." Thesis, University of East Anglia, 1997. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.361478.
Peterson, Mark Erik. "Evolutionary constraints on the structural similarity of proteins and applications to comparative protein structure modeling." Diss., Search in ProQuest Dissertations & Theses. UC Only, 2008. http://gateway.proquest.com/openurl?url_ver=Z39.88-2004&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:dissertation&res_dat=xri:pqdiss&rft_dat=xri:pqdiss:3339202.
Gilker, Eva Adeline Gilker. "INTERACTIONS AND LOCALIZATION OF PROTEIN PHOSPHATASES, YWHA PROTEINS AND CELL CYCLE CONTROL PROTEINS IN MEIOSIS." Kent State University / OhioLINK, 2018. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=kent1532699317257539.
Delacour, Quentin. "Light-induced protein degradation : a chemical biology approach." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066347/document.
The regulation of proteolysis is an efficient way to control protein function in cells. Here, we present a general strategy enabling to increase the spatiotemporal resolution of conditional proteolysis by using light activation as trigger. Our approach relies on the auxin-inducible degradation (AID) system obtained by transposing components of the plant auxin-dependent degradation pathway in mammalian cells. We developed an optimized version of the AID which enables to significantly destabilize target proteins in presence of auxin. Parallely, we developed a photoactivatable auxin that acts as a photoactivatable inducer of degradation. Upon local and short light illumination, auxin is released in cells and triggers the degradation of a protein of interest with spatiotemporal control. This generic method was implemented in nuclear and cytoplasmic contexts
Tan, C. H. "The cell biology of the mitochondrial protein IF1." Thesis, University College London (University of London), 2011. http://discovery.ucl.ac.uk/1302546/.
Forghani, Farnaz. "Protein engineering of bacteriophage Mu transposase." Thesis, McGill University, 1990. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=60444.
Morris, Zachary James. "Actin Binding Proteins Regulate the Localization of the Fission Yeast Hippo Pathway Protein Mob1p." University of Toledo / OhioLINK, 2019. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=toledo1533229650651521.
Saleh, Maya. "Protein-protein interactions and cell signaling in the regulation of HOX.PBX functions." Thesis, McGill University, 2001. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=37620.
Lau, Tsz Cham Derek. "Dissecting Protein-Protein Interactions that Regulate the Spindle Checkpoint in Budding Yeast." Thesis, Harvard University, 2012. http://dissertations.umi.com/gsas.harvard:10558.
Levey, Kristian. "Protein-Protein interactions of ExbD in the complex TonB- ExbB-ExbD." Thesis, McGill University, 2009. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=67043.
L'un des traits distinctifs de la membrane externe des bactéries gram-négatives est son dénuement de toute source d'énergie permettant le transport actif des nutriments. Ces bactéries font plutôt appel à l'énergie disponible à la membrane cytoplasmique. Localisé à la membrane cytoplasmique, le complexe de transduction de l'énergie formé des protéines ExbB, ExbD et TonB permet de surmonter cet obstacle dans les systèmes de transport TonB-dépendants. Dans le but d'avancer notre compréhension de ce complexe multi-protéique, nous avons purifié ExbD et l'avons soumis à des expériences de présentation de phage (PP) avec pour objectif de prédire certains de ses partenaires d'interaction et aussi afin d'identifier ses sites de contact avec les autres membres du complexe. Nous avons fait appel à la résonance plasmon de surface (RPS) pour valider nos résultats de PP.Nous fîmes usage de deux librairies de phages disponibles commercialement, grâce auxquelles nous pûmes prédire qu'ExbD interagit avec TonB ainsi qu'avec lui-même. Il nous a cependant été impossible de prédire une interaction entre ExbD et ExbB. Fait digne de mention, nos résultats prédisent une interaction entre ExbD et la protéine périplasmique BtuF impliquée dans le transport de la vitamine B12. Par ailleurs, la RPS permit de confirmer l'interaction entre ExbD et TonB prédite par PP. Par contre, aucune interaction ne put être observée à l'interface ExbB-ExbD. En outre, il nous a été possible d'observer des interactions entre ExbB et ExbB ainsi qu'entre ExbB et TonB. Finalement, une analyse RPS multi-composants a permis de suggérer que les interactions observées entre TonB et ses partenaires ExbB et ExbD ont lieu par l'intermédiaire de points de contact différents, appuyant par la même l'hypothèse d'un rôle central de protéine-échafaudage pour TonB dans le complexe.
Deme, Justin. "Novel protein-protein interactions involved in siderophore uptake in «Escherichia coli»." Thesis, McGill University, 2009. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=66873.
