Academic literature on the topic 'Prélèvements biologiques'

L'utilisation des méthodes biologiques et plus particulièrement l'étude des communautés benthiques pour l'appréciation de la qualité des eaux est actuellement d'un usage général. L'impact des perturbations des milieux peut être déduit de la composition et de la structure des peuplements qu'ils hébergent. En est-il de même pour les peuplements d'invertébrés ripicoles endogés humides, soumis moins directement à t'influence du milieu aquatique? Pour répondre à cette question une étude comparée (par analyse factorielle des correspondances) a été entreprise sur le réseau hydrographique d'une rivière de la région méditerranéenne, l'Arc, présentant des situations hydrochimiques variées. L'A.F.C., à partir de l'axe I, sépare les prélèvements d'invertébrés benthiques des prélèvements d'invertébrés ripicoles. Sur l'axe II les couples, prélèvement benthique - prélèvement ripicole de chaque station, possèdent sensiblement la même valeur sur l'axe et s'ordonnent selon un gradient de trophie croissant de l'amont vers l'aval. Les communautés ripicoles endogées humides peuvent donc être considérées comme des bio-indicateurs de la chimie de l'eau de la même manière que les communautés benthiques. Par contre le facteur temporarité (axe III) a une influence plus importante sur les communautés benthiques que sur les communautés ripicoles. L'examen de la répartition des taxons sur les axes factoriels a permis de déterminer un certain nombre d'espèces qui, tout en étant représentées dans les 2 milieux, sont caractéristiques de l'habitat rivulaire endogé humide. La prise en compte des peuplements ripicoles, malgré des difficultés d'ordre taxonomique, pourrait être envisagée lors de la détermination de la qualité des eaux.

Depuis le début de l’année 1987, l’élevage du cerf rusa (Cervus timorensis russa) se développe en Nouvelle-Calédonie. En 1988, au cours d’une opération d’abattage en élevage, l’auteur a réalisé près de 90 prélèvements de sang pour définir les constantes biologiques du sang de cette espèce. En biochimie, il a été recherché le taux d’urée (6,8 mmol/1), le taux de créatinine (151,7 mmol/L), l’activité de la créatine kinase (295,2 U/L), celle des transaminases (ALAT : 60,1 UI/L ; ASAT : 22,3 UI/L) et des phosphatases alcalines (115,1 U/L), le taux de bilirubine totale (2,76 µmol/L), le taux de protéines totales (61,4 g/L) et celui d’albumine (32,6 g/L), le taux de calcium (2,42 mmol/L) et celui de phosphore (3,08 mmol/L). L’étude a révélé des variations de ces paramètres en fonction de certains critères physiologiques et des conditions de prélèvement.

Depuis le début de l’année 1987, l’élevage du cerf rusa (Cervus timorensis russa) se développe en Nouvelle-Calédonie. En 1988, au cours d’une opération d’abattage en élevage, l’auteur a réalisé près de 90 prélèvements de sang pour définir les constantes biologiques du sang de cette espèce. En hématologie, l’étude porte sur la numération érythrocytaire (9,32x1012/L), la numération leucocytaire (4,51x109/L), la numération des différentes lignées leucocytaires et la formulation (polynucléaires neutrophiles : 2,08x109/L [46,6 p. 100] ; lymphocytes : 1,75x109/L [38,4 p. 100] ; monocytes : 0,33x109/L [7,5 p. 100] ; polynucléaires éosinophiles : 0,4x109/L [7,46 p. 100] ; polynucléaires basophiles : 0,01x109/L [0,28 p. 100]) ; l’hématocrite (36,8 %), le taux d’hémoglobine (14,1 g/dl), le volume globulaire moyen (40,3 fl), le taux globulaire moyen en hémoglobine (15,3 pg/cellule) et la concentration globulaire moyenne en hémoglobine (38,7 g/dl). L’étude a révélé des variations de ces paramètres en fonction de certains critères physiologiques et des conditions de prélèvement, car le cerf est un animal sensible au stress.

Dix-sept isolats, soit 4,27 p. 100, ont été séparés de 398 prélèvements. Douze ont été obtenus à partir de 300 écouvillons des fosses nasales chez l'âne (4 p. 100), trois et deux (4,3 et 6,89 p. 100) ont été isolés respective ment à partir de 69 prélèvements nasaux chez le cheval et 29 par lavage utérin chez la jument. Neuf isolats furent perdus au cours d'un stockage à - 20¼C et les 8 restant ont été identifiés comme des mycoplasmes dont les réactions biologiques, chimiques et sérologiques ont été testées. Ils ont pu être séparés en deux groupes sur la base de la fermentation glucosique et de l'hydrolyse de l'arginine. Dans le premier groupe, aucune fermentation ni hydrolyse n'est notée. Les organismes du second groupe n'ont hydrolysé que l'arginine.