La disponibilité du fer dans le sérum humain est limitée à 10-24 M de Fe3+. Ceci pose un dilemme pour les bactéries, car elles doivent en maintenir une concentration intracellulaire de 10-6 M pour survivre. Les bactéries Gram-négatives peuvent éviter cette limitation en produisant des sidérophores, capables de chélater le Fe3+ avec une grande affinité. Le ferrichrome, un sidérophore, est importé dans Escherichia coli par le système 'ferric hydroxamate uptake' (Fhu), qui dépend de la protéine TonB. Le ferrichrome extracellulaire est transporté à travers la membrane externe par FhuA, un tonneau β. Le complexe TonB–ExbD–ExbB fournit l'énergie nécessaire au transport via la force protomotrice. Le ferrichrome est capturé dans le périplasme par FhuD, pour être ensuite transloqué au complexe FhuB–FhuC, un transporteur de type ABC localisé dans la membrane interne. Notre groupe était la première à découvrir une interaction entre FhuD et TonB. Par la technique génétique moléculaire phage display, on a identifié trois régions sur TonB donc FhuD est prédit d'interagir. Nous avons généré un plasmide contenant TonB avec une délétion interne (résidus 66-100), qui est identifiée comme non structurée et très entropique par les programmes bioinformatiques PSIPRED et SERp. Une forme de TonB sans cette région (TonBΔ66-100) a été purifiée à l'homogenéité par chromatographie d'affinité. Nous avons observé que TonBΔ66-100 se lie à FhuD, comme sa contrepartie complète, par ELISA et par résonance plasmonique de surface (SPR), avec une affinité de liaison de 9 nM. Aussi, cette liaison n'était pas dépendente sur la présence de sidérophore. Cependant, la liaison entre FhuD et TonB n'est pas affectée par l'élimination de la région flexible riche en prolines de cette dernière. Ces résultats approfondissent la description de cette interaction critique de prot
Deme, Justin. "Protein-protein interactions for early intracellular vitamin B12 metabolism in mammals." Thesis, McGill University, 2014. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=123014.
La vitamine B12, ou bien la cobalamine, est une vitamine soluble requise pour deux processus enzymatiques distincts chez les mammifères; la production de l'acide aminée méthionine par la méthionine synthase (MS), et le métabolisme d'acides gras et d'acides aminées par la méthylmalonyl-CoA mutase (MCM). Malgré le fait que les procédées métaboliques intracellulaires de la cobalamine restes peu bien caractérisés, les protéines dont MMACHC, MMADHC, LMBD1, et ABCD4 jouent un rôle dans l'acquisition et le traitement de ce cofacteur. Vu les difficultés intrinsèques de l'utilisation cellulaire de la cobalamine, nous proposons que ces protéines assurent l'efficacité de son canalisation. Cette thèse avait pour objectif de caractériser les interactions protéine-protéine impliquées dans ce processus.Pour pouvoir caractériser la fonction de MMADHC, des isoformes protéiques ont été purifiées et leurs traits structurales ont étés déterminés à basse résolution. MMADHC se trouve à être monomérique et adopte une conformation étendue en solution, avec des régions non structurées dans la terminaison aminée de la protéine. Ensuite, des librairies combinatoires de phages ont été utilisées comme substrats pour tracer des sites d'interactions potentiels avec MMADHC. Les analyses kinésiques des interactions MMACHC–MMADHC ont été faites à l'aide de la résonance plasmonique de surface (SPR) et ont confirmées une intéraction d'affinité sub-micromolaire. Avec ces résultats, nous proposons que la fonction de MMADHC se fasse par sa terminaison acidique en interagissant avec MMACHC dans le cytoplasme.Les phénotypes cliniques et la localisation subcellulaire de MS et de MCM envisagent que MMACHC joue un rôle dans le cytoplasme et que MMADHC se trouve à être impliquée dans le processus au niveau de la mitochondrie et du milieu cytoplasmique. Pour démontrer que l'interaction MMACHC–MMADHC est physiologique, nous avons utilisé l'immunofluorescence et la fractionnement subcellulaire pour confirmer que MMACHC est cytoplasmique et que MMADHC se retrouvent au cytoplasme et au mitochondrie.Des analyses protéiques ont également engendré LMBD1 et ABCD4. Solubilisés à l'aide de détergent, ces deux protéines prennent la conformation d'homodimères en solution. Une interaction d'affinité nanomolaire entre LMBD1 et ABCD4 a été confirmée en SPR. En lien avec nos analyses de phages, MMACHC interagit avec haute affinité avec LMBD1 et ABCD4.Nos résultats supportent un modèle dans lequel LMBD1 et ABCD4, tous deux liés dans la membrane, régularisent l'octroi de la cobalamine lysosomale à MMACHC en prévenant la dilution de ce cofacteur dans le milieu cytoplasmique et en protégeant contre des réactions inactivant. La dissociation et le recrutement de la MMADHC cytoplasmique à MMACHC facilitent le transfert de la cobalamine vers les réactions enzymatiques catalysées par MCM et MS. L'identification et la caractérisation de ces complexes multiprotéiques font en sorte d'avancer nos connaissances générales sur le métabolisme de la cobalamine.
Prevodnik, Andreas. "The use of protein biomarkers in ecotoxicology : Studies of oxidative and genotoxic stress in the blue mussel (Mytilus edulis)." Doctoral thesis, Stockholm : Department of Systems Ecology, Stockholm University, 2007. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-6755.
Chen, Tsan-Chou Scott. "Design of protein-protein interaction specificity using computational methods and experimental library screening." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 2012. http://hdl.handle.net/1721.1/70386.
Cataloged from PDF version of thesis.
Includes bibliographical references.
Computational design of protein-protein interaction specificity is a powerful tool to examine and expand our understanding about how protein sequence determines interaction specificity. It also has many applications in basic bioscience and biotechnology. One of the major challenges for design is that current scoring functions relying on general physical principles do not always make reliable predictions about interaction specificity. In this thesis I described application of two approaches to address this problem. The first approach sought to improve scoring functions with experimental interaction specificity data related to the protein family of design interest. I used this approach to design inhibitor peptides against the viral bZIP protein BZLF 1. Specificity against design self-interaction was considered in the study. The second approach exploited the power of experimental library screening to characterize a large number of designed sequences at once, increasing the overall probability of identifying successful designs. I presented a novel framework for such library design approach and applied it to the design of anti-apoptotic Bcl-2 proteins with novel interaction specificity toward BH3 peptides. Finally I proposed how these two approaches can be combined together to further enhance our design capabilities.
by Tsan-Chou Scott Chen.
Ph.D.
Zhu, Lingyu. "Transcriptional regulation of the gene for the human retinoblastoma protein-related p107 protein /." The Ohio State University, 1997. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1487945744572295.
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Includes bibliographical references.
Alteration of mitotic gene function has recently been discovered to play a key role in tumor formation and cancer progression through the induction of chromosomal aberrations and genomic instability. Polo-like-kinase-1 is a critical mitotic regulator, overexpressed in human tumors, that functions in mitotic entry after cellular stress, centrosome maturation, mitotic spindle control, and cytokinesis, which are all disregulated in cancer cells. To study the role of Polo-like kinases we took advantage of the recent discovery that the polo-box domain of Polo-like kinases is a phosphorylation-dependent binding module that regulates targeting of Polo-like kinases to their substrates. To identify the interactors of Polo-box domains we developed and performed a mitotic-specific yeast two hybrid and a pulldown mass spectrometry screen. This yielded a large number of specific interactors known to be involved in a vast variety of mitotic processes including those previously described to be involved in tumor progression. We demonstrate that Polo-like kinase regulation of cytokinesis-specific guanine-nucleotide exchange factors for the small G-protein Rho is necessary for proper actomyosin ring contraction and cytokinesis. Additionally we demonstrate that Polo-like-kinase-1 directly regulates the activity of the Rho-effector-kinase ROCK2, and thus Polo-like kinases modulate Rho signaling both upstream and downstream of Rho during cytokinesis. In addition to Polo-box domains we also worked on two other phosphorylation-dependent binding domains involved in cell cycle checkpoints that become disregulated in cancer cells, tandem BRCT domains and WW domains.
(cont.) We examined the molecular basis for phosphorylation-dependent recognition by the tandem BRCT domains of BRCA1 through oriented-peptide-library screening and determination of an X-ray crystal structure of the domain bound to a phosphopeptide. This allowed us to rationalize why inherited mutations within the tandem BRCT domains of BRCA1 promote breast and ovarian cancer in humans. Secondly, we assayed WW domains that were generated from in silicon determined sequences for natural-like function to more fully understand the folding and binding requirements of this domain class. All three domains (tandem BRCT domains, Polo-box domains, and WW domains) are attractive targets for cancer therapeutics as they participate in control of processes necessary for genomic stability that become disregulated in cancer.
by Drew M. Lowery.
Ph.D.
Hetti, Arachchilage Madara Dilhani. "Coevolution of epitopes in HIV-1 pre-integration complex proteins: protein-protein interaction insights." Kent State University / OhioLINK, 2018. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=kent1530646538935895.
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