A partir de références bibliographiques encore réduites, les auteurs ont mis au point un protocole expérimental d'évaluation de la toxicité des sédiments de rivière, après extraction au dichlorométhane et mesure de la toxicité par le lest de Bioluminescence Bactérienne. Ce protocole simple appliqué à quarante-trois prélèvements correspondant à des situations de pollution diversifiées, a permis d'établir et de proposer une typologie des sédiments en fonction de leur niveau de toxicité. Correspondant à une approche nouvelle (tests biologiques de toxicité sur sédiments), la méthodologie apparaît particulièrement intéressante pour la gestion patrimoniale des cours d'eau (réseaux de surveillance, mise en évidence de situations de pollutions), et devrait être intégrée dans les opérations de mesure de l'impact des pollutions toxiques sur les écosystèmes aquatiques.

L'analyse des nanoparticules dans les échantillons cliniques est une entreprise scientifique redoutable puisqu'il n'existe pas de procédures capables de faire face à la complexité des matrices biologiques. L'hypothèse centrale de ce travail est que la présence accrue de nanoparticules d'oxyde de métal et de métal dans le lavage pulmonaire et les fluides reproducteurs peut être associée à une maladie pulmonaire interstitielle idiopathique et à une baisse de la fertilité féminine et masculine, respectivement. Les procédures d'extraction développées dans le cadre de cette thèse ont permis de mesurer la distribution de la taille hydrodynamique des nanoparticules d'or par DLS et leur quantification par ICP-OES. En raison des rendements d'extraction obtenus et de la ségrégation réussie du bruit biologique, les nanoparticules d'or extraites pourraient être observées de manière représentative à l'échelle nanométrique. Plus précisément, l'ESB pourrait détecter les noyaux denses de particules d'or à faible grossissement, et MET et MEB pourraient être utilisés pour résoudre le diamètre et la morphologie des feret des particules, respectivement. Enfin, la corona biomoleculaire dure de la nanoparticule d'or extraite à partir de lavages pulmonaires pourrait être sondée avec AFM, AES et XPS pour acquérir des informations sur sa morphologie, composition élémentaire et chimie, respectivement. L'application de méthodologies développées sur les patients n'a pas renvoyé de données analytiques qui pourraient associer de manière positive et significative une teneur élevée en particules avec une probabilité accrue de maladies pulmonaire interstitielle idiopathiques ou avec oligospermie
The quantitative and qualitative analysis of nanoparticles in human biological samples is a daunting scientific endeavour as there are no technical procedures capable to cope with the complexity of biological matrices. The central hypothesis of this work is that the increased presence of metal and metal oxide nanoparticles in pulmonary lavage and reproductive fluids may be associated with idiopathic interstitial lung disease and declining female and male fertility, respectively. The developed extraction procedures in the context of this thesis allowed the measuring of the the hydrodynamic size distribution of gold nanoparticles by DLS and their quantitation my means of ICP-OES. Due to the achieved extraction yields and the successful segregation of biological noise, extracted gold nanoparticles could be representatively observed at the nanoscale. Specifically, BSE could detect the dense gold particle cores at low magnification, and TEM and FESEM could be used to resolve the particles’ Feret diameter and morphology, respectively. Finally, the hard biomolecular corona of extracted gold nanoparticle from pulmonary lavages could be probed with AFM, AES, and XPS to acquire information on its morphology, elemental composition, and chemistry, respectively. The application of developed methodologies on patients did not return analytical data that could positively and significantly associate an elevated particle content with increased odds of idiopathic diseases or with low sperm count

La collection d’échantillons biologiques constitue un ensemble original, et susceptible d’attiser la curiosité du juriste à maints égards. Outil de recherche scientifique avant d’être un objet du droit, la dimension corporelle des éléments constitutifs de ces collections appelle à réinterroger les conceptions juridiques classiques du corps, de la propriété, ou encore du patrimoine, pour mieux en cerner la nature et le fonctionnement. Cette étude propose de qualifier juridiquement les collections d’échantillons biologiques. Cette qualification repose dans un premier temps sur un travail de décomposition de la collection, alors envisagée au prisme des éléments la composant : prélèvements biologiques et données personnelles. Elle se poursuit dans un second temps par un travail de recomposition, considérant alors la collection comme une entité distincte et autonome, un « bien nouveau » dont le régime diffère de celui de ses parties. Porteuses d’une valeur scientifique susceptible de déboucher sur des innovations en santé qui bénéficieront à l’ensemble de la société, le développement des collections d’échantillons biologiques s’impose comme un enjeu de politique publique. À ce titre, l’analyse des formes de l'intervention publique sur cet objet met en évidence la diversité des actions menées selon les finalités poursuivies par les pouvoirs publics. Prémunir les collections d’échantillons biologiques contre leur démantèlement, assurer leur affectation optimale à la recherche, accroître le volume des échantillons biologiques disponibles, ou encore améliorer la qualité des ressources biologiques mises à la disposition de la communauté scientifique, sont autant d’enjeux pour la personne publique que ces travaux se proposent de traiter
Biological samples collections form an original entity challenging lawyers in several ways. Scientific tool before becoming an object of law, the bodily dimension of its constitutive elements calls for are-examination of legal conceptions of body, property or even patrimony. This study proposes to legally qualify biological samples collections. This qualification is initially based on a decomposition work of collections, then considered through the prism of its composing elements: biological samples and personal data. It then continues with recomposition work, then considering collections as a distinct and autonomous entity, a "new good" whose framework differs from its parts. Holders of scientific value likely to lead to health innovations that will benefit society as a whole, the development of biological samples collections becomes a public policy issue. The analysis of public intervention form on this subject highlights the diversity of actions carried out according to the purposes pursued by public authorities. Protecting collections against their dismantling, ensuring their optimal allocation to research, increasing the volume of biological samples or even improving biological resources quality are as many challenges for public authorities that this work intends to deal with

Les Anelloviridae sont de petits virus à ADN simple brin de découverte récente, très largement répandus chez les vertébrés. Chez l'homme, 3 genres distincts ont été caractérisés : Alphatorquevirus (TTV), Betatorquevirus (TTMV), Gammatorquevirus (TTMDV), engendrant une infection chronique mais dont le pouvoir pathogène potentiel demeure encore méconnu. Leur épidémiologie est en constante réévaluation du fait de leur extrême variabilité et diversité génétique. Au cours de cette recherche à l'interface entre virologie et paléomicrobiologie, nous avons exploré l'histoire naturelle de ces virus via 2 axes interconnectés. D'une part la diversité génétique a été analysée lors d'une étude transversale au sein de populations contemporaines (française et afghane) et de populations anciennes datant du néolithique à l'époque moderne. D'autre part, leur évolution a été étudiée à l'échelle individuelle par une étude longitudinale au sein de 2 corpus (suivis de patient transplanté et de patient hémodialysé). Dans le but de compléter les données concernant cette famille virale unique, un travail méthodologique a été mis en oeuvre afin d'apporter des améliorations et de standardiser les protocoles d'analyse existants. La comparaison de distribution des Anelloviridae parmi plusieurs populations contemporaines, nous a permis d'observer des différences significatives de profils, notamment dans la population afghane. Notre méthodologie d'analyse d'échantillons anciens a mis en évidence la présence de souches Anelloviridae, attestant ainsi leur ancestralité et révélant également l'existence de variabilités inter- et intra-individuelles, similaires à l'infection des populations modernes
Anelloviridae are small single-stranded DNA viruses, recently discovered, and widely spread among vertebrates. In humans, three distinct genera were characterised: Alphatorquevirus (TTV), Betatorquevirus (TTMV), Gammatorquevirus (TTMDV), leading to a chronic infection whose pathogenicity remains unknown. Their epidemiology is constantly evolving due to their extreme variability and genetic diversity. In this multidisciplinary research, combining virology, bioanthropology and palaeomicrobiology, we have used genetic analysis to explore the natural history of those viruses via two linked issues. On the one hand, the genetic diversity was analysed by way of a cross-sectional study within contemporary populations (French and Afghan) and ancient populations from the Neolithic period to Modern times. On the other hand, their evolution was studied at the individual level through a longitudinal study in two corpora (follow-ups of a transplanted patient and haemodialysis patients). In order to complement data regarding this unique viral family, a methodological process was established to improve and standardize existing analysis protocols. Comparison of Anelloviridae's distributions among several healthy contemporary populations allowed us to notice significant differences of partitions, especially an almost complete absence of TTMDV in the Afghan sample. Our methodology dedicated to ancient remains displayed the presence of Anelloviridae strains, testifying their ancestral origin and highlighting inter- and intra-individual variations, similar to infections in modern populations

La criminalistique peut être définie comme l’application de procédés techniques aux investigations judiciaires permettant l’étude scientifique des traces et des indices retrouvés sur les scènes de crime.Depuis la découverte de l’empreinte génétique par Sir Alec Jeffreys en 1984, le monde judiciaire s’est profondément ancré dans l’ère de l’ADN en raison d’évolutions technologiques successives dans le domaine de la biologie moléculaire et ses applications en criminalistique. Le besoin de réponse instantanée est omniprésent dans les esprits. La mise en œuvre de techniques d’analyses simples, sensibles, fiables et permettant d’obtenir des résultats dans les plus brefs délais sont les clés du succès.Au cours des processus techniques, la collecte du matériel biologique, et donc de l’ADN au sein de la trace, constitue une étape incontournable et cruciale qui va conditionner la réussite des analyses. Ce travail de recherche a donc consisté à développer des solutions performantes de prélèvements de matériels biologiques soit en détournant de leur fonction initiale des solutions existantes soit en développant des solutions simples mais innovantes combinant les avantages des solutions existantes. Ces travaux ont permis de donner naissance au micro-écouvillon GendSAG. Les potentialités de GendSAG permettent de proposer une solution alternative aux solutions commerciales de systèmes intégrés d’analyses rapide d’ADN. Cette solution alternative d’analyse rapide et haut débit de l’ADN mise en œuvre dans un laboratoire mobile au plus près de la scène de crime répond non seulement à la grande majorité des avantages des systèmes intégrés mais également à toutes leurs limitations
Forensic sciences can be defined as the used of technical processes to judicial investigations allowing the scientific study of traces and evidences found on crime scenes.Since the discovery of DNA fingerprinting by Sir Alec Jeffreys in 1984, the legal world has become deeply rooted in the DNA by successive technological developments in molecular biology and its applications in forensic. The need for instant response is omnipresent in the minds. The key to success is the implementation of simple, sensitive, reliable analytical techniques that enable results to be achieved in the shortest possible time.During these technical processes, the collection of biological samples, is an unavoidable and a crucial step that will condition the analysis success rate. This study consisted in developing efficient biological collecting solutions either by diverting from their original function the existing solutions or by developing simple but innovative solutions combining the advantages of the existing solutions. This allowed developing the micro-swab GendSAG. The potentialities of GendSAG make it possible to propose an alternative solution to the commercial rapid DNA analysis integrated systems. This rapid, cost effective and high-throughput DNA analysis solution performed in a dedicated mobile laboratory directly into the crime scene enables the large majority of the rapid DNA analysis integrated systems benefits and also all of their limitations

Le suivi de la contamination côtière par les métaux, au moyen de bivalves est de pratique courante dans de nombreux programmes de surveillance à travers le monde. La bioaccumulation résulte d'une interaction entre facteurs physiologiques (croissance, perte poids, absorption, stockage), chimiques (transferts métaux, spéciation) et environnementaux (température, MES, chlorophylle). L'étude et la modélisation de la bioaccumulation est d'un intérêt considérable. Afin d'intégrer l'effet de l'état physiologique de l'organisme indicateur, le modèle choisi suit le concept d'un modèle cinétique à base énergétique, par le couplage d'un modèle de croissance à un modèle simple d'accumulation. Afin de le paramétrer et de le calibrer, une étude cinétique d'accumulation (6 mois) et de décontamination (3 mois) a été réalisée sur trois sites méditerranéens. Reliant par une méthode explicative la concentration dans l'organisme à celle du milieu, il permet d'évaluer la contamination effective des sites
Monitoring coastal contamination of trace metals using bivalve molluscs as quantitative bioindicators is widely used in many international monitoring programs. The bioaccumulation of metal within an organism results from the interaction between physiological (growth, loss of weight, absorption, accumulation), chemical (metal concentration, speciation) and environmental factors (temperature, SPM, chlorophyll). For this purpose, modeling metal dynamics in mussels is a reliable tool. A bioaccumulation model has been coupled with a growth model (Dynamic Energy Budget model) in order to consider the changing physiological conditions of the mussel and their impact on metal concentration in tissue. To build and calibrate it, in situ experiments to measure uptake and elimination kinetics (6 and 3 months) were conducted at three Mediterranean sites. By combining environmental and biological data, it constitutes an optimised biomonitoring tool which can be applied to various coastal environments

Devant la complexité du cycle de l’azote (N) et la variété de ses formes disponibles dans le sol, la planification de la fertilisation de cet élément repose sur des calculs et considérations complexes. La fertilisation biologique a de particulier que l’N est apporté sous forme organique, alors que les plantes le prélèvent principalement sous forme minérale. La disponibilité de l’N repose donc sur une minéralisation efficace des amendements. Cette situation peut mener des producteurs à surfertiliser, entraînant des pertes financières et d’N dans l’environnement. Parvenir à une meilleure synchronisation de la minéralisation de l’N avec les besoins de la plante est donc crucial pour le développement de la serriculture biologique, où les besoins en azote des cultures sont de loin plus élevés qu’au champ. De plus, la capacité de certaines plantes à prélever directement l’N sous forme organique est souvent considérée négligeable en agriculture, mais pourrait être plus importante qu’on ne le croit, contribuant ainsi substantiellement au bilan d’N de la plante. Les objectifs généraux de ma thèse étaient de : (1) évaluer les taux de minéralisation de fertilisants biologiques couramment utilisés en culture légumière sous serre au Québec ; (2) étudier l’impact de différentes sources fertilisantes sur la biodiversité des bactéries du sol ; (3) étudier la capacité du concombre à prélever l’N directement sous forme organique ; et (4) développer et valider un outil de gestion de la fertilisation biologique azotée. Une expérience d’incubation de cinq fertilisants biologiques d’usage commun en serriculture biologique a été menée. La minéralisation de l’N a plafonné dans un sol minéral et un substrat tourbeux à, respectivement, 41 et 63 % de l’N appliqué pour le fumier de poule granulé, 56-93 % pour la farine de sang, 54-81 % pour la farine de plume, 34-43 % pour la farine de luzerne et 57-73 % pour la farine de crevette. Dans un sol minéral, la biodiversité bactérienne alpha (indice Shannon) a été augmentée par l’apport de farine de luzerne, alors que dans un substrat organique à base de tourbe, ce sont la farine de crevette et le fumier de poule granulé qui l’ont le plus augmentée. En se basant sur ces résultats, le modèle NLOS a été adapté à la serriculture biologique pour produire le nouveau modèle NLOS-OG. Cet outil a été validé en serres expérimentales et commerciales et a permis une prédiction satisfaisante de la disponibilité d’N minéral pour une culture en sol minéral, ainsi que de la minéralisation cumulative de fertilisants appliqués dans un sol ou un substrat tourbeux. Par contre, de la recherche spécifique à la dynamique de l’eau dans les cultures biologiques en contenants sera nécessaire afin de prédire adéquatement la disponibilité de l’azote dans ce système. Une interface web est disponible pour les agronomes et producteurs (https://exchange.iseesystems. com/public/pierrepauldion/nlos-og/). Le contenu en C et N solubles du substrat biologique d’une culture de concombre en serre biologique a été positivement corrélé au contenu en C et N organiques de la sève du xylème et aux solides solubles du fruit, suggérant un prélèvement et un transfert de C et N organiques vers les parties aériennes et les fruits. Dans une seconde expérience, en milieu contrôlé, de jeunes plants de concombre ont été exposés à une solution d’alanine enrichie en 13C et 15N. En combinant l’utilisation de molécules marquées à une position spécifique (Position-specific labelling) et l’analyse isotopique spécifique au composé (Compound-specific isotopic analysis), nous avons développé une approche innovatrice permettant de suivre le métabolisme de l’assimilation de l’N issu d’un acide aminé prélevé par les racines. Nous avons ainsi démontré que les racines peuvent prélever et assimiler l’N sous forme organique, surtout en situation de rareté de l’N. Elles ont toutefois une nette préférence pour les formes inorganiques (nitrate et ammonium). Les contributions scientifiques découlant de cette étude doctorale sont : (1) une meilleure connaissance de la minéralisation des fertilisants biologiques azotés ; (2) l’intégration de ces taux de minéralisation dans un outil de gestion de l’N applicable en serriculture biologique; et (3) une meilleure compréhension du prélèvement et de l’assimilation de l’azote organique par des plants de concombre. Ces connaissances permettront une meilleure planification de la fertilisation à base de matière organique, et par conséquent un accroissement de la durabilité de la serriculture biologique.
Devant la complexité du cycle de l’azote (N) et la variété de ses formes disponibles dans le sol, la planification de la fertilisation de cet élément repose sur des calculs et considérations complexes. La fertilisation biologique a de particulier que l’N est apporté sous forme organique, alors que les plantes le prélèvent principalement sous forme minérale. La disponibilité de l’N repose donc sur une minéralisation efficace des amendements. Cette situation peut mener des producteurs à surfertiliser, entraînant des pertes financières et d’N dans l’environnement. Parvenir à une meilleure synchronisation de la minéralisation de l’N avec les besoins de la plante est donc crucial pour le développement de la serriculture biologique, où les besoins en azote des cultures sont de loin plus élevés qu’au champ. De plus, la capacité de certaines plantes à prélever directement l’N sous forme organique est souvent considérée négligeable en agriculture, mais pourrait être plus importante qu’on ne le croit, contribuant ainsi substantiellement au bilan d’N de la plante. Les objectifs généraux de ma thèse étaient de : (1) évaluer les taux de minéralisation de fertilisants biologiques couramment utilisés en culture légumière sous serre au Québec ; (2) étudier l’impact de différentes sources fertilisantes sur la biodiversité des bactéries du sol ; (3) étudier la capacité du concombre à prélever l’N directement sous forme organique ; et (4) développer et valider un outil de gestion de la fertilisation biologique azotée. Une expérience d’incubation de cinq fertilisants biologiques d’usage commun en serriculture biologique a été menée. La minéralisation de l’N a plafonné dans un sol minéral et un substrat tourbeux à, respectivement, 41 et 63 % de l’N appliqué pour le fumier de poule granulé, 56-93 % pour la farine de sang, 54-81 % pour la farine de plume, 34-43 % pour la farine de luzerne et 57-73 % pour la farine de crevette. Dans un sol minéral, la biodiversité bactérienne alpha (indice Shannon) a été augmentée par l’apport de farine de luzerne, alors que dans un substrat organique à base de tourbe, ce sont la farine de crevette et le fumier de poule granulé qui l’ont le plus augmentée. En se basant sur ces résultats, le modèle NLOS a été adapté à la serriculture biologique pour produire le nouveau modèle NLOS-OG. Cet outil a été validé en serres expérimentales et commerciales et a permis une prédiction satisfaisante de la disponibilité d’N minéral pour une culture en sol minéral, ainsi que de la minéralisation cumulative de fertilisants appliqués dans un sol ou un substrat tourbeux. Par contre, de la recherche spécifique à la dynamique de l’eau dans les cultures biologiques en contenants sera nécessaire afin de prédire adéquatement la disponibilité de l’azote dans ce système. Une interface web est disponible pour les agronomes et producteurs (https://exchange.iseesystems. com/public/pierrepauldion/nlos-og/). Le contenu en C et N solubles du substrat biologique d’une culture de concombre en serre biologique a été positivement corrélé au contenu en C et N organiques de la sève du xylème et aux solides solubles du fruit, suggérant un prélèvement et un transfert de C et N organiques vers les parties aériennes et les fruits. Dans une seconde expérience, en milieu contrôlé, de jeunes plants de concombre ont été exposés à une solution d’alanine enrichie en 13C et 15N. En combinant l’utilisation de molécules marquées à une position spécifique (Position-specific labelling) et l’analyse isotopique spécifique au composé (Compound-specific isotopic analysis), nous avons développé une approche innovatrice permettant de suivre le métabolisme de l’assimilation de l’N issu d’un acide aminé prélevé par les racines. Nous avons ainsi démontré que les racines peuvent prélever et assimiler l’N sous forme organique, surtout en situation de rareté de l’N. Elles ont toutefois une nette préférence pour les formes inorganiques (nitrate et ammonium). Les contributions scientifiques découlant de cette étude doctorale sont : (1) une meilleure connaissance de la minéralisation des fertilisants biologiques azotés ; (2) l’intégration de ces taux de minéralisation dans un outil de gestion de l’N applicable en serriculture biologique; et (3) une meilleure compréhension du prélèvement et de l’assimilation de l’azote organique par des plants de concombre. Ces connaissances permettront une meilleure planification de la fertilisation à base de matière organique, et par conséquent un accroissement de la durabilité de la serriculture biologique.
Because of the complexity of the nitrogen (N) cycle and the diversity of its molecule forms in the soil, N fertilization management is based on complex calculations and considerations. For organic farming, N is provided via organic amendments and biological fixation. However, lack of precise tools that predict the N mineralization rate of N sources leads some producers to over-fertilize, resulting in the buildup of salinity, N leaching and possible loss of profits. Consequently, better knowledge of N availability following organic fertilization, to improve synchronization of N supply with crop N demand, is crucial to advance sustainable organic horticulture. In addition, the capacity of plants to take up N directly as organic molecules is seldom considered in agriculture and could be higher than previously thought, contributing significantly to the plant’s N budget. The objectives of this thesis were to: (1) evaluate the mineralization rates from organic fertilizers commonly used in greenhouse vegetable horticulture in Quebec; (2) study the impact of different fertilizer sources on soil bacterial diversity; (3) study the capacity of cucumber plants to take up and assimilate N directly as organic molecules; and (4) develop and validate a N management tool for organic fertilization. An incubation experiment with five organic fertilizers commonly used in organic greenhouse horticulture was performed. Nitrogen mineralization plateaued for a mineral soil and a peat substrate at respectively 41 and 63% of applied N for pelleted poultry manure, 56-93% for blood meal, 54-81% for feather meal, 34-53% for alfalfa meal, and 57-73% for shrimp meal. Organic fertilizers supported markedly contrasted bacterial communities, closely linked to soil biochemical properties, especially mineral N, pH and soluble C. Alfalfa meal promoted the highest alpha diversity (Shannon index) in the mineral soil, whereas shrimp meal and pelleted poultry manure increased it in the peat-based growing medium. Based on those results, we adapted the NLOS model to organic greenhouse horticulture and developed the new model NLOS-OG. This tool was validated in commercial and experimental greenhouses. It yielded a satisfying prediction of mineral N availability in a greenhouse crop grown in native mineral soil, and for the cumulative mineralization of fertilizers applied in a soil or organic substrate. However, further research should focus on water dynamics in containerized organic crops in order to achieve a precise prediction of N availability in that cropping system. A free web interface for NLOS-OG is now available for agronomists and growers (https://exchange. iseesystems.com/public/pierrepauldion/nlos-og/).In a greenhouse experiment, the C and N content of soil solution was positively linked to the xylem sap C and N content of mature cucumber plants and appeared to contribute to the accumulation of soluble solids in cucumber fruits, suggesting uptake and transfer of soil soluble organic N and C to the shoot and fruits. In a second experiment, in a growth chamber, young cucumber plants were exposed to 13C- and 15N-labelled alanine. By combining two methods, i.e., the use of Position-specific labelling (PSL) of alanine and Compound-specific isotopic analysis (CSIA) of free amino acids, we developed a novel approach allowing the study of the mechanism of the assimilatory metabolism of an amino acid taken up by the roots. We demonstrated that their roots can take up and assimilate N as organic molecules, although they showed a preference for inorganic N forms (nitrate and ammonium). The scientific contributions from this doctoral study are: (1) a better knowledge of the nitrogen release from nitrogen organic fertilizers; (2) the integration of mineralization rates into a N management tool adapted to organic greenhouse horticulture; and (3) a better understanding of the uptake and assimilation of organic N by cucumber plants. This knowledge will contribute to a better planning of N fertilization based on organic matter, thus increasing the sustainability of organic greenhouse horticulture.
Because of the complexity of the nitrogen (N) cycle and the diversity of its molecule forms in the soil, N fertilization management is based on complex calculations and considerations. For organic farming, N is provided via organic amendments and biological fixation. However, lack of precise tools that predict the N mineralization rate of N sources leads some producers to over-fertilize, resulting in the buildup of salinity, N leaching and possible loss of profits. Consequently, better knowledge of N availability following organic fertilization, to improve synchronization of N supply with crop N demand, is crucial to advance sustainable organic horticulture. In addition, the capacity of plants to take up N directly as organic molecules is seldom considered in agriculture and could be higher than previously thought, contributing significantly to the plant’s N budget. The objectives of this thesis were to: (1) evaluate the mineralization rates from organic fertilizers commonly used in greenhouse vegetable horticulture in Quebec; (2) study the impact of different fertilizer sources on soil bacterial diversity; (3) study the capacity of cucumber plants to take up and assimilate N directly as organic molecules; and (4) develop and validate a N management tool for organic fertilization. An incubation experiment with five organic fertilizers commonly used in organic greenhouse horticulture was performed. Nitrogen mineralization plateaued for a mineral soil and a peat substrate at respectively 41 and 63% of applied N for pelleted poultry manure, 56-93% for blood meal, 54-81% for feather meal, 34-53% for alfalfa meal, and 57-73% for shrimp meal. Organic fertilizers supported markedly contrasted bacterial communities, closely linked to soil biochemical properties, especially mineral N, pH and soluble C. Alfalfa meal promoted the highest alpha diversity (Shannon index) in the mineral soil, whereas shrimp meal and pelleted poultry manure increased it in the peat-based growing medium. Based on those results, we adapted the NLOS model to organic greenhouse horticulture and developed the new model NLOS-OG. This tool was validated in commercial and experimental greenhouses. It yielded a satisfying prediction of mineral N availability in a greenhouse crop grown in native mineral soil, and for the cumulative mineralization of fertilizers applied in a soil or organic substrate. However, further research should focus on water dynamics in containerized organic crops in order to achieve a precise prediction of N availability in that cropping system. A free web interface for NLOS-OG is now available for agronomists and growers (https://exchange. iseesystems.com/public/pierrepauldion/nlos-og/).In a greenhouse experiment, the C and N content of soil solution was positively linked to the xylem sap C and N content of mature cucumber plants and appeared to contribute to the accumulation of soluble solids in cucumber fruits, suggesting uptake and transfer of soil soluble organic N and C to the shoot and fruits. In a second experiment, in a growth chamber, young cucumber plants were exposed to 13C- and 15N-labelled alanine. By combining two methods, i.e., the use of Position-specific labelling (PSL) of alanine and Compound-specific isotopic analysis (CSIA) of free amino acids, we developed a novel approach allowing the study of the mechanism of the assimilatory metabolism of an amino acid taken up by the roots. We demonstrated that their roots can take up and assimilate N as organic molecules, although they showed a preference for inorganic N forms (nitrate and ammonium). The scientific contributions from this doctoral study are: (1) a better knowledge of the nitrogen release from nitrogen organic fertilizers; (2) the integration of mineralization rates into a N management tool adapted to organic greenhouse horticulture; and (3) a better understanding of the uptake and assimilation of organic N by cucumber plants. This knowledge will contribute to a better planning of N fertilization based on organic matter, thus increasing the sustainability of organic greenhouse horticulture.

La plupart des substances du corps humain sont utilisables indépendamment dutout dont elles proviennent (pour la greffe, la recherche, l’assistance médicale à laprocréation, etc.). En amont, cela implique un processus d’accès à ces ressourcesbiologiques humaines. Ce processus se divise en deux phases : leur individualisation – parleur prélèvement et leur statut juridique – et leur circulation.À l’heure actuelle, ce processus est directement touché par le phénomène de lamondialisation. Ainsi, les organes, les tissus et les cellules humains, mais aussi les patients dont ils proviennent, circulent au-delà des frontières à des fins thérapeutiques comme scientifiques. L’encadrement de ces pratiques par les textes de droit international public se révélant insuffisant, des situations de conflit de lois prospèrent. Le droit international privé doit alors être sollicité. Or, aucune règle de conflit de lois n’a été consacrée en ce domaine, ni par la loi, ni la jurisprudence. Plus encore, en apparence, les caractéristiques du droit de la bioéthique (origine humaine des ressources, omniprésence du droit public et différences parfois importantes de législations entre les États) semblent faire obstacle au raisonnement conflictuel. La présente étude se propose, au regard du droit positif, d’appréhender le conflit de lois en matière d’accès aux ressources biologiques humaines. Il sera donc question de le résoudre mais également d’analyser la mise en oeuvre des solutions proposées
Most substances in the human body can be used independently of their body oforigin (for transplantation, research, medically assisted procreation, etc.). Upstream, thisentails a process of access to these human biological resources. This process is divided intotwo phases: individualization of human biological resources - through their extraction andlegal status - and their circulation. At present, this process is directly affected by the phenomenon of globalization.Thus, human organs, tissues and cells, but also patients, are moving or are being moved across borders for therapeutic and scientific purposes. As the regulation of these practices by public international law texts is insufficient, situations of conflict of laws arise. Private international law must then be sought. However, no conflict-of-law rules has been established in this field, either by law or in the case law. Moreover, on the surface, the features of bioethics law (human origin of the resources, omnipresence of public law and differences in legislation between States) appear to hinder a conflict-of-law reasoning. The present study aims, from the point of view of positive law, to address conflict of laws concerning access to human biological resources. It will therefore seek to solve them and analyse the implementation of the proposed solutions

Dans le contexte énergétique actuel, les pouvoirs publics s’engagent à réduire la consommation des énergies fossiles et à développer le marché des énergies renouvelables afin de diminuer les émissions de CO2 et de faire face à la raréfaction des sources d’énergie fossile. La demande en bois-énergie, notamment de plaquettes forestières, est appelée à s’accroître dans les années à venir. Afin d’augmenter la production forestière une exploitation des résidus de coupe de diamètre inférieur à 7 cm, appelés rémanents forestiers, est envisagée. De plus, pour compenser la perte de matière organique exportée avec les rémanents, une compensation minérale sous forme de cendres provenant des chaufferies est envisagée. Cependant, l’impact de telles pratiques de gestion sur les écosystèmes forestiers tempérés ne sont que très peu étudiés. Les objectifs de cette thèse étaient donc d’étudier l’impact d’un export des rémanents forestiers et d’une compensation par les cendres sur la biocénose du sol à différentes échelles et de tenter d’identifier des indicateurs biologiques pouvant mettre en lumière les perturbations de l’écosystème créées par ces gestions. Dans un premier temps, l’étude de la macrofaune et de la mésofaune du sol à une échelle régionale puis nationale a permis de mettre en avant l’importance de l’essence dominante (hêtre ou chêne) dans la réponse du macrofaune à l’export de rémanents. Cette partie a aussi montré que l’export de la totalité des rémanents et de la litière a un impact négatif sur toute la communauté de la faune du sol et que l’apport de cendres ne compensait pas, voire aggravait, l’effet de l’export de rémanents. Dans un second temps, une étude en mésocosme d’un double gradient de quantité de rémanents et de cendres a mis en avant l’importance de la fertilité minérale du sol dans la réponse de l’interface sol-végétation. Dans un sol neutre, l’export des rémanents ou l’apport de cendres ne présentait pas d’impact sur l’interface sol-plante au contraire du sol acide. De plus, dans le sol acide, une importante modification structurelle de la communauté microbienne a été mise en avant lors du mélange entre les rémanents et les cendres. Pour finir cette étude a permis de mettre en lumière les ordres des Lithobiomopha et des Geophilomorpha comme potentielles sources de bioindicateurs des perturbations des réseaux trophiques dans le cadre d’une gestion des rémanents ou d’un apport de cendres
In the current contextof energetic transition, public policies commit to reduce fossil fuel consumption and develop renewable energies in order to reduce CO2 emission. Woody biomass can be one of the solutions in order to increase the share of renewable energu ressources in energetic mix. In order to increase woody biomass production, an export of logging residues (under 7 cm of diameter) is investigated. Furthermore, in order to offset th export of organic matter with logging residue, mineral compensation by wood ash application is investigated. Nevertheless, the effect of such management practices on temperate forest ecosystem were understudied. The aims of this thesis were to study the impact of logging residues management intensity and wood ash offset on soil biota and to investigate potential bioindicators of disturbance led by these practices. First, the study on macrofauna and mesofauna at various scales (regional then northen French) highlited the importance of tree species (oak or beech) the response of soil biota to logging residue export. Furthermore, this first part showed a strong negative impact on the whole soil community when logging residues and litter were exported and wood ash application did not compensate the impacts of logging residues export on macro and mesofauna. Second, a mesocosm study with a cross-gradient of logging residue and wood ash input highlighted the importance of mineral fertility in the response of soil-plant interface. In neutral soil, logging residue export or wood ash application did not impact soil-plant interface, conversely to acidic soil. Furthermore, in acidic soil, a strong structural disturbance of microfloral assemblage was showed when logging residue and wood ash were added together. Third, this thesis highlighted Litobiomorpha and Geophilomorpha orders as potential sources of bioindicators of disturbance of trophic networks in logging residue export and wood ash offset context of forest management practices

À la fin des années 1970, le CIOMS a entamé en association avec l’Organisation mondiale de la Santé des travaux sur l’éthique dans le domaine de la recherche médicale. Dès lors, le CIOMS a entrepris, en coopération avec l’OMS, d’élaborer des lignes directrices pour indiquer comment les principes éthiques, tels que définis dans la Déclaration d’Helsinki de l’Association médicale mondiale, pouvaient efficacement être appliqués, notamment dans des environnements à faibles ressources, compte tenu de leurs situations socio-économiques, des législations nationales et des modalités d’administration et de gestion. Les lignes directrices d’éthique du CIOMS ont été remaniées depuis et les éditions révisées publiées en 1993 et 2002. Les dernières avancées en matière de recherche ont conduit le CIOMS à les réviser de nouveau. Cette nouvelle publication vous présente les résultats de ce travail. -- Dans cette nouvelle version 2016, le CIOMS apporte des réponses à plusieurs questions urgentes en matière d’éthique dans le domaine de la recherche. Pour ce faire, le Conseil souligne la nécessité pour la recherche d’avoir des valeurs scientifique et sociale, fournit des lignes directrices spécifiques pour la recherche médicale dans des environnements à faibles ressources, détaille les dispositions relatives à l’implication de groupes vulnérables et décrit sous quelles conditions les prélèvements biologiques et données relatives à la santé peuvent être utilisés.